TPC/AliTPC.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 //  Time Projection Chamber                                                  //
  21 //  This class contains the basic functions for the Time Projection Chamber  //
  22 //  detector. Functions specific to one particular geometry are              //
  23 //  contained in the derived classes                                         //
  24 //                                                                           //
  25 //Begin_Html
  26 /*
  27 <img src="picts/AliTPCClass.gif">
  28 */
  29 //End_Html
  30 //                                                                           //
  31 //                                                                          //
  32 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  33
  34 //
  35
  36 #include <Riostream.h>
  37 #include <stdlib.h>
  38
  39 #include <TFile.h>
  40 #include <TGeometry.h>
  41 #include <TInterpreter.h>
  42 #include <TMath.h>
  43 #include <TMatrix.h>
  44 #include <TNode.h>
  45 #include <TObjectTable.h>
  46 #include <TParticle.h>
  47 #include <TROOT.h>
  48 #include <TRandom.h>
  49 #include <TSystem.h>
  50 #include <TTUBS.h>
  51 #include <TTree.h>
  52 #include <TVector.h>
  53 #include <TVirtualMC.h>
  54 #include <TString.h>
  55 #include <TF2.h>
  56
  57 #include "AliArrayBranch.h"
  58 #include "AliClusters.h"
  59 #include "AliComplexCluster.h"
  60 #include "AliDigits.h"
  61 #include "AliMagF.h"
  62 #include "AliPoints.h"
  63 #include "AliRun.h"
  64 #include "AliRunLoader.h"
  65 #include "AliSimDigits.h"
  66 #include "AliTPC.h"
  67 #include "AliTPC.h"
  68 #include "AliTPCClustersArray.h"
  69 #include "AliTPCClustersRow.h"
  70 #include "AliTPCDigitsArray.h"
  71 #include "AliTPCLoader.h"
  72 #include "AliTPCPRF2D.h"
  73 #include "AliTPCParamSR.h"
  74 #include "AliTPCRF1D.h"
  75 #include "AliTPCTrackHits.h"
  76 #include "AliTPCTrackHitsV2.h"
  77 #include "AliTPCcluster.h"
  78 #include "AliTrackReference.h"
  79 #include "AliMC.h"
  80 #include "AliTPCDigitizer.h"
  81
  82
  83 ClassImp(AliTPC)
  84
  85 //_____________________________________________________________________________
  86 // helper class for fast matrix and vector manipulation - no range checking
  87 // origin - Marian Ivanov
  88
  89 class AliTPCFastMatrix : public TMatrix {
  90 public :
  91   AliTPCFastMatrix(Int_t row_lwb, Int_t row_upb, Int_t col_lwb, Int_t col_upb);
  92   inline Float_t & UncheckedAt(Int_t rown, Int_t coln) const  {return  (fIndex[coln])[rown];} //fast acces
  93   inline Float_t   UncheckedAtFast(Int_t rown, Int_t coln) const  {return  (fIndex[coln])[rown];} //fast acces
  94 };
  95
  96 AliTPCFastMatrix::AliTPCFastMatrix(Int_t row_lwb, Int_t row_upb, Int_t col_lwb, Int_t col_upb):
  97   TMatrix(row_lwb, row_upb,col_lwb,col_upb)
  98    {
  99    };
 100 //_____________________________________________________________________________
 101 class AliTPCFastVector : public TVector {
 102 public :
 103   AliTPCFastVector(Int_t size);
 104   virtual ~AliTPCFastVector(){;}
 105   inline Float_t & UncheckedAt(Int_t index) const  {return  fElements[index];} //fast acces
 106
 107 };
 108
 109 AliTPCFastVector::AliTPCFastVector(Int_t size):TVector(size){
 110 };
 111
 112 //_____________________________________________________________________________
 113 AliTPC::AliTPC()
 114 {
 115   //
 116   // Default constructor
 117   //
 118   fIshunt   = 0;
 119   fHits     = 0;
 120   fDigits   = 0;
 121   fNsectors = 0;
 122   fDigitsArray = 0;
 123   fClustersArray = 0;
 124   fDefaults = 0;
 125   fTrackHits = 0;
 126   fTrackHitsOld = 0;
 127   fHitType = 2; //default CONTAINERS - based on ROOT structure
 128   fTPCParam = 0;
 129   fNoiseTable = 0;
 130   fActiveSectors =0;
 131
 132 }
 133
 134 //_____________________________________________________________________________
 135 AliTPC::AliTPC(const char *name, const char *title)
 136       : AliDetector(name,title)
 137 {
 138   //
 139   // Standard constructor
 140   //
 141
 142   //
 143   // Initialise arrays of hits and digits
 144   fHits     = new TClonesArray("AliTPChit",  176);
 145   gAlice->GetMCApp()->AddHitList(fHits);
 146   fDigitsArray = 0;
 147   fClustersArray= 0;
 148   fDefaults = 0;
 149   //
 150   fTrackHits = new AliTPCTrackHitsV2;
 151   fTrackHits->SetHitPrecision(0.002);
 152   fTrackHits->SetStepPrecision(0.003);
 153   fTrackHits->SetMaxDistance(100);
 154
 155   fTrackHitsOld = new AliTPCTrackHits;  //MI - 13.09.2000
 156   fTrackHitsOld->SetHitPrecision(0.002);
 157   fTrackHitsOld->SetStepPrecision(0.003);
 158   fTrackHitsOld->SetMaxDistance(100);
 159
 160   fNoiseTable =0;
 161
 162   fHitType = 2;
 163   fActiveSectors = 0;
 164   //
 165   // Initialise counters
 166   fNsectors = 0;
 167
 168   //
 169   fIshunt     =  0;
 170   //
 171   // Initialise color attributes
 172   SetMarkerColor(kYellow);
 173
 174   //
 175   //  Set TPC parameters
 176   //
 177
 178
 179   if (!strcmp(title,"Default")) {
 180     fTPCParam = new AliTPCParamSR;
 181   } else {
 182     cerr<<"AliTPC warning: in Config.C you must set non-default parameters\n";
 183     fTPCParam=0;
 184   }
 185
 186 }
 187
 188 //_____________________________________________________________________________
 189 AliTPC::~AliTPC()
 190 {
 191   //
 192   // TPC destructor
 193   //
 194
 195   fIshunt   = 0;
 196   delete fHits;
 197   delete fDigits;
 198   delete fTPCParam;
 199   delete fTrackHits; //MI 15.09.2000
 200   delete fTrackHitsOld; //MI 10.12.2001
 201   if (fNoiseTable) delete [] fNoiseTable;
 202
 203 }
 204
 205 //_____________________________________________________________________________
 206 void AliTPC::AddHit(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
 207 {
 208   //
 209   // Add a hit to the list
 210   //
 211   //  TClonesArray &lhits = *fHits;
 212   //  new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
 213   if (fHitType&1){
 214     TClonesArray &lhits = *fHits;
 215     new(lhits[fNhits++]) AliTPChit(fIshunt,track,vol,hits);
 216   }
 217   if (fHitType>1)
 218    AddHit2(track,vol,hits);
 219 }
 220
 221 //_____________________________________________________________________________
 222 void AliTPC::BuildGeometry()
 223 {
 224
 225   //
 226   // Build TPC ROOT TNode geometry for the event display
 227   //
 228   TNode *nNode, *nTop;
 229   TTUBS *tubs;
 230   Int_t i;
 231   const int kColorTPC=19;
 232   char name[5], title[25];
 233   const Double_t kDegrad=TMath::Pi()/180;
 234   const Double_t kRaddeg=180./TMath::Pi();
 235
 236
 237   Float_t innerOpenAngle = fTPCParam->GetInnerAngle();
 238   Float_t outerOpenAngle = fTPCParam->GetOuterAngle();
 239
 240   Float_t innerAngleShift = fTPCParam->GetInnerAngleShift();
 241   Float_t outerAngleShift = fTPCParam->GetOuterAngleShift();
 242
 243   Int_t nLo = fTPCParam->GetNInnerSector()/2;
 244   Int_t nHi = fTPCParam->GetNOuterSector()/2;
 245
 246   const Double_t kloAng = (Double_t)TMath::Nint(innerOpenAngle*kRaddeg);
 247   const Double_t khiAng = (Double_t)TMath::Nint(outerOpenAngle*kRaddeg);
 248   const Double_t kloAngSh = (Double_t)TMath::Nint(innerAngleShift*kRaddeg);
 249   const Double_t khiAngSh = (Double_t)TMath::Nint(outerAngleShift*kRaddeg);
 250
 251
 252   const Double_t kloCorr = 1/TMath::Cos(0.5*kloAng*kDegrad);
 253   const Double_t khiCorr = 1/TMath::Cos(0.5*khiAng*kDegrad);
 254
 255   Double_t rl,ru;
 256
 257
 258   //
 259   // Get ALICE top node
 260   //
 261
 262   nTop=gAlice->GetGeometry()->GetNode("alice");
 263
 264   //  inner sectors
 265
 266   rl = fTPCParam->GetInnerRadiusLow();
 267   ru = fTPCParam->GetInnerRadiusUp();
 268
 269
 270   for(i=0;i<nLo;i++) {
 271     sprintf(name,"LS%2.2d",i);
 272     name[4]='\0';
 273     sprintf(title,"TPC low sector %3d",i);
 274     title[24]='\0';
 275
 276     tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*kloCorr,ru*kloCorr,250.,
 277                      kloAng*(i-0.5)+kloAngSh,kloAng*(i+0.5)+kloAngSh);
 278     tubs->SetNumberOfDivisions(1);
 279     nTop->cd();
 280     nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
 281     nNode->SetLineColor(kColorTPC);
 282     fNodes->Add(nNode);
 283   }
 284
 285   // Outer sectors
 286
 287   rl = fTPCParam->GetOuterRadiusLow();
 288   ru = fTPCParam->GetOuterRadiusUp();
 289
 290   for(i=0;i<nHi;i++) {
 291     sprintf(name,"US%2.2d",i);
 292     name[4]='\0';
 293     sprintf(title,"TPC upper sector %d",i);
 294     title[24]='\0';
 295     tubs = new TTUBS(name,title,"void",rl*khiCorr,ru*khiCorr,250,
 296                      khiAng*(i-0.5)+khiAngSh,khiAng*(i+0.5)+khiAngSh);
 297     tubs->SetNumberOfDivisions(1);
 298     nTop->cd();
 299     nNode = new TNode(name,title,name,0,0,0,"");
 300     nNode->SetLineColor(kColorTPC);
 301     fNodes->Add(nNode);
 302   }
 303
 304 }
 305
 306 //_____________________________________________________________________________
 307 Int_t AliTPC::DistancetoPrimitive(Int_t , Int_t )
 308 {
 309   //
 310   // Calculate distance from TPC to mouse on the display
 311   // Dummy procedure
 312   //
 313   return 9999;
 314 }
 315
 316 void AliTPC::Clusters2Tracks()
 317  {
 318   //-----------------------------------------------------------------
 319   // This is a track finder.
 320   //-----------------------------------------------------------------
 321   Error("Clusters2Tracks",
 322   "Dummy function !  Call AliTPCtracker::Clusters2Tracks(...) instead !");
 323  }
 324
 325 //_____________________________________________________________________________
 326 void AliTPC::CreateMaterials()
 327 {
 328   //-----------------------------------------------
 329   // Create Materials for for TPC simulations
 330   //-----------------------------------------------
 331
 332   //-----------------------------------------------------------------
 333   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
 334   //-----------------------------------------------------------------
 335
 336   Int_t iSXFLD=gAlice->Field()->Integ();
 337   Float_t sXMGMX=gAlice->Field()->Max();
 338
 339   Float_t amat[5]; // atomic numbers
 340   Float_t zmat[5]; // z
 341   Float_t wmat[5]; // proportions
 342
 343   Float_t density;
 344   Float_t apure[2];
 345
 346
 347   //***************** Gases *************************
 348
 349   //-------------------------------------------------
 350   // pure gases
 351   //-------------------------------------------------
 352
 353   // Neon
 354
 355
 356   amat[0]= 20.18;
 357   zmat[0]= 10.;
 358   density = 0.0009;
 359
 360   apure[0]=amat[0];
 361
 362   AliMaterial(20,"Ne",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 363
 364   // Argon
 365
 366   amat[0]= 39.948;
 367   zmat[0]= 18.;
 368   density = 0.001782;
 369
 370   apure[1]=amat[0];
 371
 372   AliMaterial(21,"Ar",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 373
 374
 375   //--------------------------------------------------------------
 376   // gases - compounds
 377   //--------------------------------------------------------------
 378
 379   Float_t amol[3];
 380
 381   // CO2
 382
 383   amat[0]=12.011;
 384   amat[1]=15.9994;
 385
 386   zmat[0]=6.;
 387   zmat[1]=8.;
 388
 389   wmat[0]=1.;
 390   wmat[1]=2.;
 391
 392   density=0.001977;
 393
 394   amol[0] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 395
 396   AliMixture(10,"CO2",amat,zmat,density,-2,wmat);
 397
 398   // CF4
 399
 400   amat[0]=12.011;
 401   amat[1]=18.998;
 402
 403   zmat[0]=6.;
 404   zmat[1]=9.;
 405
 406   wmat[0]=1.;
 407   wmat[1]=4.;
 408
 409   density=0.003034;
 410
 411   amol[1] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 412
 413   AliMixture(11,"CF4",amat,zmat,density,-2,wmat);
 414
 415
 416   // CH4
 417
 418   amat[0]=12.011;
 419   amat[1]=1.;
 420
 421   zmat[0]=6.;
 422   zmat[1]=1.;
 423
 424   wmat[0]=1.;
 425   wmat[1]=4.;
 426
 427   density=0.000717;
 428
 429   amol[2] = amat[0]*wmat[0]+amat[1]*wmat[1];
 430
 431   AliMixture(12,"CH4",amat,zmat,density,-2,wmat);
 432
 433   //----------------------------------------------------------------
 434   // gases - mixtures, ID >= 20 pure gases, <= 10 ID < 20 -compounds
 435   //----------------------------------------------------------------
 436
 437   char namate[21]="";
 438   density = 0.;
 439   Float_t am=0;
 440   Int_t nc;
 441   Float_t rho,absl,X0,buf[1];
 442   Int_t nbuf;
 443   Float_t a,z;
 444
 445   for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
 446     {
 447
 448       // retrive material constants
 449
 450       gMC->Gfmate((*fIdmate)[fMixtComp[nc]],namate,a,z,rho,X0,absl,buf,nbuf);
 451
 452       amat[nc] = a;
 453       zmat[nc] = z;
 454
 455       Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
 456
 457       am += fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ? apure[nnc] : amol[nnc]);
 458       density += fMixtProp[nc]*rho;  // density of the mixture
 459
 460     }
 461
 462   // mixture proportions by weight!
 463
 464   for(nc = 0;nc<fNoComp;nc++)
 465     {
 466
 467       Int_t nnc = (fMixtComp[nc]>=20) ? fMixtComp[nc]%20 : fMixtComp[nc]%10;
 468
 469       wmat[nc] = fMixtProp[nc]*((fMixtComp[nc]>=20) ?
 470                  apure[nnc] : amol[nnc])/am;
 471
 472     }
 473
 474   // Drift gases 1 - nonsensitive, 2 - sensitive
 475
 476   AliMixture(31,"Drift gas 1",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
 477   AliMixture(32,"Drift gas 2",amat,zmat,density,fNoComp,wmat);
 478
 479
 480   // Air
 481
 482   amat[0] = 14.61;
 483   zmat[0] = 7.3;
 484   density = 0.001205;
 485
 486   AliMaterial(24,"Air",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 487
 488
 489   //----------------------------------------------------------------------
 490   //               solid materials
 491   //----------------------------------------------------------------------
 492
 493
 494   // Kevlar C14H22O2N2
 495
 496   amat[0] = 12.011;
 497   amat[1] = 1.;
 498   amat[2] = 15.999;
 499   amat[3] = 14.006;
 500
 501   zmat[0] = 6.;
 502   zmat[1] = 1.;
 503   zmat[2] = 8.;
 504   zmat[3] = 7.;
 505
 506   wmat[0] = 14.;
 507   wmat[1] = 22.;
 508   wmat[2] = 2.;
 509   wmat[3] = 2.;
 510
 511   density = 1.45;
 512
 513   AliMixture(34,"Kevlar",amat,zmat,density,-4,wmat);
 514
 515   // NOMEX
 516
 517   amat[0] = 12.011;
 518   amat[1] = 1.;
 519   amat[2] = 15.999;
 520   amat[3] = 14.006;
 521
 522   zmat[0] = 6.;
 523   zmat[1] = 1.;
 524   zmat[2] = 8.;
 525   zmat[3] = 7.;
 526
 527   wmat[0] = 14.;
 528   wmat[1] = 22.;
 529   wmat[2] = 2.;
 530   wmat[3] = 2.;
 531
 532   density = 0.03;
 533
 534
 535   AliMixture(35,"NOMEX",amat,zmat,density,-4,wmat);
 536
 537   // Makrolon C16H18O3
 538
 539   amat[0] = 12.011;
 540   amat[1] = 1.;
 541   amat[2] = 15.999;
 542
 543   zmat[0] = 6.;
 544   zmat[1] = 1.;
 545   zmat[2] = 8.;
 546
 547   wmat[0] = 16.;
 548   wmat[1] = 18.;
 549   wmat[2] = 3.;
 550
 551   density = 1.2;
 552
 553   AliMixture(36,"Makrolon",amat,zmat,density,-3,wmat);
 554
 555   // Mylar C5H4O2
 556
 557   amat[0]=12.011;
 558   amat[1]=1.;
 559   amat[2]=15.9994;
 560
 561   zmat[0]=6.;
 562   zmat[1]=1.;
 563   zmat[2]=8.;
 564
 565   wmat[0]=5.;
 566   wmat[1]=4.;
 567   wmat[2]=2.;
 568
 569   density = 1.39;
 570
 571   AliMixture(37, "Mylar",amat,zmat,density,-3,wmat);
 572
 573   // SiO2 - used later for the glass fiber
 574
 575   amat[0]=28.086;
 576   amat[1]=15.9994;
 577
 578   zmat[0]=14.;
 579   zmat[1]=8.;
 580
 581   wmat[0]=1.;
 582   wmat[1]=2.;
 583
 584
 585   AliMixture(38,"SiO2",amat,zmat,2.2,-2,wmat); //SiO2 - quartz (rho=2.2)
 586
 587   // Al
 588
 589   amat[0] = 26.98;
 590   zmat[0] = 13.;
 591
 592   density = 2.7;
 593
 594   AliMaterial(40,"Al",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 595
 596   // Si
 597
 598   amat[0] = 28.086;
 599   zmat[0] = 14.;
 600
 601   density = 2.33;
 602
 603   AliMaterial(41,"Si",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 604
 605   // Cu
 606
 607   amat[0] = 63.546;
 608   zmat[0] = 29.;
 609
 610   density = 8.96;
 611
 612   AliMaterial(42,"Cu",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 613
 614   // Tedlar C2H3F
 615
 616   amat[0] = 12.011;
 617   amat[1] = 1.;
 618   amat[2] = 18.998;
 619
 620   zmat[0] = 6.;
 621   zmat[1] = 1.;
 622   zmat[2] = 9.;
 623
 624   wmat[0] = 2.;
 625   wmat[1] = 3.;
 626   wmat[2] = 1.;
 627
 628   density = 1.71;
 629
 630   AliMixture(43, "Tedlar",amat,zmat,density,-3,wmat);
 631
 632
 633   // Plexiglas  C5H8O2
 634
 635   amat[0]=12.011;
 636   amat[1]=1.;
 637   amat[2]=15.9994;
 638
 639   zmat[0]=6.;
 640   zmat[1]=1.;
 641   zmat[2]=8.;
 642
 643   wmat[0]=5.;
 644   wmat[1]=8.;
 645   wmat[2]=2.;
 646
 647   density=1.18;
 648
 649   AliMixture(44,"Plexiglas",amat,zmat,density,-3,wmat);
 650
 651   // Epoxy - C14 H20 O3
 652
 653
 654   amat[0]=12.011;
 655   amat[1]=1.;
 656   amat[2]=15.9994;
 657
 658   zmat[0]=6.;
 659   zmat[1]=1.;
 660   zmat[2]=8.;
 661
 662   wmat[0]=14.;
 663   wmat[1]=20.;
 664   wmat[2]=3.;
 665
 666   density=1.25;
 667
 668   AliMixture(45,"Epoxy",amat,zmat,density,-3,wmat);
 669
 670   // Carbon
 671
 672   amat[0]=12.011;
 673   zmat[0]=6.;
 674   density= 2.265;
 675
 676   AliMaterial(46,"C",amat[0],zmat[0],density,999.,999.);
 677
 678   // get epoxy
 679
 680   gMC->Gfmate((*fIdmate)[45],namate,amat[1],zmat[1],rho,X0,absl,buf,nbuf);
 681
 682   // Carbon fiber
 683
 684   wmat[0]=0.644; // by weight!
 685   wmat[1]=0.356;
 686
 687   density=0.5*(1.25+2.265);
 688
 689   AliMixture(47,"Cfiber",amat,zmat,density,2,wmat);
 690
 691   // get SiO2
 692
 693   gMC->Gfmate((*fIdmate)[38],namate,amat[0],zmat[0],rho,X0,absl,buf,nbuf);
 694
 695   wmat[0]=0.725; // by weight!
 696   wmat[1]=0.275;
 697
 698   density=1.7;
 699
 700   AliMixture(39,"G10",amat,zmat,density,2,wmat);
 701
 702
 703
 704
 705   //----------------------------------------------------------
 706   // tracking media for gases
 707   //----------------------------------------------------------
 708
 709   AliMedium(0, "Air", 24, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .01, .1);
 710   AliMedium(1, "Drift gas 1", 31, 0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
 711   AliMedium(2, "Drift gas 2", 32, 1, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1,.001, .001);
 712   AliMedium(3,"CO2",10,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999.,.1, .001, .001);
 713
 714   //-----------------------------------------------------------
 715   // tracking media for solids
 716   //-----------------------------------------------------------
 717
 718   AliMedium(4,"Al",40,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 719   AliMedium(5,"Kevlar",34,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 720   AliMedium(6,"Nomex",35,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 721   AliMedium(7,"Makrolon",36,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 722   AliMedium(8,"Mylar",37,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 723   AliMedium(9,"Tedlar",43,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 724   AliMedium(10,"Cu",42,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 725   AliMedium(11,"Si",41,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 726   AliMedium(12,"G10",39,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 727   AliMedium(13,"Plexiglas",44,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 728   AliMedium(14,"Epoxy",45,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .0005, .001);
 729   AliMedium(15,"Cfiber",47,0, iSXFLD, sXMGMX, 10., 999., .1, .001, .001);
 730
 731 }
 732
 733 void AliTPC::GenerNoise(Int_t tablesize)
 734 {
 735   //
 736   //Generate table with noise
 737   //
 738   if (fTPCParam==0) {
 739     // error message
 740     fNoiseDepth=0;
 741     return;
 742   }
 743   if (fNoiseTable)  delete[] fNoiseTable;
 744   fNoiseTable = new Float_t[tablesize];
 745   fNoiseDepth = tablesize;
 746   fCurrentNoise =0; //!index of the noise in  the noise table
 747
 748   Float_t norm = fTPCParam->GetNoise()*fTPCParam->GetNoiseNormFac();
 749   for (Int_t i=0;i<tablesize;i++) fNoiseTable[i]= gRandom->Gaus(0,norm);
 750 }
 751
 752 Float_t AliTPC::GetNoise()
 753 {
 754   // get noise from table
 755   //  if ((fCurrentNoise%10)==0)
 756   //  fCurrentNoise= gRandom->Rndm()*fNoiseDepth;
 757   if (fCurrentNoise>=fNoiseDepth) fCurrentNoise=0;
 758   return fNoiseTable[fCurrentNoise++];
 759   //gRandom->Gaus(0, fTPCParam->GetNoise()*fTPCParam->GetNoiseNormFac());
 760 }
 761
 762
 763 Bool_t  AliTPC::IsSectorActive(Int_t sec)
 764 {
 765   //
 766   // check if the sector is active
 767   if (!fActiveSectors) return kTRUE;
 768   else return fActiveSectors[sec];
 769 }
 770
 771 void    AliTPC::SetActiveSectors(Int_t * sectors, Int_t n)
 772 {
 773   // activate interesting sectors
 774   SetTreeAddress();//just for security
 775   if (fActiveSectors) delete [] fActiveSectors;
 776   fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
 777   for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kFALSE;
 778   for (Int_t i=0;i<n;i++)
 779     if ((sectors[i]>=0) && sectors[i]<fTPCParam->GetNSector())  fActiveSectors[sectors[i]]=kTRUE;
 780
 781 }
 782
 783 void    AliTPC::SetActiveSectors(Int_t flag)
 784 {
 785   //
 786   // activate sectors which were hitted by tracks
 787   //loop over tracks
 788   SetTreeAddress();//just for security
 789   if (fHitType==0) return;  // if Clones hit - not short volume ID information
 790   if (fActiveSectors) delete [] fActiveSectors;
 791   fActiveSectors = new Bool_t[fTPCParam->GetNSector()];
 792   if (flag) {
 793     for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kTRUE;
 794     return;
 795   }
 796   for (Int_t i=0;i<fTPCParam->GetNSector();i++) fActiveSectors[i]=kFALSE;
 797   TBranch * branch=0;
 798   if (TreeH() == 0x0)
 799    {
 800      Fatal("SetActiveSectors","Can not find TreeH in folder");
 801      return;
 802    }
 803   if (fHitType>1) branch = TreeH()->GetBranch("TPC2");
 804   else branch = TreeH()->GetBranch("TPC");
 805   Stat_t ntracks = TreeH()->GetEntries();
 806   // loop over all hits
 807   cout<<"\nAliTPC::SetActiveSectors():  Got "<<ntracks<<" tracks\n";
 808
 809   for(Int_t track=0;track<ntracks;track++)
 810    {
 811     ResetHits();
 812     //
 813     if (fTrackHits && fHitType&4) {
 814       TBranch * br1 = TreeH()->GetBranch("fVolumes");
 815       TBranch * br2 = TreeH()->GetBranch("fNVolumes");
 816       br1->GetEvent(track);
 817       br2->GetEvent(track);
 818       Int_t *volumes = fTrackHits->GetVolumes();
 819       for (Int_t j=0;j<fTrackHits->GetNVolumes(); j++)
 820         fActiveSectors[volumes[j]]=kTRUE;
 821     }
 822
 823     //
 824     if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
 825       TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
 826       br->GetEvent(track);
 827       AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
 828       for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
 829         fActiveSectors[((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID] =kTRUE;
 830       }
 831     }
 832   }
 833
 834 }
 835
 836
 837
 838
 839 void AliTPC::Digits2Clusters(Int_t /*eventnumber*/)
 840 {
 841   //-----------------------------------------------------------------
 842   // This is a simple cluster finder.
 843   //-----------------------------------------------------------------
 844   Error("Digits2Clusters",
 845   "Dummy function !  Call AliTPCclusterer::Digits2Clusters(...) instead !");
 846 }
 847
 848 extern Double_t SigmaY2(Double_t, Double_t, Double_t);
 849 extern Double_t SigmaZ2(Double_t, Double_t);
 850 //_____________________________________________________________________________
 851 void AliTPC::Hits2Clusters(Int_t /*eventn*/)
 852 {
 853   //--------------------------------------------------------
 854   // TPC simple cluster generator from hits
 855   // obtained from the TPC Fast Simulator
 856   // The point errors are taken from the parametrization
 857   //--------------------------------------------------------
 858
 859   //-----------------------------------------------------------------
 860   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
 861   //-----------------------------------------------------------------
 862   // Adopted to Marian's cluster data structure by I.Belikov, CERN,
 863   // Jouri.Belikov@cern.ch
 864   //----------------------------------------------------------------
 865
 866   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
 867   //
 868   //---------------------------------------------------------------------
 869   //   ALICE TPC Cluster Parameters
 870   //--------------------------------------------------------------------
 871
 872
 873
 874   // Cluster width in rphi
 875   const Float_t kACrphi=0.18322;
 876   const Float_t kBCrphi=0.59551e-3;
 877   const Float_t kCCrphi=0.60952e-1;
 878   // Cluster width in z
 879   const Float_t kACz=0.19081;
 880   const Float_t kBCz=0.55938e-3;
 881   const Float_t kCCz=0.30428;
 882
 883
 884   if (!fLoader) {
 885      cerr<<"AliTPC::Hits2Clusters(): output file not open !\n";
 886      return;
 887   }
 888
 889   //if(fDefaults == 0) SetDefaults();
 890
 891   Float_t sigmaRphi,sigmaZ,clRphi,clZ;
 892   //
 893   TParticle *particle; // pointer to a given particle
 894   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
 895   Int_t sector;
 896   Int_t ipart;
 897   Float_t xyz[5];
 898   Float_t pl,pt,tanth,rpad,ratio;
 899   Float_t cph,sph;
 900
 901   //---------------------------------------------------------------
 902   //  Get the access to the tracks
 903   //---------------------------------------------------------------
 904
 905   TTree *tH = TreeH();
 906   if (tH == 0x0)
 907    {
 908      Fatal("Hits2Clusters","Can not find TreeH in folder");
 909      return;
 910    }
 911   SetTreeAddress();
 912
 913   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
 914
 915   //Switch to the output file
 916
 917   if (fLoader->TreeR() == 0x0) fLoader->MakeTree("R");
 918
 919   cout<<"fTPCParam->GetTitle() = "<<fTPCParam->GetTitle()<<endl;
 920
 921   AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::fgkRunLoaderName);
 922   rl->CdGAFile();
 923   //fTPCParam->Write(fTPCParam->GetTitle());
 924
 925   AliTPCClustersArray carray;
 926   carray.Setup(fTPCParam);
 927   carray.SetClusterType("AliTPCcluster");
 928   carray.MakeTree(fLoader->TreeR());
 929
 930   Int_t nclusters=0; //cluster counter
 931
 932   //------------------------------------------------------------
 933   // Loop over all sectors (72 sectors for 20 deg
 934   // segmentation for both lower and upper sectors)
 935   // Sectors 0-35 are lower sectors, 0-17 z>0, 17-35 z<0
 936   // Sectors 36-71 are upper sectors, 36-53 z>0, 54-71 z<0
 937   //
 938   // First cluster for sector 0 starts at "0"
 939   //------------------------------------------------------------
 940
 941   for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++){
 942     //MI change
 943     fTPCParam->AdjustCosSin(isec,cph,sph);
 944
 945     //------------------------------------------------------------
 946     // Loop over tracks
 947     //------------------------------------------------------------
 948
 949     for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
 950       ResetHits();
 951       tH->GetEvent(track);
 952       //
 953       //  Get number of the TPC hits
 954       //
 955        tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
 956
 957       // Loop over hits
 958       //
 959        while(tpcHit){
 960
 961          if (tpcHit->fQ == 0.) {
 962            tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
 963            continue; //information about track (I.Belikov)
 964          }
 965         sector=tpcHit->fSector; // sector number
 966
 967        if(sector != isec){
 968          tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
 969          continue;
 970        }
 971         ipart=tpcHit->Track();
 972         particle=gAlice->GetMCApp()->Particle(ipart);
 973         pl=particle->Pz();
 974         pt=particle->Pt();
 975         if(pt < 1.e-9) pt=1.e-9;
 976         tanth=pl/pt;
 977         tanth = TMath::Abs(tanth);
 978         rpad=TMath::Sqrt(tpcHit->X()*tpcHit->X() + tpcHit->Y()*tpcHit->Y());
 979         ratio=0.001*rpad/pt; // pt must be in MeV/c - historical reason
 980
 981         //   space-point resolutions
 982
 983         sigmaRphi=SigmaY2(rpad,tanth,pt);
 984         sigmaZ   =SigmaZ2(rpad,tanth   );
 985
 986         //   cluster widths
 987
 988         clRphi=kACrphi-kBCrphi*rpad*tanth+kCCrphi*ratio*ratio;
 989         clZ=kACz-kBCz*rpad*tanth+kCCz*tanth*tanth;
 990
 991         // temporary protection
 992
 993         if(sigmaRphi < 0.) sigmaRphi=0.4e-3;
 994         if(sigmaZ < 0.) sigmaZ=0.4e-3;
 995         if(clRphi < 0.) clRphi=2.5e-3;
 996         if(clZ < 0.) clZ=2.5e-5;
 997
 998         //
 999
1000         //
1001         // smearing --> rotate to the 1 (13) or to the 25 (49) sector,
1002         // then the inaccuracy in a X-Y plane is only along Y (pad row)!
1003         //
1004         Float_t xprim= tpcHit->X()*cph + tpcHit->Y()*sph;
1005         Float_t yprim=-tpcHit->X()*sph + tpcHit->Y()*cph;
1006         xyz[0]=gRandom->Gaus(yprim,TMath::Sqrt(sigmaRphi));   // y
1007           Float_t alpha=(isec < fTPCParam->GetNInnerSector()) ?
1008           fTPCParam->GetInnerAngle() : fTPCParam->GetOuterAngle();
1009           Float_t ymax=xprim*TMath::Tan(0.5*alpha);
1010           if (TMath::Abs(xyz[0])>ymax) xyz[0]=yprim;
1011         xyz[1]=gRandom->Gaus(tpcHit->Z(),TMath::Sqrt(sigmaZ)); // z
1012           if (TMath::Abs(xyz[1])>fTPCParam->GetZLength()) xyz[1]=tpcHit->Z();
1013         xyz[2]=sigmaRphi;                                     // fSigmaY2
1014         xyz[3]=sigmaZ;                                        // fSigmaZ2
1015         xyz[4]=tpcHit->fQ;                                    // q
1016
1017         AliTPCClustersRow *clrow=carray.GetRow(sector,tpcHit->fPadRow);
1018         if (!clrow) clrow=carray.CreateRow(sector,tpcHit->fPadRow);
1019
1020         Int_t tracks[3]={tpcHit->Track(), -1, -1};
1021         AliTPCcluster cluster(tracks,xyz);
1022
1023         clrow->InsertCluster(&cluster); nclusters++;
1024
1025         tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
1026
1027
1028       } // end of loop over hits
1029
1030     }   // end of loop over tracks
1031
1032     Int_t nrows=fTPCParam->GetNRow(isec);
1033     for (Int_t irow=0; irow<nrows; irow++) {
1034         AliTPCClustersRow *clrow=carray.GetRow(isec,irow);
1035         if (!clrow) continue;
1036         carray.StoreRow(isec,irow);
1037         carray.ClearRow(isec,irow);
1038     }
1039
1040   } // end of loop over sectors
1041
1042   cerr<<"Number of made clusters : "<<nclusters<<"                        \n";
1043   fLoader->WriteRecPoints("OVERWRITE");
1044
1045
1046 } // end of function
1047
1048 //_________________________________________________________________
1049 void AliTPC::Hits2ExactClustersSector(Int_t isec)
1050 {
1051   //--------------------------------------------------------
1052   //calculate exact cross point of track and given pad row
1053   //resulting values are expressed in "digit" coordinata
1054   //--------------------------------------------------------
1055
1056   //-----------------------------------------------------------------
1057   // Origin: Marian Ivanov  GSI Darmstadt, m.ivanov@gsi.de
1058   //-----------------------------------------------------------------
1059   //
1060   if (fClustersArray==0){
1061     return;
1062   }
1063   //
1064   TParticle *particle; // pointer to a given particle
1065   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
1066   //  Int_t sector,nhits;
1067   Int_t ipart;
1068   const Int_t kcmaxhits=30000;
1069   AliTPCFastVector * xxxx = new AliTPCFastVector(kcmaxhits*4);
1070   AliTPCFastVector & xxx = *xxxx;
1071   Int_t maxhits = kcmaxhits;
1072   //construct array for each padrow
1073   for (Int_t i=0; i<fTPCParam->GetNRow(isec);i++)
1074     fClustersArray->CreateRow(isec,i);
1075
1076   //---------------------------------------------------------------
1077   //  Get the access to the tracks
1078   //---------------------------------------------------------------
1079
1080   TTree *tH = TreeH();
1081   if (tH == 0x0)
1082    {
1083      Fatal("Hits2Clusters","Can not find TreeH in folder");
1084      return;
1085    }
1086   SetTreeAddress();
1087
1088   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
1089   Int_t npart = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
1090   //MI change
1091   TBranch * branch=0;
1092   if (fHitType>1) branch = tH->GetBranch("TPC2");
1093   else branch = tH->GetBranch("TPC");
1094
1095   //------------------------------------------------------------
1096   // Loop over tracks
1097   //------------------------------------------------------------
1098
1099   for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
1100     Bool_t isInSector=kTRUE;
1101     ResetHits();
1102      isInSector = TrackInVolume(isec,track);
1103     if (!isInSector) continue;
1104     //MI change
1105     branch->GetEntry(track); // get next track
1106     //
1107     //  Get number of the TPC hits and a pointer
1108     //  to the particles
1109     // Loop over hits
1110     //
1111     Int_t currentIndex=0;
1112     Int_t lastrow=-1;  //last writen row
1113
1114     //M.I. changes
1115
1116     tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
1117     while(tpcHit){
1118
1119       Int_t sector=tpcHit->fSector; // sector number
1120       if(sector != isec){
1121         tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
1122         continue;
1123       }
1124
1125       ipart=tpcHit->Track();
1126       if (ipart<npart) particle=gAlice->GetMCApp()->Particle(ipart);
1127
1128       //find row number
1129
1130       Float_t  x[3]={tpcHit->X(),tpcHit->Y(),tpcHit->Z()};
1131       Int_t    index[3]={1,isec,0};
1132       Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
1133       if (currentrow<0) {tpcHit = (AliTPChit*)NextHit(); continue;}
1134       if (lastrow<0) lastrow=currentrow;
1135       if (currentrow==lastrow){
1136         if ( currentIndex>=maxhits){
1137           maxhits+=kcmaxhits;
1138           xxx.ResizeTo(4*maxhits);
1139         }
1140         xxx(currentIndex*4)=x[0];
1141         xxx(currentIndex*4+1)=x[1];
1142         xxx(currentIndex*4+2)=x[2];
1143         xxx(currentIndex*4+3)=tpcHit->fQ;
1144         currentIndex++;
1145       }
1146       else
1147         if (currentIndex>2){
1148           Float_t sumx=0;
1149           Float_t sumx2=0;
1150           Float_t sumx3=0;
1151           Float_t sumx4=0;
1152           Float_t sumy=0;
1153           Float_t sumxy=0;
1154           Float_t sumx2y=0;
1155           Float_t sumz=0;
1156           Float_t sumxz=0;
1157           Float_t sumx2z=0;
1158           Float_t sumq=0;
1159           for (Int_t index=0;index<currentIndex;index++){
1160             Float_t x,x2,x3,x4;
1161             x=x2=x3=x4=xxx(index*4);
1162             x2*=x;
1163             x3*=x2;
1164             x4*=x3;
1165             sumx+=x;
1166             sumx2+=x2;
1167             sumx3+=x3;
1168             sumx4+=x4;
1169             sumy+=xxx(index*4+1);
1170             sumxy+=xxx(index*4+1)*x;
1171             sumx2y+=xxx(index*4+1)*x2;
1172             sumz+=xxx(index*4+2);
1173             sumxz+=xxx(index*4+2)*x;
1174             sumx2z+=xxx(index*4+2)*x2;
1175             sumq+=xxx(index*4+3);
1176           }
1177           Float_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(isec,lastrow)-1)/2;
1178           Float_t det=currentIndex*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1179             sumx2*(sumx*sumx3-sumx2*sumx2);
1180
1181           Float_t detay=sumy*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)+
1182             sumx2*(sumxy*sumx3-sumx2y*sumx2);
1183           Float_t detaz=sumz*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)+
1184             sumx2*(sumxz*sumx3-sumx2z*sumx2);
1185
1186           Float_t detby=currentIndex*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)-sumy*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1187             sumx2*(sumx*sumx2y-sumx2*sumxy);
1188           Float_t detbz=currentIndex*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)-sumz*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
1189             sumx2*(sumx*sumx2z-sumx2*sumxz);
1190
1191           if (TMath::Abs(det)<0.00001){
1192              tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
1193             continue;
1194           }
1195
1196           Float_t y=detay/det+centralPad;
1197           Float_t z=detaz/det;
1198           Float_t by=detby/det; //y angle
1199           Float_t bz=detbz/det; //z angle
1200           sumy/=Float_t(currentIndex);
1201           sumz/=Float_t(currentIndex);
1202
1203           AliTPCClustersRow * row = (fClustersArray->GetRow(isec,lastrow));
1204           if (row!=0) {
1205             AliComplexCluster* cl = new((AliComplexCluster*)row->Append()) AliComplexCluster ;
1206             //    AliComplexCluster cl;
1207             cl->fX=z;
1208             cl->fY=y;
1209             cl->fQ=sumq;
1210             cl->fSigmaX2=bz;
1211             cl->fSigmaY2=by;
1212             cl->fTracks[0]=ipart;
1213           }
1214           currentIndex=0;
1215           lastrow=currentrow;
1216         } //end of calculating cluster for given row
1217
1218
1219       tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
1220     } // end of loop over hits
1221   }   // end of loop over tracks
1222   //write padrows to tree
1223   for (Int_t ii=0; ii<fTPCParam->GetNRow(isec);ii++) {
1224     fClustersArray->StoreRow(isec,ii);
1225     fClustersArray->ClearRow(isec,ii);
1226   }
1227   xxxx->Delete();
1228
1229 }
1230
1231
1232
1233 //______________________________________________________________________
1234 AliDigitizer* AliTPC::CreateDigitizer(AliRunDigitizer* manager)
1235 {
1236   return new AliTPCDigitizer(manager);
1237 }
1238 //__
1239 void AliTPC::SDigits2Digits2(Int_t /*eventnumber*/)
1240 {
1241   //create digits from summable digits
1242   GenerNoise(500000); //create teble with noise
1243
1244   //conect tree with sSDigits
1245   TTree *t = fLoader->TreeS();
1246
1247   if (t == 0x0)
1248    {
1249      fLoader->LoadSDigits("READ");
1250      t = fLoader->TreeS();
1251      if (t == 0x0)
1252       {
1253         Error("SDigits2Digits2","Can not get input TreeS");
1254         return;
1255       }
1256    }
1257
1258   if (fLoader->TreeD() == 0x0) fLoader->MakeTree("D");
1259
1260   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
1261   TBranch* sdb = t->GetBranch("Segment");
1262   if (sdb == 0x0)
1263    {
1264      Error("SDigits2Digits2","Can not find branch with segments in TreeS.");
1265      return;
1266    }
1267
1268   sdb->SetAddress(&dummy);
1269
1270   Stat_t nentries = t->GetEntries();
1271
1272   // set zero suppression
1273
1274   fTPCParam->SetZeroSup(2);
1275
1276   // get zero suppression
1277
1278   Int_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
1279
1280   //make tree with digits
1281
1282   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1283   arr->SetClass("AliSimDigits");
1284   arr->Setup(fTPCParam);
1285   arr->MakeTree(fLoader->TreeD());
1286
1287   AliTPCParam * par = fTPCParam;
1288
1289   //Loop over segments of the TPC
1290
1291   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
1292     t->GetEvent(n);
1293     Int_t sec, row;
1294     if (!par->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),sec,row)) {
1295       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
1296       continue;
1297     }
1298     if (!IsSectorActive(sec))
1299      {
1300 //       cout<<n<<" NOT Active \n";
1301        continue;
1302      }
1303     else
1304      {
1305 //       cout<<n<<" Active \n";
1306      }
1307     AliSimDigits * digrow =(AliSimDigits*) arr->CreateRow(sec,row);
1308     Int_t nrows = digrow->GetNRows();
1309     Int_t ncols = digrow->GetNCols();
1310
1311     digrow->ExpandBuffer();
1312     digarr.ExpandBuffer();
1313     digrow->ExpandTrackBuffer();
1314     digarr.ExpandTrackBuffer();
1315
1316
1317     Short_t * pamp0 = digarr.GetDigits();
1318     Int_t   * ptracks0 = digarr.GetTracks();
1319     Short_t * pamp1 = digrow->GetDigits();
1320     Int_t   * ptracks1 = digrow->GetTracks();
1321     Int_t  nelems =nrows*ncols;
1322     Int_t saturation = fTPCParam->GetADCSat();
1323     //use internal structure of the AliDigits - for speed reason
1324     //if you cahnge implementation
1325     //of the Alidigits - it must be rewriten -
1326     for (Int_t i= 0; i<nelems; i++){
1327       //      Float_t q = *pamp0;
1328       //q/=16.;  //conversion faktor
1329       //Float_t noise= GetNoise();
1330       //q+=noise;
1331       //q= TMath::Nint(q);
1332       Float_t q = TMath::Nint(Float_t(*pamp0)/16.+GetNoise());
1333       if (q>zerosup){
1334         if (q>saturation) q=saturation;
1335         *pamp1=(Short_t)q;
1336         //if (ptracks0[0]==0)
1337         //  ptracks1[0]=1;
1338         //else
1339         ptracks1[0]=ptracks0[0];
1340         ptracks1[nelems]=ptracks0[nelems];
1341         ptracks1[2*nelems]=ptracks0[2*nelems];
1342       }
1343       pamp0++;
1344       pamp1++;
1345       ptracks0++;
1346       ptracks1++;
1347     }
1348
1349     arr->StoreRow(sec,row);
1350     arr->ClearRow(sec,row);
1351     // cerr<<sec<<"\t"<<row<<"\n";
1352   }
1353
1354
1355   //write results
1356   fLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1357
1358   delete arr;
1359 }
1360 //__________________________________________________________________
1361 void AliTPC::SetDefaults(){
1362
1363
1364    cerr<<"Setting default parameters...\n";
1365
1366   // Set response functions
1367
1368   //
1369   AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::fgkRunLoaderName);
1370   rl->CdGAFile();
1371   AliTPCParamSR *param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60");
1372   if(param){
1373     printf("You are using 2 pad-length geom hits with 3 pad-lenght geom digits...\n");
1374     delete param;
1375     param = new AliTPCParamSR();
1376   }
1377   else {
1378     param=(AliTPCParamSR*)gDirectory->Get("75x40_100x60_150x60");
1379   }
1380   if(!param){
1381     printf("No TPC parameters found\n");
1382     exit(4);
1383   }
1384
1385
1386   AliTPCPRF2D    * prfinner   = new AliTPCPRF2D;
1387   AliTPCPRF2D    * prfouter1   = new AliTPCPRF2D;
1388   AliTPCPRF2D    * prfouter2   = new AliTPCPRF2D;
1389   AliTPCRF1D     * rf    = new AliTPCRF1D(kTRUE);
1390   rf->SetGauss(param->GetZSigma(),param->GetZWidth(),1.);
1391   rf->SetOffset(3*param->GetZSigma());
1392   rf->Update();
1393
1394   TDirectory *savedir=gDirectory;
1395   TFile *f=TFile::Open("$ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root");
1396   if (!f->IsOpen()) {
1397     cerr<<"Can't open $ALICE_ROOT/TPC/AliTPCprf2d.root !\n" ;
1398      exit(3);
1399   }
1400
1401   TString s;
1402   prfinner->Read("prf_07504_Gati_056068_d02");
1403   //PH Set different names
1404   s=prfinner->GetGRF()->GetName();
1405   s+="in";
1406   prfinner->GetGRF()->SetName(s.Data());
1407
1408   prfouter1->Read("prf_10006_Gati_047051_d03");
1409   s=prfouter1->GetGRF()->GetName();
1410   s+="out1";
1411   prfouter1->GetGRF()->SetName(s.Data());
1412
1413   prfouter2->Read("prf_15006_Gati_047051_d03");
1414   s=prfouter2->GetGRF()->GetName();
1415   s+="out2";
1416   prfouter2->GetGRF()->SetName(s.Data());
1417
1418   f->Close();
1419   savedir->cd();
1420
1421   param->SetInnerPRF(prfinner);
1422   param->SetOuter1PRF(prfouter1);
1423   param->SetOuter2PRF(prfouter2);
1424   param->SetTimeRF(rf);
1425
1426   // set fTPCParam
1427
1428   SetParam(param);
1429
1430
1431   fDefaults = 1;
1432
1433 }
1434 //__________________________________________________________________
1435 void AliTPC::Hits2Digits()
1436 {
1437   fLoader->LoadHits("read");
1438   fLoader->LoadDigits("recreate");
1439   AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader();
1440
1441   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1442     runLoader->GetEvent(iEvent);
1443     SetActiveSectors();
1444     Hits2Digits(iEvent);
1445   }
1446
1447   fLoader->UnloadHits();
1448   fLoader->UnloadDigits();
1449 }
1450 //__________________________________________________________________
1451 void AliTPC::Hits2Digits(Int_t eventnumber)
1452 {
1453  //----------------------------------------------------
1454  // Loop over all sectors for a single event
1455  //----------------------------------------------------
1456   AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::fgkRunLoaderName);
1457   rl->GetEvent(eventnumber);
1458   if (fLoader->TreeH() == 0x0)
1459    {
1460      if(fLoader->LoadHits())
1461       {
1462         Error("Hits2Digits","Can not load hits.");
1463       }
1464    }
1465   SetTreeAddress();
1466
1467   if (fLoader->TreeD() == 0x0 )
1468    {
1469      fLoader->MakeTree("D");
1470      if (fLoader->TreeD() == 0x0 )
1471       {
1472        Error("Hits2Digits","Can not get TreeD");
1473        return;
1474       }
1475    }
1476
1477   if(fDefaults == 0) SetDefaults();  // check if the parameters are set
1478   GenerNoise(500000); //create teble with noise
1479
1480   //setup TPCDigitsArray
1481
1482   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1483
1484   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1485   arr->SetClass("AliSimDigits");
1486   arr->Setup(fTPCParam);
1487
1488   arr->MakeTree(fLoader->TreeD());
1489   SetDigitsArray(arr);
1490
1491   fDigitsSwitch=0; // standard digits
1492
1493   cerr<<"Digitizing TPC -- normal digits...\n";
1494
1495  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++)
1496   if (IsSectorActive(isec))
1497    {
1498     if (fDebug) Info("Hits2Digits","Sector %d is active.",isec);
1499     Hits2DigitsSector(isec);
1500    }
1501   else
1502    {
1503     if (fDebug) Info("Hits2Digits","Sector %d is NOT active.",isec);
1504    }
1505
1506   fLoader->WriteDigits("OVERWRITE");
1507
1508 //this line prevents the crash in the similar one
1509 //on the beginning of this method
1510 //destructor attempts to reset the tree, which is deleted by the loader
1511 //need to be redesign
1512  if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1513  SetDigitsArray(0x0);
1514
1515 }
1516
1517 //__________________________________________________________________
1518 void AliTPC::Hits2SDigits2(Int_t eventnumber)
1519 {
1520
1521   //-----------------------------------------------------------
1522   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
1523   //-----------------------------------------------------------
1524
1525  //----------------------------------------------------
1526  // Loop over all sectors for a single event
1527  //----------------------------------------------------
1528 //  AliRunLoader* rl = (AliRunLoader*)fLoader->GetEventFolder()->FindObject(AliRunLoader::fgkRunLoaderName);
1529
1530   AliRunLoader* rl = fLoader->GetRunLoader();
1531
1532   rl->GetEvent(eventnumber);
1533   if (fLoader->TreeH() == 0x0)
1534    {
1535      if(fLoader->LoadHits())
1536       {
1537         Error("Hits2Digits","Can not load hits.");
1538         return;
1539       }
1540    }
1541   SetTreeAddress();
1542
1543
1544   if (fLoader->TreeS() == 0x0 )
1545    {
1546      fLoader->MakeTree("S");
1547    }
1548
1549   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
1550
1551   GenerNoise(500000); //create table with noise
1552   //setup TPCDigitsArray
1553
1554   if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1555
1556
1557   AliTPCDigitsArray *arr = new AliTPCDigitsArray;
1558   arr->SetClass("AliSimDigits");
1559   arr->Setup(fTPCParam);
1560   arr->MakeTree(fLoader->TreeS());
1561
1562   SetDigitsArray(arr);
1563
1564   cerr<<"Digitizing TPC -- summable digits...\n";
1565
1566   fDigitsSwitch=1; // summable digits
1567
1568     // set zero suppression to "0"
1569
1570   fTPCParam->SetZeroSup(0);
1571
1572  for(Int_t isec=0;isec<fTPCParam->GetNSector();isec++)
1573   if (IsSectorActive(isec))
1574    {
1575 //    cout<<"Sector "<<isec<<" is active\n";
1576     Hits2DigitsSector(isec);
1577    }
1578
1579  fLoader->WriteSDigits("OVERWRITE");
1580
1581 //this line prevents the crash in the similar one
1582 //on the beginning of this method
1583 //destructor attempts to reset the tree, which is deleted by the loader
1584 //need to be redesign
1585  if(GetDigitsArray()) delete GetDigitsArray();
1586  SetDigitsArray(0x0);
1587 }
1588 //__________________________________________________________________
1589
1590 void AliTPC::Hits2SDigits()
1591 {
1592
1593   //-----------------------------------------------------------
1594   //   summable digits - 16 bit "ADC", no noise, no saturation
1595   //-----------------------------------------------------------
1596
1597   fLoader->LoadHits("read");
1598   fLoader->LoadSDigits("recreate");
1599   AliRunLoader* runLoader = fLoader->GetRunLoader();
1600
1601   for (Int_t iEvent = 0; iEvent < runLoader->GetNumberOfEvents(); iEvent++) {
1602     runLoader->GetEvent(iEvent);
1603     SetTreeAddress();
1604     SetActiveSectors();
1605     Hits2SDigits2(iEvent);
1606   }
1607
1608   fLoader->UnloadHits();
1609   fLoader->UnloadSDigits();
1610 }
1611 //_____________________________________________________________________________
1612
1613 void AliTPC::Hits2DigitsSector(Int_t isec)
1614 {
1615   //-------------------------------------------------------------------
1616   // TPC conversion from hits to digits.
1617   //-------------------------------------------------------------------
1618
1619   //-----------------------------------------------------------------
1620   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1621   //-----------------------------------------------------------------
1622
1623   //-------------------------------------------------------
1624   //  Get the access to the track hits
1625   //-------------------------------------------------------
1626
1627   // check if the parameters are set - important if one calls this method
1628   // directly, not from the Hits2Digits
1629
1630   if(fDefaults == 0) SetDefaults();
1631
1632   TTree *tH = TreeH(); // pointer to the hits tree
1633   if (tH == 0x0)
1634    {
1635      Fatal("Hits2DigitsSector","Can not find TreeH in folder");
1636      return;
1637    }
1638
1639   Stat_t ntracks = tH->GetEntries();
1640
1641   if( ntracks > 0){
1642
1643   //-------------------------------------------
1644   //  Only if there are any tracks...
1645   //-------------------------------------------
1646
1647     TObjArray **row;
1648
1649     //printf("*** Processing sector number %d ***\n",isec);
1650
1651       Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
1652
1653       row= new TObjArray* [nrows+2]; // 2 extra rows for cross talk
1654
1655       MakeSector(isec,nrows,tH,ntracks,row);
1656
1657       //--------------------------------------------------------
1658       //   Digitize this sector, row by row
1659       //   row[i] is the pointer to the TObjArray of AliTPCFastVectors,
1660       //   each one containing electrons accepted on this
1661       //   row, assigned into tracks
1662       //--------------------------------------------------------
1663
1664       Int_t i;
1665
1666       if (fDigitsArray->GetTree()==0)
1667        {
1668          Fatal("Hits2DigitsSector","Tree not set in fDigitsArray");
1669        }
1670
1671       for (i=0;i<nrows;i++){
1672
1673         AliDigits * dig = fDigitsArray->CreateRow(isec,i);
1674
1675         DigitizeRow(i,isec,row);
1676
1677         fDigitsArray->StoreRow(isec,i);
1678
1679         Int_t ndig = dig->GetDigitSize();
1680
1681         if (gDebug > 10)
1682         printf("*** Sector, row, compressed digits %d %d %d ***\n",isec,i,ndig);
1683
1684         fDigitsArray->ClearRow(isec,i);
1685
1686
1687        } // end of the sector digitization
1688
1689       for(i=0;i<nrows+2;i++){
1690         row[i]->Delete();
1691         delete row[i];
1692       }
1693
1694        delete [] row; // delete the array of pointers to TObjArray-s
1695
1696   } // ntracks >0
1697
1698 } // end of Hits2DigitsSector
1699
1700
1701 //_____________________________________________________________________________
1702 void AliTPC::DigitizeRow(Int_t irow,Int_t isec,TObjArray **rows)
1703 {
1704   //-----------------------------------------------------------
1705   // Single row digitization, coupling from the neighbouring
1706   // rows taken into account
1707   //-----------------------------------------------------------
1708
1709   //-----------------------------------------------------------------
1710   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1711   // Modified: Marian Ivanov GSI Darmstadt, m.ivanov@gsi.de
1712   //-----------------------------------------------------------------
1713
1714
1715   Float_t zerosup = fTPCParam->GetZeroSup();
1716   //  Int_t nrows =fTPCParam->GetNRow(isec);
1717   fCurrentIndex[1]= isec;
1718
1719
1720   Int_t nofPads = fTPCParam->GetNPads(isec,irow);
1721   Int_t nofTbins = fTPCParam->GetMaxTBin();
1722   Int_t indexRange[4];
1723   //
1724   //  Integrated signal for this row
1725   //  and a single track signal
1726   //
1727
1728   AliTPCFastMatrix *m1 = new AliTPCFastMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // integrated
1729   AliTPCFastMatrix *m2 = new AliTPCFastMatrix(0,nofPads,0,nofTbins); // single
1730   //
1731   AliTPCFastMatrix &total  = *m1;
1732
1733   //  Array of pointers to the label-signal list
1734
1735   Int_t nofDigits = nofPads*nofTbins; // number of digits for this row
1736   Float_t  **pList = new Float_t* [nofDigits];
1737
1738   Int_t lp;
1739   Int_t i1;
1740   for(lp=0;lp<nofDigits;lp++)pList[lp]=0; // set all pointers to NULL
1741   //
1742   //calculate signal
1743   //
1744   //Int_t row1 = TMath::Max(irow-fTPCParam->GetNCrossRows(),0);
1745   //Int_t row2 = TMath::Min(irow+fTPCParam->GetNCrossRows(),nrows-1);
1746   Int_t row1=irow;
1747   Int_t row2=irow+2;
1748   for (Int_t row= row1;row<=row2;row++){
1749     Int_t nTracks= rows[row]->GetEntries();
1750     for (i1=0;i1<nTracks;i1++){
1751       fCurrentIndex[2]= row;
1752       fCurrentIndex[3]=irow+1;
1753       if (row==irow+1){
1754         m2->Zero();  // clear single track signal matrix
1755         Float_t trackLabel = GetSignal(rows[row],i1,m2,m1,indexRange);
1756         GetList(trackLabel,nofPads,m2,indexRange,pList);
1757       }
1758       else   GetSignal(rows[row],i1,0,m1,indexRange);
1759     }
1760   }
1761
1762   Int_t tracks[3];
1763
1764   AliDigits *dig = fDigitsArray->GetRow(isec,irow);
1765   Int_t gi=-1;
1766   Float_t fzerosup = zerosup+0.5;
1767   for(Int_t it=0;it<nofTbins;it++){
1768     Float_t *pq = &(total.UncheckedAt(0,it));
1769     for(Int_t ip=0;ip<nofPads;ip++){
1770       gi++;
1771       Float_t q=*pq;
1772       pq++;
1773       if(fDigitsSwitch == 0){
1774         q+=GetNoise();
1775         if(q <=fzerosup) continue; // do not fill zeros
1776         q = TMath::Nint(q);
1777         if(q > fTPCParam->GetADCSat()) q = fTPCParam->GetADCSat();  // saturation
1778
1779       }
1780
1781       else {
1782        if(q <= 0.) continue; // do not fill zeros
1783        if(q>2000.) q=2000.;
1784        q *= 16.;
1785        q = TMath::Nint(q);
1786       }
1787
1788       //
1789       //  "real" signal or electronic noise (list = -1)?
1790       //
1791
1792       for(Int_t j1=0;j1<3;j1++){
1793         tracks[j1] = (pList[gi]) ?(Int_t)(*(pList[gi]+j1)) : -2;
1794       }
1795
1796 //Begin_Html
1797 /*
1798   <A NAME="AliDigits"></A>
1799   using of AliDigits object
1800 */
1801 //End_Html
1802       dig->SetDigitFast((Short_t)q,it,ip);
1803       if (fDigitsArray->IsSimulated())
1804         {
1805          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[0],it,ip,0);
1806          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[1],it,ip,1);
1807          ((AliSimDigits*)dig)->SetTrackIDFast(tracks[2],it,ip,2);
1808         }
1809
1810
1811     } // end of loop over time buckets
1812   }  // end of lop over pads
1813
1814   //
1815   //  This row has been digitized, delete nonused stuff
1816   //
1817
1818   for(lp=0;lp<nofDigits;lp++){
1819     if(pList[lp]) delete [] pList[lp];
1820   }
1821
1822   delete [] pList;
1823
1824   delete m1;
1825   delete m2;
1826   //  delete m3;
1827
1828 } // end of DigitizeRow
1829
1830 //_____________________________________________________________________________
1831
1832 Float_t AliTPC::GetSignal(TObjArray *p1, Int_t ntr,
1833              AliTPCFastMatrix *m1, AliTPCFastMatrix *m2,Int_t *indexRange)
1834 {
1835
1836   //---------------------------------------------------------------
1837   //  Calculates 2-D signal (pad,time) for a single track,
1838   //  returns a pointer to the signal matrix and the track label
1839   //  No digitization is performed at this level!!!
1840   //---------------------------------------------------------------
1841
1842   //-----------------------------------------------------------------
1843   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1844   // Modified: Marian Ivanov
1845   //-----------------------------------------------------------------
1846
1847   AliTPCFastVector *tv;
1848
1849   tv = (AliTPCFastVector*)p1->At(ntr); // pointer to a track
1850   AliTPCFastVector &v = *tv;
1851
1852   Float_t label = v(0);
1853   Int_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(fCurrentIndex[1],fCurrentIndex[3]-1)-1)/2;
1854
1855   Int_t nElectrons = (tv->GetNrows()-1)/4;
1856   indexRange[0]=9999; // min pad
1857   indexRange[1]=-1; // max pad
1858   indexRange[2]=9999; //min time
1859   indexRange[3]=-1; // max time
1860
1861   AliTPCFastMatrix &signal = *m1;
1862   AliTPCFastMatrix &total = *m2;
1863   //
1864   //  Loop over all electrons
1865   //
1866   for(Int_t nel=0; nel<nElectrons; nel++){
1867     Int_t idx=nel*4;
1868     Float_t aval =  v(idx+4);
1869     Float_t eltoadcfac=aval*fTPCParam->GetTotalNormFac();
1870     Float_t xyz[3]={v(idx+1),v(idx+2),v(idx+3)};
1871     Int_t n = ((AliTPCParamSR*)fTPCParam)->CalcResponseFast(xyz,fCurrentIndex,fCurrentIndex[3]);
1872
1873     Int_t *index = fTPCParam->GetResBin(0);
1874     Float_t *weight = & (fTPCParam->GetResWeight(0));
1875
1876     if (n>0) for (Int_t i =0; i<n; i++){
1877        Int_t pad=index[1]+centralPad;  //in digit coordinates central pad has coordinate 0
1878
1879          if (pad>=0){
1880          Int_t time=index[2];
1881          Float_t qweight = *(weight)*eltoadcfac;
1882
1883          if (m1!=0) signal.UncheckedAt(pad,time)+=qweight;
1884          total.UncheckedAt(pad,time)+=qweight;
1885          if (indexRange[0]>pad) indexRange[0]=pad;
1886          if (indexRange[1]<pad) indexRange[1]=pad;
1887          if (indexRange[2]>time) indexRange[2]=time;
1888          if (indexRange[3]<time) indexRange[3]=time;
1889
1890          index+=3;
1891          weight++;
1892
1893        }
1894     }
1895   } // end of loop over electrons
1896
1897   return label; // returns track label when finished
1898 }
1899
1900 //_____________________________________________________________________________
1901 void AliTPC::GetList(Float_t label,Int_t np,AliTPCFastMatrix *m,
1902                      Int_t *indexRange, Float_t **pList)
1903 {
1904   //----------------------------------------------------------------------
1905   //  Updates the list of tracks contributing to digits for a given row
1906   //----------------------------------------------------------------------
1907
1908   //-----------------------------------------------------------------
1909   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
1910   //-----------------------------------------------------------------
1911
1912   AliTPCFastMatrix &signal = *m;
1913
1914   // lop over nonzero digits
1915
1916   for(Int_t it=indexRange[2];it<indexRange[3]+1;it++){
1917     for(Int_t ip=indexRange[0];ip<indexRange[1]+1;ip++){
1918
1919
1920         // accept only the contribution larger than 500 electrons (1/2 s_noise)
1921
1922         if(signal(ip,it)<0.5) continue;
1923
1924
1925         Int_t globalIndex = it*np+ip; // globalIndex starts from 0!
1926
1927         if(!pList[globalIndex]){
1928
1929           //
1930           // Create new list (6 elements - 3 signals and 3 labels),
1931           //
1932
1933           pList[globalIndex] = new Float_t [6];
1934
1935           // set list to -1
1936
1937           *pList[globalIndex] = -1.;
1938           *(pList[globalIndex]+1) = -1.;
1939           *(pList[globalIndex]+2) = -1.;
1940           *(pList[globalIndex]+3) = -1.;
1941           *(pList[globalIndex]+4) = -1.;
1942           *(pList[globalIndex]+5) = -1.;
1943
1944
1945           *pList[globalIndex] = label;
1946           *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
1947         }
1948         else{
1949
1950           // check the signal magnitude
1951
1952           Float_t highest = *(pList[globalIndex]+3);
1953           Float_t middle = *(pList[globalIndex]+4);
1954           Float_t lowest = *(pList[globalIndex]+5);
1955
1956           //
1957           //  compare the new signal with already existing list
1958           //
1959
1960           if(signal(ip,it)<lowest) continue; // neglect this track
1961
1962           //
1963
1964           if (signal(ip,it)>highest){
1965             *(pList[globalIndex]+5) = middle;
1966             *(pList[globalIndex]+4) = highest;
1967             *(pList[globalIndex]+3) = signal(ip,it);
1968
1969             *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
1970             *(pList[globalIndex]+1) = *pList[globalIndex];
1971             *pList[globalIndex] = label;
1972           }
1973           else if (signal(ip,it)>middle){
1974             *(pList[globalIndex]+5) = middle;
1975             *(pList[globalIndex]+4) = signal(ip,it);
1976
1977             *(pList[globalIndex]+2) = *(pList[globalIndex]+1);
1978             *(pList[globalIndex]+1) = label;
1979           }
1980           else{
1981             *(pList[globalIndex]+5) = signal(ip,it);
1982             *(pList[globalIndex]+2) = label;
1983           }
1984         }
1985
1986     } // end of loop over pads
1987   } // end of loop over time bins
1988
1989
1990
1991 }//end of GetList
1992 //___________________________________________________________________
1993 void AliTPC::MakeSector(Int_t isec,Int_t nrows,TTree *TH,
1994                         Stat_t ntracks,TObjArray **row)
1995 {
1996
1997   //-----------------------------------------------------------------
1998   // Prepares the sector digitization, creates the vectors of
1999   // tracks for each row of this sector. The track vector
2000   // contains the track label and the position of electrons.
2001   //-----------------------------------------------------------------
2002
2003   //-----------------------------------------------------------------
2004   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2005   //-----------------------------------------------------------------
2006
2007   Float_t gasgain = fTPCParam->GetGasGain();
2008   Int_t i;
2009   Float_t xyz[4];
2010
2011   AliTPChit *tpcHit; // pointer to a sigle TPC hit
2012   //MI change
2013   TBranch * branch=0;
2014   if (fHitType>1) branch = TH->GetBranch("TPC2");
2015   else branch = TH->GetBranch("TPC");
2016
2017
2018   //----------------------------------------------
2019   // Create TObjArray-s, one for each row,
2020   // each TObjArray will store the AliTPCFastVectors
2021   // of electrons, one AliTPCFastVectors per each track.
2022   //----------------------------------------------
2023
2024   Int_t *nofElectrons = new Int_t [nrows+2]; // electron counter for each row
2025   AliTPCFastVector **tracks = new AliTPCFastVector* [nrows+2]; //pointers to the track vectors
2026
2027   for(i=0; i<nrows+2; i++){
2028     row[i] = new TObjArray;
2029     nofElectrons[i]=0;
2030     tracks[i]=0;
2031   }
2032
2033
2034
2035   //--------------------------------------------------------------------
2036   //  Loop over tracks, the "track" contains the full history
2037   //--------------------------------------------------------------------
2038
2039   Int_t previousTrack,currentTrack;
2040   previousTrack = -1; // nothing to store so far!
2041
2042   for(Int_t track=0;track<ntracks;track++){
2043     Bool_t isInSector=kTRUE;
2044     ResetHits();
2045     isInSector = TrackInVolume(isec,track);
2046     if (!isInSector) continue;
2047     //MI change
2048     branch->GetEntry(track); // get next track
2049
2050     //M.I. changes
2051
2052     tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit(-1);
2053
2054     //--------------------------------------------------------------
2055     //  Loop over hits
2056     //--------------------------------------------------------------
2057
2058
2059     while(tpcHit){
2060
2061       Int_t sector=tpcHit->fSector; // sector number
2062       if(sector != isec){
2063         tpcHit = (AliTPChit*) NextHit();
2064         continue;
2065       }
2066
2067         currentTrack = tpcHit->Track(); // track number
2068
2069
2070         if(currentTrack != previousTrack){
2071
2072            // store already filled fTrack
2073
2074            for(i=0;i<nrows+2;i++){
2075              if(previousTrack != -1){
2076                if(nofElectrons[i]>0){
2077                  AliTPCFastVector &v = *tracks[i];
2078                  v(0) = previousTrack;
2079                  tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
2080                  row[i]->Add(tracks[i]);
2081                }
2082                else{
2083                  delete tracks[i]; // delete empty AliTPCFastVector
2084                  tracks[i]=0;
2085                }
2086              }
2087
2088              nofElectrons[i]=0;
2089              tracks[i] = new AliTPCFastVector(481); // AliTPCFastVectors for the next fTrack
2090
2091            } // end of loop over rows
2092
2093            previousTrack=currentTrack; // update track label
2094         }
2095
2096         Int_t qI = (Int_t) (tpcHit->fQ); // energy loss (number of electrons)
2097
2098        //---------------------------------------------------
2099        //  Calculate the electron attachment probability
2100        //---------------------------------------------------
2101
2102
2103         Float_t time = 1.e6*(fTPCParam->GetZLength()-TMath::Abs(tpcHit->Z()))
2104                                                         /fTPCParam->GetDriftV();
2105         // in microseconds!
2106         Float_t attProb = fTPCParam->GetAttCoef()*
2107           fTPCParam->GetOxyCont()*time; //  fraction!
2108
2109         //-----------------------------------------------
2110         //  Loop over electrons
2111         //-----------------------------------------------
2112         Int_t index[3];
2113         index[1]=isec;
2114         for(Int_t nel=0;nel<qI;nel++){
2115           // skip if electron lost due to the attachment
2116           if((gRandom->Rndm(0)) < attProb) continue; // electron lost!
2117           xyz[0]=tpcHit->X();
2118           xyz[1]=tpcHit->Y();
2119           xyz[2]=tpcHit->Z();
2120           //
2121           // protection for the nonphysical avalanche size (10**6 maximum)
2122           //
2123           Double_t rn=TMath::Max(gRandom->Rndm(0),1.93e-22);
2124           xyz[3]= (Float_t) (-gasgain*TMath::Log(rn));
2125           index[0]=1;
2126
2127           TransportElectron(xyz,index);
2128           Int_t rowNumber;
2129           fTPCParam->GetPadRow(xyz,index);
2130           // row 0 - cross talk from the innermost row
2131           // row fNRow+1 cross talk from the outermost row
2132           rowNumber = index[2]+1;
2133           //transform position to local digit coordinates
2134           //relative to nearest pad row
2135           if ((rowNumber<0)||rowNumber>fTPCParam->GetNRow(isec)+1) continue;
2136           Float_t x1,y1;
2137           if (isec <fTPCParam->GetNInnerSector()) {
2138             x1 = xyz[1]*fTPCParam->GetInnerPadPitchWidth();
2139             y1 = fTPCParam->GetYInner(rowNumber);
2140           }
2141           else{
2142             x1=xyz[1]*fTPCParam->GetOuterPadPitchWidth();
2143             y1 = fTPCParam->GetYOuter(rowNumber);
2144           }
2145           // gain inefficiency at the wires edges - linear
2146           x1=TMath::Abs(x1);
2147           y1-=1.;
2148           if(x1>y1) xyz[3]*=TMath::Max(1.e-6,(y1-x1+1.));
2149
2150           nofElectrons[rowNumber]++;
2151           //----------------------------------
2152           // Expand vector if necessary
2153           //----------------------------------
2154           if(nofElectrons[rowNumber]>120){
2155             Int_t range = tracks[rowNumber]->GetNrows();
2156             if((nofElectrons[rowNumber])>(range-1)/4){
2157
2158               tracks[rowNumber]->ResizeTo(range+400); // Add 100 electrons
2159             }
2160           }
2161
2162           AliTPCFastVector &v = *tracks[rowNumber];
2163           Int_t idx = 4*nofElectrons[rowNumber]-3;
2164           Real_t * position = &(((AliTPCFastVector&)v).UncheckedAt(idx)); //make code faster
2165           memcpy(position,xyz,4*sizeof(Float_t));
2166
2167         } // end of loop over electrons
2168
2169         tpcHit = (AliTPChit*)NextHit();
2170
2171       } // end of loop over hits
2172     } // end of loop over tracks
2173
2174     //
2175     //   store remaining track (the last one) if not empty
2176     //
2177
2178      for(i=0;i<nrows+2;i++){
2179        if(nofElectrons[i]>0){
2180           AliTPCFastVector &v = *tracks[i];
2181           v(0) = previousTrack;
2182           tracks[i]->ResizeTo(4*nofElectrons[i]+1); // shrink if necessary
2183           row[i]->Add(tracks[i]);
2184         }
2185         else{
2186           delete tracks[i];
2187           tracks[i]=0;
2188         }
2189       }
2190
2191           delete [] tracks;
2192           delete [] nofElectrons;
2193
2194
2195 } // end of MakeSector
2196
2197
2198 //_____________________________________________________________________________
2199 void AliTPC::Init()
2200 {
2201   //
2202   // Initialise TPC detector after definition of geometry
2203   //
2204   Int_t i;
2205   //
2206   if(fDebug) {
2207     printf("\n%s: ",ClassName());
2208     for(i=0;i<35;i++) printf("*");
2209     printf(" TPC_INIT ");
2210     for(i=0;i<35;i++) printf("*");
2211     printf("\n%s: ",ClassName());
2212     //
2213     for(i=0;i<80;i++) printf("*");
2214     printf("\n");
2215   }
2216 }
2217
2218 //_____________________________________________________________________________
2219 void AliTPC::MakeBranch(Option_t* option)
2220 {
2221   //
2222   // Create Tree branches for the TPC.
2223   //
2224   if(GetDebug()) Info("MakeBranch","");
2225   Int_t buffersize = 4000;
2226   char branchname[10];
2227   sprintf(branchname,"%s",GetName());
2228
2229   const char *h = strstr(option,"H");
2230
2231   if ( h && (fHitType<=1) && (fHits == 0x0)) fHits = new TClonesArray("AliTPChit", 176);//skowron 20.06.03
2232
2233   AliDetector::MakeBranch(option);
2234
2235   const char *d = strstr(option,"D");
2236
2237   if (fDigits   && fLoader->TreeD() && d)
2238    {
2239       MakeBranchInTree(gAlice->TreeD(), branchname, &fDigits, buffersize, 0);
2240    }
2241
2242   if (fHitType>1) MakeBranch2(option,0); // MI change 14.09.2000
2243 }
2244
2245 //_____________________________________________________________________________
2246 void AliTPC::ResetDigits()
2247 {
2248   //
2249   // Reset number of digits and the digits array for this detector
2250   //
2251   fNdigits   = 0;
2252   if (fDigits)   fDigits->Clear();
2253 }
2254
2255 //_____________________________________________________________________________
2256 void AliTPC::SetSecAL(Int_t sec)
2257 {
2258   //---------------------------------------------------
2259   // Activate/deactivate selection for lower sectors
2260   //---------------------------------------------------
2261
2262   //-----------------------------------------------------------------
2263   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2264   //-----------------------------------------------------------------
2265   fSecAL = sec;
2266 }
2267
2268 //_____________________________________________________________________________
2269 void AliTPC::SetSecAU(Int_t sec)
2270 {
2271   //----------------------------------------------------
2272   // Activate/deactivate selection for upper sectors
2273   //---------------------------------------------------
2274
2275   //-----------------------------------------------------------------
2276   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2277   //-----------------------------------------------------------------
2278   fSecAU = sec;
2279 }
2280
2281 //_____________________________________________________________________________
2282 void AliTPC::SetSecLows(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6)
2283 {
2284   //----------------------------------------
2285   // Select active lower sectors
2286   //----------------------------------------
2287
2288   //-----------------------------------------------------------------
2289   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2290   //-----------------------------------------------------------------
2291
2292   fSecLows[0] = s1;
2293   fSecLows[1] = s2;
2294   fSecLows[2] = s3;
2295   fSecLows[3] = s4;
2296   fSecLows[4] = s5;
2297   fSecLows[5] = s6;
2298 }
2299
2300 //_____________________________________________________________________________
2301 void AliTPC::SetSecUps(Int_t s1,Int_t s2,Int_t s3,Int_t s4,Int_t s5, Int_t s6,
2302                        Int_t s7, Int_t s8 ,Int_t s9 ,Int_t s10,
2303                        Int_t s11 , Int_t s12)
2304 {
2305   //--------------------------------
2306   // Select active upper sectors
2307   //--------------------------------
2308
2309   //-----------------------------------------------------------------
2310   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2311   //-----------------------------------------------------------------
2312
2313   fSecUps[0] = s1;
2314   fSecUps[1] = s2;
2315   fSecUps[2] = s3;
2316   fSecUps[3] = s4;
2317   fSecUps[4] = s5;
2318   fSecUps[5] = s6;
2319   fSecUps[6] = s7;
2320   fSecUps[7] = s8;
2321   fSecUps[8] = s9;
2322   fSecUps[9] = s10;
2323   fSecUps[10] = s11;
2324   fSecUps[11] = s12;
2325 }
2326
2327 //_____________________________________________________________________________
2328 void AliTPC::SetSens(Int_t sens)
2329 {
2330
2331   //-------------------------------------------------------------
2332   // Activates/deactivates the sensitive strips at the center of
2333   // the pad row -- this is for the space-point resolution calculations
2334   //-------------------------------------------------------------
2335
2336   //-----------------------------------------------------------------
2337   // Origin: Marek Kowalski  IFJ, Krakow, Marek.Kowalski@ifj.edu.pl
2338   //-----------------------------------------------------------------
2339
2340   fSens = sens;
2341 }
2342
2343
2344 void AliTPC::SetSide(Float_t side=0.)
2345 {
2346   // choice of the TPC side
2347
2348   fSide = side;
2349
2350 }
2351 //____________________________________________________________________________
2352 void AliTPC::SetGasMixt(Int_t nc,Int_t c1,Int_t c2,Int_t c3,Float_t p1,
2353                            Float_t p2,Float_t p3)
2354 {
2355
2356   // gax mixture definition
2357
2358  fNoComp = nc;
2359
2360  fMixtComp[0]=c1;
2361  fMixtComp[1]=c2;
2362  fMixtComp[2]=c3;
2363
2364  fMixtProp[0]=p1;
2365  fMixtProp[1]=p2;
2366  fMixtProp[2]=p3;
2367
2368
2369 }
2370 //_____________________________________________________________________________
2371
2372 void AliTPC::TransportElectron(Float_t *xyz, Int_t *index)
2373 {
2374   //
2375   // electron transport taking into account:
2376   // 1. diffusion,
2377   // 2.ExB at the wires
2378   // 3. nonisochronity
2379   //
2380   // xyz and index must be already transformed to system 1
2381   //
2382
2383   fTPCParam->Transform1to2(xyz,index);
2384
2385   //add diffusion
2386   Float_t driftl=xyz[2];
2387   if(driftl<0.01) driftl=0.01;
2388   driftl=TMath::Sqrt(driftl);
2389   Float_t sigT = driftl*(fTPCParam->GetDiffT());
2390   Float_t sigL = driftl*(fTPCParam->GetDiffL());
2391   xyz[0]=gRandom->Gaus(xyz[0],sigT);
2392   xyz[1]=gRandom->Gaus(xyz[1],sigT);
2393   xyz[2]=gRandom->Gaus(xyz[2],sigL);
2394
2395   // ExB
2396
2397   if (fTPCParam->GetMWPCReadout()==kTRUE){
2398     Float_t dx = fTPCParam->Transform2to2NearestWire(xyz,index);
2399     xyz[1]+=dx*(fTPCParam->GetOmegaTau());
2400   }
2401   //add nonisochronity (not implemented yet)
2402 }
2403
2404 ClassImp(AliTPCdigit)
2405
2406 //_____________________________________________________________________________
2407 AliTPCdigit::AliTPCdigit(Int_t *tracks, Int_t *digits):
2408   AliDigit(tracks)
2409 {
2410   //
2411   // Creates a TPC digit object
2412   //
2413   fSector     = digits[0];
2414   fPadRow     = digits[1];
2415   fPad        = digits[2];
2416   fTime       = digits[3];
2417   fSignal     = digits[4];
2418 }
2419
2420
2421 ClassImp(AliTPChit)
2422
2423 //_____________________________________________________________________________
2424 AliTPChit::AliTPChit(Int_t shunt, Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits):
2425 AliHit(shunt,track)
2426 {
2427   //
2428   // Creates a TPC hit object
2429   //
2430   fSector     = vol[0];
2431   fPadRow     = vol[1];
2432   fX          = hits[0];
2433   fY          = hits[1];
2434   fZ          = hits[2];
2435   fQ          = hits[3];
2436 }
2437
2438 //________________________________________________________________________
2439 // Additional code because of the AliTPCTrackHitsV2
2440
2441 void AliTPC::MakeBranch2(Option_t *option,const char */*file*/)
2442 {
2443   //
2444   // Create a new branch in the current Root Tree
2445   // The branch of fHits is automatically split
2446   // MI change 14.09.2000
2447   if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","");
2448   if (fHitType<2) return;
2449   char branchname[10];
2450   sprintf(branchname,"%s2",GetName());
2451   //
2452   // Get the pointer to the header
2453   const char *cH = strstr(option,"H");
2454   //
2455   if (fTrackHits   && TreeH() && cH && fHitType&4)
2456    {
2457     if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","Making branch for Type 4 Hits");
2458     TreeH()->Branch(branchname,"AliTPCTrackHitsV2",&fTrackHits,fBufferSize,99);
2459    }
2460
2461   if (fTrackHitsOld   && TreeH() && cH && fHitType&2)
2462    {
2463     if(GetDebug()) Info("MakeBranch2","Making branch for Type 2 Hits");
2464     AliObjectBranch * branch = new AliObjectBranch(branchname,"AliTPCTrackHits",&fTrackHitsOld,
2465                                                    TreeH(),fBufferSize,99);
2466     TreeH()->GetListOfBranches()->Add(branch);
2467    }
2468 }
2469
2470 void AliTPC::SetTreeAddress()
2471 {
2472 //Sets tree address for hits
2473   if (fHitType<=1)
2474    {
2475      if (fHits == 0x0 ) fHits = new TClonesArray("AliTPChit", 176);//skowron 20.06.03
2476      AliDetector::SetTreeAddress();
2477    }
2478   if (fHitType>1) SetTreeAddress2();
2479 }
2480
2481 void AliTPC::SetTreeAddress2()
2482 {
2483   //
2484   // Set branch address for the TrackHits Tree
2485   //
2486   if(GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","");
2487
2488   TBranch *branch;
2489   char branchname[20];
2490   sprintf(branchname,"%s2",GetName());
2491   //
2492   // Branch address for hit tree
2493   TTree *treeH = TreeH();
2494   if ((treeH)&&(fHitType&4)) {
2495     branch = treeH->GetBranch(branchname);
2496     if (branch)
2497      {
2498        branch->SetAddress(&fTrackHits);
2499        if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&4 Setting");
2500      }
2501     else
2502     if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&4 Failed (can not find branch)");
2503
2504   }
2505   if ((treeH)&&(fHitType&2)) {
2506     branch = treeH->GetBranch(branchname);
2507     if (branch)
2508      {
2509        branch->SetAddress(&fTrackHitsOld);
2510        if (GetDebug()) Info("SetTreeAddress2","fHitType&2 Setting");
2511      }
2512     else if (GetDebug())
2513       Info("SetTreeAddress2","fHitType&2 Failed (can not find branch)");
2514   }
2515   //set address to TREETR
2516
2517   TTree *treeTR = TreeTR();
2518   if (treeTR && fTrackReferences) {
2519     branch = treeTR->GetBranch(GetName());
2520     if (branch) branch->SetAddress(&fTrackReferences);
2521   }
2522
2523 }
2524
2525 void AliTPC::FinishPrimary()
2526 {
2527   if (fTrackHits &&fHitType&4)      fTrackHits->FlushHitStack();
2528   if (fTrackHitsOld && fHitType&2)  fTrackHitsOld->FlushHitStack();
2529 }
2530
2531
2532 void AliTPC::AddHit2(Int_t track, Int_t *vol, Float_t *hits)
2533 {
2534   //
2535   // add hit to the list
2536   Int_t rtrack;
2537   if (fIshunt) {
2538     int primary = gAlice->GetMCApp()->GetPrimary(track);
2539     gAlice->GetMCApp()->Particle(primary)->SetBit(kKeepBit);
2540     rtrack=primary;
2541   } else {
2542     rtrack=track;
2543     gAlice->GetMCApp()->FlagTrack(track);
2544   }
2545   //AliTPChit *hit = (AliTPChit*)fHits->UncheckedAt(fNhits-1);
2546   //if (hit->fTrack!=rtrack)
2547   //  cout<<"bad track number\n";
2548   if (fTrackHits && fHitType&4)
2549     fTrackHits->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
2550                              hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
2551   if (fTrackHitsOld &&fHitType&2 )
2552     fTrackHitsOld->AddHitKartez(vol[0],rtrack, hits[0],
2553                                 hits[1],hits[2],(Int_t)hits[3]);
2554
2555 }
2556
2557 void AliTPC::ResetHits()
2558 {
2559   if (fHitType&1) AliDetector::ResetHits();
2560   if (fHitType>1) ResetHits2();
2561 }
2562
2563 void AliTPC::ResetHits2()
2564 {
2565   //
2566   //reset hits
2567   if (fTrackHits && fHitType&4) fTrackHits->Clear();
2568   if (fTrackHitsOld && fHitType&2) fTrackHitsOld->Clear();
2569
2570 }
2571
2572 AliHit* AliTPC::FirstHit(Int_t track)
2573 {
2574   if (fHitType>1) return FirstHit2(track);
2575   return AliDetector::FirstHit(track);
2576 }
2577 AliHit* AliTPC::NextHit()
2578 {
2579   if (fHitType>1) return NextHit2();
2580
2581   return AliDetector::NextHit();
2582 }
2583
2584 AliHit* AliTPC::FirstHit2(Int_t track)
2585 {
2586   //
2587   // Initialise the hit iterator
2588   // Return the address of the first hit for track
2589   // If track>=0 the track is read from disk
2590   // while if track<0 the first hit of the current
2591   // track is returned
2592   //
2593   if(track>=0) {
2594     gAlice->ResetHits();
2595     TreeH()->GetEvent(track);
2596   }
2597   //
2598   if (fTrackHits && fHitType&4) {
2599     fTrackHits->First();
2600     return fTrackHits->GetHit();
2601   }
2602   if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
2603     fTrackHitsOld->First();
2604     return fTrackHitsOld->GetHit();
2605   }
2606
2607   else return 0;
2608 }
2609
2610 AliHit* AliTPC::NextHit2()
2611 {
2612   //
2613   //Return the next hit for the current track
2614
2615
2616   if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
2617     fTrackHitsOld->Next();
2618     return fTrackHitsOld->GetHit();
2619   }
2620   if (fTrackHits) {
2621     fTrackHits->Next();
2622     return fTrackHits->GetHit();
2623   }
2624   else
2625     return 0;
2626 }
2627
2628 void AliTPC::LoadPoints(Int_t)
2629 {
2630   //
2631   Int_t a = 0;
2632   /*  if(fHitType==1) return AliDetector::LoadPoints(a);
2633   LoadPoints2(a);
2634   */
2635   if(fHitType==1) AliDetector::LoadPoints(a);
2636   else LoadPoints2(a);
2637
2638   // LoadPoints3(a);
2639
2640 }
2641
2642
2643 void AliTPC::RemapTrackHitIDs(Int_t *map)
2644 {
2645   if (!fTrackHits) return;
2646
2647   if (fTrackHitsOld && fHitType&2){
2648     AliObjectArray * arr = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
2649     for (UInt_t i=0;i<arr->GetSize();i++){
2650       AliTrackHitsInfo * info = (AliTrackHitsInfo *)(arr->At(i));
2651       info->fTrackID = map[info->fTrackID];
2652     }
2653   }
2654   if (fTrackHitsOld && fHitType&4){
2655     TClonesArray * arr = fTrackHits->GetArray();;
2656     for (Int_t i=0;i<arr->GetEntriesFast();i++){
2657       AliTrackHitsParamV2 * info = (AliTrackHitsParamV2 *)(arr->At(i));
2658       info->fTrackID = map[info->fTrackID];
2659     }
2660   }
2661 }
2662
2663 Bool_t   AliTPC::TrackInVolume(Int_t id,Int_t track)
2664 {
2665   //return bool information - is track in given volume
2666   //load only part of the track information
2667   //return true if current track is in volume
2668   //
2669   //  return kTRUE;
2670   if (fTrackHitsOld && fHitType&2) {
2671     TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fTrackHitsInfo");
2672     br->GetEvent(track);
2673     AliObjectArray * ar = fTrackHitsOld->fTrackHitsInfo;
2674     for (UInt_t j=0;j<ar->GetSize();j++){
2675       if (  ((AliTrackHitsInfo*)ar->At(j))->fVolumeID==id) return kTRUE;
2676     }
2677   }
2678
2679   if (fTrackHits && fHitType&4) {
2680     TBranch * br1 = TreeH()->GetBranch("fVolumes");
2681     TBranch * br2 = TreeH()->GetBranch("fNVolumes");
2682     br2->GetEvent(track);
2683     br1->GetEvent(track);
2684     Int_t *volumes = fTrackHits->GetVolumes();
2685     Int_t nvolumes = fTrackHits->GetNVolumes();
2686     if (!volumes && nvolumes>0) {
2687       printf("Problematic track\t%d\t%d",track,nvolumes);
2688       return kFALSE;
2689     }
2690     for (Int_t j=0;j<nvolumes; j++)
2691       if (volumes[j]==id) return kTRUE;
2692   }
2693
2694   if (fHitType&1) {
2695     TBranch * br = TreeH()->GetBranch("fSector");
2696     br->GetEvent(track);
2697     for (Int_t j=0;j<fHits->GetEntriesFast();j++){
2698       if (  ((AliTPChit*)fHits->At(j))->fSector==id) return kTRUE;
2699     }
2700   }
2701   return kFALSE;
2702
2703 }
2704
2705 //_____________________________________________________________________________
2706 void AliTPC::LoadPoints2(Int_t)
2707 {
2708   //
2709   // Store x, y, z of all hits in memory
2710   //
2711   if (fTrackHits == 0 && fTrackHitsOld==0) return;
2712   //
2713   Int_t nhits =0;
2714   if (fHitType&4) nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
2715   if (fHitType&2) nhits = fTrackHitsOld->GetEntriesFast();
2716
2717   if (nhits == 0) return;
2718   Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
2719   if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(tracks);
2720   AliHit *ahit;
2721   //
2722   Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
2723   Int_t *limi=new Int_t[tracks];
2724   Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
2725   for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
2726     ntrk[i]=0;
2727     coor[i]=0;
2728     limi[i]=0;
2729   }
2730   //
2731   AliPoints *points = 0;
2732   Float_t *fp=0;
2733   Int_t trk;
2734   Int_t chunk=nhits/4+1;
2735   //
2736   // Loop over all the hits and store their position
2737   //
2738   ahit = FirstHit2(-1);
2739   while (ahit){
2740     trk=ahit->GetTrack();
2741     if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
2742       //
2743       // Initialise a new track
2744       fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
2745       if(coor[trk]) {
2746         memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
2747         delete [] coor[trk];
2748       }
2749       limi[trk]+=chunk;
2750       coor[trk] = fp;
2751     } else {
2752       fp = coor[trk];
2753     }
2754     fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
2755     fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
2756     fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
2757     ntrk[trk]++;
2758     ahit = NextHit2();
2759   }
2760
2761
2762
2763   //
2764   for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
2765     if(ntrk[trk]) {
2766       points = new AliPoints();
2767       points->SetMarkerColor(GetMarkerColor());
2768       points->SetMarkerSize(GetMarkerSize());
2769       points->SetDetector(this);
2770       points->SetParticle(trk);
2771       points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle());
2772       fPoints->AddAt(points,trk);
2773       delete [] coor[trk];
2774       coor[trk]=0;
2775     }
2776   }
2777   delete [] coor;
2778   delete [] ntrk;
2779   delete [] limi;
2780 }
2781
2782
2783 //_____________________________________________________________________________
2784 void AliTPC::LoadPoints3(Int_t)
2785 {
2786   //
2787   // Store x, y, z of all hits in memory
2788   // - only intersection point with pad row
2789   if (fTrackHits == 0) return;
2790   //
2791   Int_t nhits = fTrackHits->GetEntriesFast();
2792   if (nhits == 0) return;
2793   Int_t tracks = gAlice->GetMCApp()->GetNtrack();
2794   if (fPoints == 0) fPoints = new TObjArray(2*tracks);
2795   fPoints->Expand(2*tracks);
2796   AliHit *ahit;
2797   //
2798   Int_t *ntrk=new Int_t[tracks];
2799   Int_t *limi=new Int_t[tracks];
2800   Float_t **coor=new Float_t*[tracks];
2801   for(Int_t i=0;i<tracks;i++) {
2802     ntrk[i]=0;
2803     coor[i]=0;
2804     limi[i]=0;
2805   }
2806   //
2807   AliPoints *points = 0;
2808   Float_t *fp=0;
2809   Int_t trk;
2810   Int_t chunk=nhits/4+1;
2811   //
2812   // Loop over all the hits and store their position
2813   //
2814   ahit = FirstHit2(-1);
2815   //for (Int_t hit=0;hit<nhits;hit++) {
2816
2817   Int_t lastrow = -1;
2818   while (ahit){
2819     //    ahit = (AliHit*)fHits->UncheckedAt(hit);
2820     trk=ahit->GetTrack();
2821     Float_t  x[3]={ahit->X(),ahit->Y(),ahit->Z()};
2822     Int_t    index[3]={1,((AliTPChit*)ahit)->fSector,0};
2823     Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
2824     if (currentrow!=lastrow){
2825       lastrow = currentrow;
2826       //later calculate intersection point
2827       if(ntrk[trk]==limi[trk]) {
2828         //
2829         // Initialise a new track
2830         fp=new Float_t[3*(limi[trk]+chunk)];
2831         if(coor[trk]) {
2832           memcpy(fp,coor[trk],sizeof(Float_t)*3*limi[trk]);
2833           delete [] coor[trk];
2834         }
2835         limi[trk]+=chunk;
2836         coor[trk] = fp;
2837       } else {
2838         fp = coor[trk];
2839       }
2840       fp[3*ntrk[trk]  ] = ahit->X();
2841       fp[3*ntrk[trk]+1] = ahit->Y();
2842       fp[3*ntrk[trk]+2] = ahit->Z();
2843       ntrk[trk]++;
2844     }
2845     ahit = NextHit2();
2846   }
2847
2848   //
2849   for(trk=0; trk<tracks; ++trk) {
2850     if(ntrk[trk]) {
2851       points = new AliPoints();
2852       points->SetMarkerColor(GetMarkerColor()+1);
2853       points->SetMarkerStyle(5);
2854       points->SetMarkerSize(0.2);
2855       points->SetDetector(this);
2856       points->SetParticle(trk);
2857       //      points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],GetMarkerStyle()20);
2858       points->SetPolyMarker(ntrk[trk],coor[trk],30);
2859       fPoints->AddAt(points,tracks+trk);
2860       delete [] coor[trk];
2861       coor[trk]=0;
2862     }
2863   }
2864   delete [] coor;
2865   delete [] ntrk;
2866   delete [] limi;
2867 }
2868
2869
2870
2871 void AliTPC::FindTrackHitsIntersection(TClonesArray * /*arr*/)
2872 {
2873
2874   //
2875   //fill clones array with intersection of current point with the
2876   //middle of the row
2877   Int_t sector;
2878   Int_t ipart;
2879
2880   const Int_t kcmaxhits=30000;
2881   AliTPCFastVector * xxxx = new AliTPCFastVector(kcmaxhits*4);
2882   AliTPCFastVector & xxx = *xxxx;
2883   Int_t maxhits = kcmaxhits;
2884
2885   //
2886   AliTPChit * tpcHit=0;
2887   tpcHit = (AliTPChit*)FirstHit2(-1);
2888   Int_t currentIndex=0;
2889   Int_t lastrow=-1;  //last writen row
2890
2891   while (tpcHit){
2892     if (tpcHit==0) continue;
2893     sector=tpcHit->fSector; // sector number
2894     ipart=tpcHit->Track();
2895
2896     //find row number
2897
2898     Float_t  x[3]={tpcHit->X(),tpcHit->Y(),tpcHit->Z()};
2899     Int_t    index[3]={1,sector,0};
2900     Int_t    currentrow = fTPCParam->GetPadRow(x,index) ;
2901     if (currentrow<0) continue;
2902     if (lastrow<0) lastrow=currentrow;
2903     if (currentrow==lastrow){
2904       if ( currentIndex>=maxhits){
2905         maxhits+=kcmaxhits;
2906         xxx.ResizeTo(4*maxhits);
2907       }
2908       xxx(currentIndex*4)=x[0];
2909       xxx(currentIndex*4+1)=x[1];
2910       xxx(currentIndex*4+2)=x[2];
2911       xxx(currentIndex*4+3)=tpcHit->fQ;
2912       currentIndex++;
2913     }
2914     else
2915       if (currentIndex>2){
2916         Float_t sumx=0;
2917         Float_t sumx2=0;
2918         Float_t sumx3=0;
2919         Float_t sumx4=0;
2920         Float_t sumy=0;
2921         Float_t sumxy=0;
2922         Float_t sumx2y=0;
2923         Float_t sumz=0;
2924         Float_t sumxz=0;
2925         Float_t sumx2z=0;
2926         Float_t sumq=0;
2927         for (Int_t index=0;index<currentIndex;index++){
2928           Float_t x,x2,x3,x4;
2929           x=x2=x3=x4=xxx(index*4);
2930           x2*=x;
2931           x3*=x2;
2932           x4*=x3;
2933           sumx+=x;
2934           sumx2+=x2;
2935           sumx3+=x3;
2936           sumx4+=x4;
2937           sumy+=xxx(index*4+1);
2938           sumxy+=xxx(index*4+1)*x;
2939           sumx2y+=xxx(index*4+1)*x2;
2940           sumz+=xxx(index*4+2);
2941           sumxz+=xxx(index*4+2)*x;
2942           sumx2z+=xxx(index*4+2)*x2;
2943           sumq+=xxx(index*4+3);
2944         }
2945         Float_t centralPad = (fTPCParam->GetNPads(sector,lastrow)-1)/2;
2946         Float_t det=currentIndex*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2947           sumx2*(sumx*sumx3-sumx2*sumx2);
2948
2949         Float_t detay=sumy*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)+
2950           sumx2*(sumxy*sumx3-sumx2y*sumx2);
2951         Float_t detaz=sumz*(sumx2*sumx4-sumx3*sumx3)-sumx*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)+
2952           sumx2*(sumxz*sumx3-sumx2z*sumx2);
2953
2954         Float_t detby=currentIndex*(sumxy*sumx4-sumx2y*sumx3)-sumy*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2955           sumx2*(sumx*sumx2y-sumx2*sumxy);
2956         Float_t detbz=currentIndex*(sumxz*sumx4-sumx2z*sumx3)-sumz*(sumx*sumx4-sumx2*sumx3)+
2957           sumx2*(sumx*sumx2z-sumx2*sumxz);
2958
2959         Float_t y=detay/det+centralPad;
2960         Float_t z=detaz/det;
2961         Float_t by=detby/det; //y angle
2962         Float_t bz=detbz/det; //z angle
2963         sumy/=Float_t(currentIndex);
2964         sumz/=Float_t(currentIndex);
2965
2966         AliComplexCluster cl;
2967         cl.fX=z;
2968         cl.fY=y;
2969         cl.fQ=sumq;
2970         cl.fSigmaX2=bz;
2971         cl.fSigmaY2=by;
2972         cl.fTracks[0]=ipart;
2973
2974         AliTPCClustersRow * row = (fClustersArray->GetRow(sector,lastrow));
2975         if (row!=0) row->InsertCluster(&cl);
2976         currentIndex=0;
2977         lastrow=currentrow;
2978       } //end of calculating cluster for given row
2979
2980   } // end of loop over hits
2981   xxxx->Delete();
2982
2983 }
2984 //_______________________________________________________________________________
2985 void AliTPC::Digits2Reco(Int_t firstevent,Int_t lastevent)
2986 {
2987   // produces rec points from digits and writes them on the root file
2988   // AliTPCclusters.root
2989
2990   TDirectory *cwd = gDirectory;
2991
2992
2993   AliTPCParamSR *dig=(AliTPCParamSR *)gDirectory->Get("75x40_100x60");
2994   if(dig){
2995     printf("You are running 2 pad-length geom hits with 3 pad-length geom digits\n");
2996     delete dig;
2997     dig = new AliTPCParamSR();
2998   }
2999   else
3000   {
3001    dig=(AliTPCParamSR *)gDirectory->Get("75x40_100x60_150x60");
3002   }
3003   if(!dig){
3004    printf("No TPC parameters found\n");
3005    exit(3);
3006   }
3007
3008   SetParam(dig);
3009   cout<<"AliTPC::Digits2Reco: TPC parameteres have been set"<<endl;
3010   TFile *out;
3011   if(!gSystem->Getenv("CONFIG_FILE")){
3012     out=TFile::Open("AliTPCclusters.root","recreate");
3013   }
3014   else {
3015     const char *tmp1;
3016     const char *tmp2;
3017     char tmp3[80];
3018     tmp1=gSystem->Getenv("CONFIG_FILE_PREFIX");
3019     tmp2=gSystem->Getenv("CONFIG_OUTDIR");
3020     sprintf(tmp3,"%s%s/AliTPCclusters.root",tmp1,tmp2);
3021     out=TFile::Open(tmp3,"recreate");
3022   }
3023
3024   TStopwatch timer;
3025   cout<<"AliTPC::Digits2Reco - determination of rec points begins"<<endl;
3026   timer.Start();
3027   cwd->cd();
3028   for(Int_t iev=firstevent;iev<lastevent+1;iev++){
3029
3030     printf("Processing event %d\n",iev);
3031     Digits2Clusters(iev);
3032   }
3033   cout<<"AliTPC::Digits2Reco - determination of rec points ended"<<endl;
3034   timer.Stop();
3035   timer.Print();
3036   out->Close();
3037   cwd->cd();
3038
3039
3040 }
3041
3042 AliLoader* AliTPC::MakeLoader(const char* topfoldername)
3043 {
3044 //Makes TPC loader
3045  fLoader = new AliTPCLoader(GetName(),topfoldername);
3046  return fLoader;
3047 }
3048
3049 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////
3050 AliTPCParam* AliTPC::LoadTPCParam(TFile *file) {
3051 //
3052 // load TPC paarmeters from a given file or create new if the object
3053 // is not found there
3054 // 12/05/2003 This method should be moved to the AliTPCLoader
3055 // and one has to decide where to store the TPC parameters
3056 // M.Kowalski
3057   char paramName[50];
3058   sprintf(paramName,"75x40_100x60_150x60");
3059   AliTPCParam *paramTPC=(AliTPCParam*)file->Get(paramName);
3060   if (paramTPC) {
3061     cout<<"TPC parameters "<<paramName<<" found."<<endl;
3062   } else {
3063     cerr<<"TPC parameters not found. Create new (they may be incorrect)."
3064         <<endl;
3065     paramTPC = new AliTPCParamSR;
3066   }
3067   return paramTPC;
3068
3069 // the older version of parameters can be accessed with this code.
3070 // In some cases, we have old parameters saved in the file but
3071 // digits were created with new parameters, it can be distinguish
3072 // by the name of TPC TreeD. The code here is just for the case
3073 // we would need to compare with old data, uncomment it if needed.
3074 //
3075 //  char paramName[50];
3076 //  sprintf(paramName,"75x40_100x60");
3077 //  AliTPCParam *paramTPC=(AliTPCParam*)in->Get(paramName);
3078 //  if (paramTPC) {
3079 //    cout<<"TPC parameters "<<paramName<<" found."<<endl;
3080 //  } else {
3081 //    sprintf(paramName,"75x40_100x60_150x60");
3082 //    paramTPC=(AliTPCParam*)in->Get(paramName);
3083 //    if (paramTPC) {
3084 //      cout<<"TPC parameters "<<paramName<<" found."<<endl;
3085 //    } else {
3086 //      cerr<<"TPC parameters not found. Create new (they may be incorrect)."
3087 //          <<endl;
3088 //      paramTPC = new AliTPCParamSR;
3089 //    }
3090 //  }
3091 //  return paramTPC;
3092
3093 }
3094
3095
3096 //____________________________________________________________________________
3097 Double_t SigmaY2(Double_t r, Double_t tgl, Double_t pt)
3098 {
3099   //
3100   // Parametrised error of the cluster reconstruction (pad direction)
3101   //
3102   // Sigma rphi
3103   const Float_t kArphi=0.41818e-2;
3104   const Float_t kBrphi=0.17460e-4;
3105   const Float_t kCrphi=0.30993e-2;
3106   const Float_t kDrphi=0.41061e-3;
3107
3108   pt=TMath::Abs(pt)*1000.;
3109   Double_t x=r/pt;
3110   tgl=TMath::Abs(tgl);
3111   Double_t s=kArphi - kBrphi*r*tgl + kCrphi*x*x + kDrphi*x;
3112   if (s<0.4e-3) s=0.4e-3;
3113   s*=1.3; //Iouri Belikov
3114
3115   return s;
3116 }
3117
3118
3119 //____________________________________________________________________________
3120 Double_t SigmaZ2(Double_t r, Double_t tgl)
3121 {
3122   //
3123   // Parametrised error of the cluster reconstruction (drift direction)
3124   //
3125   // Sigma z
3126   const Float_t kAz=0.39614e-2;
3127   const Float_t kBz=0.22443e-4;
3128   const Float_t kCz=0.51504e-1;
3129
3130
3131   tgl=TMath::Abs(tgl);
3132   Double_t s=kAz - kBz*r*tgl + kCz*tgl*tgl;
3133   if (s<0.4e-3) s=0.4e-3;
3134   s*=1.3; //Iouri Belikov
3135
3136   return s;
3137 }
3138