PWGHF/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -I$ALICE_ROOT/PWG -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   TString testfileslistWithPlugin="";
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  29   TString proofOutdir = "";
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/macros/";
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  32   //
  33
  34   if(analysisMode=="grid") {
  35     // Connect to AliEn
  36     TGrid::Connect("alien://");
  37   } else if(analysisMode=="proof") {
  38     // Connect to the PROOF cluster
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  41     TProof::Open("alicecaf");
  42     //TProof::Reset("alicecaf");
  43     if(saveProofToAlien) {
  44       TGrid::Connect("alien://");
  45       if(gGrid) {
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  47         TString workdir = homedir + trainName;
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  49           gGrid->Cd(homedir);
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  51             gGrid->Cd(trainName);
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  53           }
  54         }
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");
  56         gGrid->Cd("proof_output");
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  58       }
  59     }
  60   }
  61
  62
  63   // AliRoot libraries
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  67     LoadLibraries(useParFiles);
  68     gSystem->Load("libGui.so");
  69     gSystem->Load("libRAWDatabase.so");
  70     gSystem->Load("libCDB.so");
  71     gSystem->Load("libSTEER.so");
  72     gSystem->Load("libTRDbase.so");
  73     gSystem->Load("libPWGTRD.so");
  74   } else if (analysisMode=="proof") {
  75     gSystem->Load("libTree.so");
  76     gSystem->Load("libGeom.so");
  77     gSystem->Load("libPhysics.so");
  78     gSystem->Load("libVMC.so");
  79     gSystem->Load("libMinuit.so");
  80     gSystem->Load("libGui.so");
  81     gSystem->Load("libRAWDatabase.so");
  82     gSystem->Load("libCDB.so");
  83     gSystem->Load("libSTEER.so");
  84     gSystem->Load("libTRDbase.so");
  85     gSystem->Load("libPWGTRD.so");
  86     // Enable the needed packages
  87     //gProof->ClearPackages();
  88     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  89     TString parFile;
  90     if(!useParFiles) {
  91       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  92       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  93       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
  94       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  95       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  96       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
  97     } else {
  98       // --- Enable the STEERBase Package
  99       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 101       gProof->EnablePackage("STEERBase");
 102       // --- Enable the ESD Package
 103       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 105       gProof->EnablePackage("ESD");
 106       // --- Enable the AOD Package
 107       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 109       gProof->EnablePackage("AOD");
 110       // --- Enable the ANALYSIS Package
 111       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 113       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 114       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 115       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 117       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 118       // --- Enable the CORRFW Package
 119       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 120       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 121       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 122       // --- Enable the PWGHFbase Package
 123       parFile="PWGHFbase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 124       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 125       gProof->EnablePackage("PWGHFbase");
 126       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
 127       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 128       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 129       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
 130     }
 131     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 132   }
 133
 134
 135   // Create Alien plugin, if requested
 136   if(useAlienPlugin) {
 137     //    if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 138     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles,testfileslistWithPlugin);
 139     if(!alienHandler) return;
 140   }
 141
 142
 143   //-------------------------------------------------------------------
 144   // Prepare input
 145   TChain *chainAOD = 0;
 146   TString dataset; // for proof
 147
 148   if(!useAlienPlugin) {
 149     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 150     if(inputMode=="list") {
 151       // Local files
 152       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 153       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 154       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 155       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 156     } else if(inputMode=="xml") {
 157       // xml
 158       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 159       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 160     } else if(inputMode=="dataset") {
 161       // CAF dataset
 162       //gProof->ShowDataSets();
 163       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 164     }
 165   }
 166
 167   // Create the analysis manager
 168   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 169   mgr->SetDebugLevel(10);
 170   // Connect plug-in to the analysis manager
 171   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 172
 173   // Input
 174   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler("handler","handler for D2H");
 175   if(analysisMode=="proof" ) {
 176     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 177     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 178     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 179   }
 180   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 181   //-------------------------------------------------------------------
 182
 183
 184   //-------------------------------------------------------------------
 185   // Analysis tasks (wagons of the train)
 186   //
 187   // First add the task for the PID response setting
 188   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDResponse.C");
 189   AliAnalysisTaskSE *setupTask = AddTaskPIDResponse(kFALSE,kTRUE);
 190
 191   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDqa.C");
 192   AliAnalysisTaskPIDqa *pidQA = AddTaskPIDqa();
 193
 194
 195   TString taskName;
 196
 197   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 198   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 199   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 200   Bool_t readMC=kFALSE;
 201   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 202
 203   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 204
 205   taskName="AddTaskHFQA.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 206   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 207   AliAnalysisTaskSEHFQA *qaTask = AddTaskHFQA(0,"",kFALSE, kTRUE, 0 , "QApp",kTRUE,kTRUE,kFALSE, kTRUE, kFALSE,kTRUE);
 208
 209   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 210     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 211     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 212     */
 213     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 214     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 215     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 216     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 217     /*
 218     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 219     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 220     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 221
 222     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 223     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 224     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 225
 226     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 227     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 228     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 229
 230     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 231     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 232     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 233
 234     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 235     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 236     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 237
 238
 239     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 240     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 241     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 242     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 243     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 244     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 245     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 246
 247
 248     // attach a private task (not committed)
 249     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 250     // configuration, see below)
 251
 252     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 253     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 254     } else {
 255     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 256     }
 257     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 258     MyTask *myTask = AddMyTask();
 259
 260
 261     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 262     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 263     } else {
 264     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 265     }
 266     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 267     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 268   */
 269   //-------------------------------------------------------------------
 270
 271   //
 272   // Run the analysis
 273   //
 274   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 275
 276   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 277   mgr->PrintStatus();
 278   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 279   if(analysisMode!="proof") {
 280     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 281   } else {
 282     // proof
 283     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 284   }
 285
 286   return;
 287 }
 288 //_____________________________________________________________________________
 289 //
 290 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE, TString testfileslistWithPlugin="")
 291 {
 292   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 293   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 294   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 295    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 296    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 297    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 298    plugin->SetUser();
 299    // Set versions of used packages
 300    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 301    plugin->SetROOTVersion();
 302    plugin->SetAliROOTVersion();
 303    plugin->SetNtestFiles(1);
 304    gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/AddGoodRuns.C");
 305
 306    // Declare input data to be processed.
 307    //************************************************
 308    // Set data file list to test on local mode
 309    //************************************************
 310    plugin->SetFileForTestMode(testfileslistWithPlugin.Data());
 311
 312    //************************************************
 313    // Set data search pattern for DATA
 314    //************************************************
 315    //Method 1: To create automatically xml through plugin
 316    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 317    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 318    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 319    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 320    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 321    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 322    Int_t totruns=0;
 323    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 324    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 325    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 326    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 327
 328    // Method 2: Declare existing data files (e.g xml collections)
 329
 330    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/000168068_000170593.xml");
 331    //  plugin->SetDataPattern("*AliAOD.root");
 332    //  plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 333
 334    //************************************************
 335    // Set data search pattern for MONTECARLO
 336    //************************************************
 337    /*
 338    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 339    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 340    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 341    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 342    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 343    // More than one period can be added!
 344    Int_t totruns=0;
 345    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 346    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 347    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 348    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 349    */
 350    //
 351    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 352    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 353    // Name of executable
 354    plugin->SetExecutable("myHFanalysis.sh");
 355    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 356    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 357    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 358    // using ACLiC on the worker nodes.
 359    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 360    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 361    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 362    plugin->SetAdditionalLibs("libPWGflowBase.so libPWGflowTasks.so libPWGHFbase.so libPWGHFvertexingHF.so libGui.so libRAWDatabase.so libCDB.so libSTEER.so libTRDbase.so libPWGTRD.so");
 363    // use par files
 364    if(useParFiles) {
 365      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 366      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 367      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 368      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 369      plugin->EnablePackage("OADB.par");
 370      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 371      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 372      plugin->EnablePackage("PWGHFbase.par");
 373      plugin->EnablePackage("PWGHFvertexingHF.par");
 374    }
 375    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -I$ALICE_ROOT/PWG -g");
 376
 377    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 378    // merging via jdl
 379    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 380    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 381    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 382
 383    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 384    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 385    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 386    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 387    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 388
 389    return plugin;
 390 }