PWGHF/vertexingHF/RunAnalysisAODVertexingHF.C

   1 class AliAnalysisGrid;
   2 class AliAnalysisAlien;
   3
   4 void RunAnalysisAODVertexingHF()
   5 {
   6   //
   7   // Test macro for AliAnalysisTaskSE's for heavy-flavour candidates
   8   // It has the structure of a Analysis Train:
   9   // - in this macro, change things related to running mode
  10   //   and input preparation
  11   // - add your task using a AddTaskXXX macro
  12   //
  13   // A.Dainese, andrea.dainese@lnl.infn.it
  14   // "grid" mode added by R.Bala, bala@to.infn.it
  15   //
  16
  17
  18   gSystem->SetIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
  19   //
  20   TString trainName = "D2H";
  21   TString analysisMode = "grid"; // "local", "grid", or "proof"
  22   TString inputMode    = "list"; // "list", "xml", or "dataset"
  23   Long64_t nentries=123567890,firstentry=0;
  24   Bool_t useParFiles=kFALSE;
  25   Bool_t useAlienPlugin=kTRUE;
  26   TString pluginmode="full";
  27   TString testfileslistWithPlugin="";
  28   Bool_t saveProofToAlien=kFALSE;
  29   TString proofOutdir = "";
  30   TString loadMacroPath="$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/macros/";
  31   //TString loadMacroPath="./"; // this is normally needed for CAF
  32   //
  33
  34   if(analysisMode=="grid") {
  35     // Connect to AliEn
  36     TGrid::Connect("alien://");
  37   } else if(analysisMode=="proof") {
  38     // Connect to the PROOF cluster
  39     if(inputMode!="dataset") {printf("Input mode must be dataset, for proof analysis\n"); return;}
  40     gEnv->SetValue("XSec.GSI.DelegProxy","2");
  41     TProof::Open("alicecaf");
  42     //TProof::Reset("alicecaf");
  43     if(saveProofToAlien) {
  44       TGrid::Connect("alien://");
  45       if(gGrid) {
  46         TString homedir = gGrid->GetHomeDirectory();
  47         TString workdir = homedir + trainName;
  48         if(!gGrid->Cd(workdir)) {
  49           gGrid->Cd(homedir);
  50           if(gGrid->Mkdir(workdir)) {
  51             gGrid->Cd(trainName);
  52             ::Info("VertexingTrain::Connect()", "Directory %s created", gGrid->Pwd());
  53           }
  54         }
  55         gGrid->Mkdir("proof_output");
  56         gGrid->Cd("proof_output");
  57         proofOutdir = Form("alien://%s", gGrid->Pwd());
  58       }
  59     }
  60   }
  61
  62
  63   // AliRoot libraries
  64   if(analysisMode=="local" || analysisMode=="grid") {
  65     TString loadLibraries="LoadLibraries.C"; loadLibraries.Prepend(loadMacroPath.Data());
  66     gROOT->LoadMacro(loadLibraries.Data());
  67     LoadLibraries(useParFiles);
  68   } else if (analysisMode=="proof") {
  69     gSystem->Load("libTree.so");
  70     gSystem->Load("libGeom.so");
  71     gSystem->Load("libPhysics.so");
  72     gSystem->Load("libVMC.so");
  73     gSystem->Load("libMinuit.so");
  74     // Enable the needed packages
  75     //gProof->ClearPackages();
  76     TString parDir="/afs/cern.ch/user/d/dainesea/code/";
  77     TString parFile;
  78     if(!useParFiles) {
  79       gProof->UploadPackage("AF-v4-17");
  80       gProof->EnablePackage("AF-v4-17");
  81       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
  82       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  83       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  84       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
  85     } else {
  86       // --- Enable the STEERBase Package
  87       parFile="STEERBase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  88       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  89       gProof->EnablePackage("STEERBase");
  90       // --- Enable the ESD Package
  91       parFile="ESD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  92       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  93       gProof->EnablePackage("ESD");
  94       // --- Enable the AOD Package
  95       parFile="AOD.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
  96       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
  97       gProof->EnablePackage("AOD");
  98       // --- Enable the ANALYSIS Package
  99       parFile="ANALYSIS.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 100       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 101       gProof->EnablePackage("ANALYSIS");
 102       // --- Enable the ANALYSISalice Package
 103       parFile="ANALYSISalice.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 104       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 105       gProof->EnablePackage("ANALYSISalice");
 106       // --- Enable the CORRFW Package
 107       parFile="CORRFW.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 108       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 109       gProof->EnablePackage("CORRFW");
 110       // --- Enable the PWGHFbase Package
 111       parFile="PWGHFbase.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 112       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 113       gProof->EnablePackage("PWGHFbase");
 114       // --- Enable the PWGHFvertexingHF Package
 115       parFile="PWGHFvertexingHF.par"; parFile.Prepend(parDir.Data());
 116       gProof->UploadPackage(parFile.Data());
 117       gProof->EnablePackage("PWGHFvertexingHF");
 118     }
 119     gProof->ShowEnabledPackages(); // show a list of enabled packages
 120   }
 121
 122
 123   // Create Alien plugin, if requested
 124   if(useAlienPlugin) {
 125     //    if(analysisMode!="grid") {printf("Analysis mode must be grid, to use alien plugin\n"); return;}
 126     AliAnalysisGrid *alienHandler = CreateAlienHandler(pluginmode,useParFiles,testfileslistWithPlugin);
 127     if(!alienHandler) return;
 128   }
 129
 130
 131   //-------------------------------------------------------------------
 132   // Prepare input
 133   TChain *chainAOD = 0;
 134   TString dataset; // for proof
 135
 136   if(!useAlienPlugin) {
 137     TString makeAODInputChain="../MakeAODInputChain.C"; makeAODInputChain.Prepend(loadMacroPath.Data());
 138     if(inputMode=="list") {
 139       // Local files
 140       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 141       chainAOD = MakeAODInputChain();// with this it reads ./AliAOD.root and ./AliAOD.VertexingHF.root
 142       //chainAOD = MakeAODInputChain("alien:///alice/cern.ch/user/r/rbala/newtrain/out_lhc08x/180100/",1,1);
 143       printf("ENTRIES %d\n",chainAOD->GetEntries());
 144     } else if(inputMode=="xml") {
 145       // xml
 146       gROOT->LoadMacro(makeAODInputChain.Data());
 147       chainAOD = MakeAODInputChain("collection_aod.xml","collection_aodHF.xml");
 148     } else if(inputMode=="dataset") {
 149       // CAF dataset
 150       //gProof->ShowDataSets();
 151       dataset="/ITS/dainesea/AODVertexingHF_LHC08x_180100";
 152     }
 153   }
 154
 155   // Create the analysis manager
 156   AliAnalysisManager *mgr  = new AliAnalysisManager("My Manager","My Manager");
 157   mgr->SetDebugLevel(10);
 158   // Connect plug-in to the analysis manager
 159   if(useAlienPlugin) mgr->SetGridHandler(alienHandler);
 160
 161   // Input
 162   AliAODInputHandler *inputHandler = new AliAODInputHandler("handler","handler for D2H");
 163   if(analysisMode=="proof" ) {
 164     inputHandler->AddFriend("./AliAOD.VertexingHF.root");
 165     //inputHandler->AddFriend("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 166     if(saveProofToAlien) mgr->SetSpecialOutputLocation(proofOutdir);
 167   }
 168   mgr->SetInputEventHandler(inputHandler);
 169   //-------------------------------------------------------------------
 170
 171
 172   //-------------------------------------------------------------------
 173   // Analysis tasks (wagons of the train)
 174   //
 175   // First add the task for the PID response setting
 176   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/ANALYSIS/macros/AddTaskPIDResponse.C");
 177   AliAnalysisTaskSE *setupTask = AddTaskPIDResponse(kFALSE,kTRUE);
 178
 179   TString taskName;
 180
 181   ////// ADD THE FULL D2H TRAIN
 182   /*taskName="../AddD2HTrain.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 183   gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 184   Bool_t readMC=kFALSE;
 185   AddD2HTrain(readMC);//,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0);*/
 186
 187   ////// OR ADD INDIVIDUAL TASKS
 188
 189
 190   /*  taskName="AddTaskCompareHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 191     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 192     AliAnalysisTaskSECompareHF *cmpTask = AddTaskCompareHF();
 193     */
 194     taskName="AddTaskD0Mass.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 195     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 196     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massTask = AddTaskD0Mass();
 197     AliAnalysisTaskSED0Mass *d0massLikeSignTask = AddTaskD0Mass(1);
 198     /*
 199     taskName="AddTaskDplus.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 200     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 201     AliAnalysisTaskSEDplus *dplusTask = AddTaskDplus();
 202
 203     taskName="AddTaskDs.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 204     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 205     AliAnalysisTaskSEDs *dsTask = AddTaskDs();
 206
 207     //taskName="AddTaskSelectHF.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 208     //gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 209     //AliAnalysisTaskSESelectHF *seleTask = AddTaskSelectHF();
 210
 211     taskName="AddTaskBkgLikeSignD0.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 212     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 213     AliAnalysisTaskSEBkgLikeSignD0 *lsD0Task = AddTaskBkgLikeSignD0();
 214
 215     taskName="AddTaskCFMultiVarMultiStep.C"; taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 216     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 217     AliCFHeavyFlavourTaskMultiVarMultiStep *cfmvmsTask = AddTaskCFMultiVarMultiStep();
 218
 219
 220     taskName="AddTaskSECharmFraction.C";
 221     taskName.Prepend(loadMacroPath.Data());
 222     gROOT->LoadMacro(taskName.Data());
 223     Int_t switchMC[5]={0,0,0,0,0};
 224     Int_t ppPbPb=1;// 0 for pp, 1 for PbPb, used to siwtch on/off the removal of daughters from the primary vertex
 225     AliAnalysisTaskSECharmFraction *cFractTask = AddTaskSECharmFraction("standard",switchMC,readMC,kTRUE,kFALSE,"D0toKpiCharmFractCuts.root","c",ppPbPb);
 226     // arguments: filename,switchMC,readmc,usepid,likesign,cutfilename,containerprefix
 227
 228
 229     // attach a private task (not committed)
 230     // (the files MyTask.h MyTask.cxx AddMyTask.C have to be declared in plugin
 231     // configuration, see below)
 232
 233     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 234     gProof->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 235     } else {
 236     gROOT->LoadMacro("MyTask.cxx++g");
 237     }
 238     gROOT->LoadMacro("AddMyTask.C");
 239     MyTask *myTask = AddMyTask();
 240
 241
 242     if(analysisMode.Data()=="proof") {
 243     gProof->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 244     } else {
 245     gROOT->LoadMacro("AliDStarJets.cxx++g");
 246     }
 247     gROOT->LoadMacro("AddTaskDStarJets.C");
 248     AliDStarJets *myTask = AddTaskDStarJets();
 249   */
 250   //-------------------------------------------------------------------
 251
 252   //
 253   // Run the analysis
 254   //
 255   if(chainAOD) printf("CHAIN HAS %d ENTRIES\n",(Int_t)chainAOD->GetEntries());
 256
 257   if(!mgr->InitAnalysis()) return;
 258   mgr->PrintStatus();
 259   if(analysisMode=="grid" && !useAlienPlugin) analysisMode="local";
 260   if(analysisMode!="proof") {
 261     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),chainAOD,nentries,firstentry);
 262   } else {
 263     // proof
 264     mgr->StartAnalysis(analysisMode.Data(),dataset.Data(),nentries,firstentry);
 265   }
 266
 267   return;
 268 }
 269 //_____________________________________________________________________________
 270 //
 271 AliAnalysisGrid* CreateAlienHandler(TString pluginmode="test",Bool_t useParFiles=kFALSE, TString testfileslistWithPlugin="")
 272 {
 273   // Check if user has a valid token, otherwise make one. This has limitations.
 274   // One can always follow the standard procedure of calling alien-token-init then
 275   //   source /tmp/gclient_env_$UID in the current shell.
 276    AliAnalysisAlien *plugin = new AliAnalysisAlien();
 277    // Set the run mode (can be "full", "test", "offline", "submit" or "terminate")
 278    plugin->SetRunMode(pluginmode.Data());
 279    plugin->SetUser();
 280    // Set versions of used packages
 281    plugin->SetAPIVersion("V1.1x");
 282    plugin->SetROOTVersion();
 283    plugin->SetAliROOTVersion();
 284    plugin->SetNtestFiles(1);
 285    gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF/AddGoodRuns.C");
 286
 287    // Declare input data to be processed.
 288    //************************************************
 289    // Set data file list to test on local mode
 290    //************************************************
 291    plugin->SetFileForTestMode(testfileslistWithPlugin.Data());
 292
 293    //************************************************
 294    // Set data search pattern for DATA
 295    //************************************************
 296    //Method 1: To create automatically xml through plugin
 297    plugin->SetGridDataDir("/alice/data/2010/LHC10d"); // specify LHC period
 298    plugin->SetDataPattern("pass2/AOD018/*AliAOD.root"); // specify reco pass and AOD set
 299    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 300    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 301    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 302    // More than one period can be added but the period name has to be removed from GridDataDir (to be tested)
 303    Int_t totruns=0;
 304    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b"); // specify LHC period
 305    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c"); // specify LHC period
 306    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d"); // specify LHC period
 307    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 308
 309    // Method 2: Declare existing data files (e.g xml collections)
 310
 311    //plugin->AddDataFile("/alice/cern.ch/user/r/rbala/000168068_000170593.xml");
 312    //  plugin->SetDataPattern("*AliAOD.root");
 313    //  plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 314
 315    //************************************************
 316    // Set data search pattern for MONTECARLO
 317    //************************************************
 318    /*
 319    plugin->SetGridDataDir("/alice/sim/LHC10d3"); // specify MC sample
 320    plugin->SetDataPattern("AOD005/*AliAOD.root"); // specify AOD set
 321    plugin->SetFriendChainName("./AliAOD.VertexingHF.root");
 322    // OR plugin->SetFriendChainName("deltas/AliAOD.VertexingHF.root");
 323    // Adds only the good runs from the Monalisa Run Condition Table
 324    // More than one period can be added!
 325    Int_t totruns=0;
 326    totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10b","LHC10d3"); // specify LHC period for anchor runs; and the name of the MC production
 327    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10c","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 328    //totruns += AddGoodRuns(plugin,"LHC10d","LHC10f7"); // specify LHC period for anchor runs;  and the name of the MC production
 329    plugin->SetNrunsPerMaster(totruns);
 330    */
 331    //
 332    // Define alien work directory where all files will be copied. Relative to alien $HOME.
 333    plugin->SetGridWorkingDir("myHFanalysis");
 334    // Name of executable
 335    plugin->SetExecutable("myHFanalysis.sh");
 336    // Declare alien output directory. Relative to working directory.
 337    plugin->SetGridOutputDir("output"); // In this case will be $HOME/work/output
 338    // Declare the analysis source files names separated by blancs. To be compiled runtime
 339    // using ACLiC on the worker nodes.
 340    //plugin->SetAnalysisSource("AliDStarJets.cxx");
 341    // Declare all libraries (other than the default ones for the framework. These will be
 342    // loaded by the generated analysis macro. Add all extra files (task .cxx/.h) here.
 343    plugin->SetAdditionalLibs("libPWGflowBase.so libPWGflowTasks.so libPWGHFbase.so libPWGHFvertexingHF.so");
 344    // use par files
 345    if(useParFiles) {
 346      plugin->EnablePackage("STEERBase.par");
 347      plugin->EnablePackage("ESD.par");
 348      plugin->EnablePackage("AOD.par");
 349      plugin->EnablePackage("ANALYSIS.par");
 350      plugin->EnablePackage("OADB.par");
 351      plugin->EnablePackage("ANALYSISalice.par");
 352      plugin->EnablePackage("CORRFW.par");
 353      plugin->EnablePackage("PWGHFbase.par");
 354      plugin->EnablePackage("PWGHFvertexingHF.par");
 355    }
 356    plugin->AddIncludePath("-I. -I$ROOTSYS/include -I$ALICE_ROOT -I$ALICE_ROOT/include -I$ALICE_ROOT/ITS -I$ALICE_ROOT/TPC -I$ALICE_ROOT/CONTAINERS -I$ALICE_ROOT/STEER/STEER -I$ALICE_ROOT/STEER/STEERBase -I$ALICE_ROOT/STEER/ESD -I$ALICE_ROOT/STEER/AOD -I$ALICE_ROOT/TRD -I$ALICE_ROOT/macros -I$ALICE_ROOT/ANALYSIS  -I$ALICE_ROOT/OADB -I$ALICE_ROOT/PWGHF -I$ALICE_ROOT/PWGHF/base -I$ALICE_ROOT/PWGHF/vertexingHF -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Base -I$ALICE_ROOT/PWG/FLOW/Tasks -g");
 357
 358    plugin->SetDefaultOutputs(kTRUE);
 359    // merging via jdl
 360    plugin->SetMergeViaJDL(kTRUE);
 361    plugin->SetOneStageMerging(kFALSE);
 362    plugin->SetMaxMergeStages(2);
 363
 364    // Optionally set a name for the generated analysis macro (default MyAnalysis.C)
 365    plugin->SetAnalysisMacro("AnalysisHF.C");
 366    // Optionally set maximum number of input files/subjob (default 100, put 0 to ignore)
 367    // Optionally modify the name of the generated JDL (default analysis.jdl)
 368    plugin->SetJDLName("TaskHF.jdl");
 369
 370    return plugin;
 371 }