STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.66  2001/05/22 14:32:40  hristov
  19 Weird inline removed
  20
  21 Revision 1.65  2001/05/21 17:22:51  buncic
  22 Fixed problem with missing AliConfig while reading galice.root
  23
  24 Revision 1.64  2001/05/16 14:57:22  alibrary
  25 New files for folders and Stack
  26
  27 Revision 1.62  2001/04/06 11:12:33  morsch
  28 Clear fParticles after each event. (Ivana Hrivnacova)
  29
  30 Revision 1.61  2001/03/30 07:04:10  morsch
  31 Call fGenerator->FinishRun() for final print-outs, cross-section and weight calculations.
  32
  33 Revision 1.60  2001/03/21 18:22:30  hristov
  34 fParticleFileMap fix (I.Hrivnacova)
  35
  36 Revision 1.59  2001/03/12 17:47:03  hristov
  37 Changes needed on Sun with CC 5.0
  38
  39 Revision 1.58  2001/03/09 14:27:26  morsch
  40 Fix for multiple events per file: inhibit decrease of size of  fParticleFileMap.
  41
  42 Revision 1.57  2001/02/23 17:40:23  buncic
  43 All trees needed for simulation created in RunMC(). TreeR and its branches
  44 are now created in new RunReco() method.
  45
  46 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  47 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  48
  49 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  50 Removed OpenBaseFile().
  51
  52 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  53 Remove default value for argument
  54
  55 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  56 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  57
  58 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  59 Added TreeS to GetEvent().
  60
  61 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  62 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  63
  64 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  65 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  66
  67 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  68 Major upgrade of AliRoot code
  69
  70 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  71 Corrections to destructors
  72
  73 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  74 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  75 SetField().
  76 Example:
  77 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  78
  79 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  80 galice.cuts was not read any more
  81
  82 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  83 Introducing new Rndm and QA classes
  84
  85 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  86 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  87 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  88
  89 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  90 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  91
  92 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  93 Removal of useless dependecies via forward declarations
  94
  95 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  96 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  97
  98 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  99 Coding convention correction and warning removal
 100
 101 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
 102 Coding convention corrections + few minor bug fixes
 103
 104 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
 105 Writing down the TREE headers before job starts
 106
 107 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
 108 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
 109
 110 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
 111 Only one initializer for a default argument
 112
 113 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
 114 Delete only existent objects.
 115
 116 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
 117 Delete Particle Factory properly
 118
 119 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
 120 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
 121
 122 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
 123 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
 124
 125 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
 126 Changes in Lego for G4 compatibility
 127
 128 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 129 Introduce variable Config.C function signature
 130
 131 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 132 G4 compatibility changes
 133
 134 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 135 Workaround for an HP compiler problem
 136
 137 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 138 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 139
 140 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 141 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 142
 143 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 144 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 145 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 146
 147 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 148 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 149
 150 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 151 Fixing previous wrong checking
 152
 153 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 154 Fixing daughters information also in primary tracks
 155
 156 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 157 Adding protection against inconsistent Euclid files
 158
 159 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 160 Introduction of the Copyright and cvs Log
 161
 162 */
 163
 164 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 165 //                                                                           //
 166 //  Control class for Alice C++                                              //
 167 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 168 //  The object is created in main program aliroot                            //
 169 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 170 //                                                                           //
 171 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 172 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 173 //   -Supports the Trees.                                                    //
 174 //   -Supports the geometry.                                                 //
 175 //   -Supports the event display.                                            //
 176 //Begin_Html
 177 /*
 178 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 179 */
 180 //End_Html
 181 //Begin_Html
 182 /*
 183 <img src="picts/alirun.gif">
 184 */
 185 //End_Html
 186 //                                                                           //
 187 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 188
 189 #include <stdlib.h>
 190 #include <stdio.h>
 191 #include <string.h>
 192 #include <iostream.h>
 193
 194 #include <TFile.h>
 195 #include <TRandom.h>
 196 #include <TBRIK.h>
 197 #include <TNode.h>
 198 #include <TCint.h>
 199 #include <TSystem.h>
 200 #include <TObjectTable.h>
 201 #include <TTree.h>
 202 #include <TGeometry.h>
 203 #include <TROOT.h>
 204 #include <TBrowser.h>
 205 #include <TFolder.h>
 206
 207 #include "TParticle.h"
 208 #include "AliRun.h"
 209 #include "AliDisplay.h"
 210 #include "AliMC.h"
 211 #include "AliLego.h"
 212 #include "AliMagFC.h"
 213 #include "AliMagFCM.h"
 214 #include "AliMagFDM.h"
 215 #include "AliHit.h"
 216 #include "TRandom3.h"
 217 #include "AliMCQA.h"
 218 #include "AliGenerator.h"
 219 #include "AliLegoGenerator.h"
 220 #include "AliConfig.h"
 221 #include "AliStack.h"
 222 #include "AliGenEventHeader.h"
 223 #include "AliHeader.h"
 224
 225 #include "AliDetector.h"
 226
 227 AliRun *gAlice;
 228
 229 ClassImp(AliRun)
 230
 231 //_____________________________________________________________________________
 232 AliRun::AliRun()
 233 {
 234   //
 235   // Default constructor for AliRun
 236   //
 237   fHeader    = 0;
 238   fRun       = 0;
 239   fEvent     = 0;
 240   fStack     = 0;
 241   fModules   = 0;
 242   fGenerator = 0;
 243   fTreeD     = 0;
 244   fTreeH     = 0;
 245   fTreeE     = 0;
 246   fTreeR     = 0;
 247   fTreeS     = 0;
 248   fGeometry  = 0;
 249   fDisplay   = 0;
 250   fField     = 0;
 251   fMC        = 0;
 252   fNdets     = 0;
 253   fImedia    = 0;
 254   fTrRmax    = 1.e10;
 255   fTrZmax    = 1.e10;
 256   fInitDone  = kFALSE;
 257   fLego      = 0;
 258   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 259   fHitLists  = 0;
 260   fConfigFunction    = "\0";
 261   fRandom = 0;
 262   fMCQA = 0;
 263   fTransParName = "\0";
 264   fBaseFileName = ".\0";
 265   fDebug        = 0;
 266 }
 267
 268 //_____________________________________________________________________________
 269 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 270   : TNamed(name,title)
 271 {
 272   //
 273   //  Constructor for the main processor.
 274   //  Creates the geometry
 275   //  Creates the list of Detectors.
 276   //  Creates the list of particles.
 277   //
 278   Int_t i;
 279
 280   gAlice     = this;
 281   fTreeD     = 0;
 282   fTreeH     = 0;
 283   fTreeE     = 0;
 284   fTreeR     = 0;
 285   fTreeS     = 0;
 286   fTrRmax    = 1.e10;
 287   fTrZmax    = 1.e10;
 288   fGenerator = 0;
 289   fInitDone  = kFALSE;
 290   fLego      = 0;
 291   fField     = 0;
 292   fConfigFunction    = "Config();";
 293
 294   // Set random number generator
 295   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 296
 297   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 298      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 299   }
 300
 301   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 302   //
 303   // Particle stack
 304   fStack = new AliStack(10000);
 305   // create the support list for the various Detectors
 306   fModules = new TObjArray(77);
 307   //
 308   // Create the TNode geometry for the event display
 309
 310   BuildSimpleGeometry();
 311
 312   fHeader    = new AliHeader();
 313   fRun       = 0;
 314   fEvent     = 0;
 315   //
 316   fDisplay = 0;
 317   //
 318   // Create default mag field
 319   SetField();
 320   //
 321   fMC      = gMC;
 322   //
 323   // Prepare the tracking medium lists
 324   fImedia = new TArrayI(1000);
 325   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 326   //
 327   // Make particles
 328   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 329
 330   AliConfig::Instance()->Add(fPDGDB);
 331   //
 332   // Create HitLists list
 333   fHitLists  = new TList();
 334   //
 335   SetTransPar();
 336   fBaseFileName = ".\0";
 337   //
 338   fDebug        = 0;
 339 }
 340
 341
 342 //_____________________________________________________________________________
 343 AliRun::~AliRun()
 344 {
 345   //
 346   // Default AliRun destructor
 347   //
 348   delete fImedia;
 349   delete fField;
 350   delete fMC;
 351   delete fGeometry;
 352   delete fDisplay;
 353   delete fGenerator;
 354   delete fLego;
 355   delete fTreeD;
 356   delete fTreeH;
 357   delete fTreeE;
 358   delete fTreeR;
 359   delete fTreeS;
 360   if (fModules) {
 361     fModules->Delete();
 362     delete fModules;
 363   }
 364   delete fStack;
 365   delete fHitLists;
 366   delete fPDGDB;
 367   delete fMCQA;
 368   delete fHeader;
 369 }
 370
 371 //_____________________________________________________________________________
 372 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 373 {
 374   //
 375   //  Add a hit to detector id
 376   //
 377   TObjArray &dets = *fModules;
 378   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 379 }
 380
 381 //_____________________________________________________________________________
 382 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 383 {
 384   //
 385   // Add digit to detector id
 386   //
 387   TObjArray &dets = *fModules;
 388   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 389 }
 390
 391 //_____________________________________________________________________________
 392 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 393 {
 394   //
 395   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 396   // of the Root browser.
 397   // It displays the Root Trees and all detectors.
 398   //
 399   if(!fStack) fStack=fHeader->Stack();
 400   TTree*  pTreeK = fStack->TreeK();
 401
 402   if (pTreeK) b->Add(pTreeK,pTreeK->GetName());
 403   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 404   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 405   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 406   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 407   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 408
 409   TIter next(fModules);
 410   AliModule *detector;
 411   while((detector = (AliModule*)next())) {
 412     b->Add(detector,detector->GetName());
 413   }
 414   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 415 }
 416
 417 //_____________________________________________________________________________
 418 void AliRun::Build()
 419 {
 420   //
 421   // Initialize Alice geometry
 422   // Dummy routine
 423   //
 424 }
 425
 426 //_____________________________________________________________________________
 427 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 428 {
 429   //
 430   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 431   //
 432   // Initialise geometry
 433   //
 434   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 435   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 436   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 437   brik->SetVisibility(0);
 438   new TNode("alice","alice","S_alice");
 439 }
 440
 441 //_____________________________________________________________________________
 442 void AliRun::CleanDetectors()
 443 {
 444   //
 445   // Clean Detectors at the end of event
 446   //
 447   TIter next(fModules);
 448   AliModule *detector;
 449   while((detector = (AliModule*)next())) {
 450     detector->FinishEvent();
 451   }
 452 }
 453
 454 //_____________________________________________________________________________
 455 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 456 {
 457   //
 458   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 459   // Dummy routine
 460   //
 461   return 9999;
 462 }
 463
 464 //_____________________________________________________________________________
 465 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 466 {
 467   //
 468   // Dumps particle i in the stack
 469   //
 470     fStack->DumpPart(i);
 471 }
 472
 473 //_____________________________________________________________________________
 474 void AliRun::DumpPStack () const
 475 {
 476   //
 477   // Dumps the particle stack
 478   //
 479     fStack->DumpPStack();
 480 }
 481
 482 //_____________________________________________________________________________
 483 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 484 {
 485     // Set Magnetic Field Map
 486     fField = magField;
 487     fField->ReadField();
 488 }
 489
 490 //_____________________________________________________________________________
 491 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 492                       Float_t maxField, char* filename)
 493 {
 494   //
 495   //  Set magnetic field parameters
 496   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 497   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 498   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 499   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 500
 501   //
 502   // --- Sanity check on mag field flags
 503   if(fField) delete fField;
 504   if(version==1) {
 505     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 506   } else if(version<=2) {
 507     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 508     fField->ReadField();
 509   } else if(version==3) {
 510     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 511     fField->ReadField();
 512   } else {
 513     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 514   }
 515 }
 516
 517 //_____________________________________________________________________________
 518 void AliRun::PreTrack()
 519 {
 520      TObjArray &dets = *fModules;
 521      AliModule *module;
 522
 523      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 524        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 525          module->PreTrack();
 526
 527      fMCQA->PreTrack();
 528 }
 529
 530 //_____________________________________________________________________________
 531 void AliRun::PostTrack()
 532 {
 533      TObjArray &dets = *fModules;
 534      AliModule *module;
 535
 536      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 537        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 538          module->PostTrack();
 539 }
 540
 541 //_____________________________________________________________________________
 542 void AliRun::FinishPrimary()
 543 {
 544   //
 545   // Called  at the end of each primary track
 546   //
 547
 548   //  static Int_t count=0;
 549   //  const Int_t times=10;
 550   // This primary is finished, purify stack
 551   fStack->PurifyKine();
 552
 553   TIter next(fModules);
 554   AliModule *detector;
 555   while((detector = (AliModule*)next())) {
 556     detector->FinishPrimary();
 557   }
 558
 559   // Write out hits if any
 560   if (gAlice->TreeH()) {
 561     gAlice->TreeH()->Fill();
 562   }
 563
 564   //
 565   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 566 }
 567
 568 //_____________________________________________________________________________
 569 void AliRun::BeginPrimary()
 570 {
 571   //
 572   // Called  at the beginning of each primary track
 573   //
 574
 575   // Reset Hits info
 576   gAlice->ResetHits();
 577
 578 }
 579
 580 //_____________________________________________________________________________
 581 void AliRun::FinishEvent()
 582 {
 583   //
 584   // Called at the end of the event.
 585   //
 586
 587   //
 588   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 589
 590   //Update the energy deposit tables
 591   Int_t i;
 592   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 593     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 594     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 595   }
 596
 597
 598
 599   // Update Header information
 600
 601   fHeader->SetNprimary(fStack->GetNprimary());
 602   fHeader->SetNtrack(fStack->GetNtrack());
 603
 604
 605   // Write out the kinematics
 606   fStack->FinishEvent();
 607
 608   // Write out the event Header information
 609   if (fTreeE) {
 610       fHeader->SetStack(fStack);
 611       fTreeE->Fill();
 612   }
 613
 614
 615   // Write Tree headers
 616   TTree* pTreeK = fStack->TreeK();
 617   if (pTreeK) pTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 618   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 619
 620   ++fEvent;
 621 }
 622
 623 //_____________________________________________________________________________
 624 void AliRun::FinishRun()
 625 {
 626   //
 627   // Called at the end of the run.
 628   //
 629
 630   //
 631   if(fLego) fLego->FinishRun();
 632
 633   // Clean detector information
 634   TIter next(fModules);
 635   AliModule *detector;
 636   while((detector = (AliModule*)next())) {
 637     detector->FinishRun();
 638   }
 639
 640   //Output energy summary tables
 641   EnergySummary();
 642
 643   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 644
 645   file->cd();
 646
 647   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 648
 649   // Write AliRun info and all detectors parameters
 650   Write(0,TObject::kOverwrite);
 651
 652   // Clean tree information
 653
 654   fStack->FinishRun();
 655
 656   if (fTreeH) {
 657     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 658   }
 659   if (fTreeD) {
 660     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 661   }
 662   if (fTreeR) {
 663     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 664   }
 665   if (fTreeE) {
 666     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 667   }
 668   if (fTreeS) {
 669     delete fTreeS; fTreeS = 0;
 670   }
 671
 672   // Close output file
 673   file->Write();
 674 }
 675
 676 //_____________________________________________________________________________
 677 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 678 {
 679   // Delegate to stack
 680   //
 681     fStack->FlagTrack(track);
 682 }
 683
 684 //_____________________________________________________________________________
 685 void AliRun::EnergySummary()
 686 {
 687   //
 688   // Print summary of deposited energy
 689   //
 690
 691   Int_t ndep=0;
 692   Float_t edtot=0;
 693   Float_t ed, ed2;
 694   Int_t kn, i, left, j, id;
 695   const Float_t kzero=0;
 696   Int_t ievent=fHeader->GetEvent()+1;
 697   //
 698   // Energy loss information
 699   if(ievent) {
 700     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 701     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 702       ed=fSummEnergy[kn];
 703       if(ed>0) {
 704         fEventEnergy[ndep]=kn;
 705         if(ievent>1) {
 706           ed=ed/ievent;
 707           ed2=fSum2Energy[kn];
 708           ed2=ed2/ievent;
 709           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 710         } else
 711           ed2=99;
 712         fSummEnergy[ndep]=ed;
 713         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 714         edtot+=ed;
 715         ndep++;
 716       }
 717     }
 718     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 719       left=ndep-kn*3;
 720       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 721         j=kn*3+i;
 722         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 723         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 724       }
 725       printf("\n");
 726     }
 727     //
 728     // Relative energy loss in different detectors
 729     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 730     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 731     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 732       left=ndep-kn*5;
 733       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 734         j=kn*5+i;
 735         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 736         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 737       }
 738       printf("\n");
 739     }
 740     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 741     printf("\n");
 742   }
 743   //
 744   // Reset the TArray's
 745   //  fEventEnergy.Set(0);
 746   //  fSummEnergy.Set(0);
 747   //  fSum2Energy.Set(0);
 748 }
 749
 750 //_____________________________________________________________________________
 751 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 752 {
 753   //
 754   // Return pointer to detector from name
 755   //
 756   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 757 }
 758
 759 //_____________________________________________________________________________
 760 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 761 {
 762   //
 763   // Return pointer to detector from name
 764   //
 765   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 766 }
 767
 768 //_____________________________________________________________________________
 769 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 770 {
 771   //
 772   // Return galice internal detector identifier from name
 773   //
 774   Int_t i=-1;
 775   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 776   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 777   return i;
 778 }
 779
 780 //_____________________________________________________________________________
 781 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 782 {
 783   //
 784   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 785   // Set branch addresses
 786   //
 787
 788   // Reset existing structures
 789   ResetHits();
 790   ResetDigits();
 791   ResetSDigits();
 792
 793   // Delete Trees already connected
 794   if (fTreeH) delete fTreeH;
 795   if (fTreeD) delete fTreeD;
 796   if (fTreeR) delete fTreeR;
 797   if (fTreeS) delete fTreeS;
 798
 799  // Create the particle stack
 800   if (fHeader) delete fHeader;
 801   fHeader = 0;
 802
 803   // Get header from file
 804   if(fTreeE) {
 805       fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
 806       fTreeE->GetEntry(event);
 807   }
 808   else
 809       Error("GetEvent","Cannot find Header Tree (TE)\n");
 810
 811   // Get the stack from the header
 812   if (fStack) delete fStack;
 813   fStack = fHeader->Stack();
 814   fStack->GetEvent(event);
 815   //
 816   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 817   char treeName[20];
 818   file->cd();
 819
 820   // Get Hits Tree header from file
 821   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 822   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 823   if (!fTreeH) {
 824     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 825   }
 826
 827   // Get Digits Tree header from file
 828   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 829   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 830   if (!fTreeD) {
 831     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 832   }
 833
 834   file->cd();
 835
 836   // Get SDigits Tree header from file
 837   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 838   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 839   if (!fTreeS) {
 840     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 841   }
 842
 843   file->cd();
 844
 845   // Get Reconstruct Tree header from file
 846   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 847   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 848   if (!fTreeR) {
 849     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 850   }
 851
 852   file->cd();
 853
 854   // Set Trees branch addresses
 855   TIter next(fModules);
 856   AliModule *detector;
 857   while((detector = (AliModule*)next())) {
 858     detector->SetTreeAddress();
 859   }
 860
 861   return fStack->GetNtrack();
 862 }
 863
 864 //_____________________________________________________________________________
 865 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 866 {
 867   //
 868   // Import Alice geometry from current file
 869   // Return pointer to geometry object
 870   //
 871   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 872   //
 873   // Unlink and relink nodes in detectors
 874   // This is bad and there must be a better way...
 875   //
 876
 877   TIter next(fModules);
 878   AliModule *detector;
 879   while((detector = (AliModule*)next())) {
 880     TList *dnodes=detector->Nodes();
 881     Int_t j;
 882     TNode *node, *node1;
 883     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 884       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 885       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 886       dnodes->Remove(node);
 887       dnodes->AddAt(node1,j);
 888     }
 889   }
 890   return fGeometry;
 891 }
 892
 893 //_____________________________________________________________________________
 894 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 895                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 896                           Float_t &tof)
 897 {
 898   // Delegate to stack
 899   //
 900     fStack->GetNextTrack(mtrack, ipart, pmom, e, vpos, polar, tof);
 901 }
 902
 903 //_____________________________________________________________________________
 904 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
 905 {
 906   //
 907   // return number of primary that has generated track
 908   //
 909     return fStack->GetPrimary(track);
 910 }
 911
 912 //_____________________________________________________________________________
 913 void AliRun::InitMC(const char *setup)
 914 {
 915   //
 916   // Initialize the Alice setup
 917   //
 918
 919   if(fInitDone) {
 920     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
 921     return;
 922   }
 923
 924   gROOT->LoadMacro(setup);
 925   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
 926
 927
 928   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 929
 930   TObject *objfirst, *objlast;
 931
 932   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 933
 934   //
 935   //=================Create Materials and geometry
 936   gMC->Init();
 937
 938   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
 939   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 940
 941    TIter next(fModules);
 942    AliModule *detector;
 943    while((detector = (AliModule*)next())) {
 944       detector->SetTreeAddress();
 945       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 946
 947       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 948       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 949       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 950       while (objfirst) {
 951         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 952         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 953       }
 954    }
 955    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
 956
 957    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 958
 959    //Initialise geometry deposition table
 960    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 961    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 962    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 963
 964    //Compute cross-sections
 965    gMC->BuildPhysics();
 966
 967    //Write Geometry object to current file.
 968    fGeometry->Write();
 969
 970    fInitDone = kTRUE;
 971
 972    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
 973
 974    AliConfig::Instance();
 975    //
 976    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
 977    Write();
 978 }
 979
 980 //_____________________________________________________________________________
 981 void AliRun::MediaTable()
 982 {
 983   //
 984   // Built media table to get from the media number to
 985   // the detector id
 986   //
 987   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 988   //  Int_t ibeg;
 989   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 990   AliModule *det;
 991   //
 992   // For all detectors
 993   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 994     // If detector is defined
 995     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 996         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 997         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 998         // Find max and min material number
 999         if((idt=idtmed[nz])) {
1000           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1001           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1002         }
1003       }
1004       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1005         det->LoMedium() = 0;
1006         det->HiMedium() = 0;
1007       } else {
1008         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1009           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1010                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1011           return;
1012         }
1013         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1014         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1015           (*fImedia)[lz]=kz;
1016         }
1017       }
1018     }
1019   }
1020   //
1021   // Print summary table
1022   printf(" Traking media ranges:\n");
1023   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1024     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1025       ind=i*6+k;
1026       det=(AliModule*)dets[ind];
1027       if(det)
1028         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1029                det->HiMedium());
1030       else
1031         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1032     }
1033     printf("\n");
1034   }
1035 }
1036
1037 //____________________________________________________________________________
1038 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1039 {
1040   //
1041   // Load the event generator
1042   //
1043   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1044 }
1045
1046 //____________________________________________________________________________
1047 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1048 {
1049   //
1050   // Load the event generator
1051   //
1052   if(fGenerator)
1053     if(generator)
1054       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1055               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1056     else
1057       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1058               fGenerator->GetName());
1059   fGenerator = generator;
1060 }
1061
1062 //____________________________________________________________________________
1063 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1064 {
1065   fTransParName = filename;
1066 }
1067
1068 //____________________________________________________________________________
1069 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1070 {
1071   fBaseFileName = filename;
1072 }
1073
1074 //____________________________________________________________________________
1075 void AliRun::ReadTransPar()
1076 {
1077   //
1078   // Read filename to set the transport parameters
1079   //
1080
1081
1082   const Int_t kncuts=10;
1083   const Int_t knflags=11;
1084   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1085   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1086                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1087                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1088                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1089   char line[256];
1090   char detName[7];
1091   char* filtmp;
1092   Float_t cut[kncuts];
1093   Int_t flag[knflags];
1094   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1095   FILE *lun;
1096   //
1097   // See whether the file is there
1098   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1099   lun=fopen(filtmp,"r");
1100   delete [] filtmp;
1101   if(!lun) {
1102     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1103     return;
1104   }
1105   //
1106   if(fDebug) {
1107     printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1108     printf(" *%59s\n","*");
1109     printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1110     printf(" *%59s\n","*");
1111   }
1112   //
1113   while(1) {
1114     // Initialise cuts and flags
1115     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1116     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1117     itmed=0;
1118     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1119     // Read up to the end of line excluded
1120     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1121     if(iret<0) {
1122       //End of file
1123       fclose(lun);
1124       if(fDebug){
1125         printf(" *%59s\n","*");
1126         printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1127       }
1128       return;
1129     }
1130     // Read the end of line
1131     fscanf(lun,"%*c");
1132     if(!iret) continue;
1133     if(line[0]=='*') continue;
1134     // Read the numbers
1135     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1136                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1137                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1138                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1139     if(!iret) continue;
1140     if(iret<0) {
1141       //reading error
1142       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1143       continue;
1144     }
1145     // Check that the module exist
1146     AliModule *mod = GetModule(detName);
1147     if(mod) {
1148       // Get the array of media numbers
1149       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1150       // Check that the tracking medium code is valid
1151       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1152         ktmed=idtmed[itmed];
1153         if(!ktmed) {
1154           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1155           continue;
1156         }
1157         // Set energy thresholds
1158         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1159           if(cut[kz]>=0) {
1160             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1161                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1162             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1163           }
1164         }
1165         // Set transport mechanisms
1166         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1167           if(flag[kz]>=0) {
1168             if(fDebug) printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1169                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1170             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1171           }
1172         }
1173       } else {
1174         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1175         continue;
1176       }
1177     } else {
1178       if(fDebug) printf("%s::ReadTransParModule: %s not present\n",ClassName(),detName);
1179       continue;
1180     }
1181   }
1182 }
1183
1184
1185 //_____________________________________________________________________________
1186 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, const char *file)
1187 {
1188   //
1189   //  Create the ROOT trees
1190   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1191   //
1192
1193   char hname[30];
1194   //
1195   // Analyse options
1196   const char *oK = strstr(option,"K");
1197   const char *oH = strstr(option,"H");
1198   const char *oE = strstr(option,"E");
1199   const char *oD = strstr(option,"D");
1200   const char *oR = strstr(option,"R");
1201   const char *oS = strstr(option,"S");
1202   //
1203
1204   TDirectory *cwd = gDirectory;
1205
1206   TBranch *branch = 0;
1207
1208   if (oK) fStack->MakeTree(fEvent, file);
1209
1210   if (oE && !fTreeE) {
1211     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1212     branch = fTreeE->Branch("Header", "AliHeader", &fHeader, 4000, 0);
1213     branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1214     TFolder *folder = (TFolder *)gROOT->FindObjectAny("/Folders/RunMC/Event/Header");
1215     if (folder) folder->Add(fHeader);
1216 //    branch = fTreeE->Branch("Stack","AliStack", &fStack, 4000, 0);
1217 //    branch->SetAutoDelete(kFALSE);
1218 //    if (folder) folder->Add(fStack);
1219     fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
1220   }
1221
1222   if (file && branch) {
1223     char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1224     sprintf(outFile,"%s/%s",GetBaseFile(),file);
1225     branch->SetFile(outFile);
1226     TIter next( branch->GetListOfBranches());
1227     while ((branch=(TBranch*)next())) {
1228        branch->SetFile(outFile);
1229     }
1230     if (GetDebug()>1)
1231         printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n", branch->GetName(),file);
1232     cwd->cd();
1233     delete outFile;
1234   }
1235
1236   if (oH && !fTreeH) {
1237     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1238     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1239     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1240     fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
1241   }
1242   if (oD && !fTreeD) {
1243     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1244     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1245     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1246   }
1247   if (oS && !fTreeS) {
1248     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1249     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1250     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1251   }
1252   if (oR && !fTreeR) {
1253     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1254     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1255     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1256   }
1257
1258   //
1259   // Create a branch for hits/digits for each detector
1260   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1261   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1262   TIter next(fModules);
1263   AliModule *detector;
1264   while((detector = (AliModule*)next())) {
1265      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1266   }
1267 }
1268
1269 //_____________________________________________________________________________
1270 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1271 {
1272     return fStack->Particle(i);
1273 }
1274
1275 //_____________________________________________________________________________
1276 void AliRun::BeginEvent()
1277 {
1278     // Clean-up previous event
1279     // Energy scores
1280     fEventEnergy.Reset();
1281     // Clean detector information
1282     CleanDetectors();
1283     // Reset stack info
1284     fStack->Reset();
1285
1286
1287   //
1288   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1289   //
1290   char hname[30];
1291   //
1292   // Initialise event header
1293   fHeader->Reset(fRun,fEvent);
1294   //
1295   fStack->BeginEvent(fEvent);
1296
1297   //
1298   if(fLego) {
1299     fLego->BeginEvent();
1300     return;
1301   }
1302
1303   //
1304
1305   ResetHits();
1306   ResetDigits();
1307   ResetSDigits();
1308
1309
1310   if(fTreeH) {
1311     fTreeH->Reset();
1312     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1313     fTreeH->SetName(hname);
1314   }
1315   if(fTreeD) {
1316     fTreeD->Reset();
1317     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1318     fTreeD->SetName(hname);
1319     fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
1320   }
1321   if(fTreeS) {
1322     fTreeS->Reset();
1323     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1324     fTreeS->SetName(hname);
1325     fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
1326   }
1327   if(fTreeR) {
1328     fTreeR->Reset();
1329     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1330     fTreeR->SetName(hname);
1331     fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
1332   }
1333 }
1334 //_____________________________________________________________________________
1335 void AliRun::ResetDigits()
1336 {
1337   //
1338   //  Reset all Detectors digits
1339   //
1340   TIter next(fModules);
1341   AliModule *detector;
1342   while((detector = (AliModule*)next())) {
1343      detector->ResetDigits();
1344   }
1345 }
1346
1347 //_____________________________________________________________________________
1348 void AliRun::ResetSDigits()
1349 {
1350   //
1351   //  Reset all Detectors digits
1352   //
1353   TIter next(fModules);
1354   AliModule *detector;
1355   while((detector = (AliModule*)next())) {
1356      detector->ResetSDigits();
1357   }
1358 }
1359
1360 //_____________________________________________________________________________
1361 void AliRun::ResetHits()
1362 {
1363   //
1364   //  Reset all Detectors hits
1365   //
1366   TIter next(fModules);
1367   AliModule *detector;
1368   while((detector = (AliModule*)next())) {
1369      detector->ResetHits();
1370   }
1371 }
1372
1373 //_____________________________________________________________________________
1374 void AliRun::ResetPoints()
1375 {
1376   //
1377   // Reset all Detectors points
1378   //
1379   TIter next(fModules);
1380   AliModule *detector;
1381   while((detector = (AliModule*)next())) {
1382      detector->ResetPoints();
1383   }
1384 }
1385
1386 //_____________________________________________________________________________
1387 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1388 {
1389   //
1390   // Main function to be called to process a galice run
1391   // example
1392   //    Root > gAlice.Run();
1393   // a positive number of events will cause the finish routine
1394   // to be called
1395   //
1396
1397   // check if initialisation has been done
1398   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1399
1400   // Create the Root Tree with one branch per detector
1401
1402    MakeTree("ESDR");
1403
1404   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1405      MakeTree("K","Kine.root");
1406      MakeTree("H","Hits.root");
1407   } else {
1408      MakeTree("KH");
1409   }
1410
1411   gMC->ProcessRun(nevent);
1412
1413   // End of this run, close files
1414   if(nevent>0) FinishRun();
1415 }
1416
1417 //_____________________________________________________________________________
1418 void AliRun::RunReco(const char *selected)
1419 {
1420   //
1421   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1422   //
1423    cout << "Found "<< gAlice->TreeE()->GetEntries() << "events" << endl;
1424    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1425      cout << "Processing event "<< nevent << endl;
1426      GetEvent(nevent);
1427      // MakeTree("R");
1428      Digits2Reco(selected);
1429    }
1430 }
1431
1432 //_____________________________________________________________________________
1433
1434 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1435 {
1436
1437    // Convert Hits to sumable digits
1438    //
1439    for (Int_t nevent=0; nevent<gAlice->TreeE()->GetEntries(); nevent++) {
1440      GetEvent(nevent);
1441     // MakeTree("D");
1442      Hits2SDigits(selected);
1443      SDigits2Digits(selected);
1444    }
1445 }
1446
1447
1448 //_____________________________________________________________________________
1449
1450 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1451 {
1452   //
1453   // Function to transform the content of
1454   //
1455   // - TreeH to TreeS (option "S")
1456   // - TreeS to TreeD (option "D")
1457   // - TreeD to TreeR (option "R")
1458   //
1459   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1460   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1461   // can contain blank separated list of detector names).
1462
1463
1464    const char *oS = strstr(option,"S");
1465    const char *oD = strstr(option,"D");
1466    const char *oR = strstr(option,"R");
1467
1468    TObjArray *detectors = Detectors();
1469
1470    TIter next(detectors);
1471
1472    AliDetector *detector = 0;
1473
1474    TDirectory *cwd = gDirectory;
1475
1476    char outFile[32];
1477
1478    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1479      if (selected)
1480        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1481      if (detector->IsActive()){
1482        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1483           if (oS) {
1484             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1485             detector->MakeBranch("S",outFile);
1486           }
1487           if (oD) {
1488             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1489             detector->MakeBranch("D",outFile);
1490           }
1491           if (oR) {
1492             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1493             detector->MakeBranch("R",outFile);
1494           }
1495        } else {
1496           detector->MakeBranch(option);
1497        }
1498
1499        cwd->cd();
1500
1501        if (oS) {
1502           cout << "Hits2SDigits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1503           detector->Hits2SDigits();
1504        }
1505        if (oD) {
1506           cout << "SDigits2Digits: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1507           detector->SDigits2Digits();
1508        }
1509        if (oR) {
1510           cout << "Digits2Reco: Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1511           detector->Digits2Reco();
1512        }
1513
1514        cwd->cd();
1515      }
1516    }
1517 }
1518
1519
1520 //_____________________________________________________________________________
1521 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1522                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1523                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1524 {
1525   //
1526   // Generates lego plots of:
1527   //    - radiation length map phi vs theta
1528   //    - radiation length map phi vs eta
1529   //    - interaction length map
1530   //    - g/cm2 length map
1531   //
1532   //  ntheta    bins in theta, eta
1533   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1534   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1535   //  nphi      bins in phi
1536   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1537   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1538   //  rmin      minimum radius
1539   //  rmax      maximum radius
1540   //
1541   //
1542   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1543   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1544   //
1545   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1546   //Begin_Html
1547   /*
1548     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1549   */
1550   //End_Html
1551   //Begin_Html
1552   /*
1553     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1554   */
1555   //End_Html
1556   //Begin_Html
1557   /*
1558     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1559   */
1560   //End_Html
1561   //
1562
1563   // check if initialisation has been done
1564   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1565   //Save current generator
1566   AliGenerator *gen=Generator();
1567
1568   // Set new generator
1569   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1570   ResetGenerator(gener);
1571   //
1572   // Configure Generator
1573   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1574   gener->SetZMax(zmax);
1575   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1576   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1577
1578
1579   //Create Lego object
1580   fLego = new AliLego("lego",gener);
1581
1582   //Prepare MC for Lego Run
1583   gMC->InitLego();
1584
1585   //Run Lego Object
1586
1587   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1588
1589   // Create only the Root event Tree
1590   MakeTree("E");
1591
1592   // End of this run, close files
1593   FinishRun();
1594   // Restore current generator
1595   ResetGenerator(gen);
1596   // Delete Lego Object
1597   delete fLego; fLego=0;
1598 }
1599
1600 //_____________________________________________________________________________
1601 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1602 {
1603   //
1604   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1605   // the run
1606   //
1607   fConfigFunction=config;
1608 }
1609
1610 //_____________________________________________________________________________
1611 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1612 {
1613   //
1614   // Set current track number
1615   //
1616     fStack->SetCurrentTrack(track);
1617 }
1618
1619 //_____________________________________________________________________________
1620 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1621                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1622                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1623 {
1624 // Delegate to stack
1625 //
1626     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1627                      mech, ntr, weight);
1628 }
1629
1630 //_____________________________________________________________________________
1631 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1632                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1633                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1634                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1635                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1636 {
1637   // Delegate to stack
1638   //
1639     fStack->SetTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1640                    polx, poly, polz, mech, ntr, weight);
1641
1642 }
1643
1644 //_____________________________________________________________________________
1645 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
1646 {
1647     //
1648     // Set high water mark for last track in event
1649     fStack->SetHighWaterMark(nt);
1650 }
1651
1652 //_____________________________________________________________________________
1653 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1654 {
1655   //
1656   // Delegate to stack
1657   //
1658     fStack->KeepTrack(track);
1659 }
1660
1661 //_____________________________________________________________________________
1662 void AliRun::StepManager(Int_t id)
1663 {
1664   //
1665   // Called at every step during transport
1666   //
1667
1668   //
1669   // --- If lego option, do it and leave
1670   if (fLego)
1671     fLego->StepManager();
1672   else {
1673     Int_t copy;
1674     //Update energy deposition tables
1675     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
1676
1677     //Call the appropriate stepping routine;
1678     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1679     if(det) {
1680       fMCQA->StepManager(id);
1681       det->StepManager();
1682     }
1683   }
1684 }
1685
1686 //_____________________________________________________________________________
1687 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1688 {
1689    // Stream an object of class AliRun.
1690
1691    if (R__b.IsReading()) {
1692       if (!gAlice) gAlice = this;
1693
1694       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
1695       //
1696       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1697
1698       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1699       if (fTreeE) {
1700           fTreeE->SetBranchAddress("Header", &fHeader);
1701       }
1702
1703       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1704       fTreeE->GetEntry(0);
1705
1706       gRandom = fRandom;
1707    } else {
1708       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
1709    }
1710 }
1711
1712
1713 //___________________________________________________________________________
1714 Int_t AliRun::CurrentTrack() const {
1715   //
1716   // Returns current track
1717   //
1718   return fStack->CurrentTrack();
1719 }
1720
1721 //___________________________________________________________________________
1722 Int_t AliRun::GetNtrack() const {
1723   //
1724   // Returns number of tracks in stack
1725   //
1726   return fStack->GetNtrack();
1727 }
1728
1729 //___________________________________________________________________________
1730 TObjArray* AliRun::Particles() {
1731   //
1732   // Returns pointer to Particles array
1733   //
1734   return fStack->Particles();
1735 }
1736
1737 //___________________________________________________________________________
1738 TTree* AliRun::TreeK() {
1739   //
1740   // Returns pointer to the TreeK array
1741   //
1742   return fStack->TreeK();
1743 }