PWGGA/EMCALTasks/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1  /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  18 //
  19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  21 //
  22 // $Id$
  23 //_________________________________________________________________________
  24
  25 // --- Root ---
  26 #include <TString.h>
  27 #include <TRefArray.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TTree.h>
  30 #include <TGeoManager.h>
  31 #include <TROOT.h>
  32 #include <TInterpreter.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 // --- AliRoot Analysis Steering
  36 #include "AliAnalysisTask.h"
  37 #include "AliAnalysisManager.h"
  38 #include "AliESDEvent.h"
  39 #include "AliGeomManager.h"
  40 #include "AliVCaloCells.h"
  41 #include "AliAODCaloCluster.h"
  42 #include "AliCDBManager.h"
  43 #include "AliCDBStorage.h"
  44 #include "AliCDBEntry.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliVEventHandler.h"
  47 #include "AliAODInputHandler.h"
  48 #include "AliOADBContainer.h"
  49 #include "AliAODMCParticle.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  53 #include "AliEMCALGeometry.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  57 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  60 #include "AliEMCALCalibData.h"
  61
  62 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  63
  64 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  65
  66 //______________________________________________________________________________
  67 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  68 : AliAnalysisTaskSE(name)
  69 , fEvent(0)
  70 , fGeom(0),               fGeomName("")
  71 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  73 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
  74 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  75 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  76 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  77 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
  78 , fFillAODFile(kFALSE),   fFillAODHeader(0)
  79 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  80 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  81 , fOrgClusterCellId()
  82 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
  84 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
  85 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
  86 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
  87 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),fRemoveExoticEvents(kFALSE)
  88 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
  89 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")
  90 , fCentralityClass(""),   fSelectEMCALEvent(0)
  91 , fEMCALEnergyCut(0.),    fEMCALNcellsCut (0)
  92 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
  93 , fRemapMCLabelForAODs(0)
  94 {
  95   // Constructor
  96
  97   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  98
  99   ResetArrays();
 100
 101   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 102
 103 }
 104
 105 //______________________________________________________________
 106 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 107 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 108 , fEvent(0)
 109 , fGeom(0),                 fGeomName("")
 110 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 111 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
 112 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
 113 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 114 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
 115 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE)
 116 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
 117 , fFillAODFile(kFALSE),     fFillAODHeader(0)
 118 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
 119 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
 120 , fOrgClusterCellId()
 121 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 122 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
 123 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
 124 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
 125 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
 126 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),  fRemoveExoticEvents(kFALSE)
 127 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
 128 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")
 129 , fCentralityClass(""),     fSelectEMCALEvent(0)
 130 , fEMCALEnergyCut(0.),      fEMCALNcellsCut (0)
 131 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
 132 , fRemapMCLabelForAODs(0)
 133 {
 134   // Constructor
 135
 136   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 137
 138   ResetArrays();
 139
 140   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 141
 142 }
 143
 144
 145 //_______________________________________________________________
 146 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 147 {
 148   //dtor
 149
 150   if (fDigitsArr)
 151   {
 152     fDigitsArr->Clear("C");
 153     delete fDigitsArr;
 154   }
 155
 156   if (fClusterArr)
 157   {
 158     fClusterArr->Delete();
 159     delete fClusterArr;
 160   }
 161
 162   if (fCaloClusterArr)
 163   {
 164     fCaloClusterArr->Delete();
 165     delete fCaloClusterArr;
 166   }
 167
 168   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 169   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 170   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 171
 172 }
 173
 174 //_______________________________________________________
 175 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL()
 176 {
 177   // Accept event given there is a EMCAL cluster with enough energy, and not noisy, exotic
 178
 179   if(!fSelectEMCALEvent)   return kTRUE; // accept
 180
 181   if(fEMCALEnergyCut <= 0) return kTRUE; // accept
 182
 183   Int_t           nCluster = InputEvent() -> GetNumberOfCaloClusters();
 184   AliVCaloCells * caloCell = InputEvent() -> GetEMCALCells();
 185   Int_t           bc       = InputEvent() -> GetBunchCrossNumber();
 186
 187   for(Int_t icalo = 0; icalo < nCluster; icalo++)
 188   {
 189     AliVCluster *clus = (AliVCluster*) (InputEvent()->GetCaloCluster(icalo));
 190
 191     if( ( clus->IsEMCAL() ) && ( clus->GetNCells() > fEMCALNcellsCut ) && ( clus->E() > fEMCALEnergyCut ) &&
 192        fRecoUtils->IsGoodCluster(clus,fGeom,caloCell,bc))
 193     {
 194
 195       if (fDebug > 0)
 196         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Accept :  E %2.2f > %2.2f, nCells %d > %d \n",
 197                              clus->E(), fEMCALEnergyCut, clus->GetNCells(), fEMCALNcellsCut);
 198
 199       return kTRUE;
 200     }
 201
 202   }// loop
 203
 204   if (fDebug > 0)
 205     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Reject \n");
 206
 207   return kFALSE;
 208
 209 }
 210
 211 //_______________________________________________
 212 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
 213 {
 214   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
 215   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
 216
 217   //Set it only once
 218   if(fOADBSet) return ;
 219
 220   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
 221   TString pass      = GetPass();
 222
 223   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s> \n",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data());
 224
 225   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 226
 227   // Bad map
 228   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
 229   {
 230     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
 231     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels");
 232
 233     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
 234
 235     if(arrayBC)
 236     {
 237         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
 238         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Remove EMCAL bad cells \n");
 239
 240         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 241         {
 242           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
 243
 244           if (hbm)
 245             delete hbm;
 246
 247           hbm=(TH2I*)arrayBC->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 248
 249           if (!hbm)
 250           {
 251             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 252             continue;
 253           }
 254
 255           hbm->SetDirectory(0);
 256           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
 257
 258         } // loop
 259     } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels\n"); // run array
 260   }  // Remove bad
 261
 262   // Energy Recalibration
 263   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 264   {
 265     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
 266
 267     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
 268
 269     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber);
 270
 271     if(recal)
 272     {
 273       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
 274
 275       if(recalpass)
 276       {
 277         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
 278
 279         if(recalib)
 280         {
 281           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate EMCAL \n");
 282           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 283           {
 284             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
 285
 286             if (h)
 287               delete h;
 288
 289             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 290
 291             if (!h)
 292             {
 293               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 294               continue;
 295             }
 296
 297             h->SetDirectory(0);
 298
 299             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
 300           } // SM loop
 301         }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params object array \n"); // array ok
 302       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 303     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 304
 305   } // Recalibration on
 306
 307   // Energy Recalibration, apply on top of previous calibration factors
 308   if(fRecoUtils->IsRunDepRecalibrationOn())
 309   {
 310     AliOADBContainer *contRFTD=new AliOADBContainer("");
 311
 312     contRFTD->InitFromFile(Form("%s/EMCALTemperatureCorrCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRunDepTempCalibCorrections");
 313
 314     TH1S *htd=(TH1S*)contRFTD->GetObject(runnumber);
 315
 316     //If it did not exist for this run, get closes one
 317     if (!htd)
 318     {
 319       AliWarning(Form("No TemperatureCorrCalib Objects for run: %d",runnumber));
 320       // let's get the closest runnumber instead then..
 321       Int_t lower = 0;
 322       Int_t ic = 0;
 323       Int_t maxEntry = contRFTD->GetNumberOfEntries();
 324
 325       while ( (ic < maxEntry) && (contRFTD->UpperLimit(ic) < runnumber) ) {
 326         lower = ic;
 327         ic++;
 328       }
 329
 330       Int_t closest = lower;
 331       if ( (ic<maxEntry) &&
 332           (contRFTD->LowerLimit(ic)-runnumber) < (runnumber - contRFTD->UpperLimit(lower)) ) {
 333         closest = ic;
 334       }
 335
 336       AliWarning(Form("TemperatureCorrCalib Objects found closest id %d from run: %d", closest, contRFTD->LowerLimit(closest)));
 337       htd = (TH1S*) contRFTD->GetObjectByIndex(closest);
 338     }
 339
 340     if(htd)
 341     {
 342       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate (Temperature) EMCAL \n");
 343
 344       for (Int_t ism=0; ism<nSM; ++ism)
 345       {
 346         for (Int_t icol=0; icol<48; ++icol)
 347         {
 348           for (Int_t irow=0; irow<24; ++irow)
 349           {
 350             Float_t factor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow);
 351
 352             Int_t absID = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(ism, irow, icol); // original calibration factor
 353             factor *= htd->GetBinContent(absID) / 10000. ; // correction dependent on T
 354             //printf("\t ism %d, icol %d, irow %d,absID %d, corrA %2.3f, corrB %2.3f, corrAB %2.3f\n",ism, icol, irow, absID,
 355             //      GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow) , htd->GetBinContent(absID) / 10000., factor);
 356             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow,factor);
 357           } // columns
 358         } // rows
 359       } // SM loop
 360     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL with T variations, no params TH1 \n");
 361   } // Run by Run T calibration
 362
 363   // Time Recalibration
 364   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
 365   {
 366     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
 367
 368     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
 369
 370     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber);
 371
 372     if(trecal)
 373     {
 374       TString passTmp = pass;
 375       if(pass!="pass1" && pass!="pass2") passTmp = "pass2"; // TEMPORARY FIX FOR LHC11a analysis
 376       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(passTmp);
 377
 378       if(trecalpass)
 379       {
 380         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
 381         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc)
 382         {
 383           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
 384
 385           if (h)
 386             delete h;
 387
 388           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
 389
 390           if (!h)
 391           {
 392             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
 393             continue;
 394           }
 395
 396           h->SetDirectory(0);
 397
 398           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
 399         } // bunch crossing loop
 400       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 401     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 402
 403   } // Time recalibration on
 404
 405   // Parameters already set once, so do not it again
 406   fOADBSet = kTRUE;
 407
 408 }
 409
 410 //_________________________________________________
 411 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 412 {
 413   //Access to OCDB stuff
 414
 415   fEvent = InputEvent();
 416   if (!fEvent)
 417   {
 418     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 419     return kFALSE;
 420   }
 421
 422   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
 423     return kTRUE;
 424   fRun = fEvent->GetRunNumber();
 425
 426   if(DebugLevel() > 1 )
 427     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Begin");
 428
 429   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 430
 431
 432   if (fOCDBpath.Length())
 433   {
 434     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 435     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 436   }
 437
 438   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
 439
 440   //
 441   // EMCAL from RAW OCDB
 442   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 443   {
 444     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 445     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 446   }
 447
 448   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 449
 450   // init parameters:
 451
 452   //Get calibration parameters
 453   if(!fCalibData)
 454   {
 455     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 456     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 457
 458     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 459   }
 460
 461   if(!fCalibData)
 462     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 463
 464   //Get calibration parameters
 465   if(!fPedestalData)
 466   {
 467     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 468     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 469
 470     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 471   }
 472
 473   if(!fPedestalData)
 474     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 475
 476   return kTRUE;
 477 }
 478
 479 //_____________________________________________________
 480 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
 481 {
 482   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
 483   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
 484
 485   fEvent = 0x0;
 486
 487   //Process events if there is a high energy cluster
 488   if(!AcceptEventEMCAL())  return ;
 489
 490   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 491   Int_t eventN = Entry();
 492   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 493
 494   if (eventN > fMaxEvent)
 495     return ;
 496
 497   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 498
 499   //Check if input event are embedded events
 500   //If so, take output event
 501   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
 502   {
 503     fEvent  = AODEvent();
 504
 505     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 506       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 507
 508     if(DebugLevel() > 1)
 509     {
 510       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 511
 512       printf("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 513              InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 514
 515       printf("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 516              aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 517
 518       for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
 519       {
 520         AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 521         if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 522       }
 523
 524       printf("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 525              AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 526     }
 527   }
 528   else
 529   {
 530     fEvent =  InputEvent();
 531     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 532     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 533   }
 534
 535   if (!fEvent)
 536   {
 537     Error("UserExec","Event not available");
 538     return ;
 539   }
 540
 541   //-------------------------------------------------------------------------------------
 542   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data
 543   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
 544   //-------------------------------------------------------------------------------------
 545
 546   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
 547
 548   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
 549
 550   //-------------------------------------------------------------------------------------
 551   // Set the cluster array in the event (output or input)
 552   //-------------------------------------------------------------------------------------
 553
 554   if     ( fFillAODFile )
 555   {
 556     //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
 557     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kTRUE);
 558   }
 559   else if( !fOutputAODBranchSet )
 560   {
 561     // Create array and put it in the input event, if output AOD not selected, only once
 562     InputEvent()->AddObject(fOutputAODBranch);
 563     fOutputAODBranchSet = kTRUE;
 564     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Add AOD branch <%s> to input event\n",fOutputAODBranchName.Data());
 565   }
 566
 567 }
 568
 569 //____________________________________________________
 570 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
 571 {
 572   // Recluster calocells, transform them into digits,
 573   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
 574
 575   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 576   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 577   Int_t nClustersOrg  = 0;
 578
 579   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 580   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 581     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 582
 583   ResetArrays();
 584
 585   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 586   {
 587     AliVCluster *clus = 0;
 588     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 589       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 590     else
 591       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 592
 593     if(!clus) return;
 594
 595     if(clus->IsEMCAL())
 596     {
 597       Int_t label = clus->GetLabel();
 598       Int_t label2 = -1 ;
 599       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Index = %d, ID %d, MC label %d\n", clus->E(), clus->GetTOF(),i, clus->GetID(),label );
 600       //printf("Original list of labels from old cluster : \n");
 601       //for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
 602
 603       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 604       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 605       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
 606       {
 607         //printf("\t cell %d, MC label %d\n",index[icell],fEvent->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(index[icell]));
 608         fOrgClusterCellId[index[icell]] = i;
 609         fCellLabels[index[icell]]       = label;
 610         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 611         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();
 612         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
 613         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
 614         //printf(" %d,", index[icell] );
 615       }
 616       nClustersOrg++;
 617     }
 618     // printf("\n");
 619   }
 620
 621   // Transform CaloCells into Digits
 622
 623   Int_t    idigit =  0;
 624   Int_t    id     = -1;
 625   Float_t  amp    = -1;
 626   Double_t time   = -1;
 627
 628   AliVCaloCells *cells = fEvent->GetEMCALCells();
 629
 630   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 631   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 632   {
 633     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
 634     id = cells->GetCellNumber(icell);
 635     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
 636
 637     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
 638     if( amp  < fRecParam->GetMinECut() ||
 639         time > fRecParam->GetTimeMax() ||
 640         time < fRecParam->GetTimeMin()    ) accept = kFALSE;
 641
 642     // In case of old AOD analysis cell time is -1 s, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 643     if (fRecalibrateWithClusterTime)
 644     {
 645       time = fCellTime[id];
 646       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
 647       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 648       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
 649     }
 650
 651     //Exotic?
 652     if (accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
 653         accept = kFALSE;
 654
 655     if( !accept )
 656     {
 657       if( DebugLevel() > 2 )
 658         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
 659                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
 660       continue;
 661     }
 662
 663     Int_t mcLabel = cells->GetMCLabel(icell);
 664     //printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - cell %d, mc label %d\n",id,mcLabel);
 665
 666     //if(fCellLabels[id]!=mcLabel)printf("mcLabel %d - %d\n",mcLabel,fCellLabels[id]);
 667     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) mcLabel = fCellLabels[id]; // Older aliroot MC productions
 668     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 0 && fRemapMCLabelForAODs) RemapMCLabelForAODs(mcLabel);
 669     else mcLabel = -1; // found later
 670
 671     //printf("\t new label %d\n",mcLabel);
 672
 673     // Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer
 674     // when checking the most likely primary
 675
 676     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( mcLabel, mcLabel, id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, amp);
 677     // Last parameter should be MC deposited energy, since it is not available, add just the cell amplitude so that
 678     // we give more weight to the MC label of the cell with highest energy in the cluster
 679
 680     idigit++;
 681   }
 682
 683   fDigitsArr->Sort();
 684
 685   //-------------------------------------------------------------------------------------
 686   //Do the clusterization
 687   //-------------------------------------------------------------------------------------
 688
 689   fClusterizer->Digits2Clusters("");
 690
 691   //-------------------------------------------------------------------------------------
 692   //Transform the recpoints into AliVClusters
 693   //-------------------------------------------------------------------------------------
 694
 695   RecPoints2Clusters();
 696
 697   if(!fCaloClusterArr)
 698   {
 699     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 700     return;
 701   }
 702
 703   if( DebugLevel() > 0 )
 704   {
 705     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
 706
 707     if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
 708     {
 709       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 710              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 711              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 712     }
 713   }
 714 }
 715
 716 //_____________________________________________________
 717 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
 718 {
 719   // Take the event clusters and unfold them
 720
 721   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 722   Double_t cellAmplitude = 0;
 723   Double_t cellTime      = 0;
 724   Short_t  cellNumber    = 0;
 725   Int_t    cellMCLabel   = 0;
 726   Double_t cellEFrac     = 0;
 727   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 728
 729   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 730   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 731   {
 732     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 733     if(clus->IsEMCAL())
 734     {
 735       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 736       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
 737       {
 738         continue;
 739       }
 740
 741       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 742       {
 743         //Calibrate cluster
 744         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 745
 746         //CalibrateCells
 747         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 748         {
 749           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
 750             break;
 751
 752           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 753           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 754           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 755
 756           //Do not include bad channels found in analysis?
 757           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 758               fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 759             continue;
 760
 761           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 762
 763         }// cells loop
 764       }// recalibrate
 765
 766       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 767       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 768       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 769
 770       if     (esdCluster)
 771       {
 772         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 773       }//ESD
 774       else if(aodCluster)
 775       {
 776         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 777       }//AOD
 778       else
 779         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 780
 781       nClustersOrg++;
 782     }
 783   }
 784
 785   //Do the unfolding
 786   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 787
 788   //CLEAN-UP
 789   fUnfolder->Clear();
 790
 791 }
 792
 793 //_____________________________________________________
 794 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
 795 {
 796   // Put calo cells in standard branch
 797   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
 798   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 799
 800   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 801   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 802   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 803   Double_t calibFactor = 1.;
 804   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
 805   {
 806     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 807     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 808     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 809
 810     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 811     {
 812       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 813     }
 814
 815     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 816     { //Channel is not declared as bad
 817       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
 818                          eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
 819     }
 820     else
 821     {
 822       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
 823     }
 824   }
 825   aodEMcells.Sort();
 826
 827 }
 828
 829 //__________________________________________________
 830 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
 831 {
 832   //Put event header information in standard AOD branch
 833
 834   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
 835   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
 836
 837   Double_t pos[3]   ;
 838   Double_t covVtx[6];
 839   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 840
 841   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 842   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
 843
 844   if(esdevent)
 845   {
 846     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 847     if (tree)
 848     {
 849       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 850       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 851     }
 852   }
 853   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 854
 855   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
 856   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
 857   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
 858   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
 859
 860   //Centrality
 861   if(fEvent->GetCentrality())
 862     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
 863   else
 864     header->SetCentrality(0);
 865
 866   //Trigger
 867   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 868   if      (esdevent) header->SetFiredTriggerClasses(esdevent->GetFiredTriggerClasses());
 869   else if (aodevent) header->SetFiredTriggerClasses(aodevent->GetFiredTriggerClasses());
 870
 871   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask());
 872   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
 873
 874   if      (esdevent)
 875   {
 876     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 877     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 878     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 879   }
 880   else if (aodevent)
 881   {
 882     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 883     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 884     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 885   }
 886
 887   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
 888   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 889
 890   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
 891   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
 892   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
 893   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
 894   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
 895
 896   Float_t diamxy[2]={fEvent->GetDiamondX(),fEvent->GetDiamondY()};
 897   Float_t diamcov[3];
 898   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
 899   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 900   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 901   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 902
 903   //
 904   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 905   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 906
 907   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 908
 909   // Access to the AOD container of vertices
 910   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 911   Int_t jVertices=0;
 912
 913   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 914   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 915   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 916   Float_t chi = 0;
 917   if      (esdevent)
 918   {
 919     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 920     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 921   }
 922   else if (aodevent)
 923   {
 924     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 925     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 926   }
 927
 928   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 929   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 930   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
 931   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 932
 933 }
 934
 935 //___________________________________________________________
 936 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInEvent()
 937 {
 938   // Get the CaloClusters array, do some final calculations
 939   // and put the clusters in the output or input event
 940   // as a separate branch
 941
 942   //First recalculate track-matching for the new clusters
 943   if(fDoTrackMatching)
 944   {
 945     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
 946   }
 947   //Put the new clusters in the AOD list
 948
 949   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 950
 951   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
 952   {
 953     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 954
 955     newCluster->SetID(i);
 956
 957     // Correct cluster energy non linearity
 958     newCluster->SetE(fRecoUtils->CorrectClusterEnergyLinearity(newCluster));
 959
 960     //Add matched track
 961     if(fDoTrackMatching)
 962     {
 963       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 964       if(trackIndex >= 0)
 965       {
 966         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
 967         if(DebugLevel() > 1)
 968           printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 969       }
 970
 971       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
 972       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
 973       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
 974
 975     }
 976     else
 977     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
 978       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
 979       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
 980     }
 981
 982     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
 983     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
 984     //printf("\n");
 985
 986     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
 987     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
 988
 989     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
 990
 991     if(DebugLevel() > 1 )
 992       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f\n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E());
 993
 994   } // cluster loop
 995
 996   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
 997
 998
 999 }
1000
1001 //_______________________________________________
1002 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
1003 {
1004   // Get passx from filename.
1005
1006   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree())
1007   {
1008     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null\n");
1009     return TString("");
1010   }
1011
1012   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile())
1013   {
1014     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null\n");
1015     return TString("");
1016   }
1017
1018   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
1019   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
1020   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
1021   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
1022   else if (pass.Contains("ass4")) return TString("pass4");
1023   else if (pass.Contains("ass5")) return TString("pass5");
1024
1025   // No condition fullfilled, give a default value
1026   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pass number string not found \n");
1027   return TString("");
1028
1029 }
1030
1031 //_________________________________________
1032 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
1033 {
1034   //Init analysis with configuration macro if available
1035
1036   fOADBSet           = kFALSE;
1037   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;
1038
1039   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
1040
1041   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
1042   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();
1043
1044   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
1045   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;
1046   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
1047
1048   //Centrality
1049   if(fCentralityClass  == "") fCentralityClass  = "V0M";
1050
1051   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
1052   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
1053
1054   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
1055   {
1056     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::Init() - Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
1057     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
1058     fGeomName         = clus->fGeomName;
1059     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
1060     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
1061     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
1062     fRecParam         = clus->fRecParam;
1063     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
1064     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
1065     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
1066     fConfigName       = clus->fConfigName;
1067     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
1068     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
1069     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
1070     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
1071     fCentralityClass  = clus->fCentralityClass;
1072     fCentralityBin[0] = clus->fCentralityBin[0];
1073     fCentralityBin[1] = clus->fCentralityBin[1];
1074   }
1075
1076   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
1077   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
1078   {
1079     if (fImportGeometryFilePath == "") fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2011.root" ; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
1080     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
1081     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ;
1082   }
1083
1084 }
1085
1086 //_______________________________________________________
1087 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
1088 {
1089   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
1090
1091   if (fJustUnfold)
1092   {
1093     // init the unfolding afterburner
1094     delete fUnfolder;
1095     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
1096     return;
1097   }
1098
1099   //First init the clusterizer
1100   delete fClusterizer;
1101   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
1102     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1103   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
1104     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1105   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
1106   {
1107     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1108     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
1109     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
1110   }
1111   else
1112   {
1113     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
1114   }
1115
1116   //Now set the parameters
1117   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
1118   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
1119   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
1120   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1121   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1122   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1123   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1124   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1125   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1126   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
1127
1128   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1129   fClusterizer->SetOutput(0);
1130   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1131   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1132
1133   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1134   if(fRecParam->GetUnfold())
1135   {
1136     Int_t i=0;
1137     for (i = 0; i < 8; i++)
1138     {
1139       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1140     }//end of loop over parameters
1141
1142     for (i = 0; i < 3; i++)
1143     {
1144       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1145       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1146     }//end of loop over parameters
1147
1148     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1149
1150   }// to unfold
1151 }
1152
1153 //_________________________________________________
1154 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1155 {
1156   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1157   // Also set once the run dependent calibrations
1158
1159   if(fGeomMatrixSet) return;
1160
1161   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1162   if (!fGeom)
1163   {
1164     if(fGeomName=="")
1165     {
1166       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1167       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1168       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";
1169       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d\n",fGeomName.Data(),runnumber);
1170     }
1171
1172                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1173
1174                 if(fDebug > 0)
1175     {
1176                         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry(run=%d)",runnumber);
1177                         if (!gGeoManager) printf(" - Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1178                         printf("\n");
1179                 }
1180         } // geometry pointer did not exist before
1181
1182   if(fLoadGeomMatrices)
1183   {
1184     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Load user defined EMCAL geometry matrices\n");
1185
1186     // OADB if available
1187     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1188     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1189     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1190
1191
1192     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1193     {
1194
1195       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1196       {
1197         if(fDebug > 1 )
1198           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - EMCAL matrices SM %d, %p\n",
1199                  mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod)));
1200         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1201
1202         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1203       }
1204
1205       if(fGeomMatrix[mod])
1206       {
1207         if(DebugLevel() > 1)
1208           fGeomMatrix[mod]->Print();
1209
1210         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
1211       }
1212
1213       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1214
1215     }//SM loop
1216   }//Load matrices
1217   else if(!gGeoManager)
1218   {
1219     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1220     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
1221     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent"))
1222     {
1223       if(DebugLevel() > 1)
1224         Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
1225     }//AOD
1226     else
1227     {
1228       if(DebugLevel() > 1)
1229         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1230
1231       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1232
1233       if(!esd)
1234       {
1235         Error("InitGeometry"," - This event does not contain ESDs?");
1236         if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1237         return;
1238       }
1239
1240       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1241       {
1242         if(DebugLevel() > 1)
1243           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1244
1245         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1246
1247       }
1248
1249       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1250
1251     }//ESD
1252   }//Load matrices from Data
1253
1254 }
1255
1256 //____________________________________________________
1257 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1258 {
1259
1260   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1261   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1262
1263   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1264
1265   // Loop on cells
1266   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1267   Float_t totCellE = 0;
1268   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1269   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1270   {
1271
1272     Float_t  ecell = 0 ;
1273     Double_t tcell = 0 ;
1274
1275     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1276     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1277     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1278   }
1279
1280   //  TString triggerclasses = "";
1281   //  if(esdevent) triggerclasses = esdevent             ->GetFiredTriggerClasses();
1282   //  else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)event)->GetFiredTriggerClasses();
1283   //    //
1284   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1285   //    if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1286   //    return;
1287   //
1288
1289   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1290   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1291
1292   return kFALSE;
1293
1294 }
1295
1296 //________________________________________________________________
1297 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1298 {
1299   //Check if event is LED
1300
1301   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1302
1303   //check events of LHC11a period
1304   if(run < 146858 || run > 146860) return kFALSE ;
1305
1306   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1307   Int_t ncellsSM3 = 0;
1308   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1309   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1310   {
1311     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1312   }
1313
1314   TString triggerclasses = "";
1315
1316   AliESDEvent *esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent);
1317   if(esdevent) triggerclasses = esdevent              ->GetFiredTriggerClasses();
1318   else         triggerclasses = ((AliAODEvent*)fEvent)->GetFiredTriggerClasses();
1319
1320   Int_t ncellcut = 21;
1321   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1322
1323   if( ncellsSM3 >= ncellcut)
1324   {
1325     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::IsLEDEvent() - reject event %d with ncells in SM3 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3);
1326     if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1327     return kTRUE;
1328   }
1329
1330   return kFALSE;
1331
1332 }
1333
1334 //_______________________________________________________
1335 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1336 {
1337   // Restore clusters from recPoints
1338   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude
1339   // fractions are restored
1340
1341   Int_t j = 0;
1342   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1343   {
1344     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1345
1346     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1347     Int_t ncellsTrue = 0;
1348
1349     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1350
1351     // cells and their amplitude fractions
1352     UShort_t   absIds[ncells];
1353     Double32_t ratios[ncells];
1354
1355     //For later check embedding
1356     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1357
1358     Float_t clusterE = 0;
1359     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++)
1360     {
1361       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1362
1363       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1364       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1365
1366       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
1367       if(fSelectCell)
1368       {
1369         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)
1370         {
1371           if(DebugLevel() > 1)
1372           {
1373             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
1374                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
1375           }
1376
1377           continue;
1378
1379         } // if cuts
1380       }// Select cells
1381
1382       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1383       ncellsTrue++;
1384       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1385
1386       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
1387       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
1388       {
1389         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1390         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1391         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1392
1393         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1394         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1395         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1396         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1397
1398         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1399         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1400
1401       }//Embedding
1402
1403     }// cluster cell loop
1404
1405     if (ncellsTrue < 1)
1406     {
1407       if (DebugLevel() > 1)
1408         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
1409                recPoint->GetEnergy(), ncells);
1410       continue;
1411     }
1412
1413     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1414
1415     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold())
1416     {
1417       if (DebugLevel()>1)
1418         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
1419       continue;
1420     }
1421
1422     TVector3 gpos;
1423     Float_t g[3];
1424
1425     // calculate new cluster position
1426
1427     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1428     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1429     gpos.GetXYZ(g);
1430
1431     // create a new cluster
1432
1433     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1434     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1435     j++;
1436     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1437     clus->SetE(clusterE);
1438     clus->SetPosition(g);
1439     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1440     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1441     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1442     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1443     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1444     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1445     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1446
1447     if(ncells == ncellsTrue)
1448     {
1449       Float_t elipAxis[2];
1450       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1451       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1452       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1453       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1454     }
1455     else if(fSelectCell)
1456     {
1457       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1458       // shower shape parameters and position
1459       if(DebugLevel() > 1)
1460         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
1461
1462       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1463       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1464       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1465
1466       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1467       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1468       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1469
1470     }
1471
1472     // MC
1473
1474     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(recPoint,clus) ;
1475     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 2 ) SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(clus) ;
1476     else
1477     {
1478       // Normal case, trust what the clusterizer has found
1479       Int_t  parentMult = 0;
1480       Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1481       clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1482 //      printf("Label list : ");
1483 //      for(Int_t ilabel = 0; ilabel < parentMult; ilabel++ ) printf(" %d ",parentList[ilabel]);
1484 //      printf("\n");
1485     }
1486
1487   } // recPoints loop
1488
1489 }
1490
1491 //___________________________________________________________________________
1492 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs(Int_t & label)
1493 {
1494   // MC label for Cells not remapped after ESD filtering, do it here.
1495
1496   if(label < 0) return ;
1497
1498   AliAODEvent  * evt = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent) ;
1499   if(!evt) return ;
1500
1501   TClonesArray * arr = dynamic_cast<TClonesArray*>(evt->FindListObject("mcparticles")) ;
1502   if(!arr) return ;
1503
1504   if(label < arr->GetEntriesFast())
1505   {
1506     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(label));
1507     if(!particle) return ;
1508
1509     if(label == particle->Label()) return ; // label already OK
1510     //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d - AOD stack %d \n",label, particle->Label());
1511   }
1512   //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d > AOD labels %d \n",label, arr->GetEntriesFast());
1513
1514   // loop on the particles list and check if there is one with the same label
1515   for(Int_t ind = 0; ind < arr->GetEntriesFast(); ind++ )
1516   {
1517     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(ind));
1518     if(!particle) continue ;
1519
1520     if(label == particle->Label())
1521     {
1522       label = ind;
1523       //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - New Label Index  %d \n",label);
1524       return;
1525     }
1526   }
1527
1528   label = -1;
1529
1530   //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label not found set to -1 \n");
1531
1532 }
1533
1534 //________________________________________________
1535 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ResetArrays()
1536 {
1537   // Reset arrays containing information for all possible cells
1538   for(Int_t j = 0; j < 12672; j++)
1539   {
1540     fOrgClusterCellId[j] = -1;
1541     fCellLabels[j]       = -1;
1542     fCellSecondLabels[j] = -1;
1543     fCellTime[j]         =  0.;
1544     fCellMatchdEta[j]    = -999;
1545     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
1546   }
1547 }
1548
1549 //_____________________________________________________________________________________________________
1550 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(AliEMCALRecPoint  * recPoint,
1551                                                                            AliAODCaloCluster * clus)
1552 {
1553   // Set the cluster MC label, the digizer was filled with most likely MC label for all cells in original cluster
1554   // Now check the second most likely MC label and add it to the new cluster
1555
1556   Int_t  parentMult = 0;
1557   Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1558   clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1559
1560   //Write the second major contributor to each MC cluster.
1561   Int_t iNewLabel ;
1562   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1563   {
1564
1565     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1566     if(idCell>=0)
1567     {
1568       iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1569       for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1570       {
1571         if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1572           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1573             }
1574       if (iNewLabel == 1)
1575       {
1576         Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1577         for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1578         {
1579           newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1580         }
1581
1582         newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1583         clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1584         delete [] newLabelArray;
1585       }
1586     }//positive cell number
1587   }
1588 }
1589
1590 //___________________________________________________________________________________________________
1591 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(AliAODCaloCluster * clus)
1592 {
1593   // Get the original clusters that contribute to the new cluster, assign the labels of such clusters
1594   // to the new cluster.
1595   // Only approximatedly valid  when output are V1 clusters, handle with care
1596
1597   TArrayI clArray(100) ; //Weird if more than a few clusters are in the origin ...
1598   clArray.Reset();
1599   Int_t nClu = 0;
1600   Int_t nLabTotOrg = 0;
1601   Float_t emax = -1;
1602   Int_t idMax = -1;
1603   //Find the clusters that originally had the cells
1604   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1605   {
1606     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1607
1608     if(idCell>=0)
1609     {
1610       Int_t idCluster = fOrgClusterCellId[idCell];
1611
1612       Bool_t set = kTRUE;
1613       for(Int_t icl =0; icl < nClu; icl++)
1614       {
1615         if( idCluster == ((Int_t)clArray.GetAt(icl)) ) set = kFALSE;
1616         //   printf("\t \t icell %d  Cluster in array %d, IdCluster %d, in array %d, set %d\n",
1617         //          iLoopCell,                 icl,  idCluster,((Int_t)clArray.GetAt(icl)),set);
1618       }
1619       if( set && idCluster >= 0)
1620       {
1621         clArray.SetAt(idCluster,nClu++);
1622         //printf("******** idCluster %d \n",idCluster);
1623         nLabTotOrg+=(fEvent->GetCaloCluster(idCluster))->GetNLabels();
1624
1625         //printf("Cluster in array %d, IdCluster %d\n",nClu-1,  idCluster);
1626
1627         //Search highest E cluster
1628         AliVCluster * clOrg = fEvent->GetCaloCluster(idCluster);
1629         //printf("\t E %f\n",clOrg->E());
1630         if(emax < clOrg->E())
1631         {
1632           emax  = clOrg->E();
1633           idMax = idCluster;
1634         }
1635       }
1636     }
1637   }// cell loop
1638
1639   if(nClu==0 || nLabTotOrg == 0)
1640   {
1641     if(clus->E() > 0.25) printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters() - Check: N org clusters %d, n tot labels %d, cluster E %f,  n cells %d\n",nClu,nLabTotOrg,clus->E(), clus->GetNCells());
1642     //for(Int_t icell = 0; icell < clus->GetNCells(); icell++) printf("\t cell %d",clus->GetCellsAbsId()[icell]);
1643     //printf("\n");
1644   }
1645
1646
1647   // Put the first in the list the cluster with highest energy
1648   if(idMax != ((Int_t)clArray.GetAt(0))) // Max not at first position
1649   {
1650     Int_t maxIndex = -1;
1651     Int_t firstCluster = ((Int_t)clArray.GetAt(0));
1652     for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1653     {
1654       if(idMax == ((Int_t)clArray.GetAt(iLoopCluster))) maxIndex = iLoopCluster;
1655     }
1656
1657     clArray.SetAt(idMax,0);
1658     clArray.SetAt(firstCluster,maxIndex);
1659
1660   }
1661
1662   // Get the labels list in the original clusters, assign all to the new cluster
1663   TArrayI clMCArray(nLabTotOrg) ;
1664   clMCArray.Reset();
1665
1666   Int_t nLabTot = 0;
1667   for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1668   {
1669     Int_t idCluster = clArray.GetAt(iLoopCluster);
1670     //printf("New Cluster in Array %d,  idCluster %d \n",iLoopCluster,idCluster);
1671     AliVCluster * clOrg = fEvent->GetCaloCluster(idCluster);
1672     Int_t nLab = clOrg->GetNLabels();
1673
1674     for ( Int_t iLab = 0 ; iLab < nLab ; iLab++ )
1675     {
1676       Int_t lab = clOrg->GetLabelAt(iLab) ;
1677       if(lab>=0)
1678       {
1679         Bool_t set = kTRUE;
1680         //printf("\t \t Set Label %d \n", lab);
1681         for(Int_t iLabTot =0; iLabTot < nLabTot; iLabTot++)
1682         {
1683           if( lab == ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)) ) set = kFALSE;
1684           //printf("iLoopCluster %d, Label ID in Org Cluster %d,label %d  Label ID in array %d, label in array %d, set %d\n",
1685           //       iLoopCluster,                           iLab,     lab,           iLabTot,  ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)),set);
1686         }
1687         if( set ) clMCArray.SetAt(lab,nLabTot++);
1688       }
1689     }
1690   }// cluster loop
1691
1692   // Set the final list of labels
1693
1694   clus->SetLabel(clMCArray.GetArray(), nLabTot);
1695
1696 //  printf("Final list of labels for new cluster : \n");
1697 //  for(Int_t ice = 0; ice < clus->GetNCells() ; ice++)
1698 //  {
1699 //    printf("\t Cell %d ",clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1700 //    Int_t label = InputEvent()->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1701 //    printf(" org %d ",label);
1702 //    RemapMCLabelForAODs(label);
1703 //    printf(" new %d \n",label);
1704 //  }
1705 //  for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
1706 }
1707
1708
1709 //____________________________________________________________
1710 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1711 {
1712   // Init geometry, create list of output clusters
1713
1714
1715   fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1716
1717   if(fOutputAODBranchName.Length()==0)
1718   {
1719     fOutputAODBranchName = "newEMCALClustersArray";
1720     printf("Cluster branch name not set, set it to newEMCALClustersArray \n");
1721   }
1722
1723   fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1724
1725   if( fFillAODFile )
1726   {
1727     //fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1728
1729
1730     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1731
1732     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1733   }
1734
1735 }
1736
1737 //_______________________________________________________
1738 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
1739 {
1740   // Do clusterization event by event, execute different steps
1741   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed, initializations
1742   //    load things and clear arrays
1743   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1744   //               b) recluster cells
1745   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1746   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN)
1747   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1748   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1749   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1750
1751   //-------
1752   // Step 1
1753
1754
1755   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event
1756   fOutputAODBranch->Clear("C");
1757
1758   LoadBranches();
1759
1760   //Check if there is a centrality value, PbPb analysis, and if a centrality bin selection is requested
1761   //If we need a centrality bin, we select only those events in the corresponding bin.
1762   if( GetCentrality() && fCentralityBin[0] >= 0 && fCentralityBin[1] >= 0 )
1763   {
1764     Float_t cen = GetEventCentrality();
1765     if(cen > fCentralityBin[1] || cen < fCentralityBin[0]) return ; //reject events out of bin.
1766   }
1767
1768   // intermediate array with new clusters : init the array only once or clear from previous event
1769   if(!fCaloClusterArr) fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
1770   else                 fCaloClusterArr->Delete();//Clear("C"); it leaks?
1771
1772   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1773
1774   //Get the event, do some checks and settings
1775   CheckAndGetEvent() ;
1776
1777   if (!fEvent)
1778   {
1779     if(DebugLevel() > 0 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Skip Event %d", (Int_t) Entry());
1780     return ;
1781   }
1782
1783   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1784
1785
1786   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1787   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1788
1789   InitClusterization();
1790
1791   //-------
1792   // Step 2
1793
1794   // Make clusters
1795   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1796   else             ClusterizeCells() ;
1797
1798   //-------
1799   // Step 3
1800
1801   FillCaloClusterInEvent();
1802
1803 }
1804