STEER/AliMC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // This class is extracted from the AliRun class
  19 // and contains all the MC-related functionality
  20 // The number of dependencies has to be reduced...
  21 // Author: F.Carminati
  22 //         Federico.Carminati@cern.ch
  23
  24 #include <RVersion.h>
  25 #include <TBrowser.h>
  26 #include <TStopwatch.h>
  27 #include <TSystem.h>
  28 #include <TVirtualMC.h>
  29 #include <TGeoManager.h>
  30 #include "TGeant3.h"
  31
  32 #include "AliLog.h"
  33 #include "AliDetector.h"
  34 #include "AliGenerator.h"
  35 #include "AliHeader.h"
  36 #include "AliLego.h"
  37 #include "AliMC.h"
  38 #include "AliMCQA.h"
  39 #include "AliRun.h"
  40 #include "AliStack.h"
  41 #include "AliMagF.h"
  42 #include "AliTrackReference.h"
  43
  44
  45 ClassImp(AliMC)
  46
  47 //_______________________________________________________________________
  48 AliMC::AliMC() :
  49   fGenerator(0),
  50   fEventEnergy(0),
  51   fSummEnergy(0),
  52   fSum2Energy(0),
  53   fTrRmax(1.e10),
  54   fTrZmax(1.e10),
  55   fRDecayMax(1.e10),
  56   fRDecayMin(0),
  57   fDecayPdg(0),
  58   fImedia(0),
  59   fTransParName("\0"),
  60   fMCQA(0),
  61   fHitLists(0),
  62   fTrackReferences(0)
  63
  64 {
  65   //default constructor
  66   DecayLimits();
  67 }
  68
  69 //_______________________________________________________________________
  70 AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
  71   TVirtualMCApplication(name, title),
  72   fGenerator(0),
  73   fEventEnergy(0),
  74   fSummEnergy(0),
  75   fSum2Energy(0),
  76   fTrRmax(1.e10),
  77   fTrZmax(1.e10),
  78   fRDecayMax(1.e10),
  79   fRDecayMin(0),
  80   fDecayPdg(0),
  81   fImedia(new TArrayI(1000)),
  82   fTransParName("\0"),
  83   fMCQA(0),
  84   fHitLists(new TList()),
  85   fTrackReferences(new TClonesArray("AliTrackReference", 100))
  86 {
  87   //constructor
  88   // Set transport parameters
  89   SetTransPar();
  90   DecayLimits();
  91   // Prepare the tracking medium lists
  92   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
  93 }
  94
  95 //_______________________________________________________________________
  96 AliMC::AliMC(const AliMC &mc) :
  97   TVirtualMCApplication(mc),
  98   fGenerator(0),
  99   fEventEnergy(0),
 100   fSummEnergy(0),
 101   fSum2Energy(0),
 102   fTrRmax(1.e10),
 103   fTrZmax(1.e10),
 104   fRDecayMax(1.e10),
 105   fRDecayMin(0),
 106   fDecayPdg(0),
 107   fImedia(0),
 108   fTransParName("\0"),
 109   fMCQA(0),
 110   fHitLists(0),
 111   fTrackReferences(0)
 112 {
 113   //
 114   // Copy constructor for AliMC
 115   //
 116   mc.Copy(*this);
 117 }
 118
 119 //_______________________________________________________________________
 120 AliMC::~AliMC()
 121 {
 122   //destructor
 123   delete fGenerator;
 124   delete fImedia;
 125   delete fMCQA;
 126   delete fHitLists;
 127   // Delete track references
 128   if (fTrackReferences) {
 129     fTrackReferences->Delete();
 130     delete fTrackReferences;
 131     fTrackReferences     = 0;
 132   }
 133
 134 }
 135
 136 //_______________________________________________________________________
 137 void AliMC::Copy(TObject &) const
 138 {
 139   //dummy Copy function
 140   AliFatal("Not implemented!");
 141 }
 142
 143 //_______________________________________________________________________
 144 void  AliMC::ConstructGeometry()
 145 {
 146   //
 147   // Either load geometry from file or create it through usual
 148   // loop on detectors. In the first case the method
 149   // AliModule::CreateMaterials() only builds fIdtmed and is postponed
 150   // at InitGeometry().
 151   //
 152
 153   if(gAlice->IsRootGeometry()){
 154     // Load geometry
 155     const char *geomfilename = gAlice->GetGeometryFileName();
 156     if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
 157       AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s\n\n",geomfilename));
 158       TGeoManager::Import(geomfilename);
 159     }else{
 160       AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
 161       return;
 162     }
 163
 164   }else{
 165
 166     // Create modules, materials, geometry
 167     TStopwatch stw;
 168     TIter next(gAlice->Modules());
 169     AliModule *detector;
 170     AliDebug(1, "Geometry creation:");
 171     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 172       stw.Start();
 173       // Initialise detector materials and geometry
 174       detector->CreateMaterials();
 175       detector->CreateGeometry();
 176       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 177                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 178     }
 179
 180   }
 181
 182 }
 183
 184 //_______________________________________________________________________
 185 void  AliMC::InitGeometry()
 186 {
 187   //
 188   // Initialize detectors and display geometry
 189   //
 190
 191    AliInfo("Initialisation:");
 192     TStopwatch stw;
 193     TIter next(gAlice->Modules());
 194     AliModule *detector;
 195     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 196       stw.Start();
 197       // Initialise detector and display geometry
 198       if (gAlice->IsRootGeometry()) detector->CreateMaterials();
 199       detector->Init();
 200       detector->BuildGeometry();
 201       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 202                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 203     }
 204
 205 }
 206
 207 //_______________________________________________________________________
 208 void  AliMC::GeneratePrimaries()
 209 {
 210   //
 211   // Generate primary particles and fill them in the stack.
 212   //
 213
 214   Generator()->Generate();
 215 }
 216
 217 //_______________________________________________________________________
 218 void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 219 {
 220   //
 221   // Load the event generator
 222   //
 223   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 224 }
 225
 226 //_______________________________________________________________________
 227 void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 228 {
 229   //
 230   // Load the event generator
 231   //
 232   if(fGenerator)
 233     if(generator)
 234       AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
 235                       fGenerator->GetName(),generator->GetName()))
 236     else
 237       AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
 238                       fGenerator->GetName()));
 239   fGenerator = generator;
 240 }
 241
 242 //_______________________________________________________________________
 243 void AliMC::FinishRun()
 244 {
 245   // Clean generator information
 246   AliDebug(1, "fGenerator->FinishRun()");
 247   fGenerator->FinishRun();
 248
 249   //Output energy summary tables
 250   AliDebug(1, "EnergySummary()");
 251   ToAliDebug(1, EnergySummary());
 252 }
 253
 254 //_______________________________________________________________________
 255 void AliMC::BeginPrimary()
 256 {
 257   //
 258   // Called  at the beginning of each primary track
 259   //
 260
 261   // Reset Hits info
 262   ResetHits();
 263   ResetTrackReferences();
 264
 265 }
 266
 267 //_______________________________________________________________________
 268 void AliMC::PreTrack()
 269 {
 270   // Actions before the track's transport
 271      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 272      AliModule *module;
 273
 274      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 275        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 276          module->PreTrack();
 277
 278      fMCQA->PreTrack();
 279 }
 280
 281 //_______________________________________________________________________
 282 void AliMC::Stepping()
 283 {
 284   //
 285   // Called at every step during transport
 286   //
 287
 288   Int_t id = DetFromMate(gMC->GetMedium());
 289   if (id < 0) return;
 290
 291
 292   if ( gMC->IsNewTrack()            &&
 293        gMC->TrackTime() == 0.       &&
 294        fRDecayMin > 0.              &&
 295        fRDecayMax > fRDecayMin      &&
 296        gMC->TrackPid() == fDecayPdg )
 297   {
 298       FixParticleDecaytime();
 299   }
 300
 301
 302
 303   //
 304   // --- If lego option, do it and leave
 305   if (gAlice->Lego())
 306     gAlice->Lego()->StepManager();
 307   else {
 308     Int_t copy;
 309     //Update energy deposition tables
 310     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
 311     //
 312     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
 313     if (gMC->IsTrackDisappeared()) {
 314         if (gMC->Etot()>0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber());
 315     }
 316
 317     //Call the appropriate stepping routine;
 318     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
 319     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
 320       fMCQA->StepManager(id);
 321       det->StepManager();
 322     }
 323   }
 324 }
 325
 326 //_______________________________________________________________________
 327 void AliMC::EnergySummary()
 328 {
 329   //
 330   // Print summary of deposited energy
 331   //
 332
 333   Int_t ndep=0;
 334   Float_t edtot=0;
 335   Float_t ed, ed2;
 336   Int_t kn, i, left, j, id;
 337   const Float_t kzero=0;
 338   Int_t ievent=gAlice->GetRunLoader()->GetHeader()->GetEvent()+1;
 339   //
 340   // Energy loss information
 341   if(ievent) {
 342     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 343     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 344       ed=fSummEnergy[kn];
 345       if(ed>0) {
 346         fEventEnergy[ndep]=kn;
 347         if(ievent>1) {
 348           ed=ed/ievent;
 349           ed2=fSum2Energy[kn];
 350           ed2=ed2/ievent;
 351           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 352         } else
 353           ed2=99;
 354         fSummEnergy[ndep]=ed;
 355         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
 356         edtot+=ed;
 357         ndep++;
 358       }
 359     }
 360     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 361       left=ndep-kn*3;
 362       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 363         j=kn*3+i;
 364         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 365         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 366       }
 367       printf("\n");
 368     }
 369     //
 370     // Relative energy loss in different detectors
 371     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 372     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 373     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 374       left=ndep-kn*5;
 375       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 376         j=kn*5+i;
 377         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 378         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 379       }
 380       printf("\n");
 381     }
 382     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 383     printf("\n");
 384   }
 385   //
 386   // Reset the TArray's
 387   //  fEventEnergy.Set(0);
 388   //  fSummEnergy.Set(0);
 389   //  fSum2Energy.Set(0);
 390 }
 391
 392 //_____________________________________________________________________________
 393 void AliMC::BeginEvent()
 394 {
 395   //
 396   // Clean-up previous event
 397   // Energy scores
 398   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 399   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 400   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 401   AliDebug(1, "          BEGINNING EVENT               ");
 402   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 403   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 404   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 405
 406     AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 407
 408   /*******************************/
 409   /*   Clean after eventual      */
 410   /*   previous event            */
 411   /*******************************/
 412
 413
 414   //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
 415   gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
 416   runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,
 417   AliDebug(1, Form("EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun()));
 418
 419   fEventEnergy.Reset();
 420     // Clean detector information
 421
 422   if (runloader->Stack())
 423     runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
 424   else
 425     runloader->MakeStack();//or make a new one
 426
 427   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 428    {
 429      AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
 430      runloader->MakeTree("K");
 431    }
 432
 433   AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
 434   gMC->SetStack(gAlice->GetRunLoader()->Stack());//Was in InitMC - but was moved here
 435                                      //because we don't have guarantee that
 436                                      //stack pointer is not going to change from event to event
 437                          //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
 438   //
 439   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
 440   //
 441
 442   runloader->GetHeader()->Reset(gAlice->GetRunNumber(),gAlice->GetEvNumber(),
 443     gAlice->GetEventNrInRun());
 444 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 445
 446   if(gAlice->Lego())
 447    {
 448     gAlice->Lego()->BeginEvent();
 449     return;
 450    }
 451
 452
 453   AliDebug(1, "ResetHits()");
 454   ResetHits();
 455
 456   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
 457   runloader->MakeTree("H");
 458
 459   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
 460   runloader->MakeTrackRefsContainer();//for insurance
 461
 462
 463   //create new branches and SetAdresses
 464   TIter next(gAlice->Modules());
 465   AliModule *detector;
 466   while((detector = (AliModule*)next()))
 467    {
 468     AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
 469     detector->MakeBranch("H");
 470     AliDebug(2, Form("%s->MakeBranchTR()",detector->GetName()));
 471     detector->MakeBranchTR();
 472     AliDebug(2, Form("%s->SetTreeAddress()",detector->GetName()));
 473     detector->SetTreeAddress();
 474    }
 475   // make branch for AliRun track References
 476   TTree * treeTR = runloader->TreeTR();
 477   if (treeTR){
 478     // make branch for central track references
 479     if (!fTrackReferences) fTrackReferences = new TClonesArray("AliTrackReference",0);
 480     TBranch *branch;
 481     branch = treeTR->Branch("AliRun",&fTrackReferences);
 482     branch->SetAddress(&fTrackReferences);
 483   }
 484   //
 485 }
 486
 487 //_______________________________________________________________________
 488 void AliMC::ResetHits()
 489 {
 490   //
 491   //  Reset all Detectors hits
 492   //
 493   TIter next(gAlice->Modules());
 494   AliModule *detector;
 495   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 496      detector->ResetHits();
 497   }
 498 }
 499
 500 //_______________________________________________________________________
 501 void AliMC::PostTrack()
 502 {
 503   // Posts tracks for each module
 504   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 505   AliModule *module;
 506
 507   for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 508     if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 509       module->PostTrack();
 510 }
 511
 512 //_______________________________________________________________________
 513 void AliMC::FinishPrimary()
 514 {
 515   //
 516   // Called  at the end of each primary track
 517   //
 518   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 519   //  static Int_t count=0;
 520   //  const Int_t times=10;
 521   // This primary is finished, purify stack
 522 #if ROOT_VERSION_CODE > 262152
 523   if (!(gMC->SecondariesAreOrdered()))
 524        runloader->Stack()->ReorderKine();
 525 #endif
 526   runloader->Stack()->PurifyKine();
 527
 528   TIter next(gAlice->Modules());
 529   AliModule *detector;
 530   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 531     detector->FinishPrimary();
 532     AliLoader* loader = detector->GetLoader();
 533     if(loader)
 534      {
 535        TTree* treeH = loader->TreeH();
 536        if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
 537      }
 538   }
 539
 540   // Write out track references if any
 541   if (runloader->TreeTR()) runloader->TreeTR()->Fill();
 542 }
 543
 544 //_______________________________________________________________________
 545 void AliMC::FinishEvent()
 546 {
 547   //
 548   // Called at the end of the event.
 549   //
 550
 551   //
 552   if(gAlice->Lego()) gAlice->Lego()->FinishEvent();
 553
 554   TIter next(gAlice->Modules());
 555   AliModule *detector;
 556   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 557     detector->FinishEvent();
 558   }
 559
 560   //Update the energy deposit tables
 561   Int_t i;
 562   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++)
 563    {
 564     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 565     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 566    }
 567
 568   AliRunLoader *runloader=gAlice->GetRunLoader();
 569
 570   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
 571   AliStack* stack = runloader->Stack();
 572   if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
 573    {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
 574     AliFatal("Can not get the stack or header from LOADER");
 575     return;//never reached
 576    }
 577   // Update Header information
 578   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
 579   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
 580
 581
 582   // Write out the kinematics
 583   stack->FinishEvent();
 584
 585   // Write out the event Header information
 586   TTree* treeE = runloader->TreeE();
 587   if (treeE)
 588    {
 589       header->SetStack(stack);
 590       treeE->Fill();
 591    }
 592   else
 593    {
 594     AliError("Can not get TreeE from RL");
 595    }
 596
 597   if(gAlice->Lego() == 0x0)
 598    {
 599      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
 600      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
 601      runloader->WriteHits("OVERWRITE");
 602    }
 603
 604   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 605   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 606   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 607   AliDebug(1, "          FINISHING EVENT               ");
 608   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 609   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 610   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 611 }
 612
 613 //_______________________________________________________________________
 614 void AliMC::Field(const Double_t* x, Double_t* b) const
 615 {
 616   // Calculates field "b" at point "x"
 617     gAlice->Field(x,b);
 618 }
 619
 620 //_______________________________________________________________________
 621 void AliMC::Init()
 622 {
 623   // MC initialization
 624
 625    //=================Create Materials and geometry
 626    gMC->Init();
 627    //Read the cuts for all materials
 628    ReadTransPar();
 629    //Build the special IMEDIA table
 630    MediaTable();
 631
 632    //Compute cross-sections
 633    gMC->BuildPhysics();
 634
 635    //Write Geometry object to current file.
 636    gAlice->GetRunLoader()->WriteGeometry();
 637
 638    //Initialise geometry deposition table
 639    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 640    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 641    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 642
 643    //
 644    fMCQA = new AliMCQA(gAlice->GetNdets());
 645
 646    // Register MC in configuration
 647    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
 648
 649 }
 650
 651 //_______________________________________________________________________
 652 void AliMC::MediaTable()
 653 {
 654   //
 655   // Built media table to get from the media number to
 656   // the detector id
 657   //
 658
 659   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 660   //  Int_t ibeg;
 661   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 662   AliModule *det;
 663   Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
 664   //
 665   // For all detectors
 666   for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
 667     // If detector is defined
 668     if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
 669         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 670         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 671
 672         // Find max and min material number
 673         if((idt=idtmed[nz])) {
 674           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 675           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 676         }
 677       }
 678       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 679         det->LoMedium() = 0;
 680         det->HiMedium() = 0;
 681       } else {
 682         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 683           AliError(Form("Increase fImedia from %d to %d",
 684                         fImedia->GetSize(),det->HiMedium()));
 685           return;
 686         }
 687         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 688         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 689           (*fImedia)[lz]=kz;
 690         }
 691       }
 692     }
 693   }
 694   //
 695   // Print summary table
 696   AliInfo("Tracking media ranges:");
 697   ToAliInfo(
 698   for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
 699     for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
 700       ind=i*6+k;
 701       det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
 702       if(det)
 703         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 704                det->HiMedium());
 705       else
 706         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 707     }
 708     printf("\n");
 709   }
 710   )
 711 }
 712
 713 //_______________________________________________________________________
 714 void AliMC::ReadTransPar()
 715 {
 716   //
 717   // Read filename to set the transport parameters
 718   //
 719
 720
 721   const Int_t kncuts=10;
 722   const Int_t knflags=11;
 723   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
 724   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 725                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 726                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 727                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 728   char line[256];
 729   char detName[7];
 730   char* filtmp;
 731   Float_t cut[kncuts];
 732   Int_t flag[knflags];
 733   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 734   FILE *lun;
 735   //
 736   // See whether the file is there
 737   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
 738   lun=fopen(filtmp,"r");
 739   delete [] filtmp;
 740   if(!lun) {
 741     AliWarning(Form("File %s does not exist!",fTransParName.Data()));
 742     return;
 743   }
 744   //
 745   while(1) {
 746     // Initialise cuts and flags
 747     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
 748     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
 749     itmed=0;
 750     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 751     // Read up to the end of line excluded
 752     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 753     if(iret<0) {
 754       //End of file
 755       fclose(lun);
 756       return;
 757     }
 758     // Read the end of line
 759     fscanf(lun,"%*c");
 760     if(!iret) continue;
 761     if(line[0]=='*') continue;
 762     // Read the numbers
 763     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 764                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 765                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 766                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 767     if(!iret) continue;
 768     if(iret<0) {
 769       //reading error
 770       AliWarning(Form("Error reading file %s",fTransParName.Data()));
 771       continue;
 772     }
 773     // Check that the module exist
 774     AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
 775     if(mod) {
 776       // Get the array of media numbers
 777       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
 778       // Check that the tracking medium code is valid
 779       if(0<=itmed && itmed < 100) {
 780         ktmed=idtmed[itmed];
 781         if(!ktmed) {
 782           AliWarning(Form("Invalid tracking medium code %d for %s",itmed,mod->GetName()));
 783           continue;
 784         }
 785         // Set energy thresholds
 786         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
 787           if(cut[kz]>=0) {
 788             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s",
 789                              kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName()));
 790             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
 791           }
 792         }
 793         // Set transport mechanisms
 794         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
 795           if(flag[kz]>=0) {
 796             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s",
 797                              kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName()));
 798             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
 799           }
 800         }
 801       } else {
 802         AliWarning(Form("Invalid medium code %d",itmed));
 803         continue;
 804       }
 805     } else {
 806       AliDebug(1, Form("%s not present",detName));
 807       continue;
 808     }
 809   }
 810 }
 811
 812 //_______________________________________________________________________
 813 void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
 814 {
 815   //
 816   // Sets the file name for transport parameters
 817   //
 818   fTransParName = filename;
 819 }
 820
 821 //_______________________________________________________________________
 822 void AliMC::Browse(TBrowser *b)
 823 {
 824   //
 825   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 826   // of the Root browser.
 827   // It displays the Root Trees and all detectors.
 828   //
 829   //detectors are in folders anyway
 830   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 831 }
 832
 833 //PH
 834 //_______________________________________________________________________
 835 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 836 {
 837   //
 838   //  Add a hit to detector id
 839   //
 840   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 841   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 842 }
 843
 844 //_______________________________________________________________________
 845 void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 846 {
 847   //
 848   // Add digit to detector id
 849   //
 850   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 851   if(dets[id]) dynamic_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 852 }
 853
 854 //_______________________________________________________________________
 855 Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
 856   //
 857   // Returns current track
 858   //
 859   return gAlice->GetRunLoader()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
 860 }
 861
 862 //_______________________________________________________________________
 863 void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
 864 {
 865   //
 866   // Dumps particle i in the stack
 867   //
 868   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 869    if (runloader->Stack())
 870     runloader->Stack()->DumpPart(i);
 871 }
 872
 873 //_______________________________________________________________________
 874 void AliMC::DumpPStack () const
 875 {
 876   //
 877   // Dumps the particle stack
 878   //
 879   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 880    if (runloader->Stack())
 881     runloader->Stack()->DumpPStack();
 882 }
 883
 884 //_______________________________________________________________________
 885 Int_t AliMC::GetNtrack() const {
 886   //
 887   // Returns number of tracks in stack
 888   //
 889   Int_t ntracks = -1;
 890   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 891    if (runloader->Stack())
 892      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
 893    return ntracks;
 894 }
 895
 896 //_______________________________________________________________________
 897 Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
 898 {
 899   //
 900   // return number of primary that has generated track
 901   //
 902   Int_t nprimary = -999;
 903   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 904   if (runloader->Stack())
 905     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
 906   return nprimary;
 907 }
 908
 909 //_______________________________________________________________________
 910 TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
 911 {
 912   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
 913   // the remaping done by PurifyKine
 914   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 915   if (runloader)
 916    if (runloader->Stack())
 917     return runloader->Stack()->Particle(i);
 918   return 0x0;
 919 }
 920
 921 //_______________________________________________________________________
 922 TObjArray* AliMC::Particles() const {
 923   //
 924   // Returns pointer to Particles array
 925   //
 926   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 927   if (runloader)
 928    if (runloader->Stack())
 929     return runloader->Stack()->Particles();
 930   return 0x0;
 931 }
 932
 933 //_______________________________________________________________________
 934 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
 935                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
 936                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
 937 {
 938 // Delegate to stack
 939 //
 940   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 941   if (runloader)
 942     if (runloader->Stack())
 943       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
 944                                     mech, ntr, weight, is);
 945 }
 946
 947 //_______________________________________________________________________
 948 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
 949                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
 950                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
 951                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
 952                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
 953 {
 954   // Delegate to stack
 955   //
 956   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 957   if (runloader)
 958     if (runloader->Stack())
 959       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
 960                                     polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
 961 }
 962
 963 //_______________________________________________________________________
 964 void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
 965 {
 966     //
 967     // Set high water mark for last track in event
 968   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 969   if (runloader)
 970     if (runloader->Stack())
 971       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
 972 }
 973
 974 //_______________________________________________________________________
 975 void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
 976 {
 977   //
 978   // Delegate to stack
 979   //
 980   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 981   if (runloader)
 982     if (runloader->Stack())
 983       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
 984 }
 985
 986 //_______________________________________________________________________
 987 void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
 988 {
 989   // Delegate to stack
 990   //
 991   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
 992   if (runloader)
 993     if (runloader->Stack())
 994       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
 995 }
 996
 997 //_______________________________________________________________________
 998 void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
 999 {
1000   //
1001   // Set current track number
1002   //
1003   AliRunLoader * runloader = gAlice->GetRunLoader();
1004   if (runloader)
1005     if (runloader->Stack())
1006       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track);
1007 }
1008
1009 //_______________________________________________________________________
1010 void  AliMC::AddTrackReference(Int_t label){
1011   //
1012   // add a trackrefernce to the list
1013   if (!fTrackReferences) {
1014     AliError("Container trackrefernce not active");
1015     return;
1016   }
1017   Int_t nref = fTrackReferences->GetEntriesFast();
1018   TClonesArray &lref = *fTrackReferences;
1019   new(lref[nref]) AliTrackReference(label);
1020 }
1021
1022
1023
1024 //_______________________________________________________________________
1025 void AliMC::ResetTrackReferences()
1026 {
1027   //
1028   //  Reset all  references
1029   //
1030   if (fTrackReferences)   fTrackReferences->Clear();
1031
1032   TIter next(gAlice->Modules());
1033   AliModule *detector;
1034   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
1035      detector->ResetTrackReferences();
1036   }
1037 }
1038
1039 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(Int_t *map)
1040 {
1041   //
1042   // Remapping track reference
1043   // Called at finish primary
1044   //
1045   if (!fTrackReferences) return;
1046   for (Int_t i=0;i<fTrackReferences->GetEntries();i++){
1047     AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTrackReferences->UncheckedAt(i));
1048     if (ref) {
1049       Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
1050       if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
1051       else {
1052         //ref->SetTrack(-1);
1053         ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
1054         fTrackReferences->RemoveAt(i);
1055       }
1056     }
1057   }
1058   fTrackReferences->Compress();
1059 }
1060
1061 void AliMC::FixParticleDecaytime()
1062 {
1063     //
1064     // Fix the particle decay time according to rmin and rmax for decays
1065     //
1066
1067     TLorentzVector p;
1068     gMC->TrackMomentum(p);
1069     Double_t tmin, tmax;
1070     Double_t b;
1071
1072     // Transverse velocity
1073     Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
1074
1075     if ((b = gAlice->Field()->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
1076
1077         // Radius of helix
1078
1079         Double_t rho   = p.Pt() / 0.0003 / b; // [cm]
1080
1081         // Revolution frequency
1082
1083         Double_t omega = vt / rho;
1084
1085         // Maximum and minimum decay time
1086         //
1087         // Check for curlers first
1088         if (fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2. > 1.) return;
1089
1090         //
1091
1092         tmax  = TMath::ACos(1. - fRDecayMax * fRDecayMax / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1093         tmin  = TMath::ACos(1. - fRDecayMin * fRDecayMin / rho / rho / 2.) / omega;   // [ct]
1094     } else {
1095         tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct]
1096         tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
1097     }
1098
1099     //
1100     // Dial t using the two limits
1101     Double_t t = tmin + (tmax - tmin) * gRandom->Rndm();                              // [ct]
1102     //
1103     //
1104     // Force decay time in transport code
1105     //
1106     TGeant3 * geant = (TGeant3*) gMC;
1107     geant->Gcphys()->sumlif = t / p.Beta() / p.Gamma();
1108 }