PWGGA/EMCALTasks/AliAnalysisTaskEMCALClusterize.cxx

   1  /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 //_________________________________________________________________________
  17 // This analysis provides a new list of clusters to be used in other analysis
  18 //
  19 // Author: Gustavo Conesa Balbastre,
  20 //         Adapted from analysis class from Deepa Thomas
  21 //
  22 // $Id$
  23 //_________________________________________________________________________
  24
  25 // --- Root ---
  26 #include <TString.h>
  27 #include <TRefArray.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TTree.h>
  30 #include <TGeoManager.h>
  31 #include <TROOT.h>
  32 #include <TInterpreter.h>
  33 #include <TFile.h>
  34
  35 // --- AliRoot Analysis Steering
  36 #include "AliAnalysisTask.h"
  37 #include "AliAnalysisManager.h"
  38 #include "AliESDEvent.h"
  39 #include "AliGeomManager.h"
  40 #include "AliVCaloCells.h"
  41 #include "AliAODCaloCluster.h"
  42 #include "AliCDBManager.h"
  43 #include "AliCDBStorage.h"
  44 #include "AliCDBEntry.h"
  45 #include "AliLog.h"
  46 #include "AliVEventHandler.h"
  47 #include "AliAODInputHandler.h"
  48 #include "AliOADBContainer.h"
  49 #include "AliAODMCParticle.h"
  50
  51 // --- EMCAL
  52 #include "AliEMCALAfterBurnerUF.h"
  53 #include "AliEMCALGeometry.h"
  54 #include "AliEMCALClusterizerNxN.h"
  55 #include "AliEMCALClusterizerv1.h"
  56 #include "AliEMCALClusterizerv2.h"
  57 #include "AliEMCALRecPoint.h"
  58 #include "AliEMCALDigit.h"
  59 #include "AliCaloCalibPedestal.h"
  60 #include "AliEMCALCalibData.h"
  61
  62 #include "AliAnalysisTaskEMCALClusterize.h"
  63
  64 ClassImp(AliAnalysisTaskEMCALClusterize)
  65
  66 //______________________________________________________________________________
  67 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize(const char *name)
  68 : AliAnalysisTaskSE(name)
  69 , fEvent(0)
  70 , fGeom(0),               fGeomName("")
  71 , fGeomMatrixSet(kFALSE), fLoadGeomMatrices(kFALSE)
  72 , fCalibData(0),          fPedestalData(0)
  73 , fOCDBpath(""),          fAccessOCDB(kFALSE)
  74 , fDigitsArr(0),          fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
  75 , fRecParam(0),           fClusterizer(0)
  76 , fUnfolder(0),           fJustUnfold(kFALSE)
  77 , fOutputAODBranch(0),    fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
  78 , fFillAODFile(kFALSE),   fFillAODHeader(0)
  79 , fFillAODCaloCells(0),   fRun(-1)
  80 , fRecoUtils(0),          fConfigName("")
  81 , fOrgClusterCellId()
  82 , fCellLabels(),          fCellSecondLabels(),        fCellTime()
  83 , fCellMatchdEta(),       fCellMatchdPhi()
  84 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
  85 , fMaxEvent(0),           fDoTrackMatching(kFALSE)
  86 , fSelectCell(kFALSE),    fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
  87 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),fRemoveExoticEvents(kFALSE)
  88 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
  89 , fOADBSet(kFALSE),       fAccessOADB(kTRUE),         fOADBFilePath("")
  90 , fCentralityClass(""),   fSelectEMCALEvent(0)
  91 , fEMCALEnergyCut(0.),    fEMCALNcellsCut (0)
  92 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
  93 , fRemapMCLabelForAODs(0)
  94 , fInputFromFilter(0)
  95 {
  96   // Constructor
  97
  98   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
  99
 100   ResetArrays();
 101
 102   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 103
 104 }
 105
 106 //______________________________________________________________
 107 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 108 : AliAnalysisTaskSE("DefaultAnalysis_AliAnalysisTaskEMCALClusterize")
 109 , fEvent(0)
 110 , fGeom(0),                 fGeomName("")
 111 , fGeomMatrixSet(kFALSE),   fLoadGeomMatrices(kFALSE)
 112 , fCalibData(0),            fPedestalData(0)
 113 , fOCDBpath(""),            fAccessOCDB(kFALSE)
 114 , fDigitsArr(0),            fClusterArr(0),             fCaloClusterArr(0)
 115 , fRecParam(0),             fClusterizer(0)
 116 , fUnfolder(0),             fJustUnfold(kFALSE)
 117 , fOutputAODBranch(0),      fOutputAODBranchName(""),   fOutputAODBranchSet(0)
 118 , fFillAODFile(kFALSE),     fFillAODHeader(0)
 119 , fFillAODCaloCells(0),     fRun(-1)
 120 , fRecoUtils(0),            fConfigName("")
 121 , fOrgClusterCellId()
 122 , fCellLabels(),            fCellSecondLabels(),        fCellTime()
 123 , fCellMatchdEta(),         fCellMatchdPhi()
 124 , fRecalibrateWithClusterTime(0)
 125 , fMaxEvent(0),             fDoTrackMatching(kFALSE)
 126 , fSelectCell(kFALSE),      fSelectCellMinE(0),         fSelectCellMinFrac(0)
 127 , fRemoveLEDEvents(kTRUE),  fRemoveExoticEvents(kFALSE)
 128 , fImportGeometryFromFile(kFALSE), fImportGeometryFilePath("")
 129 , fOADBSet(kFALSE),         fAccessOADB(kTRUE),        fOADBFilePath("")
 130 , fCentralityClass(""),     fSelectEMCALEvent(0)
 131 , fEMCALEnergyCut(0.),      fEMCALNcellsCut (0)
 132 , fSetCellMCLabelFromCluster(0)
 133 , fRemapMCLabelForAODs(0)
 134 , fInputFromFilter(0)
 135 {
 136   // Constructor
 137
 138   for(Int_t i = 0; i < 12;    i++)  fGeomMatrix[i] =  0;
 139
 140   ResetArrays();
 141
 142   fCentralityBin[0] = fCentralityBin[1]=-1;
 143
 144 }
 145
 146
 147 //_______________________________________________________________
 148 AliAnalysisTaskEMCALClusterize::~AliAnalysisTaskEMCALClusterize()
 149 {
 150   //dtor
 151
 152   if (fDigitsArr)
 153   {
 154     fDigitsArr->Clear("C");
 155     delete fDigitsArr;
 156   }
 157
 158   if (fClusterArr)
 159   {
 160     fClusterArr->Delete();
 161     delete fClusterArr;
 162   }
 163
 164   if (fCaloClusterArr)
 165   {
 166     fCaloClusterArr->Delete();
 167     delete fCaloClusterArr;
 168   }
 169
 170   if(fClusterizer) delete fClusterizer;
 171   if(fUnfolder)    delete fUnfolder;
 172   if(fRecoUtils)   delete fRecoUtils;
 173
 174 }
 175
 176 //_______________________________________________________
 177 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL()
 178 {
 179   // Accept event given there is a EMCAL cluster with enough energy, and not noisy, exotic
 180
 181   if(!fSelectEMCALEvent)   return kTRUE; // accept
 182
 183   if(fEMCALEnergyCut <= 0) return kTRUE; // accept
 184
 185   Int_t           nCluster = fEvent -> GetNumberOfCaloClusters();
 186   AliVCaloCells * caloCell = fEvent -> GetEMCALCells();
 187   Int_t           bc       = fEvent -> GetBunchCrossNumber();
 188
 189   for(Int_t icalo = 0; icalo < nCluster; icalo++)
 190   {
 191     AliVCluster *clus = (AliVCluster*) (fEvent->GetCaloCluster(icalo));
 192
 193     if( ( clus->IsEMCAL() ) && ( clus->GetNCells() > fEMCALNcellsCut ) && ( clus->E() > fEMCALEnergyCut ) &&
 194        fRecoUtils->IsGoodCluster(clus,fGeom,caloCell,bc))
 195     {
 196
 197       if (fDebug > 0)
 198         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Accept :  E %2.2f > %2.2f, nCells %d > %d \n",
 199                clus->E(), fEMCALEnergyCut, clus->GetNCells(), fEMCALNcellsCut);
 200
 201       return kTRUE;
 202     }
 203
 204   }// loop
 205
 206   if (fDebug > 0)
 207     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AcceptEventEMCAL() - Reject \n");
 208
 209   return kFALSE;
 210
 211 }
 212
 213 //_______________________________________________
 214 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOADB()
 215 {
 216   // Set the AODB calibration, bad channels etc. parameters at least once
 217   // alignment matrices from OADB done in SetGeometryMatrices
 218
 219   //Set it only once
 220   if(fOADBSet) return ;
 221
 222   Int_t   runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
 223   TString pass      = GetPass();
 224
 225   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Get AODB parameters from EMCAL in %s for run %d, and <%s> \n",fOADBFilePath.Data(),runnumber,pass.Data());
 226
 227   Int_t nSM = fGeom->GetNumberOfSuperModules();
 228
 229   // Bad map
 230   if(fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn())
 231   {
 232     AliOADBContainer *contBC=new AliOADBContainer("");
 233     contBC->InitFromFile(Form("%s/EMCALBadChannels.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALBadChannels");
 234
 235     TObjArray *arrayBC=(TObjArray*)contBC->GetObject(runnumber);
 236
 237     if(arrayBC)
 238     {
 239         fRecoUtils->SwitchOnDistToBadChannelRecalculation();
 240         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Remove EMCAL bad cells \n");
 241
 242         for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 243         {
 244           TH2I *hbm = fRecoUtils->GetEMCALChannelStatusMap(i);
 245
 246           if (hbm)
 247             delete hbm;
 248
 249           hbm=(TH2I*)arrayBC->FindObject(Form("EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 250
 251           if (!hbm)
 252           {
 253             AliError(Form("Can not get EMCALBadChannelMap_Mod%d",i));
 254             continue;
 255           }
 256
 257           hbm->SetDirectory(0);
 258           fRecoUtils->SetEMCALChannelStatusMap(i,hbm);
 259
 260         } // loop
 261     } else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT remove EMCAL bad channels\n"); // run array
 262   }  // Remove bad
 263
 264   // Energy Recalibration
 265   if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 266   {
 267     AliOADBContainer *contRF=new AliOADBContainer("");
 268
 269     contRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALRecalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRecalib");
 270
 271     TObjArray *recal=(TObjArray*)contRF->GetObject(runnumber);
 272
 273     if(recal)
 274     {
 275       TObjArray *recalpass=(TObjArray*)recal->FindObject(pass);
 276
 277       if(recalpass)
 278       {
 279         TObjArray *recalib=(TObjArray*)recalpass->FindObject("Recalib");
 280
 281         if(recalib)
 282         {
 283           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate EMCAL \n");
 284           for (Int_t i=0; i<nSM; ++i)
 285           {
 286             TH2F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactors(i);
 287
 288             if (h)
 289               delete h;
 290
 291             h = (TH2F*)recalib->FindObject(Form("EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 292
 293             if (!h)
 294             {
 295               AliError(Form("Could not load EMCALRecalFactors_SM%d",i));
 296               continue;
 297             }
 298
 299             h->SetDirectory(0);
 300
 301             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactors(i,h);
 302           } // SM loop
 303         }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params object array \n"); // array ok
 304       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 305     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 306
 307   } // Recalibration on
 308
 309   // Energy Recalibration, apply on top of previous calibration factors
 310   if(fRecoUtils->IsRunDepRecalibrationOn())
 311   {
 312     AliOADBContainer *contRFTD=new AliOADBContainer("");
 313
 314     contRFTD->InitFromFile(Form("%s/EMCALTemperatureCorrCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALRunDepTempCalibCorrections");
 315
 316     TH1S *htd=(TH1S*)contRFTD->GetObject(runnumber);
 317
 318     //If it did not exist for this run, get closes one
 319     if (!htd)
 320     {
 321       AliWarning(Form("No TemperatureCorrCalib Objects for run: %d",runnumber));
 322       // let's get the closest runnumber instead then..
 323       Int_t lower = 0;
 324       Int_t ic = 0;
 325       Int_t maxEntry = contRFTD->GetNumberOfEntries();
 326
 327       while ( (ic < maxEntry) && (contRFTD->UpperLimit(ic) < runnumber) ) {
 328         lower = ic;
 329         ic++;
 330       }
 331
 332       Int_t closest = lower;
 333       if ( (ic<maxEntry) &&
 334           (contRFTD->LowerLimit(ic)-runnumber) < (runnumber - contRFTD->UpperLimit(lower)) ) {
 335         closest = ic;
 336       }
 337
 338       AliWarning(Form("TemperatureCorrCalib Objects found closest id %d from run: %d", closest, contRFTD->LowerLimit(closest)));
 339       htd = (TH1S*) contRFTD->GetObjectByIndex(closest);
 340     }
 341
 342     if(htd)
 343     {
 344       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Recalibrate (Temperature) EMCAL \n");
 345
 346       for (Int_t ism=0; ism<nSM; ++ism)
 347       {
 348         for (Int_t icol=0; icol<48; ++icol)
 349         {
 350           for (Int_t irow=0; irow<24; ++irow)
 351           {
 352             Float_t factor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow);
 353
 354             Int_t absID = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(ism, irow, icol); // original calibration factor
 355             factor *= htd->GetBinContent(absID) / 10000. ; // correction dependent on T
 356             //printf("\t ism %d, icol %d, irow %d,absID %d, corrA %2.3f, corrB %2.3f, corrAB %2.3f\n",ism, icol, irow, absID,
 357             //      GetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow) , htd->GetBinContent(absID) / 10000., factor);
 358             fRecoUtils->SetEMCALChannelRecalibrationFactor(ism,icol,irow,factor);
 359           } // columns
 360         } // rows
 361       } // SM loop
 362     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate EMCAL with T variations, no params TH1 \n");
 363   } // Run by Run T calibration
 364
 365   // Time Recalibration
 366   if(fRecoUtils->IsTimeRecalibrationOn())
 367   {
 368     AliOADBContainer *contTRF=new AliOADBContainer("");
 369
 370     contTRF->InitFromFile(Form("%s/EMCALTimeCalib.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALTimeCalib");
 371
 372     TObjArray *trecal=(TObjArray*)contTRF->GetObject(runnumber);
 373
 374     if(trecal)
 375     {
 376       TObjArray *trecalpass=(TObjArray*)trecal->FindObject(pass);
 377
 378       if(trecalpass)
 379       {
 380         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Time Recalibrate EMCAL \n");
 381         for (Int_t ibc = 0; ibc < 4; ++ibc)
 382         {
 383           TH1F *h = fRecoUtils->GetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc);
 384
 385           if (h)
 386             delete h;
 387
 388           h = (TH1F*)trecalpass->FindObject(Form("hAllTimeAvBC%d",ibc));
 389
 390           if (!h)
 391           {
 392             AliError(Form("Could not load hAllTimeAvBC%d",ibc));
 393             continue;
 394           }
 395
 396           h->SetDirectory(0);
 397
 398           fRecoUtils->SetEMCALChannelTimeRecalibrationFactors(ibc,h);
 399         } // bunch crossing loop
 400       }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for pass\n"); // array pass ok
 401     }else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetOADBParameters() - Do NOT recalibrate time EMCAL, no params for run\n");  // run number array ok
 402
 403   } // Time recalibration on
 404
 405   // Parameters already set once, so do not it again
 406   fOADBSet = kTRUE;
 407
 408 }
 409
 410 //_________________________________________________
 411 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::AccessOCDB()
 412 {
 413   //Access to OCDB stuff
 414
 415   fEvent = InputEvent();
 416   if (!fEvent)
 417   {
 418     Warning("AccessOCDB","Event not available!!!");
 419     return kFALSE;
 420   }
 421
 422   if (fEvent->GetRunNumber()==fRun)
 423     return kTRUE;
 424   fRun = fEvent->GetRunNumber();
 425
 426   if(DebugLevel() > 1 )
 427     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Begin");
 428
 429   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 430
 431
 432   if (fOCDBpath.Length())
 433   {
 434     cdb->SetDefaultStorage(fOCDBpath.Data());
 435     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::AccessOCDB() - Default storage %s",fOCDBpath.Data());
 436   }
 437
 438   cdb->SetRun(fEvent->GetRunNumber());
 439
 440   //
 441   // EMCAL from RAW OCDB
 442   if (fOCDBpath.Contains("alien:"))
 443   {
 444     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Data","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 445     cdb->SetSpecificStorage("EMCAL/Calib/Pedestals","alien://Folder=/alice/data/2010/OCDB");
 446   }
 447
 448   TString path = cdb->GetDefaultStorage()->GetBaseFolder();
 449
 450   // init parameters:
 451
 452   //Get calibration parameters
 453   if(!fCalibData)
 454   {
 455     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 456     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
 457
 458     if (entry) fCalibData =  (AliEMCALCalibData*) entry->GetObject();
 459   }
 460
 461   if(!fCalibData)
 462     AliFatal("Calibration parameters not found in CDB!");
 463
 464   //Get calibration parameters
 465   if(!fPedestalData)
 466   {
 467     AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*)
 468     AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Pedestals");
 469
 470     if (entry) fPedestalData =  (AliCaloCalibPedestal*) entry->GetObject();
 471   }
 472
 473   if(!fPedestalData)
 474     AliFatal("Dead map not found in CDB!");
 475
 476   return kTRUE;
 477 }
 478
 479 //_____________________________________________________
 480 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::CheckAndGetEvent()
 481 {
 482   // Get the input event, it can depend in embedded events what you want to get
 483   // Also check if the quality of the event is good if not reject it
 484
 485   fEvent = 0x0;
 486
 487   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 488   Int_t eventN = Entry();
 489   if(aodIH) eventN = aodIH->GetReadEntry();
 490
 491   if (eventN > fMaxEvent)
 492     return ;
 493
 494   //printf("Clusterizer --- Event %d-- \n",eventN);
 495
 496   //Check if input event are embedded events
 497   //If so, take output event
 498   if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
 499   {
 500     fEvent  = AODEvent();
 501
 502     if(!aodIH->GetMergeEMCALCells())
 503       AliFatal("Events merged but not EMCAL cells, check analysis settings!");
 504
 505     if(DebugLevel() > 1)
 506     {
 507       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Use embedded events\n");
 508
 509       printf("\t InputEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",InputEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 510              InputEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 511
 512       printf("\t MergedEvent  N Clusters %d, N Cells %d\n",aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(),
 513              aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 514
 515       for (Int_t icl=0; icl < aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); icl++)
 516       {
 517         AliAODCaloCluster *sigCluster = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(icl);
 518         if(sigCluster->IsEMCAL()) printf("\t \t Signal cluster: i %d, E  %f\n",icl,sigCluster->E());
 519       }
 520
 521       printf("\t OutputEvent N Clusters %d, N Cells %d\n", AODEvent()->GetNumberOfCaloClusters(),
 522              AODEvent()->GetEMCALCells()->GetNumberOfCells());
 523     }
 524   }
 525   else if(fInputFromFilter)
 526   {
 527     //printf("Get Input From Filtered AOD\n");
 528     fEvent =  AODEvent();
 529   }
 530   else
 531   {
 532     fEvent =  InputEvent();
 533     if(fFillAODCaloCells) FillAODCaloCells();
 534     if(fFillAODHeader)    FillAODHeader();
 535   }
 536
 537   if (!fEvent)
 538   {
 539     Error("UserExec","Event not available");
 540     return ;
 541   }
 542
 543   //Process events if there is a high energy cluster
 544   if(!AcceptEventEMCAL())  { fEvent = 0x0 ; return ; }
 545
 546   //-------------------------------------------------------------------------------------
 547   // Reject events if LED was firing, use only for LHC11a data
 548   // Reject event if triggered by exotic cell and remove exotic cells if not triggered
 549   //-------------------------------------------------------------------------------------
 550
 551   if( IsLEDEvent( InputEvent()->GetRunNumber() ) ) { fEvent = 0x0 ; return ; }
 552
 553   if( IsExoticEvent() )                            { fEvent = 0x0 ; return ; }
 554
 555   //-------------------------------------------------------------------------------------
 556   // Set the cluster array in the event (output or input)
 557   //-------------------------------------------------------------------------------------
 558
 559   if     ( fFillAODFile )
 560   {
 561     //Magic line to write events to AOD filem put after event rejection
 562     AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kTRUE);
 563   }
 564   else if( !fOutputAODBranchSet )
 565   {
 566     // Create array and put it in the input event, if output AOD not selected, only once
 567     InputEvent()->AddObject(fOutputAODBranch);
 568     fOutputAODBranchSet = kTRUE;
 569     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec() - Add AOD branch <%s> to input event\n",fOutputAODBranchName.Data());
 570   }
 571
 572 }
 573
 574 //____________________________________________________
 575 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterizeCells()
 576 {
 577   // Recluster calocells, transform them into digits,
 578   // feed the clusterizer with them and get new list of clusters
 579
 580   //In case of MC, first loop on the clusters and fill MC label to array
 581   Int_t nClusters     = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 582   Int_t nClustersOrg  = 0;
 583
 584   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
 585   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
 586     nClusters = aodIH->GetEventToMerge()->GetNumberOfCaloClusters(); //Get clusters directly from embedded signal
 587
 588   ResetArrays();
 589
 590   for (Int_t i = 0; i < nClusters; i++)
 591   {
 592     AliVCluster *clus = 0;
 593     if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge()) //Embedding
 594       clus = aodIH->GetEventToMerge()->GetCaloCluster(i); //Get clusters directly from embedded signal
 595     else
 596       clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 597
 598     if(!clus) return;
 599
 600     if(clus->IsEMCAL())
 601     {
 602       Int_t label = clus->GetLabel();
 603       Int_t label2 = -1 ;
 604       //printf("Org cluster E %f, Time  %e, Index = %d, ID %d, MC label %d\n", clus->E(), clus->GetTOF(),i, clus->GetID(),label );
 605       //printf("Original list of labels from old cluster : \n");
 606       //for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
 607
 608       if (clus->GetNLabels()>=2) label2 = clus->GetLabelAt(1) ;
 609       UShort_t * index    = clus->GetCellsAbsId() ;
 610       for(Int_t icell=0; icell < clus->GetNCells(); icell++ )
 611       {
 612         //printf("\t cell %d, MC label %d\n",index[icell],fEvent->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(index[icell]));
 613         fOrgClusterCellId[index[icell]] = i;
 614         fCellLabels[index[icell]]       = label;
 615         fCellSecondLabels[index[icell]] = label2;
 616         fCellTime[index[icell]]         = clus->GetTOF();
 617         fCellMatchdEta[index[icell]]    = clus->GetTrackDz();
 618         fCellMatchdPhi[index[icell]]    = clus->GetTrackDx();
 619       }
 620       nClustersOrg++;
 621     }
 622     // printf("\n");
 623   }
 624
 625   // Transform CaloCells into Digits
 626
 627   Int_t    idigit =  0;
 628   Int_t    id     = -1;
 629   Float_t  amp    = -1;
 630   Double_t time   = -1;
 631
 632   AliVCaloCells *cells = fEvent->GetEMCALCells();
 633
 634   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
 635
 636   for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 637   {
 638     // Get cell values, recalibrate and not include bad channels found in analysis, nor cells with too low energy, nor exotic cell
 639     id = cells->GetCellNumber(icell);
 640     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(id,bc,amp,time,cells);
 641
 642     // Do not include cells with too low energy, nor exotic cell
 643     if( amp  < fRecParam->GetMinECut() ||
 644         time > fRecParam->GetTimeMax() ||
 645         time < fRecParam->GetTimeMin()    ) accept = kFALSE;
 646
 647     // In case of old AOD analysis cell time is -1 s, approximate replacing by time of the cluster the digit belongs.
 648     if (fRecalibrateWithClusterTime)
 649     {
 650       time = fCellTime[id];
 651       //printf("cell %d time org %f - ",id, time*1.e9);
 652       fRecoUtils->RecalibrateCellTime(id,bc,time);
 653       //printf("recal %f\n",time*1.e9);
 654     }
 655
 656     //Exotic?
 657     if (accept && fRecoUtils->IsExoticCell(id,cells,bc))
 658         accept = kFALSE;
 659
 660     if( !accept )
 661     {
 662       if( DebugLevel() > 2 )
 663         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - Remove channel absId %d, index %d of %d, amp %f, time %f\n",
 664                id,icell, cells->GetNumberOfCells(), amp, time*1.e9);
 665       continue;
 666     }
 667
 668     Int_t mcLabel = cells->GetMCLabel(icell);
 669     //printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - cell %d, mc label %d\n",id,mcLabel);
 670
 671     //if(fCellLabels[id]!=mcLabel)printf("mcLabel %d - %d\n",mcLabel,fCellLabels[id]);
 672     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) mcLabel = fCellLabels[id]; // Older aliroot MC productions
 673     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 0 && fRemapMCLabelForAODs) RemapMCLabelForAODs(mcLabel);
 674     else mcLabel = -1; // found later
 675
 676     //printf("\t new label %d\n",mcLabel);
 677
 678     // Create the digit, put a fake primary deposited energy to trick the clusterizer
 679     // when checking the most likely primary
 680
 681     Float_t efrac = cells->GetEFraction(icell);
 682
 683     //When checking the MC of digits, give weight to cells with embedded signal
 684     if (mcLabel > 0 && efrac < 1.e-6) efrac = 1;
 685
 686     //printf("******* Cell %d, id %d, e %f,  fraction %f, MC label %d, used MC label %d\n",icell,id,amp,cells->GetEFraction(icell),cells->GetMCLabel(icell),mcLabel);
 687
 688     new((*fDigitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( mcLabel, mcLabel, id, amp, time,AliEMCALDigit::kHG,idigit, 0, 0, amp*efrac);
 689     // Last parameter should be MC deposited energy, since it is not available, add just the cell amplitude so that
 690     // we give more weight to the MC label of the cell with highest energy in the cluster
 691
 692     idigit++;
 693   }
 694
 695   fDigitsArr->Sort();
 696
 697   //-------------------------------------------------------------------------------------
 698   //Do the clusterization
 699   //-------------------------------------------------------------------------------------
 700
 701   fClusterizer->Digits2Clusters("");
 702
 703   //-------------------------------------------------------------------------------------
 704   //Transform the recpoints into AliVClusters
 705   //-------------------------------------------------------------------------------------
 706
 707   RecPoints2Clusters();
 708
 709   if(!fCaloClusterArr)
 710   {
 711     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - No array with CaloClusters, input RecPoints entries %d\n",fClusterArr->GetEntriesFast());
 712     return;
 713   }
 714
 715   if( DebugLevel() > 0 )
 716   {
 717     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::ClusterizeCells() - N clusters: before recluster %d, after recluster %d\n",nClustersOrg, fCaloClusterArr->GetEntriesFast());
 718
 719     if(fCaloClusterArr->GetEntriesFast() != fClusterArr->GetEntriesFast())
 720     {
 721       printf("\t Some RecRoints not transformed into CaloClusters (clusterizer %d, unfold %d): Input entries %d - Output entries %d - %d (not fast)\n",
 722              fRecParam->GetClusterizerFlag(),fRecParam->GetUnfold(),
 723              fClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntriesFast(), fCaloClusterArr->GetEntries());
 724     }
 725   }
 726 }
 727
 728 //_____________________________________________________
 729 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ClusterUnfolding()
 730 {
 731   // Take the event clusters and unfold them
 732
 733   AliVCaloCells *cells   = fEvent->GetEMCALCells();
 734   Double_t cellAmplitude = 0;
 735   Double_t cellTime      = 0;
 736   Short_t  cellNumber    = 0;
 737   Int_t    cellMCLabel   = 0;
 738   Double_t cellEFrac     = 0;
 739   Int_t    nClustersOrg  = 0;
 740
 741   // Fill the array with the EMCAL clusters, copy them
 742   for (Int_t i = 0; i < fEvent->GetNumberOfCaloClusters(); i++)
 743   {
 744     AliVCluster *clus = fEvent->GetCaloCluster(i);
 745     if(clus->IsEMCAL())
 746     {
 747       //recalibrate/remove bad channels/etc if requested
 748       if(fRecoUtils->ClusterContainsBadChannel(fGeom,clus->GetCellsAbsId(), clus->GetNCells()))
 749       {
 750         continue;
 751       }
 752
 753       if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 754       {
 755         //Calibrate cluster
 756         fRecoUtils->RecalibrateClusterEnergy(fGeom, clus, cells);
 757
 758         //CalibrateCells
 759         for (Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
 760         {
 761           if (cells->GetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude, cellTime, cellMCLabel, cellEFrac) != kTRUE)
 762             break;
 763
 764           Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 765           fGeom->GetCellIndex(cellNumber,imod,iTower,iIphi,iIeta);
 766           fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 767
 768           //Do not include bad channels found in analysis?
 769           if( fRecoUtils->IsBadChannelsRemovalSwitchedOn() &&
 770               fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 771             continue;
 772
 773           cells->SetCell(icell, cellNumber, cellAmplitude*fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi),cellTime);
 774
 775         }// cells loop
 776       }// recalibrate
 777
 778       //Cast to ESD or AOD, needed to create the cluster array
 779       AliESDCaloCluster * esdCluster = dynamic_cast<AliESDCaloCluster*> (clus);
 780       AliAODCaloCluster * aodCluster = dynamic_cast<AliAODCaloCluster*> (clus);
 781
 782       if     (esdCluster)
 783       {
 784         fCaloClusterArr->Add( new AliESDCaloCluster(*esdCluster) );
 785       }//ESD
 786       else if(aodCluster)
 787       {
 788         fCaloClusterArr->Add( new AliAODCaloCluster(*aodCluster) );
 789       }//AOD
 790       else
 791         Warning("UserExec()"," - Wrong CaloCluster type?");
 792
 793       nClustersOrg++;
 794     }
 795   }
 796
 797   //Do the unfolding
 798   fUnfolder->UnfoldClusters(fCaloClusterArr, cells);
 799
 800   //CLEAN-UP
 801   fUnfolder->Clear();
 802
 803 }
 804
 805 //_____________________________________________________
 806 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODCaloCells()
 807 {
 808   // Put calo cells in standard branch
 809   AliVCaloCells &eventEMcells = *(fEvent->GetEMCALCells());
 810   Int_t nEMcell = eventEMcells.GetNumberOfCells() ;
 811
 812   AliAODCaloCells &aodEMcells = *(AODEvent()->GetEMCALCells());
 813   aodEMcells.CreateContainer(nEMcell);
 814   aodEMcells.SetType(AliVCaloCells::kEMCALCell);
 815   Double_t calibFactor = 1.;
 816   for (Int_t iCell = 0; iCell < nEMcell; iCell++)
 817   {
 818     Int_t imod = -1, iphi =-1, ieta=-1,iTower = -1, iIphi = -1, iIeta = -1;
 819     fGeom->GetCellIndex(eventEMcells.GetCellNumber(iCell),imod,iTower,iIphi,iIeta);
 820     fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(imod,iTower,iIphi, iIeta,iphi,ieta);
 821
 822     if(fRecoUtils->IsRecalibrationOn())
 823     {
 824       calibFactor = fRecoUtils->GetEMCALChannelRecalibrationFactor(imod,ieta,iphi);
 825     }
 826
 827     if(!fRecoUtils->GetEMCALChannelStatus(imod, ieta, iphi))
 828     { //Channel is not declared as bad
 829       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),eventEMcells.GetAmplitude(iCell)*calibFactor,
 830                          eventEMcells.GetTime(iCell),eventEMcells.GetMCLabel(iCell),eventEMcells.GetEFraction(iCell));
 831     }
 832     else
 833     {
 834       aodEMcells.SetCell(iCell,eventEMcells.GetCellNumber(iCell),0,-1,-1,0);
 835     }
 836   }
 837   aodEMcells.Sort();
 838
 839 }
 840
 841 //__________________________________________________
 842 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillAODHeader()
 843 {
 844   //Put event header information in standard AOD branch
 845
 846   AliESDEvent* esdevent = dynamic_cast<AliESDEvent*> (fEvent);
 847   AliAODEvent* aodevent = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent);
 848
 849   Double_t pos[3]   ;
 850   Double_t covVtx[6];
 851   for (Int_t i = 0; i < 6; i++)  covVtx[i] = 0.;
 852
 853   AliAODHeader* header = AODEvent()->GetHeader();
 854   header->SetRunNumber(fEvent->GetRunNumber());
 855
 856   if(esdevent)
 857   {
 858     TTree* tree = fInputHandler->GetTree();
 859     if (tree)
 860     {
 861       TFile* file = tree->GetCurrentFile();
 862       if (file) header->SetESDFileName(file->GetName());
 863     }
 864   }
 865   else if (aodevent) header->SetESDFileName(aodevent->GetHeader()->GetESDFileName());
 866
 867   header->SetBunchCrossNumber(fEvent->GetBunchCrossNumber());
 868   header->SetOrbitNumber(fEvent->GetOrbitNumber());
 869   header->SetPeriodNumber(fEvent->GetPeriodNumber());
 870   header->SetEventType(fEvent->GetEventType());
 871
 872   //Centrality
 873   if(fEvent->GetCentrality())
 874     header->SetCentrality(new AliCentrality(*(fEvent->GetCentrality())));
 875   else
 876     header->SetCentrality(0);
 877
 878   //Trigger
 879   header->SetOfflineTrigger(fInputHandler->IsEventSelected()); // propagate the decision of the physics selection
 880
 881   header->SetFiredTriggerClasses(fEvent->GetFiredTriggerClasses());
 882
 883   header->SetTriggerMask(fEvent->GetTriggerMask());
 884   header->SetTriggerCluster(fEvent->GetTriggerCluster());
 885
 886   if      (esdevent)
 887   {
 888     header->SetL0TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 889     header->SetL1TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 890     header->SetL2TriggerInputs(esdevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 891   }
 892   else if (aodevent)
 893   {
 894     header->SetL0TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL0TriggerInputs());
 895     header->SetL1TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL1TriggerInputs());
 896     header->SetL2TriggerInputs(aodevent->GetHeader()->GetL2TriggerInputs());
 897   }
 898
 899   header->SetMagneticField(fEvent->GetMagneticField());
 900   //header->SetMuonMagFieldScale(esdevent->GetCurrentDip()/6000.);
 901
 902   header->SetZDCN1Energy(fEvent->GetZDCN1Energy());
 903   header->SetZDCP1Energy(fEvent->GetZDCP1Energy());
 904   header->SetZDCN2Energy(fEvent->GetZDCN2Energy());
 905   header->SetZDCP2Energy(fEvent->GetZDCP2Energy());
 906   header->SetZDCEMEnergy(fEvent->GetZDCEMEnergy(0),fEvent->GetZDCEMEnergy(1));
 907
 908   Float_t diamxy[2]={fEvent->GetDiamondX(),fEvent->GetDiamondY()};
 909   Float_t diamcov[3];
 910   fEvent->GetDiamondCovXY(diamcov);
 911   header->SetDiamond(diamxy,diamcov);
 912   if      (esdevent) header->SetDiamondZ(esdevent->GetDiamondZ(),esdevent->GetSigma2DiamondZ());
 913   else if (aodevent) header->SetDiamondZ(aodevent->GetDiamondZ(),aodevent->GetSigma2DiamondZ());
 914
 915   //
 916   Int_t nVertices = 1 ;/* = prim. vtx*/;
 917   Int_t nCaloClus = fEvent->GetNumberOfCaloClusters();
 918
 919   AODEvent()->ResetStd(0, nVertices, 0, 0, 0, nCaloClus, 0, 0);
 920
 921   // Access to the AOD container of vertices
 922   TClonesArray &vertices = *(AODEvent()->GetVertices());
 923   Int_t jVertices=0;
 924
 925   // Add primary vertex. The primary tracks will be defined
 926   // after the loops on the composite objects (V0, cascades, kinks)
 927   fEvent->GetPrimaryVertex()->GetXYZ(pos);
 928   Float_t chi = 0;
 929   if      (esdevent)
 930   {
 931     esdevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 932     chi = esdevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2toNDF();
 933   }
 934   else if (aodevent)
 935   {
 936     aodevent->GetPrimaryVertex()->GetCovMatrix(covVtx);
 937     chi = aodevent->GetPrimaryVertex()->GetChi2perNDF();//Different from ESD?
 938   }
 939
 940   AliAODVertex * primary = new(vertices[jVertices++])
 941   AliAODVertex(pos, covVtx, chi, NULL, -1, AliAODVertex::kPrimary);
 942   primary->SetName(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetName());
 943   primary->SetTitle(fEvent->GetPrimaryVertex()->GetTitle());
 944
 945 }
 946
 947 //___________________________________________________________
 948 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::FillCaloClusterInEvent()
 949 {
 950   // Get the CaloClusters array, do some final calculations
 951   // and put the clusters in the output or input event
 952   // as a separate branch
 953
 954   //First recalculate track-matching for the new clusters
 955   if(fDoTrackMatching)
 956   {
 957     fRecoUtils->FindMatches(fEvent,fCaloClusterArr,fGeom);
 958   }
 959   //Put the new clusters in the AOD list
 960
 961   Int_t kNumberOfCaloClusters   = fCaloClusterArr->GetEntriesFast();
 962
 963   for(Int_t i = 0; i < kNumberOfCaloClusters; i++)
 964   {
 965     AliAODCaloCluster *newCluster = (AliAODCaloCluster *) fCaloClusterArr->At(i);
 966
 967     newCluster->SetID(i);
 968
 969     // Correct cluster energy non linearity
 970     newCluster->SetE(fRecoUtils->CorrectClusterEnergyLinearity(newCluster));
 971
 972     //Add matched track
 973     if(fDoTrackMatching)
 974     {
 975       Int_t trackIndex = fRecoUtils->GetMatchedTrackIndex(i);
 976       if(trackIndex >= 0)
 977       {
 978         newCluster->AddTrackMatched(fEvent->GetTrack(trackIndex));
 979         if(DebugLevel() > 1)
 980           printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Matched Track index %d to new cluster %d \n",trackIndex,i);
 981       }
 982
 983       Float_t dR = 999., dZ = 999.;
 984       fRecoUtils->GetMatchedResiduals(newCluster->GetID(),dR,dZ);
 985       newCluster->SetTrackDistance(dR,dZ);
 986
 987     }
 988     else
 989     {// Assign previously assigned matched track in reco, very very rough
 990       Int_t absId0 = newCluster->GetCellsAbsId()[0]; // Assign match of first cell in cluster
 991       newCluster->SetTrackDistance(fCellMatchdPhi[absId0],fCellMatchdEta[absId0]);
 992     }
 993
 994     //printf("New cluster E %f, Time  %e, Id = ", newCluster->E(), newCluster->GetTOF() );
 995     //for(Int_t icell=0; icell < newCluster->GetNCells(); icell++ ) printf(" %d,", newCluster->GetCellsAbsId() [icell] );
 996     //printf("\n");
 997
 998     // Calculate distance to bad channel for new cluster. Make sure you give the list of bad channels.
 999     fRecoUtils->RecalculateClusterDistanceToBadChannel(fGeom, fEvent->GetEMCALCells(), newCluster);
1000
1001     new((*fOutputAODBranch)[i])  AliAODCaloCluster(*newCluster);
1002
1003     if(DebugLevel() > 1 )
1004       printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - New cluster %d of %d, energy %f, mc label %d \n",newCluster->GetID(), kNumberOfCaloClusters, newCluster->E(), newCluster->GetLabel());
1005
1006   } // cluster loop
1007
1008   fOutputAODBranch->Expand(kNumberOfCaloClusters); // resize TObjArray to 'remove' slots
1009
1010
1011 }
1012
1013 //_______________________________________________
1014 TString AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass()
1015 {
1016   // Get passx from filename.
1017
1018   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree())
1019   {
1020     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pointer to tree = 0, returning null\n");
1021     return TString("");
1022   }
1023
1024   if (!AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile())
1025   {
1026     AliError("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Null pointer input file, returning null\n");
1027     return TString("");
1028   }
1029
1030   TString pass(AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetTree()->GetCurrentFile()->GetName());
1031   if      (pass.Contains("ass1")) return TString("pass1");
1032   else if (pass.Contains("ass2")) return TString("pass2");
1033   else if (pass.Contains("ass3")) return TString("pass3");
1034   else if (pass.Contains("ass4")) return TString("pass4");
1035   else if (pass.Contains("ass5")) return TString("pass5");
1036   else if (pass.Contains("calo") || pass.Contains("high_lumi"))
1037   {
1038     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Path contains <calo> or <high-lumi>, set as <pass1>\n");
1039     return TString("pass1");
1040   }
1041
1042   // No condition fullfilled, give a default value
1043   printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::GetPass() - Pass number string not found \n");
1044   return TString("");
1045
1046 }
1047
1048 //_________________________________________
1049 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init()
1050 {
1051   //Init analysis with configuration macro if available
1052
1053   fOADBSet           = kFALSE;
1054   if(fOADBFilePath == "") fOADBFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL" ;
1055
1056   fBranchNames       = "ESD:AliESDHeader.,EMCALCells.";
1057
1058   if(!fRecParam)     fRecParam  = new AliEMCALRecParam;
1059   if(!fRecoUtils)    fRecoUtils = new AliEMCALRecoUtils();
1060
1061   if(fMaxEvent          <= 0) fMaxEvent          = 1000000000;
1062   if(fSelectCellMinE    <= 0) fSelectCellMinE    = 0.005;
1063   if(fSelectCellMinFrac <= 0) fSelectCellMinFrac = 0.001;
1064
1065   //Centrality
1066   if(fCentralityClass  == "") fCentralityClass  = "V0M";
1067
1068   if (fOCDBpath            == "") fOCDBpath            = "raw://" ;
1069   if (fOutputAODBranchName == "") fOutputAODBranchName = "newEMCALClusters" ;
1070
1071   if(gROOT->LoadMacro(fConfigName) >=0)
1072   {
1073     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::Init() - Configure analysis with %s\n",fConfigName.Data());
1074     AliAnalysisTaskEMCALClusterize *clus = (AliAnalysisTaskEMCALClusterize*)gInterpreter->ProcessLine("ConfigEMCALClusterize()");
1075     fGeomName         = clus->fGeomName;
1076     fLoadGeomMatrices = clus->fLoadGeomMatrices;
1077     fOCDBpath         = clus->fOCDBpath;
1078     fAccessOCDB       = clus->fAccessOCDB;
1079     fRecParam         = clus->fRecParam;
1080     fJustUnfold       = clus->fJustUnfold;
1081     fFillAODFile      = clus->fFillAODFile;
1082     fRecoUtils        = clus->fRecoUtils;
1083     fConfigName       = clus->fConfigName;
1084     fMaxEvent         = clus->fMaxEvent;
1085     fDoTrackMatching  = clus->fDoTrackMatching;
1086     fOutputAODBranchName = clus->fOutputAODBranchName;
1087     for(Int_t i = 0; i < 12; i++) fGeomMatrix[i] = clus->fGeomMatrix[i] ;
1088     fCentralityClass  = clus->fCentralityClass;
1089     fCentralityBin[0] = clus->fCentralityBin[0];
1090     fCentralityBin[1] = clus->fCentralityBin[1];
1091   }
1092
1093   // Init geometry, I do not like much to do it like this ...
1094   if(fImportGeometryFromFile && !gGeoManager)
1095   {
1096     if (fImportGeometryFilePath == "") fImportGeometryFilePath = "$ALICE_ROOT/OADB/EMCAL/geometry_2011.root" ; // "$ALICE_ROOT/EVE/alice-data/default_geo.root"
1097     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::Init() - Import %s\n",fImportGeometryFilePath.Data());
1098     TGeoManager::Import(fImportGeometryFilePath) ;
1099   }
1100
1101 }
1102
1103 //_______________________________________________________
1104 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitClusterization()
1105 {
1106   //Select clusterization/unfolding algorithm and set all the needed parameters
1107
1108   if (fJustUnfold)
1109   {
1110     // init the unfolding afterburner
1111     delete fUnfolder;
1112     fUnfolder =  new AliEMCALAfterBurnerUF(fRecParam->GetW0(),fRecParam->GetLocMaxCut(),fRecParam->GetMinECut());
1113     return;
1114   }
1115
1116   //First init the clusterizer
1117   delete fClusterizer;
1118   if     (fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv1)
1119     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv1 (fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1120   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerv2)
1121     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerv2(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1122   else if(fRecParam->GetClusterizerFlag() == AliEMCALRecParam::kClusterizerNxN)
1123   {
1124     fClusterizer = new AliEMCALClusterizerNxN(fGeom, fCalibData, fPedestalData);
1125     fClusterizer->SetNRowDiff(fRecParam->GetNRowDiff());
1126     fClusterizer->SetNColDiff(fRecParam->GetNColDiff());
1127   }
1128   else
1129   {
1130     AliFatal(Form("Clusterizer < %d > not available", fRecParam->GetClusterizerFlag()));
1131   }
1132
1133   //Now set the parameters
1134   fClusterizer->SetECAClusteringThreshold( fRecParam->GetClusteringThreshold() );
1135   fClusterizer->SetECALogWeight          ( fRecParam->GetW0()                  );
1136   fClusterizer->SetMinECut               ( fRecParam->GetMinECut()             );
1137   fClusterizer->SetUnfolding             ( fRecParam->GetUnfold()              );
1138   fClusterizer->SetECALocalMaxCut        ( fRecParam->GetLocMaxCut()           );
1139   fClusterizer->SetTimeCut               ( fRecParam->GetTimeCut()             );
1140   fClusterizer->SetTimeMin               ( fRecParam->GetTimeMin()             );
1141   fClusterizer->SetTimeMax               ( fRecParam->GetTimeMax()             );
1142   fClusterizer->SetInputCalibrated       ( kTRUE                               );
1143   fClusterizer->SetJustClusters          ( kTRUE                               );
1144
1145   // Initialize the cluster rec points and digits arrays and get them.
1146   fClusterizer->SetOutput(0);
1147   fClusterArr = const_cast<TObjArray *>(fClusterizer->GetRecPoints());
1148   fDigitsArr  = fClusterizer->GetDigits();
1149
1150   //In case of unfolding after clusterization is requested, set the corresponding parameters
1151   if(fRecParam->GetUnfold())
1152   {
1153     Int_t i=0;
1154     for (i = 0; i < 8; i++)
1155     {
1156       fClusterizer->SetSSPars(i, fRecParam->GetSSPars(i));
1157     }//end of loop over parameters
1158
1159     for (i = 0; i < 3; i++)
1160     {
1161       fClusterizer->SetPar5  (i, fRecParam->GetPar5(i));
1162       fClusterizer->SetPar6  (i, fRecParam->GetPar6(i));
1163     }//end of loop over parameters
1164
1165     fClusterizer->InitClusterUnfolding();
1166
1167   }// to unfold
1168 }
1169
1170 //_________________________________________________
1171 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry()
1172 {
1173   // Init geometry and set the geometry matrix, for the first event, skip the rest
1174   // Also set once the run dependent calibrations
1175
1176   if(fGeomMatrixSet) return;
1177
1178   Int_t runnumber = InputEvent()->GetRunNumber() ;
1179   if (!fGeom)
1180   {
1181     if(fGeomName=="")
1182     {
1183       if     (runnumber < 140000) fGeomName = "EMCAL_FIRSTYEARV1";
1184       else if(runnumber < 171000) fGeomName = "EMCAL_COMPLETEV1";
1185       else                        fGeomName = "EMCAL_COMPLETE12SMV1";
1186       printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Set EMCAL geometry name to <%s> for run %d\n",fGeomName.Data(),runnumber);
1187     }
1188
1189                 fGeom = AliEMCALGeometry::GetInstance(fGeomName);
1190
1191                 if(fDebug > 0)
1192     {
1193                         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry(run=%d)",runnumber);
1194                         if (!gGeoManager) printf(" - Careful!, gGeoManager not loaded, load misalign matrices");
1195                         printf("\n");
1196                 }
1197         } // geometry pointer did not exist before
1198
1199   if(fLoadGeomMatrices)
1200   {
1201     printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - Load user defined EMCAL geometry matrices\n");
1202
1203     // OADB if available
1204     AliOADBContainer emcGeoMat("AliEMCALgeo");
1205     emcGeoMat.InitFromFile(Form("%s/EMCALlocal2master.root",fOADBFilePath.Data()),"AliEMCALgeo");
1206     TObjArray *matEMCAL=(TObjArray*)emcGeoMat.GetObject(runnumber,"EmcalMatrices");
1207
1208
1209     for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1210     {
1211
1212       if (!fGeomMatrix[mod]) // Get it from OADB
1213       {
1214         if(fDebug > 1 )
1215           printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::InitGeometry() - EMCAL matrices SM %d, %p\n",
1216                  mod,((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod)));
1217         //((TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod))->Print();
1218
1219         fGeomMatrix[mod] = (TGeoHMatrix*) matEMCAL->At(mod) ;
1220       }
1221
1222       if(fGeomMatrix[mod])
1223       {
1224         if(DebugLevel() > 1)
1225           fGeomMatrix[mod]->Print();
1226
1227         fGeom->SetMisalMatrix(fGeomMatrix[mod],mod) ;
1228       }
1229
1230       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1231
1232     }//SM loop
1233   }//Load matrices
1234   else if(!gGeoManager)
1235   {
1236     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - Get geo matrices from data");
1237     //Still not implemented in AOD, just a workaround to be able to work at least with ESDs
1238     if(!strcmp(fEvent->GetName(),"AliAODEvent"))
1239     {
1240       if(DebugLevel() > 1)
1241         Warning("UserExec","Use ideal geometry, values geometry matrix not kept in AODs.");
1242     }//AOD
1243     else
1244     {
1245       if(DebugLevel() > 1)
1246         printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::InitGeometry() - AliAnalysisTaskEMCALClusterize Load Misaligned matrices.");
1247
1248       AliESDEvent* esd = dynamic_cast<AliESDEvent*>(fEvent) ;
1249
1250       if(!esd)
1251       {
1252         Error("InitGeometry"," - This event does not contain ESDs?");
1253         if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);
1254         return;
1255       }
1256
1257       for(Int_t mod=0; mod < (fGeom->GetEMCGeometry())->GetNumberOfSuperModules(); mod++)
1258       {
1259         if(DebugLevel() > 1)
1260           esd->GetEMCALMatrix(mod)->Print();
1261
1262         if(esd->GetEMCALMatrix(mod)) fGeom->SetMisalMatrix(esd->GetEMCALMatrix(mod),mod) ;
1263
1264       }
1265
1266       fGeomMatrixSet=kTRUE;
1267
1268     }//ESD
1269   }//Load matrices from Data
1270
1271 }
1272
1273 //____________________________________________________
1274 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsExoticEvent()
1275 {
1276
1277   // Check if event is exotic, get an exotic cell and compare with triggered patch
1278   // If there is a match remove event ... to be completed, filled with something provisional
1279
1280   if(!fRemoveExoticEvents) return kFALSE;
1281
1282   // Loop on cells
1283   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1284   Float_t totCellE = 0;
1285   Int_t bc = InputEvent()->GetBunchCrossNumber();
1286   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1287   {
1288
1289     Float_t  ecell = 0 ;
1290     Double_t tcell = 0 ;
1291
1292     Int_t absID   = cells->GetCellNumber(icell);
1293     Bool_t accept = fRecoUtils->AcceptCalibrateCell(absID,bc,ecell,tcell,cells);
1294     if(accept && !fRecoUtils->IsExoticCell(absID,cells,bc)) totCellE += ecell;
1295   }
1296
1297   //  TString triggerclasses = event->GetFiredTriggerClasses();
1298   //    printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize - reject event %d with cluster  - reject event with ncells in SM3 %d and SM4 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3, ncellsSM4);
1299   //    if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1300   //    return;
1301   //
1302
1303   //printf("TotE cell %f\n",totCellE);
1304   if(totCellE < 1) return kTRUE;
1305
1306   return kFALSE;
1307
1308 }
1309
1310 //________________________________________________________________
1311 Bool_t AliAnalysisTaskEMCALClusterize::IsLEDEvent(const Int_t run)
1312 {
1313   //Check if event is LED
1314
1315   if(!fRemoveLEDEvents) return kFALSE;
1316
1317   //check events of LHC11a period
1318   if(run < 146858 || run > 146860) return kFALSE ;
1319
1320   // Count number of cells with energy larger than 0.1 in SM3, cut on this number
1321   Int_t ncellsSM3 = 0;
1322   AliVCaloCells * cells = fEvent->GetEMCALCells();
1323   for(Int_t icell = 0; icell < cells->GetNumberOfCells(); icell++)
1324   {
1325     if(cells->GetAmplitude(icell) > 0.1 && cells->GetCellNumber(icell)/(24*48)==3) ncellsSM3++;
1326   }
1327
1328   TString triggerclasses = fEvent->GetFiredTriggerClasses();
1329
1330   Int_t ncellcut = 21;
1331   if(triggerclasses.Contains("EMC")) ncellcut = 35;
1332
1333   if( ncellsSM3 >= ncellcut)
1334   {
1335     printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::IsLEDEvent() - reject event %d with ncells in SM3 %d\n",(Int_t)Entry(),ncellsSM3);
1336     if(fFillAODFile) AliAnalysisManager::GetAnalysisManager()->GetOutputEventHandler()->SetFillAOD(kFALSE);;
1337     return kTRUE;
1338   }
1339
1340   return kFALSE;
1341
1342 }
1343
1344 //_______________________________________________________
1345 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters()
1346 {
1347   // Restore clusters from recPoints
1348   // Cluster energy, global position, cells and their amplitude
1349   // fractions are restored
1350
1351   Int_t j = 0;
1352   for(Int_t i = 0; i < fClusterArr->GetEntriesFast(); i++)
1353   {
1354     AliEMCALRecPoint *recPoint = (AliEMCALRecPoint*) fClusterArr->At(i);
1355
1356     const Int_t ncells = recPoint->GetMultiplicity();
1357     Int_t ncellsTrue = 0;
1358
1359     if(recPoint->GetEnergy() < fRecParam->GetClusteringThreshold()) continue;
1360
1361     // cells and their amplitude fractions
1362     UShort_t   absIds[ncells];
1363     Double32_t ratios[ncells];
1364
1365     //For later check embedding
1366     AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1367
1368     Float_t clusterE = 0;
1369     for (Int_t c = 0; c < ncells; c++)
1370     {
1371       AliEMCALDigit *digit = (AliEMCALDigit*) fDigitsArr->At(recPoint->GetDigitsList()[c]);
1372
1373       absIds[ncellsTrue] = digit->GetId();
1374       ratios[ncellsTrue] = recPoint->GetEnergiesList()[c]/digit->GetAmplitude();
1375
1376       // In case of unfolding, remove digits with unfolded energy too low
1377       if(fSelectCell)
1378       {
1379         if     (recPoint->GetEnergiesList()[c] < fSelectCellMinE || ratios[ncellsTrue] < fSelectCellMinFrac)
1380         {
1381           if(DebugLevel() > 1)
1382           {
1383             printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Too small energy in cell of cluster: cluster cell %f, digit %f\n",
1384                    recPoint->GetEnergiesList()[c],digit->GetAmplitude());
1385           }
1386
1387           continue;
1388
1389         } // if cuts
1390       }// Select cells
1391
1392       //Recalculate cluster energy and number of cluster cells in case any of the cells was rejected
1393       clusterE  +=recPoint->GetEnergiesList()[c];
1394
1395       // In case of embedding, fill ratio with amount of signal,
1396       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents())
1397       {
1398         //AliVCaloCells* inEMCALCells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1399         AliVCaloCells* meEMCALCells = aodIH->GetEventToMerge()->GetEMCALCells();
1400         AliVCaloCells* ouEMCALCells = AODEvent()->GetEMCALCells();
1401
1402         Float_t sigAmplitude = meEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1403         //Float_t bkgAmplitude = inEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1404         Float_t sumAmplitude = ouEMCALCells->GetCellAmplitude(absIds[ncellsTrue]);
1405         //printf("\t AbsID %d, amplitude : bkg %f, sigAmplitude %f, summed %f - %f\n",absIds[ncellsTrue], bkgAmplitude, sigAmplitude, sumAmplitude, digit->GetAmplitude());
1406
1407         if(sumAmplitude > 0) ratios[ncellsTrue] = sigAmplitude/sumAmplitude;
1408         //printf("\t \t ratio %f\n",ratios[ncellsTrue]);
1409
1410       }//Embedding
1411
1412       ncellsTrue++;
1413
1414     }// cluster cell loop
1415
1416     if (ncellsTrue < 1)
1417     {
1418       if (DebugLevel() > 1)
1419         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Skipping cluster with no cells avobe threshold E = %f, ncells %d\n",
1420                recPoint->GetEnergy(), ncells);
1421       continue;
1422     }
1423
1424     //if(ncellsTrue != ncells) printf("Old E %f, ncells %d; New E %f, ncells %d\n",recPoint->GetEnergy(),ncells,clusterE,ncellsTrue);
1425
1426     if(clusterE <  fRecParam->GetClusteringThreshold())
1427     {
1428       if (DebugLevel()>1)
1429         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Remove cluster with energy below seed threshold %f\n",clusterE);
1430       continue;
1431     }
1432
1433     TVector3 gpos;
1434     Float_t g[3];
1435
1436     // calculate new cluster position
1437
1438     recPoint->EvalGlobalPosition(fRecParam->GetW0(), fDigitsArr);
1439     recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
1440     gpos.GetXYZ(g);
1441
1442     // create a new cluster
1443
1444     (*fCaloClusterArr)[j] = new AliAODCaloCluster() ;
1445     AliAODCaloCluster *clus = dynamic_cast<AliAODCaloCluster *>( fCaloClusterArr->At(j) ) ;
1446     j++;
1447     clus->SetType(AliVCluster::kEMCALClusterv1);
1448     clus->SetE(clusterE);
1449     clus->SetPosition(g);
1450     clus->SetNCells(ncellsTrue);
1451     clus->SetCellsAbsId(absIds);
1452     clus->SetCellsAmplitudeFraction(ratios);
1453     clus->SetChi2(-1); //not yet implemented
1454     clus->SetTOF(recPoint->GetTime()) ; //time-of-flight
1455     clus->SetNExMax(recPoint->GetNExMax()); //number of local maxima
1456     clus->SetDistanceToBadChannel(recPoint->GetDistanceToBadTower());
1457
1458     if(ncells == ncellsTrue)
1459     {
1460       Float_t elipAxis[2];
1461       recPoint->GetElipsAxis(elipAxis);
1462       clus->SetM02(elipAxis[0]*elipAxis[0]) ;
1463       clus->SetM20(elipAxis[1]*elipAxis[1]) ;
1464       clus->SetDispersion(recPoint->GetDispersion());
1465     }
1466     else if(fSelectCell)
1467     {
1468       // In case some cells rejected, in unfolding case, recalculate
1469       // shower shape parameters and position
1470       if(DebugLevel() > 1)
1471         printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RecPoints2Clusters() - Cells removed from cluster (ncells %d, ncellsTrue %d), recalculate Shower Shape\n",ncells,ncellsTrue);
1472
1473       AliVCaloCells* cells = 0x0;
1474       if (aodIH && aodIH->GetMergeEvents()) cells = AODEvent()  ->GetEMCALCells();
1475       else                                  cells = InputEvent()->GetEMCALCells();
1476
1477       fRecoUtils->RecalculateClusterShowerShapeParameters(fGeom,cells,clus);
1478       fRecoUtils->RecalculateClusterPID(clus);
1479       fRecoUtils->RecalculateClusterPosition(fGeom,cells,clus);
1480
1481     }
1482
1483     // MC
1484
1485     if     ( fSetCellMCLabelFromCluster == 1 ) SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(recPoint,clus) ;
1486     else if( fSetCellMCLabelFromCluster == 2 ) SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(clus) ;
1487     else
1488     {
1489       // Normal case, trust what the clusterizer has found
1490       Int_t  parentMult = 0;
1491       Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1492       clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1493 //      printf("Label list : ");
1494 //      for(Int_t ilabel = 0; ilabel < parentMult; ilabel++ ) printf(" %d ",parentList[ilabel]);
1495 //      printf("\n");
1496     }
1497
1498   } // recPoints loop
1499
1500 }
1501
1502 //___________________________________________________________________________
1503 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs(Int_t & label)
1504 {
1505   // MC label for Cells not remapped after ESD filtering, do it here.
1506
1507   if(label < 0) return ;
1508
1509   AliAODEvent  * evt = dynamic_cast<AliAODEvent*> (fEvent) ;
1510   if(!evt) return ;
1511
1512   TClonesArray * arr = dynamic_cast<TClonesArray*>(evt->FindListObject("mcparticles")) ;
1513   if(!arr) return ;
1514
1515   if(label < arr->GetEntriesFast())
1516   {
1517     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(label));
1518     if(!particle) return ;
1519
1520     if(label == particle->Label()) return ; // label already OK
1521     //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d - AOD stack %d \n",label, particle->Label());
1522   }
1523   //else printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label  %d > AOD labels %d \n",label, arr->GetEntriesFast());
1524
1525   // loop on the particles list and check if there is one with the same label
1526   for(Int_t ind = 0; ind < arr->GetEntriesFast(); ind++ )
1527   {
1528     AliAODMCParticle * particle = dynamic_cast<AliAODMCParticle *>(arr->At(ind));
1529     if(!particle) continue ;
1530
1531     if(label == particle->Label())
1532     {
1533       label = ind;
1534       //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - New Label Index  %d \n",label);
1535       return;
1536     }
1537   }
1538
1539   label = -1;
1540
1541   //printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::RemapMCLabelForAODs() - Label not found set to -1 \n");
1542
1543 }
1544
1545 //________________________________________________
1546 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::ResetArrays()
1547 {
1548   // Reset arrays containing information for all possible cells
1549   for(Int_t j = 0; j < 12672; j++)
1550   {
1551     fOrgClusterCellId[j] = -1;
1552     fCellLabels[j]       = -1;
1553     fCellSecondLabels[j] = -1;
1554     fCellTime[j]         =  0.;
1555     fCellMatchdEta[j]    = -999;
1556     fCellMatchdPhi[j]    = -999;
1557   }
1558 }
1559
1560 //_____________________________________________________________________________________________________
1561 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFrom2SelectedLabels(AliEMCALRecPoint  * recPoint,
1562                                                                            AliAODCaloCluster * clus)
1563 {
1564   // Set the cluster MC label, the digizer was filled with most likely MC label for all cells in original cluster
1565   // Now check the second most likely MC label and add it to the new cluster
1566
1567   Int_t  parentMult = 0;
1568   Int_t *parentList = recPoint->GetParents(parentMult);
1569   clus->SetLabel(parentList, parentMult);
1570
1571   //Write the second major contributor to each MC cluster.
1572   Int_t iNewLabel ;
1573   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1574   {
1575
1576     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1577     if(idCell>=0)
1578     {
1579       iNewLabel = 1 ; //iNewLabel makes sure we  don't write twice the same label.
1580       for ( UInt_t iLoopLabels = 0 ; iLoopLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopLabels++ )
1581       {
1582         if ( fCellSecondLabels[idCell] == -1 )  iNewLabel = 0;  // -1 is never a good second label.
1583           if ( fCellSecondLabels[idCell] == clus->GetLabelAt(iLoopLabels) )  iNewLabel = 0;
1584             }
1585       if (iNewLabel == 1)
1586       {
1587         Int_t * newLabelArray = new Int_t[clus->GetNLabels()+1] ;
1588         for ( UInt_t iLoopNewLabels = 0 ; iLoopNewLabels < clus->GetNLabels() ; iLoopNewLabels++ )
1589         {
1590           newLabelArray[iLoopNewLabels] = clus->GetLabelAt(iLoopNewLabels) ;
1591         }
1592
1593         newLabelArray[clus->GetNLabels()] = fCellSecondLabels[idCell] ;
1594         clus->SetLabel(newLabelArray,clus->GetNLabels()+1) ;
1595         delete [] newLabelArray;
1596       }
1597     }//positive cell number
1598   }
1599 }
1600
1601 //___________________________________________________________________________________________________
1602 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters(AliAODCaloCluster * clus)
1603 {
1604   // Get the original clusters that contribute to the new cluster, assign the labels of such clusters
1605   // to the new cluster.
1606   // Only approximatedly valid  when output are V1 clusters, handle with care
1607
1608   TArrayI clArray(300) ; //Weird if more than a few clusters are in the origin ...
1609   clArray.Reset();
1610   Int_t nClu = 0;
1611   Int_t nLabTotOrg = 0;
1612   Float_t emax = -1;
1613   Int_t idMax = -1;
1614
1615   AliVEvent * event = fEvent;
1616
1617   //In case of embedding the MC signal is in the added event
1618   AliAODInputHandler* aodIH = dynamic_cast<AliAODInputHandler*>((AliAnalysisManager::GetAnalysisManager())->GetInputEventHandler());
1619   if(aodIH && aodIH->GetEventToMerge())  //Embedding
1620     event = aodIH->GetEventToMerge(); //Get clusters directly from embedded signal
1621
1622
1623   //Find the clusters that originally had the cells
1624   for ( Int_t iLoopCell = 0 ; iLoopCell < clus->GetNCells() ; iLoopCell++ )
1625   {
1626     Int_t idCell = clus->GetCellAbsId(iLoopCell) ;
1627
1628     if(idCell>=0)
1629     {
1630       Int_t idCluster = fOrgClusterCellId[idCell];
1631
1632       Bool_t set = kTRUE;
1633       for(Int_t icl =0; icl < nClu; icl++)
1634       {
1635         if(((Int_t)clArray.GetAt(icl))==-1 ) continue;
1636         if( idCluster == ((Int_t)clArray.GetAt(icl)) ) set = kFALSE;
1637         //   printf("\t \t icell %d  Cluster in array %d, IdCluster %d, in array %d, set %d\n",
1638         //          iLoopCell,                 icl,  idCluster,((Int_t)clArray.GetAt(icl)),set);
1639       }
1640       if( set && idCluster >= 0)
1641       {
1642         clArray.SetAt(idCluster,nClu++);
1643         //printf("******** idCluster %d \n",idCluster);
1644         nLabTotOrg+=(event->GetCaloCluster(idCluster))->GetNLabels();
1645
1646         //printf("Cluster in array %d, IdCluster %d\n",nClu-1,  idCluster);
1647
1648         //Search highest E cluster
1649         AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1650         //printf("\t E %f\n",clOrg->E());
1651         if(emax < clOrg->E())
1652         {
1653           emax  = clOrg->E();
1654           idMax = idCluster;
1655         }
1656       }
1657     }
1658   }// cell loop
1659
1660   if(nClu==0 || nLabTotOrg == 0)
1661   {
1662     //if(clus->E() > 0.25) printf("AliAnalysisTaskEMCALClusterize::SetClustersMCLabelFromOriginalClusters() - Check: N org clusters %d, n tot labels %d, cluster E %f,  n cells %d\n",nClu,nLabTotOrg,clus->E(), clus->GetNCells());
1663     //for(Int_t icell = 0; icell < clus->GetNCells(); icell++) printf("\t cell %d",clus->GetCellsAbsId()[icell]);
1664     //printf("\n");
1665   }
1666
1667   // Put the first in the list the cluster with highest energy
1668   if(idMax != ((Int_t)clArray.GetAt(0))) // Max not at first position
1669   {
1670     Int_t maxIndex = -1;
1671     Int_t firstCluster = ((Int_t)clArray.GetAt(0));
1672     for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1673     {
1674       if(idMax == ((Int_t)clArray.GetAt(iLoopCluster))) maxIndex = iLoopCluster;
1675     }
1676
1677     if(firstCluster >=0 && idMax >=0)
1678     {
1679       clArray.SetAt(idMax,0);
1680       clArray.SetAt(firstCluster,maxIndex);
1681     }
1682   }
1683
1684   // Get the labels list in the original clusters, assign all to the new cluster
1685   TArrayI clMCArray(nLabTotOrg) ;
1686   clMCArray.Reset();
1687
1688   Int_t nLabTot = 0;
1689   for ( Int_t iLoopCluster = 0 ; iLoopCluster < nClu ; iLoopCluster++ )
1690   {
1691     Int_t idCluster = (Int_t) clArray.GetAt(iLoopCluster);
1692     //printf("New Cluster in Array %d,  idCluster %d \n",iLoopCluster,idCluster);
1693     AliVCluster * clOrg = event->GetCaloCluster(idCluster);
1694     Int_t nLab = clOrg->GetNLabels();
1695
1696     for ( Int_t iLab = 0 ; iLab < nLab ; iLab++ )
1697     {
1698       Int_t lab = clOrg->GetLabelAt(iLab) ;
1699       if(lab>=0)
1700       {
1701         Bool_t set = kTRUE;
1702         //printf("\t \t Set Label %d \n", lab);
1703         for(Int_t iLabTot =0; iLabTot < nLabTot; iLabTot++)
1704         {
1705           if( lab == ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)) ) set = kFALSE;
1706           //printf("iLoopCluster %d, Label ID in Org Cluster %d,label %d  Label ID in array %d, label in array %d, set %d\n",
1707           //       iLoopCluster,                           iLab,     lab,           iLabTot,  ((Int_t)clMCArray.GetAt(iLabTot)),set);
1708         }
1709         if( set ) clMCArray.SetAt(lab,nLabTot++);
1710       }
1711     }
1712   }// cluster loop
1713
1714   // Set the final list of labels
1715
1716   clus->SetLabel(clMCArray.GetArray(), nLabTot);
1717
1718 //  printf("Final list of labels for new cluster : \n");
1719 //  for(Int_t ice = 0; ice < clus->GetNCells() ; ice++)
1720 //  {
1721 //    printf("\t Cell %d ",clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1722 //    Int_t label = InputEvent()->GetEMCALCells()->GetCellMCLabel(clus->GetCellsAbsId()[ice]);
1723 //    printf(" org %d ",label);
1724 //    RemapMCLabelForAODs(label);
1725 //    printf(" new %d \n",label);
1726 //  }
1727 //  for(Int_t imc = 0; imc < clus->GetNLabels(); imc++) printf("\t Label %d\n",clus->GetLabelAt(imc));
1728 }
1729
1730
1731 //____________________________________________________________
1732 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserCreateOutputObjects()
1733 {
1734   // Init geometry, create list of output clusters
1735
1736
1737   fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1738
1739   if(fOutputAODBranchName.Length()==0)
1740   {
1741     fOutputAODBranchName = "newEMCALClustersArray";
1742     printf("Cluster branch name not set, set it to newEMCALClustersArray \n");
1743   }
1744
1745   fOutputAODBranch->SetName(fOutputAODBranchName);
1746
1747   if( fFillAODFile )
1748   {
1749     //fOutputAODBranch = new TClonesArray("AliAODCaloCluster", 0);
1750
1751
1752     //fOutputAODBranch->SetOwner(kFALSE);
1753
1754     AddAODBranch("TClonesArray", &fOutputAODBranch);
1755   }
1756
1757 }
1758
1759 //_______________________________________________________
1760 void AliAnalysisTaskEMCALClusterize::UserExec(Option_t *)
1761 {
1762   // Do clusterization event by event, execute different steps
1763   // 1) Do some checks on the kind of events (ESD, AOD) or if some filtering is needed, initializations
1764   //    load things and clear arrays
1765   // 2) Clusterize a) just unfolding existing clusters (fJustUnfold)
1766   //               b) recluster cells
1767   //                   +  convert cells into digits (calibrating them)
1768   //                   +  recluster digits into recPoints with the chosen clusterizer (V1, V1+Unfold,V2, NxN)
1769   //                      with methods in AliEMCALClusterizer
1770   //                   +  transform recPoints into CaloClusters
1771   // 3) Do some final calculations in the found clusters (track-matching) and put them in an AOD branch
1772
1773   //-------
1774   // Step 1
1775
1776
1777   //Remove the contents of AOD branch output list set in the previous event
1778   fOutputAODBranch->Clear("C");
1779
1780   LoadBranches();
1781
1782   //Check if there is a centrality value, PbPb analysis, and if a centrality bin selection is requested
1783   //If we need a centrality bin, we select only those events in the corresponding bin.
1784   if( GetCentrality() && fCentralityBin[0] >= 0 && fCentralityBin[1] >= 0 )
1785   {
1786     Float_t cen = GetEventCentrality();
1787     if(cen > fCentralityBin[1] || cen < fCentralityBin[0]) return ; //reject events out of bin.
1788   }
1789
1790   // intermediate array with new clusters : init the array only once or clear from previous event
1791   if(!fCaloClusterArr) fCaloClusterArr    = new TObjArray(10000);
1792   else                 fCaloClusterArr->Delete();//Clear("C"); it leaks?
1793
1794   InitGeometry(); // only once, must be done before OADB, geo OADB accessed here
1795
1796   //Get the event, do some checks and settings
1797   CheckAndGetEvent() ;
1798
1799   if (!fEvent)
1800   {
1801     if(DebugLevel() > 0 ) printf("AliAnalysisTaksEMCALClusterize::UserExec() - Skip Event %d", (Int_t) Entry());
1802     return ;
1803   }
1804
1805   //Init pointers, geometry, clusterizer, ocdb, aodb
1806
1807
1808   if(fAccessOCDB) AccessOCDB();
1809   if(fAccessOADB) AccessOADB(); // only once
1810
1811   InitClusterization();
1812
1813   //-------
1814   // Step 2
1815
1816   // Make clusters
1817   if (fJustUnfold) ClusterUnfolding();
1818   else             ClusterizeCells() ;
1819
1820   //-------
1821   // Step 3
1822
1823   FillCaloClusterInEvent();
1824
1825 }
1826