STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  19 Remove default value for argument
  20
  21 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  22 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  23
  24 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  25 Added TreeS to GetEvent().
  26
  27 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  28 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  29
  30 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  31 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  32
  33 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  34 Major upgrade of AliRoot code
  35
  36 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  37 Corrections to destructors
  38
  39 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  40 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  41 SetField().
  42 Example:
  43 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  44
  45 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  46 galice.cuts was not read any more
  47
  48 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  49 Introducing new Rndm and QA classes
  50
  51 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  52 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  53 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  54
  55 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  56 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  57
  58 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  59 Removal of useless dependecies via forward declarations
  60
  61 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  62 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  63
  64 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  65 Coding convention correction and warning removal
  66
  67 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
  68 Coding convention corrections + few minor bug fixes
  69
  70 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
  71 Writing down the TREE headers before job starts
  72
  73 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  74 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  75
  76 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  77 Only one initializer for a default argument
  78
  79 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  80 Delete only existent objects.
  81
  82 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
  83 Delete Particle Factory properly
  84
  85 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
  86 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
  87
  88 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  89 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  90
  91 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  92 Changes in Lego for G4 compatibility
  93
  94 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
  95 Introduce variable Config.C function signature
  96
  97 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
  98 G4 compatibility changes
  99
 100 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 101 Workaround for an HP compiler problem
 102
 103 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 104 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 105
 106 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 107 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 108
 109 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 110 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 111 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 112
 113 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 114 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 115
 116 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 117 Fixing previous wrong checking
 118
 119 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 120 Fixing daughters information also in primary tracks
 121
 122 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 123 Adding protection against inconsistent Euclid files
 124
 125 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 126 Introduction of the Copyright and cvs Log
 127
 128 */
 129
 130 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 131 //                                                                           //
 132 //  Control class for Alice C++                                              //
 133 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 134 //  The object is created in main program aliroot                            //
 135 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 136 //                                                                           //
 137 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 138 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 139 //   -Supports the Trees.                                                    //
 140 //   -Supports the geometry.                                                 //
 141 //   -Supports the event display.                                            //
 142 //Begin_Html
 143 /*
 144 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 145 */
 146 //End_Html
 147 //Begin_Html
 148 /*
 149 <img src="picts/alirun.gif">
 150 */
 151 //End_Html
 152 //                                                                           //
 153 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 154
 155 #include <stdlib.h>
 156 #include <stdio.h>
 157 #include <string.h>
 158 #include <iostream.h>
 159
 160 #include <TFile.h>
 161 #include <TRandom.h>
 162 #include <TBRIK.h>
 163 #include <TNode.h>
 164 #include <TCint.h>
 165 #include <TSystem.h>
 166 #include <TObjectTable.h>
 167 #include <TTree.h>
 168 #include <TGeometry.h>
 169 #include <TROOT.h>
 170 #include "TBrowser.h"
 171
 172 #include "TParticle.h"
 173 #include "AliRun.h"
 174 #include "AliDisplay.h"
 175 #include "AliMC.h"
 176 #include "AliLego.h"
 177 #include "AliMagFC.h"
 178 #include "AliMagFCM.h"
 179 #include "AliMagFDM.h"
 180 #include "AliHit.h"
 181 #include "TRandom3.h"
 182 #include "AliMCQA.h"
 183 #include "AliGenerator.h"
 184 #include "AliLegoGenerator.h"
 185
 186 #include "AliDetector.h"
 187
 188 AliRun *gAlice;
 189
 190 static AliHeader *gAliHeader;
 191
 192 ClassImp(AliRun)
 193
 194 //_____________________________________________________________________________
 195 AliRun::AliRun()
 196 {
 197   //
 198   // Default constructor for AliRun
 199   //
 200   gAliHeader=&fHeader;
 201   fRun       = 0;
 202   fEvent     = 0;
 203   fCurrent   = -1;
 204   fModules = 0;
 205   fGenerator = 0;
 206   fTreeD     = 0;
 207   fTreeK     = 0;
 208   fTreeH     = 0;
 209   fTreeE     = 0;
 210   fTreeR     = 0;
 211   fTreeS     = 0;
 212   fParticles = 0;
 213   fGeometry  = 0;
 214   fDisplay   = 0;
 215   fField     = 0;
 216   fMC       = 0;
 217   fNdets     = 0;
 218   fImedia    = 0;
 219   fTrRmax    = 1.e10;
 220   fTrZmax    = 1.e10;
 221   fInitDone  = kFALSE;
 222   fLego      = 0;
 223   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 224   fHitLists  = 0;
 225   fConfigFunction    = "\0";
 226   fRandom = 0;
 227   fMCQA = 0;
 228   fTransParName = "\0";
 229   fBaseFileName = ".\0";
 230   fParticleBuffer = 0;
 231   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 232 }
 233
 234 //_____________________________________________________________________________
 235 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 236   : TNamed(name,title)
 237 {
 238   //
 239   //  Constructor for the main processor.
 240   //  Creates the geometry
 241   //  Creates the list of Detectors.
 242   //  Creates the list of particles.
 243   //
 244   Int_t i;
 245
 246   gAlice     = this;
 247   fTreeD     = 0;
 248   fTreeK     = 0;
 249   fTreeH     = 0;
 250   fTreeE     = 0;
 251   fTreeR     = 0;
 252   fTreeS     = 0;
 253   fTrRmax    = 1.e10;
 254   fTrZmax    = 1.e10;
 255   fGenerator = 0;
 256   fInitDone  = kFALSE;
 257   fLego      = 0;
 258   fField     = 0;
 259   fConfigFunction    = "Config();";
 260
 261   // Set random number generator
 262   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 263
 264   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 265      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 266   }
 267
 268   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 269   //
 270   // create the support list for the various Detectors
 271   fModules = new TObjArray(77);
 272   //
 273   // Create the TNode geometry for the event display
 274
 275   BuildSimpleGeometry();
 276
 277
 278   fNtrack=0;
 279   fHgwmk=0;
 280   fCurrent=-1;
 281   gAliHeader=&fHeader;
 282   fRun       = 0;
 283   fEvent     = 0;
 284   //
 285   // Create the particle stack
 286   fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 287
 288   fDisplay = 0;
 289   //
 290   // Create default mag field
 291   SetField();
 292   //
 293   fMC      = gMC;
 294   //
 295   // Prepare the tracking medium lists
 296   fImedia = new TArrayI(1000);
 297   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 298   //
 299   // Make particles
 300   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 301   //
 302   // Create HitLists list
 303   fHitLists  = new TList();
 304   //
 305   SetTransPar();
 306   fBaseFileName = ".\0";
 307   fParticleBuffer = 0;
 308   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 309 }
 310
 311
 312 //_____________________________________________________________________________
 313 AliRun::~AliRun()
 314 {
 315   //
 316   // Default AliRun destructor
 317   //
 318   delete fImedia;
 319   delete fField;
 320   delete fMC;
 321   delete fGeometry;
 322   delete fDisplay;
 323   delete fGenerator;
 324   delete fLego;
 325   delete fTreeD;
 326   delete fTreeK;
 327   delete fTreeH;
 328   delete fTreeE;
 329   delete fTreeR;
 330   delete fTreeS;
 331   if (fModules) {
 332     fModules->Delete();
 333     delete fModules;
 334   }
 335   if (fParticles) {
 336     fParticles->Delete();
 337     delete fParticles;
 338   }
 339   delete fHitLists;
 340   delete fPDGDB;
 341   delete fMCQA;
 342 }
 343
 344 //_____________________________________________________________________________
 345 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 346 {
 347   //
 348   //  Add a hit to detector id
 349   //
 350   TObjArray &dets = *fModules;
 351   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 352 }
 353
 354 //_____________________________________________________________________________
 355 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 356 {
 357   //
 358   // Add digit to detector id
 359   //
 360   TObjArray &dets = *fModules;
 361   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 362 }
 363
 364 //_____________________________________________________________________________
 365 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 366 {
 367   //
 368   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 369   // of the Root browser.
 370   // It displays the Root Trees and all detectors.
 371   //
 372   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 373   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 374   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 375   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 376   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 377   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 378
 379   TIter next(fModules);
 380   AliModule *detector;
 381   while((detector = (AliModule*)next())) {
 382     b->Add(detector,detector->GetName());
 383   }
 384   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 385 }
 386
 387 //_____________________________________________________________________________
 388 void AliRun::Build()
 389 {
 390   //
 391   // Initialize Alice geometry
 392   // Dummy routine
 393   //
 394 }
 395
 396 //_____________________________________________________________________________
 397 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 398 {
 399   //
 400   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 401   //
 402   // Initialise geometry
 403   //
 404   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 405   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 406   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 407   brik->SetVisibility(0);
 408   new TNode("alice","alice","S_alice");
 409 }
 410
 411 //_____________________________________________________________________________
 412 void AliRun::CleanDetectors()
 413 {
 414   //
 415   // Clean Detectors at the end of event
 416   //
 417   TIter next(fModules);
 418   AliModule *detector;
 419   while((detector = (AliModule*)next())) {
 420     detector->FinishEvent();
 421   }
 422 }
 423
 424 //_____________________________________________________________________________
 425 void AliRun::CleanParents()
 426 {
 427   //
 428   // Clean Particles stack.
 429   // Set parent/daughter relations
 430   //
 431   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 432   TParticle *part;
 433   int i;
 434   for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
 435     part = (TParticle *)particles.At(i);
 436     if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
 437       part->SetFirstDaughter(-1);
 438       part->SetLastDaughter(-1);
 439     }
 440   }
 441 }
 442
 443 //_____________________________________________________________________________
 444 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 445 {
 446   //
 447   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 448   // Dummy routine
 449   //
 450   return 9999;
 451 }
 452
 453 //_____________________________________________________________________________
 454 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 455 {
 456   //
 457   // Dumps particle i in the stack
 458   //
 459   ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 460 }
 461
 462 //_____________________________________________________________________________
 463 void AliRun::DumpPStack () const
 464 {
 465   //
 466   // Dumps the particle stack
 467   //
 468   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 469   printf(
 470          "\n\n=======================================================================\n");
 471   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 472     {
 473       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 474       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 475     }
 476   printf(
 477          "\n=======================================================================\n\n");
 478 }
 479
 480 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 481 {
 482     // Set Magnetic Field Map
 483     fField = magField;
 484     fField->ReadField();
 485 }
 486
 487 //_____________________________________________________________________________
 488 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 489                       Float_t maxField, char* filename)
 490 {
 491   //
 492   //  Set magnetic field parameters
 493   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 494   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 495   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 496   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 497
 498   //
 499   // --- Sanity check on mag field flags
 500   if(fField) delete fField;
 501   if(version==1) {
 502     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 503   } else if(version<=2) {
 504     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 505     fField->ReadField();
 506   } else if(version==3) {
 507     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 508     fField->ReadField();
 509   } else {
 510     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 511   }
 512 }
 513
 514 //_____________________________________________________________________________
 515 void AliRun::PreTrack()
 516 {
 517      TObjArray &dets = *fModules;
 518      AliModule *module;
 519
 520      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 521        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 522          module->PreTrack();
 523
 524      fMCQA->PreTrack();
 525 }
 526
 527 //_____________________________________________________________________________
 528 void AliRun::PostTrack()
 529 {
 530      TObjArray &dets = *fModules;
 531      AliModule *module;
 532
 533      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 534        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 535          module->PostTrack();
 536 }
 537
 538 //_____________________________________________________________________________
 539 void AliRun::FinishPrimary()
 540 {
 541   //
 542   // Called  at the end of each primary track
 543   //
 544
 545   //  static Int_t count=0;
 546   //  const Int_t times=10;
 547   // This primary is finished, purify stack
 548   PurifyKine();
 549
 550   TIter next(fModules);
 551   AliModule *detector;
 552   while((detector = (AliModule*)next())) {
 553     detector->FinishPrimary();
 554   }
 555
 556   // Write out hits if any
 557   if (gAlice->TreeH()) {
 558     gAlice->TreeH()->Fill();
 559   }
 560
 561   // Reset Hits info
 562   gAlice->ResetHits();
 563
 564   //
 565   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 566 }
 567
 568 //_____________________________________________________________________________
 569 void AliRun::FinishEvent()
 570 {
 571   //
 572   // Called at the end of the event.
 573   //
 574
 575   //
 576   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 577
 578   //Update the energy deposit tables
 579   Int_t i;
 580   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 581     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 582     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 583   }
 584   fEventEnergy.Reset();
 585
 586   // Clean detector information
 587   CleanDetectors();
 588
 589   // Write out the kinematics
 590   if (fTreeK) {
 591     CleanParents();
 592     //    fTreeK->Fill();
 593     Bool_t allFilled = kFALSE;
 594     TObject *part;
 595     for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
 596       fParticleBuffer = (TParticle*) part;
 597       fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
 598       fTreeK->Fill();
 599       (*fParticleMap)[i]=0;
 600
 601       // When all primaries were filled no particle!=0
 602       // should be left => to be removed later.
 603       if (allFilled) printf("Why != 0 part # %d?\n",i);
 604     }
 605     else {
 606       // // printf("Why = 0 part # %d?\n",i); => We know.
 607       // break;
 608            // we don't break now in order to be sure there is no
 609            // particle !=0 left.
 610            // To be removed later and replaced with break.
 611       if(!allFilled) allFilled = kTRUE;
 612     }
 613   }
 614
 615   // Write out the digits
 616   if (fTreeD) {
 617     fTreeD->Fill();
 618     ResetDigits();
 619   }
 620
 621    if (fTreeS) {
 622     fTreeS->Fill();
 623     ResetSDigits();
 624   }
 625
 626   // Write out reconstructed clusters
 627   if (fTreeR) {
 628     fTreeR->Fill();
 629   }
 630
 631   // Write out the event Header information
 632   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 633
 634   // Reset stack info
 635   ResetStack();
 636
 637   // Write Tree headers
 638   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 639   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 640   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 641   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 642   if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
 643
 644   ++fEvent;
 645 }
 646
 647 //_____________________________________________________________________________
 648 void AliRun::FinishRun()
 649 {
 650   //
 651   // Called at the end of the run.
 652   //
 653
 654   //
 655   if(fLego) fLego->FinishRun();
 656
 657   // Clean detector information
 658   TIter next(fModules);
 659   AliModule *detector;
 660   while((detector = (AliModule*)next())) {
 661     detector->FinishRun();
 662   }
 663
 664   //Output energy summary tables
 665   EnergySummary();
 666
 667   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 668
 669   file->cd();
 670
 671   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 672
 673   // Write AliRun info and all detectors parameters
 674   Write();
 675
 676   // Clean tree information
 677   if (fTreeK) {
 678     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 679   }
 680   if (fTreeH) {
 681     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 682   }
 683   if (fTreeD) {
 684     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 685   }
 686   if (fTreeR) {
 687     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 688   }
 689   if (fTreeE) {
 690     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 691   }
 692
 693   // Close output file
 694   file->Write();
 695 }
 696
 697 //_____________________________________________________________________________
 698 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 699 {
 700   //
 701   // Flags a track and all its family tree to be kept
 702   //
 703   int curr;
 704   TParticle *particle;
 705
 706   curr=track;
 707   while(1) {
 708     particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
 709
 710     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 711     if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
 712
 713     // Save this particle
 714     particle->SetBit(kKeepBit);
 715
 716     // Move to father if any
 717     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 718   }
 719 }
 720
 721 //_____________________________________________________________________________
 722 void AliRun::EnergySummary()
 723 {
 724   //
 725   // Print summary of deposited energy
 726   //
 727
 728   Int_t ndep=0;
 729   Float_t edtot=0;
 730   Float_t ed, ed2;
 731   Int_t kn, i, left, j, id;
 732   const Float_t kzero=0;
 733   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 734   //
 735   // Energy loss information
 736   if(ievent) {
 737     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 738     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 739       ed=fSummEnergy[kn];
 740       if(ed>0) {
 741         fEventEnergy[ndep]=kn;
 742         if(ievent>1) {
 743           ed=ed/ievent;
 744           ed2=fSum2Energy[kn];
 745           ed2=ed2/ievent;
 746           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 747         } else
 748           ed2=99;
 749         fSummEnergy[ndep]=ed;
 750         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 751         edtot+=ed;
 752         ndep++;
 753       }
 754     }
 755     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 756       left=ndep-kn*3;
 757       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 758         j=kn*3+i;
 759         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 760         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 761       }
 762       printf("\n");
 763     }
 764     //
 765     // Relative energy loss in different detectors
 766     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 767     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 768     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 769       left=ndep-kn*5;
 770       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 771         j=kn*5+i;
 772         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 773         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 774       }
 775       printf("\n");
 776     }
 777     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 778     printf("\n");
 779   }
 780   //
 781   // Reset the TArray's
 782   //  fEventEnergy.Set(0);
 783   //  fSummEnergy.Set(0);
 784   //  fSum2Energy.Set(0);
 785 }
 786
 787 //_____________________________________________________________________________
 788 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 789 {
 790   //
 791   // Return pointer to detector from name
 792   //
 793   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 794 }
 795
 796 //_____________________________________________________________________________
 797 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 798 {
 799   //
 800   // Return pointer to detector from name
 801   //
 802   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 803 }
 804
 805 //_____________________________________________________________________________
 806 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 807 {
 808   //
 809   // Return galice internal detector identifier from name
 810   //
 811   Int_t i=-1;
 812   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 813   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 814   return i;
 815 }
 816
 817 //_____________________________________________________________________________
 818 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 819 {
 820   //
 821   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 822   // Set branch addresses
 823   //
 824
 825   // Reset existing structures
 826   //  ResetStack();
 827   ResetHits();
 828   ResetDigits();
 829   ResetSDigits();
 830
 831   // Delete Trees already connected
 832   if (fTreeK) delete fTreeK;
 833   if (fTreeH) delete fTreeH;
 834   if (fTreeD) delete fTreeD;
 835   if (fTreeR) delete fTreeR;
 836   if (fTreeS) delete fTreeS;
 837
 838   // Get header from file
 839   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 840   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 841   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 842
 843   file->cd();
 844
 845   // Get Kine Tree from file
 846   char treeName[20];
 847   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 848   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 849   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
 850   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 851   // Create the particle stack
 852   if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 853   // Build the pointer list
 854   if(fParticleMap) {
 855     fParticleMap->Clear();
 856     fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
 857   } else
 858     fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
 859
 860   file->cd();
 861
 862   // Get Hits Tree header from file
 863   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 864   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 865   if (!fTreeH) {
 866     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 867   }
 868
 869   file->cd();
 870
 871   // Get Digits Tree header from file
 872   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 873   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 874   if (!fTreeD) {
 875     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 876   }
 877
 878   file->cd();
 879
 880   // Get SDigits Tree header from file
 881   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 882   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 883   if (!fTreeS) {
 884     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 885   }
 886
 887   file->cd();
 888
 889   // Get Reconstruct Tree header from file
 890   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 891   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 892   if (!fTreeR) {
 893     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 894   }
 895
 896   file->cd();
 897
 898   // Set Trees branch addresses
 899   TIter next(fModules);
 900   AliModule *detector;
 901   while((detector = (AliModule*)next())) {
 902     detector->SetTreeAddress();
 903   }
 904
 905   fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
 906   return fNtrack;
 907 }
 908
 909 //_____________________________________________________________________________
 910 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 911 {
 912   //
 913   // Import Alice geometry from current file
 914   // Return pointer to geometry object
 915   //
 916   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 917   //
 918   // Unlink and relink nodes in detectors
 919   // This is bad and there must be a better way...
 920   //
 921
 922   TIter next(fModules);
 923   AliModule *detector;
 924   while((detector = (AliModule*)next())) {
 925     TList *dnodes=detector->Nodes();
 926     Int_t j;
 927     TNode *node, *node1;
 928     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 929       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 930       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 931       dnodes->Remove(node);
 932       dnodes->AddAt(node1,j);
 933     }
 934   }
 935   return fGeometry;
 936 }
 937
 938 //_____________________________________________________________________________
 939 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 940                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 941                           Float_t &tof)
 942 {
 943   //
 944   // Return next track from stack of particles
 945   //
 946   TVector3 pol;
 947   fCurrent=-1;
 948   TParticle *track;
 949   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 950     track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
 951     if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
 952       //
 953       // The track exists and has not yet been processed
 954       fCurrent=i;
 955       ipart=track->GetPdgCode();
 956       pmom[0]=track->Px();
 957       pmom[1]=track->Py();
 958       pmom[2]=track->Pz();
 959       e     =track->Energy();
 960       vpos[0]=track->Vx();
 961       vpos[1]=track->Vy();
 962       vpos[2]=track->Vz();
 963       track->GetPolarisation(pol);
 964       polar[0]=pol.X();
 965       polar[1]=pol.Y();
 966       polar[2]=pol.Z();
 967       tof=track->T();
 968       track->SetBit(kDoneBit);
 969       break;
 970     }
 971   }
 972   mtrack=fCurrent;
 973   //
 974   // stop and start timer when we start a primary track
 975   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 976   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 977   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 978     fTimer.Stop();
 979     track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
 980     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 981   }
 982   fTimer.Start();
 983 }
 984
 985 //_____________________________________________________________________________
 986 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 987 {
 988   //
 989   // return number of primary that has generated track
 990   //
 991   int current, parent;
 992   TParticle *part;
 993   //
 994   parent=track;
 995   while (1) {
 996     current=parent;
 997     part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
 998     parent=part->GetFirstMother();
 999     if(parent<0) return current;
1000   }
1001 }
1002
1003 //_____________________________________________________________________________
1004 void AliRun::InitMC(const char *setup)
1005 {
1006   //
1007   // Initialize the Alice setup
1008   //
1009
1010   if(fInitDone) {
1011     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
1012     return;
1013   }
1014
1015   gROOT->LoadMacro(setup);
1016   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
1017
1018
1019   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
1020
1021   TObject *objfirst, *objlast;
1022
1023   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1024
1025   //
1026   //=================Create Materials and geometry
1027   gMC->Init();
1028
1029   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
1030   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1031
1032    TIter next(fModules);
1033    AliModule *detector;
1034    while((detector = (AliModule*)next())) {
1035       detector->SetTreeAddress();
1036       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1037
1038       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1039       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1040       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1041       while (objfirst) {
1042         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1043         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1044       }
1045    }
1046    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1047
1048    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1049
1050    //Initialise geometry deposition table
1051    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1052    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1053    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1054
1055    //Compute cross-sections
1056    gMC->BuildPhysics();
1057
1058    //Write Geometry object to current file.
1059    fGeometry->Write();
1060
1061    fInitDone = kTRUE;
1062
1063    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1064
1065    //
1066    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1067    Write();
1068 }
1069
1070 //_____________________________________________________________________________
1071 void AliRun::MediaTable()
1072 {
1073   //
1074   // Built media table to get from the media number to
1075   // the detector id
1076   //
1077   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1078   //  Int_t ibeg;
1079   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1080   AliModule *det;
1081   //
1082   // For all detectors
1083   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1084     // If detector is defined
1085     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1086         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1087         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1088         // Find max and min material number
1089         if((idt=idtmed[nz])) {
1090           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1091           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1092         }
1093       }
1094       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1095         det->LoMedium() = 0;
1096         det->HiMedium() = 0;
1097       } else {
1098         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1099           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1100                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1101           return;
1102         }
1103         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1104         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1105           (*fImedia)[lz]=kz;
1106         }
1107       }
1108     }
1109   }
1110   //
1111   // Print summary table
1112   printf(" Traking media ranges:\n");
1113   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1114     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1115       ind=i*6+k;
1116       det=(AliModule*)dets[ind];
1117       if(det)
1118         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1119                det->HiMedium());
1120       else
1121         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1122     }
1123     printf("\n");
1124   }
1125 }
1126
1127 //____________________________________________________________________________
1128 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1129 {
1130   //
1131   // Load the event generator
1132   //
1133   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1134 }
1135
1136 //____________________________________________________________________________
1137 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1138 {
1139   //
1140   // Load the event generator
1141   //
1142   if(fGenerator)
1143     if(generator)
1144       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1145               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1146     else
1147       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1148               fGenerator->GetName());
1149   fGenerator = generator;
1150 }
1151
1152 //____________________________________________________________________________
1153 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1154 {
1155   fTransParName = filename;
1156 }
1157
1158 //____________________________________________________________________________
1159 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1160 {
1161   fBaseFileName = filename;
1162 }
1163
1164 //____________________________________________________________________________
1165 void AliRun::ReadTransPar()
1166 {
1167   //
1168   // Read filename to set the transport parameters
1169   //
1170
1171
1172   const Int_t kncuts=10;
1173   const Int_t knflags=11;
1174   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1175   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1176                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1177                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1178                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1179   char line[256];
1180   char detName[7];
1181   char* filtmp;
1182   Float_t cut[kncuts];
1183   Int_t flag[knflags];
1184   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1185   FILE *lun;
1186   //
1187   // See whether the file is there
1188   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1189   lun=fopen(filtmp,"r");
1190   delete [] filtmp;
1191   if(!lun) {
1192     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1193     return;
1194   }
1195   //
1196   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1197   printf(" *%59s\n","*");
1198   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1199   printf(" *%59s\n","*");
1200   //
1201   while(1) {
1202     // Initialise cuts and flags
1203     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1204     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1205     itmed=0;
1206     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1207     // Read up to the end of line excluded
1208     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1209     if(iret<0) {
1210       //End of file
1211       fclose(lun);
1212       printf(" *%59s\n","*");
1213       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1214       return;
1215     }
1216     // Read the end of line
1217     fscanf(lun,"%*c");
1218     if(!iret) continue;
1219     if(line[0]=='*') continue;
1220     // Read the numbers
1221     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1222                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1223                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1224                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1225     if(!iret) continue;
1226     if(iret<0) {
1227       //reading error
1228       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1229       continue;
1230     }
1231     // Check that the module exist
1232     AliModule *mod = GetModule(detName);
1233     if(mod) {
1234       // Get the array of media numbers
1235       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1236       // Check that the tracking medium code is valid
1237       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1238         ktmed=idtmed[itmed];
1239         if(!ktmed) {
1240           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1241           continue;
1242         }
1243         // Set energy thresholds
1244         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1245           if(cut[kz]>=0) {
1246             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1247                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1248             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1249           }
1250         }
1251         // Set transport mechanisms
1252         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1253           if(flag[kz]>=0) {
1254             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1255                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1256             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1257           }
1258         }
1259       } else {
1260         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1261         continue;
1262       }
1263     } else {
1264       Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
1265       continue;
1266     }
1267   }
1268 }
1269
1270 //_____________________________________________________________________________
1271 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
1272 {
1273     if (GetDebug()>1)
1274         printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1275
1276     TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
1277
1278     if (file) {
1279         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1280         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1281         TDirectory *cwd = gDirectory;
1282         branch->SetFile(outFile);
1283         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1284         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1285            branch->SetFile(outFile);
1286         }
1287         if (GetDebug()>1)
1288             printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1289         cwd->cd();
1290         delete outFile;
1291     }
1292 }
1293
1294 //_____________________________________________________________________________
1295 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
1296 {
1297     TDirectory *cwd = gDirectory;
1298     TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
1299     if (GetDebug()>1)
1300       printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1301     if (file) {
1302         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1303         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1304         branch->SetFile(outFile);
1305         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1306         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1307            branch->SetFile(outFile);
1308         }
1309        if (GetDebug()>1)
1310            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1311         cwd->cd();
1312         delete outFile;
1313     }
1314 }
1315 //_____________________________________________________________________________
1316 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
1317 {
1318   //
1319   //  Create the ROOT trees
1320   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1321   //
1322
1323   char hname[30];
1324   //
1325   // Analyse options
1326   char *oK = strstr(option,"K");
1327   char *oH = strstr(option,"H");
1328   char *oE = strstr(option,"E");
1329   char *oD = strstr(option,"D");
1330   char *oR = strstr(option,"R");
1331   char *oS = strstr(option,"S");
1332   //
1333
1334   if (oK && !fTreeK) {
1335     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1336     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1337     //  Create a branch for particles
1338     MakeBranchInTree(fTreeK,
1339                      "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
1340     fTreeK->Write();
1341   }
1342   if (oH && !fTreeH) {
1343     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1344     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1345     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1346     fTreeH->Write();
1347   }
1348   if (oD && !fTreeD) {
1349     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1350     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1351     fTreeD->Write();
1352   }
1353   if (oS && !fTreeS) {
1354     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1355     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1356     fTreeS->Write();
1357   }
1358   if (oR && !fTreeR) {
1359     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1360     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1361     fTreeR->Write();
1362   }
1363   if (oE && !fTreeE) {
1364     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1365     //  Create a branch for Header
1366     MakeBranchInTree(fTreeE,
1367                      "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 1, file) ;
1368     fTreeE->Write();
1369   }
1370
1371   //
1372   // Create a branch for hits/digits for each detector
1373   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1374   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1375   TIter next(fModules);
1376   AliModule *detector;
1377   while((detector = (AliModule*)next())) {
1378      if (oH || oR) detector->MakeBranch(option,file);
1379   }
1380 }
1381
1382 //_____________________________________________________________________________
1383 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1384 {
1385   //
1386   // PurifyKine with external parameters
1387   //
1388   fHgwmk = lastSavedTrack;
1389   fNtrack = nofTracks;
1390   PurifyKine();
1391   return fHgwmk;
1392 }
1393
1394 //_____________________________________________________________________________
1395 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1396 {
1397   if(!(*fParticleMap)[i]) {
1398     Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
1399     fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
1400     new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
1401     fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
1402   }
1403   return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
1404 }
1405
1406 //_____________________________________________________________________________
1407 void AliRun::PurifyKine()
1408 {
1409   //
1410   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1411   // and renaming the particle id's in all the hits
1412   //
1413   //  TClonesArray &particles = *fParticles;
1414   TObjArray &particles = *fParticleMap;
1415   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1416   TParticle *part, *father;
1417   TArrayI map(particles.GetLast()+1);
1418
1419   // Save in Header total number of tracks before compression
1420   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1421
1422   // If no tracks generated return now
1423   if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
1424
1425   Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
1426
1427   // First pass, invalid Daughter information
1428   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1429     // Preset map, to be removed later
1430     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ;
1431     else {
1432       map[i] = -99;
1433       //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
1434       if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
1435     }
1436   }
1437   // Invalid daughter information for the parent of the first particle
1438   // generated. This may or may not be the current primary according to
1439   // whether decays have been recorded among the primaries
1440   part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
1441   particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
1442   // Second pass, build map between old and new numbering
1443   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1444     if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
1445
1446       // This particle has to be kept
1447       map[i]=nkeep;
1448       // If old and new are different, have to move the pointer
1449       if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
1450       part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
1451
1452       // as the parent is always *before*, it must be already
1453       // in place. This is what we are checking anyway!
1454       if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk)
1455         if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
1456         else part->SetFirstMother(map[parent]);
1457
1458       nkeep++;
1459     }
1460   }
1461
1462   // Fix daughters information
1463   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
1464     part = (TParticle *)particles.At(i);
1465     parent = part->GetFirstMother();
1466     if(parent>=0) {
1467       father = (TParticle *)particles.At(parent);
1468       if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
1469
1470         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1471         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1472       } else {
1473         // Initialise daughters info for first pass
1474         father->SetFirstDaughter(i);
1475         father->SetLastDaughter(i);
1476         father->SetBit(kDaughtersBit);
1477       }
1478     }
1479   }
1480
1481   // Now loop on all registered hit lists
1482   TIter next(fHitLists);
1483   TCollection *hitList;
1484   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1485     TIter nexthit(hitList);
1486     AliHit *hit;
1487     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1488       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1489     }
1490   }
1491
1492   //
1493   // This for detectors which have a special mapping mechanism
1494   // for hits, such as TPC and TRD
1495   //
1496
1497    TIter nextmod(fModules);
1498    AliModule *detector;
1499    while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
1500      detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
1501    }
1502
1503    // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
1504    if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
1505
1506
1507    for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
1508      fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
1509      fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
1510      fTreeK->Fill();
1511      particles[i]=0;
1512    }
1513
1514    for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
1515
1516    fLoadPoint-=toshrink;
1517    for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
1518
1519    fNtrack=nkeep;
1520    fHgwmk=nkeep-1;
1521    //   delete [] map;
1522 }
1523
1524 //_____________________________________________________________________________
1525 void AliRun::BeginEvent()
1526 {
1527   //
1528   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1529   //
1530   char hname[30];
1531   //
1532
1533   //
1534   if(fLego) {
1535     fLego->BeginEvent();
1536     return;
1537   }
1538
1539   //
1540   ResetStack();
1541   ResetHits();
1542   ResetDigits();
1543   ResetSDigits();
1544
1545   // Initialise event header
1546   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1547
1548   if(fTreeK) {
1549     fTreeK->Reset();
1550     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1551     fTreeK->SetName(hname);
1552   }
1553   if(fTreeH) {
1554     fTreeH->Reset();
1555     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1556     fTreeH->SetName(hname);
1557   }
1558   if(fTreeD) {
1559     fTreeD->Reset();
1560     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1561     fTreeD->SetName(hname);
1562   }
1563   if(fTreeS) {
1564     fTreeS->Reset();
1565     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1566     fTreeS->SetName(hname);
1567   }
1568   if(fTreeR) {
1569     fTreeR->Reset();
1570     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1571     fTreeR->SetName(hname);
1572   }
1573 }
1574 //_____________________________________________________________________________
1575 void AliRun::ResetDigits()
1576 {
1577   //
1578   //  Reset all Detectors digits
1579   //
1580   TIter next(fModules);
1581   AliModule *detector;
1582   while((detector = (AliModule*)next())) {
1583      detector->ResetDigits();
1584   }
1585 }
1586
1587 //_____________________________________________________________________________
1588 void AliRun::ResetSDigits()
1589 {
1590   //
1591   //  Reset all Detectors digits
1592   //
1593   TIter next(fModules);
1594   AliModule *detector;
1595   while((detector = (AliModule*)next())) {
1596      detector->ResetSDigits();
1597   }
1598 }
1599
1600 //_____________________________________________________________________________
1601 void AliRun::ResetHits()
1602 {
1603   //
1604   //  Reset all Detectors hits
1605   //
1606   TIter next(fModules);
1607   AliModule *detector;
1608   while((detector = (AliModule*)next())) {
1609      detector->ResetHits();
1610   }
1611 }
1612
1613 //_____________________________________________________________________________
1614 void AliRun::ResetPoints()
1615 {
1616   //
1617   // Reset all Detectors points
1618   //
1619   TIter next(fModules);
1620   AliModule *detector;
1621   while((detector = (AliModule*)next())) {
1622      detector->ResetPoints();
1623   }
1624 }
1625
1626 //_____________________________________________________________________________
1627 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1628 {
1629   //
1630   // Main function to be called to process a galice run
1631   // example
1632   //    Root > gAlice.Run();
1633   // a positive number of events will cause the finish routine
1634   // to be called
1635   //
1636
1637   // check if initialisation has been done
1638   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1639
1640   // Create the Root Tree with one branch per detector
1641
1642   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1643      MakeTree("E");
1644      MakeTree("K","Kine.root");
1645      MakeTree("H","Hits.root");
1646      MakeTree("R","Reco.root");
1647   } else {
1648     MakeTree("EKHR");
1649   }
1650
1651   gMC->ProcessRun(nevent);
1652
1653   // End of this run, close files
1654   if(nevent>0) FinishRun();
1655 }
1656
1657 //_____________________________________________________________________________
1658
1659 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1660 {
1661    Hits2SDigits(selected);
1662    SDigits2Digits(selected);
1663 }
1664
1665 //_____________________________________________________________________________
1666
1667 void AliRun::Hits2SDigits(const char *selected)
1668 {
1669   //
1670   // Main function to be called to convert hits to digits.
1671
1672    gAlice->GetEvent(0);
1673
1674    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1675
1676    TIter next(detectors);
1677
1678    AliDetector *detector;
1679
1680    TDirectory *cwd = gDirectory;
1681
1682    MakeTree("S");
1683
1684    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1685      if (selected) {
1686        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1687      }
1688      if (detector->IsActive()){
1689        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1690          if (GetDebug()>0)
1691              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1692          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+18];
1693          sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1694          detector->MakeBranch("S",outFile);
1695          delete outFile;
1696        } else {
1697          detector->MakeBranch("S");
1698        }
1699        cwd->cd();
1700        detector->Hits2SDigits();
1701      }
1702    }
1703 }
1704
1705 //_____________________________________________________________________________
1706
1707 void AliRun::SDigits2Digits(const char *selected)
1708 {
1709   //
1710   // Main function to be called to convert hits to digits.
1711
1712    gAlice->GetEvent(0);
1713
1714    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1715
1716    TIter next(detectors);
1717
1718    AliDetector *detector;
1719
1720    TDirectory *cwd = gDirectory;
1721
1722    MakeTree("D");
1723
1724    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1725      if (selected) {
1726        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1727      }
1728      if (detector->IsActive()){
1729        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1730          if (GetDebug()>0)
1731              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1732          char * outFile = new char[strlen (detector->GetName())+16];
1733          sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1734          detector->MakeBranch("D",outFile);
1735          delete outFile;
1736        } else {
1737          detector->MakeBranch("D");
1738        }
1739        cwd->cd();
1740        detector->SDigits2Digits();
1741      }
1742    }
1743 }
1744
1745 //_____________________________________________________________________________
1746 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1747                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1748                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1749 {
1750   //
1751   // Generates lego plots of:
1752   //    - radiation length map phi vs theta
1753   //    - radiation length map phi vs eta
1754   //    - interaction length map
1755   //    - g/cm2 length map
1756   //
1757   //  ntheta    bins in theta, eta
1758   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1759   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1760   //  nphi      bins in phi
1761   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1762   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1763   //  rmin      minimum radius
1764   //  rmax      maximum radius
1765   //
1766   //
1767   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1768   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1769   //
1770   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1771   //Begin_Html
1772   /*
1773     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1774   */
1775   //End_Html
1776   //Begin_Html
1777   /*
1778     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1779   */
1780   //End_Html
1781   //Begin_Html
1782   /*
1783     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1784   */
1785   //End_Html
1786   //
1787
1788   // check if initialisation has been done
1789   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1790   //Save current generator
1791   AliGenerator *gen=Generator();
1792
1793   // Set new generator
1794   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1795   ResetGenerator(gener);
1796   //
1797   // Configure Generator
1798   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1799   gener->SetZMax(zmax);
1800   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1801   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1802
1803
1804   //Create Lego object
1805   fLego = new AliLego("lego",gener);
1806
1807   //Prepare MC for Lego Run
1808   gMC->InitLego();
1809
1810   //Run Lego Object
1811
1812   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1813
1814   // Create only the Root event Tree
1815   MakeTree("E");
1816
1817   // End of this run, close files
1818   FinishRun();
1819   // Restore current generator
1820   ResetGenerator(gen);
1821   // Delete Lego Object
1822   delete fLego; fLego=0;
1823 }
1824
1825 //_____________________________________________________________________________
1826 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1827 {
1828   //
1829   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1830   // the run
1831   //
1832   fConfigFunction=config;
1833 }
1834
1835 //_____________________________________________________________________________
1836 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1837 {
1838   //
1839   // Set current track number
1840   //
1841   fCurrent = track;
1842 }
1843
1844 //_____________________________________________________________________________
1845 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1846                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1847                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1848 {
1849   //
1850   // Load a track on the stack
1851   //
1852   // done     0 if the track has to be transported
1853   //          1 if not
1854   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1855   // pdg    particle code
1856   // pmom     momentum GeV/c
1857   // vpos     position
1858   // polar    polarisation
1859   // tof      time of flight in seconds
1860   // mecha    production mechanism
1861   // ntr      on output the number of the track stored
1862   //
1863   TClonesArray &particles = *fParticles;
1864   TParticle *particle;
1865   Float_t mass;
1866   const Int_t kfirstdaughter=-1;
1867   const Int_t klastdaughter=-1;
1868   const Int_t kS=0;
1869   //  const Float_t tlife=0;
1870
1871   //
1872   // Here we get the static mass
1873   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1874   // if the calculated mass is required
1875   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1876   // used in the MC is not the same of the PDG database
1877   //
1878   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1879   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1880                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1881
1882   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
1883   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
1884
1885   particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
1886                                              klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1887                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1888   particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1889   particle->SetWeight(weight);
1890   particle->SetUniqueID(mech);
1891   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1892   //  Declare that the daughter information is valid
1893   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1894   //  Add the particle to the stack
1895   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1896
1897   if(parent>=0) {
1898     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1899     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1900     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1901   } else {
1902     //
1903     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1904     fHgwmk=fNtrack;
1905     //
1906     // Set also number if primary tracks
1907     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1908     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1909   }
1910   ntr = fNtrack++;
1911
1912 /*
1913   //
1914   // Here we get the static mass
1915   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1916   // if the calculated mass is required
1917   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1918   // used in the MC is not the same of the PDG database
1919   //
1920   Float_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1921   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1922                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1923
1924   SetTrack(done, parent, pdg, pmom[0], pmom[1], pmom[2], e,
1925            vpos[0], vpos[1], vpos[2], tof, polar[0],polar[1],polar[2],
1926            mech, ntr, weight);
1927 */
1928 }
1929
1930 //_____________________________________________________________________________
1931 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1932                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1933                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1934                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1935                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1936 {
1937   //
1938   // Load a track on the stack
1939   //
1940   // done        0 if the track has to be transported
1941   //             1 if not
1942   // parent      identifier of the parent track. -1 for a primary
1943   // pdg         particle code
1944   // kS          generation status code
1945   // px, py, pz  momentum GeV/c
1946   // vx, vy, vz  position
1947   // polar       polarisation
1948   // tof         time of flight in seconds
1949   // mech        production mechanism
1950   // ntr         on output the number of the track stored
1951   //
1952   // New method interface:
1953   // arguments were changed to be in correspondence with TParticle
1954   // constructor.
1955   // Note: the energy is not calculated from the static mass but
1956   // it is passed by argument e.
1957
1958   TClonesArray &particles = *fParticles;
1959
1960   const Int_t kS=0;
1961   const Int_t kFirstDaughter=-1;
1962   const Int_t kLastDaughter=-1;
1963
1964   TParticle* particle
1965     = new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg, kS, parent, -1,
1966                                         kFirstDaughter, kLastDaughter,
1967                                         px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof);
1968
1969   particle->SetPolarisation(polx, poly, polz);
1970   particle->SetWeight(weight);
1971   particle->SetUniqueID(mech);
1972
1973   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1974
1975   //  Declare that the daughter information is valid
1976   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1977   //  Add the particle to the stack
1978   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1979
1980   if(parent>=0) {
1981     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1982     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1983     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1984   } else {
1985     //
1986     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1987     fHgwmk=fNtrack;
1988     //
1989     // Set also number if primary tracks
1990     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1991     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1992   }
1993   ntr = fNtrack++;
1994 }
1995
1996 //_____________________________________________________________________________
1997 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
1998 {
1999     //
2000     // Set high water mark for last track in event
2001     fHgwmk=fNtrack-1;
2002     //
2003     // Set also number if primary tracks
2004     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2005     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2006 }
2007
2008 //_____________________________________________________________________________
2009 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
2010 {
2011   //
2012   // flags a track to be kept
2013   //
2014   fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
2015 }
2016
2017 //_____________________________________________________________________________
2018 void AliRun::StepManager(Int_t id)
2019 {
2020   //
2021   // Called at every step during transport
2022   //
2023
2024   //
2025   // --- If lego option, do it and leave
2026   if (fLego)
2027     fLego->StepManager();
2028   else {
2029     Int_t copy;
2030     //Update energy deposition tables
2031     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
2032
2033     //Call the appropriate stepping routine;
2034     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
2035     if(det) {
2036       fMCQA->StepManager(id);
2037       det->StepManager();
2038     }
2039   }
2040 }
2041
2042 //_____________________________________________________________________________
2043 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
2044 {
2045    // Stream an object of class AliRun.
2046
2047    if (R__b.IsReading()) {
2048       if (!gAlice) gAlice = this;
2049
2050       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
2051       //
2052       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
2053
2054       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
2055       if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
2056       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
2057       fTreeE->GetEntry(0);
2058
2059       gRandom = fRandom;
2060    } else {
2061       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
2062    }
2063 }
2064