PWGGA/EMCALTasks/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1  /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  18 //
  19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  21 //
  22 // $Id$
  23 //_________________________________________________________________________
  24
  25 // --- Root ---
  26 #include <TString.h>
  27 #include <TRefArray.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TTree.h>
  30 #include <TGeoManager.h>
  31 #include <TROOT.h>
  32 #include <TInterpreter.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 // --- AliRoot Analysis Steering
  36 #include "AliAnalysisTask.h"
  37 #include "AliAnalysisManager.h"
  38 #include "AliESDEvent.h"
  39 #include "AliGeomManager.h"
  40 #include "AliVCaloCells.h"
  41 #include "AliAODCaloCluster.h"
  42 #include "AliCDBManager.h"
  43 #include "AliCDBStorage.h"
  44 #include "AliCDBEntry.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliVEventHandler.h"
  47 #include "AliAODInputHandler.h"
  48 #include "AliOADBContainer.h"
  49 #include "AliAODMCParticle.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  53 #include "AliEMCALGeometry.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  57 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  60 #include "AliEMCALCalibData.h"
  61
  62 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  63
  64 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  65
  66 //______________________________________________________________________________
  67 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  68 : AliAnalysisTaskSE(name)
  69 , fEvent(0)
  70 , fGeom(0),               fGeomName("")
  71 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  73 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
  74 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  75 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  76 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  77 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
  78 , fFillAODFile(kFALSE),   fFillAODHeader(0)
  79 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  80 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  81 , fOrgClusterCellId()
  82 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
  84 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
  85 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
  86 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
  87 , fRejectBelowThreshold(kFALSE)
  88 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),fRemoveExoticEvents(kFALSE)
  89 , fImportGeometryFromFile(kTRUE), fImportGeometryFilePath("")
  90 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")
  91 , fCentralityClass(""),   fSelectEMCALEvent(0)
  92 , fEMCALEnergyCut(0.),    fEMCALNcellsCut (0)
  93 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
  94 , fRemapMCLabelForAODs(0)
  95 , fInputFromFilter(0)
  96 {
  97   // Constructor
  98
  99   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 100
 101   ResetArrays();
 102
 103   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 104
 105 }
 106
 107 //______________________________________________________________
 108 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 109 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 110 , fEvent(0)
 111 , fGeom(0),                 fGeomName("")
 112 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 113 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
 114 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
 115 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 116 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
 117 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE)
 118 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
 119 , fFillAODFile(kFALSE),     fFillAODHeader(0)
 120 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
 121 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
 122 , fOrgClusterCellId()
 123 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 124 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
 125 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
 126 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
 127 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
 128 , fRejectBelowThreshold(kFALSE)
 129 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),  fRemoveExoticEvents(kFALSE)
 130 , fImportGeometryFromFile(kTRUE), fImportGeometryFilePath("")
 131 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")
 132 , fCentralityClass(""),     fSelectEMCALEvent(0)
 133 , fEMCALEnergyCut(0.),      fEMCALNcellsCut (0)
 134 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
 135 , fRemapMCLabelForAODs(0)
 136 , fInputFromFilter(0)
 137 {
 138   // Constructor
 139
 140   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 141
 142   ResetArrays();
 143
 144   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 145
 146 }
 147
 148
 149 //_______________________________________________________________
 150 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 151 {
 152   //dtor
 153
 154   if (fDigitsArr)
 155   {
 156     fDigitsArr->Clear("C");
 157     delete fDigitsArr;
 158   }
 159
 160   if (fClusterArr)
 161   {
 162     fClusterArr->Delete();
 163     delete fClusterArr;
 164   }
 165
 166   if (fCaloClusterArr)
 167   {
 168     fCaloClusterArr->Delete();
 169     delete fCaloClusterArr;
 170   }
 171
 172   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 173   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 174   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 175
 176 }
 177
 178 //_______________________________________________________
 179 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL()
 180 {
 181   // Accept event given there is a EMCAL cluster with enough energy, and not noisy, exotic
 182
 183   if(!fSelectEMCALEvent)   return kTRUE; // accept
 184
 185   if(fEMCALEnergyCut <= 0) return kTRUE; // accept
 186
 187   Int_t           nCluster = fEvent -> GetNumberOfCaloClusters();
 188   AliVCaloCells * caloCell = fEvent -> GetEMCALCells();
 189   Int_t           bc       = fEvent -> GetBunchCrossNumber();
 190
 191   for(Int_t icalo = 0; icalo < nCluster; icalo++)
 192   {
 193     AliVCluster *clus = (AliVCluster*) (fEvent->GetCaloCluster(icalo));
 194
 195     if( ( clus->IsEMCAL() ) && ( clus->GetNCells() > fEMCALNcellsCut ) && ( clus->E() > fEMCALEnergyCut ) &&
 196        fRecoUtils->IsGoodCluster(clus,fGeom,caloCell,bc))
 197     {
 198
 199       AliDebug(1, Form("Accept :  E %2.2f > %2.2f, nCells %d > %d",
 200                        clus->E(), fEMCALEnergyCut, clus->GetNCells(), fEMCALNcellsCut));
 201
 202       return kTRUE;
 203     }
 204
 205   }// loop
 206
 207   AliDebug(1,"Reject");
 208
 209   return kFALSE;
 210
 211 }
 212
 213 //_______________________________________________
 214 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
 215 {
 216   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
 217   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
 218
 219   //Set it only once
 220   if(fOADBSet) return ;
 221
 222   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
 223   TString pass      = GetPass();
 224
 225   AliInfo(Form("Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s>",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data()));
 226
 227   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 228
 229   // Bad map
 230   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
 231   {
 232     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
 233     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels");
 234
 235     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
 236
 237     if(arrayBC)
 238     {
 239         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
 240         AliInfo("Remove EMCAL bad cells");
 241
 242         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 243         {
 244           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
 245
 246           if (hbm)
 247             delete hbm;
 248
 249           hbm=(TH2I*)arrayBC->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 250
 251           if (!hbm)
 252           {
 253             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 254             continue;
 255           }
 256
 257           hbm->SetDirectory(0);
 258           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
 259
 260         } // loop
 261     } else AliInfo("Do NOT remove EMCAL bad channels"); // run array
 262   }  // Remove bad
 263
 264   // Energy Recalibration
 265   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 266   {
 267     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
 268
 269     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
 270
 271     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber);
 272
 273     if(recal)
 274     {
 275       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
 276
 277       if(recalpass)
 278       {
 279         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
 280
 281         if(recalib)
 282         {
 283           AliInfo("Recalibrate EMCAL");
 284           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 285           {
 286             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
 287
 288             if (h)
 289               delete h;
 290
 291             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 292
 293             if (!h)
 294             {
 295               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 296               continue;
 297             }
 298
 299             h->SetDirectory(0);
 300
 301             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
 302           } // SM loop
 303         } else AliInfo("Do NOT recalibrate EMCAL, no params object array"); // array ok
 304       } else AliInfo("Do NOT recalibrate EMCAL, no params for pass"); // array pass ok
 305     } else AliInfo("Do NOT recalibrate EMCAL, no params for run");  // run number array ok
 306
 307   } // Recalibration on
 308
 309   // Energy Recalibration, apply on top of previous calibration factors
 310   if(fRecoUtils->IsRunDepRecalibrationOn())
 311   {
 312     AliOADBContainer *contRFTD=new AliOADBContainer("");
 313
 314     contRFTD->InitFromFile(Form("%s/EMCALTemperatureCorrCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRunDepTempCalibCorrections");
 315
 316     TH1S *htd=(TH1S*)contRFTD->GetObject(runnumber);
 317
 318     //If it did not exist for this run, get closes one
 319     if (!htd)
 320     {
 321       AliWarning(Form("No TemperatureCorrCalib Objects for run: %d",runnumber));
 322       // let's get the closest runnumber instead then..
 323       Int_t lower = 0;
 324       Int_t ic = 0;
 325       Int_t maxEntry = contRFTD->GetNumberOfEntries();
 326
 327       while ( (ic < maxEntry) && (contRFTD->UpperLimit(ic) < runnumber) ) {
 328         lower = ic;
 329         ic++;
 330       }
 331
 332       Int_t closest = lower;
 333       if ( (ic<maxEntry) &&
 334           (contRFTD->LowerLimit(ic)-runnumber) < (runnumber - contRFTD->UpperLimit(lower)) ) {
 335         closest = ic;
 336       }
 337
 338       AliWarning(Form("TemperatureCorrCalib Objects found closest id %d from run: %d", closest, contRFTD->LowerLimit(closest)));
 339       htd = (TH1S*) contRFTD->GetObjectByIndex(closest);
 340     }
 341
 342     if(htd)
 343     {
 344       AliInfo("Recalibrate (Temperature) EMCAL");
 345
 346       for (Int_t ism=0; ism<nSM; ++ism)
 347       {
 348         for (Int_t icol=0; icol<48; ++icol)
 349         {
 350           for (Int_t irow=0; irow<24; ++irow)
 351           {
 352             Float_t factor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow);
 353
 354             Int_t absID = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(ism, irow, icol); // original calibration factor
 355             factor *= htd->GetBinContent(absID) / 10000. ; // correction dependent on T
 356             //printf("\t ism %d, icol %d, irow %d,absID %d, corrA %2.3f, corrB %2.3f, corrAB %2.3f\n",ism, icol, irow, absID,
 357             //      GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow) , htd->GetBinContent(absID) / 10000., factor);
 358             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow,factor);
 359           } // columns
 360         } // rows
 361       } // SM loop
 362     } else AliInfo("Do NOT recalibrate EMCAL with T variations, no params TH1");
 363   } // Run by Run T calibration
 364
 365   // Time Recalibration
 366   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
 367   {
 368     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
 369
 370     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
 371
 372     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber);
 373
 374     if(trecal)
 375     {
 376       TString passM = pass;
 377       if(pass=="spc_calo") passM = "pass1";
 378       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(passM);
 379
 380       if(trecalpass)
 381       {
 382         AliInfo("Time Recalibrate EMCAL");
 383         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc)
 384         {
 385           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
 386
 387           if (h)
 388             delete h;
 389
 390           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
 391
 392           if (!h)
 393           {
 394             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
 395             continue;
 396           }
 397
 398           h->SetDirectory(0);
 399
 400           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
 401         } // bunch crossing loop
 402       } else AliInfo("Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for pass"); // array pass ok
 403     } else AliInfo("Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for run");  // run number array ok
 404
 405   } // Time recalibration on
 406
 407   // Parameters already set once, so do not it again
 408   fOADBSet = kTRUE;
 409
 410 }
 411
 412 //_________________________________________________
 413 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 414 {
 415   //Access to OCDB stuff
 416
 417   fEvent = InputEvent();
 418   if (!fEvent)
 419   {
 420     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 421     return kFALSE;
 422   }
 423
 424   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
 425     return kTRUE;
 426   fRun = fEvent->GetRunNumber();
 427
 428   AliDebug(1,"Begin");
 429
 430   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 431
 432
 433   if (fOCDBpath.Length())
 434   {
 435     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 436     AliInfo(Form("Default storage %s",fOCDBpath.Data()));
 437   }
 438
 439   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
 440
 441   //
 442   // EMCAL from RAW OCDB
 443   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 444   {
 445     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 446     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 447   }
 448
 449   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 450
 451   // init parameters:
 452
 453   //Get calibration parameters
 454   if(!fCalibData)
 455   {
 456     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 457     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 458
 459     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 460   }
 461
 462   if(!fCalibData)
 463     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 464
 465   //Get calibration parameters
 466   if(!fPedestalData)
 467   {
 468     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 469     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 470
 471     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 472   }
 473
 474   if(!fPedestalData)
 475     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 476
 477   return kTRUE;
 478 }
 479
 480 //_____________________________________________________
 481 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
 482 {
 483   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
 484   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
 485
 486   fEvent = 0x0;
 487
 488   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 489   Int_t eventN = Entry();
 490   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 491
 492   if (eventN > fMaxEvent)
 493     return ;
 494
 495   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 496
 497   //Check if input event are embedded events
 498   //If so, take output event
 499   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
 500   {
 501     fEvent  = AODEvent();
 502
 503     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 504       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 505
 506     AliDebug(1,"Use embedded events");
 507
 508     AliDebug(1,Form("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d",
 509                     InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells()));
 510
 511     AliDebug(1,Form("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d",
 512                     aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(), aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells()));
 513
 514 //    if(DebugLevel() > 1)
 515 //    {
 516 //      for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
 517 //      {
 518 //        AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 519 //        if(sigCluster->IsEMCAL()) AliInfo(Form("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f",icl,sigCluster->E()));
 520 //      }
 521 //    }
 522
 523     AliDebug(1,Form("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d",
 524                     AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(), AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells()));
 525   }
 526   else if(fInputFromFilter)
 527   {
 528     //printf("Get Input From Filtered AOD\n");
 529     fEvent =  AODEvent();
 530   }
 531   else
 532   {
 533     fEvent =  InputEvent();
 534     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 535     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 536   }
 537
 538   if (!fEvent)
 539   {
 540     AliError("Event not available");
 541     return ;
 542   }
 543
 544   //Process events if there is a high energy cluster
 545   if(!AcceptEventEMCAL())  { fEvent = 0x0 ; return ; }
 546
 547   //-------------------------------------------------------------------------------------
 548   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data
 549   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
 550   //-------------------------------------------------------------------------------------
 551
 552   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
 553
 554   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
 555
 556   //-------------------------------------------------------------------------------------
 557   // Set the cluster array in the event (output or input)
 558   //-------------------------------------------------------------------------------------
 559
 560   if     ( fFillAODFile )
 561   {
 562     //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
 563     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kTRUE);
 564   }
 565   else if( !fOutputAODBranchSet )
 566   {
 567     // Create array and put it in the input event, if output AOD not selected, only once
 568     InputEvent()->AddObject(fOutputAODBranch);
 569     fOutputAODBranchSet = kTRUE;
 570     AliInfo(Form("Add AOD branch <%s> to input event",fOutputAODBranchName.Data()));
 571   }
 572
 573 }
 574
 575 //____________________________________________________
 576 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
 577 {
 578   // Recluster calocells, transform them into digits,
 579   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
 580
 581   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 582   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 583   Int_t nClustersOrg  = 0;
 584
 585   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 586   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 587     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 588
 589   ResetArrays();
 590
 591   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 592   {
 593     AliVCluster *clus = 0;
 594     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 595       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 596     else
 597       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 598
 599     if(!clus) return;
 600
 601     if(clus->IsEMCAL())
 602     {
 603       Int_t label = clus->GetLabel();
 604       Int_t label2 = -1 ;
 605       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Index = %d, ID %d, MC label %d\n", clus->E(), clus->GetTOF(),i, clus->GetID(),label );
 606       //printf("Original list of labels from old cluster : \n");
 607       //for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
 608
 609       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 610       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 611       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
 612       {
 613         //printf("\t cell %d, MC label %d\n",index[icell],fEvent->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(index[icell]));
 614         fOrgClusterCellId[index[icell]] = i;
 615         fCellLabels[index[icell]]       = label;
 616         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 617         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();
 618         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
 619         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
 620       }
 621       nClustersOrg++;
 622     }
 623     // printf("\n");
 624   }
 625
 626   // Transform CaloCells into Digits
 627
 628   Int_t    idigit =  0;
 629   Int_t    id     = -1;
 630   Float_t  amp    = -1;
 631   Double_t time   = -1;
 632
 633   AliVCaloCells *cells = fEvent->GetEMCALCells();
 634
 635   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 636
 637   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 638   {
 639     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
 640     id = cells->GetCellNumber(icell);
 641     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
 642
 643     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
 644     if( amp  < fRecParam->GetMinECut() ||
 645         time > fRecParam->GetTimeMax() ||
 646         time < fRecParam->GetTimeMin()    ) accept = kFALSE;
 647
 648     // In case of old AOD analysis cell time is -1 s, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 649     if (fRecalibrateWithClusterTime)
 650     {
 651       time = fCellTime[id];
 652       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
 653       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 654       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
 655     }
 656
 657     //Exotic?
 658     if (accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
 659         accept = kFALSE;
 660
 661     if( !accept )
 662     {
 663         AliDebug(2,Form("Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f",
 664                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9));
 665       continue;
 666     }
 667
 668     Int_t mcLabel = cells->GetMCLabel(icell);
 669     //printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - cell %d, mc label %d\n",id,mcLabel);
 670
 671     //if(fCellLabels[id]!=mcLabel)printf("mcLabel %d - %d\n",mcLabel,fCellLabels[id]);
 672     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) mcLabel = fCellLabels[id]; // Older aliroot MC productions
 673     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 0 && fRemapMCLabelForAODs) RemapMCLabelForAODs(mcLabel);
 674     else mcLabel = -1; // found later
 675
 676     //printf("\t new label %d\n",mcLabel);
 677
 678     // Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer
 679     // when checking the most likely primary
 680
 681     Float_t efrac = cells->GetEFraction(icell);
 682
 683     //When checking the MC of digits, give weight to cells with embedded signal
 684     if (mcLabel > 0 && efrac < 1.e-6) efrac = 1;
 685
 686     //printf("******* Cell %d, id %d, e %f,  fraction %f, MC label %d, used MC label %d\n",icell,id,amp,cells->GetEFraction(icell),cells->GetMCLabel(icell),mcLabel);
 687
 688     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( mcLabel, mcLabel, id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, amp*efrac);
 689     // Last parameter should be MC deposited energy, since it is not available, add just the cell amplitude so that
 690     // we give more weight to the MC label of the cell with highest energy in the cluster
 691
 692     idigit++;
 693   }
 694
 695   fDigitsArr->Sort();
 696
 697   //-------------------------------------------------------------------------------------
 698   //Do the clusterization
 699   //-------------------------------------------------------------------------------------
 700
 701   fClusterizer->Digits2Clusters("");
 702
 703   //-------------------------------------------------------------------------------------
 704   //Transform the recpoints into AliVClusters
 705   //-------------------------------------------------------------------------------------
 706
 707   RecPoints2Clusters();
 708
 709   if(!fCaloClusterArr)
 710   {
 711     AliWarning(Form("No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d",fClusterArr->GetEntriesFast()));
 712     return;
 713   }
 714
 715   AliDebug(1,Form("N clusters: before recluster %d, after recluster %d, recpoints %d",
 716                   nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast(),fClusterArr->GetEntriesFast()));
 717
 718 //    if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
 719 //    {
 720 //      AliInfo("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 721 //             fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 722 //             fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 723 //    }
 724
 725 }
 726
 727 //_____________________________________________________
 728 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
 729 {
 730   // Take the event clusters and unfold them
 731
 732   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 733   Double_t cellAmplitude = 0;
 734   Double_t cellTime      = 0;
 735   Short_t  cellNumber    = 0;
 736   Int_t    cellMCLabel   = 0;
 737   Double_t cellEFrac     = 0;
 738   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 739
 740   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 741   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 742   {
 743     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 744     if(clus->IsEMCAL())
 745     {
 746       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 747       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
 748       {
 749         continue;
 750       }
 751
 752       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 753       {
 754         //Calibrate cluster
 755         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 756
 757         //CalibrateCells
 758         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 759         {
 760           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
 761             break;
 762
 763           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 764           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 765           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 766
 767           //Do not include bad channels found in analysis?
 768           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 769               fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 770             continue;
 771
 772           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 773
 774         }// cells loop
 775       }// recalibrate
 776
 777       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 778       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 779       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 780
 781       if     (esdCluster)
 782       {
 783         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 784       }//ESD
 785       else if(aodCluster)
 786       {
 787         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 788       }//AOD
 789       else
 790         AliWarning("Wrong CaloCluster type?");
 791
 792       nClustersOrg++;
 793     }
 794   }
 795
 796   //Do the unfolding
 797   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 798
 799   //CLEAN-UP
 800   fUnfolder->Clear();
 801
 802 }
 803
 804 //_____________________________________________________
 805 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
 806 {
 807   // Put calo cells in standard branch
 808   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
 809   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 810
 811   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 812   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 813   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 814   Double_t calibFactor = 1.;
 815   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
 816   {
 817     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 818     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 819     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 820
 821     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 822     {
 823       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 824     }
 825
 826     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 827     { //Channel is not declared as bad
 828       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
 829                          eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
 830     }
 831     else
 832     {
 833       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
 834     }
 835   }
 836   aodEMcells.Sort();
 837
 838 }
 839
 840 //__________________________________________________
 841 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
 842 {
 843   //Put event header information in standard AOD branch
 844
 845   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
 846   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
 847
 848   Double_t pos[3]   ;
 849   Double_t covVtx[6];
 850   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 851
 852   AliAODHeader* header = dynamic_cast<AliAODHeader*>(AODEvent()->GetHeader());
 853   if(!header) AliFatal("Not a standard AOD");
 854   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
 855
 856   if(esdevent)
 857   {
 858     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 859     if (tree)
 860     {
 861       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 862       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 863     }
 864   }
 865   else if (aodevent) {
 866     AliAODHeader * aodheader = dynamic_cast<AliAODHeader*>(aodevent->GetHeader());
 867     if(!aodheader) AliFatal("Not a standard AOD");
 868     header->SetESDFileName(aodheader->GetESDFileName());
 869   }
 870
 871   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
 872   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
 873   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
 874   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
 875
 876   //Centrality
 877   if(fEvent->GetCentrality())
 878     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
 879   else
 880     header->SetCentrality(0);
 881
 882   //Trigger
 883   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 884
 885   header->SetFiredTriggerClasses(fEvent->GetFiredTriggerClasses());
 886
 887   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask());
 888   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
 889
 890   if      (esdevent)
 891   {
 892     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 893     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 894     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 895   }
 896   else if (aodevent)
 897   {
 898     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 899     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 900     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 901   }
 902
 903   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
 904   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 905
 906   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
 907   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
 908   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
 909   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
 910   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
 911
 912   Float_t diamxy[2]={(Float_t)fEvent->GetDiamondX(),(Float_t)fEvent->GetDiamondY()};
 913   Float_t diamcov[3];
 914   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
 915   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 916   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 917   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 918
 919   //
 920   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 921   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 922
 923   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 924
 925   // Access to the AOD container of vertices
 926   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 927   Int_t jVertices=0;
 928
 929   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 930   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 931   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 932   Float_t chi = 0;
 933   if      (esdevent)
 934   {
 935     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 936     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 937   }
 938   else if (aodevent)
 939   {
 940     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 941     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 942   }
 943
 944   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 945   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 946   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
 947   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 948
 949 }
 950
 951 //___________________________________________________________
 952 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInEvent()
 953 {
 954   // Get the CaloClusters array, do some final calculations
 955   // and put the clusters in the output or input event
 956   // as a separate branch
 957
 958   //First recalculate track-matching for the new clusters
 959   if(fDoTrackMatching)
 960   {
 961     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
 962   }
 963   //Put the new clusters in the AOD list
 964
 965   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 966
 967   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
 968   {
 969     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 970
 971     newCluster->SetID(i);
 972
 973     // Correct cluster energy non linearity
 974     newCluster->SetE(fRecoUtils->CorrectClusterEnergyLinearity(newCluster));
 975
 976     //Add matched track
 977     if(fDoTrackMatching)
 978     {
 979       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 980       if(trackIndex >= 0)
 981       {
 982         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
 983         AliDebug(2,Form("Matched Track index %d to new cluster %d",trackIndex,i));
 984       }
 985
 986       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
 987       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
 988       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
 989
 990     }
 991     else
 992     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
 993       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
 994       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
 995     }
 996
 997     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
 998     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
 999     //printf("\n");
1000
1001     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
1002     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
1003
1004     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
1005
1006     AliDebug(2,Form("New cluster %d of %d, energy %f, mc label %d",
1007                     newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E(), newCluster->GetLabel()));
1008
1009   } // cluster loop
1010
1011   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
1012
1013
1014 }
1015
1016 //_______________________________________________
1017 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
1018 {
1019   // Get passx from filename.
1020
1021   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree())
1022   {
1023     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null");
1024     return TString("");
1025   }
1026
1027   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile())
1028   {
1029     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null");
1030     return TString("");
1031   }
1032
1033   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
1034   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
1035   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
1036   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
1037   else if (pass.Contains("ass4")) return TString("pass4");
1038   else if (pass.Contains("ass5")) return TString("pass5");
1039   else if (pass.Contains("LHC11c") && pass.Contains("spc_calo") ) return TString("spc_calo");
1040   else if (pass.Contains("calo") || pass.Contains("high_lumi"))
1041   {
1042     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Path contains <calo> or <high-lumi>, set as <pass1>");
1043     return TString("pass1");
1044   }
1045
1046   // No condition fullfilled, give a default value
1047   AliInfo("Pass number string not found");
1048   return TString("");
1049
1050 }
1051
1052 //_________________________________________
1053 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
1054 {
1055   //Init analysis with configuration macro if available
1056
1057   if(fDebug >=0) (AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->AddClassDebug(this->ClassName(),fDebug);
1058
1059   fOADBSet           = kFALSE;
1060   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;
1061
1062   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
1063
1064   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
1065   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();
1066
1067   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
1068   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;
1069   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
1070   fRejectBelowThreshold = kFALSE;
1071
1072   //Centrality
1073   if(fCentralityClass  == "") fCentralityClass  = "V0M";
1074
1075   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
1076   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
1077
1078   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
1079   {
1080     AliInfo(Form("Configure analysis with %s",fConfigName.Data()));
1081     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
1082     fGeomName         = clus->fGeomName;
1083     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
1084     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
1085     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
1086     fRecParam         = clus->fRecParam;
1087     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
1088     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
1089     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
1090     fConfigName       = clus->fConfigName;
1091     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
1092     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
1093     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
1094     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
1095     fCentralityClass  = clus->fCentralityClass;
1096     fCentralityBin[0] = clus->fCentralityBin[0];
1097     fCentralityBin[1] = clus->fCentralityBin[1];
1098   }
1099
1100 }
1101
1102 //_______________________________________________________
1103 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
1104 {
1105   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
1106
1107   if (fJustUnfold)
1108   {
1109     // init the unfolding afterburner
1110     delete fUnfolder;
1111     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
1112     return;
1113   }
1114
1115   //First init the clusterizer
1116   delete fClusterizer;
1117   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
1118     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1119   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
1120     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1121   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
1122   {
1123     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1124     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
1125     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
1126   }
1127   else
1128   {
1129     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
1130   }
1131
1132   //Now set the parameters
1133   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
1134   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
1135   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
1136   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1137   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1138   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1139   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1140   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1141   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1142   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
1143
1144   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1145   fClusterizer->SetOutput(0);
1146   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1147   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1148
1149   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1150   if(fRecParam->GetUnfold())
1151   {
1152     Int_t i=0;
1153     for (i = 0; i < 8; i++)
1154     {
1155       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1156     }//end of loop over parameters
1157
1158     for (i = 0; i < 3; i++)
1159     {
1160       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1161       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1162     }//end of loop over parameters
1163     fClusterizer->SetRejectBelowThreshold(fRejectBelowThreshold);//here we set option of unfolding: split or reject energy
1164     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1165
1166   }// to unfold
1167 }
1168
1169 //_________________________________________________
1170 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1171 {
1172   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1173   // Also set once the run dependent calibrations
1174
1175   if(fGeomMatrixSet) return;
1176
1177   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1178   if (!fGeom)
1179   {
1180     if(fGeomName=="")
1181     {
1182       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1183       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1184       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";
1185       AliInfo(Form("Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d",fGeomName.Data(),runnumber));
1186     }
1187
1188                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1189
1190     // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
1191     if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
1192     {
1193       if(fImportGeometryFilePath=="") // If not specified, set location depending on run number
1194       {
1195         // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
1196         if     (runnumber <  140000 &&
1197                 runnumber >= 100000) fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2010.root";
1198         if     (runnumber >= 140000 &&
1199                 runnumber <  171000) fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2011.root";
1200         else                         fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2012.root"; // 2012-2013
1201       }
1202
1203       AliInfo(Form("Import %s",fImportGeometryFilePath.Data()));
1204       TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ;
1205     }
1206
1207     AliDebug(1,Form("Init for run=%d",runnumber));
1208     if (!gGeoManager) AliDebug(1,"Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1209         } // geometry pointer did not exist before
1210
1211   if(fLoadGeomMatrices)
1212   {
1213     AliInfo("Load user defined EMCAL geometry matrices");
1214
1215     // OADB if available
1216     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1217     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1218     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1219
1220     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1221     {
1222
1223       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1224       {
1225         AliDebug(2,Form("EMCAL matrices SM %d, %p",mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))));
1226         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1227
1228         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1229       }
1230
1231       if(fGeomMatrix[mod])
1232       {
1233         if(DebugLevel() > 1)
1234           fGeomMatrix[mod]->Print();
1235
1236         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
1237       }
1238
1239       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1240
1241     }//SM loop
1242   }//Load matrices
1243   else if(!gGeoManager)
1244   {
1245     AliInfo("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1246     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
1247     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent"))
1248     {
1249       AliWarning("Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs");
1250     }//AOD
1251     else
1252     {
1253       if(DebugLevel() > 1)
1254         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1255
1256       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1257
1258       if(!esd)
1259       {
1260         AliError("This event does not contain ESDs?");
1261         if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1262         return;
1263       }
1264
1265       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1266       {
1267         if(DebugLevel() > 1)
1268           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1269
1270         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1271
1272       }
1273
1274       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1275
1276     }//ESD
1277   }//Load matrices from Data
1278
1279 }
1280
1281 //____________________________________________________
1282 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1283 {
1284
1285   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1286   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1287
1288   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1289
1290   // Loop on cells
1291   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1292   Float_t totCellE = 0;
1293   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1294   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1295   {
1296
1297     Float_t  ecell = 0 ;
1298     Double_t tcell = 0 ;
1299
1300     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1301     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1302     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1303   }
1304
1305   //  TString triggerclasses = event->GetFiredTriggerClasses();
1306   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1307   //    if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1308   //    return;
1309   //
1310
1311   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1312   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1313
1314   return kFALSE;
1315
1316 }
1317
1318 //________________________________________________________________
1319 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1320 {
1321   //Check if event is LED
1322
1323   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1324
1325   //check events of LHC11a period
1326   if(run < 146858 || run > 146860) return kFALSE ;
1327
1328   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1329   Int_t ncellsSM3 = 0;
1330   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1331   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1332   {
1333     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1334   }
1335
1336   TString triggerclasses = fEvent->GetFiredTriggerClasses();
1337
1338   Int_t ncellcut = 21;
1339   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1340
1341   if( ncellsSM3 >= ncellcut)
1342   {
1343     AliInfo(Form("Reject event %d with ncells in SM3 %d",(Int_t)Entry(),ncellsSM3));
1344     if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1345     return kTRUE;
1346   }
1347
1348   return kFALSE;
1349
1350 }
1351
1352 //_______________________________________________________
1353 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1354 {
1355   // Restore clusters from recPoints
1356   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude
1357   // fractions are restored
1358
1359   Int_t j = 0;
1360   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1361   {
1362     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1363
1364     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1365     Int_t ncellsTrue = 0;
1366
1367     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1368
1369     // cells and their amplitude fractions
1370     UShort_t   absIds[ncells];
1371     Double32_t ratios[ncells];
1372
1373     //For later check embedding
1374     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1375
1376     Float_t clusterE = 0;
1377     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++)
1378     {
1379       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1380
1381       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1382       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1383
1384       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
1385       if(fSelectCell)
1386       {
1387         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)
1388         {
1389
1390           AliDebug(2,Form("Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f",
1391                           recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude()));
1392           continue;
1393
1394         } // if cuts
1395       }// Select cells
1396
1397       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1398       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1399
1400       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
1401       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
1402       {
1403         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1404         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1405         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1406
1407         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1408         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1409         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1410         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1411
1412         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1413         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1414
1415       }//Embedding
1416
1417       ncellsTrue++;
1418
1419     }// cluster cell loop
1420
1421     if (ncellsTrue < 1)
1422     {
1423         AliDebug(2,Form("Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d",
1424                         recPoint->GetEnergy(), ncells));
1425       continue;
1426     }
1427
1428     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1429
1430     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold())
1431     {
1432       AliDebug(2,Form("Remove cluster with energy below seed threshold %f",clusterE));
1433       continue;
1434     }
1435
1436     TVector3 gpos;
1437     Float_t g[3];
1438
1439     // calculate new cluster position
1440
1441     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1442     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1443     gpos.GetXYZ(g);
1444
1445     // create a new cluster
1446
1447     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1448     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1449     j++;
1450     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1451     clus->SetE(clusterE);
1452     clus->SetPosition(g);
1453     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1454     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1455     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1456     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1457     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1458     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1459     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1460
1461     if(ncells == ncellsTrue)
1462     {
1463       Float_t elipAxis[2];
1464       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1465       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1466       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1467       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1468     }
1469     else if(fSelectCell)
1470     {
1471       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1472       // shower shape parameters and position
1473       AliDebug(2,Form("Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape",ncells,ncellsTrue));
1474
1475       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1476       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1477       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1478
1479       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1480       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1481       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1482
1483     }
1484
1485     // MC
1486
1487     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(recPoint,clus) ;
1488     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 2 ) SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(clus) ;
1489     else
1490     {
1491       // Normal case, trust what the clusterizer has found
1492       Int_t  parentMult = 0;
1493       Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1494       clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1495 //      printf("Label list : ");
1496 //      for(Int_t ilabel = 0; ilabel < parentMult; ilabel++ ) printf(" %d ",parentList[ilabel]);
1497 //      printf("\n");
1498     }
1499
1500   } // recPoints loop
1501
1502 }
1503
1504 //___________________________________________________________________________
1505 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs(Int_t & label)
1506 {
1507   // MC label for Cells not remapped after ESD filtering, do it here.
1508
1509   if(label < 0) return ;
1510
1511   AliAODEvent  * evt = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent) ;
1512   if(!evt) return ;
1513
1514   TClonesArray * arr = dynamic_cast<TClonesArray*>(evt->FindListObject("mcparticles")) ;
1515   if(!arr) return ;
1516
1517   if(label < arr->GetEntriesFast())
1518   {
1519     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(label));
1520     if(!particle) return ;
1521
1522     if(label == particle->Label()) return ; // label already OK
1523     //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d - AOD stack %d \n",label, particle->Label());
1524   }
1525   //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d > AOD labels %d \n",label, arr->GetEntriesFast());
1526
1527   // loop on the particles list and check if there is one with the same label
1528   for(Int_t ind = 0; ind < arr->GetEntriesFast(); ind++ )
1529   {
1530     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(ind));
1531     if(!particle) continue ;
1532
1533     if(label == particle->Label())
1534     {
1535       label = ind;
1536       //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - New Label Index  %d \n",label);
1537       return;
1538     }
1539   }
1540
1541   label = -1;
1542
1543   //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label not found set to -1 \n");
1544
1545 }
1546
1547 //________________________________________________
1548 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ResetArrays()
1549 {
1550   // Reset arrays containing information for all possible cells
1551   for(Int_t j = 0; j < 12672; j++)
1552   {
1553     fOrgClusterCellId[j] = -1;
1554     fCellLabels[j]       = -1;
1555     fCellSecondLabels[j] = -1;
1556     fCellTime[j]         =  0.;
1557     fCellMatchdEta[j]    = -999;
1558     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
1559   }
1560 }
1561
1562 //_____________________________________________________________________________________________________
1563 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(AliEMCALRecPoint  * recPoint,
1564                                                                            AliAODCaloCluster * clus)
1565 {
1566   // Set the cluster MC label, the digizer was filled with most likely MC label for all cells in original cluster
1567   // Now check the second most likely MC label and add it to the new cluster
1568
1569   Int_t  parentMult = 0;
1570   Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1571   clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1572
1573   //Write the second major contributor to each MC cluster.
1574   Int_t iNewLabel ;
1575   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1576   {
1577
1578     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1579     if(idCell>=0)
1580     {
1581       iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1582       for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1583       {
1584         if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1585           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1586             }
1587       if (iNewLabel == 1)
1588       {
1589         Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1590         for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1591         {
1592           newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1593         }
1594
1595         newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1596         clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1597         delete [] newLabelArray;
1598       }
1599     }//positive cell number
1600   }
1601 }
1602
1603 //___________________________________________________________________________________________________
1604 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(AliAODCaloCluster * clus)
1605 {
1606   // Get the original clusters that contribute to the new cluster, assign the labels of such clusters
1607   // to the new cluster.
1608   // Only approximatedly valid  when output are V1 clusters, handle with care
1609
1610   TArrayI clArray(300) ; //Weird if more than a few clusters are in the origin ...
1611   clArray.Reset();
1612   Int_t nClu = 0;
1613   Int_t nLabTotOrg = 0;
1614   Float_t emax = -1;
1615   Int_t idMax = -1;
1616
1617   AliVEvent * event = fEvent;
1618
1619   //In case of embedding the MC signal is in the added event
1620   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1621   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
1622     event = aodIH->GetEventToMerge(); //Get clusters directly from embedded signal
1623
1624
1625   //Find the clusters that originally had the cells
1626   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1627   {
1628     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1629
1630     if(idCell>=0)
1631     {
1632       Int_t idCluster = fOrgClusterCellId[idCell];
1633
1634       Bool_t set = kTRUE;
1635       for(Int_t icl =0; icl < nClu; icl++)
1636       {
1637         if(((Int_t)clArray.GetAt(icl))==-1 ) continue;
1638         if( idCluster == ((Int_t)clArray.GetAt(icl)) ) set = kFALSE;
1639         //   printf("\t \t icell %d  Cluster in array %d, IdCluster %d, in array %d, set %d\n",
1640         //          iLoopCell,                 icl,  idCluster,((Int_t)clArray.GetAt(icl)),set);
1641       }
1642       if( set && idCluster >= 0)
1643       {
1644         clArray.SetAt(idCluster,nClu++);
1645         //printf("******** idCluster %d \n",idCluster);
1646         nLabTotOrg+=(event->GetCaloCluster(idCluster))->GetNLabels();
1647
1648         //printf("Cluster in array %d, IdCluster %d\n",nClu-1,  idCluster);
1649
1650         //Search highest E cluster
1651         AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1652         //printf("\t E %f\n",clOrg->E());
1653         if(emax < clOrg->E())
1654         {
1655           emax  = clOrg->E();
1656           idMax = idCluster;
1657         }
1658       }
1659     }
1660   }// cell loop
1661
1662   if(nClu==0 || nLabTotOrg == 0)
1663   {
1664     //if(clus->E() > 0.25) printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters() - Check: N org clusters %d, n tot labels %d, cluster E %f,  n cells %d\n",nClu,nLabTotOrg,clus->E(), clus->GetNCells());
1665     //for(Int_t icell = 0; icell < clus->GetNCells(); icell++) printf("\t cell %d",clus->GetCellsAbsId()[icell]);
1666     //printf("\n");
1667   }
1668
1669   // Put the first in the list the cluster with highest energy
1670   if(idMax != ((Int_t)clArray.GetAt(0))) // Max not at first position
1671   {
1672     Int_t maxIndex = -1;
1673     Int_t firstCluster = ((Int_t)clArray.GetAt(0));
1674     for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1675     {
1676       if(idMax == ((Int_t)clArray.GetAt(iLoopCluster))) maxIndex = iLoopCluster;
1677     }
1678
1679     if(firstCluster >=0 && idMax >=0)
1680     {
1681       clArray.SetAt(idMax,0);
1682       clArray.SetAt(firstCluster,maxIndex);
1683     }
1684   }
1685
1686   // Get the labels list in the original clusters, assign all to the new cluster
1687   TArrayI clMCArray(nLabTotOrg) ;
1688   clMCArray.Reset();
1689
1690   Int_t nLabTot = 0;
1691   for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1692   {
1693     Int_t idCluster = (Int_t) clArray.GetAt(iLoopCluster);
1694     //printf("New Cluster in Array %d,  idCluster %d \n",iLoopCluster,idCluster);
1695     AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1696     Int_t nLab = clOrg->GetNLabels();
1697
1698     for ( Int_t iLab = 0 ; iLab < nLab ; iLab++ )
1699     {
1700       Int_t lab = clOrg->GetLabelAt(iLab) ;
1701       if(lab>=0)
1702       {
1703         Bool_t set = kTRUE;
1704         //printf("\t \t Set Label %d \n", lab);
1705         for(Int_t iLabTot =0; iLabTot < nLabTot; iLabTot++)
1706         {
1707           if( lab == ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)) ) set = kFALSE;
1708           //printf("iLoopCluster %d, Label ID in Org Cluster %d,label %d  Label ID in array %d, label in array %d, set %d\n",
1709           //       iLoopCluster,                           iLab,     lab,           iLabTot,  ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)),set);
1710         }
1711         if( set ) clMCArray.SetAt(lab,nLabTot++);
1712       }
1713     }
1714   }// cluster loop
1715
1716   // Set the final list of labels
1717
1718   clus->SetLabel(clMCArray.GetArray(), nLabTot);
1719
1720 //  printf("Final list of labels for new cluster : \n");
1721 //  for(Int_t ice = 0; ice < clus->GetNCells() ; ice++)
1722 //  {
1723 //    printf("\t Cell %d ",clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1724 //    Int_t label = InputEvent()->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1725 //    printf(" org %d ",label);
1726 //    RemapMCLabelForAODs(label);
1727 //    printf(" new %d \n",label);
1728 //  }
1729 //  for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
1730 }
1731
1732
1733 //____________________________________________________________
1734 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1735 {
1736   // Init geometry, create list of output clusters
1737
1738
1739   fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1740
1741   if(fOutputAODBranchName.Length()==0)
1742   {
1743     fOutputAODBranchName = "newEMCALClustersArray";
1744     printf("Cluster branch name not set, set it to newEMCALClustersArray");
1745   }
1746
1747   fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1748
1749   if( fFillAODFile )
1750   {
1751     //fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1752
1753
1754     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1755
1756     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1757   }
1758
1759 }
1760
1761 //_______________________________________________________
1762 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
1763 {
1764   // Do clusterization event by event, execute different steps
1765   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed, initializations
1766   //    load things and clear arrays
1767   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1768   //               b) recluster cells
1769   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1770   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN)
1771   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1772   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1773   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1774
1775   //-------
1776   // Step 1
1777
1778   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event
1779   fOutputAODBranch->Clear("C");
1780
1781   LoadBranches();
1782
1783   //Check if there is a centrality value, PbPb analysis, and if a centrality bin selection is requested
1784   //If we need a centrality bin, we select only those events in the corresponding bin.
1785   if( GetCentrality() && fCentralityBin[0] >= 0 && fCentralityBin[1] >= 0 )
1786   {
1787     Float_t cen = GetEventCentrality();
1788     if(cen > fCentralityBin[1] || cen < fCentralityBin[0]) return ; //reject events out of bin.
1789   }
1790
1791   // intermediate array with new clusters : init the array only once or clear from previous event
1792   if(!fCaloClusterArr) fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
1793   else                 fCaloClusterArr->Delete();//Clear("C"); it leaks?
1794
1795   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1796
1797   //Get the event, do some checks and settings
1798   CheckAndGetEvent() ;
1799
1800   if (!fEvent)
1801   {
1802     AliDebug(1,Form("Skip Event %d", (Int_t) Entry()));
1803     return ;
1804   }
1805
1806   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1807
1808
1809   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1810   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1811
1812   InitClusterization();
1813
1814   //-------
1815   // Step 2
1816
1817   // Make clusters
1818   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1819   else             ClusterizeCells() ;
1820
1821   //-------
1822   // Step 3
1823
1824   FillCaloClusterInEvent();
1825
1826 }
1827
1828