PWG4/macros/ana.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // analysis classes in PWG4PartCorr
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  22 char * kInDir = "/user/data/files/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  36 //---------------------------------------------------------------------------
  37
  38 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  39 const TString kInputData = "ESD";//ESD, AOD, MC
  40 TString kTreeName = "esdTree";
  41
  42 void ana(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigAnalysisPhoton")
  43 {
  44   // Main
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   // Load analysis libraries
  48   // Look at the method below,
  49   // change whatever you need for your analysis case
  50   // ------------------------------------------------------------------
  51   LoadLibraries(mode) ;
  52
  53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  54   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  55   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  56   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
  57   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  58   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
  59   else {
  60     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  61     break;
  62   }
  63
  64   TChain *chain   = new TChain(kTreeName) ;
  65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  66   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  67
  68   if(chain){
  69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  70
  71     //--------------------------------------
  72     // Make the analysis manager
  73     //-------------------------------------
  74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  75     // MC handler
  76     if(kMC || kInputData == "MC"){
  77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  78       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  79       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  80     }
  81
  82     // AOD output handler
  83     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  84     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  85     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  86     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  87
  88     //input
  89     if(kInputData == "ESD"){
  90       // ESD handler
  91       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  92       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  93     }
  94     if(kInputData == "AOD"){
  95       // AOD handler
  96       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  97       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  98     }
  99
 100     //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging, do not uncomment if you want no messages.
 101
 102     //-------------------------------------------------------------------------
 103     //Define task, put here any other task that you want to use.
 104     //-------------------------------------------------------------------------
 105     AliAnalysisTaskParticleCorrelation * taskpwg4 = new AliAnalysisTaskParticleCorrelation ("Particle");
 106     taskpwg4->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigAnalysis
 107
 108     mgr->AddTask(taskpwg4);
 109
 110     // Create containers for input/output
 111     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->GetCommonInputContainer();
 112     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
 113     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
 114                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
 115
 116     mgr->ConnectInput  (taskpwg4,     0, cinput1);
 117     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     0, coutput1 );
 118     mgr->ConnectOutput (taskpwg4,     1, coutput2 );
 119
 120     //------------------------
 121     //Scaling task
 122     //-----------------------
 123     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 124     //cout<<"Get? "<<kGetXSectionFromFileAndScale<<" nfiles "<<nfiles<<endl;
 125     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 126       //cout<<"Init AnaScale"<<endl;
 127       //Get the cross section
 128       Double_t xsection=0;
 129       Float_t ntrials = 0;
 130       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 131
 132       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 133       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
 134       scale->MakeSumw2(kFALSE);//If you want histograms with error bars set to kTRUE
 135       //scale->SetDebugLevel(2);
 136       mgr->AddTask(scale);
 137
 138       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
 139                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histosscaled.root");
 140       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 141       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 142     }
 143
 144     //-----------------------
 145     // Run the analysis
 146     //-----------------------
 147     TString smode = "";
 148     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 149       smode = "local";
 150     else if (mode==mPROOF)
 151       smode = "proof";
 152     else if (mode==mGRID)
 153       smode = "local";
 154
 155     mgr->InitAnalysis();
 156     mgr->PrintStatus();
 157     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 158
 159 cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 160
 161   }
 162   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 163
 164 }
 165
 166 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 167
 168   //--------------------------------------
 169   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 170   //--------------------------------------
 171   gSystem->Load("libTree.so");
 172   gSystem->Load("libGeom.so");
 173   gSystem->Load("libVMC.so");
 174   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 175
 176   //----------------------------------------------------------
 177   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 178   //----------------------------------------------------------
 179   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 180     //--------------------------------------------------------
 181     // If you want to use already compiled libraries
 182     // in the aliroot distribution
 183     //--------------------------------------------------------
 184     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 185     //gSystem->Load("libESD");
 186     //gSystem->Load("libAOD");
 187     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 188     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 189     //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 190     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
 191     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
 192
 193     //--------------------------------------------------------
 194     //If you want to use root and par files from aliroot
 195     //--------------------------------------------------------
 196     SetupPar("STEERBase");
 197     SetupPar("ESD");
 198     SetupPar("AOD");
 199     SetupPar("ANALYSIS");
 200     SetupPar("ANALYSISalice");
 201 //If your analysis needs PHOS geometry uncomment following lines
 202 //      SetupPar("PHOSUtils");
 203 //      //Create Geometry
 204 //    TGeoManager::Import("geometry.root") ; //need file "geometry.root" in local dir!!!!
 205      SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 206      SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 207   }
 208
 209   //---------------------------------------------------------
 210   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 211   //---------------------------------------------------------
 212   else if (mode==mPROOF) {
 213     //
 214     // Connect to proof
 215     // Put appropriate username here
 216     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 217     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 218
 219     //    gProof->ClearPackages();
 220     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 221     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 222     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 223     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrBase");
 224     //    gProof->ClearPackage("PWG4PartCorrDep");
 225
 226     // Enable the STEERBase Package
 227     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 228     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 229     // Enable the ESD Package
 230     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 231     gProof->EnablePackage("ESD");
 232     // Enable the AOD Package
 233     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 234     gProof->EnablePackage("AOD");
 235     // Enable the Analysis Package
 236     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 237     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 238         // Enable the PHOS geometry Package
 239     //gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 240     //gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 241     // Enable PartCorr analysis
 242     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 243     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 244         gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 245     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 246     gProof->ShowEnabledPackages();
 247   }
 248
 249 }
 250
 251 void SetupPar(char* pararchivename)
 252 {
 253   //Load par files, create analysis libraries
 254   //For testing, if par file already decompressed and modified
 255   //classes then do not decompress.
 256
 257   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 258   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 259   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 260     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 261     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 262     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 263     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 264     processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 265     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 266   }
 267   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 268     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 269     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 270   }
 271
 272   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 273   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 274
 275   // check for BUILD.sh and execute
 276   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 277     printf("*******************************\n");
 278     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 279     cout<<pararchivename<<endl;
 280     printf("*******************************\n");
 281
 282     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 283       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 284       return -1;
 285     }
 286   }
 287   // check for SETUP.C and execute
 288   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 289     printf("*******************************\n");
 290     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 291     cout<<pararchivename<<endl;
 292     printf("*******************************\n");
 293     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 294   }
 295
 296   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 297   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 298 }
 299
 300
 301
 302 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 303   //Fills chain with data
 304   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 305
 306   //-----------------------------------------------------------
 307   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 308   //-----------------------------------------------------------
 309   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 310     // Chain from CAF
 311     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 312     // The second parameter is the number of input files in the chain
 313     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 314   }
 315
 316   //---------------------------------------
 317   //Local files analysis
 318   //---------------------------------------
 319   else if(mode == mLocal){
 320     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 321     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 322     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 323
 324     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 325       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 326     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 327
 328     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 329       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 330     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 331
 332     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 333       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 334     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 335
 336     //Check if env variables are set and are correct
 337     if ( kInDir  && kEvent) {
 338       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 339       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 340         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 341         return ;
 342       }
 343       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 344       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 345       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 346
 347       TString datafile="";
 348       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 349       else if(kInputData == "AOD") datafile = "aod.root" ;
 350       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 351
 352       //Loop on ESD files, add them to chain
 353       Int_t event =0;
 354       Int_t skipped=0 ;
 355       char file[120] ;
 356       char filexs[120] ;
 357
 358       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 359         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 360         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 361         TFile * fESD = 0 ;
 362         //Check if file exists and add it, if not skip it
 363         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 364           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 365             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 366             chain->AddFile(file);
 367             chainxs->Add(filexs) ;
 368           }
 369         }
 370         else {
 371           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 372           skipped++ ;
 373         }
 374       }
 375       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 376     }
 377     else {
 378       TString input = "AliESDs.root" ;
 379       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 380       chain->AddFile(input);
 381     }
 382
 383   }// local files analysis
 384
 385   //------------------------------
 386   //GRID xml files
 387   //-----------------------------
 388   else if(mode == mGRID){
 389     //Get colection file. It is specified by the environmental
 390     //variable XML
 391
 392     if(gSystem->Getenv("XML") )
 393       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 394     else
 395       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 396
 397     if (!TFile::Open(kXML)) {
 398       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 399       return ;
 400     }
 401     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 402
 403     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 404     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 405     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 406     TGrid::Connect("alien://") ;
 407
 408     //Feed Grid with collection file
 409     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 410     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 411     if (! collection) {
 412       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 413       return kFALSE ;
 414     }
 415     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 416
 417     // Makes the ESD chain
 418     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 419     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 420       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 421       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 422       chain->Add(alienURL) ;
 423       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 424       chainxs->Add(alienURL) ;
 425     }
 426   }// xml analysis
 427
 428   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 429 }
 430
 431 //________________________________________________
 432 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 433 {
 434   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 435   // the function WriteXsection():
 436   // integrated cross section (xsection) and
 437   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 438   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 439   // The spectrum calculated by a user should be
 440   // multiplied by this weight, something like this:
 441   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 442   // userSpectrum->Scale(weight)
 443   //
 444   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 445   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 446   Double_t xsection = 0;
 447   UInt_t    ntrials = 0;
 448   xs = 0;
 449   ntr = 0;
 450
 451   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 452   if (tree && nfiles > 0) {
 453     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 454     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 455     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 456       tree->GetEntry(i);
 457       xs += xsection ;
 458       ntr += ntrials ;
 459       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 460     }
 461
 462     xs =   xs /  nfiles;
 463     ntr =  ntr / nfiles;
 464     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 465     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 466     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 467   }
 468   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 469
 470 }
 471
 472
 473