PWGPP/MUON/lite/mergeGridFiles.C

   1 #if !defined(__CINT__) || defined(__MAKECINT__)
   2
   3 #include <Riostream.h>
   4
   5 // ROOT includes
   6 #include "TString.h"
   7 #include "TObjArray.h"
   8 #include "TObjString.h"
   9 #include "TFileMerger.h"
  10 #include "TGrid.h"
  11 #include "TList.h"
  12 #include "TSystem.h"
  13 #include "TGridResult.h"
  14 #include "TMap.h"
  15 #include "TFile.h"
  16 #include "TROOT.h"
  17 #endif
  18
  19 Bool_t AddFileList(TString, TString&, TString);
  20 void ReadListFromFile(TString, TString&, TString);
  21 Int_t GetLastStage(TGridResult*);
  22
  23 void mergeGridFiles(TString outFilename, TString inFileList, TString addPrefix = "alien://", Int_t nFilesPerStep = 100, Bool_t copyLocal = kTRUE, TString dirsToMerge = "")
  24 {
  25   TString fileList = "";
  26   ReadListFromFile(inFileList, fileList, addPrefix);
  27
  28   if ( fileList.IsNull() ) {
  29     printf("List of merging files is null: Nothing done!\n");
  30     return;
  31   }
  32
  33   TString logFilename = "toBeMerged.txt";
  34
  35   if ( ! gGrid ) copyLocal = kFALSE;
  36
  37   TString currList = fileList;
  38   TString currOutput = "", mergedFiles = "";
  39
  40   Bool_t showProgressBar = ! gROOT->IsBatch();
  41
  42   for ( Int_t istep = 0; istep < 100; istep++ ) {
  43     TFileMerger fileMerger(copyLocal);
  44     Int_t mergeType = ( TFileMerger::kRegular | TFileMerger::kAll );
  45     if ( ! dirsToMerge.IsNull() ) {
  46       fileMerger.AddObjectNames(dirsToMerge.Data());
  47       mergeType |= TFileMerger::kOnlyListed;
  48     }
  49     TObjArray* array = currList.Tokenize(" ");
  50     currList = "";
  51     Int_t nFiles = array->GetEntries();
  52     Int_t subStep = -1;
  53     for (Int_t ifile = 0; ifile < nFiles; ifile++ ) {
  54       TString currFilename = array->At(ifile)->GetName();
  55       Bool_t isFileAdded = fileMerger.AddFile(currFilename.Data(), showProgressBar);
  56       if ( ! isFileAdded ) continue;
  57
  58       Int_t nFilesToMerge = fileMerger.GetMergeList()->GetEntries();
  59       if ( nFilesToMerge % nFilesPerStep != 0 && ifile < nFiles - 1 )
  60         continue;
  61       // The following part is executed only at the end of each step
  62       currOutput = outFilename;
  63       if ( nFiles > nFilesPerStep ) {
  64         subStep++;
  65         currOutput.ReplaceAll(".root",Form("_%i_%i.root", istep, subStep));
  66         AddFileList(currOutput, currList, "");
  67       }
  68       fileMerger.OutputFile(currOutput.Data(),kTRUE,1); // needed when merging single files for specific directories
  69       fileMerger.PartialMerge(mergeType);
  70       printf("\nMerged in %s:\n", currOutput.Data());
  71       mergedFiles = "";
  72       for ( Int_t ientry=0; ientry<nFilesToMerge; ientry++ )
  73         mergedFiles += Form("%s ", fileMerger.GetMergeList()->At(ientry)->GetName());
  74       printf("%s\n\n", mergedFiles.Data());
  75
  76       // remove merged files
  77       if ( istep > 0 )
  78         gSystem->Exec(Form("rm %s", mergedFiles.Data()));
  79
  80       // Write log file to keep trace of files to be merged
  81       ofstream logFile(logFilename.Data());
  82       TString logString = "";
  83       for ( Int_t jfile = ifile + 1; jfile < nFiles; jfile++ ) {
  84         logString += Form("%s ", array->At(jfile)->GetName());
  85       }
  86       logString.Append(currList.Data());
  87       logString.ReplaceAll(" ", "\n");
  88       logFile << logString.Data() << endl;;
  89       logFile.close();
  90     } // loop on files
  91
  92     delete array;
  93     printf("Step %i completed!\n", istep);
  94
  95     if ( nFiles <= nFilesPerStep ) break;
  96   } // loop on steps
  97
  98   gSystem->Exec(Form("rm %s", logFilename.Data()));
  99 }
 100
 101
 102 //___________________________________________________
 103 Bool_t AddFileList(TString filename, TString& fileList, TString addPrefix)
 104 {
 105   if ( filename.IsNull() || ! filename.Contains(".root") ) return kFALSE;
 106
 107   if ( ! addPrefix.IsNull() && ! filename.Contains(addPrefix.Data()) )
 108     filename.Prepend(addPrefix.Data());
 109
 110   if ( filename.Contains("alien://") && ! gGrid )
 111     TGrid::Connect("alien://");
 112
 113   if ( ! fileList.IsNull() )
 114     fileList.Append(" ");
 115   fileList.Append(filename.Data());
 116
 117   return kTRUE;
 118 }
 119
 120 //___________________________________________________
 121 void ReadListFromFile(TString filename, TString& fileList, TString addPrefix)
 122 {
 123   ifstream inFile(filename.Data());
 124   TString currLine = "";
 125   if ( inFile.is_open() ) {
 126     while ( ! inFile.eof() ) {
 127       currLine.ReadLine(inFile,kTRUE); // Read line
 128       AddFileList(currLine, fileList, addPrefix);
 129     }
 130     inFile.close();
 131   }
 132 }
 133
 134
 135 //___________________________________________________
 136 void completeProd(TString runListName="runList.txt", TString prodDir = "", TString baseDir="/alice/data/2010/LHC10h", TString outTaskFilename="QAresults.root", Int_t nFilesPerStep = 50, TString dirsToMerge = "MUON_QA MTR_ChamberEffMap", Bool_t mergeFast = kFALSE, Bool_t overwriteExisting = kFALSE)
 137 {
 138   TString outFilename = "completeFileList.txt";
 139
 140   // Get run list from file
 141   ifstream inFile(runListName.Data());
 142   TObjArray runList;
 143   runList.SetOwner();
 144   TString currRun;
 145   Int_t minRun = 99999999;
 146   Int_t maxRun = -1;
 147   if (inFile.is_open()) {
 148     while (! inFile.eof() ) {
 149       currRun.ReadLine(inFile,kTRUE); // Read line
 150       if ( currRun.IsNull() || ! currRun.IsDigit() ) continue;
 151       Int_t currRunInt = currRun.Atoi();
 152       minRun = TMath::Min(currRunInt, minRun);
 153       maxRun = TMath::Max(currRunInt, maxRun);
 154       runList.Add(new TObjString(Form("%d", currRunInt)));
 155     }
 156     inFile.close();
 157   }
 158
 159   outFilename.ReplaceAll(".txt", Form("_%i_%i.txt", minRun, maxRun));
 160
 161   //TString filePattern[3] = {"", "Stage*/","*/"};
 162   TString filePattern[2] = {"","*/"};
 163
 164   ofstream outFile(outFilename.Data());
 165
 166   const Int_t kNlibs = 5; // 1
 167   TString loadLibs[kNlibs] = {"libANALYSIS.so", "libOADB.so", "libANALYSISalice.so", "libCORRFW.so", "libPWGmuon.so"};
 168   for ( Int_t ilib=0; ilib<kNlibs; ilib++ ) {
 169     Int_t exitVal = gSystem->Load(loadLibs[ilib].Data());
 170     if ( exitVal < 0 ) {
 171       printf("Please run with aliroot if you're merging QA objects!\n");
 172       return;
 173     }
 174   }
 175
 176   if ( ! gGrid )
 177     TGrid::Connect("alien://");
 178
 179   baseDir.ReplaceAll("alien://","");
 180
 181   TMap* map = 0x0;
 182   TString stageName = "";
 183   TString runsWithoutOut = "";
 184   for ( Int_t irun=0; irun<runList.GetEntries(); irun++ ) {
 185     TString currRunString = ((TObjString*)runList.At(irun))->GetString();
 186
 187     TString localOut = outTaskFilename;
 188     localOut.ReplaceAll(".root", Form("_%s.root", currRunString.Data()));
 189     if ( ! gSystem->AccessPathName(localOut.Data()) ) {
 190       if ( overwriteExisting )
 191         printf("Overwriting existing file %s\n", localOut.Data());
 192       else {
 193         printf("Warning: merged file %s already exist: do not overwrite\n", localOut.Data());
 194         outFile << gSystem->pwd() << "/" << localOut.Data() << endl;
 195         continue;
 196       }
 197     }
 198
 199     TString tmpFilename = Form("/tmp/mergeListRun%s.txt", currRunString.Data());
 200     ofstream tmpFile(tmpFilename.Data());
 201     TString mergeFilename = "";
 202
 203     Int_t nPatterns = ( mergeFast ) ? 1 : 2;
 204
 205     for ( Int_t ipattern=0; ipattern<nPatterns; ipattern++ ) {
 206       TString command = ( prodDir.Contains("private") ) ? Form("find %s/ *%s/%s%s", baseDir.Data(), currRunString.Data(), filePattern[ipattern].Data(), outTaskFilename.Data()) : Form("find %s/*%s /%s/%s%s", baseDir.Data(), currRunString.Data(), prodDir.Data(), filePattern[ipattern].Data(), outTaskFilename.Data());
 207
 208       printf("%s\n", command.Data());
 209
 210       TGridResult* res = gGrid->Command(command);
 211
 212       if ( ! res || res->GetEntries() == 0 ) continue;
 213
 214       Int_t mergeStage = ( ipattern == 1 ) ? GetLastStage(res)  : -1;
 215       stageName = Form("Stage_%i", mergeStage);
 216
 217       TIter nextmap(res);
 218       while ( ( map = (TMap*)nextmap() ) ) {
 219         // Loop 'find' results and get next LFN
 220         TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
 221         if (!objs || !objs->GetString().Length())
 222           continue;
 223
 224         mergeFilename = objs->GetString();
 225
 226         if ( mergeStage > 0 && ! mergeFilename.Contains(stageName.Data()) ) continue;
 227         if ( mergeFilename.Contains(".resubmit") ) continue; // Avoid double counting for runs where a resubmission was performed
 228
 229         tmpFile << mergeFilename.Data() << endl;
 230       } // loop on grid lfns
 231
 232       delete res;
 233
 234       tmpFile.close();
 235
 236       // If the merging of specific directories is required
 237       // run merging also if there is 1 file
 238       // so that we get rid of other sub-directories
 239       if ( ipattern == 1 || ! dirsToMerge.IsNull() ) {
 240         mergeFilename = outTaskFilename;
 241         mergeFilename.ReplaceAll(".root", Form("_%s.root", currRunString.Data()));
 242         mergeGridFiles(mergeFilename, tmpFilename, "alien://", nFilesPerStep, kTRUE, dirsToMerge);
 243       }
 244
 245       if ( ! mergeFilename.Contains("alien://") )
 246         outFile << gSystem->pwd() << "/";
 247       outFile << mergeFilename.Data() << endl;
 248       gSystem->Exec(Form("rm %s", tmpFilename.Data()));
 249       break;
 250     } // loop on pattern
 251     if ( mergeFilename.IsNull() ) runsWithoutOut += currRunString + " ";
 252   } // loop on runs
 253   if ( ! runsWithoutOut.IsNull() )
 254     printf("\nNo output found in runs\n%s\n",runsWithoutOut.Data());
 255   printf("\nOutput written in:\n%s\n", outFilename.Data());
 256 }
 257
 258
 259 //___________________________________________________
 260 Int_t GetLastStage(TGridResult* res)
 261 {
 262   Int_t lastStage = 0;
 263
 264   TMap* map = 0x0;
 265   TIter nextmap(res);
 266   TString filename = "", currToken = "";
 267   while ( ( map = (TMap*)nextmap() ) ) {
 268     // Loop 'find' results and get next LFN
 269     TObjString *objs = dynamic_cast<TObjString*>(map->GetValue("turl"));
 270     if (!objs || !objs->GetString().Length())
 271       continue;
 272
 273     filename = objs->GetString();
 274
 275     if ( ! filename.Contains("Stage_") ) continue;
 276
 277     TObjArray* array = filename.Tokenize("/");
 278     array->SetOwner();
 279     for ( Int_t ientry=0; ientry<array->GetEntries(); ientry++ ) {
 280       currToken = array->At(ientry)->GetName();
 281       if ( currToken.Contains("Stage_") ) {
 282         currToken.Remove(0,6);
 283         Int_t currStage = currToken.Atoi();
 284         lastStage = TMath::Max(currStage, lastStage);
 285         break;
 286       }
 287     }
 288     delete array;
 289   } // loop on grid lfns
 290
 291   return lastStage;
 292 }