STEER/AliMC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // This class is extracted from the AliRun class
  19 // and contains all the MC-related functionality
  20 // The number of dependencies has to be reduced...
  21 // Author: F.Carminati
  22 //         Federico.Carminati@cern.ch
  23
  24 #include <TBrowser.h>
  25 #include <TStopwatch.h>
  26 #include <TSystem.h>
  27 #include <TVirtualMC.h>
  28
  29 #include "AliDetector.h"
  30 #include "AliGenerator.h"
  31 #include "AliHeader.h"
  32 #include "AliLego.h"
  33 #include "AliMC.h"
  34 #include "AliMCQA.h"
  35 #include "AliRun.h"
  36 #include "AliStack.h"
  37 #include "AliTrackReference.h"
  38
  39
  40 ClassImp(AliMC)
  41
  42 //_______________________________________________________________________
  43 AliMC::AliMC() :
  44   fGenerator(0),
  45   fEventEnergy(0),
  46   fSummEnergy(0),
  47   fSum2Energy(0),
  48   fTrRmax(1.e10),
  49   fTrZmax(1.e10),
  50   fDebug(0),
  51   fImedia(0),
  52   fTransParName("\0"),
  53   fMCQA(0),
  54   fHitLists(0),
  55   fTrackReferences(0)
  56
  57 {
  58   //default constructor
  59 }
  60
  61 //_______________________________________________________________________
  62 AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
  63   TVirtualMCApplication(name, title),
  64   fGenerator(0),
  65   fEventEnergy(0),
  66   fSummEnergy(0),
  67   fSum2Energy(0),
  68   fTrRmax(1.e10),
  69   fTrZmax(1.e10),
  70   fDebug(0),
  71   fImedia(new TArrayI(1000)),
  72   fTransParName("\0"),
  73   fMCQA(0),
  74   fHitLists(new TList()),
  75   fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
  76 {
  77   //constructor
  78   // Set transport parameters
  79   SetTransPar();
  80
  81   // Prepare the tracking medium lists
  82   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
  83
  84 }
  85
  86 //_______________________________________________________________________
  87 AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
  88   TVirtualMCApplication(mc),
  89   fGenerator(0),
  90   fEventEnergy(0),
  91   fSummEnergy(0),
  92   fSum2Energy(0),
  93   fTrRmax(1.e10),
  94   fTrZmax(1.e10),
  95   fDebug(0),
  96   fImedia(0),
  97   fTransParName("\0"),
  98   fMCQA(0),
  99   fHitLists(0),
 100   fTrackReferences(0)
 101 {
 102   //
 103   // Copy constructor for AliRun
 104   //
 105   mc.Copy(*this);
 106 }
 107
 108 //_______________________________________________________________________
 109 AliMC::~AliMC()
 110 {
 111   //destructor
 112   delete fGenerator;
 113   delete fImedia;
 114   delete fMCQA;
 115   delete fHitLists;
 116   // Delete track references
 117   if (fTrackReferences) {
 118     fTrackReferences->Delete();
 119     delete fTrackReferences;
 120     fTrackReferences     = 0;
 121   }
 122
 123 }
 124
 125 //_______________________________________________________________________
 126 void AliMC::Copy(TObject &) const
 127 {
 128   //dummy Copy function
 129   Fatal("Copy","Not implemented!\n");
 130 }
 131
 132 //_______________________________________________________________________
 133 void  AliMC::ConstructGeometry()
 134 {
 135   //
 136   // Create modules, materials, geometry
 137   //
 138
 139     TStopwatch stw;
 140     TIter next(gAlice->Modules());
 141     AliModule *detector;
 142     if (GetDebug()) Info("ConstructGeometry","Geometry creation:");
 143     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 144       stw.Start();
 145       // Initialise detector materials and geometry
 146       detector->CreateMaterials();
 147       detector->CreateGeometry();
 148       printf("%10s R:%.2fs C:%.2fs\n",
 149              detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime());
 150     }
 151 }
 152
 153 //_______________________________________________________________________
 154 void  AliMC::InitGeometry()
 155 {
 156   //
 157   // Initialize detectors and display geometry
 158   //
 159
 160    printf("Initialisation:\n");
 161     TStopwatch stw;
 162     TIter next(gAlice->Modules());
 163     AliModule *detector;
 164     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 165       stw.Start();
 166       // Initialise detector and display geometry
 167       detector->Init();
 168       detector->BuildGeometry();
 169       printf("%10s R:%.2fs C:%.2fs\n",
 170              detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime());
 171     }
 172
 173 }
 174
 175 //_______________________________________________________________________
 176 void  AliMC::GeneratePrimaries()
 177 {
 178   //
 179   // Generate primary particles and fill them in the stack.
 180   //
 181
 182   Generator()->Generate();
 183 }
 184
 185 //_______________________________________________________________________
 186 void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 187 {
 188   //
 189   // Load the event generator
 190   //
 191   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 192 }
 193
 194 //_______________________________________________________________________
 195 void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 196 {
 197   //
 198   // Load the event generator
 199   //
 200   if(fGenerator)
 201     if(generator)
 202       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 203               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 204     else
 205       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
 206               fGenerator->GetName());
 207   fGenerator = generator;
 208 }
 209
 210 //_______________________________________________________________________
 211 void AliMC::FinishRun()
 212 {
 213   // Clean generator information
 214   if (GetDebug()) Info("FinishRun"," fGenerator->FinishRun()");
 215   fGenerator->FinishRun();
 216
 217   //Output energy summary tables
 218   if (GetDebug()) {
 219     Info("FinishRun"," EnergySummary()");
 220     EnergySummary();
 221   }
 222
 223 }
 224
 225 //_______________________________________________________________________
 226 void AliMC::BeginPrimary()
 227 {
 228   //
 229   // Called  at the beginning of each primary track
 230   //
 231
 232   // Reset Hits info
 233   ResetHits();
 234   ResetTrackReferences();
 235
 236 }
 237
 238 //_______________________________________________________________________
 239 void AliMC::PreTrack()
 240 {
 241   // Actions before the track's transport
 242      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 243      AliModule *module;
 244
 245      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 246        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 247          module->PreTrack();
 248
 249      fMCQA->PreTrack();
 250 }
 251
 252 //_______________________________________________________________________
 253 void AliMC::Stepping()
 254 {
 255   //
 256   // Called at every step during transport
 257   //
 258
 259   Int_t id = DetFromMate(gMC->GetMedium());
 260   if (id < 0) return;
 261
 262   //
 263   // --- If lego option, do it and leave
 264   if (gAlice->Lego())
 265     gAlice->Lego()->StepManager();
 266   else {
 267     Int_t copy;
 268     //Update energy deposition tables
 269     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
 270     //
 271     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
 272     if (gMC->IsTrackDisappeared()) {
 273       if (gMC->Etot()>0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber());
 274     }
 275
 276     //Call the appropriate stepping routine;
 277     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
 278     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
 279       fMCQA->StepManager(id);
 280       det->StepManager();
 281     }
 282   }
 283 }
 284
 285 //_______________________________________________________________________
 286 void AliMC::EnergySummary()
 287 {
 288   //
 289   // Print summary of deposited energy
 290   //
 291
 292   Int_t ndep=0;
 293   Float_t edtot=0;
 294   Float_t ed, ed2;
 295   Int_t kn, i, left, j, id;
 296   const Float_t kzero=0;
 297   Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
 298   //
 299   // Energy loss information
 300   if(ievent) {
 301     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 302     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 303       ed=fSummEnergy[kn];
 304       if(ed>0) {
 305         fEventEnergy[ndep]=kn;
 306         if(ievent>1) {
 307           ed=ed/ievent;
 308           ed2=fSum2Energy[kn];
 309           ed2=ed2/ievent;
 310           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 311         } else
 312           ed2=99;
 313         fSummEnergy[ndep]=ed;
 314         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
 315         edtot+=ed;
 316         ndep++;
 317       }
 318     }
 319     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 320       left=ndep-kn*3;
 321       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 322         j=kn*3+i;
 323         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 324         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 325       }
 326       printf("\n");
 327     }
 328     //
 329     // Relative energy loss in different detectors
 330     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 331     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 332     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 333       left=ndep-kn*5;
 334       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 335         j=kn*5+i;
 336         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 337         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 338       }
 339       printf("\n");
 340     }
 341     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 342     printf("\n");
 343   }
 344   //
 345   // Reset the TArray's
 346   //  fEventEnergy.Set(0);
 347   //  fSummEnergy.Set(0);
 348   //  fSum2Energy.Set(0);
 349 }
 350
 351 //_____________________________________________________________________________
 352 void AliMC::BeginEvent()
 353 {
 354   //
 355   // Clean-up previous event
 356   // Energy scores
 357   if (GetDebug())
 358    {
 359      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 360      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 361      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 362      Info("BeginEvent","          BEGINNING EVENT               ");
 363      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 364      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 365      Info("BeginEvent",">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 366    }
 367
 368     AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 369
 370   /*******************************/
 371   /*   Clean after eventual      */
 372   /*   previous event            */
 373   /*******************************/
 374
 375
 376   //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
 377   gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
 378   runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,
 379   if (GetDebug()) Info("BeginEvent","EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun());
 380
 381   fEventEnergy.Reset();
 382     // Clean detector information
 383
 384   if (runloader->Stack())
 385     runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
 386   else
 387     runloader->MakeStack();//or make a new one
 388
 389   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 390    {
 391      if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTree(K)");
 392      runloader->MakeTree("K");
 393    }
 394
 395   if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
 396   gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here
 397                                      //because we don't have guarantee that
 398                                      //stack pointer is not going to change from event to event
 399                          //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
 400   //
 401   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
 402   //
 403
 404   runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
 405     gAlice->GetEventNrInRun());
 406 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 407
 408   if(gAlice->Lego())
 409    {
 410     gAlice->Lego()->BeginEvent();
 411     return;
 412    }
 413
 414
 415   if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  ResetHits()");
 416   ResetHits();
 417
 418   if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTree(H)");
 419   runloader->MakeTree("H");
 420
 421   if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
 422   runloader->MakeTrackRefsContainer();//for insurance
 423
 424
 425   //create new branches and SetAdresses
 426   TIter next(gAlice->Modules());
 427   AliModule *detector;
 428   while((detector = (AliModule*)next()))
 429    {
 430     if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->MakeBranch(H)",detector->GetName());
 431     detector->MakeBranch("H");
 432     if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->MakeBranchTR()",detector->GetName());
 433     detector->MakeBranchTR();
 434     if (GetDebug()) Info("BeginEvent","  %s->SetTreeAddress()",detector->GetName());
 435     detector->SetTreeAddress();
 436    }
 437   // make branch for AliRun track References
 438   TTree * treeTR = runloader->TreeTR();
 439   if (treeTR){
 440     // make branch for central track references
 441     if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
 442     TBranch *branch;
 443     branch = treeTR->Branch("AliRun",&fTrackReferences);
 444     branch->SetAddress(&fTrackReferences);
 445   }
 446   //
 447 }
 448
 449 //_______________________________________________________________________
 450 void AliMC::ResetHits()
 451 {
 452   //
 453   //  Reset all Detectors hits
 454   //
 455   TIter next(gAlice->Modules());
 456   AliModule *detector;
 457   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 458      detector->ResetHits();
 459   }
 460 }
 461
 462 //_______________________________________________________________________
 463 void AliMC::PostTrack()
 464 {
 465   // Posts tracks for each module
 466      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 467      AliModule *module;
 468
 469      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 470        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 471          module->PostTrack();
 472 }
 473
 474 //_______________________________________________________________________
 475 void AliMC::FinishPrimary()
 476 {
 477   //
 478   // Called  at the end of each primary track
 479   //
 480   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 481   //  static Int_t count=0;
 482   //  const Int_t times=10;
 483   // This primary is finished, purify stack
 484   runloader->Stack()->PurifyKine();
 485
 486   TIter next(gAlice->Modules());
 487   AliModule *detector;
 488   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 489     detector->FinishPrimary();
 490     AliLoader* loader = detector->GetLoader();
 491     if(loader)
 492      {
 493        TTree* treeH = loader->TreeH();
 494        if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
 495      }
 496   }
 497
 498   // Write out track references if any
 499   if (runloader->TreeTR()) runloader->TreeTR()->Fill();
 500 }
 501
 502 //_______________________________________________________________________
 503 void AliMC::FinishEvent()
 504 {
 505   //
 506   // Called at the end of the event.
 507   //
 508
 509   //
 510   if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
 511
 512   TIter next(gAlice->Modules());
 513   AliModule *detector;
 514   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 515     detector->FinishEvent();
 516   }
 517
 518   //Update the energy deposit tables
 519   Int_t i;
 520   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++)
 521    {
 522     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 523     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 524    }
 525
 526   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 527
 528   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
 529   AliStack* stack = runloader->Stack();
 530   if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
 531    {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
 532     Fatal("AliRun","Can not get the stack or header from LOADER");
 533     return;//never reached
 534    }
 535   // Update Header information
 536   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
 537   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
 538
 539
 540   // Write out the kinematics
 541   stack->FinishEvent();
 542
 543   // Write out the event Header information
 544   TTree* treeE = runloader->TreeE();
 545   if (treeE)
 546    {
 547       header->SetStack(stack);
 548       treeE->Fill();
 549    }
 550   else
 551    {
 552     Error("FinishEvent","Can not get TreeE from RL");
 553    }
 554
 555   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 556    {
 557      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
 558      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
 559      runloader->WriteHits("OVERWRITE");
 560    }
 561
 562   if (GetDebug())
 563    {
 564      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 565      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 566      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 567      Info("FinishEvent","          FINISHING EVENT               ");
 568      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 569      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 570      Info("FinishEvent","<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 571    }
 572 }
 573
 574 //_______________________________________________________________________
 575 void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
 576 {
 577   // Calculates field "b" at point "x"
 578     gAlice->Field(x,b);
 579 }
 580
 581 //_______________________________________________________________________
 582 void AliMC::Init()
 583 {
 584   // MC initialization
 585
 586    //=================Create Materials and geometry
 587    gMC->Init();
 588    gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 589
 590    //Read the cuts for all materials
 591    ReadTransPar();
 592    //Build the special IMEDIA table
 593    MediaTable();
 594
 595    //Compute cross-sections
 596    gMC->BuildPhysics();
 597
 598    //Write Geometry object to current file.
 599    gAlice->GetRunLoader()->WriteGeometry();
 600
 601    //Initialise geometry deposition table
 602    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 603    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 604    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 605
 606    //
 607    fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
 608
 609    // Register MC in configuration
 610    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
 611
 612 }
 613
 614 //_______________________________________________________________________
 615 void AliMC::MediaTable()
 616 {
 617   //
 618   // Built media table to get from the media number to
 619   // the detector id
 620   //
 621
 622   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 623   //  Int_t ibeg;
 624   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 625   AliModule *det;
 626   Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
 627   //
 628   // For all detectors
 629   for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
 630     // If detector is defined
 631     if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
 632         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 633         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 634         // Find max and min material number
 635         if((idt=idtmed[nz])) {
 636           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 637           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 638         }
 639       }
 640       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 641         det->LoMedium() = 0;
 642         det->HiMedium() = 0;
 643       } else {
 644         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 645           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 646                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 647           return;
 648         }
 649         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 650         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 651           (*fImedia)[lz]=kz;
 652         }
 653       }
 654     }
 655   }
 656   //
 657   // Print summary table
 658   printf(" Traking media ranges:\n");
 659   for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
 660     for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
 661       ind=i*6+k;
 662       det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
 663       if(det)
 664         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 665                det->HiMedium());
 666       else
 667         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 668     }
 669     printf("\n");
 670   }
 671 }
 672
 673 //_______________________________________________________________________
 674 void AliMC::ReadTransPar()
 675 {
 676   //
 677   // Read filename to set the transport parameters
 678   //
 679
 680
 681   const Int_t kncuts=10;
 682   const Int_t knflags=11;
 683   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
 684   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 685                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 686                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 687                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 688   char line[256];
 689   char detName[7];
 690   char* filtmp;
 691   Float_t cut[kncuts];
 692   Int_t flag[knflags];
 693   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 694   FILE *lun;
 695   //
 696   // See whether the file is there
 697   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
 698   lun=fopen(filtmp,"r");
 699   delete [] filtmp;
 700   if(!lun) {
 701     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
 702     return;
 703   }
 704   //
 705   if(fDebug) {
 706     printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 707     printf(" *%59s\n","*");
 708     printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 709     printf(" *%59s\n","*");
 710   }
 711   //
 712   while(1) {
 713     // Initialise cuts and flags
 714     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
 715     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
 716     itmed=0;
 717     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 718     // Read up to the end of line excluded
 719     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 720     if(iret<0) {
 721       //End of file
 722       fclose(lun);
 723       if(fDebug){
 724         printf(" *%59s\n","*");
 725         printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 726       }
 727       return;
 728     }
 729     // Read the end of line
 730     fscanf(lun,"%*c");
 731     if(!iret) continue;
 732     if(line[0]=='*') continue;
 733     // Read the numbers
 734     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 735                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 736                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 737                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 738     if(!iret) continue;
 739     if(iret<0) {
 740       //reading error
 741       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
 742       continue;
 743     }
 744     // Check that the module exist
 745     AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
 746     if(mod) {
 747       // Get the array of media numbers
 748       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
 749       // Check that the tracking medium code is valid
 750       if(0<=itmed && itmed < 100) {
 751         ktmed=idtmed[itmed];
 752         if(!ktmed) {
 753           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
 754           continue;
 755         }
 756         // Set energy thresholds
 757         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
 758           if(cut[kz]>=0) {
 759             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
 760                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
 761             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
 762           }
 763         }
 764         // Set transport mechanisms
 765         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
 766           if(flag[kz]>=0) {
 767             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
 768                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
 769             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
 770           }
 771         }
 772       } else {
 773         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
 774         continue;
 775       }
 776     } else {
 777       if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
 778       continue;
 779     }
 780   }
 781 }
 782
 783 //_______________________________________________________________________
 784 void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
 785 {
 786   //
 787   // Sets the file name for transport parameters
 788   //
 789   fTransParName = filename;
 790 }
 791
 792 //_______________________________________________________________________
 793 void AliMC::Browse(TBrowser *b)
 794 {
 795   //
 796   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 797   // of the Root browser.
 798   // It displays the Root Trees and all detectors.
 799   //
 800   //detectors are in folders anyway
 801   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 802 }
 803
 804 //PH
 805 //_______________________________________________________________________
 806 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 807 {
 808   //
 809   //  Add a hit to detector id
 810   //
 811   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 812   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 813 }
 814
 815 //_______________________________________________________________________
 816 void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 817 {
 818   //
 819   // Add digit to detector id
 820   //
 821   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 822   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 823 }
 824
 825 //_______________________________________________________________________
 826 Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
 827   //
 828   // Returns current track
 829   //
 830   return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
 831 }
 832
 833 //_______________________________________________________________________
 834 void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
 835 {
 836   //
 837   // Dumps particle i in the stack
 838   //
 839   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 840    if (runloader->Stack())
 841     runloader->Stack()->DumpPart(i);
 842 }
 843
 844 //_______________________________________________________________________
 845 void AliMC::DumpPStack () const
 846 {
 847   //
 848   // Dumps the particle stack
 849   //
 850   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 851    if (runloader->Stack())
 852     runloader->Stack()->DumpPStack();
 853 }
 854
 855 //_______________________________________________________________________
 856 Int_t AliMC::GetNtrack() const {
 857   //
 858   // Returns number of tracks in stack
 859   //
 860   Int_t ntracks = -1;
 861   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 862    if (runloader->Stack())
 863      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
 864    return ntracks;
 865 }
 866
 867 //_______________________________________________________________________
 868 Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
 869 {
 870   //
 871   // return number of primary that has generated track
 872   //
 873   Int_t nprimary = -999;
 874   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 875   if (runloader->Stack())
 876     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
 877   return nprimary;
 878 }
 879
 880 //_______________________________________________________________________
 881 TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
 882 {
 883   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
 884   // the remaping done by PurifyKine
 885   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 886   if (runloader)
 887    if (runloader->Stack())
 888     return runloader->Stack()->Particle(i);
 889   return 0x0;
 890 }
 891
 892 //_______________________________________________________________________
 893 TObjArray* AliMC::Particles() const {
 894   //
 895   // Returns pointer to Particles array
 896   //
 897   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 898   if (runloader)
 899    if (runloader->Stack())
 900     return runloader->Stack()->Particles();
 901   return 0x0;
 902 }
 903
 904 //_______________________________________________________________________
 905 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
 906                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
 907                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
 908 {
 909 // Delegate to stack
 910 //
 911   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 912   if (runloader)
 913     if (runloader->Stack())
 914       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
 915                                     mech, ntr, weight, is);
 916 }
 917
 918 //_______________________________________________________________________
 919 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
 920                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
 921                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
 922                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
 923                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
 924 {
 925   // Delegate to stack
 926   //
 927   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 928   if (runloader)
 929     if (runloader->Stack())
 930       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
 931                                     polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
 932 }
 933
 934 //_______________________________________________________________________
 935 void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt)
 936 {
 937     //
 938     // Set high water mark for last track in event
 939   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 940   if (runloader)
 941     if (runloader->Stack())
 942       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
 943 }
 944
 945 //_______________________________________________________________________
 946 void AliMC::KeepTrack(Int_t track)
 947 {
 948   //
 949   // Delegate to stack
 950   //
 951   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 952   if (runloader)
 953     if (runloader->Stack())
 954       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
 955 }
 956
 957 //_______________________________________________________________________
 958 void AliMC::FlagTrack(Int_t track)
 959 {
 960   // Delegate to stack
 961   //
 962   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 963   if (runloader)
 964     if (runloader->Stack())
 965       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
 966 }
 967
 968 //_______________________________________________________________________
 969 void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track)
 970 {
 971   //
 972   // Set current track number
 973   //
 974   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 975   if (runloader)
 976     if (runloader->Stack())
 977       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track);
 978 }
 979
 980 //_______________________________________________________________________
 981 void  AliMC::AddTrackReference(Int_t label){
 982   //
 983   // add a trackrefernce to the list
 984   if (!fTrackReferences) {
 985     cerr<<"Container trackrefernce not active\n";
 986     return;
 987   }
 988   Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
 989   TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
 990   new(lref[nref]) AliTrackReference(label);
 991 }
 992
 993
 994
 995 //_______________________________________________________________________
 996 void AliMC::ResetTrackReferences()
 997 {
 998   //
 999   //  Reset all  references
1000   //
1001   if (fTrackReferences)   fTrackReferences->Clear();
1002
1003   TIter next(gAlice->Modules());
1004   AliModule *detector;
1005   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
1006      detector->ResetTrackReferences();
1007   }
1008 }
1009
1010 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
1011 {
1012   //
1013   // Remapping track reference
1014   // Called at finish primary
1015   //
1016   if (!fTrackReferences) return;
1017   for (Int_t i=0;i<fTrackReferences->GetEntries();i++){
1018     AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTrackReferences->UncheckedAt(i));
1019     if (ref) {
1020       Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
1021       if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
1022       else {
1023         //ref->SetTrack(-1);
1024         ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
1025         fTrackReferences->RemoveAt(i);
1026       }
1027     }
1028   }
1029   fTrackReferences->Compress();
1030 }