STEER/AliRun.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.25  2000/02/23 16:25:22  fca
  19 AliVMC and AliGeant3 classes introduced
  20 ReadEuclid moved from AliRun to AliModule
  21
  22 Revision 1.24  2000/01/19 17:17:20  fca
  23 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
  24
  25 Revision 1.23  1999/12/03 11:14:31  fca
  26 Fixing previous wrong checking
  27
  28 Revision 1.21  1999/11/25 10:40:08  fca
  29 Fixing daughters information also in primary tracks
  30
  31 Revision 1.20  1999/10/04 18:08:49  fca
  32 Adding protection against inconsistent Euclid files
  33
  34 Revision 1.19  1999/09/29 07:50:40  fca
  35 Introduction of the Copyright and cvs Log
  36
  37 */
  38
  39 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  40 //                                                                           //
  41 //  Control class for Alice C++                                              //
  42 //  Only one single instance of this class exists.                           //
  43 //  The object is created in main program aliroot                            //
  44 //  and is pointed by the global gAlice.                                     //
  45 //                                                                           //
  46 //   -Supports the list of all Alice Detectors (fModules).                 //
  47 //   -Supports the list of particles (fParticles).                           //
  48 //   -Supports the Trees.                                                    //
  49 //   -Supports the geometry.                                                 //
  50 //   -Supports the event display.                                            //
  51 //Begin_Html
  52 /*
  53 <img src="picts/AliRunClass.gif">
  54 */
  55 //End_Html
  56 //Begin_Html
  57 /*
  58 <img src="picts/alirun.gif">
  59 */
  60 //End_Html
  61 //                                                                           //
  62 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  63
  64 #include <TFile.h>
  65 #include <TRandom.h>
  66 #include <TBRIK.h>
  67 #include <TNode.h>
  68 #include <TCint.h>
  69 #include <TSystem.h>
  70 #include <TObjectTable.h>
  71
  72 #include "TParticle.h"
  73 #include "AliRun.h"
  74 #include "AliDisplay.h"
  75 #include "AliVMC.h"
  76
  77 #include <stdlib.h>
  78 #include <stdio.h>
  79 #include <string.h>
  80
  81 AliRun *gAlice;
  82
  83 static AliHeader *header;
  84
  85 static TArrayF sEventEnergy;
  86 static TArrayF sSummEnergy;
  87 static TArrayF sSum2Energy;
  88
  89 ClassImp(AliRun)
  90
  91 //_____________________________________________________________________________
  92 AliRun::AliRun()
  93 {
  94   //
  95   // Default constructor for AliRun
  96   //
  97   header=&fHeader;
  98   fRun       = 0;
  99   fEvent     = 0;
 100   fCurrent   = -1;
 101   fModules = 0;
 102   fGenerator = 0;
 103   fTreeD     = 0;
 104   fTreeK     = 0;
 105   fTreeH     = 0;
 106   fTreeE     = 0;
 107   fTreeR     = 0;
 108   fParticles = 0;
 109   fGeometry  = 0;
 110   fDisplay   = 0;
 111   fField     = 0;
 112   fMC        = 0;
 113   fNdets     = 0;
 114   fImedia    = 0;
 115   fTrRmax    = 1.e10;
 116   fTrZmax    = 1.e10;
 117   fInitDone  = kFALSE;
 118   fLego      = 0;
 119   fPDGDB     = 0;        //Particle factory object!
 120   fHitLists  = 0;
 121 }
 122
 123 //_____________________________________________________________________________
 124 AliRun::AliRun(const char *name, const char *title)
 125   : TNamed(name,title)
 126 {
 127   //
 128   //  Constructor for the main processor.
 129   //  Creates the geometry
 130   //  Creates the list of Detectors.
 131   //  Creates the list of particles.
 132   //
 133   Int_t i;
 134
 135   gAlice     = this;
 136   fTreeD     = 0;
 137   fTreeK     = 0;
 138   fTreeH     = 0;
 139   fTreeE     = 0;
 140   fTreeR     = 0;
 141   fTrRmax    = 1.e10;
 142   fTrZmax    = 1.e10;
 143   fGenerator = 0;
 144   fInitDone  = kFALSE;
 145   fLego      = 0;
 146   fField     = 0;
 147
 148   gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,name);
 149   //
 150   // create the support list for the various Detectors
 151   fModules = new TObjArray(77);
 152   //
 153   // Create the TNode geometry for the event display
 154
 155   BuildSimpleGeometry();
 156
 157
 158   fNtrack=0;
 159   fHgwmk=0;
 160   fCurrent=-1;
 161   header=&fHeader;
 162   fRun       = 0;
 163   fEvent     = 0;
 164   //
 165   // Create the particle stack
 166   fParticles = new TClonesArray("TParticle",100);
 167
 168   fDisplay = 0;
 169   //
 170   // Create default mag field
 171   SetField();
 172   //
 173   fMC      = gMC;
 174   //
 175   // Prepare the tracking medium lists
 176   fImedia = new TArrayI(1000);
 177   for(i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 178   //
 179   // Make particles
 180   fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
 181   //
 182   // Create HitLists list
 183   fHitLists  = new TList();
 184 }
 185
 186 //_____________________________________________________________________________
 187 AliRun::~AliRun()
 188 {
 189   //
 190   // Defaullt AliRun destructor
 191   //
 192   delete fImedia;
 193   delete fField;
 194   delete fMC;
 195   delete fGeometry;
 196   delete fDisplay;
 197   delete fGenerator;
 198   delete fLego;
 199   delete fTreeD;
 200   delete fTreeK;
 201   delete fTreeH;
 202   delete fTreeE;
 203   delete fTreeR;
 204   if (fModules) {
 205     fModules->Delete();
 206     delete fModules;
 207   }
 208   if (fParticles) {
 209     fParticles->Delete();
 210     delete fParticles;
 211   }
 212   delete fHitLists;
 213 }
 214
 215 //_____________________________________________________________________________
 216 void AliRun::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
 217 {
 218   //
 219   //  Add a hit to detector id
 220   //
 221   TObjArray &dets = *fModules;
 222   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
 223 }
 224
 225 //_____________________________________________________________________________
 226 void AliRun::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
 227 {
 228   //
 229   // Add digit to detector id
 230   //
 231   TObjArray &dets = *fModules;
 232   if(dets[id]) ((AliModule*) dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
 233 }
 234
 235 //_____________________________________________________________________________
 236 void AliRun::Browse(TBrowser *b)
 237 {
 238   //
 239   // Called when the item "Run" is clicked on the left pane
 240   // of the Root browser.
 241   // It displays the Root Trees and all detectors.
 242   //
 243   if (fTreeK) b->Add(fTreeK,fTreeK->GetName());
 244   if (fTreeH) b->Add(fTreeH,fTreeH->GetName());
 245   if (fTreeD) b->Add(fTreeD,fTreeD->GetName());
 246   if (fTreeE) b->Add(fTreeE,fTreeE->GetName());
 247   if (fTreeR) b->Add(fTreeR,fTreeR->GetName());
 248
 249   TIter next(fModules);
 250   AliModule *detector;
 251   while((detector = (AliModule*)next())) {
 252     b->Add(detector,detector->GetName());
 253   }
 254 }
 255
 256 //_____________________________________________________________________________
 257 void AliRun::Build()
 258 {
 259   //
 260   // Initialize Alice geometry
 261   // Dummy routine
 262   //
 263 }
 264
 265 //_____________________________________________________________________________
 266 void AliRun::BuildSimpleGeometry()
 267 {
 268   //
 269   // Create a simple TNode geometry used by Root display engine
 270   //
 271   // Initialise geometry
 272   //
 273   fGeometry = new TGeometry("AliceGeom","Galice Geometry for Hits");
 274   new TMaterial("void","Vacuum",0,0,0);  //Everything is void
 275   TBRIK *brik = new TBRIK("S_alice","alice volume","void",2000,2000,3000);
 276   brik->SetVisibility(0);
 277   new TNode("alice","alice","S_alice");
 278 }
 279
 280 //_____________________________________________________________________________
 281 void AliRun::CleanDetectors()
 282 {
 283   //
 284   // Clean Detectors at the end of event
 285   //
 286   TIter next(fModules);
 287   AliModule *detector;
 288   while((detector = (AliModule*)next())) {
 289     detector->FinishEvent();
 290   }
 291 }
 292
 293 //_____________________________________________________________________________
 294 void AliRun::CleanParents()
 295 {
 296   //
 297   // Clean Particles stack.
 298   // Set parent/daughter relations
 299   //
 300   TClonesArray &particles = *(gAlice->Particles());
 301   TParticle *part;
 302   int i;
 303   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
 304     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
 305     if(!part->TestBit(Daughters_Bit)) {
 306       part->SetFirstDaughter(-1);
 307       part->SetLastDaughter(-1);
 308     }
 309   }
 310 }
 311
 312 //_____________________________________________________________________________
 313 Int_t AliRun::DistancetoPrimitive(Int_t, Int_t)
 314 {
 315   //
 316   // Return the distance from the mouse to the AliRun object
 317   // Dummy routine
 318   //
 319   return 9999;
 320 }
 321
 322 //_____________________________________________________________________________
 323 void AliRun::DumpPart (Int_t i)
 324 {
 325   //
 326   // Dumps particle i in the stack
 327   //
 328   TClonesArray &particles = *fParticles;
 329   ((TParticle*) particles[i])->Print();
 330 }
 331
 332 //_____________________________________________________________________________
 333 void AliRun::DumpPStack ()
 334 {
 335   //
 336   // Dumps the particle stack
 337   //
 338   TClonesArray &particles = *fParticles;
 339   printf(
 340          "\n\n=======================================================================\n");
 341   for (Int_t i=0;i<fNtrack;i++)
 342     {
 343       printf("-> %d ",i); ((TParticle*) particles[i])->Print();
 344       printf("--------------------------------------------------------------\n");
 345     }
 346   printf(
 347          "\n=======================================================================\n\n");
 348 }
 349
 350 //_____________________________________________________________________________
 351 void AliRun::SetField(Int_t type, Int_t version, Float_t scale,
 352                       Float_t maxField, char* filename)
 353 {
 354   //
 355   //  Set magnetic field parameters
 356   //  type      Magnetic field transport flag 0=no field, 2=helix, 3=Runge Kutta
 357   //  version   Magnetic field map version (only 1 active now)
 358   //  scale     Scale factor for the magnetic field
 359   //  maxField  Maximum value for the magnetic field
 360
 361   //
 362   // --- Sanity check on mag field flags
 363   if(type<0 || type > 2) {
 364     Warning("SetField",
 365             "Invalid magnetic field flag: %5d; Helix tracking chosen instead\n"
 366            ,type);
 367     type=2;
 368   }
 369   if(fField) delete fField;
 370   if(version==1) {
 371     fField = new AliMagFC("Map1"," ",type,version,scale,maxField);
 372   } else if(version<=3) {
 373     fField = new AliMagFCM("Map2-3",filename,type,version,scale,maxField);
 374     fField->ReadField();
 375   } else {
 376     Warning("SetField","Invalid map %d\n",version);
 377   }
 378 }
 379
 380 //_____________________________________________________________________________
 381 void AliRun::FillTree()
 382 {
 383   //
 384   // Fills all AliRun TTrees
 385   //
 386   if (fTreeK) fTreeK->Fill();
 387   if (fTreeH) fTreeH->Fill();
 388   if (fTreeD) fTreeD->Fill();
 389   if (fTreeR) fTreeR->Fill();
 390 }
 391
 392 //_____________________________________________________________________________
 393 void AliRun::FinishPrimary()
 394 {
 395   //
 396   // Called  at the end of each primary track
 397   //
 398
 399   //  static Int_t count=0;
 400   //  const Int_t times=10;
 401   // This primary is finished, purify stack
 402   gAlice->PurifyKine();
 403
 404   // Write out hits if any
 405   if (gAlice->TreeH()) {
 406     gAlice->TreeH()->Fill();
 407   }
 408
 409   // Reset Hits info
 410   gAlice->ResetHits();
 411
 412   //
 413   //  if(++count%times==1) gObjectTable->Print();
 414 }
 415
 416 //_____________________________________________________________________________
 417 void AliRun::FinishEvent()
 418 {
 419   //
 420   // Called at the end of the event.
 421   //
 422
 423   //Update the energy deposit tables
 424   Int_t i;
 425   for(i=0;i<sEventEnergy.GetSize();i++) {
 426     sSummEnergy[i]+=sEventEnergy[i];
 427     sSum2Energy[i]+=sEventEnergy[i]*sEventEnergy[i];
 428   }
 429   sEventEnergy.Reset();
 430
 431   // Clean detector information
 432   CleanDetectors();
 433
 434   // Write out the kinematics
 435   if (fTreeK) {
 436     CleanParents();
 437     fTreeK->Fill();
 438   }
 439
 440   // Write out the digits
 441   if (fTreeD) {
 442     fTreeD->Fill();
 443     ResetDigits();
 444   }
 445
 446   // Write out reconstructed clusters
 447   if (fTreeR) {
 448     fTreeR->Fill();
 449   }
 450
 451   // Write out the event Header information
 452   if (fTreeE) fTreeE->Fill();
 453
 454   // Reset stack info
 455   ResetStack();
 456
 457   // Write Tree headers
 458   //  Int_t ievent = fHeader.GetEvent();
 459   //  char hname[30];
 460   //  sprintf(hname,"TreeK%d",ievent);
 461   if (fTreeK) fTreeK->Write();
 462   //  sprintf(hname,"TreeH%d",ievent);
 463   if (fTreeH) fTreeH->Write();
 464   //  sprintf(hname,"TreeD%d",ievent);
 465   if (fTreeD) fTreeD->Write();
 466   //  sprintf(hname,"TreeR%d",ievent);
 467   if (fTreeR) fTreeR->Write();
 468 }
 469
 470 //_____________________________________________________________________________
 471 void AliRun::FinishRun()
 472 {
 473   //
 474   // Called at the end of the run.
 475   //
 476
 477   // Clean detector information
 478   TIter next(fModules);
 479   AliModule *detector;
 480   while((detector = (AliModule*)next())) {
 481     detector->FinishRun();
 482   }
 483
 484   //Output energy summary tables
 485   EnergySummary();
 486
 487   // file is retrieved from whatever tree
 488   TFile *File = 0;
 489   if (fTreeK) File = fTreeK->GetCurrentFile();
 490   if ((!File) && (fTreeH)) File = fTreeH->GetCurrentFile();
 491   if ((!File) && (fTreeD)) File = fTreeD->GetCurrentFile();
 492   if ((!File) && (fTreeE)) File = fTreeE->GetCurrentFile();
 493   if( NULL==File ) {
 494     Error("FinishRun","There isn't root file!");
 495     exit(1);
 496   }
 497   File->cd();
 498   fTreeE->Write();
 499
 500   // Clean tree information
 501   delete fTreeK; fTreeK = 0;
 502   delete fTreeH; fTreeH = 0;
 503   delete fTreeD; fTreeD = 0;
 504   delete fTreeR; fTreeR = 0;
 505   delete fTreeE; fTreeE = 0;
 506
 507   // Write AliRun info and all detectors parameters
 508   Write();
 509
 510   // Close output file
 511   File->Write();
 512 }
 513
 514 //_____________________________________________________________________________
 515 void AliRun::FlagTrack(Int_t track)
 516 {
 517   //
 518   // Flags a track and all its family tree to be kept
 519   //
 520   int curr;
 521   TParticle *particle;
 522
 523   curr=track;
 524   while(1) {
 525     particle=(TParticle*)fParticles->UncheckedAt(curr);
 526
 527     // If the particle is flagged the three from here upward is saved already
 528     if(particle->TestBit(Keep_Bit)) return;
 529
 530     // Save this particle
 531     particle->SetBit(Keep_Bit);
 532
 533     // Move to father if any
 534     if((curr=particle->GetFirstMother())==-1) return;
 535   }
 536 }
 537
 538 //_____________________________________________________________________________
 539 void AliRun::EnergySummary()
 540 {
 541   //
 542   // Print summary of deposited energy
 543   //
 544
 545   Int_t ndep=0;
 546   Float_t edtot=0;
 547   Float_t ed, ed2;
 548   Int_t kn, i, left, j, id;
 549   const Float_t zero=0;
 550   Int_t ievent=fHeader.GetEvent()+1;
 551   //
 552   // Energy loss information
 553   if(ievent) {
 554     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 555     for(kn=1;kn<sEventEnergy.GetSize();kn++) {
 556       ed=sSummEnergy[kn];
 557       if(ed>0) {
 558         sEventEnergy[ndep]=kn;
 559         if(ievent>1) {
 560           ed=ed/ievent;
 561           ed2=sSum2Energy[kn];
 562           ed2=ed2/ievent;
 563           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,zero))/ed;
 564         } else
 565           ed2=99;
 566         sSummEnergy[ndep]=ed;
 567         sSum2Energy[ndep]=TMath::Min((Float_t) 99.,TMath::Max(ed2,zero));
 568         edtot+=ed;
 569         ndep++;
 570       }
 571     }
 572     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 573       left=ndep-kn*3;
 574       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 575         j=kn*3+i;
 576         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 577         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),sSummEnergy[j],sSum2Energy[j]);
 578       }
 579       printf("\n");
 580     }
 581     //
 582     // Relative energy loss in different detectors
 583     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 584     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 585     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 586       left=ndep-kn*5;
 587       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 588         j=kn*5+i;
 589         id=Int_t (sEventEnergy[j]+0.1);
 590         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*sSummEnergy[j]/edtot);
 591       }
 592       printf("\n");
 593     }
 594     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 595     printf("\n");
 596   }
 597   //
 598   // Reset the TArray's
 599   //  sEventEnergy.Set(0);
 600   //  sSummEnergy.Set(0);
 601   //  sSum2Energy.Set(0);
 602 }
 603
 604 //_____________________________________________________________________________
 605 AliModule *AliRun::GetModule(const char *name)
 606 {
 607   //
 608   // Return pointer to detector from name
 609   //
 610   return (AliModule*)fModules->FindObject(name);
 611 }
 612
 613 //_____________________________________________________________________________
 614 AliDetector *AliRun::GetDetector(const char *name)
 615 {
 616   //
 617   // Return pointer to detector from name
 618   //
 619   return (AliDetector*)fModules->FindObject(name);
 620 }
 621
 622 //_____________________________________________________________________________
 623 Int_t AliRun::GetModuleID(const char *name)
 624 {
 625   //
 626   // Return galice internal detector identifier from name
 627   //
 628   Int_t i=-1;
 629   TObject *mod=fModules->FindObject(name);
 630   if(mod) i=fModules->IndexOf(mod);
 631   return i;
 632 }
 633
 634 //_____________________________________________________________________________
 635 Int_t AliRun::GetEvent(Int_t event)
 636 {
 637   //
 638   // Connect the Trees Kinematics and Hits for event # event
 639   // Set branch addresses
 640   //
 641
 642   // Reset existing structures
 643   ResetStack();
 644   ResetHits();
 645   ResetDigits();
 646
 647   // Delete Trees already connected
 648   if (fTreeK) delete fTreeK;
 649   if (fTreeH) delete fTreeH;
 650   if (fTreeD) delete fTreeD;
 651   if (fTreeR) delete fTreeR;
 652
 653   // Get header from file
 654   if(fTreeE) fTreeE->GetEntry(event);
 655   else Error("GetEvent","Cannot file Header Tree\n");
 656
 657   // Get Kine Tree from file
 658   char treeName[20];
 659   sprintf(treeName,"TreeK%d",event);
 660   fTreeK = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 661   if (fTreeK) fTreeK->SetBranchAddress("Particles", &fParticles);
 662   else    Error("GetEvent","cannot find Kine Tree for event:%d\n",event);
 663
 664   // Get Hits Tree header from file
 665   sprintf(treeName,"TreeH%d",event);
 666   fTreeH = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 667   if (!fTreeH) {
 668     Error("GetEvent","cannot find Hits Tree for event:%d\n",event);
 669   }
 670
 671   // Get Digits Tree header from file
 672   sprintf(treeName,"TreeD%d",event);
 673   fTreeD = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 674   if (!fTreeD) {
 675     Warning("GetEvent","cannot find Digits Tree for event:%d\n",event);
 676   }
 677
 678
 679   // Get Reconstruct Tree header from file
 680   sprintf(treeName,"TreeR%d",event);
 681   fTreeR = (TTree*)gDirectory->Get(treeName);
 682   if (!fTreeR) {
 683     //    printf("WARNING: cannot find Reconstructed Tree for event:%d\n",event);
 684   }
 685
 686   // Set Trees branch addresses
 687   TIter next(fModules);
 688   AliModule *detector;
 689   while((detector = (AliModule*)next())) {
 690     detector->SetTreeAddress();
 691   }
 692
 693   if (fTreeK) fTreeK->GetEvent(0);
 694   fNtrack = Int_t (fParticles->GetEntries());
 695   return fNtrack;
 696 }
 697
 698 //_____________________________________________________________________________
 699 TGeometry *AliRun::GetGeometry()
 700 {
 701   //
 702   // Import Alice geometry from current file
 703   // Return pointer to geometry object
 704   //
 705   if (!fGeometry) fGeometry = (TGeometry*)gDirectory->Get("AliceGeom");
 706   //
 707   // Unlink and relink nodes in detectors
 708   // This is bad and there must be a better way...
 709   //
 710
 711   TIter next(fModules);
 712   AliModule *detector;
 713   while((detector = (AliModule*)next())) {
 714     detector->SetTreeAddress();
 715     TList *dnodes=detector->Nodes();
 716     Int_t j;
 717     TNode *node, *node1;
 718     for ( j=0; j<dnodes->GetSize(); j++) {
 719       node = (TNode*) dnodes->At(j);
 720       node1 = fGeometry->GetNode(node->GetName());
 721       dnodes->Remove(node);
 722       dnodes->AddAt(node1,j);
 723     }
 724   }
 725   return fGeometry;
 726 }
 727
 728 //_____________________________________________________________________________
 729 void AliRun::GetNextTrack(Int_t &mtrack, Int_t &ipart, Float_t *pmom,
 730                           Float_t &e, Float_t *vpos, Float_t *polar,
 731                           Float_t &tof)
 732 {
 733   //
 734   // Return next track from stack of particles
 735   //
 736   TVector3 pol;
 737   fCurrent=-1;
 738   TParticle *track;
 739   for(Int_t i=fNtrack-1; i>=0; i--) {
 740     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(i);
 741     if(!track->TestBit(Done_Bit)) {
 742       //
 743       // The track has not yet been processed
 744       fCurrent=i;
 745       ipart=track->GetPdgCode();
 746       pmom[0]=track->Px();
 747       pmom[1]=track->Py();
 748       pmom[2]=track->Pz();
 749       e     =track->Energy();
 750       vpos[0]=track->Vx();
 751       vpos[1]=track->Vy();
 752       vpos[2]=track->Vz();
 753       track->GetPolarisation(pol);
 754       polar[0]=pol.X();
 755       polar[1]=pol.Y();
 756       polar[2]=pol.Z();
 757       tof=track->T();
 758       track->SetBit(Done_Bit);
 759       break;
 760     }
 761   }
 762   mtrack=fCurrent;
 763   //
 764   // stop and start timer when we start a primary track
 765   Int_t nprimaries = fHeader.GetNprimary();
 766   if (fCurrent >= nprimaries) return;
 767   if (fCurrent < nprimaries-1) {
 768     fTimer.Stop();
 769     track=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(fCurrent+1);
 770     //    track->SetProcessTime(fTimer.CpuTime());
 771   }
 772   fTimer.Start();
 773 }
 774
 775 //_____________________________________________________________________________
 776 Int_t AliRun::GetPrimary(Int_t track)
 777 {
 778   //
 779   // return number of primary that has generated track
 780   //
 781   int current, parent;
 782   TParticle *part;
 783   //
 784   parent=track;
 785   while (1) {
 786     current=parent;
 787     part = (TParticle *)fParticles->UncheckedAt(current);
 788     parent=part->GetFirstMother();
 789     if(parent<0) return current;
 790   }
 791 }
 792
 793 //_____________________________________________________________________________
 794 void AliRun::Init(const char *setup)
 795 {
 796   //
 797   // Initialize the Alice setup
 798   //
 799
 800   gROOT->LoadMacro(setup);
 801   gInterpreter->ProcessLine("Config();");
 802
 803   gMC->DefineParticles();  //Create standard MC particles
 804
 805   TObject *objfirst, *objlast;
 806
 807   fNdets = fModules->GetLast()+1;
 808
 809   //
 810   //=================Create Materials, geometry, histograms, etc
 811    TIter next(fModules);
 812    AliModule *detector;
 813    while((detector = (AliModule*)next())) {
 814       detector->SetTreeAddress();
 815       objlast = gDirectory->GetList()->Last();
 816
 817       // Initialise detector materials, geometry, histograms,etc
 818       detector->CreateMaterials();
 819       detector->CreateGeometry();
 820       detector->BuildGeometry();
 821       detector->Init();
 822
 823       // Add Detector histograms in Detector list of histograms
 824       if (objlast) objfirst = gDirectory->GetList()->After(objlast);
 825       else         objfirst = gDirectory->GetList()->First();
 826       while (objfirst) {
 827         detector->Histograms()->Add(objfirst);
 828         objfirst = gDirectory->GetList()->After(objfirst);
 829       }
 830    }
 831    SetTransPar(); //Read the cuts for all materials
 832
 833    MediaTable(); //Build the special IMEDIA table
 834
 835    //Terminate building of geometry
 836    printf("%p\n",gVMC);
 837    gVMC->FinishGeometry();
 838
 839    //Initialise geometry deposition table
 840    sEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 841    sSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 842    sSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 843
 844    //Compute cross-sections
 845    gVMC->BuildPhysics();
 846
 847    //Write Geometry object to current file.
 848    fGeometry->Write();
 849
 850    fInitDone = kTRUE;
 851 }
 852
 853 //_____________________________________________________________________________
 854 void AliRun::MediaTable()
 855 {
 856   //
 857   // Built media table to get from the media number to
 858   // the detector id
 859   //
 860   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 861   //  Int_t ibeg;
 862   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 863   AliModule *det;
 864   //
 865   // For all detectors
 866   for (kz=0;kz<fNdets;kz++) {
 867     // If detector is defined
 868     if((det=(AliModule*) dets[kz])) {
 869         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 870         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 871         // Find max and min material number
 872         if((idt=idtmed[nz])) {
 873           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 874           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 875         }
 876       }
 877       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 878         det->LoMedium() = 0;
 879         det->HiMedium() = 0;
 880       } else {
 881         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 882           Error("MediaTable","Increase fImedia from %d to %d",
 883                 fImedia->GetSize(),det->HiMedium());
 884           return;
 885         }
 886         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 887         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 888           (*fImedia)[lz]=kz;
 889         }
 890       }
 891     }
 892   }
 893   //
 894   // Print summary table
 895   printf(" Traking media ranges:\n");
 896   for(i=0;i<(fNdets-1)/6+1;i++) {
 897     for(k=0;k< (6<fNdets-i*6?6:fNdets-i*6);k++) {
 898       ind=i*6+k;
 899       det=(AliModule*)dets[ind];
 900       if(det)
 901         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 902                det->HiMedium());
 903       else
 904         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 905     }
 906     printf("\n");
 907   }
 908 }
 909
 910 //____________________________________________________________________________
 911 void AliRun::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 912 {
 913   //
 914   // Load the event generator
 915   //
 916   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 917 }
 918
 919 //____________________________________________________________________________
 920 void AliRun::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 921 {
 922   //
 923   // Load the event generator
 924   //
 925   if(fGenerator)
 926     Warning("ResetGenerator","Replacing generator %s with %s\n",
 927             fGenerator->GetName(),generator->GetName());
 928   fGenerator = generator;
 929 }
 930
 931 //____________________________________________________________________________
 932 void AliRun::SetTransPar(char* filename)
 933 {
 934   //
 935   // Read filename to set the transport parameters
 936   //
 937
 938
 939   const Int_t ncuts=10;
 940   const Int_t nflags=11;
 941   const Int_t npars=ncuts+nflags;
 942   const char pars[npars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
 943                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
 944                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
 945                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL"};
 946   char line[256];
 947   char detName[7];
 948   char* filtmp;
 949   Float_t cut[ncuts];
 950   Int_t flag[nflags];
 951   Int_t i, itmed, iret, ktmed, kz;
 952   FILE *lun;
 953   //
 954   // See whether the file is there
 955   filtmp=gSystem->ExpandPathName(filename);
 956   lun=fopen(filtmp,"r");
 957   delete [] filtmp;
 958   if(!lun) {
 959     Warning("SetTransPar","File %s does not exist!\n",filename);
 960     return;
 961   }
 962   //
 963   printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 964   printf(" *%59s\n","*");
 965   printf(" *       Please check carefully what you are doing!%10s\n","*");
 966   printf(" *%59s\n","*");
 967   //
 968   while(1) {
 969     // Initialise cuts and flags
 970     for(i=0;i<ncuts;i++) cut[i]=-99;
 971     for(i=0;i<nflags;i++) flag[i]=-99;
 972     itmed=0;
 973     for(i=0;i<256;i++) line[i]='\0';
 974     // Read up to the end of line excluded
 975     iret=fscanf(lun,"%[^\n]",line);
 976     if(iret<0) {
 977       //End of file
 978       fclose(lun);
 979       printf(" *%59s\n","*");
 980       printf(" "); for(i=0;i<60;i++) printf("*"); printf("\n");
 981       return;
 982     }
 983     // Read the end of line
 984     fscanf(lun,"%*c");
 985     if(!iret) continue;
 986     if(line[0]=='*') continue;
 987     // Read the numbers
 988     iret=sscanf(line,"%s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
 989                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
 990                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
 991                 &flag[8],&flag[9],&flag[10]);
 992     if(!iret) continue;
 993     if(iret<0) {
 994       //reading error
 995       Warning("SetTransPar","Error reading file %s\n",filename);
 996       continue;
 997     }
 998     // Check that the module exist
 999     AliModule *mod = GetModule(detName);
1000     if(mod) {
1001       // Get the array of media numbers
1002       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1003       // Check that the tracking medium code is valid
1004       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1005         ktmed=idtmed[itmed];
1006         if(!ktmed) {
1007           Warning("SetTransPar","Invalid tracking medium code %d for %s\n",itmed,mod->GetName());
1008           continue;
1009         }
1010         // Set energy thresholds
1011         for(kz=0;kz<ncuts;kz++) {
1012           if(cut[kz]>=0) {
1013             printf(" *  %-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s\n",
1014                    pars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName());
1015             gMC->Gstpar(ktmed,pars[kz],cut[kz]);
1016           }
1017         }
1018         // Set transport mechanisms
1019         for(kz=0;kz<nflags;kz++) {
1020           if(flag[kz]>=0) {
1021             printf(" *  %-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s\n",
1022                    pars[ncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName());
1023             gMC->Gstpar(ktmed,pars[ncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1024           }
1025         }
1026       } else {
1027         Warning("SetTransPar","Invalid medium code %d *\n",itmed);
1028         continue;
1029       }
1030     } else {
1031       Warning("SetTransPar","Module %s not present\n",detName);
1032       continue;
1033     }
1034   }
1035 }
1036
1037 //_____________________________________________________________________________
1038 void AliRun::MakeTree(Option_t *option)
1039 {
1040   //
1041   //  Create the ROOT trees
1042   //  Loop on all detectors to create the Root branch (if any)
1043   //
1044
1045   char hname[30];
1046   //
1047   // Analyse options
1048   char *K = strstr(option,"K");
1049   char *H = strstr(option,"H");
1050   char *E = strstr(option,"E");
1051   char *D = strstr(option,"D");
1052   char *R = strstr(option,"R");
1053   //
1054   if (K && !fTreeK) {
1055     sprintf(hname,"TreeK%d",fEvent);
1056     fTreeK = new TTree(hname,"Kinematics");
1057     //  Create a branch for particles
1058     fTreeK->Branch("Particles",&fParticles,4000);
1059   }
1060   if (H && !fTreeH) {
1061     sprintf(hname,"TreeH%d",fEvent);
1062     fTreeH = new TTree(hname,"Hits");
1063     fTreeH->SetAutoSave(1000000000); //no autosave
1064   }
1065   if (D && !fTreeD) {
1066     sprintf(hname,"TreeD%d",fEvent);
1067     fTreeD = new TTree(hname,"Digits");
1068   }
1069   if (R && !fTreeR) {
1070     sprintf(hname,"TreeR%d",fEvent);
1071     fTreeR = new TTree(hname,"Reconstruction");
1072   }
1073   if (E && !fTreeE) {
1074     fTreeE = new TTree("TE","Header");
1075     //  Create a branch for Header
1076     fTreeE->Branch("Header","AliHeader",&header,4000);
1077   }
1078   //
1079   // Create a branch for hits/digits for each detector
1080   // Each branch is a TClonesArray. Each data member of the Hits classes
1081   // will be in turn a subbranch of the detector master branch
1082   TIter next(fModules);
1083   AliModule *detector;
1084   while((detector = (AliModule*)next())) {
1085      if (H || D || R) detector->MakeBranch(option);
1086   }
1087 }
1088
1089 //_____________________________________________________________________________
1090 Int_t AliRun::PurifyKine(Int_t lastSavedTrack, Int_t nofTracks)
1091 {
1092   //
1093   // PurifyKine with external parameters
1094   //
1095   fHgwmk = lastSavedTrack;
1096   fNtrack = nofTracks;
1097   PurifyKine();
1098   return fHgwmk;
1099 }
1100
1101 //_____________________________________________________________________________
1102 void AliRun::PurifyKine()
1103 {
1104   //
1105   // Compress kinematic tree keeping only flagged particles
1106   // and renaming the particle id's in all the hits
1107   //
1108   TClonesArray &particles = *fParticles;
1109   int nkeep=fHgwmk+1, parent, i;
1110   TParticle *part, *partnew, *father;
1111   int *map = new int[particles.GetEntries()];
1112
1113   // Save in Header total number of tracks before compression
1114   fHeader.SetNtrack(fHeader.GetNtrack()+fNtrack-fHgwmk);
1115
1116   // Preset map, to be removed later
1117   for(i=0; i<fNtrack; i++) {
1118     if(i<=fHgwmk) map[i]=i ; else map[i] = -99 ;}
1119   // Second pass, build map between old and new numbering
1120   for(i=fHgwmk+1; i<fNtrack; i++) {
1121     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1122     if(part->TestBit(Keep_Bit)) {
1123
1124       // This particle has to be kept
1125       map[i]=nkeep;
1126       if(i!=nkeep) {
1127
1128         // Old and new are different, have to copy
1129         partnew = (TParticle *)particles.UncheckedAt(nkeep);
1130         *partnew = *part;
1131       } else partnew = part;
1132
1133       // as the parent is always *before*, it must be already
1134       // in place. This is what we are checking anyway!
1135       if((parent=partnew->GetFirstMother())>fHgwmk) {
1136         if(map[parent]==-99) printf("map[%d] = -99!\n",parent);
1137         partnew->SetFirstMother(map[parent]);
1138       }
1139       nkeep++;
1140     }
1141   }
1142   fNtrack=nkeep;
1143
1144   // Fix daughters information
1145   for (i=0; i<fNtrack; i++) {
1146     part = (TParticle *)particles.UncheckedAt(i);
1147     parent = part->GetFirstMother();
1148     if(parent>=0) {
1149       father = (TParticle *)particles.UncheckedAt(parent);
1150       if(father->TestBit(Daughters_Bit)) {
1151
1152         if(i<father->GetFirstDaughter()) father->SetFirstDaughter(i);
1153         if(i>father->GetLastDaughter())  father->SetLastDaughter(i);
1154       } else {
1155         // Iitialise daughters info for first pass
1156         father->SetFirstDaughter(i);
1157         father->SetLastDaughter(i);
1158         father->SetBit(Daughters_Bit);
1159       }
1160     }
1161   }
1162
1163 #ifdef old
1164   // Now loop on all detectors and reset the hits
1165   AliHit *OneHit;
1166   TIter next(fModules);
1167   AliModule *detector;
1168   while((detector = (AliModule*)next())) {
1169     if (!detector->Hits()) continue;
1170     TClonesArray &vHits=*(detector->Hits());
1171     if(vHits.GetEntries() != detector->GetNhits())
1172       printf("vHits.GetEntries()!=detector->GetNhits(): %d != %d\n",
1173              vHits.GetEntries(),detector->GetNhits());
1174     for (i=0; i<detector->GetNhits(); i++) {
1175       OneHit = (AliHit *)vHits.UncheckedAt(i);
1176       OneHit->SetTrack(map[OneHit->GetTrack()]);
1177     }
1178   }
1179 #else
1180
1181   // Now loop on all registered hit lists
1182   TIter next(fHitLists);
1183   TCollection *hitList;
1184   while((hitList = (TCollection*)next())) {
1185     TIter nexthit(hitList);
1186     AliHit *hit;
1187     while((hit = (AliHit*)nexthit())) {
1188       hit->SetTrack(map[hit->GetTrack()]);
1189     }
1190   }
1191 #endif
1192
1193   fHgwmk=nkeep-1;
1194   particles.SetLast(fHgwmk);
1195   delete [] map;
1196 }
1197
1198 //_____________________________________________________________________________
1199 void AliRun::Reset(Int_t run, Int_t idevent)
1200 {
1201   //
1202   //  Reset all Detectors & kinematics & trees
1203   //
1204   char hname[30];
1205   //
1206   ResetStack();
1207   ResetHits();
1208   ResetDigits();
1209
1210   // Initialise event header
1211   fHeader.Reset(run,idevent);
1212
1213   if(fTreeK) {
1214     fTreeK->Reset();
1215     sprintf(hname,"TreeK%d",idevent);
1216     fTreeK->SetName(hname);
1217   }
1218   if(fTreeH) {
1219     fTreeH->Reset();
1220     sprintf(hname,"TreeH%d",idevent);
1221     fTreeH->SetName(hname);
1222   }
1223   if(fTreeD) {
1224     fTreeD->Reset();
1225     sprintf(hname,"TreeD%d",idevent);
1226     fTreeD->SetName(hname);
1227   }
1228   if(fTreeR) {
1229     fTreeR->Reset();
1230     sprintf(hname,"TreeR%d",idevent);
1231     fTreeR->SetName(hname);
1232   }
1233 }
1234
1235 //_____________________________________________________________________________
1236 void AliRun::ResetDigits()
1237 {
1238   //
1239   //  Reset all Detectors digits
1240   //
1241   TIter next(fModules);
1242   AliModule *detector;
1243   while((detector = (AliModule*)next())) {
1244      detector->ResetDigits();
1245   }
1246 }
1247
1248 //_____________________________________________________________________________
1249 void AliRun::ResetHits()
1250 {
1251   //
1252   //  Reset all Detectors hits
1253   //
1254   TIter next(fModules);
1255   AliModule *detector;
1256   while((detector = (AliModule*)next())) {
1257      detector->ResetHits();
1258   }
1259 }
1260
1261 //_____________________________________________________________________________
1262 void AliRun::ResetPoints()
1263 {
1264   //
1265   // Reset all Detectors points
1266   //
1267   TIter next(fModules);
1268   AliModule *detector;
1269   while((detector = (AliModule*)next())) {
1270      detector->ResetPoints();
1271   }
1272 }
1273
1274 //_____________________________________________________________________________
1275 void AliRun::Run(Int_t nevent, const char *setup)
1276 {
1277   //
1278   // Main function to be called to process a galice run
1279   // example
1280   //    Root > gAlice.Run();
1281   // a positive number of events will cause the finish routine
1282   // to be called
1283   //
1284
1285   Int_t i, todo;
1286   // check if initialisation has been done
1287   if (!fInitDone) Init(setup);
1288
1289   // Create the Root Tree with one branch per detector
1290   gAlice->MakeTree("KHDER");
1291
1292   todo = TMath::Abs(nevent);
1293   for (i=0; i<todo; i++) {
1294   // Process one run (one run = one event)
1295      gAlice->Reset(fRun, fEvent);
1296      gVMC->ProcessEvent();
1297      gAlice->FinishEvent();
1298      fEvent++;
1299   }
1300
1301   // End of this run, close files
1302   if(nevent>0) gAlice->FinishRun();
1303 }
1304
1305 //_____________________________________________________________________________
1306 void AliRun::RunLego(const char *setup,Int_t ntheta,Float_t themin,
1307                      Float_t themax,Int_t nphi,Float_t phimin,Float_t phimax,
1308                      Float_t rmin,Float_t rmax,Float_t zmax)
1309 {
1310   //
1311   // Generates lego plots of:
1312   //    - radiation length map phi vs theta
1313   //    - radiation length map phi vs eta
1314   //    - interaction length map
1315   //    - g/cm2 length map
1316   //
1317   //  ntheta    bins in theta, eta
1318   //  themin    minimum angle in theta (degrees)
1319   //  themax    maximum angle in theta (degrees)
1320   //  nphi      bins in phi
1321   //  phimin    minimum angle in phi (degrees)
1322   //  phimax    maximum angle in phi (degrees)
1323   //  rmin      minimum radius
1324   //  rmax      maximum radius
1325   //
1326   //
1327   //  The number of events generated = ntheta*nphi
1328   //  run input parameters in macro setup (default="Config.C")
1329   //
1330   //  Use macro "lego.C" to visualize the 3 lego plots in spherical coordinates
1331   //Begin_Html
1332   /*
1333     <img src="picts/AliRunLego1.gif">
1334   */
1335   //End_Html
1336   //Begin_Html
1337   /*
1338     <img src="picts/AliRunLego2.gif">
1339   */
1340   //End_Html
1341   //Begin_Html
1342   /*
1343     <img src="picts/AliRunLego3.gif">
1344   */
1345   //End_Html
1346   //
1347
1348   // check if initialisation has been done
1349   if (!fInitDone) Init(setup);
1350
1351   //Create Lego object
1352   fLego = new AliLego("lego",ntheta,themin,themax,nphi,phimin,phimax,rmin,rmax,zmax);
1353
1354   //Run Lego Object
1355   fLego->Run();
1356
1357   // Create only the Root event Tree
1358   gAlice->MakeTree("E");
1359
1360   // End of this run, close files
1361   gAlice->FinishRun();
1362 }
1363
1364 //_____________________________________________________________________________
1365 void AliRun::SetCurrentTrack(Int_t track)
1366 {
1367   //
1368   // Set current track number
1369   //
1370   fCurrent = track;
1371 }
1372
1373 //_____________________________________________________________________________
1374 void AliRun::SetTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, Float_t *pmom,
1375                       Float_t *vpos, Float_t *polar, Float_t tof,
1376                       const char *mecha, Int_t &ntr, Float_t weight)
1377 {
1378   //
1379   // Load a track on the stack
1380   //
1381   // done     0 if the track has to be transported
1382   //          1 if not
1383   // parent   identifier of the parent track. -1 for a primary
1384   // pdg    particle code
1385   // pmom     momentum GeV/c
1386   // vpos     position
1387   // polar    polarisation
1388   // tof      time of flight in seconds
1389   // mecha    production mechanism
1390   // ntr      on output the number of the track stored
1391   //
1392   TClonesArray &particles = *fParticles;
1393   TParticle *particle;
1394   Float_t mass;
1395   const Int_t firstdaughter=-1;
1396   const Int_t lastdaughter=-1;
1397   const Int_t KS=0;
1398   //  const Float_t tlife=0;
1399
1400   //
1401   // Here we get the static mass
1402   // For MC is ok, but a more sophisticated method could be necessary
1403   // if the calculated mass is required
1404   // also, this method is potentially dangerous if the mass
1405   // used in the MC is not the same of the PDG database
1406   //
1407   mass = TDatabasePDG::Instance()->GetParticle(pdg)->Mass();
1408   Float_t e=TMath::Sqrt(mass*mass+pmom[0]*pmom[0]+
1409                         pmom[1]*pmom[1]+pmom[2]*pmom[2]);
1410
1411   //printf("Loading particle %s mass %f ene %f No %d ip %d pos %f %f %f mom %f %f %f KS %d m %s\n",
1412   //pname,mass,e,fNtrack,pdg,vpos[0],vpos[1],vpos[2],pmom[0],pmom[1],pmom[2],KS,mecha);
1413
1414   particle=new(particles[fNtrack]) TParticle(pdg,KS,parent,-1,firstdaughter,
1415                                              lastdaughter,pmom[0],pmom[1],pmom[2],
1416                                              e,vpos[0],vpos[1],vpos[2],tof);
1417   //                                         polar[0],polar[1],polar[2],tof,
1418   //                                         mecha,weight);
1419   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetPolarisation(TVector3(polar[0],polar[1],polar[2]));
1420   ((TParticle*)particles[fNtrack])->SetWeight(weight);
1421   if(!done) particle->SetBit(Done_Bit);
1422
1423   if(parent>=0) {
1424     particle=(TParticle*) fParticles->UncheckedAt(parent);
1425     particle->SetLastDaughter(fNtrack);
1426     if(particle->GetFirstDaughter()<0) particle->SetFirstDaughter(fNtrack);
1427   } else {
1428     //
1429     // This is a primary track. Set high water mark for this event
1430     fHgwmk=fNtrack;
1431     //
1432     // Set also number if primary tracks
1433     fHeader.SetNprimary(fHgwmk+1);
1434     fHeader.SetNtrack(fHgwmk+1);
1435   }
1436   ntr = fNtrack++;
1437 }
1438
1439 //_____________________________________________________________________________
1440 void AliRun::KeepTrack(const Int_t track)
1441 {
1442   //
1443   // flags a track to be kept
1444   //
1445   TClonesArray &particles = *fParticles;
1446   ((TParticle*)particles[track])->SetBit(Keep_Bit);
1447 }
1448
1449 //_____________________________________________________________________________
1450 void AliRun::StepManager(Int_t id) const
1451 {
1452   //
1453   // Called at every step during transport
1454   //
1455
1456   //
1457   // --- If lego option, do it and leave
1458   if (fLego)
1459     fLego->StepManager();
1460   else {
1461     Int_t copy;
1462     //Update energy deposition tables
1463     sEventEnergy[gMC->CurrentVolID(copy)]+=gMC->Edep();
1464
1465     //Call the appropriate stepping routine;
1466     AliModule *det = (AliModule*)fModules->At(id);
1467     if(det) det->StepManager();
1468   }
1469 }
1470
1471 //_____________________________________________________________________________
1472 void AliRun::Streamer(TBuffer &R__b)
1473 {
1474   //
1475   // Stream an object of class AliRun.
1476   //
1477   if (R__b.IsReading()) {
1478     Version_t R__v = R__b.ReadVersion(); if (R__v) { }
1479     TNamed::Streamer(R__b);
1480     if (!gAlice) gAlice = this;
1481     gROOT->GetListOfBrowsables()->Add(this,"Run");
1482     fTreeE = (TTree*)gDirectory->Get("TE");
1483     if (fTreeE) fTreeE->SetBranchAddress("Header", &header);
1484     else    Error("Streamer","cannot find Header Tree\n");
1485     R__b >> fNtrack;
1486     R__b >> fHgwmk;
1487     R__b >> fDebug;
1488     fHeader.Streamer(R__b);
1489     R__b >> fModules;
1490     R__b >> fParticles;
1491     R__b >> fField;
1492     //    R__b >> fMC;
1493     R__b >> fNdets;
1494     R__b >> fTrRmax;
1495     R__b >> fTrZmax;
1496     R__b >> fGenerator;
1497     if(R__v>1) {
1498       R__b >> fPDGDB;        //Particle factory object!
1499       fTreeE->GetEntry(0);
1500     } else {
1501       fHeader.SetEvent(0);
1502       fPDGDB     = TDatabasePDG::Instance();        //Particle factory object!
1503     }
1504   } else {
1505     R__b.WriteVersion(AliRun::IsA());
1506     TNamed::Streamer(R__b);
1507     R__b << fNtrack;
1508     R__b << fHgwmk;
1509     R__b << fDebug;
1510     fHeader.Streamer(R__b);
1511     R__b << fModules;
1512     R__b << fParticles;
1513     R__b << fField;
1514     //    R__b << fMC;
1515     R__b << fNdets;
1516     R__b << fTrRmax;
1517     R__b << fTrZmax;
1518     R__b << fGenerator;
1519     R__b << fPDGDB;        //Particle factory object!
1520   }
1521 }