PWGGA/EMCALTasks/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1  /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  18 //
  19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  21 //
  22 // $Id$
  23 //_________________________________________________________________________
  24
  25 // --- Root ---
  26 #include <TString.h>
  27 #include <TRefArray.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TTree.h>
  30 #include <TGeoManager.h>
  31 #include <TROOT.h>
  32 #include <TInterpreter.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 // --- AliRoot Analysis Steering
  36 #include "AliAnalysisTask.h"
  37 #include "AliAnalysisManager.h"
  38 #include "AliESDEvent.h"
  39 #include "AliGeomManager.h"
  40 #include "AliVCaloCells.h"
  41 #include "AliAODCaloCluster.h"
  42 #include "AliCDBManager.h"
  43 #include "AliCDBStorage.h"
  44 #include "AliCDBEntry.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliVEventHandler.h"
  47 #include "AliAODInputHandler.h"
  48 #include "AliOADBContainer.h"
  49 #include "AliAODMCParticle.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  53 #include "AliEMCALGeometry.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  57 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  60 #include "AliEMCALCalibData.h"
  61
  62 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  63
  64 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  65
  66 //______________________________________________________________________________
  67 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  68 : AliAnalysisTaskSE(name)
  69 , fEvent(0)
  70 , fGeom(0),               fGeomName("")
  71 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  73 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
  74 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  75 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  76 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  77 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
  78 , fFillAODFile(kFALSE),   fFillAODHeader(0)
  79 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  80 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  81 , fOrgClusterCellId()
  82 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
  84 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
  85 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
  86 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
  87 , fRejectBelowThreshold(kFALSE)
  88 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),fRemoveExoticEvents(kFALSE)
  89 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
  90 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")
  91 , fCentralityClass(""),   fSelectEMCALEvent(0)
  92 , fEMCALEnergyCut(0.),    fEMCALNcellsCut (0)
  93 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
  94 , fRemapMCLabelForAODs(0)
  95 , fInputFromFilter(0)
  96 {
  97   // Constructor
  98
  99   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 100
 101   ResetArrays();
 102
 103   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 104
 105 }
 106
 107 //______________________________________________________________
 108 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 109 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 110 , fEvent(0)
 111 , fGeom(0),                 fGeomName("")
 112 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 113 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
 114 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
 115 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 116 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
 117 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE)
 118 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
 119 , fFillAODFile(kFALSE),     fFillAODHeader(0)
 120 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
 121 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
 122 , fOrgClusterCellId()
 123 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 124 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
 125 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
 126 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
 127 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
 128 , fRejectBelowThreshold(kFALSE)
 129 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),  fRemoveExoticEvents(kFALSE)
 130 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
 131 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")
 132 , fCentralityClass(""),     fSelectEMCALEvent(0)
 133 , fEMCALEnergyCut(0.),      fEMCALNcellsCut (0)
 134 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
 135 , fRemapMCLabelForAODs(0)
 136 , fInputFromFilter(0)
 137 {
 138   // Constructor
 139
 140   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 141
 142   ResetArrays();
 143
 144   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 145
 146 }
 147
 148
 149 //_______________________________________________________________
 150 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 151 {
 152   //dtor
 153
 154   if (fDigitsArr)
 155   {
 156     fDigitsArr->Clear("C");
 157     delete fDigitsArr;
 158   }
 159
 160   if (fClusterArr)
 161   {
 162     fClusterArr->Delete();
 163     delete fClusterArr;
 164   }
 165
 166   if (fCaloClusterArr)
 167   {
 168     fCaloClusterArr->Delete();
 169     delete fCaloClusterArr;
 170   }
 171
 172   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 173   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 174   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 175
 176 }
 177
 178 //_______________________________________________________
 179 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL()
 180 {
 181   // Accept event given there is a EMCAL cluster with enough energy, and not noisy, exotic
 182
 183   if(!fSelectEMCALEvent)   return kTRUE; // accept
 184
 185   if(fEMCALEnergyCut <= 0) return kTRUE; // accept
 186
 187   Int_t           nCluster = fEvent -> GetNumberOfCaloClusters();
 188   AliVCaloCells * caloCell = fEvent -> GetEMCALCells();
 189   Int_t           bc       = fEvent -> GetBunchCrossNumber();
 190
 191   for(Int_t icalo = 0; icalo < nCluster; icalo++)
 192   {
 193     AliVCluster *clus = (AliVCluster*) (fEvent->GetCaloCluster(icalo));
 194
 195     if( ( clus->IsEMCAL() ) && ( clus->GetNCells() > fEMCALNcellsCut ) && ( clus->E() > fEMCALEnergyCut ) &&
 196        fRecoUtils->IsGoodCluster(clus,fGeom,caloCell,bc))
 197     {
 198
 199       if (fDebug > 0)
 200         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Accept :  E %2.2f > %2.2f, nCells %d > %d \n",
 201                clus->E(), fEMCALEnergyCut, clus->GetNCells(), fEMCALNcellsCut);
 202
 203       return kTRUE;
 204     }
 205
 206   }// loop
 207
 208   if (fDebug > 0)
 209     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Reject \n");
 210
 211   return kFALSE;
 212
 213 }
 214
 215 //_______________________________________________
 216 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
 217 {
 218   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
 219   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
 220
 221   //Set it only once
 222   if(fOADBSet) return ;
 223
 224   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
 225   TString pass      = GetPass();
 226
 227   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s> \n",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data());
 228
 229   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 230
 231   // Bad map
 232   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
 233   {
 234     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
 235     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels");
 236
 237     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
 238
 239     if(arrayBC)
 240     {
 241         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
 242         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Remove EMCAL bad cells \n");
 243
 244         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 245         {
 246           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
 247
 248           if (hbm)
 249             delete hbm;
 250
 251           hbm=(TH2I*)arrayBC->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 252
 253           if (!hbm)
 254           {
 255             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 256             continue;
 257           }
 258
 259           hbm->SetDirectory(0);
 260           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
 261
 262         } // loop
 263     } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels\n"); // run array
 264   }  // Remove bad
 265
 266   // Energy Recalibration
 267   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 268   {
 269     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
 270
 271     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
 272
 273     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber);
 274
 275     if(recal)
 276     {
 277       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
 278
 279       if(recalpass)
 280       {
 281         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
 282
 283         if(recalib)
 284         {
 285           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate EMCAL \n");
 286           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 287           {
 288             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
 289
 290             if (h)
 291               delete h;
 292
 293             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 294
 295             if (!h)
 296             {
 297               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 298               continue;
 299             }
 300
 301             h->SetDirectory(0);
 302
 303             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
 304           } // SM loop
 305         }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params object array \n"); // array ok
 306       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 307     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 308
 309   } // Recalibration on
 310
 311   // Energy Recalibration, apply on top of previous calibration factors
 312   if(fRecoUtils->IsRunDepRecalibrationOn())
 313   {
 314     AliOADBContainer *contRFTD=new AliOADBContainer("");
 315
 316     contRFTD->InitFromFile(Form("%s/EMCALTemperatureCorrCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRunDepTempCalibCorrections");
 317
 318     TH1S *htd=(TH1S*)contRFTD->GetObject(runnumber);
 319
 320     //If it did not exist for this run, get closes one
 321     if (!htd)
 322     {
 323       AliWarning(Form("No TemperatureCorrCalib Objects for run: %d",runnumber));
 324       // let's get the closest runnumber instead then..
 325       Int_t lower = 0;
 326       Int_t ic = 0;
 327       Int_t maxEntry = contRFTD->GetNumberOfEntries();
 328
 329       while ( (ic < maxEntry) && (contRFTD->UpperLimit(ic) < runnumber) ) {
 330         lower = ic;
 331         ic++;
 332       }
 333
 334       Int_t closest = lower;
 335       if ( (ic<maxEntry) &&
 336           (contRFTD->LowerLimit(ic)-runnumber) < (runnumber - contRFTD->UpperLimit(lower)) ) {
 337         closest = ic;
 338       }
 339
 340       AliWarning(Form("TemperatureCorrCalib Objects found closest id %d from run: %d", closest, contRFTD->LowerLimit(closest)));
 341       htd = (TH1S*) contRFTD->GetObjectByIndex(closest);
 342     }
 343
 344     if(htd)
 345     {
 346       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate (Temperature) EMCAL \n");
 347
 348       for (Int_t ism=0; ism<nSM; ++ism)
 349       {
 350         for (Int_t icol=0; icol<48; ++icol)
 351         {
 352           for (Int_t irow=0; irow<24; ++irow)
 353           {
 354             Float_t factor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow);
 355
 356             Int_t absID = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(ism, irow, icol); // original calibration factor
 357             factor *= htd->GetBinContent(absID) / 10000. ; // correction dependent on T
 358             //printf("\t ism %d, icol %d, irow %d,absID %d, corrA %2.3f, corrB %2.3f, corrAB %2.3f\n",ism, icol, irow, absID,
 359             //      GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow) , htd->GetBinContent(absID) / 10000., factor);
 360             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow,factor);
 361           } // columns
 362         } // rows
 363       } // SM loop
 364     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL with T variations, no params TH1 \n");
 365   } // Run by Run T calibration
 366
 367   // Time Recalibration
 368   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
 369   {
 370     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
 371
 372     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
 373
 374     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber);
 375
 376     if(trecal)
 377     {
 378       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(pass);
 379
 380       if(trecalpass)
 381       {
 382         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
 383         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc)
 384         {
 385           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
 386
 387           if (h)
 388             delete h;
 389
 390           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
 391
 392           if (!h)
 393           {
 394             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
 395             continue;
 396           }
 397
 398           h->SetDirectory(0);
 399
 400           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
 401         } // bunch crossing loop
 402       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 403     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 404
 405   } // Time recalibration on
 406
 407   // Parameters already set once, so do not it again
 408   fOADBSet = kTRUE;
 409
 410 }
 411
 412 //_________________________________________________
 413 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 414 {
 415   //Access to OCDB stuff
 416
 417   fEvent = InputEvent();
 418   if (!fEvent)
 419   {
 420     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 421     return kFALSE;
 422   }
 423
 424   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
 425     return kTRUE;
 426   fRun = fEvent->GetRunNumber();
 427
 428   if(DebugLevel() > 1 )
 429     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Begin");
 430
 431   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 432
 433
 434   if (fOCDBpath.Length())
 435   {
 436     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 437     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 438   }
 439
 440   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
 441
 442   //
 443   // EMCAL from RAW OCDB
 444   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 445   {
 446     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 447     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 448   }
 449
 450   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 451
 452   // init parameters:
 453
 454   //Get calibration parameters
 455   if(!fCalibData)
 456   {
 457     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 458     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 459
 460     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 461   }
 462
 463   if(!fCalibData)
 464     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 465
 466   //Get calibration parameters
 467   if(!fPedestalData)
 468   {
 469     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 470     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 471
 472     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 473   }
 474
 475   if(!fPedestalData)
 476     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 477
 478   return kTRUE;
 479 }
 480
 481 //_____________________________________________________
 482 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
 483 {
 484   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
 485   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
 486
 487   fEvent = 0x0;
 488
 489   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 490   Int_t eventN = Entry();
 491   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 492
 493   if (eventN > fMaxEvent)
 494     return ;
 495
 496   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 497
 498   //Check if input event are embedded events
 499   //If so, take output event
 500   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
 501   {
 502     fEvent  = AODEvent();
 503
 504     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 505       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 506
 507     if(DebugLevel() > 1)
 508     {
 509       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 510
 511       printf("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 512              InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 513
 514       printf("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 515              aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 516
 517       for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
 518       {
 519         AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 520         if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 521       }
 522
 523       printf("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 524              AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 525     }
 526   }
 527   else if(fInputFromFilter)
 528   {
 529     //printf("Get Input From Filtered AOD\n");
 530     fEvent =  AODEvent();
 531   }
 532   else
 533   {
 534     fEvent =  InputEvent();
 535     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 536     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 537   }
 538
 539   if (!fEvent)
 540   {
 541     Error("UserExec","Event not available");
 542     return ;
 543   }
 544
 545   //Process events if there is a high energy cluster
 546   if(!AcceptEventEMCAL())  { fEvent = 0x0 ; return ; }
 547
 548   //-------------------------------------------------------------------------------------
 549   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data
 550   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
 551   //-------------------------------------------------------------------------------------
 552
 553   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
 554
 555   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
 556
 557   //-------------------------------------------------------------------------------------
 558   // Set the cluster array in the event (output or input)
 559   //-------------------------------------------------------------------------------------
 560
 561   if     ( fFillAODFile )
 562   {
 563     //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
 564     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kTRUE);
 565   }
 566   else if( !fOutputAODBranchSet )
 567   {
 568     // Create array and put it in the input event, if output AOD not selected, only once
 569     InputEvent()->AddObject(fOutputAODBranch);
 570     fOutputAODBranchSet = kTRUE;
 571     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Add AOD branch <%s> to input event\n",fOutputAODBranchName.Data());
 572   }
 573
 574 }
 575
 576 //____________________________________________________
 577 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
 578 {
 579   // Recluster calocells, transform them into digits,
 580   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
 581
 582   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 583   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 584   Int_t nClustersOrg  = 0;
 585
 586   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 587   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 588     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 589
 590   ResetArrays();
 591
 592   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 593   {
 594     AliVCluster *clus = 0;
 595     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 596       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 597     else
 598       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 599
 600     if(!clus) return;
 601
 602     if(clus->IsEMCAL())
 603     {
 604       Int_t label = clus->GetLabel();
 605       Int_t label2 = -1 ;
 606       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Index = %d, ID %d, MC label %d\n", clus->E(), clus->GetTOF(),i, clus->GetID(),label );
 607       //printf("Original list of labels from old cluster : \n");
 608       //for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
 609
 610       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 611       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 612       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
 613       {
 614         //printf("\t cell %d, MC label %d\n",index[icell],fEvent->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(index[icell]));
 615         fOrgClusterCellId[index[icell]] = i;
 616         fCellLabels[index[icell]]       = label;
 617         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 618         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();
 619         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
 620         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
 621       }
 622       nClustersOrg++;
 623     }
 624     // printf("\n");
 625   }
 626
 627   // Transform CaloCells into Digits
 628
 629   Int_t    idigit =  0;
 630   Int_t    id     = -1;
 631   Float_t  amp    = -1;
 632   Double_t time   = -1;
 633
 634   AliVCaloCells *cells = fEvent->GetEMCALCells();
 635
 636   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 637
 638   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 639   {
 640     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
 641     id = cells->GetCellNumber(icell);
 642     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
 643
 644     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
 645     if( amp  < fRecParam->GetMinECut() ||
 646         time > fRecParam->GetTimeMax() ||
 647         time < fRecParam->GetTimeMin()    ) accept = kFALSE;
 648
 649     // In case of old AOD analysis cell time is -1 s, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 650     if (fRecalibrateWithClusterTime)
 651     {
 652       time = fCellTime[id];
 653       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
 654       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 655       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
 656     }
 657
 658     //Exotic?
 659     if (accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
 660         accept = kFALSE;
 661
 662     if( !accept )
 663     {
 664       if( DebugLevel() > 2 )
 665         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
 666                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
 667       continue;
 668     }
 669
 670     Int_t mcLabel = cells->GetMCLabel(icell);
 671     //printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - cell %d, mc label %d\n",id,mcLabel);
 672
 673     //if(fCellLabels[id]!=mcLabel)printf("mcLabel %d - %d\n",mcLabel,fCellLabels[id]);
 674     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) mcLabel = fCellLabels[id]; // Older aliroot MC productions
 675     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 0 && fRemapMCLabelForAODs) RemapMCLabelForAODs(mcLabel);
 676     else mcLabel = -1; // found later
 677
 678     //printf("\t new label %d\n",mcLabel);
 679
 680     // Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer
 681     // when checking the most likely primary
 682
 683     Float_t efrac = cells->GetEFraction(icell);
 684
 685     //When checking the MC of digits, give weight to cells with embedded signal
 686     if (mcLabel > 0 && efrac < 1.e-6) efrac = 1;
 687
 688     //printf("******* Cell %d, id %d, e %f,  fraction %f, MC label %d, used MC label %d\n",icell,id,amp,cells->GetEFraction(icell),cells->GetMCLabel(icell),mcLabel);
 689
 690     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( mcLabel, mcLabel, id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, amp*efrac);
 691     // Last parameter should be MC deposited energy, since it is not available, add just the cell amplitude so that
 692     // we give more weight to the MC label of the cell with highest energy in the cluster
 693
 694     idigit++;
 695   }
 696
 697   fDigitsArr->Sort();
 698
 699   //-------------------------------------------------------------------------------------
 700   //Do the clusterization
 701   //-------------------------------------------------------------------------------------
 702
 703   fClusterizer->Digits2Clusters("");
 704
 705   //-------------------------------------------------------------------------------------
 706   //Transform the recpoints into AliVClusters
 707   //-------------------------------------------------------------------------------------
 708
 709   RecPoints2Clusters();
 710
 711   if(!fCaloClusterArr)
 712   {
 713     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 714     return;
 715   }
 716
 717   if( DebugLevel() > 0 )
 718   {
 719     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
 720
 721     if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
 722     {
 723       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 724              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 725              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 726     }
 727   }
 728 }
 729
 730 //_____________________________________________________
 731 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
 732 {
 733   // Take the event clusters and unfold them
 734
 735   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 736   Double_t cellAmplitude = 0;
 737   Double_t cellTime      = 0;
 738   Short_t  cellNumber    = 0;
 739   Int_t    cellMCLabel   = 0;
 740   Double_t cellEFrac     = 0;
 741   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 742
 743   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 744   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 745   {
 746     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 747     if(clus->IsEMCAL())
 748     {
 749       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 750       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
 751       {
 752         continue;
 753       }
 754
 755       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 756       {
 757         //Calibrate cluster
 758         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 759
 760         //CalibrateCells
 761         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 762         {
 763           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
 764             break;
 765
 766           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 767           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 768           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 769
 770           //Do not include bad channels found in analysis?
 771           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 772               fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 773             continue;
 774
 775           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 776
 777         }// cells loop
 778       }// recalibrate
 779
 780       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 781       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 782       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 783
 784       if     (esdCluster)
 785       {
 786         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 787       }//ESD
 788       else if(aodCluster)
 789       {
 790         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 791       }//AOD
 792       else
 793         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 794
 795       nClustersOrg++;
 796     }
 797   }
 798
 799   //Do the unfolding
 800   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 801
 802   //CLEAN-UP
 803   fUnfolder->Clear();
 804
 805 }
 806
 807 //_____________________________________________________
 808 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
 809 {
 810   // Put calo cells in standard branch
 811   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
 812   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 813
 814   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 815   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 816   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 817   Double_t calibFactor = 1.;
 818   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
 819   {
 820     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 821     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 822     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 823
 824     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 825     {
 826       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 827     }
 828
 829     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 830     { //Channel is not declared as bad
 831       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
 832                          eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
 833     }
 834     else
 835     {
 836       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
 837     }
 838   }
 839   aodEMcells.Sort();
 840
 841 }
 842
 843 //__________________________________________________
 844 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
 845 {
 846   //Put event header information in standard AOD branch
 847
 848   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
 849   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
 850
 851   Double_t pos[3]   ;
 852   Double_t covVtx[6];
 853   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 854
 855   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 856   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
 857
 858   if(esdevent)
 859   {
 860     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 861     if (tree)
 862     {
 863       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 864       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 865     }
 866   }
 867   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 868
 869   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
 870   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
 871   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
 872   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
 873
 874   //Centrality
 875   if(fEvent->GetCentrality())
 876     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
 877   else
 878     header->SetCentrality(0);
 879
 880   //Trigger
 881   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 882
 883   header->SetFiredTriggerClasses(fEvent->GetFiredTriggerClasses());
 884
 885   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask());
 886   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
 887
 888   if      (esdevent)
 889   {
 890     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 891     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 892     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 893   }
 894   else if (aodevent)
 895   {
 896     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 897     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 898     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 899   }
 900
 901   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
 902   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 903
 904   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
 905   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
 906   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
 907   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
 908   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
 909
 910   Float_t diamxy[2]={(Float_t)fEvent->GetDiamondX(),(Float_t)fEvent->GetDiamondY()};
 911   Float_t diamcov[3];
 912   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
 913   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 914   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 915   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 916
 917   //
 918   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 919   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 920
 921   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 922
 923   // Access to the AOD container of vertices
 924   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 925   Int_t jVertices=0;
 926
 927   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 928   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 929   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 930   Float_t chi = 0;
 931   if      (esdevent)
 932   {
 933     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 934     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 935   }
 936   else if (aodevent)
 937   {
 938     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 939     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 940   }
 941
 942   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 943   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 944   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
 945   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 946
 947 }
 948
 949 //___________________________________________________________
 950 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInEvent()
 951 {
 952   // Get the CaloClusters array, do some final calculations
 953   // and put the clusters in the output or input event
 954   // as a separate branch
 955
 956   //First recalculate track-matching for the new clusters
 957   if(fDoTrackMatching)
 958   {
 959     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
 960   }
 961   //Put the new clusters in the AOD list
 962
 963   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 964
 965   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
 966   {
 967     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 968
 969     newCluster->SetID(i);
 970
 971     // Correct cluster energy non linearity
 972     newCluster->SetE(fRecoUtils->CorrectClusterEnergyLinearity(newCluster));
 973
 974     //Add matched track
 975     if(fDoTrackMatching)
 976     {
 977       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 978       if(trackIndex >= 0)
 979       {
 980         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
 981         if(DebugLevel() > 1)
 982           printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 983       }
 984
 985       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
 986       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
 987       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
 988
 989     }
 990     else
 991     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
 992       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
 993       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
 994     }
 995
 996     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
 997     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
 998     //printf("\n");
 999
1000     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
1001     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
1002
1003     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
1004
1005     if(DebugLevel() > 1 )
1006       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f, mc label %d \n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E(), newCluster->GetLabel());
1007
1008   } // cluster loop
1009
1010   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
1011
1012
1013 }
1014
1015 //_______________________________________________
1016 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
1017 {
1018   // Get passx from filename.
1019
1020   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree())
1021   {
1022     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null\n");
1023     return TString("");
1024   }
1025
1026   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile())
1027   {
1028     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null\n");
1029     return TString("");
1030   }
1031
1032   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
1033   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
1034   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
1035   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
1036   else if (pass.Contains("ass4")) return TString("pass4");
1037   else if (pass.Contains("ass5")) return TString("pass5");
1038   else if (pass.Contains("calo") || pass.Contains("high_lumi"))
1039   {
1040     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Path contains <calo> or <high-lumi>, set as <pass1>\n");
1041     return TString("pass1");
1042   }
1043
1044   // No condition fullfilled, give a default value
1045   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pass number string not found \n");
1046   return TString("");
1047
1048 }
1049
1050 //_________________________________________
1051 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
1052 {
1053   //Init analysis with configuration macro if available
1054
1055   fOADBSet           = kFALSE;
1056   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;
1057
1058   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
1059
1060   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
1061   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();
1062
1063   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
1064   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;
1065   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
1066   fRejectBelowThreshold = kFALSE;
1067
1068   //Centrality
1069   if(fCentralityClass  == "") fCentralityClass  = "V0M";
1070
1071   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
1072   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
1073
1074   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
1075   {
1076     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::Init() - Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
1077     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
1078     fGeomName         = clus->fGeomName;
1079     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
1080     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
1081     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
1082     fRecParam         = clus->fRecParam;
1083     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
1084     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
1085     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
1086     fConfigName       = clus->fConfigName;
1087     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
1088     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
1089     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
1090     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
1091     fCentralityClass  = clus->fCentralityClass;
1092     fCentralityBin[0] = clus->fCentralityBin[0];
1093     fCentralityBin[1] = clus->fCentralityBin[1];
1094   }
1095
1096   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
1097   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
1098   {
1099     if (fImportGeometryFilePath == "") fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2011.root" ; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
1100     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
1101     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ;
1102   }
1103
1104 }
1105
1106 //_______________________________________________________
1107 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
1108 {
1109   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
1110
1111   if (fJustUnfold)
1112   {
1113     // init the unfolding afterburner
1114     delete fUnfolder;
1115     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
1116     return;
1117   }
1118
1119   //First init the clusterizer
1120   delete fClusterizer;
1121   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
1122     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1123   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
1124     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1125   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
1126   {
1127     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1128     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
1129     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
1130   }
1131   else
1132   {
1133     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
1134   }
1135
1136   //Now set the parameters
1137   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
1138   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
1139   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
1140   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1141   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1142   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1143   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1144   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1145   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1146   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
1147
1148   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1149   fClusterizer->SetOutput(0);
1150   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1151   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1152
1153   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1154   if(fRecParam->GetUnfold())
1155   {
1156     Int_t i=0;
1157     for (i = 0; i < 8; i++)
1158     {
1159       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1160     }//end of loop over parameters
1161
1162     for (i = 0; i < 3; i++)
1163     {
1164       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1165       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1166     }//end of loop over parameters
1167     fClusterizer->SetRejectBelowThreshold(fRejectBelowThreshold);//here we set option of unfolding: split or reject energy
1168     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1169
1170   }// to unfold
1171 }
1172
1173 //_________________________________________________
1174 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1175 {
1176   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1177   // Also set once the run dependent calibrations
1178
1179   if(fGeomMatrixSet) return;
1180
1181   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1182   if (!fGeom)
1183   {
1184     if(fGeomName=="")
1185     {
1186       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1187       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1188       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";
1189       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d\n",fGeomName.Data(),runnumber);
1190     }
1191
1192                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1193
1194                 if(fDebug > 0)
1195     {
1196                         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry(run=%d)",runnumber);
1197                         if (!gGeoManager) printf(" - Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1198                         printf("\n");
1199                 }
1200         } // geometry pointer did not exist before
1201
1202   if(fLoadGeomMatrices)
1203   {
1204     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Load user defined EMCAL geometry matrices\n");
1205
1206     // OADB if available
1207     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1208     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1209     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1210
1211
1212     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1213     {
1214
1215       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1216       {
1217         if(fDebug > 1 )
1218           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - EMCAL matrices SM %d, %p\n",
1219                  mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod)));
1220         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1221
1222         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1223       }
1224
1225       if(fGeomMatrix[mod])
1226       {
1227         if(DebugLevel() > 1)
1228           fGeomMatrix[mod]->Print();
1229
1230         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
1231       }
1232
1233       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1234
1235     }//SM loop
1236   }//Load matrices
1237   else if(!gGeoManager)
1238   {
1239     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1240     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
1241     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent"))
1242     {
1243       if(DebugLevel() > 1)
1244         Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
1245     }//AOD
1246     else
1247     {
1248       if(DebugLevel() > 1)
1249         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1250
1251       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1252
1253       if(!esd)
1254       {
1255         Error("InitGeometry"," - This event does not contain ESDs?");
1256         if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1257         return;
1258       }
1259
1260       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1261       {
1262         if(DebugLevel() > 1)
1263           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1264
1265         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1266
1267       }
1268
1269       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1270
1271     }//ESD
1272   }//Load matrices from Data
1273
1274 }
1275
1276 //____________________________________________________
1277 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1278 {
1279
1280   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1281   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1282
1283   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1284
1285   // Loop on cells
1286   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1287   Float_t totCellE = 0;
1288   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1289   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1290   {
1291
1292     Float_t  ecell = 0 ;
1293     Double_t tcell = 0 ;
1294
1295     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1296     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1297     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1298   }
1299
1300   //  TString triggerclasses = event->GetFiredTriggerClasses();
1301   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1302   //    if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1303   //    return;
1304   //
1305
1306   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1307   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1308
1309   return kFALSE;
1310
1311 }
1312
1313 //________________________________________________________________
1314 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1315 {
1316   //Check if event is LED
1317
1318   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1319
1320   //check events of LHC11a period
1321   if(run < 146858 || run > 146860) return kFALSE ;
1322
1323   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1324   Int_t ncellsSM3 = 0;
1325   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1326   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1327   {
1328     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1329   }
1330
1331   TString triggerclasses = fEvent->GetFiredTriggerClasses();
1332
1333   Int_t ncellcut = 21;
1334   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1335
1336   if( ncellsSM3 >= ncellcut)
1337   {
1338     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::IsLEDEvent() - reject event %d with ncells in SM3 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3);
1339     if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1340     return kTRUE;
1341   }
1342
1343   return kFALSE;
1344
1345 }
1346
1347 //_______________________________________________________
1348 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1349 {
1350   // Restore clusters from recPoints
1351   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude
1352   // fractions are restored
1353
1354   Int_t j = 0;
1355   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1356   {
1357     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1358
1359     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1360     Int_t ncellsTrue = 0;
1361
1362     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1363
1364     // cells and their amplitude fractions
1365     UShort_t   absIds[ncells];
1366     Double32_t ratios[ncells];
1367
1368     //For later check embedding
1369     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1370
1371     Float_t clusterE = 0;
1372     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++)
1373     {
1374       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1375
1376       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1377       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1378
1379       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
1380       if(fSelectCell)
1381       {
1382         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)
1383         {
1384           if(DebugLevel() > 1)
1385           {
1386             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
1387                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
1388           }
1389
1390           continue;
1391
1392         } // if cuts
1393       }// Select cells
1394
1395       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1396       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1397
1398       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
1399       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
1400       {
1401         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1402         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1403         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1404
1405         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1406         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1407         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1408         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1409
1410         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1411         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1412
1413       }//Embedding
1414
1415       ncellsTrue++;
1416
1417     }// cluster cell loop
1418
1419     if (ncellsTrue < 1)
1420     {
1421       if (DebugLevel() > 1)
1422         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
1423                recPoint->GetEnergy(), ncells);
1424       continue;
1425     }
1426
1427     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1428
1429     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold())
1430     {
1431       if (DebugLevel()>1)
1432         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
1433       continue;
1434     }
1435
1436     TVector3 gpos;
1437     Float_t g[3];
1438
1439     // calculate new cluster position
1440
1441     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1442     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1443     gpos.GetXYZ(g);
1444
1445     // create a new cluster
1446
1447     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1448     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1449     j++;
1450     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1451     clus->SetE(clusterE);
1452     clus->SetPosition(g);
1453     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1454     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1455     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1456     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1457     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1458     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1459     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1460
1461     if(ncells == ncellsTrue)
1462     {
1463       Float_t elipAxis[2];
1464       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1465       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1466       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1467       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1468     }
1469     else if(fSelectCell)
1470     {
1471       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1472       // shower shape parameters and position
1473       if(DebugLevel() > 1)
1474         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
1475
1476       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1477       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1478       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1479
1480       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1481       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1482       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1483
1484     }
1485
1486     // MC
1487
1488     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(recPoint,clus) ;
1489     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 2 ) SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(clus) ;
1490     else
1491     {
1492       // Normal case, trust what the clusterizer has found
1493       Int_t  parentMult = 0;
1494       Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1495       clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1496 //      printf("Label list : ");
1497 //      for(Int_t ilabel = 0; ilabel < parentMult; ilabel++ ) printf(" %d ",parentList[ilabel]);
1498 //      printf("\n");
1499     }
1500
1501   } // recPoints loop
1502
1503 }
1504
1505 //___________________________________________________________________________
1506 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs(Int_t & label)
1507 {
1508   // MC label for Cells not remapped after ESD filtering, do it here.
1509
1510   if(label < 0) return ;
1511
1512   AliAODEvent  * evt = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent) ;
1513   if(!evt) return ;
1514
1515   TClonesArray * arr = dynamic_cast<TClonesArray*>(evt->FindListObject("mcparticles")) ;
1516   if(!arr) return ;
1517
1518   if(label < arr->GetEntriesFast())
1519   {
1520     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(label));
1521     if(!particle) return ;
1522
1523     if(label == particle->Label()) return ; // label already OK
1524     //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d - AOD stack %d \n",label, particle->Label());
1525   }
1526   //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d > AOD labels %d \n",label, arr->GetEntriesFast());
1527
1528   // loop on the particles list and check if there is one with the same label
1529   for(Int_t ind = 0; ind < arr->GetEntriesFast(); ind++ )
1530   {
1531     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(ind));
1532     if(!particle) continue ;
1533
1534     if(label == particle->Label())
1535     {
1536       label = ind;
1537       //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - New Label Index  %d \n",label);
1538       return;
1539     }
1540   }
1541
1542   label = -1;
1543
1544   //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label not found set to -1 \n");
1545
1546 }
1547
1548 //________________________________________________
1549 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ResetArrays()
1550 {
1551   // Reset arrays containing information for all possible cells
1552   for(Int_t j = 0; j < 12672; j++)
1553   {
1554     fOrgClusterCellId[j] = -1;
1555     fCellLabels[j]       = -1;
1556     fCellSecondLabels[j] = -1;
1557     fCellTime[j]         =  0.;
1558     fCellMatchdEta[j]    = -999;
1559     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
1560   }
1561 }
1562
1563 //_____________________________________________________________________________________________________
1564 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(AliEMCALRecPoint  * recPoint,
1565                                                                            AliAODCaloCluster * clus)
1566 {
1567   // Set the cluster MC label, the digizer was filled with most likely MC label for all cells in original cluster
1568   // Now check the second most likely MC label and add it to the new cluster
1569
1570   Int_t  parentMult = 0;
1571   Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1572   clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1573
1574   //Write the second major contributor to each MC cluster.
1575   Int_t iNewLabel ;
1576   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1577   {
1578
1579     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1580     if(idCell>=0)
1581     {
1582       iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1583       for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1584       {
1585         if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1586           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1587             }
1588       if (iNewLabel == 1)
1589       {
1590         Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1591         for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1592         {
1593           newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1594         }
1595
1596         newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1597         clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1598         delete [] newLabelArray;
1599       }
1600     }//positive cell number
1601   }
1602 }
1603
1604 //___________________________________________________________________________________________________
1605 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(AliAODCaloCluster * clus)
1606 {
1607   // Get the original clusters that contribute to the new cluster, assign the labels of such clusters
1608   // to the new cluster.
1609   // Only approximatedly valid  when output are V1 clusters, handle with care
1610
1611   TArrayI clArray(300) ; //Weird if more than a few clusters are in the origin ...
1612   clArray.Reset();
1613   Int_t nClu = 0;
1614   Int_t nLabTotOrg = 0;
1615   Float_t emax = -1;
1616   Int_t idMax = -1;
1617
1618   AliVEvent * event = fEvent;
1619
1620   //In case of embedding the MC signal is in the added event
1621   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1622   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
1623     event = aodIH->GetEventToMerge(); //Get clusters directly from embedded signal
1624
1625
1626   //Find the clusters that originally had the cells
1627   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1628   {
1629     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1630
1631     if(idCell>=0)
1632     {
1633       Int_t idCluster = fOrgClusterCellId[idCell];
1634
1635       Bool_t set = kTRUE;
1636       for(Int_t icl =0; icl < nClu; icl++)
1637       {
1638         if(((Int_t)clArray.GetAt(icl))==-1 ) continue;
1639         if( idCluster == ((Int_t)clArray.GetAt(icl)) ) set = kFALSE;
1640         //   printf("\t \t icell %d  Cluster in array %d, IdCluster %d, in array %d, set %d\n",
1641         //          iLoopCell,                 icl,  idCluster,((Int_t)clArray.GetAt(icl)),set);
1642       }
1643       if( set && idCluster >= 0)
1644       {
1645         clArray.SetAt(idCluster,nClu++);
1646         //printf("******** idCluster %d \n",idCluster);
1647         nLabTotOrg+=(event->GetCaloCluster(idCluster))->GetNLabels();
1648
1649         //printf("Cluster in array %d, IdCluster %d\n",nClu-1,  idCluster);
1650
1651         //Search highest E cluster
1652         AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1653         //printf("\t E %f\n",clOrg->E());
1654         if(emax < clOrg->E())
1655         {
1656           emax  = clOrg->E();
1657           idMax = idCluster;
1658         }
1659       }
1660     }
1661   }// cell loop
1662
1663   if(nClu==0 || nLabTotOrg == 0)
1664   {
1665     //if(clus->E() > 0.25) printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters() - Check: N org clusters %d, n tot labels %d, cluster E %f,  n cells %d\n",nClu,nLabTotOrg,clus->E(), clus->GetNCells());
1666     //for(Int_t icell = 0; icell < clus->GetNCells(); icell++) printf("\t cell %d",clus->GetCellsAbsId()[icell]);
1667     //printf("\n");
1668   }
1669
1670   // Put the first in the list the cluster with highest energy
1671   if(idMax != ((Int_t)clArray.GetAt(0))) // Max not at first position
1672   {
1673     Int_t maxIndex = -1;
1674     Int_t firstCluster = ((Int_t)clArray.GetAt(0));
1675     for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1676     {
1677       if(idMax == ((Int_t)clArray.GetAt(iLoopCluster))) maxIndex = iLoopCluster;
1678     }
1679
1680     if(firstCluster >=0 && idMax >=0)
1681     {
1682       clArray.SetAt(idMax,0);
1683       clArray.SetAt(firstCluster,maxIndex);
1684     }
1685   }
1686
1687   // Get the labels list in the original clusters, assign all to the new cluster
1688   TArrayI clMCArray(nLabTotOrg) ;
1689   clMCArray.Reset();
1690
1691   Int_t nLabTot = 0;
1692   for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1693   {
1694     Int_t idCluster = (Int_t) clArray.GetAt(iLoopCluster);
1695     //printf("New Cluster in Array %d,  idCluster %d \n",iLoopCluster,idCluster);
1696     AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1697     Int_t nLab = clOrg->GetNLabels();
1698
1699     for ( Int_t iLab = 0 ; iLab < nLab ; iLab++ )
1700     {
1701       Int_t lab = clOrg->GetLabelAt(iLab) ;
1702       if(lab>=0)
1703       {
1704         Bool_t set = kTRUE;
1705         //printf("\t \t Set Label %d \n", lab);
1706         for(Int_t iLabTot =0; iLabTot < nLabTot; iLabTot++)
1707         {
1708           if( lab == ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)) ) set = kFALSE;
1709           //printf("iLoopCluster %d, Label ID in Org Cluster %d,label %d  Label ID in array %d, label in array %d, set %d\n",
1710           //       iLoopCluster,                           iLab,     lab,           iLabTot,  ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)),set);
1711         }
1712         if( set ) clMCArray.SetAt(lab,nLabTot++);
1713       }
1714     }
1715   }// cluster loop
1716
1717   // Set the final list of labels
1718
1719   clus->SetLabel(clMCArray.GetArray(), nLabTot);
1720
1721 //  printf("Final list of labels for new cluster : \n");
1722 //  for(Int_t ice = 0; ice < clus->GetNCells() ; ice++)
1723 //  {
1724 //    printf("\t Cell %d ",clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1725 //    Int_t label = InputEvent()->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1726 //    printf(" org %d ",label);
1727 //    RemapMCLabelForAODs(label);
1728 //    printf(" new %d \n",label);
1729 //  }
1730 //  for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
1731 }
1732
1733
1734 //____________________________________________________________
1735 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1736 {
1737   // Init geometry, create list of output clusters
1738
1739
1740   fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1741
1742   if(fOutputAODBranchName.Length()==0)
1743   {
1744     fOutputAODBranchName = "newEMCALClustersArray";
1745     printf("Cluster branch name not set, set it to newEMCALClustersArray \n");
1746   }
1747
1748   fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1749
1750   if( fFillAODFile )
1751   {
1752     //fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1753
1754
1755     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1756
1757     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1758   }
1759
1760 }
1761
1762 //_______________________________________________________
1763 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
1764 {
1765   // Do clusterization event by event, execute different steps
1766   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed, initializations
1767   //    load things and clear arrays
1768   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1769   //               b) recluster cells
1770   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1771   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN)
1772   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1773   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1774   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1775
1776   //-------
1777   // Step 1
1778
1779
1780   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event
1781   fOutputAODBranch->Clear("C");
1782
1783   LoadBranches();
1784
1785   //Check if there is a centrality value, PbPb analysis, and if a centrality bin selection is requested
1786   //If we need a centrality bin, we select only those events in the corresponding bin.
1787   if( GetCentrality() && fCentralityBin[0] >= 0 && fCentralityBin[1] >= 0 )
1788   {
1789     Float_t cen = GetEventCentrality();
1790     if(cen > fCentralityBin[1] || cen < fCentralityBin[0]) return ; //reject events out of bin.
1791   }
1792
1793   // intermediate array with new clusters : init the array only once or clear from previous event
1794   if(!fCaloClusterArr) fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
1795   else                 fCaloClusterArr->Delete();//Clear("C"); it leaks?
1796
1797   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1798
1799   //Get the event, do some checks and settings
1800   CheckAndGetEvent() ;
1801
1802   if (!fEvent)
1803   {
1804     if(DebugLevel() > 0 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Skip Event %d", (Int_t) Entry());
1805     return ;
1806   }
1807
1808   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1809
1810
1811   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1812   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1813
1814   InitClusterization();
1815
1816   //-------
1817   // Step 2
1818
1819   // Make clusters
1820   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1821   else             ClusterizeCells() ;
1822
1823   //-------
1824   // Step 3
1825
1826   FillCaloClusterInEvent();
1827
1828 }
1829