STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  19 Fixing daughters information also in primary tracks
  20
  21 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  22 Adding protection against inconsistent Euclid files
  23
  24 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  25 Introduction of the Copyright and cvs Log
  26
  27 */
  28
  29 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  30 //                                                                           //
  31 //  Control class for Alice C++                                              //
  32 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  33 //  The object is created in main program aliroot                            //
  34 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  35 //                                                                           //
  36 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  37 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  38 //   -Supports the Trees.                                                    //
  39 //   -Supports the geometry.                                                 //
  40 //   -Supports the event display.                                            //
  41 //Begin_Html
  42 /*
  43 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  44 */
  45 //End_Html
  46 //Begin_Html
  47 /*
  48 <img src="picts/alirun.gif">
  49 */
  50 //End_Html
  51 //                                                                           //
  52 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  53
  54 #include <TFile.h>
  55 #include <TRandom.h>
  56 #include <TBRIK.h>
  57 #include <TNode.h>
  58 #include <TCint.h>
  59 #include <TSystem.h>
  60 #include <TObjectTable.h>
  61
  62 #include "TParticle.h"
  63 #include "AliRun.h"
  64 #include "AliDisplay.h"
  65
  66 #include "AliCallf77.h"
  67
  68 #include <stdlib.h>
  69 #include <stdio.h>
  70 #include <string.h>
  71
  72 AliRun *gAlice;
  73
  74 static AliHeader *header;
  75
  76 #ifndef WIN32
  77
  78 # define rxgtrak rxgtrak_
  79 # define rxstrak rxstrak_
  80 # define rxkeep  rxkeep_
  81 # define rxouth  rxouth_
  82 #else
  83
  84 # define rxgtrak RXGTRAK
  85 # define rxstrak RXSTRAK
  86 # define rxkeep  RXKEEP
  87 # define rxouth  RXOUTH
  88 #endif
  89
  90 static TArrayF sEventEnergy;
  91 static TArrayF sSummEnergy;
  92 static TArrayF sSum2Energy;
  93
  94 ClassImp(AliRun)
  95
  96 //_____________________________________________________________________________
  97 AliRun::AliRun()
  98 {
  99   //
 100   // Default constructor for AliRun
 101   //
 102   header=&fHeader;
 103   fRun       = 0;
 104   fEvent     = 0;
 105   fCurrent   = -1;
 106   fModules = 0;
 107   fGenerator = 0;
 108   fTreeD     = 0;
 109   fTreeK     = 0;
 110   fTreeH     = 0;
 111   fTreeE     = 0;
 112   fTreeR     = 0;
 113   fParticles = 0;
 114   fGeometry  = 0;
 115   fDisplay   = 0;
 116   fField     = 0;
 117   fMC        = 0;
 118   fNdets     = 0;
 119   fImedia    = 0;
 120   fTrRmax    = 1.e10;
 121   fTrZmax    = 1.e10;
 122   fInitDone  = kFALSE;
 123   fLego      = 0;
 124   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 125 }
 126
 127 //_____________________________________________________________________________
 128 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 129   : TNamed(name,title)
 130 {
 131   //
 132   //  Constructor for the main processor.
 133   //  Creates the geometry
 134   //  Creates the list of Detectors.
 135   //  Creates the list of particles.
 136   //
 137   Int_t i;
 138
 139   gAlice     = this;
 140   fTreeD     = 0;
 141   fTreeK     = 0;
 142   fTreeH     = 0;
 143   fTreeE     = 0;
 144   fTreeR     = 0;
 145   fTrRmax    = 1.e10;
 146   fTrZmax    = 1.e10;
 147   fGenerator = 0;
 148   fInitDone  = kFALSE;
 149   fLego      = 0;
 150   fField     = 0;
 151
 152   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 153   //
 154   // create the support list for the various Detectors
 155   fModules = new TObjArray(77);
 156   //
 157   // Create the TNode geometry for the event display
 158
 159   BuildSimpleGeometry();
 160
 161
 162   fNtrack=0;
 163   fHgwmk=0;
 164   fCurrent=-1;
 165   header=&fHeader;
 166   fRun       = 0;
 167   fEvent     = 0;
 168   //
 169   // Create the particle stack
 170   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 171
 172   fDisplay = 0;
 173   //
 174   // Create default mag field
 175   SetField();
 176   //
 177   fMC      = gMC;
 178   //
 179   // Prepare the tracking medium lists
 180   fImedia = new TArrayI(1000);
 181   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 182   //
 183   // Make particles
 184   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 185 }
 186
 187 //_____________________________________________________________________________
 188 AliRun::~AliRun()
 189 {
 190   //
 191   // Defaullt AliRun destructor
 192   //
 193   delete fImedia;
 194   delete fField;
 195   delete fMC;
 196   delete fGeometry;
 197   delete fDisplay;
 198   delete fGenerator;
 199   delete fLego;
 200   delete fTreeD;
 201   delete fTreeK;
 202   delete fTreeH;
 203   delete fTreeE;
 204   delete fTreeR;
 205   if (fModules) {
 206     fModules->Delete();
 207     delete fModules;
 208   }
 209   if (fParticles) {
 210     fParticles->Delete();
 211     delete fParticles;
 212   }
 213 }
 214
 215 //_____________________________________________________________________________
 216 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 217 {
 218   //
 219   //  Add a hit to detector id
 220   //
 221   TObjArray &dets = *fModules;
 222   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 227 {
 228   //
 229   // Add digit to detector id
 230   //
 231   TObjArray &dets = *fModules;
 232   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 233 }
 234
 235 //_____________________________________________________________________________
 236 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 237 {
 238   //
 239   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 240   // of the Root browser.
 241   // It displays the Root Trees and all detectors.
 242   //
 243   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 244   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 245   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 246   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 247   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 248
 249   TIter next(fModules);
 250   AliModule *detector;
 251   while((detector = (AliModule*)next())) {
 252     b->Add(detector,detector->GetName());
 253   }
 254 }
 255
 256 //_____________________________________________________________________________
 257 void AliRun::Build()
 258 {
 259   //
 260   // Initialize Alice geometry
 261   // Dummy routine
 262   //
 263 }
 264
 265 //_____________________________________________________________________________
 266 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 267 {
 268   //
 269   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 270   //
 271   // Initialise geometry
 272   //
 273   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 274   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 275   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 276   brik->SetVisibility(0);
 277   new TNode("alice","alice","S_alice");
 278 }
 279
 280 //_____________________________________________________________________________
 281 void AliRun::CleanDetectors()
 282 {
 283   //
 284   // Clean Detectors at the end of event
 285   //
 286   TIter next(fModules);
 287   AliModule *detector;
 288   while((detector = (AliModule*)next())) {
 289     detector->FinishEvent();
 290   }
 291 }
 292
 293 //_____________________________________________________________________________
 294 void AliRun::CleanParents()
 295 {
 296   //
 297   // Clean Particles stack.
 298   // Set parent/daughter relations
 299   //
 300   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 301   TParticle *part;
 302   int i;
 303   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 304     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 305     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 306       part->SetFirstDaughter(-1);
 307       part->SetLastDaughter(-1);
 308     }
 309   }
 310 }
 311
 312 //_____________________________________________________________________________
 313 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 314 {
 315   //
 316   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 317   // Dummy routine
 318   //
 319   return 9999;
 320 }
 321
 322 //_____________________________________________________________________________
 323 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 324 {
 325   //
 326   // Dumps particle i in the stack
 327   //
 328   TClonesArray &particles = *fParticles;
 329   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 330 }
 331
 332 //_____________________________________________________________________________
 333 void AliRun::DumpPStack ()
 334 {
 335   //
 336   // Dumps the particle stack
 337   //
 338   TClonesArray &particles = *fParticles;
 339   printf(
 340          "\n\n=======================================================================\n");
 341   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 342     {
 343       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 344       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 345     }
 346   printf(
 347          "\n=======================================================================\n\n");
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 352                       Float_t maxField, char* filename)
 353 {
 354   //
 355   //  Set magnetic field parameters
 356   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 357   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 358   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 359   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 360
 361   //
 362   // --- Sanity check on mag field flags
 363   if(type<0 || type > 2) {
 364     Warning("SetField",
 365             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 366            ,type);
 367     type=2;
 368   }
 369   if(fField) delete fField;
 370   if(version==1) {
 371     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 372   } else if(version<=3) {
 373     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 374     fField->ReadField();
 375   } else {
 376     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 377   }
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________
 381 void AliRun::FillTree()
 382 {
 383   //
 384   // Fills all AliRun TTrees
 385   //
 386   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 387   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 388   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 389   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 390 }
 391
 392 //_____________________________________________________________________________
 393 void AliRun::FinishPrimary()
 394 {
 395   //
 396   // Called  at the end of each primary track
 397   //
 398
 399   //  static Int_t count=0;
 400   //  const Int_t times=10;
 401   // This primary is finished, purify stack
 402   gAlice->PurifyKine();
 403
 404   // Write out hits if any
 405   if (gAlice->TreeH()) {
 406     gAlice->TreeH()->Fill();
 407   }
 408
 409   // Reset Hits info
 410   gAlice->ResetHits();
 411
 412   //
 413   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 414 }
 415
 416 //_____________________________________________________________________________
 417 void AliRun::FinishEvent()
 418 {
 419   //
 420   // Called at the end of the event.
 421   //
 422   printf("\n\n\n\nEntering FinishEvent \n\n\n");
 423   //Update the energy deposit tables
 424   Int_t i;
 425   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 426     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 427     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 428   }
 429   sEventEnergy.Reset();
 430
 431   // Clean detector information
 432   CleanDetectors();
 433
 434   // Write out the kinematics
 435   if (fTreeK) {
 436     CleanParents();
 437     fTreeK->Fill();
 438   }
 439
 440   // Write out the digits
 441   if (fTreeD) {
 442     fTreeD->Fill();
 443     ResetDigits();
 444   }
 445
 446   // Write out reconstructed clusters
 447   if (fTreeR) {
 448     fTreeR->Fill();
 449   }
 450
 451   // Write out the event Header information
 452   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 453
 454   Int_t np=fParticles->GetEntriesFast();
 455   printf("Checking %d\n",np);
 456   for (Int_t inpart=0; inpart<np;++inpart) {
 457
 458     TParticle *particle = (TParticle*)fParticles->UncheckedAt(inpart);
 459     Int_t icode = particle->GetPdgCode();
 460     Double_t chg = particle->GetPDG()->Charge();
 461
 462     if (icode==111 && chg) {
 463       printf("%s charge %f %p %s\n",
 464              particle->GetName(),chg,particle->GetPDG(),
 465              particle->GetPDG()->GetName());
 466     }
 467   }
 468
 469   // Reset stack info
 470   ResetStack();
 471
 472   // Write Tree headers
 473   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 474   //  char hname[30];
 475   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 476   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 477   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 478   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 479   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 480   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 481   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 482   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 483 }
 484
 485 //_____________________________________________________________________________
 486 void AliRun::FinishRun()
 487 {
 488   //
 489   // Called at the end of the run.
 490   //
 491
 492   // Clean detector information
 493   TIter next(fModules);
 494   AliModule *detector;
 495   while((detector = (AliModule*)next())) {
 496     detector->FinishRun();
 497   }
 498
 499   //Output energy summary tables
 500   EnergySummary();
 501
 502   // file is retrieved from whatever tree
 503   TFile *File = 0;
 504   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 505   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 506   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 507   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 508   if( NULL==File ) {
 509     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 510     exit(1);
 511   }
 512   File->cd();
 513   fTreeE->Write();
 514
 515   // Clean tree information
 516   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 517   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 518   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 519   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 520   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 521
 522   // Write AliRun info and all detectors parameters
 523   Write();
 524
 525   // Close output file
 526   File->Write();
 527   File->Close();
 528 }
 529
 530 //_____________________________________________________________________________
 531 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 532 {
 533   //
 534   // Flags a track and all its family tree to be kept
 535   //
 536   int curr;
 537   TParticle *particle;
 538
 539   curr=track;
 540   while(1) {
 541     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 542
 543     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 544     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 545
 546     // Save this particle
 547     particle->SetBit(Keep_Bit);
 548
 549     // Move to father if any
 550     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 551   }
 552 }
 553
 554 //_____________________________________________________________________________
 555 void AliRun::EnergySummary()
 556 {
 557   //
 558   // Print summary of deposited energy
 559   //
 560
 561   Int_t ndep=0;
 562   Float_t edtot=0;
 563   Float_t ed, ed2;
 564   Int_t kn, i, left, j, id;
 565   const Float_t zero=0;
 566   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 567   //
 568   // Energy loss information
 569   if(ievent) {
 570     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 571     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 572       ed=sSummEnergy[kn];
 573       if(ed>0) {
 574         sEventEnergy[ndep]=kn;
 575         if(ievent>1) {
 576           ed=ed/ievent;
 577           ed2=sSum2Energy[kn];
 578           ed2=ed2/ievent;
 579           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 580         } else
 581           ed2=99;
 582         sSummEnergy[ndep]=ed;
 583         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 584         edtot+=ed;
 585         ndep++;
 586       }
 587     }
 588     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 589       left=ndep-kn*3;
 590       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 591         j=kn*3+i;
 592         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 593         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 594       }
 595       printf("\n");
 596     }
 597     //
 598     // Relative energy loss in different detectors
 599     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 600     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 601     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 602       left=ndep-kn*5;
 603       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 604         j=kn*5+i;
 605         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 606         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 607       }
 608       printf("\n");
 609     }
 610     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 611     printf("\n");
 612   }
 613   //
 614   // Reset the TArray's
 615   sEventEnergy.Set(0);
 616   sSummEnergy.Set(0);
 617   sSum2Energy.Set(0);
 618 }
 619
 620 //_____________________________________________________________________________
 621 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 622 {
 623   //
 624   // Return pointer to detector from name
 625   //
 626   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 627 }
 628
 629 //_____________________________________________________________________________
 630 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 631 {
 632   //
 633   // Return pointer to detector from name
 634   //
 635   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 636 }
 637
 638 //_____________________________________________________________________________
 639 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 640 {
 641   //
 642   // Return galice internal detector identifier from name
 643   //
 644   Int_t i=-1;
 645   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 646   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 647   return i;
 648 }
 649
 650 //_____________________________________________________________________________
 651 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 652 {
 653   //
 654   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 655   // Set branch addresses
 656   //
 657
 658   // Reset existing structures
 659   ResetStack();
 660   ResetHits();
 661   ResetDigits();
 662
 663   // Delete Trees already connected
 664   if (fTreeK) delete fTreeK;
 665   if (fTreeH) delete fTreeH;
 666   if (fTreeD) delete fTreeD;
 667   if (fTreeR) delete fTreeR;
 668
 669   // Get header from file
 670   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 671   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 672
 673   // Get Kine Tree from file
 674   char treeName[20];
 675   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 676   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 677   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 678   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 679
 680   // Get Hits Tree header from file
 681   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 682   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 683   if (!fTreeH) {
 684     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 685   }
 686
 687   // Get Digits Tree header from file
 688   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 689   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 690   if (!fTreeD) {
 691     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 692   }
 693
 694
 695   // Get Reconstruct Tree header from file
 696   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 697   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 698   if (!fTreeR) {
 699     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 700   }
 701
 702   // Set Trees branch addresses
 703   TIter next(fModules);
 704   AliModule *detector;
 705   while((detector = (AliModule*)next())) {
 706     detector->SetTreeAddress();
 707   }
 708
 709   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 710   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 711   return fNtrack;
 712 }
 713
 714 //_____________________________________________________________________________
 715 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 716 {
 717   //
 718   // Import Alice geometry from current file
 719   // Return pointer to geometry object
 720   //
 721   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 722   //
 723   // Unlink and relink nodes in detectors
 724   // This is bad and there must be a better way...
 725   //
 726
 727   TIter next(fModules);
 728   AliModule *detector;
 729   while((detector = (AliModule*)next())) {
 730     detector->SetTreeAddress();
 731     TList *dnodes=detector->Nodes();
 732     Int_t j;
 733     TNode *node, *node1;
 734     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 735       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 736       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 737       dnodes->Remove(node);
 738       dnodes->AddAt(node1,j);
 739     }
 740   }
 741   return fGeometry;
 742 }
 743
 744 //_____________________________________________________________________________
 745 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 746                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 747                           Float_t &tof)
 748 {
 749   //
 750   // Return next track from stack of particles
 751   //
 752   TVector3 pol;
 753   fCurrent=-1;
 754   TParticle *track;
 755   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 756     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 757     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 758       //
 759       // The track has not yet been processed
 760       fCurrent=i;
 761       ipart=track->GetPdgCode();
 762       pmom[0]=track->Px();
 763       pmom[1]=track->Py();
 764       pmom[2]=track->Pz();
 765       e     =track->Energy();
 766       vpos[0]=track->Vx();
 767       vpos[1]=track->Vy();
 768       vpos[2]=track->Vz();
 769       track->GetPolarisation(pol);
 770       polar[0]=pol.X();
 771       polar[1]=pol.Y();
 772       polar[2]=pol.Z();
 773       tof=track->T();
 774       track->SetBit(Done_Bit);
 775       break;
 776     }
 777   }
 778   mtrack=fCurrent;
 779   //
 780   // stop and start timer when we start a primary track
 781   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 782   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 783   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 784     fTimer.Stop();
 785     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 786     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 787   }
 788   fTimer.Start();
 789 }
 790
 791 //_____________________________________________________________________________
 792 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 793 {
 794   //
 795   // return number of primary that has generated track
 796   //
 797   int current, parent;
 798   TParticle *part;
 799   //
 800   parent=track;
 801   while (1) {
 802     current=parent;
 803     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 804     parent=part->GetFirstMother();
 805     if(parent<0) return current;
 806   }
 807 }
 808
 809 //_____________________________________________________________________________
 810 void AliRun::Init(const char *setup)
 811 {
 812   //
 813   // Initialize the Alice setup
 814   //
 815
 816   gROOT->LoadMacro(setup);
 817   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 818
 819   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 820
 821   TObject *objfirst, *objlast;
 822
 823   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 824
 825   //
 826   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 827    TIter next(fModules);
 828    AliModule *detector;
 829    while((detector = (AliModule*)next())) {
 830       detector->SetTreeAddress();
 831       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 832
 833       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 834       detector->CreateMaterials();
 835       detector->CreateGeometry();
 836       detector->BuildGeometry();
 837       detector->Init();
 838
 839       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 840       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 841       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 842       while (objfirst) {
 843         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 844         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 845       }
 846    }
 847    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 848
 849    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 850
 851    //Close the geometry structure
 852    gMC->Ggclos();
 853
 854    //Initialise geometry deposition table
 855    sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 856    sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 857    sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 858
 859    //Create the color table
 860    gMC->SetColors();
 861
 862    //Compute cross-sections
 863    gMC->Gphysi();
 864
 865    //Write Geometry object to current file.
 866    fGeometry->Write();
 867
 868    fInitDone = kTRUE;
 869 }
 870
 871 //_____________________________________________________________________________
 872 void AliRun::MediaTable()
 873 {
 874   //
 875   // Built media table to get from the media number to
 876   // the detector id
 877   //
 878   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 879   //  Int_t ibeg;
 880   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 881   AliModule *det;
 882   //
 883   // For all detectors
 884   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 885     // If detector is defined
 886     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 887         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 888         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 889         // Find max and min material number
 890         if((idt=idtmed[nz])) {
 891           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 892           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 893         }
 894       }
 895       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 896         det->LoMedium() = 0;
 897         det->HiMedium() = 0;
 898       } else {
 899         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 900           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 901                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 902           return;
 903         }
 904         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 905         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 906           (*fImedia)[lz]=kz;
 907         }
 908       }
 909     }
 910   }
 911   //
 912   // Print summary table
 913   printf(" Traking media ranges:\n");
 914   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 915     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 916       ind=i*6+k;
 917       det=(AliModule*)dets[ind];
 918       if(det)
 919         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 920                det->HiMedium());
 921       else
 922         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 923     }
 924     printf("\n");
 925   }
 926 }
 927
 928 //____________________________________________________________________________
 929 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 930 {
 931   //
 932   // Load the event generator
 933   //
 934   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 935 }
 936
 937 //____________________________________________________________________________
 938 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 939 {
 940   //
 941   // Read filename to set the transport parameters
 942   //
 943
 944
 945   const Int_t ncuts=10;
 946   const Int_t nflags=11;
 947   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 948   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 949                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 950                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 951                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 952   char line[256];
 953   char detName[7];
 954   char* filtmp;
 955   Float_t cut[ncuts];
 956   Int_t flag[nflags];
 957   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 958   FILE *lun;
 959   //
 960   // See whether the file is there
 961   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 962   lun=fopen(filtmp,"r");
 963   delete [] filtmp;
 964   if(!lun) {
 965     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 966     return;
 967   }
 968   //
 969   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 970   printf(" *%59s\n","*");
 971   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 972   printf(" *%59s\n","*");
 973   //
 974   while(1) {
 975     // Initialise cuts and flags
 976     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 977     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 978     itmed=0;
 979     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 980     // Read up to the end of line excluded
 981     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 982     if(iret<0) {
 983       //End of file
 984       fclose(lun);
 985       printf(" *%59s\n","*");
 986       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 987       return;
 988     }
 989     // Read the end of line
 990     fscanf(lun,"%*c");
 991     if(!iret) continue;
 992     if(line[0]=='*') continue;
 993     // Read the numbers
 994     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 995                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 996                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 997                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 998     if(!iret) continue;
 999     if(iret<0) {
1000       //reading error
1001       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
1002       continue;
1003     }
1004     // Check that the module exist
1005     AliModule *mod = GetModule(detName);
1006     if(mod) {
1007       // Get the array of media numbers
1008       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1009       // Check that the tracking medium code is valid
1010       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1011         ktmed=idtmed[itmed];
1012         if(!ktmed) {
1013           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1014           continue;
1015         }
1016         // Set energy thresholds
1017         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1018           if(cut[kz]>=0) {
1019             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1020                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1021             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1022           }
1023         }
1024         // Set transport mechanisms
1025         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1026           if(flag[kz]>=0) {
1027             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1028                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1029             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1030           }
1031         }
1032       } else {
1033         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1034         continue;
1035       }
1036     } else {
1037       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1038       continue;
1039     }
1040   }
1041 }
1042
1043 //_____________________________________________________________________________
1044 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1045 {
1046   //
1047   //  Create the ROOT trees
1048   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1049   //
1050
1051   //
1052   // Analyse options
1053   char *K = strstr(option,"K");
1054   char *H = strstr(option,"H");
1055   char *E = strstr(option,"E");
1056   char *D = strstr(option,"D");
1057   char *R = strstr(option,"R");
1058   //
1059   if (K && !fTreeK) fTreeK = new TTree("TreeK0","Kinematics");
1060   if (H && !fTreeH) fTreeH = new TTree("TreeH0","Hits");
1061   if (D && !fTreeD) fTreeD = new TTree("TreeD0","Digits");
1062   if (E && !fTreeE) fTreeE = new TTree("TE","Header");
1063   if (R && !fTreeR) fTreeR = new TTree("TreeR0","Reconstruction");
1064   if (fTreeH) fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1065   //
1066   // Create a branch for hits/digits for each detector
1067   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1068   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1069   TIter next(fModules);
1070   AliModule *detector;
1071   while((detector = (AliModule*)next())) {
1072      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1073   }
1074   //  Create a branch for particles
1075   if (fTreeK && K) fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1076
1077   //  Create a branch for Header
1078   if (fTreeE && E) fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1079 }
1080
1081 //_____________________________________________________________________________
1082 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1083 {
1084   //
1085   // PurifyKine with external parameters
1086   //
1087   fHgwmk = lastSavedTrack;
1088   fNtrack = nofTracks;
1089   PurifyKine();
1090   return fHgwmk;
1091 }
1092
1093 //_____________________________________________________________________________
1094 void AliRun::PurifyKine()
1095 {
1096   //
1097   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1098   // and renaming the particle id's in all the hits
1099   //
1100   TClonesArray &particles = *fParticles;
1101   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1102   TParticle *part, *partnew, *father;
1103   AliHit *OneHit;
1104   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1105
1106   // Save in Header total number of tracks before compression
1107   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1108
1109   // Preset map, to be removed later
1110   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1111     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1112   // Second pass, build map between old and new numbering
1113   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1114     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1115     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1116
1117       // This particle has to be kept
1118       map[i]=nkeep;
1119       if(i!=nkeep) {
1120
1121         // Old and new are different, have to copy
1122         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1123         *partnew = *part;
1124       } else partnew = part;
1125
1126       // as the parent is always *before*, it must be already
1127       // in place. This is what we are checking anyway!
1128       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1129         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1130         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1131       }
1132       nkeep++;
1133     }
1134   }
1135   fNtrack=nkeep;
1136
1137   // Fix daughters information
1138   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1139     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1140     parent = part->GetFirstMother();
1141     if(parent>=0) {
1142       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1143       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1144
1145         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1146         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1147       } else {
1148         // Iitialise daughters info for first pass
1149         father->SetFirstDaughter(i);
1150         father->SetLastDaughter(i);
1151         father->SetBit(Daughters_Bit);
1152       }
1153     }
1154   }
1155
1156   // Now loop on all detectors and reset the hits
1157   TIter next(fModules);
1158   AliModule *detector;
1159   while((detector = (AliModule*)next())) {
1160     if (!detector->Hits()) continue;
1161     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1162     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1163       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1164              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1165     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1166       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1167       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1168     }
1169   }
1170
1171   fHgwmk=nkeep-1;
1172   particles.SetLast(fHgwmk);
1173   delete [] map;
1174 }
1175
1176 //_____________________________________________________________________________
1177 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1178 {
1179   //
1180   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1181   //
1182   char hname[30];
1183   //
1184   ResetStack();
1185   ResetHits();
1186   ResetDigits();
1187
1188   // Initialise event header
1189   fHeader.Reset(run,idevent);
1190
1191   if(fTreeK) {
1192     fTreeK->Reset();
1193     sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
1194     fTreeK->SetName(hname);
1195   }
1196   if(fTreeH) {
1197     fTreeH->Reset();
1198     sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
1199     fTreeH->SetName(hname);
1200   }
1201   if(fTreeD) {
1202     fTreeD->Reset();
1203     sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
1204     fTreeD->SetName(hname);
1205   }
1206   if(fTreeR) {
1207     fTreeR->Reset();
1208     sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
1209     fTreeR->SetName(hname);
1210   }
1211 }
1212
1213 //_____________________________________________________________________________
1214 void AliRun::ResetDigits()
1215 {
1216   //
1217   //  Reset all Detectors digits
1218   //
1219   TIter next(fModules);
1220   AliModule *detector;
1221   while((detector = (AliModule*)next())) {
1222      detector->ResetDigits();
1223   }
1224 }
1225
1226 //_____________________________________________________________________________
1227 void AliRun::ResetHits()
1228 {
1229   //
1230   //  Reset all Detectors hits
1231   //
1232   TIter next(fModules);
1233   AliModule *detector;
1234   while((detector = (AliModule*)next())) {
1235      detector->ResetHits();
1236   }
1237 }
1238
1239 //_____________________________________________________________________________
1240 void AliRun::ResetPoints()
1241 {
1242   //
1243   // Reset all Detectors points
1244   //
1245   TIter next(fModules);
1246   AliModule *detector;
1247   while((detector = (AliModule*)next())) {
1248      detector->ResetPoints();
1249   }
1250 }
1251
1252 //_____________________________________________________________________________
1253 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1254 {
1255   //
1256   // Main function to be called to process a galice run
1257   // example
1258   //    Root > gAlice.Run();
1259   // a positive number of events will cause the finish routine
1260   // to be called
1261   //
1262
1263   Int_t i, todo;
1264   // check if initialisation has been done
1265   if (!fInitDone) Init(setup);
1266
1267   // Create the Root Tree with one branch per detector
1268   if(!fEvent) {
1269     gAlice->MakeTree("KHDER");
1270   }
1271
1272   todo = TMath::Abs(nevent);
1273   for (i=0; i<todo; i++) {
1274   // Process one run (one run = one event)
1275      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1276      gMC->Gtrigi();
1277      gMC->Gtrigc();
1278      gMC->Gtrig();
1279      gAlice->FinishEvent();
1280      fEvent++;
1281   }
1282
1283   // End of this run, close files
1284   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1285 }
1286
1287 //_____________________________________________________________________________
1288 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1289                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1290                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1291 {
1292   //
1293   // Generates lego plots of:
1294   //    - radiation length map phi vs theta
1295   //    - radiation length map phi vs eta
1296   //    - interaction length map
1297   //    - g/cm2 length map
1298   //
1299   //  ntheta    bins in theta, eta
1300   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1301   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1302   //  nphi      bins in phi
1303   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1304   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1305   //  rmin      minimum radius
1306   //  rmax      maximum radius
1307   //
1308   //
1309   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1310   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1311   //
1312   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1313   //Begin_Html
1314   /*
1315     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1316   */
1317   //End_Html
1318   //Begin_Html
1319   /*
1320     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1321   */
1322   //End_Html
1323   //Begin_Html
1324   /*
1325     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1326   */
1327   //End_Html
1328   //
1329
1330   // check if initialisation has been done
1331   if (!fInitDone) Init(setup);
1332
1333   fLego = new AliLego("lego","lego");
1334   fLego->Init(ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1335   fLego->Run();
1336
1337   // Create only the Root event Tree
1338   gAlice->MakeTree("E");
1339
1340   // End of this run, close files
1341   gAlice->FinishRun();
1342 }
1343
1344 //_____________________________________________________________________________
1345 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1346 {
1347   //
1348   // Set current track number
1349   //
1350   fCurrent = track;
1351 }
1352
1353 //_____________________________________________________________________________
1354 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1355                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1356                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1357 {
1358   //
1359   // Load a track on the stack
1360   //
1361   // done     0 if the track has to be transported
1362   //          1 if not
1363   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1364   // pdg    particle code
1365   // pmom     momentum GeV/c
1366   // vpos     position
1367   // polar    polarisation
1368   // tof      time of flight in seconds
1369   // mecha    production mechanism
1370   // ntr      on output the number of the track stored
1371   //
1372   TClonesArray &particles = *fParticles;
1373   TParticle *particle;
1374   Float_t mass;
1375   const Int_t firstdaughter=-1;
1376   const Int_t lastdaughter=-1;
1377   const Int_t KS=0;
1378   //  const Float_t tlife=0;
1379
1380   //
1381   // Here we get the static mass
1382   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1383   // if the calculated mass is required
1384   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1385   // used in the MC is not the same of the PDG database
1386   //
1387   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1388   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1389                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1390
1391   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1392   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1393
1394   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1395                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1396                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1397   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1398   //                                         mecha,weight);
1399   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1400   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1401   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1402
1403   if(parent>=0) {
1404     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1405     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1406     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1407   } else {
1408     //
1409     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1410     fHgwmk=fNtrack;
1411     //
1412     // Set also number if primary tracks
1413     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1414     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1415   }
1416   ntr = fNtrack++;
1417 }
1418
1419 //_____________________________________________________________________________
1420 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1421 {
1422   //
1423   // flags a track to be kept
1424   //
1425   TClonesArray &particles = *fParticles;
1426   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1427 }
1428
1429 //_____________________________________________________________________________
1430 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1431 {
1432   //
1433   // Called at every step during transport
1434   //
1435
1436   Int_t copy;
1437   //
1438   // --- If lego option, do it and leave
1439   if (fLego) {
1440     fLego->StepManager();
1441     return;
1442   }
1443   //Update energy deposition tables
1444   sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
1445
1446   //Call the appropriate stepping routine;
1447   AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1448   if(det) det->StepManager();
1449 }
1450
1451 //_____________________________________________________________________________
1452 void AliRun::ReadEuclid(const char* filnam, const AliModule *det, char* topvol)
1453 {
1454   //
1455   //       read in the geometry of the detector in euclid file format
1456   //
1457   //        id_det : the detector identification (2=its,...)
1458   //        topvol : return parameter describing the name of the top
1459   //        volume of geometry.
1460   //
1461   //            author : m. maire
1462   //
1463   //     28.07.98
1464   //     several changes have been made by miroslav helbich
1465   //     subroutine is rewrited to follow the new established way of memory
1466   //     booking for tracking medias and rotation matrices.
1467   //     all used tracking media have to be defined first, for this you can use
1468   //     subroutine  greutmed.
1469   //     top volume is searched as only volume not positioned into another
1470   //
1471
1472   Int_t i, nvol, iret, itmed, irot, numed, npar, ndiv, iaxe;
1473   Int_t ndvmx, nr, flag;
1474   char key[5], card[77], natmed[21];
1475   char name[5], mother[5], shape[5], konly[5], volst[7000][5];
1476   char *filtmp;
1477   Float_t par[50];
1478   Float_t teta1, phi1, teta2, phi2, teta3, phi3, orig, step;
1479   Float_t xo, yo, zo;
1480   const Int_t maxrot=5000;
1481   Int_t idrot[maxrot],istop[7000];
1482   FILE *lun;
1483   //
1484   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1485   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1486   lun=fopen(filtmp,"r");
1487   delete [] filtmp;
1488   if(!lun) {
1489     Error("ReadEuclid","Could not open file %s\n",filnam);
1490     return;
1491   }
1492   //* --- definition of rotation matrix 0 ---
1493   TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1494   for(i=1; i<maxrot; ++i) idrot[i]=-99;
1495   idrot[0]=0;
1496   nvol=0;
1497  L10:
1498   for(i=0;i<77;i++) card[i]=0;
1499   iret=fscanf(lun,"%77[^\n]",card);
1500   if(iret<=0) goto L20;
1501   fscanf(lun,"%*c");
1502   //*
1503   strncpy(key,card,4);
1504   key[4]='\0';
1505   if (!strcmp(key,"TMED")) {
1506     sscanf(&card[5],"%d '%[^']'",&itmed,natmed);
1507     if( itmed<0 || itmed>=100 ) {
1508       Error("ReadEuclid","TMED illegal medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
1509       exit(1);
1510     }
1511     //Pad the string with blanks
1512     i=-1;
1513     while(natmed[++i]);
1514     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1515     natmed[i]='\0';
1516     //
1517     if( idtmed[itmed]<=0 ) {
1518       Error("ReadEuclid","TMED undefined medium number %d for %s\n",itmed,natmed);
1519       exit(1);
1520     }
1521     gMC->Gckmat(idtmed[itmed],natmed);
1522     //*
1523   } else if (!strcmp(key,"ROTM")) {
1524     sscanf(&card[4],"%d %f %f %f %f %f %f",&irot,&teta1,&phi1,&teta2,&phi2,&teta3,&phi3);
1525     if( irot<=0 || irot>=maxrot ) {
1526       Error("ReadEuclid","ROTM rotation matrix number %d illegal\n",irot);
1527       exit(1);
1528     }
1529     det->AliMatrix(idrot[irot],teta1,phi1,teta2,phi2,teta3,phi3);
1530     //*
1531   } else if (!strcmp(key,"VOLU")) {
1532     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, shape, &numed, &npar);
1533     if (npar>0) {
1534       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1535       fscanf(lun,"%*c");
1536     }
1537     gMC->Gsvolu( name, shape, idtmed[numed], par, npar);
1538     //*     save the defined volumes
1539     strcpy(volst[++nvol],name);
1540     istop[nvol]=1;
1541     //*
1542   } else if (!strcmp(key,"DIVN")) {
1543     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d", name, mother, &ndiv, &iaxe);
1544     gMC->Gsdvn  ( name, mother, ndiv, iaxe );
1545     //*
1546   } else if (!strcmp(key,"DVN2")) {
1547     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %d %d %f %d",name, mother, &ndiv, &iaxe, &orig, &numed);
1548     gMC->Gsdvn2( name, mother, ndiv, iaxe, orig,idtmed[numed]);
1549     //*
1550   } else if (!strcmp(key,"DIVT")) {
1551     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &numed, &ndvmx);
1552     gMC->Gsdvt ( name, mother, step, iaxe, idtmed[numed], ndvmx);
1553     //*
1554   } else if (!strcmp(key,"DVT2")) {
1555     sscanf(&card[5],"'%[^']' '%[^']' %f %d %f %d %d", name, mother, &step, &iaxe, &orig, &numed, &ndvmx);
1556     gMC->Gsdvt2 ( name, mother, step, iaxe, orig, idtmed[numed], ndvmx );
1557     //*
1558   } else if (!strcmp(key,"POSI")) {
1559     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']'", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly);
1560     if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
1561       Error("ReadEuclid","POSI %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
1562       exit(1);
1563     }
1564     if( idrot[irot] == -99) {
1565       Error("ReadEuclid","POSI %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
1566       exit(1);
1567     }
1568     //*** volume name cannot be the top volume
1569     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1570       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1571     }
1572     //*
1573     gMC->Gspos  ( name, nr, mother, xo, yo, zo, idrot[irot], konly );
1574     //*
1575   } else if (!strcmp(key,"POSP")) {
1576     sscanf(&card[5],"'%[^']' %d '%[^']' %f %f %f %d '%[^']' %d", name, &nr, mother, &xo, &yo, &zo, &irot, konly, &npar);
1577     if( irot<0 || irot>=maxrot ) {
1578       Error("ReadEuclid","POSP %s#%d rotation matrix number %d illegal\n",name,nr,irot);
1579       exit(1);
1580     }
1581     if( idrot[irot] == -99) {
1582       Error("ReadEuclid","POSP %s#%d undefined matrix number %d\n",name,nr,irot);
1583       exit(1);
1584     }
1585     if (npar > 0) {
1586       for(i=0;i<npar;i++) fscanf(lun,"%f",&par[i]);
1587       fscanf(lun,"%*c");
1588     }
1589     //*** volume name cannot be the top volume
1590     for(i=1;i<=nvol;i++) {
1591       if (!strcmp(volst[i],name)) istop[i]=0;
1592     }
1593     //*
1594     gMC->Gsposp ( name, nr, mother, xo,yo,zo, idrot[irot], konly, par, npar);
1595   }
1596   //*
1597   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1598   //* find top volume in the geometry
1599   flag=0;
1600   for(i=1;i<=nvol;i++) {
1601     if (istop[i] && flag) {
1602       Warning("ReadEuclid"," %s is another possible top volume\n",volst[i]);
1603     }
1604     if (istop[i] && !flag) {
1605       strcpy(topvol,volst[i]);
1606       printf(" *** GREUCL *** volume %s taken as a top volume\n",topvol);
1607       flag=1;
1608     }
1609   }
1610   if (!flag) {
1611     Warning("ReadEuclid","top volume not found\n");
1612   }
1613   fclose (lun);
1614   //*
1615   //*     commented out only for the not cernlib version
1616   printf(" *** GREUCL *** file: %s is now read in\n",filnam);
1617   //
1618   return;
1619   //*
1620   L20:
1621   Error("ReadEuclid","reading error or premature end of file\n");
1622 }
1623
1624 //_____________________________________________________________________________
1625 void AliRun::ReadEuclidMedia(const char* filnam, const AliModule *det)
1626 {
1627   //
1628   //       read in the materials and tracking media for the detector
1629   //                   in euclid file format
1630   //
1631   //       filnam: name of the input file
1632   //       id_det: id_det is the detector identification (2=its,...)
1633   //
1634   //            author : miroslav helbich
1635   //
1636   Float_t sxmgmx = gAlice->Field()->Max();
1637   Int_t   isxfld = gAlice->Field()->Integ();
1638   Int_t end, i, iret, itmed;
1639   char key[5], card[130], natmed[21], namate[21];
1640   Float_t ubuf[50];
1641   char* filtmp;
1642   FILE *lun;
1643   Int_t imate;
1644   Int_t nwbuf, isvol, ifield, nmat;
1645   Float_t a, z, dens, radl, absl, fieldm, tmaxfd, stemax, deemax, epsil, stmin;
1646   //
1647   end=strlen(filnam);
1648   for(i=0;i<end;i++) if(filnam[i]=='.') {
1649     end=i;
1650     break;
1651   }
1652   //
1653   // *** The input filnam name will be with extension '.euc'
1654   printf("The file name is %s\n",filnam); //Debug
1655   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filnam);
1656   lun=fopen(filtmp,"r");
1657   delete [] filtmp;
1658   if(!lun) {
1659     Warning("ReadEuclidMedia","Could not open file %s\n",filnam);
1660     return;
1661   }
1662   //
1663   // Retrieve Mag Field parameters
1664   Int_t ISXFLD=gAlice->Field()->Integ();
1665   Float_t SXMGMX=gAlice->Field()->Max();
1666   //  TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1667   //
1668  L10:
1669   for(i=0;i<130;i++) card[i]=0;
1670   iret=fscanf(lun,"%4s %[^\n]",key,card);
1671   if(iret<=0) goto L20;
1672   fscanf(lun,"%*c");
1673   //*
1674   //* read material
1675   if (!strcmp(key,"MATE")) {
1676     sscanf(card,"%d '%[^']' %f %f %f %f %f %d",&imate,namate,&a,&z,&dens,&radl,&absl,&nwbuf);
1677     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1678     //Pad the string with blanks
1679     i=-1;
1680     while(namate[++i]);
1681     while(i<20) namate[i++]=' ';
1682     namate[i]='\0';
1683     //
1684     det->AliMaterial(imate,namate,a,z,dens,radl,absl,ubuf,nwbuf);
1685     //* read tracking medium
1686   } else if (!strcmp(key,"TMED")) {
1687     sscanf(card,"%d '%[^']' %d %d %d %f %f %f %f %f %f %d",
1688            &itmed,natmed,&nmat,&isvol,&ifield,&fieldm,&tmaxfd,
1689            &stemax,&deemax,&epsil,&stmin,&nwbuf);
1690     if (nwbuf>0) for(i=0;i<nwbuf;i++) fscanf(lun,"%f",&ubuf[i]);
1691     if (ifield<0) ifield=isxfld;
1692     if (fieldm<0) fieldm=sxmgmx;
1693     //Pad the string with blanks
1694     i=-1;
1695     while(natmed[++i]);
1696     while(i<20) natmed[i++]=' ';
1697     natmed[i]='\0';
1698     //
1699     det->AliMedium(itmed,natmed,nmat,isvol,ISXFLD,SXMGMX,tmaxfd,
1700                    stemax,deemax,epsil,stmin,ubuf,nwbuf);
1701     //    (*fImedia)[idtmed[itmed]-1]=id_det;
1702     //*
1703   }
1704   //*
1705   if (strcmp(key,"END")) goto L10;
1706   fclose (lun);
1707   //*
1708   //*     commented out only for the not cernlib version
1709   Warning("ReadEuclidMedia","file: %s is now read in\n",filnam);
1710   //*
1711   return;
1712   //*
1713  L20:
1714   Warning("ReadEuclidMedia","reading error or premature end of file\n");
1715 }
1716
1717 //_____________________________________________________________________________
1718 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1719 {
1720   //
1721   // Stream an object of class AliRun.
1722   //
1723   if (R__b.IsReading()) {
1724     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1725     TNamed::Streamer(R__b);
1726     if (!gAlice) gAlice = this;
1727     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1728     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1729     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1730     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1731     R__b >> fNtrack;
1732     R__b >> fHgwmk;
1733     R__b >> fDebug;
1734     fHeader.Streamer(R__b);
1735     R__b >> fModules;
1736     R__b >> fParticles;
1737     R__b >> fField;
1738     //    R__b >> fMC;
1739     R__b >> fNdets;
1740     R__b >> fTrRmax;
1741     R__b >> fTrZmax;
1742     R__b >> fGenerator;
1743     if(R__v>1) {
1744       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1745       fTreeE->GetEntry(0);
1746     } else {
1747       fHeader.SetEvent(0);
1748       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1749     }
1750   } else {
1751     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1752     TNamed::Streamer(R__b);
1753     R__b << fNtrack;
1754     R__b << fHgwmk;
1755     R__b << fDebug;
1756     fHeader.Streamer(R__b);
1757     R__b << fModules;
1758     R__b << fParticles;
1759     R__b << fField;
1760     //    R__b << fMC;
1761     R__b << fNdets;
1762     R__b << fTrRmax;
1763     R__b << fTrZmax;
1764     R__b << fGenerator;
1765     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1766   }
1767 }
1768
1769
1770 //_____________________________________________________________________________
1771 //
1772 //                 Interfaces to Fortran
1773 //
1774 //_____________________________________________________________________________
1775
1776 extern "C" void type_of_call  rxgtrak (Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1777                                        Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
1778                                        Float_t &tof)
1779 {
1780   //
1781   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by the
1782   //     modified version of GTREVE.
1783   //
1784   //              Track number in the ROOT stack. If MTRACK=0 no
1785   //      mtrack  more tracks are left in the stack to be
1786   //              transported.
1787   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1788   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1789   //      e       Particle energy in GeV
1790   //      vpos[3] Particle position
1791   //      tof     Particle time of flight in seconds
1792   //
1793   Int_t pdg;
1794   gAlice->GetNextTrack(mtrack, pdg, pmom, e, vpos, polar, tof);
1795   ipart = gMC->IdFromPDG(pdg);
1796   mtrack++;
1797 }
1798
1799 //_____________________________________________________________________________
1800 extern "C" void type_of_call
1801 #ifndef WIN32
1802 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1803                Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, Int_t &ntr, const int cmlen)
1804 #else
1805 rxstrak (Int_t &keep, Int_t &parent, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
1806          Float_t *vpos, Float_t &tof, const char* cmech, const int cmlen,
1807          Int_t &ntr)
1808 #endif
1809 {
1810   //
1811   //     Fetches next track from the ROOT stack for transport. Called by GUKINE
1812   //     and GUSTEP.
1813   //
1814   //              Status of the track. If keep=0 the track is put
1815   //      keep    on the ROOT stack but it is not fetched for
1816   //              transport.
1817   //      parent  Parent track. If parent=0 the track is a primary.
1818   //              In GUSTEP the routine is normally called to store
1819   //              secondaries generated by the current track whose
1820   //              ROOT stack number is MTRACK (common SCKINE.
1821   //      ipart   Particle code in the GEANT conventions.
1822   //      pmom[3] Particle momentum in GeV/c
1823   //      vpos[3] Particle position
1824   //      tof     Particle time of flight in seconds
1825   //
1826   //      cmech   (CHARACTER*10) Particle origin. This field is user
1827   //              defined and it is not used inside the GALICE code.
1828   //      ntr     Number assigned to the particle in the ROOT stack.
1829   //
1830   char mecha[11];
1831   Float_t polar[3]={0.,0.,0.};
1832   for(int i=0; i<10 && i<cmlen; i++) mecha[i]=cmech[i];
1833   mecha[10]=0;
1834   Int_t pdg=gMC->PDGFromId(ipart);
1835   gAlice->SetTrack(keep, parent-1, pdg, pmom, vpos, polar, tof, mecha, ntr);
1836   ntr++;
1837 }
1838
1839 //_____________________________________________________________________________
1840 extern "C" void type_of_call  rxkeep(const Int_t &n)
1841 {
1842   if( NULL==gAlice ) exit(1);
1843
1844   if( n<=0 || n>gAlice->Particles()->GetEntries() )
1845     {
1846       printf("  Bad index n=%d must be 0<n<=%d\n",
1847              n,gAlice->Particles()->GetEntries());
1848       exit(1);
1849     }
1850
1851   ((TParticle*)(gAlice->Particles()->UncheckedAt(n-1)))->SetBit(Keep_Bit);
1852 }
1853
1854 //_____________________________________________________________________________
1855 extern "C" void type_of_call  rxouth ()
1856 {
1857   //
1858   // Called by Gtreve at the end of each primary track
1859   //
1860   gAlice->FinishPrimary();
1861 }
1862