TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132 //#include "AliTOFRawStream.h"
 133
 134 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 135 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 136 #include "AliTOFRunParams.h"
 137
 138 //extern TFile *gFile;
 139
 140 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 141
 142 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 160   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 161     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 162   } else {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 164   }
 165
 166 }
 167
 168 //______________________________________________________________________________
 169
 170 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 171   fRunLoader(runLoader),
 172   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 173   fTreeD(0),
 174   fTreeR(0),
 175   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 176   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 177   fNumberOfTofClusters(0),
 178   fVerbose(0),
 179   fDecoderVersion(0),
 180   fTOFcalib(calib),
 181   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 182 {
 183 //
 184 // Constructor
 185 //
 186
 187   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 188   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 189     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 190   } else {
 191     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 192   }
 193
 194 }
 195
 196 //------------------------------------------------------------------------
 197 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source)
 198   :TObject(source),
 199   fRunLoader(0),
 200   fTOFLoader(0),
 201   fTreeD(0),
 202   fTreeR(0),
 203   fDigits(source.fDigits),
 204   fRecPoints(source.fRecPoints),
 205   fNumberOfTofClusters(0),
 206   fVerbose(0),
 207   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 208   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 209   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 210 {
 211   // copy constructor
 212 }
 213
 214 //------------------------------------------------------------------------
 215 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 216 {
 217   // ass. op.
 218
 219   if (this == &source)
 220     return *this;
 221
 222   TObject::operator=(source);
 223   fDigits=source.fDigits;
 224   fRecPoints=source.fRecPoints;
 225   fVerbose=source.fVerbose;
 226   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 227   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 228   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 229   return *this;
 230
 231 }
 232 //______________________________________________________________________________
 233
 234 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 235 {
 236
 237   //
 238   // Destructor
 239   //
 240
 241   if (fDigits)
 242     {
 243       fDigits->Delete();
 244       delete fDigits;
 245       fDigits=0;
 246     }
 247   if (fRecPoints)
 248     {
 249       fRecPoints->Delete();
 250       delete fRecPoints;
 251       fRecPoints=0;
 252     }
 253
 254 }
 255 //______________________________________________________________________________
 256
 257 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 258 {
 259   //
 260   // Converts digits to recpoints for TOF
 261   //
 262
 263   TStopwatch stopwatch;
 264   stopwatch.Start();
 265
 266   Int_t inholes = 0;
 267
 268   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 269
 270   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 271   if (fTreeD == 0x0)
 272     {
 273       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 274     }
 275
 276   TBranch *branch = fTreeD->GetBranch("TOF");
 277   if (!branch) {
 278     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 279     return;
 280   }
 281
 282   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 283   staticdigits.Clear();
 284   TClonesArray *digits =&staticdigits;
 285   branch->SetAddress(&digits);
 286
 287   ResetRecpoint();
 288
 289   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 290   if (fTreeR == 0x0)
 291     {
 292       fTOFLoader->MakeTree("R");
 293       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 294     }
 295
 296   Int_t bufsize = 32000;
 297   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 298
 299   fTreeD->GetEvent(0);
 300   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 301   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 302
 303   Int_t ii;
 304   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 305   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 306   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 307   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 308     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 309     dig[0]=d->GetSector();
 310     dig[1]=d->GetPlate();
 311     dig[2]=d->GetStrip();
 312     dig[3]=d->GetPadz();
 313     dig[4]=d->GetPadx();
 314
 315     /* check valid index */
 316     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 317
 318     // Do not reconstruct anything in the holes
 319     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 320       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 321         inholes++;
 322         continue;
 323       }
 324     }
 325
 326     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 327
 328     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 329     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 330     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 331     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 332     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 333     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 334     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 335     Double_t posClus[3];
 336     Double_t covClus[6];
 337     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 338     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 339     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 340     InsertCluster(tofCluster);
 341
 342   }
 343
 344   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 345
 346   CalibrateRecPoint();
 347   FillRecPoint();
 348
 349   fTreeR->Fill();
 350   ResetRecpoint();
 351
 352   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 353   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 354
 355   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 356                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 357   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 358
 359 }
 360
 361 //______________________________________________________________________________
 362
 363 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 364 {
 365   //
 366   // Converts digits to recpoints for TOF
 367   //
 368
 369   TStopwatch stopwatch;
 370   stopwatch.Start();
 371
 372   Int_t inholes = 0;
 373
 374   ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 375
 376   if (digitsTree == 0x0)
 377     {
 378       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 379     }
 380
 381   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("TOF");
 382   if (!branch) {
 383     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 384     return;
 385   }
 386
 387   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 388   staticdigits.Clear();
 389   TClonesArray *digits = & staticdigits;
 390   branch->SetAddress(&digits);
 391
 392   ResetRecpoint();
 393
 394   fTreeR=clusterTree;
 395   Int_t bufsize = 32000;
 396   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 397
 398   digitsTree->GetEvent(0);
 399   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 400   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 401
 402   Int_t ii;
 403   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 404   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 405   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 406   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 407     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 408     dig[0]=d->GetSector();
 409     dig[1]=d->GetPlate();
 410     dig[2]=d->GetStrip();
 411     dig[3]=d->GetPadz();
 412     dig[4]=d->GetPadx();
 413
 414     /* check valid index */
 415     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 416
 417     // Do not reconstruct anything in the holes
 418     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 419       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 420         inholes++;
 421         continue;
 422       }
 423     }
 424
 425     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 426
 427     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 428     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 429     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 430     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 431     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 432     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 433     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 434
 435     Double_t posClus[3];
 436     Double_t covClus[6];
 437     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 438     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 439     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 440     InsertCluster(tofCluster);
 441
 442   }
 443
 444   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 445
 446   CalibrateRecPoint();
 447   FillRecPoint();
 448
 449   clusterTree->Fill();
 450   ResetRecpoint();
 451
 452   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 453                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 454   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 455
 456 }
 457 //______________________________________________________________________________
 458
 459 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 460                                            TTree *clustersTree)
 461 {
 462   //
 463   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 464   //
 465
 466   TStopwatch stopwatch;
 467   stopwatch.Start();
 468
 469   Int_t inholes = 0;
 470
 471   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 472
 473   ResetRecpoint();
 474
 475   Int_t bufsize = 32000;
 476   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 477
 478   TClonesArray * clonesRawData;
 479
 480   Int_t dummy = -1;
 481
 482   Int_t detectorIndex[5];
 483   Int_t parTOF[7];
 484
 485   ofstream ftxt;
 486   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 487
 488   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 489   fTOFRawStream.Clear();
 490   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 491
 492   if (fDecoderVersion)
 493     AliInfo("Using New Decoder");
 494
 495   Int_t indexDDL = 0;
 496   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 497
 498     rawReader->Reset();
 499     if (fDecoderVersion)
 500       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 501     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 502
 503     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 504
 505     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 506
 507       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 508
 509       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 510       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 511
 512       if (fVerbose==2) {
 513         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 514         else         ftxt << " " << indexDDL;
 515         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 516         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 517         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 518         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 519         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 520         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 521       }
 522
 523       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 524                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 525       dummy = detectorIndex[3];
 526       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 527       detectorIndex[4] = dummy;
 528
 529       if (fVerbose==2) {
 530         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 531         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 532         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 533         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 534         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 535         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 536         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 537         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 538       }
 539
 540     /* check valid index */
 541     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 542
 543       // Do not reconstruct anything in the holes
 544       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 545         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 546           inholes++;
 547           continue;
 548         }
 549       }
 550
 551       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 552       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 553       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 554       parTOF[3] = -1;//raw data: no track of undecalib sim time
 555       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 556       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 557       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 558       Double_t posClus[3];
 559       Double_t covClus[6];
 560       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 561       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 562       Bool_t status=kTRUE;
 563       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 564       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 565       InsertCluster(tofCluster);
 566
 567       if (fVerbose==2) {
 568         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 569         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 570         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 571         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 572         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 573         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 574         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 575       }
 576
 577     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 578
 579     clonesRawData->Clear();
 580
 581   } // closed loop on DDL index
 582
 583   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 584
 585   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 586
 587   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 588   FillRecPoint();
 589
 590   clustersTree->Fill();
 591
 592   ResetRecpoint();
 593
 594   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 595                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 596   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 597
 598 }
 599 //______________________________________________________________________________
 600
 601 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 602 {
 603   //
 604   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 605   //
 606
 607   TStopwatch stopwatch;
 608   stopwatch.Start();
 609
 610   Int_t inholes = 0;
 611
 612   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 613
 614   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 615
 616   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 617
 618   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 619
 620   if (fTreeR == 0x0){
 621     fTOFLoader->MakeTree("R");
 622     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 623   }
 624
 625   Int_t bufsize = 32000;
 626   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 627
 628   TClonesArray * clonesRawData;
 629
 630   Int_t dummy = -1;
 631
 632   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 633   Int_t parTOF[7];
 634   ofstream ftxt;
 635   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 636
 637   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 638   fTOFRawStream.Clear();
 639   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 640
 641   if (fDecoderVersion)
 642     AliInfo("Using New Decoder");
 643
 644   Int_t indexDDL = 0;
 645   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 646
 647     rawReader->Reset();
 648     if (fDecoderVersion)
 649       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 650     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 651
 652     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 653
 654     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 655
 656       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 657
 658       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 659       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 660
 661       if (fVerbose==2) {
 662         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 663         else         ftxt << " " << indexDDL;
 664         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 665         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 666         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 667         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 668         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 669         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 670       }
 671
 672       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 673                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 674       dummy = detectorIndex[3];
 675       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 676       detectorIndex[4] = dummy;
 677
 678       if (fVerbose==2) {
 679         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 680         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 681         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 682         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 683         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 684         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 685         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 686         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 687       }
 688
 689     /* check valid index */
 690     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 691
 692       // Do not reconstruct anything in the holes
 693       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 694         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 695           inholes++;
 696           continue;
 697         }
 698       }
 699
 700       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 701       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 702       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 703       parTOF[3] = -1; //raw data: no track of the undecalib sim time
 704       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 705       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 706       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 707       Double_t posClus[3];
 708       Double_t covClus[6];
 709       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 710       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 711       Bool_t status=kTRUE;
 712       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 713       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 714       InsertCluster(tofCluster);
 715
 716       if (fVerbose==2) {
 717         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 718         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 719         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 720         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 721         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 722         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 723         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 724       }
 725
 726     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 727
 728     clonesRawData->Clear();
 729
 730   } // closed loop on DDL index
 731
 732   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 733
 734   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 735
 736   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 737   FillRecPoint();
 738
 739   fTreeR->Fill();
 740   ResetRecpoint();
 741
 742   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 743   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 744
 745   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 746                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 747   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 748
 749 }
 750 //______________________________________________________________________________
 751
 752 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 753 {
 754   //
 755   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 756   //
 757   //             (temporary solution)
 758   //
 759
 760   TStopwatch stopwatch;
 761   stopwatch.Start();
 762
 763   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 764
 765   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 766
 767   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 768   if (fTreeD)
 769     {
 770     AliInfo("TreeD re-creation");
 771     fTreeD = 0x0;
 772     fTOFLoader->MakeTree("D");
 773     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 774     }
 775
 776   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 777   Int_t bufsize = 32000;
 778   fTreeD->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 779
 780   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 781
 782   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 783
 784   TClonesArray * clonesRawData;
 785
 786   Int_t dummy = -1;
 787
 788   Int_t detectorIndex[5];
 789   Int_t digit[4];
 790
 791   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 792   fTOFRawStream.Clear();
 793   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 794
 795   if (fDecoderVersion)
 796     AliInfo("Using New Decoder");
 797
 798   Int_t indexDDL = 0;
 799   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 800
 801     rawReader->Reset();
 802     if (fDecoderVersion)
 803       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 804     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 805
 806     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 807
 808     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 809
 810       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 811
 812       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 813       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 814
 815       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 816                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 817       dummy = detectorIndex[3];
 818       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 819       detectorIndex[4] = dummy;
 820
 821       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 822       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 823       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 824       digit[3] = -1;
 825
 826       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 827
 828       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 829       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 830       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 831
 832     } // while loop
 833
 834     clonesRawData->Clear();
 835
 836   } // DDL Loop
 837
 838   fTreeD->Fill();
 839
 840   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 841   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 842
 843   delete tofDigits;
 844
 845   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 846                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 847
 848 }
 849
 850 //______________________________________________________________________________
 851
 852 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 853 {
 854   //
 855   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 856   //
 857   //
 858
 859   TStopwatch stopwatch;
 860   stopwatch.Start();
 861
 862   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 863
 864   if (!digitsTree)
 865     {
 866     AliError("No input digits Tree");
 867     return;
 868     }
 869
 870   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 871   Int_t bufsize = 32000;
 872   digitsTree->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 873
 874   TClonesArray * clonesRawData;
 875
 876   Int_t dummy = -1;
 877
 878   Int_t detectorIndex[5];
 879   Int_t digit[4];
 880
 881   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 882   fTOFRawStream.Clear();
 883   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 884
 885   if (fDecoderVersion)
 886     AliInfo("Using New Decoder");
 887
 888   Int_t indexDDL = 0;
 889   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 890
 891     rawReader->Reset();
 892     if (fDecoderVersion)
 893       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 894     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 895
 896     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 897
 898     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 899
 900       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 901
 902       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 903       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 904
 905       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 906                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 907       dummy = detectorIndex[3];
 908       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 909       detectorIndex[4] = dummy;
 910
 911       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 912       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 913       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 914       digit[3] = -1;
 915
 916       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 917
 918       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 919       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 920       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 921
 922     } // while loop
 923
 924     clonesRawData->Clear();
 925
 926   } // DDL Loop
 927
 928   digitsTree->Fill();
 929
 930   delete tofDigits;
 931
 932   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 933   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 934                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 935
 936 }
 937 //______________________________________________________________________________
 938
 939 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 940   //---------------------------------------------------------------------------//
 941   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 942   //---------------------------------------------------------------------------//
 943   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 944     AliError("Too many clusters !");
 945     return 1;
 946   }
 947
 948   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 949     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 950     return 0;
 951   }
 952
 953   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
 954   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
 955   fTofClusters[ii] = tofCluster;
 956   fNumberOfTofClusters++;
 957
 958   return 0;
 959
 960 }
 961 //_________________________________________________________________________
 962
 963 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
 964   //--------------------------------------------------------------------
 965   // This function returns the index of the nearest cluster in z
 966   //--------------------------------------------------------------------
 967   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
 968   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
 969   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
 970   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
 971   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
 972     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
 973     else e=m;
 974   }
 975
 976   return m;
 977
 978 }
 979 //_________________________________________________________________________
 980
 981 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
 982 {
 983   //
 984   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
 985   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
 986   // i.e. fRecPoints.
 987   //
 988
 989   Int_t ii, jj;
 990
 991   Int_t detectorIndex[5];
 992   Int_t parTOF[7];
 993   Int_t trackLabels[3];
 994   Int_t digitIndex = -1;
 995   Bool_t status=kTRUE;
 996
 997   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
 998
 999   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1000
1001     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1002     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1003     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1004     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1005     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1006     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1007     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1008     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1009     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1010     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1011     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1012     Double_t posClus[3];
1013     Double_t covClus[6];
1014     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1015     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1016     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1017
1018     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1019                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1020                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1021                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1022                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1023                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1024                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1025                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1026                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1027                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1028                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1029                      status, digitIndex));
1030
1031   } // loop on clusters
1032
1033 }
1034
1035 //_________________________________________________________________________
1036 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1037 {
1038   //
1039   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1040   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1041   // i.e. fRecPoints.
1042   //
1043
1044   Int_t ii, jj;
1045
1046   Int_t detectorIndex[5];
1047   Int_t digitIndex = -1;
1048   Double_t tToT;
1049   Double_t timeCorr;
1050   Int_t   tdcCorr;
1051   Float_t tdcLatencyWindow;
1052   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1053
1054   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1055   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1056   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1057
1058   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1059   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1060   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1061   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1062   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1063   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1064
1065   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1066   Int_t calibration = -1;
1067   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1068     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1069     calibration = 1;
1070   } else {
1071     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1072     calibration = 0 ;
1073   }
1074
1075   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1076     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1077     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1078
1079     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1080
1081     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1082     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1083     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1084     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1085     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1086
1087     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1088
1089     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1090     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1091       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1092       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1093     }
1094     else {
1095       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1096     }
1097     // Get Rough channel online equalization
1098     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1099     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1100     // Get Refined channel offline calibration parameters
1101     if (calibration ==1){
1102       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1103       Double_t par[6];
1104       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1105         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1106      }
1107       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1108       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1109       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1110       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1111
1112       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1113       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1114       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1115
1116       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1117       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1118     }
1119     else {
1120       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1121     }
1122     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1123     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1124     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1125     timeCorr*=1.E3;
1126     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1127
1128     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1129      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1130      * is in ps.
1131      *
1132      * the following corrections are performed in this way:
1133      *
1134      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1135      *
1136      */
1137
1138     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1139     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1140     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1141     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1142     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1143
1144     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1145     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1146     /* L0L1-latency correction */
1147     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1148     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1149     timeCorr += ctpLatency;
1150     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1151     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1152     /* T0 correction (from OCDB) */
1153     timeCorr -= t0;
1154
1155     /*
1156      * end of furhter corrections
1157      */
1158
1159     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1160     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1161   } // loop on clusters
1162
1163 }
1164 //______________________________________________________________________________
1165
1166 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1167 {
1168   //
1169   // Clear the list of reconstructed points
1170   //
1171
1172   fNumberOfTofClusters = 0;
1173   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1174
1175 }
1176 //______________________________________________________________________________
1177
1178 void AliTOFClusterFinder::Load()
1179 {
1180   //
1181   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1182   //
1183
1184   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1185   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1186
1187 }
1188 //______________________________________________________________________________
1189
1190 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1191 {
1192   //
1193   // Load TOF.RecPoints.root file
1194   //
1195
1196   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1197
1198 }
1199 //______________________________________________________________________________
1200
1201 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1202 {
1203   //
1204   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1205   //
1206
1207   fTOFLoader->UnloadDigits();
1208   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1209
1210 }
1211 //______________________________________________________________________________
1212
1213 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1214 {
1215   //
1216   // Unload TOF.RecPoints.root file
1217   //
1218
1219   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1220
1221 }
1222 //-------------------------------------------------------------------------
1223 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1224
1225   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1226   //
1227   // Detector numbering scheme
1228   Int_t nSector = 18;
1229   Int_t nPlate  = 5;
1230   Int_t nStripA = 15;
1231   Int_t nStripB = 19;
1232   Int_t nStripC = 19;
1233
1234   Int_t isector =ind[0];
1235   if (isector >= nSector)
1236     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1237   Int_t iplate = ind[1];
1238   if (iplate >= nPlate)
1239     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1240   Int_t istrip = ind[2];
1241
1242   Int_t stripOffset = 0;
1243   switch (iplate) {
1244   case 0:
1245     stripOffset = 0;
1246     break;
1247   case 1:
1248     stripOffset = nStripC;
1249     break;
1250   case 2:
1251     stripOffset = nStripC+nStripB;
1252     break;
1253   case 3:
1254     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1255     break;
1256   case 4:
1257     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1258     break;
1259   default:
1260     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1261     break;
1262   };
1263
1264   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1265                stripOffset +
1266                istrip;
1267
1268   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1269   return volIndex;
1270 }
1271 //
1272 //-------------------------------------------------------------------------
1273 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1274
1275   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1276   //
1277   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1278   //
1279   //
1280   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1281   //
1282   //
1283   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1284   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1285   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1286   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1287
1288   // -----------------------------------------------------   |
1289   // x <-----------------------------------------------------
1290
1291   /*
1292   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1293   Float_t localY = 0;
1294   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1295   */
1296   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1297   Float_t localY = 0;
1298   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1299   //move to the tracking ref system
1300
1301   Double_t lpos[3];
1302   lpos[0] = localX;
1303   lpos[1] = localY;
1304   lpos[2] = localZ;
1305
1306   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1307   // Get The position in the track ref system
1308   Double_t tpos[3];
1309   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1310   pos[0] = tpos[0];
1311   pos[1] = tpos[1];
1312   pos[2] = tpos[2];
1313
1314   //Get The cluster covariance in the track ref system
1315   Double_t lcov[9];
1316
1317   //cluster covariance in the local system:
1318   // sx2   0   0
1319   // 0     0   0
1320   // 0     0   sz2
1321
1322   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1323   lcov[1] = 0;
1324   lcov[2] = 0;
1325   lcov[3] = 0;
1326   lcov[4] = 0;
1327   lcov[5] = 0;
1328   lcov[6] = 0;
1329   lcov[7] = 0;
1330   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1331
1332   //cluster covariance in the tracking system:
1333   TGeoHMatrix m;
1334   m.SetRotation(lcov);
1335   m.Multiply(l2t);
1336   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1337   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1338   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1339   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1340   cov[5] = tcov[8];
1341
1342   return;
1343
1344 }