STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayF.h>
 112 #include <TFile.h>
 113 #include <TList.h>
 114 #include <TSystem.h>
 115 #include <TROOT.h>
 116 #include <TPluginManager.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TLorentzVector.h>
 119 #include <TArrayS.h>
 120 #include <TArrayD.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TMap.h>
 123 #include <TChain.h>
 124 #include <TProof.h>
 125 #include <TProofOutputFile.h>
 126 #include <TParameter.h>
 127
 128 #include "AliReconstruction.h"
 129 #include "AliCodeTimer.h"
 130 #include "AliReconstructor.h"
 131 #include "AliLog.h"
 132 #include "AliRunLoader.h"
 133 #include "AliRun.h"
 134 #include "AliRawReaderFile.h"
 135 #include "AliRawReaderDate.h"
 136 #include "AliRawReaderRoot.h"
 137 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 138 #include "AliRawEvent.h"
 139 #include "AliESDEvent.h"
 140 #include "AliESDMuonTrack.h"
 141 #include "AliESDfriend.h"
 142 #include "AliESDVertex.h"
 143 #include "AliESDcascade.h"
 144 #include "AliESDkink.h"
 145 #include "AliESDtrack.h"
 146 #include "AliESDCaloCluster.h"
 147 #include "AliESDCaloCells.h"
 148 #include "AliMultiplicity.h"
 149 #include "AliTracker.h"
 150 #include "AliVertexer.h"
 151 #include "AliVertexerTracks.h"
 152 #include "AliV0vertexer.h"
 153 #include "AliCascadeVertexer.h"
 154 #include "AliHeader.h"
 155 #include "AliGenEventHeader.h"
 156 #include "AliPID.h"
 157 #include "AliESDpid.h"
 158 #include "AliESDtrack.h"
 159 #include "AliESDPmdTrack.h"
 160
 161 #include "AliESDTagCreator.h"
 162
 163 #include "AliGeomManager.h"
 164 #include "AliTrackPointArray.h"
 165 #include "AliCDBManager.h"
 166 #include "AliCDBStorage.h"
 167 #include "AliCDBEntry.h"
 168 #include "AliAlignObj.h"
 169
 170 #include "AliCentralTrigger.h"
 171 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 172 #include "AliTriggerClass.h"
 173 #include "AliTriggerCluster.h"
 174 #include "AliCTPRawStream.h"
 175
 176 #include "AliQADataMakerRec.h"
 177 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 178 #include "AliQA.h"
 179 #include "AliQADataMakerSteer.h"
 180
 181 #include "AliPlaneEff.h"
 182
 183 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 184 #include "AliRawHLTManager.h"
 185
 186 #include "AliMagWrapCheb.h"
 187
 188 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 189 #include "AliGRPRecoParam.h"
 190 #include "AliRunInfo.h"
 191 #include "AliEventInfo.h"
 192
 193 #include "AliDAQ.h"
 194
 195 ClassImp(AliReconstruction)
 196
 197 //_____________________________________________________________________________
 198 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 199
 200 //_____________________________________________________________________________
 201 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 202   TSelector(),
 203   fUniformField(kFALSE),
 204   fForcedFieldMap(NULL),
 205   fRunVertexFinder(kTRUE),
 206   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 207   fRunHLTTracking(kFALSE),
 208   fRunMuonTracking(kFALSE),
 209   fRunV0Finder(kTRUE),
 210   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 211   fStopOnError(kFALSE),
 212   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 213   fWriteESDfriend(kFALSE),
 214   fFillTriggerESD(kTRUE),
 215
 216   fCleanESD(kTRUE),
 217   fV0DCAmax(3.),
 218   fV0CsPmin(0.),
 219   fDmax(50.),
 220   fZmax(50.),
 221
 222   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 223   fRunTracking("ALL"),
 224   fFillESD("ALL"),
 225   fLoadCDB(""),
 226   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 227   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 228   fRawInput(""),
 229   fEquipIdMap(""),
 230   fFirstEvent(0),
 231   fLastEvent(-1),
 232   fNumberOfEventsPerFile(1),
 233   fOptions(),
 234   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 235   fLoadAlignData("ALL"),
 236   fESDPar(""),
 237   fUseHLTData(),
 238   fRunInfo(NULL),
 239   fEventInfo(),
 240
 241   fRunLoader(NULL),
 242   fRawReader(NULL),
 243   fParentRawReader(NULL),
 244
 245   fRecoParam(),
 246
 247   fVertexer(NULL),
 248   fDiamondProfile(NULL),
 249   fDiamondProfileTPC(NULL),
 250   fMeanVertexConstraint(kTRUE),
 251
 252   fGRPData(NULL),
 253
 254   fAlignObjArray(NULL),
 255   fCDBUri(),
 256   fSpecCDBUri(),
 257   fInitCDBCalled(kFALSE),
 258   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 259   fQADetectors("ALL"),
 260   fQASteer(NULL),
 261   fQATasks("ALL"),
 262   fRunQA(kTRUE),
 263   fRunGlobalQA(kTRUE),
 264   fSameQACycle(kFALSE),
 265
 266   fRunPlaneEff(kFALSE),
 267
 268   fesd(NULL),
 269   fhltesd(NULL),
 270   fesdf(NULL),
 271   ffile(NULL),
 272   ftree(NULL),
 273   fhlttree(NULL),
 274   ftVertexer(NULL),
 275   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 276   fRunAliEVE(kFALSE),
 277   fChain(NULL)
 278 {
 279 // create reconstruction object with default parameters
 280   gGeoManager = NULL;
 281
 282   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 283     fReconstructor[iDet] = NULL;
 284     fLoader[iDet] = NULL;
 285     fTracker[iDet] = NULL;
 286   }
 287   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 288     fQACycles[iDet] = 999999 ;
 289     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ;
 290   }
 291
 292   AliPID pid;
 293 }
 294
 295 //_____________________________________________________________________________
 296 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 297   TSelector(),
 298   fUniformField(rec.fUniformField),
 299   fForcedFieldMap(NULL),
 300   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 301   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 302   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 303   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 304   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 305   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 306   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 307   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 308   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 309   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 310
 311   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 312   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 313   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 314   fDmax(rec.fDmax),
 315   fZmax(rec.fZmax),
 316
 317   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 318   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 319   fFillESD(rec.fFillESD),
 320   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
 321   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 322   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 323   fRawInput(rec.fRawInput),
 324   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 325   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 326   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 327   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 328   fOptions(),
 329   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 330   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 331   fESDPar(rec.fESDPar),
 332   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 333   fRunInfo(NULL),
 334   fEventInfo(),
 335
 336   fRunLoader(NULL),
 337   fRawReader(NULL),
 338   fParentRawReader(NULL),
 339
 340   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 341
 342   fVertexer(NULL),
 343   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
 344   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
 345   fMeanVertexConstraint(rec.fMeanVertexConstraint),
 346
 347   fGRPData(NULL),
 348
 349   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 350   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 351   fSpecCDBUri(),
 352   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 353   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 354   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 355   fQASteer(NULL),
 356   fQATasks(rec.fQATasks),
 357   fRunQA(rec.fRunQA),
 358   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 359   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 360   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 361
 362   fesd(NULL),
 363   fhltesd(NULL),
 364   fesdf(NULL),
 365   ffile(NULL),
 366   ftree(NULL),
 367   fhlttree(NULL),
 368   ftVertexer(NULL),
 369   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 370   fRunAliEVE(kFALSE),
 371   fChain(NULL)
 372 {
 373 // copy constructor
 374
 375   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 376     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 377   }
 378   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 379     fReconstructor[iDet] = NULL;
 380     fLoader[iDet] = NULL;
 381     fTracker[iDet] = NULL;
 382   }
 383
 384   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 385     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 386     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 387   }
 388
 389   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 390     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 391   }
 392 }
 393
 394 //_____________________________________________________________________________
 395 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 396 {
 397 // assignment operator
 398 // Used in PROOF mode
 399 // Be very careful while modifing it!
 400 // Simple rules to follow:
 401 // for persistent data members - use their assignment operators
 402 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
 403 // TSelector members should not be touched
 404   if(&rec == this) return *this;
 405
 406   fUniformField          = rec.fUniformField;
 407   fForcedFieldMap        = NULL;
 408   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
 409   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
 410   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
 411   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
 412   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
 413   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
 414   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
 415   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
 416   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
 417   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
 418
 419   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
 420   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
 421   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
 422   fDmax      = rec.fDmax;
 423   fZmax      = rec.fZmax;
 424
 425   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
 426   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
 427   fFillESD                       = rec.fFillESD;
 428   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
 429   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
 430   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
 431   fRawInput                      = rec.fRawInput;
 432   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
 433   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
 434   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
 435   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
 436
 437   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 438     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 439   }
 440
 441   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
 442   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
 443   fESDPar                        = rec.fESDPar;
 444   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 445
 446   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
 447   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
 448
 449   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
 450
 451   fRunLoader       = NULL;
 452   fRawReader       = NULL;
 453   fParentRawReader = NULL;
 454
 455   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 456
 457   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 458     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
 459     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
 460     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
 461   }
 462
 463   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
 464     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 465     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 466   }
 467
 468   fVertexer             = NULL;
 469   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
 470   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
 471   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
 472   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
 473   fMeanVertexConstraint = rec.fMeanVertexConstraint;
 474
 475   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
 476   if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
 477
 478   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 479
 480   fCDBUri        = "";
 481   fSpecCDBUri.Delete();
 482   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
 483   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
 484   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
 485   fQASteer                     = NULL;
 486   fQATasks                     = rec.fQATasks;
 487   fRunQA                       = rec.fRunQA;
 488   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
 489   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
 490   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 491
 492   fesd     = NULL;
 493   fhltesd  = NULL;
 494   fesdf    = NULL;
 495   ffile    = NULL;
 496   ftree    = NULL;
 497   fhlttree = NULL;
 498   ftVertexer = NULL;
 499   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
 500   fRunAliEVE = kFALSE;
 501   fChain = NULL;
 502
 503   return *this;
 504 }
 505
 506 //_____________________________________________________________________________
 507 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 508 {
 509 // clean up
 510
 511   CleanUp();
 512   delete fForcedFieldMap;
 513   fOptions.Delete();
 514   if (fAlignObjArray) {
 515     fAlignObjArray->Delete();
 516     delete fAlignObjArray;
 517   }
 518   fSpecCDBUri.Delete();
 519   delete fQASteer;
 520   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 521 }
 522
 523 //_____________________________________________________________________________
 524 void AliReconstruction::InitCDB()
 525 {
 526 // activate a default CDB storage
 527 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 528 // to retrieve the calibration and alignment constants
 529   AliCodeTimerAuto("");
 530
 531   if (fInitCDBCalled) return;
 532   fInitCDBCalled = kTRUE;
 533
 534   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 535   if (man->IsDefaultStorageSet())
 536   {
 537     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 538     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 539     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 540     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 541     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 542   }
 543   else {
 544     if (fCDBUri.Length() > 0)
 545     {
 546         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 547         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 548         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 549     } else {
 550         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
 551         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 552         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 553         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 554         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 555
 556     }
 557     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 558   }
 559
 560   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 561   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 562     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 563     if (!obj) continue;
 564     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 565     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 566     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 567     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 568   }
 569   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 570 }
 571
 572 //_____________________________________________________________________________
 573 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 574 // Store the desired default CDB storage location
 575 // Activate it later within the Run() method
 576
 577   fCDBUri = uri;
 578
 579 }
 580
 581 //_____________________________________________________________________________
 582 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 583 // Store a detector-specific CDB storage location
 584 // Activate it later within the Run() method
 585
 586   AliCDBPath aPath(calibType);
 587   if(!aPath.IsValid()){
 588         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 589         for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 590                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 591                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 592                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 593                         break;
 594                 }
 595         }
 596         if(!aPath.IsValid()){
 597                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 598                 return;
 599         }
 600   }
 601
 602 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 603 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 604 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 605 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 606 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 607 //      isDetector = kTRUE;
 608 //      break;
 609 //    }
 610 //  }
 611 //
 612 //  if(!isDetector) {
 613 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 614 //      return;
 615 //  }
 616
 617   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 618   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 619   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 620
 621 }
 622
 623 //_____________________________________________________________________________
 624 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 625 {
 626   // The method is called in Run() in order
 627   // to set a correct run number.
 628   // In case of raw data reconstruction the
 629   // run number is taken from the raw data header
 630
 631   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 632   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 633
 634   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 635
 636   if(fRawReader) {
 637     if(fRawReader->NextEvent()) {
 638       if(man->GetRun() > 0) {
 639         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 640       }
 641       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 642       fRawReader->RewindEvents();
 643     }
 644     else {
 645       if(man->GetRun() > 0) {
 646         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
 647       }
 648       else {
 649         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 650         return kFALSE;
 651       }
 652     }
 653   }
 654   else {
 655     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
 656     if (!rl) {
 657       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
 658       return kFALSE;
 659     }
 660     else {
 661       rl->LoadHeader();
 662       // read run number from gAlice
 663       if(rl->GetHeader()) {
 664         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
 665         rl->UnloadHeader();
 666         delete rl;
 667       }
 668       else {
 669         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
 670         delete rl;
 671         return kFALSE;
 672       }
 673     }
 674   }
 675
 676   man->Print();
 677
 678   return kTRUE;
 679 }
 680
 681 //_____________________________________________________________________________
 682 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 683   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 684   // or the default storage or to activate any further storage!
 685
 686   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 687 }
 688
 689 //_____________________________________________________________________________
 690 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 691 {
 692   // Read the alignment objects from CDB.
 693   // Each detector is supposed to have the
 694   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 695   // All the detector objects are then collected,
 696   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 697   // then applied to the TGeo geometry.
 698   // Finally an overlaps check is performed.
 699
 700   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 701   if(fLoadAlignFromCDB){
 702
 703     TString detStr = detectors;
 704     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 705
 706     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 707       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 708       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 709       loadAlObjsListOfDets += " ";
 710     } // end loop over detectors
 711     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 712     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 713     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
 714   }else{
 715     // Check if the array with alignment objects was
 716     // provided by the user. If yes, apply the objects
 717     // to the present TGeo geometry
 718     if (fAlignObjArray) {
 719       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 720         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 721           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 722                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 723           return kFALSE;
 724         }
 725       }
 726       else {
 727         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 728         return kFALSE;
 729       }
 730     }
 731   }
 732
 733   if (fAlignObjArray) {
 734     fAlignObjArray->Delete();
 735     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
 736   }
 737
 738   return kTRUE;
 739 }
 740
 741 //_____________________________________________________________________________
 742 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 743 {
 744 // set the name of the galice file
 745
 746   fGAliceFileName = fileName;
 747 }
 748
 749 //_____________________________________________________________________________
 750 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 751 {
 752   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 753   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 754   // file is assumed. One can give as an input:
 755   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 756   //  or
 757   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 758   if (input) fRawInput = input;
 759 }
 760
 761 //_____________________________________________________________________________
 762 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 763 {
 764 // set options for the reconstruction of a detector
 765
 766   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 767   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 768   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 769 }
 770
 771 //_____________________________________________________________________________
 772 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 773 {
 774   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
 775   // Single set of parameters for all the events
 776
 777   // First check if the reco-params are global
 778   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
 779     par->SetAsDefault();
 780     fRecoParam.AddDetRecoParam(fgkNDetectors,par);
 781     return;
 782   }
 783
 784   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 785     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
 786       par->SetAsDefault();
 787       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
 788       break;
 789     }
 790   }
 791
 792 }
 793
 794 //_____________________________________________________________________________
 795 Bool_t AliReconstruction::SetFieldMap(Float_t l3Current, Float_t diCurrent, Float_t factor, const char *path) {
 796   //------------------------------------------------
 797   // The magnetic field map, defined externally...
 798   // L3 current 30000 A  -> 0.5 T
 799   // L3 current 12000 A  -> 0.2 T
 800   // dipole current 6000 A
 801   // The polarities must be the same
 802   //------------------------------------------------
 803   const Float_t l3NominalCurrent1=30000.; // (A)
 804   const Float_t l3NominalCurrent2=12000.; // (A)
 805   const Float_t diNominalCurrent =6000. ; // (A)
 806
 807   const Float_t tolerance=0.03; // relative current tolerance
 808   const Float_t zero=77.;       // "zero" current (A)
 809
 810   Int_t map=0;
 811   Bool_t dipoleON=kFALSE;
 812
 813   TString s=(factor < 0) ? "L3: -" : "L3: +";
 814
 815   l3Current = TMath::Abs(l3Current);
 816   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent1)/l3NominalCurrent1 < tolerance) {
 817     map=AliMagWrapCheb::k5kG;
 818     s+="0.5 T;  ";
 819   } else
 820   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent2)/l3NominalCurrent2 < tolerance) {
 821     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 822     s+="0.2 T;  ";
 823   } else
 824   if (l3Current < zero) {
 825     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 826     s+="0.0 T;  ";
 827     factor=0.;                  // in fact, this is a global factor...
 828     fUniformField=kTRUE;        // track with the uniform (zero) B field
 829   } else {
 830     AliError(Form("Wrong L3 current (%f A)!",l3Current));
 831     return kFALSE;
 832   }
 833
 834   diCurrent = TMath::Abs(diCurrent);
 835   if (TMath::Abs(diCurrent-diNominalCurrent)/diNominalCurrent < tolerance) {
 836     // 3% current tolerance...
 837     dipoleON=kTRUE;
 838     s+="Dipole ON";
 839   } else
 840   if (diCurrent < zero) { // some small current..
 841     dipoleON=kFALSE;
 842     s+="Dipole OFF";
 843   } else {
 844     AliError(Form("Wrong dipole current (%f A)!",diCurrent));
 845     return kFALSE;
 846   }
 847
 848   delete fForcedFieldMap;
 849   fForcedFieldMap=
 850     new AliMagWrapCheb("B field map  ",s,2,factor,10.,map,dipoleON,path);
 851
 852   fForcedFieldMap->Print();
 853
 854   AliTracker::SetFieldMap(fForcedFieldMap,fUniformField);
 855
 856   return kTRUE;
 857 }
 858
 859
 860 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
 861   //------------------------------------
 862   // Initialization of the GRP entry
 863   //------------------------------------
 864   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
 865
 866   if (entry) {
 867     fGRPData = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());
 868     entry->SetOwner(0);
 869     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
 870   }
 871
 872   if (!fGRPData) {
 873      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
 874      return kFALSE;
 875   }
 876
 877   TObjString *lhcState=
 878     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fLHCState"));
 879   if (!lhcState) {
 880     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
 881   }
 882
 883   TObjString *beamType=
 884     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamType"));
 885   if (!beamType) {
 886     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
 887   }
 888
 889   TObjString *beamEnergyStr=
 890     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamEnergy"));
 891   if (!beamEnergyStr) {
 892     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
 893   }
 894
 895   TObjString *runType=
 896     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fRunType"));
 897   if (!runType) {
 898     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
 899   }
 900
 901   TObjString *activeDetectors=
 902     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDetectorMask"));
 903   if (!activeDetectors) {
 904     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
 905   }
 906
 907   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState ? lhcState->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 908                             beamType ? beamType->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 909                             beamEnergyStr ? beamEnergyStr->GetString().Atof() : 0,
 910                             runType  ? runType->GetString().Data()  : "UNKNOWN",
 911                             activeDetectors ? activeDetectors->GetString().Atoi() : 1074790399);
 912
 913   // Process the list of active detectors
 914   if (activeDetectors && activeDetectors->GetString().IsDigit()) {
 915     UInt_t detMask = activeDetectors->GetString().Atoi();
 916     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
 917                   fRunLocalReconstruction.Data(),
 918                   fRunTracking.Data(),
 919                   fFillESD.Data(),
 920                   fQADetectors.Data());
 921     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
 922     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
 923     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
 924     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
 925     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
 926     fLoadAlignData = MatchDetectorList(fLoadAlignData,detMask);
 927   }
 928
 929   AliInfo("===================================================================================");
 930   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
 931   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
 932   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
 933   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
 934   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
 935   AliInfo("===================================================================================");
 936
 937   //*** Dealing with the magnetic field map
 938   if (AliTracker::GetFieldMap()) {
 939     AliInfo("Running with the externally set B field !");
 940   } else {
 941     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
 942
 943     Bool_t ok = kTRUE;
 944
 945     // L3
 946     TObjString *l3Current=
 947        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Current"));
 948     if (!l3Current) {
 949       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
 950       ok = kFALSE;
 951     }
 952     TObjString *l3Polarity=
 953        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Polarity"));
 954     if (!l3Polarity) {
 955       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
 956       ok = kFALSE;
 957     }
 958
 959     // Dipole
 960     TObjString *diCurrent=
 961        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipoleCurrent"));
 962     if (!diCurrent) {
 963       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
 964       ok = kFALSE;
 965     }
 966     TObjString *diPolarity=
 967        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipolePolarity"));
 968     if (!diPolarity) {
 969       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
 970       ok = kFALSE;
 971     }
 972
 973     if (ok) {
 974        Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
 975        Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
 976        Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
 977        Float_t factor=1.;
 978        if (l3Pol != 0.) factor=-1.;
 979
 980
 981       if (!SetFieldMap(l3Cur, diCur, factor)) {
 982          AliFatal("Failed to creat a B field map ! Exiting...");
 983       }
 984       AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
 985     }
 986     else {
 987       AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
 988     }
 989
 990   }
 991
 992   //*** Get the diamond profile from OCDB
 993   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
 994   if (entry) {
 995     if (fMeanVertexConstraint)
 996       fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
 997   } else {
 998      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
 999   }
1000
1001   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1002   if (entry) {
1003     if (fMeanVertexConstraint)
1004       fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1005   } else {
1006      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1007   }
1008
1009   return kTRUE;
1010 }
1011
1012 //_____________________________________________________________________________
1013 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1014 {
1015   AliCodeTimerAuto("");
1016
1017   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1018
1019   TString detStr = fLoadCDB;
1020   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1021     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1022     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1023   }
1024   return kTRUE;
1025 }
1026
1027 //_____________________________________________________________________________
1028 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1029 {
1030   // Run Run Run
1031   AliCodeTimerAuto("");
1032
1033   InitRun(input);
1034   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1035
1036   TChain *chain = NULL;
1037   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1038     // Proof mode
1039     if (gProof) {
1040       gProof->AddInput(this);
1041       TUrl outputFile;
1042       outputFile.SetProtocol("root",kTRUE);
1043       outputFile.SetHost(gSystem->HostName());
1044       outputFile.SetFile(Form("%s/AliESDs.root",gSystem->pwd()));
1045       AliInfo(Form("Output file with ESDs is %s",outputFile.GetUrl()));
1046       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.GetUrl()));
1047       chain->SetProof();
1048       chain->Process("AliReconstruction");
1049     }
1050     else {
1051       chain->Process(this);
1052     }
1053   }
1054   else {
1055     Begin(NULL);
1056     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1057     SlaveBegin(NULL);
1058     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1059     //******* The loop over events
1060     Int_t iEvent = 0;
1061     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1062            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1063       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1064         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1065         return kFALSE;
1066       }
1067       iEvent++;
1068     }
1069     SlaveTerminate();
1070     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1071     Terminate();
1072     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1073   }
1074
1075   return kTRUE;
1076 }
1077
1078 //_____________________________________________________________________________
1079 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1080 {
1081   AliCodeTimerAuto("");
1082
1083   // Init raw-reader and
1084   // set the input in case of raw data
1085   if (input) fRawInput = input;
1086   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1087   if (!fRawReader)
1088     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1089
1090   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1091     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1092
1093   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1094     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1095     // the specified detectors
1096     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1097     if (pRawReader) {
1098       fParentRawReader=fRawReader;
1099       fRawReader=pRawReader;
1100     } else {
1101       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1102     }
1103   }
1104   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1105 }
1106
1107 //_____________________________________________________________________________
1108 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1109 {
1110   // Initialization of raw-reader,
1111   // run number, CDB etc.
1112   AliCodeTimerAuto("");
1113   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1114
1115   // Initialize raw-reader if any
1116   InitRawReader(input);
1117
1118   // Initialize the CDB storage
1119   InitCDB();
1120
1121   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1122   if (!SetRunNumberFromData()) {
1123     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1124     return;
1125   }
1126
1127   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1128   // or the default storage or to activate any further storage!
1129   SetCDBLock();
1130
1131 }
1132
1133 //_____________________________________________________________________________
1134 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1135 {
1136   // Initialize AlReconstruction before
1137   // going into the event loop
1138   // Should follow the TSelector convention
1139   // i.e. initialize only the object on the client side
1140   AliCodeTimerAuto("");
1141
1142   AliReconstruction *reco = NULL;
1143   if (fInput) {
1144     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1145       *this = *reco;
1146     }
1147     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1148   }
1149
1150   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1151   if (!gGeoManager) {
1152     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1153     geom += "/geometry.root";
1154     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1155     if (!gGeoManager) {
1156       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1157       return;
1158     }
1159     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1160     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1161     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1162       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1163       return;
1164     }
1165     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1166   }
1167
1168   if (!InitGRP()) {
1169     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1170     return;
1171   }
1172   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1173
1174   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1175     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1176     return;
1177   }
1178   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1179   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1180
1181   if (!LoadCDB()) {
1182     Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1183     return;
1184   }
1185   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1186
1187   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1188   if (!InitRecoParams()) {
1189     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1190   }
1191   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1192
1193   if (fInput) {
1194     if (reco) *reco = *this;
1195     fInput->Add(gGeoManager);
1196     gGeoManager = NULL;
1197     fInput->Add(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()));
1198     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1199     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)AliTracker::GetFieldMap();
1200     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1201     fInput->Add(magFieldMap);
1202   }
1203
1204 }
1205
1206 //_____________________________________________________________________________
1207 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1208 {
1209   // Initialization related to run-loader,
1210   // vertexer, trackers, recontructors
1211   // In proof mode it is executed on the slave
1212   AliCodeTimerAuto("");
1213
1214   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1215   if (fInput) {
1216     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1217       *this = *reco;
1218     }
1219     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1220       gGeoManager = tgeo;
1221       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1222     }
1223     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1224       Int_t runNumber = -1;
1225       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1226         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1227         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1228         man->SetLock(kTRUE);
1229         man->Print();
1230       }
1231     }
1232     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1233       AliTracker::SetFieldMap(map,fUniformField);
1234     }
1235     if (TNamed *outputFileName = (TNamed *) fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE")) {
1236       outProofFile = new TProofOutputFile(gSystem->BaseName(TUrl(outputFileName->GetTitle()).GetFile()));
1237       outProofFile->SetOutputFileName(outputFileName->GetTitle());
1238       fOutput->Add(outProofFile);
1239     }
1240     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1241   }
1242
1243   // get the run loader
1244   if (!InitRunLoader()) {
1245     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1246     return;
1247   }
1248   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1249
1250   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1251   if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1252
1253   // get vertexer
1254   if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
1255     Abort("CreateVertexer", TSelector::kAbortProcess);
1256     return;
1257   }
1258   AliSysInfo::AddStamp("CreateVertexer");
1259
1260   // get trackers
1261   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1262     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1263     return;
1264   }
1265   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1266
1267   // create the ESD output file and tree
1268   if (!outProofFile) {
1269     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1270     ffile->SetCompressionLevel(2);
1271     if (!ffile->IsOpen()) {
1272       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1273       return;
1274     }
1275   }
1276   else {
1277     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1278       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1279                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1280             TSelector::kAbortProcess);
1281       return;
1282     }
1283   }
1284
1285   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1286   fesd = new AliESDEvent();
1287   fesd->CreateStdContent();
1288   fesd->WriteToTree(ftree);
1289
1290   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1291   fhltesd = new AliESDEvent();
1292   fhltesd->CreateStdContent();
1293   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1294
1295
1296   if (fWriteESDfriend) {
1297     fesdf = new AliESDfriend();
1298     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1299     br->SetFile("AliESDfriends.root");
1300     fesd->AddObject(fesdf);
1301   }
1302
1303   ProcInfo_t ProcInfo;
1304   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1305   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1306
1307   //QA
1308   //Initialize the QA and start of cycle
1309   if (fRunQA) {
1310     fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ;
1311     fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
1312     for (Int_t det = 0 ; det < AliQA::kNDET ; det++) {
1313       fQASteer->SetCycleLength(AliQA::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;
1314       if (fQAWriteExpert[det])
1315         fQASteer->SetWriteExpert(AliQA::DETECTORINDEX_t(det)) ;
1316     }
1317
1318     if (!fRawReader && fQATasks.Contains(AliQA::kRAWS))
1319       fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQA::kRAWS), "") ;
1320     fQASteer->SetTasks(fQATasks) ;
1321     fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam) ;
1322   }
1323
1324   if (fRunGlobalQA) {
1325     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
1326     if (!fQASteer) fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ;
1327     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1328     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
1329     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1330       qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
1331       TObjArray *arr=qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS);
1332       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
1333       sameCycle = kTRUE ;
1334     }
1335     if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1336       qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
1337       qadm->Init(AliQA::kESDS);
1338     }
1339   }
1340
1341   //Initialize the Plane Efficiency framework
1342   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1343     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1344     return;
1345   }
1346
1347   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1348     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1349
1350   return;
1351 }
1352
1353 //_____________________________________________________________________________
1354 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1355 {
1356   // run the reconstruction over a single entry
1357   // from the chain with raw data
1358   AliCodeTimerAuto("");
1359
1360   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1361   AliRawEvent *event = new AliRawEvent;
1362   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1363   currTree->GetEntry(entry);
1364   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1365   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
1366   delete fRawReader;
1367   fRawReader = NULL;
1368   delete event;
1369
1370   return fStatus;
1371 }
1372
1373 //_____________________________________________________________________________
1374 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1375 {
1376   if (tree == 0) {
1377     AliError("The input tree is not found!");
1378     return;
1379   }
1380   fChain = tree;
1381 }
1382
1383 //_____________________________________________________________________________
1384 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1385 {
1386   // run the reconstruction over a single event
1387   // The event loop is steered in Run method
1388
1389   AliCodeTimerAuto("");
1390
1391   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1392     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1393     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1394                                    iEvent, iEvent);
1395     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1396     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1397       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1398   }
1399
1400   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1401     return kTRUE;
1402   }
1403
1404   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1405
1406   // Fill Event-info object
1407   GetEventInfo();
1408   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo);
1409
1410   // Set the reco-params
1411   {
1412     TString detStr = fLoadCDB;
1413     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1414       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1415       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1416       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1417         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1418         reconstructor->SetRecoParam(par);
1419       }
1420     }
1421   }
1422
1423   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1424
1425     // QA on single raw
1426     if (fRunQA)
1427                         fQASteer->RunOneEvent(fRawReader) ;
1428
1429     // local single event reconstruction
1430     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1431       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1432       // run HLT event reconstruction first
1433       // ;-( IsSelected changes the string
1434       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1435           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1436         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1437       }
1438       detectors=fRunLocalReconstruction;
1439       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1440       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1441         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1442       }
1443     }
1444
1445     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1446     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1447     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1448     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1449
1450     // Set magnetic field from the tracker
1451     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1452     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1453
1454     // Set most probable pt, for B=0 tracking
1455     const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(fgkNDetectors));
1456     if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
1457
1458     // Fill raw-data error log into the ESD
1459     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1460
1461     // vertex finder
1462     if (fRunVertexFinder) {
1463       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1464         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1465       }
1466     }
1467
1468     // Muon tracking
1469     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1470       if (fRunMuonTracking) {
1471         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1472           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1473         }
1474       }
1475     }
1476
1477     // barrel tracking
1478     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1479       if (!RunTracking(fesd)) {
1480         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1481       }
1482     }
1483
1484     // fill ESD
1485     if (!fFillESD.IsNull()) {
1486       TString detectors=fFillESD;
1487       // run HLT first and on hltesd
1488       // ;-( IsSelected changes the string
1489       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1490           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1491         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1492       }
1493       detectors=fFillESD;
1494       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1495       if (detectors.Contains("ALL")) {
1496         detectors="";
1497         for (Int_t idet=0; idet<fgkNDetectors; ++idet){
1498           detectors += fgkDetectorName[idet];
1499           detectors += " ";
1500         }
1501       }
1502       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1503       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1504         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1505       }
1506     }
1507
1508     // fill Event header information from the RawEventHeader
1509     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1510
1511     // combined PID
1512     AliESDpid::MakePID(fesd);
1513
1514     if (fFillTriggerESD) {
1515       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1516         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1517       }
1518     }
1519
1520     ffile->cd();
1521
1522     //
1523     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1524     //
1525     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1526     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1527     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1528
1529     TObjArray trkArray;
1530     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1531
1532     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1533       const Double_t kMaxStep = 5;   //max step over the material
1534       Bool_t ok;
1535
1536       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1537       if (!track) continue;
1538
1539       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1540            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1541       ok = kFALSE;
1542       if (tpcTrack)
1543         ok = AliTracker::
1544           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1545
1546       if (ok) {
1547         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1548         selectedIdx[n]=track->GetID();
1549         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1550       }
1551
1552       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1553       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1554
1555       AliTracker::
1556          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1557       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1558
1559     }
1560
1561     //
1562     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1563     //
1564     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
1565     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
1566       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
1567       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
1568         runVertexFinderTracks=kFALSE;
1569       }
1570     }
1571
1572     if (runVertexFinderTracks) {
1573       // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1574       const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(fgkNDetectors));
1575
1576        // TPC + ITS primary vertex
1577        ftVertexer->SetITSMode();
1578        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1579        if (grpRecoParam) {
1580          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1581          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1582          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer);
1583          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1584          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1585        }
1586        if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) {
1587          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1588        } else {
1589          ftVertexer->SetConstraintOff();
1590        }
1591        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1592        if (pvtx) {
1593           if (pvtx->GetStatus()) {
1594              fesd->SetPrimaryVertex(pvtx);
1595              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1596                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1597                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1598              }
1599           }
1600        }
1601
1602        // TPC-only primary vertex
1603        ftVertexer->SetTPCMode();
1604        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
1605        if (grpRecoParam) {
1606          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
1607          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
1608          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer);
1609          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer);
1610          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
1611        }
1612        if(fDiamondProfileTPC && fMeanVertexConstraint) {
1613          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1614        } else {
1615          ftVertexer->SetConstraintOff();
1616        }
1617        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1618        if (pvtx) {
1619           if (pvtx->GetStatus()) {
1620              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1621              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1622                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1623                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1624              }
1625           }
1626        }
1627
1628     }
1629     delete[] selectedIdx;
1630
1631     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1632
1633
1634     if (fRunV0Finder) {
1635        // V0 finding
1636        AliV0vertexer vtxer;
1637        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1638
1639        if (fRunCascadeFinder) {
1640           // Cascade finding
1641           AliCascadeVertexer cvtxer;
1642           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1643        }
1644     }
1645
1646     // write ESD
1647     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1648
1649   if (fRunQA)
1650     fQASteer->RunOneEvent(fesd) ;
1651
1652   if (fRunGlobalQA) {
1653       AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1654       if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1655         qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
1656     }
1657
1658     if (fWriteESDfriend) {
1659       fesdf->~AliESDfriend();
1660       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1661       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1662     }
1663     ftree->Fill();
1664
1665     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
1666     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
1667       ftree->AutoSave("SaveSelf");
1668       TFile *friendfile = (TFile *)(gROOT->GetListOfFiles()->FindObject("AliESDfriends.root"));
1669       if (friendfile) friendfile->Save();
1670     }
1671
1672     // write HLT ESD
1673     fhlttree->Fill();
1674
1675     // call AliEVE
1676     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1677
1678     fesd->Reset();
1679     fhltesd->Reset();
1680     if (fWriteESDfriend) {
1681       fesdf->~AliESDfriend();
1682       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1683     }
1684
1685     ProcInfo_t ProcInfo;
1686     gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1687     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1688
1689     fEventInfo.Reset();
1690     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1691       if (fReconstructor[iDet])
1692         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
1693     }
1694
1695     fQASteer->Increment() ;
1696     return kTRUE;
1697 }
1698
1699 //_____________________________________________________________________________
1700 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
1701 {
1702   // Finalize the run on the slave side
1703   // Called after the exit
1704   // from the event loop
1705   AliCodeTimerAuto("");
1706
1707   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1708     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1709     fRunLoader->CdGAFile();
1710     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1711   }
1712
1713   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1714   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1715
1716   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
1717   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
1718
1719    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
1720    cdbMapCopy->SetOwner(1);
1721    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
1722    TIter iter(cdbMap->GetTable());
1723
1724    TPair* pair = 0;
1725    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
1726          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
1727          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
1728          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
1729    }
1730
1731    TList *cdbListCopy = new TList();
1732    cdbListCopy->SetOwner(1);
1733    cdbListCopy->SetName("cdbList");
1734
1735    TIter iter2(cdbList);
1736
1737         AliCDBId* id=0;
1738         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
1739          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
1740    }
1741
1742    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
1743    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1744
1745
1746   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
1747     AliInfo("Attaching ESD.par to Tree");
1748     TNamed *fn = CopyFileToTNamed(fESDPar.Data(),"ESD.par");
1749     ftree->GetUserInfo()->Add(fn);
1750   }
1751
1752
1753   ffile->cd();
1754
1755   if (fWriteESDfriend)
1756     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1757   // we want to have only one tree version number
1758   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1759   fhlttree->Write();
1760
1761 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1762   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1763    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1764   }
1765
1766   // End of cycle for the in-loop
1767   if (fRunQA) {
1768     fQASteer->EndOfCycle() ;
1769   }
1770   if (fRunGlobalQA) {
1771     AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1772     if (qadm) {
1773       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS)))
1774         qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1775       if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1776         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1777       qadm->Finish();
1778     }
1779   }
1780   gROOT->cd();
1781   CleanUp();
1782 }
1783
1784 //_____________________________________________________________________________
1785 void AliReconstruction::Terminate()
1786 {
1787   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
1788   // In case of empty events the tags will contain dummy values
1789   AliCodeTimerAuto("");
1790
1791   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
1792   esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData);
1793
1794   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
1795   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
1796 }
1797
1798 //_____________________________________________________________________________
1799 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
1800 {
1801 // run the local reconstruction
1802
1803   static Int_t eventNr=0;
1804   AliCodeTimerAuto("")
1805
1806   TString detStr = detectors;
1807   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1808     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1809     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1810     if (!reconstructor) continue;
1811     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
1812     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
1813     // although the HLT loader is missing
1814     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
1815       if (fRawReader) {
1816         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
1817       } else {
1818         TTree* dummy=NULL;
1819         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
1820       }
1821       continue;
1822     }
1823     if (!loader) {
1824       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
1825       continue;
1826     }
1827     // conversion of digits
1828     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
1829       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1830                    fgkDetectorName[iDet]));
1831 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1832 //                            fgkDetectorName[iDet]));
1833       loader->LoadDigits("update");
1834       loader->CleanDigits();
1835       loader->MakeDigitsContainer();
1836       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1837       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
1838       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
1839       loader->UnloadDigits();
1840     }
1841     // local reconstruction
1842     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1843     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1844     loader->LoadRecPoints("update");
1845     loader->CleanRecPoints();
1846     loader->MakeRecPointsContainer();
1847     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
1848     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1849       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
1850     } else {
1851       loader->LoadDigits("read");
1852       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1853       if (!digitsTree) {
1854         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
1855         if (fStopOnError) return kFALSE;
1856       } else {
1857         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
1858       }
1859       loader->UnloadDigits();
1860     }
1861
1862                 TString detQAStr(fQADetectors) ;
1863                 if (fRunQA)
1864                         fQASteer->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
1865
1866         loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1867         loader->UnloadRecPoints();
1868         AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
1869   }
1870   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1871     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1872                   detStr.Data()));
1873     if (fStopOnError) return kFALSE;
1874   }
1875   eventNr++;
1876   return kTRUE;
1877 }
1878
1879 //_____________________________________________________________________________
1880 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
1881 {
1882 // run the barrel tracking
1883
1884   AliCodeTimerAuto("")
1885
1886   AliESDVertex* vertex = NULL;
1887   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
1888   Double_t vtxErr[3] = {0.07, 0.07, 0.1};
1889   TArrayF mcVertex(3);
1890   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
1891     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
1892     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
1893   }
1894
1895   if (fVertexer) {
1896     AliInfo("running the ITS vertex finder");
1897     if (fLoader[0]) {
1898       fLoader[0]->LoadRecPoints();
1899       TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
1900       if (cltree) {
1901         if(fDiamondProfile) fVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1902         vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
1903       }
1904       else {
1905         AliError("Can't get the ITS cluster tree");
1906       }
1907       fLoader[0]->UnloadRecPoints();
1908     }
1909     else {
1910       AliError("Can't get the ITS loader");
1911     }
1912     if(!vertex){
1913       AliWarning("Vertex not found");
1914       vertex = new AliESDVertex();
1915       vertex->SetName("default");
1916     }
1917     else {
1918       vertex->SetName("reconstructed");
1919     }
1920
1921   } else {
1922     AliInfo("getting the primary vertex from MC");
1923     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1924   }
1925
1926   if (vertex) {
1927     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1928     vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
1929   } else {
1930     AliWarning("no vertex reconstructed");
1931     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1932   }
1933   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
1934   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
1935   AliMultiplicity *mult = fVertexer->GetMultiplicity();
1936   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
1937
1938   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1939     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
1940   }
1941   delete vertex;
1942
1943   return kTRUE;
1944 }
1945
1946 //_____________________________________________________________________________
1947 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
1948 {
1949 // run the HLT barrel tracking
1950
1951   AliCodeTimerAuto("")
1952
1953   if (!fRunLoader) {
1954     AliError("Missing runLoader!");
1955     return kFALSE;
1956   }
1957
1958   AliInfo("running HLT tracking");
1959
1960   // Get a pointer to the HLT reconstructor
1961   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
1962   if (!reconstructor) return kFALSE;
1963
1964   // TPC + ITS
1965   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1966     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1967     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
1968     reconstructor->SetOption(detName.Data());
1969     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
1970     if (!tracker) {
1971       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
1972       if (fStopOnError) return kFALSE;
1973       continue;
1974     }
1975     Double_t vtxPos[3];
1976     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
1977     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
1978     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1979     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
1980     if(iDet != 1) {
1981       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1982       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1983       if (!tree) {
1984         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
1985         return kFALSE;
1986       }
1987       tracker->LoadClusters(tree);
1988     }
1989     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1990       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1991       return kFALSE;
1992     }
1993     if(iDet != 1) {
1994       tracker->UnloadClusters();
1995     }
1996     delete tracker;
1997   }
1998
1999   return kTRUE;
2000 }
2001
2002 //_____________________________________________________________________________
2003 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2004 {
2005 // run the muon spectrometer tracking
2006
2007   AliCodeTimerAuto("")
2008
2009   if (!fRunLoader) {
2010     AliError("Missing runLoader!");
2011     return kFALSE;
2012   }
2013   Int_t iDet = 7; // for MUON
2014
2015   AliInfo("is running...");
2016
2017   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2018   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2019   if (!reconstructor) return kFALSE;
2020
2021
2022   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2023   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2024   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2025   if (!tracker) {
2026     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2027     return kFALSE;
2028   }
2029
2030   // read RecPoints
2031   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2032
2033   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2034
2035   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2036
2037   if ( rv )
2038   {
2039     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2040     return kFALSE;
2041   }
2042
2043   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2044
2045   tracker->UnloadClusters();
2046
2047   delete tracker;
2048
2049   return kTRUE;
2050 }
2051
2052
2053 //_____________________________________________________________________________
2054 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
2055 {
2056 // run the barrel tracking
2057   static Int_t eventNr=0;
2058   AliCodeTimerAuto("")
2059
2060   AliInfo("running tracking");
2061
2062   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
2063   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2064     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2065     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2066     GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2067   }
2068
2069   // pass 1: TPC + ITS inwards
2070   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2071     if (!fTracker[iDet]) continue;
2072     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2073
2074     // load clusters
2075     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2076     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2077     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2078     if (!tree) {
2079       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2080       return kFALSE;
2081     }
2082     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2083     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2084     // run tracking
2085     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2086       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2087       return kFALSE;
2088     }
2089     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2090     if (iDet == 1) {
2091       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2092       AliESDpid::MakePID(esd);
2093     }
2094     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2095   }
2096
2097   // pass 2: ALL backwards
2098
2099   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2100     if (!fTracker[iDet]) continue;
2101     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2102
2103     // load clusters
2104     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2105       TTree* tree = NULL;
2106       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2107       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2108       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2109       if (!tree) {
2110         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2111         return kFALSE;
2112       }
2113       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2114       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2115     }
2116
2117     // run tracking
2118     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2119     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
2120
2121     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2122       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2123       //      return kFALSE;
2124     }
2125
2126     // unload clusters
2127     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2128       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2129       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2130     }
2131     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2132     if (iDet == 1) {
2133       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2134       AliESDpid::MakePID(esd);
2135     }
2136     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2137   }
2138   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2139   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
2140
2141   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2142
2143   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2144     if (!fTracker[iDet]) continue;
2145     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2146
2147     // run tracking
2148     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2149     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
2150
2151     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2152       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2153       //      return kFALSE;
2154     }
2155     // run postprocessing
2156     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2157       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2158       //      return kFALSE;
2159     }
2160     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2161   }
2162
2163   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2164   // is switched on
2165   if (fWriteAlignmentData)
2166     WriteAlignmentData(esd);
2167
2168   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2169     if (!fTracker[iDet]) continue;
2170     // unload clusters
2171     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2172     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2173     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2174     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2175   }
2176   // stop filling residuals for TPC and ITS
2177   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
2178
2179   eventNr++;
2180   return kTRUE;
2181 }
2182
2183 //_____________________________________________________________________________
2184 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2185   //
2186   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2187   //
2188
2189   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2190   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2191   AliInfo
2192   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2193
2194   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
2195   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
2196
2197   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2198   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2199   AliInfo
2200   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
2201
2202   return rc;
2203 }
2204
2205 //_____________________________________________________________________________
2206 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
2207 {
2208 // fill the event summary data
2209
2210   AliCodeTimerAuto("")
2211     static Int_t eventNr=0;
2212   TString detStr = detectors;
2213
2214   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2215   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2216     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2217     if (!reconstructor) continue;
2218     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2219     TTree* clustersTree = NULL;
2220     if (fLoader[iDet]) {
2221       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2222       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
2223       if (!clustersTree) {
2224         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
2225                       fgkDetectorName[iDet]));
2226         if (fStopOnError) return kFALSE;
2227       }
2228     }
2229     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2230       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
2231     } else {
2232       TTree* digitsTree = NULL;
2233       if (fLoader[iDet]) {
2234         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
2235         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
2236         if (!digitsTree) {
2237           AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
2238                         fgkDetectorName[iDet]));
2239           if (fStopOnError) return kFALSE;
2240         }
2241       }
2242       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
2243       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
2244     }
2245     if (fLoader[iDet]) {
2246       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2247     }
2248   }
2249
2250   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2251     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2252                   detStr.Data()));
2253     if (fStopOnError) return kFALSE;
2254   }
2255   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2256   eventNr++;
2257   return kTRUE;
2258 }
2259
2260 //_____________________________________________________________________________
2261 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2262 {
2263   // Reads the trigger decision which is
2264   // stored in Trigger.root file and fills
2265   // the corresponding esd entries
2266
2267   AliCodeTimerAuto("")
2268
2269   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2270
2271   if (fRawReader) {
2272     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2273     if (!input.Next()) {
2274       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
2275     }
2276     else {
2277       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
2278         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
2279                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
2280       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
2281         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
2282                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
2283       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
2284         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
2285                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
2286     }
2287
2288   // Here one has to add the filling of trigger inputs and
2289   // interaction records
2290   // ...
2291   }
2292   return kTRUE;
2293 }
2294
2295
2296
2297
2298
2299 //_____________________________________________________________________________
2300 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2301 {
2302   //
2303   // Filling information from RawReader Header
2304   //
2305
2306   if (!fRawReader) return kFALSE;
2307
2308   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2309
2310   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
2311   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
2312   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
2313
2314   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
2315   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
2316
2317   return kTRUE;
2318 }
2319
2320
2321 //_____________________________________________________________________________
2322 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2323 {
2324 // check whether detName is contained in detectors
2325 // if yes, it is removed from detectors
2326
2327   // check if all detectors are selected
2328   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2329       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2330       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2331       detectors.Contains(" ALL ")) {
2332     detectors = "ALL";
2333     return kTRUE;
2334   }
2335
2336   // search for the given detector
2337   Bool_t result = kFALSE;
2338   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2339       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2340       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2341       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2342     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2343     result = kTRUE;
2344   }
2345
2346   // clean up the detectors string
2347   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2348   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2349   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2350
2351   return result;
2352 }
2353
2354 //_____________________________________________________________________________
2355 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2356 {
2357 // get or create the run loader
2358
2359   if (gAlice) delete gAlice;
2360   gAlice = NULL;
2361
2362   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2363     // load all base libraries to get the loader classes
2364     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2365     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2366       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2367       if (detName == "HLT") continue;
2368       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2369       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2370     }
2371     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2372     if (!fRunLoader) {
2373       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2374       CleanUp();
2375       return kFALSE;
2376     }
2377
2378     fRunLoader->CdGAFile();
2379     fRunLoader->LoadgAlice();
2380
2381     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2382     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2383     fRunLoader->LoadHeader();
2384     fRunLoader->LoadKinematics();
2385
2386   } else {               // galice.root does not exist
2387     if (!fRawReader) {
2388       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2389     }
2390     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2391                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2392                                     "recreate");
2393     if (!fRunLoader) {
2394       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
2395                     fGAliceFileName.Data()));
2396       CleanUp();
2397       return kFALSE;
2398     }
2399     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2400     fRunLoader->MakeTree("E");
2401
2402     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2403       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2404     else
2405       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2406   }
2407
2408   return kTRUE;
2409 }
2410
2411 //_____________________________________________________________________________
2412 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2413 {
2414 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2415
2416   if (fReconstructor[iDet]) {
2417     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2418       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2419       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
2420     }
2421     return fReconstructor[iDet];
2422   }
2423
2424   // load the reconstructor object
2425   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2426   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2427   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2428
2429   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2430
2431   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2432   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2433   TPluginHandler* pluginHandler =
2434     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2435   // if not, add a plugin for it
2436   if (!pluginHandler) {
2437     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2438     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2439     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2440         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2441       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2442                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2443     } else {
2444       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2445                                 recName, detName, recName + "()");
2446     }
2447     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2448   }
2449   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2450     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2451   }
2452   if (reconstructor) {
2453     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2454     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2455     reconstructor->Init();
2456     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2457   }
2458
2459   // get or create the loader
2460   if (detName != "HLT") {
2461     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2462     if (!fLoader[iDet]) {
2463       AliConfig::Instance()
2464         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
2465                                 detName, detName);
2466       // first check if a plugin is defined for the loader
2467       pluginHandler =
2468         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2469       // if not, add a plugin for it
2470       if (!pluginHandler) {
2471         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2472         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2473         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
2474                                   loaderName, detName + "base",
2475                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2476         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2477       }
2478       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2479         fLoader[iDet] =
2480           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
2481                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2482       }
2483       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2484         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2485       }
2486       if (!fLoader[iDet]) {
2487         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2488         if (fStopOnError) return NULL;
2489       } else {
2490         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2491         fRunLoader->CdGAFile();
2492         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2493         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2494       }
2495     }
2496   }
2497
2498   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2499     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2500     reconstructor->SetRecoParam(par);
2501   }
2502   return reconstructor;
2503 }
2504
2505 //_____________________________________________________________________________
2506 Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
2507 {
2508 // create the vertexer
2509
2510   fVertexer = NULL;
2511   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2512   if (itsReconstructor) {
2513     fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2514   }
2515   if (!fVertexer) {
2516     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2517     if (fStopOnError) return kFALSE;
2518   }
2519
2520   return kTRUE;
2521 }
2522
2523 //_____________________________________________________________________________
2524 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2525 {
2526 // create the trackers
2527
2528   TString detStr = detectors;
2529   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2530     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2531     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2532     if (!reconstructor) continue;
2533     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2534     if (detName == "HLT") {
2535       fRunHLTTracking = kTRUE;
2536       continue;
2537     }
2538     if (detName == "MUON") {
2539       fRunMuonTracking = kTRUE;
2540       continue;
2541     }
2542
2543
2544     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2545     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2546       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2547       if (fStopOnError) return kFALSE;
2548     }
2549     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2550   }
2551
2552   return kTRUE;
2553 }
2554
2555 //_____________________________________________________________________________
2556 void AliReconstruction::CleanUp()
2557 {
2558 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2559
2560   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2561     delete fReconstructor[iDet];
2562     fReconstructor[iDet] = NULL;
2563     fLoader[iDet] = NULL;
2564     delete fTracker[iDet];
2565     fTracker[iDet] = NULL;
2566   }
2567   delete fRunInfo;
2568   fRunInfo = NULL;
2569
2570   delete fVertexer;
2571   fVertexer = NULL;
2572
2573   delete ftVertexer;
2574   ftVertexer = NULL;
2575
2576   if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
2577     delete fDiamondProfile;
2578     fDiamondProfile = NULL;
2579     delete fDiamondProfileTPC;
2580     fDiamondProfileTPC = NULL;
2581   }
2582   delete fGRPData;
2583   fGRPData = NULL;
2584
2585   delete fRunLoader;
2586   fRunLoader = NULL;
2587   delete fRawReader;
2588   fRawReader = NULL;
2589   delete fParentRawReader;
2590   fParentRawReader=NULL;
2591
2592   if (ffile) {
2593     ffile->Close();
2594     delete ffile;
2595     ffile = NULL;
2596   }
2597 }
2598
2599 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2600 {
2601   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2602   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
2603
2604   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2605   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2606     {
2607       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2608       Int_t nsp = 0;
2609       Int_t idx[200];
2610       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
2611           nsp += track->GetNcls(iDet);
2612
2613           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
2614              track->GetClusters(iDet,idx);
2615              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
2616           }
2617       }
2618
2619       if (nsp) {
2620         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2621         track->SetTrackPointArray(sp);
2622         Int_t isptrack = 0;
2623         for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2624           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2625           if (!tracker) continue;
2626           Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
2627
2628           if (iDet==0) // ITS "extra" clusters
2629              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
2630
2631           if (nspdet <= 0) continue;
2632           AliTrackPoint p;
2633           Int_t isp = 0;
2634           Int_t isp2 = 0;
2635           while (isp2 < nspdet) {
2636             Bool_t isvalid=kTRUE;
2637
2638             Int_t index=idx[isp++];
2639             if (index < 0) continue;
2640
2641             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2642             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2643             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2644             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2645             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2646               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
2647             } else {
2648               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
2649             }
2650             isp2++;
2651             if (!isvalid) continue;
2652             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
2653           }
2654         }
2655       }
2656     }
2657 }
2658
2659 //_____________________________________________________________________________
2660 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
2661 {
2662   // The method reads the raw-data error log
2663   // accumulated within the rawReader.
2664   // It extracts the raw-data errors related to
2665   // the current event and stores them into
2666   // a TClonesArray inside the esd object.
2667
2668   if (!fRawReader) return;
2669
2670   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
2671
2672     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
2673     if (!log) continue;
2674     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
2675
2676     esd->AddRawDataErrorLog(log);
2677   }
2678
2679 }
2680
2681 TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString pName){
2682   // Dump a file content into a char in TNamed
2683   ifstream in;
2684   in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
2685   Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
2686   printf("Size: %d \n",kBytes);
2687   TNamed *fn = 0;
2688   if(in.good()){
2689     char* memblock = new char [kBytes];
2690     in.seekg (0, ios::beg);
2691     in.read (memblock, kBytes);
2692     in.close();
2693     TString fData(memblock,kBytes);
2694     fn = new TNamed(pName,fData);
2695     printf("fData Size: %d \n",fData.Sizeof());
2696     printf("pName Size: %d \n",pName.Sizeof());
2697     printf("fn    Size: %d \n",fn->Sizeof());
2698     delete[] memblock;
2699   }
2700   else{
2701     AliInfo(Form("Could not Open %s\n",fPath.Data()));
2702   }
2703
2704   return fn;
2705 }
2706
2707 void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString pName){
2708   // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
2709   // but can serve as a template
2710
2711   TList *fList = fTree->GetUserInfo();
2712   TNamed *fn = (TNamed*)fList->FindObject(pName.Data());
2713   printf("fn Size: %d \n",fn->Sizeof());
2714
2715   TString fTmp(fn->GetName()); // to be 100% sure in principle pName also works
2716   const char* cdata = fn->GetTitle();
2717   printf("fTmp Size %d\n",fTmp.Sizeof());
2718
2719   int size = fn->Sizeof()-fTmp.Sizeof()-sizeof(UChar_t)-sizeof(Int_t); // see dfinition of TString::SizeOf()...
2720   printf("calculated size %d\n",size);
2721   ofstream out(pName.Data(),ios::out | ios::binary);
2722   out.write(cdata,size);
2723   out.close();
2724
2725 }
2726
2727 //_____________________________________________________________________________
2728 void AliReconstruction::CheckQA()
2729 {
2730 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
2731 // with status Fatal
2732
2733         TString newRunLocalReconstruction ;
2734         TString newRunTracking ;
2735         TString newFillESD ;
2736
2737         for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
2738                 TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
2739                 AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
2740                 if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
2741                                 AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
2742                 } else {
2743                         if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2744                                         fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
2745                                 newRunLocalReconstruction += detName ;
2746                                 newRunLocalReconstruction += " " ;
2747                         }
2748                         if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2749                                         fRunTracking.Contains("ALL") )  {
2750                                 newRunTracking += detName ;
2751                                 newRunTracking += " " ;
2752                         }
2753                         if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2754                                         fFillESD.Contains("ALL") )  {
2755                                 newFillESD += detName ;
2756                                 newFillESD += " " ;
2757                         }
2758                 }
2759         }
2760         fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
2761         fRunTracking            = newRunTracking ;
2762         fFillESD                = newFillESD ;
2763 }
2764
2765 //_____________________________________________________________________________
2766 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
2767 {
2768   // return the detector index corresponding to detector
2769   Int_t index = -1 ;
2770   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2771     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2772         break ;
2773   }
2774   return index ;
2775 }
2776 //_____________________________________________________________________________
2777 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
2778  //
2779  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
2780  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
2781  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
2782  //
2783  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
2784  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2785  //
2786  //  Input: none
2787  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2788  //
2789  Bool_t ret=kFALSE;
2790  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2791  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
2792    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2793    if(fTracker[iDet]) {
2794       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
2795       TString name=planeeff->GetName();
2796       name+=".root";
2797       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
2798       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
2799       pefile->Close();
2800       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
2801         TString hname=planeeff->GetName();
2802         hname+="Histo.root";
2803         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
2804       }
2805    }
2806  }
2807  return ret;
2808 }
2809 //_____________________________________________________________________________
2810 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
2811 //
2812  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
2813  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
2814  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
2815  // which should be updated/recalculated.
2816  //
2817  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
2818  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2819  //
2820  //  Input: none
2821  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2822  //
2823  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet done !! Method return kTRUE"));
2824  return kTRUE;
2825 }
2826
2827 //_____________________________________________________________________________
2828 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
2829 {
2830   // This method should be called only in case
2831   // AliReconstruction is run
2832   // within the alieve environment.
2833   // It will initialize AliEVE in a way
2834   // so that it can visualize event processed
2835   // by AliReconstruction.
2836   // The return flag shows whenever the
2837   // AliEVE initialization was successful or not.
2838
2839   TString macroStr;
2840   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
2841   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
2842   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
2843
2844   gROOT->ProcessLine("if (!gAliEveEvent) {gAliEveEvent = new AliEveEventManager();gAliEveEvent->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(gAliEveEvent);};");
2845   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
2846
2847   return kTRUE;
2848 }
2849
2850 //_____________________________________________________________________________
2851 void AliReconstruction::RunAliEVE()
2852 {
2853   // Runs AliEVE visualisation of
2854   // the current event.
2855   // Should be executed only after
2856   // successful initialization of AliEVE.
2857
2858   AliInfo("Running AliEVE...");
2859   gROOT->ProcessLine(Form("gAliEveEvent->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
2860   gSystem->Run();
2861 }
2862
2863 //_____________________________________________________________________________
2864 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
2865 {
2866         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2867         // and a selected set of tasks among RAWS, RECPOINTS and ESDS
2868         // all selected detectors run the same selected tasks
2869
2870         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2871                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2872                 fRunQA = kFALSE ;
2873                 return kFALSE ;
2874         }
2875         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
2876         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
2877         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
2878                 fQADetectors = fFillESD ;
2879                 fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
2880         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2881                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ;
2882         } else {
2883                 fQATasks.ToUpper() ;
2884                 TString tempo("") ;
2885                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
2886                         tempo = Form("%d ", AliQA::kRAWS) ;
2887                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
2888                         tempo += Form("%d ", AliQA::kRECPOINTS) ;
2889                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
2890                         tempo += Form("%d ", AliQA::kESDS) ;
2891                 fQATasks = tempo ;
2892                 if (fQATasks.IsNull()) {
2893                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2894                         fRunQA = kFALSE ;
2895                         return kTRUE ;
2896                 }
2897         }
2898         TString tempo(fQATasks) ;
2899         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRAWS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRAWS))    ;
2900         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRECPOINTS)) ;
2901         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kESDS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kESDS)) ;
2902         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
2903         fRunQA = kTRUE ;
2904         return kTRUE;
2905 }
2906
2907 //_____________________________________________________________________________
2908 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
2909 {
2910   // The method accesses OCDB and retrieves all
2911   // the available reco-param objects from there.
2912
2913   Bool_t isOK = kTRUE;
2914
2915   TString detStr = fLoadCDB;
2916   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2917
2918     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2919
2920     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
2921       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2922       continue;
2923     }
2924
2925     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2926
2927     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
2928     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
2929     if(!entry){
2930       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2931       isOK = kFALSE;
2932     }
2933     else {
2934       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
2935       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
2936         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
2937         // Registering them in AliRecoParam
2938         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
2939       }
2940       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
2941         // The detector has only onse set of reco parameters
2942         // Registering it in AliRecoParam
2943         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2944         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
2945         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
2946       }
2947       else {
2948         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2949         isOK = kFALSE;
2950       }
2951       entry->SetOwner(0);
2952       AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
2953     }
2954   }
2955
2956   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
2957
2958   return isOK;
2959 }
2960
2961 //_____________________________________________________________________________
2962 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
2963 {
2964   // Fill the event info object
2965   // ...
2966   AliCodeTimerAuto("")
2967
2968   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
2969   if (fRawReader) {
2970     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
2971
2972     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
2973     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
2974     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
2975     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
2976
2977     aCTP = new AliCentralTrigger();
2978     TString configstr("");
2979     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
2980       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
2981       delete aCTP;
2982       return kFALSE;
2983     }
2984     aCTP->SetClassMask(mask);
2985     aCTP->SetClusterMask(clmask);
2986   }
2987   else {
2988     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
2989
2990     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
2991       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
2992       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
2993       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
2994     }
2995     else {
2996       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
2997       return kFALSE;
2998     }
2999   }
3000
3001   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
3002   if (!config) {
3003     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3004     if (fRawReader) delete aCTP;
3005     return kFALSE;
3006   }
3007
3008   UChar_t clustmask = 0;
3009   TString trclasses;
3010   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3011   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3012   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3013   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3014     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3015     if (trclass) {
3016       Int_t trindex = (Int_t)TMath::Log2(trclass->GetMask());
3017       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3018       if (trmask & (1 << trindex)) {
3019         trclasses += " ";
3020         trclasses += trclass->GetName();
3021         trclasses += " ";
3022         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3023       }
3024     }
3025   }
3026   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3027
3028   // Set the information in ESD
3029   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3030   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3031
3032   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3033     if (fRawReader) delete aCTP;
3034     return kFALSE;
3035   }
3036
3037   if (fRawReader) delete aCTP;
3038
3039   // We have to fill also the HLT decision here!!
3040   // ...
3041
3042   return kTRUE;
3043 }
3044
3045 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3046 {
3047   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3048   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3049   // gets the information from ECS)
3050   static TString resultList;
3051   TString detList = detectorList;
3052
3053   resultList = "";
3054
3055   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3056     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3057       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3058       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3059           detList.BeginsWith("ALL ") ||
3060           detList.EndsWith(" ALL") ||
3061           detList.Contains(" ALL ") ||
3062           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3063           detList.BeginsWith(det) ||
3064           detList.EndsWith(det) ||
3065           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3066         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3067           resultList += det;
3068           resultList += " ";
3069         }
3070       }
3071     }
3072   }
3073
3074   // HLT
3075   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
3076     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
3077     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3078         detList.BeginsWith("ALL ") ||
3079         detList.EndsWith(" ALL") ||
3080         detList.Contains(" ALL ") ||
3081         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
3082         detList.BeginsWith(hltDet) ||
3083         detList.EndsWith(hltDet) ||
3084         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
3085       resultList += hltDet;
3086     }
3087   }
3088
3089   return resultList.Data();
3090
3091 }
3092
3093 //______________________________________________________________________________
3094 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
3095 {
3096   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
3097   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
3098   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
3099   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
3100   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
3101   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
3102   // can be checked in these methods using GetAbort().
3103   //
3104   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
3105   // reco specific errors
3106
3107   if (!fStopOnError) return;
3108
3109   CleanUp();
3110
3111   TString whyMess = method;
3112   whyMess += " failed! Aborting...";
3113
3114   AliError(whyMess.Data());
3115
3116   fAbort = what;
3117   TString mess = "Abort";
3118   if (fAbort == kAbortProcess)
3119     mess = "AbortProcess";
3120   else if (fAbort == kAbortFile)
3121     mess = "AbortFile";
3122
3123   Info(mess, whyMess.Data());
3124 }
3125