PWG4/macros/anaExampleTask.C

   1 /* $Id:  $ */
   2 //--------------------------------------------------
   3 // Example macro to do analysis with the
   4 // AliAnalysisTaksSE
   5 // Can be executed with Root and AliRoot
   6 //
   7 // Pay attention to the options and definitions
   8 // set in the lines below
   9 //
  10 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  11 //
  12 //-------------------------------------------------
  13 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  14 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  15 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  16 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  17
  18 //---------------------------------------------------------------------------
  19 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  20 //The different values are default, they can be set with environmental
  21 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  22 char * kInDir = "/user/data/files/";
  23 char * kPattern = ""; // Data are in files kInDir/kPattern+i
  24 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  25 //---------------------------------------------------------------------------
  26 //Collection file for grid analysis
  27 char * kXML = "collection.xml";
  28 //---------------------------------------------------------------------------
  29 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  30 //Put name of file containing xsection
  31 //Put number of events per ESD file
  32 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  33 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kFALSE ;
  34 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  35 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  36 //---------------------------------------------------------------------------
  37
  38 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  39 const TString kInputData = "ESD";//ESD, AOD, MC
  40 TString kTreeName = "esdTree";
  41
  42 void anaExampleTask(Int_t mode=mLocal)
  43 {
  44   // Main
  45
  46   //--------------------------------------------------------------------
  47   // Load analysis libraries
  48   // Look at the method below,
  49   // change whatever you need for your analysis case
  50   // ------------------------------------------------------------------
  51   LoadLibraries(mode) ;
  52
  53   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  54   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  55   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  56   if(kInputData == "ESD") kTreeName = "esdTree" ;
  57   else if(kInputData == "AOD") kTreeName = "aodTree" ;
  58   else if (kInputData == "MC") kTreeName = "TE" ;
  59   else {
  60     cout<<"Wrong  data type "<<kInputData<<endl;
  61     break;
  62   }
  63
  64   TChain *chain   = new TChain(kTreeName) ;
  65   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  66   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  67
  68   if(chain){
  69     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  70
  71     //--------------------------------------
  72     // Make the analysis manager
  73     //-------------------------------------
  74     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  75     // MC handler
  76     if(kMC || kInputData == "MC"){
  77       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  78       mcHandler->SetReadTR(kFALSE);//Do not search TrackRef file
  79       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  80       if( kInputData == "MC") mgr->SetInputEventHandler(NULL);
  81     }
  82
  83     // AOD output handler
  84     AliAODHandler* aodoutHandler   = new AliAODHandler();
  85     aodoutHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  86     //aodoutHandler->SetCreateNonStandardAOD();
  87     mgr->SetOutputEventHandler(aodoutHandler);
  88
  89     //input
  90     if(kInputData == "ESD"){
  91       // ESD handler
  92       AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  93       mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  94     }
  95     if(kInputData == "AOD"){
  96       // AOD handler
  97       AliAODInputHandler *aodHandler = new AliAODInputHandler();
  98       mgr->SetInputEventHandler(aodHandler);
  99     }
 100
 101     //mgr->SetDebugLevel(-1); // For debugging
 102
 103     //-------------------------------------------------------------------------
 104     //Define task, put here any other task that you want to use.
 105     //-------------------------------------------------------------------------
 106     AliAnalysisTaskPHOSExample * taskex = new AliAnalysisTaskPHOSExample ("Gamma");
 107     mgr->AddTask(taskex);
 108
 109     // Create containers for input/output
 110     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->GetCommonInputContainer();
 111     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->GetCommonOutputContainer();
 112     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("histos", TList::Class(),
 113                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "histos.root");
 114
 115     mgr->ConnectInput  (taskex,     0, cinput1);
 116     mgr->ConnectOutput (taskex,     0, coutput1 );
 117     mgr->ConnectOutput (taskex,     1, coutput2 );
 118
 119     //------------------------
 120     //Scaling task
 121     //-----------------------
 122     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 123     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 124       //Get the cross section
 125       Double_t xsection=0;
 126       Float_t ntrials = 0;
 127       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 128
 129       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 130       scale->Set(xsection/ntrials/nfiles) ;
 131       scale->MakeSumw2(kFALSE);//If you want histograms with error bars set to kTRUE
 132       //scale->SetDebugLevel(2);
 133       mgr->AddTask(scale);
 134
 135       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("histosscaled", TList::Class(),
 136                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "gammahistosscaled.root");
 137       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 138       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 139     }
 140
 141     //-----------------------
 142     // Run the analysis
 143     //-----------------------
 144     TString smode = "";
 145     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 146       smode = "local";
 147     else if (mode==mPROOF)
 148       smode = "proof";
 149     else if (mode==mGRID)
 150       smode = "local";
 151
 152     mgr->InitAnalysis();
 153     mgr->PrintStatus();
 154     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 155
 156     cout <<" Analysis ended sucessfully "<< endl ;
 157
 158   }
 159   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 160
 161 }
 162
 163 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 164
 165   //--------------------------------------
 166   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 167   //--------------------------------------
 168   gSystem->Load("libTree.so");
 169   gSystem->Load("libGeom.so");
 170   gSystem->Load("libVMC.so");
 171   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 172
 173   //----------------------------------------------------------
 174   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 175   //----------------------------------------------------------
 176   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 177     //--------------------------------------------------------
 178     // If you want to use already compiled libraries
 179     // in the aliroot distribution
 180     //--------------------------------------------------------
 181     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 182     //gSystem->Load("libESD");
 183     //gSystem->Load("libAOD");
 184     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 185     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 186         //gSystem->Load("libPHOSUtils");
 187         //gSystem->Load("libEMCALUtils");
 188     //gSystem->Load("libPWG4PartCorrBase");
 189         //gSystem->Load("libPWG4PartCorrDep");
 190
 191     //--------------------------------------------------------
 192     //If you want to use root and par files from aliroot
 193     //--------------------------------------------------------
 194     SetupPar("STEERBase");
 195     SetupPar("ESD");
 196     SetupPar("AOD");
 197     SetupPar("ANALYSIS");
 198     SetupPar("ANALYSISalice");
 199     SetupPar("PHOSUtils");
 200         SetupPar("EMCALUtils");
 201     SetupPar("PWG4PartCorrBase");
 202     SetupPar("PWG4PartCorrDep");
 203   }
 204
 205   //---------------------------------------------------------
 206   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 207   //---------------------------------------------------------
 208   else if (mode==mPROOF) {
 209     //
 210     // Connect to proof
 211     // Put appropriate username here
 212     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 213     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 214
 215     // Enable the STEERBase Package
 216     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 217     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 218     // Enable the ESD Package
 219     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 220     gProof->EnablePackage("ESD");
 221     // Enable the AOD Package
 222     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 223     gProof->EnablePackage("AOD");
 224     // Enable the Analysis Package
 225     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 226     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 227         // Enable the PHOSUtils Package
 228         gProof->UploadPackage("PHOSUtils.par");
 229         gProof->EnablePackage("PHOSUtils");
 230         // Enable the EMCALUtils Package
 231         gProof->UploadPackage("EMCALUtils.par");
 232         gProof->EnablePackage("EMCALUtils");
 233     // Enable PartCorr analysis
 234     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrBase.par");
 235     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrBase");
 236     gProof->UploadPackage("PWG4PartCorrDep.par");
 237     gProof->EnablePackage("PWG4PartCorrDep");
 238     //
 239     gProof->ShowEnabledPackages();
 240   }
 241
 242 }
 243
 244 void SetupPar(char* pararchivename)
 245 {
 246   //Load par files, create analysis libraries
 247   //For testing, if par file already decompressed and modified
 248   //classes then do not decompress.
 249
 250   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 251   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 252   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 253     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 254     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 255     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 256     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 257     //processline = Form(".! mv /tmp/%s .", parpar.Data()) ;
 258         processline = Form(".! mv $ALICE_ROOT/%s .", parpar.Data()) ;
 259     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 260   }
 261   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 262     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 263     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 264   }
 265
 266   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 267   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 268
 269   // check for BUILD.sh and execute
 270   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 271     printf("*******************************\n");
 272     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 273     cout<<pararchivename<<endl;
 274     printf("*******************************\n");
 275
 276     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 277       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 278       return -1;
 279     }
 280   }
 281   // check for SETUP.C and execute
 282   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 283     printf("*******************************\n");
 284     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 285     cout<<pararchivename<<endl;
 286     printf("*******************************\n");
 287     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 288   }
 289
 290   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 291   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 292 }
 293
 294
 295
 296 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 297   //Fills chain with data
 298   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 299
 300   //-----------------------------------------------------------
 301   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 302   //-----------------------------------------------------------
 303   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 304     // Chain from CAF
 305     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 306     // The second parameter is the number of input files in the chain
 307     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 308   }
 309
 310   //---------------------------------------
 311   //Local files analysis
 312   //---------------------------------------
 313   else if(mode == mLocal){
 314     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 315     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 316     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 317
 318     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 319       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 320     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 321
 322     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 323       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 324     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 325
 326     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 327       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 328     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 329
 330     //Check if env variables are set and are correct
 331     if ( kInDir  && kEvent) {
 332       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 333       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 334         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 335         return ;
 336       }
 337       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 338       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 339       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 340
 341       TString datafile="";
 342       if(kInputData == "ESD") datafile = "AliESDs.root" ;
 343       else if(kInputData == "AOD") datafile = "aod.root" ;
 344       else if(kInputData == "MC")  datafile = "galice.root" ;
 345
 346       //Loop on ESD files, add them to chain
 347       Int_t event =0;
 348       Int_t skipped=0 ;
 349       char file[120] ;
 350       char filexs[120] ;
 351
 352       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 353         sprintf(file, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,datafile.Data()) ;
 354         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 355         TFile * fESD = 0 ;
 356         //Check if file exists and add it, if not skip it
 357         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 358           if ( fESD->Get(kTreeName) ) {
 359             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 360             chain->AddFile(file);
 361             chainxs->Add(filexs) ;
 362           }
 363         }
 364         else {
 365           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 366           skipped++ ;
 367         }
 368       }
 369       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped) ;
 370     }
 371     else {
 372       TString input = "AliESDs.root" ;
 373       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 374       chain->AddFile(input);
 375     }
 376
 377   }// local files analysis
 378
 379   //------------------------------
 380   //GRID xml files
 381   //-----------------------------
 382   else if(mode == mGRID){
 383     //Get colection file. It is specified by the environmental
 384     //variable XML
 385
 386     if(gSystem->Getenv("XML") )
 387       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 388     else
 389       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 390
 391     if (!TFile::Open(kXML)) {
 392       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 393       return ;
 394     }
 395     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 396
 397     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 398     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 399     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 400     TGrid::Connect("alien://") ;
 401
 402     //Feed Grid with collection file
 403     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 404     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 405     if (! collection) {
 406       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 407       return kFALSE ;
 408     }
 409     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 410
 411     // Makes the ESD chain
 412     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 413     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 414       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 415       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 416       chain->Add(alienURL) ;
 417       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 418       chainxs->Add(alienURL) ;
 419     }
 420   }// xml analysis
 421
 422   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 423 }
 424
 425 //________________________________________________
 426 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 427 {
 428   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 429   // the function WriteXsection():
 430   // integrated cross section (xsection) and
 431   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 432   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 433   // The spectrum calculated by a user should be
 434   // multiplied by this weight, something like this:
 435   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 436   // userSpectrum->Scale(weight)
 437   //
 438   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 439   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 440   Double_t xsection = 0;
 441   UInt_t    ntrials = 0;
 442   xs = 0;
 443   ntr = 0;
 444
 445   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 446   if (tree && nfiles > 0) {
 447     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 448     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 449     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 450       tree->GetEntry(i);
 451       xs += xsection ;
 452       ntr += ntrials ;
 453       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 454     }
 455
 456     xs =   xs /  nfiles;
 457     ntr =  ntr / nfiles;
 458     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 459     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 460     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 461   }
 462   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 463
 464 }
 465
 466
 467