PWGGA/EMCALTasks/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  18 //
  19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  21 //
  22 //
  23 //_________________________________________________________________________
  24
  25 // --- Root ---
  26 #include <TString.h>
  27 #include <TRefArray.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TTree.h>
  30 #include <TGeoManager.h>
  31 #include <TROOT.h>
  32 #include <TInterpreter.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 // --- AliRoot Analysis Steering
  36 #include "AliAnalysisTask.h"
  37 #include "AliAnalysisManager.h"
  38 #include "AliESDEvent.h"
  39 #include "AliGeomManager.h"
  40 #include "AliVCaloCells.h"
  41 #include "AliAODCaloCluster.h"
  42 #include "AliCDBManager.h"
  43 #include "AliCDBStorage.h"
  44 #include "AliCDBEntry.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliVEventHandler.h"
  47 #include "AliAODInputHandler.h"
  48 #include "AliOADBContainer.h"
  49
  50 // --- EMCAL
  51 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  52 #include "AliEMCALGeometry.h"
  53 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  56 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  57 #include "AliEMCALDigit.h"
  58 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  59 #include "AliEMCALCalibData.h"
  60
  61 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  62
  63 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  64
  65 //______________________________________________________________________________
  66 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  67 : AliAnalysisTaskSE(name)
  68 , fEvent(0)
  69 , fGeom(0),               fGeomName("")
  70 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  71 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  72 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
  73 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  74 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  75 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  76 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName("")
  77 , fFillAODFile(kTRUE),    fFillAODHeader(0)
  78 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  79 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  80 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  81 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
  82 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
  83 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
  84 , fRemoveLEDEvents(kTRUE), fRemoveExoticEvents(kFALSE)
  85 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
  86 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")
  87 {
  88   // Constructor
  89
  90   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  91   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)
  92   {
  93     fCellLabels[j]       = -1;
  94     fCellSecondLabels[j] = -1;
  95     fCellTime[j]         =  0.;
  96     fCellMatchdEta[j]    = -999;
  97     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
  98   }
  99
 100
 101 }
 102
 103 //______________________________________________________________
 104 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 105 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 106 , fEvent(0)
 107 , fGeom(0),                 fGeomName("")
 108 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 109 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
 110 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
 111 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 112 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
 113 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE)
 114 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName("")
 115 , fFillAODFile(kTRUE),      fFillAODHeader(0)
 116 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
 117 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
 118 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 119 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
 120 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
 121 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
 122 , fRemoveLEDEvents(kTRUE), fRemoveExoticEvents(kFALSE)
 123 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
 124 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")
 125
 126 {
 127   // Constructor
 128
 129   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 130   for(Int_t j = 0; j < 24*48*11; j++)
 131   {
 132     fCellLabels[j]       = -1;
 133     fCellSecondLabels[j] = -1;
 134     fCellTime[j]         =  0.;
 135     fCellMatchdEta[j]    = -999;
 136     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
 137   }
 138
 139 }
 140
 141
 142 //_______________________________________________________________
 143 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 144 {
 145   //dtor
 146
 147   if (fDigitsArr)
 148   {
 149     fDigitsArr->Clear("C");
 150     delete fDigitsArr;
 151   }
 152
 153   if (fClusterArr)
 154   {
 155     fClusterArr->Delete();
 156     delete fClusterArr;
 157   }
 158
 159   if (fCaloClusterArr)
 160   {
 161     fCaloClusterArr->Delete();
 162     delete fCaloClusterArr;
 163   }
 164
 165   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 166   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 167   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 168
 169 }
 170
 171 //_______________________________________________
 172 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
 173 {
 174   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
 175   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
 176
 177   //Set it only once
 178   if(fOADBSet) return ;
 179
 180   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
 181   TString pass      = GetPass();
 182
 183   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s> \n",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data());
 184
 185   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 186
 187   // Bad map
 188   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
 189   {
 190     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
 191     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels");
 192
 193     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
 194
 195     if(arrayBC)
 196     {
 197       TObjArray * arrayBCpass = 0x0;
 198       if(pass!="")arrayBCpass = (TObjArray*)arrayBC->FindObject(pass);
 199       // There are no passes for simulation, in order to get the bad map put pass1
 200       else        arrayBCpass = (TObjArray*)arrayBC->FindObject("pass1");
 201
 202       if(arrayBCpass)
 203       {
 204         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
 205         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Remove EMCAL bad cells \n");
 206
 207         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 208         {
 209           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
 210
 211           if (hbm)
 212             delete hbm;
 213
 214           hbm=(TH2I*)arrayBCpass->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 215
 216           if (!hbm)
 217           {
 218             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 219             continue;
 220           }
 221
 222           hbm->SetDirectory(0);
 223           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
 224
 225         } // loop
 226       } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels 1\n"); // pass array
 227     } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels 2\n"); // run array
 228   }  // Remove bad
 229
 230   // Energy Recalibration
 231   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 232   {
 233     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
 234
 235     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
 236
 237     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber);
 238
 239     if(recal)
 240     {
 241       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
 242
 243       if(recalpass)
 244       {
 245         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
 246
 247         if(recalib)
 248         {
 249           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate EMCAL \n");
 250           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 251           {
 252             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
 253
 254             if (h)
 255               delete h;
 256
 257             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 258
 259             if (!h)
 260             {
 261               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 262               continue;
 263             }
 264
 265             h->SetDirectory(0);
 266
 267             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
 268           } // SM loop
 269         }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 1\n"); // array ok
 270       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 2\n"); // array pass ok
 271     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL 3\n");  // run number array ok
 272
 273     // once set, apply run dependent corrections if requested
 274     fRecoUtils->SetRunDependentCorrections(runnumber);
 275
 276   } // Recalibration on
 277
 278
 279   // Time Recalibration
 280   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
 281   {
 282     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
 283
 284     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
 285
 286     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber);
 287
 288     if(trecal)
 289     {
 290       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(pass);
 291
 292       if(trecalpass)
 293       {
 294         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
 295         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc)
 296         {
 297           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
 298
 299           if (h)
 300             delete h;
 301
 302           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
 303
 304           if (!h)
 305           {
 306             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
 307             continue;
 308           }
 309
 310           h->SetDirectory(0);
 311
 312           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
 313         } // bunch crossing loop
 314       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 1\n"); // array pass ok
 315     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL 2\n");  // run number array ok
 316
 317   } // Time recalibration on
 318
 319   // Parameters already set once, so do not it again
 320   fOADBSet = kTRUE;
 321
 322 }
 323
 324 //_________________________________________________
 325 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 326 {
 327   //Access to OCDB stuff
 328
 329   fEvent = InputEvent();
 330   if (!fEvent)
 331   {
 332     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 333     return kFALSE;
 334   }
 335
 336   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
 337     return kTRUE;
 338   fRun = fEvent->GetRunNumber();
 339
 340   if(DebugLevel() > 1 )
 341     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessODCD() - Begin");
 342
 343   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 344
 345
 346   if (fOCDBpath.Length())
 347   {
 348     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 349     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 350   }
 351
 352   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
 353
 354   //
 355   // EMCAL from RAW OCDB
 356   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 357   {
 358     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 359     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 360   }
 361
 362   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 363
 364   // init parameters:
 365
 366   //Get calibration parameters
 367   if(!fCalibData)
 368   {
 369     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 370     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 371
 372     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 373   }
 374
 375   if(!fCalibData)
 376     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 377
 378   //Get calibration parameters
 379   if(!fPedestalData)
 380   {
 381     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 382     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 383
 384     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 385   }
 386
 387   if(!fPedestalData)
 388     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 389
 390   return kTRUE;
 391 }
 392
 393 //_____________________________________________________
 394 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
 395 {
 396   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
 397   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
 398
 399   fEvent = 0x0;
 400
 401   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 402   Int_t eventN = Entry();
 403   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 404
 405   if (eventN > fMaxEvent)
 406     return ;
 407
 408   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 409
 410   //Check if input event are embedded events
 411   //If so, take output event
 412   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
 413   {
 414     fEvent  = AODEvent();
 415
 416     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 417       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 418
 419     if(DebugLevel() > 1)
 420     {
 421       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 422
 423       printf("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 424              InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 425
 426       printf("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 427              aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 428
 429       for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
 430       {
 431         AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 432         if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 433       }
 434
 435       printf("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 436              AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 437     }
 438   }
 439   else
 440   {
 441     fEvent =  InputEvent();
 442     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 443     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 444   }
 445
 446   if (!fEvent)
 447   {
 448     Error("UserExec","Event not available");
 449     return ;
 450   }
 451
 452   //-------------------------------------------------------------------------------------
 453   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data
 454   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
 455   //-------------------------------------------------------------------------------------
 456
 457   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
 458
 459   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
 460
 461   //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
 462   AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(fFillAODFile);
 463
 464 }
 465
 466 //____________________________________________________
 467 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
 468 {
 469   // Recluster calocells, transform them into digits,
 470   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
 471
 472   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 473   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 474   Int_t nClustersOrg  = 0;
 475
 476   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 477   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 478     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 479
 480   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 481   {
 482     AliVCluster *clus = 0;
 483     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 484       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 485     else
 486       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 487
 488     if(!clus) return;
 489
 490     if(clus->IsEMCAL())
 491     {
 492       Int_t label = clus->GetLabel();
 493       Int_t label2 = -1 ;
 494       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Id = ", clus->E(), clus->GetTOF() );
 495       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 496       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 497       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
 498       {
 499         fCellLabels[index[icell]]       = label;
 500         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 501         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();
 502         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
 503         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
 504         //printf(" %d,", index[icell] );
 505       }
 506       nClustersOrg++;
 507     }
 508     // printf("\n");
 509   }
 510
 511   // Transform CaloCells into Digits
 512
 513   Int_t    idigit =  0;
 514   Int_t    id     = -1;
 515   Float_t  amp    = -1;
 516   Double_t time   = -1;
 517
 518   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 519
 520   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 521   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 522   {
 523     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
 524     id = cells->GetCellNumber(icell);
 525     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
 526
 527     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
 528     if(amp < fRecParam->GetMinECut() ) accept = kFALSE;
 529
 530     // In case of AOD analysis cell time is 0, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 531     if (time*1e9 < 1.)
 532     {
 533       time = fCellTime[id];
 534       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
 535       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 536       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
 537     }
 538
 539     if(  accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
 540     {
 541       accept = kFALSE;
 542     }
 543
 544     if( !accept )
 545     {
 546       fCellLabels[id]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 547       fCellSecondLabels[id]=-1; //reset the entry in the array for next event
 548       fCellTime[id]        = 0.;
 549       fCellMatchdEta[id]   =-999;
 550       fCellMatchdPhi[id]   =-999;
 551       if( DebugLevel() > 2 )
 552         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
 553                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
 554       continue;
 555     }
 556
 557     //Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer when checking the most likely primary
 558     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( fCellLabels[id], fCellLabels[id],id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, 1);
 559
 560     fCellLabels[id] =-1; //reset the entry in the array for next event
 561
 562     idigit++;
 563   }
 564
 565   fDigitsArr->Sort();
 566
 567   //-------------------------------------------------------------------------------------
 568   //Do the clusterization
 569   //-------------------------------------------------------------------------------------
 570
 571   fClusterizer->Digits2Clusters("");
 572
 573   //-------------------------------------------------------------------------------------
 574   //Transform the recpoints into AliVClusters
 575   //-------------------------------------------------------------------------------------
 576
 577   RecPoints2Clusters();
 578
 579   if(!fCaloClusterArr)
 580   {
 581     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 582     return;
 583   }
 584
 585   if( DebugLevel() > 0 )
 586   {
 587     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
 588
 589     if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
 590     {
 591       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 592              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 593              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 594     }
 595   }
 596
 597   //Reset the array with second labels for this event
 598   memset(fCellSecondLabels, -1, sizeof(fCellSecondLabels));
 599
 600 }
 601
 602 //_____________________________________________________
 603 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
 604 {
 605   // Take the event clusters and unfold them
 606
 607   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 608   Double_t cellAmplitude = 0;
 609   Double_t cellTime      = 0;
 610   Short_t  cellNumber    = 0;
 611   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 612
 613   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 614   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 615   {
 616     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 617     if(clus->IsEMCAL())
 618     {
 619       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 620       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
 621       {
 622         continue;
 623       }
 624
 625       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 626       {
 627         //Calibrate cluster
 628         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 629
 630         //CalibrateCells
 631         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 632         {
 633           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime) != kTRUE)
 634             break;
 635
 636           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 637           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 638           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 639
 640           //Do not include bad channels found in analysis?
 641           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 642              fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 643           {
 644             fCellLabels[cellNumber]      =-1; //reset the entry in the array for next event
 645             fCellSecondLabels[cellNumber]=-1; //reset the entry in the array for next event
 646             fCellTime[cellNumber]        = 0.;
 647             fCellMatchdEta[cellNumber]   =-999;
 648             fCellMatchdPhi[cellNumber]   =-999;
 649             continue;
 650           }
 651
 652           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 653
 654         }// cells loop
 655       }// recalibrate
 656
 657       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 658       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 659       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 660
 661       if     (esdCluster)
 662       {
 663         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 664       }//ESD
 665       else if(aodCluster)
 666       {
 667         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 668       }//AOD
 669       else
 670         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 671
 672       nClustersOrg++;
 673     }
 674   }
 675
 676   //Do the unfolding
 677   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 678
 679   //CLEAN-UP
 680   fUnfolder->Clear();
 681
 682 }
 683
 684 //_____________________________________________________
 685 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
 686 {
 687   // Put calo cells in standard branch
 688   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
 689   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 690
 691   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 692   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 693   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 694   Double_t calibFactor = 1.;
 695   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
 696   {
 697     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 698     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 699     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 700
 701     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 702     {
 703       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 704     }
 705
 706     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 707     { //Channel is not declared as bad
 708       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor);
 709     }
 710     else
 711     {
 712       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0);
 713     }
 714   }
 715   aodEMcells.Sort();
 716
 717 }
 718
 719 //__________________________________________________
 720 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
 721 {
 722   //Put event header information in standard AOD branch
 723
 724   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
 725   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
 726
 727   Double_t pos[3]   ;
 728   Double_t covVtx[6];
 729   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 730
 731   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 732   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
 733
 734   if(esdevent)
 735   {
 736     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 737     if (tree)
 738     {
 739       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 740       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 741     }
 742   }
 743   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 744
 745   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
 746   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
 747   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
 748   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
 749
 750   //Centrality
 751   if(fEvent->GetCentrality())
 752     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
 753   else
 754     header->SetCentrality(0);
 755
 756   //Trigger
 757   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 758   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 759   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 760
 761   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask());
 762   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
 763
 764   if      (esdevent)
 765   {
 766     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 767     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 768     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 769   }
 770   else if (aodevent)
 771   {
 772     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 773     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 774     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 775   }
 776
 777   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
 778   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 779
 780   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
 781   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
 782   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
 783   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
 784   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
 785
 786   Float_t diamxy[2]={fEvent->GetDiamondX(),fEvent->GetDiamondY()};
 787   Float_t diamcov[3];
 788   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
 789   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 790   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 791   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 792
 793   //
 794   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 795   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 796
 797   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 798
 799   // Access to the AOD container of vertices
 800   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 801   Int_t jVertices=0;
 802
 803   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 804   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 805   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 806   Float_t chi = 0;
 807   if      (esdevent)
 808   {
 809     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 810     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 811   }
 812   else if (aodevent)
 813   {
 814     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 815     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 816   }
 817
 818   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 819   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 820   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
 821   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 822
 823 }
 824
 825 //_________________________________________________________
 826 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInAOD()
 827 {
 828   // Get the CaloClusters array, do some final calculations
 829   // and put the clusters in the AOD branch
 830
 831   //First recalculate track-matching for the new clusters
 832   if(fDoTrackMatching)
 833   {
 834     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
 835   }
 836   //Put the new clusters in the AOD list
 837
 838   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 839   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
 840   {
 841     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 842
 843     newCluster->SetID(i);
 844
 845     //Add matched track
 846     if(fDoTrackMatching)
 847     {
 848       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 849       if(trackIndex >= 0)
 850       {
 851         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
 852         if(DebugLevel() > 1)
 853           printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 854       }
 855
 856       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
 857       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
 858       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
 859
 860     }
 861     else
 862     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
 863       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
 864       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
 865     }
 866
 867     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
 868     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
 869     //printf("\n");
 870
 871     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
 872     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
 873
 874     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 875
 876     if(DebugLevel() > 1 )
 877       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f\n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E());
 878
 879   } // cluster loop
 880
 881   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 882
 883   // Clean up
 884   fCaloClusterArr->Delete(); // Do not Clear(), it leaks, why?
 885
 886 }
 887
 888 //_______________________________________________
 889 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
 890 {
 891   // Get passx from filename.
 892
 893   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree())
 894   {
 895     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null\n");
 896     return TString("");
 897   }
 898
 899   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile())
 900   {
 901     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null\n");
 902     return TString("");
 903   }
 904
 905   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
 906   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
 907   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
 908   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
 909
 910   // No condition fullfilled, give a default value
 911   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pass number string not found \n");
 912   return TString("");
 913
 914 }
 915
 916 //_________________________________________
 917 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
 918 {
 919   //Init analysis with configuration macro if available
 920
 921   fOADBSet           = kFALSE;
 922   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;
 923
 924   fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
 925   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
 926
 927   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
 928   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();
 929
 930   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
 931   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;
 932   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
 933
 934   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
 935   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
 936
 937   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
 938   {
 939     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::Init() - Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
 940     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
 941     fGeomName         = clus->fGeomName;
 942     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
 943     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
 944     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
 945     fRecParam         = clus->fRecParam;
 946     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
 947     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
 948     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
 949     fConfigName       = clus->fConfigName;
 950     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
 951     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
 952     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
 953     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
 954   }
 955
 956   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
 957   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
 958   {
 959     if (fImportGeometryFilePath == "") fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/PWGGA/EMCALTasks/macros/geometry.root" ; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
 960     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
 961     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ;
 962   }
 963
 964 }
 965
 966 //_______________________________________________________
 967 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
 968 {
 969   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
 970
 971   if (fJustUnfold)
 972   {
 973     // init the unfolding afterburner
 974     delete fUnfolder;
 975     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
 976     return;
 977   }
 978
 979   //First init the clusterizer
 980   delete fClusterizer;
 981   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
 982     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 983   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
 984     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 985   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
 986   {
 987     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
 988     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
 989     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
 990   }
 991   else
 992   {
 993     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
 994   }
 995
 996   //Now set the parameters
 997   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
 998   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
 999   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
1000   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1001   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1002   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1003   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1004   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1005   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1006   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
1007
1008   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1009   fClusterizer->SetOutput(0);
1010   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1011   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1012
1013   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1014   if(fRecParam->GetUnfold())
1015   {
1016     Int_t i=0;
1017     for (i = 0; i < 8; i++)
1018     {
1019       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1020     }//end of loop over parameters
1021
1022     for (i = 0; i < 3; i++)
1023     {
1024       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1025       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1026     }//end of loop over parameters
1027
1028     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1029
1030   }// to unfold
1031 }
1032
1033 //_________________________________________________
1034 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1035 {
1036   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1037   // Also set once the run dependent calibrations
1038
1039   if(fGeomMatrixSet) return;
1040
1041   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1042   if (!fGeom)
1043   {
1044     if(fGeomName=="")
1045     {
1046       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1047       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1048       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";
1049       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d\n",fGeomName.Data(),runnumber);
1050     }
1051
1052                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1053
1054                 if(fDebug > 0)
1055     {
1056                         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry(run=%d)",runnumber);
1057                         if (!gGeoManager) printf(" - Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1058                         printf("\n");
1059                 }
1060         } // geometry pointer did not exist before
1061
1062   if(fLoadGeomMatrices)
1063   {
1064     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Load user defined EMCAL geometry matrices\n");
1065
1066     // OADB if available
1067     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1068     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1069     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1070
1071
1072     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1073     {
1074
1075       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1076       {
1077         if(fDebug > 1 )
1078           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - EMCAL matrices SM %d, %p\n",
1079                  mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod)));
1080         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1081
1082         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1083       }
1084
1085       if(fGeomMatrix[mod])
1086       {
1087         if(DebugLevel() > 1)
1088           fGeomMatrix[mod]->Print();
1089
1090         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
1091       }
1092
1093       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1094
1095     }//SM loop
1096   }//Load matrices
1097   else if(!gGeoManager)
1098   {
1099     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1100     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
1101     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent"))
1102     {
1103       if(DebugLevel() > 1)
1104         Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
1105     }//AOD
1106     else
1107     {
1108       if(DebugLevel() > 1)
1109         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1110
1111       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1112
1113       if(!esd)
1114       {
1115         Error("InitGeometry"," - This event does not contain ESDs?");
1116         AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1117         return;
1118       }
1119
1120       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1121       {
1122         if(DebugLevel() > 1)
1123           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1124
1125         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1126
1127       }
1128
1129       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1130
1131     }//ESD
1132   }//Load matrices from Data
1133
1134 }
1135
1136 //____________________________________________________
1137 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1138 {
1139
1140   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1141   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1142
1143   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1144
1145   // Loop on cells
1146   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1147   Float_t totCellE = 0;
1148   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1149   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1150   {
1151
1152     Float_t  ecell = 0 ;
1153     Double_t tcell = 0 ;
1154
1155     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1156     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1157     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1158   }
1159
1160   //  TString triggerclasses = "";
1161   //  if(esdevent) triggerclasses = esdevent             ->GetFiredTriggerClasses();
1162   //  else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)event)->GetFiredTriggerClasses();
1163   //    //
1164   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1165   //    AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1166   //    return;
1167   //
1168
1169   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1170   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1171
1172   return kFALSE;
1173
1174 }
1175
1176 //________________________________________________________________
1177 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1178 {
1179   //Check if event is LED
1180
1181   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1182
1183   //check events of LHC11a period
1184   if(run < 140000  || run > 146860) return kFALSE ;
1185
1186   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1187   Int_t ncellsSM3 = 0;
1188   Int_t ncellsSM4 = 0;
1189   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1190   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1191   {
1192     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1193     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==4) ncellsSM4++;
1194   }
1195
1196   TString triggerclasses = "";
1197
1198   AliESDEvent *esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent);
1199   if(esdevent) triggerclasses = esdevent              ->GetFiredTriggerClasses();
1200   else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)fEvent)->GetFiredTriggerClasses();
1201
1202   Int_t ncellcut = 21;
1203   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1204
1205   if( ncellsSM3 >= ncellcut || ncellsSM4 >= 100 )
1206   {
1207     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::IsLEDEvent() - reject event %d with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1208     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1209     return kTRUE;
1210   }
1211
1212   return kFALSE;
1213
1214 }
1215
1216 //_______________________________________________________
1217 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1218 {
1219   // Restore clusters from recPoints
1220   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude
1221   // fractions are restored
1222
1223   Int_t j = 0;
1224   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1225   {
1226     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1227
1228     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1229     Int_t ncellsTrue = 0;
1230
1231     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1232
1233     // cells and their amplitude fractions
1234     UShort_t   absIds[ncells];
1235     Double32_t ratios[ncells];
1236
1237     //For later check embedding
1238     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1239
1240     Float_t clusterE = 0;
1241     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++)
1242     {
1243       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1244
1245       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1246       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1247
1248       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
1249       if(fSelectCell)
1250       {
1251         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)
1252         {
1253           if(DebugLevel() > 1)
1254           {
1255             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
1256                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
1257           }
1258
1259           continue;
1260
1261         } // if cuts
1262       }// Select cells
1263
1264       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1265       ncellsTrue++;
1266       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1267
1268       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
1269       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
1270       {
1271         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1272         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1273         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1274
1275         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1276         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1277         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1278         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1279
1280         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1281         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1282
1283       }//Embedding
1284
1285     }// cluster cell loop
1286
1287     if (ncellsTrue < 1)
1288     {
1289       if (DebugLevel() > 1)
1290         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
1291                recPoint->GetEnergy(), ncells);
1292       continue;
1293     }
1294
1295     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1296
1297     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold())
1298     {
1299       if (DebugLevel()>1)
1300         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
1301       continue;
1302     }
1303
1304     TVector3 gpos;
1305     Float_t g[3];
1306
1307     // calculate new cluster position
1308     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1309     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1310     gpos.GetXYZ(g);
1311
1312     // create a new cluster
1313     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1314     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1315     j++;
1316     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1317     clus->SetE(clusterE);
1318     clus->SetPosition(g);
1319     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1320     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1321     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1322     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1323     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1324     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1325     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1326
1327     if(ncells == ncellsTrue)
1328     {
1329       Float_t elipAxis[2];
1330       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1331       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1332       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1333       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1334     }
1335     else if(fSelectCell)
1336     {
1337       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1338       // shower shape parameters and position
1339       if(DebugLevel() > 1)
1340         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
1341
1342       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1343       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1344       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1345
1346       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1347       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1348       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1349
1350     }
1351
1352     //MC
1353     Int_t  parentMult = 0;
1354     Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1355     clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1356
1357     //Write the second major contributor to each MC cluster.
1358     Int_t iNewLabel ;
1359     for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1360     {
1361
1362       Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1363       if(idCell>=0)
1364       {
1365         iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1366         for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1367         {
1368           if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1369           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1370         }
1371         if (iNewLabel == 1)
1372         {
1373           Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1374           for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1375           {
1376             newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1377           }
1378
1379           newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1380           clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1381           delete [] newLabelArray;
1382         }
1383       }//positive cell number
1384     }
1385
1386   } // recPoints loop
1387
1388 }
1389
1390
1391 //____________________________________________________________
1392 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1393 {
1394   // Init geometry, create list of output clusters
1395
1396   if(fOutputAODBranchName.Length()!=0)
1397   {
1398     fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1399     fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1400     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1401     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1402   }
1403   else
1404   {
1405     AliFatal("fOutputAODBranchName not set\n");
1406   }
1407
1408 }
1409
1410 //_______________________________________________________
1411 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
1412 {
1413   // Do clusterization event by event, execute different steps
1414   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed and initializations
1415   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1416   //               b) recluster cells
1417   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1418   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN)
1419   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1420   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1421   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1422
1423   // Step 1
1424
1425   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event
1426   fOutputAODBranch->Clear("C");
1427
1428   LoadBranches();
1429
1430   //Get the event, do some checks and settings
1431   CheckAndGetEvent() ;
1432
1433   if (!fEvent)
1434   {
1435     if(DebugLevel() > 0 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Skip Event %d", (Int_t) Entry());
1436     return ;
1437   }
1438
1439   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1440
1441   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1442
1443   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1444   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1445
1446   InitClusterization();
1447
1448   // Step 2
1449
1450   // Make clusters
1451   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1452   else             ClusterizeCells() ;
1453
1454   // Step 3
1455
1456   FillCaloClusterInAOD();
1457
1458 }
1459