TPC/AliTPC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /*
  17 $Log$
  18 Revision 1.46  2001/11/07 06:47:12  kowal2
  19 Removed printouts
  20
  21 Revision 1.45  2001/11/03 13:33:48  kowal2
  22 Updated algorithms in Hits2SDigits, SDigits2Digits,
  23 Hits2ExactClusters.
  24 Added method Merge
  25
  26 Revision 1.44  2001/08/30 09:28:48  hristov
  27 TTree names are explicitly set via SetName(name) and then Write() is called
  28
  29 Revision 1.43  2001/07/28 12:02:54  hristov
  30 Branch split level set to 99
  31
  32 Revision 1.42  2001/07/28 11:38:52  hristov
  33 Loop variable declared once
  34
  35 Revision 1.41  2001/07/28 10:53:50  hristov
  36 Digitisation done according to the general scheme (M.Ivanov)
  37
  38 Revision 1.40  2001/07/27 13:03:14  hristov
  39 Default Branch split level set to 99
  40
  41 Revision 1.39  2001/07/26 09:09:34  kowal2
  42 Hits2Reco method added
  43
  44 Revision 1.38  2001/07/20 14:32:43  kowal2
  45 Processing of many events possible now
  46
  47 Revision 1.37  2001/06/12 07:17:18  kowal2
  48 Hits2SDigits method implemented (summable digits)
  49
  50 Revision 1.36  2001/05/16 14:57:25  alibrary
  51 New files for folders and Stack
  52
  53 Revision 1.35  2001/05/08 16:02:22  kowal2
  54 Updated material specifications
  55
  56 Revision 1.34  2001/05/08 15:00:15  hristov
  57 Corrections for tracking in arbitrary magnenetic field. Changes towards a concept of global Alice track. Back propagation of reconstructed tracks (Yu.Belikov)
  58
  59 Revision 1.33  2001/04/03 12:40:43  kowal2
  60 Removed printouts
  61
  62 Revision 1.32  2001/03/12 17:47:36  hristov
  63 Changes needed on Sun with CC 5.0
  64
  65 Revision 1.31  2001/03/12 08:21:50  kowal2
  66 Corrected C++ bug in the material definitions
  67
  68 Revision 1.30  2001/03/01 17:34:47  kowal2
  69 Correction due to the accuracy problem
  70
  71 Revision 1.29  2001/02/28 16:34:40  kowal2
  72 Protection against nonphysical values of the avalanche size,
  73 10**6 is the maximum
  74
  75 Revision 1.28  2001/01/26 19:57:19  hristov
  76 Major upgrade of AliRoot code
  77
  78 Revision 1.27  2001/01/13 17:29:33  kowal2
  79 Sun compiler correction
  80
  81 Revision 1.26  2001/01/10 07:59:43  kowal2
  82 Corrections to load points from the noncompressed hits.
  83
  84 Revision 1.25  2000/11/02 07:25:31  kowal2
  85 Changes due to the new hit structure.
  86 Memory leak removed.
  87
  88 Revision 1.24  2000/10/05 16:06:09  kowal2
  89 Forward declarations. Changes due to a new class AliComplexCluster.
  90
  91 Revision 1.23  2000/10/02 21:28:18  fca
  92 Removal of useless dependecies via forward declarations
  93
  94 Revision 1.22  2000/07/10 20:57:39  hristov
  95 Update of TPC code and macros by M.Kowalski
  96
  97 Revision 1.19.2.4  2000/06/26 07:39:42  kowal2
  98 Changes to obey the coding rules
  99
 100 Revision 1.19.2.3  2000/06/25 08:38:41  kowal2
 101 Splitted from AliTPCtracking
 102
 103 Revision 1.19.2.2  2000/06/16 12:59:28  kowal2
 104 Changed parameter settings
 105
 106 Revision 1.19.2.1  2000/06/09 07:15:07  kowal2
 107
 108 Defaults loaded automatically (hard-wired)
 109 Optional parameters can be set via macro called in the constructor
 110
 111 Revision 1.19  2000/04/18 19:00:59  fca
 112 Small bug fixes to TPC files
 113
 114 Revision 1.18  2000/04/17 09:37:33  kowal2
 115 removed obsolete AliTPCDigitsDisplay.C
 116
 117 Revision 1.17.2.2  2000/04/10 08:15:12  kowal2
 118
 119 New, experimental data structure from M. Ivanov
 120 New tracking algorithm
 121 Different pad geometry for different sectors
 122 Digitization rewritten
 123
 124 Revision 1.17.2.1  2000/04/10 07:56:53  kowal2
 125 Not used anymore - removed
 126
 127 Revision 1.17  2000/01/19 17:17:30  fca
 128 Introducing a list of lists of hits -- more hits allowed for detector now
 129
 130 Revision 1.16  1999/11/05 09:29:23  fca
 131 Accept only signals > 0
 132
 133 Revision 1.15  1999/10/08 06:26:53  fca
 134 Removed ClustersIndex - not used anymore
 135
 136 Revision 1.14  1999/09/29 09:24:33  fca
 137 Introduction of the Copyright and cvs Log
 138
 139 */
 140
 141 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 142 //                                                                           //
 143 //  Time Projection Chamber                                                  //
 144 //  This class contains the basic functions for the Time Projection Chamber  //
 145 //  detector. Functions specific to one particular geometry are              //
 146 //  contained in the derived classes                                         //
 147 //                                                                           //
 148 //Begin_Html
 149 /*
 150 <img src="picts/AliTPCClass.gif">
 151 */
 152 //End_Html
 153 //                                                                           //
 154 //                                                                          //
 155 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 156
 157 //
 158
 159 #include <TMath.h>
 160 #include <TRandom.h>
 161 #include <TVector.h>
 162 #include <TMatrix.h>
 163 #include <TGeometry.h>
 164 #include <TNode.h>
 165 #include <TTUBS.h>
 166 #include <TObjectTable.h>
 167 #include "TParticle.h"
 168 #include "AliTPC.h"
 169 #include <TFile.h>
 170 #include <TROOT.h>
 171 #include <TSystem.h>
 172 #include "AliRun.h"
 173 #include <iostream.h>
 174 #include <stdlib.h>
 175 #include <fstream.h>
 176 #include "AliMC.h"
 177 #include "AliMagF.h"
 178
 179
 180 #include "AliTPCParamSR.h"
 181 #include "AliTPCPRF2D.h"
 182 #include "AliTPCRF1D.h"
 183 #include "AliDigits.h"
 184 #include "AliSimDigits.h"
 185 #include "AliTPCTrackHits.h"
 186 #include "AliPoints.h"
 187 #include "AliArrayBranch.h"
 188
 189
 190 #include "AliTPCDigitsArray.h"
 191 #include "AliComplexCluster.h"
 192 #include "AliClusters.h"
 193 #include "AliTPCClustersRow.h"
 194 #include "AliTPCClustersArray.h"
 195
 196 #include "AliTPCcluster.h"
 197 #include "AliTPCclusterer.h"
 198 #include "AliTPCtracker.h"
 199
 200 #include <TInterpreter.h>
 201 #include <TTree.h>
 202
 203
 204
 205 ClassImp(AliTPC)
 206
 207 //_____________________________________________________________________________
 208 AliTPC::AliTPC()
 209 {
 210   //
 211   // Default constructor
 212   //
 213   fIshunt   = 0;
 214   fHits     = 0;
 215   fDigits   = 0;
 216   fNsectors = 0;
 217   //MI changes
 218   fDigitsArray = 0;
 219   fClustersArray = 0;
 220   fDefaults = 0;
 221   fTrackHits = 0;
 222   fHitType = 2;
 223   fTPCParam = 0;
 224 }
 225
 226 //_____________________________________________________________________________
 227 AliTPC::AliTPC(const char *name, const char *title)
 228       : AliDetector(name,title)
 229 {
 230   //
 231   // Standard constructor
 232   //
 233
 234   //
 235   // Initialise arrays of hits and digits
 236   fHits     = new TClonesArray("AliTPChit",  176);
 237   gAlice->AddHitList(fHits);
 238   //MI change
 239   fDigitsArray = 0;
 240   fClustersArray= 0;
 241   fDefaults = 0;
 242   //
 243   fTrackHits = new AliTPCTrackHits;  //MI - 13.09.2000
 244   fTrackHits->SetHitPrecision(0.002);
 245   fTrackHits->SetStepPrecision(0.003);
 246   fTrackHits->SetMaxDistance(100);
 247
 248   fHitType = 2;
 249   //
 250   // Initialise counters
 251   fNsectors = 0;
 252
 253   //
 254   fIshunt     =  0;
 255   //
 256   // Initialise color attributes
 257   SetMarkerColor(kYellow);
 258
 259   //
 260   //  Set TPC parameters
 261   //
 262
 263
 264   if (!strcmp(title,"Default")) {
 265     fTPCParam = new AliTPCParamSR;
 266   } else {
 267     cerr<<"AliTPC warning: in Config.C you must set non-default parameters\n";
 268     fTPCParam=0;
 269   }
 270
 271 }
 272
 273 //_____________________________________________________________________________
 274 AliTPC::~AliTPC()
 275 {
 276   //
 277   // TPC destructor
 278   //
 279
 280   fIshunt   = 0;
 281   delete fHits;
 282   delete fDigits;
 283   delete fTPCParam;
 284   delete fTrackHits; //MI 15.09.2000
 285 }
 286
 287 //_____________________________________________________________________________
 288 void AliTPC::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
 289 {
 290   //
 291   // Add a hit to the list
 292   //
 293   //  TClonesArray &lhits = *fHits;
 294   //  new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
 295   if (fHitType&1){
 296     TClonesArray &lhits = *fHits;
 297     new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
 298   }
 299   if (fHitType&2)
 300    AddHit2(track,vol,hits);
 301 }
 302
 303 //_____________________________________________________________________________
 304 void AliTPC::BuildGeometry()
 305 {
 306
 307   //
 308   // Build TPC ROOT TNode geometry for the event display
 309   //
 310   TNode *nNode, *nTop;
 311   TTUBS *tubs;
 312   Int_t i;
 313   const int kColorTPC=19;
 314   char name[5], title[25];
 315   const Double_t kDegrad=TMath::Pi()/180;
 316   const Double_t kRaddeg=180./TMath::Pi();
 317
 318
 319   Float_t innerOpenAngle = fTPCParam->GetInnerAngle();
 320   Float_t outerOpenAngle = fTPCParam->GetOuterAngle();
 321
 322   Float_t innerAngleShift = fTPCParam->GetInnerAngleShift();
 323   Float_t outerAngleShift = fTPCParam->GetOuterAngleShift();
 324
 325   Int_t nLo = fTPCParam->GetNInnerSector()/2;
 326   Int_t nHi = fTPCParam->GetNOuterSector()/2;
 327
 328   const Double_t kloAng = (Double_t)TMath::Nint(innerOpenAngle*kRaddeg);
 329   const Double_t khiAng = (Double_t)TMath::Nint(outerOpenAngle*kRaddeg);
 330   const Double_t kloAngSh = (Double_t)TMath::Nint(innerAngleShift*kRaddeg);
 331   const Double_t khiAngSh = (Double_t)TMath::Nint(outerAngleShift*kRaddeg);
 332
 333
 334   const Double_t kloCorr = 1/TMath::Cos(0.5*kloAng*kDegrad);
 335   const Double_t khiCorr = 1/TMath::Cos(0.5*khiAng*kDegrad);
 336
 337   Double_t rl,ru;
 338
 339
 340   //
 341   // Get ALICE top node
 342   //
 343
 344   nTop=gAlice->GetGeometry()->GetNode("alice");
 345
 346   //  inner sectors
 347
 348   rl = fTPCParam->GetInnerRadiusLow();
 349   ru = fTPCParam->GetInnerRadiusUp();
 350
 351
 352   for(i=0;i<nLo;i++) {
 353     sprintf(name,"LS%2.2d",i);
 354     name[4]='\0';
 355     sprintf(title,"TPC low sector %3d",i);
 356     title[24]='\0';
 357
 358     tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*kloCorr,ru*kloCorr,250.,
 359                      kloAng*(i-0.5)+kloAngSh,kloAng*(i+0.5)+kloAngSh);
 360     tubs->SetNumberOfDivisions(1);
 361     nTop->cd();
 362     nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
 363     nNode->SetLineColor(kColorTPC);
 364     fNodes->Add(nNode);
 365   }
 366
 367   // Outer sectors
 368
 369   rl = fTPCParam->GetOuterRadiusLow();
 370   ru = fTPCParam->GetOuterRadiusUp();
 371
 372   for(i=0;i<nHi;i++) {
 373     sprintf(name,"US%2.2d",i);
 374     name[4]='\0';
 375     sprintf(title,"TPC upper sector %d",i);
 376     title[24]='\0';
 377     tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*khiCorr,ru*khiCorr,250,
 378                      khiAng*(i-0.5)+khiAngSh,khiAng*(i+0.5)+khiAngSh);
 379     tubs->SetNumberOfDivisions(1);
 380     nTop->cd();
 381     nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
 382     nNode->SetLineColor(kColorTPC);
 383     fNodes->Add(nNode);
 384   }
 385
 386 }
 387
 388 //_____________________________________________________________________________
 389 Int_t AliTPC::DistancetoPrimitive(Int_t , Int_t )
 390 {
 391   //
 392   // Calculate distance from TPC to mouse on the display
 393   // Dummy procedure
 394   //
 395   return 9999;
 396 }
 397
 398 void AliTPC::Clusters2Tracks(TFile *of) {
 399   //-----------------------------------------------------------------
 400   // This is a track finder.
 401   //-----------------------------------------------------------------
 402   AliTPCtracker tracker(fTPCParam);
 403   tracker.Clusters2Tracks(gFile,of);
 404 }
 405
 406 //_____________________________________________________________________________
 407 void AliTPC::CreateMaterials()
 408 {
 409   //-----------------------------------------------
 410   // Create Materials for for TPC simulations
 411   //-----------------------------------------------
 412
 413   //-----------------------------------------------------------------
 414   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
 415   //-----------------------------------------------------------------
 416
 417   Int_t iSXFLD=gAlice->Field()->Integ();
 418   Float_t sXMGMX=gAlice->Field()->Max();
 419
 420   Float_t amat[5]; // atomic numbers
 421   Float_t zmat[5]; // z
 422   Float_t wmat[5]; // proportions
 423
 424   Float_t density;
 425   Float_t apure[2];
 426
 427
 428   //***************** Gases *************************
 429
 430   //-------------------------------------------------
 431   // pure gases
 432   //-------------------------------------------------
 433
 434   // Neon
 435
 436
 437   amat[0]= 20.18;
 438   zmat[0]= 10.;
 439   density = 0.0009;
 440
 441   apure[0]=amat[0];
 442
 443   AliMaterial(20,"Ne",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 444
 445   // Argon
 446
 447   amat[0]= 39.948;
 448   zmat[0]= 18.;
 449   density = 0.001782;
 450
 451   apure[1]=amat[0];
 452
 453   AliMaterial(21,"Ar",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 454
 455
 456   //--------------------------------------------------------------
 457   // gases - compounds
 458   //--------------------------------------------------------------
 459
 460   Float_t amol[3];
 461
 462   // CO2
 463
 464   amat[0]=12.011;
 465   amat[1]=15.9994;
 466
 467   zmat[0]=6.;
 468   zmat[1]=8.;
 469
 470   wmat[0]=1.;
 471   wmat[1]=2.;
 472
 473   density=0.001977;
 474
 475   amol[0] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 476
 477   AliMixture(10,"CO2",amat,zmat,density,-2,wmat);
 478
 479   // CF4
 480
 481   amat[0]=12.011;
 482   amat[1]=18.998;
 483
 484   zmat[0]=6.;
 485   zmat[1]=9.;
 486
 487   wmat[0]=1.;
 488   wmat[1]=4.;
 489
 490   density=0.003034;
 491
 492   amol[1] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 493
 494   AliMixture(11,"CF4",amat,zmat,density,-2,wmat);
 495
 496
 497   // CH4
 498
 499   amat[0]=12.011;
 500   amat[1]=1.;
 501
 502   zmat[0]=6.;
 503   zmat[1]=1.;
 504
 505   wmat[0]=1.;
 506   wmat[1]=4.;
 507
 508   density=0.000717;
 509
 510   amol[2] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 511
 512   AliMixture(12,"CH4",amat,zmat,density,-2,wmat);
 513
 514   //----------------------------------------------------------------
 515   // gases - mixtures, ID >= 20 pure gases, <= 10 ID < 20 -compounds
 516   //----------------------------------------------------------------
 517
 518   char namate[21];
 519   density = 0.;
 520   Float_t am=0;
 521   Int_t nc;
 522   Float_t rho,absl,X0,buf[1];
 523   Int_t nbuf;
 524   Float_t a,z;
 525
 526   for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
 527     {
 528
 529       // retrive material constants
 530
 531       gMC->Gfmate((*fIdmate)[fMixtComp[nc]],namate,a,z,rho,X0,absl,buf,nbuf);
 532
 533       amat[nc] = a;
 534       zmat[nc] = z;
 535
 536       Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
 537
 538       am += fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ? apure[nnc] : amol[nnc]);
 539       density += fMixtProp[nc]*rho;  // density of the mixture
 540
 541     }
 542
 543   // mixture proportions by weight!
 544
 545   for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
 546     {
 547
 548       Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
 549
 550       wmat[nc] = fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ?
 551                  apure[nnc] : amol[nnc])/am;
 552
 553     }
 554
 555   // Drift gases 1 - nonsensitive, 2 - sensitive
 556
 557   AliMixture(31,"Drift gas 1",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
 558   AliMixture(32,"Drift gas 2",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
 559
 560
 561   // Air
 562
 563   amat[0] = 14.61;
 564   zmat[0] = 7.3;
 565   density = 0.001205;
 566
 567   AliMaterial(24,"Air",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 568
 569
 570   //----------------------------------------------------------------------
 571   //               solid materials
 572   //----------------------------------------------------------------------
 573
 574
 575   // Kevlar C14H22O2N2
 576
 577   amat[0] = 12.011;
 578   amat[1] = 1.;
 579   amat[2] = 15.999;
 580   amat[3] = 14.006;
 581
 582   zmat[0] = 6.;
 583   zmat[1] = 1.;
 584   zmat[2] = 8.;
 585   zmat[3] = 7.;
 586
 587   wmat[0] = 14.;
 588   wmat[1] = 22.;
 589   wmat[2] = 2.;
 590   wmat[3] = 2.;
 591
 592   density = 1.45;
 593
 594   AliMixture(34,"Kevlar",amat,zmat,density,-4,wmat);
 595
 596   // NOMEX
 597
 598   amat[0] = 12.011;
 599   amat[1] = 1.;
 600   amat[2] = 15.999;
 601   amat[3] = 14.006;
 602
 603   zmat[0] = 6.;
 604   zmat[1] = 1.;
 605   zmat[2] = 8.;
 606   zmat[3] = 7.;
 607
 608   wmat[0] = 14.;
 609   wmat[1] = 22.;
 610   wmat[2] = 2.;
 611   wmat[3] = 2.;
 612
 613   density = 0.03;
 614
 615
 616   AliMixture(35,"NOMEX",amat,zmat,density,-4,wmat);
 617
 618   // Makrolon C16H18O3
 619
 620   amat[0] = 12.011;
 621   amat[1] = 1.;
 622   amat[2] = 15.999;
 623
 624   zmat[0] = 6.;
 625   zmat[1] = 1.;
 626   zmat[2] = 8.;
 627
 628   wmat[0] = 16.;
 629   wmat[1] = 18.;
 630   wmat[2] = 3.;
 631
 632   density = 1.2;
 633
 634   AliMixture(36,"Makrolon",amat,zmat,density,-3,wmat);
 635
 636   // Mylar C5H4O2
 637
 638   amat[0]=12.011;
 639   amat[1]=1.;
 640   amat[2]=15.9994;
 641
 642   zmat[0]=6.;
 643   zmat[1]=1.;
 644   zmat[2]=8.;
 645
 646   wmat[0]=5.;
 647   wmat[1]=4.;
 648   wmat[2]=2.;
 649
 650   density = 1.39;
 651
 652   AliMixture(37, "Mylar",amat,zmat,density,-3,wmat);
 653
 654   // SiO2 - used later for the glass fiber
 655
 656   amat[0]=28.086;
 657   amat[1]=15.9994;
 658
 659   zmat[0]=14.;
 660   zmat[1]=8.;
 661
 662   wmat[0]=1.;
 663   wmat[1]=2.;
 664
 665
 666   AliMixture(38,"SiO2",amat,zmat,2.2,-2,wmat); //SiO2 - quartz (rho=2.2)
 667
 668   // Al
 669
 670   amat[0] = 26.98;
 671   zmat[0] = 13.;
 672
 673   density = 2.7;
 674
 675   AliMaterial(40,"Al",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 676
 677   // Si
 678
 679   amat[0] = 28.086;
 680   zmat[0] = 14.;
 681
 682   density = 2.33;
 683
 684   AliMaterial(41,"Si",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 685
 686   // Cu
 687
 688   amat[0] = 63.546;
 689   zmat[0] = 29.;
 690
 691   density = 8.96;
 692
 693   AliMaterial(42,"Cu",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 694
 695   // Tedlar C2H3F
 696
 697   amat[0] = 12.011;
 698   amat[1] = 1.;
 699   amat[2] = 18.998;
 700
 701   zmat[0] = 6.;
 702   zmat[1] = 1.;
 703   zmat[2] = 9.;
 704
 705   wmat[0] = 2.;
 706   wmat[1] = 3.;
 707   wmat[2] = 1.;
 708
 709   density = 1.71;
 710
 711   AliMixture(43, "Tedlar",amat,zmat,density,-3,wmat);
 712
 713
 714   // Plexiglas  C5H8O2
 715
 716   amat[0]=12.011;
 717   amat[1]=1.;
 718   amat[2]=15.9994;
 719
 720   zmat[0]=6.;
 721   zmat[1]=1.;
 722   zmat[2]=8.;
 723
 724   wmat[0]=5.;
 725   wmat[1]=8.;
 726   wmat[2]=2.;
 727
 728   density=1.18;
 729
 730   AliMixture(44,"Plexiglas",amat,zmat,density,-3,wmat);
 731
 732   // Epoxy - C14 H20 O3
 733
 734
 735   amat[0]=12.011;
 736   amat[1]=1.;
 737   amat[2]=15.9994;
 738
 739   zmat[0]=6.;
 740   zmat[1]=1.;
 741   zmat[2]=8.;
 742
 743   wmat[0]=14.;
 744   wmat[1]=20.;
 745   wmat[2]=3.;
 746
 747   density=1.25;
 748
 749   AliMixture(45,"Epoxy",amat,zmat,density,-3,wmat);
 750
 751   // Carbon
 752
 753   amat[0]=12.011;
 754   zmat[0]=6.;
 755   density= 2.265;
 756
 757   AliMaterial(46,"C",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 758
 759   // get epoxy
 760
 761   gMC->Gfmate((*fIdmate)[45],namate,amat[1],zmat[1],rho,X0,absl,buf,nbuf);
 762
 763   // Carbon fiber
 764
 765   wmat[0]=0.644; // by weight!
 766   wmat[1]=0.356;
 767
 768   density=0.5*(1.25+2.265);
 769
 770   AliMixture(47,"Cfiber",amat,zmat,density,2,wmat);
 771
 772   // get SiO2
 773
 774   gMC->Gfmate((*fIdmate)[38],namate,amat[0],zmat[0],rho,X0,absl,buf,nbuf);
 775
 776   wmat[0]=0.725; // by weight!
 777   wmat[1]=0.275;
 778
 779   density=1.7;
 780
 781   AliMixture(39,"G10",amat,zmat,density,2,wmat);
 782
 783
 784
 785
 786   //----------------------------------------------------------
 787   // tracking media for gases
 788   //----------------------------------------------------------
 789
 790   AliMedium(0, "Air", 24, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .01, .1);
 791   AliMedium(1, "Drift gas 1", 31, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
 792   AliMedium(2, "Drift gas 2", 32, 1, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
 793   AliMedium(3,"CO2",10,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1, .001, .001);
 794
 795   //-----------------------------------------------------------
 796   // tracking media for solids
 797   //-----------------------------------------------------------
 798
 799   AliMedium(4,"Al",40,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 800   AliMedium(5,"Kevlar",34,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 801   AliMedium(6,"Nomex",35,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 802   AliMedium(7,"Makrolon",36,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 803   AliMedium(8,"Mylar",37,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 804   AliMedium(9,"Tedlar",43,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 805   AliMedium(10,"Cu",42,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 806   AliMedium(11,"Si",41,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 807   AliMedium(12,"G10",39,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 808   AliMedium(13,"Plexiglas",44,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 809   AliMedium(14,"Epoxy",45,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 810   AliMedium(15,"Cfiber",47,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 811
 812 }
 813
 814
 815 void AliTPC::Digits2Clusters(TFile *of, Int_t eventnumber)
 816 {
 817   //-----------------------------------------------------------------
 818   // This is a simple cluster finder.
 819   //-----------------------------------------------------------------
 820   AliTPCclusterer::Digits2Clusters(fTPCParam,of,eventnumber);
 821 }
 822
 823 extern Double_t SigmaY2(Double_t, Double_t, Double_t);
 824 extern Double_t SigmaZ2(Double_t, Double_t);
 825 //_____________________________________________________________________________
 826 void AliTPC::Hits2Clusters(TFile *of, Int_t eventn)
 827 {
 828   //--------------------------------------------------------
 829   // TPC simple cluster generator from hits
 830   // obtained from the TPC Fast Simulator
 831   // The point errors are taken from the parametrization
 832   //--------------------------------------------------------
 833
 834   //-----------------------------------------------------------------
 835   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
 836   //-----------------------------------------------------------------
 837   // Adopted to Marian's cluster data structure by I.Belikov, CERN,
 838   // Jouri.Belikov@cern.ch
 839   //----------------------------------------------------------------
 840
 841   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 842   //
 843   //---------------------------------------------------------------------
 844   //   ALICE TPC Cluster Parameters
 845   //--------------------------------------------------------------------
 846
 847
 848
 849   // Cluster width in rphi
 850   const Float_t kACrphi=0.18322;
 851   const Float_t kBCrphi=0.59551e-3;
 852   const Float_t kCCrphi=0.60952e-1;
 853   // Cluster width in z
 854   const Float_t kACz=0.19081;
 855   const Float_t kBCz=0.55938e-3;
 856   const Float_t kCCz=0.30428;
 857
 858   TDirectory *savedir=gDirectory;
 859
 860   if (!of->IsOpen()) {
 861      cerr<<"AliTPC::Hits2Clusters(): output file not open !\n";
 862      return;
 863   }
 864
 865   //if(fDefaults == 0) SetDefaults();
 866
 867   Float_t sigmaRphi,sigmaZ,clRphi,clZ;
 868   //
 869   TParticle *particle; // pointer to a given particle
 870   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
 871   Int_t sector;
 872   Int_t ipart;
 873   Float_t xyz[5];
 874   Float_t pl,pt,tanth,rpad,ratio;
 875   Float_t cph,sph;
 876
 877   //---------------------------------------------------------------
 878   //  Get the access to the tracks
 879   //---------------------------------------------------------------
 880
 881   TTree *tH = gAlice->TreeH();
 882   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
 883
 884   //Switch to the output file
 885   of->cd();
 886
 887   char   cname[100];
 888
 889   sprintf(cname,"TreeC_TPC_%d",eventn);
 890
 891   fTPCParam->Write(fTPCParam->GetTitle());
 892   AliTPCClustersArray carray;
 893   carray.Setup(fTPCParam);
 894   carray.SetClusterType("AliTPCcluster");
 895   carray.MakeTree();
 896
 897   Int_t nclusters=0; //cluster counter
 898
 899   //------------------------------------------------------------
 900   // Loop over all sectors (72 sectors for 20 deg
 901   // segmentation for both lower and upper sectors)
 902   // Sectors 0-35 are lower sectors, 0-17 z>0, 17-35 z<0
 903   // Sectors 36-71 are upper sectors, 36-53 z>0, 54-71 z<0
 904   //
 905   // First cluster for sector 0 starts at "0"
 906   //------------------------------------------------------------
 907
 908   for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++){
 909     //MI change
 910     fTPCParam->AdjustCosSin(isec,cph,sph);
 911
 912     //------------------------------------------------------------
 913     // Loop over tracks
 914     //------------------------------------------------------------
 915
 916     for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
 917       ResetHits();
 918       tH->GetEvent(track);
 919       //
 920       //  Get number of the TPC hits
 921       //
 922       // nhits=fHits->GetEntriesFast();
 923       //
 924
 925        tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
 926
 927       // Loop over hits
 928       //
 929        //   for(Int_t hit=0;hit<nhits;hit++){
 930        //tpcHit=(AliTPChit*)fHits->UncheckedAt(hit);
 931
 932        while(tpcHit){
 933
 934          if (tpcHit->fQ == 0.) {
 935            tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
 936            continue; //information about track (I.Belikov)
 937          }
 938         sector=tpcHit->fSector; // sector number
 939
 940
 941         //      if(sector != isec) continue; //terminate iteration
 942
 943        if(sector != isec){
 944          tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
 945          continue;
 946        }
 947         ipart=tpcHit->Track();
 948         particle=gAlice->Particle(ipart);
 949         pl=particle->Pz();
 950         pt=particle->Pt();
 951         if(pt < 1.e-9) pt=1.e-9;
 952         tanth=pl/pt;
 953         tanth = TMath::Abs(tanth);
 954         rpad=TMath::Sqrt(tpcHit->X()*tpcHit->X() + tpcHit->Y()*tpcHit->Y());
 955         ratio=0.001*rpad/pt; // pt must be in MeV/c - historical reason
 956
 957         //   space-point resolutions
 958
 959         sigmaRphi=SigmaY2(rpad,tanth,pt);
 960         sigmaZ   =SigmaZ2(rpad,tanth   );
 961
 962         //   cluster widths
 963
 964         clRphi=kACrphi-kBCrphi*rpad*tanth+kCCrphi*ratio*ratio;
 965         clZ=kACz-kBCz*rpad*tanth+kCCz*tanth*tanth;
 966
 967         // temporary protection
 968
 969         if(sigmaRphi < 0.) sigmaRphi=0.4e-3;
 970         if(sigmaZ < 0.) sigmaZ=0.4e-3;
 971         if(clRphi < 0.) clRphi=2.5e-3;
 972         if(clZ < 0.) clZ=2.5e-5;
 973
 974         //
 975
 976         //
 977         // smearing --> rotate to the 1 (13) or to the 25 (49) sector,
 978         // then the inaccuracy in a X-Y plane is only along Y (pad row)!
 979         //
 980         Float_t xprim= tpcHit->X()*cph + tpcHit->Y()*sph;
 981         Float_t yprim=-tpcHit->X()*sph + tpcHit->Y()*cph;
 982         xyz[0]=gRandom->Gaus(yprim,TMath::Sqrt(sigmaRphi));   // y
 983           Float_t alpha=(isec < fTPCParam->GetNInnerSector()) ?
 984           fTPCParam->GetInnerAngle() : fTPCParam->GetOuterAngle();
 985           Float_t ymax=xprim*TMath::Tan(0.5*alpha);
 986           if (TMath::Abs(xyz[0])>ymax) xyz[0]=yprim;
 987         xyz[1]=gRandom->Gaus(tpcHit->Z(),TMath::Sqrt(sigmaZ)); // z
 988           if (TMath::Abs(xyz[1])>fTPCParam->GetZLength()) xyz[1]=tpcHit->Z();
 989         xyz[2]=sigmaRphi;                                     // fSigmaY2
 990         xyz[3]=sigmaZ;                                        // fSigmaZ2
 991         xyz[4]=tpcHit->fQ;                                    // q
 992
 993         AliTPCClustersRow *clrow=carray.GetRow(sector,tpcHit->fPadRow);
 994         if (!clrow) clrow=carray.CreateRow(sector,tpcHit->fPadRow);
 995
 996         Int_t tracks[3]={tpcHit->Track(), -1, -1};
 997         AliTPCcluster cluster(tracks,xyz);
 998
 999         clrow->InsertCluster(&cluster); nclusters++;
1000
1001         tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
1002
1003
1004       } // end of loop over hits
1005
1006     }   // end of loop over tracks
1007
1008     Int_t nrows=fTPCParam->GetNRow(isec);
1009     for (Int_t irow=0; irow<nrows; irow++) {
1010         AliTPCClustersRow *clrow=carray.GetRow(isec,irow);
1011         if (!clrow) continue;
1012         carray.StoreRow(isec,irow);
1013         carray.ClearRow(isec,irow);
1014     }
1015
1016   } // end of loop over sectors
1017
1018   cerr<<"Number of made clusters : "<<nclusters<<"                        \n";
1019
1020   carray.GetTree()->SetName(cname);
1021   carray.GetTree()->Write();
1022
1023   savedir->cd(); //switch back to the input file
1024
1025 } // end of function
1026
1027 //_________________________________________________________________
1028 void AliTPC::Hits2ExactClustersSector(Int_t isec)
1029 {
1030   //--------------------------------------------------------
1031   //calculate exact cross point of track and given pad row
1032   //resulting values are expressed in "digit" coordinata
1033   //--------------------------------------------------------
1034
1035   //-----------------------------------------------------------------
1036   // Origin: Marian Ivanov  GSI Darmstadt, m.ivanov@gsi.de
1037   //-----------------------------------------------------------------
1038   //
1039   if (fClustersArray==0){
1040     return;
1041   }
1042   //
1043   TParticle *particle; // pointer to a given particle
1044   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
1045   //  Int_t sector,nhits;
1046   Int_t ipart;
1047   const Int_t kcmaxhits=30000;
1048   TVector * xxxx = new TVector(kcmaxhits*4);
1049   TVector & xxx = *xxxx;
1050   Int_t maxhits = kcmaxhits;
1051   //construct array for each padrow
1052   for (Int_t i=0; i<fTPCParam->GetNRow(isec);i++)
1053     fClustersArray->CreateRow(isec,i);
1054
1055   //---------------------------------------------------------------
1056   //  Get the access to the tracks
1057   //---------------------------------------------------------------
1058
1059   TTree *tH = gAlice->TreeH();
1060   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
1061   Int_t npart = gAlice->GetNtrack();
1062   TBranch * br = tH->GetBranch("fTrackHitsInfo");
1063   //MI change
1064   TBranch * branch=0;
1065   if (fHitType&2) branch = tH->GetBranch("TPC2");
1066   else branch = tH->GetBranch("TPC");
1067
1068   //------------------------------------------------------------
1069   // Loop over tracks
1070   //------------------------------------------------------------
1071
1072   for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
1073     Bool_t isInSector=kTRUE;
1074     ResetHits();
1075
1076     if (fHitType&2) {
1077       isInSector=kFALSE;
1078       br->GetEvent(track);
1079       AliObjectArray * ar = fTrackHits->fTrackHitsInfo;
1080       for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
1081         if (  ((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID==isec) isInSector=kTRUE;
1082       }
1083     }
1084     if (!isInSector) continue;
1085     //MI change
1086     branch->GetEntry(track); // get next track
1087
1088
1089     //
1090     //  Get number of the TPC hits and a pointer
1091     //  to the particles
1092     //
1093     //nhits=fHits->GetEntriesFast();
1094     //
1095     // Loop over hits
1096     //
1097     Int_t currentIndex=0;
1098     Int_t lastrow=-1;  //last writen row
1099
1100     //M.I. changes
1101
1102     tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
1103     while(tpcHit){
1104
1105       Int_t sector=tpcHit->fSector; // sector number
1106       if(sector != isec){
1107         tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
1108         continue;
1109       }
1110
1111       //for(Int_t hit=0;hit<nhits;hit++){
1112       //tpcHit=(AliTPChit*)fHits->UncheckedAt(hit);
1113       //if (tpcHit==0) continue;
1114       //sector=tpcHit->fSector; // sector number
1115       //if(sector != isec) continue;
1116       ipart=tpcHit->Track();
1117       if (ipart<npart) particle=gAlice->Particle(ipart);
1118
1119       //find row number
1120
1121       Float_t  x[3]={tpcHit->X(),tpcHit->Y(),tpcHit->Z()};
1122       Int_t    index[3]={1,isec,0};
1123       Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
1124       if (currentrow<0) {tpcHit = (AliTPChit*)NextHit(); continue;}
1125       if (lastrow<0) lastrow=currentrow;
1126       if (currentrow==lastrow){
1127         if ( currentIndex>=maxhits){
1128           maxhits+=kcmaxhits;
1129           xxx.ResizeTo(4*maxhits);
1130         }
1131         xxx(currentIndex*4)=x[0];
1132         xxx(currentIndex*4+1)=x[1];
1133         xxx(currentIndex*4+2)=x[2];
1134         xxx(currentIndex*4+3)=tpcHit->fQ;
1135         currentIndex++;
1136       }
1137       else
1138         if (currentIndex>2){
1139           Float_t sumx=0;
1140           Float_t sumx2=0;
1141           Float_t sumx3=0;
1142           Float_t sumx4=0;
1143           Float_t sumy=0;
1144           Float_t sumxy=0;
1145           Float_t sumx2y=0;
1146           Float_t sumz=0;
1147           Float_t sumxz=0;
1148           Float_t sumx2z=0;
1149           Float_t sumq=0;
1150           for (Int_t index=0;index<currentIndex;index++){
1151             Float_t x,x2,x3,x4;
1152             x=x2=x3=x4=xxx(index*4);
1153             x2*=x;
1154             x3*=x2;
1155             x4*=x3;
1156             sumx+=x;
1157             sumx2+=x2;
1158             sumx3+=x3;
1159             sumx4+=x4;
1160             sumy+=xxx(index*4+1);
1161             sumxy+=xxx(index*4+1)*x;
1162             sumx2y+=xxx(index*4+1)*x2;
1163             sumz+=xxx(index*4+2);
1164             sumxz+=xxx(index*4+2)*x;
1165             sumx2z+=xxx(index*4+2)*x2;
1166             sumq+=xxx(index*4+3);
1167           }
1168           Float_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(isec,lastrow)-1)/2;
1169           Float_t det=currentIndex*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1170             sumx2*(sumx*sumx3-sumx2*sumx2);
1171
1172           Float_t detay=sumy*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)+
1173             sumx2*(sumxy*sumx3-sumx2y*sumx2);
1174           Float_t detaz=sumz*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)+
1175             sumx2*(sumxz*sumx3-sumx2z*sumx2);
1176
1177           Float_t detby=currentIndex*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)-sumy*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1178             sumx2*(sumx*sumx2y-sumx2*sumxy);
1179           Float_t detbz=currentIndex*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)-sumz*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1180             sumx2*(sumx*sumx2z-sumx2*sumxz);
1181
1182           Float_t y=detay/det+centralPad;
1183           Float_t z=detaz/det;
1184           Float_t by=detby/det; //y angle
1185           Float_t bz=detbz/det; //z angle
1186           sumy/=Float_t(currentIndex);
1187           sumz/=Float_t(currentIndex);
1188
1189           AliTPCClustersRow * row = (fClustersArray->GetRow(isec,lastrow));
1190           if (row!=0) {
1191             AliComplexCluster* cl = new((AliComplexCluster*)row->Append()) AliComplexCluster ;
1192             //    AliComplexCluster cl;
1193             cl->fX=z;
1194             cl->fY=y;
1195             cl->fQ=sumq;
1196             cl->fSigmaX2=bz;
1197             cl->fSigmaY2=by;
1198             cl->fTracks[0]=ipart;
1199           }
1200           currentIndex=0;
1201           lastrow=currentrow;
1202         } //end of calculating cluster for given row
1203
1204
1205       tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
1206     } // end of loop over hits
1207   }   // end of loop over tracks
1208   //write padrows to tree
1209   for (Int_t ii=0; ii<fTPCParam->GetNRow(isec);ii++) {
1210     fClustersArray->StoreRow(isec,ii);
1211     fClustersArray->ClearRow(isec,ii);
1212   }
1213   xxxx->Delete();
1214
1215 }
1216
1217
1218
1219 //__
1220 void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t eventnumber)
1221 {
1222   //create digits from summable digits
1223
1224   char  sname[100];
1225   char  dname[100];
1226   sprintf(sname,"TreeS_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1227   sprintf(dname,"TreeD_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1228
1229   //conect tree with sSDigits
1230   TTree *t = (TTree *)gDirectory->Get(sname);
1231   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
1232   t->GetBranch("Segment")->SetAddress(&dummy);
1233   Stat_t nentries = t->GetEntries();
1234
1235   // set zero suppression
1236
1237   fTPCParam->SetZeroSup(2);
1238
1239   // get zero suppression
1240
1241   Int_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
1242
1243   //make tree with digits
1244
1245   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1246   arr->SetClass("AliSimDigits");
1247   arr->Setup(fTPCParam);
1248   arr->MakeTree(fDigitsFile);
1249
1250   AliTPCParam * par =fTPCParam;
1251
1252   //Loop over segments of the TPC
1253
1254   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
1255     t->GetEvent(n);
1256     Int_t sec, row;
1257     if (!par->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),sec,row)) {
1258       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
1259       continue;
1260     }
1261     AliSimDigits * digrow =(AliSimDigits*) arr->CreateRow(sec,row);
1262     Int_t nrows = digrow->GetNRows();
1263     Int_t ncols = digrow->GetNCols();
1264
1265     digrow->ExpandBuffer();
1266     digarr.ExpandBuffer();
1267     digrow->ExpandTrackBuffer();
1268     digarr.ExpandTrackBuffer();
1269
1270
1271     for (Int_t rows=0;rows<nrows; rows++){
1272       for (Int_t col=0;col<ncols; col++){
1273         Float_t  q  = digarr.GetDigitFast(rows,col);
1274         //add noise
1275         q = gRandom->Gaus(q,fTPCParam->GetNoise()*fTPCParam->GetNoiseNormFac()*16);
1276         q/=16;  //conversion faktor
1277         q=(Short_t)q; // digits are short integers
1278
1279         if (q > zerosup){
1280           if(q > fTPCParam->GetADCSat()) q = (Short_t)(fTPCParam->GetADCSat());
1281           digrow->SetDigitFast(q,rows,col);
1282           for (Int_t tr=0;tr<3;tr++)
1283
1284 ((AliSimDigits*)digrow)->SetTrackIDFast(digarr.GetTrackIDFast(rows,col,tr)-2,rows,col,tr);
1285         }
1286        }
1287       }
1288     arr->StoreRow(sec,row);
1289     arr->ClearRow(sec,row);
1290     // cerr<<sec<<"\t"<<row<<"\n";
1291   }
1292
1293
1294   //write results
1295
1296
1297   arr->GetTree()->SetName(dname);
1298   arr->GetTree()->Write();
1299   delete arr;
1300 }
1301 //_________________________________________
1302 void AliTPC::Merge(TTree * intree, Int_t *mask, Int_t nin, Int_t outid)
1303 {
1304
1305   //intree - pointer to array of trees with s digits
1306   //mask   - mask for each
1307   //nin    - number of inputs
1308   //outid  - event  number of the output event
1309
1310   //create digits from summable digits
1311   //conect tree with sSDigits
1312
1313
1314   AliSimDigits ** digarr = new AliSimDigits*[nin];
1315   for (Int_t i1=0;i1<nin; i1++){
1316     digarr[i1]=0;
1317     intree[i1].GetBranch("Segment")->SetAddress(&digarr[i1]);
1318   }
1319   Stat_t nentries = intree[0].GetEntries();
1320
1321   //make tree with digits
1322   char  dname[100];
1323   sprintf(dname,"TreeD_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),outid);
1324   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1325   arr->SetClass("AliSimDigits");
1326   arr->Setup(fTPCParam);
1327   arr->MakeTree(fDigitsFile);
1328
1329   // set zero suppression
1330
1331   fTPCParam->SetZeroSup(2);
1332
1333   // get zero suppression
1334
1335   Int_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
1336
1337
1338   AliTPCParam * par =fTPCParam;
1339
1340   //Loop over segments of the TPC
1341   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
1342
1343     for (Int_t i=0;i<nin; i++){
1344       //connect proper digits
1345       intree[i].GetEvent(n);
1346       digarr[i]->ExpandBuffer();
1347       digarr[i]->ExpandTrackBuffer();
1348     }
1349     Int_t sec, row;
1350     if (!par->AdjustSectorRow(digarr[0]->GetID(),sec,row)) {
1351       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr[0]->GetID()<<endl;
1352       continue;
1353     }
1354
1355     AliSimDigits * digrow =(AliSimDigits*) arr->CreateRow(sec,row);
1356     Int_t nrows = digrow->GetNRows();
1357     Int_t ncols = digrow->GetNCols();
1358
1359     digrow->ExpandBuffer();
1360     digrow->ExpandTrackBuffer();
1361
1362     for (Int_t rows=0;rows<nrows; rows++){
1363       for (Int_t col=0;col<ncols; col++){
1364         Float_t q=0;
1365         Int_t label[1000]; // i hope no more than 300 events merged
1366         Int_t labptr = 0;
1367         // looop over digits
1368         for (Int_t i=0;i<nin; i++){
1369           q  += digarr[i]->GetDigitFast(rows,col);
1370           for (Int_t tr=0;tr<3;tr++) {
1371             Int_t lab = digarr[i]->GetTrackIDFast(rows,col,tr);
1372             if ( lab > 1) {
1373               label[labptr]=lab+mask[i]-2;
1374               labptr++;
1375             }
1376           }
1377         }
1378         //add noise
1379         q = gRandom->Gaus(q,fTPCParam->GetNoise()*fTPCParam->GetNoiseNormFac()*16);
1380
1381         q/=16;  //conversion faktor
1382         q=(Short_t)q;
1383
1384         if (q> zerosup){
1385
1386           if(q > fTPCParam->GetADCSat()) q = (Short_t)(fTPCParam->GetADCSat());
1387           digrow->SetDigitFast(q,rows,col);
1388           for (Int_t tr=0;tr<3;tr++){
1389             if (tr<labptr)
1390               ((AliSimDigits*)digrow)->SetTrackIDFast(label[tr],rows,col,tr);
1391             else
1392               ((AliSimDigits*)digrow)->SetTrackIDFast(-1,rows,col,tr);
1393           }
1394         }
1395       }
1396      }
1397       arr->StoreRow(sec,row);
1398
1399       arr->ClearRow(sec,row);
1400       // cerr<<sec<<"\t"<<row<<"\n";
1401   }
1402
1403   delete digarr;
1404   arr->GetTree()->SetName(dname);
1405   arr->GetTree()->Write();
1406
1407   delete arr;
1408
1409 }
1410
1411 /*_________________________________________
1412 void AliTPC::SDigits2Digits(Int_t eventnumber)
1413 {
1414
1415
1416   cerr<<"Digitizing TPC...\n";
1417
1418   Hits2Digits(eventnumber);
1419
1420
1421   //write results
1422
1423   //  char treeName[100];
1424
1425   //  sprintf(treeName,"TreeD_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1426
1427   //  GetDigitsArray()->GetTree()->Write(treeName);
1428 }
1429 */
1430 //__________________________________________________________________
1431 void AliTPC::SetDefaults(){
1432
1433
1434    cerr<<"Setting default parameters...\n";
1435
1436   // Set response functions
1437
1438   AliTPCParamSR *param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60");
1439   AliTPCPRF2D    * prfinner   = new AliTPCPRF2D;
1440   AliTPCPRF2D    * prfouter   = new AliTPCPRF2D;
1441   AliTPCRF1D     * rf    = new AliTPCRF1D(kTRUE);
1442   rf->SetGauss(param->GetZSigma(),param->GetZWidth(),1.);
1443   rf->SetOffset(3*param->GetZSigma());
1444   rf->Update();
1445
1446   TDirectory *savedir=gDirectory;
1447   TFile *f=TFile::Open("$ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root");
1448   if (!f->IsOpen()) {
1449     cerr<<"Can't open $ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root !\n" ;
1450      exit(3);
1451   }
1452   prfinner->Read("prf_07504_Gati_056068_d02");
1453   prfouter->Read("prf_10006_Gati_047051_d03");
1454   f->Close();
1455   savedir->cd();
1456
1457   param->SetInnerPRF(prfinner);
1458   param->SetOuterPRF(prfouter);
1459   param->SetTimeRF(rf);
1460
1461   // set fTPCParam
1462
1463   SetParam(param);
1464
1465
1466   fDefaults = 1;
1467
1468 }
1469 //__________________________________________________________________
1470 void AliTPC::Hits2Digits(Int_t eventnumber)
1471 {
1472  //----------------------------------------------------
1473  // Loop over all sectors for a single event
1474  //----------------------------------------------------
1475
1476
1477   if(fDefaults == 0) SetDefaults();  // check if the parameters are set
1478
1479   //setup TPCDigitsArray
1480
1481   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1482
1483   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1484   arr->SetClass("AliSimDigits");
1485   arr->Setup(fTPCParam);
1486   arr->MakeTree(fDigitsFile);
1487   SetDigitsArray(arr);
1488
1489   fDigitsSwitch=0; // standard digits
1490
1491   cerr<<"Digitizing TPC...\n";
1492
1493  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) Hits2DigitsSector(isec);
1494
1495   // write results
1496
1497   char treeName[100];
1498
1499   sprintf(treeName,"TreeD_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1500
1501   GetDigitsArray()->GetTree()->SetName(treeName);
1502   GetDigitsArray()->GetTree()->Write();
1503
1504
1505 }
1506
1507
1508
1509 //__________________________________________________________________
1510 void AliTPC::Hits2SDigits2(Int_t eventnumber)
1511 {
1512
1513   //-----------------------------------------------------------
1514   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
1515   //-----------------------------------------------------------
1516
1517  //----------------------------------------------------
1518  // Loop over all sectors for a single event
1519  //----------------------------------------------------
1520
1521
1522   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
1523
1524   //setup TPCDigitsArray
1525
1526   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1527
1528   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1529   arr->SetClass("AliSimDigits");
1530   arr->Setup(fTPCParam);
1531   arr->MakeTree(fDigitsFile);
1532   SetDigitsArray(arr);
1533
1534   cerr<<"Digitizing TPC...\n";
1535
1536   fDigitsSwitch=1; // summable digits
1537
1538     // set zero suppression to "0"
1539
1540   fTPCParam->SetZeroSup(0);
1541
1542  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) Hits2DigitsSector(isec);
1543
1544
1545   // write results
1546
1547   char treeName[100];
1548
1549   sprintf(treeName,"TreeS_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1550
1551   GetDigitsArray()->GetTree()->SetName(treeName);
1552   GetDigitsArray()->GetTree()->Write();
1553
1554 }
1555
1556
1557
1558 //__________________________________________________________________
1559 void AliTPC::Hits2SDigits()
1560 {
1561
1562   //-----------------------------------------------------------
1563   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
1564   //-----------------------------------------------------------
1565
1566  //----------------------------------------------------
1567  // Loop over all sectors for a single event
1568  //----------------------------------------------------
1569   //MI change - for pp run
1570   Int_t eventnumber = gAlice->GetEvNumber();
1571
1572   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
1573
1574   //setup TPCDigitsArray
1575
1576   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1577
1578   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1579   arr->SetClass("AliSimDigits");
1580   arr->Setup(fTPCParam);
1581   arr->MakeTree(fDigitsFile);
1582   SetDigitsArray(arr);
1583
1584   cerr<<"Digitizing TPC...\n";
1585
1586   //  fDigitsSwitch=1; // summable digits  -for the moment direct
1587
1588  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++) Hits2DigitsSector(isec);
1589
1590
1591   // write results
1592   char treeName[100];
1593
1594   sprintf(treeName,"TreeD_%s_%d",fTPCParam->GetTitle(),eventnumber);
1595
1596   GetDigitsArray()->GetTree()->SetName(treeName);
1597   GetDigitsArray()->GetTree()->Write();
1598
1599 }
1600
1601
1602 //_____________________________________________________________________________
1603 void AliTPC::Hits2DigitsSector(Int_t isec)
1604 {
1605   //-------------------------------------------------------------------
1606   // TPC conversion from hits to digits.
1607   //-------------------------------------------------------------------
1608
1609   //-----------------------------------------------------------------
1610   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1611   //-----------------------------------------------------------------
1612
1613   //-------------------------------------------------------
1614   //  Get the access to the track hits
1615   //-------------------------------------------------------
1616
1617   // check if the parameters are set - important if one calls this method
1618   // directly, not from the Hits2Digits
1619
1620   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
1621
1622   TTree *tH = gAlice->TreeH(); // pointer to the hits tree
1623   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
1624
1625   if( ntracks > 0){
1626
1627   //-------------------------------------------
1628   //  Only if there are any tracks...
1629   //-------------------------------------------
1630
1631     TObjArray **row;
1632
1633     //printf("*** Processing sector number %d ***\n",isec);
1634
1635       Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
1636
1637       row= new TObjArray* [nrows];
1638
1639       MakeSector(isec,nrows,tH,ntracks,row);
1640
1641       //--------------------------------------------------------
1642       //   Digitize this sector, row by row
1643       //   row[i] is the pointer to the TObjArray of TVectors,
1644       //   each one containing electrons accepted on this
1645       //   row, assigned into tracks
1646       //--------------------------------------------------------
1647
1648       Int_t i;
1649
1650       if (fDigitsArray->GetTree()==0) fDigitsArray->MakeTree(fDigitsFile);
1651
1652       for (i=0;i<nrows;i++){
1653
1654         AliDigits * dig = fDigitsArray->CreateRow(isec,i);
1655
1656         DigitizeRow(i,isec,row);
1657
1658         fDigitsArray->StoreRow(isec,i);
1659
1660                 Int_t ndig = dig->GetDigitSize();
1661
1662
1663        //printf("*** Sector, row, compressed digits %d %d %d ***\n",isec,i,ndig);
1664
1665         fDigitsArray->ClearRow(isec,i);
1666
1667
1668        } // end of the sector digitization
1669
1670       for(i=0;i<nrows;i++){
1671         row[i]->Delete();
1672         delete row[i];
1673       }
1674
1675        delete [] row; // delete the array of pointers to TObjArray-s
1676
1677   } // ntracks >0
1678
1679 } // end of Hits2DigitsSector
1680
1681
1682 //_____________________________________________________________________________
1683 void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
1684 {
1685   //-----------------------------------------------------------
1686   // Single row digitization, coupling from the neighbouring
1687   // rows taken into account
1688   //-----------------------------------------------------------
1689
1690   //-----------------------------------------------------------------
1691   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1692   // Modified: Marian Ivanov GSI Darmstadt, m.ivanov@gsi.de
1693   //-----------------------------------------------------------------
1694
1695
1696   Float_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
1697   Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
1698   fCurrentIndex[1]= isec;
1699
1700
1701   Int_t nofPads = fTPCParam->GetNPads(isec,irow);
1702   Int_t nofTbins = fTPCParam->GetMaxTBin();
1703   Int_t indexRange[4];
1704   //
1705   //  Integrated signal for this row
1706   //  and a single track signal
1707   //
1708   TMatrix *m1   = new TMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // integrated
1709   TMatrix *m2   = new TMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // single
1710   //
1711   TMatrix &total  = *m1;
1712
1713   //  Array of pointers to the label-signal list
1714
1715   Int_t nofDigits = nofPads*nofTbins; // number of digits for this row
1716   Float_t  **pList = new Float_t* [nofDigits];
1717
1718   Int_t lp;
1719   Int_t i1;
1720   for(lp=0;lp<nofDigits;lp++)pList[lp]=0; // set all pointers to NULL
1721   //
1722   //calculate signal
1723   //
1724   Int_t row1 = TMath::Max(irow-fTPCParam->GetNCrossRows(),0);
1725   Int_t row2 = TMath::Min(irow+fTPCParam->GetNCrossRows(),nrows-1);
1726   for (Int_t row= row1;row<=row2;row++){
1727     Int_t nTracks= rows[row]->GetEntries();
1728     for (i1=0;i1<nTracks;i1++){
1729       fCurrentIndex[2]= row;
1730       fCurrentIndex[3]=irow;
1731       if (row==irow){
1732         m2->Zero();  // clear single track signal matrix
1733         Float_t trackLabel = GetSignal(rows[row],i1,m2,m1,indexRange);
1734         GetList(trackLabel,nofPads,m2,indexRange,pList);
1735       }
1736       else   GetSignal(rows[row],i1,0,m1,indexRange);
1737     }
1738   }
1739
1740   Int_t tracks[3];
1741
1742   AliDigits *dig = fDigitsArray->GetRow(isec,irow);
1743   for(Int_t ip=0;ip<nofPads;ip++){
1744     for(Int_t it=0;it<nofTbins;it++){
1745
1746       Float_t q = total(ip,it);
1747
1748       Int_t gi =it*nofPads+ip; // global index
1749
1750       if(fDigitsSwitch == 0){
1751
1752         q = gRandom->Gaus(q,fTPCParam->GetNoise()*fTPCParam->GetNoiseNormFac());
1753
1754         q = TMath::Nint(q);
1755
1756         if(q <=zerosup) continue; // do not fill zeros
1757         if(q > fTPCParam->GetADCSat()) q = fTPCParam->GetADCSat();  // saturation
1758
1759       }
1760
1761       else {
1762        if(q <= 0.) continue; // do not fill zeros
1763        if(q>2000.) q=2000.;
1764        q *= 16.;
1765        q = TMath::Nint(q);
1766       }
1767
1768       //
1769       //  "real" signal or electronic noise (list = -1)?
1770       //
1771
1772       for(Int_t j1=0;j1<3;j1++){
1773         tracks[j1] = (pList[gi]) ?(Int_t)(*(pList[gi]+j1)) : -1;
1774       }
1775
1776 //Begin_Html
1777 /*
1778   <A NAME="AliDigits"></A>
1779   using of AliDigits object
1780 */
1781 //End_Html
1782       dig->SetDigitFast((Short_t)q,it,ip);
1783       if (fDigitsArray->IsSimulated())
1784         {
1785          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[0],it,ip,0);
1786          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[1],it,ip,1);
1787          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[2],it,ip,2);
1788         }
1789
1790
1791     } // end of loop over time buckets
1792   }  // end of lop over pads
1793
1794   //
1795   //  This row has been digitized, delete nonused stuff
1796   //
1797
1798   for(lp=0;lp<nofDigits;lp++){
1799     if(pList[lp]) delete [] pList[lp];
1800   }
1801
1802   delete [] pList;
1803
1804   delete m1;
1805   delete m2;
1806   //  delete m3;
1807
1808 } // end of DigitizeRow
1809
1810 //_____________________________________________________________________________
1811
1812 Float_t AliTPC::GetSignal(TObjArray *p1, Int_t ntr, TMatrix *m1, TMatrix *m2,
1813                           Int_t *indexRange)
1814 {
1815
1816   //---------------------------------------------------------------
1817   //  Calculates 2-D signal (pad,time) for a single track,
1818   //  returns a pointer to the signal matrix and the track label
1819   //  No digitization is performed at this level!!!
1820   //---------------------------------------------------------------
1821
1822   //-----------------------------------------------------------------
1823   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1824   // Modified: Marian Ivanov
1825   //-----------------------------------------------------------------
1826
1827   TVector *tv;
1828
1829   tv = (TVector*)p1->At(ntr); // pointer to a track
1830   TVector &v = *tv;
1831
1832   Float_t label = v(0);
1833   Int_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(fCurrentIndex[1],fCurrentIndex[3])-1)/2;
1834
1835   Int_t nElectrons = (tv->GetNrows()-1)/4;
1836   indexRange[0]=9999; // min pad
1837   indexRange[1]=-1; // max pad
1838   indexRange[2]=9999; //min time
1839   indexRange[3]=-1; // max time
1840
1841   //  Float_t IneffFactor = 0.5; // inefficiency in the gain close to the edge, as above
1842
1843   TMatrix &signal = *m1;
1844   TMatrix &total = *m2;
1845   //
1846   //  Loop over all electrons
1847   //
1848   for(Int_t nel=0; nel<nElectrons; nel++){
1849     Int_t idx=nel*4;
1850     Float_t aval =  v(idx+4);
1851     Float_t eltoadcfac=aval*fTPCParam->GetTotalNormFac();
1852     Float_t xyz[3]={v(idx+1),v(idx+2),v(idx+3)};
1853     Int_t n = fTPCParam->CalcResponse(xyz,fCurrentIndex,fCurrentIndex[3]);
1854
1855     if (n>0) for (Int_t i =0; i<n; i++){
1856        Int_t *index = fTPCParam->GetResBin(i);
1857        Int_t pad=index[1]+centralPad;  //in digit coordinates central pad has coordinate 0
1858        if ( ( pad<(fTPCParam->GetNPads(fCurrentIndex[1],fCurrentIndex[3]))) && (pad>0)) {
1859          Int_t time=index[2];
1860          Float_t weight = fTPCParam->GetResWeight(i); //we normalise response to ADC channel
1861          weight *= eltoadcfac;
1862
1863          if (m1!=0) signal(pad,time)+=weight;
1864          total(pad,time)+=weight;
1865          indexRange[0]=TMath::Min(indexRange[0],pad);
1866          indexRange[1]=TMath::Max(indexRange[1],pad);
1867          indexRange[2]=TMath::Min(indexRange[2],time);
1868          indexRange[3]=TMath::Max(indexRange[3],time);
1869        }
1870     }
1871   } // end of loop over electrons
1872
1873   return label; // returns track label when finished
1874 }
1875
1876 //_____________________________________________________________________________
1877 void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,TMatrix *m,Int_t *indexRange,
1878                      Float_t **pList)
1879 {
1880   //----------------------------------------------------------------------
1881   //  Updates the list of tracks contributing to digits for a given row
1882   //----------------------------------------------------------------------
1883
1884   //-----------------------------------------------------------------
1885   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1886   //-----------------------------------------------------------------
1887
1888   TMatrix &signal = *m;
1889
1890   // lop over nonzero digits
1891
1892   for(Int_t it=indexRange[2];it<indexRange[3]+1;it++){
1893     for(Int_t ip=indexRange[0];ip<indexRange[1]+1;ip++){
1894
1895
1896         // accept only the contribution larger than 500 electrons (1/2 s_noise)
1897
1898         if(signal(ip,it)<0.5) continue;
1899
1900
1901         Int_t globalIndex = it*np+ip; // globalIndex starts from 0!
1902
1903         if(!pList[globalIndex]){
1904
1905           //
1906           // Create new list (6 elements - 3 signals and 3 labels),
1907           //
1908
1909           pList[globalIndex] = new Float_t [6];
1910
1911           // set list to -1
1912
1913           *pList[globalIndex] = -1.;
1914           *(pList[globalIndex]+1) = -1.;
1915           *(pList[globalIndex]+2) = -1.;
1916           *(pList[globalIndex]+3) = -1.;
1917           *(pList[globalIndex]+4) = -1.;
1918           *(pList[globalIndex]+5) = -1.;
1919
1920
1921           *pList[globalIndex] = label;
1922           *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
1923         }
1924         else{
1925
1926           // check the signal magnitude
1927
1928           Float_t highest = *(pList[globalIndex]+3);
1929           Float_t middle = *(pList[globalIndex]+4);
1930           Float_t lowest = *(pList[globalIndex]+5);
1931
1932           //
1933           //  compare the new signal with already existing list
1934           //
1935
1936           if(signal(ip,it)<lowest) continue; // neglect this track
1937
1938           //
1939
1940           if (signal(ip,it)>highest){
1941             *(pList[globalIndex]+5) = middle;
1942             *(pList[globalIndex]+4) = highest;
1943             *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
1944
1945             *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
1946             *(pList[globalIndex]+1) = *pList[globalIndex];
1947             *pList[globalIndex] = label;
1948           }
1949           else if (signal(ip,it)>middle){
1950             *(pList[globalIndex]+5) = middle;
1951             *(pList[globalIndex]+4) = signal(ip,it);
1952
1953             *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
1954             *(pList[globalIndex]+1) = label;
1955           }
1956           else{
1957             *(pList[globalIndex]+5) = signal(ip,it);
1958             *(pList[globalIndex]+2) = label;
1959           }
1960         }
1961
1962     } // end of loop over pads
1963   } // end of loop over time bins
1964
1965
1966
1967 }//end of GetList
1968 //___________________________________________________________________
1969 void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
1970                         Stat_t ntracks,TObjArray **row)
1971 {
1972
1973   //-----------------------------------------------------------------
1974   // Prepares the sector digitization, creates the vectors of
1975   // tracks for each row of this sector. The track vector
1976   // contains the track label and the position of electrons.
1977   //-----------------------------------------------------------------
1978
1979   //-----------------------------------------------------------------
1980   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1981   //-----------------------------------------------------------------
1982
1983   Float_t gasgain = fTPCParam->GetGasGain();
1984   Int_t i;
1985   Float_t xyz[4];
1986
1987   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
1988   //MI change
1989   TBranch * branch=0;
1990   if (fHitType&2) branch = TH->GetBranch("TPC2");
1991   else branch = TH->GetBranch("TPC");
1992
1993
1994   //----------------------------------------------
1995   // Create TObjArray-s, one for each row,
1996   // each TObjArray will store the TVectors
1997   // of electrons, one TVector per each track.
1998   //----------------------------------------------
1999
2000   Int_t *nofElectrons = new Int_t [nrows]; // electron counter for each row
2001   TVector **tracks = new TVector* [nrows]; //pointers to the track vectors
2002   for(i=0; i<nrows; i++){
2003     row[i] = new TObjArray;
2004     nofElectrons[i]=0;
2005     tracks[i]=0;
2006   }
2007
2008
2009
2010   //--------------------------------------------------------------------
2011   //  Loop over tracks, the "track" contains the full history
2012   //--------------------------------------------------------------------
2013
2014   Int_t previousTrack,currentTrack;
2015   previousTrack = -1; // nothing to store so far!
2016
2017   for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
2018     Bool_t isInSector=kTRUE;
2019     ResetHits();
2020
2021     if (fHitType&2) {
2022       isInSector=kFALSE;
2023       TBranch * br = TH->GetBranch("fTrackHitsInfo");
2024       br->GetEvent(track);
2025       AliObjectArray * ar = fTrackHits->fTrackHitsInfo;
2026       for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
2027         if (  ((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID==isec) isInSector=kTRUE;
2028       }
2029     }
2030     if (!isInSector) continue;
2031     //MI change
2032     branch->GetEntry(track); // get next track
2033
2034     //M.I. changes
2035
2036     tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
2037
2038     //--------------------------------------------------------------
2039     //  Loop over hits
2040     //--------------------------------------------------------------
2041
2042
2043     while(tpcHit){
2044
2045       Int_t sector=tpcHit->fSector; // sector number
2046       //      if(sector != isec) continue;
2047       if(sector != isec){
2048         tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
2049         continue;
2050       }
2051
2052         currentTrack = tpcHit->Track(); // track number
2053
2054
2055         if(currentTrack != previousTrack){
2056
2057            // store already filled fTrack
2058
2059            for(i=0;i<nrows;i++){
2060              if(previousTrack != -1){
2061                if(nofElectrons[i]>0){
2062                  TVector &v = *tracks[i];
2063                  v(0) = previousTrack;
2064                  tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
2065                  row[i]->Add(tracks[i]);
2066                }
2067                else{
2068                  delete tracks[i]; // delete empty TVector
2069                  tracks[i]=0;
2070                }
2071              }
2072
2073              nofElectrons[i]=0;
2074              tracks[i] = new TVector(481); // TVectors for the next fTrack
2075
2076            } // end of loop over rows
2077
2078            previousTrack=currentTrack; // update track label
2079         }
2080
2081         Int_t qI = (Int_t) (tpcHit->fQ); // energy loss (number of electrons)
2082
2083        //---------------------------------------------------
2084        //  Calculate the electron attachment probability
2085        //---------------------------------------------------
2086
2087
2088         Float_t time = 1.e6*(fTPCParam->GetZLength()-TMath::Abs(tpcHit->Z()))
2089                                                         /fTPCParam->GetDriftV();
2090         // in microseconds!
2091         Float_t attProb = fTPCParam->GetAttCoef()*
2092           fTPCParam->GetOxyCont()*time; //  fraction!
2093
2094         //-----------------------------------------------
2095         //  Loop over electrons
2096         //-----------------------------------------------
2097         Int_t index[3];
2098         index[1]=isec;
2099         for(Int_t nel=0;nel<qI;nel++){
2100           // skip if electron lost due to the attachment
2101           if((gRandom->Rndm(0)) < attProb) continue; // electron lost!
2102           xyz[0]=tpcHit->X();
2103           xyz[1]=tpcHit->Y();
2104           xyz[2]=tpcHit->Z();
2105           //
2106           // protection for the nonphysical avalanche size (10**6 maximum)
2107           //
2108           Double_t rn=TMath::Max(gRandom->Rndm(0),1.93e-22);
2109           xyz[3]= (Float_t) (-gasgain*TMath::Log(rn));
2110           index[0]=1;
2111
2112           TransportElectron(xyz,index); //MI change -august
2113           Int_t rowNumber;
2114           fTPCParam->GetPadRow(xyz,index); //MI change august
2115           rowNumber = index[2];
2116           //transform position to local digit coordinates
2117           //relative to nearest pad row
2118           if ((rowNumber<0)||rowNumber>=fTPCParam->GetNRow(isec)) continue;
2119           nofElectrons[rowNumber]++;
2120           //----------------------------------
2121           // Expand vector if necessary
2122           //----------------------------------
2123           if(nofElectrons[rowNumber]>120){
2124             Int_t range = tracks[rowNumber]->GetNrows();
2125             if((nofElectrons[rowNumber])>(range-1)/4){
2126
2127               tracks[rowNumber]->ResizeTo(range+400); // Add 100 electrons
2128             }
2129           }
2130
2131           TVector &v = *tracks[rowNumber];
2132           Int_t idx = 4*nofElectrons[rowNumber]-3;
2133
2134           v(idx)=  xyz[0];   // X - pad row coordinate
2135           v(idx+1)=xyz[1];   // Y - pad coordinate (along the pad-row)
2136           v(idx+2)=xyz[2];   // Z - time bin coordinate
2137           v(idx+3)=xyz[3];   // avalanche size
2138         } // end of loop over electrons
2139
2140         tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
2141
2142       } // end of loop over hits
2143     } // end of loop over tracks
2144
2145     //
2146     //   store remaining track (the last one) if not empty
2147     //
2148
2149      for(i=0;i<nrows;i++){
2150        if(nofElectrons[i]>0){
2151           TVector &v = *tracks[i];
2152           v(0) = previousTrack;
2153           tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
2154           row[i]->Add(tracks[i]);
2155         }
2156         else{
2157           delete tracks[i];
2158           tracks[i]=0;
2159         }
2160       }
2161
2162           delete [] tracks;
2163           delete [] nofElectrons;
2164
2165
2166 } // end of MakeSector
2167
2168
2169 //_____________________________________________________________________________
2170 void AliTPC::Init()
2171 {
2172   //
2173   // Initialise TPC detector after definition of geometry
2174   //
2175   Int_t i;
2176   //
2177   if(fDebug) {
2178     printf("\n%s: ",ClassName());
2179     for(i=0;i<35;i++) printf("*");
2180     printf(" TPC_INIT ");
2181     for(i=0;i<35;i++) printf("*");
2182     printf("\n%s: ",ClassName());
2183     //
2184     for(i=0;i<80;i++) printf("*");
2185     printf("\n");
2186   }
2187 }
2188
2189 //_____________________________________________________________________________
2190 void AliTPC::MakeBranch(Option_t* option, const char *file)
2191 {
2192   //
2193   // Create Tree branches for the TPC.
2194   //
2195   Int_t buffersize = 4000;
2196   char branchname[10];
2197   sprintf(branchname,"%s",GetName());
2198
2199   AliDetector::MakeBranch(option,file);
2200
2201   const char *d = strstr(option,"D");
2202
2203   if (fDigits   && gAlice->TreeD() && d) {
2204       MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(),
2205                        branchname, &fDigits, buffersize, file);
2206   }
2207
2208   if (fHitType&2) MakeBranch2(option,file); // MI change 14.09.2000
2209 }
2210
2211 //_____________________________________________________________________________
2212 void AliTPC::ResetDigits()
2213 {
2214   //
2215   // Reset number of digits and the digits array for this detector
2216   //
2217   fNdigits   = 0;
2218   if (fDigits)   fDigits->Clear();
2219 }
2220
2221 //_____________________________________________________________________________
2222 void AliTPC::SetSecAL(Int_t sec)
2223 {
2224   //---------------------------------------------------
2225   // Activate/deactivate selection for lower sectors
2226   //---------------------------------------------------
2227
2228   //-----------------------------------------------------------------
2229   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2230   //-----------------------------------------------------------------
2231
2232   fSecAL = sec;
2233 }
2234
2235 //_____________________________________________________________________________
2236 void AliTPC::SetSecAU(Int_t sec)
2237 {
2238   //----------------------------------------------------
2239   // Activate/deactivate selection for upper sectors
2240   //---------------------------------------------------
2241
2242   //-----------------------------------------------------------------
2243   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2244   //-----------------------------------------------------------------
2245
2246   fSecAU = sec;
2247 }
2248
2249 //_____________________________________________________________________________
2250 void AliTPC::SetSecLows(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6)
2251 {
2252   //----------------------------------------
2253   // Select active lower sectors
2254   //----------------------------------------
2255
2256   //-----------------------------------------------------------------
2257   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2258   //-----------------------------------------------------------------
2259
2260   fSecLows[0] = s1;
2261   fSecLows[1] = s2;
2262   fSecLows[2] = s3;
2263   fSecLows[3] = s4;
2264   fSecLows[4] = s5;
2265   fSecLows[5] = s6;
2266 }
2267
2268 //_____________________________________________________________________________
2269 void AliTPC::SetSecUps(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6,
2270                        Int_t s7, Int_t s8 ,Int_t s9 ,Int_t s10,
2271                        Int_t s11 , Int_t s12)
2272 {
2273   //--------------------------------
2274   // Select active upper sectors
2275   //--------------------------------
2276
2277   //-----------------------------------------------------------------
2278   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2279   //-----------------------------------------------------------------
2280
2281   fSecUps[0] = s1;
2282   fSecUps[1] = s2;
2283   fSecUps[2] = s3;
2284   fSecUps[3] = s4;
2285   fSecUps[4] = s5;
2286   fSecUps[5] = s6;
2287   fSecUps[6] = s7;
2288   fSecUps[7] = s8;
2289   fSecUps[8] = s9;
2290   fSecUps[9] = s10;
2291   fSecUps[10] = s11;
2292   fSecUps[11] = s12;
2293 }
2294
2295 //_____________________________________________________________________________
2296 void AliTPC::SetSens(Int_t sens)
2297 {
2298
2299   //-------------------------------------------------------------
2300   // Activates/deactivates the sensitive strips at the center of
2301   // the pad row -- this is for the space-point resolution calculations
2302   //-------------------------------------------------------------
2303
2304   //-----------------------------------------------------------------
2305   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2306   //-----------------------------------------------------------------
2307
2308   fSens = sens;
2309 }
2310
2311
2312 void AliTPC::SetSide(Float_t side=0.)
2313 {
2314   // choice of the TPC side
2315
2316   fSide = side;
2317
2318 }
2319 //____________________________________________________________________________
2320 void AliTPC::SetGasMixt(Int_t nc,Int_t c1,Int_t c2,Int_t c3,Float_t p1,
2321                            Float_t p2,Float_t p3)
2322 {
2323
2324   // gax mixture definition
2325
2326  fNoComp = nc;
2327
2328  fMixtComp[0]=c1;
2329  fMixtComp[1]=c2;
2330  fMixtComp[2]=c3;
2331
2332  fMixtProp[0]=p1;
2333  fMixtProp[1]=p2;
2334  fMixtProp[2]=p3;
2335
2336
2337 }
2338 //_____________________________________________________________________________
2339
2340 void AliTPC::TransportElectron(Float_t *xyz, Int_t *index)
2341 {
2342   //
2343   // electron transport taking into account:
2344   // 1. diffusion,
2345   // 2.ExB at the wires
2346   // 3. nonisochronity
2347   //
2348   // xyz and index must be already transformed to system 1
2349   //
2350
2351   fTPCParam->Transform1to2(xyz,index);
2352
2353   //add diffusion
2354   Float_t driftl=xyz[2];
2355   if(driftl<0.01) driftl=0.01;
2356   driftl=TMath::Sqrt(driftl);
2357   Float_t sigT = driftl*(fTPCParam->GetDiffT());
2358   Float_t sigL = driftl*(fTPCParam->GetDiffL());
2359   xyz[0]=gRandom->Gaus(xyz[0],sigT);
2360   xyz[1]=gRandom->Gaus(xyz[1],sigT);
2361   xyz[2]=gRandom->Gaus(xyz[2],sigL);
2362
2363   // ExB
2364
2365   if (fTPCParam->GetMWPCReadout()==kTRUE){
2366     Float_t x1=xyz[0];
2367     fTPCParam->Transform2to2NearestWire(xyz,index);
2368     Float_t dx=xyz[0]-x1;
2369     xyz[1]+=dx*(fTPCParam->GetOmegaTau());
2370   }
2371   //add nonisochronity (not implemented yet)
2372
2373 }
2374
2375 ClassImp(AliTPCdigit)
2376
2377 //_____________________________________________________________________________
2378 AliTPCdigit::AliTPCdigit(Int_t *tracks, Int_t *digits):
2379   AliDigit(tracks)
2380 {
2381   //
2382   // Creates a TPC digit object
2383   //
2384   fSector     = digits[0];
2385   fPadRow     = digits[1];
2386   fPad        = digits[2];
2387   fTime       = digits[3];
2388   fSignal     = digits[4];
2389 }
2390
2391
2392 ClassImp(AliTPChit)
2393
2394 //_____________________________________________________________________________
2395 AliTPChit::AliTPChit(Int_t shunt, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits):
2396 AliHit(shunt,track)
2397 {
2398   //
2399   // Creates a TPC hit object
2400   //
2401   fSector     = vol[0];
2402   fPadRow     = vol[1];
2403   fX          = hits[0];
2404   fY          = hits[1];
2405   fZ          = hits[2];
2406   fQ          = hits[3];
2407 }
2408
2409
2410 //________________________________________________________________________
2411 // Additional code because of the AliTPCTrackHits
2412
2413 void AliTPC::MakeBranch2(Option_t *option,const char *file)
2414 {
2415   //
2416   // Create a new branch in the current Root Tree
2417   // The branch of fHits is automatically split
2418   // MI change 14.09.2000
2419   if (fHitType&2==0) return;
2420   char branchname[10];
2421   sprintf(branchname,"%s2",GetName());
2422   //
2423   // Get the pointer to the header
2424   const char *cH = strstr(option,"H");
2425   //
2426   if (fTrackHits   && gAlice->TreeH() && cH) {
2427     AliObjectBranch * branch = new AliObjectBranch(branchname,"AliTPCTrackHits",&fTrackHits,
2428                                                    gAlice->TreeH(),fBufferSize,99);
2429     gAlice->TreeH()->GetListOfBranches()->Add(branch);
2430     if (GetDebug()>1)
2431       printf("* AliDetector::MakeBranch * Making Branch %s for trackhits\n",branchname);
2432     const char folder [] = "RunMC/Event/Data";
2433     if (GetDebug())
2434       printf("%15s: Publishing %s to %s\n",ClassName(),branchname,folder);
2435     Publish(folder,&fTrackHits,branchname);
2436     if (file) {
2437         TBranch *b = gAlice->TreeH()->GetBranch(branchname);
2438         TDirectory *wd = gDirectory;
2439         b->SetFile(file);
2440         TIter next( b->GetListOfBranches());
2441         while ((b=(TBranch*)next())) {
2442           b->SetFile(file);
2443         }
2444         wd->cd();
2445         if (GetDebug()>1)
2446               cout << "Diverting branch " << branchname << " to file " << file << endl;
2447     }
2448   }
2449 }
2450
2451 void AliTPC::SetTreeAddress()
2452 {
2453   if (fHitType&1) AliDetector::SetTreeAddress();
2454   if (fHitType&2) SetTreeAddress2();
2455 }
2456
2457 void AliTPC::SetTreeAddress2()
2458 {
2459   //
2460   // Set branch address for the TrackHits Tree
2461   //
2462   TBranch *branch;
2463   char branchname[20];
2464   sprintf(branchname,"%s2",GetName());
2465   //
2466   // Branch address for hit tree
2467   TTree *treeH = gAlice->TreeH();
2468   if (treeH) {
2469     branch = treeH->GetBranch(branchname);
2470     if (branch) branch->SetAddress(&fTrackHits);
2471   }
2472 }
2473
2474 void AliTPC::FinishPrimary()
2475 {
2476   if (fTrackHits) fTrackHits->FlushHitStack();
2477 }
2478
2479
2480 void AliTPC::AddHit2(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
2481 {
2482   //
2483   // add hit to the list
2484   Int_t rtrack;
2485   if (fIshunt) {
2486     int primary = gAlice->GetPrimary(track);
2487     gAlice->Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
2488     rtrack=primary;
2489   } else {
2490     rtrack=track;
2491     gAlice->FlagTrack(track);
2492   }
2493   //AliTPChit *hit = (AliTPChit*)fHits->UncheckedAt(fNhits-1);
2494   //if (hit->fTrack!=rtrack)
2495   //  cout<<"bad track number\n";
2496   if (fTrackHits)
2497     fTrackHits->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
2498                              hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
2499 }
2500
2501 void AliTPC::ResetHits()
2502 {
2503   if (fHitType&1) AliDetector::ResetHits();
2504   if (fHitType&2) ResetHits2();
2505 }
2506
2507 void AliTPC::ResetHits2()
2508 {
2509   //
2510   //reset hits
2511   if (fTrackHits) fTrackHits->Clear();
2512 }
2513
2514 AliHit* AliTPC::FirstHit(Int_t track)
2515 {
2516   if (fHitType&2) return FirstHit2(track);
2517   return AliDetector::FirstHit(track);
2518 }
2519 AliHit* AliTPC::NextHit()
2520 {
2521   if (fHitType&2) return NextHit2();
2522   return AliDetector::NextHit();
2523 }
2524
2525 AliHit* AliTPC::FirstHit2(Int_t track)
2526 {
2527   //
2528   // Initialise the hit iterator
2529   // Return the address of the first hit for track
2530   // If track>=0 the track is read from disk
2531   // while if track<0 the first hit of the current
2532   // track is returned
2533   //
2534   if(track>=0) {
2535     gAlice->ResetHits();
2536     gAlice->TreeH()->GetEvent(track);
2537   }
2538   //
2539   if (fTrackHits) {
2540     fTrackHits->First();
2541     return fTrackHits->GetHit();
2542   }
2543   else return 0;
2544 }
2545
2546 AliHit* AliTPC::NextHit2()
2547 {
2548   //
2549   //Return the next hit for the current track
2550
2551   if (fTrackHits) {
2552     fTrackHits->Next();
2553     return fTrackHits->GetHit();
2554   }
2555   else
2556     return 0;
2557 }
2558
2559 void AliTPC::LoadPoints(Int_t)
2560 {
2561   //
2562   Int_t a = 0;
2563   /*  if(fHitType==1) return AliDetector::LoadPoints(a);
2564   LoadPoints2(a);
2565   */
2566   if(fHitType==1) AliDetector::LoadPoints(a);
2567   else LoadPoints2(a);
2568
2569   // LoadPoints3(a);
2570
2571 }
2572
2573
2574 void AliTPC::RemapTrackHitIDs(Int_t *map)
2575 {
2576   if (!fTrackHits) return;
2577   AliObjectArray * arr = fTrackHits->fTrackHitsInfo;
2578   for (UInt_t i=0;i<arr->GetSize();i++){
2579     AliTrackHitsInfo * info = (AliTrackHitsInfo *)(arr->At(i));
2580     info->fTrackID = map[info->fTrackID];
2581   }
2582
2583 }
2584
2585
2586 //_____________________________________________________________________________
2587 void AliTPC::LoadPoints2(Int_t)
2588 {
2589   //
2590   // Store x, y, z of all hits in memory
2591   //
2592   if (fTrackHits == 0) return;
2593   //
2594   Int_t nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
2595   if (nhits == 0) return;
2596   Int_t tracks = gAlice->GetNtrack();
2597   if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(tracks);
2598   AliHit *ahit;
2599   //
2600   Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
2601   Int_t *limi=new Int_t[tracks];
2602   Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
2603   for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
2604     ntrk[i]=0;
2605     coor[i]=0;
2606     limi[i]=0;
2607   }
2608   //
2609   AliPoints *points = 0;
2610   Float_t *fp=0;
2611   Int_t trk;
2612   Int_t chunk=nhits/4+1;
2613   //
2614   // Loop over all the hits and store their position
2615   //
2616   ahit = FirstHit2(-1);
2617   //for (Int_t hit=0;hit<nhits;hit++) {
2618   while (ahit){
2619     //    ahit = (AliHit*)fHits->UncheckedAt(hit);
2620     trk=ahit->GetTrack();
2621     if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
2622       //
2623       // Initialise a new track
2624       fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
2625       if(coor[trk]) {
2626         memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
2627         delete [] coor[trk];
2628       }
2629       limi[trk]+=chunk;
2630       coor[trk] = fp;
2631     } else {
2632       fp = coor[trk];
2633     }
2634     fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
2635     fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
2636     fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
2637     ntrk[trk]++;
2638     ahit = NextHit2();
2639   }
2640   //
2641   for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
2642     if(ntrk[trk]) {
2643       points = new AliPoints();
2644       points->SetMarkerColor(GetMarkerColor());
2645       points->SetMarkerSize(GetMarkerSize());
2646       points->SetDetector(this);
2647       points->SetParticle(trk);
2648       points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle());
2649       fPoints->AddAt(points,trk);
2650       delete [] coor[trk];
2651       coor[trk]=0;
2652     }
2653   }
2654   delete [] coor;
2655   delete [] ntrk;
2656   delete [] limi;
2657 }
2658
2659
2660 //_____________________________________________________________________________
2661 void AliTPC::LoadPoints3(Int_t)
2662 {
2663   //
2664   // Store x, y, z of all hits in memory
2665   // - only intersection point with pad row
2666   if (fTrackHits == 0) return;
2667   //
2668   Int_t nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
2669   if (nhits == 0) return;
2670   Int_t tracks = gAlice->GetNtrack();
2671   if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(2*tracks);
2672   fPoints->Expand(2*tracks);
2673   AliHit *ahit;
2674   //
2675   Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
2676   Int_t *limi=new Int_t[tracks];
2677   Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
2678   for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
2679     ntrk[i]=0;
2680     coor[i]=0;
2681     limi[i]=0;
2682   }
2683   //
2684   AliPoints *points = 0;
2685   Float_t *fp=0;
2686   Int_t trk;
2687   Int_t chunk=nhits/4+1;
2688   //
2689   // Loop over all the hits and store their position
2690   //
2691   ahit = FirstHit2(-1);
2692   //for (Int_t hit=0;hit<nhits;hit++) {
2693
2694   Int_t lastrow = -1;
2695   while (ahit){
2696     //    ahit = (AliHit*)fHits->UncheckedAt(hit);
2697     trk=ahit->GetTrack();
2698     Float_t  x[3]={ahit->X(),ahit->Y(),ahit->Z()};
2699     Int_t    index[3]={1,((AliTPChit*)ahit)->fSector,0};
2700     Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
2701     if (currentrow!=lastrow){
2702       lastrow = currentrow;
2703       //later calculate intersection point
2704       if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
2705         //
2706         // Initialise a new track
2707         fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
2708         if(coor[trk]) {
2709           memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
2710           delete [] coor[trk];
2711         }
2712         limi[trk]+=chunk;
2713         coor[trk] = fp;
2714       } else {
2715         fp = coor[trk];
2716       }
2717       fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
2718       fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
2719       fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
2720       ntrk[trk]++;
2721     }
2722     ahit = NextHit2();
2723   }
2724
2725   //
2726   for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
2727     if(ntrk[trk]) {
2728       points = new AliPoints();
2729       points->SetMarkerColor(GetMarkerColor()+1);
2730       points->SetMarkerStyle(5);
2731       points->SetMarkerSize(0.2);
2732       points->SetDetector(this);
2733       points->SetParticle(trk);
2734       //      points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle()20);
2735       points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],30);
2736       fPoints->AddAt(points,tracks+trk);
2737       delete [] coor[trk];
2738       coor[trk]=0;
2739     }
2740   }
2741   delete [] coor;
2742   delete [] ntrk;
2743   delete [] limi;
2744 }
2745
2746
2747
2748 void AliTPC::FindTrackHitsIntersection(TClonesArray * arr)
2749 {
2750
2751   //
2752   //fill clones array with intersection of current point with the
2753   //middle of the row
2754   Int_t sector;
2755   Int_t ipart;
2756
2757   const Int_t kcmaxhits=30000;
2758   TVector * xxxx = new TVector(kcmaxhits*4);
2759   TVector & xxx = *xxxx;
2760   Int_t maxhits = kcmaxhits;
2761
2762   //
2763   AliTPChit * tpcHit=0;
2764   tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit2(-1);
2765   Int_t currentIndex=0;
2766   Int_t lastrow=-1;  //last writen row
2767
2768   while (tpcHit){
2769     if (tpcHit==0) continue;
2770     sector=tpcHit->fSector; // sector number
2771     ipart=tpcHit->Track();
2772
2773     //find row number
2774
2775     Float_t  x[3]={tpcHit->X(),tpcHit->Y(),tpcHit->Z()};
2776     Int_t    index[3]={1,sector,0};
2777     Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
2778     if (currentrow<0) continue;
2779     if (lastrow<0) lastrow=currentrow;
2780     if (currentrow==lastrow){
2781       if ( currentIndex>=maxhits){
2782         maxhits+=kcmaxhits;
2783         xxx.ResizeTo(4*maxhits);
2784       }
2785       xxx(currentIndex*4)=x[0];
2786       xxx(currentIndex*4+1)=x[1];
2787       xxx(currentIndex*4+2)=x[2];
2788       xxx(currentIndex*4+3)=tpcHit->fQ;
2789       currentIndex++;
2790     }
2791     else
2792       if (currentIndex>2){
2793         Float_t sumx=0;
2794         Float_t sumx2=0;
2795         Float_t sumx3=0;
2796         Float_t sumx4=0;
2797         Float_t sumy=0;
2798         Float_t sumxy=0;
2799         Float_t sumx2y=0;
2800         Float_t sumz=0;
2801         Float_t sumxz=0;
2802         Float_t sumx2z=0;
2803         Float_t sumq=0;
2804         for (Int_t index=0;index<currentIndex;index++){
2805           Float_t x,x2,x3,x4;
2806           x=x2=x3=x4=xxx(index*4);
2807           x2*=x;
2808           x3*=x2;
2809           x4*=x3;
2810           sumx+=x;
2811           sumx2+=x2;
2812           sumx3+=x3;
2813           sumx4+=x4;
2814           sumy+=xxx(index*4+1);
2815           sumxy+=xxx(index*4+1)*x;
2816           sumx2y+=xxx(index*4+1)*x2;
2817           sumz+=xxx(index*4+2);
2818           sumxz+=xxx(index*4+2)*x;
2819           sumx2z+=xxx(index*4+2)*x2;
2820           sumq+=xxx(index*4+3);
2821         }
2822         Float_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(sector,lastrow)-1)/2;
2823         Float_t det=currentIndex*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2824           sumx2*(sumx*sumx3-sumx2*sumx2);
2825
2826         Float_t detay=sumy*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)+
2827           sumx2*(sumxy*sumx3-sumx2y*sumx2);
2828         Float_t detaz=sumz*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)+
2829           sumx2*(sumxz*sumx3-sumx2z*sumx2);
2830
2831         Float_t detby=currentIndex*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)-sumy*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2832           sumx2*(sumx*sumx2y-sumx2*sumxy);
2833         Float_t detbz=currentIndex*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)-sumz*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2834           sumx2*(sumx*sumx2z-sumx2*sumxz);
2835
2836         Float_t y=detay/det+centralPad;
2837         Float_t z=detaz/det;
2838         Float_t by=detby/det; //y angle
2839         Float_t bz=detbz/det; //z angle
2840         sumy/=Float_t(currentIndex);
2841         sumz/=Float_t(currentIndex);
2842
2843         AliComplexCluster cl;
2844         cl.fX=z;
2845         cl.fY=y;
2846         cl.fQ=sumq;
2847         cl.fSigmaX2=bz;
2848         cl.fSigmaY2=by;
2849         cl.fTracks[0]=ipart;
2850
2851         AliTPCClustersRow * row = (fClustersArray->GetRow(sector,lastrow));
2852         if (row!=0) row->InsertCluster(&cl);
2853         currentIndex=0;
2854         lastrow=currentrow;
2855       } //end of calculating cluster for given row
2856
2857   } // end of loop over hits
2858   xxxx->Delete();
2859
2860 }
2861 //_______________________________________________________________________________
2862 void AliTPC::Digits2Reco(Int_t firstevent,Int_t lastevent)
2863 {
2864   // produces rec points from digits and writes them on the root file
2865   // AliTPCclusters.root
2866
2867   TDirectory *cwd = gDirectory;
2868
2869
2870   AliTPCParam *dig=(AliTPCParam *)gDirectory->Get("75x40_100x60");
2871   SetParam(dig);
2872   cout<<"AliTPC::Digits2Reco: TPC parameteres have been set"<<endl;
2873   TFile *out;
2874   if(!gSystem->Getenv("CONFIG_FILE")){
2875     out=TFile::Open("AliTPCclusters.root","recreate");
2876   }
2877   else {
2878     const char *tmp1;
2879     const char *tmp2;
2880     char tmp3[80];
2881     tmp1=gSystem->Getenv("CONFIG_FILE_PREFIX");
2882     tmp2=gSystem->Getenv("CONFIG_OUTDIR");
2883     sprintf(tmp3,"%s%s/AliTPCclusters.root",tmp1,tmp2);
2884     out=TFile::Open(tmp3,"recreate");
2885   }
2886
2887   TStopwatch timer;
2888   cout<<"AliTPC::Digits2Reco - determination of rec points begins"<<endl;
2889   timer.Start();
2890   cwd->cd();
2891   for(Int_t iev=firstevent;iev<lastevent+1;iev++){
2892
2893     printf("Processing event %d\n",iev);
2894     Digits2Clusters(out,iev);
2895   }
2896   cout<<"AliTPC::Digits2Reco - determination of rec points ended"<<endl;
2897   timer.Stop();
2898   timer.Print();
2899   out->Close();
2900   cwd->cd();
2901
2902
2903 }