STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  19 Removed OpenBaseFile().
  20
  21 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  22 Remove default value for argument
  23
  24 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  25 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  26
  27 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  28 Added TreeS to GetEvent().
  29
  30 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  31 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  32
  33 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  34 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  35
  36 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  37 Major upgrade of AliRoot code
  38
  39 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  40 Corrections to destructors
  41
  42 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  43 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  44 SetField().
  45 Example:
  46 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  47
  48 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  49 galice.cuts was not read any more
  50
  51 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  52 Introducing new Rndm and QA classes
  53
  54 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  55 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  56 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  57
  58 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  59 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  60
  61 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  62 Removal of useless dependecies via forward declarations
  63
  64 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  65 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  66
  67 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  68 Coding convention correction and warning removal
  69
  70 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
  71 Coding convention corrections + few minor bug fixes
  72
  73 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
  74 Writing down the TREE headers before job starts
  75
  76 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  77 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  78
  79 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  80 Only one initializer for a default argument
  81
  82 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  83 Delete only existent objects.
  84
  85 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
  86 Delete Particle Factory properly
  87
  88 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
  89 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
  90
  91 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  92 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  93
  94 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  95 Changes in Lego for G4 compatibility
  96
  97 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
  98 Introduce variable Config.C function signature
  99
 100 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 101 G4 compatibility changes
 102
 103 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 104 Workaround for an HP compiler problem
 105
 106 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 107 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 108
 109 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 110 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 111
 112 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 113 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 114 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 115
 116 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 117 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 118
 119 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 120 Fixing previous wrong checking
 121
 122 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 123 Fixing daughters information also in primary tracks
 124
 125 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 126 Adding protection against inconsistent Euclid files
 127
 128 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 129 Introduction of the Copyright and cvs Log
 130
 131 */
 132
 133 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 134 //                                                                           //
 135 //  Control class for Alice C++                                              //
 136 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 137 //  The object is created in main program aliroot                            //
 138 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 139 //                                                                           //
 140 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 141 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 142 //   -Supports the Trees.                                                    //
 143 //   -Supports the geometry.                                                 //
 144 //   -Supports the event display.                                            //
 145 //Begin_Html
 146 /*
 147 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 148 */
 149 //End_Html
 150 //Begin_Html
 151 /*
 152 <img src="picts/alirun.gif">
 153 */
 154 //End_Html
 155 //                                                                           //
 156 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 157
 158 #include <stdlib.h>
 159 #include <stdio.h>
 160 #include <string.h>
 161 #include <iostream.h>
 162
 163 #include <TFile.h>
 164 #include <TRandom.h>
 165 #include <TBRIK.h>
 166 #include <TNode.h>
 167 #include <TCint.h>
 168 #include <TSystem.h>
 169 #include <TObjectTable.h>
 170 #include <TTree.h>
 171 #include <TGeometry.h>
 172 #include <TROOT.h>
 173 #include "TBrowser.h"
 174
 175 #include "TParticle.h"
 176 #include "AliRun.h"
 177 #include "AliDisplay.h"
 178 #include "AliMC.h"
 179 #include "AliLego.h"
 180 #include "AliMagFC.h"
 181 #include "AliMagFCM.h"
 182 #include "AliMagFDM.h"
 183 #include "AliHit.h"
 184 #include "TRandom3.h"
 185 #include "AliMCQA.h"
 186 #include "AliGenerator.h"
 187 #include "AliLegoGenerator.h"
 188
 189 #include "AliDetector.h"
 190
 191 AliRun *gAlice;
 192
 193 static AliHeader *gAliHeader;
 194
 195 ClassImp(AliRun)
 196
 197 //_____________________________________________________________________________
 198 AliRun::AliRun()
 199 {
 200   //
 201   // Default constructor for AliRun
 202   //
 203   gAliHeader=&fHeader;
 204   fRun       = 0;
 205   fEvent     = 0;
 206   fCurrent   = -1;
 207   fModules = 0;
 208   fGenerator = 0;
 209   fTreeD     = 0;
 210   fTreeK     = 0;
 211   fTreeH     = 0;
 212   fTreeE     = 0;
 213   fTreeR     = 0;
 214   fTreeS     = 0;
 215   fParticles = 0;
 216   fGeometry  = 0;
 217   fDisplay   = 0;
 218   fField     = 0;
 219   fMC       = 0;
 220   fNdets     = 0;
 221   fImedia    = 0;
 222   fTrRmax    = 1.e10;
 223   fTrZmax    = 1.e10;
 224   fInitDone  = kFALSE;
 225   fLego      = 0;
 226   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 227   fHitLists  = 0;
 228   fConfigFunction    = "\0";
 229   fRandom = 0;
 230   fMCQA = 0;
 231   fTransParName = "\0";
 232   fBaseFileName = ".\0";
 233   fParticleBuffer = 0;
 234   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 235 }
 236
 237 //_____________________________________________________________________________
 238 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 239   : TNamed(name,title)
 240 {
 241   //
 242   //  Constructor for the main processor.
 243   //  Creates the geometry
 244   //  Creates the list of Detectors.
 245   //  Creates the list of particles.
 246   //
 247   Int_t i;
 248
 249   gAlice     = this;
 250   fTreeD     = 0;
 251   fTreeK     = 0;
 252   fTreeH     = 0;
 253   fTreeE     = 0;
 254   fTreeR     = 0;
 255   fTreeS     = 0;
 256   fTrRmax    = 1.e10;
 257   fTrZmax    = 1.e10;
 258   fGenerator = 0;
 259   fInitDone  = kFALSE;
 260   fLego      = 0;
 261   fField     = 0;
 262   fConfigFunction    = "Config();";
 263
 264   // Set random number generator
 265   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 266
 267   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 268      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 269   }
 270
 271   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 272   //
 273   // create the support list for the various Detectors
 274   fModules = new TObjArray(77);
 275   //
 276   // Create the TNode geometry for the event display
 277
 278   BuildSimpleGeometry();
 279
 280
 281   fNtrack=0;
 282   fHgwmk=0;
 283   fCurrent=-1;
 284   gAliHeader=&fHeader;
 285   fRun       = 0;
 286   fEvent     = 0;
 287   //
 288   // Create the particle stack
 289   fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 290
 291   fDisplay = 0;
 292   //
 293   // Create default mag field
 294   SetField();
 295   //
 296   fMC      = gMC;
 297   //
 298   // Prepare the tracking medium lists
 299   fImedia = new TArrayI(1000);
 300   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 301   //
 302   // Make particles
 303   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 304   //
 305   // Create HitLists list
 306   fHitLists  = new TList();
 307   //
 308   SetTransPar();
 309   fBaseFileName = ".\0";
 310   fParticleBuffer = 0;
 311   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 312 }
 313
 314
 315 //_____________________________________________________________________________
 316 AliRun::~AliRun()
 317 {
 318   //
 319   // Default AliRun destructor
 320   //
 321   delete fImedia;
 322   delete fField;
 323   delete fMC;
 324   delete fGeometry;
 325   delete fDisplay;
 326   delete fGenerator;
 327   delete fLego;
 328   delete fTreeD;
 329   delete fTreeK;
 330   delete fTreeH;
 331   delete fTreeE;
 332   delete fTreeR;
 333   delete fTreeS;
 334   if (fModules) {
 335     fModules->Delete();
 336     delete fModules;
 337   }
 338   if (fParticles) {
 339     fParticles->Delete();
 340     delete fParticles;
 341   }
 342   delete fHitLists;
 343   delete fPDGDB;
 344   delete fMCQA;
 345 }
 346
 347 //_____________________________________________________________________________
 348 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 349 {
 350   //
 351   //  Add a hit to detector id
 352   //
 353   TObjArray &dets = *fModules;
 354   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 355 }
 356
 357 //_____________________________________________________________________________
 358 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 359 {
 360   //
 361   // Add digit to detector id
 362   //
 363   TObjArray &dets = *fModules;
 364   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 365 }
 366
 367 //_____________________________________________________________________________
 368 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 369 {
 370   //
 371   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 372   // of the Root browser.
 373   // It displays the Root Trees and all detectors.
 374   //
 375   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 376   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 377   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 378   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 379   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 380   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 381
 382   TIter next(fModules);
 383   AliModule *detector;
 384   while((detector = (AliModule*)next())) {
 385     b->Add(detector,detector->GetName());
 386   }
 387   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 388 }
 389
 390 //_____________________________________________________________________________
 391 void AliRun::Build()
 392 {
 393   //
 394   // Initialize Alice geometry
 395   // Dummy routine
 396   //
 397 }
 398
 399 //_____________________________________________________________________________
 400 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 401 {
 402   //
 403   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 404   //
 405   // Initialise geometry
 406   //
 407   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 408   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 409   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 410   brik->SetVisibility(0);
 411   new TNode("alice","alice","S_alice");
 412 }
 413
 414 //_____________________________________________________________________________
 415 void AliRun::CleanDetectors()
 416 {
 417   //
 418   // Clean Detectors at the end of event
 419   //
 420   TIter next(fModules);
 421   AliModule *detector;
 422   while((detector = (AliModule*)next())) {
 423     detector->FinishEvent();
 424   }
 425 }
 426
 427 //_____________________________________________________________________________
 428 void AliRun::CleanParents()
 429 {
 430   //
 431   // Clean Particles stack.
 432   // Set parent/daughter relations
 433   //
 434   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 435   TParticle *part;
 436   int i;
 437   for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
 438     part = (TParticle *)particles.At(i);
 439     if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
 440       part->SetFirstDaughter(-1);
 441       part->SetLastDaughter(-1);
 442     }
 443   }
 444 }
 445
 446 //_____________________________________________________________________________
 447 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 448 {
 449   //
 450   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 451   // Dummy routine
 452   //
 453   return 9999;
 454 }
 455
 456 //_____________________________________________________________________________
 457 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 458 {
 459   //
 460   // Dumps particle i in the stack
 461   //
 462   ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 463 }
 464
 465 //_____________________________________________________________________________
 466 void AliRun::DumpPStack () const
 467 {
 468   //
 469   // Dumps the particle stack
 470   //
 471   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 472   printf(
 473          "\n\n=======================================================================\n");
 474   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 475     {
 476       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 477       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 478     }
 479   printf(
 480          "\n=======================================================================\n\n");
 481 }
 482
 483 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 484 {
 485     // Set Magnetic Field Map
 486     fField = magField;
 487     fField->ReadField();
 488 }
 489
 490 //_____________________________________________________________________________
 491 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 492                       Float_t maxField, char* filename)
 493 {
 494   //
 495   //  Set magnetic field parameters
 496   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 497   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 498   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 499   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 500
 501   //
 502   // --- Sanity check on mag field flags
 503   if(fField) delete fField;
 504   if(version==1) {
 505     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 506   } else if(version<=2) {
 507     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 508     fField->ReadField();
 509   } else if(version==3) {
 510     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 511     fField->ReadField();
 512   } else {
 513     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 514   }
 515 }
 516
 517 //_____________________________________________________________________________
 518 void AliRun::PreTrack()
 519 {
 520      TObjArray &dets = *fModules;
 521      AliModule *module;
 522
 523      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 524        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 525          module->PreTrack();
 526
 527      fMCQA->PreTrack();
 528 }
 529
 530 //_____________________________________________________________________________
 531 void AliRun::PostTrack()
 532 {
 533      TObjArray &dets = *fModules;
 534      AliModule *module;
 535
 536      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 537        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 538          module->PostTrack();
 539 }
 540
 541 //_____________________________________________________________________________
 542 void AliRun::FinishPrimary()
 543 {
 544   //
 545   // Called  at the end of each primary track
 546   //
 547
 548   //  static Int_t count=0;
 549   //  const Int_t times=10;
 550   // This primary is finished, purify stack
 551   PurifyKine();
 552
 553   TIter next(fModules);
 554   AliModule *detector;
 555   while((detector = (AliModule*)next())) {
 556     detector->FinishPrimary();
 557   }
 558
 559   // Write out hits if any
 560   if (gAlice->TreeH()) {
 561     gAlice->TreeH()->Fill();
 562   }
 563
 564   // Reset Hits info
 565   gAlice->ResetHits();
 566
 567   //
 568   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 569 }
 570
 571 //_____________________________________________________________________________
 572 void AliRun::FinishEvent()
 573 {
 574   //
 575   // Called at the end of the event.
 576   //
 577
 578   //
 579   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 580
 581   //Update the energy deposit tables
 582   Int_t i;
 583   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 584     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 585     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 586   }
 587   fEventEnergy.Reset();
 588
 589   // Clean detector information
 590   CleanDetectors();
 591
 592   // Write out the kinematics
 593   if (fTreeK) {
 594     CleanParents();
 595     if(fTreeK->GetEntries() ==0) {
 596       // set the fParticleFileMap size for the first time
 597       fParticleFileMap.Set(fHgwmk+1);
 598     }
 599      //    fTreeK->Fill();
 600     Bool_t allFilled = kFALSE;
 601     TObject *part;
 602     for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
 603       fParticleBuffer = (TParticle*) part;
 604       fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
 605       fTreeK->Fill();
 606       (*fParticleMap)[i]=0;
 607
 608       // When all primaries were filled no particle!=0
 609       // should be left => to be removed later.
 610       if (allFilled) printf("Why != 0 part # %d?\n",i);
 611     }
 612     else {
 613       // // printf("Why = 0 part # %d?\n",i); => We know.
 614       // break;
 615            // we don't break now in order to be sure there is no
 616            // particle !=0 left.
 617            // To be removed later and replaced with break.
 618       if(!allFilled) allFilled = kTRUE;
 619     }
 620   }
 621
 622   // Set number of tracks to event header
 623   fHeader.SetNtrack(fNtrack);
 624
 625   // Write out the digits
 626   if (fTreeD) {
 627     fTreeD->Fill();
 628     ResetDigits();
 629   }
 630
 631    if (fTreeS) {
 632     fTreeS->Fill();
 633     ResetSDigits();
 634   }
 635
 636   // Write out reconstructed clusters
 637   if (fTreeR) {
 638     fTreeR->Fill();
 639   }
 640
 641   // Write out the event Header information
 642   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 643
 644   // Reset stack info
 645   ResetStack();
 646
 647   // Write Tree headers
 648   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 649   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 650   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 651   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 652   if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
 653
 654   ++fEvent;
 655 }
 656
 657 //_____________________________________________________________________________
 658 void AliRun::FinishRun()
 659 {
 660   //
 661   // Called at the end of the run.
 662   //
 663
 664   //
 665   if(fLego) fLego->FinishRun();
 666
 667   // Clean detector information
 668   TIter next(fModules);
 669   AliModule *detector;
 670   while((detector = (AliModule*)next())) {
 671     detector->FinishRun();
 672   }
 673
 674   //Output energy summary tables
 675   EnergySummary();
 676
 677   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 678
 679   file->cd();
 680
 681   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 682
 683   // Write AliRun info and all detectors parameters
 684   Write();
 685
 686   // Clean tree information
 687   if (fTreeK) {
 688     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 689   }
 690   if (fTreeH) {
 691     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 692   }
 693   if (fTreeD) {
 694     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 695   }
 696   if (fTreeR) {
 697     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 698   }
 699   if (fTreeE) {
 700     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 701   }
 702
 703   // Close output file
 704   file->Write();
 705 }
 706
 707 //_____________________________________________________________________________
 708 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 709 {
 710   //
 711   // Flags a track and all its family tree to be kept
 712   //
 713   int curr;
 714   TParticle *particle;
 715
 716   curr=track;
 717   while(1) {
 718     particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
 719
 720     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 721     if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
 722
 723     // Save this particle
 724     particle->SetBit(kKeepBit);
 725
 726     // Move to father if any
 727     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 728   }
 729 }
 730
 731 //_____________________________________________________________________________
 732 void AliRun::EnergySummary()
 733 {
 734   //
 735   // Print summary of deposited energy
 736   //
 737
 738   Int_t ndep=0;
 739   Float_t edtot=0;
 740   Float_t ed, ed2;
 741   Int_t kn, i, left, j, id;
 742   const Float_t kzero=0;
 743   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 744   //
 745   // Energy loss information
 746   if(ievent) {
 747     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 748     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 749       ed=fSummEnergy[kn];
 750       if(ed>0) {
 751         fEventEnergy[ndep]=kn;
 752         if(ievent>1) {
 753           ed=ed/ievent;
 754           ed2=fSum2Energy[kn];
 755           ed2=ed2/ievent;
 756           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 757         } else
 758           ed2=99;
 759         fSummEnergy[ndep]=ed;
 760         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 761         edtot+=ed;
 762         ndep++;
 763       }
 764     }
 765     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 766       left=ndep-kn*3;
 767       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 768         j=kn*3+i;
 769         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 770         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 771       }
 772       printf("\n");
 773     }
 774     //
 775     // Relative energy loss in different detectors
 776     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 777     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 778     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 779       left=ndep-kn*5;
 780       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 781         j=kn*5+i;
 782         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 783         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 784       }
 785       printf("\n");
 786     }
 787     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 788     printf("\n");
 789   }
 790   //
 791   // Reset the TArray's
 792   //  fEventEnergy.Set(0);
 793   //  fSummEnergy.Set(0);
 794   //  fSum2Energy.Set(0);
 795 }
 796
 797 //_____________________________________________________________________________
 798 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 799 {
 800   //
 801   // Return pointer to detector from name
 802   //
 803   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 804 }
 805
 806 //_____________________________________________________________________________
 807 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 808 {
 809   //
 810   // Return pointer to detector from name
 811   //
 812   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 813 }
 814
 815 //_____________________________________________________________________________
 816 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 817 {
 818   //
 819   // Return galice internal detector identifier from name
 820   //
 821   Int_t i=-1;
 822   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 823   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 824   return i;
 825 }
 826
 827 //_____________________________________________________________________________
 828 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 829 {
 830   //
 831   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 832   // Set branch addresses
 833   //
 834
 835   // Reset existing structures
 836   //  ResetStack();
 837   ResetHits();
 838   ResetDigits();
 839   ResetSDigits();
 840
 841   // Delete Trees already connected
 842   if (fTreeK) delete fTreeK;
 843   if (fTreeH) delete fTreeH;
 844   if (fTreeD) delete fTreeD;
 845   if (fTreeR) delete fTreeR;
 846   if (fTreeS) delete fTreeS;
 847
 848   // Get header from file
 849   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 850   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 851   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 852
 853   file->cd();
 854
 855   // Get Kine Tree from file
 856   char treeName[20];
 857   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 858   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 859   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
 860   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 861   // Create the particle stack
 862   if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 863   // Build the pointer list
 864   if(fParticleMap) {
 865     fParticleMap->Clear();
 866     fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
 867   } else
 868     fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
 869
 870   file->cd();
 871
 872   // Get Hits Tree header from file
 873   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 874   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 875   if (!fTreeH) {
 876     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 877   }
 878
 879   file->cd();
 880
 881   // Get Digits Tree header from file
 882   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 883   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 884   if (!fTreeD) {
 885     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 886   }
 887
 888   file->cd();
 889
 890   // Get SDigits Tree header from file
 891   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 892   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 893   if (!fTreeS) {
 894     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 895   }
 896
 897   file->cd();
 898
 899   // Get Reconstruct Tree header from file
 900   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 901   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 902   if (!fTreeR) {
 903     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 904   }
 905
 906   file->cd();
 907
 908   // Set Trees branch addresses
 909   TIter next(fModules);
 910   AliModule *detector;
 911   while((detector = (AliModule*)next())) {
 912     detector->SetTreeAddress();
 913   }
 914
 915   fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
 916   return fNtrack;
 917 }
 918
 919 //_____________________________________________________________________________
 920 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 921 {
 922   //
 923   // Import Alice geometry from current file
 924   // Return pointer to geometry object
 925   //
 926   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 927   //
 928   // Unlink and relink nodes in detectors
 929   // This is bad and there must be a better way...
 930   //
 931
 932   TIter next(fModules);
 933   AliModule *detector;
 934   while((detector = (AliModule*)next())) {
 935     TList *dnodes=detector->Nodes();
 936     Int_t j;
 937     TNode *node, *node1;
 938     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 939       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 940       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 941       dnodes->Remove(node);
 942       dnodes->AddAt(node1,j);
 943     }
 944   }
 945   return fGeometry;
 946 }
 947
 948 //_____________________________________________________________________________
 949 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 950                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 951                           Float_t &tof)
 952 {
 953   //
 954   // Return next track from stack of particles
 955   //
 956   TVector3 pol;
 957   fCurrent=-1;
 958   TParticle *track;
 959   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 960     track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
 961     if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
 962       //
 963       // The track exists and has not yet been processed
 964       fCurrent=i;
 965       ipart=track->GetPdgCode();
 966       pmom[0]=track->Px();
 967       pmom[1]=track->Py();
 968       pmom[2]=track->Pz();
 969       e     =track->Energy();
 970       vpos[0]=track->Vx();
 971       vpos[1]=track->Vy();
 972       vpos[2]=track->Vz();
 973       track->GetPolarisation(pol);
 974       polar[0]=pol.X();
 975       polar[1]=pol.Y();
 976       polar[2]=pol.Z();
 977       tof=track->T();
 978       track->SetBit(kDoneBit);
 979       break;
 980     }
 981   }
 982   mtrack=fCurrent;
 983   //
 984   // stop and start timer when we start a primary track
 985   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 986   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 987   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 988     fTimer.Stop();
 989     track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
 990     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 991   }
 992   fTimer.Start();
 993 }
 994
 995 //_____________________________________________________________________________
 996 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 997 {
 998   //
 999   // return number of primary that has generated track
1000   //
1001   int current, parent;
1002   TParticle *part;
1003   //
1004   parent=track;
1005   while (1) {
1006     current=parent;
1007     part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
1008     parent=part->GetFirstMother();
1009     if(parent<0) return current;
1010   }
1011 }
1012
1013 //_____________________________________________________________________________
1014 void AliRun::InitMC(const char *setup)
1015 {
1016   //
1017   // Initialize the Alice setup
1018   //
1019
1020   if(fInitDone) {
1021     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
1022     return;
1023   }
1024
1025   gROOT->LoadMacro(setup);
1026   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
1027
1028
1029   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
1030
1031   TObject *objfirst, *objlast;
1032
1033   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1034
1035   //
1036   //=================Create Materials and geometry
1037   gMC->Init();
1038
1039   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
1040   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1041
1042    TIter next(fModules);
1043    AliModule *detector;
1044    while((detector = (AliModule*)next())) {
1045       detector->SetTreeAddress();
1046       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1047
1048       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1049       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1050       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1051       while (objfirst) {
1052         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1053         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1054       }
1055    }
1056    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1057
1058    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1059
1060    //Initialise geometry deposition table
1061    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1062    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1063    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1064
1065    //Compute cross-sections
1066    gMC->BuildPhysics();
1067
1068    //Write Geometry object to current file.
1069    fGeometry->Write();
1070
1071    fInitDone = kTRUE;
1072
1073    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1074
1075    //
1076    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1077    Write();
1078 }
1079
1080 //_____________________________________________________________________________
1081 void AliRun::MediaTable()
1082 {
1083   //
1084   // Built media table to get from the media number to
1085   // the detector id
1086   //
1087   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1088   //  Int_t ibeg;
1089   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1090   AliModule *det;
1091   //
1092   // For all detectors
1093   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1094     // If detector is defined
1095     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1096         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1097         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1098         // Find max and min material number
1099         if((idt=idtmed[nz])) {
1100           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1101           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1102         }
1103       }
1104       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1105         det->LoMedium() = 0;
1106         det->HiMedium() = 0;
1107       } else {
1108         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1109           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1110                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1111           return;
1112         }
1113         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1114         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1115           (*fImedia)[lz]=kz;
1116         }
1117       }
1118     }
1119   }
1120   //
1121   // Print summary table
1122   printf(" Traking media ranges:\n");
1123   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1124     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1125       ind=i*6+k;
1126       det=(AliModule*)dets[ind];
1127       if(det)
1128         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1129                det->HiMedium());
1130       else
1131         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1132     }
1133     printf("\n");
1134   }
1135 }
1136
1137 //____________________________________________________________________________
1138 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1139 {
1140   //
1141   // Load the event generator
1142   //
1143   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1144 }
1145
1146 //____________________________________________________________________________
1147 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1148 {
1149   //
1150   // Load the event generator
1151   //
1152   if(fGenerator)
1153     if(generator)
1154       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1155               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1156     else
1157       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1158               fGenerator->GetName());
1159   fGenerator = generator;
1160 }
1161
1162 //____________________________________________________________________________
1163 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1164 {
1165   fTransParName = filename;
1166 }
1167
1168 //____________________________________________________________________________
1169 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1170 {
1171   fBaseFileName = filename;
1172 }
1173
1174 //____________________________________________________________________________
1175 void AliRun::ReadTransPar()
1176 {
1177   //
1178   // Read filename to set the transport parameters
1179   //
1180
1181
1182   const Int_t kncuts=10;
1183   const Int_t knflags=11;
1184   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1185   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1186                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1187                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1188                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1189   char line[256];
1190   char detName[7];
1191   char* filtmp;
1192   Float_t cut[kncuts];
1193   Int_t flag[knflags];
1194   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1195   FILE *lun;
1196   //
1197   // See whether the file is there
1198   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1199   lun=fopen(filtmp,"r");
1200   delete [] filtmp;
1201   if(!lun) {
1202     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1203     return;
1204   }
1205   //
1206   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1207   printf(" *%59s\n","*");
1208   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1209   printf(" *%59s\n","*");
1210   //
1211   while(1) {
1212     // Initialise cuts and flags
1213     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1214     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1215     itmed=0;
1216     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1217     // Read up to the end of line excluded
1218     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1219     if(iret<0) {
1220       //End of file
1221       fclose(lun);
1222       printf(" *%59s\n","*");
1223       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1224       return;
1225     }
1226     // Read the end of line
1227     fscanf(lun,"%*c");
1228     if(!iret) continue;
1229     if(line[0]=='*') continue;
1230     // Read the numbers
1231     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1232                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1233                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1234                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1235     if(!iret) continue;
1236     if(iret<0) {
1237       //reading error
1238       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1239       continue;
1240     }
1241     // Check that the module exist
1242     AliModule *mod = GetModule(detName);
1243     if(mod) {
1244       // Get the array of media numbers
1245       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1246       // Check that the tracking medium code is valid
1247       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1248         ktmed=idtmed[itmed];
1249         if(!ktmed) {
1250           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1251           continue;
1252         }
1253         // Set energy thresholds
1254         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1255           if(cut[kz]>=0) {
1256             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1257                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1258             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1259           }
1260         }
1261         // Set transport mechanisms
1262         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1263           if(flag[kz]>=0) {
1264             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1265                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1266             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1267           }
1268         }
1269       } else {
1270         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1271         continue;
1272       }
1273     } else {
1274       Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
1275       continue;
1276     }
1277   }
1278 }
1279
1280 //_____________________________________________________________________________
1281 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
1282 {
1283     if (GetDebug()>1)
1284         printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1285
1286     TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
1287
1288     if (file) {
1289         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1290         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1291         TDirectory *cwd = gDirectory;
1292         branch->SetFile(outFile);
1293         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1294         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1295            branch->SetFile(outFile);
1296         }
1297         if (GetDebug()>1)
1298             printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1299         cwd->cd();
1300         delete outFile;
1301     }
1302 }
1303
1304 //_____________________________________________________________________________
1305 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
1306 {
1307     TDirectory *cwd = gDirectory;
1308     TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
1309     if (GetDebug()>1)
1310       printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1311     if (file) {
1312         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1313         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1314         branch->SetFile(outFile);
1315         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1316         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1317            branch->SetFile(outFile);
1318         }
1319        if (GetDebug()>1)
1320            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1321         cwd->cd();
1322         delete outFile;
1323     }
1324 }
1325 //_____________________________________________________________________________
1326 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
1327 {
1328   //
1329   //  Create the ROOT trees
1330   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1331   //
1332
1333   char hname[30];
1334   //
1335   // Analyse options
1336   char *oK = strstr(option,"K");
1337   char *oH = strstr(option,"H");
1338   char *oE = strstr(option,"E");
1339   char *oD = strstr(option,"D");
1340   char *oR = strstr(option,"R");
1341   char *oS = strstr(option,"S");
1342   //
1343
1344   if (oK && !fTreeK) {
1345     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1346     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1347     //  Create a branch for particles
1348     MakeBranchInTree(fTreeK,
1349                      "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
1350     fTreeK->Write();
1351   }
1352   if (oH && !fTreeH) {
1353     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1354     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1355     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1356     fTreeH->Write();
1357   }
1358   if (oD && !fTreeD) {
1359     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1360     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1361     fTreeD->Write();
1362   }
1363   if (oS && !fTreeS) {
1364     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1365     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1366     fTreeS->Write();
1367   }
1368   if (oR && !fTreeR) {
1369     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1370     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1371     fTreeR->Write();
1372   }
1373   if (oE && !fTreeE) {
1374     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1375     //  Create a branch for Header
1376     MakeBranchInTree(fTreeE,
1377                      "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 1, file) ;
1378     fTreeE->Write();
1379   }
1380
1381   //
1382   // Create a branch for hits/digits for each detector
1383   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1384   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1385   TIter next(fModules);
1386   AliModule *detector;
1387   while((detector = (AliModule*)next())) {
1388      if (oH || oR) detector->MakeBranch(option,file);
1389   }
1390 }
1391
1392 //_____________________________________________________________________________
1393 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1394 {
1395   //
1396   // PurifyKine with external parameters
1397   //
1398   fHgwmk = lastSavedTrack;
1399   fNtrack = nofTracks;
1400   PurifyKine();
1401   return fHgwmk;
1402 }
1403
1404 //_____________________________________________________________________________
1405 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1406 {
1407   if(!(*fParticleMap)[i]) {
1408     Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
1409
1410     // algorithmic way of getting entry index
1411     // (primary particles are filled after secondaries)
1412     Int_t entry;
1413     if (i<fHeader.GetNprimary())
1414       entry = i+fHeader.GetNsecondary();
1415     else
1416       entry = i-fHeader.GetNprimary();
1417
1418     // only check the algorithmic way and give
1419     // the fatal error if it is wrong
1420     if (entry != fParticleFileMap[i]) {
1421       Fatal("Particle",
1422         "!!!! The algorithmic way is WRONG: !!!\n entry: %d map: %d",
1423         entry, fParticleFileMap[i]);
1424     }
1425
1426     fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
1427     new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
1428     fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
1429   }
1430   return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
1431 }
1432
1433 //_____________________________________________________________________________
1434 void AliRun::PurifyKine()
1435 {
1436   //
1437   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1438   // and renaming the particle id's in all the hits
1439   //
1440   //  TClonesArray &particles = *fParticles;
1441   TObjArray &particles = *fParticleMap;
1442   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1443   TParticle *part, *father;
1444   TArrayI map(particles.GetLast()+1);
1445
1446   // Save in Header total number of tracks before compression
1447   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1448
1449   // If no tracks generated return now
1450   if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
1451
1452   Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
1453
1454   // First pass, invalid Daughter information
1455   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1456     // Preset map, to be removed later
1457     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ;
1458     else {
1459       map[i] = -99;
1460       //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
1461       if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
1462     }
1463   }
1464   // Invalid daughter information for the parent of the first particle
1465   // generated. This may or may not be the current primary according to
1466   // whether decays have been recorded among the primaries
1467   part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
1468   particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
1469   // Second pass, build map between old and new numbering
1470   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1471     if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
1472
1473       // This particle has to be kept
1474       map[i]=nkeep;
1475       // If old and new are different, have to move the pointer
1476       if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
1477       part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
1478
1479       // as the parent is always *before*, it must be already
1480       // in place. This is what we are checking anyway!
1481       if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk)
1482         if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
1483         else part->SetFirstMother(map[parent]);
1484
1485       nkeep++;
1486     }
1487   }
1488
1489   // Fix daughters information
1490   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
1491     part = (TParticle *)particles.At(i);
1492     parent = part->GetFirstMother();
1493     if(parent>=0) {
1494       father = (TParticle *)particles.At(parent);
1495       if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
1496
1497         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1498         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1499       } else {
1500         // Initialise daughters info for first pass
1501         father->SetFirstDaughter(i);
1502         father->SetLastDaughter(i);
1503         father->SetBit(kDaughtersBit);
1504       }
1505     }
1506   }
1507
1508   // Now loop on all registered hit lists
1509   TIter next(fHitLists);
1510   TCollection *hitList;
1511   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1512     TIter nexthit(hitList);
1513     AliHit *hit;
1514     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1515       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1516     }
1517   }
1518
1519   //
1520   // This for detectors which have a special mapping mechanism
1521   // for hits, such as TPC and TRD
1522   //
1523
1524    TIter nextmod(fModules);
1525    AliModule *detector;
1526    while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
1527      detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
1528    }
1529
1530    // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
1531    if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
1532
1533
1534    for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
1535      fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
1536      fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
1537      fTreeK->Fill();
1538      particles[i]=0;
1539    }
1540
1541    for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
1542
1543    fLoadPoint-=toshrink;
1544    for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
1545
1546    fNtrack=nkeep;
1547    fHgwmk=nkeep-1;
1548    //   delete [] map;
1549 }
1550
1551 //_____________________________________________________________________________
1552 void AliRun::BeginEvent()
1553 {
1554   //
1555   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1556   //
1557   char hname[30];
1558   //
1559
1560   //
1561   if(fLego) {
1562     fLego->BeginEvent();
1563     return;
1564   }
1565
1566   //
1567   ResetStack();
1568   ResetHits();
1569   ResetDigits();
1570   ResetSDigits();
1571
1572   // Initialise event header
1573   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1574
1575   if(fTreeK) {
1576     fTreeK->Reset();
1577     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1578     fTreeK->SetName(hname);
1579   }
1580   if(fTreeH) {
1581     fTreeH->Reset();
1582     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1583     fTreeH->SetName(hname);
1584   }
1585   if(fTreeD) {
1586     fTreeD->Reset();
1587     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1588     fTreeD->SetName(hname);
1589   }
1590   if(fTreeS) {
1591     fTreeS->Reset();
1592     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1593     fTreeS->SetName(hname);
1594   }
1595   if(fTreeR) {
1596     fTreeR->Reset();
1597     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1598     fTreeR->SetName(hname);
1599   }
1600 }
1601 //_____________________________________________________________________________
1602 void AliRun::ResetDigits()
1603 {
1604   //
1605   //  Reset all Detectors digits
1606   //
1607   TIter next(fModules);
1608   AliModule *detector;
1609   while((detector = (AliModule*)next())) {
1610      detector->ResetDigits();
1611   }
1612 }
1613
1614 //_____________________________________________________________________________
1615 void AliRun::ResetSDigits()
1616 {
1617   //
1618   //  Reset all Detectors digits
1619   //
1620   TIter next(fModules);
1621   AliModule *detector;
1622   while((detector = (AliModule*)next())) {
1623      detector->ResetSDigits();
1624   }
1625 }
1626
1627 //_____________________________________________________________________________
1628 void AliRun::ResetHits()
1629 {
1630   //
1631   //  Reset all Detectors hits
1632   //
1633   TIter next(fModules);
1634   AliModule *detector;
1635   while((detector = (AliModule*)next())) {
1636      detector->ResetHits();
1637   }
1638 }
1639
1640 //_____________________________________________________________________________
1641 void AliRun::ResetPoints()
1642 {
1643   //
1644   // Reset all Detectors points
1645   //
1646   TIter next(fModules);
1647   AliModule *detector;
1648   while((detector = (AliModule*)next())) {
1649      detector->ResetPoints();
1650   }
1651 }
1652
1653 //_____________________________________________________________________________
1654 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1655 {
1656   //
1657   // Main function to be called to process a galice run
1658   // example
1659   //    Root > gAlice.Run();
1660   // a positive number of events will cause the finish routine
1661   // to be called
1662   //
1663
1664   // check if initialisation has been done
1665   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1666
1667   // Create the Root Tree with one branch per detector
1668
1669   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1670      MakeTree("E");
1671      MakeTree("K","Kine.root");
1672      MakeTree("H","Hits.root");
1673      MakeTree("R","Reco.root");
1674   } else {
1675     MakeTree("EKHR");
1676   }
1677
1678   gMC->ProcessRun(nevent);
1679
1680   // End of this run, close files
1681   if(nevent>0) FinishRun();
1682 }
1683
1684 //_____________________________________________________________________________
1685
1686 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1687 {
1688    Hits2SDigits(selected);
1689    SDigits2Digits(selected);
1690 }
1691
1692 //_____________________________________________________________________________
1693
1694 void AliRun::Hits2SDigits(const char *selected)
1695 {
1696   //
1697   // Main function to be called to convert hits to digits.
1698
1699    gAlice->GetEvent(0);
1700
1701    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1702
1703    TIter next(detectors);
1704
1705    AliDetector *detector;
1706
1707    TDirectory *cwd = gDirectory;
1708
1709    MakeTree("S");
1710
1711    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1712      if (selected) {
1713        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1714      }
1715      if (detector->IsActive()){
1716        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1717          if (GetDebug()>0)
1718              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1719          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+18];
1720          sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1721          detector->MakeBranch("S",outFile);
1722          delete outFile;
1723        } else {
1724          detector->MakeBranch("S");
1725        }
1726        cwd->cd();
1727        detector->Hits2SDigits();
1728      }
1729    }
1730 }
1731
1732 //_____________________________________________________________________________
1733
1734 void AliRun::SDigits2Digits(const char *selected)
1735 {
1736   //
1737   // Main function to be called to convert hits to digits.
1738
1739    gAlice->GetEvent(0);
1740
1741    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1742
1743    TIter next(detectors);
1744
1745    AliDetector *detector;
1746
1747    TDirectory *cwd = gDirectory;
1748
1749    MakeTree("D");
1750
1751    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1752      if (selected) {
1753        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1754      }
1755      if (detector->IsActive()){
1756        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1757          if (GetDebug()>0)
1758              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1759          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+16];
1760          sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1761          detector->MakeBranch("D",outFile);
1762          delete outFile;
1763        } else {
1764          detector->MakeBranch("D");
1765        }
1766        cwd->cd();
1767        detector->SDigits2Digits();
1768      }
1769    }
1770 }
1771
1772 //_____________________________________________________________________________
1773 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1774                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1775                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1776 {
1777   //
1778   // Generates lego plots of:
1779   //    - radiation length map phi vs theta
1780   //    - radiation length map phi vs eta
1781   //    - interaction length map
1782   //    - g/cm2 length map
1783   //
1784   //  ntheta    bins in theta, eta
1785   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1786   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1787   //  nphi      bins in phi
1788   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1789   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1790   //  rmin      minimum radius
1791   //  rmax      maximum radius
1792   //
1793   //
1794   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1795   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1796   //
1797   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1798   //Begin_Html
1799   /*
1800     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1801   */
1802   //End_Html
1803   //Begin_Html
1804   /*
1805     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1806   */
1807   //End_Html
1808   //Begin_Html
1809   /*
1810     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1811   */
1812   //End_Html
1813   //
1814
1815   // check if initialisation has been done
1816   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1817   //Save current generator
1818   AliGenerator *gen=Generator();
1819
1820   // Set new generator
1821   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1822   ResetGenerator(gener);
1823   //
1824   // Configure Generator
1825   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1826   gener->SetZMax(zmax);
1827   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1828   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1829
1830
1831   //Create Lego object
1832   fLego = new AliLego("lego",gener);
1833
1834   //Prepare MC for Lego Run
1835   gMC->InitLego();
1836
1837   //Run Lego Object
1838
1839   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1840
1841   // Create only the Root event Tree
1842   MakeTree("E");
1843
1844   // End of this run, close files
1845   FinishRun();
1846   // Restore current generator
1847   ResetGenerator(gen);
1848   // Delete Lego Object
1849   delete fLego; fLego=0;
1850 }
1851
1852 //_____________________________________________________________________________
1853 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1854 {
1855   //
1856   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1857   // the run
1858   //
1859   fConfigFunction=config;
1860 }
1861
1862 //_____________________________________________________________________________
1863 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1864 {
1865   //
1866   // Set current track number
1867   //
1868   fCurrent = track;
1869 }
1870
1871 //_____________________________________________________________________________
1872 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1873                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1874                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1875 {
1876   //
1877   // Load a track on the stack
1878   //
1879   // done     0 if the track has to be transported
1880   //          1 if not
1881   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1882   // pdg    particle code
1883   // pmom     momentum GeV/c
1884   // vpos     position
1885   // polar    polarisation
1886   // tof      time of flight in seconds
1887   // mecha    production mechanism
1888   // ntr      on output the number of the track stored
1889   //
1890   TClonesArray &particles = *fParticles;
1891   TParticle *particle;
1892   Float_t mass;
1893   const Int_t kfirstdaughter=-1;
1894   const Int_t klastdaughter=-1;
1895   const Int_t kS=0;
1896   //  const Float_t tlife=0;
1897
1898   //
1899   // Here we get the static mass
1900   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1901   // if the calculated mass is required
1902   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1903   // used in the MC is not the same of the PDG database
1904   //
1905   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1906   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1907                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1908
1909   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
1910   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
1911
1912   particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
1913                                              klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1914                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1915   particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1916   particle->SetWeight(weight);
1917   particle->SetUniqueID(mech);
1918   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1919   //  Declare that the daughter information is valid
1920   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1921   //  Add the particle to the stack
1922   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1923
1924   if(parent>=0) {
1925     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1926     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1927     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1928   } else {
1929     //
1930     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1931     fHgwmk=fNtrack;
1932     //
1933     // Set also number if primary tracks
1934     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1935     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1936   }
1937   ntr = fNtrack++;
1938
1939 /*
1940   //
1941   // Here we get the static mass
1942   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1943   // if the calculated mass is required
1944   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1945   // used in the MC is not the same of the PDG database
1946   //
1947   Float_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1948   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1949                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1950
1951   SetTrack(done, parent, pdg, pmom[0], pmom[1], pmom[2], e,
1952            vpos[0], vpos[1], vpos[2], tof, polar[0],polar[1],polar[2],
1953            mech, ntr, weight);
1954 */
1955 }
1956
1957 //_____________________________________________________________________________
1958 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1959                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1960                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1961                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1962                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1963 {
1964   //
1965   // Load a track on the stack
1966   //
1967   // done        0 if the track has to be transported
1968   //             1 if not
1969   // parent      identifier of the parent track. -1 for a primary
1970   // pdg         particle code
1971   // kS          generation status code
1972   // px, py, pz  momentum GeV/c
1973   // vx, vy, vz  position
1974   // polar       polarisation
1975   // tof         time of flight in seconds
1976   // mech        production mechanism
1977   // ntr         on output the number of the track stored
1978   //
1979   // New method interface:
1980   // arguments were changed to be in correspondence with TParticle
1981   // constructor.
1982   // Note: the energy is not calculated from the static mass but
1983   // it is passed by argument e.
1984
1985   TClonesArray &particles = *fParticles;
1986
1987   const Int_t kS=0;
1988   const Int_t kFirstDaughter=-1;
1989   const Int_t kLastDaughter=-1;
1990
1991   TParticle* particle
1992     = new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg, kS, parent, -1,
1993                                         kFirstDaughter, kLastDaughter,
1994                                         px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof);
1995
1996   particle->SetPolarisation(polx, poly, polz);
1997   particle->SetWeight(weight);
1998   particle->SetUniqueID(mech);
1999
2000   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
2001
2002   //  Declare that the daughter information is valid
2003   particle->SetBit(kDaughtersBit);
2004   //  Add the particle to the stack
2005   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
2006
2007   if(parent>=0) {
2008     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
2009     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
2010     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
2011   } else {
2012     //
2013     // This is a primary track. Set high water mark for this event
2014     fHgwmk=fNtrack;
2015     //
2016     // Set also number if primary tracks
2017     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2018     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2019   }
2020   ntr = fNtrack++;
2021 }
2022
2023 //_____________________________________________________________________________
2024 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
2025 {
2026     //
2027     // Set high water mark for last track in event
2028     fHgwmk=fNtrack-1;
2029     //
2030     // Set also number if primary tracks
2031     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2032     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2033 }
2034
2035 //_____________________________________________________________________________
2036 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
2037 {
2038   //
2039   // flags a track to be kept
2040   //
2041   fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
2042 }
2043
2044 //_____________________________________________________________________________
2045 void AliRun::StepManager(Int_t id)
2046 {
2047   //
2048   // Called at every step during transport
2049   //
2050
2051   //
2052   // --- If lego option, do it and leave
2053   if (fLego)
2054     fLego->StepManager();
2055   else {
2056     Int_t copy;
2057     //Update energy deposition tables
2058     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
2059
2060     //Call the appropriate stepping routine;
2061     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
2062     if(det) {
2063       fMCQA->StepManager(id);
2064       det->StepManager();
2065     }
2066   }
2067 }
2068
2069 //_____________________________________________________________________________
2070 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
2071 {
2072    // Stream an object of class AliRun.
2073
2074    if (R__b.IsReading()) {
2075       if (!gAlice) gAlice = this;
2076
2077       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
2078       //
2079       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
2080
2081       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
2082       if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
2083       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
2084       fTreeE->GetEntry(0);
2085
2086       gRandom = fRandom;
2087    } else {
2088       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
2089    }
2090 }
2091