STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayF.h>
 112 #include <TFile.h>
 113 #include <TList.h>
 114 #include <TSystem.h>
 115 #include <TROOT.h>
 116 #include <TPluginManager.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TLorentzVector.h>
 119 #include <TArrayS.h>
 120 #include <TArrayD.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TMap.h>
 123
 124 #include "AliReconstruction.h"
 125 #include "AliCodeTimer.h"
 126 #include "AliReconstructor.h"
 127 #include "AliLog.h"
 128 #include "AliRunLoader.h"
 129 #include "AliRun.h"
 130 #include "AliRawReaderFile.h"
 131 #include "AliRawReaderDate.h"
 132 #include "AliRawReaderRoot.h"
 133 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 134 #include "AliESDEvent.h"
 135 #include "AliESDMuonTrack.h"
 136 #include "AliESDfriend.h"
 137 #include "AliESDVertex.h"
 138 #include "AliESDcascade.h"
 139 #include "AliESDkink.h"
 140 #include "AliESDtrack.h"
 141 #include "AliESDCaloCluster.h"
 142 #include "AliESDCaloCells.h"
 143 #include "AliMultiplicity.h"
 144 #include "AliTracker.h"
 145 #include "AliVertexer.h"
 146 #include "AliVertexerTracks.h"
 147 #include "AliV0vertexer.h"
 148 #include "AliCascadeVertexer.h"
 149 #include "AliHeader.h"
 150 #include "AliGenEventHeader.h"
 151 #include "AliPID.h"
 152 #include "AliESDpid.h"
 153 #include "AliESDtrack.h"
 154 #include "AliESDPmdTrack.h"
 155
 156 #include "AliESDTagCreator.h"
 157 #include "AliAODTagCreator.h"
 158
 159 #include "AliGeomManager.h"
 160 #include "AliTrackPointArray.h"
 161 #include "AliCDBManager.h"
 162 #include "AliCDBStorage.h"
 163 #include "AliCDBEntry.h"
 164 #include "AliAlignObj.h"
 165
 166 #include "AliCentralTrigger.h"
 167 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 168 #include "AliTriggerClass.h"
 169 #include "AliTriggerCluster.h"
 170 #include "AliCTPRawStream.h"
 171
 172 #include "AliQADataMakerRec.h"
 173 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 174 #include "AliQA.h"
 175 #include "AliQADataMakerSteer.h"
 176
 177 #include "AliPlaneEff.h"
 178
 179 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 180 #include "AliRawHLTManager.h"
 181
 182 #include "AliMagWrapCheb.h"
 183
 184 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 185 #include "AliRunInfo.h"
 186 #include "AliEventInfo.h"
 187
 188 #include "AliDAQ.h"
 189
 190 ClassImp(AliReconstruction)
 191
 192
 193 //_____________________________________________________________________________
 194 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::fgkNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE", "HLT"};
 195
 196 //_____________________________________________________________________________
 197 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename,
 198                                      const char* name, const char* title) :
 199   TNamed(name, title),
 200
 201   fUniformField(kFALSE),
 202   fForcedFieldMap(0x0),
 203   fRunVertexFinder(kTRUE),
 204   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 205   fRunHLTTracking(kFALSE),
 206   fRunMuonTracking(kFALSE),
 207   fRunV0Finder(kTRUE),
 208   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 209   fStopOnError(kFALSE),
 210   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 211   fWriteESDfriend(kFALSE),
 212   fWriteAOD(kFALSE),
 213   fFillTriggerESD(kTRUE),
 214
 215   fCleanESD(kTRUE),
 216   fV0DCAmax(3.),
 217   fV0CsPmin(0.),
 218   fDmax(50.),
 219   fZmax(50.),
 220
 221   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 222   fRunTracking("ALL"),
 223   fFillESD("ALL"),
 224   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 225   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 226   fInput(""),
 227   fEquipIdMap(""),
 228   fFirstEvent(0),
 229   fLastEvent(-1),
 230   fNumberOfEventsPerFile(1),
 231   fOptions(),
 232   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 233   fLoadAlignData("ALL"),
 234   fESDPar(""),
 235   fUseHLTData(),
 236   fRunInfo(NULL),
 237   fEventInfo(),
 238
 239   fRunLoader(NULL),
 240   fRawReader(NULL),
 241   fParentRawReader(NULL),
 242
 243   fRecoParam(),
 244
 245   fVertexer(NULL),
 246   fDiamondProfile(NULL),
 247   fDiamondProfileTPC(NULL),
 248   fMeanVertexConstraint(kTRUE),
 249
 250   fGRPData(NULL),
 251
 252   fAlignObjArray(NULL),
 253   fCDBUri(),
 254   fSpecCDBUri(),
 255   fInitCDBCalled(kFALSE),
 256   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 257   fQADetectors("ALL"),
 258   fQASteer(NULL),
 259   fQATasks("ALL"),
 260   fRunQA(kTRUE),
 261   fRunGlobalQA(kTRUE),
 262   fInLoopQA(kFALSE),
 263   fSameQACycle(kFALSE),
 264
 265   fRunPlaneEff(kFALSE),
 266
 267   fesd(NULL),
 268   fhltesd(NULL),
 269   fesdf(NULL),
 270   ffile(NULL),
 271   ftree(NULL),
 272   fhlttree(NULL),
 273   ftVertexer(NULL),
 274   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 275   fRunAliEVE(kFALSE)
 276 {
 277 // create reconstruction object with default parameters
 278
 279   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 280     fReconstructor[iDet] = NULL;
 281     fLoader[iDet] = NULL;
 282     fTracker[iDet] = NULL;
 283                 fQACycles[iDet] = 999999;
 284   }
 285   fQASteer = new AliQADataMakerSteer("rec") ;
 286         fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
 287         fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ;
 288         fQASteer->SetTasks(fQATasks) ;
 289   AliPID pid;
 290 }
 291
 292 //_____________________________________________________________________________
 293 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 294   TNamed(rec),
 295
 296   fUniformField(rec.fUniformField),
 297   fForcedFieldMap(0x0),
 298   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 299   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 300   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 301   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 302   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 303   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 304   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 305   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 306   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 307   fWriteAOD(rec.fWriteAOD),
 308   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 309
 310   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 311   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 312   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 313   fDmax(rec.fDmax),
 314   fZmax(rec.fZmax),
 315
 316   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 317   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 318   fFillESD(rec.fFillESD),
 319   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 320   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 321   fInput(rec.fInput),
 322   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 323   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 324   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 325   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 326   fOptions(),
 327   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 328   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 329   fESDPar(rec.fESDPar),
 330   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 331   fRunInfo(NULL),
 332   fEventInfo(),
 333
 334   fRunLoader(NULL),
 335   fRawReader(NULL),
 336   fParentRawReader(NULL),
 337
 338   fRecoParam(),
 339
 340   fVertexer(NULL),
 341   fDiamondProfile(NULL),
 342   fDiamondProfileTPC(NULL),
 343   fMeanVertexConstraint(rec.fMeanVertexConstraint),
 344
 345   fGRPData(NULL),
 346
 347   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 348   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 349   fSpecCDBUri(),
 350   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 351   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 352   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 353   fQASteer(rec.fQASteer),
 354   fQATasks(rec.fQATasks),
 355   fRunQA(rec.fRunQA),
 356   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 357   fInLoopQA(rec.fInLoopQA),
 358   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 359   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 360
 361   fesd(NULL),
 362   fhltesd(NULL),
 363   fesdf(NULL),
 364   ffile(NULL),
 365   ftree(NULL),
 366   fhlttree(NULL),
 367   ftVertexer(NULL),
 368   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 369   fRunAliEVE(kFALSE)
 370 {
 371 // copy constructor
 372
 373   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 374     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 375   }
 376   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 377     fReconstructor[iDet] = NULL;
 378     fLoader[iDet] = NULL;
 379     fTracker[iDet] = NULL;
 380     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 381   }
 382   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 383     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 384   }
 385
 386   fForcedFieldMap=new AliMagWrapCheb(*((AliMagWrapCheb*)rec.fForcedFieldMap));
 387 }
 388
 389 //_____________________________________________________________________________
 390 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 391 {
 392 // assignment operator
 393
 394   this->~AliReconstruction();
 395   new(this) AliReconstruction(rec);
 396   return *this;
 397 }
 398
 399 //_____________________________________________________________________________
 400 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 401 {
 402 // clean up
 403
 404   CleanUp();
 405   fOptions.Delete();
 406   fSpecCDBUri.Delete();
 407   delete fForcedFieldMap;
 408   delete fQASteer ;
 409   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 410 }
 411
 412 //_____________________________________________________________________________
 413 void AliReconstruction::InitCDB()
 414 {
 415 // activate a default CDB storage
 416 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 417 // to retrieve the calibration and alignment constants
 418
 419   if (fInitCDBCalled) return;
 420   fInitCDBCalled = kTRUE;
 421
 422   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 423   if (man->IsDefaultStorageSet())
 424   {
 425     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 426     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 427     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 428     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 429     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 430   }
 431   else {
 432     if (fCDBUri.Length() > 0)
 433     {
 434         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 435         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 436         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 437     } else {
 438         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT";
 439         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 440         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 441         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 442         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 443
 444     }
 445     man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 446   }
 447
 448   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 449   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 450     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 451     if (!obj) continue;
 452     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 453     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 454     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 455     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 456   }
 457
 458 }
 459
 460 //_____________________________________________________________________________
 461 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 462 // Store the desired default CDB storage location
 463 // Activate it later within the Run() method
 464
 465   fCDBUri = uri;
 466
 467 }
 468
 469 //_____________________________________________________________________________
 470 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 471 // Store a detector-specific CDB storage location
 472 // Activate it later within the Run() method
 473
 474   AliCDBPath aPath(calibType);
 475   if(!aPath.IsValid()){
 476         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 477         for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 478                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 479                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 480                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 481                         break;
 482                 }
 483         }
 484         if(!aPath.IsValid()){
 485                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 486                 return;
 487         }
 488   }
 489
 490 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 491 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 492 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 493 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 494 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 495 //      isDetector = kTRUE;
 496 //      break;
 497 //    }
 498 //  }
 499 //
 500 //  if(!isDetector) {
 501 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 502 //      return;
 503 //  }
 504
 505   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 506   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 507   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 508
 509 }
 510
 511 //_____________________________________________________________________________
 512 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 513 {
 514   // The method is called in Run() in order
 515   // to set a correct run number.
 516   // In case of raw data reconstruction the
 517   // run number is taken from the raw data header
 518
 519   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 520   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 521
 522   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 523
 524   if(man->GetRun() > 0) {
 525         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 526   }
 527
 528   if (!fRunLoader) {
 529       AliError("No run loader is found !");
 530       return kFALSE;
 531     }
 532     // read run number from gAlice
 533     if(fRunLoader->GetAliRun())
 534       AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
 535     else {
 536       if(fRawReader) {
 537         if(fRawReader->NextEvent()) {
 538           AliCDBManager::Instance()->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 539           fRawReader->RewindEvents();
 540         }
 541         else {
 542           if(man->GetRun() > 0) {
 543             AliWarning("No raw events is found ! Using settings in AliCDBManager !");
 544             man->Print();
 545             return kTRUE;
 546           }
 547           else {
 548             AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 549             return kFALSE;
 550           }
 551         }
 552       }
 553       else {
 554         AliError("Neither gAlice nor RawReader objects are found !");
 555         return kFALSE;
 556       }
 557   }
 558
 559   man->Print();
 560
 561   return kTRUE;
 562 }
 563
 564 //_____________________________________________________________________________
 565 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 566   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 567   // or the default storage or to activate any further storage!
 568
 569   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 570 }
 571
 572 //_____________________________________________________________________________
 573 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 574 {
 575   // Read the alignment objects from CDB.
 576   // Each detector is supposed to have the
 577   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 578   // All the detector objects are then collected,
 579   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 580   // then applied to the TGeo geometry.
 581   // Finally an overlaps check is performed.
 582
 583   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 584   if(fLoadAlignFromCDB){
 585
 586     TString detStr = detectors;
 587     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 588
 589     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 590       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 591       loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 592       loadAlObjsListOfDets += " ";
 593     } // end loop over detectors
 594     loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 595     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 596   }else{
 597     // Check if the array with alignment objects was
 598     // provided by the user. If yes, apply the objects
 599     // to the present TGeo geometry
 600     if (fAlignObjArray) {
 601       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 602         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 603           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 604                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 605           return kFALSE;
 606         }
 607       }
 608       else {
 609         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 610         return kFALSE;
 611       }
 612     }
 613   }
 614
 615   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=0;
 616
 617   return kTRUE;
 618 }
 619
 620 //_____________________________________________________________________________
 621 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 622 {
 623 // set the name of the galice file
 624
 625   fGAliceFileName = fileName;
 626 }
 627
 628 //_____________________________________________________________________________
 629 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 630 {
 631   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 632   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 633   // file is assumed. One can give as an input:
 634   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 635   //  or
 636   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 637   fInput = input;
 638 }
 639
 640 //_____________________________________________________________________________
 641 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 642 {
 643 // set options for the reconstruction of a detector
 644
 645   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 646   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 647   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 648 }
 649
 650 //_____________________________________________________________________________
 651 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 652 {
 653   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
 654   // Single set of parameters for all the events
 655   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
 656     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
 657       par->SetAsDefault();
 658       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
 659       break;
 660     }
 661   }
 662
 663 }
 664
 665 //_____________________________________________________________________________
 666 Bool_t AliReconstruction::SetFieldMap(Float_t l3Current, Float_t diCurrent, Float_t factor, const char *path) {
 667   //------------------------------------------------
 668   // The magnetic field map, defined externally...
 669   // L3 current 30000 A  -> 0.5 T
 670   // L3 current 12000 A  -> 0.2 T
 671   // dipole current 6000 A
 672   // The polarities must be the same
 673   //------------------------------------------------
 674   const Float_t l3NominalCurrent1=30000.; // (A)
 675   const Float_t l3NominalCurrent2=12000.; // (A)
 676   const Float_t diNominalCurrent =6000. ; // (A)
 677
 678   const Float_t tolerance=0.03; // relative current tolerance
 679   const Float_t zero=77.;       // "zero" current (A)
 680
 681   Int_t map=0;
 682   Bool_t dipoleON=kFALSE;
 683
 684   TString s=(factor < 0) ? "L3: -" : "L3: +";
 685
 686   l3Current = TMath::Abs(l3Current);
 687   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent1)/l3NominalCurrent1 < tolerance) {
 688     map=AliMagWrapCheb::k5kG;
 689     s+="0.5 T;  ";
 690   } else
 691   if (TMath::Abs(l3Current-l3NominalCurrent2)/l3NominalCurrent2 < tolerance) {
 692     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 693     s+="0.2 T;  ";
 694   } else
 695   if (l3Current < zero) {
 696     map=AliMagWrapCheb::k2kG;
 697     s+="0.0 T;  ";
 698     factor=0.;                  // in fact, this is a global factor...
 699     fUniformField=kTRUE;        // track with the uniform (zero) B field
 700   } else {
 701     AliError(Form("Wrong L3 current (%f A)!",l3Current));
 702     return kFALSE;
 703   }
 704
 705   diCurrent = TMath::Abs(diCurrent);
 706   if (TMath::Abs(diCurrent-diNominalCurrent)/diNominalCurrent < tolerance) {
 707     // 3% current tolerance...
 708     dipoleON=kTRUE;
 709     s+="Dipole ON";
 710   } else
 711   if (diCurrent < zero) { // some small current..
 712     dipoleON=kFALSE;
 713     s+="Dipole OFF";
 714   } else {
 715     AliError(Form("Wrong dipole current (%f A)!",diCurrent));
 716     return kFALSE;
 717   }
 718
 719   delete fForcedFieldMap;
 720   fForcedFieldMap=
 721     new AliMagWrapCheb("B field map  ",s,2,factor,10.,map,dipoleON,path);
 722
 723   fForcedFieldMap->Print();
 724
 725   AliTracker::SetFieldMap(fForcedFieldMap,fUniformField);
 726
 727   return kTRUE;
 728 }
 729
 730
 731 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
 732   //------------------------------------
 733   // Initialization of the GRP entry
 734   //------------------------------------
 735   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
 736
 737   if (entry) fGRPData = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());
 738
 739   if (!fGRPData) {
 740      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
 741      return kFALSE;
 742   }
 743
 744   TObjString *lhcState=
 745     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fLHCState"));
 746   if (!lhcState) {
 747     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
 748   }
 749
 750   TObjString *beamType=
 751     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamType"));
 752   if (!beamType) {
 753     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
 754   }
 755
 756   TObjString *beamEnergyStr=
 757     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fAliceBeamEnergy"));
 758   if (!beamEnergyStr) {
 759     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
 760   }
 761
 762   TObjString *runType=
 763     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fRunType"));
 764   if (!runType) {
 765     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
 766   }
 767
 768   TObjString *activeDetectors=
 769     dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDetectorMask"));
 770   if (!activeDetectors) {
 771     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
 772   }
 773
 774   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState ? lhcState->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 775                             beamType ? beamType->GetString().Data() : "UNKNOWN",
 776                             beamEnergyStr ? beamEnergyStr->GetString().Atof() : 0,
 777                             runType  ? runType->GetString().Data()  : "UNKNOWN",
 778                             activeDetectors ? activeDetectors->GetString().Atoi() : 1074790399);
 779
 780   // Process the list of active detectors
 781   if (activeDetectors && activeDetectors->GetString().IsDigit()) {
 782     UInt_t detMask = activeDetectors->GetString().Atoi();
 783     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
 784     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
 785     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
 786     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
 787                 fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
 788   }
 789
 790   AliInfo("===================================================================================");
 791   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
 792   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
 793   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
 794   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
 795   AliInfo("===================================================================================");
 796
 797   //*** Dealing with the magnetic field map
 798   if (AliTracker::GetFieldMap()) {
 799     AliInfo("Running with the externally set B field !");
 800   } else {
 801     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
 802
 803     Bool_t ok = kTRUE;
 804
 805     // L3
 806     TObjString *l3Current=
 807        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Current"));
 808     if (!l3Current) {
 809       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
 810       ok = kFALSE;
 811     }
 812     TObjString *l3Polarity=
 813        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fL3Polarity"));
 814     if (!l3Polarity) {
 815       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
 816       ok = kFALSE;
 817     }
 818
 819     // Dipole
 820     TObjString *diCurrent=
 821        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipoleCurrent"));
 822     if (!diCurrent) {
 823       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
 824       ok = kFALSE;
 825     }
 826     TObjString *diPolarity=
 827        dynamic_cast<TObjString*>(fGRPData->GetValue("fDipolePolarity"));
 828     if (!diPolarity) {
 829       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
 830       ok = kFALSE;
 831     }
 832
 833     if (ok) {
 834        Float_t l3Cur=TMath::Abs(atof(l3Current->GetName()));
 835        Float_t diCur=TMath::Abs(atof(diCurrent->GetName()));
 836        Float_t l3Pol=atof(l3Polarity->GetName());
 837        Float_t factor=1.;
 838        if (l3Pol != 0.) factor=-1.;
 839
 840
 841       if (!SetFieldMap(l3Cur, diCur, factor)) {
 842          AliFatal("Failed to creat a B field map ! Exiting...");
 843       }
 844       AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
 845     }
 846     else {
 847       AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
 848     }
 849
 850   }
 851
 852
 853   //*** Get the diamond profile from OCDB
 854   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
 855   if (entry) {
 856     if (fMeanVertexConstraint)
 857       fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
 858   } else {
 859      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
 860   }
 861
 862   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
 863   if (entry) {
 864     if (fMeanVertexConstraint)
 865       fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
 866   } else {
 867      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
 868   }
 869
 870   return kTRUE;
 871 }
 872
 873 //_____________________________________________________________________________
 874 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
 875 {
 876   // Run Run Run
 877   AliCodeTimerAuto("");
 878
 879   if (!InitRun(input)) return kFALSE;
 880   //******* The loop over events
 881   Int_t iEvent = 0;
 882   while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
 883          (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
 884     if (!RunEvent(iEvent)) return kFALSE;
 885     iEvent++;
 886   }
 887
 888   if (!FinishRun()) return kFALSE;
 889
 890   return kTRUE;
 891 }
 892
 893 //_____________________________________________________________________________
 894 Bool_t AliReconstruction::InitRun(const char* input)
 895 {
 896   // Initialize all the stuff before
 897   // going into the event loop
 898   // If the second argument is given, the first one is ignored and
 899   // the reconstruction works in an online mode
 900   AliCodeTimerAuto("");
 901
 902   // Overwrite the previous setting
 903   if (input) fInput = input;
 904
 905   // set the input in case of raw data
 906   fRawReader = AliRawReader::Create(fInput.Data());
 907   if (!fRawReader)
 908     AliInfo("Reconstruction will run over digits");
 909
 910   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
 911     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
 912
 913   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
 914     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
 915     // the specified detectors
 916     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
 917     if (pRawReader) {
 918       fParentRawReader=fRawReader;
 919       fRawReader=pRawReader;
 920     } else {
 921       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
 922     }
 923   }
 924
 925    AliSysInfo::AddStamp("Start");
 926   // get the run loader
 927   if (!InitRunLoader()) return kFALSE;
 928    AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
 929
 930   // Initialize the CDB storage
 931   InitCDB();
 932
 933   AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
 934
 935   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
 936   if (!SetRunNumberFromData()) if (fStopOnError) return kFALSE;
 937
 938   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 939   // or the default storage or to activate any further storage!
 940   SetCDBLock();
 941
 942   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
 943   if (!gGeoManager) {
 944     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
 945     geom += "/geometry.root";
 946     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
 947
 948     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
 949     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data()))
 950           AliFatalClass("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
 951     if (!gGeoManager) if (fStopOnError) return kFALSE;
 952   }
 953
 954   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) if (fStopOnError) return kFALSE;
 955    AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
 956
 957
 958   if (!InitGRP()) return kFALSE;
 959
 960   // Read the reconstruction parameters from OCDB
 961   if (!InitRecoParams()) {
 962     if (fStopOnError) {
 963       CleanUp();
 964       return kFALSE;
 965     }
 966   }
 967    AliSysInfo::AddStamp("ReadRecoParam");
 968
 969   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
 970   if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
 971
 972   // get vertexer
 973   if (fRunVertexFinder && !CreateVertexer()) {
 974     if (fStopOnError) {
 975       CleanUp();
 976       return kFALSE;
 977     }
 978   }
 979    AliSysInfo::AddStamp("Vertexer");
 980
 981   // get trackers
 982   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
 983     if (fStopOnError) {
 984       CleanUp();
 985       return kFALSE;
 986     }
 987   }
 988    AliSysInfo::AddStamp("LoadTrackers");
 989
 990   // create the ESD output file and tree
 991   ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
 992   ffile->SetCompressionLevel(2);
 993   if (!ffile->IsOpen()) {
 994     AliError("opening AliESDs.root failed");
 995     if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
 996   }
 997
 998   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
 999   fesd = new AliESDEvent();
1000   fesd->CreateStdContent();
1001   fesd->WriteToTree(ftree);
1002
1003   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1004   fhltesd = new AliESDEvent();
1005   fhltesd->CreateStdContent();
1006   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1007
1008
1009   if (fWriteESDfriend) {
1010     fesdf = new AliESDfriend();
1011     TBranch *br=ftree->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1012     br->SetFile("AliESDfriends.root");
1013     fesd->AddObject(fesdf);
1014   }
1015
1016
1017
1018   if (fRawReader) fRawReader->RewindEvents();
1019
1020   ProcInfo_t ProcInfo;
1021   gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1022   AliInfo(Form("Current memory usage %d %d", ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1023
1024   //QA
1025   if ( !fInLoopQA ) {
1026     if (fRunQA && fRawReader && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRAWS))) {
1027       fQASteer->Run(fQADetectors, fRawReader) ;
1028       fSameQACycle = kTRUE ;
1029     }
1030   }
1031
1032   //Initialize the QA and start of cycle for out-of-loop QA
1033   if (fRunQA) {
1034                 fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam, fSameQACycle, !fInLoopQA) ;
1035         }
1036
1037         if (fRunGlobalQA) {
1038                 fSameQACycle = kFALSE;
1039                 AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1040                 AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
1041                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1042                         TObjArray *arr=qadm->Init(AliQA::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1043                         AliTracker::SetResidualsArray(arr);
1044                         if (!fInLoopQA) {
1045                                 qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1046                                 fSameQACycle = kTRUE;
1047                         }
1048                 }
1049                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1050                         qadm->Init(AliQA::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun());
1051                         if (!fInLoopQA) {
1052                                 qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
1053                                 fSameQACycle = kTRUE;
1054                         }
1055                 }
1056         }
1057
1058   //Initialize the Plane Efficiency framework
1059   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1060     if(fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1061   }
1062
1063   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1064     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1065
1066   return kTRUE;
1067 }
1068
1069 //_____________________________________________________________________________
1070 Bool_t AliReconstruction::RunEvent(Int_t iEvent)
1071 {
1072   // run the reconstruction over a single event
1073   // The event loop is steered in Run method
1074
1075   AliCodeTimerAuto("");
1076
1077   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1078     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1079     fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1080                                    iEvent, iEvent);
1081     //??      fRunLoader->MakeTree("H");
1082     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1083   }
1084
1085   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1086     return kTRUE;
1087   }
1088
1089   AliInfo(Form("processing event %d", iEvent));
1090
1091   // Fill Event-info object
1092   GetEventInfo();
1093   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo);
1094
1095   //Start of cycle for the in-loop QA
1096   if (fInLoopQA && fRunQA) {
1097                 fQASteer->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun(), fRecoParam, fSameQACycle, fInLoopQA) ;
1098         }
1099         if (fInLoopQA && fRunGlobalQA) {
1100                 fSameQACycle = kFALSE;
1101                 AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1102                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS))) {
1103                         qadm->StartOfCycle(AliQA::kRECPOINTS, fSameQACycle);
1104                         fSameQACycle = kTRUE;
1105                 }
1106                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS))) {
1107                         qadm->StartOfCycle(AliQA::kESDS, fSameQACycle);
1108                         fSameQACycle = kTRUE;
1109                 }
1110         }
1111
1112         fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1113
1114     char aFileName[256];
1115     sprintf(aFileName, "ESD_%d.%d_final.root",
1116             fRunLoader->GetHeader()->GetRun(),
1117             fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1118     if (!gSystem->AccessPathName(aFileName)) return kTRUE;
1119
1120     // QA on single raw
1121     if (fInLoopQA && fRunQA)
1122                         fQASteer->RunOneEvent(fRawReader) ;
1123
1124     // local single event reconstruction
1125     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1126       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1127       // run HLT event reconstruction first
1128       // ;-( IsSelected changes the string
1129       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1130           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1131         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1132       }
1133       detectors=fRunLocalReconstruction;
1134       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1135       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1136         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1137       }
1138     }
1139
1140     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1141     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1142     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1143     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1144
1145     // Set magnetic field from the tracker
1146     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1147     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1148
1149
1150
1151     // Fill raw-data error log into the ESD
1152     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1153
1154     // vertex finder
1155     if (fRunVertexFinder) {
1156       if (!ReadESD(fesd, "vertex")) {
1157         if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1158           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1159         }
1160       }
1161     }
1162
1163     // Muon tracking
1164     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1165       if (fRunMuonTracking) {
1166         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
1167           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1168         }
1169       }
1170     }
1171
1172     // barrel tracking
1173     if (!fRunTracking.IsNull()) {
1174       if (!ReadESD(fesd, "tracking")) {
1175         if (!RunTracking(fesd)) {
1176           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1177         }
1178       }
1179     }
1180
1181     // fill ESD
1182     if (!fFillESD.IsNull()) {
1183       TString detectors=fFillESD;
1184       // run HLT first and on hltesd
1185       // ;-( IsSelected changes the string
1186       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1187           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
1188         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1189       }
1190       detectors=fFillESD;
1191       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
1192       if (detectors.Contains("ALL")) {
1193         detectors="";
1194         for (Int_t idet=0; idet<fgkNDetectors; ++idet){
1195           detectors += fgkDetectorName[idet];
1196           detectors += " ";
1197         }
1198       }
1199       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1200       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
1201         if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1202       }
1203     }
1204
1205     // fill Event header information from the RawEventHeader
1206     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1207
1208     // combined PID
1209     AliESDpid::MakePID(fesd);
1210
1211     if (fFillTriggerESD) {
1212       if (!ReadESD(fesd, "trigger")) {
1213         if (!FillTriggerESD(fesd)) {
1214           if (fStopOnError) {CleanUp(ffile); return kFALSE;}
1215         }
1216       }
1217     }
1218
1219     ffile->cd();
1220
1221     //
1222     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
1223     //
1224     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
1225     const Double_t kBz = fesd->GetMagneticField();
1226     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
1227
1228     TObjArray trkArray;
1229     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
1230
1231     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
1232       const Double_t kMaxStep = 5;   //max step over the material
1233       Bool_t ok;
1234
1235       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
1236       if (!track) continue;
1237
1238       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
1239            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
1240       ok = kFALSE;
1241       if (tpcTrack)
1242         ok = AliTracker::
1243           PropagateTrackTo(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1244
1245       if (ok) {
1246         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
1247         selectedIdx[n]=track->GetID();
1248         trkArray.AddLast(tpcTrack);
1249       }
1250
1251       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
1252       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
1253
1254       AliTracker::
1255          PropagateTrackTo(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kTRUE);
1256       track->RelateToVertex(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), kBz, kVeryBig);
1257
1258     }
1259
1260     //
1261     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
1262     //
1263     TObject *obj = fOptions.FindObject("ITS");
1264     if (obj) {
1265       TString optITS = obj->GetTitle();
1266       if (optITS.Contains("cosmics") || optITS.Contains("COSMICS"))
1267         fRunVertexFinderTracks=kFALSE;
1268     }
1269     if (fRunVertexFinderTracks) {
1270        // TPC + ITS primary vertex
1271        ftVertexer->SetITSrefitRequired();
1272        if(fDiamondProfile && fMeanVertexConstraint) {
1273          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1274        } else {
1275          ftVertexer->SetConstraintOff();
1276        }
1277        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
1278        if (pvtx) {
1279           if (pvtx->GetStatus()) {
1280              fesd->SetPrimaryVertex(pvtx);
1281              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1282                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1283                  t->RelateToVertex(pvtx, kBz, kVeryBig);
1284              }
1285           }
1286        }
1287
1288        // TPC-only primary vertex
1289        ftVertexer->SetITSrefitNotRequired();
1290        if(fDiamondProfileTPC && fMeanVertexConstraint) {
1291          ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC);
1292        } else {
1293          ftVertexer->SetConstraintOff();
1294        }
1295        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
1296        if (pvtx) {
1297           if (pvtx->GetStatus()) {
1298              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
1299              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
1300                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
1301                  t->RelateToVertexTPC(pvtx, kBz, kVeryBig);
1302              }
1303           }
1304        }
1305
1306     }
1307     delete[] selectedIdx;
1308
1309     if(fDiamondProfile) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
1310
1311
1312     if (fRunV0Finder) {
1313        // V0 finding
1314        AliV0vertexer vtxer;
1315        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
1316
1317        if (fRunCascadeFinder) {
1318           // Cascade finding
1319           AliCascadeVertexer cvtxer;
1320           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
1321        }
1322     }
1323
1324     // write ESD
1325     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
1326
1327     if (fRunQA) {
1328       if (fRunGlobalQA) {
1329         AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1330         if (qadm && fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1331           qadm->Exec(AliQA::kESDS, fesd);
1332       }
1333     }
1334
1335     if (fWriteESDfriend) {
1336       fesdf->~AliESDfriend();
1337       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1338       fesd->GetESDfriend(fesdf);
1339     }
1340     ftree->Fill();
1341
1342     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
1343     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1344       ftree->AutoSave("SaveSelf");
1345
1346     // write HLT ESD
1347     fhlttree->Fill();
1348
1349     // call AliEVE
1350     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
1351
1352     fesd->Reset();
1353     fhltesd->Reset();
1354     if (fWriteESDfriend) {
1355       fesdf->~AliESDfriend();
1356       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
1357     }
1358
1359     ProcInfo_t ProcInfo;
1360     gSystem->GetProcInfo(&ProcInfo);
1361     AliInfo(Form("Event %d -> Current memory usage %d %d",iEvent, ProcInfo.fMemResident, ProcInfo.fMemVirtual));
1362
1363
1364   // End of cycle for the in-loop
1365     if (fInLoopQA && fRunQA) {
1366                         fQASteer->RunOneEvent(fesd) ;
1367                         fQASteer->EndOfCycle() ;
1368                 }
1369     if (fRunGlobalQA) {
1370       AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1371       if (qadm) {
1372                                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS)))
1373                                         qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1374                                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1375                                         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1376                                 qadm->Finish();
1377       }
1378     }
1379
1380     fEventInfo.Reset();
1381     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1382       if (fReconstructor[iDet])
1383                                 fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
1384     }
1385
1386     return kTRUE;
1387 }
1388
1389 //_____________________________________________________________________________
1390 Bool_t AliReconstruction::FinishRun()
1391 {
1392   // Finalize the run
1393   // Called after the exit
1394   // from the event loop
1395   AliCodeTimerAuto("");
1396
1397   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
1398     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
1399     fRunLoader->CdGAFile();
1400     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
1401   }
1402
1403   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1404   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1405
1406   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
1407   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
1408
1409    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
1410    cdbMapCopy->SetOwner(1);
1411    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
1412    TIter iter(cdbMap->GetTable());
1413
1414    TPair* pair = 0;
1415    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
1416          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
1417          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
1418          cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
1419    }
1420
1421    TList *cdbListCopy = new TList();
1422    cdbListCopy->SetOwner(1);
1423    cdbListCopy->SetName("cdbList");
1424
1425    TIter iter2(cdbList);
1426
1427         AliCDBId* id=0;
1428         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
1429          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
1430    }
1431
1432    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
1433    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
1434
1435
1436   if(fESDPar.Contains("ESD.par")){
1437     AliInfo("Attaching ESD.par to Tree");
1438     TNamed *fn = CopyFileToTNamed(fESDPar.Data(),"ESD.par");
1439     ftree->GetUserInfo()->Add(fn);
1440   }
1441
1442
1443   ffile->cd();
1444
1445   if (fWriteESDfriend)
1446     ftree->SetBranchStatus("ESDfriend*",0);
1447   // we want to have only one tree version number
1448   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
1449   fhlttree->Write();
1450
1451 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
1452   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
1453    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
1454   }
1455
1456   gROOT->cd();
1457   CleanUp(ffile);
1458
1459   if (fWriteAOD) {
1460     AliWarning("AOD creation not supported anymore during reconstruction. See ANALYSIS/AliAnalysisTaskESDfilter.cxx instead.");
1461   }
1462
1463   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
1464   // In case of empty events the tags will contain dummy values
1465   AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
1466   esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData);
1467   if (fWriteAOD) {
1468     AliWarning("AOD tag creation not supported anymore during reconstruction.");
1469   }
1470
1471   //Finish QA and end of cycle for out-of-loop QA
1472   if (!fInLoopQA && fRunQA)
1473                 fQASteer->Run(fRunLocalReconstruction.Data(), AliQA::kNULLTASKINDEX, fSameQACycle) ;
1474         if (!fInLoopQA && fRunGlobalQA) {
1475                 AliQADataMaker *qadm = fQASteer->GetQADataMaker(AliQA::kGLOBAL);
1476                         if (qadm) {
1477                                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS)))
1478                                         qadm->EndOfCycle(AliQA::kRECPOINTS);
1479                                 if (fQATasks.Contains(Form("%d", AliQA::kESDS)))
1480                                         qadm->EndOfCycle(AliQA::kESDS);
1481                                 qadm->Finish();
1482                         }
1483                 }
1484
1485   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
1486   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
1487
1488   return kTRUE;
1489 }
1490
1491
1492 //_____________________________________________________________________________
1493 Bool_t AliReconstruction::RunLocalReconstruction(const TString& /*detectors*/)
1494 {
1495 // run the local reconstruction
1496   static Int_t eventNr=0;
1497   AliCodeTimerAuto("")
1498
1499  //  AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1500 //   Bool_t origCache = man->GetCacheFlag();
1501
1502 //   TString detStr = detectors;
1503 //   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1504 //     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1505 //     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1506 //     if (!reconstructor) continue;
1507 //     if (reconstructor->HasLocalReconstruction()) continue;
1508
1509 //     AliCodeTimerStart(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1510 //     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1511
1512 //     AliCodeTimerStart(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1513 //     AliInfo(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1514
1515 //     man->SetCacheFlag(kTRUE);
1516 //     TString calibPath = Form("%s/Calib/*", fgkDetectorName[iDet]);
1517 //     man->GetAll(calibPath); // entries are cached!
1518
1519 //     AliCodeTimerStop(Form("Loading calibration data from OCDB for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1520
1521 //     if (fRawReader) {
1522 //       fRawReader->RewindEvents();
1523 //       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader, fRawReader);
1524 //     } else {
1525 //       reconstructor->Reconstruct(fRunLoader);
1526 //     }
1527
1528 //      AliCodeTimerStop(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1529     // AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr));
1530
1531 //     // unload calibration data
1532 //     man->UnloadFromCache(calibPath);
1533 //     //man->ClearCache();
1534 //   }
1535
1536 //   man->SetCacheFlag(origCache);
1537
1538 //   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1539 //     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1540 //                   detStr.Data()));
1541 //     if (fStopOnError) return kFALSE;
1542 //   }
1543
1544           eventNr++;
1545   return kTRUE;
1546 }
1547
1548 //_____________________________________________________________________________
1549 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
1550 {
1551 // run the local reconstruction
1552
1553   static Int_t eventNr=0;
1554   AliCodeTimerAuto("")
1555
1556   TString detStr = detectors;
1557   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1558     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1559     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1560     if (!reconstructor) continue;
1561     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
1562     // Matthias April 2008: temporary fix to run HLT reconstruction
1563     // although the HLT loader is missing
1564     if (strcmp(fgkDetectorName[iDet], "HLT")==0) {
1565       if (fRawReader) {
1566         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
1567       } else {
1568         TTree* dummy=NULL;
1569         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
1570       }
1571       continue;
1572     }
1573     if (!loader) {
1574       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
1575       continue;
1576     }
1577     // conversion of digits
1578     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
1579       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1580                    fgkDetectorName[iDet]));
1581 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
1582 //                            fgkDetectorName[iDet]));
1583       loader->LoadDigits("update");
1584       loader->CleanDigits();
1585       loader->MakeDigitsContainer();
1586       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1587       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
1588       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
1589       loader->UnloadDigits();
1590     }
1591     // local reconstruction
1592     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1593     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1594     loader->LoadRecPoints("update");
1595     loader->CleanRecPoints();
1596     loader->MakeRecPointsContainer();
1597     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
1598     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1599       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
1600     } else {
1601       loader->LoadDigits("read");
1602       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
1603       if (!digitsTree) {
1604         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
1605         if (fStopOnError) return kFALSE;
1606       } else {
1607         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
1608       }
1609       loader->UnloadDigits();
1610     }
1611
1612     // In-loop QA for local reconstrucion
1613                 TString detQAStr(fQADetectors) ;
1614                 if (fRunQA && fInLoopQA)
1615                         fQASteer->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
1616
1617         loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1618         loader->UnloadRecPoints();
1619         AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
1620         }
1621         if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
1622     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
1623                   detStr.Data()));
1624     if (fStopOnError) return kFALSE;
1625   }
1626   eventNr++;
1627   return kTRUE;
1628 }
1629
1630 //_____________________________________________________________________________
1631 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
1632 {
1633 // run the barrel tracking
1634
1635   AliCodeTimerAuto("")
1636
1637   AliESDVertex* vertex = NULL;
1638   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
1639   Double_t vtxErr[3] = {0.07, 0.07, 0.1};
1640   TArrayF mcVertex(3);
1641   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
1642     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
1643     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
1644   }
1645
1646   if (fVertexer) {
1647     AliInfo("running the ITS vertex finder");
1648     if (fLoader[0]) {
1649       fLoader[0]->LoadRecPoints();
1650       TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
1651       if (cltree) {
1652         if(fDiamondProfile) fVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile);
1653         vertex = fVertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
1654       }
1655       else {
1656         AliError("Can't get the ITS cluster tree");
1657       }
1658       fLoader[0]->UnloadRecPoints();
1659     }
1660     else {
1661       AliError("Can't get the ITS loader");
1662     }
1663     if(!vertex){
1664       AliWarning("Vertex not found");
1665       vertex = new AliESDVertex();
1666       vertex->SetName("default");
1667     }
1668     else {
1669       vertex->SetName("reconstructed");
1670     }
1671
1672   } else {
1673     AliInfo("getting the primary vertex from MC");
1674     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1675   }
1676
1677   if (vertex) {
1678     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1679     vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
1680   } else {
1681     AliWarning("no vertex reconstructed");
1682     vertex = new AliESDVertex(vtxPos, vtxErr);
1683   }
1684   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
1685   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
1686   AliMultiplicity *mult = fVertexer->GetMultiplicity();
1687   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
1688
1689   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1690     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
1691   }
1692   delete vertex;
1693
1694   return kTRUE;
1695 }
1696
1697 //_____________________________________________________________________________
1698 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
1699 {
1700 // run the HLT barrel tracking
1701
1702   AliCodeTimerAuto("")
1703
1704   if (!fRunLoader) {
1705     AliError("Missing runLoader!");
1706     return kFALSE;
1707   }
1708
1709   AliInfo("running HLT tracking");
1710
1711   // Get a pointer to the HLT reconstructor
1712   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(fgkNDetectors-1);
1713   if (!reconstructor) return kFALSE;
1714
1715   // TPC + ITS
1716   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1717     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1718     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
1719     reconstructor->SetOption(detName.Data());
1720     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
1721     if (!tracker) {
1722       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
1723       if (fStopOnError) return kFALSE;
1724       continue;
1725     }
1726     Double_t vtxPos[3];
1727     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
1728     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
1729     vertex->GetXYZ(vtxPos);
1730     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
1731     if(iDet != 1) {
1732       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1733       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1734       if (!tree) {
1735         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
1736         return kFALSE;
1737       }
1738       tracker->LoadClusters(tree);
1739     }
1740     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1741       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1742       return kFALSE;
1743     }
1744     if(iDet != 1) {
1745       tracker->UnloadClusters();
1746     }
1747     delete tracker;
1748   }
1749
1750   return kTRUE;
1751 }
1752
1753 //_____________________________________________________________________________
1754 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
1755 {
1756 // run the muon spectrometer tracking
1757
1758   AliCodeTimerAuto("")
1759
1760   if (!fRunLoader) {
1761     AliError("Missing runLoader!");
1762     return kFALSE;
1763   }
1764   Int_t iDet = 7; // for MUON
1765
1766   AliInfo("is running...");
1767
1768   // Get a pointer to the MUON reconstructor
1769   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1770   if (!reconstructor) return kFALSE;
1771
1772
1773   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
1774   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
1775   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
1776   if (!tracker) {
1777     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
1778     return kFALSE;
1779   }
1780
1781   // read RecPoints
1782   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1783
1784   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
1785
1786   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
1787
1788   if ( rv )
1789   {
1790     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1791     return kFALSE;
1792   }
1793
1794   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1795
1796   tracker->UnloadClusters();
1797
1798   delete tracker;
1799
1800   return kTRUE;
1801 }
1802
1803
1804 //_____________________________________________________________________________
1805 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd)
1806 {
1807 // run the barrel tracking
1808   static Int_t eventNr=0;
1809   AliCodeTimerAuto("")
1810
1811   AliInfo("running tracking");
1812
1813   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
1814   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
1815     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
1816     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
1817     GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
1818   }
1819
1820   // pass 1: TPC + ITS inwards
1821   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
1822     if (!fTracker[iDet]) continue;
1823     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
1824
1825     // load clusters
1826     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1827     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
1828     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1829     if (!tree) {
1830       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
1831       return kFALSE;
1832     }
1833     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
1834     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
1835     // run tracking
1836     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
1837       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
1838       return kFALSE;
1839     }
1840     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
1841     if (iDet == 1) {
1842       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
1843       AliESDpid::MakePID(esd);
1844     }
1845     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
1846   }
1847
1848   // pass 2: ALL backwards
1849
1850   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1851     if (!fTracker[iDet]) continue;
1852     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
1853
1854     // load clusters
1855     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
1856       TTree* tree = NULL;
1857       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1858       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
1859       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
1860       if (!tree) {
1861         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
1862         return kFALSE;
1863       }
1864       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
1865       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
1866     }
1867
1868     // run tracking
1869     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
1870     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
1871
1872     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
1873       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
1874       //      return kFALSE;
1875     }
1876
1877     // unload clusters
1878     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
1879       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
1880       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1881     }
1882     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
1883     if (iDet == 1) {
1884       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
1885       AliESDpid::MakePID(esd);
1886     }
1887     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
1888   }
1889   //stop filling residuals for the "outer" detectors
1890   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
1891
1892   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
1893
1894   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
1895     if (!fTracker[iDet]) continue;
1896     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
1897
1898     // run tracking
1899     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
1900     if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kTRUE);
1901
1902     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
1903       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
1904       //      return kFALSE;
1905     }
1906     // run postprocessing
1907     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
1908       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
1909       //      return kFALSE;
1910     }
1911     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
1912   }
1913
1914   // write space-points to the ESD in case alignment data output
1915   // is switched on
1916   if (fWriteAlignmentData)
1917     WriteAlignmentData(esd);
1918
1919   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
1920     if (!fTracker[iDet]) continue;
1921     // unload clusters
1922     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
1923     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
1924     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1925     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
1926   }
1927   // stop filling residuals for TPC and ITS
1928   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(kFALSE);
1929
1930   eventNr++;
1931   return kTRUE;
1932 }
1933
1934 //_____________________________________________________________________________
1935 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
1936   //
1937   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
1938   //
1939
1940   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
1941   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
1942   AliInfo
1943   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
1944
1945   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
1946   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
1947
1948   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
1949   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
1950   AliInfo
1951   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
1952
1953   return rc;
1954 }
1955
1956 //_____________________________________________________________________________
1957 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
1958 {
1959 // fill the event summary data
1960
1961   AliCodeTimerAuto("")
1962     static Int_t eventNr=0;
1963   TString detStr = detectors;
1964
1965   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
1966   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1967     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1968     if (!reconstructor) continue;
1969     if (!ReadESD(esd, fgkDetectorName[iDet])) {
1970       AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
1971       TTree* clustersTree = NULL;
1972       if (fLoader[iDet]) {
1973         fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
1974         clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
1975         if (!clustersTree) {
1976           AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
1977                         fgkDetectorName[iDet]));
1978           if (fStopOnError) return kFALSE;
1979         }
1980       }
1981       if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
1982         reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
1983       } else {
1984         TTree* digitsTree = NULL;
1985         if (fLoader[iDet]) {
1986           fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
1987           digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
1988           if (!digitsTree) {
1989             AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
1990                           fgkDetectorName[iDet]));
1991             if (fStopOnError) return kFALSE;
1992           }
1993         }
1994         reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
1995         if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
1996       }
1997       if (fLoader[iDet]) {
1998         fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
1999       }
2000
2001     }
2002   }
2003
2004   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2005     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2006                   detStr.Data()));
2007     if (fStopOnError) return kFALSE;
2008   }
2009   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESD%d",eventNr), 0,1, eventNr);
2010   eventNr++;
2011   return kTRUE;
2012 }
2013
2014 //_____________________________________________________________________________
2015 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
2016 {
2017   // Reads the trigger decision which is
2018   // stored in Trigger.root file and fills
2019   // the corresponding esd entries
2020
2021   AliCodeTimerAuto("")
2022
2023   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
2024
2025   if (fRawReader) {
2026     AliCTPRawStream input(fRawReader);
2027     if (!input.Next()) {
2028       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
2029     }
2030     else {
2031       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
2032         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
2033                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
2034       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
2035         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
2036                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
2037       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
2038         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
2039                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
2040     }
2041
2042   // Here one has to add the filling of trigger inputs and
2043   // interaction records
2044   // ...
2045   }
2046   return kTRUE;
2047 }
2048
2049
2050
2051
2052
2053 //_____________________________________________________________________________
2054 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
2055 {
2056   //
2057   // Filling information from RawReader Header
2058   //
2059
2060   if (!fRawReader) return kFALSE;
2061
2062   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
2063
2064   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
2065   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
2066   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
2067
2068   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
2069   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
2070
2071   return kTRUE;
2072 }
2073
2074
2075 //_____________________________________________________________________________
2076 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
2077 {
2078 // check whether detName is contained in detectors
2079 // if yes, it is removed from detectors
2080
2081   // check if all detectors are selected
2082   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
2083       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
2084       detectors.EndsWith(" ALL") ||
2085       detectors.Contains(" ALL ")) {
2086     detectors = "ALL";
2087     return kTRUE;
2088   }
2089
2090   // search for the given detector
2091   Bool_t result = kFALSE;
2092   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
2093       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
2094       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
2095       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
2096     detectors.ReplaceAll(detName, "");
2097     result = kTRUE;
2098   }
2099
2100   // clean up the detectors string
2101   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
2102   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
2103   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
2104
2105   return result;
2106 }
2107
2108 //_____________________________________________________________________________
2109 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
2110 {
2111 // get or create the run loader
2112
2113   if (gAlice) delete gAlice;
2114   gAlice = NULL;
2115
2116   if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
2117     // load all base libraries to get the loader classes
2118     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2119     for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2120       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2121       if (detName == "HLT") continue;
2122       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
2123       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
2124     }
2125     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
2126     if (!fRunLoader) {
2127       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
2128       CleanUp();
2129       return kFALSE;
2130     }
2131
2132     fRunLoader->CdGAFile();
2133     fRunLoader->LoadgAlice();
2134
2135     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
2136     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
2137     fRunLoader->LoadHeader();
2138     fRunLoader->LoadKinematics();
2139
2140   } else {               // galice.root does not exist
2141     if (!fRawReader) {
2142       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
2143       CleanUp();
2144       return kFALSE;
2145     }
2146     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
2147                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
2148                                     "recreate");
2149     if (!fRunLoader) {
2150       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
2151                     fGAliceFileName.Data()));
2152       CleanUp();
2153       return kFALSE;
2154     }
2155     fIsNewRunLoader = kTRUE;
2156     fRunLoader->MakeTree("E");
2157
2158     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
2159       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
2160     else
2161       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
2162   }
2163
2164   return kTRUE;
2165 }
2166
2167 //_____________________________________________________________________________
2168 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
2169 {
2170 // get the reconstructor object and the loader for a detector
2171
2172   if (fReconstructor[iDet]) {
2173     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2174       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2175       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
2176     }
2177     return fReconstructor[iDet];
2178   }
2179
2180   // load the reconstructor object
2181   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
2182   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2183   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
2184
2185   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
2186
2187   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
2188   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
2189   TPluginHandler* pluginHandler =
2190     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2191   // if not, add a plugin for it
2192   if (!pluginHandler) {
2193     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
2194     TString libs = gSystem->GetLibraries();
2195     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
2196         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
2197       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2198                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
2199     } else {
2200       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
2201                                 recName, detName, recName + "()");
2202     }
2203     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
2204   }
2205   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2206     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
2207   }
2208   if (reconstructor) {
2209     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
2210     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
2211     reconstructor->Init();
2212     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
2213   }
2214
2215   // get or create the loader
2216   if (detName != "HLT") {
2217     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
2218     if (!fLoader[iDet]) {
2219       AliConfig::Instance()
2220         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
2221                                 detName, detName);
2222       // first check if a plugin is defined for the loader
2223       pluginHandler =
2224         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2225       // if not, add a plugin for it
2226       if (!pluginHandler) {
2227         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
2228         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
2229         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
2230                                   loaderName, detName + "base",
2231                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
2232         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
2233       }
2234       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
2235         fLoader[iDet] =
2236           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
2237                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
2238       }
2239       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
2240         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
2241       }
2242       if (!fLoader[iDet]) {
2243         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
2244         if (fStopOnError) return NULL;
2245       } else {
2246         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
2247         fRunLoader->CdGAFile();
2248         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
2249         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2250       }
2251     }
2252   }
2253
2254   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
2255     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
2256     reconstructor->SetRecoParam(par);
2257   }
2258   return reconstructor;
2259 }
2260
2261 //_____________________________________________________________________________
2262 Bool_t AliReconstruction::CreateVertexer()
2263 {
2264 // create the vertexer
2265
2266   fVertexer = NULL;
2267   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
2268   if (itsReconstructor) {
2269     fVertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
2270   }
2271   if (!fVertexer) {
2272     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
2273     if (fStopOnError) return kFALSE;
2274   }
2275
2276   return kTRUE;
2277 }
2278
2279 //_____________________________________________________________________________
2280 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
2281 {
2282 // create the trackers
2283
2284   TString detStr = detectors;
2285   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2286     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2287     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2288     if (!reconstructor) continue;
2289     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2290     if (detName == "HLT") {
2291       fRunHLTTracking = kTRUE;
2292       continue;
2293     }
2294     if (detName == "MUON") {
2295       fRunMuonTracking = kTRUE;
2296       continue;
2297     }
2298
2299
2300     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
2301     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
2302       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2303       if (fStopOnError) return kFALSE;
2304     }
2305     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
2306   }
2307
2308   return kTRUE;
2309 }
2310
2311 //_____________________________________________________________________________
2312 void AliReconstruction::CleanUp(TFile* file)
2313 {
2314 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
2315
2316   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2317     delete fReconstructor[iDet];
2318     fReconstructor[iDet] = NULL;
2319     fLoader[iDet] = NULL;
2320     delete fTracker[iDet];
2321     fTracker[iDet] = NULL;
2322   }
2323   if (fRunInfo) delete fRunInfo;
2324   fRunInfo = NULL;
2325
2326   delete fVertexer;
2327   fVertexer = NULL;
2328
2329   if (ftVertexer) delete ftVertexer;
2330   ftVertexer = NULL;
2331
2332   if(!(AliCDBManager::Instance()->GetCacheFlag())) {
2333         delete fDiamondProfile;
2334         fDiamondProfile = NULL;
2335         delete fDiamondProfileTPC;
2336         fDiamondProfileTPC = NULL;
2337         delete fGRPData;
2338         fGRPData = NULL;
2339   }
2340
2341
2342   delete fRunLoader;
2343   fRunLoader = NULL;
2344   delete fRawReader;
2345   fRawReader = NULL;
2346   if (fParentRawReader) delete fParentRawReader;
2347   fParentRawReader=NULL;
2348
2349   if (file) {
2350     file->Close();
2351     delete file;
2352   }
2353
2354 }
2355
2356 //_____________________________________________________________________________
2357
2358 Bool_t AliReconstruction::ReadESD(AliESDEvent*& esd, const char* recStep) const
2359 {
2360 // read the ESD event from a file
2361
2362   if (!esd) return kFALSE;
2363   char fileName[256];
2364   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root",
2365           esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
2366   if (gSystem->AccessPathName(fileName)) return kFALSE;
2367
2368   AliInfo(Form("reading ESD from file %s", fileName));
2369   AliDebug(1, Form("reading ESD from file %s", fileName));
2370   TFile* file = TFile::Open(fileName);
2371   if (!file || !file->IsOpen()) {
2372     AliError(Form("opening %s failed", fileName));
2373     delete file;
2374     return kFALSE;
2375   }
2376
2377   gROOT->cd();
2378   delete esd;
2379   esd = (AliESDEvent*) file->Get("ESD");
2380   file->Close();
2381   delete file;
2382   return kTRUE;
2383
2384 }
2385
2386
2387
2388 //_____________________________________________________________________________
2389 void AliReconstruction::WriteESD(AliESDEvent* esd, const char* recStep) const
2390 {
2391 // write the ESD event to a file
2392
2393   if (!esd) return;
2394   char fileName[256];
2395   sprintf(fileName, "ESD_%d.%d_%s.root",
2396           esd->GetRunNumber(), esd->GetEventNumberInFile(), recStep);
2397
2398   AliDebug(1, Form("writing ESD to file %s", fileName));
2399   TFile* file = TFile::Open(fileName, "recreate");
2400   if (!file || !file->IsOpen()) {
2401     AliError(Form("opening %s failed", fileName));
2402   } else {
2403     esd->Write("ESD");
2404     file->Close();
2405   }
2406   delete file;
2407 }
2408
2409
2410 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
2411 {
2412   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
2413   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
2414
2415   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
2416   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
2417     {
2418       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
2419       Int_t nsp = 0;
2420       Int_t idx[200];
2421       for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
2422           nsp += track->GetNcls(iDet);
2423
2424           if (iDet==0) { // ITS "extra" clusters
2425              track->GetClusters(iDet,idx);
2426              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
2427           }
2428       }
2429
2430       if (nsp) {
2431         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
2432         track->SetTrackPointArray(sp);
2433         Int_t isptrack = 0;
2434         for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2435           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
2436           if (!tracker) continue;
2437           Int_t nspdet = track->GetClusters(iDet,idx);
2438
2439           if (iDet==0) // ITS "extra" clusters
2440              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
2441
2442           if (nspdet <= 0) continue;
2443           AliTrackPoint p;
2444           Int_t isp = 0;
2445           Int_t isp2 = 0;
2446           while (isp2 < nspdet) {
2447             Bool_t isvalid=kTRUE;
2448
2449             Int_t index=idx[isp++];
2450             if (index < 0) continue;
2451
2452             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
2453             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
2454             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
2455             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
2456             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
2457               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
2458             } else {
2459               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
2460             }
2461             isp2++;
2462             if (!isvalid) continue;
2463             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
2464           }
2465         }
2466       }
2467     }
2468 }
2469
2470 //_____________________________________________________________________________
2471 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
2472 {
2473   // The method reads the raw-data error log
2474   // accumulated within the rawReader.
2475   // It extracts the raw-data errors related to
2476   // the current event and stores them into
2477   // a TClonesArray inside the esd object.
2478
2479   if (!fRawReader) return;
2480
2481   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
2482
2483     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
2484     if (!log) continue;
2485     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
2486
2487     esd->AddRawDataErrorLog(log);
2488   }
2489
2490 }
2491
2492 TNamed* AliReconstruction::CopyFileToTNamed(TString fPath,TString pName){
2493   // Dump a file content into a char in TNamed
2494   ifstream in;
2495   in.open(fPath.Data(),ios::in | ios::binary|ios::ate);
2496   Int_t kBytes = (Int_t)in.tellg();
2497   printf("Size: %d \n",kBytes);
2498   TNamed *fn = 0;
2499   if(in.good()){
2500     char* memblock = new char [kBytes];
2501     in.seekg (0, ios::beg);
2502     in.read (memblock, kBytes);
2503     in.close();
2504     TString fData(memblock,kBytes);
2505     fn = new TNamed(pName,fData);
2506     printf("fData Size: %d \n",fData.Sizeof());
2507     printf("pName Size: %d \n",pName.Sizeof());
2508     printf("fn    Size: %d \n",fn->Sizeof());
2509     delete[] memblock;
2510   }
2511   else{
2512     AliInfo(Form("Could not Open %s\n",fPath.Data()));
2513   }
2514
2515   return fn;
2516 }
2517
2518 void AliReconstruction::TNamedToFile(TTree* fTree, TString pName){
2519   // This is not really needed in AliReconstruction at the moment
2520   // but can serve as a template
2521
2522   TList *fList = fTree->GetUserInfo();
2523   TNamed *fn = (TNamed*)fList->FindObject(pName.Data());
2524   printf("fn Size: %d \n",fn->Sizeof());
2525
2526   TString fTmp(fn->GetName()); // to be 100% sure in principle pName also works
2527   const char* cdata = fn->GetTitle();
2528   printf("fTmp Size %d\n",fTmp.Sizeof());
2529
2530   int size = fn->Sizeof()-fTmp.Sizeof()-sizeof(UChar_t)-sizeof(Int_t); // see dfinition of TString::SizeOf()...
2531   printf("calculated size %d\n",size);
2532   ofstream out(pName.Data(),ios::out | ios::binary);
2533   out.write(cdata,size);
2534   out.close();
2535
2536 }
2537
2538 //_____________________________________________________________________________
2539 void AliReconstruction::CheckQA()
2540 {
2541 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
2542 // with status Fatal
2543
2544         TString newRunLocalReconstruction ;
2545         TString newRunTracking ;
2546         TString newFillESD ;
2547
2548         for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQA::kNDET; iDet++) {
2549                 TString detName(AliQA::GetDetName(iDet)) ;
2550                 AliQA * qa = AliQA::Instance(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
2551                 if ( qa->IsSet(AliQA::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQA::kSIM, AliQA::kFATAL)) {
2552                                 AliInfo(Form("QA status for %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed", detName.Data())) ;
2553                 } else {
2554                         if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2555                                         fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
2556                                 newRunLocalReconstruction += detName ;
2557                                 newRunLocalReconstruction += " " ;
2558                         }
2559                         if ( fRunTracking.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2560                                         fRunTracking.Contains("ALL") )  {
2561                                 newRunTracking += detName ;
2562                                 newRunTracking += " " ;
2563                         }
2564                         if ( fFillESD.Contains(AliQA::GetDetName(iDet)) ||
2565                                         fFillESD.Contains("ALL") )  {
2566                                 newFillESD += detName ;
2567                                 newFillESD += " " ;
2568                         }
2569                 }
2570         }
2571         fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
2572         fRunTracking            = newRunTracking ;
2573         fFillESD                = newFillESD ;
2574 }
2575
2576 //_____________________________________________________________________________
2577 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
2578 {
2579   // return the detector index corresponding to detector
2580   Int_t index = -1 ;
2581   for (index = 0; index < fgkNDetectors ; index++) {
2582     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
2583         break ;
2584   }
2585   return index ;
2586 }
2587 //_____________________________________________________________________________
2588 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
2589  //
2590  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
2591  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
2592  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
2593  //
2594  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
2595  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2596  //
2597  //  Input: none
2598  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2599  //
2600  Bool_t ret=kFALSE;
2601  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2602  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
2603    //if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2604    if(fTracker[iDet]) {
2605       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
2606       TString name=planeeff->GetName();
2607       name+=".root";
2608       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
2609       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
2610       pefile->Close();
2611       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
2612         TString hname=planeeff->GetName();
2613         hname+="Histo.root";
2614         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
2615       }
2616    }
2617  }
2618  return ret;
2619 }
2620 //_____________________________________________________________________________
2621 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
2622 //
2623  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
2624  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
2625  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
2626  // which should be updated/recalculated.
2627  //
2628  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
2629  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
2630  //
2631  //  Input: none
2632  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
2633  //
2634  AliWarning(Form("Implementation of this method not yet done !! Method return kTRUE"));
2635  return kTRUE;
2636 }
2637
2638 //_____________________________________________________________________________
2639 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
2640 {
2641   // This method should be called only in case
2642   // AliReconstruction is run
2643   // within the alieve environment.
2644   // It will initialize AliEVE in a way
2645   // so that it can visualize event processed
2646   // by AliReconstruction.
2647   // The return flag shows whenever the
2648   // AliEVE initialization was successful or not.
2649
2650   TString macroStr;
2651   macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
2652   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
2653   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
2654
2655   gROOT->ProcessLine("if (!gAliEveEvent) {gAliEveEvent = new AliEveEventManager();gAliEveEvent->SetAutoLoad(kTRUE);gAliEveEvent->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(gAliEveEvent);};");
2656   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
2657
2658   return kTRUE;
2659 }
2660
2661 //_____________________________________________________________________________
2662 void AliReconstruction::RunAliEVE()
2663 {
2664   // Runs AliEVE visualisation of
2665   // the current event.
2666   // Should be executed only after
2667   // successful initialization of AliEVE.
2668
2669   AliInfo("Running AliEVE...");
2670   gROOT->ProcessLine(Form("gAliEveEvent->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd));
2671   gROOT->ProcessLine("gAliEveEvent->StartStopAutoLoadTimer();");
2672   gSystem->Run();
2673 }
2674
2675 //_____________________________________________________________________________
2676 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
2677 {
2678         // Allows to run QA for a selected set of detectors
2679         // and a selected set of tasks among RAWS, RECPOINTS and ESDS
2680         // all selected detectors run the same selected tasks
2681
2682         if (!detAndAction.Contains(":")) {
2683                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
2684                 fRunQA = kFALSE ;
2685                 return kFALSE ;
2686         }
2687         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
2688         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
2689         if (fQADetectors.Contains("ALL") )
2690                 fQADetectors = fFillESD ;
2691                 fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
2692         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
2693                 fQATasks = Form("%d %d %d", AliQA::kRAWS, AliQA::kRECPOINTS, AliQA::kESDS) ;
2694         } else {
2695                 fQATasks.ToUpper() ;
2696                 TString tempo("") ;
2697                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
2698                         tempo = Form("%d ", AliQA::kRAWS) ;
2699                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
2700                         tempo += Form("%d ", AliQA::kRECPOINTS) ;
2701                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
2702                         tempo += Form("%d ", AliQA::kESDS) ;
2703                 fQATasks = tempo ;
2704                 if (fQATasks.IsNull()) {
2705                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
2706                         fRunQA = kFALSE ;
2707                         return kTRUE ;
2708                 }
2709         }
2710         TString tempo(fQATasks) ;
2711         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRAWS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRAWS))    ;
2712         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kRECPOINTS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kRECPOINTS)) ;
2713         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQA::kESDS), AliQA::GetTaskName(AliQA::kESDS)) ;
2714         fQASteer->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
2715         fQASteer->SetTasks(fQATasks) ;
2716         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
2717         fRunQA = kTRUE ;
2718         return kTRUE;
2719 }
2720
2721 //_____________________________________________________________________________
2722 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
2723 {
2724   // The method accesses OCDB and retrieves all
2725   // the available reco-param objects from there.
2726
2727   Bool_t isOK = kTRUE;
2728
2729   for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
2730
2731     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
2732       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2733       continue;
2734     }
2735
2736     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2737
2738     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
2739     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
2740     if(!entry){
2741       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2742       isOK = kFALSE;
2743     }
2744     else {
2745       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
2746       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
2747         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
2748         // Registering them in AliRecoParam
2749         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
2750       }
2751       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
2752         // The detector has only onse set of reco parameters
2753         // Registering it in AliRecoParam
2754         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2755         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
2756         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
2757       }
2758       else {
2759         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
2760         isOK = kFALSE;
2761       }
2762       entry->SetOwner(0);
2763     }
2764   }
2765
2766   fRecoParam.Print();
2767
2768   return isOK;
2769 }
2770
2771 //_____________________________________________________________________________
2772 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
2773 {
2774   // Fill the event info object
2775   // ...
2776   AliCodeTimerAuto("")
2777
2778   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
2779   if (fRawReader) {
2780     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
2781
2782     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
2783     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
2784     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
2785     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
2786
2787     aCTP = new AliCentralTrigger();
2788     TString configstr("");
2789     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
2790       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
2791       delete aCTP;
2792       return kFALSE;
2793     }
2794     aCTP->SetClassMask(mask);
2795     aCTP->SetClusterMask(clmask);
2796   }
2797   else {
2798     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
2799
2800     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
2801       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
2802       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
2803       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
2804     }
2805     else {
2806       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
2807       return kFALSE;
2808     }
2809   }
2810
2811   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
2812   if (!config) {
2813     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
2814     if (fRawReader) delete aCTP;
2815     return kFALSE;
2816   }
2817
2818   UChar_t clustmask = 0;
2819   TString trclasses;
2820   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
2821   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
2822   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
2823   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
2824     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
2825     if (trclass) {
2826       Int_t trindex = (Int_t)TMath::Log2(trclass->GetMask());
2827       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
2828       if (trmask & (1 << trindex)) {
2829         trclasses += " ";
2830         trclasses += trclass->GetName();
2831         trclasses += " ";
2832         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
2833       }
2834     }
2835   }
2836   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
2837
2838   // Set the information in ESD
2839   fesd->SetTriggerMask(trmask);
2840   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
2841
2842   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
2843     if (fRawReader) delete aCTP;
2844     return kFALSE;
2845   }
2846
2847   if (fRawReader) delete aCTP;
2848
2849   // We have to fill also the HLT decision here!!
2850   // ...
2851
2852   return kTRUE;
2853 }
2854
2855 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
2856 {
2857   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
2858   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
2859   // gets the information from ECS)
2860   static TString resultList;
2861   TString detList = detectorList;
2862
2863   resultList = "";
2864
2865   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
2866     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
2867       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
2868       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
2869           detList.BeginsWith("ALL ") ||
2870           detList.EndsWith(" ALL") ||
2871           detList.Contains(" ALL ") ||
2872           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
2873           detList.BeginsWith(det) ||
2874           detList.EndsWith(det) ||
2875           detList.Contains( " "+det+" " )) {
2876         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
2877           resultList += det;
2878           resultList += " ";
2879         }
2880       }
2881     }
2882   }
2883
2884   // HLT
2885   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
2886     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
2887     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
2888         detList.BeginsWith("ALL ") ||
2889         detList.EndsWith(" ALL") ||
2890         detList.Contains(" ALL ") ||
2891         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
2892         detList.BeginsWith(hltDet) ||
2893         detList.EndsWith(hltDet) ||
2894         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
2895       resultList += hltDet;
2896     }
2897   }
2898
2899   return resultList.Data();
2900
2901 }