STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayD.h>
 112 #include <TArrayF.h>
 113 #include <TArrayS.h>
 114 #include <TChain.h>
 115 #include <TFile.h>
 116 #include <TGeoGlobalMagField.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TList.h>
 119 #include <TLorentzVector.h>
 120 #include <TMap.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TPRegexp.h>
 123 #include <TParameter.h>
 124 #include <TPluginManager.h>
 125 #include <TProof.h>
 126 #include <TProofOutputFile.h>
 127 #include <TROOT.h>
 128 #include <TSystem.h>
 129 #include <THashTable.h>
 130 #include <TGrid.h>
 131 #include <TMessage.h>
 132
 133 #include "AliAlignObj.h"
 134 #include "AliCDBEntry.h"
 135 #include "AliCDBManager.h"
 136 #include "AliCDBStorage.h"
 137 #include "AliCTPRawStream.h"
 138 #include "AliCascadeVertexer.h"
 139 #include "AliCentralTrigger.h"
 140 #include "AliCodeTimer.h"
 141 #include "AliDAQ.h"
 142 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 143 #include "AliESDCaloCells.h"
 144 #include "AliESDCaloCluster.h"
 145 #include "AliESDEvent.h"
 146 #include "AliESDMuonTrack.h"
 147 #include "AliESDPmdTrack.h"
 148 #include "AliESDTagCreator.h"
 149 #include "AliESDVertex.h"
 150 #include "AliESDcascade.h"
 151 #include "AliESDfriend.h"
 152 #include "AliESDkink.h"
 153 #include "AliESDpid.h"
 154 #include "AliESDtrack.h"
 155 #include "AliESDtrack.h"
 156 #include "AliEventInfo.h"
 157 #include "AliGRPObject.h"
 158 #include "AliGRPRecoParam.h"
 159 #include "AliGenEventHeader.h"
 160 #include "AliGeomManager.h"
 161 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 162 #include "AliHeader.h"
 163 #include "AliLog.h"
 164 #include "AliMagF.h"
 165 #include "AliMultiplicity.h"
 166 #include "AliPID.h"
 167 #include "AliPlaneEff.h"
 168 #include "AliQAv1.h"
 169 #include "AliQADataMakerRec.h"
 170 #include "AliQAManager.h"
 171 #include "AliRawVEvent.h"
 172 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 173 #include "AliRawHLTManager.h"
 174 #include "AliRawReaderDate.h"
 175 #include "AliRawReaderFile.h"
 176 #include "AliRawReaderRoot.h"
 177 #include "AliReconstruction.h"
 178 #include "AliReconstructor.h"
 179 #include "AliRun.h"
 180 #include "AliRunInfo.h"
 181 #include "AliRunLoader.h"
 182 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 183 #include "AliTrackPointArray.h"
 184 #include "AliTracker.h"
 185 #include "AliTriggerClass.h"
 186 #include "AliTriggerCluster.h"
 187 #include "AliTriggerIR.h"
 188 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 189 #include "AliV0vertexer.h"
 190 #include "AliVertexer.h"
 191 #include "AliVertexerTracks.h"
 192
 193 ClassImp(AliReconstruction)
 194
 195 //_____________________________________________________________________________
 196 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 197
 198 //_____________________________________________________________________________
 199 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 200   TSelector(),
 201   fRunVertexFinder(kTRUE),
 202   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 203   fRunHLTTracking(kFALSE),
 204   fRunMuonTracking(kFALSE),
 205   fRunV0Finder(kTRUE),
 206   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 207   fStopOnError(kFALSE),
 208   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 209   fWriteESDfriend(kFALSE),
 210   fFillTriggerESD(kTRUE),
 211
 212   fCleanESD(kTRUE),
 213   fV0DCAmax(3.),
 214   fV0CsPmin(0.),
 215   fDmax(50.),
 216   fZmax(50.),
 217
 218   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 219   fRunTracking("ALL"),
 220   fFillESD("ALL"),
 221   fLoadCDB(""),
 222   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 223   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 224   fRawInput(""),
 225   fESDOutput(""),
 226   fProofOutputFileName(""),
 227   fProofOutputLocation(""),
 228   fProofOutputDataset(kFALSE),
 229   fProofOutputArchive(""),
 230   fEquipIdMap(""),
 231   fFirstEvent(0),
 232   fLastEvent(-1),
 233   fNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1),
 234   fOptions(),
 235   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 236   fLoadAlignData("ALL"),
 237   fUseHLTData(),
 238   fRunInfo(NULL),
 239   fEventInfo(),
 240   fRunScalers(NULL),
 241
 242   fRunLoader(NULL),
 243   fRawReader(NULL),
 244   fParentRawReader(NULL),
 245
 246   fRecoParam(),
 247
 248   fSPDTrackleter(NULL),
 249
 250   fDiamondProfileSPD(NULL),
 251   fDiamondProfile(NULL),
 252   fDiamondProfileTPC(NULL),
 253   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 254
 255   fGRPData(NULL),
 256
 257   fAlignObjArray(NULL),
 258   fCDBUri(),
 259   fQARefUri(),
 260   fSpecCDBUri(),
 261   fInitCDBCalled(kFALSE),
 262   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 263   fQADetectors("ALL"),
 264   fQATasks("ALL"),
 265   fRunQA(kTRUE),
 266   fRunGlobalQA(kTRUE),
 267   fSameQACycle(kFALSE),
 268   fInitQACalled(kFALSE),
 269   fWriteQAExpertData(kTRUE),
 270   fRunPlaneEff(kFALSE),
 271
 272   fesd(NULL),
 273   fhltesd(NULL),
 274   fesdf(NULL),
 275   ffile(NULL),
 276   ftree(NULL),
 277   fhlttree(NULL),
 278   ftVertexer(NULL),
 279   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 280   fRunAliEVE(kFALSE),
 281   fChain(NULL)
 282 {
 283 // create reconstruction object with default parameters
 284   gGeoManager = NULL;
 285
 286   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 287     fReconstructor[iDet] = NULL;
 288     fLoader[iDet] = NULL;
 289     fTracker[iDet] = NULL;
 290   }
 291   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 292     fQACycles[iDet] = 999999 ;
 293     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ;
 294   }
 295
 296   AliPID pid;
 297 }
 298
 299 //_____________________________________________________________________________
 300 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 301   TSelector(),
 302   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 303   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 304   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 305   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 306   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 307   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 308   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 309   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 310   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 311   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 312
 313   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 314   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 315   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 316   fDmax(rec.fDmax),
 317   fZmax(rec.fZmax),
 318
 319   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 320   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 321   fFillESD(rec.fFillESD),
 322   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
 323   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 324   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 325   fRawInput(rec.fRawInput),
 326   fESDOutput(rec.fESDOutput),
 327   fProofOutputFileName(rec.fProofOutputFileName),
 328   fProofOutputLocation(rec.fProofOutputLocation),
 329   fProofOutputDataset(rec.fProofOutputDataset),
 330   fProofOutputArchive(rec.fProofOutputArchive),
 331   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 332   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 333   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 334   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 335   fOptions(),
 336   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 337   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 338   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 339   fRunInfo(NULL),
 340   fEventInfo(),
 341   fRunScalers(NULL),
 342
 343   fRunLoader(NULL),
 344   fRawReader(NULL),
 345   fParentRawReader(NULL),
 346
 347   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 348
 349   fSPDTrackleter(NULL),
 350
 351   fDiamondProfileSPD(rec.fDiamondProfileSPD),
 352   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
 353   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
 354   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 355
 356   fGRPData(NULL),
 357
 358   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 359   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 360   fQARefUri(rec.fQARefUri),
 361   fSpecCDBUri(),
 362   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 363   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 364   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 365   fQATasks(rec.fQATasks),
 366   fRunQA(rec.fRunQA),
 367   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 368   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 369   fInitQACalled(rec.fInitQACalled),
 370   fWriteQAExpertData(rec.fWriteQAExpertData),
 371   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 372
 373   fesd(NULL),
 374   fhltesd(NULL),
 375   fesdf(NULL),
 376   ffile(NULL),
 377   ftree(NULL),
 378   fhlttree(NULL),
 379   ftVertexer(NULL),
 380   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 381   fRunAliEVE(kFALSE),
 382   fChain(NULL)
 383 {
 384 // copy constructor
 385
 386   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 387     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 388   }
 389   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 390     fReconstructor[iDet] = NULL;
 391     fLoader[iDet] = NULL;
 392     fTracker[iDet] = NULL;
 393   }
 394
 395   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 396     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 397     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 398   }
 399
 400   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 401     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 402   }
 403 }
 404
 405 //_____________________________________________________________________________
 406 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 407 {
 408 // assignment operator
 409 // Used in PROOF mode
 410 // Be very careful while modifing it!
 411 // Simple rules to follow:
 412 // for persistent data members - use their assignment operators
 413 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
 414 // TSelector members should not be touched
 415   if(&rec == this) return *this;
 416
 417   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
 418   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
 419   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
 420   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
 421   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
 422   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
 423   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
 424   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
 425   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
 426   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
 427
 428   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
 429   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
 430   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
 431   fDmax      = rec.fDmax;
 432   fZmax      = rec.fZmax;
 433
 434   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
 435   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
 436   fFillESD                       = rec.fFillESD;
 437   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
 438   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
 439   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
 440   fRawInput                      = rec.fRawInput;
 441   fESDOutput                     = rec.fESDOutput;
 442   fProofOutputFileName           = rec.fProofOutputFileName;
 443   fProofOutputLocation           = rec.fProofOutputLocation;
 444   fProofOutputDataset            = rec.fProofOutputDataset;
 445   fProofOutputArchive            = rec.fProofOutputArchive;
 446   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
 447   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
 448   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
 449   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
 450
 451   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 452     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 453   }
 454
 455   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
 456   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
 457   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 458
 459   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
 460   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
 461
 462   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
 463
 464   delete fRunScalers; fRunScalers = NULL;
 465   if (rec.fRunScalers) fRunScalers = new AliTriggerRunScalers(*rec.fRunScalers);
 466
 467
 468   fRunLoader       = NULL;
 469   fRawReader       = NULL;
 470   fParentRawReader = NULL;
 471
 472   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 473
 474   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 475     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
 476     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
 477     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
 478   }
 479
 480   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 481     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 482     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 483   }
 484
 485   delete fSPDTrackleter; fSPDTrackleter = NULL;
 486
 487   delete fDiamondProfileSPD; fDiamondProfileSPD = NULL;
 488   if (rec.fDiamondProfileSPD) fDiamondProfileSPD = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileSPD);
 489   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
 490   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
 491   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
 492   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
 493
 494   delete fListOfCosmicTriggers; fListOfCosmicTriggers = NULL;
 495   if (rec.fListOfCosmicTriggers) fListOfCosmicTriggers = (THashTable*)((rec.fListOfCosmicTriggers)->Clone());
 496
 497   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
 498   //  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
 499   if (rec.fGRPData) fGRPData = (AliGRPObject*)((rec.fGRPData)->Clone());
 500
 501   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 502
 503   fCDBUri        = "";
 504   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
 505   fSpecCDBUri.Delete();
 506   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
 507   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
 508   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
 509   fQATasks                     = rec.fQATasks;
 510   fRunQA                       = rec.fRunQA;
 511   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
 512   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
 513   fInitQACalled                = rec.fInitQACalled;
 514   fWriteQAExpertData           = rec.fWriteQAExpertData;
 515   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 516
 517   fesd     = NULL;
 518   fhltesd  = NULL;
 519   fesdf    = NULL;
 520   ffile    = NULL;
 521   ftree    = NULL;
 522   fhlttree = NULL;
 523   ftVertexer = NULL;
 524   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
 525   fRunAliEVE = kFALSE;
 526   fChain = NULL;
 527
 528   return *this;
 529 }
 530
 531 //_____________________________________________________________________________
 532 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 533 {
 534 // clean up
 535
 536   CleanUp();
 537   if (fListOfCosmicTriggers) {
 538     fListOfCosmicTriggers->Delete();
 539     delete fListOfCosmicTriggers;
 540   }
 541   delete fGRPData;
 542   delete fRunScalers;
 543   fOptions.Delete();
 544   if (fAlignObjArray) {
 545     fAlignObjArray->Delete();
 546     delete fAlignObjArray;
 547   }
 548   fSpecCDBUri.Delete();
 549
 550   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 551 }
 552
 553 //_____________________________________________________________________________
 554 void AliReconstruction::InitQA()
 555 {
 556   //Initialize the QA and start of cycle
 557   AliCodeTimerAuto("");
 558
 559   if (fInitQACalled) return;
 560   fInitQACalled = kTRUE;
 561
 562   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ;
 563   if (fWriteQAExpertData)
 564     qam->SetWriteExpert() ;
 565
 566   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
 567     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 568     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
 569     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fQARefUri.Data()));
 570     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 571     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
 572   } else {
 573     if (fQARefUri.Length() > 0) {
 574         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 575         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
 576         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 577       } else {
 578         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QAref";
 579         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 580         AliWarning("Default QA refeference storage not yet set !!!!");
 581         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
 582         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 583
 584       }
 585     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
 586   }
 587
 588   if (fRunQA) {
 589   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
 590   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
 591     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;
 592     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
 593   }
 594   if (!fRawReader && !fInput && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS))
 595     fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQAv1::kRAWS), "") ;
 596   qam->SetTasks(fQATasks) ;
 597   qam->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ;
 598   }
 599   if (fRunGlobalQA) {
 600     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
 601     AliQADataMaker *qadm = qam->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
 602     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
 603     if (IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
 604       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 605       TObjArray **arr=qadm->Init(AliQAv1::kRECPOINTS);
 606       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
 607       sameCycle = kTRUE ;
 608     }
 609     if (IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
 610       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 611       qadm->Init(AliQAv1::kESDS);
 612     }
 613   }
 614     AliSysInfo::AddStamp("InitQA") ;
 615 }
 616
 617 //_____________________________________________________________________________
 618 void AliReconstruction::MergeQA(const char *fileName)
 619 {
 620   //Initialize the QA and start of cycle
 621   AliCodeTimerAuto("") ;
 622   AliQAManager::QAManager()->Merge(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),fileName) ;
 623   AliSysInfo::AddStamp("MergeQA") ;
 624 }
 625
 626 //_____________________________________________________________________________
 627 void AliReconstruction::InitCDB()
 628 {
 629 // activate a default CDB storage
 630 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 631 // to retrieve the calibration and alignment constants
 632   AliCodeTimerAuto("");
 633
 634   if (fInitCDBCalled) return;
 635   fInitCDBCalled = kTRUE;
 636
 637   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 638   if (man->IsDefaultStorageSet())
 639   {
 640     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 641     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 642     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 643     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 644     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 645   }
 646   else {
 647     if (fCDBUri.Length() > 0)
 648     {
 649         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 650         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 651         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 652     } else {
 653         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
 654         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 655         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 656         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 657         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 658
 659     }
 660     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 661   }
 662
 663   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 664   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 665     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 666     if (!obj) continue;
 667     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 668     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 669     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 670     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 671   }
 672   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 673 }
 674
 675 //_____________________________________________________________________________
 676 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 677 // Store the desired default CDB storage location
 678 // Activate it later within the Run() method
 679
 680   fCDBUri = uri;
 681
 682 }
 683
 684 //_____________________________________________________________________________
 685 void AliReconstruction::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
 686   // Store the desired default CDB storage location
 687   // Activate it later within the Run() method
 688
 689   fQARefUri = uri;
 690   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
 691
 692 }
 693 //_____________________________________________________________________________
 694 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 695 // Store a detector-specific CDB storage location
 696 // Activate it later within the Run() method
 697
 698   AliCDBPath aPath(calibType);
 699   if(!aPath.IsValid()){
 700         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 701         for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 702                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 703                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 704                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 705                         break;
 706                 }
 707         }
 708         if(!aPath.IsValid()){
 709                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 710                 return;
 711         }
 712   }
 713
 714 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 715 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 716 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 717 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 718 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 719 //      isDetector = kTRUE;
 720 //      break;
 721 //    }
 722 //  }
 723 //
 724 //  if(!isDetector) {
 725 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 726 //      return;
 727 //  }
 728
 729   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 730   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 731   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 732
 733 }
 734
 735 //_____________________________________________________________________________
 736 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 737 {
 738   // The method is called in Run() in order
 739   // to set a correct run number.
 740   // In case of raw data reconstruction the
 741   // run number is taken from the raw data header
 742
 743   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 744   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 745
 746   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 747
 748   if(fRawReader) {
 749     if(fRawReader->NextEvent()) {
 750       if(man->GetRun() > 0) {
 751         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 752       }
 753       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 754       fRawReader->RewindEvents();
 755     }
 756     else {
 757       if(man->GetRun() > 0) {
 758         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
 759       }
 760       else {
 761         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 762         return kFALSE;
 763       }
 764     }
 765   }
 766   else {
 767     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
 768     if (!rl) {
 769       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
 770       return kFALSE;
 771     }
 772     else {
 773       rl->LoadHeader();
 774       // read run number from gAlice
 775       if(rl->GetHeader()) {
 776         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
 777         rl->UnloadHeader();
 778         delete rl;
 779       }
 780       else {
 781         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
 782         delete rl;
 783         return kFALSE;
 784       }
 785     }
 786   }
 787
 788   man->Print();
 789
 790   return kTRUE;
 791 }
 792
 793 //_____________________________________________________________________________
 794 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 795   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 796   // or the default storage or to activate any further storage!
 797
 798   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 799 }
 800
 801 //_____________________________________________________________________________
 802 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 803 {
 804   // Read the alignment objects from CDB.
 805   // Each detector is supposed to have the
 806   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 807   // All the detector objects are then collected,
 808   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 809   // then applied to the TGeo geometry.
 810   // Finally an overlaps check is performed.
 811
 812   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 813   if(fLoadAlignFromCDB){
 814
 815     TString detStr = detectors;
 816     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 817
 818     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 819       if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 820       if(!strcmp(fgkDetectorName[iDet],"HLT")) continue;
 821
 822       if(AliGeomManager::GetNalignable(fgkDetectorName[iDet]) != 0)
 823       {
 824         loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 825         loadAlObjsListOfDets += " ";
 826       }
 827     } // end loop over detectors
 828
 829     if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
 830       loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 831     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 832     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
 833   }else{
 834     // Check if the array with alignment objects was
 835     // provided by the user. If yes, apply the objects
 836     // to the present TGeo geometry
 837     if (fAlignObjArray) {
 838       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 839         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 840           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 841                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 842           return kFALSE;
 843         }
 844       }
 845       else {
 846         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 847         return kFALSE;
 848       }
 849     }
 850   }
 851
 852   if (fAlignObjArray) {
 853     fAlignObjArray->Delete();
 854     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
 855   }
 856
 857   return kTRUE;
 858 }
 859
 860 //_____________________________________________________________________________
 861 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 862 {
 863 // set the name of the galice file
 864
 865   fGAliceFileName = fileName;
 866 }
 867
 868 //_____________________________________________________________________________
 869 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 870 {
 871   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 872   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 873   // file is assumed. One can give as an input:
 874   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 875   //  or
 876   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 877   if (input) fRawInput = input;
 878 }
 879
 880 //_____________________________________________________________________________
 881 void AliReconstruction::SetOutput(const char* output)
 882 {
 883   // Set the output ESD filename
 884   // 'output' is a normalt ROOT url
 885   // The method is used in case of raw-data reco with PROOF
 886   if (output) fESDOutput = output;
 887 }
 888
 889 //_____________________________________________________________________________
 890 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 891 {
 892 // set options for the reconstruction of a detector
 893
 894   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 895   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 896   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 897 }
 898
 899 //_____________________________________________________________________________
 900 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 901 {
 902   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
 903   // Single set of parameters for all the events
 904
 905   // First check if the reco-params are global
 906   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
 907     par->SetAsDefault();
 908     fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,par);
 909     return;
 910   }
 911
 912   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 913     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
 914       par->SetAsDefault();
 915       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
 916       break;
 917     }
 918   }
 919
 920 }
 921
 922 //_____________________________________________________________________________
 923 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
 924   //------------------------------------
 925   // Initialization of the GRP entry
 926   //------------------------------------
 927   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
 928
 929   if (entry) {
 930
 931     TMap* m = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  // old GRP entry
 932
 933     if (m) {
 934        AliInfo("Found a TMap in GRP/GRP/Data, converting it into an AliGRPObject");
 935        m->Print();
 936        fGRPData = new AliGRPObject();
 937        fGRPData->ReadValuesFromMap(m);
 938     }
 939
 940     else {
 941        AliInfo("Found an AliGRPObject in GRP/GRP/Data, reading it");
 942        fGRPData = dynamic_cast<AliGRPObject*>(entry->GetObject());  // new GRP entry
 943        entry->SetOwner(0);
 944     }
 945
 946     //    FIX ME: The unloading of GRP entry is temporarily disabled
 947     //    because ZDC and VZERO are using it in order to initialize
 948     //    their reconstructor objects. In the future one has to think
 949     //    of propagating AliRunInfo to the reconstructors.
 950     //    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
 951   }
 952
 953   if (!fGRPData) {
 954      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
 955      return kFALSE;
 956   }
 957
 958   TString lhcState = fGRPData->GetLHCState();
 959   if (lhcState==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
 960     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
 961     lhcState = "UNKNOWN";
 962   }
 963
 964   TString beamType = fGRPData->GetBeamType();
 965   if (beamType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
 966     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
 967     beamType = "UNKNOWN";
 968   }
 969
 970   Float_t beamEnergy = fGRPData->GetBeamEnergy();
 971   if (beamEnergy==AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
 972     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
 973     beamEnergy = 0;
 974   }
 975   // LHC: "multiply by 120 to get the energy in MeV"
 976   beamEnergy *= 0.120;
 977
 978   TString runType = fGRPData->GetRunType();
 979   if (runType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
 980     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
 981     runType = "UNKNOWN";
 982   }
 983
 984   Int_t activeDetectors = fGRPData->GetDetectorMask();
 985   if (activeDetectors==AliGRPObject::GetInvalidUInt()) {
 986     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
 987     activeDetectors = 1074790399;
 988   }
 989
 990   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
 991   fRunInfo->Dump();
 992
 993
 994   // Process the list of active detectors
 995   if (activeDetectors) {
 996     UInt_t detMask = activeDetectors;
 997     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
 998     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
 999     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
1000     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
1001     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
1002                   fRunLocalReconstruction.Data(),
1003                   fRunTracking.Data(),
1004                   fFillESD.Data(),
1005                   fQADetectors.Data());
1006     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
1007     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSPD")) & 0x1) &&
1008         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSDD")) & 0x1) &&
1009         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSSD")) & 0x1) ) {
1010       // switch off the vertexer
1011       AliInfo("SPD,SDD,SSD is not in the list of active detectors. Vertexer switched off.");
1012       fRunVertexFinder = kFALSE;
1013     }
1014     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("TRG")) & 0x1)) {
1015       // switch off the reading of CTP raw-data payload
1016       if (fFillTriggerESD) {
1017         AliInfo("CTP is not in the list of active detectors. CTP data reading switched off.");
1018         fFillTriggerESD = kFALSE;
1019       }
1020     }
1021   }
1022
1023   AliInfo("===================================================================================");
1024   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
1025   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
1026   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
1027   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
1028   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
1029   AliInfo("===================================================================================");
1030
1031   //*** Dealing with the magnetic field map
1032   if ( TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1033     if (TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()->TestBit(AliMagF::kOverrideGRP)) {
1034       AliInfo("ExpertMode!!! GRP information will be ignored !");
1035       AliInfo("ExpertMode!!! Running with the externally locked B field !");
1036     }
1037     else {
1038       AliInfo("Destroying existing B field instance!");
1039       delete TGeoGlobalMagField::Instance();
1040     }
1041   }
1042   if ( !TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1043     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
1044     Bool_t ok = kTRUE;
1045     // L3
1046     Float_t l3Current = fGRPData->GetL3Current((AliGRPObject::Stats)0);
1047     if (l3Current == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1048       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
1049       ok = kFALSE;
1050     }
1051
1052     Char_t l3Polarity = fGRPData->GetL3Polarity();
1053     if (l3Polarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1054       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
1055       ok = kFALSE;
1056     }
1057
1058     // Dipole
1059     Float_t diCurrent = fGRPData->GetDipoleCurrent((AliGRPObject::Stats)0);
1060     if (diCurrent == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1061       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
1062       ok = kFALSE;
1063     }
1064
1065     Char_t diPolarity = fGRPData->GetDipolePolarity();
1066     if (diPolarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1067       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
1068       ok = kFALSE;
1069     }
1070
1071     // read special bits for the polarity convention and map type
1072     Int_t  polConvention = fGRPData->IsPolarityConventionLHC() ? AliMagF::kConvLHC : AliMagF::kConvDCS2008;
1073     Bool_t uniformB = fGRPData->IsUniformBMap();
1074
1075     if (ok) {
1076       AliMagF* fld = AliMagF::CreateFieldMap(TMath::Abs(l3Current) * (l3Polarity ? -1:1),
1077                                              TMath::Abs(diCurrent) * (diPolarity ? -1:1),
1078                                              polConvention,uniformB,beamEnergy, beamType.Data());
1079       if (fld) {
1080         TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField( fld );
1081         TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1082         AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
1083       }
1084       else AliFatal("Failed to create a B field map !");
1085     }
1086     else AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
1087   }
1088
1089   //*** Get the diamond profiles from OCDB
1090   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1091   if (entry) {
1092     fDiamondProfileSPD = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1093   } else {
1094      AliError("No SPD diamond profile found in OCDB!");
1095   }
1096
1097   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1098   if (entry) {
1099     fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1100   } else {
1101      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1102   }
1103
1104   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1105   if (entry) {
1106     fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1107   } else {
1108      AliError("No TPC diamond profile found in OCDB!");
1109   }
1110
1111   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1112   if (entry) {
1113     fListOfCosmicTriggers = dynamic_cast<THashTable*>(entry->GetObject());
1114     entry->SetOwner(0);
1115     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1116   }
1117
1118   if (!fListOfCosmicTriggers) {
1119     AliWarning("Can not get list of cosmic triggers from OCDB! Cosmic event specie will be effectively disabled!");
1120   }
1121
1122   return kTRUE;
1123 }
1124
1125 //_____________________________________________________________________________
1126 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1127 {
1128   AliCodeTimerAuto("");
1129
1130   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1131
1132   TString detStr = fLoadCDB;
1133   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1134     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1135     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1136   }
1137   return kTRUE;
1138 }
1139 //_____________________________________________________________________________
1140 Bool_t AliReconstruction::LoadTriggerScalersCDB()
1141 {
1142   AliCodeTimerAuto("");
1143
1144   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Scalers");
1145
1146   if (entry) {
1147
1148        AliInfo("Found an AliTriggerRunScalers in GRP/CTP/Scalers, reading it");
1149        fRunScalers = dynamic_cast<AliTriggerRunScalers*> (entry->GetObject());
1150        entry->SetOwner(0);
1151        if (fRunScalers->CorrectScalersOverflow() == 0) AliInfo("32bit Trigger counters corrected for overflow");
1152
1153   }
1154   return kTRUE;
1155 }
1156 //_____________________________________________________________________________
1157 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1158 {
1159   // Run Run Run
1160   AliCodeTimerAuto("");
1161
1162   InitRun(input);
1163   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1164
1165   TChain *chain = NULL;
1166   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1167     Long64_t nEntries = (fLastEvent < 0) ? (TChain::kBigNumber) : (fLastEvent - fFirstEvent + 1);
1168     // Proof mode
1169     if (gProof) {
1170
1171       if (gGrid)
1172         gProof->Exec("TGrid::Connect(\"alien://\")",kTRUE);
1173
1174       TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE);
1175       gProof->Exec("TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE)",kTRUE);
1176
1177       gProof->AddInput(this);
1178
1179       if (!ParseOutput()) return kFALSE;
1180
1181       gProof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", 9999);
1182       chain->SetProof();
1183       chain->Process("AliReconstruction","",nEntries,fFirstEvent);
1184     }
1185     else {
1186       chain->Process(this,"",nEntries,fFirstEvent);
1187     }
1188   }
1189   else {
1190     Begin(NULL);
1191     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1192     SlaveBegin(NULL);
1193     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1194     //******* The loop over events
1195     AliInfo("Starting looping over events");
1196     Int_t iEvent = 0;
1197     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1198            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1199       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1200         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1201         return kFALSE;
1202       }
1203       iEvent++;
1204     }
1205     SlaveTerminate();
1206     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1207     Terminate();
1208     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1209   }
1210
1211   return kTRUE;
1212 }
1213
1214 //_____________________________________________________________________________
1215 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1216 {
1217   AliCodeTimerAuto("");
1218
1219   // Init raw-reader and
1220   // set the input in case of raw data
1221   if (input) fRawInput = input;
1222   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1223   if (!fRawReader)
1224     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1225
1226   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1227     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1228
1229   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1230     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1231     // the specified detectors
1232     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1233     if (pRawReader) {
1234       fParentRawReader=fRawReader;
1235       fRawReader=pRawReader;
1236     } else {
1237       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1238     }
1239   }
1240   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1241 }
1242
1243 //_____________________________________________________________________________
1244 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1245 {
1246   // Initialization of raw-reader,
1247   // run number, CDB etc.
1248   AliCodeTimerAuto("");
1249   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1250
1251   // Initialize raw-reader if any
1252   InitRawReader(input);
1253
1254   // Initialize the CDB storage
1255   InitCDB();
1256
1257   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1258   if (!SetRunNumberFromData()) {
1259     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1260     return;
1261   }
1262
1263   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1264   // or the default storage or to activate any further storage!
1265   SetCDBLock();
1266
1267 }
1268
1269 //_____________________________________________________________________________
1270 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1271 {
1272   // Initialize AlReconstruction before
1273   // going into the event loop
1274   // Should follow the TSelector convention
1275   // i.e. initialize only the object on the client side
1276   AliCodeTimerAuto("");
1277
1278   AliReconstruction *reco = NULL;
1279   if (fInput) {
1280     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1281       *this = *reco;
1282     }
1283     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1284   }
1285
1286   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1287   if (!gGeoManager) {
1288     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1289     geom += "/geometry.root";
1290     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1291     if (!gGeoManager) {
1292       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1293       return;
1294     }
1295     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1296     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1297     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1298       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1299       return;
1300     }
1301     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1302   }
1303
1304   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1305     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1306     return;
1307   }
1308   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1309   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1310
1311   if (!InitGRP()) {
1312     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1313     return;
1314   }
1315   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1316
1317   if (!LoadCDB()) {
1318     Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1319     return;
1320   }
1321   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1322
1323   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
1324     Abort("LoadTriggerScalersCDB", TSelector::kAbortProcess);
1325     return;
1326   }
1327   AliSysInfo::AddStamp("LoadTriggerScalersCDB");
1328
1329
1330   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1331   if (!InitRecoParams()) {
1332     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1333   }
1334   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1335
1336   if (fInput && gProof) {
1337     if (reco) *reco = *this;
1338
1339     gGeoManager->SetName("Geometry");
1340     gProof->AddInputData(gGeoManager,kTRUE);
1341     gGeoManager = NULL;
1342     gProof->AddInputData(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()),kTRUE);
1343     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1344     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1345     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1346     gProof->AddInputData(magFieldMap,kTRUE);
1347   }
1348
1349 }
1350
1351 //_____________________________________________________________________________
1352 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1353 {
1354   // Initialization related to run-loader,
1355   // vertexer, trackers, recontructors
1356   // In proof mode it is executed on the slave
1357   AliCodeTimerAuto("");
1358
1359   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1360   if (fInput) {
1361     if (AliDebugLevel() > 0) fInput->Print();
1362     if (AliDebugLevel() > 10) fInput->Dump();
1363     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1364       *this = *reco;
1365     }
1366     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1367       gGeoManager = tgeo;
1368       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1369     }
1370     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1371       Int_t runNumber = -1;
1372       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1373         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1374         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1375         man->SetLock(kTRUE);
1376         man->Print();
1377       }
1378     }
1379     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1380       AliMagF *newMap = new AliMagF(*map);
1381       if (!newMap->LoadParameterization()) {
1382         Abort("AliMagF::LoadParameterization", TSelector::kAbortProcess);
1383         return;
1384       }
1385       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(newMap);
1386       TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1387     }
1388     if (TNamed *outputFileName = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE"))
1389       fProofOutputFileName = outputFileName->GetTitle();
1390     if (TNamed *outputLocation = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION"))
1391       fProofOutputLocation = outputLocation->GetTitle();
1392     if (fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET"))
1393       fProofOutputDataset = kTRUE;
1394     if (TNamed *archiveList = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE"))
1395       fProofOutputArchive = archiveList->GetTitle();
1396     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
1397         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
1398         fProofOutputArchive.IsNull()) {
1399       if (!fProofOutputDataset) {
1400         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"M");
1401         outProofFile->SetOutputFileName(Form("%s%s",fProofOutputLocation.Data(),fProofOutputFileName.Data()));
1402       }
1403       else {
1404         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"DROV",fProofOutputLocation.Data());
1405       }
1406       if (AliDebugLevel() > 0) outProofFile->Dump();
1407       fOutput->Add(outProofFile);
1408     }
1409     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1410   }
1411
1412   // get the run loader
1413   if (!InitRunLoader()) {
1414     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1415     return;
1416   }
1417   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1418
1419   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1420
1421   // get trackers
1422   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1423     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1424     return;
1425   }
1426   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1427
1428   // create the ESD output file and tree
1429   if (!outProofFile) {
1430     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1431     ffile->SetCompressionLevel(2);
1432     if (!ffile->IsOpen()) {
1433       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1434       return;
1435     }
1436   }
1437   else {
1438     AliInfo(Form("Opening output PROOF file: %s/%s",
1439                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()));
1440     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1441       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1442                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1443             TSelector::kAbortProcess);
1444       return;
1445     }
1446   }
1447
1448   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1449   fesd = new AliESDEvent();
1450   fesd->CreateStdContent();
1451
1452   fesd->WriteToTree(ftree);
1453   if (fWriteESDfriend) {
1454     // careful:
1455     // Since we add the branch manually we must
1456     // book and add it after WriteToTree
1457     // otherwise it is created twice,
1458     // once via writetotree and once here.
1459     // The case for AliESDfriend is now
1460     // caught also in AlIESDEvent::WriteToTree but
1461     // be careful when changing the name (AliESDfriend is not
1462     // a TNamed so we had to hardwire it)
1463     fesdf = new AliESDfriend();
1464     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1465     br->SetFile("AliESDfriends.root");
1466     fesd->AddObject(fesdf);
1467   }
1468   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1469
1470   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1471   fhltesd = new AliESDEvent();
1472   fhltesd->CreateStdContent();
1473
1474   // read the ESD template from CDB
1475   // HLT is allowed to put non-std content to its ESD, the non-std
1476   // objects need to be created before invocation of WriteToTree in
1477   // order to create all branches. Initialization is done from an
1478   // ESD layout template in CDB
1479   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1480   AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
1481   AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
1482   if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
1483       (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
1484     AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
1485     if (pESDLayout) {
1486       // init all internal variables from the list of objects
1487       pESDLayout->GetStdContent();
1488
1489       // copy content and create non-std objects
1490       *fhltesd=*pESDLayout;
1491       fhltesd->Reset();
1492     } else {
1493       AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
1494                     hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
1495     }
1496   }
1497
1498   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1499   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1500
1501   ProcInfo_t procInfo;
1502   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1503   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1504
1505   //QA
1506   //Initialize the QA and start of cycle
1507   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
1508     InitQA() ;
1509
1510   //Initialize the Plane Efficiency framework
1511   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1512     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1513     return;
1514   }
1515
1516   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1517     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1518
1519   return;
1520 }
1521
1522 //_____________________________________________________________________________
1523 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1524 {
1525   // run the reconstruction over a single entry
1526   // from the chain with raw data
1527   AliCodeTimerAuto("");
1528
1529   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1530   AliRawVEvent *event = NULL;
1531   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1532   currTree->GetEntry(entry);
1533   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1534   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
1535   delete fRawReader;
1536   fRawReader = NULL;
1537   delete event;
1538
1539   return fStatus;
1540 }
1541
1542 //_____________________________________________________________________________
1543 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1544 {
1545   if (tree == 0) {
1546     AliError("The input tree is not found!");
1547     return;
1548   }
1549   fChain = tree;
1550 }
1551
1552 //_____________________________________________________________________________
1553 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1554 {
1555   // run the reconstruction over a single event
1556   // The event loop is steered in Run method
1557
1558   AliCodeTimerAuto("");
1559
1560   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1561     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1562     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1563                                    iEvent, iEvent);
1564     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1565     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1566       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1567   }
1568
1569   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1570     return kTRUE;
1571   }
1572
1573   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1574
1575   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1576
1577   // Fill Event-info object
1578   GetEventInfo();
1579   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo,fListOfCosmicTriggers);
1580   AliInfo(Form("Current event specie: %s",fRecoParam.PrintEventSpecie()));
1581
1582   // Set the reco-params
1583   {
1584     TString detStr = fLoadCDB;
1585     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1586       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1587       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1588       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1589         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1590         reconstructor->SetRecoParam(par);
1591         reconstructor->SetEventInfo(&fEventInfo);
1592         if (fRunQA) {
1593           AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(iDet, par) ;
1594           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(par->GetEventSpecie())) ;
1595         }
1596       }
1597     }
1598   }
1599
1600     // QA on single raw
1601   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS)) {
1602     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1603     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;
1604   }
1605     // local single event reconstruction
1606     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1607       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1608       // run HLT event reconstruction first
1609       // ;-( IsSelected changes the string
1610       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1611           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1612         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1613       }
1614       detectors=fRunLocalReconstruction;
1615       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1616       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1617         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1618       }
1619     }
1620
1621     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1622     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1623     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1624     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1625
1626     // Set magnetic field from the tracker
1627     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1628     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1629     //
1630     AliMagF* fld = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1631     if (fld) { // set info needed for field initialization
1632       fesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1633       fesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1634       fesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1635       fesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1636       fesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1637       fesd->SetBInfoStored();
1638       //
1639       fhltesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1640       fhltesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1641       fhltesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1642       fhltesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1643       fhltesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1644       fhltesd->SetBInfoStored();
1645     }
1646     //
1647     // Set most probable pt, for B=0 tracking
1648     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1649     const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors));
1650     if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
1651
1652     // Fill raw-data error log into the ESD
1653     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1654
1655     // vertex finder
1656     if (fRunVertexFinder) {
1657       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1658         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1659       }
1660     }
1661
1662     // For Plane Efficiency: run the SPD trackleter
1663     if (fRunPlaneEff && fSPDTrackleter) {
1664       if (!RunSPDTrackleting(fesd)) {
1665         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1666       }
1667     }
1668
1669     // Muon tracking
1670     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1671       if (fRunMuonTracking) {
1672         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1673           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1674         }
1675       }
1676     }
1677
1678     // barrel tracking
1679     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1680       if (!RunTracking(fesd)) {
1681         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1682       }
1683     }
1684
1685     // fill ESD
1686     if (!fFillESD.IsNull()) {
1687       TString detectors=fFillESD;
1688       // run HLT first and on hltesd
1689       // ;-( IsSelected changes the string
1690       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1691           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1692         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1693       }
1694       detectors=fFillESD;
1695       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1696       if (detectors.Contains("ALL")) {
1697         detectors="";
1698         for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
1699           detectors += fgkDetectorName[idet];
1700           detectors += " ";
1701         }
1702       }
1703       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1704       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1705         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1706       }
1707     }
1708
1709     // fill Event header information from the RawEventHeader
1710     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1711     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
1712
1713     // combined PID
1714     AliESDpid::MakePID(fesd);
1715
1716     if (fFillTriggerESD) {
1717       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1718         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1719       }
1720     }
1721     // Always fill scalers
1722     if (!FillTriggerScalers(fesd)) {
1723        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1724     }
1725
1726
1727     ffile->cd();
1728
1729     //
1730     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1731     //
1732     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1733     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1734     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1735
1736     TObjArray trkArray;
1737     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1738
1739     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1740       const Double_t kMaxStep = 1;   //max step over the material
1741       Bool_t ok;
1742
1743       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1744       if (!track) continue;
1745
1746       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1747            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1748       ok = kFALSE;
1749       if (tpcTrack)
1750         ok = AliTracker::
1751           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
1752
1753       if (ok) {
1754         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1755         selectedIdx[n]=track->GetID();
1756         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1757       }
1758
1759       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1760       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1761
1762       AliTracker::
1763          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
1764       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1765
1766     }
1767
1768     //
1769     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1770     //
1771     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
1772     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
1773       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
1774       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
1775         runVertexFinderTracks=kFALSE;
1776       }
1777     }
1778
1779     if (runVertexFinderTracks) {
1780        // TPC + ITS primary vertex
1781        ftVertexer->SetITSMode();
1782        ftVertexer->SetConstraintOff();
1783        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1784        if (grpRecoParam) {
1785          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1786          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1787          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer);
1788          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1789          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1790          if(fDiamondProfile && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintITS())
1791            ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1792        }
1793        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1794        if (pvtx) {
1795           if (pvtx->GetStatus()) {
1796              fesd->SetPrimaryVertexTracks(pvtx);
1797              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1798                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1799                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1800              }
1801           }
1802        }
1803
1804        // TPC-only primary vertex
1805        ftVertexer->SetTPCMode();
1806        ftVertexer->SetConstraintOff();
1807        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1808        if (grpRecoParam) {
1809          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1810          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1811          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer);
1812          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1813          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1814          if(fDiamondProfileTPC && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintTPC())
1815            ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1816        }
1817        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1818        if (pvtx) {
1819           if (pvtx->GetStatus()) {
1820              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1821              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1822                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1823                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1824              }
1825           }
1826        }
1827
1828     }
1829     delete[] selectedIdx;
1830
1831     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1832
1833
1834     if (fRunV0Finder) {
1835        // V0 finding
1836        AliV0vertexer vtxer;
1837        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1838
1839        if (fRunCascadeFinder) {
1840           // Cascade finding
1841           AliCascadeVertexer cvtxer;
1842           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1843        }
1844     }
1845
1846     // write ESD
1847     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1848
1849   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
1850     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1851     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fesd) ;
1852   }
1853   if (fRunGlobalQA) {
1854     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
1855       qadm->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1856     if (qadm && IsInTasks(AliQAv1::kESDS))
1857       qadm->Exec(AliQAv1::kESDS, fesd);
1858   }
1859
1860     if (fWriteESDfriend) {
1861       //      fesdf->~AliESDfriend();
1862       //  new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1863       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1864     }
1865     ftree->Fill();
1866
1867     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
1868     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
1869       ftree->AutoSave("SaveSelf");
1870       TFile *friendfile = (TFile *)(gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("AliESDfriends.root"));
1871       if (friendfile) friendfile->Save();
1872     }
1873
1874     // write HLT ESD
1875     fhlttree->Fill();
1876
1877     // call AliEVE
1878     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1879
1880     fesd->Reset();
1881     fhltesd->Reset();
1882     if (fWriteESDfriend) {
1883       fesdf->~AliESDfriend();
1884       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1885     }
1886
1887     ProcInfo_t procInfo;
1888     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1889     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1890
1891     fEventInfo.Reset();
1892     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1893       if (fReconstructor[iDet]) {
1894         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
1895         fReconstructor[iDet]->SetEventInfo(NULL);
1896       }
1897       if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetEventInfo(NULL);
1898     }
1899
1900   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
1901     AliQAManager::QAManager()->Increment() ;
1902
1903     return kTRUE;
1904 }
1905
1906 //_____________________________________________________________________________
1907 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
1908 {
1909   // Finalize the run on the slave side
1910   // Called after the exit
1911   // from the event loop
1912   AliCodeTimerAuto("");
1913
1914   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1915     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1916     fRunLoader->CdGAFile();
1917     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1918   }
1919
1920   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
1921   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
1922
1923    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
1924    cdbMapCopy->SetOwner(1);
1925    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
1926    TIter iter(cdbMap->GetTable());
1927
1928    TPair* pair = 0;
1929    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
1930          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
1931          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
1932          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
1933    }
1934
1935    TList *cdbListCopy = new TList();
1936    cdbListCopy->SetOwner(1);
1937    cdbListCopy->SetName("cdbList");
1938
1939    TIter iter2(cdbList);
1940
1941         AliCDBId* id=0;
1942         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
1943          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
1944    }
1945
1946    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
1947    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1948
1949
1950   ffile->cd();
1951
1952   if (fWriteESDfriend)
1953     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1954   // we want to have only one tree version number
1955   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1956   fhlttree->Write(fhlttree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1957
1958 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1959   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1960    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1961   }
1962
1963   // End of cycle for the in-loop
1964   if (fRunQA)
1965     AliQAManager::QAManager()->EndOfCycle() ;
1966
1967   if (fRunGlobalQA) {
1968     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
1969     if (qadm) {
1970       if (IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS))
1971         qadm->EndOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS);
1972       if (IsInTasks(AliQAv1::kESDS))
1973         qadm->EndOfCycle(AliQAv1::kESDS);
1974       qadm->Finish();
1975     }
1976   }
1977
1978   if (fRunQA || fRunGlobalQA) {
1979     if (fInput &&
1980         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
1981         fProofOutputArchive.IsNull() &&
1982         !fProofOutputDataset) {
1983       TString qaOutputFile(Form("%sMerged.%s.Data.root",
1984                                 fProofOutputLocation.Data(),
1985                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
1986       TProofOutputFile *qaProofFile = new TProofOutputFile(Form("Merged.%s.Data.root",
1987                                                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
1988       qaProofFile->SetOutputFileName(qaOutputFile.Data());
1989       if (AliDebugLevel() > 0) qaProofFile->Dump();
1990       fOutput->Add(qaProofFile);
1991       MergeQA(qaProofFile->GetFileName());
1992     }
1993     else {
1994       MergeQA();
1995     }
1996   }
1997
1998   gROOT->cd();
1999   CleanUp();
2000
2001   if (fInput) {
2002     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
2003         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
2004         fProofOutputDataset &&
2005         !fProofOutputArchive.IsNull()) {
2006       TProofOutputFile *zipProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),
2007                                                             "DROV",
2008                                                             fProofOutputLocation.Data());
2009       if (AliDebugLevel() > 0) zipProofFile->Dump();
2010       fOutput->Add(zipProofFile);
2011       TString fileList(fProofOutputArchive.Data());
2012       fileList.ReplaceAll(","," ");
2013       TString command;
2014 #if ROOT_SVN_REVISION >= 30174
2015       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(kTRUE),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2016 #else
2017       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2018 #endif
2019       AliInfo(Form("Executing: %s",command.Data()));
2020       gSystem->Exec(command.Data());
2021     }
2022   }
2023 }
2024
2025 //_____________________________________________________________________________
2026 void AliReconstruction::Terminate()
2027 {
2028   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
2029   // In case of empty events the tags will contain dummy values
2030   AliCodeTimerAuto("");
2031
2032   // Do not call the ESD tag creator in case of PROOF-based reconstruction
2033   if (!fInput) {
2034     AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
2035     esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData, AliQAv1::Instance()->GetQA(), AliQAv1::Instance()->GetEventSpecies(), AliQAv1::kNDET, AliRecoParam::kNSpecies);
2036   }
2037
2038   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
2039   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
2040 }
2041
2042 //_____________________________________________________________________________
2043 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
2044 {
2045 // run the local reconstruction
2046
2047   static Int_t eventNr=0;
2048   AliCodeTimerAuto("")
2049
2050   TString detStr = detectors;
2051   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2052     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2053     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2054     if (!reconstructor) continue;
2055     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
2056     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
2057     // although the HLT loader is missing
2058     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
2059       if (fRawReader) {
2060         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
2061       } else {
2062         TTree* dummy=NULL;
2063         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
2064       }
2065       continue;
2066     }
2067     if (!loader) {
2068       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
2069       continue;
2070     }
2071     // conversion of digits
2072     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
2073       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2074                    fgkDetectorName[iDet]));
2075 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2076 //                            fgkDetectorName[iDet]));
2077       loader->LoadDigits("update");
2078       loader->CleanDigits();
2079       loader->MakeDigitsContainer();
2080       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2081       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
2082       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
2083       loader->UnloadDigits();
2084     }
2085     // local reconstruction
2086     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2087     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2088     loader->LoadRecPoints("update");
2089     loader->CleanRecPoints();
2090     loader->MakeRecPointsContainer();
2091     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
2092     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2093       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
2094     } else {
2095       loader->LoadDigits("read");
2096       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2097       if (!digitsTree) {
2098         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
2099         if (fStopOnError) return kFALSE;
2100       } else {
2101         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
2102         if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kDIGITSR)) {
2103           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2104           AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, digitsTree) ;
2105         }
2106       }
2107       loader->UnloadDigits();
2108     }
2109                 if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
2110       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2111                         AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
2112     }
2113     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
2114     loader->UnloadRecPoints();
2115     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
2116   }
2117   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2118     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2119                   detStr.Data()));
2120     if (fStopOnError) return kFALSE;
2121   }
2122   eventNr++;
2123   return kTRUE;
2124 }
2125 //_____________________________________________________________________________
2126 Bool_t AliReconstruction::RunSPDTrackleting(AliESDEvent*& esd)
2127 {
2128 // run the SPD trackleting (for SPD efficiency purpouses)
2129
2130   AliCodeTimerAuto("")
2131
2132   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
2133   Double_t vtxErr[3] = {0.0, 0.0, 0.0};
2134 /*
2135   TArrayF mcVertex(3);
2136   // if(MC)
2137   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
2138     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
2139     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
2140   }
2141 */
2142   const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2143   if(!vertex){
2144     AliWarning("Vertex not found");
2145     return kFALSE;
2146   }
2147   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2148   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2149   if (fSPDTrackleter) {
2150     AliInfo("running the SPD Trackleter for Plane Efficiency Evaluation");
2151
2152     // load clusters
2153     fLoader[0]->LoadRecPoints("read");
2154     TTree* tree = fLoader[0]->TreeR();
2155     if (!tree) {
2156       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2157       return kFALSE;
2158     }
2159     fSPDTrackleter->LoadClusters(tree);
2160     fSPDTrackleter->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2161     // run trackleting
2162     if (fSPDTrackleter->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2163       AliError("AliITSTrackleterSPDEff Clusters2Tracks failed");
2164      // fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2165       return kFALSE;
2166     }
2167 //fSPDTrackleter->UnloadRecPoints();
2168   } else {
2169     AliWarning("SPDTrackleter not available");
2170     return kFALSE;
2171   }
2172   return kTRUE;
2173 }
2174
2175 //_____________________________________________________________________________
2176 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
2177 {
2178 // run the barrel tracking
2179
2180   AliCodeTimerAuto("")
2181
2182   AliVertexer *vertexer = CreateVertexer();
2183   if (!vertexer) return kFALSE;
2184
2185   AliInfo("running the ITS vertex finder");
2186   AliESDVertex* vertex = NULL;
2187   if (fLoader[0]) {
2188     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2189     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2190     if (cltree) {
2191       if(fDiamondProfileSPD) vertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2192       vertex = vertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
2193     }
2194     else {
2195       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2196     }
2197     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2198   }
2199   else {
2200     AliError("Can't get the ITS loader");
2201   }
2202   if(!vertex){
2203     AliWarning("Vertex not found");
2204     vertex = new AliESDVertex();
2205     vertex->SetName("default");
2206   }
2207   else {
2208     vertex->SetName("reconstructed");
2209   }
2210
2211   Double_t vtxPos[3];
2212   Double_t vtxErr[3];
2213   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2214   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2215
2216   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
2217   AliESDVertex *vpileup = NULL;
2218   Int_t novertices = 0;
2219   vpileup = vertexer->GetAllVertices(novertices);
2220   if(novertices>1){
2221     for (Int_t kk=1; kk<novertices; kk++)esd->AddPileupVertexSPD(&vpileup[kk]);
2222   }
2223   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
2224   AliMultiplicity *mult = vertexer->GetMultiplicity();
2225   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
2226
2227   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2228     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2229   }
2230   delete vertex;
2231
2232   delete vertexer;
2233
2234   return kTRUE;
2235 }
2236
2237 //_____________________________________________________________________________
2238 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
2239 {
2240 // run the HLT barrel tracking
2241
2242   AliCodeTimerAuto("")
2243
2244   if (!fRunLoader) {
2245     AliError("Missing runLoader!");
2246     return kFALSE;
2247   }
2248
2249   AliInfo("running HLT tracking");
2250
2251   // Get a pointer to the HLT reconstructor
2252   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2253   if (!reconstructor) return kFALSE;
2254
2255   // TPC + ITS
2256   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2257     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2258     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
2259     reconstructor->SetOption(detName.Data());
2260     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
2261     if (!tracker) {
2262       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
2263       if (fStopOnError) return kFALSE;
2264       continue;
2265     }
2266     Double_t vtxPos[3];
2267     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
2268     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2269     vertex->GetXYZ(vtxPos);
2270     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
2271     if(iDet != 1) {
2272       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2273       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2274       if (!tree) {
2275         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
2276         return kFALSE;
2277       }
2278       tracker->LoadClusters(tree);
2279     }
2280     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2281       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2282       return kFALSE;
2283     }
2284     if(iDet != 1) {
2285       tracker->UnloadClusters();
2286     }
2287     delete tracker;
2288   }
2289
2290   return kTRUE;
2291 }
2292
2293 //_____________________________________________________________________________
2294 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2295 {
2296 // run the muon spectrometer tracking
2297
2298   AliCodeTimerAuto("")
2299
2300   if (!fRunLoader) {
2301     AliError("Missing runLoader!");
2302     return kFALSE;
2303   }
2304   Int_t iDet = 7; // for MUON
2305
2306   AliInfo("is running...");
2307
2308   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2309   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2310   if (!reconstructor) return kFALSE;
2311
2312
2313   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2314   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2315   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2316   if (!tracker) {
2317     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2318     return kFALSE;
2319   }
2320
2321   // read RecPoints
2322   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2323
2324   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2325
2326   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2327
2328   if ( rv )
2329   {
2330     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2331     return kFALSE;
2332   }
2333
2334   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2335
2336   tracker->UnloadClusters();
2337
2338   delete tracker;
2339
2340   return kTRUE;
2341 }
2342
2343
2344 //_____________________________________________________________________________
2345 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
2346 {
2347 // run the barrel tracking
2348   static Int_t eventNr=0;
2349   AliCodeTimerAuto("")
2350
2351   AliInfo("running tracking");
2352
2353   // Set the event info which is used
2354   // by the trackers in order to obtain
2355   // information about read-out detectors,
2356   // trigger etc.
2357   AliDebug(1, "Setting event info");
2358   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2359     if (!fTracker[iDet]) continue;
2360     fTracker[iDet]->SetEventInfo(&fEventInfo);
2361   }
2362
2363   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
2364   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2365     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2366     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2367     if (treeR) {
2368       GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2369     }
2370   }
2371
2372   // pass 1: TPC + ITS inwards
2373   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2374     if (!fTracker[iDet]) continue;
2375     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2376
2377     // load clusters
2378     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2379     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2380     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2381     if (!tree) {
2382       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2383       return kFALSE;
2384     }
2385     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2386     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2387     // run tracking
2388     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2389       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2390       return kFALSE;
2391     }
2392     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2393     if (iDet == 1) {
2394       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2395       AliESDpid::MakePID(esd);
2396     }
2397     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2398   }
2399
2400   // pass 2: ALL backwards
2401
2402   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2403     if (!fTracker[iDet]) continue;
2404     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2405
2406     // load clusters
2407     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2408       TTree* tree = NULL;
2409       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2410       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2411       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2412       if (!tree) {
2413         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2414         return kFALSE;
2415       }
2416       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2417       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2418     }
2419
2420     // run tracking
2421     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2422       if (fRunGlobalQA) {
2423         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2424         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2425         if (arr) {
2426           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2427           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2428           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2429             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2430             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2431           }
2432         }
2433       }
2434     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2435       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2436       //      return kFALSE;
2437     }
2438
2439     // unload clusters
2440     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2441       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2442       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2443     }
2444     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2445     if (iDet == 1) {
2446       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2447       AliESDpid::MakePID(esd);
2448     }
2449     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2450   }
2451   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2452   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2453
2454   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2455
2456   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2457     if (!fTracker[iDet]) continue;
2458     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2459
2460     // run tracking
2461     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2462       if (fRunGlobalQA) {
2463         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2464         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2465         if (arr) {
2466           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2467           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2468           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2469             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2470             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2471           }
2472         }
2473       }
2474
2475     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2476       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2477       //      return kFALSE;
2478     }
2479     // run postprocessing
2480     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2481       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2482       //      return kFALSE;
2483     }
2484     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2485   }
2486
2487   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2488   // is switched on
2489   if (fWriteAlignmentData)
2490     WriteAlignmentData(esd);
2491
2492   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2493     if (!fTracker[iDet]) continue;
2494     // unload clusters
2495     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2496     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2497     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2498     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2499   }
2500   // stop filling residuals for TPC and ITS
2501   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2502
2503   eventNr++;
2504   return kTRUE;
2505 }
2506
2507 //_____________________________________________________________________________
2508 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2509   //
2510   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2511   //
2512
2513   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2514   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2515   AliInfo
2516   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2517
2518   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
2519   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
2520
2521   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2522   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2523   AliInfo
2524   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
2525
2526   return rc;
2527 }
2528
2529 //_____________________________________________________________________________
2530 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
2531 {
2532 // fill the event summary data
2533
2534   AliCodeTimerAuto("")
2535     static Int_t eventNr=0;
2536   TString detStr = detectors;
2537
2538   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2539   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2540     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2541     if (!reconstructor) continue;
2542     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2543     TTree* clustersTree = NULL;
2544     if (fLoader[iDet]) {
2545       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2546       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
2547       if (!clustersTree) {
2548         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
2549                       fgkDetectorName[iDet]));
2550         if (fStopOnError) return kFALSE;
2551       }
2552     }
2553     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2554       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
2555     } else {
2556       TTree* digitsTree = NULL;
2557       if (fLoader[iDet]) {
2558         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
2559         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
2560         if (!digitsTree) {
2561           AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
2562                         fgkDetectorName[iDet]));
2563           if (fStopOnError) return kFALSE;
2564         }
2565       }
2566       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
2567       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
2568     }
2569     if (fLoader[iDet]) {
2570       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2571     }
2572   }
2573
2574   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2575     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2576                   detStr.Data()));
2577     if (fStopOnError) return kFALSE;
2578   }
2579   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2580   eventNr++;
2581   return kTRUE;
2582 }
2583
2584 //_____________________________________________________________________________
2585 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2586 {
2587   // Reads the trigger decision which is
2588   // stored in Trigger.root file and fills
2589   // the corresponding esd entries
2590
2591   AliCodeTimerAuto("")
2592
2593   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2594
2595   if (fRawReader) {
2596     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2597     if (!input.Next()) {
2598       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
2599     }
2600     else {
2601       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
2602         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
2603                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
2604       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
2605         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
2606                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
2607       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
2608         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
2609                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
2610       AliESDHeader* esdheader = esd->GetHeader();
2611       esdheader->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
2612       esdheader->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
2613       esdheader->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
2614       // IR
2615       UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
2616        for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ )
2617           if(TMath::Abs(Int_t(orbit-(input.GetIR(i))->GetOrbit()))<=1){
2618              esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
2619           }
2620     }
2621   }
2622   return kTRUE;
2623 }
2624 //_____________________________________________________________________________
2625 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerScalers(AliESDEvent*& esd)
2626 {
2627   //Scalers
2628   //fRunScalers->Print();
2629   if(fRunScalers && fRunScalers->CheckRunScalers()){
2630      AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(esd->GetOrbitNumber(), esd->GetPeriodNumber(), esd->GetBunchCrossNumber());
2631      //AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(10308000, 0, (ULong64_t)486238);
2632      AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
2633      for(Int_t i=0;i<50;i++){
2634           if((1<<i) & esd->GetTriggerMask()){
2635           AliTriggerScalersESD* scalesd = fRunScalers->GetScalersForEventClass( timestamp, i+1);
2636           if(scalesd)esdheader->SetTriggerScalersRecord(scalesd);
2637         }
2638      }
2639   }
2640   return kTRUE;
2641 }
2642 //_____________________________________________________________________________
2643 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2644 {
2645   //
2646   // Filling information from RawReader Header
2647   //
2648
2649   if (!fRawReader) return kFALSE;
2650
2651   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2652
2653   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
2654   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
2655   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
2656
2657   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
2658   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
2659
2660   return kTRUE;
2661 }
2662
2663
2664 //_____________________________________________________________________________
2665 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2666 {
2667 // check whether detName is contained in detectors
2668 // if yes, it is removed from detectors
2669
2670   // check if all detectors are selected
2671   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2672       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2673       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2674       detectors.Contains(" ALL ")) {
2675     detectors = "ALL";
2676     return kTRUE;
2677   }
2678
2679   // search for the given detector
2680   Bool_t result = kFALSE;
2681   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2682       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2683       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2684       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2685     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2686     result = kTRUE;
2687   }
2688
2689   // clean up the detectors string
2690   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2691   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2692   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2693
2694   return result;
2695 }
2696
2697 //_____________________________________________________________________________
2698 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2699 {
2700 // get or create the run loader
2701
2702   if (gAlice) delete gAlice;
2703   gAlice = NULL;
2704
2705   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2706     // load all base libraries to get the loader classes
2707     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2708     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2709       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2710       if (detName == "HLT") continue;
2711       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2712       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2713     }
2714     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2715     if (!fRunLoader) {
2716       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2717       CleanUp();
2718       return kFALSE;
2719     }
2720
2721     fRunLoader->CdGAFile();
2722     fRunLoader->LoadgAlice();
2723
2724     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2725     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2726     fRunLoader->LoadHeader();
2727     fRunLoader->LoadKinematics();
2728
2729   } else {               // galice.root does not exist
2730     if (!fRawReader) {
2731       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2732     }
2733     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2734                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2735                                     "recreate");
2736     if (!fRunLoader) {
2737       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
2738                     fGAliceFileName.Data()));
2739       CleanUp();
2740       return kFALSE;
2741     }
2742     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2743     fRunLoader->MakeTree("E");
2744
2745     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2746       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2747     else
2748       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2749   }
2750
2751   return kTRUE;
2752 }
2753
2754 //_____________________________________________________________________________
2755 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2756 {
2757 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2758
2759   if (fReconstructor[iDet]) {
2760     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2761       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2762       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
2763       fReconstructor[iDet]->SetRunInfo(fRunInfo);
2764     }
2765     return fReconstructor[iDet];
2766   }
2767
2768   // load the reconstructor object
2769   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2770   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2771   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2772
2773   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2774
2775   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2776   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2777   TPluginHandler* pluginHandler =
2778     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2779   // if not, add a plugin for it
2780   if (!pluginHandler) {
2781     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2782     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2783     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2784         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2785       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2786                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2787     } else {
2788       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2789                                 recName, detName, recName + "()");
2790     }
2791     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2792   }
2793   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2794     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2795   }
2796   if (reconstructor) {
2797     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2798     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2799     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
2800     reconstructor->Init();
2801     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2802   }
2803
2804   // get or create the loader
2805   if (detName != "HLT") {
2806     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2807     if (!fLoader[iDet]) {
2808       AliConfig::Instance()
2809         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
2810                                 detName, detName);
2811       // first check if a plugin is defined for the loader
2812       pluginHandler =
2813         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2814       // if not, add a plugin for it
2815       if (!pluginHandler) {
2816         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2817         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2818         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
2819                                   loaderName, detName + "base",
2820                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2821         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2822       }
2823       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2824         fLoader[iDet] =
2825           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
2826                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2827       }
2828       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2829         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2830       }
2831       if (!fLoader[iDet]) {
2832         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2833         if (fStopOnError) return NULL;
2834       } else {
2835         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2836         fRunLoader->CdGAFile();
2837         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2838         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2839       }
2840     }
2841   }
2842
2843   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2844     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2845     reconstructor->SetRecoParam(par);
2846     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
2847   }
2848   return reconstructor;
2849 }
2850
2851 //_____________________________________________________________________________
2852 AliVertexer* AliReconstruction::CreateVertexer()
2853 {
2854 // create the vertexer
2855 // Please note that the caller is the owner of the
2856 // vertexer
2857
2858   AliVertexer* vertexer = NULL;
2859   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2860   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) || fRunTracking.Contains("ITS"))) {
2861     vertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2862   }
2863   if (!vertexer) {
2864     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2865   }
2866
2867   return vertexer;
2868 }
2869
2870 //_____________________________________________________________________________
2871 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2872 {
2873 // create the trackers
2874         AliInfo("Creating trackers");
2875
2876   TString detStr = detectors;
2877   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2878     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2879     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2880     if (!reconstructor) continue;
2881     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2882     if (detName == "HLT") {
2883       fRunHLTTracking = kTRUE;
2884       continue;
2885     }
2886     if (detName == "MUON") {
2887       fRunMuonTracking = kTRUE;
2888       continue;
2889     }
2890
2891
2892     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2893     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2894       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2895       if (fStopOnError) return kFALSE;
2896     }
2897     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2898   }
2899
2900   return kTRUE;
2901 }
2902
2903 //_____________________________________________________________________________
2904 void AliReconstruction::CleanUp()
2905 {
2906 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2907
2908   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2909     delete fReconstructor[iDet];
2910     fReconstructor[iDet] = NULL;
2911     fLoader[iDet] = NULL;
2912     delete fTracker[iDet];
2913     fTracker[iDet] = NULL;
2914   }
2915   delete fRunInfo;
2916   fRunInfo = NULL;
2917
2918   delete fSPDTrackleter;
2919   fSPDTrackleter = NULL;
2920
2921   delete ftVertexer;
2922   ftVertexer = NULL;
2923
2924   delete fRunLoader;
2925   fRunLoader = NULL;
2926   delete fRawReader;
2927   fRawReader = NULL;
2928   delete fParentRawReader;
2929   fParentRawReader=NULL;
2930
2931   if (ffile) {
2932     ffile->Close();
2933     delete ffile;
2934     ffile = NULL;
2935   }
2936
2937   if (AliQAManager::QAManager())
2938     AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ;
2939   AliQAManager::Destroy() ;
2940
2941 }
2942
2943 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2944 {
2945   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2946   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
2947
2948   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2949   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2950     {
2951       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2952       Int_t nsp = 0;
2953       Int_t idx[200];
2954       for (Int_t i=0; i<200; ++i) idx[i] = -1; //PH avoid uninitialized values
2955       for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
2956           nsp += track->GetNcls(iDet);
2957
2958           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
2959              track->GetClusters(iDet,idx);
2960              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
2961           }
2962       }
2963
2964       if (nsp) {
2965         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2966         track->SetTrackPointArray(sp);
2967         Int_t isptrack = 0;
2968         for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {
2969           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2970           if (!tracker) continue;
2971           Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
2972
2973           if (iDet==0) // ITS "extra" clusters
2974              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
2975
2976           if (nspdet <= 0) continue;
2977           AliTrackPoint p;
2978           Int_t isp = 0;
2979           Int_t isp2 = 0;
2980           while (isp2 < nspdet) {
2981             Bool_t isvalid=kTRUE;
2982
2983             Int_t index=idx[isp++];
2984             if (index < 0) continue;
2985
2986             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2987             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2988             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2989             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2990             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2991               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
2992             } else {
2993               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
2994             }
2995             isp2++;
2996             if (!isvalid) continue;
2997             if (iDet==0 && (isp-1)>=6) p.SetExtra();
2998             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
2999           }
3000         }
3001       }
3002     }
3003 }
3004
3005 //_____________________________________________________________________________
3006 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
3007 {
3008   // The method reads the raw-data error log
3009   // accumulated within the rawReader.
3010   // It extracts the raw-data errors related to
3011   // the current event and stores them into
3012   // a TClonesArray inside the esd object.
3013
3014   if (!fRawReader) return;
3015
3016   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
3017
3018     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
3019     if (!log) continue;
3020     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
3021
3022     esd->AddRawDataErrorLog(log);
3023   }
3024
3025 }
3026
3027 //_____________________________________________________________________________
3028 void AliReconstruction::CheckQA()
3029 {
3030 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
3031 // with status Fatal
3032
3033 //      TString newRunLocalReconstruction ;
3034 //      TString newRunTracking ;
3035 //      TString newFillESD ;
3036 //
3037 //      for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
3038 //              TString detName(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ;
3039 //              AliQAv1 * qa = AliQAv1::Instance(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
3040 //      if ( qa->IsSet(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQAv1::kSIM, specie, AliQAv1::kFATAL)) {
3041 //        AliInfo(Form("QA status for %s %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed",
3042 //                   detName.Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(es))) ;
3043 //                      } else {
3044 //                      if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3045 //                                      fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
3046 //                              newRunLocalReconstruction += detName ;
3047 //                              newRunLocalReconstruction += " " ;
3048 //                      }
3049 //                      if ( fRunTracking.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3050 //                                      fRunTracking.Contains("ALL") )  {
3051 //                              newRunTracking += detName ;
3052 //                              newRunTracking += " " ;
3053 //                      }
3054 //                      if ( fFillESD.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3055 //                                      fFillESD.Contains("ALL") )  {
3056 //                              newFillESD += detName ;
3057 //                              newFillESD += " " ;
3058 //                      }
3059 //              }
3060 //      }
3061 //      fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
3062 //      fRunTracking            = newRunTracking ;
3063 //      fFillESD                = newFillESD ;
3064 }
3065
3066 //_____________________________________________________________________________
3067 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
3068 {
3069   // return the detector index corresponding to detector
3070   Int_t index = -1 ;
3071   for (index = 0; index < kNDetectors ; index++) {
3072     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
3073         break ;
3074   }
3075   return index ;
3076 }
3077 //_____________________________________________________________________________
3078 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
3079  //
3080  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
3081  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
3082  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
3083  //
3084  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
3085  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3086  //
3087  //  Input: none
3088  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3089  //
3090  Bool_t ret=kFALSE;
3091  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
3092  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
3093    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3094    if(fTracker[iDet] && fTracker[iDet]->GetPlaneEff()) {
3095       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
3096       TString name=planeeff->GetName();
3097       name+=".root";
3098       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3099       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3100       pefile->Close();
3101       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
3102         TString hname=planeeff->GetName();
3103         hname+="Histo.root";
3104         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
3105       }
3106    }
3107    if(fSPDTrackleter) {
3108      AliPlaneEff *planeeff=fSPDTrackleter->GetPlaneEff();
3109       TString name="AliITSPlaneEffSPDtracklet.root";
3110       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3111       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3112       pefile->Close();
3113       AliESDEvent *dummy=NULL;
3114       ret=(Bool_t)fSPDTrackleter->PostProcess(dummy); // take care of writing other files
3115    }
3116  }
3117  return ret;
3118 }
3119 //_____________________________________________________________________________
3120 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
3121 //
3122  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
3123  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
3124  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
3125  // which should be updated/recalculated.
3126  //
3127  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
3128  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3129  //
3130  //  Input: none
3131  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3132  //
3133  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet completed !! Method return kTRUE"));
3134
3135   fSPDTrackleter = NULL;
3136   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3137   if (itsReconstructor) {
3138     fSPDTrackleter = itsReconstructor->CreateTrackleter(); // this is NULL unless required in RecoParam
3139   }
3140   if (fSPDTrackleter) {
3141     AliInfo("Trackleter for SPD has been created");
3142   }
3143
3144  return kTRUE;
3145 }
3146
3147 //_____________________________________________________________________________
3148 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
3149 {
3150   // This method should be called only in case
3151   // AliReconstruction is run
3152   // within the alieve environment.
3153   // It will initialize AliEVE in a way
3154   // so that it can visualize event processed
3155   // by AliReconstruction.
3156   // The return flag shows whenever the
3157   // AliEVE initialization was successful or not.
3158
3159   TString macroStr;
3160   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
3161   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
3162   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
3163
3164   gROOT->ProcessLine("if (!AliEveEventManager::GetMaster()){new AliEveEventManager();AliEveEventManager::GetMaster()->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(AliEveEventManager::GetMaster());};");
3165   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
3166
3167   return kTRUE;
3168 }
3169
3170 //_____________________________________________________________________________
3171 void AliReconstruction::RunAliEVE()
3172 {
3173   // Runs AliEVE visualisation of
3174   // the current event.
3175   // Should be executed only after
3176   // successful initialization of AliEVE.
3177
3178   AliInfo("Running AliEVE...");
3179   gROOT->ProcessLine(Form("AliEveEventManager::GetMaster()->SetEvent((AliRunLoader*)0x%lx,(AliRawReader*)0x%lx,(AliESDEvent*)0x%lx,(AliESDfriend*)0x%lx);",fRunLoader,fRawReader,fesd,fesdf));
3180   gSystem->Run();
3181 }
3182
3183 //_____________________________________________________________________________
3184 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
3185 {
3186         // Allows to run QA for a selected set of detectors
3187         // and a selected set of tasks among RAWS, DIGITSR, RECPOINTS and ESDS
3188         // all selected detectors run the same selected tasks
3189
3190         if (!detAndAction.Contains(":")) {
3191                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
3192                 fRunQA = kFALSE ;
3193                 return kFALSE ;
3194         }
3195         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
3196         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
3197         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
3198                 fQADetectors = fFillESD ;
3199                 fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
3200         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
3201                 fQATasks = Form("%d %d %d %d", AliQAv1::kRAWS, AliQAv1::kDIGITSR, AliQAv1::kRECPOINTS, AliQAv1::kESDS) ;
3202         } else {
3203                 fQATasks.ToUpper() ;
3204                 TString tempo("") ;
3205                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
3206                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kRAWS) ;
3207                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") )
3208                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITSR) ;
3209                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
3210                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kRECPOINTS) ;
3211                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
3212                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kESDS) ;
3213                 fQATasks = tempo ;
3214                 if (fQATasks.IsNull()) {
3215                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
3216                         fRunQA = kFALSE ;
3217                         return kTRUE ;
3218                 }
3219         }
3220         TString tempo(fQATasks) ;
3221         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRAWS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS))      ;
3222         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITSR), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITSR)) ;
3223         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRECPOINTS)) ;
3224         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kESDS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kESDS)) ;
3225         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
3226         fRunQA = kTRUE ;
3227         return kTRUE;
3228 }
3229
3230 //_____________________________________________________________________________
3231 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
3232 {
3233   // The method accesses OCDB and retrieves all
3234   // the available reco-param objects from there.
3235
3236   Bool_t isOK = kTRUE;
3237
3238   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(kNDetectors)) {
3239     AliInfo("Using custom GRP reconstruction parameters");
3240   }
3241   else {
3242     AliInfo("Loading GRP reconstruction parameter objects");
3243
3244     AliCDBPath path("GRP","Calib","RecoParam");
3245     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3246     if(!entry){
3247       AliWarning("Couldn't find GRP RecoParam entry in OCDB");
3248       isOK = kFALSE;
3249     }
3250     else {
3251       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3252       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3253         // GRP has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3254         // Registering them in AliRecoParam
3255         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(kNDetectors,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3256       }
3257       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3258         // GRP has only onse set of reco parameters
3259         // Registering it in AliRecoParam
3260         AliInfo("Single set of GRP reconstruction parameters found");
3261         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3262         fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3263       }
3264       else {
3265         AliError("No valid GRP RecoParam object found in the OCDB");
3266         isOK = kFALSE;
3267       }
3268       entry->SetOwner(0);
3269     }
3270   }
3271
3272   TString detStr = fLoadCDB;
3273   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3274
3275     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3276
3277     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
3278       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3279       continue;
3280     }
3281
3282     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3283
3284     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
3285     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3286     if(!entry){
3287       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3288       isOK = kFALSE;
3289     }
3290     else {
3291       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3292       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3293         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3294         // Registering them in AliRecoParam
3295         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3296       }
3297       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3298         // The detector has only onse set of reco parameters
3299         // Registering it in AliRecoParam
3300         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3301         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3302         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3303       }
3304       else {
3305         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3306         isOK = kFALSE;
3307       }
3308       entry->SetOwner(0);
3309       //      FIX ME: We have to disable the unloading of reco-param CDB
3310       //      entries because QA framework is using them. Has to be fix in
3311       //      a way that the QA takes the objects already constructed in
3312       //      this method.
3313       //      AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
3314     }
3315   }
3316
3317   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
3318
3319   return isOK;
3320 }
3321
3322 //_____________________________________________________________________________
3323 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
3324 {
3325   // Fill the event info object
3326   // ...
3327   AliCodeTimerAuto("")
3328
3329   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
3330   if (fRawReader) {
3331     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
3332
3333     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
3334     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
3335     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
3336     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
3337
3338     aCTP = new AliCentralTrigger();
3339     TString configstr("");
3340     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
3341       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
3342       delete aCTP;
3343       return kFALSE;
3344     }
3345     aCTP->SetClassMask(mask);
3346     aCTP->SetClusterMask(clmask);
3347   }
3348   else {
3349     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
3350
3351     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
3352       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3353       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
3354       // get inputs from actp - just get
3355       AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3356       esdheader->SetL0TriggerInputs(aCTP->GetL0TriggerInputs());
3357       esdheader->SetL1TriggerInputs(aCTP->GetL1TriggerInputs());
3358       esdheader->SetL2TriggerInputs(aCTP->GetL2TriggerInputs());
3359       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
3360     }
3361     else {
3362       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
3363       return kFALSE;
3364     }
3365   }
3366
3367   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
3368   if (!config) {
3369     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3370     if (fRawReader) delete aCTP;
3371     return kFALSE;
3372   }
3373
3374   UChar_t clustmask = 0;
3375   TString trclasses;
3376   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3377   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3378   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3379   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3380     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3381     if (trclass) {
3382       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
3383       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3384       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3385       if (trmask & (1ull << trindex)) {
3386         trclasses += " ";
3387         trclasses += trclass->GetName();
3388         trclasses += " ";
3389         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3390       }
3391     }
3392   }
3393   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3394
3395   // Set the information in ESD
3396   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3397   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3398
3399   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3400     if (fRawReader) delete aCTP;
3401     return kFALSE;
3402   }
3403
3404   if (fRawReader) delete aCTP;
3405
3406   // We have to fill also the HLT decision here!!
3407   // ...
3408
3409   return kTRUE;
3410 }
3411
3412 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3413 {
3414   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3415   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3416   // gets the information from ECS)
3417   static TString resultList;
3418   TString detList = detectorList;
3419
3420   resultList = "";
3421
3422   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3423     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3424       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3425       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3426           ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3427             detList.EndsWith(" ALL") ||
3428             detList.Contains(" ALL ")) &&
3429            !(detList.BeginsWith("-"+det+" ") ||
3430              detList.EndsWith(" -"+det) ||
3431              detList.Contains(" -"+det+" "))) ||
3432           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3433           detList.BeginsWith(det+" ") ||
3434           detList.EndsWith(" "+det) ||
3435           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3436         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3437           resultList += det;
3438           resultList += " ";
3439         }
3440       }
3441     }
3442   }
3443
3444   // HLT
3445   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
3446     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
3447     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3448         ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3449           detList.EndsWith(" ALL") ||
3450           detList.Contains(" ALL ")) &&
3451          !(detList.BeginsWith("-"+hltDet+" ") ||
3452            detList.EndsWith(" -"+hltDet) ||
3453            detList.Contains(" -"+hltDet+" "))) ||
3454         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
3455         detList.BeginsWith(hltDet+" ") ||
3456         detList.EndsWith(" "+hltDet) ||
3457         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
3458       resultList += hltDet;
3459     }
3460   }
3461
3462   return resultList.Data();
3463
3464 }
3465
3466 //______________________________________________________________________________
3467 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
3468 {
3469   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
3470   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
3471   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
3472   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
3473   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
3474   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
3475   // can be checked in these methods using GetAbort().
3476   //
3477   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
3478   // reco specific errors
3479
3480   if (!fStopOnError) return;
3481
3482   CleanUp();
3483
3484   TString whyMess = method;
3485   whyMess += " failed! Aborting...";
3486
3487   AliError(whyMess.Data());
3488
3489   fAbort = what;
3490   TString mess = "Abort";
3491   if (fAbort == kAbortProcess)
3492     mess = "AbortProcess";
3493   else if (fAbort == kAbortFile)
3494     mess = "AbortFile";
3495
3496   Info(mess, whyMess.Data());
3497 }
3498
3499 //______________________________________________________________________________
3500 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(void* event)
3501 {
3502   // Method that is used in case the event loop
3503   // is steered from outside, for example by AMORE
3504   // 'event' is a pointer to the DATE event in the memory
3505
3506   if (fRawReader) delete fRawReader;
3507   fRawReader = new AliRawReaderDate(event);
3508   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
3509   delete fRawReader;
3510   fRawReader = NULL;
3511
3512   return fStatus;
3513 }
3514
3515 //______________________________________________________________________________
3516 Bool_t AliReconstruction::ParseOutput()
3517 {
3518   // The method parses the output file
3519   // location string in order to steer
3520   // properly the selector
3521
3522   TPMERegexp re1("(\\w+\\.zip#\\w+\\.root):([,*\\w+\\.root,*]+)@dataset://(\\w++)");
3523   TPMERegexp re2("(\\w+\\.root)?@?dataset://(\\w++)");
3524
3525   if (re1.Match(fESDOutput) == 4) {
3526     // root archive with output files stored and regustered
3527     // in proof dataset
3528     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",re1[1].Data()));
3529     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re1[3].Data()));
3530     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
3531     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE",re1[2].Data()));
3532     AliInfo(Form("%s files will be stored within %s in dataset %s",
3533                  re1[2].Data(),
3534                  re1[1].Data(),
3535                  re1[3].Data()));
3536   }
3537   else if (re2.Match(fESDOutput) == 3) {
3538     // output file stored and registered
3539     // in proof dataset
3540     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",(re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data()));
3541     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re2[2].Data()));
3542     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
3543     AliInfo(Form("%s will be stored in dataset %s",
3544                  (re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data(),
3545                  re2[2].Data()));
3546   }
3547   else {
3548     if (fESDOutput.IsNull()) {
3549       // Output location not given.
3550       // Assuming xrootd has been already started and
3551       // the output file has to be sent back
3552       // to the client machine
3553       TString esdUrl(Form("root://%s/%s/",
3554                           TUrl(gSystem->HostName()).GetHostFQDN(),
3555                           gSystem->pwd()));
3556       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE","AliESDs.root"));
3557       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",esdUrl.Data()));
3558       AliInfo(Form("AliESDs.root will be stored in %s",
3559                    esdUrl.Data()));
3560     }
3561     else {
3562       // User specified an output location.
3563       // Ones has just to parse it here
3564       TUrl outputUrl(fESDOutput.Data());
3565       TString outputFile(gSystem->BaseName(outputUrl.GetFile()));
3566       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data()));
3567       TString outputLocation(outputUrl.GetUrl());
3568       outputLocation.ReplaceAll(outputFile.Data(),"");
3569       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",outputLocation.Data()));
3570       AliInfo(Form("%s will be stored in %s",
3571                    outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data(),
3572                    outputLocation.Data()));
3573     }
3574   }
3575
3576   return kTRUE;
3577 }