TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132
 133 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 134 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 135 #include "AliTOFRunParams.h"
 136
 137 //extern TFile *gFile;
 138
 139 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 140
 141 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 142   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 160   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 161     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 162   } else {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 164   }
 165
 166 }
 167
 168 //______________________________________________________________________________
 169
 170 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 171   TTask("AliTOFClusterFinder",""),
 172   fRunLoader(runLoader),
 173   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 174   fTreeD(0),
 175   fTreeR(0),
 176   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 177   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 178   fNumberOfTofClusters(0),
 179   fVerbose(0),
 180   fDecoderVersion(0),
 181   fTOFcalib(calib),
 182   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 183 {
 184 //
 185 // Constructor
 186 //
 187
 188   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 189   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 190     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 191   } else {
 192     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 193   }
 194
 195 }
 196
 197 //------------------------------------------------------------------------
 198 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source) :
 199   TTask(source),
 200   fRunLoader(0),
 201   fTOFLoader(0),
 202   fTreeD(0),
 203   fTreeR(0),
 204   fDigits(source.fDigits),
 205   fRecPoints(source.fRecPoints),
 206   fNumberOfTofClusters(0),
 207   fVerbose(0),
 208   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 209   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 210   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 211 {
 212   // copy constructor
 213 }
 214
 215 //------------------------------------------------------------------------
 216 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 217 {
 218   // ass. op.
 219
 220   if (this == &source)
 221     return *this;
 222
 223   TTask::operator=(source);
 224   fDigits=source.fDigits;
 225   fRecPoints=source.fRecPoints;
 226   fVerbose=source.fVerbose;
 227   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 228   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 229   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 230   return *this;
 231
 232 }
 233 //______________________________________________________________________________
 234
 235 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 236 {
 237
 238   //
 239   // Destructor
 240   //
 241
 242   if (fDigits)
 243     {
 244       fDigits->Delete();
 245       delete fDigits;
 246       fDigits=0;
 247     }
 248   if (fRecPoints)
 249     {
 250       fRecPoints->Delete();
 251       delete fRecPoints;
 252       fRecPoints=0;
 253     }
 254
 255   if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 256     for (Int_t ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++)
 257       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 258     fNumberOfTofClusters=0;
 259    }
 260
 261 }
 262 //______________________________________________________________________________
 263
 264 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 265 {
 266   //
 267   // Converts digits to recpoints for TOF
 268   //
 269
 270   TStopwatch stopwatch;
 271   stopwatch.Start();
 272
 273   Int_t inholes = 0;
 274
 275   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 276
 277   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 278   if (fTreeD == 0x0)
 279     {
 280       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 281     }
 282
 283   fDigits->Clear();
 284   fTreeD->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 285   fTreeD->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 286
 287   ResetRecpoint();
 288
 289   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 290   if (fTreeR == 0x0)
 291     {
 292       fTOFLoader->MakeTree("R");
 293       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 294     }
 295
 296   Int_t bufsize = 32000;
 297   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 298
 299   fTreeD->GetEvent(0);
 300   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 301   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 302
 303   Int_t ii;
 304   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 305   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 306   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 307   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 308     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 309     dig[0]=d->GetSector();
 310     dig[1]=d->GetPlate();
 311     dig[2]=d->GetStrip();
 312     dig[3]=d->GetPadz();
 313     dig[4]=d->GetPadx();
 314
 315     /* check valid index */
 316     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 317
 318     // Do not reconstruct anything in the holes
 319     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 320       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 321         inholes++;
 322         continue;
 323       }
 324     }
 325
 326     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 327
 328     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 329     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 330     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 331     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 332     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 333     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 334     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 335     Double_t posClus[3];
 336     Double_t covClus[6];
 337     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 338     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 339     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 340     InsertCluster(tofCluster);
 341
 342   }
 343
 344   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 345
 346   CalibrateRecPoint();
 347   FillRecPoint();
 348
 349   fTreeR->Fill();
 350   ResetRecpoint();
 351
 352   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 353   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 354
 355   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 356                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 357   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 358
 359 }
 360
 361 //______________________________________________________________________________
 362
 363 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 364 {
 365   //
 366   // Converts digits to recpoints for TOF
 367   //
 368
 369   TStopwatch stopwatch;
 370   stopwatch.Start();
 371
 372   Int_t inholes = 0;
 373
 374   if (digitsTree == 0x0)
 375     {
 376       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 377     }
 378
 379   fDigits->Clear();
 380   digitsTree->GetBranch("TOF")->SetAutoDelete(kFALSE);
 381   digitsTree->SetBranchAddress("TOF",&fDigits);
 382
 383   ResetRecpoint();
 384   Int_t bufsize = 32000;
 385   clusterTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 386
 387   digitsTree->GetEvent(0);
 388   Int_t nDigits = fDigits->GetEntriesFast();
 389   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 390
 391   Int_t ii;
 392   Int_t dig[5]={-1,-1,-1,-1,-1}; //cluster detector indeces
 393   Int_t parTOF[7]={0,0,0,0,0,0,0}; //The TOF signal parameters
 394   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 395   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 396     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)fDigits->UncheckedAt(ii);
 397     dig[0]=d->GetSector();
 398     dig[1]=d->GetPlate();
 399     dig[2]=d->GetStrip();
 400     dig[3]=d->GetPadz();
 401     dig[4]=d->GetPadx();
 402
 403     /* check valid index */
 404     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 405
 406     // Do not reconstruct anything in the holes
 407     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 408       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 409         inholes++;
 410         continue;
 411       }
 412     }
 413
 414     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 415
 416     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 417     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 418     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 419     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 420     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 421     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 422     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 423
 424     Double_t posClus[3];
 425     Double_t covClus[6];
 426     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 427     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 428     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 429     InsertCluster(tofCluster);
 430
 431   }
 432
 433   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 434
 435   CalibrateRecPoint();
 436   FillRecPoint();
 437
 438   clusterTree->Fill();
 439   ResetRecpoint();
 440
 441   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 442                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 443   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 444
 445 }
 446 //______________________________________________________________________________
 447
 448 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 449                                            TTree *clustersTree)
 450 {
 451   //
 452   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 453   //
 454
 455   TStopwatch stopwatch;
 456   stopwatch.Start();
 457
 458   Int_t inholes = 0;
 459
 460   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 461
 462   ResetRecpoint();
 463
 464   Int_t bufsize = 32000;
 465   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 466
 467   TClonesArray * clonesRawData;
 468   Int_t dummy = -1;
 469
 470   Int_t detectorIndex[5];
 471   Int_t parTOF[7];
 472
 473   ofstream ftxt;
 474   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 475
 476   fTOFRawStream.Clear();
 477   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 478
 479   if (fDecoderVersion == 1) {
 480     AliInfo("Using New Decoder");
 481   }
 482   else if (fDecoderVersion == 2) {
 483     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 484   }
 485   else {
 486     AliInfo("Using Old Decoder");
 487   }
 488
 489   Int_t indexDDL = 0;
 490   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 491
 492     rawReader->Reset();
 493     if (fDecoderVersion == 1) {
 494       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 495     }
 496     else if (fDecoderVersion == 2) {
 497       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 498     }
 499     else  {
 500       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 501     }
 502
 503     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 504
 505     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 506
 507       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 508
 509       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 510       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 511
 512       if (fVerbose==2) {
 513         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 514         else         ftxt << " " << indexDDL;
 515         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 516         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 517         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 518         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 519         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 520         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 521       }
 522
 523       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 524                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 525       dummy = detectorIndex[3];
 526       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 527       detectorIndex[4] = dummy;
 528
 529       if (fVerbose==2) {
 530         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 531         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 532         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 533         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 534         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 535         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 536         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 537         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 538       }
 539
 540     /* check valid index */
 541     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 542
 543       // Do not reconstruct anything in the holes
 544       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 545         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 546           inholes++;
 547           continue;
 548         }
 549       }
 550
 551       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 552       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 553       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 554       parTOF[3] = 0;//raw data: no track of undecalib sim time
 555       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 556       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 557       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 558       Double_t posClus[3];
 559       Double_t covClus[6];
 560       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 561       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 562       Bool_t status=kTRUE;
 563       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 564       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 565       InsertCluster(tofCluster);
 566
 567       if (fVerbose==2) {
 568         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 569         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 570         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 571         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 572         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 573         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 574         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 575       }
 576
 577     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 578
 579     clonesRawData->Clear("C");
 580
 581   } // closed loop on DDL index
 582
 583   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 584
 585   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 586
 587   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 588   FillRecPoint();
 589
 590   clustersTree->Fill();
 591
 592   ResetRecpoint();
 593
 594   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 595                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 596   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 597
 598 }
 599 //______________________________________________________________________________
 600
 601 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 602 {
 603   //
 604   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 605   //
 606
 607   TStopwatch stopwatch;
 608   stopwatch.Start();
 609
 610   Int_t inholes = 0;
 611
 612   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 613
 614   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 615
 616   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 617
 618   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 619
 620   if (fTreeR == 0x0){
 621     fTOFLoader->MakeTree("R");
 622     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 623   }
 624
 625   Int_t bufsize = 32000;
 626   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 627
 628   TClonesArray * clonesRawData;
 629
 630   Int_t dummy = -1;
 631
 632   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 633   Int_t parTOF[7];
 634   ofstream ftxt;
 635   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 636
 637   fTOFRawStream.Clear();
 638   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 639
 640   if (fDecoderVersion == 1) {
 641     AliInfo("Using New Decoder");
 642   }
 643   else if (fDecoderVersion == 2) {
 644     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 645   }
 646   else {
 647     AliInfo("Using Old Decoder");
 648   }
 649
 650   Int_t indexDDL = 0;
 651   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 652
 653     rawReader->Reset();
 654     if (fDecoderVersion == 1) {
 655       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 656     }
 657     else if (fDecoderVersion == 2) {
 658       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 659     }
 660     else {
 661       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 662     }
 663
 664     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 665
 666     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 667
 668       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 669
 670       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 671       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 672
 673       if (fVerbose==2) {
 674         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 675         else         ftxt << " " << indexDDL;
 676         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 677         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 678         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 679         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 680         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 681         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 682       }
 683
 684       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 685                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 686       dummy = detectorIndex[3];
 687       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 688       detectorIndex[4] = dummy;
 689
 690       if (fVerbose==2) {
 691         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 692         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 693         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 694         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 695         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 696         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 697         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 698         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 699       }
 700
 701     /* check valid index */
 702     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 703
 704       // Do not reconstruct anything in the holes
 705       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 706         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 707           inholes++;
 708           continue;
 709         }
 710       }
 711
 712       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 713       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 714       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 715       parTOF[3] = 0; //raw data: no track of the undecalib sim time
 716       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 717       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 718       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 719       Double_t posClus[3];
 720       Double_t covClus[6];
 721       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 722       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 723       Bool_t status=kTRUE;
 724       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 725       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 726       InsertCluster(tofCluster);
 727
 728       if (fVerbose==2) {
 729         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 730         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 731         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 732         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 733         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 734         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 735         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 736       }
 737
 738     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 739
 740     clonesRawData->Clear("C");
 741
 742   } // closed loop on DDL index
 743
 744   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 745
 746   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 747
 748   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 749   FillRecPoint();
 750
 751   fTreeR->Fill();
 752   ResetRecpoint();
 753
 754   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 755   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 756
 757   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 758                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 759   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 760
 761 }
 762 //______________________________________________________________________________
 763
 764 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 765 {
 766   //
 767   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 768   //
 769   //             (temporary solution)
 770   //
 771
 772   TStopwatch stopwatch;
 773   stopwatch.Start();
 774
 775   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 776
 777   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 778
 779   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 780   if (fTreeD)
 781     {
 782     AliInfo("TreeD re-creation");
 783     fTreeD = 0x0;
 784     fTOFLoader->MakeTree("D");
 785     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 786     }
 787
 788   Int_t bufsize = 32000;
 789   fDigits->Clear();
 790   fTreeD->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 791
 792   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 793
 794   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 795
 796   TClonesArray * clonesRawData;
 797
 798   Int_t dummy = -1;
 799
 800   Int_t detectorIndex[5];
 801   Int_t digit[4];
 802
 803   fTOFRawStream.Clear();
 804   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 805
 806   if (fDecoderVersion == 1) {
 807     AliInfo("Using New Decoder");
 808   }
 809   else if (fDecoderVersion == 2) {
 810     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 811   }
 812   else {
 813     AliInfo("Using Old Decoder");
 814   }
 815
 816   Int_t indexDDL = 0;
 817   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 818
 819     rawReader->Reset();
 820     if (fDecoderVersion == 1) {
 821       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 822     }
 823     else if (fDecoderVersion == 2) {
 824       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 825     }
 826     else {
 827       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 828     }
 829
 830     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 831
 832     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 833
 834       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 835
 836       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 837       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 838
 839       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 840                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 841       dummy = detectorIndex[3];
 842       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 843       detectorIndex[4] = dummy;
 844
 845       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 846       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 847       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 848       digit[3] = 0;
 849
 850       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 851
 852       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 853       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 854       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 855
 856     } // while loop
 857
 858     clonesRawData->Clear("C");
 859
 860   } // DDL Loop
 861
 862   fTreeD->Fill();
 863
 864   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 865   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 866
 867   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 868                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 869
 870 }
 871
 872 //______________________________________________________________________________
 873
 874 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 875 {
 876   //
 877   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 878   //
 879   //
 880
 881   TStopwatch stopwatch;
 882   stopwatch.Start();
 883
 884   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 885
 886   if (!digitsTree)
 887     {
 888     AliError("No input digits Tree");
 889     return;
 890     }
 891
 892   Int_t bufsize = 32000;
 893   digitsTree->Branch("TOF", &fDigits, bufsize);
 894
 895   TClonesArray * clonesRawData;
 896   Int_t dummy = -1;
 897
 898   Int_t detectorIndex[5];
 899   Int_t digit[4];
 900
 901   fTOFRawStream.Clear();
 902   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 903
 904   if (fDecoderVersion == 1) {
 905     AliInfo("Using New Decoder");
 906   }
 907   else if (fDecoderVersion == 2) {
 908     AliInfo("Using Enhanced Decoder");
 909   }
 910   else {
 911     AliInfo("Using Old Decoder");
 912   }
 913
 914   Int_t indexDDL = 0;
 915   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 916
 917     rawReader->Reset();
 918     if (fDecoderVersion == 1) {
 919       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 920     }
 921     else if (fDecoderVersion == 2) {
 922       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffersV2(indexDDL,fVerbose);
 923     }
 924     else {
 925       fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 926     }
 927
 928     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 929
 930     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 931
 932       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 933
 934       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 935       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 936
 937       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 938                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 939       dummy = detectorIndex[3];
 940       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 941       detectorIndex[4] = dummy;
 942
 943       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 944       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 945       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 946       digit[3] = 0;
 947
 948       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 949
 950       TClonesArray &aDigits = *fDigits;
 951       Int_t last=fDigits->GetEntriesFast();
 952       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 953
 954     } // while loop
 955
 956     clonesRawData->Clear("C");
 957
 958   } // DDL Loop
 959
 960   digitsTree->Fill();
 961
 962   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 963   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 964                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 965
 966 }
 967 //______________________________________________________________________________
 968
 969 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 970   //---------------------------------------------------------------------------//
 971   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 972   //---------------------------------------------------------------------------//
 973   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 974     AliError("Too many clusters !");
 975     return 1;
 976   }
 977
 978   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 979     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 980     return 0;
 981   }
 982
 983   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
 984   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
 985   fTofClusters[ii] = tofCluster;
 986   fNumberOfTofClusters++;
 987
 988   return 0;
 989
 990 }
 991 //_________________________________________________________________________
 992
 993 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
 994   //--------------------------------------------------------------------
 995   // This function returns the index of the nearest cluster in z
 996   //--------------------------------------------------------------------
 997   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
 998   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
 999   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
1000   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
1001   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
1002     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
1003     else e=m;
1004   }
1005
1006   return m;
1007
1008 }
1009 //_________________________________________________________________________
1010
1011 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
1012 {
1013   //
1014   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1015   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1016   // i.e. fRecPoints.
1017   //
1018
1019   Int_t ii, jj;
1020
1021   Int_t detectorIndex[5];
1022   Int_t parTOF[7];
1023   Int_t trackLabels[3];
1024   Int_t digitIndex = -1;
1025   Bool_t status=kTRUE;
1026
1027   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1028
1029   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1030
1031     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1032     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1033     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1034     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1035     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1036     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1037     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1038     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1039     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1040     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1041     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1042     Double_t posClus[3];
1043     Double_t covClus[6];
1044     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1045     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1046     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1047
1048     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1049                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1050                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1051                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1052                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1053                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1054                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1055                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1056                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1057                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1058                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1059                      status, digitIndex));
1060
1061   } // loop on clusters
1062
1063 }
1064
1065 //_________________________________________________________________________
1066
1067 /*
1068  * OLD CALIBRATE REC POINTS FUNCTION
1069  */
1070
1071 #if 0
1072 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1073 {
1074   //
1075   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1076   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1077   // i.e. fRecPoints.
1078   //
1079
1080   Int_t ii, jj;
1081
1082   Int_t detectorIndex[5];
1083   Int_t digitIndex = -1;
1084   Double_t tToT;
1085   Double_t timeCorr;
1086   Int_t   tdcCorr;
1087   Float_t tdcLatencyWindow;
1088   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1089
1090   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1091   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1092   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1093
1094   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1095   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1096   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1097   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1098   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1099   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1100
1101   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1102   Int_t calibration = -1;
1103   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1104     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1105     calibration = 1;
1106   } else {
1107     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1108     calibration = 0 ;
1109   }
1110
1111   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1112     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1113     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1114
1115     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1116
1117     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1118     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1119     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1120     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1121     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1122
1123     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1124
1125     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1126     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1127       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1128       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1129     }
1130     else {
1131       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1132     }
1133     // Get Rough channel online equalization
1134     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1135     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1136     // Get Refined channel offline calibration parameters
1137     if (calibration ==1){
1138       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1139       Double_t par[6];
1140       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1141         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1142      }
1143       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1144       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1145       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1146       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1147
1148       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1149       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1150       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1151
1152       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1153       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1154     }
1155     else {
1156       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1157     }
1158     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1159     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1160     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1161     timeCorr*=1.E3;
1162     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1163
1164     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1165      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1166      * is in ps.
1167      *
1168      * the following corrections are performed in this way:
1169      *
1170      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1171      *
1172      */
1173
1174     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1175     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1176     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1177     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1178     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1179
1180     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1181     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1182     /* L0L1-latency correction */
1183     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1184     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1185     timeCorr += ctpLatency;
1186     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1187     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1188     /* T0 correction (from OCDB) */
1189     timeCorr -= t0;
1190
1191     /*
1192      * end of furhter corrections
1193      */
1194
1195     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1196     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1197   } // loop on clusters
1198
1199 }
1200 #endif
1201
1202 //_________________________________________________________________________
1203
1204 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1205 {
1206   //
1207   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1208   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1209   // i.e. fRecPoints.
1210   //
1211
1212   Int_t detectorIndex[5];
1213   Double_t time, tot, corr;
1214   Int_t deltaBC, l0l1, tdcBin;
1215   for (Int_t ii = 0; ii < fNumberOfTofClusters; ii++) {
1216     for(Int_t jj = 0; jj < 5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1217
1218     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1219
1220     /* check channel enabled */
1221     if (!fTOFcalib->IsChannelEnabled(index)) fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE);
1222
1223     /* get cluster info */
1224     time = fTofClusters[ii]->GetTDC() * AliTOFGeometry::TdcBinWidth(); /* ps */
1225     tot = fTofClusters[ii]->GetToT() * AliTOFGeometry::ToTBinWidth() * 1.e-3; /* ns */
1226     deltaBC = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();
1227     l0l1 = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();
1228
1229     /* get correction */
1230     corr = fTOFcalib->GetTimeCorrection(index, tot, deltaBC, l0l1, timestamp); /* ps */
1231     AliDebug(2, Form("calibrate index %d: time=%f (ps) tot=%f (ns) deltaBC=%d l0l1=%d timestamp=%d corr=%f (ps)", index, time, tot, deltaBC, l0l1, timestamp, corr));
1232
1233     /* apply time correction */
1234     time -= corr;
1235
1236     /* convert in TDC bins and set cluster */
1237     //tdcBin = (Int_t)(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1238     tdcBin = TMath::Nint(time / AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1239     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcBin);
1240
1241   } // loop on clusters
1242
1243 }
1244
1245 //______________________________________________________________________________
1246
1247 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1248 {
1249   //
1250   // Clear the list of reconstructed points
1251   //
1252
1253   fNumberOfTofClusters = 0;
1254   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1255
1256 }
1257 //______________________________________________________________________________
1258
1259 void AliTOFClusterFinder::Load()
1260 {
1261   //
1262   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1263   //
1264
1265   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1266   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1267
1268 }
1269 //______________________________________________________________________________
1270
1271 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1272 {
1273   //
1274   // Load TOF.RecPoints.root file
1275   //
1276
1277   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1278
1279 }
1280 //______________________________________________________________________________
1281
1282 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1283 {
1284   //
1285   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1286   //
1287
1288   fTOFLoader->UnloadDigits();
1289   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1290
1291 }
1292 //______________________________________________________________________________
1293
1294 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1295 {
1296   //
1297   // Unload TOF.RecPoints.root file
1298   //
1299
1300   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1301
1302 }
1303 //-------------------------------------------------------------------------
1304 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1305
1306   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1307   //
1308   // Detector numbering scheme
1309   Int_t nSector = 18;
1310   Int_t nPlate  = 5;
1311   Int_t nStripA = 15;
1312   Int_t nStripB = 19;
1313   Int_t nStripC = 19;
1314
1315   Int_t isector =ind[0];
1316   if (isector >= nSector)
1317     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1318   Int_t iplate = ind[1];
1319   if (iplate >= nPlate)
1320     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1321   Int_t istrip = ind[2];
1322
1323   Int_t stripOffset = 0;
1324   switch (iplate) {
1325   case 0:
1326     stripOffset = 0;
1327     break;
1328   case 1:
1329     stripOffset = nStripC;
1330     break;
1331   case 2:
1332     stripOffset = nStripC+nStripB;
1333     break;
1334   case 3:
1335     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1336     break;
1337   case 4:
1338     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1339     break;
1340   default:
1341     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1342     break;
1343   };
1344
1345   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1346                stripOffset +
1347                istrip;
1348
1349   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1350   return volIndex;
1351 }
1352 //
1353 //-------------------------------------------------------------------------
1354 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1355
1356   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1357   //
1358   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1359   //
1360   //
1361   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1362   //
1363   //
1364   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1365   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1366   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1367   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1368
1369   // -----------------------------------------------------   |
1370   // x <-----------------------------------------------------
1371
1372   /*
1373   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1374   Float_t localY = 0;
1375   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1376   */
1377   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1378   Float_t localY = 0;
1379   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1380   //move to the tracking ref system
1381
1382   Double_t lpos[3];
1383   lpos[0] = localX;
1384   lpos[1] = localY;
1385   lpos[2] = localZ;
1386
1387   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1388   // Get The position in the track ref system
1389   Double_t tpos[3];
1390   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1391   pos[0] = tpos[0];
1392   pos[1] = tpos[1];
1393   pos[2] = tpos[2];
1394
1395   //Get The cluster covariance in the track ref system
1396   Double_t lcov[9];
1397
1398   //cluster covariance in the local system:
1399   // sx2   0   0
1400   // 0     0   0
1401   // 0     0   sz2
1402
1403   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1404   lcov[1] = 0;
1405   lcov[2] = 0;
1406   lcov[3] = 0;
1407   lcov[4] = 0;
1408   lcov[5] = 0;
1409   lcov[6] = 0;
1410   lcov[7] = 0;
1411   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1412
1413   //cluster covariance in the tracking system:
1414   TGeoHMatrix m;
1415   m.SetRotation(lcov);
1416   m.Multiply(l2t);
1417   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1418   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1419   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1420   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1421   cov[5] = tcov[8];
1422
1423   return;
1424
1425 }