PWGCF/FLOW/Documentation/examples/PBS/submitTheJobs.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #### this is user settable #########
   4 #how many files per job
   5 n=4
   6
   7 #file with the list for each job
   8 export datalistfile="files.txt"
   9
  10 #where do we get our data from?
  11 find /data/alice3/jthomas/testData/ -name "*.root" > $datalistfile
  12
  13 ########## DO NOT TOUCH THIS SECTION ###########################################
  14 ################################################################################
  15 #script to be run
  16 export scripttorun="theNodeScript.sh"
  17
  18 queue="stbcq"
  19 [[ $# -eq 1 ]] && queue=$1
  20 export listoffiles=""
  21 i=0
  22 for x in `cat $datalistfile`
  23 do
  24   listoffiles="$listoffiles $x"
  25   if [ $(($i%$n)) -eq 0 ]
  26   then
  27     echo $listoffiles
  28     echo ""
  29     qsub -q ${queue} -v "listoffiles,datalistfile" $scripttorun
  30     listoffiles=""
  31   fi
  32   ((i++))
  33 done
  34 ################################################################################