TOF/AliTOFClusterFinder.cxx

   1 /***************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log: AliTOFClusterFinder.cxx,v $
  18 Revision 1.31  2007/11/24 14:53:19  zampolli
  19 Status flag implemented as UChar_t
  20
  21 Revision 1.30  2007/10/04 13:08:52  arcelli
  22 updates to comply with AliTOFGeometryV5 becoming AliTOFGeometry
  23
  24 Revision 1.29  2007/10/03 10:42:33  arcelli
  25 updates to handle new AliTOFcluster, inheriting form AliCluster3D
  26
  27 Revision 1.28  2007/05/31 16:06:05  arcelli
  28 move instance of AliRawStream outside loop on DDL
  29
  30 Revision 1.27  2007/05/02 16:31:49  arcelli
  31 Add methods to handle single event reconstruction.  retrieval of Calib
  32 info moved to AliTOFReconstructor ctor, and passed via a pointer to
  33 AliTOFcalib
  34
  35 Revision 1.26  2007/04/30 19:02:24  arcelli
  36 hopefully the last refinements for correct type conversion in calibration
  37
  38 Revision 1.25  2007/04/30 15:22:17  arcelli
  39 Change TOF digit Time, Tot etc to int type
  40
  41 Revision 1.24  2007/04/27 11:19:31  arcelli
  42 updates for the new decoder
  43
  44 Revision 1.23  2007/04/23 16:51:39  decaro
  45 Digits-to-raw_data conversion: correction for a more real description
  46 (A.De Caro, R.Preghenella)
  47
  48 Revision 1.22  2007/04/19 17:26:32  arcelli
  49 Fix a bug (add some debug printout
  50
  51 Revision 1.21  2007/04/18 17:28:12  arcelli
  52 Set the ToT bin width to the one actually used...
  53
  54 Revision 1.20  2007/03/09 09:57:23  arcelli
  55  Remove a forgotten include of Riostrem
  56
  57 Revision 1.19  2007/03/08 15:41:20  arcelli
  58 set uncorrected times when filling RecPoints
  59
  60 Revision 1.18  2007/03/06 16:31:20  arcelli
  61 Add Uncorrected TOF Time signal
  62
  63 Revision 1.17  2007/02/28 18:09:11  arcelli
  64 Add protection against failed retrieval of the CDB cal object,
  65 now Reconstruction exits with AliFatal
  66
  67 Revision 1.16  2007/02/20 15:57:00  decaro
  68 Raw data update: to read the TOF raw data defined in UNPACKED mode
  69
  70
  71 Revision 0.03  2005/07/28 A. De Caro
  72          Implement public method
  73          Raw2Digits(Int_t, AliRawReader *)
  74          to convert digits from raw data in MC digits
  75          (temporary solution)
  76
  77 Revision 0.02  2005/07/27 A. De Caro
  78          Implement public method
  79          Digits2RecPoint(Int_t)
  80          to convert digits in clusters
  81
  82 Revision 0.02  2005/07/26 A. De Caro
  83          Implement private methods
  84          InsertCluster(AliTOFcluster *)
  85          FindClusterIndex(Double_t)
  86          originally implemented in AliTOFtracker
  87          by S. Arcelli and C. Zampolli
  88
  89 Revision 0.01  2005/07/25 A. De Caro
  90          Implement public methods
  91          Digits2RecPoint(AliRawReader *, TTree *)
  92          Digits2RecPoint(Int_t, AliRawReader *)
  93          to convert raw data in clusters
  94  */
  95
  96 ////////////////////////////////////////////////////////////////
  97 //                                                            //
  98 //         Class for TOF cluster finder                       //
  99 //                                                            //
 100 // Starting from Raw Data, create rec points,                 //
 101 //                         fill TreeR for TOF,                //
 102 //                         write TOF.RecPoints.root file      //
 103 //                                                            //
 104 ////////////////////////////////////////////////////////////////
 105
 106 #include "Riostream.h"
 107
 108 #include "TClonesArray.h"
 109 #include "TStopwatch.h"
 110 #include "TTree.h"
 111 //#include <TGeoManager.h>
 112 #include <TGeoMatrix.h>
 113 //#include <TGeoPhysicalNode.h>
 114
 115 #include "AliDAQ.h"
 116 #include "AliLoader.h"
 117 #include "AliLog.h"
 118 #include "AliRawReader.h"
 119 #include "AliRunLoader.h"
 120 //#include "AliAlignObj.h"
 121 #include <AliGeomManager.h>
 122
 123 #include "AliTOFcalib.h"
 124 #include "AliTOFChannelOnlineArray.h"
 125 #include "AliTOFChannelOnlineStatusArray.h"
 126 #include "AliTOFChannelOffline.h"
 127 #include "AliTOFClusterFinder.h"
 128 #include "AliTOFcluster.h"
 129 #include "AliTOFdigit.h"
 130 #include "AliTOFGeometry.h"
 131 #include "AliTOFrawData.h"
 132 //#include "AliTOFRawStream.h"
 133
 134 #include "AliTOFDeltaBCOffset.h"
 135 #include "AliTOFCTPLatency.h"
 136 #include "AliTOFRunParams.h"
 137
 138 //extern TFile *gFile;
 139
 140 ClassImp(AliTOFClusterFinder)
 141
 142 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliTOFcalib *calib):
 143   fRunLoader(0),
 144   fTOFLoader(0),
 145   fTreeD(0),
 146   fTreeR(0),
 147   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 148   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 149   fNumberOfTofClusters(0),
 150   fVerbose(0),
 151   fDecoderVersion(0),
 152   fTOFcalib(calib),
 153   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 154 {
 155 //
 156 // Constructor
 157 //
 158
 159   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 160   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 161     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 162   } else {
 163     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 164   }
 165
 166 }
 167
 168 //______________________________________________________________________________
 169
 170 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(AliRunLoader* runLoader, AliTOFcalib *calib):
 171   fRunLoader(runLoader),
 172   fTOFLoader(runLoader->GetLoader("TOFLoader")),
 173   fTreeD(0),
 174   fTreeR(0),
 175   fDigits(new TClonesArray("AliTOFdigit", 4000)),
 176   fRecPoints(new TClonesArray("AliTOFcluster", 4000)),
 177   fNumberOfTofClusters(0),
 178   fVerbose(0),
 179   fDecoderVersion(0),
 180   fTOFcalib(calib),
 181   fTOFRawStream(AliTOFRawStream())
 182 {
 183 //
 184 // Constructor
 185 //
 186
 187   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
 188   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
 189     AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
 190   } else {
 191     AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
 192   }
 193
 194 }
 195
 196 //------------------------------------------------------------------------
 197 AliTOFClusterFinder::AliTOFClusterFinder(const AliTOFClusterFinder &source)
 198   :TObject(source),
 199   fRunLoader(0),
 200   fTOFLoader(0),
 201   fTreeD(0),
 202   fTreeR(0),
 203   fDigits(source.fDigits),
 204   fRecPoints(source.fRecPoints),
 205   fNumberOfTofClusters(0),
 206   fVerbose(0),
 207   fDecoderVersion(source.fDecoderVersion),
 208   fTOFcalib(source.fTOFcalib),
 209   fTOFRawStream(source.fTOFRawStream)
 210 {
 211   // copy constructor
 212 }
 213
 214 //------------------------------------------------------------------------
 215 AliTOFClusterFinder& AliTOFClusterFinder::operator=(const AliTOFClusterFinder &source)
 216 {
 217   // ass. op.
 218
 219   if (this == &source)
 220     return *this;
 221
 222   TObject::operator=(source);
 223   fDigits=source.fDigits;
 224   fRecPoints=source.fRecPoints;
 225   fVerbose=source.fVerbose;
 226   fDecoderVersion=source.fDecoderVersion;
 227   fTOFcalib=source.fTOFcalib;
 228   fTOFRawStream=source.fTOFRawStream;
 229   return *this;
 230
 231 }
 232 //______________________________________________________________________________
 233
 234 AliTOFClusterFinder::~AliTOFClusterFinder()
 235 {
 236
 237   //
 238   // Destructor
 239   //
 240
 241   if (fDigits)
 242     {
 243       fDigits->Delete();
 244       delete fDigits;
 245       fDigits=0;
 246     }
 247   if (fRecPoints)
 248     {
 249       fRecPoints->Delete();
 250       delete fRecPoints;
 251       fRecPoints=0;
 252     }
 253
 254   if (fTofClusters || fNumberOfTofClusters) {
 255     for (Int_t ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++)
 256       if (fTofClusters[ii]) fTofClusters[ii]->Delete();
 257     fNumberOfTofClusters=0;
 258    }
 259
 260 }
 261 //______________________________________________________________________________
 262
 263 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent)
 264 {
 265   //
 266   // Converts digits to recpoints for TOF
 267   //
 268
 269   TStopwatch stopwatch;
 270   stopwatch.Start();
 271
 272   Int_t inholes = 0;
 273
 274   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 275
 276   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 277   if (fTreeD == 0x0)
 278     {
 279       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 280     }
 281
 282   TBranch *branch = fTreeD->GetBranch("TOF");
 283   if (!branch) {
 284     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 285     return;
 286   }
 287
 288   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 289   staticdigits.Clear();
 290   TClonesArray *digits =&staticdigits;
 291   branch->SetAddress(&digits);
 292
 293   ResetRecpoint();
 294
 295   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 296   if (fTreeR == 0x0)
 297     {
 298       fTOFLoader->MakeTree("R");
 299       fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 300     }
 301
 302   Int_t bufsize = 32000;
 303   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 304
 305   fTreeD->GetEvent(0);
 306   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 307   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 308
 309   Int_t ii;
 310   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 311   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 312   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 313   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 314     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 315     dig[0]=d->GetSector();
 316     dig[1]=d->GetPlate();
 317     dig[2]=d->GetStrip();
 318     dig[3]=d->GetPadz();
 319     dig[4]=d->GetPadx();
 320
 321     /* check valid index */
 322     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 323
 324     // Do not reconstruct anything in the holes
 325     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 326       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 327         inholes++;
 328         continue;
 329       }
 330     }
 331
 332     AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 333
 334     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 335     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 336     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 337     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 338     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 339     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 340     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 341     Double_t posClus[3];
 342     Double_t covClus[6];
 343     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 344     GetClusterPars(dig, posClus,covClus);
 345     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 346     InsertCluster(tofCluster);
 347
 348   }
 349
 350   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 351
 352   CalibrateRecPoint();
 353   FillRecPoint();
 354
 355   fTreeR->Fill();
 356   ResetRecpoint();
 357
 358   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 359   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 360
 361   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 362                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 363   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 364
 365 }
 366
 367 //______________________________________________________________________________
 368
 369 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(TTree* digitsTree, TTree* clusterTree)
 370 {
 371   //
 372   // Converts digits to recpoints for TOF
 373   //
 374
 375   TStopwatch stopwatch;
 376   stopwatch.Start();
 377
 378   Int_t inholes = 0;
 379
 380   ///  fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 381
 382   if (digitsTree == 0x0)
 383     {
 384       AliFatal("AliTOFClusterFinder: Can not get TreeD");
 385     }
 386
 387   TBranch *branch = digitsTree->GetBranch("TOF");
 388   if (!branch) {
 389     AliError("can't get the branch with the TOF digits !");
 390     return;
 391   }
 392
 393   TClonesArray staticdigits("AliTOFdigit",10000);
 394   staticdigits.Clear();
 395   TClonesArray *digits = & staticdigits;
 396   branch->SetAddress(&digits);
 397
 398   ResetRecpoint();
 399
 400   fTreeR=clusterTree;
 401   Int_t bufsize = 32000;
 402   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 403
 404   digitsTree->GetEvent(0);
 405   Int_t nDigits = digits->GetEntriesFast();
 406   AliDebug(2,Form("Number of TOF digits: %d",nDigits));
 407
 408   Int_t ii;
 409   Int_t dig[5]; //cluster detector indeces
 410   Int_t  parTOF[7]; //The TOF signal parameters
 411   Bool_t status=kTRUE; // assume all sim channels ok in the beginning...
 412   for (ii=0; ii<nDigits; ii++) {
 413     AliTOFdigit *d = (AliTOFdigit*)digits->UncheckedAt(ii);
 414     dig[0]=d->GetSector();
 415     dig[1]=d->GetPlate();
 416     dig[2]=d->GetStrip();
 417     dig[3]=d->GetPadz();
 418     dig[4]=d->GetPadx();
 419
 420     /* check valid index */
 421     if (dig[0]==-1||dig[1]==-1||dig[2]==-1||dig[3]==-1||dig[4]==-1) continue;
 422
 423     // Do not reconstruct anything in the holes
 424     if (dig[0]==13 || dig[0]==14 || dig[0]==15 ) { // sectors with holes
 425       if (dig[1]==2) { // plate with holes
 426         inholes++;
 427         continue;
 428       }
 429     }
 430
 431     //    AliDebug(2,Form(" %2d  %1d  %2d  %1d  %2d ",dig[0],dig[1],dig[2],dig[3],dig[4]));
 432
 433     parTOF[0] = d->GetTdc(); //the TDC signal
 434     parTOF[1] = d->GetToT(); //the ToT signal
 435     parTOF[2] = d->GetAdc(); // the adc charge
 436     parTOF[3] = d->GetTdcND(); // non decalibrated sim time
 437     parTOF[4] = d->GetTdc(); // raw time, == Tdc time for the moment
 438     parTOF[5] = 0; // deltaBC
 439     parTOF[6] = 0; // L0-L1 latency
 440
 441     Double_t posClus[3];
 442     Double_t covClus[6];
 443     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(dig);
 444     GetClusterPars(dig,posClus,covClus);
 445     AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],d->GetTracks(),dig,parTOF,status,ii);
 446     InsertCluster(tofCluster);
 447
 448   }
 449
 450   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 451
 452   CalibrateRecPoint();
 453   FillRecPoint();
 454
 455   clusterTree->Fill();
 456   ResetRecpoint();
 457
 458   AliDebug(1,Form("Execution time to read TOF digits and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 459                   stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 460   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 461
 462 }
 463 //______________________________________________________________________________
 464
 465 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(AliRawReader *rawReader,
 466                                            TTree *clustersTree)
 467 {
 468   //
 469   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 470   //
 471
 472   TStopwatch stopwatch;
 473   stopwatch.Start();
 474
 475   Int_t inholes = 0;
 476
 477   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 478
 479   ResetRecpoint();
 480
 481   Int_t bufsize = 32000;
 482   clustersTree->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 483
 484   TClonesArray * clonesRawData;
 485
 486   Int_t dummy = -1;
 487
 488   Int_t detectorIndex[5];
 489   Int_t parTOF[7];
 490
 491   ofstream ftxt;
 492   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 493
 494   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 495   fTOFRawStream.Clear();
 496   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 497
 498   if (fDecoderVersion)
 499     AliInfo("Using New Decoder");
 500
 501   Int_t indexDDL = 0;
 502   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 503
 504     rawReader->Reset();
 505     if (fDecoderVersion)
 506       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 507     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 508
 509     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 510
 511     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 512
 513       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 514
 515       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 516       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 517
 518       if (fVerbose==2) {
 519         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 520         else         ftxt << " " << indexDDL;
 521         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 522         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 523         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 524         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 525         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 526         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 527       }
 528
 529       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 530                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 531       dummy = detectorIndex[3];
 532       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 533       detectorIndex[4] = dummy;
 534
 535       if (fVerbose==2) {
 536         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 537         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 538         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 539         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 540         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 541         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 542         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 543         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 544       }
 545
 546     /* check valid index */
 547     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 548
 549       // Do not reconstruct anything in the holes
 550       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 551         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 552           inholes++;
 553           continue;
 554         }
 555       }
 556
 557       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); //TDC
 558       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 559       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); //ADC==TOF
 560       parTOF[3] = -1;//raw data: no track of undecalib sim time
 561       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // RAW time
 562       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 563       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 564       Double_t posClus[3];
 565       Double_t covClus[6];
 566       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 567       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 568       Bool_t status=kTRUE;
 569       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 570       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 571       InsertCluster(tofCluster);
 572
 573       if (fVerbose==2) {
 574         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 575         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 576         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 577         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 578         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 579         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 580         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 581       }
 582
 583     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 584
 585     clonesRawData->Clear();
 586
 587   } // closed loop on DDL index
 588
 589   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 590
 591   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d", fNumberOfTofClusters));
 592
 593   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 594   FillRecPoint();
 595
 596   clustersTree->Fill();
 597
 598   ResetRecpoint();
 599
 600   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 601                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 602   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 603
 604 }
 605 //______________________________________________________________________________
 606
 607 void AliTOFClusterFinder::Digits2RecPoints(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 608 {
 609   //
 610   // Converts RAW data to recpoints for TOF
 611   //
 612
 613   TStopwatch stopwatch;
 614   stopwatch.Start();
 615
 616   Int_t inholes = 0;
 617
 618   const Int_t kDDL = AliDAQ::NumberOfDdls("TOF");
 619
 620   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 621
 622   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 623
 624   fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 625
 626   if (fTreeR == 0x0){
 627     fTOFLoader->MakeTree("R");
 628     fTreeR = fTOFLoader->TreeR();
 629   }
 630
 631   Int_t bufsize = 32000;
 632   fTreeR->Branch("TOF", &fRecPoints, bufsize);
 633
 634   TClonesArray * clonesRawData;
 635
 636   Int_t dummy = -1;
 637
 638   Int_t detectorIndex[5] = {-1, -1, -1, -1, -1};
 639   Int_t parTOF[7];
 640   ofstream ftxt;
 641   if (fVerbose==2) ftxt.open("TOFdigitsRead.txt",ios::app);
 642
 643   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 644   fTOFRawStream.Clear();
 645   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 646
 647   if (fDecoderVersion)
 648     AliInfo("Using New Decoder");
 649
 650   Int_t indexDDL = 0;
 651   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 652
 653     rawReader->Reset();
 654     if (fDecoderVersion)
 655       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 656     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 657
 658     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 659
 660     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 661
 662       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 663
 664       //if (tofRawDatum->GetTOT()==-1 || tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 665       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 666
 667       if (fVerbose==2) {
 668         if (indexDDL<10) ftxt << "  " << indexDDL;
 669         else         ftxt << " " << indexDDL;
 670         if (tofRawDatum->GetTRM()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRM();
 671         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTRM();
 672         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTRMchain();
 673         if (tofRawDatum->GetTDC()<10) ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDC();
 674         else         ftxt << " " << tofRawDatum->GetTDC();
 675         ftxt << "  " << tofRawDatum->GetTDCchannel();
 676       }
 677
 678       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 679                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 680       dummy = detectorIndex[3];
 681       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 682       detectorIndex[4] = dummy;
 683
 684       if (fVerbose==2) {
 685         if (detectorIndex[0]<10) ftxt  << "  ->  " << detectorIndex[0];
 686         else              ftxt  << "  -> " << detectorIndex[0];
 687         ftxt << "  " << detectorIndex[1];
 688         if (detectorIndex[2]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[2];
 689         else              ftxt << " " << detectorIndex[2];
 690         ftxt << "  " << detectorIndex[3];
 691         if (detectorIndex[4]<10) ftxt << "  " << detectorIndex[4];
 692         else              ftxt << " " << detectorIndex[4];
 693       }
 694
 695     /* check valid index */
 696     if (detectorIndex[0]==-1||detectorIndex[1]==-1||detectorIndex[2]==-1||detectorIndex[3]==-1||detectorIndex[4]==-1) continue;
 697
 698       // Do not reconstruct anything in the holes
 699       if (detectorIndex[0]==13 || detectorIndex[0]==14 || detectorIndex[0]==15 ) { // sectors with holes
 700         if (detectorIndex[1]==2) { // plate with holes
 701           inholes++;
 702           continue;
 703         }
 704       }
 705
 706       parTOF[0] = tofRawDatum->GetTOF(); // TDC
 707       parTOF[1] = tofRawDatum->GetTOT(); // TOT
 708       parTOF[2] = tofRawDatum->GetTOT(); // raw data have ADC=TOT
 709       parTOF[3] = -1; //raw data: no track of the undecalib sim time
 710       parTOF[4] = tofRawDatum->GetTOF(); // Raw time == TDC
 711       parTOF[5] = tofRawDatum->GetDeltaBC(); // deltaBC
 712       parTOF[6] = tofRawDatum->GetL0L1Latency(); // L0-L1 latency
 713       Double_t posClus[3];
 714       Double_t covClus[6];
 715       UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
 716       Int_t lab[3]={-1,-1,-1};
 717       Bool_t status=kTRUE;
 718       GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
 719       AliTOFcluster *tofCluster = new AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],lab,detectorIndex,parTOF,status,-1);
 720       InsertCluster(tofCluster);
 721
 722       if (fVerbose==2) {
 723         if (parTOF[1]<10)ftxt << "        " << parTOF[1];
 724         else if (parTOF[1]>=10 && parTOF[1]<100) ftxt << "      " << parTOF[1];
 725         else ftxt << "      " << parTOF[1];
 726         if (parTOF[0]<10) ftxt << "      " << parTOF[0] << endl;
 727         else if (parTOF[0]>=10 && parTOF[0]<100)   ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 728         else if (parTOF[0]>=100 && parTOF[0]<1000) ftxt << "    " << parTOF[0] << endl;
 729         else ftxt << "   " << parTOF[3] << endl;
 730       }
 731
 732     } // closed loop on TOF raw data per current DDL file
 733
 734     clonesRawData->Clear();
 735
 736   } // closed loop on DDL index
 737
 738   if (fVerbose==2) ftxt.close();
 739
 740   AliDebug(1,Form("Number of found clusters: %d for event: %d", fNumberOfTofClusters, iEvent));
 741
 742   CalibrateRecPoint(rawReader->GetTimestamp());
 743   FillRecPoint();
 744
 745   fTreeR->Fill();
 746   ResetRecpoint();
 747
 748   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 749   fTOFLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
 750
 751   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.4fs C:%.4fs",
 752                stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 753   if (inholes) AliWarning(Form("Clusters in the TOF holes: %d",inholes));
 754
 755 }
 756 //______________________________________________________________________________
 757
 758 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(Int_t iEvent, AliRawReader *rawReader)
 759 {
 760   //
 761   // Converts RAW data to MC digits for TOF
 762   //
 763   //             (temporary solution)
 764   //
 765
 766   TStopwatch stopwatch;
 767   stopwatch.Start();
 768
 769   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 770
 771   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 772
 773   fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 774   if (fTreeD)
 775     {
 776     AliInfo("TreeD re-creation");
 777     fTreeD = 0x0;
 778     fTOFLoader->MakeTree("D");
 779     fTreeD = fTOFLoader->TreeD();
 780     }
 781
 782   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 783   Int_t bufsize = 32000;
 784   fTreeD->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 785
 786   fRunLoader->GetEvent(iEvent);
 787
 788   AliDebug(2,Form(" Event number %2d ", iEvent));
 789
 790   TClonesArray * clonesRawData;
 791
 792   Int_t dummy = -1;
 793
 794   Int_t detectorIndex[5];
 795   Int_t digit[4];
 796
 797   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 798   fTOFRawStream.Clear();
 799   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 800
 801   if (fDecoderVersion)
 802     AliInfo("Using New Decoder");
 803
 804   Int_t indexDDL = 0;
 805   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 806
 807     rawReader->Reset();
 808     if (fDecoderVersion)
 809       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 810     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 811
 812     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 813
 814     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 815
 816       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 817
 818       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 819       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 820
 821       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 822                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 823       dummy = detectorIndex[3];
 824       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 825       detectorIndex[4] = dummy;
 826
 827       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 828       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 829       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 830       digit[3] = -1;
 831
 832       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 833
 834       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 835       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 836       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 837
 838     } // while loop
 839
 840     clonesRawData->Clear();
 841
 842   } // DDL Loop
 843
 844   fTreeD->Fill();
 845
 846   fTOFLoader = fRunLoader->GetLoader("TOFLoader");
 847   fTOFLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
 848
 849   delete tofDigits;
 850
 851   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and to write TOF clusters : R:%.2fs C:%.2fs",
 852                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 853
 854 }
 855
 856 //______________________________________________________________________________
 857
 858 void AliTOFClusterFinder::Raw2Digits(AliRawReader *rawReader, TTree* digitsTree)
 859 {
 860   //
 861   // Converts RAW data to MC digits for TOF for the current event
 862   //
 863   //
 864
 865   TStopwatch stopwatch;
 866   stopwatch.Start();
 867
 868   const Int_t kDDL = AliTOFGeometry::NDDL()*AliTOFGeometry::NSectors();
 869
 870   if (!digitsTree)
 871     {
 872     AliError("No input digits Tree");
 873     return;
 874     }
 875
 876   TClonesArray *tofDigits = new TClonesArray("AliTOFdigit",10000);
 877   Int_t bufsize = 32000;
 878   digitsTree->Branch("TOF", &tofDigits, bufsize);
 879
 880   TClonesArray * clonesRawData;
 881
 882   Int_t dummy = -1;
 883
 884   Int_t detectorIndex[5];
 885   Int_t digit[4];
 886
 887   //AliTOFRawStream tofInput(rawReader);
 888   fTOFRawStream.Clear();
 889   fTOFRawStream.SetRawReader(rawReader);
 890
 891   if (fDecoderVersion)
 892     AliInfo("Using New Decoder");
 893
 894   Int_t indexDDL = 0;
 895   for (indexDDL = 0; indexDDL < kDDL; indexDDL++) {
 896
 897     rawReader->Reset();
 898     if (fDecoderVersion)
 899       fTOFRawStream.LoadRawDataBuffers(indexDDL,fVerbose);
 900     else fTOFRawStream.LoadRawData(indexDDL);
 901
 902     clonesRawData = (TClonesArray*)fTOFRawStream.GetRawData();
 903
 904     for (Int_t iRawData = 0; iRawData<clonesRawData->GetEntriesFast(); iRawData++) {
 905
 906       AliTOFrawData *tofRawDatum = (AliTOFrawData*)clonesRawData->UncheckedAt(iRawData);
 907
 908       //if (!tofRawDatum->GetTOT() || !tofRawDatum->GetTOF()) continue;
 909       if (tofRawDatum->GetTOF()==-1) continue;
 910
 911       fTOFRawStream.EquipmentId2VolumeId(indexDDL, tofRawDatum->GetTRM(), tofRawDatum->GetTRMchain(),
 912                                          tofRawDatum->GetTDC(), tofRawDatum->GetTDCchannel(), detectorIndex);
 913       dummy = detectorIndex[3];
 914       detectorIndex[3] = detectorIndex[4];
 915       detectorIndex[4] = dummy;
 916
 917       digit[0] = fTOFRawStream.GetTofBin();
 918       digit[1] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 919       digit[2] = fTOFRawStream.GetToTbin();
 920       digit[3] = -1;
 921
 922       Int_t tracknum[3]={-1,-1,-1};
 923
 924       TClonesArray &aDigits = *tofDigits;
 925       Int_t last=tofDigits->GetEntriesFast();
 926       new (aDigits[last]) AliTOFdigit(tracknum, detectorIndex, digit);
 927
 928     } // while loop
 929
 930     clonesRawData->Clear();
 931
 932   } // DDL Loop
 933
 934   digitsTree->Fill();
 935
 936   delete tofDigits;
 937
 938   AliDebug(1, Form("Got %d digits: ", fDigits->GetEntries()));
 939   AliDebug(1, Form("Execution time to read TOF raw data and fill TOF digit tree : R:%.2fs C:%.2fs",
 940                    stopwatch.RealTime(),stopwatch.CpuTime()));
 941
 942 }
 943 //______________________________________________________________________________
 944
 945 Int_t AliTOFClusterFinder::InsertCluster(AliTOFcluster *tofCluster) {
 946   //---------------------------------------------------------------------------//
 947   // This function adds a TOF cluster to the array of TOF clusters sorted in Z //
 948   //---------------------------------------------------------------------------//
 949   if (fNumberOfTofClusters==kTofMaxCluster) {
 950     AliError("Too many clusters !");
 951     return 1;
 952   }
 953
 954   if (fNumberOfTofClusters==0) {
 955     fTofClusters[fNumberOfTofClusters++] = tofCluster;
 956     return 0;
 957   }
 958
 959   Int_t ii = FindClusterIndex(tofCluster->GetZ());
 960   memmove(fTofClusters+ii+1 ,fTofClusters+ii,(fNumberOfTofClusters-ii)*sizeof(AliTOFcluster*));
 961   fTofClusters[ii] = tofCluster;
 962   fNumberOfTofClusters++;
 963
 964   return 0;
 965
 966 }
 967 //_________________________________________________________________________
 968
 969 Int_t AliTOFClusterFinder::FindClusterIndex(Double_t z) const {
 970   //--------------------------------------------------------------------
 971   // This function returns the index of the nearest cluster in z
 972   //--------------------------------------------------------------------
 973   if (fNumberOfTofClusters==0) return 0;
 974   if (z <= fTofClusters[0]->GetZ()) return 0;
 975   if (z > fTofClusters[fNumberOfTofClusters-1]->GetZ()) return fNumberOfTofClusters;
 976   Int_t b = 0, e = fNumberOfTofClusters-1, m = (b+e)/2;
 977   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
 978     if (z > fTofClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
 979     else e=m;
 980   }
 981
 982   return m;
 983
 984 }
 985 //_________________________________________________________________________
 986
 987 void AliTOFClusterFinder::FillRecPoint()
 988 {
 989   //
 990   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
 991   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
 992   // i.e. fRecPoints.
 993   //
 994
 995   Int_t ii, jj;
 996
 997   Int_t detectorIndex[5];
 998   Int_t parTOF[7];
 999   Int_t trackLabels[3];
1000   Int_t digitIndex = -1;
1001   Bool_t status=kTRUE;
1002
1003   TClonesArray &lRecPoints = *fRecPoints;
1004
1005   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1006
1007     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1008     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1009     for(jj=0; jj<3; jj++) trackLabels[jj] = fTofClusters[ii]->GetLabel(jj);
1010     parTOF[0] = fTofClusters[ii]->GetTDC(); // TDC
1011     parTOF[1] = fTofClusters[ii]->GetToT(); // TOT
1012     parTOF[2] = fTofClusters[ii]->GetADC(); // ADC=TOT
1013     parTOF[3] = fTofClusters[ii]->GetTDCND(); // TDCND
1014     parTOF[4] = fTofClusters[ii]->GetTDCRAW();//RAW
1015     parTOF[5] = fTofClusters[ii]->GetDeltaBC();//deltaBC
1016     parTOF[6] = fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency();//L0-L1 latency
1017     status=fTofClusters[ii]->GetStatus();
1018     Double_t posClus[3];
1019     Double_t covClus[6];
1020     UShort_t volIdClus=GetClusterVolIndex(detectorIndex);
1021     GetClusterPars(detectorIndex,posClus,covClus);
1022     new(lRecPoints[ii]) AliTOFcluster(volIdClus,posClus[0],posClus[1],posClus[2],covClus[0],covClus[1],covClus[2],covClus[3],covClus[4],covClus[5],trackLabels,detectorIndex, parTOF,status,digitIndex);
1023
1024     AliDebug(2, Form(" %4d  %4d  %f %f %f  %f %f %f %f %f %f  %3d %3d %3d  %2d %1d %2d %1d %2d  %4d %3d %3d %4d %4d  %1d  %4d",
1025                      ii, volIdClus, posClus[0], posClus[1], posClus[2],
1026                      fTofClusters[ii]->GetSigmaX2(),
1027                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXY(),
1028                      fTofClusters[ii]->GetSigmaXZ(),
1029                      fTofClusters[ii]->GetSigmaY2(),
1030                      fTofClusters[ii]->GetSigmaYZ(),
1031                      fTofClusters[ii]->GetSigmaZ2(),
1032                      trackLabels[0], trackLabels[1], trackLabels[2],
1033                      detectorIndex[0], detectorIndex[1], detectorIndex[2], detectorIndex[3], detectorIndex[4],
1034                      parTOF[0], parTOF[1], parTOF[2], parTOF[3], parTOF[4],
1035                      status, digitIndex));
1036
1037   } // loop on clusters
1038
1039 }
1040
1041 //_________________________________________________________________________
1042 void AliTOFClusterFinder::CalibrateRecPoint(UInt_t timestamp)
1043 {
1044   //
1045   // Copy the global array of AliTOFcluster, i.e. fTofClusters (sorted
1046   // in Z) in the global TClonesArray of AliTOFcluster,
1047   // i.e. fRecPoints.
1048   //
1049
1050   Int_t ii, jj;
1051
1052   Int_t detectorIndex[5];
1053   Int_t digitIndex = -1;
1054   Double_t tToT;
1055   Double_t timeCorr;
1056   Int_t   tdcCorr;
1057   Float_t tdcLatencyWindow;
1058   AliDebug(1," Calibrating TOF Clusters");
1059
1060   AliTOFChannelOnlineArray *calDelay = fTOFcalib->GetTOFOnlineDelay();
1061   AliTOFChannelOnlineStatusArray *calStatus = fTOFcalib->GetTOFOnlineStatus();
1062   TObjArray *calTOFArrayOffline = fTOFcalib->GetTOFCalArrayOffline();
1063
1064   AliTOFDeltaBCOffset *deltaBCOffsetObj = fTOFcalib->GetDeltaBCOffset();
1065   Int_t deltaBCOffset = deltaBCOffsetObj->GetDeltaBCOffset();
1066   AliTOFCTPLatency *ctpLatencyObj = fTOFcalib->GetCTPLatency();
1067   Float_t ctpLatency = ctpLatencyObj->GetCTPLatency();
1068   AliTOFRunParams *runParamsObj = fTOFcalib->GetRunParams();
1069   Float_t t0 = runParamsObj->EvalT0(timestamp);
1070
1071   TString validity = (TString)fTOFcalib->GetOfflineValidity();
1072   Int_t calibration = -1;
1073   if (validity.CompareTo("valid")==0) {
1074     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using offline calibration parameters",validity.Data()));
1075     calibration = 1;
1076   } else {
1077     //AliInfo(Form(" validity = %s - Using online calibration parameters",validity.Data()));
1078     calibration = 0 ;
1079   }
1080
1081   for (ii=0; ii<fNumberOfTofClusters; ii++) {
1082     digitIndex = fTofClusters[ii]->GetIndex();
1083     for(jj=0; jj<5; jj++) detectorIndex[jj] = fTofClusters[ii]->GetDetInd(jj);
1084
1085     Int_t index = AliTOFGeometry::GetIndex(detectorIndex);
1086
1087     UChar_t statusPulser=calStatus->GetPulserStatus(index);
1088     UChar_t statusNoise=calStatus->GetNoiseStatus(index);
1089     UChar_t statusHW=calStatus->GetHWStatus(index);
1090     UChar_t status=calStatus->GetStatus(index);
1091     tdcLatencyWindow = calStatus->GetLatencyWindow(index) * 1.e3; /* ns -> ps */
1092
1093     //check the status, also unknown is fine!!!!!!!
1094
1095     AliDebug(2, Form(" Status for channel %d = %d",index, (Int_t)status));
1096     if((statusPulser & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFPulserBad)||(statusNoise & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFNoiseBad)||(statusHW & AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)==(AliTOFChannelOnlineStatusArray::kTOFHWBad)){
1097       AliDebug(2, Form(" Bad Status for channel %d",index));
1098       fTofClusters[ii]->SetStatus(kFALSE); //odd convention, to avoid conflict with calibration objects currently in the db (temporary solution).
1099     }
1100     else {
1101       AliDebug(2, Form(" Good Status for channel %d",index));
1102     }
1103     // Get Rough channel online equalization
1104     Double_t roughDelay=(Double_t)calDelay->GetDelay(index);  // in ns
1105     AliDebug(2,Form(" channel delay (ns) = %f", roughDelay));
1106     // Get Refined channel offline calibration parameters
1107     if (calibration ==1){
1108       AliTOFChannelOffline * calChannelOffline = (AliTOFChannelOffline*)calTOFArrayOffline->At(index);
1109       Double_t par[6];
1110       for (Int_t j = 0; j<6; j++){
1111         par[j]=(Double_t)calChannelOffline->GetSlewPar(j);
1112      }
1113       AliDebug(2,Form(" Calib Pars = %f, %f, %f, %f, %f, %f ",par[0],par[1],par[2],par[3],par[4],par[5]));
1114       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (counts) = %d , %d", fTofClusters[ii]->GetToT(),fTofClusters[ii]->GetTDC()));
1115       tToT = (Double_t)(fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth());
1116       tToT*=1.E-3; //ToT in ns
1117
1118       /* check TOT limits and set new TOT in case */
1119       if (tToT < AliTOFGeometry::SlewTOTMin()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMin();
1120       if (tToT > AliTOFGeometry::SlewTOTMax()) tToT = AliTOFGeometry::SlewTOTMax();
1121
1122       AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,tToT));
1123       timeCorr=par[0]+par[1]*tToT+par[2]*tToT*tToT+par[3]*tToT*tToT*tToT+par[4]*tToT*tToT*tToT*tToT+par[5]*tToT*tToT*tToT*tToT*tToT; // the time correction (ns)
1124     }
1125     else {
1126       timeCorr = roughDelay; // correction in ns
1127     }
1128     AliDebug(2,Form(" The ToT and Time, uncorr (ns)= %e, %e",fTofClusters[ii]->GetTDC()*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3,fTofClusters[ii]->GetToT()*AliTOFGeometry::ToTBinWidth()));
1129     AliDebug(2,Form(" The time correction (ns) = %f", timeCorr));
1130     timeCorr=(Double_t)(fTofClusters[ii]->GetTDC())*AliTOFGeometry::TdcBinWidth()*1.E-3-timeCorr;//redefine the time
1131     timeCorr*=1.E3;
1132     AliDebug(2,Form(" The channel time, corr (ps)= %e",timeCorr ));
1133
1134     /* here timeCorr should be already corrected for calibration.
1135      * we now go into further corrections keeping in mind that timeCorr
1136      * is in ps.
1137      *
1138      * the following corrections are performed in this way:
1139      *
1140      *    time = timeRaw - deltaBC + L0L1Latency + CTPLatency - TDCLatencyWindow - T0
1141      *
1142      */
1143
1144     AliDebug(2, Form("applying further corrections (DeltaBC): DeltaBC=%d (BC bins), DeltaBCoffset=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetDeltaBC(), deltaBCOffset));
1145     AliDebug(2, Form("applying further corrections (L0L1Latency): L0L1Latency=%d (BC bins)", fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency()));
1146     AliDebug(2, Form("applying further corrections (CTPLatency): CTPLatency=%f (ps)", ctpLatency));
1147     AliDebug(2, Form("applying further corrections (TDCLatencyWindow): TDCLatencyWindow=%f (ps)", tdcLatencyWindow));
1148     AliDebug(2, Form("applying further corrections (T0): T0=%f (ps)", t0));
1149
1150     /* deltaBC correction (inhibited for the time being) */
1151     //    timeCorr -= (fTofClusters[ii]->GetDeltaBC() - deltaBCOffset) * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1152     /* L0L1-latency correction */
1153     timeCorr += fTofClusters[ii]->GetL0L1Latency() * AliTOFGeometry::BunchCrossingBinWidth();
1154     /* CTP-latency correction (from OCDB) */
1155     timeCorr += ctpLatency;
1156     /* TDC latency-window correction (from OCDB) */
1157     timeCorr -= tdcLatencyWindow;
1158     /* T0 correction (from OCDB) */
1159     timeCorr -= t0;
1160
1161     /*
1162      * end of furhter corrections
1163      */
1164
1165     tdcCorr=(Int_t)(timeCorr/AliTOFGeometry::TdcBinWidth()); //the corrected time (tdc counts)
1166     fTofClusters[ii]->SetTDC(tdcCorr);
1167   } // loop on clusters
1168
1169 }
1170 //______________________________________________________________________________
1171
1172 void AliTOFClusterFinder::ResetRecpoint()
1173 {
1174   //
1175   // Clear the list of reconstructed points
1176   //
1177
1178   fNumberOfTofClusters = 0;
1179   if (fRecPoints) fRecPoints->Clear();
1180
1181 }
1182 //______________________________________________________________________________
1183
1184 void AliTOFClusterFinder::Load()
1185 {
1186   //
1187   // Load TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1188   //
1189
1190   fTOFLoader->LoadDigits("READ");
1191   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1192
1193 }
1194 //______________________________________________________________________________
1195
1196 void AliTOFClusterFinder::LoadClusters()
1197 {
1198   //
1199   // Load TOF.RecPoints.root file
1200   //
1201
1202   fTOFLoader->LoadRecPoints("recreate");
1203
1204 }
1205 //______________________________________________________________________________
1206
1207 void AliTOFClusterFinder::UnLoad()
1208 {
1209   //
1210   // Unload TOF.Digits.root and TOF.RecPoints.root files
1211   //
1212
1213   fTOFLoader->UnloadDigits();
1214   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1215
1216 }
1217 //______________________________________________________________________________
1218
1219 void AliTOFClusterFinder::UnLoadClusters()
1220 {
1221   //
1222   // Unload TOF.RecPoints.root file
1223   //
1224
1225   fTOFLoader->UnloadRecPoints();
1226
1227 }
1228 //-------------------------------------------------------------------------
1229 UShort_t AliTOFClusterFinder::GetClusterVolIndex(const Int_t * const ind) const {
1230
1231   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1232   //
1233   // Detector numbering scheme
1234   Int_t nSector = 18;
1235   Int_t nPlate  = 5;
1236   Int_t nStripA = 15;
1237   Int_t nStripB = 19;
1238   Int_t nStripC = 19;
1239
1240   Int_t isector =ind[0];
1241   if (isector >= nSector)
1242     AliError(Form("Wrong sector number in TOF (%d) !",isector));
1243   Int_t iplate = ind[1];
1244   if (iplate >= nPlate)
1245     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1246   Int_t istrip = ind[2];
1247
1248   Int_t stripOffset = 0;
1249   switch (iplate) {
1250   case 0:
1251     stripOffset = 0;
1252     break;
1253   case 1:
1254     stripOffset = nStripC;
1255     break;
1256   case 2:
1257     stripOffset = nStripC+nStripB;
1258     break;
1259   case 3:
1260     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA;
1261     break;
1262   case 4:
1263     stripOffset = nStripC+nStripB+nStripA+nStripB;
1264     break;
1265   default:
1266     AliError(Form("Wrong plate number in TOF (%d) !",iplate));
1267     break;
1268   };
1269
1270   Int_t index= (2*(nStripC+nStripB)+nStripA)*isector +
1271                stripOffset +
1272                istrip;
1273
1274   UShort_t volIndex = AliGeomManager::LayerToVolUID(AliGeomManager::kTOF,index);
1275   return volIndex;
1276 }
1277 //
1278 //-------------------------------------------------------------------------
1279 void AliTOFClusterFinder::GetClusterPars(Int_t *ind, Double_t* pos,Double_t* cov) const {
1280
1281   //First of all get the volume ID to retrieve the l2t transformation...
1282   //
1283   UShort_t volIndex = GetClusterVolIndex(ind);
1284   //
1285   //
1286   //we now go in the system of the strip: determine the local coordinates
1287   //
1288   //
1289   // 47---------------------------------------------------0  ^ z
1290   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 1 |
1291   // -----------------------------------------------------   | y going outwards
1292   // | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | 0 |  par[0]=0;
1293
1294   // -----------------------------------------------------   |
1295   // x <-----------------------------------------------------
1296
1297   /*
1298   Float_t localX = (ind[4]-23.5)*AliTOFGeometry::XPad();
1299   Float_t localY = 0;
1300   Float_t localZ = (ind[3]- 0.5)*AliTOFGeometry::ZPad();
1301   */
1302   Float_t localX = (ind[4]-AliTOFGeometry::NpadX()/2)*AliTOFGeometry::XPad()+AliTOFGeometry::XPad()/2.;
1303   Float_t localY = 0;
1304   Float_t localZ = (ind[3]-AliTOFGeometry::NpadZ()/2)*AliTOFGeometry::ZPad()+AliTOFGeometry::ZPad()/2.;
1305   //move to the tracking ref system
1306
1307   Double_t lpos[3];
1308   lpos[0] = localX;
1309   lpos[1] = localY;
1310   lpos[2] = localZ;
1311
1312   const TGeoHMatrix *l2t= AliGeomManager::GetTracking2LocalMatrix(volIndex);
1313   // Get The position in the track ref system
1314   Double_t tpos[3];
1315   l2t->MasterToLocal(lpos,tpos);
1316   pos[0] = tpos[0];
1317   pos[1] = tpos[1];
1318   pos[2] = tpos[2];
1319
1320   //Get The cluster covariance in the track ref system
1321   Double_t lcov[9];
1322
1323   //cluster covariance in the local system:
1324   // sx2   0   0
1325   // 0     0   0
1326   // 0     0   sz2
1327
1328   lcov[0] = AliTOFGeometry::XPad()*AliTOFGeometry::XPad()/12.;
1329   lcov[1] = 0;
1330   lcov[2] = 0;
1331   lcov[3] = 0;
1332   lcov[4] = 0;
1333   lcov[5] = 0;
1334   lcov[6] = 0;
1335   lcov[7] = 0;
1336   lcov[8] = AliTOFGeometry::ZPad()*AliTOFGeometry::ZPad()/12.;
1337
1338   //cluster covariance in the tracking system:
1339   TGeoHMatrix m;
1340   m.SetRotation(lcov);
1341   m.Multiply(l2t);
1342   m.MultiplyLeft(&l2t->Inverse());
1343   Double_t *tcov = m.GetRotationMatrix();
1344   cov[0] = tcov[0]; cov[1] = tcov[1]; cov[2] = tcov[2];
1345   cov[3] = tcov[4]; cov[4] = tcov[5];
1346   cov[5] = tcov[8];
1347
1348   return;
1349
1350 }