STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
  19 G4 compatibility changes
  20
  21 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
  22 Workaround for an HP compiler problem
  23
  24 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
  25 Rationalisation of the virtual MC interfaces
  26
  27 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
  28 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
  29
  30 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  31 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  32 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  33
  34 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  35 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  36
  37 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  38 Fixing previous wrong checking
  39
  40 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  41 Fixing daughters information also in primary tracks
  42
  43 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  44 Adding protection against inconsistent Euclid files
  45
  46 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  47 Introduction of the Copyright and cvs Log
  48
  49 */
  50
  51 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  52 //                                                                           //
  53 //  Control class for Alice C++                                              //
  54 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  55 //  The object is created in main program aliroot                            //
  56 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  57 //                                                                           //
  58 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  59 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  60 //   -Supports the Trees.                                                    //
  61 //   -Supports the geometry.                                                 //
  62 //   -Supports the event display.                                            //
  63 //Begin_Html
  64 /*
  65 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  66 */
  67 //End_Html
  68 //Begin_Html
  69 /*
  70 <img src="picts/alirun.gif">
  71 */
  72 //End_Html
  73 //                                                                           //
  74 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  75
  76 #include <TFile.h>
  77 #include <TRandom.h>
  78 #include <TBRIK.h>
  79 #include <TNode.h>
  80 #include <TCint.h>
  81 #include <TSystem.h>
  82 #include <TObjectTable.h>
  83
  84 #include "TParticle.h"
  85 #include "AliRun.h"
  86 #include "AliDisplay.h"
  87 #include "AliMC.h"
  88
  89 #include <stdlib.h>
  90 #include <stdio.h>
  91 #include <string.h>
  92
  93 AliRun *gAlice;
  94
  95 static AliHeader *header;
  96
  97 ClassImp(AliRun)
  98
  99 //_____________________________________________________________________________
 100 AliRun::AliRun()
 101 {
 102   //
 103   // Default constructor for AliRun
 104   //
 105   header=&fHeader;
 106   fRun       = 0;
 107   fEvent     = 0;
 108   fCurrent   = -1;
 109   fModules = 0;
 110   fGenerator = 0;
 111   fTreeD     = 0;
 112   fTreeK     = 0;
 113   fTreeH     = 0;
 114   fTreeE     = 0;
 115   fTreeR     = 0;
 116   fParticles = 0;
 117   fGeometry  = 0;
 118   fDisplay   = 0;
 119   fField     = 0;
 120   fMC       = 0;
 121   fNdets     = 0;
 122   fImedia    = 0;
 123   fTrRmax    = 1.e10;
 124   fTrZmax    = 1.e10;
 125   fInitDone  = kFALSE;
 126   fLego      = 0;
 127   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 128   fHitLists  = 0;
 129   fConfigFunction    = "\0";
 130 }
 131
 132 //_____________________________________________________________________________
 133 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 134   : TNamed(name,title)
 135 {
 136   //
 137   //  Constructor for the main processor.
 138   //  Creates the geometry
 139   //  Creates the list of Detectors.
 140   //  Creates the list of particles.
 141   //
 142   Int_t i;
 143
 144   gAlice     = this;
 145   fTreeD     = 0;
 146   fTreeK     = 0;
 147   fTreeH     = 0;
 148   fTreeE     = 0;
 149   fTreeR     = 0;
 150   fTrRmax    = 1.e10;
 151   fTrZmax    = 1.e10;
 152   fGenerator = 0;
 153   fInitDone  = kFALSE;
 154   fLego      = 0;
 155   fField     = 0;
 156   fConfigFunction    = "Config();";
 157
 158   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 159   //
 160   // create the support list for the various Detectors
 161   fModules = new TObjArray(77);
 162   //
 163   // Create the TNode geometry for the event display
 164
 165   BuildSimpleGeometry();
 166
 167
 168   fNtrack=0;
 169   fHgwmk=0;
 170   fCurrent=-1;
 171   header=&fHeader;
 172   fRun       = 0;
 173   fEvent     = 0;
 174   //
 175   // Create the particle stack
 176   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 177
 178   fDisplay = 0;
 179   //
 180   // Create default mag field
 181   SetField();
 182   //
 183   fMC      = gMC;
 184   //
 185   // Prepare the tracking medium lists
 186   fImedia = new TArrayI(1000);
 187   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 188   //
 189   // Make particles
 190   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 191   //
 192   // Create HitLists list
 193   fHitLists  = new TList();
 194 }
 195
 196 //_____________________________________________________________________________
 197 AliRun::~AliRun()
 198 {
 199   //
 200   // Defaullt AliRun destructor
 201   //
 202   delete fImedia;
 203   delete fField;
 204   delete fMC;
 205   delete fGeometry;
 206   delete fDisplay;
 207   delete fGenerator;
 208   delete fLego;
 209   delete fTreeD;
 210   delete fTreeK;
 211   delete fTreeH;
 212   delete fTreeE;
 213   delete fTreeR;
 214   if (fModules) {
 215     fModules->Delete();
 216     delete fModules;
 217   }
 218   if (fParticles) {
 219     fParticles->Delete();
 220     delete fParticles;
 221   }
 222   delete fHitLists;
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 227 {
 228   //
 229   //  Add a hit to detector id
 230   //
 231   TObjArray &dets = *fModules;
 232   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 233 }
 234
 235 //_____________________________________________________________________________
 236 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 237 {
 238   //
 239   // Add digit to detector id
 240   //
 241   TObjArray &dets = *fModules;
 242   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 243 }
 244
 245 //_____________________________________________________________________________
 246 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 247 {
 248   //
 249   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 250   // of the Root browser.
 251   // It displays the Root Trees and all detectors.
 252   //
 253   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 254   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 255   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 256   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 257   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 258
 259   TIter next(fModules);
 260   AliModule *detector;
 261   while((detector = (AliModule*)next())) {
 262     b->Add(detector,detector->GetName());
 263   }
 264 }
 265
 266 //_____________________________________________________________________________
 267 void AliRun::Build()
 268 {
 269   //
 270   // Initialize Alice geometry
 271   // Dummy routine
 272   //
 273 }
 274
 275 //_____________________________________________________________________________
 276 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 277 {
 278   //
 279   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 280   //
 281   // Initialise geometry
 282   //
 283   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 284   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 285   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 286   brik->SetVisibility(0);
 287   new TNode("alice","alice","S_alice");
 288 }
 289
 290 //_____________________________________________________________________________
 291 void AliRun::CleanDetectors()
 292 {
 293   //
 294   // Clean Detectors at the end of event
 295   //
 296   TIter next(fModules);
 297   AliModule *detector;
 298   while((detector = (AliModule*)next())) {
 299     detector->FinishEvent();
 300   }
 301 }
 302
 303 //_____________________________________________________________________________
 304 void AliRun::CleanParents()
 305 {
 306   //
 307   // Clean Particles stack.
 308   // Set parent/daughter relations
 309   //
 310   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 311   TParticle *part;
 312   int i;
 313   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 314     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 315     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 316       part->SetFirstDaughter(-1);
 317       part->SetLastDaughter(-1);
 318     }
 319   }
 320 }
 321
 322 //_____________________________________________________________________________
 323 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 324 {
 325   //
 326   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 327   // Dummy routine
 328   //
 329   return 9999;
 330 }
 331
 332 //_____________________________________________________________________________
 333 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 334 {
 335   //
 336   // Dumps particle i in the stack
 337   //
 338   TClonesArray &particles = *fParticles;
 339   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 340 }
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 void AliRun::DumpPStack ()
 344 {
 345   //
 346   // Dumps the particle stack
 347   //
 348   TClonesArray &particles = *fParticles;
 349   printf(
 350          "\n\n=======================================================================\n");
 351   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 352     {
 353       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 354       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 355     }
 356   printf(
 357          "\n=======================================================================\n\n");
 358 }
 359
 360 //_____________________________________________________________________________
 361 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 362                       Float_t maxField, char* filename)
 363 {
 364   //
 365   //  Set magnetic field parameters
 366   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 367   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 368   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 369   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 370
 371   //
 372   // --- Sanity check on mag field flags
 373   if(type<0 || type > 2) {
 374     Warning("SetField",
 375             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 376            ,type);
 377     type=2;
 378   }
 379   if(fField) delete fField;
 380   if(version==1) {
 381     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 382   } else if(version<=3) {
 383     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 384     fField->ReadField();
 385   } else {
 386     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 387   }
 388 }
 389
 390 //_____________________________________________________________________________
 391 void AliRun::FillTree()
 392 {
 393   //
 394   // Fills all AliRun TTrees
 395   //
 396   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 397   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 398   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 399   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 400 }
 401
 402 //_____________________________________________________________________________
 403 void AliRun::FinishPrimary()
 404 {
 405   //
 406   // Called  at the end of each primary track
 407   //
 408
 409   //  static Int_t count=0;
 410   //  const Int_t times=10;
 411   // This primary is finished, purify stack
 412   PurifyKine();
 413
 414   // Write out hits if any
 415   if (gAlice->TreeH()) {
 416     gAlice->TreeH()->Fill();
 417   }
 418
 419   // Reset Hits info
 420   gAlice->ResetHits();
 421
 422   //
 423   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 424 }
 425
 426 //_____________________________________________________________________________
 427 void AliRun::FinishEvent()
 428 {
 429   //
 430   // Called at the end of the event.
 431   //
 432
 433   //Update the energy deposit tables
 434   Int_t i;
 435   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 436     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 437     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 438   }
 439   fEventEnergy.Reset();
 440
 441   // Clean detector information
 442   CleanDetectors();
 443
 444   // Write out the kinematics
 445   if (fTreeK) {
 446     CleanParents();
 447     fTreeK->Fill();
 448   }
 449
 450   // Write out the digits
 451   if (fTreeD) {
 452     fTreeD->Fill();
 453     ResetDigits();
 454   }
 455
 456   // Write out reconstructed clusters
 457   if (fTreeR) {
 458     fTreeR->Fill();
 459   }
 460
 461   // Write out the event Header information
 462   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 463
 464   // Reset stack info
 465   ResetStack();
 466
 467   // Write Tree headers
 468   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 469   //  char hname[30];
 470   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 471   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 472   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 473   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 474   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 475   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 476   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 477   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 478
 479   ++fEvent;
 480 }
 481
 482 //_____________________________________________________________________________
 483 void AliRun::FinishRun()
 484 {
 485   //
 486   // Called at the end of the run.
 487   //
 488
 489   // Clean detector information
 490   TIter next(fModules);
 491   AliModule *detector;
 492   while((detector = (AliModule*)next())) {
 493     detector->FinishRun();
 494   }
 495
 496   //Output energy summary tables
 497   EnergySummary();
 498
 499   // file is retrieved from whatever tree
 500   TFile *File = 0;
 501   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 502   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 503   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 504   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 505   if( NULL==File ) {
 506     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 507     exit(1);
 508   }
 509   File->cd();
 510   fTreeE->Write();
 511
 512   // Clean tree information
 513   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 514   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 515   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 516   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 517   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 518
 519   // Write AliRun info and all detectors parameters
 520   Write();
 521
 522   // Close output file
 523   File->Write();
 524 }
 525
 526 //_____________________________________________________________________________
 527 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 528 {
 529   //
 530   // Flags a track and all its family tree to be kept
 531   //
 532   int curr;
 533   TParticle *particle;
 534
 535   curr=track;
 536   while(1) {
 537     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 538
 539     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 540     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 541
 542     // Save this particle
 543     particle->SetBit(Keep_Bit);
 544
 545     // Move to father if any
 546     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 547   }
 548 }
 549
 550 //_____________________________________________________________________________
 551 void AliRun::EnergySummary()
 552 {
 553   //
 554   // Print summary of deposited energy
 555   //
 556
 557   Int_t ndep=0;
 558   Float_t edtot=0;
 559   Float_t ed, ed2;
 560   Int_t kn, i, left, j, id;
 561   const Float_t zero=0;
 562   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 563   //
 564   // Energy loss information
 565   if(ievent) {
 566     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 567     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 568       ed=fSummEnergy[kn];
 569       if(ed>0) {
 570         fEventEnergy[ndep]=kn;
 571         if(ievent>1) {
 572           ed=ed/ievent;
 573           ed2=fSum2Energy[kn];
 574           ed2=ed2/ievent;
 575           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 576         } else
 577           ed2=99;
 578         fSummEnergy[ndep]=ed;
 579         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 580         edtot+=ed;
 581         ndep++;
 582       }
 583     }
 584     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 585       left=ndep-kn*3;
 586       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 587         j=kn*3+i;
 588         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 589         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 590       }
 591       printf("\n");
 592     }
 593     //
 594     // Relative energy loss in different detectors
 595     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 596     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 597     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 598       left=ndep-kn*5;
 599       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 600         j=kn*5+i;
 601         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 602         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 603       }
 604       printf("\n");
 605     }
 606     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 607     printf("\n");
 608   }
 609   //
 610   // Reset the TArray's
 611   //  fEventEnergy.Set(0);
 612   //  fSummEnergy.Set(0);
 613   //  fSum2Energy.Set(0);
 614 }
 615
 616 //_____________________________________________________________________________
 617 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 618 {
 619   //
 620   // Return pointer to detector from name
 621   //
 622   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 623 }
 624
 625 //_____________________________________________________________________________
 626 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 627 {
 628   //
 629   // Return pointer to detector from name
 630   //
 631   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 632 }
 633
 634 //_____________________________________________________________________________
 635 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 636 {
 637   //
 638   // Return galice internal detector identifier from name
 639   //
 640   Int_t i=-1;
 641   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 642   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 643   return i;
 644 }
 645
 646 //_____________________________________________________________________________
 647 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 648 {
 649   //
 650   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 651   // Set branch addresses
 652   //
 653
 654   // Reset existing structures
 655   ResetStack();
 656   ResetHits();
 657   ResetDigits();
 658
 659   // Delete Trees already connected
 660   if (fTreeK) delete fTreeK;
 661   if (fTreeH) delete fTreeH;
 662   if (fTreeD) delete fTreeD;
 663   if (fTreeR) delete fTreeR;
 664
 665   // Get header from file
 666   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 667   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 668
 669   // Get Kine Tree from file
 670   char treeName[20];
 671   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 672   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 673   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 674   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 675
 676   // Get Hits Tree header from file
 677   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 678   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 679   if (!fTreeH) {
 680     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 681   }
 682
 683   // Get Digits Tree header from file
 684   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 685   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 686   if (!fTreeD) {
 687     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 688   }
 689
 690
 691   // Get Reconstruct Tree header from file
 692   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 693   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 694   if (!fTreeR) {
 695     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 696   }
 697
 698   // Set Trees branch addresses
 699   TIter next(fModules);
 700   AliModule *detector;
 701   while((detector = (AliModule*)next())) {
 702     detector->SetTreeAddress();
 703   }
 704
 705   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 706   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 707   return fNtrack;
 708 }
 709
 710 //_____________________________________________________________________________
 711 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 712 {
 713   //
 714   // Import Alice geometry from current file
 715   // Return pointer to geometry object
 716   //
 717   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 718   //
 719   // Unlink and relink nodes in detectors
 720   // This is bad and there must be a better way...
 721   //
 722
 723   TIter next(fModules);
 724   AliModule *detector;
 725   while((detector = (AliModule*)next())) {
 726     detector->SetTreeAddress();
 727     TList *dnodes=detector->Nodes();
 728     Int_t j;
 729     TNode *node, *node1;
 730     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 731       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 732       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 733       dnodes->Remove(node);
 734       dnodes->AddAt(node1,j);
 735     }
 736   }
 737   return fGeometry;
 738 }
 739
 740 //_____________________________________________________________________________
 741 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 742                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 743                           Float_t &tof)
 744 {
 745   //
 746   // Return next track from stack of particles
 747   //
 748   TVector3 pol;
 749   fCurrent=-1;
 750   TParticle *track;
 751   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 752     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 753     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 754       //
 755       // The track has not yet been processed
 756       fCurrent=i;
 757       ipart=track->GetPdgCode();
 758       pmom[0]=track->Px();
 759       pmom[1]=track->Py();
 760       pmom[2]=track->Pz();
 761       e     =track->Energy();
 762       vpos[0]=track->Vx();
 763       vpos[1]=track->Vy();
 764       vpos[2]=track->Vz();
 765       track->GetPolarisation(pol);
 766       polar[0]=pol.X();
 767       polar[1]=pol.Y();
 768       polar[2]=pol.Z();
 769       tof=track->T();
 770       track->SetBit(Done_Bit);
 771       break;
 772     }
 773   }
 774   mtrack=fCurrent;
 775   //
 776   // stop and start timer when we start a primary track
 777   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 778   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 779   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 780     fTimer.Stop();
 781     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 782     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 783   }
 784   fTimer.Start();
 785 }
 786
 787 //_____________________________________________________________________________
 788 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 789 {
 790   //
 791   // return number of primary that has generated track
 792   //
 793   int current, parent;
 794   TParticle *part;
 795   //
 796   parent=track;
 797   while (1) {
 798     current=parent;
 799     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 800     parent=part->GetFirstMother();
 801     if(parent<0) return current;
 802   }
 803 }
 804
 805 //_____________________________________________________________________________
 806 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 807 {
 808   //
 809   // Initialize the Alice setup
 810   //
 811
 812   gROOT->LoadMacro(setup);
 813   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 814
 815   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 816
 817   TObject *objfirst, *objlast;
 818
 819   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 820
 821   //
 822   //=================Create Materials and geometry
 823   gMC->Init();
 824
 825    TIter next(fModules);
 826    AliModule *detector;
 827    while((detector = (AliModule*)next())) {
 828       detector->SetTreeAddress();
 829       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 830
 831       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 832       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 833       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 834       while (objfirst) {
 835         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 836         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 837       }
 838    }
 839    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 840
 841    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 842
 843    //Initialise geometry deposition table
 844    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 845    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 846    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 847
 848    //Compute cross-sections
 849    gMC->BuildPhysics();
 850
 851    //Write Geometry object to current file.
 852    fGeometry->Write();
 853
 854    fInitDone = kTRUE;
 855 }
 856
 857 //_____________________________________________________________________________
 858 void AliRun::MediaTable()
 859 {
 860   //
 861   // Built media table to get from the media number to
 862   // the detector id
 863   //
 864   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 865   //  Int_t ibeg;
 866   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 867   AliModule *det;
 868   //
 869   // For all detectors
 870   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 871     // If detector is defined
 872     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 873         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 874         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 875         // Find max and min material number
 876         if((idt=idtmed[nz])) {
 877           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 878           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 879         }
 880       }
 881       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 882         det->LoMedium() = 0;
 883         det->HiMedium() = 0;
 884       } else {
 885         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 886           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 887                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 888           return;
 889         }
 890         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 891         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 892           (*fImedia)[lz]=kz;
 893         }
 894       }
 895     }
 896   }
 897   //
 898   // Print summary table
 899   printf(" Traking media ranges:\n");
 900   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 901     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 902       ind=i*6+k;
 903       det=(AliModule*)dets[ind];
 904       if(det)
 905         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 906                det->HiMedium());
 907       else
 908         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 909     }
 910     printf("\n");
 911   }
 912 }
 913
 914 //____________________________________________________________________________
 915 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 916 {
 917   //
 918   // Load the event generator
 919   //
 920   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 921 }
 922
 923 //____________________________________________________________________________
 924 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 925 {
 926   //
 927   // Load the event generator
 928   //
 929   if(fGenerator)
 930     Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 931             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 932   fGenerator = generator;
 933 }
 934
 935 //____________________________________________________________________________
 936 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 937 {
 938   //
 939   // Read filename to set the transport parameters
 940   //
 941
 942
 943   const Int_t ncuts=10;
 944   const Int_t nflags=11;
 945   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 946   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 947                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 948                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 949                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 950   char line[256];
 951   char detName[7];
 952   char* filtmp;
 953   Float_t cut[ncuts];
 954   Int_t flag[nflags];
 955   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 956   FILE *lun;
 957   //
 958   // See whether the file is there
 959   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 960   lun=fopen(filtmp,"r");
 961   delete [] filtmp;
 962   if(!lun) {
 963     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 964     return;
 965   }
 966   //
 967   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 968   printf(" *%59s\n","*");
 969   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 970   printf(" *%59s\n","*");
 971   //
 972   while(1) {
 973     // Initialise cuts and flags
 974     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 975     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 976     itmed=0;
 977     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 978     // Read up to the end of line excluded
 979     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 980     if(iret<0) {
 981       //End of file
 982       fclose(lun);
 983       printf(" *%59s\n","*");
 984       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 985       return;
 986     }
 987     // Read the end of line
 988     fscanf(lun,"%*c");
 989     if(!iret) continue;
 990     if(line[0]=='*') continue;
 991     // Read the numbers
 992     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 993                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 994                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 995                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 996     if(!iret) continue;
 997     if(iret<0) {
 998       //reading error
 999       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
1000       continue;
1001     }
1002     // Check that the module exist
1003     AliModule *mod = GetModule(detName);
1004     if(mod) {
1005       // Get the array of media numbers
1006       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1007       // Check that the tracking medium code is valid
1008       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1009         ktmed=idtmed[itmed];
1010         if(!ktmed) {
1011           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1012           continue;
1013         }
1014         // Set energy thresholds
1015         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1016           if(cut[kz]>=0) {
1017             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1018                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1019             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1020           }
1021         }
1022         // Set transport mechanisms
1023         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1024           if(flag[kz]>=0) {
1025             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1026                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1027             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1028           }
1029         }
1030       } else {
1031         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1032         continue;
1033       }
1034     } else {
1035       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1036       continue;
1037     }
1038   }
1039 }
1040
1041 //_____________________________________________________________________________
1042 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1043 {
1044   //
1045   //  Create the ROOT trees
1046   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1047   //
1048
1049   char hname[30];
1050   //
1051   // Analyse options
1052   char *K = strstr(option,"K");
1053   char *H = strstr(option,"H");
1054   char *E = strstr(option,"E");
1055   char *D = strstr(option,"D");
1056   char *R = strstr(option,"R");
1057   //
1058   if (K && !fTreeK) {
1059     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1060     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1061     //  Create a branch for particles
1062     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1063   }
1064   if (H && !fTreeH) {
1065     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1066     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1067     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1068   }
1069   if (D && !fTreeD) {
1070     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1071     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1072   }
1073   if (R && !fTreeR) {
1074     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1075     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1076   }
1077   if (E && !fTreeE) {
1078     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1079     //  Create a branch for Header
1080     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1081   }
1082   //
1083   // Create a branch for hits/digits for each detector
1084   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1085   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1086   TIter next(fModules);
1087   AliModule *detector;
1088   while((detector = (AliModule*)next())) {
1089      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1090   }
1091 }
1092
1093 //_____________________________________________________________________________
1094 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1095 {
1096   //
1097   // PurifyKine with external parameters
1098   //
1099   fHgwmk = lastSavedTrack;
1100   fNtrack = nofTracks;
1101   PurifyKine();
1102   return fHgwmk;
1103 }
1104
1105 //_____________________________________________________________________________
1106 void AliRun::PurifyKine()
1107 {
1108   //
1109   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1110   // and renaming the particle id's in all the hits
1111   //
1112   TClonesArray &particles = *fParticles;
1113   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1114   TParticle *part, *partnew, *father;
1115   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1116
1117   // Save in Header total number of tracks before compression
1118   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1119
1120   // Preset map, to be removed later
1121   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1122     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1123   // Second pass, build map between old and new numbering
1124   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1125     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1126     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1127
1128       // This particle has to be kept
1129       map[i]=nkeep;
1130       if(i!=nkeep) {
1131
1132         // Old and new are different, have to copy
1133         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1134         // Change due to a bug in the HP compiler
1135         //      *partnew = *part;
1136         memcpy(partnew,part,sizeof(TParticle));
1137       } else partnew = part;
1138
1139       // as the parent is always *before*, it must be already
1140       // in place. This is what we are checking anyway!
1141       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1142         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1143         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1144       }
1145       nkeep++;
1146     }
1147   }
1148   fNtrack=nkeep;
1149
1150   // Fix daughters information
1151   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1152     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1153     parent = part->GetFirstMother();
1154     if(parent>=0) {
1155       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1156       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1157
1158         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1159         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1160       } else {
1161         // Iitialise daughters info for first pass
1162         father->SetFirstDaughter(i);
1163         father->SetLastDaughter(i);
1164         father->SetBit(Daughters_Bit);
1165       }
1166     }
1167   }
1168
1169 #ifdef old
1170   // Now loop on all detectors and reset the hits
1171   AliHit *OneHit;
1172   TIter next(fModules);
1173   AliModule *detector;
1174   while((detector = (AliModule*)next())) {
1175     if (!detector->Hits()) continue;
1176     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1177     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1178       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1179              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1180     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1181       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1182       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1183     }
1184   }
1185 #else
1186
1187   // Now loop on all registered hit lists
1188   TIter next(fHitLists);
1189   TCollection *hitList;
1190   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1191     TIter nexthit(hitList);
1192     AliHit *hit;
1193     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1194       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1195     }
1196   }
1197 #endif
1198
1199   fHgwmk=nkeep-1;
1200   particles.SetLast(fHgwmk);
1201   delete [] map;
1202 }
1203
1204 //_____________________________________________________________________________
1205 void AliRun::Reset()
1206 {
1207   //
1208   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1209   //
1210   char hname[30];
1211   //
1212   ResetStack();
1213   ResetHits();
1214   ResetDigits();
1215
1216   // Initialise event header
1217   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1218
1219   if(fTreeK) {
1220     fTreeK->Reset();
1221     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1222     fTreeK->SetName(hname);
1223   }
1224   if(fTreeH) {
1225     fTreeH->Reset();
1226     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1227     fTreeH->SetName(hname);
1228   }
1229   if(fTreeD) {
1230     fTreeD->Reset();
1231     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1232     fTreeD->SetName(hname);
1233   }
1234   if(fTreeR) {
1235     fTreeR->Reset();
1236     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1237     fTreeR->SetName(hname);
1238   }
1239 }
1240
1241 //_____________________________________________________________________________
1242 void AliRun::ResetDigits()
1243 {
1244   //
1245   //  Reset all Detectors digits
1246   //
1247   TIter next(fModules);
1248   AliModule *detector;
1249   while((detector = (AliModule*)next())) {
1250      detector->ResetDigits();
1251   }
1252 }
1253
1254 //_____________________________________________________________________________
1255 void AliRun::ResetHits()
1256 {
1257   //
1258   //  Reset all Detectors hits
1259   //
1260   TIter next(fModules);
1261   AliModule *detector;
1262   while((detector = (AliModule*)next())) {
1263      detector->ResetHits();
1264   }
1265 }
1266
1267 //_____________________________________________________________________________
1268 void AliRun::ResetPoints()
1269 {
1270   //
1271   // Reset all Detectors points
1272   //
1273   TIter next(fModules);
1274   AliModule *detector;
1275   while((detector = (AliModule*)next())) {
1276      detector->ResetPoints();
1277   }
1278 }
1279
1280 //_____________________________________________________________________________
1281 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1282 {
1283   //
1284   // Main function to be called to process a galice run
1285   // example
1286   //    Root > gAlice.Run();
1287   // a positive number of events will cause the finish routine
1288   // to be called
1289   //
1290
1291   // check if initialisation has been done
1292   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1293
1294   // Create the Root Tree with one branch per detector
1295   MakeTree("KHDER");
1296
1297   gMC->ProcessRun(nevent);
1298
1299   // End of this run, close files
1300   if(nevent>0) FinishRun();
1301 }
1302
1303 //_____________________________________________________________________________
1304 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1305                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1306                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1307 {
1308   //
1309   // Generates lego plots of:
1310   //    - radiation length map phi vs theta
1311   //    - radiation length map phi vs eta
1312   //    - interaction length map
1313   //    - g/cm2 length map
1314   //
1315   //  ntheta    bins in theta, eta
1316   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1317   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1318   //  nphi      bins in phi
1319   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1320   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1321   //  rmin      minimum radius
1322   //  rmax      maximum radius
1323   //
1324   //
1325   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1326   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1327   //
1328   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1329   //Begin_Html
1330   /*
1331     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1332   */
1333   //End_Html
1334   //Begin_Html
1335   /*
1336     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1337   */
1338   //End_Html
1339   //Begin_Html
1340   /*
1341     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1342   */
1343   //End_Html
1344   //
1345
1346   // check if initialisation has been done
1347   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1348
1349   //Create Lego object
1350   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1351
1352   //Run Lego Object
1353   fLego->Run();
1354
1355   // Create only the Root event Tree
1356   MakeTree("E");
1357
1358   // End of this run, close files
1359   FinishRun();
1360 }
1361
1362 //_____________________________________________________________________________
1363 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1364 {
1365   //
1366   // Set current track number
1367   //
1368   fCurrent = track;
1369 }
1370
1371 //_____________________________________________________________________________
1372 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1373                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1374                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1375 {
1376   //
1377   // Load a track on the stack
1378   //
1379   // done     0 if the track has to be transported
1380   //          1 if not
1381   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1382   // pdg    particle code
1383   // pmom     momentum GeV/c
1384   // vpos     position
1385   // polar    polarisation
1386   // tof      time of flight in seconds
1387   // mecha    production mechanism
1388   // ntr      on output the number of the track stored
1389   //
1390   TClonesArray &particles = *fParticles;
1391   TParticle *particle;
1392   Float_t mass;
1393   const Int_t firstdaughter=-1;
1394   const Int_t lastdaughter=-1;
1395   const Int_t KS=0;
1396   //  const Float_t tlife=0;
1397
1398   //
1399   // Here we get the static mass
1400   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1401   // if the calculated mass is required
1402   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1403   // used in the MC is not the same of the PDG database
1404   //
1405   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1406   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1407                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1408
1409   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1410   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1411
1412   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1413                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1414                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1415   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1416   //                                         mecha,weight);
1417   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1418   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1419   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1420
1421   if(parent>=0) {
1422     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1423     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1424     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1425   } else {
1426     //
1427     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1428     fHgwmk=fNtrack;
1429     //
1430     // Set also number if primary tracks
1431     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1432     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1433   }
1434   ntr = fNtrack++;
1435 }
1436
1437 //_____________________________________________________________________________
1438 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1439 {
1440   //
1441   // flags a track to be kept
1442   //
1443   TClonesArray &particles = *fParticles;
1444   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1445 }
1446
1447 //_____________________________________________________________________________
1448 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1449 {
1450   //
1451   // Called at every step during transport
1452   //
1453
1454   //
1455   // --- If lego option, do it and leave
1456   if (fLego)
1457     fLego->StepManager();
1458   else {
1459     Int_t copy;
1460     //Update energy deposition tables
1461     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1462
1463     //Call the appropriate stepping routine;
1464     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1465     if(det) det->StepManager();
1466   }
1467 }
1468
1469 //_____________________________________________________________________________
1470 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1471 {
1472   //
1473   // Stream an object of class AliRun.
1474   //
1475   if (R__b.IsReading()) {
1476     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1477     TNamed::Streamer(R__b);
1478     if (!gAlice) gAlice = this;
1479     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1480     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1481     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1482     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1483     R__b >> fNtrack;
1484     R__b >> fHgwmk;
1485     R__b >> fDebug;
1486     fHeader.Streamer(R__b);
1487     R__b >> fModules;
1488     R__b >> fParticles;
1489     R__b >> fField;
1490     //    R__b >> fMC;
1491     R__b >> fNdets;
1492     R__b >> fTrRmax;
1493     R__b >> fTrZmax;
1494     R__b >> fGenerator;
1495     if(R__v>1) {
1496       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1497       fTreeE->GetEntry(0);
1498     } else {
1499       fHeader.SetEvent(0);
1500       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1501     }
1502     if(R__v>2) {
1503       fConfigFunction.Streamer(R__b);
1504     } else {
1505       fConfigFunction="Config();";
1506     }
1507   } else {
1508     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1509     TNamed::Streamer(R__b);
1510     R__b << fNtrack;
1511     R__b << fHgwmk;
1512     R__b << fDebug;
1513     fHeader.Streamer(R__b);
1514     R__b << fModules;
1515     R__b << fParticles;
1516     R__b << fField;
1517     //    R__b << fMC;
1518     R__b << fNdets;
1519     R__b << fTrRmax;
1520     R__b << fTrZmax;
1521     R__b << fGenerator;
1522     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1523     fConfigFunction.Streamer(R__b);
1524   }
1525 }