PWG4/macros/anaGammaAnalysis.C

   1 /* $Id$ */
   2 /* $Log$
   3 /* Revision 1.2  2007/12/13 09:45:45  gustavo
   4 /* Scaling option and more comentaries added
   5 /*
   6 /* Revision 1.1  2007/12/07 14:13:02  gustavo
   7 /* Example macros for execution and configuration of the analysis
   8 /* */
   9
  10 //---------------------------------------------------
  11 // Example macro to do analysis with the
  12 // analysis classes in PWG4Gamma
  13 // Can be executed with Root and AliRoot
  14 //
  15 // Pay attention to the options and definitions
  16 // set in the lines below
  17 //
  18 //  Author : Gustavo Conesa Balbastre (INFN-LNF)
  19 //
  20 //-------------------------------------------------
  21 enum anaModes {mLocal, mLocalCAF,mPROOF,mGRID};
  22 //mLocal: Analyze locally files in your computer
  23 //mLocalCAF: Analyze locally CAF files
  24 //mPROOF: Analyze CAF files with PROOF
  25
  26 //---------------------------------------------------------------------------
  27 //Settings to read locally several files, only for "mLocal" mode
  28 //The different values are default, they can be set with environmental
  29 //variables: INDIR, PATTERN, NEVENT, respectivelly
  30 char * kInDir = "/home/group/alice/schutz/analysis/PWG4/data";
  31 char * kPattern = ""; // Data are in diles /data/Run0,
  32 // /Data/Run1 ...
  33 Int_t kEvent = 1; // Number of files
  34 //---------------------------------------------------------------------------
  35 //Collection file for grid analysis
  36 char * kXML = "collection.xml";
  37 //---------------------------------------------------------------------------
  38 //Scale histograms from file. Change to kTRUE when xsection file exists
  39 //Put name of file containing xsection
  40 //Put number of events per ESD file
  41 //This is an specific case for normalization of Pythia files.
  42 const Bool_t kGetXSectionFromFileAndScale = kTRUE ;
  43 const char * kXSFileName = "pyxsec.root";
  44 const Int_t kNumberOfEventsPerFile = 100;
  45 //---------------------------------------------------------------------------
  46
  47 const Bool_t kMC = kTRUE; //With real data kMC = kFALSE
  48
  49 void anaGammaAnalysis(Int_t mode=mLocal, TString configName = "ConfigKineGammaDirect")
  50 {
  51   // Main
  52
  53   //--------------------------------------------------------------------
  54   // Load analysis libraries
  55   // Look at the method below,
  56   // change whatever you need for your analysis case
  57   // ------------------------------------------------------------------
  58   LoadLibraries(mode) ;
  59
  60   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  61   //Create chain from ESD and from cross sections files, look below for options.
  62   //-------------------------------------------------------------------------------------------------
  63   TChain *chain   = new TChain("esdTree") ;
  64   TChain * chainxs = new TChain("Xsection") ;
  65   CreateChain(mode, chain, chainxs);
  66
  67   if(chain){
  68     AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kError);//Minimum prints on screen
  69
  70     //--------------------------------------
  71     // Make the analysis manager
  72     //-------------------------------------
  73     AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("Manager", "Manager");
  74     // MC handler
  75     if(kMC){
  76       AliMCEventHandler* mcHandler = new AliMCEventHandler();
  77       mgr->SetMCtruthEventHandler(mcHandler);
  78     }
  79     // AOD output handler
  80     AliAODHandler* aodHandler   = new AliAODHandler();
  81     aodHandler->SetOutputFileName("aod.root");
  82     mgr->SetOutputEventHandler(aodHandler);
  83     // ESD handler
  84     AliESDInputHandler *esdHandler = new AliESDInputHandler();
  85     mgr->SetInputEventHandler(esdHandler);
  86
  87     //mgr->SetDebugLevel(10); // For debugging
  88
  89     //-------------------------------------------------------------------------
  90     //Define task, put here any other task that you want to use.
  91     //-------------------------------------------------------------------------
  92     AliAnalysisTaskGamma * taskgamma = new AliAnalysisTaskGamma ("Gamma");
  93     taskgamma->SetConfigFileName(configName); //Default name is ConfigGammaAnalysis
  94     mgr->AddTask(taskgamma);
  95
  96     // Create containers for input/output
  97     AliAnalysisDataContainer *cinput1 = mgr->CreateContainer("cchain",TChain::Class(),
  98                                                              AliAnalysisManager::kInputContainer);
  99     AliAnalysisDataContainer *coutput1 = mgr->CreateContainer("tree", TTree::Class(),
 100                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
 101     AliAnalysisDataContainer *coutput2 = mgr->CreateContainer("gammahistos", TList::Class(),
 102                                                               AliAnalysisManager::kOutputContainer, "gammahistos.root");
 103
 104     mgr->ConnectInput  (taskgamma,     0, cinput1);
 105     mgr->ConnectOutput (taskgamma,     0, coutput1 );
 106     mgr->ConnectOutput (taskgamma,     1, coutput2 );
 107
 108     //------------------------
 109     //Scaling task
 110     //-----------------------
 111     Int_t nfiles = chainxs->GetEntries();
 112     if(kGetXSectionFromFileAndScale && nfiles > 0){
 113       //Get the cross section
 114       Double_t xsection=0;
 115       Float_t ntrials = 0;
 116       GetAverageXsection(chainxs, xsection, ntrials);
 117
 118       AliAnaScale * scale = new AliAnaScale("scale") ;
 119       scale->Set(xsection/ntrials/kNumberOfEventsPerFile/nfiles) ;
 120       mgr->AddTask(scale);
 121
 122       AliAnalysisDataContainer *coutput3 = mgr->CreateContainer("gammahistosscaled", TList::Class(),
 123                                                                 AliAnalysisManager::kOutputContainer, "gammahistosscaled.root");
 124       mgr->ConnectInput  (scale,     0, coutput2);
 125       mgr->ConnectOutput (scale,     0, coutput3 );
 126     }
 127
 128     //-----------------------
 129     // Run the analysis
 130     //-----------------------
 131     TString smode = "";
 132     if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF)
 133       smode = "local";
 134     else if (mode==mPROOF)
 135       smode = "proof";
 136     else if (mode==mGRID)
 137       smode = "grid";
 138
 139     mgr->InitAnalysis();
 140     mgr->PrintStatus();
 141     mgr->StartAnalysis(smode.Data(),chain);
 142   }
 143   else cout << "Chain was not produced ! "<<endl;
 144
 145 }
 146
 147 void  LoadLibraries(const anaModes mode) {
 148
 149   //--------------------------------------
 150   // Load the needed libraries most of them already loaded by aliroot
 151   //--------------------------------------
 152   gSystem->Load("libTree.so");
 153   gSystem->Load("libGeom.so");
 154   gSystem->Load("libVMC.so");
 155   gSystem->Load("libXMLIO.so");
 156
 157   //----------------------------------------------------------
 158   // >>>>>>>>>>> Local mode <<<<<<<<<<<<<<
 159   //----------------------------------------------------------
 160   if (mode==mLocal || mode == mLocalCAF || mode == mGRID) {
 161     //--------------------------------------------------------
 162     // If you want to use already compiled libraries
 163     // in the aliroot distribution
 164     //--------------------------------------------------------
 165     //gSystem->Load("libSTEERBase");
 166     //gSystem->Load("libESD");
 167     //gSystem->Load("libAOD");
 168     //gSystem->Load("libANALYSIS");
 169     //gSystem->Load("libANALYSISalice");
 170     //gSystem->Load("libPWG4Gamma");
 171
 172     //--------------------------------------------------------
 173     //If you want to use root and par files from aliroot
 174     //--------------------------------------------------------
 175     SetupPar("STEERBase");
 176     SetupPar("ESD");
 177     SetupPar("AOD");
 178     SetupPar("ANALYSIS");
 179     SetupPar("ANALYSISalice");
 180     SetupPar("PWG4Gamma");
 181
 182   }
 183
 184   //---------------------------------------------------------
 185   // <<<<<<<<<< PROOF mode >>>>>>>>>>>>
 186   //---------------------------------------------------------
 187   else if (mode==mPROOF) {
 188     //
 189     // Connect to proof
 190     // Put appropriate username here
 191     // TProof::Reset("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 192     TProof::Open("proof://mgheata@lxb6046.cern.ch");
 193
 194     //    gProof->ClearPackages();
 195     //    gProof->ClearPackage("ESD");
 196     //    gProof->ClearPackage("AOD");
 197     //    gProof->ClearPackage("ANALYSIS");
 198     //    gProof->ClearPackage("PWG4Gamma");
 199
 200     // Enable the STEERBase Package
 201     gProof->UploadPackage("STEERBase.par");
 202     gProof->EnablePackage("STEERBase");
 203     // Enable the ESD Package
 204     gProof->UploadPackage("ESD.par");
 205     gProof->EnablePackage("ESD");
 206     // Enable the AOD Package
 207     gProof->UploadPackage("AOD.par");
 208     gProof->EnablePackage("AOD");
 209     // Enable the Analysis Package
 210     gProof->UploadPackage("ANALYSIS.par");
 211     gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 212     // Enable gamma jet analysis
 213     gProof->UploadPackage("PWG4Gamma.par");
 214     gProof->EnablePackage("PWG4Gamma");
 215     //
 216     gProof->ShowEnabledPackages();
 217   }
 218
 219 }
 220
 221 void SetupPar(char* pararchivename)
 222 {
 223   //Load par files, create analysis libraries
 224   //For testing, if par file already decompressed and modified
 225   //classes then do not decompress.
 226
 227   TString cdir(Form("%s", gSystem->WorkingDirectory() )) ;
 228   TString parpar(Form("%s.par", pararchivename)) ;
 229   if ( gSystem->AccessPathName(parpar.Data()) ) {
 230     gSystem->ChangeDirectory(gSystem->Getenv("ALICE_ROOT")) ;
 231     TString processline(Form(".! make %s", parpar.Data())) ;
 232     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 233     gSystem->ChangeDirectory(cdir) ;
 234     processline = Form(".! mv /tmp/%s .", parpar.Data()) ;
 235     gROOT->ProcessLine(processline.Data()) ;
 236   }
 237   if ( gSystem->AccessPathName(pararchivename) ) {
 238     TString processline = Form(".! tar xvzf %s",parpar.Data()) ;
 239     gROOT->ProcessLine(processline.Data());
 240   }
 241
 242   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 243   gSystem->ChangeDirectory(pararchivename);
 244
 245   // check for BUILD.sh and execute
 246   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 247     printf("*******************************\n");
 248     printf("*** Building PAR archive    ***\n");
 249     cout<<pararchivename<<endl;
 250     printf("*******************************\n");
 251
 252     if (gSystem->Exec("PROOF-INF/BUILD.sh")) {
 253       Error("runProcess","Cannot Build the PAR Archive! - Abort!");
 254       return -1;
 255     }
 256   }
 257   // check for SETUP.C and execute
 258   if (!gSystem->AccessPathName("PROOF-INF/SETUP.C")) {
 259     printf("*******************************\n");
 260     printf("*** Setup PAR archive       ***\n");
 261     cout<<pararchivename<<endl;
 262     printf("*******************************\n");
 263     gROOT->Macro("PROOF-INF/SETUP.C");
 264   }
 265
 266   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 267   printf("Current dir: %s\n", ocwd.Data());
 268 }
 269
 270
 271
 272 void CreateChain(const anaModes mode, TChain * chain, TChain * chainxs){
 273   //Fills chain with data
 274   TString ocwd = gSystem->WorkingDirectory();
 275
 276   //-----------------------------------------------------------
 277   //Analysis of CAF data locally and with PROOF
 278   //-----------------------------------------------------------
 279   if(mode ==mPROOF || mode ==mLocalCAF){
 280     // Chain from CAF
 281     gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWG0/CreateESDChain.C");
 282     // The second parameter is the number of input files in the chain
 283     chain = CreateESDChain("ESD12001.txt", 5);
 284   }
 285
 286   //---------------------------------------
 287   //Local files analysis
 288   //---------------------------------------
 289   else if(mode == mLocal){
 290     //If you want to add several ESD files sitting in a common directory INDIR
 291     //Specify as environmental variables the directory (INDIR), the number of files
 292     //to analyze (NEVENT) and the pattern name of the directories with files (PATTERN)
 293
 294     if(gSystem->Getenv("INDIR"))
 295       kInDir = gSystem->Getenv("INDIR") ;
 296     else cout<<"INDIR not set, use default: "<<kInDir<<endl;
 297
 298     if(gSystem->Getenv("PATTERN"))
 299       kPattern = gSystem->Getenv("PATTERN") ;
 300     else  cout<<"PATTERN not set, use default: "<<kPattern<<endl;
 301
 302     if(gSystem->Getenv("NEVENT"))
 303       kEvent = atoi(gSystem->Getenv("NEVENT")) ;
 304     else cout<<"NEVENT not set, use default: "<<kEvent<<endl;
 305
 306     //Check if env variables are set and are correct
 307     if ( kInDir  && kEvent) {
 308       printf("Get %d files from directory %s\n",kEvent,kInDir);
 309       if ( ! gSystem->cd(kInDir) ) {//check if ESDs directory exist
 310         printf("%s does not exist\n", kInDir) ;
 311         return ;
 312       }
 313       cout<<"INDIR : "<<kInDir<<endl;
 314       cout<<"NEVENT : "<<kEvent<<endl;
 315       cout<<"PATTERN: " <<kPattern<<endl;
 316
 317       //Loop on ESD files, add them to chain
 318       Int_t event =0;
 319       Int_t skipped=0 ;
 320       char file[120] ;
 321       char filexs[120] ;
 322
 323       for (event = 0 ; event < kEvent ; event++) {
 324         sprintf(file, "%s/%s%d/AliESDs.root", kInDir,kPattern,event) ;
 325         sprintf(filexs, "%s/%s%d/%s", kInDir,kPattern,event,kXSFileName) ;
 326         TFile * fESD = 0 ;
 327         //Check if file exists and add it, if not skip it
 328         if ( fESD = TFile::Open(file)) {
 329           if ( fESD->Get("esdTree") ) {
 330             printf("++++ Adding %s\n", file) ;
 331             chain->AddFile(file);
 332             chainxs->Add(filexs) ;
 333           }
 334         }
 335         else {
 336           printf("---- Skipping %s\n", file) ;
 337           skipped++ ;
 338         }
 339       }
 340       printf("number of entries # %lld, skipped %d\n", chain->GetEntries(), skipped*100) ;
 341     }
 342     else {
 343       TString input = "AliESDs.root" ;
 344       cout<<">>>>>> No list added, take a single file <<<<<<<<< "<<input<<endl;
 345       chain->AddFile(input);
 346     }
 347
 348   }// local files analysis
 349
 350   //------------------------------
 351   //GRID xml files
 352   //-----------------------------
 353   else if(mode == mGRID){
 354     //Get colection file. It is specified by the environmental
 355     //variable XML
 356
 357     if(gSystem->Getenv("XML") )
 358       kXML = gSystem->Getenv("XML");
 359     else
 360       sprintf(kXML, "collection.xml") ;
 361
 362     if (!TFile::Open(kXML)) {
 363       printf("No collection file with name -- %s -- was found\n",kXML);
 364       return ;
 365     }
 366     else cout<<"XML file "<<kXML<<endl;
 367
 368     //Load necessary libraries and connect to the GRID
 369     gSystem->Load("libNetx.so") ;
 370     gSystem->Load("libRAliEn.so");
 371     TGrid::Connect("alien://") ;
 372
 373     //Feed Grid with collection file
 374     //TGridCollection * collection =  (TGridCollection*)gROOT->ProcessLine(Form("TAlienCollection::Open(\"%s\", 0)", kXML));
 375     TGridCollection * collection = (TGridCollection*) TAlienCollection::Open(kXML);
 376     if (! collection) {
 377       AliError(Form("%s not found", kXML)) ;
 378       return kFALSE ;
 379     }
 380     TGridResult* result = collection->GetGridResult("",0 ,0);
 381
 382     // Makes the ESD chain
 383     printf("*** Getting the Chain       ***\n");
 384     for (Int_t index = 0; index < result->GetEntries(); index++) {
 385       TString alienURL = result->GetKey(index, "turl") ;
 386       cout << "================== " << alienURL << endl ;
 387       chain->Add(alienURL) ;
 388       alienURL.ReplaceAll("AliESDs.root",kXSFileName);
 389       chainxs->Add(alienURL) ;
 390     }
 391   }// xml analysis
 392
 393   gSystem->ChangeDirectory(ocwd.Data());
 394 }
 395
 396 //________________________________________________
 397 void GetAverageXsection(TTree * tree, Double_t & xs, Float_t & ntr)
 398 {
 399   // Read the PYTHIA statistics from the file pyxsec.root created by
 400   // the function WriteXsection():
 401   // integrated cross section (xsection) and
 402   // the  number of Pyevent() calls (ntrials)
 403   // and calculate the weight per one event xsection/ntrials
 404   // The spectrum calculated by a user should be
 405   // multiplied by this weight, something like this:
 406   // TH1F *userSpectrum ... // book and fill the spectrum
 407   // userSpectrum->Scale(weight)
 408   //
 409   // Yuri Kharlov 19 June 2007
 410   // Gustavo Conesa 15 April 2008
 411   Double_t xsection = 0;
 412   UInt_t    ntrials = 0;
 413   xs = 0;
 414   ntr = 0;
 415
 416   Int_t nfiles =  tree->GetEntries()  ;
 417   if (tree && nfiles > 0) {
 418     tree->SetBranchAddress("xsection",&xsection);
 419     tree->SetBranchAddress("ntrials",&ntrials);
 420     for(Int_t i = 0; i < nfiles; i++){
 421       tree->GetEntry(i);
 422       xs += xsection ;
 423       ntr += ntrials ;
 424       cout << "xsection " <<xsection<<" ntrials "<<ntrials<<endl;
 425     }
 426
 427     xs =   xs /  nfiles;
 428     ntr =  ntr / nfiles;
 429     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 430     cout << "Average of "<< nfiles<<" files: xsection " <<xs<<" ntrials "<<ntr<<endl;
 431     cout << "-----------------------------------------------------------------"<<endl;
 432   }
 433   else cout << " >>>> Empty tree !!!! <<<<< "<<endl;
 434
 435 }
 436
 437
 438