STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.56  2001/02/14 15:45:20  hristov
  19 Algorithmic way of getting entry index in fParticleMap. Protection of fParticleFileMap (I.Hrivnacova)
  20
  21 Revision 1.55  2001/02/12 15:52:54  buncic
  22 Removed OpenBaseFile().
  23
  24 Revision 1.54  2001/02/07 10:39:05  hristov
  25 Remove default value for argument
  26
  27 Revision 1.53  2001/02/06 11:02:26  hristov
  28 New SetTrack interface added, added check for unfilled particles in FinishEvent (I.Hrivnacova)
  29
  30 Revision 1.52  2001/02/05 16:22:25  buncic
  31 Added TreeS to GetEvent().
  32
  33 Revision 1.51  2001/02/02 15:16:20  morsch
  34 SetHighWaterMark method added to mark last particle in event.
  35
  36 Revision 1.50  2001/01/27 10:32:00  hristov
  37 Leave the loop when primaries are filled (I.Hrivnacova)
  38
  39 Revision 1.49  2001/01/26 19:58:48  hristov
  40 Major upgrade of AliRoot code
  41
  42 Revision 1.48  2001/01/17 10:50:50  hristov
  43 Corrections to destructors
  44
  45 Revision 1.47  2000/12/18 10:44:01  morsch
  46 Possibility to set field map by passing pointer to objet of type AliMagF via
  47 SetField().
  48 Example:
  49 gAlice->SetField(new AliMagFCM("Map2", "$(ALICE_ROOT)/data/field01.dat",2,1.,10.));
  50
  51 Revision 1.46  2000/12/14 19:29:27  fca
  52 galice.cuts was not read any more
  53
  54 Revision 1.45  2000/11/30 07:12:49  alibrary
  55 Introducing new Rndm and QA classes
  56
  57 Revision 1.44  2000/10/26 13:58:59  morsch
  58 Add possibility to choose the lego generator (of type AliGeneratorLego or derived) when running
  59 RunLego(). Default is the base class AliGeneratorLego.
  60
  61 Revision 1.43  2000/10/09 09:43:17  fca
  62 Special remapping of hits for TPC and TRD. End-of-primary action introduced
  63
  64 Revision 1.42  2000/10/02 21:28:14  fca
  65 Removal of useless dependecies via forward declarations
  66
  67 Revision 1.41  2000/07/13 16:19:09  fca
  68 Mainly coding conventions + some small bug fixes
  69
  70 Revision 1.40  2000/07/12 08:56:25  fca
  71 Coding convention correction and warning removal
  72
  73 Revision 1.39  2000/07/11 18:24:59  fca
  74 Coding convention corrections + few minor bug fixes
  75
  76 Revision 1.38  2000/06/20 13:05:45  fca
  77 Writing down the TREE headers before job starts
  78
  79 Revision 1.37  2000/06/09 20:05:11  morsch
  80 Introduce possibility to chose magnetic field version 3: AliMagFDM + field02.dat
  81
  82 Revision 1.36  2000/06/08 14:03:58  hristov
  83 Only one initializer for a default argument
  84
  85 Revision 1.35  2000/06/07 10:13:14  hristov
  86 Delete only existent objects.
  87
  88 Revision 1.34  2000/05/18 10:45:38  fca
  89 Delete Particle Factory properly
  90
  91 Revision 1.33  2000/05/16 13:10:40  fca
  92 New method IsNewTrack and fix for a problem in Father-Daughter relations
  93
  94 Revision 1.32  2000/04/27 10:38:21  fca
  95 Correct termination of Lego Run and introduce Lego getter in AliRun
  96
  97 Revision 1.31  2000/04/26 10:17:32  fca
  98 Changes in Lego for G4 compatibility
  99
 100 Revision 1.30  2000/04/18 19:11:40  fca
 101 Introduce variable Config.C function signature
 102
 103 Revision 1.29  2000/04/07 11:12:34  fca
 104 G4 compatibility changes
 105
 106 Revision 1.28  2000/04/05 06:51:06  fca
 107 Workaround for an HP compiler problem
 108
 109 Revision 1.27  2000/03/22 18:08:07  fca
 110 Rationalisation of the virtual MC interfaces
 111
 112 Revision 1.26  2000/03/22 13:42:26  fca
 113 SetGenerator does not replace an existing generator, ResetGenerator does
 114
 115 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
 116 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
 117 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
 118
 119 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
 120 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 121
 122 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
 123 Fixing previous wrong checking
 124
 125 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
 126 Fixing daughters information also in primary tracks
 127
 128 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
 129 Adding protection against inconsistent Euclid files
 130
 131 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
 132 Introduction of the Copyright and cvs Log
 133
 134 */
 135
 136 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 137 //                                                                           //
 138 //  Control class for Alice C++                                              //
 139 //  Only one single instance of this class exists.                           //
 140 //  The object is created in main program aliroot                            //
 141 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
 142 //                                                                           //
 143 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
 144 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
 145 //   -Supports the Trees.                                                    //
 146 //   -Supports the geometry.                                                 //
 147 //   -Supports the event display.                                            //
 148 //Begin_Html
 149 /*
 150 <img src="picts/AliRunClass.gif">
 151 */
 152 //End_Html
 153 //Begin_Html
 154 /*
 155 <img src="picts/alirun.gif">
 156 */
 157 //End_Html
 158 //                                                                           //
 159 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 160
 161 #include <stdlib.h>
 162 #include <stdio.h>
 163 #include <string.h>
 164 #include <iostream.h>
 165
 166 #include <TFile.h>
 167 #include <TRandom.h>
 168 #include <TBRIK.h>
 169 #include <TNode.h>
 170 #include <TCint.h>
 171 #include <TSystem.h>
 172 #include <TObjectTable.h>
 173 #include <TTree.h>
 174 #include <TGeometry.h>
 175 #include <TROOT.h>
 176 #include "TBrowser.h"
 177
 178 #include "TParticle.h"
 179 #include "AliRun.h"
 180 #include "AliDisplay.h"
 181 #include "AliMC.h"
 182 #include "AliLego.h"
 183 #include "AliMagFC.h"
 184 #include "AliMagFCM.h"
 185 #include "AliMagFDM.h"
 186 #include "AliHit.h"
 187 #include "TRandom3.h"
 188 #include "AliMCQA.h"
 189 #include "AliGenerator.h"
 190 #include "AliLegoGenerator.h"
 191
 192 #include "AliDetector.h"
 193
 194 AliRun *gAlice;
 195
 196 static AliHeader *gAliHeader;
 197
 198 ClassImp(AliRun)
 199
 200 //_____________________________________________________________________________
 201 AliRun::AliRun()
 202 {
 203   //
 204   // Default constructor for AliRun
 205   //
 206   gAliHeader=&fHeader;
 207   fRun       = 0;
 208   fEvent     = 0;
 209   fCurrent   = -1;
 210   fModules = 0;
 211   fGenerator = 0;
 212   fTreeD     = 0;
 213   fTreeK     = 0;
 214   fTreeH     = 0;
 215   fTreeE     = 0;
 216   fTreeR     = 0;
 217   fTreeS     = 0;
 218   fParticles = 0;
 219   fGeometry  = 0;
 220   fDisplay   = 0;
 221   fField     = 0;
 222   fMC       = 0;
 223   fNdets     = 0;
 224   fImedia    = 0;
 225   fTrRmax    = 1.e10;
 226   fTrZmax    = 1.e10;
 227   fInitDone  = kFALSE;
 228   fLego      = 0;
 229   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 230   fHitLists  = 0;
 231   fConfigFunction    = "\0";
 232   fRandom = 0;
 233   fMCQA = 0;
 234   fTransParName = "\0";
 235   fBaseFileName = ".\0";
 236   fParticleBuffer = 0;
 237   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 238 }
 239
 240 //_____________________________________________________________________________
 241 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 242   : TNamed(name,title)
 243 {
 244   //
 245   //  Constructor for the main processor.
 246   //  Creates the geometry
 247   //  Creates the list of Detectors.
 248   //  Creates the list of particles.
 249   //
 250   Int_t i;
 251
 252   gAlice     = this;
 253   fTreeD     = 0;
 254   fTreeK     = 0;
 255   fTreeH     = 0;
 256   fTreeE     = 0;
 257   fTreeR     = 0;
 258   fTreeS     = 0;
 259   fTrRmax    = 1.e10;
 260   fTrZmax    = 1.e10;
 261   fGenerator = 0;
 262   fInitDone  = kFALSE;
 263   fLego      = 0;
 264   fField     = 0;
 265   fConfigFunction    = "Config();";
 266
 267   // Set random number generator
 268   gRandom = fRandom = new TRandom3();
 269
 270   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")) {
 271      gRandom->SetSeed((UInt_t)atoi(gSystem->Getenv("CONFIG_SEED")));
 272   }
 273
 274   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 275   //
 276   // create the support list for the various Detectors
 277   fModules = new TObjArray(77);
 278   //
 279   // Create the TNode geometry for the event display
 280
 281   BuildSimpleGeometry();
 282
 283
 284   fNtrack=0;
 285   fHgwmk=0;
 286   fCurrent=-1;
 287   gAliHeader=&fHeader;
 288   fRun       = 0;
 289   fEvent     = 0;
 290   //
 291   // Create the particle stack
 292   fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 293
 294   fDisplay = 0;
 295   //
 296   // Create default mag field
 297   SetField();
 298   //
 299   fMC      = gMC;
 300   //
 301   // Prepare the tracking medium lists
 302   fImedia = new TArrayI(1000);
 303   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 304   //
 305   // Make particles
 306   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 307   //
 308   // Create HitLists list
 309   fHitLists  = new TList();
 310   //
 311   SetTransPar();
 312   fBaseFileName = ".\0";
 313   fParticleBuffer = 0;
 314   fParticleMap = new TObjArray(10000);
 315 }
 316
 317
 318 //_____________________________________________________________________________
 319 AliRun::~AliRun()
 320 {
 321   //
 322   // Default AliRun destructor
 323   //
 324   delete fImedia;
 325   delete fField;
 326   delete fMC;
 327   delete fGeometry;
 328   delete fDisplay;
 329   delete fGenerator;
 330   delete fLego;
 331   delete fTreeD;
 332   delete fTreeK;
 333   delete fTreeH;
 334   delete fTreeE;
 335   delete fTreeR;
 336   delete fTreeS;
 337   if (fModules) {
 338     fModules->Delete();
 339     delete fModules;
 340   }
 341   if (fParticles) {
 342     fParticles->Delete();
 343     delete fParticles;
 344   }
 345   delete fHitLists;
 346   delete fPDGDB;
 347   delete fMCQA;
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 352 {
 353   //
 354   //  Add a hit to detector id
 355   //
 356   TObjArray &dets = *fModules;
 357   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 358 }
 359
 360 //_____________________________________________________________________________
 361 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 362 {
 363   //
 364   // Add digit to detector id
 365   //
 366   TObjArray &dets = *fModules;
 367   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 368 }
 369
 370 //_____________________________________________________________________________
 371 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 372 {
 373   //
 374   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 375   // of the Root browser.
 376   // It displays the Root Trees and all detectors.
 377   //
 378   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 379   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 380   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 381   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 382   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 383   if (fTreeS) b->Add(fTreeS,fTreeS->GetName());
 384
 385   TIter next(fModules);
 386   AliModule *detector;
 387   while((detector = (AliModule*)next())) {
 388     b->Add(detector,detector->GetName());
 389   }
 390   b->Add(fMCQA,"AliMCQA");
 391 }
 392
 393 //_____________________________________________________________________________
 394 void AliRun::Build()
 395 {
 396   //
 397   // Initialize Alice geometry
 398   // Dummy routine
 399   //
 400 }
 401
 402 //_____________________________________________________________________________
 403 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 404 {
 405   //
 406   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 407   //
 408   // Initialise geometry
 409   //
 410   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 411   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 412   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 413   brik->SetVisibility(0);
 414   new TNode("alice","alice","S_alice");
 415 }
 416
 417 //_____________________________________________________________________________
 418 void AliRun::CleanDetectors()
 419 {
 420   //
 421   // Clean Detectors at the end of event
 422   //
 423   TIter next(fModules);
 424   AliModule *detector;
 425   while((detector = (AliModule*)next())) {
 426     detector->FinishEvent();
 427   }
 428 }
 429
 430 //_____________________________________________________________________________
 431 void AliRun::CleanParents()
 432 {
 433   //
 434   // Clean Particles stack.
 435   // Set parent/daughter relations
 436   //
 437   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 438   TParticle *part;
 439   int i;
 440   for(i=0; i<fHgwmk+1; i++) {
 441     part = (TParticle *)particles.At(i);
 442     if(part) if(!part->TestBit(kDaughtersBit)) {
 443       part->SetFirstDaughter(-1);
 444       part->SetLastDaughter(-1);
 445     }
 446   }
 447 }
 448
 449 //_____________________________________________________________________________
 450 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 451 {
 452   //
 453   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 454   // Dummy routine
 455   //
 456   return 9999;
 457 }
 458
 459 //_____________________________________________________________________________
 460 void AliRun::DumpPart (Int_t i) const
 461 {
 462   //
 463   // Dumps particle i in the stack
 464   //
 465   ((TParticle*) (*fParticleMap)[i])->Print();
 466 }
 467
 468 //_____________________________________________________________________________
 469 void AliRun::DumpPStack () const
 470 {
 471   //
 472   // Dumps the particle stack
 473   //
 474   TObjArray &particles = *fParticleMap;
 475   printf(
 476          "\n\n=======================================================================\n");
 477   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 478     {
 479       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 480       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 481     }
 482   printf(
 483          "\n=======================================================================\n\n");
 484 }
 485
 486 void  AliRun::SetField(AliMagF* magField)
 487 {
 488     // Set Magnetic Field Map
 489     fField = magField;
 490     fField->ReadField();
 491 }
 492
 493 //_____________________________________________________________________________
 494 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 495                       Float_t maxField, char* filename)
 496 {
 497   //
 498   //  Set magnetic field parameters
 499   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 500   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 501   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 502   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 503
 504   //
 505   // --- Sanity check on mag field flags
 506   if(fField) delete fField;
 507   if(version==1) {
 508     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,scale,maxField);
 509   } else if(version<=2) {
 510     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,scale,maxField);
 511     fField->ReadField();
 512   } else if(version==3) {
 513     fField = new AliMagFDM("Map4",filename,type,scale,maxField);
 514     fField->ReadField();
 515   } else {
 516     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 517   }
 518 }
 519
 520 //_____________________________________________________________________________
 521 void AliRun::PreTrack()
 522 {
 523      TObjArray &dets = *fModules;
 524      AliModule *module;
 525
 526      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 527        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 528          module->PreTrack();
 529
 530      fMCQA->PreTrack();
 531 }
 532
 533 //_____________________________________________________________________________
 534 void AliRun::PostTrack()
 535 {
 536      TObjArray &dets = *fModules;
 537      AliModule *module;
 538
 539      for(Int_t i=0; i<=fNdets; i++)
 540        if((module = (AliModule*)dets[i]))
 541          module->PostTrack();
 542 }
 543
 544 //_____________________________________________________________________________
 545 void AliRun::FinishPrimary()
 546 {
 547   //
 548   // Called  at the end of each primary track
 549   //
 550
 551   //  static Int_t count=0;
 552   //  const Int_t times=10;
 553   // This primary is finished, purify stack
 554   PurifyKine();
 555
 556   TIter next(fModules);
 557   AliModule *detector;
 558   while((detector = (AliModule*)next())) {
 559     detector->FinishPrimary();
 560   }
 561
 562   // Write out hits if any
 563   if (gAlice->TreeH()) {
 564     gAlice->TreeH()->Fill();
 565   }
 566
 567   // Reset Hits info
 568   gAlice->ResetHits();
 569
 570   //
 571   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 572 }
 573
 574 //_____________________________________________________________________________
 575 void AliRun::FinishEvent()
 576 {
 577   //
 578   // Called at the end of the event.
 579   //
 580
 581   //
 582   if(fLego) fLego->FinishEvent();
 583
 584   //Update the energy deposit tables
 585   Int_t i;
 586   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++) {
 587     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 588     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 589   }
 590   fEventEnergy.Reset();
 591
 592   // Clean detector information
 593   CleanDetectors();
 594
 595   // Write out the kinematics
 596   if (fTreeK) {
 597     CleanParents();
 598     if(fTreeK->GetEntries() ==0) {
 599       // set the fParticleFileMap size for the first time
 600       fParticleFileMap.Set(fHgwmk+1);
 601     }
 602      //    fTreeK->Fill();
 603     Bool_t allFilled = kFALSE;
 604     TObject *part;
 605     for(i=0; i<fHgwmk+1; ++i) if((part=fParticleMap->At(i))) {
 606       fParticleBuffer = (TParticle*) part;
 607       fParticleFileMap[i]= (Int_t) fTreeK->GetEntries();
 608       fTreeK->Fill();
 609       (*fParticleMap)[i]=0;
 610
 611       // When all primaries were filled no particle!=0
 612       // should be left => to be removed later.
 613       if (allFilled) printf("Why != 0 part # %d?\n",i);
 614     }
 615     else {
 616       // // printf("Why = 0 part # %d?\n",i); => We know.
 617       // break;
 618            // we don't break now in order to be sure there is no
 619            // particle !=0 left.
 620            // To be removed later and replaced with break.
 621       if(!allFilled) allFilled = kTRUE;
 622     }
 623   }
 624
 625   // Set number of tracks to event header
 626   fHeader.SetNtrack(fNtrack);
 627
 628   // Write out the digits
 629   if (fTreeD) {
 630     fTreeD->Fill();
 631     ResetDigits();
 632   }
 633
 634    if (fTreeS) {
 635     fTreeS->Fill();
 636     ResetSDigits();
 637   }
 638
 639   // Write out reconstructed clusters
 640   if (fTreeR) {
 641     fTreeR->Fill();
 642   }
 643
 644   // Write out the event Header information
 645   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 646
 647   // Reset stack info
 648   ResetStack();
 649
 650   // Write Tree headers
 651   if (fTreeK) fTreeK->Write(0,TObject::kOverwrite);
 652   if (fTreeH) fTreeH->Write(0,TObject::kOverwrite);
 653   if (fTreeD) fTreeD->Write(0,TObject::kOverwrite);
 654   if (fTreeR) fTreeR->Write(0,TObject::kOverwrite);
 655   if (fTreeS) fTreeS->Write(0,TObject::kOverwrite);
 656
 657   ++fEvent;
 658 }
 659
 660 //_____________________________________________________________________________
 661 void AliRun::FinishRun()
 662 {
 663   //
 664   // Called at the end of the run.
 665   //
 666
 667   //
 668   if(fLego) fLego->FinishRun();
 669
 670   // Clean detector information
 671   TIter next(fModules);
 672   AliModule *detector;
 673   while((detector = (AliModule*)next())) {
 674     detector->FinishRun();
 675   }
 676
 677   //Output energy summary tables
 678   EnergySummary();
 679
 680   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 681
 682   file->cd();
 683
 684   fTreeE->Write(0,TObject::kOverwrite);
 685
 686   // Write AliRun info and all detectors parameters
 687   Write(0,TObject::kOverwrite);
 688
 689   // Clean tree information
 690   if (fTreeK) {
 691     delete fTreeK; fTreeK = 0;
 692   }
 693   if (fTreeH) {
 694     delete fTreeH; fTreeH = 0;
 695   }
 696   if (fTreeD) {
 697     delete fTreeD; fTreeD = 0;
 698   }
 699   if (fTreeR) {
 700     delete fTreeR; fTreeR = 0;
 701   }
 702   if (fTreeE) {
 703     delete fTreeE; fTreeE = 0;
 704   }
 705
 706   // Close output file
 707   file->Write();
 708 }
 709
 710 //_____________________________________________________________________________
 711 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 712 {
 713   //
 714   // Flags a track and all its family tree to be kept
 715   //
 716   int curr;
 717   TParticle *particle;
 718
 719   curr=track;
 720   while(1) {
 721     particle=(TParticle*)fParticleMap->At(curr);
 722
 723     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 724     if(particle->TestBit(kKeepBit)) return;
 725
 726     // Save this particle
 727     particle->SetBit(kKeepBit);
 728
 729     // Move to father if any
 730     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 731   }
 732 }
 733
 734 //_____________________________________________________________________________
 735 void AliRun::EnergySummary()
 736 {
 737   //
 738   // Print summary of deposited energy
 739   //
 740
 741   Int_t ndep=0;
 742   Float_t edtot=0;
 743   Float_t ed, ed2;
 744   Int_t kn, i, left, j, id;
 745   const Float_t kzero=0;
 746   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 747   //
 748   // Energy loss information
 749   if(ievent) {
 750     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 751     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 752       ed=fSummEnergy[kn];
 753       if(ed>0) {
 754         fEventEnergy[ndep]=kn;
 755         if(ievent>1) {
 756           ed=ed/ievent;
 757           ed2=fSum2Energy[kn];
 758           ed2=ed2/ievent;
 759           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 760         } else
 761           ed2=99;
 762         fSummEnergy[ndep]=ed;
 763         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,kzero));
 764         edtot+=ed;
 765         ndep++;
 766       }
 767     }
 768     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 769       left=ndep-kn*3;
 770       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 771         j=kn*3+i;
 772         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 773         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 774       }
 775       printf("\n");
 776     }
 777     //
 778     // Relative energy loss in different detectors
 779     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 780     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 781     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 782       left=ndep-kn*5;
 783       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 784         j=kn*5+i;
 785         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 786         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 787       }
 788       printf("\n");
 789     }
 790     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 791     printf("\n");
 792   }
 793   //
 794   // Reset the TArray's
 795   //  fEventEnergy.Set(0);
 796   //  fSummEnergy.Set(0);
 797   //  fSum2Energy.Set(0);
 798 }
 799
 800 //_____________________________________________________________________________
 801 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name) const
 802 {
 803   //
 804   // Return pointer to detector from name
 805   //
 806   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 807 }
 808
 809 //_____________________________________________________________________________
 810 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name) const
 811 {
 812   //
 813   // Return pointer to detector from name
 814   //
 815   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 816 }
 817
 818 //_____________________________________________________________________________
 819 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name) const
 820 {
 821   //
 822   // Return galice internal detector identifier from name
 823   //
 824   Int_t i=-1;
 825   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 826   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 827   return i;
 828 }
 829
 830 //_____________________________________________________________________________
 831 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 832 {
 833   //
 834   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 835   // Set branch addresses
 836   //
 837
 838   // Reset existing structures
 839   //  ResetStack();
 840   ResetHits();
 841   ResetDigits();
 842   ResetSDigits();
 843
 844   // Delete Trees already connected
 845   if (fTreeK) delete fTreeK;
 846   if (fTreeH) delete fTreeH;
 847   if (fTreeD) delete fTreeD;
 848   if (fTreeR) delete fTreeR;
 849   if (fTreeS) delete fTreeS;
 850
 851   // Get header from file
 852   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 853   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 854   TFile *file = fTreeE->GetCurrentFile();
 855
 856   file->cd();
 857
 858   // Get Kine Tree from file
 859   char treeName[20];
 860   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 861   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 862   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticleBuffer);
 863   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 864   // Create the particle stack
 865   if(!fParticles) fParticles = new TClonesArray("TParticle",1000);
 866   // Build the pointer list
 867   if(fParticleMap) {
 868     fParticleMap->Clear();
 869     fParticleMap->Expand(fTreeK->GetEntries());
 870   } else
 871     fParticleMap = new TObjArray(fTreeK->GetEntries());
 872
 873   file->cd();
 874
 875   // Get Hits Tree header from file
 876   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 877   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 878   if (!fTreeH) {
 879     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 880   }
 881
 882   file->cd();
 883
 884   // Get Digits Tree header from file
 885   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 886   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 887   if (!fTreeD) {
 888     // Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 889   }
 890
 891   file->cd();
 892
 893   // Get SDigits Tree header from file
 894   sprintf(treeName,"TreeS%d",event);
 895   fTreeS = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 896   if (!fTreeS) {
 897     // Warning("GetEvent","cannot find SDigits Tree for event:%d\n",event);
 898   }
 899
 900   file->cd();
 901
 902   // Get Reconstruct Tree header from file
 903   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 904   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 905   if (!fTreeR) {
 906     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 907   }
 908
 909   file->cd();
 910
 911   // Set Trees branch addresses
 912   TIter next(fModules);
 913   AliModule *detector;
 914   while((detector = (AliModule*)next())) {
 915     detector->SetTreeAddress();
 916   }
 917
 918   fNtrack = Int_t (fTreeK->GetEntries());
 919   return fNtrack;
 920 }
 921
 922 //_____________________________________________________________________________
 923 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 924 {
 925   //
 926   // Import Alice geometry from current file
 927   // Return pointer to geometry object
 928   //
 929   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 930   //
 931   // Unlink and relink nodes in detectors
 932   // This is bad and there must be a better way...
 933   //
 934
 935   TIter next(fModules);
 936   AliModule *detector;
 937   while((detector = (AliModule*)next())) {
 938     TList *dnodes=detector->Nodes();
 939     Int_t j;
 940     TNode *node, *node1;
 941     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 942       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 943       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 944       dnodes->Remove(node);
 945       dnodes->AddAt(node1,j);
 946     }
 947   }
 948   return fGeometry;
 949 }
 950
 951 //_____________________________________________________________________________
 952 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 953                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 954                           Float_t &tof)
 955 {
 956   //
 957   // Return next track from stack of particles
 958   //
 959   TVector3 pol;
 960   fCurrent=-1;
 961   TParticle *track;
 962   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 963     track=(TParticle*) fParticleMap->At(i);
 964     if(track) if(!track->TestBit(kDoneBit)) {
 965       //
 966       // The track exists and has not yet been processed
 967       fCurrent=i;
 968       ipart=track->GetPdgCode();
 969       pmom[0]=track->Px();
 970       pmom[1]=track->Py();
 971       pmom[2]=track->Pz();
 972       e     =track->Energy();
 973       vpos[0]=track->Vx();
 974       vpos[1]=track->Vy();
 975       vpos[2]=track->Vz();
 976       track->GetPolarisation(pol);
 977       polar[0]=pol.X();
 978       polar[1]=pol.Y();
 979       polar[2]=pol.Z();
 980       tof=track->T();
 981       track->SetBit(kDoneBit);
 982       break;
 983     }
 984   }
 985   mtrack=fCurrent;
 986   //
 987   // stop and start timer when we start a primary track
 988   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 989   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 990   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 991     fTimer.Stop();
 992     track=(TParticle*) fParticleMap->At(fCurrent+1);
 993     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 994   }
 995   fTimer.Start();
 996 }
 997
 998 //_____________________________________________________________________________
 999 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track) const
1000 {
1001   //
1002   // return number of primary that has generated track
1003   //
1004   int current, parent;
1005   TParticle *part;
1006   //
1007   parent=track;
1008   while (1) {
1009     current=parent;
1010     part = (TParticle *)fParticleMap->At(current);
1011     parent=part->GetFirstMother();
1012     if(parent<0) return current;
1013   }
1014 }
1015
1016 //_____________________________________________________________________________
1017 void AliRun::InitMC(const char *setup)
1018 {
1019   //
1020   // Initialize the Alice setup
1021   //
1022
1023   if(fInitDone) {
1024     Warning("Init","Cannot initialise AliRun twice!\n");
1025     return;
1026   }
1027
1028   gROOT->LoadMacro(setup);
1029   gInterpreter->ProcessLine(fConfigFunction.Data());
1030
1031
1032   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
1033
1034   TObject *objfirst, *objlast;
1035
1036   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1037
1038   //
1039   //=================Create Materials and geometry
1040   gMC->Init();
1041
1042   // Added also after in case of interactive initialisation of modules
1043   fNdets = fModules->GetLast()+1;
1044
1045    TIter next(fModules);
1046    AliModule *detector;
1047    while((detector = (AliModule*)next())) {
1048       detector->SetTreeAddress();
1049       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
1050
1051       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
1052       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
1053       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
1054       while (objfirst) {
1055         detector->Histograms()->Add(objfirst);
1056         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
1057       }
1058    }
1059    ReadTransPar(); //Read the cuts for all materials
1060
1061    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
1062
1063    //Initialise geometry deposition table
1064    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1065    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1066    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
1067
1068    //Compute cross-sections
1069    gMC->BuildPhysics();
1070
1071    //Write Geometry object to current file.
1072    fGeometry->Write();
1073
1074    fInitDone = kTRUE;
1075
1076    fMCQA = new AliMCQA(fNdets);
1077
1078    //
1079    // Save stuff at the beginning of the file to avoid file corruption
1080    Write();
1081 }
1082
1083 //_____________________________________________________________________________
1084 void AliRun::MediaTable()
1085 {
1086   //
1087   // Built media table to get from the media number to
1088   // the detector id
1089   //
1090   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
1091   //  Int_t ibeg;
1092   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
1093   AliModule *det;
1094   //
1095   // For all detectors
1096   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
1097     // If detector is defined
1098     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
1099         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
1100         for(nz=0;nz<100;nz++) {
1101         // Find max and min material number
1102         if((idt=idtmed[nz])) {
1103           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
1104           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
1105         }
1106       }
1107       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
1108         det->LoMedium() = 0;
1109         det->HiMedium() = 0;
1110       } else {
1111         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
1112           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
1113                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
1114           return;
1115         }
1116         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
1117         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
1118           (*fImedia)[lz]=kz;
1119         }
1120       }
1121     }
1122   }
1123   //
1124   // Print summary table
1125   printf(" Traking media ranges:\n");
1126   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
1127     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
1128       ind=i*6+k;
1129       det=(AliModule*)dets[ind];
1130       if(det)
1131         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
1132                det->HiMedium());
1133       else
1134         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
1135     }
1136     printf("\n");
1137   }
1138 }
1139
1140 //____________________________________________________________________________
1141 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
1142 {
1143   //
1144   // Load the event generator
1145   //
1146   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
1147 }
1148
1149 //____________________________________________________________________________
1150 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
1151 {
1152   //
1153   // Load the event generator
1154   //
1155   if(fGenerator)
1156     if(generator)
1157       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
1158               fGenerator->GetName(),generator->GetName());
1159     else
1160       Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with NULL\n",
1161               fGenerator->GetName());
1162   fGenerator = generator;
1163 }
1164
1165 //____________________________________________________________________________
1166 void AliRun::SetTransPar(char *filename)
1167 {
1168   fTransParName = filename;
1169 }
1170
1171 //____________________________________________________________________________
1172 void AliRun::SetBaseFile(char *filename)
1173 {
1174   fBaseFileName = filename;
1175 }
1176
1177 //____________________________________________________________________________
1178 void AliRun::ReadTransPar()
1179 {
1180   //
1181   // Read filename to set the transport parameters
1182   //
1183
1184
1185   const Int_t kncuts=10;
1186   const Int_t knflags=11;
1187   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1188   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1189                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1190                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1191                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
1192   char line[256];
1193   char detName[7];
1194   char* filtmp;
1195   Float_t cut[kncuts];
1196   Int_t flag[knflags];
1197   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
1198   FILE *lun;
1199   //
1200   // See whether the file is there
1201   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1202   lun=fopen(filtmp,"r");
1203   delete [] filtmp;
1204   if(!lun) {
1205     Warning("ReadTransPar","File %s does not exist!\n",fTransParName.Data());
1206     return;
1207   }
1208   //
1209   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1210   printf(" *%59s\n","*");
1211   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
1212   printf(" *%59s\n","*");
1213   //
1214   while(1) {
1215     // Initialise cuts and flags
1216     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1217     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1218     itmed=0;
1219     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
1220     // Read up to the end of line excluded
1221     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
1222     if(iret<0) {
1223       //End of file
1224       fclose(lun);
1225       printf(" *%59s\n","*");
1226       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
1227       return;
1228     }
1229     // Read the end of line
1230     fscanf(lun,"%*c");
1231     if(!iret) continue;
1232     if(line[0]=='*') continue;
1233     // Read the numbers
1234     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1235                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1236                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1237                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
1238     if(!iret) continue;
1239     if(iret<0) {
1240       //reading error
1241       Warning("ReadTransPar","Error reading file %s\n",fTransParName.Data());
1242       continue;
1243     }
1244     // Check that the module exist
1245     AliModule *mod = GetModule(detName);
1246     if(mod) {
1247       // Get the array of media numbers
1248       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1249       // Check that the tracking medium code is valid
1250       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1251         ktmed=idtmed[itmed];
1252         if(!ktmed) {
1253           Warning("ReadTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1254           continue;
1255         }
1256         // Set energy thresholds
1257         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1258           if(cut[kz]>=0) {
1259             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1260                    kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1261             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1262           }
1263         }
1264         // Set transport mechanisms
1265         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1266           if(flag[kz]>=0) {
1267             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1268                    kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1269             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1270           }
1271         }
1272       } else {
1273         Warning("ReadTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1274         continue;
1275       }
1276     } else {
1277       Warning("ReadTransPar","Module %s not present\n",detName);
1278       continue;
1279     }
1280   }
1281 }
1282
1283 //_____________________________________________________________________________
1284 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, void* address, Int_t size, char *file)
1285 {
1286     //
1287     // Makes branch in given tree and diverts them  to a separate file
1288     //
1289     if (GetDebug()>1)
1290         printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1291
1292     TBranch *branch = tree->Branch(name,address,size);
1293
1294     if (file) {
1295         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1296         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1297         TDirectory *cwd = gDirectory;
1298         branch->SetFile(outFile);
1299         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1300         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1301            branch->SetFile(outFile);
1302         }
1303         if (GetDebug()>1)
1304             printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1305         cwd->cd();
1306         delete outFile;
1307     }
1308 }
1309
1310 //_____________________________________________________________________________
1311 void AliRun::MakeBranchInTree(TTree *tree, const char* name, const char *classname, void* address, Int_t size, Int_t splitlevel, char *file)
1312 {
1313     //
1314     // Makes branch in given tree and diverts them to a separate file
1315     //
1316     TDirectory *cwd = gDirectory;
1317     TBranch *branch = tree->Branch(name,classname,address,size,splitlevel);
1318     if (GetDebug()>1)
1319       printf("* MakeBranch * Making Branch %s \n",name);
1320     if (file) {
1321         char * outFile = new char[strlen(gAlice->GetBaseFile())+strlen(file)+2];
1322         sprintf(outFile,"%s/%s",gAlice->GetBaseFile(),file);
1323         branch->SetFile(outFile);
1324         TIter next( branch->GetListOfBranches());
1325         while ((branch=(TBranch*)next())) {
1326            branch->SetFile(outFile);
1327         }
1328        if (GetDebug()>1)
1329            printf("* MakeBranch * Diverting Branch %s to file %s\n",name,file);
1330         cwd->cd();
1331         delete outFile;
1332     }
1333 }
1334 //_____________________________________________________________________________
1335 void AliRun::MakeTree(Option_t *option, char *file)
1336 {
1337   //
1338   //  Create the ROOT trees
1339   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1340   //
1341
1342   char hname[30];
1343   //
1344   // Analyse options
1345   char *oK = strstr(option,"K");
1346   char *oH = strstr(option,"H");
1347   char *oE = strstr(option,"E");
1348   char *oD = strstr(option,"D");
1349   char *oR = strstr(option,"R");
1350   char *oS = strstr(option,"S");
1351   //
1352
1353   if (oK && !fTreeK) {
1354     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1355     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1356     //  Create a branch for particles
1357     MakeBranchInTree(fTreeK,
1358                      "Particles", "TParticle", &fParticleBuffer, 4000, 1, file) ;
1359     fTreeK->Write();
1360   }
1361   if (oH && !fTreeH) {
1362     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1363     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1364     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1365     fTreeH->Write();
1366   }
1367   if (oD && !fTreeD) {
1368     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1369     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1370     fTreeD->Write();
1371   }
1372   if (oS && !fTreeS) {
1373     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1374     fTreeS = new TTree(hname,"SDigits");
1375     fTreeS->Write();
1376   }
1377   if (oR && !fTreeR) {
1378     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1379     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1380     fTreeR->Write();
1381   }
1382   if (oE && !fTreeE) {
1383     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1384     //  Create a branch for Header
1385     MakeBranchInTree(fTreeE,
1386                      "Header", "AliHeader", &gAliHeader, 4000, 1, file) ;
1387     fTreeE->Write();
1388   }
1389
1390   //
1391   // Create a branch for hits/digits for each detector
1392   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1393   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1394   TIter next(fModules);
1395   AliModule *detector;
1396   while((detector = (AliModule*)next())) {
1397      if (oH) detector->MakeBranch(option,file);
1398   }
1399 }
1400
1401 //_____________________________________________________________________________
1402 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1403 {
1404   //
1405   // PurifyKine with external parameters
1406   //
1407   fHgwmk = lastSavedTrack;
1408   fNtrack = nofTracks;
1409   PurifyKine();
1410   return fHgwmk;
1411 }
1412
1413 //_____________________________________________________________________________
1414 TParticle* AliRun::Particle(Int_t i)
1415 {
1416   if(!(*fParticleMap)[i]) {
1417     Int_t nentries = fParticles->GetEntries();
1418
1419     // algorithmic way of getting entry index
1420     // (primary particles are filled after secondaries)
1421     Int_t entry;
1422     if (i<fHeader.GetNprimary())
1423       entry = i+fHeader.GetNsecondary();
1424     else
1425       entry = i-fHeader.GetNprimary();
1426
1427     // only check the algorithmic way and give
1428     // the fatal error if it is wrong
1429     if (entry != fParticleFileMap[i]) {
1430       Fatal("Particle",
1431         "!!!! The algorithmic way is WRONG: !!!\n entry: %d map: %d",
1432         entry, fParticleFileMap[i]);
1433     }
1434
1435     fTreeK->GetEntry(fParticleFileMap[i]);
1436     new ((*fParticles)[nentries]) TParticle(*fParticleBuffer);
1437     fParticleMap->AddAt((*fParticles)[nentries],i);
1438   }
1439   return (TParticle *) (*fParticleMap)[i];
1440 }
1441
1442 //_____________________________________________________________________________
1443 void AliRun::PurifyKine()
1444 {
1445   //
1446   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1447   // and renaming the particle id's in all the hits
1448   //
1449   //  TClonesArray &particles = *fParticles;
1450   TObjArray &particles = *fParticleMap;
1451   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1452   TParticle *part, *father;
1453   TArrayI map(particles.GetLast()+1);
1454
1455   // Save in Header total number of tracks before compression
1456   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1457
1458   // If no tracks generated return now
1459   if(fHgwmk+1 == fNtrack) return;
1460
1461   Int_t toshrink = fNtrack-fHgwmk-1;
1462
1463   // First pass, invalid Daughter information
1464   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1465     // Preset map, to be removed later
1466     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ;
1467     else {
1468       map[i] = -99;
1469       //      particles.UncheckedAt(i)->ResetBit(kDaughtersBit);
1470       if((part=(TParticle*) particles.At(i))) part->ResetBit(kDaughtersBit);
1471     }
1472   }
1473   // Invalid daughter information for the parent of the first particle
1474   // generated. This may or may not be the current primary according to
1475   // whether decays have been recorded among the primaries
1476   part = (TParticle *)particles.At(fHgwmk+1);
1477   particles.At(part->GetFirstMother())->ResetBit(kDaughtersBit);
1478   // Second pass, build map between old and new numbering
1479   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1480     if(particles.At(i)->TestBit(kKeepBit)) {
1481
1482       // This particle has to be kept
1483       map[i]=nkeep;
1484       // If old and new are different, have to move the pointer
1485       if(i!=nkeep) particles[nkeep]=particles.At(i);
1486       part = (TParticle*) particles.At(nkeep);
1487
1488       // as the parent is always *before*, it must be already
1489       // in place. This is what we are checking anyway!
1490       if((parent=part->GetFirstMother())>fHgwmk)
1491         if(map[parent]==-99) Fatal("PurifyKine","map[%d] = -99!\n",parent);
1492         else part->SetFirstMother(map[parent]);
1493
1494       nkeep++;
1495     }
1496   }
1497
1498   // Fix daughters information
1499   for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; i++) {
1500     part = (TParticle *)particles.At(i);
1501     parent = part->GetFirstMother();
1502     if(parent>=0) {
1503       father = (TParticle *)particles.At(parent);
1504       if(father->TestBit(kDaughtersBit)) {
1505
1506         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1507         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1508       } else {
1509         // Initialise daughters info for first pass
1510         father->SetFirstDaughter(i);
1511         father->SetLastDaughter(i);
1512         father->SetBit(kDaughtersBit);
1513       }
1514     }
1515   }
1516
1517   // Now loop on all registered hit lists
1518   TIter next(fHitLists);
1519   TCollection *hitList;
1520   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1521     TIter nexthit(hitList);
1522     AliHit *hit;
1523     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1524       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1525     }
1526   }
1527
1528   //
1529   // This for detectors which have a special mapping mechanism
1530   // for hits, such as TPC and TRD
1531   //
1532
1533    TIter nextmod(fModules);
1534    AliModule *detector;
1535    while((detector = (AliModule*)nextmod())) {
1536      detector->RemapTrackHitIDs(map.GetArray());
1537    }
1538
1539    // Now the output bit, from fHgwmk to nkeep we write everything and we erase
1540    if(nkeep>fParticleFileMap.GetSize()) fParticleFileMap.Set(Int_t (nkeep*1.5));
1541
1542
1543    for (i=fHgwmk+1; i<nkeep; ++i) {
1544      fParticleBuffer = (TParticle*) particles.At(i);
1545      fParticleFileMap[i]=(Int_t) fTreeK->GetEntries();
1546      fTreeK->Fill();
1547      particles[i]=0;
1548    }
1549
1550    for (i=nkeep; i<fNtrack; ++i) particles[i]=0;
1551
1552    fLoadPoint-=toshrink;
1553    for(i=fLoadPoint; i<fLoadPoint+toshrink; ++i) fParticles->RemoveAt(i);
1554
1555    fNtrack=nkeep;
1556    fHgwmk=nkeep-1;
1557    //   delete [] map;
1558 }
1559
1560 //_____________________________________________________________________________
1561 void AliRun::BeginEvent()
1562 {
1563   //
1564   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1565   //
1566   char hname[30];
1567   //
1568
1569   //
1570   if(fLego) {
1571     fLego->BeginEvent();
1572     return;
1573   }
1574
1575   //
1576   ResetStack();
1577   ResetHits();
1578   ResetDigits();
1579   ResetSDigits();
1580
1581   // Initialise event header
1582   fHeader.Reset(fRun,fEvent);
1583
1584   if(fTreeK) {
1585     fTreeK->Reset();
1586     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1587     fTreeK->SetName(hname);
1588   }
1589   if(fTreeH) {
1590     fTreeH->Reset();
1591     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1592     fTreeH->SetName(hname);
1593   }
1594   if(fTreeD) {
1595     fTreeD->Reset();
1596     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1597     fTreeD->SetName(hname);
1598   }
1599   if(fTreeS) {
1600     fTreeS->Reset();
1601     sprintf(hname,"TreeS%d",fEvent);
1602     fTreeS->SetName(hname);
1603   }
1604   if(fTreeR) {
1605     fTreeR->Reset();
1606     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1607     fTreeR->SetName(hname);
1608   }
1609 }
1610 //_____________________________________________________________________________
1611 void AliRun::ResetDigits()
1612 {
1613   //
1614   //  Reset all Detectors digits
1615   //
1616   TIter next(fModules);
1617   AliModule *detector;
1618   while((detector = (AliModule*)next())) {
1619      detector->ResetDigits();
1620   }
1621 }
1622
1623 //_____________________________________________________________________________
1624 void AliRun::ResetSDigits()
1625 {
1626   //
1627   //  Reset all Detectors digits
1628   //
1629   TIter next(fModules);
1630   AliModule *detector;
1631   while((detector = (AliModule*)next())) {
1632      detector->ResetSDigits();
1633   }
1634 }
1635
1636 //_____________________________________________________________________________
1637 void AliRun::ResetHits()
1638 {
1639   //
1640   //  Reset all Detectors hits
1641   //
1642   TIter next(fModules);
1643   AliModule *detector;
1644   while((detector = (AliModule*)next())) {
1645      detector->ResetHits();
1646   }
1647 }
1648
1649 //_____________________________________________________________________________
1650 void AliRun::ResetPoints()
1651 {
1652   //
1653   // Reset all Detectors points
1654   //
1655   TIter next(fModules);
1656   AliModule *detector;
1657   while((detector = (AliModule*)next())) {
1658      detector->ResetPoints();
1659   }
1660 }
1661
1662 //_____________________________________________________________________________
1663 void AliRun::RunMC(Int_t nevent, const char *setup)
1664 {
1665   //
1666   // Main function to be called to process a galice run
1667   // example
1668   //    Root > gAlice.Run();
1669   // a positive number of events will cause the finish routine
1670   // to be called
1671   //
1672
1673   // check if initialisation has been done
1674   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1675
1676   // Create the Root Tree with one branch per detector
1677
1678    MakeTree("ESD");
1679
1680   if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1681      MakeTree("K","Kine.root");
1682      MakeTree("H","Hits.root");
1683   } else {
1684      MakeTree("KH");
1685   }
1686
1687   gMC->ProcessRun(nevent);
1688
1689   // End of this run, close files
1690   if(nevent>0) FinishRun();
1691 }
1692
1693 //_____________________________________________________________________________
1694 void AliRun::RunReco(const char *detector)
1695 {
1696   //
1697   // Main function to be called to reconstruct Alice event
1698   //
1699
1700    MakeTree("R");
1701    Digits2Reco(detector);
1702 }
1703
1704 //_____________________________________________________________________________
1705
1706 void AliRun::Hits2Digits(const char *selected)
1707 {
1708    // Convert Hits to sumable digits
1709    //
1710    Hits2SDigits(selected);
1711    SDigits2Digits(selected);
1712 }
1713
1714
1715 //_____________________________________________________________________________
1716
1717 void AliRun::Tree2Tree(Option_t *option, const char *selected)
1718 {
1719   //
1720   // Function to transform the content of
1721   //
1722   // - TreeH to TreeS (option "S")
1723   // - TreeS to TreeD (option "D")
1724   // - TreeD to TreeR (option "R")
1725   //
1726   // If multiple options are specified ("SDR"), transformation will be done in sequence for
1727   // selected detector and for all detectors if none is selected (detector string
1728   // can contain blank separated list of detector names).
1729
1730
1731    char *oS = strstr(option,"S");
1732    char *oD = strstr(option,"D");
1733    char *oR = strstr(option,"R");
1734
1735    gAlice->GetEvent(0);
1736
1737    TObjArray *detectors = gAlice->Detectors();
1738
1739    TIter next(detectors);
1740
1741    AliDetector *detector = 0;
1742
1743    TDirectory *cwd = gDirectory;
1744
1745    char outFile[32];
1746
1747    while((detector = (AliDetector*)next())) {
1748      if (selected)
1749        if (strcmp(detector->GetName(),selected)) continue;
1750      if (detector->IsActive()){
1751        if (GetDebug()>0)
1752              cout << "Processing " << detector->GetName() << "..." << endl;
1753        if (gSystem->Getenv("CONFIG_SPLIT_FILE")) {
1754           if (oS) {
1755             sprintf(outFile,"SDigits.%s.root",detector->GetName());
1756             detector->MakeBranch("S",outFile);
1757           }
1758           if (oD) {
1759             sprintf(outFile,"Digits.%s.root",detector->GetName());
1760             detector->MakeBranch("D",outFile);
1761           }
1762           if (oR) {
1763             sprintf(outFile,"Reco.%s.root",detector->GetName());
1764             detector->MakeBranch("R",outFile);
1765           }
1766        } else {
1767           detector->MakeBranch(option);
1768        }
1769
1770        cwd->cd();
1771
1772        if (oS)
1773           detector->Hits2SDigits();
1774        if (oD)
1775           detector->SDigits2Digits();
1776        if (oR)
1777           detector->Digits2Reco();
1778
1779        cwd->cd();
1780
1781      }
1782    }
1783 }
1784
1785
1786 //_____________________________________________________________________________
1787 void AliRun::RunLego(const char *setup, Int_t nc1, Float_t c1min,
1788                      Float_t c1max,Int_t nc2,Float_t c2min,Float_t c2max,
1789                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax, AliLegoGenerator* gener)
1790 {
1791   //
1792   // Generates lego plots of:
1793   //    - radiation length map phi vs theta
1794   //    - radiation length map phi vs eta
1795   //    - interaction length map
1796   //    - g/cm2 length map
1797   //
1798   //  ntheta    bins in theta, eta
1799   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1800   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1801   //  nphi      bins in phi
1802   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1803   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1804   //  rmin      minimum radius
1805   //  rmax      maximum radius
1806   //
1807   //
1808   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1809   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1810   //
1811   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1812   //Begin_Html
1813   /*
1814     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1815   */
1816   //End_Html
1817   //Begin_Html
1818   /*
1819     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1820   */
1821   //End_Html
1822   //Begin_Html
1823   /*
1824     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1825   */
1826   //End_Html
1827   //
1828
1829   // check if initialisation has been done
1830   if (!fInitDone) InitMC(setup);
1831   //Save current generator
1832   AliGenerator *gen=Generator();
1833
1834   // Set new generator
1835   if (!gener) gener  = new AliLegoGenerator();
1836   ResetGenerator(gener);
1837   //
1838   // Configure Generator
1839   gener->SetRadiusRange(rmin, rmax);
1840   gener->SetZMax(zmax);
1841   gener->SetCoor1Range(nc1, c1min, c1max);
1842   gener->SetCoor2Range(nc2, c2min, c2max);
1843
1844
1845   //Create Lego object
1846   fLego = new AliLego("lego",gener);
1847
1848   //Prepare MC for Lego Run
1849   gMC->InitLego();
1850
1851   //Run Lego Object
1852
1853   gMC->ProcessRun(nc1*nc2+1);
1854
1855   // Create only the Root event Tree
1856   MakeTree("E");
1857
1858   // End of this run, close files
1859   FinishRun();
1860   // Restore current generator
1861   ResetGenerator(gen);
1862   // Delete Lego Object
1863   delete fLego; fLego=0;
1864 }
1865
1866 //_____________________________________________________________________________
1867 void AliRun::SetConfigFunction(const char * config)
1868 {
1869   //
1870   // Set the signature of the function contained in Config.C to configure
1871   // the run
1872   //
1873   fConfigFunction=config;
1874 }
1875
1876 //_____________________________________________________________________________
1877 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1878 {
1879   //
1880   // Set current track number
1881   //
1882   fCurrent = track;
1883 }
1884
1885 //_____________________________________________________________________________
1886 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1887                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1888                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1889 {
1890   //
1891   // Load a track on the stack
1892   //
1893   // done     0 if the track has to be transported
1894   //          1 if not
1895   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1896   // pdg    particle code
1897   // pmom     momentum GeV/c
1898   // vpos     position
1899   // polar    polarisation
1900   // tof      time of flight in seconds
1901   // mecha    production mechanism
1902   // ntr      on output the number of the track stored
1903   //
1904   TClonesArray &particles = *fParticles;
1905   TParticle *particle;
1906   Float_t mass;
1907   const Int_t kfirstdaughter=-1;
1908   const Int_t klastdaughter=-1;
1909   const Int_t kS=0;
1910   //  const Float_t tlife=0;
1911
1912   //
1913   // Here we get the static mass
1914   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1915   // if the calculated mass is required
1916   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1917   // used in the MC is not the same of the PDG database
1918   //
1919   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1920   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1921                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1922
1923   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f kS %d m %s\n",
1924   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],kS,mecha);
1925
1926   particle=new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg,kS,parent,-1,kfirstdaughter,
1927                                              klastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1928                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1929   particle->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1930   particle->SetWeight(weight);
1931   particle->SetUniqueID(mech);
1932   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
1933   //  Declare that the daughter information is valid
1934   particle->SetBit(kDaughtersBit);
1935   //  Add the particle to the stack
1936   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
1937
1938   if(parent>=0) {
1939     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
1940     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1941     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1942   } else {
1943     //
1944     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1945     fHgwmk=fNtrack;
1946     //
1947     // Set also number if primary tracks
1948     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1949     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1950   }
1951   ntr = fNtrack++;
1952
1953 /*
1954   //
1955   // Here we get the static mass
1956   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1957   // if the calculated mass is required
1958   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1959   // used in the MC is not the same of the PDG database
1960   //
1961   Float_t mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1962   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1963                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1964
1965   SetTrack(done, parent, pdg, pmom[0], pmom[1], pmom[2], e,
1966            vpos[0], vpos[1], vpos[2], tof, polar[0],polar[1],polar[2],
1967            mech, ntr, weight);
1968 */
1969 }
1970
1971 //_____________________________________________________________________________
1972 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1973                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1974                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1975                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1976                       AliMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight)
1977 {
1978   //
1979   // Load a track on the stack
1980   //
1981   // done        0 if the track has to be transported
1982   //             1 if not
1983   // parent      identifier of the parent track. -1 for a primary
1984   // pdg         particle code
1985   // kS          generation status code
1986   // px, py, pz  momentum GeV/c
1987   // vx, vy, vz  position
1988   // polar       polarisation
1989   // tof         time of flight in seconds
1990   // mech        production mechanism
1991   // ntr         on output the number of the track stored
1992   //
1993   // New method interface:
1994   // arguments were changed to be in correspondence with TParticle
1995   // constructor.
1996   // Note: the energy is not calculated from the static mass but
1997   // it is passed by argument e.
1998
1999   TClonesArray &particles = *fParticles;
2000
2001   const Int_t kS=0;
2002   const Int_t kFirstDaughter=-1;
2003   const Int_t kLastDaughter=-1;
2004
2005   TParticle* particle
2006     = new(particles[fLoadPoint++]) TParticle(pdg, kS, parent, -1,
2007                                         kFirstDaughter, kLastDaughter,
2008                                         px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof);
2009
2010   particle->SetPolarisation(polx, poly, polz);
2011   particle->SetWeight(weight);
2012   particle->SetUniqueID(mech);
2013
2014   if(!done) particle->SetBit(kDoneBit);
2015
2016   //  Declare that the daughter information is valid
2017   particle->SetBit(kDaughtersBit);
2018   //  Add the particle to the stack
2019   fParticleMap->AddAtAndExpand(particle,fNtrack);
2020
2021   if(parent>=0) {
2022     particle=(TParticle*) fParticleMap->At(parent);
2023     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
2024     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
2025   } else {
2026     //
2027     // This is a primary track. Set high water mark for this event
2028     fHgwmk=fNtrack;
2029     //
2030     // Set also number if primary tracks
2031     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2032     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2033   }
2034   ntr = fNtrack++;
2035 }
2036
2037 //_____________________________________________________________________________
2038 void AliRun::SetHighWaterMark(const Int_t nt)
2039 {
2040     //
2041     // Set high water mark for last track in event
2042     fHgwmk=fNtrack-1;
2043     //
2044     // Set also number if primary tracks
2045     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
2046     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
2047 }
2048
2049 //_____________________________________________________________________________
2050 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
2051 {
2052   //
2053   // flags a track to be kept
2054   //
2055   fParticleMap->At(track)->SetBit(kKeepBit);
2056 }
2057
2058 //_____________________________________________________________________________
2059 void AliRun::StepManager(Int_t id)
2060 {
2061   //
2062   // Called at every step during transport
2063   //
2064
2065   //
2066   // --- If lego option, do it and leave
2067   if (fLego)
2068     fLego->StepManager();
2069   else {
2070     Int_t copy;
2071     //Update energy deposition tables
2072     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
2073
2074     //Call the appropriate stepping routine;
2075     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
2076     if(det) {
2077       fMCQA->StepManager(id);
2078       det->StepManager();
2079     }
2080   }
2081 }
2082
2083 //_____________________________________________________________________________
2084 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
2085 {
2086    // Stream an object of class AliRun.
2087
2088    if (R__b.IsReading()) {
2089       if (!gAlice) gAlice = this;
2090
2091       AliRun::Class()->ReadBuffer(R__b, this);
2092       //
2093       gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
2094
2095       fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
2096       if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &gAliHeader);
2097       else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
2098       fTreeE->GetEntry(0);
2099
2100       gRandom = fRandom;
2101    } else {
2102       AliRun::Class()->WriteBuffer(R__b, this);
2103    }
2104 }
2105