PWGLF/FORWARD/analysis2/proofAnalysis.sh

   1 #!/bin/bash
   2 #
   3 # BEGIN_MANUAL
   4 #       Script to help do PWGLF-Forward analsysis using ProofLite
   5 #       =========================================================
   6 # First, one need to figure out what to analyse.  We assume we have
   7 # the ESDs from a real run in some directory - possibly in
   8 # sub-directories, and similar for the MC data.
   9 #
  10 # Then, one needs to run this script in set-up mode e.g.,
  11 #
  12 #   $0 --what=setup  \
  13 #       --name=LHC10c \
  14 #       --run=118560 \
  15 #       --real-dir=/data/alice/data/pp/lhc10c/000118560/pass3 \
  16 #       --real-pattern=AliESDs_*.root \
  17 #       --mc-dir=/data/alice/data/pp/lhc10c/sim/lhc13d4/118560 \
  18 #       --mc-pattern=root_archive.zip@AliESDs.root
  19 #
  20 # Note, all the settings are written to the file .config in the
  21 # current directory, so you do not need to give the parameters at
  22 # subsequent steps.  Note, you need a valid AliEn token to at this
  23 # point to get the acceptance corrections.  The run number specified
  24 # is only used for getting the acceptance correction.
  25 #
  26 # Note, the use of the ZIP archives root_archive.zip and the sub-part
  27 # specification @AliESDs.root for MC data.
  28 #
  29 # Next, we need to generate the corrections.  Do
  30 #
  31 #   $0 --what=corr
  32 #
  33 # and wait for the jobs to finish and terminate. Next, we need to
  34 # extract and upload the corrections to our local corrections folder
  35 #
  36 #   $0 --what=corr --step=upload
  37 #   $0 --what=corr --step=draw
  38 #
  39 # If you already have the corrections, you can pass the option
  40 # --corrections in the setup phase and skip this step.
  41 #
  42 # Now we can submit our AOD generation jobs.  Do
  43 #
  44 #   $0 --what=aod
  45 #
  46 # and wait for the jobs to finish and terminate.  If you need to pass
  47 # additional options to the train, one can do so after the special
  48 # option -- e.g., to limit the number of events to 100000, do
  49 #
  50 #   $0 --what=aod -- --events=100000
  51 #
  52 # Next, we need to draw the summary results
  53 #
  54 #   $0 --what=aod --step=draw
  55 #
  56 # Now, we should do the dN/deta analysis.  Do
  57 #
  58 #   $0 --what=dndeta
  59 #
  60 # and wait for the jobs to finish and terminate.  Again, additional
  61 # options to the train can be passed after --.  If you passed the
  62 # option --sys=1 in the setup phase, then this will run 3 jobs for
  63 # real and MC each - one for INEL, INEL>0, and NSD (V0-AND).  Next, we
  64 # need to draw the summary and final plot
  65 #
  66 #   $0 --what=dndeta --step=draw
  67 #
  68 # To generate the P(Nch) data, do
  69 #
  70 #   $0 --what=multdists
  71 #   $0 --what=multdists --step=draw
  72 #
  73 # To collect all PDFs into a single directory do
  74 #
  75 #   $0 --what=collect
  76 #
  77 # Enjoy.
  78 #
  79 # Comments, questions, bugs, flames, suggestions, etc. should be sent
  80 # to Christian Holm Christensen <cholm@nbi.dk>
  81 #
  82 # END_MANUAL
  83 if test ! -f $ALICE_ROOT/PWGLF/FORWARD/analysis2/baseAnalysis.sh  ; then
  84     echo "baseAnalysis not found!" > /dev/stderr
  85     exit 1
  86 fi
  87 . $ALICE_ROOT/PWGLF/FORWARD/analysis2/baseAnalysis.sh
  88
  89 run=
  90 serv=
  91 real_ds=
  92 mc_ds=
  93 my_real_ds=
  94 my_mc_ds=
  95 nwrkrs=0
  96 par=0
  97 batch=0
  98 # === Various functions ==============================================
  99
 100
 101 # === Implement base functions =======================================
 102 # --- Usage ----------------------------------------------------------
 103 setup_usage()
 104 {
 105     cat <<EOF
 106   -r,--run=NUMBER           Specify run number ($run)
 107   -d,--real-ds=NAME         Data set of real data ($real_ds)
 108   -D,--mc-ds=NAME           Data set of MC data ($mc_dir)
 109   -P,--server=ADDRESS       Proof server ($serv)
 110   -W,--workers=N            Number of workers ($nwrks)
 111   -a,--par                  Use par files ($par)
 112   -b,--batch                Do not show GUI
 113 EOF
 114 }
 115 # --- handle setup options -------------------------------------------
 116 handle_setup_option()
 117 {
 118     local arg="$1"
 119     local opt="$2"
 120     # echo "Handle arg=$arg opt=$opt"
 121     case $arg in
 122         -r|--run)          run=$opt      ;;
 123         -d|--real-ds)      real_ds=$opt  ;;
 124         -D|--mc-ds)        mc_ds=$opt    ;;
 125         -W|--workers)      nwrks=${opt}  ;;
 126         -P|--server)       serv=${opt}   ;;
 127         -a|--par)          par=1         ;;
 128         *) echo "$0: [SETUP] Unknown option $arg"  ; exit 1 ;;
 129     esac
 130 }
 131
 132 # --- Get the grid home dir ------------------------------------------
 133 outputs()
 134 {
 135     # We should get the PROOF group and user name here
 136     # l=`id -n -g`/`id -n -u`
 137     l=`aliroot -l -b <<EOF
 138 gSystem->RedirectOutput("/dev/null");
 139 TProof::Reset("$serv", false);
 140 TProof::Open("$serv");
 141 gSystem->RedirectOutput(0);
 142 Printf("%s/%s", gProof->GetGroup(), gProof->GetUser());
 143 EOF`
 144     my_real_ds="/$l/${name}_aod_${now}"
 145     my_mc_ds="/$l/${name}_mcaod_${now}"
 146 }
 147 # --- Dump the setup -------------------------------------------------
 148 dump_setup()
 149 {
 150     local out=$1
 151     cat >> ${out} <<-EOF
 152         # Run analysed
 153         run=${run}
 154         # Real data
 155         real_ds=${real_ds}
 156         mc_ds=${mc_ds}
 157         # Output
 158         my_real_ds=${my_real_ds}
 159         my_mc_ds=${my_mc_ds}
 160         serv=${serv}
 161         nwrks=${nwrks}
 162         par=${par}
 163         batch=${batch}
 164         EOF
 165 }
 166
 167 # ---- Get run number to use for Acceptance map ----------------------
 168 run_for_acc()
 169 {
 170     if test x$run = "x" || test $run -lt 1; then
 171         echo "No run for acceptance correction specified" > /dev/stderr
 172         exit 1
 173     fi
 174     echo $run
 175 }
 176 # --- Run set-ups ----------------------------------------------------
 177 setup()
 178 {
 179     echo "Calling _setup with $@"
 180     _setup $@
 181 }
 182
 183 # --- Check settings -------------------------------------------------
 184 check_setup()
 185 {
 186     if test "x$run" = "x" || test $run -lt 1 ; then
 187         echo "Run not specified, or invalid ($run)" > /dev/stderr
 188         exit 1
 189     fi
 190     if test "x$real_ds" = "x" ; then
 191         echo "No real data set specified" > /dev/stderr
 192         exit 1
 193     fi
 194     if test "x$mc_ds" = "x" ; then
 195         echo "No MC data set specified" > /dev/stderr
 196         # exit 1
 197     fi
 198 }
 199
 200
 201
 202 # --- Show the setup -------------------------------------------------
 203 print_setup()
 204 {
 205     cat <<-EOF
 206         Run:                    ${run}
 207         Real data set:
 208           Data set:             ${real_ds}
 209           Output:               ${my_real_ds}
 210         MC data:
 211           Data set:             ${mc_ds}
 212           Output:               ${my_mc_ds}
 213         Use PAR files:          ${par}
 214         Number of workers:      ${nwrks}
 215         Server:                 ${serv}
 216         EOF
 217 }
 218
 219 # --- Make URI -------------------------------------------------------
 220 url_opts()
 221 {
 222     local mc=$1         ; shift
 223     local type=$1       ; shift
 224     local trig=$1       ; shift
 225     local uopt="mode=default"
 226     local tree=esdTree
 227
 228     local inp=${real_ds}
 229     local oup=`basename ${my_real_ds}`
 230     if test $mc -gt 0 ; then
 231         inp=${mc_ds}
 232         oup=`basename ${my_mc_ds}`
 233     fi
 234
 235     case $type in
 236         *aod)
 237             uopt="${uopt}&dsname=${oup}"
 238             ;;
 239         *dndeta|*multdists)
 240             tree=aodTree
 241             # Modify for input dir for our files
 242             inp=$my_real_ds
 243             if test $mc -gt 0 ; then
 244                 inp=$my_mc_ds
 245             fi
 246             ;;
 247     esac
 248     if test x$inp = x; then
 249         echo "No input for $nme, giving up" > /dev/stderr
 250         return
 251     fi
 252     if test $mc -gt 0; then
 253         uopt="${uopt}&mc"
 254     fi
 255     if test $par -gt 0 ; then
 256         uopt="${uopt}&par=tasks"
 257     fi
 258     if test x$uuopts != x ; then
 259         uopt="${uopt}&${uuopts}"
 260     fi
 261     if test "x$nwrks" != "x" && test $nwrks -gt 0 ; then
 262         uopt="${uopt}&workers=${nwrks}"
 263     fi
 264     case $server in
 265         alice-caf.cern.ch) uopts="${uopts}&reset=hard" ;;
 266     esac
 267
 268     # PROOF-lite URL form:
 269     #
 270     #  lite://<datadir_or_list>[?<options>][#<treeName]
 271     #
 272     # Options:
 273     #  clear=PKGS                 Clear packages ','-separated
 274     #  mc                         Assume simulation input
 275     #  mode=default|rec|sim       AliROOT mode
 276     #  par=tasks|all              Use par files
 277     #  pattern=GLOB               File name pattern
 278     #  recursive                  Recursive scan [true]
 279     #  reset=soft|hard            Reset cluster [hard]
 280     #  workers=N[x]               Number of workers to use [8]
 281     #  wrapper=CMD                Wrapper command []
 282
 283     url="proof://${serv}/${inp}?${uopt}#${tree}"
 284
 285 }
 286
 287 # --- Run the train --------------------------------------------------
 288 # Usage:
 289 #
 290 allAboard()
 291 {
 292     local type=$1 ; shift
 293     local trig=$1 ; shift
 294     local lopts=
 295     if test $batch -gt 0 ; then
 296         lopts="--batch"
 297     fi
 298     _allAboard "$type" "$trig" $lopts $@
 299 }
 300
 301 # === Procedual code =================================================
 302 runIt $@
 303
 304 #
 305 # EOF
 306 #
 307