STEER/STEER/AliMC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 // This class is extracted from the AliRun class
  19 // and contains all the MC-related functionality
  20 // The number of dependencies has to be reduced...
  21 // Author: F.Carminati
  22 //         Federico.Carminati@cern.ch
  23
  24 #include <string.h>
  25
  26 #include <RVersion.h>
  27 #include <TArrayI.h>
  28 #include <TClonesArray.h>
  29 #include <TFile.h>
  30 #include <TGeoGlobalMagField.h>
  31 #include <TGeoManager.h>
  32 #include <TParticle.h>
  33 #include <TROOT.h>
  34 #include <TStopwatch.h>
  35 #include <TSystem.h>
  36 #include <TVirtualMC.h>
  37 #include <TMCVerbose.h>
  38 #include <TTree.h>
  39
  40 #include "AliCDBEntry.h"
  41 #include "AliCDBManager.h"
  42 #include "AliCDBStorage.h"
  43 #include "AliDetector.h"
  44 #include "AliGenerator.h"
  45 #include "AliGeomManager.h"
  46 #include "AliHeader.h"
  47 #include "AliHit.h"
  48 #include "AliLego.h"
  49 #include "AliLog.h"
  50 #include "AliMC.h"
  51 #include "AliMagF.h"
  52 #include "AliRun.h"
  53 #include "AliSimulation.h"
  54 #include "AliStack.h"
  55 #include "AliTrackReference.h"
  56
  57 using std::endl;
  58 using std::cout;
  59 ClassImp(AliMC)
  60
  61 //_______________________________________________________________________
  62 AliMC::AliMC() :
  63   fGenerator(0),
  64   fSaveRndmStatus(kFALSE),
  65   fSaveRndmEventStatus(kFALSE),
  66   fReadRndmStatus(kFALSE),
  67   fRndmFileName("random.root"),
  68   fEventEnergy(0),
  69   fSummEnergy(0),
  70   fSum2Energy(0),
  71   fTrRmax(1.e10),
  72   fTrZmax(1.e10),
  73   fRDecayMax(1.e10),
  74   fRDecayMin(-1.),
  75   fDecayPdg(0),
  76   fImedia(0),
  77   fTransParName("\0"),
  78   fHitLists(0),
  79   fTmpTreeTR(0),
  80   fTmpFileTR(0),
  81   fTrackReferences(),
  82   fTmpTrackReferences()
  83
  84 {
  85   //default constructor
  86   DecayLimits();
  87 }
  88
  89 //_______________________________________________________________________
  90 AliMC::AliMC(const char *name, const char *title) :
  91   TVirtualMCApplication(name, title),
  92   fGenerator(0),
  93   fSaveRndmStatus(kFALSE),
  94   fSaveRndmEventStatus(kFALSE),
  95   fReadRndmStatus(kFALSE),
  96   fRndmFileName("random.root"),
  97   fEventEnergy(0),
  98   fSummEnergy(0),
  99   fSum2Energy(0),
 100   fTrRmax(1.e10),
 101   fTrZmax(1.e10),
 102   fRDecayMax(1.e10),
 103   fRDecayMin(-1.),
 104   fDecayPdg(0),
 105   fImedia(new TArrayI(1000)),
 106   fTransParName("\0"),
 107   fHitLists(new TList()),
 108   fTmpTreeTR(0),
 109   fTmpFileTR(0),
 110   fTrackReferences("AliTrackReference", 100),
 111   fTmpTrackReferences("AliTrackReference", 100)
 112 {
 113   //constructor
 114   // Set transport parameters
 115   SetTransPar();
 116   DecayLimits();
 117   // Prepare the tracking medium lists
 118   for(Int_t i=0;i<1000;i++) (*fImedia)[i]=-99;
 119 }
 120
 121 //_______________________________________________________________________
 122 AliMC::~AliMC()
 123 {
 124   //destructor
 125   delete fGenerator;
 126   delete fImedia;
 127   delete fHitLists;
 128   // Delete track references
 129 }
 130
 131 //_______________________________________________________________________
 132 void  AliMC::ConstructGeometry()
 133 {
 134   //
 135   // Either load geometry from file or create it through usual
 136   // loop on detectors. In the first case the method
 137   // AliModule::CreateMaterials() only builds fIdtmed and is postponed
 138   // at InitGeometry().
 139   //
 140
 141   if(AliSimulation::Instance()->IsGeometryFromFile()){ //load geometry either from CDB or from file
 142     if(IsGeometryFromCDB()){
 143       AliInfo("Loading geometry from CDB default storage");
 144       AliCDBPath path("GRP","Geometry","Data");
 145       AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
 146       if(!entry) AliFatal("Unable to load geometry from CDB!");
 147       entry->SetOwner(0);
 148       gGeoManager = (TGeoManager*) entry->GetObject();
 149       if (!gGeoManager) AliFatal("TGeoManager object not found in the specified CDB entry!");
 150     }else{
 151       // Load geometry
 152       const char *geomfilename = AliSimulation::Instance()->GetGeometryFile();
 153       if(gSystem->ExpandPathName(geomfilename)){
 154         AliInfo(Form("Loading geometry from file:\n %40s",geomfilename));
 155         TGeoManager::Import(geomfilename);
 156       }else{
 157         AliInfo(Form("Geometry file %40s not found!\n",geomfilename));
 158         return;
 159       }
 160     }
 161     gMC->SetRootGeometry();
 162   }else{
 163     // Create modules, materials, geometry
 164     if (!gGeoManager) new TGeoManager("ALICE", "ALICE geometry");
 165     TStopwatch stw;
 166     TIter next(gAlice->Modules());
 167     AliModule *detector;
 168     AliDebug(1, "Geometry creation:");
 169     while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 170       stw.Start();
 171       // Initialise detector materials and geometry
 172       detector->CreateMaterials();
 173       detector->CreateGeometry();
 174       AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 175                    detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 176     }
 177   }
 178
 179 }
 180
 181 //_______________________________________________________________________
 182 Bool_t  AliMC::MisalignGeometry()
 183 {
 184   // Call misalignment code if AliSimulation object was defined.
 185
 186   if(!AliSimulation::Instance()->IsGeometryFromFile()){
 187     //Set alignable volumes for the whole geometry
 188     SetAllAlignableVolumes();
 189   }
 190   // Misalign geometry via AliSimulation instance
 191   if (!AliSimulation::Instance()) return kFALSE;
 192   AliGeomManager::SetGeometry(gGeoManager);
 193   if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT("ALL"))
 194     AliFatal("Current loaded geometry differs in the definition of symbolic names!");
 195
 196   return AliSimulation::Instance()->MisalignGeometry(AliRunLoader::Instance());
 197 }
 198
 199 //_______________________________________________________________________
 200 void  AliMC::ConstructOpGeometry()
 201 {
 202   //
 203   // Loop all detector modules and call DefineOpticalProperties() method
 204   //
 205
 206   TIter next(gAlice->Modules());
 207   AliModule *detector;
 208   AliInfo("Optical properties definition");
 209   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 210     // Initialise detector geometry
 211     if(AliSimulation::Instance()->IsGeometryFromFile()) detector->CreateMaterials();
 212     // Initialise detector optical properties
 213     detector->DefineOpticalProperties();
 214   }
 215 }
 216
 217 #include <TPDGCode.h>
 218 //_______________________________________________________________________
 219 void  AliMC::AddParticles()
 220 {
 221   //
 222   // Add particles (not present in Geant3 or Geant4)
 223   //
 224
 225   // --------------------------------------------------------------------
 226   // An example of adding a particle He5 with defined decay mode
 227   // (TO BE REMOVED after a useful code is added)
 228
 229   cout << "########## AliMC::AddParticles"  << endl;
 230
 231   //Hypertriton
 232   gMC->DefineParticle(1010010030, "HyperTriton", kPTHadron, 2.99131 , 1.0, 2.632e-10,"Ion", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, kFALSE);
 233   //Anti-Hypertriton
 234   gMC->DefineParticle(-1010010030, "AntiHyperTriton", kPTHadron, 2.99131 , 1.0, 2.632e-10,"Ion", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, kFALSE);
 235
 236
 237   //Lambda-Neutron
 238   gMC->DefineParticle(1010000020, "LambdaNeutron", kPTNeutron, 2.054 , 0.0, 2.632e-10,"Ion", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, kFALSE);
 239
 240   //Anti-Lambda-Neutron
 241   gMC->DefineParticle(-1010000020, "AntiLambdaNeutron", kPTNeutron, 2.054 , 0.0, 2.632e-10,"Hadron", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, kFALSE);
 242
 243   //H-Dibaryon
 244   gMC->DefineParticle(1020000020, "Hdibaryon", kPTNeutron, 2.21, 0.0, 2.632e-10,"Hadron", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, kFALSE);
 245   //Anti-H-Dibaryon
 246   gMC->DefineParticle(-1020000020, "AntiHdibaryon", kPTNeutron, 2.21  , 0.0, 2.632e-10,"Hadron", 0.0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, kFALSE);
 247
 248
 249   // Define the 2- and 3-body phase space decay for the Hyper-Triton
 250   Int_t mode[6][3];
 251   Float_t bratio[6];
 252
 253   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 254      bratio[kz] = 0.;
 255      mode[kz][0] = 0;
 256      mode[kz][1] = 0;
 257      mode[kz][2] = 0;
 258   }
 259   bratio[0] = 50.;
 260   mode[0][0] = 1000020030; // Helium3
 261   mode[0][1] = -211; // negative pion
 262   bratio[1] = 50.;
 263   mode[1][0] = 1000010020; // deuteron
 264   mode[1][1] = 2212; // proton
 265   mode[1][2] = -211; // negative pion
 266
 267   gMC->SetDecayMode(1010010030,bratio,mode);
 268
 269
 270
 271   // Define the 2- and 3-body phase space decay for the Anti-Hyper-Triton
 272   Int_t amode[6][3];
 273   Float_t abratio[6];
 274
 275   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 276      abratio[kz] = 0.;
 277      amode[kz][0] = 0;
 278      amode[kz][1] = 0;
 279      amode[kz][2] = 0;
 280   }
 281   abratio[0] = 50.;
 282   amode[0][0] = -1000020030; // anti- Helium3
 283   amode[0][1] = 211; // positive pion
 284   abratio[1] = 50.;
 285   amode[1][0] = -1000010020; // anti-deuteron
 286   amode[1][1] = -2212; // anti-proton
 287   amode[1][2] = 211; // positive pion
 288
 289   gMC->SetDecayMode(-1010010030,abratio,amode);
 290
 291   // Define the 2-body phase space decay for the Lambda-neutron boundstate
 292   Int_t mode1[6][3];
 293   Float_t bratio1[6];
 294
 295   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 296      bratio1[kz] = 0.;
 297      mode1[kz][0] = 0;
 298      mode1[kz][1] = 0;
 299      mode1[kz][2] = 0;
 300   }
 301   bratio1[0] = 100.;
 302   mode1[0][0] = 1000010020; // deuteron
 303   mode1[0][1] = -211; // negative pion
 304
 305   gMC->SetDecayMode(1010000020,bratio1,mode1);
 306
 307
 308   // Define the 2-body phase space decay for the Anti-Lambda-neutron boundstate
 309   Int_t amode1[6][3];
 310   Float_t abratio1[6];
 311
 312   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 313      abratio1[kz] = 0.;
 314      amode1[kz][0] = 0;
 315      amode1[kz][1] = 0;
 316      amode1[kz][2] = 0;
 317   }
 318   abratio1[0] = 100.;
 319   amode1[0][0] = -1000010020; // anti-deuteron
 320   amode1[0][1] = 211; // positive pion
 321
 322   gMC->SetDecayMode(-1010000020,abratio1,amode1);
 323
 324   // Define the 2-body phase space decay for the H-Dibaryon
 325   Int_t mode2[6][3];
 326   Float_t bratio2[6];
 327
 328   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 329      bratio2[kz] = 0.;
 330      mode2[kz][0] = 0;
 331      mode2[kz][1] = 0;
 332      mode2[kz][2] = 0;
 333   }
 334   bratio2[0] = 100.;
 335   mode2[0][0] = 3122; // Lambda
 336   mode2[0][1] = 2212; // proton
 337   mode2[0][2] = -211; // negative pion
 338
 339   gMC->SetDecayMode(1020000020,bratio2,mode2);
 340
 341   // Define the 2-body phase space decay for the Anti-H-Dibaryon
 342   Int_t amode2[6][3];
 343   Float_t abratio2[6];
 344
 345   for (Int_t kz = 0; kz < 6; kz++) {
 346      abratio2[kz] = 0.;
 347      amode2[kz][0] = 0;
 348      amode2[kz][1] = 0;
 349      amode2[kz][2] = 0;
 350   }
 351   abratio2[0] = 100.;
 352   amode2[0][0] = -3122; // anti-deuteron
 353   amode2[0][1] = -2212; // anti-proton
 354   amode2[0][2] = 211; // positive pion
 355
 356   gMC->SetDecayMode(-1020000020,abratio2,amode2);
 357
 358   // end of the example
 359   // --------------------------------------------------------------------
 360 }
 361
 362 //_______________________________________________________________________
 363 void  AliMC::InitGeometry()
 364 {
 365   //
 366   // Initialize detectors
 367   //
 368
 369   AliInfo("Initialisation:");
 370   TStopwatch stw;
 371   TIter next(gAlice->Modules());
 372   AliModule *detector;
 373   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 374     stw.Start();
 375     detector->Init();
 376     AliInfo(Form("%10s R:%.2fs C:%.2fs",
 377                  detector->GetName(),stw.RealTime(),stw.CpuTime()));
 378   }
 379 }
 380
 381 //_______________________________________________________________________
 382 void AliMC::SetGeometryFromCDB()
 383 {
 384   // Set the loading of geometry from cdb instead of creating it
 385   // A default CDB storage needs to be set before this method is called
 386   if(AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet() &&
 387      AliCDBManager::Instance()->GetRun() >= 0)
 388     AliSimulation::Instance()->SetGeometryFile("*OCDB*");
 389   else
 390     AliError("Loading of geometry from CDB ignored. First set a default CDB storage!");
 391 }
 392
 393 //_______________________________________________________________________
 394 Bool_t AliMC::IsGeometryFromCDB() const
 395 {
 396   return (strcmp(AliSimulation::Instance()->GetGeometryFile(),"*OCDB*")==0);
 397 }
 398
 399 //_______________________________________________________________________
 400 void  AliMC::SetAllAlignableVolumes()
 401 {
 402   //
 403   // Add alignable volumes (TGeoPNEntries) looping on all
 404   // active modules
 405   //
 406
 407   AliInfo(Form("Setting entries for all alignable volumes of active detectors"));
 408   AliModule *detector;
 409   TIter next(gAlice->Modules());
 410   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 411     detector->AddAlignableVolumes();
 412   }
 413 }
 414
 415 //_______________________________________________________________________
 416 void  AliMC::GeneratePrimaries()
 417 {
 418   //
 419   // Generate primary particles and fill them in the stack.
 420   //
 421
 422   Generator()->Generate();
 423 }
 424
 425 //_______________________________________________________________________
 426 void AliMC::SetGenerator(AliGenerator *generator)
 427 {
 428   //
 429   // Load the event generator
 430   //
 431   if(!fGenerator) fGenerator = generator;
 432 }
 433
 434 //_______________________________________________________________________
 435 void AliMC::ResetGenerator(AliGenerator *generator)
 436 {
 437   //
 438   // Load the event generator
 439   //
 440   if(fGenerator) {
 441     if(generator) {
 442       AliWarning(Form("Replacing generator %s with %s",
 443                       fGenerator->GetName(),generator->GetName()));
 444     }
 445     else {
 446       AliWarning(Form("Replacing generator %s with NULL",
 447                       fGenerator->GetName()));
 448     }
 449   }
 450   fGenerator = generator;
 451 }
 452
 453 //_______________________________________________________________________
 454 void AliMC::FinishRun()
 455 {
 456   // Clean generator information
 457   AliDebug(1, "fGenerator->FinishRun()");
 458   fGenerator->FinishRun();
 459
 460   //Output energy summary tables
 461   AliDebug(1, "EnergySummary()");
 462   ToAliDebug(1, EnergySummary());
 463 }
 464
 465 //_______________________________________________________________________
 466 void AliMC::BeginPrimary()
 467 {
 468   //
 469   // Called  at the beginning of each primary track
 470   //
 471
 472   // Reset Hits info
 473   ResetHits();
 474   ResetTrackReferences();
 475 }
 476
 477 //_______________________________________________________________________
 478 void AliMC::PreTrack()
 479 {
 480   // Actions before the track's transport
 481
 482      //verbose.PreTrack();
 483
 484      TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 485      AliModule *module;
 486
 487      for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 488        if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 489          module->PreTrack();
 490 }
 491
 492 //_______________________________________________________________________
 493 void AliMC::Stepping()
 494 {
 495   //
 496   // Called at every step during transport
 497   //
 498   //verbose.Stepping();
 499
 500   Int_t id = DetFromMate(gMC->CurrentMedium());
 501   if (id < 0) return;
 502
 503
 504   if ( gMC->IsNewTrack()            &&
 505        gMC->TrackTime() == 0.       &&
 506        fRDecayMin >= 0.             &&
 507        fRDecayMax > fRDecayMin      &&
 508        gMC->TrackPid() == fDecayPdg )
 509   {
 510       FixParticleDecaytime();
 511   }
 512
 513
 514
 515   //
 516   // --- If lego option, do it and leave
 517   if (AliSimulation::Instance()->Lego())
 518     AliSimulation::Instance()->Lego()->StepManager();
 519   else {
 520     Int_t copy;
 521     //Update energy deposition tables
 522     AddEnergyDeposit(gMC->CurrentVolID(copy),gMC->Edep());
 523     //
 524     // write tracke reference for track which is dissapearing - MI
 525
 526     if (gMC->IsTrackDisappeared() && !(gMC->IsTrackAlive())) {
 527         if (gMC->Etot() > 0.05) AddTrackReference(GetCurrentTrackNumber(),
 528                                                 AliTrackReference::kDisappeared);
 529
 530
 531     }
 532
 533     //Call the appropriate stepping routine;
 534     AliModule *det = dynamic_cast<AliModule*>(gAlice->Modules()->At(id));
 535     if(det && det->StepManagerIsEnabled()) {
 536       det->StepManager();
 537     }
 538   }
 539 }
 540
 541 //_______________________________________________________________________
 542 void AliMC::EnergySummary()
 543 {
 544   //e
 545   // Print summary of deposited energy
 546   //
 547
 548   Int_t ndep=0;
 549   Float_t edtot=0;
 550   Float_t ed, ed2;
 551   Int_t kn, i, left, j, id;
 552   const Float_t kzero=0;
 553   Int_t ievent=AliRunLoader::Instance()->GetHeader()->GetEvent()+1;
 554   //
 555   // Energy loss information
 556   if(ievent) {
 557     printf("***************** Energy Loss Information per event (GEV) *****************\n");
 558     for(kn=1;kn<fEventEnergy.GetSize();kn++) {
 559       ed=fSummEnergy[kn];
 560       if(ed>0) {
 561         fEventEnergy[ndep]=kn;
 562         if(ievent>1) {
 563           ed=ed/ievent;
 564           ed2=fSum2Energy[kn];
 565           ed2=ed2/ievent;
 566           ed2=100*TMath::Sqrt(TMath::Max(ed2-ed*ed,kzero))/ed;
 567         } else
 568           ed2=99;
 569         fSummEnergy[ndep]=ed;
 570         fSum2Energy[ndep]=TMath::Min(static_cast<Float_t>(99.),TMath::Max(ed2,kzero));
 571         edtot+=ed;
 572         ndep++;
 573       }
 574     }
 575     for(kn=0;kn<(ndep-1)/3+1;kn++) {
 576       left=ndep-kn*3;
 577       for(i=0;i<(3<left?3:left);i++) {
 578         j=kn*3+i;
 579         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 580         printf(" %s %10.3f +- %10.3f%%;",gMC->VolName(id),fSummEnergy[j],fSum2Energy[j]);
 581       }
 582       printf("\n");
 583     }
 584     //
 585     // Relative energy loss in different detectors
 586     printf("******************** Relative Energy Loss per event ********************\n");
 587     printf("Total energy loss per event %10.3f GeV\n",edtot);
 588     for(kn=0;kn<(ndep-1)/5+1;kn++) {
 589       left=ndep-kn*5;
 590       for(i=0;i<(5<left?5:left);i++) {
 591         j=kn*5+i;
 592         id=Int_t (fEventEnergy[j]+0.1);
 593         printf(" %s %10.3f%%;",gMC->VolName(id),100*fSummEnergy[j]/edtot);
 594       }
 595       printf("\n");
 596     }
 597     for(kn=0;kn<75;kn++) printf("*");
 598     printf("\n");
 599   }
 600   //
 601   // Reset the TArray's
 602   //  fEventEnergy.Set(0);
 603   //  fSummEnergy.Set(0);
 604   //  fSum2Energy.Set(0);
 605 }
 606 #include <TFile.h>
 607 //_____________________________________________________________________________
 608 void AliMC::BeginEvent()
 609 {
 610   //
 611   // Clean-up previous event
 612   // Energy scores
 613   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 614   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 615   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 616   AliDebug(1, "          BEGINNING EVENT               ");
 617   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 618   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 619   AliDebug(1, ">>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>");
 620
 621   AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 622
 623   /*******************************/
 624   /*   Clean after eventual      */
 625   /*   previous event            */
 626   /*******************************/
 627
 628
 629   //Set the next event in Run Loader -> Cleans trees (TreeK and all trees in detectors),
 630   gAlice->SetEventNrInRun(gAlice->GetEventNrInRun()+1);
 631   runloader->SetEventNumber(gAlice->GetEventNrInRun());// sets new files, cleans the previous event stuff, if necessary, etc.,
 632   AliDebug(1, Form("EventNr is %d",gAlice->GetEventNrInRun()));
 633
 634   fEventEnergy.Reset();
 635     // Clean detector information
 636
 637   if (runloader->Stack())
 638       runloader->Stack()->Reset();//clean stack -> tree is unloaded
 639   else
 640       runloader->MakeStack();//or make a new one
 641
 642   // Random engine status
 643   //
 644
 645   if ( fSaveRndmStatus || fSaveRndmEventStatus) {
 646     TString fileName="random";
 647     if ( fSaveRndmEventStatus ) {
 648       fileName += "Evt";
 649       fileName += gAlice->GetEventNrInRun();
 650     }
 651     fileName += ".root";
 652
 653     // write ROOT random engine status
 654     cout << "Saving random engine status in " << fileName.Data() << endl;
 655     TFile f(fileName.Data(),"RECREATE");
 656     gRandom->Write(fileName.Data());
 657   }
 658
 659   if ( fReadRndmStatus ) {
 660     //read ROOT random engine status
 661     cout << "Reading random engine status from " << fRndmFileName.Data() << endl;
 662     TFile f(fRndmFileName.Data());
 663     gRandom->Read(fRndmFileName.Data());
 664   }
 665
 666   if(AliSimulation::Instance()->Lego() == 0x0)
 667   {
 668       AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(K)");
 669       runloader->MakeTree("K");
 670   }
 671
 672   AliDebug(1, "gMC->SetStack(fRunLoader->Stack())");
 673   gMC->SetStack(runloader->Stack());//Was in InitMC - but was moved here
 674                                      //because we don't have guarantee that
 675                                      //stack pointer is not going to change from event to event
 676                          //since it bellobgs to header and is obtained via RunLoader
 677   //
 678   //  Reset all Detectors & kinematics & make/reset trees
 679   //
 680
 681   runloader->GetHeader()->Reset(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),gAlice->GetEvNumber(),
 682                                 gAlice->GetEventNrInRun());
 683 //  fRunLoader->WriteKinematics("OVERWRITE");  is there any reason to rewrite here since MakeTree does so
 684
 685   if(AliSimulation::Instance()->Lego())
 686   {
 687       AliSimulation::Instance()->Lego()->BeginEvent();
 688       return;
 689   }
 690
 691
 692   AliDebug(1, "ResetHits()");
 693   ResetHits();
 694
 695   AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTree(H)");
 696   runloader->MakeTree("H");
 697
 698
 699
 700   MakeTmpTrackRefsTree();
 701   //create new branches and SetAdresses
 702   TIter next(gAlice->Modules());
 703   AliModule *detector;
 704   while((detector = (AliModule*)next()))
 705    {
 706        AliDebug(2, Form("%s->MakeBranch(H)",detector->GetName()));
 707        detector->MakeBranch("H");
 708    }
 709 }
 710
 711 //_______________________________________________________________________
 712 void AliMC::ResetHits()
 713 {
 714   //
 715   //  Reset all Detectors hits
 716   //
 717   TIter next(gAlice->Modules());
 718   AliModule *detector;
 719   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 720      detector->ResetHits();
 721   }
 722 }
 723
 724 //_______________________________________________________________________
 725 void AliMC::ResetDigits()
 726 {
 727   //
 728   //  Reset all Detectors digits
 729   //
 730   TIter next(gAlice->Modules());
 731   AliModule *detector;
 732   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 733      detector->ResetDigits();
 734   }
 735 }
 736
 737 //_______________________________________________________________________
 738 void AliMC::ResetSDigits()
 739 {
 740   //
 741   //  Reset all Detectors digits
 742   //
 743   TIter next(gAlice->Modules());
 744   AliModule *detector;
 745   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 746      detector->ResetSDigits();
 747   }
 748 }
 749
 750 //_______________________________________________________________________
 751 void AliMC::PostTrack()
 752 {
 753   // Posts tracks for each module
 754
 755   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
 756   AliModule *module;
 757
 758   for(Int_t i=0; i<=gAlice->GetNdets(); i++)
 759     if((module = dynamic_cast<AliModule*>(dets[i])))
 760       module->PostTrack();
 761 }
 762
 763 //_______________________________________________________________________
 764 void AliMC::FinishPrimary()
 765 {
 766   //
 767   // Called  at the end of each primary track
 768   //
 769
 770   AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 771   //  static Int_t count=0;
 772   //  const Int_t times=10;
 773   // This primary is finished, purify stack
 774 #if ROOT_VERSION_CODE > 262152
 775   if (!(gMC->SecondariesAreOrdered())) {
 776       if (runloader->Stack()->ReorderKine()) RemapHits();
 777   }
 778 #endif
 779   if (runloader->Stack()->PurifyKine()) RemapHits();
 780
 781   TIter next(gAlice->Modules());
 782   AliModule *detector;
 783   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 784     detector->FinishPrimary();
 785     AliLoader* loader = detector->GetLoader();
 786     if(loader)
 787      {
 788        TTree* treeH = loader->TreeH();
 789        if (treeH) treeH->Fill(); //can be Lego run and treeH can not exist
 790      }
 791   }
 792
 793   // Write out track references if any
 794   if (fTmpTreeTR) fTmpTreeTR->Fill();
 795 }
 796
 797 void AliMC::RemapHits()
 798 {
 799 //
 800 // Remaps the track labels of the hits
 801     AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 802     AliStack* stack = runloader->Stack();
 803     TList* hitLists = GetHitLists();
 804     TIter next(hitLists);
 805     TCollection *hitList;
 806
 807     while((hitList = dynamic_cast<TCollection*>(next()))) {
 808         TIter nexthit(hitList);
 809         AliHit *hit;
 810         while((hit = dynamic_cast<AliHit*>(nexthit()))) {
 811             hit->SetTrack(stack->TrackLabel(hit->GetTrack()));
 812         }
 813     }
 814
 815     //
 816     // This for detectors which have a special mapping mechanism
 817     // for hits, such as TPC and TRD
 818     //
 819
 820
 821     TObjArray* modules = gAlice->Modules();
 822     TIter nextmod(modules);
 823     AliModule *module;
 824     while((module = (AliModule*) nextmod())) {
 825         AliDetector* det = dynamic_cast<AliDetector*> (module);
 826         if (det) det->RemapTrackHitIDs(stack->TrackLabelMap());
 827     }
 828     //
 829     RemapTrackReferencesIDs(stack->TrackLabelMap());
 830 }
 831
 832 //_______________________________________________________________________
 833 void AliMC::FinishEvent()
 834 {
 835   //
 836   // Called at the end of the event.
 837   //
 838
 839   if(AliSimulation::Instance()->Lego()) AliSimulation::Instance()->Lego()->FinishEvent();
 840
 841   TIter next(gAlice->Modules());
 842   AliModule *detector;
 843   while((detector = dynamic_cast<AliModule*>(next()))) {
 844     detector->FinishEvent();
 845   }
 846
 847   //Update the energy deposit tables
 848   Int_t i;
 849   for(i=0;i<fEventEnergy.GetSize();i++)
 850    {
 851     fSummEnergy[i]+=fEventEnergy[i];
 852     fSum2Energy[i]+=fEventEnergy[i]*fEventEnergy[i];
 853    }
 854
 855   AliRunLoader *runloader=AliRunLoader::Instance();
 856
 857   AliHeader* header = runloader->GetHeader();
 858   AliStack* stack = runloader->Stack();
 859   if ( (header == 0x0) || (stack == 0x0) )
 860    {//check if we got header and stack. If not cry and exit aliroot
 861     AliFatal("Can not get the stack or header from LOADER");
 862     return;//never reached
 863    }
 864   // Update Header information
 865   header->SetNprimary(stack->GetNprimary());
 866   header->SetNtrack(stack->GetNtrack());
 867   header->SetTimeStamp(AliSimulation::Instance()->GenerateTimeStamp());
 868
 869   // Write out the kinematics
 870   if (!AliSimulation::Instance()->Lego()) stack->FinishEvent();
 871
 872   // Synchronize the TreeTR with TreeK
 873   if (fTmpTreeTR) ReorderAndExpandTreeTR();
 874
 875   // Write out the event Header information
 876   TTree* treeE = runloader->TreeE();
 877   if (treeE)
 878    {
 879       header->SetStack(stack);
 880       treeE->Fill();
 881    }
 882   else
 883    {
 884     AliError("Can not get TreeE from RL");
 885    }
 886
 887   if(AliSimulation::Instance()->Lego() == 0x0)
 888    {
 889      runloader->WriteKinematics("OVERWRITE");
 890      runloader->WriteTrackRefs("OVERWRITE");
 891      runloader->WriteHits("OVERWRITE");
 892    }
 893
 894   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 895   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 896   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 897   AliDebug(1, "          FINISHING EVENT               ");
 898   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 899   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 900   AliDebug(1, "<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<");
 901 }
 902
 903 //_______________________________________________________________________
 904 void AliMC::Init()
 905 {
 906   // MC initialization
 907
 908
 909    //=================Create Materials and geometry
 910    gMC->Init();
 911   // Set alignable volumes for the whole geometry (with old root)
 912 #if ROOT_VERSION_CODE < 331527
 913   SetAllAlignableVolumes();
 914 #endif
 915    //Read the cuts for all materials
 916    ReadTransPar();
 917    //Build the special IMEDIA table
 918    MediaTable();
 919
 920    //Compute cross-sections
 921    gMC->BuildPhysics();
 922
 923    //Initialise geometry deposition table
 924    fEventEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 925    fSummEnergy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 926    fSum2Energy.Set(gMC->NofVolumes()+1);
 927
 928    // Register MC in configuration
 929    AliConfig::Instance()->Add(gMC);
 930 }
 931
 932 //_______________________________________________________________________
 933 void AliMC::MediaTable()
 934 {
 935   //
 936   // Built media table to get from the media number to
 937   // the detector id
 938   //
 939
 940   Int_t kz, nz, idt, lz, i, k, ind;
 941   //  Int_t ibeg;
 942   TObjArray &dets = *gAlice->Detectors();
 943   AliModule *det;
 944   Int_t ndets=gAlice->GetNdets();
 945   //
 946   // For all detectors
 947   for (kz=0;kz<ndets;kz++) {
 948     // If detector is defined
 949     if((det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[kz]))) {
 950         TArrayI &idtmed = *(det->GetIdtmed());
 951         for(nz=0;nz<100;nz++) {
 952
 953         // Find max and min material number
 954         if((idt=idtmed[nz])) {
 955           det->LoMedium() = det->LoMedium() < idt ? det->LoMedium() : idt;
 956           det->HiMedium() = det->HiMedium() > idt ? det->HiMedium() : idt;
 957         }
 958       }
 959       if(det->LoMedium() > det->HiMedium()) {
 960         det->LoMedium() = 0;
 961         det->HiMedium() = 0;
 962       } else {
 963         if(det->HiMedium() > fImedia->GetSize()) {
 964           AliError(Form("Increase fImedia from %d to %d",
 965                         fImedia->GetSize(),det->HiMedium()));
 966           return;
 967         }
 968         // Tag all materials in rage as belonging to detector kz
 969         for(lz=det->LoMedium(); lz<= det->HiMedium(); lz++) {
 970           (*fImedia)[lz]=kz;
 971         }
 972       }
 973     }
 974   }
 975   //
 976   // Print summary table
 977   AliInfo("Tracking media ranges:");
 978   ToAliInfo(
 979   for(i=0;i<(ndets-1)/6+1;i++) {
 980     for(k=0;k< (6<ndets-i*6?6:ndets-i*6);k++) {
 981       ind=i*6+k;
 982       det=dynamic_cast<AliModule*>(dets[ind]);
 983       if(det)
 984         printf(" %6s: %3d -> %3d;",det->GetName(),det->LoMedium(),
 985                det->HiMedium());
 986       else
 987         printf(" %6s: %3d -> %3d;","NULL",0,0);
 988     }
 989     printf("\n");
 990   }
 991             );
 992 }
 993
 994 //_______________________________________________________________________
 995 void AliMC::ReadTransPar()
 996 {
 997   //
 998   // Read filename to set the transport parameters
 999   //
1000
1001
1002   const Int_t kncuts=10;
1003   const Int_t knflags=12;
1004   const Int_t knpars=kncuts+knflags;
1005   const char kpars[knpars][7] = {"CUTGAM" ,"CUTELE","CUTNEU","CUTHAD","CUTMUO",
1006                                "BCUTE","BCUTM","DCUTE","DCUTM","PPCUTM","ANNI",
1007                                "BREM","COMP","DCAY","DRAY","HADR","LOSS",
1008                                "MULS","PAIR","PHOT","RAYL","STRA"};
1009   char line[256];
1010   char detName[7];
1011   char* filtmp;
1012   Float_t cut[kncuts];
1013   Int_t flag[knflags];
1014   Int_t i, itmed, iret, jret, ktmed, kz;
1015   FILE *lun;
1016   //
1017   // See whether the file is there
1018   filtmp=gSystem->ExpandPathName(fTransParName.Data());
1019   lun=fopen(filtmp,"r");
1020   delete [] filtmp;
1021   if(!lun) {
1022     AliWarning(Form("File %s does not exist!",fTransParName.Data()));
1023     return;
1024   }
1025   //
1026   while(1) {
1027     // Initialise cuts and flags
1028     for(i=0;i<kncuts;i++) cut[i]=-99;
1029     for(i=0;i<knflags;i++) flag[i]=-99;
1030     itmed=0;
1031     memset(line,0,256);
1032     // Read up to the end of line excluded
1033     iret=fscanf(lun,"%255[^\n]",line);
1034     if(iret<0) {
1035       //End of file
1036       fclose(lun);
1037       return;
1038     }
1039     // Read the end of line
1040     jret = fscanf(lun,"%*c");
1041     if(!iret) continue;
1042     if(line[0]=='*') continue;
1043     // Read the numbers
1044     iret=sscanf(line,"%6s %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f %f %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d %d",
1045                 detName,&itmed,&cut[0],&cut[1],&cut[2],&cut[3],&cut[4],&cut[5],&cut[6],&cut[7],&cut[8],
1046                 &cut[9],&flag[0],&flag[1],&flag[2],&flag[3],&flag[4],&flag[5],&flag[6],&flag[7],
1047                 &flag[8],&flag[9],&flag[10],&flag[11]);
1048     if(!iret) continue;
1049     if(iret<0) {
1050       //reading error
1051       AliWarning(Form("Error reading file %s",fTransParName.Data()));
1052       continue;
1053     }
1054     // Check that the module exist
1055     AliModule *mod = gAlice->GetModule(detName);
1056     if(mod) {
1057       // Get the array of media numbers
1058       TArrayI &idtmed = *mod->GetIdtmed();
1059       // Check that the tracking medium code is valid
1060       if(0<=itmed && itmed < 100) {
1061         ktmed=idtmed[itmed];
1062         if(!ktmed) {
1063           AliWarning(Form("Invalid tracking medium code %d for %s",itmed,mod->GetName()));
1064           continue;
1065         }
1066         // Set energy thresholds
1067         for(kz=0;kz<kncuts;kz++) {
1068           if(cut[kz]>=0) {
1069             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10.3E for tracking medium code %4d for %s",
1070                              kpars[kz],cut[kz],itmed,mod->GetName()));
1071             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kz],cut[kz]);
1072           }
1073         }
1074         // Set transport mechanisms
1075         for(kz=0;kz<knflags;kz++) {
1076           if(flag[kz]>=0) {
1077             AliDebug(2, Form("%-6s set to %10d for tracking medium code %4d for %s",
1078                              kpars[kncuts+kz],flag[kz],itmed,mod->GetName()));
1079             gMC->Gstpar(ktmed,kpars[kncuts+kz],Float_t(flag[kz]));
1080           }
1081         }
1082       } else {
1083         AliWarning(Form("Invalid medium code %d",itmed));
1084         continue;
1085       }
1086     } else {
1087       AliDebug(1, Form("%s not present",detName));
1088       continue;
1089     }
1090   }
1091 }
1092
1093 //_______________________________________________________________________
1094 void AliMC::SetTransPar(const char *filename)
1095 {
1096   //
1097   // Sets the file name for transport parameters
1098   //
1099   fTransParName = filename;
1100 }
1101
1102 //_______________________________________________________________________
1103 void AliMC::AddHit(Int_t id, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits) const
1104 {
1105   //
1106   //  Add a hit to detector id
1107   //
1108   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
1109   if(dets[id]) static_cast<AliModule*>(dets[id])->AddHit(track,vol,hits);
1110 }
1111
1112 //_______________________________________________________________________
1113 void AliMC::AddDigit(Int_t id, Int_t *tracks, Int_t *digits) const
1114 {
1115   //
1116   // Add digit to detector id
1117   //
1118   TObjArray &dets = *gAlice->Modules();
1119   if(dets[id]) static_cast<AliModule*>(dets[id])->AddDigit(tracks,digits);
1120 }
1121
1122 //_______________________________________________________________________
1123 Int_t AliMC::GetCurrentTrackNumber() const {
1124   //
1125   // Returns current track
1126   //
1127   return AliRunLoader::Instance()->Stack()->GetCurrentTrackNumber();
1128 }
1129
1130 //_______________________________________________________________________
1131 void AliMC::DumpPart (Int_t i) const
1132 {
1133   //
1134   // Dumps particle i in the stack
1135   //
1136   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1137    if (runloader->Stack())
1138     runloader->Stack()->DumpPart(i);
1139 }
1140
1141 //_______________________________________________________________________
1142 void AliMC::DumpPStack () const
1143 {
1144   //
1145   // Dumps the particle stack
1146   //
1147   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1148    if (runloader->Stack())
1149     runloader->Stack()->DumpPStack();
1150 }
1151
1152 //_______________________________________________________________________
1153 Int_t AliMC::GetNtrack() const {
1154   //
1155   // Returns number of tracks in stack
1156   //
1157   Int_t ntracks = -1;
1158   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1159    if (runloader->Stack())
1160      ntracks = runloader->Stack()->GetNtrack();
1161    return ntracks;
1162 }
1163
1164 //_______________________________________________________________________
1165 Int_t AliMC::GetPrimary(Int_t track) const
1166 {
1167   //
1168   // return number of primary that has generated track
1169   //
1170   Int_t nprimary = -999;
1171   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1172   if (runloader->Stack())
1173     nprimary = runloader->Stack()->GetPrimary(track);
1174   return nprimary;
1175 }
1176
1177 //_______________________________________________________________________
1178 TParticle* AliMC::Particle(Int_t i) const
1179 {
1180   // Returns the i-th particle from the stack taking into account
1181   // the remaping done by PurifyKine
1182   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1183   if (runloader)
1184    if (runloader->Stack())
1185     return runloader->Stack()->Particle(i);
1186   return 0x0;
1187 }
1188
1189 //_______________________________________________________________________
1190 const TObjArray* AliMC::Particles() const {
1191   //
1192   // Returns pointer to Particles array
1193   //
1194   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1195   if (runloader)
1196    if (runloader->Stack())
1197     return runloader->Stack()->Particles();
1198   return 0x0;
1199 }
1200
1201 //_______________________________________________________________________
1202 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg, const Float_t *pmom,
1203                       const Float_t *vpos, const Float_t *polar, Float_t tof,
1204                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
1205 {
1206 // Delegate to stack
1207 //
1208   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1209   if (runloader)
1210     if (runloader->Stack())
1211       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, pmom, vpos, polar, tof,
1212                                     mech, ntr, weight, is);
1213 }
1214
1215 //_______________________________________________________________________
1216 void AliMC::PushTrack(Int_t done, Int_t parent, Int_t pdg,
1217                       Double_t px, Double_t py, Double_t pz, Double_t e,
1218                       Double_t vx, Double_t vy, Double_t vz, Double_t tof,
1219                       Double_t polx, Double_t poly, Double_t polz,
1220                       TMCProcess mech, Int_t &ntr, Float_t weight, Int_t is) const
1221 {
1222   // Delegate to stack
1223   //
1224   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1225   if (runloader)
1226     if (runloader->Stack())
1227       runloader->Stack()->PushTrack(done, parent, pdg, px, py, pz, e, vx, vy, vz, tof,
1228                                     polx, poly, polz, mech, ntr, weight, is);
1229 }
1230
1231 //_______________________________________________________________________
1232 void AliMC::SetHighWaterMark(Int_t nt) const
1233 {
1234     //
1235     // Set high water mark for last track in event
1236   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1237   if (runloader)
1238     if (runloader->Stack())
1239       runloader->Stack()->SetHighWaterMark(nt);
1240 }
1241
1242 //_______________________________________________________________________
1243 void AliMC::KeepTrack(Int_t track) const
1244 {
1245   //
1246   // Delegate to stack
1247   //
1248   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1249   if (runloader)
1250     if (runloader->Stack())
1251       runloader->Stack()->KeepTrack(track);
1252 }
1253
1254 //_______________________________________________________________________
1255 void AliMC::FlagTrack(Int_t track) const
1256 {
1257   // Delegate to stack
1258   //
1259   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1260   if (runloader)
1261     if (runloader->Stack())
1262       runloader->Stack()->FlagTrack(track);
1263 }
1264
1265 //_______________________________________________________________________
1266 void AliMC::SetCurrentTrack(Int_t track) const
1267 {
1268   //
1269   // Set current track number
1270   //
1271   AliRunLoader * runloader = AliRunLoader::Instance();
1272   if (runloader)
1273     if (runloader->Stack())
1274       runloader->Stack()->SetCurrentTrack(track);
1275 }
1276
1277 //_______________________________________________________________________
1278 AliTrackReference*  AliMC::AddTrackReference(Int_t label, Int_t id)
1279 {
1280   //
1281   // add a trackrefernce to the list
1282   Int_t primary = GetPrimary(label);
1283   Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
1284
1285   Int_t nref = fTmpTrackReferences.GetEntriesFast();
1286   return new(fTmpTrackReferences[nref]) AliTrackReference(label, id);
1287 }
1288
1289
1290
1291 //_______________________________________________________________________
1292 void AliMC::ResetTrackReferences()
1293 {
1294   //
1295   //  Reset all  references
1296   //
1297     fTmpTrackReferences.Clear();
1298 }
1299
1300 //_______________________________________________________________________
1301 void AliMC::RemapTrackReferencesIDs(const Int_t *map)
1302 {
1303   //
1304   // Remapping track reference
1305   // Called at finish primary
1306   //
1307
1308   Int_t nEntries = fTmpTrackReferences.GetEntries();
1309   for (Int_t i=0; i < nEntries; i++){
1310       AliTrackReference * ref = dynamic_cast<AliTrackReference*>(fTmpTrackReferences.UncheckedAt(i));
1311       if (ref) {
1312           Int_t newID = map[ref->GetTrack()];
1313           if (newID>=0) ref->SetTrack(newID);
1314           else {
1315               ref->SetBit(kNotDeleted,kFALSE);
1316               fTmpTrackReferences.RemoveAt(i);
1317           }
1318       } // if ref
1319   }
1320   fTmpTrackReferences.Compress();
1321 }
1322
1323 //_______________________________________________________________________
1324 void AliMC::FixParticleDecaytime()
1325 {
1326     //
1327     // Fix the particle decay time according to rmin and rmax for decays
1328     //
1329
1330     TLorentzVector p;
1331     gMC->TrackMomentum(p);
1332     Double_t tmin, tmax;
1333     Double_t b;
1334
1335     // Transverse velocity
1336     Double_t vt    = p.Pt() / p.E();
1337
1338     if ((b = ((AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField())->SolenoidField()) > 0.) {     // [kG]
1339
1340         // Radius of helix
1341
1342         Double_t rho   = p.Pt() / 0.0003 / b; // [cm]
1343
1344         // Revolution frequency
1345
1346         Double_t omega = vt / rho;
1347
1348         // Maximum and minimum decay time
1349         //
1350         // Check for curlers first
1351         const Double_t kOvRhoSqr2 = 1./(rho*TMath::Sqrt(2.));
1352         if (fRDecayMax * kOvRhoSqr2 > 1.) return;
1353
1354         //
1355
1356         tmax  = TMath::ACos((1.-fRDecayMax*kOvRhoSqr2)*(1.+fRDecayMax*kOvRhoSqr2)) / omega;   // [ct]
1357         tmin  = TMath::ACos((1.-fRDecayMin*kOvRhoSqr2)*(1.+fRDecayMin*kOvRhoSqr2)) / omega;   // [ct]
1358     } else {
1359         tmax =  fRDecayMax / vt;                                                      // [ct]
1360         tmin =  fRDecayMin / vt;                                                      // [ct]
1361     }
1362
1363     //
1364     // Dial t using the two limits
1365     Double_t t = tmin + (tmax - tmin) * gRandom->Rndm();                              // [ct]
1366     //
1367     //
1368     // Force decay time in transport code
1369     //
1370     gMC->ForceDecayTime(t / 2.99792458e10);
1371 }
1372
1373 void AliMC::MakeTmpTrackRefsTree()
1374 {
1375     // Make the temporary track reference tree
1376     fTmpFileTR = new TFile("TrackRefsTmp.root", "recreate");
1377     fTmpTreeTR = new TTree("TreeTR", "Track References");
1378     TClonesArray* pRef = &fTmpTrackReferences;
1379     fTmpTreeTR->Branch("TrackReferences", &pRef, 4000);
1380 }
1381
1382 //_______________________________________________________________________
1383 void AliMC::ReorderAndExpandTreeTR()
1384 {
1385 //
1386 //  Reorder and expand the temporary track reference tree in order to match the kinematics tree
1387 //
1388
1389     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
1390 //
1391 //  TreeTR
1392     AliDebug(1, "fRunLoader->MakeTrackRefsContainer()");
1393     rl->MakeTrackRefsContainer();
1394     TTree * treeTR = rl->TreeTR();
1395         // make branch for central track references
1396         TClonesArray* pRef = &fTrackReferences;
1397         treeTR->Branch("TrackReferences", &pRef);
1398
1399     AliStack* stack  = rl->Stack();
1400     Int_t np = stack->GetNprimary();
1401     Int_t nt = fTmpTreeTR->GetEntries();
1402     //
1403     // Loop over tracks and find the secondaries with the help of the kine tree
1404     Int_t ifills = 0;
1405     Int_t it = 0;
1406     for (Int_t ip = np - 1; ip > -1; ip--) {
1407         TParticle *part = stack->Particle(ip);
1408         //printf("Particle %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, part->GetPdgCode(), part->GetFirstMother(), part->GetFirstDaughter(), part->GetLastDaughter());
1409
1410         // Skip primaries that have not been transported
1411         Int_t dau1  = part->GetFirstDaughter();
1412         Int_t dau2  = -1;
1413         if (!part->TestBit(kTransportBit)) continue;
1414         //
1415         fTmpTreeTR->GetEntry(it++);
1416         Int_t nh = fTmpTrackReferences.GetEntries();
1417         // Determine range of secondaries produced by this primary
1418         if (dau1 > -1) {
1419             Int_t inext = ip - 1;
1420             while (dau2 < 0) {
1421                 if (inext >= 0) {
1422                     part = stack->Particle(inext);
1423                     dau2 =  part->GetFirstDaughter();
1424                     if (!(part->TestBit(kTransportBit)) || dau2 == -1 || dau2 < np) {
1425 //                  if (dau2 == -1 || dau2 < np) {
1426                         dau2 = -1;
1427                     } else {
1428                         dau2--;
1429                     }
1430                 } else {
1431                     dau2 = stack->GetNtrack() - 1;
1432                 }
1433                 inext--;
1434             } // find upper bound
1435         }  // dau2 < 0
1436 //      printf("Check (1) %5d %5d %5d %5d %5d \n", ip, np, it, dau1, dau2);
1437         //
1438         // Loop over reference hits and find secondary label
1439         for (Int_t id = dau1; (id <= dau2) && (dau1 > -1); id++) {
1440             for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
1441                 AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*) fTmpTrackReferences.At(ih);
1442                 Int_t label = tr->Label();
1443                 // Skip primaries
1444                 if (label == ip) continue;
1445                 if (label > dau2 || label < dau1)
1446                     AliWarning(Form("Track Reference Label out of range !: %5d %5d %5d \n", label, dau1, dau2));
1447                 if (label == id) {
1448                     // secondary found
1449                     Int_t nref =  fTrackReferences.GetEntriesFast();
1450                     new(fTrackReferences[nref]) AliTrackReference(*tr);
1451                 }
1452             } // hits
1453             treeTR->Fill();
1454             fTrackReferences.Clear();
1455             ifills++;
1456         } // daughters
1457     } // tracks
1458     //
1459     // Now loop again and write the primaries
1460     it = nt - 1;
1461     for (Int_t ip = 0; ip < np; ip++) {
1462         TParticle* part = stack->Particle(ip);
1463 //      if ((part->GetFirstDaughter() == -1 && part->GetStatusCode() <= 1) || part->GetFirstDaughter() >= np)
1464         if (part->TestBit(kTransportBit))
1465         {
1466             // Skip particles that have not been transported
1467             fTmpTreeTR->GetEntry(it--);
1468             Int_t nh = fTmpTrackReferences.GetEntries();
1469             //
1470             // Loop over reference hits and find primary labels
1471             for (Int_t ih = 0; ih < nh; ih++) {
1472                 AliTrackReference* tr = (AliTrackReference*)  fTmpTrackReferences.At(ih);
1473                 Int_t label = tr->Label();
1474                 if (label == ip) {
1475                     Int_t nref = fTrackReferences.GetEntriesFast();
1476                     new(fTrackReferences[nref]) AliTrackReference(*tr);
1477                 }
1478             }
1479         }
1480         treeTR->Fill();
1481         fTrackReferences.Clear();
1482         ifills++;
1483     } // tracks
1484     // Check
1485     if (ifills != stack->GetNtrack())
1486         AliWarning(Form("Number of entries in TreeTR (%5d) unequal to TreeK (%5d) \n", ifills, stack->GetNtrack()));
1487 //
1488 //  Clean-up
1489     delete fTmpTreeTR;
1490     fTmpFileTR->Close();
1491     delete fTmpFileTR;
1492     fTmpTrackReferences.Clear();
1493     gSystem->Exec("rm -rf TrackRefsTmp.root");
1494 }
1495