STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.81  2001/12/19 14:46:26  morsch
  19 Add possibility to disable StepManager() for each module separately.
  20
  21 Revision 1.80  2001/10/21 18:22:55  hristov
  22 BranchOld replaced by Branch. It works correctly with Root 2.02.xx
  23
  24 Revision 1.79  2001/10/09 18:00:35  hristov
  25 Temporary fix to provide unique event number in the simulation (J.Chudoba)
  26
  27 Revision 1.78  2001/10/04 15:30:56  hristov
  28 Changes to accommodate the set of PHOS folders and tasks (Y.Schutz)
  29
  30 Revision 1.77  2001/09/04 15:09:11  hristov
  31 fTreeE->Branch replaced temporary by fTreeE->BranchOld to avoid data corruption in case of many events per file
  32
  33 Revision 1.76  2001/08/03 14:38:35  morsch
  34 Use original method to access TreeH.
  35
  36 Revision 1.75  2001/07/28 10:52:27  hristov
  37 Event number updated correctly (M.Ivanov)
  38
  39 Revision 1.74  2001/07/28 10:39:16  morsch
  40 GetEventsPerRun() method needed by afterburners added to AliRun.h
  41 Corresponding setters and getters have been from AliGenerator.
  42
  43 Revision 1.73  2001/07/27 12:34:30  jchudoba
  44 remove the dummy argument in fStack->GetEvent call
  45
  46 Revision 1.72  2001/07/03 08:10:57  hristov
  47 J.Chudoba's changes merged correctly with the HEAD
  48
  49 Revision 1.70  2001/06/29 08:01:36  morsch
  50 Small correction to the previous.
  51
  52 Revision 1.69  2001/06/28 16:27:50  morsch
  53 AliReco() with user control of event range.
  54
  55 Revision 1.68  2001/06/11 13:14:40  morsch
  56 SetAliGenEventHeader() method added.
  57
  58 Revision 1.67  2001/06/07 18:24:50  buncic
  59 Removed compilation warning in AliConfig initialisation.
  60
  61 Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
  62 Weird inline removed
  63
  64 Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
  65 Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
  66
  67 Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
  68 New files for folders and Stack
  69
  70 Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
  71 Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
  72
  73 Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
  74 Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
  75
  76 Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
  77 fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
  78
  79 Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
  80 Changes needed on Sun with CC 5.0
  81
  82 Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
  83 Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
  84
  85 Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
  86 All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
  87 are now created in new RunReco() method.
  88
  89 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  90 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  91
  92 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  93 Removed OpenBaseFile().
  94
  95 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  96 Remove default value for argument
  97
  98 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  99 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
 100
 101 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
 102 Added TreeS to GetEvent().
 103
 104 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
 105 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
 106
 107 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
 108 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
 109
 110 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
 111 Major upgrade of AliRoot code
 112
 113 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
 114 Corrections to destructors
 115
 116 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
 117 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
 118 SetField().
 119 Example:
 120 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
 121
 122 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
 123 galice.cuts was not read any more
 124
 125 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
 126 Introducing new Rndm and QA classes
 127
 128 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
 129 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
 130 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
 131
 132 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
 133 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
 134
 135 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
 136 Removal of useless dependecies via forward declarations
 137
 138 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
 139 Mainly coding conventions + some small bug fixes
 140
 141 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
 142 Coding convention correction and warning removal
 143
 144 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
 145 Coding convention corrections + few minor bug fixes
 146
 147 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
 148 Writing down the TREE headers before job starts
 149
 150 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
 151 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
 152
 153 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
 154 Only one initializer for a default argument
 155
 156 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
 157 Delete only existent objects.
 158
 159 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
 160 Delete Particle Factory properly
 161
 162 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
 163 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
 164
 165 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
 166 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
 167
 168 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
 169 Changes in Lego for G4 compatibility
 170
 171 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 172 Introduce variable Config.C function signature
 173
 174 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 175 G4 compatibility changes
 176
 177 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 178 Workaround for an HP compiler problem
 179
 180 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 181 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 182
 183 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 184 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 185
 186 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 187 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 188 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 189
 190 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 191 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 192
 193 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 194 Fixing previous wrong checking
 195
 196 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 197 Fixing daughters information also in primary tracks
 198
 199 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 200 Adding protection against inconsistent Euclid files
 201
 202 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 203 Introduction of the Copyright and cvs Log
 204
 205 */
 206
 207 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 208 //                                                                           //
 209 //  Control class for Alice C++                                              //
 210 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 211 //  The object is created in main program aliroot                            //
 212 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 213 //                                                                           //
 214 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 215 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 216 //   -Supports the Trees.                                                    //
 217 //   -Supports the geometry.                                                 //
 218 //   -Supports the event display.                                            //
 219 //Begin_Html
 220 /*
 221 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 222 */
 223 //End_Html
 224 //Begin_Html
 225 /*
 226 <img src="picts/alirun.gif">
 227 */
 228 //End_Html
 229 //                                                                           //
 230 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 231
 232 #include <stdlib.h>
 233 #include <stdio.h>
 234 #include <string.h>
 235 #include <iostream.h>
 236
 237 #include <TFile.h>
 238 #include <TRandom.h>
 239 #include <TBRIK.h>
 240 #include <TCint.h>
 241 #include <TSystem.h>
 242 #include <TObjectTable.h>
 243 #include <TTree.h>
 244 #include <TGeometry.h>
 245 #include <TROOT.h>
 246 #include <TBrowser.h>
 247 #include <TFolder.h>
 248 #include <TKey.h>
 249 #include <TNode.h>
 250 #include "TParticle.h"
 251 #include "AliRun.h"
 252 #include "AliDisplay.h"
 253 #include "AliMC.h"
 254 #include "AliLego.h"
 255 #include "AliMagFC.h"
 256 #include "AliMagFCM.h"
 257 #include "AliMagFDM.h"
 258 #include "AliHit.h"
 259 #include "TRandom3.h"
 260 #include "AliMCQA.h"
 261 #include "AliGenerator.h"
 262 #include "AliLegoGenerator.h"
 263 #include "AliConfig.h"
 264 #include "AliStack.h"
 265 #include "AliGenEventHeader.h"
 266 #include "AliHeader.h"
 267
 268 #include "AliDetector.h"
 269
 270 AliRun *gAlice;
 271
 272 ClassImp(AliRun)
 273
 274 //_____________________________________________________________________________
 275 AliRun::AliRun()
 276 {
 277   //
 278   // Default constructor for AliRun
 279   //
 280   fHeader    = 0;
 281   fRun       = 0;
 282   fEvent     = 0;
 283   fEventNrInRun = 0;
 284   fStack     = 0;
 285   fModules   = 0;
 286   fGenerator = 0;
 287   fTreeD     = 0;
 288   fTreeH     = 0;
 289   fTreeE     = 0;
 290   fTreeR     = 0;
 291   fTreeS     = 0;
 292   fGeometry  = 0;
 293   fDisplay   = 0;
 294   fField     = 0;
 295   fMC        = 0;
 296   fNdets     = 0;
 297   fImedia    = 0;
 298   fTrRmax    = 1.e10;
 299   fTrZmax    = 1.e10;
 300   fInitDone  = kFALSE;
 301   fLego      = 0;
 302   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 303   fHitLists  = 0;
 304   fConfigFunction    = "\0";
 305   fRandom = 0;
 306   fMCQA = 0;
 307   fTransParName = "\0";
 308   fBaseFileName = ".\0";
 309   fDebug        = 0;
 310 }
 311
 312 //_____________________________________________________________________________
 313 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 314   : TNamed(name,title)
 315 {
 316   //
 317   //  Constructor for the main processor.
 318   //  Creates the geometry
 319   //  Creates the list of Detectors.
 320   //  Creates the list of particles.
 321   //
 322   Int_t i;
 323
 324   gAlice     = this;
 325   fTreeD     = 0;
 326   fTreeH     = 0;
 327   fTreeE     = 0;
 328   fTreeR     = 0;
 329   fTreeS     = 0;
 330   fTrRmax    = 1.e10;
 331   fTrZmax    = 1.e10;
 332   fGenerator = 0;
 333   fInitDone  = kFALSE;
 334   fLego      = 0;
 335   fField     = 0;
 336   fConfigFunction    = "Config();";
 337
 338   // Set random number generator
 339   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 340
 341   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 342      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 343   }
 344
 345   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 346   //
 347   // Particle stack
 348   fStack = new AliStack(10000);
 349   // create the support list for the various Detectors
 350   fModules = new TObjArray(77);
 351   //
 352   // Create the TNode geometry for the event display
 353
 354   BuildSimpleGeometry();
 355
 356   fHeader    = new AliHeader();
 357   fRun       = 0;
 358   fEvent     = 0;
 359   fEventNrInRun = 0;
 360   //
 361   fDisplay = 0;
 362   //
 363   // Create default mag field
 364   SetField();
 365   //
 366   fMC      = gMC;
 367   //
 368   // Prepare the tracking medium lists
 369   fImedia = new TArrayI(1000);
 370   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 371   //
 372   // Make particles
 373   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 374
 375   AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB);
 376   //
 377   // Create HitLists list
 378   fHitLists  = new TList();
 379   //
 380   SetTransPar();
 381   fBaseFileName = ".\0";
 382   //
 383   fDebug        = 0;
 384 }
 385
 386
 387 //_____________________________________________________________________________
 388 AliRun::~AliRun()
 389 {
 390   //
 391   // Default AliRun destructor
 392   //
 393   delete fImedia;
 394   delete fField;
 395   delete fMC;
 396   delete fGeometry;
 397   delete fDisplay;
 398   delete fGenerator;
 399   delete fLego;
 400   delete fTreeD;
 401   delete fTreeH;
 402   delete fTreeE;
 403   delete fTreeR;
 404   delete fTreeS;
 405   if (fModules) {
 406     fModules->Delete();
 407     delete fModules;
 408   }
 409   delete fStack;
 410   delete fHitLists;
 411   delete fPDGDB;
 412   delete fMCQA;
 413   delete fHeader;
 414 }
 415
 416 //_____________________________________________________________________________
 417 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 418 {
 419   //
 420   //  Add a hit to detector id
 421   //
 422   TObjArray &dets = *fModules;
 423   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 424 }
 425
 426 //_____________________________________________________________________________
 427 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 428 {
 429   //
 430   // Add digit to detector id
 431   //
 432   TObjArray &dets = *fModules;
 433   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 434 }
 435
 436 //_____________________________________________________________________________
 437 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 438 {
 439   //
 440   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 441   // of the Root browser.
 442   // It displays the Root Trees and all detectors.
 443   //
 444   if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
 445   TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
 446
 447   if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
 448   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 449   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 450   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 451   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 452   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 453
 454   TIter next(fModules);
 455   AliModule *detector;
 456   while((detector = (AliModule*)next())) {
 457     b->Add(detector,detector->GetName());
 458   }
 459   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 460 }
 461
 462 //_____________________________________________________________________________
 463 void AliRun::Build()
 464 {
 465   //
 466   // Initialize Alice geometry
 467   // Dummy routine
 468   //
 469 }
 470
 471 //_____________________________________________________________________________
 472 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 473 {
 474   //
 475   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 476   //
 477   // Initialise geometry
 478   //
 479   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 480   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 481   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 482   brik->SetVisibility(0);
 483   new TNode("alice","alice","S_alice");
 484 }
 485
 486 //_____________________________________________________________________________
 487 void AliRun::CleanDetectors()
 488 {
 489   //
 490   // Clean Detectors at the end of event
 491   //
 492   TIter next(fModules);
 493   AliModule *detector;
 494   while((detector = (AliModule*)next())) {
 495     detector->FinishEvent();
 496   }
 497 }
 498
 499 //_____________________________________________________________________________
 500 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 501 {
 502   //
 503   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 504   // Dummy routine
 505   //
 506   return 9999;
 507 }
 508
 509 //_____________________________________________________________________________
 510 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 511 {
 512   //
 513   // Dumps particle i in the stack
 514   //
 515     fStack->DumpPart(i);
 516 }
 517
 518 //_____________________________________________________________________________
 519 void AliRun::DumpPStack () const
 520 {
 521   //
 522   // Dumps the particle stack
 523   //
 524     fStack->DumpPStack();
 525 }
 526
 527 //_____________________________________________________________________________
 528 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 529 {
 530     // Set Magnetic Field Map
 531     fField = magField;
 532     fField->ReadField();
 533 }
 534
 535 //_____________________________________________________________________________
 536 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 537                       Float_t maxField, char* filename)
 538 {
 539   //
 540   //  Set magnetic field parameters
 541   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 542   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 543   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 544   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 545
 546   //
 547   // --- Sanity check on mag field flags
 548   if(fField) delete fField;
 549   if(version==1) {
 550     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 551   } else if(version<=2) {
 552     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 553     fField->ReadField();
 554   } else if(version==3) {
 555     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 556     fField->ReadField();
 557   } else {
 558     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 559   }
 560 }
 561
 562 //_____________________________________________________________________________
 563 void AliRun::PreTrack()
 564 {
 565      TObjArray &dets = *fModules;
 566      AliModule *module;
 567
 568      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 569        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 570          module->PreTrack();
 571
 572      fMCQA->PreTrack();
 573 }
 574
 575 //_____________________________________________________________________________
 576 void AliRun::PostTrack()
 577 {
 578      TObjArray &dets = *fModules;
 579      AliModule *module;
 580
 581      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 582        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 583          module->PostTrack();
 584 }
 585
 586 //_____________________________________________________________________________
 587 void AliRun::FinishPrimary()
 588 {
 589   //
 590   // Called  at the end of each primary track
 591   //
 592
 593   //  static Int_t count=0;
 594   //  const Int_t times=10;
 595   // This primary is finished, purify stack
 596   fStack->PurifyKine();
 597
 598   TIter next(fModules);
 599   AliModule *detector;
 600   while((detector = (AliModule*)next())) {
 601     detector->FinishPrimary();
 602   }
 603
 604   // Write out hits if any
 605   if (gAlice->TreeH()) {
 606     gAlice->TreeH()->Fill();
 607   }
 608
 609   //
 610   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 611 }
 612
 613 //_____________________________________________________________________________
 614 void AliRun::BeginPrimary()
 615 {
 616   //
 617   // Called  at the beginning of each primary track
 618   //
 619
 620   // Reset Hits info
 621   gAlice->ResetHits();
 622
 623 }
 624
 625 //_____________________________________________________________________________
 626 void AliRun::FinishEvent()
 627 {
 628   //
 629   // Called at the end of the event.
 630   //
 631
 632   //
 633   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 634
 635   //Update the energy deposit tables
 636   Int_t i;
 637   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 638     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 639     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 640   }
 641
 642
 643
 644   // Update Header information
 645
 646   fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
 647   fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());
 648
 649
 650   // Write out the kinematics
 651   fStack->FinishEvent();
 652
 653   // Write out the event Header information
 654   if (fTreeE) {
 655       fHeader->SetStack(fStack);
 656       fTreeE->Fill();
 657   }
 658
 659
 660   // Write Tree headers
 661   TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
 662   if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 663   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 664
 665   ++fEvent;
 666   ++fEventNrInRun;
 667 }
 668
 669 //_____________________________________________________________________________
 670 void AliRun::FinishRun()
 671 {
 672   //
 673   // Called at the end of the run.
 674   //
 675
 676   //
 677   if(fLego) fLego->FinishRun();
 678
 679   // Clean detector information
 680   TIter next(fModules);
 681   AliModule *detector;
 682   while((detector = (AliModule*)next())) {
 683     detector->FinishRun();
 684   }
 685
 686   //Output energy summary tables
 687   EnergySummary();
 688
 689   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 690
 691   file->cd();
 692
 693   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 694
 695   // Write AliRun info and all detectors parameters
 696   Write(0,TObject::kOverwrite);
 697
 698   // Clean tree information
 699
 700   fStack->FinishRun();
 701
 702   if (fTreeH) {
 703     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 704   }
 705   if (fTreeD) {
 706     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 707   }
 708   if (fTreeR) {
 709     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 710   }
 711 //   if (fTreeE) {
 712 //     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 713 //   }
 714   if (fTreeS) {
 715     delete fTreeS; fTreeS = 0;
 716   }
 717   fGenerator->FinishRun();
 718
 719   // Close output file
 720   file->Write();
 721 }
 722
 723 //_____________________________________________________________________________
 724 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 725 {
 726   // Delegate to stack
 727   //
 728     fStack->FlagTrack(track);
 729 }
 730
 731 //_____________________________________________________________________________
 732 void AliRun::EnergySummary()
 733 {
 734   //
 735   // Print summary of deposited energy
 736   //
 737
 738   Int_t ndep=0;
 739   Float_t edtot=0;
 740   Float_t ed, ed2;
 741   Int_t kn, i, left, j, id;
 742   const Float_t kzero=0;
 743   Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
 744   //
 745   // Energy loss information
 746   if(ievent) {
 747     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 748     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 749       ed=fSummEnergy[kn];
 750       if(ed>0) {
 751         fEventEnergy[ndep]=kn;
 752         if(ievent>1) {
 753           ed=ed/ievent;
 754           ed2=fSum2Energy[kn];
 755           ed2=ed2/ievent;
 756           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 757         } else
 758           ed2=99;
 759         fSummEnergy[ndep]=ed;
 760         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 761         edtot+=ed;
 762         ndep++;
 763       }
 764     }
 765     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 766       left=ndep-kn*3;
 767       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 768         j=kn*3+i;
 769         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 770         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 771       }
 772       printf("\n");
 773     }
 774     //
 775     // Relative energy loss in different detectors
 776     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 777     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 778     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 779       left=ndep-kn*5;
 780       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 781         j=kn*5+i;
 782         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 783         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 784       }
 785       printf("\n");
 786     }
 787     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 788     printf("\n");
 789   }
 790   //
 791   // Reset the TArray's
 792   //  fEventEnergy.Set(0);
 793   //  fSummEnergy.Set(0);
 794   //  fSum2Energy.Set(0);
 795 }
 796
 797 //_____________________________________________________________________________
 798 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 799 {
 800   //
 801   // Return pointer to detector from name
 802   //
 803   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 804 }
 805
 806 //_____________________________________________________________________________
 807 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 808 {
 809   //
 810   // Return pointer to detector from name
 811   //
 812   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 813 }
 814
 815 //_____________________________________________________________________________
 816 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 817 {
 818   //
 819   // Return galice internal detector identifier from name
 820   //
 821   Int_t i=-1;
 822   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 823   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 824   return i;
 825 }
 826
 827 //_____________________________________________________________________________
 828 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 829 {
 830   //
 831   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 832   // Set branch addresses
 833   //
 834
 835   // Reset existing structures
 836   ResetHits();
 837   ResetDigits();
 838   ResetSDigits();
 839
 840   // Delete Trees already connected
 841   if (fTreeH) { delete fTreeH; fTreeH = 0;}
 842   if (fTreeD) { delete fTreeD; fTreeD = 0;}
 843   if (fTreeR) { delete fTreeR; fTreeR = 0;}
 844   if (fTreeS) { delete fTreeS; fTreeS = 0;}
 845
 846  // Create the particle stack
 847   if (fHeader) delete fHeader;
 848   fHeader = 0;
 849
 850   // Get header from file
 851   if(fTreeE) {
 852       fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
 853
 854       if (!fTreeE->GetEntry(event)) {
 855         Error("GetEvent","Cannot find event:%d\n",event);
 856         return -1;
 857       }
 858   }
 859   else {
 860       Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
 861       return -1;
 862   }
 863
 864   // Get the stack from the header, set fStack to 0 if it
 865   // fails to get event
 866   if (fStack) delete fStack;
 867   fStack = fHeader->Stack();
 868   if (fStack) {
 869     if (!fStack->GetEvent(event)) fStack = 0;
 870   }
 871
 872   //
 873   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 874   char treeName[20];
 875
 876   file->cd();
 877
 878   // Get Hits Tree header from file
 879   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 880   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 881   if (!fTreeH) {
 882       Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 883   }
 884
 885   // Get Digits Tree header from file
 886   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 887   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 888   if (!fTreeD) {
 889     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 890   }
 891
 892   file->cd();
 893
 894   // Get SDigits Tree header from file
 895   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 896   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 897   if (!fTreeS) {
 898     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 899   }
 900
 901   file->cd();
 902
 903   // Get Reconstruct Tree header from file
 904   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 905   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 906   if (!fTreeR) {
 907     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 908   }
 909
 910   file->cd();
 911
 912   // Set Trees branch addresses
 913   TIter next(fModules);
 914   AliModule *detector;
 915   while((detector = (AliModule*)next())) {
 916     detector->SetTreeAddress();
 917   }
 918
 919   fEvent=event; //MI change
 920
 921   return fHeader->GetNtrack();
 922 }
 923
 924 //_____________________________________________________________________________
 925 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 926 {
 927   //
 928   // Import Alice geometry from current file
 929   // Return pointer to geometry object
 930   //
 931   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 932   //
 933   // Unlink and relink nodes in detectors
 934   // This is bad and there must be a better way...
 935   //
 936
 937   TIter next(fModules);
 938   AliModule *detector;
 939   while((detector = (AliModule*)next())) {
 940     TList *dnodes=detector->Nodes();
 941     Int_t j;
 942     TNode *node, *node1;
 943     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 944       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 945       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 946       dnodes->Remove(node);
 947       dnodes->AddAt(node1,j);
 948     }
 949   }
 950   return fGeometry;
 951 }
 952
 953 //_____________________________________________________________________________
 954 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 955                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 956                           Float_t &tof)
 957 {
 958   // Delegate to stack
 959   //
 960     fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);
 961 }
 962
 963 //_____________________________________________________________________________
 964 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 965 {
 966   //
 967   // return number of primary that has generated track
 968   //
 969     return fStack->GetPrimary(track);
 970 }
 971
 972 //_____________________________________________________________________________
 973 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 974 {
 975   //
 976   // Initialize the Alice setup
 977   //
 978
 979   if(fInitDone) {
 980     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
 981     return;
 982   }
 983
 984   gROOT->LoadMacro(setup);
 985   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 986
 987
 988   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 989
 990   TObject *objfirst, *objlast;
 991
 992   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 993
 994   //
 995   //=================Create Materials and geometry
 996   gMC->Init();
 997
 998   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
 999   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1000
1001    TIter next(fModules);
1002    AliModule *detector;
1003    while((detector = (AliModule*)next())) {
1004       detector->SetTreeAddress();
1005       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1006
1007       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1008       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1009       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1010       while (objfirst) {
1011         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1012         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1013       }
1014    }
1015    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1016
1017    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1018
1019    //Initialise geometry deposition table
1020    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1021    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1022    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1023
1024    //Compute cross-sections
1025    gMC->BuildPhysics();
1026
1027    //Write Geometry object to current file.
1028    fGeometry->Write();
1029
1030    fInitDone = kTRUE;
1031
1032    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1033
1034    AliConfig::Instance();
1035    //
1036    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1037    Write();
1038 }
1039
1040 //_____________________________________________________________________________
1041 void AliRun::MediaTable()
1042 {
1043   //
1044   // Built media table to get from the media number to
1045   // the detector id
1046   //
1047   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1048   //  Int_t ibeg;
1049   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1050   AliModule *det;
1051   //
1052   // For all detectors
1053   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1054     // If detector is defined
1055     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1056         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1057         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1058         // Find max and min material number
1059         if((idt=idtmed[nz])) {
1060           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1061           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1062         }
1063       }
1064       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1065         det->LoMedium() = 0;
1066         det->HiMedium() = 0;
1067       } else {
1068         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1069           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1070                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1071           return;
1072         }
1073         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1074         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1075           (*fImedia)[lz]=kz;
1076         }
1077       }
1078     }
1079   }
1080   //
1081   // Print summary table
1082   printf(" Traking media ranges:\n");
1083   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1084     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1085       ind=i*6+k;
1086       det=(AliModule*)dets[ind];
1087       if(det)
1088         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1089                det->HiMedium());
1090       else
1091         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1092     }
1093     printf("\n");
1094   }
1095 }
1096
1097 //____________________________________________________________________________
1098 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1099 {
1100   //
1101   // Load the event generator
1102   //
1103   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1104 }
1105
1106 //____________________________________________________________________________
1107 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1108 {
1109   //
1110   // Load the event generator
1111   //
1112   if(fGenerator)
1113     if(generator)
1114       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1115               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1116     else
1117       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1118               fGenerator->GetName());
1119   fGenerator = generator;
1120 }
1121
1122 //____________________________________________________________________________
1123 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1124 {
1125   fTransParName = filename;
1126 }
1127
1128 //____________________________________________________________________________
1129 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1130 {
1131   fBaseFileName = filename;
1132 }
1133
1134 //____________________________________________________________________________
1135 void AliRun::ReadTransPar()
1136 {
1137   //
1138   // Read filename to set the transport parameters
1139   //
1140
1141
1142   const Int_t kncuts=10;
1143   const Int_t knflags=11;
1144   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1145   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1146                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1147                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1148                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1149   char line[256];
1150   char detName[7];
1151   char* filtmp;
1152   Float_t cut[kncuts];
1153   Int_t flag[knflags];
1154   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1155   FILE *lun;
1156   //
1157   // See whether the file is there
1158   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1159   lun=fopen(filtmp,"r");
1160   delete [] filtmp;
1161   if(!lun) {
1162     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1163     return;
1164   }
1165   //
1166   if(fDebug) {
1167     printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1168     printf(" *%59s\n","*");
1169     printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1170     printf(" *%59s\n","*");
1171   }
1172   //
1173   while(1) {
1174     // Initialise cuts and flags
1175     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1176     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1177     itmed=0;
1178     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1179     // Read up to the end of line excluded
1180     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1181     if(iret<0) {
1182       //End of file
1183       fclose(lun);
1184       if(fDebug){
1185         printf(" *%59s\n","*");
1186         printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1187       }
1188       return;
1189     }
1190     // Read the end of line
1191     fscanf(lun,"%*c");
1192     if(!iret) continue;
1193     if(line[0]=='*') continue;
1194     // Read the numbers
1195     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1196                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1197                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1198                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1199     if(!iret) continue;
1200     if(iret<0) {
1201       //reading error
1202       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1203       continue;
1204     }
1205     // Check that the module exist
1206     AliModule *mod = GetModule(detName);
1207     if(mod) {
1208       // Get the array of media numbers
1209       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1210       // Check that the tracking medium code is valid
1211       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1212         ktmed=idtmed[itmed];
1213         if(!ktmed) {
1214           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1215           continue;
1216         }
1217         // Set energy thresholds
1218         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1219           if(cut[kz]>=0) {
1220             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1221                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1222             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1223           }
1224         }
1225         // Set transport mechanisms
1226         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1227           if(flag[kz]>=0) {
1228             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1229                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1230             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1231           }
1232         }
1233       } else {
1234         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1235         continue;
1236       }
1237     } else {
1238       if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
1239       continue;
1240     }
1241   }
1242 }
1243
1244
1245 //_____________________________________________________________________________
1246 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
1247 {
1248   //
1249   //  Create the ROOT trees
1250   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1251   //
1252
1253   char hname[30];
1254   //
1255   // Analyse options
1256   const char *oK = strstr(option,"K");
1257   const char *oH = strstr(option,"H");
1258   const char *oE = strstr(option,"E");
1259   const char *oD = strstr(option,"D");
1260   const char *oR = strstr(option,"R");
1261   const char *oS = strstr(option,"S");
1262   //
1263
1264   TDirectory *cwd = gDirectory;
1265
1266   TBranch *branch = 0;
1267
1268   if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
1269
1270   if (oE && !fTreeE) {
1271     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1272     //    branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);
1273     branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);
1274     branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1275     TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
1276     if (folder) folder->Add(fHeader);
1277 //    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
1278 //    branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1279 //    if (folder) folder->Add(fStack);
1280     fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
1281   }
1282
1283   if (file && branch) {
1284     char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1285     sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
1286     branch->SetFile(outFile);
1287     TIter next( branch->GetListOfBranches());
1288     while ((branch=(TBranch*)next())) {
1289        branch->SetFile(outFile);
1290     }
1291     if (GetDebug()>1)
1292         printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
1293     cwd->cd();
1294     delete outFile;
1295   }
1296
1297   if (oH && !fTreeH) {
1298     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1299     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1300     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1301     fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
1302   }
1303   if (oD && !fTreeD) {
1304     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1305     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1306     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1307   }
1308   if (oS && !fTreeS) {
1309     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1310     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1311     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1312   }
1313   if (oR && !fTreeR) {
1314     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1315     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1316     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1317   }
1318
1319   //
1320   // Create a branch for hits/digits for each detector
1321   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1322   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1323   TIter next(fModules);
1324   AliModule *detector;
1325   while((detector = (AliModule*)next())) {
1326      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1327   }
1328 }
1329
1330 //_____________________________________________________________________________
1331 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1332 {
1333     return fStack->Particle(i);
1334 }
1335
1336 //_____________________________________________________________________________
1337 void AliRun::BeginEvent()
1338 {
1339     // Clean-up previous event
1340     // Energy scores
1341     fEventEnergy.Reset();
1342     // Clean detector information
1343     CleanDetectors();
1344     // Reset stack info
1345     fStack->Reset();
1346
1347
1348   //
1349   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1350   //
1351   char hname[30];
1352   //
1353   // Initialise event header
1354   fHeader->Reset(fRun,fEvent,fEventNrInRun);
1355   //
1356   fStack->BeginEvent(fEvent);
1357
1358   //
1359   if(fLego) {
1360     fLego->BeginEvent();
1361     return;
1362   }
1363
1364   //
1365
1366   ResetHits();
1367   ResetDigits();
1368   ResetSDigits();
1369
1370
1371   if(fTreeH) {
1372     fTreeH->Reset();
1373     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1374     fTreeH->SetName(hname);
1375   }
1376   if(fTreeD) {
1377     fTreeD->Reset();
1378     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1379     fTreeD->SetName(hname);
1380     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1381   }
1382   if(fTreeS) {
1383     fTreeS->Reset();
1384     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1385     fTreeS->SetName(hname);
1386     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1387   }
1388   if(fTreeR) {
1389     fTreeR->Reset();
1390     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1391     fTreeR->SetName(hname);
1392     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1393   }
1394 }
1395 //_____________________________________________________________________________
1396 void AliRun::ResetDigits()
1397 {
1398   //
1399   //  Reset all Detectors digits
1400   //
1401   TIter next(fModules);
1402   AliModule *detector;
1403   while((detector = (AliModule*)next())) {
1404      detector->ResetDigits();
1405   }
1406 }
1407
1408 //_____________________________________________________________________________
1409 void AliRun::ResetSDigits()
1410 {
1411   //
1412   //  Reset all Detectors digits
1413   //
1414   TIter next(fModules);
1415   AliModule *detector;
1416   while((detector = (AliModule*)next())) {
1417      detector->ResetSDigits();
1418   }
1419 }
1420
1421 //_____________________________________________________________________________
1422 void AliRun::ResetHits()
1423 {
1424   //
1425   //  Reset all Detectors hits
1426   //
1427   TIter next(fModules);
1428   AliModule *detector;
1429   while((detector = (AliModule*)next())) {
1430      detector->ResetHits();
1431   }
1432 }
1433
1434 //_____________________________________________________________________________
1435 void AliRun::ResetPoints()
1436 {
1437   //
1438   // Reset all Detectors points
1439   //
1440   TIter next(fModules);
1441   AliModule *detector;
1442   while((detector = (AliModule*)next())) {
1443      detector->ResetPoints();
1444   }
1445 }
1446
1447 //_____________________________________________________________________________
1448 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1449 {
1450   //
1451   // Main function to be called to process a galice run
1452   // example
1453   //    Root > gAlice.Run();
1454   // a positive number of events will cause the finish routine
1455   // to be called
1456   //
1457     fEventsPerRun = nevent;
1458   // check if initialisation has been done
1459   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1460
1461   // Create the Root Tree with one branch per detector
1462
1463    MakeTree("ESDR");
1464
1465   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1466      MakeTree("K","Kine.root");
1467      MakeTree("H","Hits.root");
1468   } else {
1469      MakeTree("KH");
1470   }
1471
1472   gMC->ProcessRun(nevent);
1473
1474   // End of this run, close files
1475   if(nevent>0) FinishRun();
1476 }
1477
1478 //_____________________________________________________________________________
1479 void AliRun::RunReco(const char *selected, Int_t first, Int_t last)
1480 {
1481   //
1482   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1483   //
1484    cout << "Found "<< gAlice->TreeE()->GetEntries() << "events" << endl;
1485    Int_t nFirst = first;
1486    Int_t nLast  = (last < 0)? (Int_t) gAlice->TreeE()->GetEntries() : last;
1487
1488    for (Int_t nevent = nFirst; nevent <= nLast; nevent++) {
1489      cout << "Processing event "<< nevent << endl;
1490      GetEvent(nevent);
1491      // MakeTree("R");
1492      Digits2Reco(selected);
1493    }
1494 }
1495
1496 //_____________________________________________________________________________
1497
1498 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1499 {
1500
1501    // Convert Hits to sumable digits
1502    //
1503    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1504      GetEvent(nevent);
1505     // MakeTree("D");
1506      Hits2SDigits(selected);
1507      SDigits2Digits(selected);
1508    }
1509 }
1510
1511
1512 //_____________________________________________________________________________
1513
1514 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1515 {
1516   //
1517   // Function to transform the content of
1518   //
1519   // - TreeH to TreeS (option "S")
1520   // - TreeS to TreeD (option "D")
1521   // - TreeD to TreeR (option "R")
1522   //
1523   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1524   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1525   // can contain blank separated list of detector names).
1526
1527
1528    const char *oS = strstr(option,"S");
1529    const char *oD = strstr(option,"D");
1530    const char *oR = strstr(option,"R");
1531
1532    TObjArray *detectors = Detectors();
1533
1534    TIter next(detectors);
1535
1536    AliDetector *detector = 0;
1537
1538    TDirectory *cwd = gDirectory;
1539
1540    char outFile[32];
1541
1542    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1543      if (selected)
1544        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1545      if (detector->IsActive()){
1546        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1547           if (oS) {
1548             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1549             detector->MakeBranch("S",outFile);
1550           }
1551           if (oD) {
1552             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1553             detector->MakeBranch("D",outFile);
1554           }
1555           if (oR) {
1556             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1557             detector->MakeBranch("R",outFile);
1558           }
1559        } else {
1560           detector->MakeBranch(option);
1561        }
1562
1563        cwd->cd();
1564
1565        if (oS) {
1566           cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1567           detector->Hits2SDigits();
1568        }
1569        if (oD) {
1570           cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1571           detector->SDigits2Digits();
1572        }
1573        if (oR) {
1574           cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1575           detector->Digits2Reco();
1576        }
1577
1578        cwd->cd();
1579      }
1580    }
1581 }
1582
1583
1584 //_____________________________________________________________________________
1585 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1586                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1587                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1588 {
1589   //
1590   // Generates lego plots of:
1591   //    - radiation length map phi vs theta
1592   //    - radiation length map phi vs eta
1593   //    - interaction length map
1594   //    - g/cm2 length map
1595   //
1596   //  ntheta    bins in theta, eta
1597   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1598   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1599   //  nphi      bins in phi
1600   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1601   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1602   //  rmin      minimum radius
1603   //  rmax      maximum radius
1604   //
1605   //
1606   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1607   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1608   //
1609   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1610   //Begin_Html
1611   /*
1612     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1613   */
1614   //End_Html
1615   //Begin_Html
1616   /*
1617     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1618   */
1619   //End_Html
1620   //Begin_Html
1621   /*
1622     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1623   */
1624   //End_Html
1625   //
1626
1627   // check if initialisation has been done
1628   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1629   //Save current generator
1630   AliGenerator *gen=Generator();
1631
1632   // Set new generator
1633   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1634   ResetGenerator(gener);
1635   //
1636   // Configure Generator
1637   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1638   gener->SetZMax(zmax);
1639   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1640   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1641
1642
1643   //Create Lego object
1644   fLego = new AliLego("lego",gener);
1645
1646   //Prepare MC for Lego Run
1647   gMC->InitLego();
1648
1649   //Run Lego Object
1650
1651   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1652
1653   // Create only the Root event Tree
1654   MakeTree("E");
1655
1656   // End of this run, close files
1657   FinishRun();
1658   // Restore current generator
1659   ResetGenerator(gen);
1660   // Delete Lego Object
1661   delete fLego; fLego=0;
1662 }
1663
1664 //_____________________________________________________________________________
1665 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1666 {
1667   //
1668   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1669   // the run
1670   //
1671   fConfigFunction=config;
1672 }
1673
1674 //_____________________________________________________________________________
1675 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1676 {
1677   //
1678   // Set current track number
1679   //
1680     fStack->SetCurrentTrack(track);
1681 }
1682
1683 //_____________________________________________________________________________
1684 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1685                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1686                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
1687 {
1688 // Delegate to stack
1689 //
1690     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1691                      mech, ntr, weight, is);
1692 }
1693
1694 //_____________________________________________________________________________
1695 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1696                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1697                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1698                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1699                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is)
1700 {
1701   // Delegate to stack
1702   //
1703     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1704                    polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
1705
1706 }
1707
1708 //_____________________________________________________________________________
1709 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
1710 {
1711     //
1712     // Set high water mark for last track in event
1713     fStack->SetHighWaterMark(nt);
1714 }
1715
1716 //_____________________________________________________________________________
1717 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1718 {
1719   //
1720   // Delegate to stack
1721   //
1722     fStack->KeepTrack(track);
1723 }
1724
1725 //_____________________________________________________________________________
1726 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1727 {
1728   //
1729   // Called at every step during transport
1730   //
1731
1732   //
1733   // --- If lego option, do it and leave
1734   if (fLego)
1735     fLego->StepManager();
1736   else {
1737     Int_t copy;
1738     //Update energy deposition tables
1739     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1740
1741     //Call the appropriate stepping routine;
1742     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1743     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
1744       fMCQA->StepManager(id);
1745       det->StepManager();
1746     }
1747   }
1748 }
1749
1750 //_____________________________________________________________________________
1751 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1752 {
1753   // Stream an object of class AliRun.
1754
1755   if (R__b.IsReading()) {
1756     if (!gAlice) gAlice = this;
1757
1758     AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
1759     //
1760     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1761
1762     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1763     if (fTreeE) {
1764           fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
1765     }
1766
1767     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1768     fTreeE->GetEntry(0);
1769
1770     gRandom = fRandom;
1771   } else {
1772     AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
1773   }
1774 }
1775
1776
1777 //___________________________________________________________________________
1778 Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
1779   //
1780   // Returns current track
1781   //
1782   return fStack->CurrentTrack();
1783 }
1784
1785 //___________________________________________________________________________
1786 Int_t AliRun::GetNtrack() const {
1787   //
1788   // Returns number of tracks in stack
1789   //
1790   return fStack->GetNtrack();
1791 }
1792
1793 //___________________________________________________________________________
1794 TObjArray* AliRun::Particles() {
1795   //
1796   // Returns pointer to Particles array
1797   //
1798   return fStack->Particles();
1799 }
1800
1801 //___________________________________________________________________________
1802 TTree* AliRun::TreeK() {
1803   //
1804   // Returns pointer to the TreeK array
1805   //
1806   return fStack->TreeK();
1807 }
1808
1809
1810 void AliRun::SetGenEventHeader(AliGenEventHeader* header)
1811 {
1812     fHeader->SetGenEventHeader(header);
1813 }