STEER/STEER/AliReconstruction.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 // class for running the reconstruction                                      //
  21 //                                                                           //
  22 // Clusters and tracks are created for all detectors and all events by       //
  23 // typing:                                                                   //
  24 //                                                                           //
  25 //   AliReconstruction rec;                                                  //
  26 //   rec.Run();                                                              //
  27 //                                                                           //
  28 // The Run method returns kTRUE in case of successful execution.             //
  29 //                                                                           //
  30 // If the input to the reconstruction are not simulated digits but raw data, //
  31 // this can be specified by an argument of the Run method or by the method   //
  32 //                                                                           //
  33 //   rec.SetInput("...");                                                    //
  34 //                                                                           //
  35 // The input formats and the corresponding argument are:                     //
  36 // - DDL raw data files: directory name, ends with "/"                       //
  37 // - raw data root file: root file name, extension ".root"                   //
  38 // - raw data DATE file: DATE file name, any other non-empty string          //
  39 // - MC root files     : empty string, default                               //
  40 //                                                                           //
  41 // By default all events are reconstructed. The reconstruction can be        //
  42 // limited to a range of events by giving the index of the first and the     //
  43 // last event as an argument to the Run method or by calling                 //
  44 //                                                                           //
  45 //   rec.SetEventRange(..., ...);                                            //
  46 //                                                                           //
  47 // The index -1 (default) can be used for the last event to indicate no      //
  48 // upper limit of the event range.                                           //
  49 //                                                                           //
  50 // In case of raw-data reconstruction the user can modify the default        //
  51 // number of events per digits/clusters/tracks file. In case the option      //
  52 // is not used the number is set 1. In case the user provides 0, than        //
  53 // the number of events is equal to the number of events inside the          //
  54 // raw-data file (i.e. one digits/clusters/tracks file):                     //
  55 //                                                                           //
  56 //   rec.SetNumberOfEventsPerFile(...);                                      //
  57 //                                                                           //
  58 //                                                                           //
  59 // The name of the galice file can be changed from the default               //
  60 // "galice.root" by passing it as argument to the AliReconstruction          //
  61 // constructor or by                                                         //
  62 //                                                                           //
  63 //   rec.SetGAliceFile("...");                                               //
  64 //                                                                           //
  65 // The local reconstruction can be switched on or off for individual         //
  66 // detectors by                                                              //
  67 //                                                                           //
  68 //   rec.SetRunLocalReconstruction("...");                                   //
  69 //                                                                           //
  70 // The argument is a (case sensitive) string with the names of the           //
  71 // detectors separated by a space. The special string "ALL" selects all      //
  72 // available detectors. This is the default.                                 //
  73 //                                                                           //
  74 // The reconstruction of the primary vertex position can be switched off by  //
  75 //                                                                           //
  76 //   rec.SetRunVertexFinder(kFALSE);                                         //
  77 //                                                                           //
  78 // The tracking and the creation of ESD tracks can be switched on for        //
  79 // selected detectors by                                                     //
  80 //                                                                           //
  81 //   rec.SetRunTracking("...");                                              //
  82 //                                                                           //
  83 // Uniform/nonuniform field tracking switches (default: uniform field)       //
  84 //                                                                           //
  85 //   rec.SetUniformFieldTracking(); ( rec.SetUniformFieldTracking(kFALSE); ) //
  86 //                                                                           //
  87 // The filling of additional ESD information can be steered by               //
  88 //                                                                           //
  89 //   rec.SetFillESD("...");                                                  //
  90 //                                                                           //
  91 // Again, for both methods the string specifies the list of detectors.       //
  92 // The default is "ALL".                                                     //
  93 //                                                                           //
  94 // The call of the shortcut method                                           //
  95 //                                                                           //
  96 //   rec.SetRunReconstruction("...");                                        //
  97 //                                                                           //
  98 // is equivalent to calling SetRunLocalReconstruction, SetRunTracking and    //
  99 // SetFillESD with the same detector selecting string as argument.           //
 100 //                                                                           //
 101 // The reconstruction requires digits or raw data as input. For the creation //
 102 // of digits and raw data have a look at the class AliSimulation.            //
 103 //                                                                           //
 104 // The input data of a detector can be replaced by the corresponding HLT     //
 105 // data by calling (usual detector string)                                   //
 106 // SetUseHLTData("...");                                                     //
 107 //                                                                           //
 108 //                                                                           //
 109 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 110
 111 #include <TArrayD.h>
 112 #include <TArrayF.h>
 113 #include <TArrayS.h>
 114 #include <TChain.h>
 115 #include <TFile.h>
 116 #include <TGeoGlobalMagField.h>
 117 #include <TGeoManager.h>
 118 #include <TList.h>
 119 #include <TLorentzVector.h>
 120 #include <TMap.h>
 121 #include <TObjArray.h>
 122 #include <TPRegexp.h>
 123 #include <TParameter.h>
 124 #include <TPluginManager.h>
 125 #include <TProof.h>
 126 #include <TProofOutputFile.h>
 127 #include <TROOT.h>
 128 #include <TSystem.h>
 129 #include <THashTable.h>
 130 #include <TGrid.h>
 131 #include <TMessage.h>
 132 #include <TUrl.h>
 133 #include <TRandom.h>
 134
 135 #include "AliAlignObj.h"
 136 #include "AliAnalysisManager.h"
 137 #include "AliAnalysisDataContainer.h"
 138 #include "AliCDBEntry.h"
 139 #include "AliCDBManager.h"
 140 #include "AliCDBStorage.h"
 141 #include "AliCTPRawStream.h"
 142 #include "AliCascadeVertexer.h"
 143 #include "AliCentralTrigger.h"
 144 #include "AliCodeTimer.h"
 145 #include "AliDAQ.h"
 146 #include "AliDetectorRecoParam.h"
 147 #include "AliESDCaloCells.h"
 148 #include "AliESDCaloCluster.h"
 149 #include "AliESDEvent.h"
 150 #include "AliESDMuonTrack.h"
 151 #include "AliESDPmdTrack.h"
 152 #include "AliESDTagCreator.h"
 153 #include "AliESDVertex.h"
 154 #include "AliESDcascade.h"
 155 #include "AliESDfriend.h"
 156 #include "AliESDkink.h"
 157 #include "AliESDpid.h"
 158 #include "AliESDtrack.h"
 159 #include "AliESDtrack.h"
 160 #include "AliEventInfo.h"
 161 #include "AliGRPObject.h"
 162 #include "AliGRPRecoParam.h"
 163 #include "AliGenEventHeader.h"
 164 #include "AliGeomManager.h"
 165 #include "AliGlobalQADataMaker.h"
 166 #include "AliHeader.h"
 167 #include "AliLog.h"
 168 #include "AliMagF.h"
 169 #include "AliMultiplicity.h"
 170 #include "AliPID.h"
 171 #include "AliPlaneEff.h"
 172 #include "AliQAv1.h"
 173 #include "AliQADataMakerRec.h"
 174 #include "AliQAManager.h"
 175 #include "AliRawVEvent.h"
 176 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
 177 #include "AliRawHLTManager.h"
 178 #include "AliRawReaderDate.h"
 179 #include "AliRawReaderFile.h"
 180 #include "AliRawReaderRoot.h"
 181 #include "AliRecoInputHandler.h"
 182 #include "AliReconstruction.h"
 183 #include "AliReconstructor.h"
 184 #include "AliRun.h"
 185 #include "AliRunInfo.h"
 186 #include "AliRunLoader.h"
 187 #include "AliSysInfo.h" // memory snapshots
 188 #include "AliTrackPointArray.h"
 189 #include "AliTracker.h"
 190 #include "AliTriggerClass.h"
 191 #include "AliTriggerCluster.h"
 192 #include "AliTriggerIR.h"
 193 #include "AliTriggerConfiguration.h"
 194 #include "AliV0vertexer.h"
 195 #include "AliVertexer.h"
 196 #include "AliTrackleter.h"
 197 #include "AliVertexerTracks.h"
 198 #include "AliTriggerRunScalers.h"
 199 #include "AliCTPTimeParams.h"
 200 #include "AliESDHLTDecision.h"
 201 #include "AliTriggerInput.h"
 202 #include "AliLHCData.h"
 203 #include "ARVersion.h"
 204 #include <RVersion.h>
 205 ClassImp(AliReconstruction)
 206
 207 //_____________________________________________________________________________
 208 const char* AliReconstruction::fgkDetectorName[AliReconstruction::kNDetectors] = {"ITS", "TPC", "TRD", "TOF", "PHOS", "HMPID", "EMCAL", "MUON", "FMD", "ZDC", "PMD", "T0", "VZERO", "ACORDE"
 209 // #ifdef MFT_UPGRADE
 210 //                                                                                   , "MFT"
 211 // #endif
 212                                                                                   , "MFT"    // AU
 213                                                                                   , "HLT"
 214 };
 215
 216 //_____________________________________________________________________________
 217 AliReconstruction::AliReconstruction(const char* gAliceFilename) :
 218   TSelector(),
 219   fRunVertexFinder(kTRUE),
 220   fRunVertexFinderTracks(kTRUE),
 221   fRunHLTTracking(kFALSE),
 222   fRunMuonTracking(kFALSE),
 223   fRunV0Finder(kTRUE),
 224   fRunCascadeFinder(kTRUE),
 225   fRunMultFinder(kTRUE),
 226   fStopOnError(kTRUE),
 227   fWriteAlignmentData(kFALSE),
 228   fWriteESDfriend(kFALSE),
 229   fFillTriggerESD(kTRUE),
 230
 231   fCleanESD(kTRUE),
 232   fV0DCAmax(3.),
 233   fV0CsPmin(0.),
 234   fDmax(50.),
 235   fZmax(50.),
 236
 237   fRunLocalReconstruction("ALL"),
 238   fRunTracking("ALL"),
 239   fFillESD("ALL"),
 240   fLoadCDB(""),
 241   fUseTrackingErrorsForAlignment(""),
 242   fGAliceFileName(gAliceFilename),
 243   fRawInput(""),
 244   fESDOutput(""),
 245   fProofOutputFileName(""),
 246   fProofOutputLocation(""),
 247   fProofOutputDataset(kFALSE),
 248   fProofOutputArchive(""),
 249   fEquipIdMap(""),
 250   fFirstEvent(0),
 251   fLastEvent(-1),
 252   fNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1),
 253   fFractionFriends(0.04),
 254   fOptions(),
 255   fLoadAlignFromCDB(kTRUE),
 256   fLoadAlignData("ALL"),
 257   fUseHLTData(),
 258   fRunInfo(NULL),
 259   fEventInfo(),
 260   fRunScalers(NULL),
 261   fCTPTimeParams(NULL),
 262   fCTPTimeAlign(NULL),
 263
 264   fRunLoader(NULL),
 265   fRawReader(NULL),
 266   fParentRawReader(NULL),
 267
 268   fRecoParam(),
 269
 270   fSPDTrackleter(NULL),
 271
 272   fDiamondProfileSPD(NULL),
 273   fDiamondProfile(NULL),
 274   fDiamondProfileTPC(NULL),
 275   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 276
 277   fGRPData(NULL),
 278
 279   fAlignObjArray(NULL),
 280   fCDBUri(),
 281   fQARefUri(),
 282   fSpecCDBUri(),
 283   fInitCDBCalled(kFALSE),
 284   fFromCDBSnapshot(kFALSE),
 285   fSnapshotFileName(""),
 286   fSetRunNumberFromDataCalled(kFALSE),
 287   fQADetectors("ALL"),
 288   fQATasks("ALL"),
 289   fRunQA(kTRUE),
 290   fRunGlobalQA(kTRUE),
 291   fSameQACycle(kFALSE),
 292   fInitQACalled(kFALSE),
 293   fWriteQAExpertData(kTRUE),
 294   fRunPlaneEff(kFALSE),
 295
 296   fesd(NULL),
 297   fhltesd(NULL),
 298   fesdf(NULL),
 299   ffile(NULL),
 300   ffileF(NULL),
 301   ftree(NULL),
 302   ftreeF(NULL),
 303   fhlttree(NULL),
 304   ftVertexer(NULL),
 305   fIsNewRunLoader(kFALSE),
 306   fRunAliEVE(kFALSE),
 307   fChain(NULL),
 308   fNall(0),
 309   fNspecie(0),
 310   fSspecie(0),
 311   fNhighPt(0),
 312   fShighPt(0),
 313   fUpgradeModule(""),
 314   fAnalysisMacro(),
 315   fAnalysis(0),
 316   fRecoHandler(0)
 317 {
 318 // create reconstruction object with default parameters
 319   gGeoManager = NULL;
 320
 321   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 322     fReconstructor[iDet] = NULL;
 323     fUpgradeMask[iDet]=kFALSE;
 324     fLoader[iDet] = NULL;
 325     fTracker[iDet] = NULL;
 326   }
 327   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 328     fQACycles[iDet] = 999999 ;
 329     fQAWriteExpert[iDet] = kFALSE ;
 330   }
 331   fBeamInt[0][0]=fBeamInt[0][1]=fBeamInt[1][0]=fBeamInt[1][1] = -1;
 332
 333   AliPID pid;
 334 }
 335
 336 //_____________________________________________________________________________
 337 AliReconstruction::AliReconstruction(const AliReconstruction& rec) :
 338   TSelector(),
 339   fRunVertexFinder(rec.fRunVertexFinder),
 340   fRunVertexFinderTracks(rec.fRunVertexFinderTracks),
 341   fRunHLTTracking(rec.fRunHLTTracking),
 342   fRunMuonTracking(rec.fRunMuonTracking),
 343   fRunV0Finder(rec.fRunV0Finder),
 344   fRunCascadeFinder(rec.fRunCascadeFinder),
 345   fRunMultFinder(rec.fRunMultFinder),
 346   fStopOnError(rec.fStopOnError),
 347   fWriteAlignmentData(rec.fWriteAlignmentData),
 348   fWriteESDfriend(rec.fWriteESDfriend),
 349   fFillTriggerESD(rec.fFillTriggerESD),
 350
 351   fCleanESD(rec.fCleanESD),
 352   fV0DCAmax(rec.fV0DCAmax),
 353   fV0CsPmin(rec.fV0CsPmin),
 354   fDmax(rec.fDmax),
 355   fZmax(rec.fZmax),
 356
 357   fRunLocalReconstruction(rec.fRunLocalReconstruction),
 358   fRunTracking(rec.fRunTracking),
 359   fFillESD(rec.fFillESD),
 360   fLoadCDB(rec.fLoadCDB),
 361   fUseTrackingErrorsForAlignment(rec.fUseTrackingErrorsForAlignment),
 362   fGAliceFileName(rec.fGAliceFileName),
 363   fRawInput(rec.fRawInput),
 364   fESDOutput(rec.fESDOutput),
 365   fProofOutputFileName(rec.fProofOutputFileName),
 366   fProofOutputLocation(rec.fProofOutputLocation),
 367   fProofOutputDataset(rec.fProofOutputDataset),
 368   fProofOutputArchive(rec.fProofOutputArchive),
 369   fEquipIdMap(rec.fEquipIdMap),
 370   fFirstEvent(rec.fFirstEvent),
 371   fLastEvent(rec.fLastEvent),
 372   fNumberOfEventsPerFile(rec.fNumberOfEventsPerFile),
 373   fFractionFriends(rec.fFractionFriends),
 374   fOptions(),
 375   fLoadAlignFromCDB(rec.fLoadAlignFromCDB),
 376   fLoadAlignData(rec.fLoadAlignData),
 377   fUseHLTData(rec.fUseHLTData),
 378   fRunInfo(NULL),
 379   fEventInfo(),
 380   fRunScalers(NULL),
 381   fCTPTimeParams(NULL),
 382   fCTPTimeAlign(NULL),
 383
 384   fRunLoader(NULL),
 385   fRawReader(NULL),
 386   fParentRawReader(NULL),
 387
 388   fRecoParam(rec.fRecoParam),
 389
 390   fSPDTrackleter(NULL),
 391
 392   fDiamondProfileSPD(rec.fDiamondProfileSPD),
 393   fDiamondProfile(rec.fDiamondProfile),
 394   fDiamondProfileTPC(rec.fDiamondProfileTPC),
 395   fListOfCosmicTriggers(NULL),
 396
 397   fGRPData(NULL),
 398
 399   fAlignObjArray(rec.fAlignObjArray),
 400   fCDBUri(rec.fCDBUri),
 401   fQARefUri(rec.fQARefUri),
 402   fSpecCDBUri(),
 403   fInitCDBCalled(rec.fInitCDBCalled),
 404   fFromCDBSnapshot(rec.fFromCDBSnapshot),
 405   fSnapshotFileName(rec.fSnapshotFileName),
 406   fSetRunNumberFromDataCalled(rec.fSetRunNumberFromDataCalled),
 407   fQADetectors(rec.fQADetectors),
 408   fQATasks(rec.fQATasks),
 409   fRunQA(rec.fRunQA),
 410   fRunGlobalQA(rec.fRunGlobalQA),
 411   fSameQACycle(rec.fSameQACycle),
 412   fInitQACalled(rec.fInitQACalled),
 413   fWriteQAExpertData(rec.fWriteQAExpertData),
 414   fRunPlaneEff(rec.fRunPlaneEff),
 415
 416   fesd(NULL),
 417   fhltesd(NULL),
 418   fesdf(NULL),
 419   ffile(NULL),
 420   ffileF(NULL),
 421   ftree(NULL),
 422   ftreeF(NULL),
 423   fhlttree(NULL),
 424   ftVertexer(NULL),
 425   fIsNewRunLoader(rec.fIsNewRunLoader),
 426   fRunAliEVE(kFALSE),
 427   fChain(NULL),
 428   fNall(0),
 429   fNspecie(0),
 430   fSspecie(0),
 431   fNhighPt(0),
 432   fShighPt(0),
 433   fUpgradeModule(""),
 434   fAnalysisMacro(rec.fAnalysisMacro),
 435   fAnalysis(0),
 436   fRecoHandler(0)
 437 {
 438 // copy constructor
 439
 440   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 441     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 442   }
 443   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 444     fReconstructor[iDet] = NULL;
 445     fUpgradeMask[iDet] = kFALSE;
 446     fLoader[iDet] = NULL;
 447     fTracker[iDet] = NULL;
 448   }
 449
 450   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 451     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 452     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 453   }
 454
 455   for (Int_t i = 0; i < rec.fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 456     if (rec.fSpecCDBUri[i]) fSpecCDBUri.Add(rec.fSpecCDBUri[i]->Clone());
 457   }
 458
 459   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
 460
 461 }
 462
 463 //_____________________________________________________________________________
 464 AliReconstruction& AliReconstruction::operator = (const AliReconstruction& rec)
 465 {
 466 // assignment operator
 467 // Used in PROOF mode
 468 // Be very careful while modifing it!
 469 // Simple rules to follow:
 470 // for persistent data members - use their assignment operators
 471 // for non-persistent ones - do nothing or take the default values from constructor
 472 // TSelector members should not be touched
 473   if(&rec == this) return *this;
 474
 475   fRunVertexFinder       = rec.fRunVertexFinder;
 476   fRunVertexFinderTracks = rec.fRunVertexFinderTracks;
 477   fRunHLTTracking        = rec.fRunHLTTracking;
 478   fRunMuonTracking       = rec.fRunMuonTracking;
 479   fRunV0Finder           = rec.fRunV0Finder;
 480   fRunCascadeFinder      = rec.fRunCascadeFinder;
 481   fRunMultFinder         = rec.fRunMultFinder;
 482   fStopOnError           = rec.fStopOnError;
 483   fWriteAlignmentData    = rec.fWriteAlignmentData;
 484   fWriteESDfriend        = rec.fWriteESDfriend;
 485   fFillTriggerESD        = rec.fFillTriggerESD;
 486
 487   fCleanESD  = rec.fCleanESD;
 488   fV0DCAmax  = rec.fV0DCAmax;
 489   fV0CsPmin  = rec.fV0CsPmin;
 490   fDmax      = rec.fDmax;
 491   fZmax      = rec.fZmax;
 492
 493   fRunLocalReconstruction        = rec.fRunLocalReconstruction;
 494   fRunTracking                   = rec.fRunTracking;
 495   fFillESD                       = rec.fFillESD;
 496   fLoadCDB                       = rec.fLoadCDB;
 497   fUseTrackingErrorsForAlignment = rec.fUseTrackingErrorsForAlignment;
 498   fGAliceFileName                = rec.fGAliceFileName;
 499   fRawInput                      = rec.fRawInput;
 500   fESDOutput                     = rec.fESDOutput;
 501   fProofOutputFileName           = rec.fProofOutputFileName;
 502   fProofOutputLocation           = rec.fProofOutputLocation;
 503   fProofOutputDataset            = rec.fProofOutputDataset;
 504   fProofOutputArchive            = rec.fProofOutputArchive;
 505   fEquipIdMap                    = rec.fEquipIdMap;
 506   fFirstEvent                    = rec.fFirstEvent;
 507   fLastEvent                     = rec.fLastEvent;
 508   fNumberOfEventsPerFile         = rec.fNumberOfEventsPerFile;
 509   fFractionFriends               = rec.fFractionFriends;
 510
 511   for (Int_t i = 0; i < rec.fOptions.GetEntriesFast(); i++) {
 512     if (rec.fOptions[i]) fOptions.Add(rec.fOptions[i]->Clone());
 513   }
 514
 515   fLoadAlignFromCDB              = rec.fLoadAlignFromCDB;
 516   fLoadAlignData                 = rec.fLoadAlignData;
 517   fUseHLTData                    = rec.fUseHLTData;
 518
 519   delete fRunInfo; fRunInfo = NULL;
 520   if (rec.fRunInfo) fRunInfo = new AliRunInfo(*rec.fRunInfo);
 521
 522   fEventInfo                     = rec.fEventInfo;
 523
 524   delete fRunScalers; fRunScalers = NULL;
 525   if (rec.fRunScalers) fRunScalers = new AliTriggerRunScalers(*rec.fRunScalers);
 526
 527   delete fCTPTimeParams; fCTPTimeParams = NULL;
 528   if (rec.fCTPTimeParams) fCTPTimeParams = new AliCTPTimeParams(*rec.fCTPTimeParams);
 529   delete fCTPTimeAlign; fCTPTimeAlign = NULL;
 530   if (rec.fCTPTimeAlign) fCTPTimeAlign = new AliCTPTimeParams(*rec.fCTPTimeAlign);
 531
 532   fRunLoader       = NULL;
 533   fRawReader       = NULL;
 534   fParentRawReader = NULL;
 535
 536   fRecoParam = rec.fRecoParam;
 537
 538   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 539     fUpgradeMask[iDet] = kFALSE;
 540     delete fReconstructor[iDet]; fReconstructor[iDet] = NULL;
 541     delete fLoader[iDet]; fLoader[iDet] = NULL;
 542     delete fTracker[iDet]; fTracker[iDet] = NULL;
 543   }
 544
 545   for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
 546     fQACycles[iDet] = rec.fQACycles[iDet];
 547     fQAWriteExpert[iDet] = rec.fQAWriteExpert[iDet] ;
 548   }
 549
 550   delete fSPDTrackleter; fSPDTrackleter = NULL;
 551
 552   delete fDiamondProfileSPD; fDiamondProfileSPD = NULL;
 553   if (rec.fDiamondProfileSPD) fDiamondProfileSPD = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileSPD);
 554   delete fDiamondProfile; fDiamondProfile = NULL;
 555   if (rec.fDiamondProfile) fDiamondProfile = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfile);
 556   delete fDiamondProfileTPC; fDiamondProfileTPC = NULL;
 557   if (rec.fDiamondProfileTPC) fDiamondProfileTPC = new AliESDVertex(*rec.fDiamondProfileTPC);
 558
 559   delete fListOfCosmicTriggers; fListOfCosmicTriggers = NULL;
 560   if (rec.fListOfCosmicTriggers) fListOfCosmicTriggers = (THashTable*)((rec.fListOfCosmicTriggers)->Clone());
 561
 562   delete fGRPData; fGRPData = NULL;
 563   //  if (rec.fGRPData) fGRPData = (TMap*)((rec.fGRPData)->Clone());
 564   if (rec.fGRPData) fGRPData = (AliGRPObject*)((rec.fGRPData)->Clone());
 565
 566   delete fAlignObjArray; fAlignObjArray = NULL;
 567
 568   fCDBUri        = "";
 569   fQARefUri      = rec.fQARefUri;
 570   fSpecCDBUri.Delete();
 571   fInitCDBCalled               = rec.fInitCDBCalled;
 572   fFromCDBSnapshot             = rec.fFromCDBSnapshot;
 573   fSnapshotFileName            = rec.fSnapshotFileName;
 574   fSetRunNumberFromDataCalled  = rec.fSetRunNumberFromDataCalled;
 575   fQADetectors                 = rec.fQADetectors;
 576   fQATasks                     = rec.fQATasks;
 577   fRunQA                       = rec.fRunQA;
 578   fRunGlobalQA                 = rec.fRunGlobalQA;
 579   fSameQACycle                 = rec.fSameQACycle;
 580   fInitQACalled                = rec.fInitQACalled;
 581   fWriteQAExpertData           = rec.fWriteQAExpertData;
 582   fRunPlaneEff                 = rec.fRunPlaneEff;
 583   for (int i=2;i--;) for (int j=2;j--;) fBeamInt[i][j] = rec.fBeamInt[i][j];
 584   fesd     = NULL;
 585   fhltesd  = NULL;
 586   fesdf    = NULL;
 587   ffile    = NULL;
 588   ffileF   = NULL;
 589   ftree    = NULL;
 590   ftreeF   = NULL;
 591   fhlttree = NULL;
 592   ftVertexer = NULL;
 593   fIsNewRunLoader = rec.fIsNewRunLoader;
 594   fRunAliEVE = kFALSE;
 595   fChain = NULL;
 596   fNall = 0;
 597   fNspecie = 0;
 598   fSspecie = 0;
 599   fNhighPt = 0;
 600   fShighPt = 0;
 601   fUpgradeModule="";
 602   fAnalysisMacro = rec.fAnalysisMacro;
 603   fAnalysis = 0;
 604   fRecoHandler = 0;
 605
 606   return *this;
 607 }
 608
 609 //_____________________________________________________________________________
 610 AliReconstruction::~AliReconstruction()
 611 {
 612 // clean up
 613
 614   CleanUp();
 615   if (fListOfCosmicTriggers) {
 616     fListOfCosmicTriggers->Delete();
 617     delete fListOfCosmicTriggers;
 618   }
 619   delete fGRPData;
 620   delete fRunScalers;
 621   delete fCTPTimeParams;
 622   delete fCTPTimeAlign;
 623   fOptions.Delete();
 624   if (fAlignObjArray) {
 625     fAlignObjArray->Delete();
 626     delete fAlignObjArray;
 627   }
 628   fSpecCDBUri.Delete();
 629
 630   AliCodeTimer::Instance()->Print();
 631 }
 632
 633 //_____________________________________________________________________________
 634 void AliReconstruction::InitQA()
 635 {
 636   //Initialize the QA and start of cycle
 637   AliCodeTimerAuto("",0);
 638
 639   if (fInitQACalled) return;
 640   fInitQACalled = kTRUE;
 641
 642   if (fGRPData) AliQADataMaker::SetCloningRequest( fGRPData->GetQATrigClasses(), fGRPData->GetQACloningRequest());
 643
 644
 645   AliQAManager * qam = AliQAManager::QAManager(AliQAv1::kRECMODE) ;
 646   if (fWriteQAExpertData)
 647     qam->SetWriteExpert() ;
 648
 649   if (qam->IsDefaultStorageSet()) {
 650     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 651     AliWarning("Default QA reference storage has been already set !");
 652     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fQARefUri.Data()));
 653     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 654     fQARefUri = qam->GetDefaultStorage()->GetURI();
 655   } else {
 656     if (fQARefUri.Length() > 0) {
 657         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 658         AliDebug(2, Form("Default QA reference storage is set to: %s", fQARefUri.Data()));
 659         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 660       } else {
 661         fQARefUri="local://$ALICE_ROOT/QAref";
 662         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 663         AliWarning("Default QA refeference storage not yet set !!!!");
 664         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fQARefUri.Data()));
 665         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 666
 667       }
 668     qam->SetDefaultStorage(fQARefUri);
 669   }
 670
 671   if (fRunQA) {
 672   qam->SetActiveDetectors(fQADetectors) ;
 673   for (Int_t det = 0 ; det < AliQAv1::kNDET ; det++) {
 674     qam->SetCycleLength(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det), fQACycles[det]) ;
 675     qam->SetWriteExpert(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(det)) ;
 676   }
 677   if (!fRawReader && !fInput && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS))
 678     fQATasks.ReplaceAll(Form("%d",AliQAv1::kRAWS), "") ;
 679   qam->SetTasks(fQATasks) ;
 680   qam->InitQADataMaker(AliCDBManager::Instance()->GetRun()) ;
 681   }
 682   if (fRunGlobalQA) {
 683     Bool_t sameCycle = kFALSE ;
 684     AliQADataMaker *qadm = qam->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
 685     AliInfo(Form("Initializing the global QA data maker"));
 686     if (IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
 687       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kRECPOINTS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 688       TObjArray **arr=qadm->Init(AliQAv1::kRECPOINTS);
 689       AliTracker::SetResidualsArray(arr);
 690       sameCycle = kTRUE ;
 691     }
 692     if (IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
 693       qadm->StartOfCycle(AliQAv1::kESDS, AliCDBManager::Instance()->GetRun(), sameCycle) ;
 694       qadm->Init(AliQAv1::kESDS);
 695     }
 696   }
 697     AliSysInfo::AddStamp("InitQA") ;
 698 }
 699
 700 //_____________________________________________________________________________
 701 void AliReconstruction::MergeQA(const char *fileName)
 702 {
 703   //Initialize the QA and start of cycle
 704   AliCodeTimerAuto("",0) ;
 705   AliQAManager::QAManager()->Merge(AliCDBManager::Instance()->GetRun(),fileName) ;
 706   AliSysInfo::AddStamp("MergeQA") ;
 707 }
 708
 709 //_____________________________________________________________________________
 710 void AliReconstruction::InitCDB()
 711 {
 712 // activate a default CDB storage
 713 // First check if we have any CDB storage set, because it is used
 714 // to retrieve the calibration and alignment constants
 715   AliCodeTimerAuto("",0);
 716
 717   if (fInitCDBCalled) return;
 718   fInitCDBCalled = kTRUE;
 719
 720   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 721   if (man->IsDefaultStorageSet())
 722   {
 723     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 724     AliWarning("Default CDB storage has been already set !");
 725     AliWarning(Form("Ignoring the default storage declared in AliReconstruction: %s",fCDBUri.Data()));
 726     AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 727     fCDBUri = man->GetDefaultStorage()->GetURI();
 728   }
 729   else {
 730     if (fCDBUri.Length() > 0)
 731     {
 732         AliDebug(2,"!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 733         AliDebug(2, Form("Default CDB storage is set to: %s", fCDBUri.Data()));
 734         AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 735         man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 736     }
 737     else if (!man->GetRaw()){
 738         fCDBUri="local://$ALICE_ROOT/OCDB";
 739         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 740         AliWarning("Default CDB storage not yet set !!!!");
 741         AliWarning(Form("Setting it now to: %s", fCDBUri.Data()));
 742         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 743         man->SetDefaultStorage(fCDBUri);
 744     }
 745     else {
 746         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 747         AliWarning("Default storage will be set after setting the Run Number!!!");
 748         AliWarning("!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 749     }
 750   }
 751
 752   // Now activate the detector specific CDB storage locations
 753   for (Int_t i = 0; i < fSpecCDBUri.GetEntriesFast(); i++) {
 754     TObject* obj = fSpecCDBUri[i];
 755     if (!obj) continue;
 756     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 757     AliDebug(2, Form("Specific CDB storage for %s is set to: %s",obj->GetName(),obj->GetTitle()));
 758     AliDebug(2, "!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!");
 759     man->SetSpecificStorage(obj->GetName(), obj->GetTitle());
 760   }
 761   AliSysInfo::AddStamp("InitCDB");
 762 }
 763
 764 //_____________________________________________________________________________
 765 void AliReconstruction::SetDefaultStorage(const char* uri) {
 766 // Store the desired default CDB storage location
 767 // Activate it later within the Run() method
 768
 769   fCDBUri = uri;
 770
 771 }
 772
 773 //_____________________________________________________________________________
 774 void AliReconstruction::SetQARefDefaultStorage(const char* uri) {
 775   // Store the desired default CDB storage location
 776   // Activate it later within the Run() method
 777
 778   fQARefUri = uri;
 779   AliQAv1::SetQARefStorage(fQARefUri.Data()) ;
 780
 781 }
 782 //_____________________________________________________________________________
 783 void AliReconstruction::SetSpecificStorage(const char* calibType, const char* uri) {
 784 // Store a detector-specific CDB storage location
 785 // Activate it later within the Run() method
 786
 787   AliCDBPath aPath(calibType);
 788   if(!aPath.IsValid()){
 789         // if calibType is not wildcard but it is a valid detector, add "/*" to make it a valid path
 790         for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 791                 if(!strcmp(calibType, fgkDetectorName[iDet])) {
 792                         aPath.SetPath(Form("%s/*", calibType));
 793                         AliInfo(Form("Path for specific storage set to %s", aPath.GetPath().Data()));
 794                         break;
 795                 }
 796         }
 797         if(!aPath.IsValid()){
 798                 AliError(Form("Not a valid path or detector: %s", calibType));
 799                 return;
 800         }
 801   }
 802
 803 //  // check that calibType refers to a "valid" detector name
 804 //  Bool_t isDetector = kFALSE;
 805 //  for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 806 //    TString detName = fgkDetectorName[iDet];
 807 //    if(aPath.GetLevel0() == detName) {
 808 //      isDetector = kTRUE;
 809 //      break;
 810 //    }
 811 //  }
 812 //
 813 //  if(!isDetector) {
 814 //      AliError(Form("Not a valid detector: %s", aPath.GetLevel0().Data()));
 815 //      return;
 816 //  }
 817
 818   TObject* obj = fSpecCDBUri.FindObject(aPath.GetPath().Data());
 819   if (obj) fSpecCDBUri.Remove(obj);
 820   fSpecCDBUri.Add(new TNamed(aPath.GetPath().Data(), uri));
 821
 822 }
 823
 824 //_____________________________________________________________________________
 825 Bool_t AliReconstruction::SetRunNumberFromData()
 826 {
 827   // The method is called in Run() in order
 828   // to set a correct run number.
 829   // In case of raw data reconstruction the
 830   // run number is taken from the raw data header
 831
 832   if (fSetRunNumberFromDataCalled) return kTRUE;
 833   fSetRunNumberFromDataCalled = kTRUE;
 834
 835   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
 836
 837   if(fRawReader) {
 838     if(fRawReader->NextEvent()) {
 839       if(man->GetRun() > 0) {
 840         AliWarning("Run number is taken from raw-event header! Ignoring settings in AliCDBManager!");
 841       }
 842       man->SetRun(fRawReader->GetRunNumber());
 843       fRawReader->RewindEvents();
 844     }
 845     else {
 846       if(man->GetRun() > 0) {
 847         AliWarning("No raw-data events are found ! Using settings in AliCDBManager !");
 848       }
 849       else {
 850         AliWarning("Neither raw events nor settings in AliCDBManager are found !");
 851         return kFALSE;
 852       }
 853     }
 854   }
 855   else {
 856     AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
 857     if (!rl) {
 858       AliError(Form("No run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
 859       return kFALSE;
 860     }
 861     else {
 862       rl->LoadHeader();
 863       // read run number from gAlice
 864       if(rl->GetHeader()) {
 865         man->SetRun(rl->GetHeader()->GetRun());
 866         rl->UnloadHeader();
 867         delete rl;
 868       }
 869       else {
 870         AliError("Neither run-loader header nor RawReader objects are found !");
 871         delete rl;
 872         return kFALSE;
 873       }
 874     }
 875   }
 876
 877   man->Print();
 878
 879   return kTRUE;
 880 }
 881
 882 //_____________________________________________________________________________
 883 void AliReconstruction::SetCDBLock() {
 884   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
 885   // or the default storage or to activate any further storage!
 886
 887   AliCDBManager::Instance()->SetLock(1);
 888 }
 889
 890 //_____________________________________________________________________________
 891 void AliReconstruction::MatchUpgradeDetector() {
 892   // Translates detector name in a boolean.
 893   // The boolean is used in GetReconstructor to load the
 894   // upgrade reconstructor instead of the standard one.
 895    for(Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 896     if(fUpgradeModule.Contains(fgkDetectorName[iDet])) fUpgradeMask[iDet]=kTRUE;
 897    }
 898 }
 899 //_____________________________________________________________________________
 900 Bool_t AliReconstruction::MisalignGeometry(const TString& detectors)
 901 {
 902   // Read the alignment objects from CDB.
 903   // Each detector is supposed to have the
 904   // alignment objects in DET/Align/Data CDB path.
 905   // All the detector objects are then collected,
 906   // sorted by geometry level (starting from ALIC) and
 907   // then applied to the TGeo geometry.
 908   // Finally an overlaps check is performed.
 909
 910   // Load alignment data from CDB and fill fAlignObjArray
 911   if(fLoadAlignFromCDB){
 912
 913     TString detStr = detectors;
 914     TString loadAlObjsListOfDets = "";
 915
 916     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
 917       if(!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
 918       if(!strcmp(fgkDetectorName[iDet],"HLT")) continue;
 919
 920       if(AliGeomManager::GetNalignable(fgkDetectorName[iDet]) != 0)
 921       {
 922         loadAlObjsListOfDets += fgkDetectorName[iDet];
 923         loadAlObjsListOfDets += " ";
 924       }
 925     } // end loop over detectors
 926
 927     if(AliGeomManager::GetNalignable("GRP") != 0)
 928       loadAlObjsListOfDets.Prepend("GRP "); //add alignment objects for non-sensitive modules
 929     AliGeomManager::ApplyAlignObjsFromCDB(loadAlObjsListOfDets.Data());
 930     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("*/Align/*");
 931   }else{
 932     // Check if the array with alignment objects was
 933     // provided by the user. If yes, apply the objects
 934     // to the present TGeo geometry
 935     if (fAlignObjArray) {
 936       if (gGeoManager && gGeoManager->IsClosed()) {
 937         if (AliGeomManager::ApplyAlignObjsToGeom(*fAlignObjArray) == kFALSE) {
 938           AliError("The misalignment of one or more volumes failed!"
 939                    "Compare the list of simulated detectors and the list of detector alignment data!");
 940           return kFALSE;
 941         }
 942       }
 943       else {
 944         AliError("Can't apply the misalignment! gGeoManager doesn't exist or it is still opened!");
 945         return kFALSE;
 946       }
 947     }
 948   }
 949
 950   if (fAlignObjArray) {
 951     fAlignObjArray->Delete();
 952     delete fAlignObjArray; fAlignObjArray=NULL;
 953   }
 954
 955   return kTRUE;
 956 }
 957
 958 //_____________________________________________________________________________
 959 void AliReconstruction::SetGAliceFile(const char* fileName)
 960 {
 961 // set the name of the galice file
 962
 963   fGAliceFileName = fileName;
 964 }
 965
 966 //_____________________________________________________________________________
 967 void AliReconstruction::SetInput(const char* input)
 968 {
 969   // In case the input string starts with 'mem://', we run in an online mode
 970   // and AliRawReaderDateOnline object is created. In all other cases a raw-data
 971   // file is assumed. One can give as an input:
 972   // mem://: - events taken from DAQ monitoring libs online
 973   //  or
 974   // mem://<filename> - emulation of the above mode (via DATE monitoring libs)
 975   if (input) fRawInput = input;
 976 }
 977
 978 //_____________________________________________________________________________
 979 void AliReconstruction::SetOutput(const char* output)
 980 {
 981   // Set the output ESD filename
 982   // 'output' is a normalt ROOT url
 983   // The method is used in case of raw-data reco with PROOF
 984   if (output) fESDOutput = output;
 985 }
 986
 987 //_____________________________________________________________________________
 988 void AliReconstruction::SetOption(const char* detector, const char* option)
 989 {
 990 // set options for the reconstruction of a detector
 991
 992   TObject* obj = fOptions.FindObject(detector);
 993   if (obj) fOptions.Remove(obj);
 994   fOptions.Add(new TNamed(detector, option));
 995 }
 996
 997 //_____________________________________________________________________________
 998 void AliReconstruction::SetRecoParam(const char* detector, AliDetectorRecoParam *par)
 999 {
1000   // Set custom reconstruction parameters for a given detector
1001   // Single set of parameters for all the events
1002
1003   // First check if the reco-params are global
1004   if(!strcmp(detector, "GRP")) {
1005     par->SetAsDefault();
1006     fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,par);
1007     return;
1008   }
1009
1010   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1011     if(!strcmp(detector, fgkDetectorName[iDet])) {
1012       par->SetAsDefault();
1013       fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,par);
1014       break;
1015     }
1016   }
1017
1018 }
1019
1020 //_____________________________________________________________________________
1021 Bool_t AliReconstruction::InitGRP() {
1022   //------------------------------------
1023   // Initialization of the GRP entry
1024   //------------------------------------
1025   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/Data");
1026
1027   if (entry) {
1028
1029     TMap* m = dynamic_cast<TMap*>(entry->GetObject());  // old GRP entry
1030
1031     if (m) {
1032        AliInfo("Found a TMap in GRP/GRP/Data, converting it into an AliGRPObject");
1033        m->Print();
1034        fGRPData = new AliGRPObject();
1035        fGRPData->ReadValuesFromMap(m);
1036     }
1037
1038     else {
1039        AliInfo("Found an AliGRPObject in GRP/GRP/Data, reading it");
1040        fGRPData = dynamic_cast<AliGRPObject*>(entry->GetObject());  // new GRP entry
1041        entry->SetOwner(0);
1042     }
1043
1044     //    FIX ME: The unloading of GRP entry is temporarily disabled
1045     //    because ZDC and VZERO are using it in order to initialize
1046     //    their reconstructor objects. In the future one has to think
1047     //    of propagating AliRunInfo to the reconstructors.
1048     //    AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/GRP/Data");
1049   }
1050
1051   if (!fGRPData) {
1052      AliError("No GRP entry found in OCDB!");
1053      return kFALSE;
1054   }
1055
1056   TString lhcState = fGRPData->GetLHCState();
1057   if (lhcState==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1058     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the LHC state ! Using UNKNOWN");
1059     lhcState = "UNKNOWN";
1060   }
1061
1062   TString beamType = fGRPData->GetBeamType();
1063   if (beamType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1064     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam type ! Using UNKNOWN");
1065     beamType = "UNKNOWN";
1066   }
1067
1068   Float_t beamEnergy = fGRPData->GetBeamEnergy();
1069   if (beamEnergy==AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1070     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the beam energy ! Using 0");
1071     beamEnergy = 0;
1072   }
1073
1074   TString runType = fGRPData->GetRunType();
1075   if (runType==AliGRPObject::GetInvalidString()) {
1076     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the run type ! Using UNKNOWN");
1077     runType = "UNKNOWN";
1078   }
1079
1080   Int_t activeDetectors = fGRPData->GetDetectorMask();
1081   if (activeDetectors==AliGRPObject::GetInvalidUInt()) {
1082     AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the detector mask ! Using 1074790399");
1083     activeDetectors = 1074790399;
1084   }
1085   AliDebug(1, Form("activeDetectors = %d", activeDetectors));
1086
1087   fRunInfo = new AliRunInfo(lhcState, beamType, beamEnergy, runType, activeDetectors);
1088   fRunInfo->Dump();
1089
1090
1091   // Process the list of active detectors
1092   if (activeDetectors) {
1093     UInt_t detMask = activeDetectors;
1094     AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
1095     fRunLocalReconstruction = MatchDetectorList(fRunLocalReconstruction,detMask);
1096     AliDebug(1, Form("Detector List = %s", fRunLocalReconstruction.Data()));
1097     fRunTracking = MatchDetectorList(fRunTracking,detMask);
1098     fFillESD = MatchDetectorList(fFillESD,detMask);
1099     fQADetectors = MatchDetectorList(fQADetectors,detMask);
1100     fLoadCDB.Form("%s %s %s %s",
1101                   fRunLocalReconstruction.Data(),
1102                   fRunTracking.Data(),
1103                   fFillESD.Data(),
1104                   fQADetectors.Data());
1105     fLoadCDB = MatchDetectorList(fLoadCDB,detMask);
1106     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSPD")) & 0x1) &&
1107         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSDD")) & 0x1) &&
1108         !((detMask >> AliDAQ::DetectorID("ITSSSD")) & 0x1) ) {
1109       // switch off the vertexer
1110       AliInfo("SPD,SDD,SSD is not in the list of active detectors. Vertexer and Trackleter are switched off.");
1111       fRunVertexFinder = kFALSE;
1112       fRunMultFinder = kFALSE;
1113     }
1114     if (!((detMask >> AliDAQ::DetectorID("TRG")) & 0x1)) {
1115       // switch off the reading of CTP raw-data payload
1116       if (fFillTriggerESD) {
1117         AliInfo("CTP is not in the list of active detectors. CTP data reading switched off.");
1118         fFillTriggerESD = kFALSE;
1119       }
1120     }
1121   }
1122
1123   AliInfo("===================================================================================");
1124   AliInfo(Form("Running local reconstruction for detectors: %s",fRunLocalReconstruction.Data()));
1125   AliInfo(Form("Running tracking for detectors: %s",fRunTracking.Data()));
1126   AliInfo(Form("Filling ESD for detectors: %s",fFillESD.Data()));
1127   AliInfo(Form("Quality assurance is active for detectors: %s",fQADetectors.Data()));
1128   AliInfo(Form("CDB and reconstruction parameters are loaded for detectors: %s",fLoadCDB.Data()));
1129   AliInfo("===================================================================================");
1130
1131   //*** Dealing with the magnetic field map
1132   if ( TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1133     if (TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField()->TestBit(AliMagF::kOverrideGRP)) {
1134       AliInfo("ExpertMode!!! GRP information will be ignored !");
1135       AliInfo("ExpertMode!!! Running with the externally locked B field !");
1136     }
1137     else {
1138       AliInfo("Destroying existing B field instance!");
1139       delete TGeoGlobalMagField::Instance();
1140     }
1141   }
1142   if ( !TGeoGlobalMagField::Instance()->IsLocked() ) {
1143     // Construct the field map out of the information retrieved from GRP.
1144     Bool_t ok = kTRUE;
1145     // L3
1146     Float_t l3Current = fGRPData->GetL3Current((AliGRPObject::Stats)0);
1147     if (l3Current == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1148       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 current !");
1149       ok = kFALSE;
1150     }
1151
1152     Char_t l3Polarity = fGRPData->GetL3Polarity();
1153     if (l3Polarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1154       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the L3 polarity !");
1155       ok = kFALSE;
1156     }
1157
1158     // Dipole
1159     Float_t diCurrent = fGRPData->GetDipoleCurrent((AliGRPObject::Stats)0);
1160     if (diCurrent == AliGRPObject::GetInvalidFloat()) {
1161       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole current !");
1162       ok = kFALSE;
1163     }
1164
1165     Char_t diPolarity = fGRPData->GetDipolePolarity();
1166     if (diPolarity == AliGRPObject::GetInvalidChar()) {
1167       AliError("GRP/GRP/Data entry:  missing value for the dipole polarity !");
1168       ok = kFALSE;
1169     }
1170
1171     // read special bits for the polarity convention and map type
1172     Int_t  polConvention = fGRPData->IsPolarityConventionLHC() ? AliMagF::kConvLHC : AliMagF::kConvDCS2008;
1173     Bool_t uniformB = fGRPData->IsUniformBMap();
1174
1175     if (ok) {
1176       AliMagF* fld = AliMagF::CreateFieldMap(TMath::Abs(l3Current) * (l3Polarity ? -1:1),
1177                                              TMath::Abs(diCurrent) * (diPolarity ? -1:1),
1178                                              polConvention,uniformB,beamEnergy, beamType.Data());
1179       if (fld) {
1180         TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField( fld );
1181         TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1182         AliInfo("Running with the B field constructed out of GRP !");
1183       }
1184       else AliFatal("Failed to create a B field map !");
1185     }
1186     else AliFatal("B field is neither set nor constructed from GRP ! Exitig...");
1187   }
1188
1189   //*** Get the diamond profiles from OCDB
1190   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexSPD");
1191   if (entry) {
1192     fDiamondProfileSPD = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1193   } else {
1194      AliError("No SPD diamond profile found in OCDB!");
1195   }
1196
1197   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertex");
1198   if (entry) {
1199     fDiamondProfile = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1200   } else {
1201      AliError("No diamond profile found in OCDB!");
1202   }
1203
1204   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/MeanVertexTPC");
1205   if (entry) {
1206     fDiamondProfileTPC = dynamic_cast<AliESDVertex*> (entry->GetObject());
1207   } else {
1208      AliError("No TPC diamond profile found in OCDB!");
1209   }
1210
1211   entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1212   if (entry) {
1213     fListOfCosmicTriggers = dynamic_cast<THashTable*>(entry->GetObject());
1214     entry->SetOwner(0);
1215     AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Calib/CosmicTriggers");
1216   }
1217
1218   if (!fListOfCosmicTriggers) {
1219     AliWarning("Can not get list of cosmic triggers from OCDB! Cosmic event specie will be effectively disabled!");
1220   }
1221
1222   return kTRUE;
1223 }
1224
1225 //_____________________________________________________________________________
1226 Bool_t AliReconstruction::LoadCDB()
1227 {
1228   // Load CDB entries for all active detectors.
1229   // By default we load all the entries in <det>/Calib
1230   // folder.
1231
1232   AliCodeTimerAuto("",0);
1233
1234   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1235
1236   AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/Calib/LHCClockPhase");
1237
1238   TString detStr = fLoadCDB;
1239   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1240     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1241     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Calib/*",fgkDetectorName[iDet]));
1242     AliCDBManager::Instance()->GetAll(Form("%s/Trigger/*",fgkDetectorName[iDet]));
1243   }
1244
1245   // Temporary fix - one has to define the correct policy in order
1246   // to load the trigger OCDB entries only for the detectors that
1247   // in the trigger or that are needed in order to put correct
1248   // information in ESD
1249   AliCDBManager::Instance()->GetAll("TRIGGER/*/*");
1250
1251   return kTRUE;
1252 }
1253 //_____________________________________________________________________________
1254 Bool_t AliReconstruction::LoadTriggerScalersCDB()
1255 {
1256   // Load CTP scalers from OCDB.
1257   // The scalers are checked for consistency.
1258
1259   AliCodeTimerAuto("",0);
1260
1261   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Scalers");
1262
1263   if (entry) {
1264
1265        AliInfo("Found an AliTriggerRunScalers in GRP/CTP/Scalers, reading it");
1266        fRunScalers = dynamic_cast<AliTriggerRunScalers*> (entry->GetObject());
1267        entry->SetOwner(0);
1268        if (fRunScalers && (fRunScalers->CorrectScalersOverflow() == 0)) AliInfo("32bit Trigger counters corrected for overflow");
1269
1270   }
1271   return kTRUE;
1272 }
1273 //_____________________________________________________________________________
1274 Bool_t AliReconstruction::LoadCTPTimeParamsCDB()
1275 {
1276   // Load CTP timing information (alignment)
1277   // from OCDB.
1278
1279   AliCDBEntry* entry = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/CTPtiming");
1280   if (!entry) return kFALSE;
1281
1282   AliInfo("Found an AliCTPTimeParams in GRP/CTP/CTPtiming, reading it");
1283   fCTPTimeParams = dynamic_cast<AliCTPTimeParams*> (entry->GetObject());
1284   entry->SetOwner(0);
1285
1286   AliCDBEntry* entry2 = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/TimeAlign");
1287   if (!entry2) return kFALSE;
1288
1289   AliInfo("Found an AliCTPTimeParams in GRP/CTP/TimeAlign, reading it");
1290   fCTPTimeAlign = dynamic_cast<AliCTPTimeParams*> (entry2->GetObject());
1291   entry2->SetOwner(0);
1292
1293   return kTRUE;
1294 }
1295
1296 //_____________________________________________________________________________
1297 Bool_t AliReconstruction::ReadIntensityInfoCDB()
1298 {
1299   // Load LHC DIP data
1300   AliCDBEntry* entry    = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/GRP/LHCData");
1301   AliCDBEntry* entryCTP = AliCDBManager::Instance()->Get("GRP/CTP/Config");
1302   //
1303   if (!entry || !entryCTP) {
1304     AliError(Form("Failed to extract CDB objects GRP/GRP/LHCData: %p or GRP/CTP/Config: %p",entry,entryCTP));
1305     return kFALSE;
1306   }
1307   // extract BC masks
1308   enum {kA,kB,kC,kE,kNMasks};
1309   AliTriggerConfiguration* conf = (AliTriggerConfiguration*)entryCTP->GetObject();
1310   const TObjArray& clArr = conf->GetClasses();
1311   TObjArray masks(kNMasks);
1312   TIter next(&clArr);
1313   AliTriggerClass* trClass = 0;
1314   int nFound = 0;
1315   masks.SetOwner(kFALSE);
1316   //
1317   while ( (trClass=(AliTriggerClass*)next()) ) {
1318     TString trName = trClass->GetName();
1319     int ind = trName.Index("-"); // prefix in front of A,B,C,E
1320     if (ind<1) continue;   // anomaly
1321     //
1322     trName = trName.Data() + ind;
1323     AliTriggerBCMask* bcMask = trClass->GetBCMask();
1324     if (!bcMask) continue;
1325     UInt_t which = 0;
1326     if      (trName.BeginsWith("-A-"))  which |= 0x1<<kA;
1327     else if (trName.BeginsWith("-B-"))  which |= 0x1<<kB;
1328     else if (trName.BeginsWith("-C-"))  which |= 0x1<<kC;
1329     else if (trName.BeginsWith("-E-"))  which |= 0x1<<kE;
1330     else if (trName.BeginsWith("-AC-")) which |= (0x1<<kA) | (0x1<<kC);
1331     else if (trName.BeginsWith("-CA-")) which |= (0x1<<kA) | (0x1<<kC);
1332     else { AliWarning(Form("Unknown trigger type %s\n",trClass->GetName())); continue;}
1333     //
1334     for (int ip=kNMasks;ip--;) {
1335       if ( !(which&(0x1<<ip)) || masks[ip] ) continue; // does not match or already done
1336       masks[ip] = (TObject*)bcMask;
1337       nFound++;
1338     }
1339     if (nFound==kNMasks) break;
1340   }
1341   //
1342   AliInfo("Reading mean bunch intensities from GRP/GRP/LHCData");
1343   AliLHCData* dipData = dynamic_cast<AliLHCData*> (entry->GetObject());
1344   //
1345   for (int ib=2;ib--;) {
1346     double intI,intNI;
1347     if (dipData && (dipData->GetMeanIntensity(ib,intI,intNI,&masks)>=0)) {
1348       fBeamInt[ib][0] = intI;
1349       fBeamInt[ib][1] = intNI;
1350       AliInfo(Form("Mean intensity for beam %d: Interacting:%.2e Non-Interacting:%.2e",ib,intI,intNI));
1351     }
1352   }
1353   return kTRUE;
1354   //
1355 }
1356
1357
1358 //_____________________________________________________________________________
1359 Bool_t AliReconstruction::Run(const char* input)
1360 {
1361   // Run Run Run
1362   AliCodeTimerAuto("",0);
1363
1364   InitRun(input);
1365   if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1366
1367   TChain *chain = NULL;
1368   if (fRawReader && (chain = fRawReader->GetChain())) {
1369     Long64_t nEntries = (fLastEvent < 0) ? (TChain::kBigNumber) : (fLastEvent - fFirstEvent + 1);
1370     // Proof mode
1371     if (gProof) {
1372       // Temporary fix for long raw-data runs (until socket timeout handling in PROOF is revised)
1373       gProof->Exec("gEnv->SetValue(\"Proof.SocketActivityTimeout\",-1)", kTRUE);
1374
1375       if (gGrid)
1376         gProof->Exec("TGrid::Connect(\"alien://\")",kTRUE);
1377
1378       TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE);
1379       gProof->Exec("TMessage::EnableSchemaEvolutionForAll(kTRUE)",kTRUE);
1380
1381       gProof->AddInput(this);
1382
1383       if (!ParseOutput()) return kFALSE;
1384
1385       gProof->SetParameter("PROOF_MaxSlavesPerNode", 9999);
1386       chain->SetProof();
1387       chain->Process("AliReconstruction","",nEntries,fFirstEvent);
1388     }
1389     else {
1390       chain->Process(this,"",nEntries,fFirstEvent);
1391     }
1392   }
1393   else {
1394     Begin(NULL);
1395     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1396     SlaveBegin(NULL);
1397     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1398     //******* The loop over events
1399     AliInfo("Starting looping over events");
1400     Int_t iEvent = 0;
1401     while ((iEvent < fRunLoader->GetNumberOfEvents()) ||
1402            (fRawReader && fRawReader->NextEvent())) {
1403       if (!ProcessEvent(iEvent)) {
1404         Abort("ProcessEvent",TSelector::kAbortFile);
1405         return kFALSE;
1406       }
1407       iEvent++;
1408     }
1409     SlaveTerminate();
1410     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1411     Terminate();
1412     if (GetAbort() != TSelector::kContinue) return kFALSE;
1413   }
1414
1415   return kTRUE;
1416 }
1417
1418 //_____________________________________________________________________________
1419 void AliReconstruction::InitRawReader(const char* input)
1420 {
1421   // Init raw-reader and
1422   // set the input in case of raw data
1423
1424   AliCodeTimerAuto("",0);
1425
1426   if (input) fRawInput = input;
1427   fRawReader = AliRawReader::Create(fRawInput.Data());
1428   if (!fRawReader) {
1429     if (fRawInput.IsNull()) {
1430       AliInfo("Reconstruction will run over digits");
1431     }
1432     else {
1433       AliFatal("Can not create raw-data reader ! Exiting...");
1434     }
1435   }
1436
1437   if (!fEquipIdMap.IsNull() && fRawReader)
1438     fRawReader->LoadEquipmentIdsMap(fEquipIdMap);
1439
1440   if (!fUseHLTData.IsNull()) {
1441     // create the RawReaderHLT which performs redirection of HLT input data for
1442     // the specified detectors
1443     AliRawReader* pRawReader=AliRawHLTManager::CreateRawReaderHLT(fRawReader, fUseHLTData.Data());
1444     if (pRawReader) {
1445       fParentRawReader=fRawReader;
1446       fRawReader=pRawReader;
1447     } else {
1448       AliError(Form("can not create Raw Reader for HLT input %s", fUseHLTData.Data()));
1449     }
1450   }
1451   AliSysInfo::AddStamp("CreateRawReader");
1452 }
1453
1454 //_____________________________________________________________________________
1455 void AliReconstruction::InitRun(const char* input)
1456 {
1457   // Initialization of raw-reader,
1458   // run number, CDB etc.
1459   AliCodeTimerAuto("",0);
1460   AliSysInfo::AddStamp("Start");
1461
1462   // Initialize raw-reader if any
1463   InitRawReader(input);
1464
1465   // Initialize the CDB storage
1466   InitCDB();
1467
1468   // Set run number in CDBManager (if it is not already set by the user)
1469   if (!SetRunNumberFromData()) {
1470     Abort("SetRunNumberFromData", TSelector::kAbortProcess);
1471     return;
1472   }
1473
1474   // Set CDB lock: from now on it is forbidden to reset the run number
1475   // or the default storage or to activate any further storage!
1476   SetCDBLock();
1477
1478 }
1479
1480 //_____________________________________________________________________________
1481 void AliReconstruction::Begin(TTree *)
1482 {
1483   // Initialize AlReconstruction before
1484   // going into the event loop
1485   // Should follow the TSelector convention
1486   // i.e. initialize only the object on the client side
1487   AliCodeTimerAuto("",0);
1488
1489   AliReconstruction *reco = NULL;
1490   if (fInput) {
1491     if ((reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction"))) {
1492       *this = *reco;
1493     }
1494     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInBegin");
1495   }
1496
1497   // Import ideal TGeo geometry and apply misalignment
1498   if (!gGeoManager) {
1499     TString geom(gSystem->DirName(fGAliceFileName));
1500     geom += "/geometry.root";
1501     AliGeomManager::LoadGeometry(geom.Data());
1502     if (!gGeoManager) {
1503       Abort("LoadGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1504       return;
1505     }
1506     AliSysInfo::AddStamp("LoadGeom");
1507     TString detsToCheck=fRunLocalReconstruction;
1508     if(!AliGeomManager::CheckSymNamesLUT(detsToCheck.Data())) {
1509       Abort("CheckSymNamesLUT", TSelector::kAbortProcess);
1510       return;
1511     }
1512     AliSysInfo::AddStamp("CheckGeom");
1513   }
1514
1515   if(fFromCDBSnapshot){
1516       AliDebug(2,"Initializing from a CDB snapshot");
1517       if(!AliCDBManager::Instance()->InitFromSnapshot(fSnapshotFileName.Data())){
1518           Abort("InitFromSnapshot", TSelector::kAbortProcess);
1519           return;
1520       }
1521   }
1522
1523   if (!MisalignGeometry(fLoadAlignData)) {
1524     Abort("MisalignGeometry", TSelector::kAbortProcess);
1525     return;
1526   }
1527   AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache("GRP/Geometry/Data");
1528   AliSysInfo::AddStamp("MisalignGeom");
1529
1530   if (!InitGRP()) {
1531     Abort("InitGRP", TSelector::kAbortProcess);
1532     return;
1533   }
1534   AliSysInfo::AddStamp("InitGRP");
1535
1536   if(!fFromCDBSnapshot){
1537       if (!LoadCDB()) {
1538           Abort("LoadCDB", TSelector::kAbortProcess);
1539           return;
1540       }
1541       AliSysInfo::AddStamp("LoadCDB");
1542   }
1543
1544   if (!LoadTriggerScalersCDB()) {
1545     Abort("LoadTriggerScalersCDB", TSelector::kAbortProcess);
1546     return;
1547   }
1548   AliSysInfo::AddStamp("LoadTriggerScalersCDB");
1549
1550   if (!LoadCTPTimeParamsCDB()) {
1551     Abort("LoadCTPTimeParamsCDB", TSelector::kAbortProcess);
1552     return;
1553   }
1554   AliSysInfo::AddStamp("LoadCTPTimeParamsCDB");
1555
1556   if (!ReadIntensityInfoCDB()) {
1557     Abort("ReadIntensityInfoCDB", TSelector::kAbortProcess);
1558     return;
1559   }
1560   AliSysInfo::AddStamp("ReadIntensityInfoCDB");
1561
1562   // Read the reconstruction parameters from OCDB
1563   if (!InitRecoParams()) {
1564     AliWarning("Not all detectors have correct RecoParam objects initialized");
1565   }
1566   AliSysInfo::AddStamp("InitRecoParams");
1567
1568   if (fInput && gProof) {
1569     if (reco) *reco = *this;
1570
1571     gGeoManager->SetName("Geometry");
1572     gProof->AddInputData(gGeoManager,kTRUE);
1573     gGeoManager = NULL;
1574     gProof->AddInputData(const_cast<TMap*>(AliCDBManager::Instance()->GetEntryCache()),kTRUE);
1575     fInput->Add(new TParameter<Int_t>("RunNumber",AliCDBManager::Instance()->GetRun()));
1576     AliMagF *magFieldMap = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1577     magFieldMap->SetName("MagneticFieldMap");
1578     gProof->AddInputData(magFieldMap,kTRUE);
1579     if (fAnalysis) {
1580       fAnalysis->SetName("Analysis");
1581       gProof->AddInputData(fAnalysis,kTRUE);
1582     }
1583   }
1584
1585 }
1586
1587 //_____________________________________________________________________________
1588 void AliReconstruction::SlaveBegin(TTree*)
1589 {
1590   // Initialization related to run-loader,
1591   // vertexer, trackers, recontructors
1592   // In proof mode it is executed on the slave
1593   AliCodeTimerAuto("",0);
1594
1595   TProofOutputFile *outProofFile = NULL;
1596   if (fInput) {
1597     if (AliDebugLevel() > 0) fInput->Print();
1598     if (AliDebugLevel() > 10) fInput->Dump();
1599     if (AliReconstruction *reco = (AliReconstruction*)fInput->FindObject("AliReconstruction")) {
1600       *this = *reco;
1601     }
1602     if (TGeoManager *tgeo = (TGeoManager*)fInput->FindObject("Geometry")) {
1603       gGeoManager = tgeo;
1604       AliGeomManager::SetGeometry(tgeo);
1605     }
1606     if (TMap *entryCache = (TMap*)fInput->FindObject("CDBEntryCache")) {
1607       Int_t runNumber = -1;
1608       if (TProof::GetParameter(fInput,"RunNumber",runNumber) == 0) {
1609         AliCDBManager *man = AliCDBManager::Instance(entryCache,runNumber);
1610         man->SetCacheFlag(kTRUE);
1611         man->SetLock(kTRUE);
1612         man->Print();
1613       }
1614     }
1615     if (AliMagF *map = (AliMagF*)fInput->FindObject("MagneticFieldMap")) {
1616       AliMagF *newMap = new AliMagF(*map);
1617       if (!newMap->LoadParameterization()) {
1618         Abort("AliMagF::LoadParameterization", TSelector::kAbortProcess);
1619         return;
1620       }
1621       TGeoGlobalMagField::Instance()->SetField(newMap);
1622       TGeoGlobalMagField::Instance()->Lock();
1623     }
1624     if (!fAnalysis) {
1625        // Attempt to get the analysis manager from the input list
1626        fAnalysis = (AliAnalysisManager*)fInput->FindObject("Analysis");
1627        if (fAnalysis) AliInfo("==== Analysis manager retrieved from input list ====");
1628     }
1629     if (TNamed *outputFileName = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE"))
1630       fProofOutputFileName = outputFileName->GetTitle();
1631     if (TNamed *outputLocation = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION"))
1632       fProofOutputLocation = outputLocation->GetTitle();
1633     if (fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET"))
1634       fProofOutputDataset = kTRUE;
1635     if (TNamed *archiveList = (TNamed*)fInput->FindObject("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE"))
1636       fProofOutputArchive = archiveList->GetTitle();
1637     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
1638         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
1639         fProofOutputArchive.IsNull()) {
1640       if (!fProofOutputDataset) {
1641         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"M");
1642         outProofFile->SetOutputFileName(Form("%s%s",fProofOutputLocation.Data(),fProofOutputFileName.Data()));
1643       }
1644       else {
1645         outProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),"DROV",fProofOutputLocation.Data());
1646       }
1647       if (AliDebugLevel() > 0) outProofFile->Dump();
1648       fOutput->Add(outProofFile);
1649     }
1650     AliSysInfo::AddStamp("ReadInputInSlaveBegin");
1651   }
1652   // Check if analysis was requested in the reconstruction event loop
1653   if (!fAnalysis) {
1654     // Attempt to connect in-memory singleton
1655     fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1656     if (fAnalysis) AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> found in memory ====", fAnalysis->GetName()));
1657     // Check if an analysis macro was specified
1658     if (!fAnalysis && !fAnalysisMacro.IsNull()) {
1659       // Run specified analysis macro
1660       gROOT->ProcessLine(Form(".x %s",fAnalysisMacro.Data()));
1661       fAnalysis = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
1662       if (!fAnalysis) AliError(Form("No analysis manager produced by analysis macro %s", fAnalysisMacro.Data()));
1663       else AliInfo(Form("==== Analysis manager <%s> produced by analysis macro <%s> ====",
1664                         fAnalysis->GetName(), fAnalysisMacro.Data()));
1665     }
1666   }
1667
1668   // get the run loader
1669   if (!InitRunLoader()) {
1670     Abort("InitRunLoader", TSelector::kAbortProcess);
1671     return;
1672   }
1673   AliSysInfo::AddStamp("LoadLoader");
1674
1675   ftVertexer = new AliVertexerTracks(AliTracker::GetBz());
1676
1677   // get trackers
1678   if (!fRunTracking.IsNull() && !CreateTrackers(fRunTracking)) {
1679     Abort("CreateTrackers", TSelector::kAbortProcess);
1680     return;
1681   }
1682   AliSysInfo::AddStamp("CreateTrackers");
1683
1684   // create the ESD output file and tree
1685   if (!outProofFile) {
1686     ffile = TFile::Open("AliESDs.root", "RECREATE");
1687     ffile->SetCompressionLevel(2);
1688     if (!ffile->IsOpen()) {
1689       Abort("OpenESDFile", TSelector::kAbortProcess);
1690       return;
1691     }
1692   }
1693   else {
1694     AliInfo(Form("Opening output PROOF file: %s/%s",
1695                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()));
1696     if (!(ffile = outProofFile->OpenFile("RECREATE"))) {
1697       Abort(Form("Problems opening output PROOF file: %s/%s",
1698                  outProofFile->GetDir(), outProofFile->GetFileName()),
1699             TSelector::kAbortProcess);
1700       return;
1701     }
1702   }
1703
1704   ftree = new TTree("esdTree", "Tree with ESD objects");
1705   fesd = new AliESDEvent();
1706   fesd->CreateStdContent();
1707   // add a so far non-std object to the ESD, this will
1708   // become part of the std content
1709   fesd->AddObject(new AliESDHLTDecision);
1710
1711   fesd->WriteToTree(ftree);
1712   if (fWriteESDfriend) {
1713     ffileF = TFile::Open("AliESDfriends.root", "RECREATE");
1714     ftreeF = new TTree("esdFriendTree", "Tree with ESD Friend objects");
1715     fesdf  = new AliESDfriend();
1716     ftreeF->Branch("ESDfriend.","AliESDfriend", &fesdf);
1717     fesd->AddObject(fesdf);
1718     ffile->cd();
1719   }
1720   ftree->GetUserInfo()->Add(fesd);
1721
1722   fhlttree = new TTree("HLTesdTree", "Tree with HLT ESD objects");
1723   fhltesd = new AliESDEvent();
1724   fhltesd->CreateStdContent();
1725   // read the ESD template from CDB
1726   // HLT is allowed to put non-std content to its ESD, the non-std
1727   // objects need to be created before invocation of WriteToTree in
1728   // order to create all branches. Initialization is done from an
1729   // ESD layout template in CDB
1730   AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
1731   AliCDBPath hltESDConfigPath("HLT/ConfigHLT/esdLayout");
1732   AliCDBEntry* hltESDConfig=NULL;
1733   if (man->GetId(hltESDConfigPath)!=NULL &&
1734       (hltESDConfig=man->Get(hltESDConfigPath))!=NULL) {
1735     AliESDEvent* pESDLayout=dynamic_cast<AliESDEvent*>(hltESDConfig->GetObject());
1736     if (pESDLayout) {
1737       // init all internal variables from the list of objects
1738       pESDLayout->GetStdContent();
1739
1740       // copy content and create non-std objects
1741       *fhltesd=*pESDLayout;
1742       fhltesd->Reset();
1743     } else {
1744       AliError(Form("error setting hltEsd layout from %s: invalid object type",
1745                     hltESDConfigPath.GetPath().Data()));
1746     }
1747   }
1748
1749   fhltesd->WriteToTree(fhlttree);
1750   fhlttree->GetUserInfo()->Add(fhltesd);
1751
1752   ProcInfo_t procInfo;
1753   gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1754   AliInfo(Form("Current memory usage %ld %ld", procInfo.fMemResident, procInfo.fMemVirtual));
1755
1756   //QA
1757   //Initialize the QA and start of cycle
1758   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
1759     InitQA() ;
1760
1761   //Initialize the Plane Efficiency framework
1762   if (fRunPlaneEff && !InitPlaneEff()) {
1763     Abort("InitPlaneEff", TSelector::kAbortProcess);
1764     return;
1765   }
1766
1767   if (strcmp(gProgName,"alieve") == 0)
1768     fRunAliEVE = InitAliEVE();
1769   // If we have an analysis manager, connect the AliRecoInputHandler here
1770   if (fAnalysis) {
1771     if (!dynamic_cast<AliRecoInputHandler*>(fAnalysis->GetInputEventHandler())) {
1772        AliError("Analysis manager used in reconstruction should use AliRecoInputHandler - \
1773                  \n  ->Replacing with AliRecoInputHandler instance.");
1774        delete fAnalysis->GetInputEventHandler();
1775     }
1776     // Set the event and other data pointers
1777     fRecoHandler = new AliRecoInputHandler();
1778     fRecoHandler->Init(ftree, "LOCAL");
1779     fRecoHandler->SetEvent(fesd);
1780     fRecoHandler->SetESDfriend(fesdf);
1781     fRecoHandler->SetHLTEvent(fhltesd);
1782     fRecoHandler->SetHLTTree(fhlttree);
1783     fAnalysis->SetInputEventHandler(fRecoHandler);
1784     // Enter external loop mode
1785     fAnalysis->SetExternalLoop(kTRUE);
1786     // Initialize analysis
1787     fAnalysis->StartAnalysis("local", (TTree*)0);
1788     // Connect ESD tree with the input container
1789     fAnalysis->GetCommonInputContainer()->SetData(ftree);
1790   }
1791   return;
1792 }
1793
1794 //_____________________________________________________________________________
1795 Bool_t AliReconstruction::Process(Long64_t entry)
1796 {
1797   // run the reconstruction over a single entry
1798   // from the chain with raw data
1799   AliCodeTimerAuto("",0);
1800
1801   TTree *currTree = fChain->GetTree();
1802   AliRawVEvent *event = NULL;
1803   currTree->SetBranchAddress("rawevent",&event);
1804   currTree->GetEntry(entry);
1805   fRawReader = new AliRawReaderRoot(event);
1806   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
1807   delete fRawReader;
1808   fRawReader = NULL;
1809   delete event;
1810
1811   return fStatus;
1812 }
1813
1814 //_____________________________________________________________________________
1815 void AliReconstruction::Init(TTree *tree)
1816 {
1817   // Implementation of TSelector::Init()
1818   // method
1819   if (tree == 0) {
1820     AliError("The input tree is not found!");
1821     return;
1822   }
1823   fChain = tree;
1824 }
1825
1826 //_____________________________________________________________________________
1827 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(Int_t iEvent)
1828 {
1829   // run the reconstruction over a single event
1830   // The event loop is steered in Run method
1831
1832
1833   static Long_t oldMres=0;
1834   static Long_t oldMvir=0;
1835   static Float_t oldCPU=0;
1836   static Long_t aveDMres=0;
1837   static Long_t aveDMvir=0;
1838   static Float_t aveDCPU=0;
1839
1840   AliCodeTimerAuto("",0);
1841
1842   AliESDpid pid;
1843
1844   if (iEvent >= fRunLoader->GetNumberOfEvents()) {
1845     fRunLoader->SetEventNumber(iEvent);
1846     if (fRawReader)
1847       fRunLoader->GetHeader()->Reset(fRawReader->GetRunNumber(),
1848                                      iEvent, iEvent);
1849     fRunLoader->TreeE()->Fill();
1850
1851     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD())
1852       fRunLoader->TreeE()->AutoSave("SaveSelf");
1853   }
1854
1855   if ((iEvent < fFirstEvent) || ((fLastEvent >= 0) && (iEvent > fLastEvent))) {
1856     return kTRUE;
1857   }
1858
1859
1860   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
1861
1862   // Fill Event-info object
1863   GetEventInfo();
1864   fRecoParam.SetEventSpecie(fRunInfo,fEventInfo,fListOfCosmicTriggers);
1865
1866   ProcInfo_t procInfo;
1867   if(iEvent==fFirstEvent) {
1868     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
1869     oldMres=procInfo.fMemResident;
1870     oldMvir=procInfo.fMemVirtual;
1871     oldCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys;
1872   }
1873   AliInfo(Form("================================= Processing event %d of type %-10s ==================================", iEvent,fRecoParam.PrintEventSpecie()));
1874
1875   // Set the reco-params
1876   {
1877     TString detStr = fLoadCDB;
1878     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
1879       if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
1880       AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
1881       if (reconstructor && fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
1882         const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
1883         reconstructor->SetRecoParam(par);
1884         reconstructor->GetPidSettings(&pid);
1885         reconstructor->SetEventInfo(&fEventInfo);
1886         if (fRunQA) {
1887           AliQAManager::QAManager()->SetEventInfo(&fEventInfo) ;
1888           AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(iDet, par) ;
1889           if (par) AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(par->GetEventSpecie())) ;
1890         }
1891       }
1892     }
1893     //
1894     if (fRunQA || fRunGlobalQA) AliQADataMaker::SetEventTrigClasses(fEventInfo.GetTriggerClasses()); // RS: select which histo clones are to be filled
1895     //
1896     if (fRunQA) {
1897       const AliDetectorRecoParam *grppar = fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors);
1898       AliQAManager::QAManager()->SetRecoParam(AliQAv1::kGLOBAL, grppar) ;
1899       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(AliRecoParam::Convert(grppar->GetEventSpecie())) ;
1900     }
1901   }
1902
1903     // QA on single raw
1904   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRAWS)) {
1905     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
1906     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fRawReader) ;
1907   }
1908     // local single event reconstruction
1909     if (!fRunLocalReconstruction.IsNull()) {
1910       TString detectors=fRunLocalReconstruction;
1911       // run HLT event reconstruction first
1912       // ;-( IsSelected changes the string
1913       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
1914           !RunLocalEventReconstruction("HLT")) {
1915         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1916       }
1917       detectors=fRunLocalReconstruction;
1918       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
1919       if (!RunLocalEventReconstruction(detectors)) {
1920         if (fStopOnError) {
1921           CleanUp();
1922           return kFALSE;
1923         }
1924       }
1925     }
1926
1927
1928     // fill Event header information from the RawEventHeader
1929     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fesd);}
1930     if (fRawReader){FillRawEventHeaderESD(fhltesd);}
1931
1932     fesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1933     fhltesd->SetRunNumber(fRunLoader->GetHeader()->GetRun());
1934
1935     ((AliESDRun*)fesd->GetESDRun())->SetDetectorsInDAQ(fRunInfo->GetDetectorMask());
1936     ((AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun())->SetDetectorsInDAQ(fRunInfo->GetDetectorMask());
1937     ((AliESDRun*)fesd->GetESDRun())->SetDetectorsInReco(AliDAQ::DetectorPatternOffline(fFillESD.Data()));
1938     ((AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun())->SetDetectorsInReco(AliDAQ::DetectorPatternOffline(fFillESD.Data()));
1939
1940     fesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1941     fhltesd->SetEventNumberInFile(fRunLoader->GetHeader()->GetEventNrInRun());
1942
1943     fesd->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie());
1944     fhltesd->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie());
1945
1946     // Set magnetic field from the tracker
1947     fesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1948     fhltesd->SetMagneticField(AliTracker::GetBz());
1949     //
1950     AliESDRun *esdRun,*esdRunH;
1951     esdRun  = (AliESDRun*)fesd->GetESDRun();
1952     esdRunH = (AliESDRun*)fhltesd->GetESDRun();
1953     esdRun->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV();
1954     esdRunH->SetBeamEnergyIsSqrtSHalfGeV();
1955     //
1956     for (int ib=2;ib--;) for (int it=2;it--;) {
1957         esdRun->SetMeanIntensity(ib,it, fBeamInt[ib][it]);
1958         esdRunH->SetMeanIntensity(ib,it, fBeamInt[ib][it]);
1959       }
1960     //
1961     AliMagF* fld = (AliMagF*)TGeoGlobalMagField::Instance()->GetField();
1962     if (fld) { // set info needed for field initialization
1963       fesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1964       fesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1965       fesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1966       fesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1967       fesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1968       fesd->SetBInfoStored();
1969       //
1970       fhltesd->SetCurrentL3(fld->GetCurrentSol());
1971       fhltesd->SetCurrentDip(fld->GetCurrentDip());
1972       fhltesd->SetBeamEnergy(fld->GetBeamEnergy());
1973       fhltesd->SetBeamType(fld->GetBeamTypeText());
1974       fhltesd->SetUniformBMap(fld->IsUniform());
1975       fhltesd->SetBInfoStored();
1976     }
1977     //
1978     // Set most probable pt, for B=0 tracking
1979     // Get the global reco-params. They are atposition 16 inside the array of detectors in fRecoParam
1980     const AliGRPRecoParam *grpRecoParam = dynamic_cast<const AliGRPRecoParam*>(fRecoParam.GetDetRecoParam(kNDetectors));
1981     if (grpRecoParam) AliExternalTrackParam::SetMostProbablePt(grpRecoParam->GetMostProbablePt());
1982
1983     // Fill raw-data error log into the ESD
1984     if (fRawReader) FillRawDataErrorLog(iEvent,fesd);
1985
1986     // vertex finder
1987     if (fRunVertexFinder) {
1988       if (!RunVertexFinder(fesd)) {
1989         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1990       }
1991     }
1992
1993     // For Plane Efficiency: run the SPD trackleter
1994     if (fRunPlaneEff && fSPDTrackleter) {
1995       if (!RunSPDTrackleting(fesd)) {
1996         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
1997       }
1998     }
1999
2000     // Muon tracking
2001     if (!fRunTracking.IsNull()) {
2002       if (fRunMuonTracking) {
2003         if (!RunMuonTracking(fesd)) {
2004           if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2005         }
2006       }
2007     }
2008
2009     // barrel tracking
2010     if (!fRunTracking.IsNull()) {
2011       if (!RunTracking(fesd,pid)) {
2012         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2013       }
2014     }
2015
2016     // fill ESD
2017     if (!fFillESD.IsNull()) {
2018       TString detectors=fFillESD;
2019       // run HLT first and on hltesd
2020       // ;-( IsSelected changes the string
2021       if (IsSelected("HLT", detectors) &&
2022           !FillESD(fhltesd, "HLT")) {
2023         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2024       }
2025       detectors=fFillESD;
2026       // Temporary fix to avoid problems with HLT that overwrites the offline ESDs
2027       if (detectors.Contains("ALL")) {
2028         detectors="";
2029         for (Int_t idet=0; idet<kNDetectors; ++idet){
2030           detectors += fgkDetectorName[idet];
2031           detectors += " ";
2032         }
2033       }
2034       detectors.ReplaceAll("HLT", "");
2035       if (!FillESD(fesd, detectors)) {
2036         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2037       }
2038     }
2039
2040
2041     ffile->cd();
2042
2043     //
2044     // Propagate track to the beam pipe  (if not already done by ITS)
2045     //
2046     const Int_t ntracks = fesd->GetNumberOfTracks();
2047     const Double_t kRadius  = 2.8; //something less than the beam pipe radius
2048
2049     TObjArray trkArray;
2050     UShort_t *selectedIdx=new UShort_t[ntracks];
2051
2052     for (Int_t itrack=0; itrack<ntracks; itrack++){
2053       const Double_t kMaxStep = 1;   //max step over the material
2054       Bool_t ok;
2055
2056       AliESDtrack *track = fesd->GetTrack(itrack);
2057       if (!track) continue;
2058
2059       AliExternalTrackParam *tpcTrack =
2060            (AliExternalTrackParam *)track->GetTPCInnerParam();
2061       ok = kFALSE;
2062       if (tpcTrack)
2063         ok = AliTracker::
2064           PropagateTrackToBxByBz(tpcTrack,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
2065
2066       if (ok) {
2067         Int_t n=trkArray.GetEntriesFast();
2068         selectedIdx[n]=track->GetID();
2069         trkArray.AddLast(tpcTrack);
2070       }
2071
2072       //Tracks refitted by ITS should already be at the SPD vertex
2073       if (track->IsOn(AliESDtrack::kITSrefit)) continue;
2074
2075       AliTracker::
2076          PropagateTrackToBxByBz(track,kRadius,track->GetMass(),kMaxStep,kFALSE);
2077       Double_t x[3]; track->GetXYZ(x);
2078       Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2079       track->RelateToVertexBxByBz(fesd->GetPrimaryVertexSPD(), b, kVeryBig);
2080
2081     }
2082
2083     //
2084     // Improve the reconstructed primary vertex position using the tracks
2085     //
2086     Bool_t runVertexFinderTracks = fRunVertexFinderTracks;
2087     if(fesd->GetPrimaryVertexSPD()) {
2088       TString vtitle = fesd->GetPrimaryVertexSPD()->GetTitle();
2089       if(vtitle.Contains("cosmics")) {
2090         runVertexFinderTracks=kFALSE;
2091       }
2092     }
2093
2094     if (runVertexFinderTracks) {
2095        // TPC + ITS primary vertex
2096        ftVertexer->SetITSMode();
2097        ftVertexer->SetConstraintOff();
2098        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
2099        Bool_t constrSPD=kFALSE;
2100        if (grpRecoParam) {
2101          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
2102          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
2103          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsITS(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2104          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2105          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
2106          if(grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintITS()) {
2107            if(fDiamondProfile && fDiamondProfile->GetXRes()<kRadius){
2108              ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfile); // apply constraint only if sigmax is smaller than the beam pipe radius
2109            }else{
2110              if(fDiamondProfileSPD && fDiamondProfileSPD->GetXRes()<kRadius){
2111                ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2112                constrSPD=kTRUE;
2113              }
2114            }
2115          }
2116        }
2117        AliESDVertex *pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(fesd);
2118        if (pvtx) {
2119          if(constrSPD){
2120            TString title=pvtx->GetTitle();
2121            title.Append("SPD");
2122            pvtx->SetTitle(title);
2123          }
2124           if (pvtx->GetStatus()) {
2125              fesd->SetPrimaryVertexTracks(pvtx);
2126              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
2127                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
2128                  Double_t x[3]; t->GetXYZ(x);
2129                  Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2130                  t->RelateToVertexBxByBz(pvtx, b, kVeryBig);
2131              }
2132           }
2133           delete pvtx; pvtx=NULL;
2134        }
2135
2136        // TPC-only primary vertex
2137        ftVertexer->SetTPCMode();
2138        ftVertexer->SetConstraintOff();
2139        // get cuts for vertexer from AliGRPRecoParam
2140        if (grpRecoParam) {
2141          Int_t nCutsVertexer = grpRecoParam->GetVertexerTracksNCuts();
2142          Double_t *cutsVertexer = new Double_t[nCutsVertexer];
2143          grpRecoParam->GetVertexerTracksCutsTPC(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2144          ftVertexer->SetCuts(cutsVertexer,nCutsVertexer);
2145          delete [] cutsVertexer; cutsVertexer = NULL;
2146          if(fDiamondProfileTPC && grpRecoParam->GetVertexerTracksConstraintTPC()) {
2147            if(fDiamondProfileTPC->GetXRes()<kRadius) ftVertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileTPC); // apply constraint only if sigmax is smaller than the beam pipe radius
2148          }
2149        }
2150        pvtx=ftVertexer->FindPrimaryVertex(&trkArray,selectedIdx);
2151        if (pvtx) {
2152           if (pvtx->GetStatus()) {
2153              fesd->SetPrimaryVertexTPC(pvtx);
2154              for (Int_t i=0; i<ntracks; i++) {
2155                  AliESDtrack *t = fesd->GetTrack(i);
2156                  Double_t x[3]; t->GetXYZ(x);
2157                  Double_t b[3]; AliTracker::GetBxByBz(x,b);
2158                  t->RelateToVertexTPCBxByBz(pvtx, b, kVeryBig);
2159              }
2160           }
2161           delete pvtx; pvtx=NULL;
2162        }
2163
2164     }
2165     delete[] selectedIdx;
2166
2167     if(fDiamondProfile && fDiamondProfile->GetXRes()<kRadius) fesd->SetDiamond(fDiamondProfile);
2168     else fesd->SetDiamond(fDiamondProfileSPD);
2169
2170     if (fRunV0Finder) {
2171        // V0 finding
2172        AliV0vertexer vtxer;
2173        // get cuts for V0vertexer from AliGRPRecoParam
2174        if (grpRecoParam) {
2175          Int_t nCutsV0vertexer = grpRecoParam->GetVertexerV0NCuts();
2176          Double_t *cutsV0vertexer = new Double_t[nCutsV0vertexer];
2177          grpRecoParam->GetVertexerV0Cuts(cutsV0vertexer);
2178          vtxer.SetCuts(cutsV0vertexer);
2179          delete [] cutsV0vertexer; cutsV0vertexer = NULL;
2180        }
2181        vtxer.Tracks2V0vertices(fesd);
2182
2183        if (fRunCascadeFinder) {
2184           // Cascade finding
2185           AliCascadeVertexer cvtxer;
2186           // get cuts for CascadeVertexer from AliGRPRecoParam
2187           if (grpRecoParam) {
2188             Int_t nCutsCascadeVertexer = grpRecoParam->GetVertexerCascadeNCuts();
2189             Double_t *cutsCascadeVertexer = new Double_t[nCutsCascadeVertexer];
2190             grpRecoParam->GetVertexerCascadeCuts(cutsCascadeVertexer);
2191             cvtxer.SetCuts(cutsCascadeVertexer);
2192             delete [] cutsCascadeVertexer; cutsCascadeVertexer = NULL;
2193           }
2194           cvtxer.V0sTracks2CascadeVertices(fesd);
2195        }
2196     }
2197
2198     // AdC+FN
2199     if (fReconstructor[3])
2200       GetReconstructor(3)->FillEventTimeWithTOF(fesd,&pid);
2201
2202     // combined PID
2203     pid.MakePID(fesd);
2204
2205     if (fFillTriggerESD) {
2206       if (!FillTriggerESD(fesd)) {
2207         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2208       }
2209     }
2210     // Always fill scalers
2211     if (!FillTriggerScalers(fesd)) {
2212        if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2213     }
2214
2215     // write ESD
2216     if (fCleanESD) CleanESD(fesd);
2217     //
2218     // RS run updated trackleter: since we want to mark the clusters used by tracks and also mark the
2219     // tracks interpreted as primary, this step should be done in the very end, when full
2220     // ESD info is available (particulalry, V0s)
2221     // vertex finder
2222     if (fRunMultFinder) {
2223       if (!RunMultFinder(fesd)) {
2224         if (fStopOnError) {CleanUp(); return kFALSE;}
2225       }
2226     }
2227
2228   if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kESDS)) {
2229     AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2230     AliQAManager::QAManager()->RunOneEvent(fesd, fhltesd) ;
2231   }
2232   if (fRunGlobalQA) {
2233     AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2234     if (qadm)
2235       qadm->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2236     if (qadm && IsInTasks(AliQAv1::kESDS))
2237       qadm->Exec(AliQAv1::kESDS, fesd);
2238   }
2239
2240   // copy HLT decision from HLTesd to esd
2241   // the most relevant information is stored in a reduced container in the esd,
2242   // while the full information can be found in the HLTesd
2243   TObject* pHLTSrc=fhltesd->FindListObject(AliESDHLTDecision::Name());
2244   TObject* pHLTTgt=fesd->FindListObject(AliESDHLTDecision::Name());
2245   if (pHLTSrc && pHLTTgt) {
2246     pHLTSrc->Copy(*pHLTTgt);
2247   }
2248   //
2249   // Perform analysis of this event if requested
2250   // RS: Should be done before WriteESDfriend, since the latter may clean the esdfriend
2251   if (fAnalysis) {
2252     fRecoHandler->BeginEvent(iEvent);
2253     fAnalysis->ExecAnalysis();
2254     fRecoHandler->FinishEvent();
2255   }
2256   //
2257     if (fWriteESDfriend)
2258       fesd->GetESDfriend(fesdf);
2259
2260     ftree->Fill();
2261     if (fWriteESDfriend) {
2262       WriteESDfriend();
2263     }
2264     // Auto-save the ESD tree in case of prompt reco @P2
2265     if (fRawReader && fRawReader->UseAutoSaveESD()) {
2266       ftree->AutoSave("SaveSelf");
2267       if (fWriteESDfriend) ftreeF->AutoSave("SaveSelf");
2268     }
2269
2270     // write HLT ESD
2271     fhlttree->Fill();
2272
2273     // call AliEVE
2274     if (fRunAliEVE) RunAliEVE();
2275     //
2276     fesd->Reset();
2277     fhltesd->Reset();
2278     if (fWriteESDfriend) {
2279       fesdf->~AliESDfriend();
2280       new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
2281     }
2282
2283     gSystem->GetProcInfo(&procInfo);
2284     Long_t dMres=(procInfo.fMemResident-oldMres)/1024;
2285     Long_t dMvir=(procInfo.fMemVirtual-oldMvir)/1024;
2286     Float_t dCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys-oldCPU;
2287     aveDMres+=(dMres-aveDMres)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2288     aveDMvir+=(dMvir-aveDMvir)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2289     aveDCPU+=(dCPU-aveDCPU)/(iEvent-fFirstEvent+1);
2290     AliInfo(Form("======================= End Event %d: Res %ld(%3ld <%3ld>) Vir %ld(%3ld <%3ld>) CPU %5.2f <%5.2f> ===================",
2291                  iEvent, procInfo.fMemResident/1024, dMres, aveDMres, procInfo.fMemVirtual/1024, dMvir, aveDMvir, dCPU, aveDCPU));
2292     oldMres=procInfo.fMemResident;
2293     oldMvir=procInfo.fMemVirtual;
2294     oldCPU=procInfo.fCpuUser+procInfo.fCpuSys;
2295
2296     fEventInfo.Reset();
2297     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2298       if (fReconstructor[iDet]) {
2299         fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(NULL);
2300         fReconstructor[iDet]->SetEventInfo(NULL);
2301       }
2302       if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetEventInfo(NULL);
2303     }
2304
2305   if (fRunQA || fRunGlobalQA)
2306     AliQAManager::QAManager()->Increment() ;
2307
2308     return kTRUE;
2309 }
2310
2311 //_____________________________________________________________________________
2312 void AliReconstruction::SlaveTerminate()
2313 {
2314   // Finalize the run on the slave side
2315   // Called after the exit
2316   // from the event loop
2317   AliCodeTimerAuto("",0);
2318   // If analysis was done during reconstruction, we need to call SlaveTerminate for it
2319   if (fAnalysis) {
2320      fAnalysis->PackOutput(fOutput);
2321      fAnalysis->SetSkipTerminate(kTRUE);
2322      fAnalysis->Terminate();
2323   }
2324
2325   if (fIsNewRunLoader) { // galice.root didn't exist
2326     fRunLoader->WriteHeader("OVERWRITE");
2327     fRunLoader->WriteTrigger("OVERWRITE");
2328     fRunLoader->CdGAFile();
2329     fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
2330   }
2331
2332   const TMap *cdbMap = AliCDBManager::Instance()->GetStorageMap();
2333   const TList *cdbList = AliCDBManager::Instance()->GetRetrievedIds();
2334
2335    TMap *cdbMapCopy = new TMap(cdbMap->GetEntries());
2336    cdbMapCopy->SetOwner(1);
2337    cdbMapCopy->SetName("cdbMap");
2338    TIter iter(cdbMap->GetTable());
2339
2340    TPair* pair = 0;
2341    while((pair = dynamic_cast<TPair*> (iter.Next()))){
2342          TObjString* keyStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Key());
2343          TObjString* valStr = dynamic_cast<TObjString*> (pair->Value());
2344          if (keyStr && valStr)
2345            cdbMapCopy->Add(new TObjString(keyStr->GetName()), new TObjString(valStr->GetName()));
2346    }
2347
2348    TList *cdbListCopy = new TList();
2349    cdbListCopy->SetOwner(1);
2350    cdbListCopy->SetName("cdbList");
2351
2352    TIter iter2(cdbList);
2353
2354         AliCDBId* id=0;
2355         while((id = dynamic_cast<AliCDBId*> (iter2.Next()))){
2356          cdbListCopy->Add(new TObjString(id->ToString().Data()));
2357    }
2358
2359    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbMapCopy);
2360    ftree->GetUserInfo()->Add(cdbListCopy);
2361
2362    // Add the AliRoot version that created this file
2363    TString sVersion("aliroot ");
2364    sVersion += ALIROOT_SVN_BRANCH;
2365    sVersion += ":";
2366    sVersion += ALIROOT_SVN_REVISION;
2367    sVersion += "; root ";
2368    sVersion += ROOT_SVN_BRANCH;
2369    sVersion += ":";
2370    sVersion += ROOT_SVN_REVISION;
2371    sVersion += "; metadata ";
2372    sVersion += gSystem->Getenv("PRODUCTION_METADATA");
2373
2374
2375    TNamed * alirootVersion = new TNamed("alirootVersion",sVersion.Data());
2376    ftree->GetUserInfo()->Add(alirootVersion); // The list becomes owner of alirootVersion
2377
2378   ffile->cd();
2379
2380   // we want to have only one tree version number
2381   ftree->Write(ftree->GetName(),TObject::kOverwrite);
2382   fhlttree->Write(fhlttree->GetName(),TObject::kOverwrite);
2383
2384   if (fWriteESDfriend) {
2385     ffileF->cd();
2386     ftreeF->Write(ftreeF->GetName(),TObject::kOverwrite);
2387   }
2388
2389 // Finish with Plane Efficiency evaluation: before of CleanUp !!!
2390   if (fRunPlaneEff && !FinishPlaneEff()) {
2391    AliWarning("Finish PlaneEff evaluation failed");
2392   }
2393
2394   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2395     if (fReconstructor[iDet]) fReconstructor[iDet]->Terminate();
2396   }
2397   // End of cycle for the in-loop
2398
2399   if (fRunQA || fRunGlobalQA) {
2400     AliQAManager::QAManager()->EndOfCycle() ;
2401     if (fInput &&
2402         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
2403         fProofOutputArchive.IsNull() &&
2404         !fProofOutputDataset) {
2405       TString qaOutputFile(Form("%sMerged.%s.Data.root",
2406                                 fProofOutputLocation.Data(),
2407                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
2408       TProofOutputFile *qaProofFile = new TProofOutputFile(Form("Merged.%s.Data.root",
2409                                                                 AliQAv1::GetQADataFileName()));
2410       qaProofFile->SetOutputFileName(qaOutputFile.Data());
2411       if (AliDebugLevel() > 0) qaProofFile->Dump();
2412       fOutput->Add(qaProofFile);
2413       MergeQA(qaProofFile->GetFileName());
2414     }
2415     else {
2416       MergeQA();
2417     }
2418   }
2419
2420   gROOT->cd();
2421   CleanUp();
2422
2423   if (fInput) {
2424     if (!fProofOutputFileName.IsNull() &&
2425         !fProofOutputLocation.IsNull() &&
2426         fProofOutputDataset &&
2427         !fProofOutputArchive.IsNull()) {
2428       TProofOutputFile *zipProofFile = new TProofOutputFile(fProofOutputFileName.Data(),
2429                                                             "DROV",
2430                                                             fProofOutputLocation.Data());
2431       if (AliDebugLevel() > 0) zipProofFile->Dump();
2432       fOutput->Add(zipProofFile);
2433       TString fileList(fProofOutputArchive.Data());
2434       fileList.ReplaceAll(","," ");
2435       TString command;
2436 #if ROOT_SVN_REVISION >= 30174
2437       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(kTRUE),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2438 #else
2439       command.Form("zip -n root %s/%s %s",zipProofFile->GetDir(),zipProofFile->GetFileName(),fileList.Data());
2440 #endif
2441       AliInfo(Form("Executing: %s",command.Data()));
2442       gSystem->Exec(command.Data());
2443     }
2444   }
2445 }
2446
2447 //_____________________________________________________________________________
2448 void AliReconstruction::Terminate()
2449 {
2450   // Create tags for the events in the ESD tree (the ESD tree is always present)
2451   // In case of empty events the tags will contain dummy values
2452   AliCodeTimerAuto("",0);
2453
2454   // Do not call the ESD tag creator in case of PROOF-based reconstruction
2455   if (!fInput) {
2456     AliESDTagCreator *esdtagCreator = new AliESDTagCreator();
2457     esdtagCreator->CreateESDTags(fFirstEvent,fLastEvent,fGRPData, AliQAv1::Instance()->GetQA(), AliQAv1::Instance()->GetEventSpecies(), AliQAv1::kNDET, AliRecoParam::kNSpecies);
2458     delete esdtagCreator;
2459   }
2460
2461   // Cleanup of CDB manager: cache and active storages!
2462   AliCDBManager::Instance()->ClearCache();
2463 }
2464
2465 //_____________________________________________________________________________
2466 Bool_t AliReconstruction::RunLocalEventReconstruction(const TString& detectors)
2467 {
2468 // run the local reconstruction
2469
2470   static Int_t eventNr=0;
2471   AliCodeTimerAuto("",0)
2472
2473   TString detStr = detectors;
2474   // execute HLT reconstruction first since other detector reconstruction
2475   // might depend on HLT data
2476   // key 'HLT' is removed from detStr by IsSelected
2477   if (!IsSelected("HLT", detStr)) {
2478     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2479     if (reconstructor) {
2480       // there is no AliLoader for HLT, see
2481       // https://savannah.cern.ch/bugs/?35473
2482       AliInfo("running reconstruction for HLT");
2483       if (fRawReader) {
2484         AliInfo("reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL)");
2485         reconstructor->Reconstruct(fRawReader, NULL);
2486       }
2487       else {
2488         AliInfo("reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL)");
2489         TTree* dummy=NULL;
2490         reconstructor->Reconstruct(dummy, NULL);
2491       }
2492     }
2493   }
2494
2495   AliInfo(Form("kNDetectors = %d",kNDetectors));
2496
2497   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2498     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
2499     AliDebug(1, Form("Detector: %s", fgkDetectorName[iDet]));
2500     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2501     if (!reconstructor) continue;
2502     AliLoader* loader = fLoader[iDet];
2503     if (!loader) {
2504       AliWarning(Form("No loader is defined for %s!",fgkDetectorName[iDet]));
2505       continue;
2506     }
2507     // conversion of digits
2508     if (fRawReader && reconstructor->HasDigitConversion()) {
2509       AliInfo(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2510                    fgkDetectorName[iDet]));
2511 //      AliCodeTimerAuto(Form("converting raw data digits into root objects for %s",
2512 //                            fgkDetectorName[iDet]),0);
2513       loader->LoadDigits("update");
2514       loader->CleanDigits();
2515       loader->MakeDigitsContainer();
2516       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2517       reconstructor->ConvertDigits(fRawReader, digitsTree);
2518       loader->WriteDigits("OVERWRITE");
2519       loader->UnloadDigits();
2520     }
2521     // local reconstruction
2522     AliInfo(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]));
2523     //AliCodeTimerAuto(Form("running reconstruction for %s", fgkDetectorName[iDet]),0);
2524     AliDebug(1, "Loading Rec Points");
2525     loader->LoadRecPoints("update");
2526     AliDebug(1, "Cleaning Rec Points");
2527     loader->CleanRecPoints();
2528     AliDebug(1, "Making Rec Points Container");
2529     loader->MakeRecPointsContainer();
2530     TTree* clustersTree = loader->TreeR();
2531     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
2532       reconstructor->Reconstruct(fRawReader, clustersTree);
2533     }
2534     else {
2535       AliDebug(1, "Loading Digits");
2536       loader->LoadDigits("read");
2537       TTree* digitsTree = loader->TreeD();
2538       AliDebug(1, Form("Digits Tree = %p",digitsTree));
2539       if (!digitsTree) {
2540         AliError(Form("Can't get the %s digits tree", fgkDetectorName[iDet]));
2541         if (fStopOnError)
2542           return kFALSE;
2543       }
2544       else {
2545         AliDebug(1, "Digits -> Clusters");
2546         reconstructor->Reconstruct(digitsTree, clustersTree);
2547         if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kDIGITSR)) {
2548           AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2549           AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, digitsTree) ;
2550         }
2551       }
2552       loader->UnloadDigits();
2553     }
2554     if (fRunQA && IsInTasks(AliQAv1::kRECPOINTS)) {
2555       AliQAManager::QAManager()->SetEventSpecie(fRecoParam.GetEventSpecie()) ;
2556       AliQAManager::QAManager()->RunOneEventInOneDetector(iDet, clustersTree) ;
2557     }
2558     loader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
2559     loader->UnloadRecPoints();
2560     AliSysInfo::AddStamp(Form("LRec%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1,eventNr);
2561   }
2562   if (!IsSelected("CTP", detStr)) AliDebug(10,"No CTP");
2563   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
2564     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
2565                   detStr.Data()));
2566     if (fStopOnError)
2567       return kFALSE;
2568   }
2569   eventNr++;
2570   return kTRUE;
2571 }
2572 //_____________________________________________________________________________
2573 Bool_t AliReconstruction::RunSPDTrackleting(AliESDEvent*& esd)
2574 {
2575 // run the SPD trackleting (for SPD efficiency purpouses)
2576
2577   AliCodeTimerAuto("",0)
2578
2579   Double_t vtxPos[3] = {0, 0, 0};
2580   Double_t vtxErr[3] = {0.0, 0.0, 0.0};
2581 /*
2582   TArrayF m
2583 /
2584 cVertex(3);
2585   // if(MC)
2586   if (fRunLoader->GetHeader() && fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()) {
2587     fRunLoader->GetHeader()->GenEventHeader()->PrimaryVertex(mcVertex);
2588     for (Int_t i = 0; i < 3; i++) vtxPos[i] = mcVertex[i];
2589   }
2590 */
2591   const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2592   if(!vertex){
2593     AliWarning("Vertex not found");
2594     return kFALSE;
2595   }
2596   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2597   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2598   if (fSPDTrackleter) {
2599     AliInfo("running the SPD Trackleter for Plane Efficiency Evaluation");
2600
2601     // load clusters
2602     fLoader[0]->LoadRecPoints("read");
2603     TTree* tree = fLoader[0]->TreeR();
2604     if (!tree) {
2605       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2606       return kFALSE;
2607     }
2608     fSPDTrackleter->LoadClusters(tree);
2609     fSPDTrackleter->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2610     // run trackleting
2611     if (fSPDTrackleter->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2612       AliWarning("AliITSTrackleterSPDEff Clusters2Tracks failed");
2613      // fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2614       return kFALSE;
2615     }
2616 //fSPDTrackleter->UnloadRecPoints();
2617   } else {
2618     AliWarning("SPDTrackleter not available");
2619     return kFALSE;
2620   }
2621   return kTRUE;
2622 }
2623
2624 //_____________________________________________________________________________
2625 Bool_t AliReconstruction::RunVertexFinder(AliESDEvent*& esd)
2626 {
2627 // run the barrel tracking
2628
2629   AliCodeTimerAuto("",0)
2630
2631   AliVertexer *vertexer = CreateVertexer();
2632   if (!vertexer) return kFALSE;
2633
2634   AliInfo(Form("running the ITS vertex finder: %s",vertexer->ClassName()));
2635   AliESDVertex* vertex = NULL;
2636   if (fLoader[0]) {
2637     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2638     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2639     if (cltree) {
2640       if(fDiamondProfileSPD) vertexer->SetVtxStart(fDiamondProfileSPD);
2641       vertex = vertexer->FindVertexForCurrentEvent(cltree);
2642     }
2643     else {
2644       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2645     }
2646     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2647   }
2648   else {
2649     AliError("Can't get the ITS loader");
2650   }
2651   if(!vertex){
2652     AliWarning("Vertex not found");
2653     vertex = new AliESDVertex();
2654     vertex->SetName("default");
2655   }
2656   else {
2657     vertex->SetName("reconstructed");
2658   }
2659
2660   Double_t vtxPos[3];
2661   Double_t vtxErr[3];
2662   vertex->GetXYZ(vtxPos);
2663   vertex->GetSigmaXYZ(vtxErr);
2664
2665   esd->SetPrimaryVertexSPD(vertex);
2666   AliESDVertex *vpileup = NULL;
2667   Int_t novertices = 0;
2668   vpileup = vertexer->GetAllVertices(novertices);
2669   if(novertices>1){
2670     for (Int_t kk=1; kk<novertices; kk++)esd->AddPileupVertexSPD(&vpileup[kk]);
2671   }
2672   /*
2673   // if SPD multiplicity has been determined, it is stored in the ESD
2674   AliMultiplicity *mult = vertexer->GetMultiplicity();
2675   if(mult)esd->SetMultiplicity(mult);
2676   */
2677   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2678     if (fTracker[iDet]) fTracker[iDet]->SetVertex(vtxPos, vtxErr);
2679   }
2680   delete vertex;
2681
2682   delete vertexer;
2683
2684   return kTRUE;
2685 }
2686
2687 //_____________________________________________________________________________
2688 Bool_t AliReconstruction::RunMultFinder(AliESDEvent*& esd)
2689 {
2690   // run the trackleter for multiplicity study
2691
2692   AliCodeTimerAuto("",0)
2693
2694   AliTrackleter *trackleter = CreateMultFinder();
2695   if (!trackleter) return kFALSE;
2696
2697   AliInfo(Form("running the ITS multiplicity finder: %s",trackleter->ClassName()));
2698
2699   if (fLoader[0]) {
2700     fLoader[0]->LoadRecPoints();
2701     TTree* cltree = fLoader[0]->TreeR();
2702     if (cltree) {
2703       trackleter->Reconstruct(esd,cltree);
2704       AliMultiplicity *mult = trackleter->GetMultiplicity();
2705       if(mult) esd->SetMultiplicity(mult);
2706     }
2707     else {
2708       AliError("Can't get the ITS cluster tree");
2709     }
2710     fLoader[0]->UnloadRecPoints();
2711   }
2712   else {
2713     AliError("Can't get the ITS loader");
2714   }
2715
2716   delete trackleter;
2717
2718   return kTRUE;
2719 }
2720
2721 //_____________________________________________________________________________
2722 Bool_t AliReconstruction::RunHLTTracking(AliESDEvent*& esd)
2723 {
2724 // run the HLT barrel tracking
2725
2726   AliCodeTimerAuto("",0)
2727
2728   if (!fRunLoader) {
2729     AliError("Missing runLoader!");
2730     return kFALSE;
2731   }
2732
2733   AliInfo("running HLT tracking");
2734
2735   // Get a pointer to the HLT reconstructor
2736   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(kNDetectors-1);
2737   if (!reconstructor) return kFALSE;
2738
2739   // TPC + ITS
2740   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2741     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2742     AliDebug(1, Form("%s HLT tracking", detName.Data()));
2743     reconstructor->SetOption(detName.Data());
2744     AliTracker *tracker = reconstructor->CreateTracker();
2745     if (!tracker) {
2746       AliWarning(Form("couldn't create a HLT tracker for %s", detName.Data()));
2747       if (fStopOnError) return kFALSE;
2748       continue;
2749     }
2750     Double_t vtxPos[3];
2751     Double_t vtxErr[3]={0.005,0.005,0.010};
2752     const AliESDVertex *vertex = esd->GetVertex();
2753     vertex->GetXYZ(vtxPos);
2754     tracker->SetVertex(vtxPos,vtxErr);
2755     if(iDet != 1) {
2756       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2757       TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2758       if (!tree) {
2759         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", detName.Data()));
2760         return kFALSE;
2761       }
2762       tracker->LoadClusters(tree);
2763     }
2764     if (tracker->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2765       AliError(Form("HLT %s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2766       return kFALSE;
2767     }
2768     if(iDet != 1) {
2769       tracker->UnloadClusters();
2770     }
2771     delete tracker;
2772   }
2773
2774   return kTRUE;
2775 }
2776
2777 //_____________________________________________________________________________
2778 Bool_t AliReconstruction::RunMuonTracking(AliESDEvent*& esd)
2779 {
2780 // run the muon spectrometer tracking
2781
2782   AliCodeTimerAuto("",0)
2783
2784   if (!fRunLoader) {
2785     AliError("Missing runLoader!");
2786     return kFALSE;
2787   }
2788   Int_t iDet =  GetDetIndex("MUON"); // for MUON
2789
2790   // Get a pointer to the MUON reconstructor
2791   AliReconstructor *reconstructor = GetReconstructor(iDet);
2792   if (!reconstructor) return kFALSE;
2793
2794
2795   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
2796   AliDebug(1, Form("%s tracking", detName.Data()));
2797   AliTracker *tracker =  reconstructor->CreateTracker();
2798   if (!tracker) {
2799     AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
2800     return kFALSE;
2801   }
2802
2803   // read RecPoints
2804   fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2805
2806   tracker->LoadClusters(fLoader[iDet]->TreeR());
2807
2808   Int_t rv = tracker->Clusters2Tracks(esd);
2809
2810   fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2811
2812   tracker->UnloadClusters();
2813
2814   if ( rv )
2815   {
2816     AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2817     return kFALSE;
2818   }
2819
2820   return kTRUE;
2821 }
2822
2823
2824 //_____________________________________________________________________________
2825 Bool_t AliReconstruction::RunTracking(AliESDEvent*& esd,AliESDpid &PID)
2826 {
2827 // run the barrel tracking
2828   static Int_t eventNr=0;
2829   AliCodeTimerAuto("",0)
2830
2831   AliInfo("running tracking");
2832
2833   // Set the event info which is used
2834   // by the trackers in order to obtain
2835   // information about read-out detectors,
2836   // trigger etc.
2837   AliDebug(1, "Setting event info");
2838   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2839     if (!fTracker[iDet]) continue;
2840     fTracker[iDet]->SetEventInfo(&fEventInfo);
2841   }
2842
2843   //Fill the ESD with the T0 info (will be used by the TOF)
2844   if (fReconstructor[11] && fLoader[11]) {
2845     fLoader[11]->LoadRecPoints("READ");
2846     TTree *treeR = fLoader[11]->TreeR();
2847     if (treeR) {
2848       GetReconstructor(11)->FillESD((TTree *)NULL,treeR,esd);
2849     }
2850   }
2851
2852   // pass 1: TPC + ITS inwards
2853   for (Int_t iDet = 1; iDet >= 0; iDet--) {
2854     if (!fTracker[iDet]) continue;
2855     AliDebug(1, Form("%s tracking", fgkDetectorName[iDet]));
2856
2857     // load clusters
2858     fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2859     AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr),iDet,1, eventNr);
2860     TTree* tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2861     if (!tree) {
2862       AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2863       return kFALSE;
2864     }
2865     fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2866     AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2867     // run tracking
2868     if (fTracker[iDet]->Clusters2Tracks(esd) != 0) {
2869       AliError(Form("%s Clusters2Tracks failed", fgkDetectorName[iDet]));
2870       return kFALSE;
2871     }
2872     // preliminary PID in TPC needed by the ITS tracker
2873     if (iDet == 1) {
2874       GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2875       PID.MakePID(esd,kTRUE);
2876     }
2877     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3,eventNr);
2878   }
2879
2880   // pass 2: ALL backwards
2881
2882   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
2883     if (!fTracker[iDet]) continue;
2884     AliDebug(1, Form("%s back propagation", fgkDetectorName[iDet]));
2885
2886     // load clusters
2887     if (iDet > 1) {     // all except ITS, TPC
2888       TTree* tree = NULL;
2889       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
2890       AliSysInfo::AddStamp(Form("RLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,1, eventNr);
2891       tree = fLoader[iDet]->TreeR();
2892       if (!tree) {
2893         AliError(Form("Can't get the %s cluster tree", fgkDetectorName[iDet]));
2894         return kFALSE;
2895       }
2896       fTracker[iDet]->LoadClusters(tree);
2897       AliSysInfo::AddStamp(Form("TLoadCluster0%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,2, eventNr);
2898     }
2899
2900     // run tracking
2901     if (iDet>1) // start filling residuals for the "outer" detectors
2902       if (fRunGlobalQA) {
2903         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2904         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2905         if (arr) {
2906           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2907           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2908           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2909             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2910             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2911           }
2912         }
2913       }
2914     if (fTracker[iDet]->PropagateBack(esd) != 0) {
2915       AliError(Form("%s backward propagation failed", fgkDetectorName[iDet]));
2916       //      return kFALSE;
2917     }
2918
2919     // unload clusters
2920     if (iDet > 3) {     // all except ITS, TPC, TRD and TOF
2921       fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2922       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2923     }
2924     // updated PID in TPC needed by the ITS tracker -MI
2925     if (iDet == 1) {
2926       //GetReconstructor(1)->FillESD((TTree*)NULL, (TTree*)NULL, esd);
2927       //AliESDpid::MakePID(esd);
2928       PID.MakePID(esd,kTRUE);
2929     }
2930     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking1%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2931   }
2932   //stop filling residuals for the "outer" detectors
2933   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2934
2935   // pass 3: TRD + TPC + ITS refit inwards
2936
2937   for (Int_t iDet = 2; iDet >= 0; iDet--) {
2938     if (!fTracker[iDet]) continue;
2939     AliDebug(1, Form("%s inward refit", fgkDetectorName[iDet]));
2940
2941     // run tracking
2942     if (iDet<2) // start filling residuals for TPC and ITS
2943       if (fRunGlobalQA) {
2944         AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kTRUE);
2945         TObjArray ** arr = AliTracker::GetResidualsArray() ;
2946         if (arr) {
2947           AliRecoParam::EventSpecie_t es=fRecoParam.GetEventSpecie();
2948           TObjArray * elem = arr[AliRecoParam::AConvert(es)];
2949           if ( elem && (! elem->At(0)) ) {
2950             AliQADataMaker *qadm = AliQAManager::QAManager()->GetQADataMaker(AliQAv1::kGLOBAL);
2951             if (qadm) qadm->InitRecPointsForTracker() ;
2952           }
2953         }
2954       }
2955
2956     if (fTracker[iDet]->RefitInward(esd) != 0) {
2957       AliError(Form("%s inward refit failed", fgkDetectorName[iDet]));
2958       //      return kFALSE;
2959     }
2960     // run postprocessing
2961     if (fTracker[iDet]->PostProcess(esd) != 0) {
2962       AliError(Form("%s postprocessing failed", fgkDetectorName[iDet]));
2963       //      return kFALSE;
2964     }
2965     AliSysInfo::AddStamp(Form("Tracking2%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,3, eventNr);
2966   }
2967
2968   // write space-points to the ESD in case alignment data output
2969   // is switched on
2970   if (fWriteAlignmentData)
2971     WriteAlignmentData(esd);
2972
2973   for (Int_t iDet = 3; iDet >= 0; iDet--) {
2974     if (!fTracker[iDet]) continue;
2975     // unload clusters
2976     fTracker[iDet]->UnloadClusters();
2977     AliSysInfo::AddStamp(Form("TUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,4, eventNr);
2978     fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
2979     AliSysInfo::AddStamp(Form("RUnloadCluster%s_%d",fgkDetectorName[iDet],eventNr), iDet,5, eventNr);
2980   }
2981   // stop filling residuals for TPC and ITS
2982   if (fRunGlobalQA) AliTracker::SetFillResiduals(fRecoParam.GetEventSpecie(), kFALSE);
2983
2984   eventNr++;
2985   return kTRUE;
2986 }
2987
2988 //_____________________________________________________________________________
2989 Bool_t AliReconstruction::CleanESD(AliESDEvent *esd){
2990   //
2991   // Remove the data which are not needed for the physics analysis.
2992   //
2993
2994   Int_t nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
2995   Int_t nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
2996   AliInfo
2997   (Form("Number of ESD tracks and V0s before cleaning: %d %d",nTracks,nV0s));
2998
2999   Float_t cleanPars[]={fV0DCAmax,fV0CsPmin,fDmax,fZmax};
3000   Bool_t rc=esd->Clean(cleanPars);
3001
3002   nTracks=esd->GetNumberOfTracks();
3003   nV0s=esd->GetNumberOfV0s();
3004   AliInfo
3005   (Form("Number of ESD tracks and V0s after cleaning %d %d",nTracks,nV0s));
3006
3007   return rc;
3008 }
3009
3010 //_____________________________________________________________________________
3011 Bool_t AliReconstruction::FillESD(AliESDEvent*& esd, const TString& detectors)
3012 {
3013 // fill the event summary data
3014
3015   AliCodeTimerAuto("",0)
3016     static Int_t eventNr=0;
3017   TString detStr = detectors;
3018
3019   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESDb%d",eventNr), -19,-19, eventNr);
3020   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3021   if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3022     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
3023     if (!reconstructor) continue;
3024     AliDebug(1, Form("filling ESD for %s", fgkDetectorName[iDet]));
3025     TTree* clustersTree = NULL;
3026     if (fLoader[iDet]) {
3027       fLoader[iDet]->LoadRecPoints("read");
3028       clustersTree = fLoader[iDet]->TreeR();
3029       if (!clustersTree) {
3030         AliError(Form("Can't get the %s clusters tree",
3031                       fgkDetectorName[iDet]));
3032         if (fStopOnError) return kFALSE;
3033       }
3034     }
3035     if (fRawReader && !reconstructor->HasDigitConversion()) {
3036       reconstructor->FillESD(fRawReader, clustersTree, esd);
3037     } else {
3038       TTree* digitsTree = NULL;
3039       if (fLoader[iDet]) {
3040         fLoader[iDet]->LoadDigits("read");
3041         digitsTree = fLoader[iDet]->TreeD();
3042         if (!digitsTree) {
3043           AliError(Form("Can't get the %s digits tree",
3044                         fgkDetectorName[iDet]));
3045           if (fStopOnError) return kFALSE;
3046         }
3047       }
3048       reconstructor->FillESD(digitsTree, clustersTree, esd);
3049       if (fLoader[iDet]) fLoader[iDet]->UnloadDigits();
3050     }
3051     if (fLoader[iDet]) {
3052       fLoader[iDet]->UnloadRecPoints();
3053     }
3054   }
3055
3056   if (!IsSelected("CTP", detStr)) AliDebug(10,"No CTP");
3057   if ((detStr.CompareTo("ALL") != 0) && !detStr.IsNull()) {
3058     AliError(Form("the following detectors were not found: %s",
3059                   detStr.Data()));
3060     if (fStopOnError) return kFALSE;
3061   }
3062   AliSysInfo::AddStamp(Form("FillESDe%d",eventNr), -20,-20, eventNr);
3063   eventNr++;
3064   return kTRUE;
3065 }
3066
3067 //_____________________________________________________________________________
3068 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerESD(AliESDEvent*& esd)
3069 {
3070   // Reads the trigger decision which is
3071   // stored in Trigger.root file and fills
3072   // the corresponding esd entries
3073
3074   AliCodeTimerAuto("",0)
3075
3076   AliInfo("Filling trigger information into the ESD");
3077
3078   if (fRawReader) {
3079     AliCTPRawStream input(fRawReader);
3080     if (!input.Next()) {
3081       AliWarning("No valid CTP (trigger) DDL raw data is found ! The trigger info is taken from the event header!");
3082     }
3083     else {
3084       if (esd->GetTriggerMask() != input.GetClassMask())
3085         AliError(Form("Invalid trigger pattern found in CTP raw-data: %llx %llx",
3086                       input.GetClassMask(),esd->GetTriggerMask()));
3087       if (esd->GetOrbitNumber() != input.GetOrbitID())
3088         AliError(Form("Invalid orbit id found in CTP raw-data: %x %x",
3089                       input.GetOrbitID(),esd->GetOrbitNumber()));
3090       if (esd->GetBunchCrossNumber() != input.GetBCID())
3091         AliError(Form("Invalid bunch-crossing id found in CTP raw-data: %x %x",
3092                       input.GetBCID(),esd->GetBunchCrossNumber()));
3093       AliESDHeader* esdheader = esd->GetHeader();
3094       esdheader->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
3095       esdheader->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
3096       esdheader->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
3097       // IR
3098       UInt_t orbit=input.GetOrbitID();
3099        for(Int_t i=0 ; i<input.GetNIRs() ; i++ )
3100           if(TMath::Abs(Int_t(orbit-(input.GetIR(i))->GetOrbit()))<=1){
3101              esdheader->AddTriggerIR(input.GetIR(i));
3102           }
3103        AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3104        rlCTP->SetL0TriggerInputs(input.GetL0Inputs());
3105        rlCTP->SetL1TriggerInputs(input.GetL1Inputs());
3106        rlCTP->SetL2TriggerInputs(input.GetL2Inputs());
3107     }
3108     if (fIsNewRunLoader) fRunLoader->TreeCT()->Fill();
3109   }
3110   return kTRUE;
3111 }
3112 //_____________________________________________________________________________
3113 Bool_t AliReconstruction::FillTriggerScalers(AliESDEvent*& esd)
3114 {
3115   //Scalers
3116   //fRunScalers->Print();
3117   if(fRunScalers && fRunScalers->CheckRunScalers()){
3118      AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(esd->GetOrbitNumber(), esd->GetPeriodNumber(), esd->GetBunchCrossNumber());
3119      //AliTimeStamp* timestamp = new AliTimeStamp(10308000, 0, (ULong64_t)486238);
3120      AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3121      for(Int_t i=0;i<50;i++){
3122           if((1ull<<i) & esd->GetTriggerMask()){
3123           AliTriggerScalersESD* scalesd = fRunScalers->GetScalersForEventClass( timestamp, i+1);
3124           if(scalesd)esdheader->SetTriggerScalersRecord(scalesd);
3125         }
3126      }
3127      const AliTriggerScalersRecordESD* scalrecEvent = fRunScalers->GetScalersDeltaForEvent( timestamp);
3128      const AliTriggerScalersRecordESD* scalrecRun = fRunScalers->GetScalersDeltaForRun();
3129      if (scalrecEvent) esdheader->SetTriggerScalersDeltaEvent(scalrecEvent);
3130      if (scalrecRun) esdheader->SetTriggerScalersDeltaRun(scalrecRun);
3131   }
3132   return kTRUE;
3133 }
3134 //_____________________________________________________________________________
3135 Bool_t AliReconstruction::FillRawEventHeaderESD(AliESDEvent*& esd)
3136 {
3137   //
3138   // Filling information from RawReader Header
3139   //
3140
3141   if (!fRawReader) return kFALSE;
3142
3143   AliInfo("Filling information from RawReader Header");
3144
3145   esd->SetBunchCrossNumber(fRawReader->GetBCID());
3146   esd->SetOrbitNumber(fRawReader->GetOrbitID());
3147   esd->SetPeriodNumber(fRawReader->GetPeriod());
3148
3149   esd->SetTimeStamp(fRawReader->GetTimestamp());
3150   esd->SetEventType(fRawReader->GetType());
3151
3152   return kTRUE;
3153 }
3154
3155
3156 //_____________________________________________________________________________
3157 Bool_t AliReconstruction::IsSelected(TString detName, TString& detectors) const
3158 {
3159 // check whether detName is contained in detectors
3160 // if yes, it is removed from detectors
3161
3162   // check if all detectors are selected
3163   if ((detectors.CompareTo("ALL") == 0) ||
3164       detectors.BeginsWith("ALL ") ||
3165       detectors.EndsWith(" ALL") ||
3166       detectors.Contains(" ALL ")) {
3167     detectors = "ALL";
3168     return kTRUE;
3169   }
3170
3171   // search for the given detector
3172   Bool_t result = kFALSE;
3173   if ((detectors.CompareTo(detName) == 0) ||
3174       detectors.BeginsWith(detName+" ") ||
3175       detectors.EndsWith(" "+detName) ||
3176       detectors.Contains(" "+detName+" ")) {
3177     detectors.ReplaceAll(detName, "");
3178     result = kTRUE;
3179   }
3180
3181   // clean up the detectors string
3182   while (detectors.Contains("  ")) detectors.ReplaceAll("  ", " ");
3183   while (detectors.BeginsWith(" ")) detectors.Remove(0, 1);
3184   while (detectors.EndsWith(" ")) detectors.Remove(detectors.Length()-1, 1);
3185
3186   return result;
3187 }
3188
3189 //_____________________________________________________________________________
3190 Bool_t AliReconstruction::InitRunLoader()
3191 {
3192 // get or create the run loader
3193
3194   if (gAlice) delete gAlice;
3195   gAlice = NULL;
3196
3197   TFile *gafile = TFile::Open(fGAliceFileName.Data());
3198   //  if (!gSystem->AccessPathName(fGAliceFileName.Data())) { // galice.root exists
3199   if (gafile) { // galice.root exists
3200     gafile->Close();
3201     delete gafile;
3202
3203     // load all base libraries to get the loader classes
3204     TString libs = gSystem->GetLibraries();
3205     for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3206       TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3207       if (detName == "HLT") continue;
3208       if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so")) continue;
3209       gSystem->Load("lib" + detName + "base.so");
3210     }
3211     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data());
3212     if (!fRunLoader) {
3213       AliError(Form("no run loader found in file %s", fGAliceFileName.Data()));
3214       CleanUp();
3215       return kFALSE;
3216     }
3217
3218     fRunLoader->CdGAFile();
3219     fRunLoader->LoadgAlice();
3220
3221     //PH This is a temporary fix to give access to the kinematics
3222     //PH that is needed for the labels of ITS clusters
3223     fRunLoader->LoadHeader();
3224     fRunLoader->LoadKinematics();
3225
3226   } else {               // galice.root does not exist
3227     if (!fRawReader) {
3228       AliError(Form("the file %s does not exist", fGAliceFileName.Data()));
3229     }
3230     fRunLoader = AliRunLoader::Open(fGAliceFileName.Data(),
3231                                     AliConfig::GetDefaultEventFolderName(),
3232                                     "recreate");
3233     if (!fRunLoader) {
3234       AliError(Form("could not create run loader in file %s",
3235                     fGAliceFileName.Data()));
3236       CleanUp();
3237       return kFALSE;
3238     }
3239     fIsNewRunLoader = kTRUE;
3240     fRunLoader->MakeTree("E");
3241     fRunLoader->MakeTree("GG");
3242
3243     if (fNumberOfEventsPerFile > 0)
3244       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile(fNumberOfEventsPerFile);
3245     else
3246       fRunLoader->SetNumberOfEventsPerFile((UInt_t)-1);
3247   }
3248
3249   return kTRUE;
3250 }
3251
3252 //_____________________________________________________________________________
3253 AliReconstructor* AliReconstruction::GetReconstructor(Int_t iDet)
3254 {
3255 // get the reconstructor object and the loader for a detector
3256
3257   if (fReconstructor[iDet]) {
3258     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
3259       const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
3260       fReconstructor[iDet]->SetRecoParam(par);
3261       fReconstructor[iDet]->SetRunInfo(fRunInfo);
3262     }
3263     return fReconstructor[iDet];
3264   }
3265
3266   // load the reconstructor object
3267   TPluginManager* pluginManager = gROOT->GetPluginManager();
3268   TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3269   TString recName = "Ali" + detName + "Reconstructor";
3270
3271   if (!fIsNewRunLoader && !fRunLoader->GetLoader(detName+"Loader") && (detName != "HLT")) return NULL;
3272
3273   AliReconstructor* reconstructor = NULL;
3274   // first check if a plugin is defined for the reconstructor
3275   TPluginHandler* pluginHandler =
3276     pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
3277   // if not, add a plugin for it
3278   if (!pluginHandler) {
3279     AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", recName.Data()));
3280     TString libs = gSystem->GetLibraries();
3281     if (libs.Contains("lib" + detName + "base.so") ||
3282         (gSystem->Load("lib" + detName + "base.so") >= 0)) {
3283       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
3284                                 recName, detName + "rec", recName + "()");
3285     } else {
3286       pluginManager->AddHandler("AliReconstructor", detName,
3287                                 recName, detName, recName + "()");
3288     }
3289     pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliReconstructor", detName);
3290   }
3291   if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
3292     reconstructor = (AliReconstructor*) pluginHandler->ExecPlugin(0);
3293   }
3294
3295    // check if the upgrade reconstructor should be used instead of the standard one
3296   if(fUpgradeMask[iDet]) {
3297     if(reconstructor) delete reconstructor;
3298     TClass *cl = new TClass(Form("Ali%sUpgradeReconstructor",fgkDetectorName[iDet]));
3299     reconstructor = (AliReconstructor*)(cl->New());
3300    }
3301
3302   if (reconstructor) {
3303     TObject* obj = fOptions.FindObject(detName.Data());
3304     if (obj) reconstructor->SetOption(obj->GetTitle());
3305     reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
3306     reconstructor->Init();
3307     fReconstructor[iDet] = reconstructor;
3308   }
3309
3310   // get or create the loader
3311   if (detName != "HLT") {
3312     fLoader[iDet] = fRunLoader->GetLoader(detName + "Loader");
3313     if (!fLoader[iDet]) {
3314       AliConfig::Instance()
3315         ->CreateDetectorFolders(fRunLoader->GetEventFolder(),
3316                                 detName, detName);
3317       // first check if a plugin is defined for the loader
3318       pluginHandler =
3319         pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
3320       // if not, add a plugin for it
3321       if (!pluginHandler) {
3322         TString loaderName = "Ali" + detName + "Loader";
3323         AliDebug(1, Form("defining plugin for %s", loaderName.Data()));
3324         pluginManager->AddHandler("AliLoader", detName,
3325                                   loaderName, detName + "base",
3326                                   loaderName + "(const char*, TFolder*)");
3327         pluginHandler = pluginManager->FindHandler("AliLoader", detName);
3328       }
3329       if (pluginHandler && (pluginHandler->LoadPlugin() == 0)) {
3330         fLoader[iDet] =
3331           (AliLoader*) pluginHandler->ExecPlugin(2, detName.Data(),
3332                                                  fRunLoader->GetEventFolder());
3333       }
3334       if (!fLoader[iDet]) {   // use default loader
3335         fLoader[iDet] = new AliLoader(detName, fRunLoader->GetEventFolder());
3336       }
3337       if (!fLoader[iDet]) {
3338         AliWarning(Form("couldn't get loader for %s", detName.Data()));
3339         if (fStopOnError) return NULL;
3340       } else {
3341         fRunLoader->AddLoader(fLoader[iDet]);
3342         fRunLoader->CdGAFile();
3343         if (gFile && !gFile->IsWritable()) gFile->ReOpen("UPDATE");
3344         fRunLoader->Write(0, TObject::kOverwrite);
3345       }
3346     }
3347   }
3348
3349   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet) && !AliReconstructor::GetRecoParam(iDet)) {
3350     const AliDetectorRecoParam *par = fRecoParam.GetDetRecoParam(iDet);
3351     if (reconstructor) {
3352       reconstructor->SetRecoParam(par);
3353       reconstructor->SetRunInfo(fRunInfo);
3354     }
3355   }
3356   return reconstructor;
3357 }
3358
3359 //_____________________________________________________________________________
3360 AliVertexer* AliReconstruction::CreateVertexer()
3361 {
3362 // create the vertexer
3363 // Please note that the caller is the owner of the
3364 // vertexer
3365
3366   AliVertexer* vertexer = NULL;
3367   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3368   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) ||
3369                            fRunTracking.Contains("ITS") || fFillESD.Contains("ITS") )) {
3370     vertexer = itsReconstructor->CreateVertexer();
3371   }
3372   if (!vertexer) {
3373     AliWarning("couldn't create a vertexer for ITS");
3374   }
3375
3376   return vertexer;
3377 }
3378
3379 //_____________________________________________________________________________
3380 AliTrackleter* AliReconstruction::CreateMultFinder()
3381 {
3382 // create the ITS trackleter for mult. estimation
3383 // Please note that the caller is the owner of the
3384 // trackleter
3385
3386   AliTrackleter* trackleter = NULL;
3387   AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3388   if (itsReconstructor && ((fRunLocalReconstruction.Contains("ITS")) ||
3389                            fRunTracking.Contains("ITS") || fFillESD.Contains("ITS") )) {
3390     trackleter = itsReconstructor->CreateMultFinder();
3391   }
3392   else {
3393     AliWarning("ITS is not in reconstruction, switching off RunMultFinder");
3394     fRunMultFinder = kFALSE;
3395   }
3396
3397   return trackleter;
3398 }
3399
3400 //_____________________________________________________________________________
3401 Bool_t AliReconstruction::CreateTrackers(const TString& detectors)
3402 {
3403 // create the trackers
3404         AliInfo("Creating trackers");
3405
3406   TString detStr = detectors;
3407   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3408     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3409     AliReconstructor* reconstructor = GetReconstructor(iDet);
3410     if (!reconstructor) continue;
3411     TString detName = fgkDetectorName[iDet];
3412     if (detName == "HLT") {
3413       fRunHLTTracking = kTRUE;
3414       continue;
3415     }
3416     if (detName == "MUON") {
3417       fRunMuonTracking = kTRUE;
3418       continue;
3419     }
3420
3421     fTracker[iDet] = reconstructor->CreateTracker();
3422     if (!fTracker[iDet] && (iDet < 7)) {
3423       AliWarning(Form("couldn't create a tracker for %s", detName.Data()));
3424       if (fStopOnError) return kFALSE;
3425     }
3426     AliSysInfo::AddStamp(Form("LTracker%s",fgkDetectorName[iDet]), iDet,0);
3427   }
3428
3429   return kTRUE;
3430 }
3431
3432 //_____________________________________________________________________________
3433 void AliReconstruction::CleanUp()
3434 {
3435 // delete trackers and the run loader and close and delete the file
3436 /*
3437   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3438     delete fReconstructor[iDet];
3439     fReconstructor[iDet] = NULL;
3440     fLoader[iDet] = NULL;
3441     delete fTracker[iDet];
3442     fTracker[iDet] = NULL;
3443   }
3444 */
3445
3446   delete fRunInfo;
3447   fRunInfo = NULL;
3448
3449   delete fSPDTrackleter;
3450   fSPDTrackleter = NULL;
3451
3452   delete ftVertexer;
3453   ftVertexer = NULL;
3454
3455   delete fRunLoader;
3456   fRunLoader = NULL;
3457   delete fRawReader;
3458   fRawReader = NULL;
3459   delete fParentRawReader;
3460   fParentRawReader=NULL;
3461
3462   if (ffile) {
3463     ffile->Close();
3464     delete ffile;
3465     ffile = NULL;
3466   }
3467
3468   if (AliQAManager::QAManager())
3469     AliQAManager::QAManager()->ShowQA() ;
3470   //  AliQAManager::Destroy() ;
3471   delete fAnalysis;
3472   fAnalysis = NULL;
3473 }
3474
3475 void AliReconstruction::WriteAlignmentData(AliESDEvent* esd)
3476 {
3477   // Write space-points which are then used in the alignment procedures
3478   // For the moment only ITS, TPC, TRD and TOF
3479
3480   Int_t ntracks = esd->GetNumberOfTracks();
3481   for (Int_t itrack = 0; itrack < ntracks; itrack++)
3482     {
3483       AliESDtrack *track = esd->GetTrack(itrack);
3484       Int_t nsp = 0;
3485       Int_t idx[200];
3486       for (Int_t i=0; i<200; ++i) idx[i] = -1; //PH avoid uninitialized values
3487       for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {// TOF, TRD, TPC, ITS clusters
3488           nsp += (iDet==GetDetIndex("TRD")) ? track->GetTRDntracklets():track->GetNcls(iDet);
3489
3490           if (iDet==GetDetIndex("ITS")) { // ITS "extra" clusters
3491              track->GetClusters(iDet,idx);
3492              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nsp++;
3493           }
3494       }
3495
3496       if (nsp) {
3497         AliTrackPointArray *sp = new AliTrackPointArray(nsp);
3498         track->SetTrackPointArray(sp);
3499         Int_t isptrack = 0;
3500         for (Int_t iDet = 5; iDet >= 0; iDet--) {
3501           AliTracker *tracker = fTracker[iDet];
3502           if (!tracker) continue;
3503           Int_t nspdet = (iDet==GetDetIndex("TRD")) ? track->GetTRDtracklets(idx):track->GetClusters(iDet,idx);
3504
3505           if (iDet==GetDetIndex("ITS")) // ITS "extra" clusters
3506              for (Int_t i=6; i<12; i++) if(idx[i] >= 0) nspdet++;
3507
3508           if (nspdet <= 0) continue;
3509           AliTrackPoint p;
3510           Int_t isp = 0;
3511           Int_t isp2 = 0;
3512           while (isp2 < nspdet) {
3513             Bool_t isvalid=kTRUE;
3514
3515             Int_t index=idx[isp++];
3516             if (index < 0) continue;
3517
3518             TString dets = fgkDetectorName[iDet];
3519             if ((fUseTrackingErrorsForAlignment.CompareTo(dets) == 0) ||
3520             fUseTrackingErrorsForAlignment.BeginsWith(dets+" ") ||
3521             fUseTrackingErrorsForAlignment.EndsWith(" "+dets) ||
3522             fUseTrackingErrorsForAlignment.Contains(" "+dets+" ")) {
3523               isvalid = tracker->GetTrackPointTrackingError(index,p,track);
3524             } else {
3525               isvalid = tracker->GetTrackPoint(index,p);
3526             }
3527             isp2++;
3528             if (!isvalid) continue;
3529             if (iDet==GetDetIndex("ITS") && (isp-1)>=6) p.SetExtra();
3530             sp->AddPoint(isptrack,&p); isptrack++;
3531           }
3532         }
3533       }
3534     }
3535 }
3536
3537 //_____________________________________________________________________________
3538 void AliReconstruction::FillRawDataErrorLog(Int_t iEvent, AliESDEvent* esd)
3539 {
3540   // The method reads the raw-data error log
3541   // accumulated within the rawReader.
3542   // It extracts the raw-data errors related to
3543   // the current event and stores them into
3544   // a TClonesArray inside the esd object.
3545
3546   if (!fRawReader) return;
3547
3548   for(Int_t i = 0; i < fRawReader->GetNumberOfErrorLogs(); i++) {
3549
3550     AliRawDataErrorLog *log = fRawReader->GetErrorLog(i);
3551     if (!log) continue;
3552     if (iEvent != log->GetEventNumber()) continue;
3553
3554     esd->AddRawDataErrorLog(log);
3555   }
3556
3557 }
3558
3559 //_____________________________________________________________________________
3560 // void AliReconstruction::CheckQA()
3561 // {
3562 // check the QA of SIM for this run and remove the detectors
3563 // with status Fatal
3564
3565 //      TString newRunLocalReconstruction ;
3566 //      TString newRunTracking ;
3567 //      TString newFillESD ;
3568 //
3569 //      for (Int_t iDet = 0; iDet < AliQAv1::kNDET; iDet++) {
3570 //              TString detName(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ;
3571 //              AliQAv1 * qa = AliQAv1::Instance(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet)) ;
3572 //      if ( qa->IsSet(AliQAv1::DETECTORINDEX_t(iDet), AliQAv1::kSIM, specie, AliQAv1::kFATAL)) {
3573 //        AliInfo(Form("QA status for %s %s in Hits and/or SDIGITS  and/or Digits was Fatal; No reconstruction performed",
3574 //                   detName.Data(), AliRecoParam::GetEventSpecieName(es))) ;
3575 //                      } else {
3576 //                      if ( fRunLocalReconstruction.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3577 //                                      fRunLocalReconstruction.Contains("ALL") )  {
3578 //                              newRunLocalReconstruction += detName ;
3579 //                              newRunLocalReconstruction += " " ;
3580 //                      }
3581 //                      if ( fRunTracking.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3582 //                                      fRunTracking.Contains("ALL") )  {
3583 //                              newRunTracking += detName ;
3584 //                              newRunTracking += " " ;
3585 //                      }
3586 //                      if ( fFillESD.Contains(AliQAv1::GetDetName(iDet)) ||
3587 //                                      fFillESD.Contains("ALL") )  {
3588 //                              newFillESD += detName ;
3589 //                              newFillESD += " " ;
3590 //                      }
3591 //              }
3592 //      }
3593 //      fRunLocalReconstruction = newRunLocalReconstruction ;
3594 //      fRunTracking            = newRunTracking ;
3595 //      fFillESD                = newFillESD ;
3596 // }
3597
3598 //_____________________________________________________________________________
3599 Int_t AliReconstruction::GetDetIndex(const char* detector)
3600 {
3601   // return the detector index corresponding to detector
3602   Int_t index = -1 ;
3603   for (index = 0; index < kNDetectors ; index++) {
3604     if ( strcmp(detector, fgkDetectorName[index]) == 0 )
3605         break ;
3606   }
3607   return index ;
3608 }
3609 //_____________________________________________________________________________
3610 Bool_t AliReconstruction::FinishPlaneEff() {
3611  //
3612  // Here execute all the necessary operationis, at the end of the tracking phase,
3613  // in case that evaluation of PlaneEfficiencies was required for some detector.
3614  // E.g., write into a DataBase file the PlaneEfficiency which have been evaluated.
3615  //
3616  // This Preliminary version works only FOR ITS !!!!!
3617  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3618  //
3619  //  Input: none
3620  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3621  //
3622  Bool_t ret=kFALSE;
3623  TString detStr = fLoadCDB;
3624  //for (Int_t iDet = 0; iDet < fgkNDetectors; iDet++) {
3625  for (Int_t iDet = 0; iDet < 1; iDet++) { // for the time being only ITS
3626    if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3627    if(fTracker[iDet] && fTracker[iDet]->GetPlaneEff()) {
3628       AliPlaneEff *planeeff=fTracker[iDet]->GetPlaneEff();
3629       TString name=planeeff->GetName();
3630       name+=".root";
3631       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3632       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3633       pefile->Close();
3634       if(planeeff->GetCreateHistos()) {
3635         TString hname=planeeff->GetName();
3636         hname+="Histo.root";
3637         ret*=planeeff->WriteHistosToFile(hname,"RECREATE");
3638       }
3639    }
3640    if(fSPDTrackleter) {
3641      AliPlaneEff *planeeff=fSPDTrackleter->GetPlaneEff();
3642       TString name="AliITSPlaneEffSPDtracklet.root";
3643       TFile* pefile = TFile::Open(name, "RECREATE");
3644       ret=(Bool_t)planeeff->Write();
3645       pefile->Close();
3646       AliESDEvent *dummy=NULL;
3647       ret=(Bool_t)fSPDTrackleter->PostProcess(dummy); // take care of writing other files
3648    }
3649  }
3650  return ret;
3651 }
3652 //_____________________________________________________________________________
3653 Bool_t AliReconstruction::InitPlaneEff() {
3654 //
3655  // Here execute all the necessary operations, before of the tracking phase,
3656  // for the evaluation of PlaneEfficiencies, in case required for some detectors.
3657  // E.g., read from a DataBase file a first evaluation of the PlaneEfficiency
3658  // which should be updated/recalculated.
3659  //
3660  // This Preliminary version will work only FOR ITS !!!!!
3661  // other detectors (TOF,TRD, etc. have to develop their specific codes)
3662  //
3663  //  Input: none
3664  //  Return: kTRUE if all operations have been done properly, kFALSE otherwise
3665  //
3666
3667   fSPDTrackleter = NULL;
3668   TString detStr = fLoadCDB;
3669   if (IsSelected(fgkDetectorName[0], detStr)) {
3670     AliReconstructor* itsReconstructor = GetReconstructor(0);
3671     if (itsReconstructor) {
3672       fSPDTrackleter = itsReconstructor->CreateTrackleter(); // this is NULL unless required in RecoParam
3673     }
3674     if (fSPDTrackleter) {
3675       AliInfo("Trackleter for SPD has been created");
3676     }
3677   }
3678  return kTRUE;
3679 }
3680
3681 //_____________________________________________________________________________
3682 Bool_t AliReconstruction::InitAliEVE()
3683 {
3684   // This method should be called only in case
3685   // AliReconstruction is run
3686   // within the alieve environment.
3687   // It will initialize AliEVE in a way
3688   // so that it can visualize event processed
3689   // by AliReconstruction.
3690   // The return flag shows whenever the
3691   // AliEVE initialization was successful or not.
3692
3693   TString macroStr(gSystem->Getenv("ALIEVE_ONLINE_MACRO"));
3694
3695   if (macroStr.IsNull())
3696     macroStr.Form("%s/EVE/macros/alieve_online.C",gSystem->ExpandPathName("$ALICE_ROOT"));
3697
3698   AliInfo(Form("Loading AliEVE macro: %s",macroStr.Data()));
3699
3700   if (gROOT->LoadMacro(macroStr.Data()) != 0) return kFALSE;
3701
3702   gROOT->ProcessLine("if (!AliEveEventManager::GetMaster()){new AliEveEventManager();AliEveEventManager::GetMaster()->AddNewEventCommand(\"alieve_online_on_new_event()\");gEve->AddEvent(AliEveEventManager::GetMaster());};");
3703   gROOT->ProcessLine("alieve_online_init()");
3704
3705   return kTRUE;
3706 }
3707
3708 //_____________________________________________________________________________
3709 void AliReconstruction::RunAliEVE()
3710 {
3711   // Runs AliEVE visualisation of
3712   // the current event.
3713   // Should be executed only after
3714   // successful initialization of AliEVE.
3715
3716   AliInfo("Running AliEVE...");
3717   gROOT->ProcessLine(Form("AliEveEventManager::GetMaster()->SetEvent((AliRunLoader*)%p,(AliRawReader*)%p,(AliESDEvent*)%p,(AliESDfriend*)%p);",fRunLoader,fRawReader,fesd,fesdf));
3718   gSystem->Run();
3719 }
3720
3721 //_____________________________________________________________________________
3722 Bool_t AliReconstruction::SetRunQA(TString detAndAction)
3723 {
3724         // Allows to run QA for a selected set of detectors
3725         // and a selected set of tasks among RAWS, DIGITSR, RECPOINTS and ESDS
3726         // all selected detectors run the same selected tasks
3727
3728         if (!detAndAction.Contains(":")) {
3729                 AliError( Form("%s is a wrong syntax, use \"DetectorList:ActionList\" \n", detAndAction.Data()) ) ;
3730                 fRunQA = kFALSE ;
3731                 return kFALSE ;
3732         }
3733         Int_t colon = detAndAction.Index(":") ;
3734         fQADetectors = detAndAction(0, colon) ;
3735         fQATasks   = detAndAction(colon+1, detAndAction.Sizeof() ) ;
3736         if (fQATasks.Contains("ALL") ) {
3737                 fQATasks = Form("%d %d %d %d", AliQAv1::kRAWS, AliQAv1::kDIGITSR, AliQAv1::kRECPOINTS, AliQAv1::kESDS) ;
3738         } else {
3739                 fQATasks.ToUpper() ;
3740                 TString tempo("") ;
3741                 if ( fQATasks.Contains("RAW") )
3742                         tempo = Form("%d ", AliQAv1::kRAWS) ;
3743                 if ( fQATasks.Contains("DIGIT") )
3744                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kDIGITSR) ;
3745                 if ( fQATasks.Contains("RECPOINT") )
3746                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kRECPOINTS) ;
3747                 if ( fQATasks.Contains("ESD") )
3748                         tempo += Form("%d ", AliQAv1::kESDS) ;
3749                 fQATasks = tempo ;
3750                 if (fQATasks.IsNull()) {
3751                         AliInfo("No QA requested\n")  ;
3752                         fRunQA = kFALSE ;
3753                         return kTRUE ;
3754                 }
3755         }
3756         TString tempo(fQATasks) ;
3757         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRAWS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRAWS))      ;
3758         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kDIGITSR), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kDIGITSR)) ;
3759         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kRECPOINTS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kRECPOINTS)) ;
3760         tempo.ReplaceAll(Form("%d", AliQAv1::kESDS), AliQAv1::GetTaskName(AliQAv1::kESDS)) ;
3761         AliInfo( Form("QA will be done on \"%s\" for \"%s\"\n", fQADetectors.Data(), tempo.Data()) ) ;
3762         fRunQA = kTRUE ;
3763         return kTRUE;
3764 }
3765
3766 //_____________________________________________________________________________
3767 Bool_t AliReconstruction::InitRecoParams()
3768 {
3769   // The method accesses OCDB and retrieves all
3770   // the available reco-param objects from there.
3771
3772   Bool_t isOK = kTRUE;
3773
3774   if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(kNDetectors)) {
3775     AliInfo("Using custom GRP reconstruction parameters");
3776   }
3777   else {
3778     AliInfo("Loading GRP reconstruction parameter objects");
3779
3780     AliCDBPath path("GRP","Calib","RecoParam");
3781     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3782     if(!entry){
3783       AliWarning("Couldn't find GRP RecoParam entry in OCDB");
3784       isOK = kFALSE;
3785     }
3786     else {
3787       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3788       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3789         // GRP has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3790         // Registering them in AliRecoParam
3791         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(kNDetectors,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3792       }
3793       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3794         // GRP has only onse set of reco parameters
3795         // Registering it in AliRecoParam
3796         AliInfo("Single set of GRP reconstruction parameters found");
3797         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3798         fRecoParam.AddDetRecoParam(kNDetectors,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3799       }
3800       else {
3801         AliError("No valid GRP RecoParam object found in the OCDB");
3802         isOK = kFALSE;
3803       }
3804       entry->SetOwner(0);
3805     }
3806   }
3807
3808   TString detStr = fLoadCDB;
3809   for (Int_t iDet = 0; iDet < kNDetectors; iDet++) {
3810
3811     if (!IsSelected(fgkDetectorName[iDet], detStr)) continue;
3812
3813     if (fRecoParam.GetDetRecoParamArray(iDet)) {
3814       AliInfo(Form("Using custom reconstruction parameters for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3815       continue;
3816     }
3817
3818     AliInfo(Form("Loading reconstruction parameter objects for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3819
3820     AliCDBPath path(fgkDetectorName[iDet],"Calib","RecoParam");
3821     AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(path.GetPath());
3822     if(!entry){
3823       AliWarning(Form("Couldn't find RecoParam entry in OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3824       isOK = kFALSE;
3825     }
3826     else {
3827       TObject *recoParamObj = entry->GetObject();
3828       if (dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj)) {
3829         // The detector has a normal TobjArray of AliDetectorRecoParam objects
3830         // Registering them in AliRecoParam
3831         fRecoParam.AddDetRecoParamArray(iDet,dynamic_cast<TObjArray*>(recoParamObj));
3832       }
3833       else if (dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)) {
3834         // The detector has only onse set of reco parameters
3835         // Registering it in AliRecoParam
3836         AliInfo(Form("Single set of reconstruction parameters found for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3837         dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj)->SetAsDefault();
3838         fRecoParam.AddDetRecoParam(iDet,dynamic_cast<AliDetectorRecoParam*>(recoParamObj));
3839       }
3840       else {
3841         AliError(Form("No valid RecoParam object found in the OCDB for detector %s",fgkDetectorName[iDet]));
3842         isOK = kFALSE;
3843       }
3844       entry->SetOwner(0);
3845       //      FIX ME: We have to disable the unloading of reco-param CDB
3846       //      entries because QA framework is using them. Has to be fix in
3847       //      a way that the QA takes the objects already constructed in
3848       //      this method.
3849       //      AliCDBManager::Instance()->UnloadFromCache(path.GetPath());
3850     }
3851   }
3852
3853   if (AliDebugLevel() > 0) fRecoParam.Print();
3854
3855   return isOK;
3856 }
3857
3858 //_____________________________________________________________________________
3859 Bool_t AliReconstruction::GetEventInfo()
3860 {
3861   // Fill the event info object
3862   // ...
3863   AliCodeTimerAuto("",0)
3864
3865   AliCentralTrigger *aCTP = NULL;
3866   if (fRawReader) {
3867     fEventInfo.SetEventType(fRawReader->GetType());
3868
3869     ULong64_t mask = fRawReader->GetClassMask();
3870     fEventInfo.SetTriggerMask(mask);
3871     UInt_t clmask = fRawReader->GetDetectorPattern()[0];
3872     fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(clmask));
3873
3874     aCTP = new AliCentralTrigger();
3875     TString configstr("");
3876     if (!aCTP->LoadConfiguration(configstr)) { // Load CTP config from OCDB
3877       AliError("No trigger configuration found in OCDB! The trigger configuration information will not be used!");
3878       delete aCTP;
3879       return kFALSE;
3880     }
3881     aCTP->SetClassMask(mask);
3882     aCTP->SetClusterMask(clmask);
3883
3884     AliCentralTrigger* rlCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3885     rlCTP->SetClassMask(mask);
3886     rlCTP->SetClusterMask(clmask);
3887   }
3888   else {
3889     fEventInfo.SetEventType(AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent);
3890
3891     if (fRunLoader && (!fRunLoader->LoadTrigger())) {
3892       aCTP = fRunLoader->GetTrigger();
3893       fEventInfo.SetTriggerMask(aCTP->GetClassMask());
3894       // get inputs from actp - just get
3895       AliESDHeader* esdheader = fesd->GetHeader();
3896       esdheader->SetL0TriggerInputs(aCTP->GetL0TriggerInputs());
3897       esdheader->SetL1TriggerInputs(aCTP->GetL1TriggerInputs());
3898       esdheader->SetL2TriggerInputs(aCTP->GetL2TriggerInputs());
3899       fEventInfo.SetTriggerCluster(AliDAQ::ListOfTriggeredDetectors(aCTP->GetClusterMask()));
3900     }
3901     else {
3902       AliWarning("No trigger can be loaded! The trigger information will not be used!");
3903       return kFALSE;
3904     }
3905   }
3906
3907   AliTriggerConfiguration *config = aCTP->GetConfiguration();
3908   if (!config) {
3909     AliError("No trigger configuration has been found! The trigger configuration information will not be used!");
3910     if (fRawReader) delete aCTP;
3911     return kFALSE;
3912   }
3913
3914   UChar_t clustmask = 0;
3915   TString trclasses;
3916   ULong64_t trmask = fEventInfo.GetTriggerMask();
3917   const TObjArray& classesArray = config->GetClasses();
3918   Int_t nclasses = classesArray.GetEntriesFast();
3919   for( Int_t iclass=0; iclass < nclasses; iclass++ ) {
3920     AliTriggerClass* trclass = (AliTriggerClass*)classesArray.At(iclass);
3921     if (trclass && trclass->GetMask()>0) {
3922       Int_t trindex = TMath::Nint(TMath::Log2(trclass->GetMask()));
3923       fesd->SetTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3924       if (fRawReader) fRawReader->LoadTriggerClass(trclass->GetName(),trindex);
3925       if (trmask & (1ull << trindex)) {
3926         trclasses += " ";
3927         trclasses += trclass->GetName();
3928         trclasses += " ";
3929         clustmask |= trclass->GetCluster()->GetClusterMask();
3930       }
3931     }
3932   }
3933   fEventInfo.SetTriggerClasses(trclasses);
3934
3935   // Write names of active trigger inputs in ESD Header
3936   const TObjArray& inputsArray = config->GetInputs();
3937   Int_t ninputs = inputsArray.GetEntriesFast();
3938   for( Int_t iinput=0; iinput < ninputs; iinput++ ) {
3939     AliTriggerInput* trginput = (AliTriggerInput*)inputsArray.At(iinput);
3940     if (trginput && trginput->GetMask()>0) {
3941       Int_t inputIndex = (Int_t)TMath::Nint(TMath::Log2(trginput->GetMask()));
3942       AliESDHeader* headeresd = fesd->GetHeader();
3943       Int_t trglevel = (Int_t)trginput->GetLevel();
3944       if (trglevel == 0) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex);
3945       if (trglevel == 1) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+24);
3946       if (trglevel == 2) headeresd->SetActiveTriggerInputs(trginput->GetInputName(), inputIndex+48);
3947     }
3948   }
3949
3950   // Set the information in ESD
3951   fesd->SetTriggerMask(trmask);
3952   fesd->SetTriggerCluster(clustmask);
3953
3954   if (!aCTP->CheckTriggeredDetectors()) {
3955     if (fRawReader) delete aCTP;
3956     return kFALSE;
3957   }
3958
3959   if (fRawReader) delete aCTP;
3960
3961   // We have to fill also the HLT decision here!!
3962   // ...
3963
3964   return kTRUE;
3965 }
3966
3967 const char *AliReconstruction::MatchDetectorList(const char *detectorList, UInt_t detectorMask)
3968 {
3969   // Match the detector list found in the rec.C or the default 'ALL'
3970   // to the list found in the GRP (stored there by the shuttle PP which
3971   // gets the information from ECS)
3972   static TString resultList;
3973   TString detList = detectorList;
3974
3975   resultList = "";
3976
3977   for(Int_t iDet = 0; iDet < (AliDAQ::kNDetectors-1); iDet++) {
3978     if ((detectorMask >> iDet) & 0x1) {
3979       TString det = AliDAQ::OfflineModuleName(iDet);
3980       if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
3981           ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
3982             detList.EndsWith(" ALL") ||
3983             detList.Contains(" ALL ")) &&
3984            !(detList.BeginsWith("-"+det+" ") ||
3985              detList.EndsWith(" -"+det) ||
3986              detList.Contains(" -"+det+" "))) ||
3987           (detList.CompareTo(det) == 0) ||
3988           detList.BeginsWith(det+" ") ||
3989           detList.EndsWith(" "+det) ||
3990           detList.Contains( " "+det+" " )) {
3991         if (!resultList.EndsWith(det + " ")) {
3992           resultList += det;
3993           resultList += " ";
3994         }
3995       }
3996     }
3997   }
3998
3999   // HLT
4000   if ((detectorMask >> AliDAQ::kHLTId) & 0x1) {
4001     TString hltDet = AliDAQ::OfflineModuleName(AliDAQ::kNDetectors-1);
4002     if ((detList.CompareTo("ALL") == 0) ||
4003         ((detList.BeginsWith("ALL ") ||
4004           detList.EndsWith(" ALL") ||
4005           detList.Contains(" ALL ")) &&
4006          !(detList.BeginsWith("-"+hltDet+" ") ||
4007            detList.EndsWith(" -"+hltDet) ||
4008            detList.Contains(" -"+hltDet+" "))) ||
4009         (detList.CompareTo(hltDet) == 0) ||
4010         detList.BeginsWith(hltDet+" ") ||
4011         detList.EndsWith(" "+hltDet) ||
4012         detList.Contains( " "+hltDet+" " )) {
4013       resultList += hltDet;
4014     }
4015   }
4016
4017   return resultList.Data();
4018
4019 }
4020
4021 //______________________________________________________________________________
4022 void AliReconstruction::Abort(const char *method, EAbort what)
4023 {
4024   // Abort processing. If what = kAbortProcess, the Process() loop will be
4025   // aborted. If what = kAbortFile, the current file in a chain will be
4026   // aborted and the processing will continue with the next file, if there
4027   // is no next file then Process() will be aborted. Abort() can also  be
4028   // called from Begin(), SlaveBegin(), Init() and Notify(). After abort
4029   // the SlaveTerminate() and Terminate() are always called. The abort flag
4030   // can be checked in these methods using GetAbort().
4031   //
4032   // The method is overwritten in AliReconstruction for better handling of
4033   // reco specific errors
4034
4035   if (!fStopOnError) return;
4036
4037   CleanUp();
4038
4039   TString whyMess = method;
4040   whyMess += " failed! Aborting...";
4041
4042   AliError(whyMess.Data());
4043
4044   fAbort = what;
4045   TString mess = "Abort";
4046   if (fAbort == kAbortProcess)
4047     mess = "AbortProcess";
4048   else if (fAbort == kAbortFile)
4049     mess = "AbortFile";
4050
4051   Info(mess, whyMess.Data());
4052 }
4053
4054 //______________________________________________________________________________
4055 Bool_t AliReconstruction::ProcessEvent(void* event)
4056 {
4057   // Method that is used in case the event loop
4058   // is steered from outside, for example by AMORE
4059   // 'event' is a pointer to the DATE event in the memory
4060
4061   if (fRawReader) delete fRawReader;
4062   fRawReader = new AliRawReaderDate(event);
4063   fStatus = ProcessEvent(fRunLoader->GetNumberOfEvents());
4064   delete fRawReader;
4065   fRawReader = NULL;
4066
4067   return fStatus;
4068 }
4069
4070 //______________________________________________________________________________
4071 Bool_t AliReconstruction::ParseOutput()
4072 {
4073   // The method parses the output file
4074   // location string in order to steer
4075   // properly the selector
4076
4077   TPMERegexp re1("(\\w+\\.zip#\\w+\\.root):([,*\\w+\\.root,*]+)@dataset://(\\w++)");
4078   TPMERegexp re2("(\\w+\\.root)?@?dataset://(\\w++)");
4079
4080   if (re1.Match(fESDOutput) == 4) {
4081     // root archive with output files stored and regustered
4082     // in proof dataset
4083     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",re1[1].Data()));
4084     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re1[3].Data()));
4085     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
4086     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_ARCHIVE",re1[2].Data()));
4087     AliInfo(Form("%s files will be stored within %s in dataset %s",
4088                  re1[2].Data(),
4089                  re1[1].Data(),
4090                  re1[3].Data()));
4091   }
4092   else if (re2.Match(fESDOutput) == 3) {
4093     // output file stored and registered
4094     // in proof dataset
4095     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",(re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data()));
4096     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",re2[2].Data()));
4097     gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_DATASET",""));
4098     AliInfo(Form("%s will be stored in dataset %s",
4099                  (re2[1].IsNull()) ? "AliESDs.root" : re2[1].Data(),
4100                  re2[2].Data()));
4101   }
4102   else {
4103     if (fESDOutput.IsNull()) {
4104       // Output location not given.
4105       // Assuming xrootd has been already started and
4106       // the output file has to be sent back
4107       // to the client machine
4108       TString esdUrl(Form("root://%s/%s/",
4109                           TUrl(gSystem->HostName()).GetHostFQDN(),
4110                           gSystem->pwd()));
4111       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE","AliESDs.root"));
4112       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",esdUrl.Data()));
4113       AliInfo(Form("AliESDs.root will be stored in %s",
4114                    esdUrl.Data()));
4115     }
4116     else {
4117       // User specified an output location.
4118       // Ones has just to parse it here
4119       TUrl outputUrl(fESDOutput.Data());
4120       TString outputFile(gSystem->BaseName(outputUrl.GetFile()));
4121       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE",outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data()));
4122       TString outputLocation(outputUrl.GetUrl());
4123       outputLocation.ReplaceAll(outputFile.Data(),"");
4124       gProof->AddInput(new TNamed("PROOF_OUTPUTFILE_LOCATION",outputLocation.Data()));
4125       AliInfo(Form("%s will be stored in %s",
4126                    outputFile.IsNull() ? "AliESDs.root" : outputFile.Data(),
4127                    outputLocation.Data()));
4128     }
4129   }
4130
4131   return kTRUE;
4132 }
4133
4134 //______________________________________________________________________________
4135 Bool_t AliReconstruction::IsHighPt() const {
4136   // Selection of events containing "high" pT tracks
4137   // If at least one track is found within 1.5 and 100 GeV (pT)
4138   // that was reconstructed by both ITS and TPC, the event is accepted
4139
4140   // Track cuts
4141   const Double_t pTmin = 1.5;
4142   const Double_t pTmax = 100;
4143   ULong_t mask = 0;
4144   mask |= (AliESDtrack::kITSrefit);
4145   mask |= (AliESDtrack::kTPCrefit);
4146   const Double_t pTminCosmic = 5.;
4147   const Double_t pTmaxCosmic = 100;
4148   ULong_t maskCosmic = 0;
4149   Int_t cosmicCount=0;
4150   maskCosmic |= (AliESDtrack::kTPCrefit);
4151
4152   Bool_t isOK = kFALSE;
4153
4154   if (fesd && fesd->GetEventType()==AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent) {
4155     // Check if this ia a physics event (code 7)
4156     Int_t ntrk = fesd->GetNumberOfTracks();
4157     for (Int_t itrk=0; itrk<ntrk; ++itrk) {
4158
4159       AliESDtrack * trk = fesd->GetTrack(itrk);
4160       if (trk
4161           && trk->Pt() > pTmin
4162           && trk->Pt() < pTmax
4163           && (trk->GetStatus() & mask) == mask ) {
4164
4165         isOK = kTRUE;
4166         break;
4167       }
4168       if (trk
4169           && trk->GetInnerParam()
4170           && trk->GetInnerParam()->Pt() > pTminCosmic
4171           && trk->GetInnerParam()->Pt() < pTmaxCosmic
4172           && (trk->GetStatus() & maskCosmic) == maskCosmic ) {
4173
4174         cosmicCount++;
4175         break;
4176       }
4177     }
4178     if (cosmicCount>1) isOK=kTRUE;
4179   }
4180   return isOK;
4181 }
4182
4183 //______________________________________________________________________________
4184 Bool_t AliReconstruction::IsCosmicOrCalibSpecie() const {
4185   // Select cosmic or calibration events
4186
4187   Bool_t isOK = kFALSE;
4188
4189   if (fesd && fesd->GetEventType()==AliRawEventHeaderBase::kPhysicsEvent) {
4190       // Check if this ia a physics event (code 7)
4191
4192       UInt_t specie = fesd->GetEventSpecie();
4193       if (specie==AliRecoParam::kCosmic || specie==AliRecoParam::kCalib) {
4194         isOK = kTRUE;
4195       }
4196   }
4197   return isOK;
4198 }
4199
4200 //______________________________________________________________________________
4201 void AliReconstruction::WriteESDfriend() {
4202   // Fill the ESD friend in the tree. The required fraction of ESD friends is stored
4203   // in fFractionFriends. We select events where we store the ESD friends according
4204   // to the following algorithm:
4205   // 1. Store all Cosmic or Calibration events within the required fraction
4206   // 2. Sample "high Pt" events within the remaining fraction after step 1.
4207   // 3. Sample randomly events if we still have remaining slot
4208
4209   fNall++;
4210   Bool_t isSelected = kFALSE;
4211   //
4212   // Store all friends for B field OFF
4213   if (TMath::Abs(AliTrackerBase::GetBz())<0.5) isSelected=kTRUE;
4214
4215   if (IsCosmicOrCalibSpecie()) { // Selection of calib or cosmic events
4216     fNspecie++;
4217
4218     isSelected = kTRUE;
4219     fSspecie++;
4220   }
4221
4222   Double_t remainingFraction = fFractionFriends;
4223   remainingFraction -= ((Double_t)(fSspecie)/(Double_t)(fNall));
4224
4225   if (IsHighPt())  { // Selection of "high Pt" events
4226     fNhighPt++;
4227     Double_t curentHighPtFraction = ((Double_t)(fNhighPt+1))/((Double_t)(fNall+1));
4228     // "Bayesian" estimate supposing that without events all the events are of the required type
4229
4230     if (!isSelected) {
4231       Double_t rnd = gRandom->Rndm()*curentHighPtFraction;
4232       if (rnd<remainingFraction) {
4233         isSelected = kTRUE;
4234         fShighPt++;
4235       }
4236     }
4237   }
4238   remainingFraction -= ((Double_t)(fShighPt)/(Double_t)(fNall));
4239
4240   // Random selection to fill the remaining fraction (if any)
4241   if (!isSelected) {
4242     Double_t rnd = gRandom->Rndm();
4243     if (rnd<remainingFraction) {
4244       isSelected = kTRUE;
4245     }
4246   }
4247
4248   if (!isSelected) {
4249     fesdf->~AliESDfriend();
4250     new (fesdf) AliESDfriend(); // Reset...
4251     fesdf->SetSkipBit(kTRUE);
4252   }
4253
4254   ftreeF->Fill();
4255 }