TPC/AliTPCCalibViewer.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 //  Class for viewing/visualizing TPC calibration data                       //
  20 //  base on  TTree functionality for visualization                           //
  21 //                                                                           //
  22 //  Create a list of AliTPCCalPads, arrange them in an TObjArray.            //
  23 //  Pass this TObjArray to MakeTree and create the calibration Tree          //
  24 //  While craating this tree some statistical information are calculated     //
  25 //  Open the viewer with this Tree: AliTPCCalibViewer v("CalibTree.root")    //
  26 //  Have fun!                                                                //
  27 //  EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")      //
  28 //                                                                           //
  29 //  If you like to click, we recommand you the                               //
  30 //    AliTPCCalibViewerGUI                                                   //
  31 //                                                                           //
  32 //    THE DOCUMENTATION IS STILL NOT COMPLETED !!!!                          //
  33 //                                                                           //
  34 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  35
  36 //
  37 // ROOT includes
  38 //
  39 #include <iostream>
  40 #include <fstream>
  41 #include <TString.h>
  42 #include <TRandom.h>
  43 #include <TLegend.h>
  44 #include <TLine.h>
  45 #include <TCanvas.h>
  46 #include <TROOT.h>
  47 #include <TStyle.h>
  48 #include <TH1.h>
  49 #include <TH1F.h>
  50 #include <THashTable.h>
  51 #include <TObjString.h>
  52 #include "TTreeStream.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TKey.h"
  55 #include "TGraph.h"
  56 #include "TDirectory.h"
  57 #include "AliTPCCalibPulser.h"
  58 #include "AliTPCCalibPedestal.h"
  59 #include "AliTPCCalibCE.h"
  60 #include "TFriendElement.h"
  61 // #include "TObjArray.h"
  62 // #include "TObjString.h"
  63 // #include "TString.h"
  64 // #include "AliTPCCalPad.h"
  65
  66
  67 //
  68 // AliRoot includes
  69 //
  70 #include "AliTPCCalibViewer.h"
  71
  72 ClassImp(AliTPCCalibViewer)
  73
  74
  75 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer()
  76                   :TObject(),
  77                    fTree(0),
  78                    fFile(0),
  79                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  80                    fTreeMustBeDeleted(0),
  81                    fAbbreviation(0),
  82                    fAppendString(0)
  83 {
  84   //
  85   // Default constructor
  86   //
  87
  88 }
  89
  90 //_____________________________________________________________________________
  91 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(const AliTPCCalibViewer &c)
  92                   :TObject(c),
  93                    fTree(0),
  94                    fFile(0),
  95                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
  96                    fTreeMustBeDeleted(0),
  97                    fAbbreviation(0),
  98                    fAppendString(0)
  99 {
 100   //
 101   // dummy AliTPCCalibViewer copy constructor
 102   // not yet working!!!
 103   //
 104   fTree = c.fTree;
 105   fTreeMustBeDeleted = c.fTreeMustBeDeleted;
 106   //fFile = new TFile(*(c.fFile));
 107   fListOfObjectsToBeDeleted = c.fListOfObjectsToBeDeleted;
 108   fAbbreviation = c.fAbbreviation;
 109   fAppendString = c.fAppendString;
 110 }
 111
 112 //_____________________________________________________________________________
 113 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(TTree* tree)
 114                   :TObject(),
 115                    fTree(0),
 116                    fFile(0),
 117                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 118                    fTreeMustBeDeleted(0),
 119                    fAbbreviation(0),
 120                    fAppendString(0)
 121 {
 122   //
 123   // Constructor that initializes the calibration viewer
 124   //
 125   fTree = tree;
 126   fTreeMustBeDeleted = kFALSE;
 127   fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 128   fAbbreviation = "~";
 129   fAppendString = ".fElements";
 130 }
 131
 132 //_____________________________________________________________________________
 133 AliTPCCalibViewer::AliTPCCalibViewer(char* fileName, char* treeName)
 134                   :TObject(),
 135                    fTree(0),
 136                    fFile(0),
 137                    fListOfObjectsToBeDeleted(0),
 138                    fTreeMustBeDeleted(0),
 139                    fAbbreviation(0),
 140                    fAppendString(0)
 141
 142 {
 143    //
 144    // Constructor to initialize the calibration viewer
 145    // the file 'fileName' contains the tree 'treeName'
 146    //
 147    fFile = new TFile(fileName, "read");
 148    fTree = (TTree*) fFile->Get(treeName);
 149    fTreeMustBeDeleted = kTRUE;
 150    fListOfObjectsToBeDeleted = new TObjArray();
 151    fAbbreviation = "~";
 152    fAppendString = ".fElements";
 153 }
 154
 155 //____________________________________________________________________________
 156 AliTPCCalibViewer & AliTPCCalibViewer::operator =(const AliTPCCalibViewer & param)
 157 {
 158    //
 159    // assignment operator - dummy
 160    // not yet working!!!
 161    //
 162    fTree = param.fTree;
 163    fTreeMustBeDeleted = param.fTreeMustBeDeleted;
 164    //fFile = new TFile(*(param.fFile));
 165    fListOfObjectsToBeDeleted = param.fListOfObjectsToBeDeleted;
 166    fAbbreviation = param.fAbbreviation;
 167    fAppendString = param.fAppendString;
 168    return (*this);
 169 }
 170
 171 //_____________________________________________________________________________
 172 AliTPCCalibViewer::~AliTPCCalibViewer()
 173 {
 174    //
 175    // AliTPCCalibViewer destructor
 176    // all objects will be deleted, the file will be closed, the pictures will disappear
 177    //
 178    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 179       fTree->SetCacheSize(0);
 180       fTree->Delete();
 181       //delete fTree;
 182    }
 183    if (fFile) {
 184       fFile->Close();
 185       fFile = 0;
 186    }
 187
 188    for (Int_t i = fListOfObjectsToBeDeleted->GetEntriesFast()-1; i >= 0; i--) {
 189       //cout << "Index " << i << " trying to delete the following object: " << fListOfObjectsToBeDeleted->At(i)->GetName() << "..."<< endl;
 190       delete fListOfObjectsToBeDeleted->At(i);
 191    }
 192    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 193 }
 194
 195 //_____________________________________________________________________________
 196 void AliTPCCalibViewer::Delete(Option_t* option) {
 197    //
 198    // Should be called from AliTPCCalibViewerGUI class only.
 199    // If you use Delete() do not call the destructor.
 200    // All objects (except those contained in fListOfObjectsToBeDeleted) will be deleted, the file will be closed.
 201    //
 202
 203    option = option;  // to avoid warnings on compiling
 204    if (fTree && fTreeMustBeDeleted) {
 205       fTree->SetCacheSize(0);
 206       fTree->Delete();
 207    }
 208    if (fFile)
 209       delete fFile;
 210    delete fListOfObjectsToBeDeleted;
 211 }
 212
 213
 214 const char* AliTPCCalibViewer::AddAbbreviations(char* c, Bool_t printDrawCommand){
 215    // Replace all "<variable>" with "<variable><fAbbreviation>" (Adds forgotten "~")
 216    // but take care on the statistical information, like "CEQmean_Mean"
 217    // and also take care on correct given variables, like "CEQmean~"
 218    //
 219    // For each variable out of "listOfVariables":
 220    // - 'Save' correct items:
 221    //   - form <replaceString>, take <variable>'s first char, add <removeString>, add rest of <variable>, e.g. "C!#EQmean" (<removeString> = "!#")
 222    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 223    //     - ReplaceAll <variable><statistical_Information> with <replaceString><statistical_Information>
 224    //   - ReplaceAll <variable><abbreviation> with <replaceString><abbreviation>, e.g. "CEQmean~" -> "C!#EQmean~"
 225    //   - ReplaceAll <variable><appendStr> with <replaceString><appendStr>, e.g. "CEQmean.fElements" -> "C!#EQmean.fElements"
 226    //
 227    // - Do actual replacing:
 228    //   - ReplaceAll <variable> with <variable><fAbbreviation>, e.g. "CEQmean" -> "CEQmean~"
 229    //
 230    // - Undo saving:
 231    //   - For each statistical information in "listOfNormalizationVariables":
 232    //     - ReplaceAll <replaceString><statistical_Information> with <variable><statistical_Information>
 233    //   - ReplaceAll <replaceString><abbreviation> with <variable><abbreviation>, e.g. "C!#EQmean~" -> "CEQmean~"
 234    //   - ReplaceAll <replaceString><appendStr> with <variable><appendStr>, e.g. "C!#EQmean.fElements" -> "CEQmean.fElements"
 235    //
 236    // Now all the missing "~" should be added.
 237
 238    TString str(c);
 239    TString removeString = "!#";  // very unpropable combination of chars
 240    TString replaceString = "";
 241    TString searchString = "";
 242    TString normString = "";
 243    TObjArray *listOfVariables = GetListOfVariables();
 244    listOfVariables->Add(new TObjString("channel"));
 245    listOfVariables->Add(new TObjString("gx"));
 246    listOfVariables->Add(new TObjString("gy"));
 247    listOfVariables->Add(new TObjString("lx"));
 248    listOfVariables->Add(new TObjString("ly"));
 249    listOfVariables->Add(new TObjString("pad"));
 250    listOfVariables->Add(new TObjString("row"));
 251    listOfVariables->Add(new TObjString("rpad"));
 252    listOfVariables->Add(new TObjString("sector"));
 253    TObjArray *listOfNormalizationVariables = GetListOfNormalizationVariables();
 254    Int_t nVariables = listOfVariables->GetEntriesFast();
 255    Int_t nNorm = listOfNormalizationVariables->GetEntriesFast();
 256
 257    Int_t *varLengths = new Int_t[nVariables];
 258    for (Int_t i = 0; i < nVariables; i++) {
 259       varLengths[i] = ((TObjString*)listOfVariables->At(i))->String().Length();
 260    }
 261    Int_t *normLengths = new Int_t[nNorm];
 262    for (Int_t i = 0; i < nNorm; i++) {
 263       normLengths[i] = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Length();
 264       // printf("normLengths[%i] (%s) = %i \n", i,((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(i))->String().Data(), normLengths[i]);
 265    }
 266    Int_t *varSort = new Int_t[nVariables];
 267    TMath::Sort(nVariables, varLengths, varSort, kTRUE);
 268    Int_t *normSort = new Int_t[nNorm];
 269    TMath::Sort(nNorm, normLengths, normSort, kTRUE);
 270    // for (Int_t i = 0; i<nNorm; i++)  printf("normLengths: %i\n", normLengths[normSort[i]]);
 271    // for (Int_t i = 0; i<nVariables; i++) printf("varLengths: %i\n", varLengths[varSort[i]]);
 272
 273    for (Int_t ivar = 0; ivar < nVariables; ivar++) {
 274       // ***** save correct tokens *****
 275       // first get the next variable:
 276       searchString = ((TObjString*)listOfVariables->At(varSort[ivar]))->String();
 277       // printf("searchString: %s ++++++++++++++\n", searchString.Data());
 278       // form replaceString:
 279       replaceString = "";
 280       for (Int_t i = 0; i < searchString.Length(); i++) {
 281          replaceString.Append(searchString[i]);
 282          if (i == 0) replaceString.Append(removeString);
 283       }
 284       // go through normalization:
 285       // printf("go through normalization\n");
 286       for (Int_t inorm = 0; inorm < nNorm; inorm++) {
 287          // printf(" inorm=%i, nNorm=%i, normSort[inorm]=%i \n", inorm, nNorm, normSort[inorm]);
 288          normString = ((TObjString*)listOfNormalizationVariables->At(normSort[inorm]))->String();
 289          // printf(" walking in normalization, i=%i, normString=%s \n", inorm, normString.Data());
 290          str.ReplaceAll(searchString + normString, replaceString + normString);
 291          // like: str.ReplaceAll("CEQmean_Mean", "C!EQmean_Mean");
 292       }
 293       str.ReplaceAll(searchString + fAbbreviation, replaceString + fAbbreviation);
 294       // like: str.ReplaceAll("CEQmean~", "C!EQmean~");
 295       str.ReplaceAll(searchString + fAppendString,    replaceString + fAppendString);
 296       // like: str.ReplaceAll("CEQmean.fElements", "C!EQmean.fElements");
 297
 298       // ***** add missing extensions *****
 299       str.ReplaceAll(searchString, replaceString + fAbbreviation);
 300       // like: str.ReplaceAll("CEQmean", "C!EQmean~");
 301    }
 302
 303    // ***** undo saving *****
 304    str.ReplaceAll(removeString, "");
 305
 306    if (printDrawCommand) std::cout << "The string looks now like: " << str.Data() << std::endl;
 307    delete varSort;
 308    delete normSort;
 309    return str.Data();
 310 }
 311
 312
 313
 314
 315 //_____________________________________________________________________________
 316 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 317   //
 318   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 319   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 320  // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 321   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 322   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 323   // cuts: specifies cuts
 324   // drawOptions: draw options like 'same'
 325   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 326   //
 327
 328    TString drawStr(drawCommand);
 329    TString sectorStr(sector);
 330    sectorStr.ToUpper();
 331    TString cutStr("");
 332    //TString drawOptionsStr("profcolz ");
 333    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 334    if (dangerousToDraw) {
 335       Warning("EasyDraw", "The draw string must not contain ':' or '>>'. Using only first variable for drawing!");
 336 //      return -1;
 337 //      drawStr.Resize(drawStr.First(">"));
 338       drawStr.Resize(drawStr.First(":"));
 339    }
 340
 341    TString drawOptionsStr("");
 342    TRandom rnd(0);
 343    Int_t rndNumber = rnd.Integer(10000);
 344
 345    if (drawOptions && strcmp(drawOptions, "") != 0)
 346       drawOptionsStr += drawOptions;
 347    else
 348       drawOptionsStr += "profcolz";
 349
 350    if (sectorStr == "A") {
 351       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 352       drawStr += rndNumber;
 353       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 354       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 355    }
 356    else if  (sectorStr == "C") {
 357       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 358       drawStr += rndNumber;
 359       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 360       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 361    }
 362    else if  (sectorStr == "ALL") {
 363       drawStr += Form(":gy%s:gx%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 364       drawStr += rndNumber;
 365       drawStr += "(330,-250,250,330,-250,250)";
 366    }
 367    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 368       drawStr += Form(":rpad%s:row%s+(sector>35)*63>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 369       drawStr += rndNumber;
 370       drawStr += "(159,0,159,140,-70,70)";
 371       TString sec=sectorStr;
 372       sec.Remove(0,1);
 373       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 374    }
 375    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 376       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 377       drawStr += Form(":rpad%s:row%s>>prof", fAppendString.Data(), fAppendString.Data());
 378       drawStr += rndNumber;
 379       if (isec < 36 && isec >= 0)
 380          drawStr += "(63,0,63,108,-54,54)";
 381       else if (isec < 72 && isec >= 36)
 382          drawStr += "(96,0,96,140,-70,70)";
 383       else {
 384          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 385          return -1;
 386       }
 387       cutStr += "(sector==";
 388       cutStr += isec;
 389       cutStr += ") ";
 390    }
 391
 392    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 393       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 394       cutStr += "(";
 395       cutStr += cuts;
 396       cutStr += ")";
 397    }
 398    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 399    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 400    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 401    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 402    TString profName("prof");
 403    profName += rndNumber;
 404    TObject *obj = gDirectory->Get(profName.Data());
 405    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 406    return returnValue;
 407 }
 408
 409
 410 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 411   //
 412   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 413   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 414   // sector: sector-number - only the specified sector will be drwawn
 415   // cuts: specifies cuts
 416   // drawOptions: draw options like 'same'
 417   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 418   //
 419    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 420       char sectorChr[3];
 421       sprintf(sectorChr, "%i", sector);
 422       return EasyDraw(drawCommand, sectorChr, cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 423    }
 424    Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 425    return -1;
 426 }
 427
 428
 429 //_____________________________________________________________________________
 430 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 431   //
 432   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 433   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", "A", "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 434   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 435   //         'A'/'C' or 'a'/'c' - side A/C will be drawn
 436   //         'ALL' - whole TPC will be drawn, projected on one side
 437   // cuts: specifies cuts
 438   // drawOptions: draw options like 'same'
 439   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 440   //
 441
 442    TString drawStr(drawCommand);
 443    TString sectorStr(sector);
 444    TString drawOptionsStr(drawOptions);
 445    sectorStr.ToUpper();
 446    TString cutStr("");
 447
 448    if (sectorStr == "A")
 449       cutStr += "(sector/18)%2==0 ";
 450    else if  (sectorStr == "C")
 451       cutStr += "(sector/18)%2==1 ";
 452    else if (sectorStr.IsDigit()) {
 453       Int_t isec = sectorStr.Atoi();
 454       if (isec < 0 || isec > 71) {
 455          Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 456          return -1;
 457       }
 458       cutStr += "(sector==";
 459       cutStr += isec;
 460       cutStr += ") ";
 461    }
 462    else if  (sectorStr.Contains("S")) {
 463       TString sec=sectorStr;
 464       sec.Remove(0,1);
 465       cutStr += "sector%36=="+sec+" ";
 466    }
 467
 468    if (cuts && cuts[0] != 0) {
 469       if (cutStr.Length() != 0) cutStr += "&& ";
 470       cutStr += "(";
 471       cutStr += cuts;
 472       cutStr += ")";
 473    }
 474
 475    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 476    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
 477    if (writeDrawCommand) std::cout << "fTree->Draw(\"" << drawStr << "\", \"" <<  cutStr << "\", \"" << drawOptionsStr << "\");" << std::endl;
 478    Int_t returnValue = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), drawOptionsStr.Data());
 479    if (returnValue == -1) return -1;
 480
 481    TObject *obj = (gPad) ? gPad->GetPrimitive("htemp") : 0;
 482    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("htemp");
 483    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("tempHist");
 484    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 485    if (!obj) obj = gPad->GetPrimitive("Graph");
 486    if (!obj) obj = (TH1F*)gDirectory->Get("Graph");
 487    if (obj && obj->InheritsFrom("TH1")) FormatHistoLabels((TH1*)obj);
 488    return returnValue;
 489 }
 490
 491
 492 Int_t AliTPCCalibViewer::EasyDraw1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char* drawOptions, Bool_t writeDrawCommand) const {
 493   //
 494   // easy drawing of data, use '~' for abbreviation of '.fElements'
 495   // example: EasyDraw("CETmean~-CETmean_mean", 34, "(CETmean~-CETmean_mean)>0")
 496   // sector: sector-number - the specified sector will be drwawn
 497   // cuts: specifies cuts
 498   // drawOptions: draw options like 'same'
 499   // writeDrawCommand: write the command, that is passed to TTree::Draw
 500   //
 501
 502    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 503       char sectorChr[3];
 504       sprintf(sectorChr, "%i", sector);
 505       return EasyDraw1D(drawCommand, sectorChr, cuts, drawOptions, writeDrawCommand);
 506    }
 507   Error("EasyDraw","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 508   return -1;
 509 }
 510
 511
 512 void AliTPCCalibViewer::FormatHistoLabels(TH1 *histo) const {
 513    //
 514    // formats title and axis labels of histo
 515    // removes '.fElements'
 516    //
 517    if (!histo) return;
 518    TString replaceString(fAppendString.Data());
 519    TString *str = new TString(histo->GetTitle());
 520    str->ReplaceAll(replaceString, "");
 521    histo->SetTitle(str->Data());
 522    delete str;
 523    if (histo->GetXaxis()) {
 524       str = new TString(histo->GetXaxis()->GetTitle());
 525       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 526       histo->GetXaxis()->SetTitle(str->Data());
 527       delete str;
 528    }
 529    if (histo->GetYaxis()) {
 530       str = new TString(histo->GetYaxis()->GetTitle());
 531       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 532       histo->GetYaxis()->SetTitle(str->Data());
 533       delete str;
 534    }
 535    if (histo->GetZaxis()) {
 536       str = new TString(histo->GetZaxis()->GetTitle());
 537       str->ReplaceAll(replaceString, "");
 538       histo->GetZaxis()->SetTitle(str->Data());
 539       delete str;
 540    }
 541 }
 542
 543
 544 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 545    //
 546    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 547    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 548    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 549    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 550    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 551    //
 552    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 553       char sectorChr[3];
 554       sprintf(sectorChr, "%i", sector);
 555       return DrawHisto1D(drawCommand, sectorChr, cuts, sigmas, plotMean, plotMedian, plotLTM);
 556    }
 557    Error("DrawHisto1D","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 558    return -1;
 559 }
 560
 561
 562 Int_t  AliTPCCalibViewer::DrawHisto1D(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, const char *sigmas, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM) const {
 563    //
 564    // Easy drawing of data, in principle the same as EasyDraw1D
 565    // Difference: A line for the mean / median / LTM is drawn
 566    // in 'sigmas' you can specify in which distance to the mean/median/LTM you want to see a line in sigma-units, separated by ';'
 567    // example: sigmas = "2; 4; 6;"  at Begin_Latex 2 #sigma End_Latex, Begin_Latex 4 #sigma End_Latex and Begin_Latex 6 #sigma End_Latex  a line is drawn.
 568    // "plotMean", "plotMedian" and "plotLTM": what kind of lines do you want to see?
 569    //
 570    Int_t oldOptStat = gStyle->GetOptStat();
 571    gStyle->SetOptStat(0000000);
 572    Double_t ltmFraction = 0.8;
 573
 574    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 575    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 576    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 577       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 578       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 579       nsigma[i] = sig;
 580    }
 581
 582    TString drawStr(drawCommand);
 583    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 584    if (dangerousToDraw) {
 585       Warning("DrawHisto1D", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 586       return -1;
 587    }
 588    drawStr += " >> tempHist";
 589    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts);
 590    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 591    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 592    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 593
 594    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 595    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 596    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 597    Double_t maxY = htemp->GetMaximum();
 598
 599    char c[500];
 600    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Statistical information");
 601 //    sprintf(c, "%s, sector: %i", type, sector);
 602    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 603
 604    if (plotMean) {
 605       // draw Mean
 606       TLine* line = new TLine(mean, 0, mean, maxY);
 607       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 608       line->SetLineColor(kRed);
 609       line->SetLineWidth(2);
 610       line->SetLineStyle(1);
 611       line->Draw();
 612       sprintf(c, "Mean: %f", mean);
 613       legend->AddEntry(line, c, "l");
 614       // draw sigma lines
 615       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 616          TLine* linePlusSigma = new TLine(mean + nsigma[i] * sigma, 0, mean + nsigma[i] * sigma, maxY);
 617          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 618          linePlusSigma->SetLineColor(kRed);
 619          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 620          linePlusSigma->Draw();
 621          TLine* lineMinusSigma = new TLine(mean - nsigma[i] * sigma, 0, mean - nsigma[i] * sigma, maxY);
 622          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 623          lineMinusSigma->SetLineColor(kRed);
 624          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 625          lineMinusSigma->Draw();
 626          sprintf(c, "%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma));
 627          legend->AddEntry(lineMinusSigma, c, "l");
 628       }
 629    }
 630    if (plotMedian) {
 631       // draw median
 632       TLine* line = new TLine(median, 0, median, maxY);
 633       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 634       line->SetLineColor(kBlue);
 635       line->SetLineWidth(2);
 636       line->SetLineStyle(1);
 637       line->Draw();
 638       sprintf(c, "Median: %f", median);
 639       legend->AddEntry(line, c, "l");
 640       // draw sigma lines
 641       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 642          TLine* linePlusSigma = new TLine(median + nsigma[i] * sigma, 0, median + nsigma[i]*sigma, maxY);
 643          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 644          linePlusSigma->SetLineColor(kBlue);
 645          linePlusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 646          linePlusSigma->Draw();
 647          TLine* lineMinusSigma = new TLine(median - nsigma[i] * sigma, 0, median - nsigma[i]*sigma, maxY);
 648          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 649          lineMinusSigma->SetLineColor(kBlue);
 650          lineMinusSigma->SetLineStyle(2 + i);
 651          lineMinusSigma->Draw();
 652          sprintf(c, "%i #sigma = %f",(Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * sigma));
 653          legend->AddEntry(lineMinusSigma, c, "l");
 654       }
 655    }
 656    if (plotLTM) {
 657       // draw LTM
 658       Double_t ltmRms = 0;
 659       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 660       TLine* line = new TLine(ltm, 0, ltm, maxY);
 661       //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(line);
 662       line->SetLineColor(kGreen+2);
 663       line->SetLineWidth(2);
 664       line->SetLineStyle(1);
 665       line->Draw();
 666       sprintf(c, "LTM: %f", ltm);
 667       legend->AddEntry(line, c, "l");
 668       // draw sigma lines
 669       for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
 670          TLine* linePlusSigma = new TLine(ltm + nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm + nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 671          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(linePlusSigma);
 672          linePlusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 673          linePlusSigma->SetLineStyle(2+i);
 674          linePlusSigma->Draw();
 675
 676          TLine* lineMinusSigma = new TLine(ltm - nsigma[i] * ltmRms, 0, ltm - nsigma[i] * ltmRms, maxY);
 677          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineMinusSigma);
 678          lineMinusSigma->SetLineColor(kGreen+2);
 679          lineMinusSigma->SetLineStyle(2+i);
 680          lineMinusSigma->Draw();
 681          sprintf(c, "%i #sigma = %f", (Int_t)(nsigma[i]), (Float_t)(nsigma[i] * ltmRms));
 682          legend->AddEntry(lineMinusSigma, c, "l");
 683       }
 684    }
 685    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 686    legend->Draw();
 687    gStyle->SetOptStat(oldOptStat);
 688    return 1;
 689 }
 690
 691
 692 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 693    //
 694    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
 695    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
 696    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
 697    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
 698    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
 699    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 700    // Begin_Latex
 701    // f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx }{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 702    // End_Latex
 703    //
 704    //
 705    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 706    // around the mean/median/LTM
 707    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 708    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 709    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 710    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 711    //
 712    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 713       char sectorChr[3];
 714       sprintf(sectorChr, "%i", sector);
 715       return SigmaCut(drawCommand, sectorChr, cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, pm, sigmas, sigmaStep);
 716    }
 717    Error("SigmaCut","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 718    return -1;
 719 }
 720
 721
 722 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCut(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 723    //
 724    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 725    // around the mean/median/LTM
 726    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 727    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 728    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 729    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 730    //
 731
 732    Double_t ltmFraction = 0.8;
 733
 734    TString drawStr(drawCommand);
 735    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
 736    if (dangerousToDraw) {
 737       Warning("SigmaCut", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
 738       return -1;
 739    }
 740    drawStr += " >> tempHist";
 741
 742    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 743    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 744    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 745    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 746
 747    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 748    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 749    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 750
 751    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 752    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 753    TH1F *cutHistoMean = 0;
 754    TH1F *cutHistoMedian = 0;
 755    TH1F *cutHistoLTM = 0;
 756
 757    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 758    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 759    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 760       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 761       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 762       nsigma[i] = sig;
 763    }
 764
 765    if (plotMean) {
 766       cutHistoMean = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 767       if (cutHistoMean) {
 768          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMean);
 769          cutHistoMean->SetLineColor(kRed);
 770          legend->AddEntry(cutHistoMean, "Mean", "l");
 771          cutHistoMean->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 772          cutHistoMean->Draw();
 773          DrawLines(cutHistoMean, nsigma, legend, kRed, pm);
 774       } // if (cutHistoMean)
 775
 776    }
 777    if (plotMedian) {
 778       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 779       if (cutHistoMedian) {
 780          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 781          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 782          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 783          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 784          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 785             else cutHistoMedian->Draw();
 786          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 787       }  // if (cutHistoMedian)
 788    }
 789    if (plotLTM) {
 790       Double_t ltmRms = 0;
 791       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 792       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 793       if (cutHistoLTM) {
 794          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 795          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 796          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 797          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 798          if (plotMean && cutHistoMean || plotMedian && cutHistoMedian) cutHistoLTM->Draw("same");
 799             else cutHistoLTM->Draw();
 800          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 801       }
 802    }
 803    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 804    legend->Draw();
 805    return 1;
 806 }
 807
 808
 809 Int_t AliTPCCalibViewer::SigmaCutNew(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, Bool_t pm, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 810    //
 811    // Creates a histogram, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals
 812    // around the mean/median/LTM
 813    // with drawCommand, sector and cuts you specify your input data, see EasyDraw
 814    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma)
 815    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
 816    // plotMean/plotMedian/plotLTM: specifies where to put the center
 817    //
 818
 819    // Double_t ltmFraction = 0.8;  //unused
 820    // avoid compiler warnings:
 821    sigmaMax = sigmaMax;
 822    pm = pm;
 823    sigmaStep = sigmaStep;
 824
 825    TString drawStr(drawCommand);
 826    drawStr += " >> tempHist";
 827
 828    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 829    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 830    TGraph *cutGraphMean   = 0;
 831    // TGraph *cutGraphMedian = 0;
 832    // TGraph *cutGraphLTM    = 0;
 833    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 834    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
 835    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
 836    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
 837    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
 838
 839    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 840    // Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 841    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 842
 843    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Cumulative");
 844    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 845
 846    // parse sigmas string
 847    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 848    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 849    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 850       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 851       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 852       nsigma[i] = sig;
 853    }
 854
 855    if (plotMean) {
 856       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
 857          xarray[i] = TMath::Abs(values[index[i]] - mean) / sigma;
 858          yarray[i] = float(i) / float(entries);
 859       }
 860       cutGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
 861       if (cutGraphMean) {
 862          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutGraphMean);
 863          cutGraphMean->SetLineColor(kRed);
 864          legend->AddEntry(cutGraphMean, "Mean", "l");
 865          cutGraphMean->SetTitle(Form("%s, Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 866          cutGraphMean->Draw("alu");
 867          DrawLines(cutGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 868       }
 869    }
 870    /*
 871    if (plotMedian) {
 872       cutHistoMedian = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 873       if (cutHistoMedian) {
 874          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoMedian);
 875          cutHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 876          legend->AddEntry(cutHistoMedian, "Median", "l");
 877          cutHistoMedian->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 878          if (plotMean && cutHistoMean) cutHistoMedian->Draw("same");
 879             else cutHistoMedian->Draw();
 880          DrawLines(cutHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, pm);
 881       }  // if (cutHistoMedian)
 882    }
 883    if (plotLTM) {
 884       Double_t ltmRms = 0;
 885       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 886       cutHistoLTM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep, pm);
 887       if (cutHistoLTM) {
 888          fListOfObjectsToBeDeleted->Add(cutHistoLTM);
 889          cutHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 890          legend->AddEntry(cutHistoLTM, "LTM", "l");
 891          cutHistoLTM->SetTitle(Form("%s, cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 892          if (plotMean && cutHistoMean || plotMedian && cutHistoMedian) cutHistoLTM->Draw("same");
 893             else cutHistoLTM->Draw();
 894          DrawLines(cutHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, pm);
 895       }
 896    }*/
 897    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
 898    legend->Draw();
 899    return 1;
 900 }
 901
 902
 903 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand,       Int_t sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 904    //
 905    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 906    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 907    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 908    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 909    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 910    // The actual work is done on the array.
 911    /* Begin_Latex
 912          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 913       End_Latex
 914    */
 915    if (sector >= 0 && sector < 72) {
 916       char sectorChr[3];
 917       sprintf(sectorChr, "%i", sector);
 918       return Integrate(drawCommand, sectorChr, cuts, sigmaMax, plotMean, plotMedian, plotLTM, sigmas, sigmaStep);
 919    }
 920    Error("Integrate","The TPC contains only sectors between 0 and 71.");
 921    return -1;
 922
 923 }
 924
 925
 926 Int_t AliTPCCalibViewer::IntegrateOld(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
 927    //
 928    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
 929    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
 930    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
 931    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
 932    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
 933    // The actual work is done on the array.
 934    /* Begin_Latex
 935          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
 936       End_Latex
 937    */
 938
 939    Double_t ltmFraction = 0.8;
 940
 941    TString drawStr(drawCommand);
 942    drawStr += " >> tempHist";
 943
 944    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
 945    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
 946    // FIXME is this histogram deleted automatically?
 947    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
 948
 949    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
 950    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
 951    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
 952
 953    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
 954    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
 955    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
 956       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
 957       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
 958       nsigma[i] = sig;
 959    }
 960
 961    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
 962    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
 963    TH1F *integralHistoMean = 0;
 964    TH1F *integralHistoMedian = 0;
 965    TH1F *integralHistoLTM = 0;
 966
 967    if (plotMean) {
 968       integralHistoMean = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 969       if (integralHistoMean) {
 970          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMean);
 971          integralHistoMean->SetLineColor(kRed);
 972          legend->AddEntry(integralHistoMean, "Mean", "l");
 973          integralHistoMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 974          integralHistoMean->Draw();
 975          DrawLines(integralHistoMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
 976       }
 977    }
 978    if (plotMedian) {
 979       integralHistoMedian = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, median, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
 980       if (integralHistoMedian) {
 981          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoMedian);
 982          integralHistoMedian->SetLineColor(kBlue);
 983          legend->AddEntry(integralHistoMedian, "Median", "l");
 984          integralHistoMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 985          if (plotMean && integralHistoMean) integralHistoMedian->Draw("same");
 986             else integralHistoMedian->Draw();
 987          DrawLines(integralHistoMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
 988       }
 989    }
 990    if (plotLTM) {
 991       Double_t ltmRms = 0;
 992       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
 993       integralHistoLTM = AliTPCCalibViewer::Integrate(htemp, ltm, ltmRms, sigmaMax, sigmaStep);
 994       if (integralHistoLTM) {
 995          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralHistoLTM);
 996          integralHistoLTM->SetLineColor(kGreen+2);
 997          legend->AddEntry(integralHistoLTM, "LTM", "l");
 998          integralHistoLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
 999          if (plotMean && integralHistoMean || plotMedian && integralHistoMedian) integralHistoLTM->Draw("same");
1000             else integralHistoLTM->Draw();
1001          DrawLines(integralHistoLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
1002       }
1003    }
1004    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
1005    legend->Draw();
1006    return 1;
1007 }
1008
1009
1010 Int_t AliTPCCalibViewer::Integrate(const char* drawCommand, const char* sector, const char* cuts, Float_t sigmaMax, Bool_t plotMean, Bool_t plotMedian, Bool_t plotLTM, const char *sigmas, Float_t sigmaStep) const {
1011    //
1012    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1013    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1014    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1015    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1016    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1017    // The actual work is done on the array.
1018    /* Begin_Latex
1019          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1020       End_Latex
1021    */
1022
1023    Double_t ltmFraction = 0.8;
1024    // avoid compiler warnings:
1025    sigmaMax = sigmaMax;
1026    sigmaStep = sigmaStep;
1027
1028    TString drawStr(drawCommand);
1029    Bool_t dangerousToDraw = drawStr.Contains(":") || drawStr.Contains(">>");
1030    if (dangerousToDraw) {
1031       Warning("Integrate", "The draw string must not contain ':' or '>>'.");
1032       return -1;
1033    }
1034    drawStr += " >> tempHist";
1035
1036    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), sector, cuts, "goff");
1037    TH1F *htemp = (TH1F*)gDirectory->Get("tempHist");
1038    TGraph *integralGraphMean   = 0;
1039    TGraph *integralGraphMedian = 0;
1040    TGraph *integralGraphLTM    = 0;
1041    Double_t *values = fTree->GetV1();  // value is the array containing 'entries' numbers
1042    Int_t    *index  = new Int_t[entries];
1043    Float_t  *xarray = new Float_t[entries];
1044    Float_t  *yarray = new Float_t[entries];
1045    TMath::Sort(entries, values, index, kFALSE);
1046
1047    Double_t mean = TMath::Mean(entries, values);
1048    Double_t median = TMath::Median(entries, values);
1049    Double_t sigma = TMath::RMS(entries, values);
1050
1051    // parse sigmas string
1052    TObjArray *sigmasTokens = TString(sigmas).Tokenize(";");
1053    TVectorF nsigma(sigmasTokens->GetEntriesFast());
1054    for (Int_t i = 0; i < sigmasTokens->GetEntriesFast(); i++) {
1055       TString str(((TObjString*)sigmasTokens->At(i))->GetString());
1056       Double_t sig = (str.IsFloat()) ? str.Atof() : 0;
1057       nsigma[i] = sig;
1058    }
1059
1060    TLegend * legend = new TLegend(.7,.7, .99, .99, "Integrated histogram");
1061    //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(legend);
1062
1063    if (plotMean) {
1064       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1065          xarray[i] = (values[index[i]] - mean) / sigma;
1066          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1067       }
1068       integralGraphMean = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1069       if (integralGraphMean) {
1070          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMean);
1071          integralGraphMean->SetLineColor(kRed);
1072          legend->AddEntry(integralGraphMean, "Mean", "l");
1073          integralGraphMean->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1074          integralGraphMean->Draw("alu");
1075          DrawLines(integralGraphMean, nsigma, legend, kRed, kTRUE);
1076       }
1077    }
1078    if (plotMedian) {
1079       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1080          xarray[i] = (values[index[i]] - median) / sigma;
1081          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1082       }
1083       integralGraphMedian = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1084       if (integralGraphMedian) {
1085          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphMedian);
1086          integralGraphMedian->SetLineColor(kBlue);
1087          legend->AddEntry(integralGraphMedian, "Median", "l");
1088          integralGraphMedian->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1089          if (plotMean && integralGraphMean) integralGraphMedian->Draw("samelu");
1090             else integralGraphMedian->Draw("alu");
1091          DrawLines(integralGraphMedian, nsigma, legend, kBlue, kTRUE);
1092       }
1093    }
1094    if (plotLTM) {
1095       Double_t ltmRms = 0;
1096       Double_t ltm = GetLTM(entries, values, &ltmRms, ltmFraction);
1097       for (Int_t i = 0; i < entries; i++) {
1098          xarray[i] = (values[index[i]] - ltm) / ltmRms;
1099          yarray[i] = float(i) / float(entries);
1100       }
1101       integralGraphLTM = new TGraph(entries, xarray, yarray);
1102       if (integralGraphLTM) {
1103          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(integralGraphLTM);
1104          integralGraphLTM->SetLineColor(kGreen+2);
1105          legend->AddEntry(integralGraphLTM, "LTM", "l");
1106          integralGraphLTM->SetTitle(Form("%s, integrated; Multiples of #sigma; Fraction of included data", htemp->GetTitle()));
1107          if (plotMean && integralGraphMean || plotMedian && integralGraphMedian) integralGraphLTM->Draw("samelu");
1108             else integralGraphLTM->Draw("alu");
1109          DrawLines(integralGraphLTM, nsigma, legend, kGreen+2, kTRUE);
1110       }
1111    }
1112    if (!plotMean && !plotMedian && !plotLTM) return -1;
1113    legend->Draw();
1114    return entries;
1115 }
1116
1117
1118 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TH1F *histogram, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1119    //
1120    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1121    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1122    //
1123
1124    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1125    char c[500];
1126    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1127       if (!pm) {
1128          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1129          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1130          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1131          lineUp->SetLineColor(color);
1132          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1133          lineUp->Draw();
1134          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), 0, histogram->GetBinContent(bin));
1135          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1136          lineLeft->SetLineColor(color);
1137          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1138          lineLeft->Draw();
1139          sprintf(c, "Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1140          legend->AddEntry(lineLeft, c, "l");
1141       }
1142       else { // if (pm)
1143          Int_t bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(nsigma[i]);
1144          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1145          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1146          lineUp1->SetLineColor(color);
1147          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1148          lineUp1->Draw();
1149          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1150          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1151          lineLeft1->SetLineColor(color);
1152          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1153          lineLeft1->Draw();
1154          sprintf(c, "Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1155          legend->AddEntry(lineLeft1, c, "l");
1156          bin = histogram->GetXaxis()->FindBin(-nsigma[i]);
1157          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1158          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1159          lineUp2->SetLineColor(color);
1160          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1161          lineUp2->Draw();
1162          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin), histogram->GetBinLowEdge(0)+histogram->GetBinWidth(0), histogram->GetBinContent(bin));
1163          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1164          lineLeft2->SetLineColor(color);
1165          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1166          lineLeft2->Draw();
1167          sprintf(c, "Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], histogram->GetBinContent(bin));
1168          legend->AddEntry(lineLeft2, c, "l");
1169       }
1170    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1171 }
1172
1173
1174 void AliTPCCalibViewer::DrawLines(TGraph *graph, TVectorF nsigma, TLegend *legend, Int_t color, Bool_t pm) const {
1175    //
1176    // Private function for SigmaCut(...) and Integrate(...)
1177    // Draws lines into the given histogram, specified by "nsigma", the lines are addeed to the legend
1178    //
1179
1180    // start to draw the lines, loop over requested sigmas
1181    char c[500];
1182    for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++) {
1183       if (!pm) {
1184          TLine* lineUp = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1185          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp);
1186          lineUp->SetLineColor(color);
1187          lineUp->SetLineStyle(2 + i);
1188          lineUp->Draw();
1189          TLine* lineLeft = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), 0, graph->Eval(nsigma[i]));
1190          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft);
1191          lineLeft->SetLineColor(color);
1192          lineLeft->SetLineStyle(2 + i);
1193          lineLeft->Draw();
1194          sprintf(c, "Fraction(%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1195          legend->AddEntry(lineLeft, c, "l");
1196       }
1197       else { // if (pm)
1198          TLine* lineUp1 = new TLine(nsigma[i], 0, nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1199          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp1);
1200          lineUp1->SetLineColor(color);
1201          lineUp1->SetLineStyle(2 + i);
1202          lineUp1->Draw();
1203          TLine* lineLeft1 = new TLine(nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(nsigma[i]));
1204          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft1);
1205          lineLeft1->SetLineColor(color);
1206          lineLeft1->SetLineStyle(2 + i);
1207          lineLeft1->Draw();
1208          sprintf(c, "Fraction(+%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(nsigma[i]));
1209          legend->AddEntry(lineLeft1, c, "l");
1210          TLine* lineUp2 = new TLine(-nsigma[i], 0, -nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]));
1211          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineUp2);
1212          lineUp2->SetLineColor(color);
1213          lineUp2->SetLineStyle(2 + i);
1214          lineUp2->Draw();
1215          TLine* lineLeft2 = new TLine(-nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]), graph->GetHistogram()->GetXaxis()->GetBinLowEdge(0), graph->Eval(-nsigma[i]));
1216          //fListOfObjectsToBeDeleted->Add(lineLeft2);
1217          lineLeft2->SetLineColor(color);
1218          lineLeft2->SetLineStyle(2 + i);
1219          lineLeft2->Draw();
1220          sprintf(c, "Fraction(-%f #sigma) = %f",nsigma[i], graph->Eval(-nsigma[i]));
1221          legend->AddEntry(lineLeft2, c, "l");
1222       }
1223    }  // for (Int_t i = 0; i < nsigma.GetNoElements(); i++)
1224 }
1225
1226
1227
1228
1229
1230 /////////////////
1231 // Array tools //
1232 /////////////////
1233
1234
1235 Int_t AliTPCCalibViewer::GetBin(Float_t value, Int_t nbins, Double_t binLow, Double_t binUp){
1236    // Returns the 'bin' for 'value'
1237    // The interval between 'binLow' and 'binUp' is divided into 'nbins' equidistant bins
1238    // avoid index out of bounds error: 'if (bin < binLow) bin = binLow' and vice versa
1239    /* Begin_Latex
1240          GetBin(value) = #frac{nbins - 1}{binUp - binLow} #upoint (value - binLow) +1
1241       End_Latex
1242    */
1243
1244    Int_t bin =  TMath::Nint( (Float_t)(value - binLow) / (Float_t)(binUp - binLow) * (nbins-1) ) + 1;
1245    // avoid index out of bounds:
1246    if (value < binLow) bin = 0;
1247    if (value > binUp)  bin = nbins + 1;
1248    return bin;
1249
1250 }
1251
1252
1253 Double_t AliTPCCalibViewer::GetLTM(Int_t n, Double_t *array, Double_t *sigma, Double_t fraction){
1254    //
1255    //  returns the LTM and sigma
1256    //
1257    Double_t *ddata = new Double_t[n];
1258    Double_t mean = 0, lsigma = 0;
1259    UInt_t nPoints = 0;
1260    for (UInt_t i = 0; i < (UInt_t)n; i++) {
1261          ddata[nPoints]= array[nPoints];
1262          nPoints++;
1263    }
1264    Int_t hh = TMath::Min(TMath::Nint(fraction * nPoints), Int_t(n));
1265    AliMathBase::EvaluateUni(nPoints, ddata, mean, lsigma, hh);
1266    if (sigma) *sigma = lsigma;
1267    delete [] ddata;
1268    return mean;
1269 }
1270
1271
1272 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(TH1F *histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm) {
1273    //
1274    // Creates a cumulative histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1275    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'histogram'
1276    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'histogram', to be specified by the user
1277    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1278    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1279    // pm: Decide weather Begin_Latex t > 0 End_Latex (first case) or Begin_Latex t End_Latex arbitrary (secound case)
1280    // The actual work is done on the array.
1281    /* Begin_Latex
1282          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx + #int_{#mu}^{#mu - t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx }{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx } ,    for  t > 0
1283          or
1284          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{#mu}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1285       End_Latex
1286       begin_macro(source)
1287       {
1288          Float_t mean = 0;
1289          Float_t sigma = 1.5;
1290          Float_t sigmaMax = 4;
1291          gROOT->SetStyle("Plain");
1292          TH1F *distribution = new TH1F("Distribution1", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1293          TRandom rand(23);
1294          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1295          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1296
1297          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("macro_example_canvas_SigmaCut", "", 350, 350);
1298          macro_example_canvas->Divide(0,3);
1299          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1300          pad1->SetGridy();
1301          pad1->SetGridx();
1302          distribution->Draw();
1303          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1304          pad2->SetGridy();
1305          pad2->SetGridx();
1306
1307          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1308          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1309          shist->Draw();
1310          TVirtualPad *pad3 = macro_example_canvas->cd(3);
1311          pad3->SetGridy();
1312          pad3->SetGridx();
1313          TH1F *shistPM = AliTPCCalibViewer::SigmaCut(distribution, mean, sigma, sigmaMax, -1, kTRUE);
1314          shistPM->Draw();
1315          return macro_example_canvas;
1316       }
1317       end_macro
1318    */
1319
1320    Float_t *array = histogram->GetArray();
1321    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1322    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1323    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1324    return AliTPCCalibViewer::SigmaCut(nbins, array, mean, sigma, nbins, binLow, binUp, sigmaMax, sigmaStep, pm);
1325 }
1326
1327
1328 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, Float_t *array, Float_t mean, Float_t sigma, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep, Bool_t pm){
1329    //
1330    // Creates a histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, where you can see, how much of the data are inside sigma-intervals around the mean value
1331    // The data of the distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex are given in 'array', 'n' specifies the length of the array
1332    // 'mean' and 'sigma' are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in 'array', to be specified by the user
1333    // 'nbins': number of bins, 'binLow': first bin, 'binUp': last bin
1334    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM the histogram is generated (in units of sigma, Begin_Latex t #sigma End_Latex)
1335    // sigmaStep: the binsize of the generated histogram
1336    // Here the actual work is done.
1337
1338    if (sigma == 0) return 0;
1339    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1340    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1341    Int_t kbins = (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1; // + 1  due to overflow bin in histograms
1342    if (pm) kbins = 2 * (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;
1343    Float_t kbinLow = !pm ? 0 : -sigmaMax;
1344    Float_t kbinUp  = sigmaMax;
1345    TH1F *hist = new TH1F("sigmaCutHisto","Cumulative; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1346    hist->SetDirectory(0);
1347    hist->Reset();
1348
1349    // calculate normalization
1350    Double_t normalization = 0;
1351    for (Int_t i = 0; i <= n; i++) {
1352         normalization += array[i];
1353    }
1354
1355    // given units: units from given histogram
1356    // sigma units: in units of sigma
1357    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1358    // x:      ofset from mean for integration, given units
1359    // hist:   needs
1360
1361 //    printf("nbins: %i, binLow: %f, binUp: %f \n", nbins, binLow, binUp);
1362    // fill histogram
1363    for (Float_t iDelta = 0; iDelta <= sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1364       // integrate array
1365       Double_t valueP = array[GetBin(mean, nbins, binLow, binUp)];
1366       Double_t valueM = array[GetBin(mean-binWidth, nbins, binLow, binUp)];
1367       // add bin of mean value only once to the histogram
1368 //       printf("++ adding bins: ");
1369       for (Float_t x = binWidth; x <= iDelta; x += binWidth) {
1370          valueP += (mean + x <= binUp)  ? array[GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1371          valueM += (mean-binWidth - x >= binLow) ? array[GetBin(mean-binWidth - x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1372 //          printf("%i, ", GetBin(mean + x, nbins, binLow, binUp));
1373       }
1374 //       printf("\n");
1375       if (valueP / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueP, normalization);
1376       if (valueP / normalization > 100) return hist;
1377       if (valueM / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", valueM, normalization);
1378       if (valueM / normalization > 100) return hist;
1379       valueP = (valueP / normalization);
1380       valueM = (valueM / normalization);
1381       if (pm) {
1382          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1383          hist->SetBinContent(bin, valueP);
1384          bin = GetBin(-iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1385          hist->SetBinContent(bin, valueM);
1386       }
1387       else { // if (!pm)
1388          Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1389          hist->SetBinContent(bin, valueP + valueM);
1390 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in + direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1391 //          printf("  first integration bin: %i, last integration bin in - direction: %i \n", GetBin(mean+binWidth, nbins, binLow, binUp), GetBin(-iDelta, nbins, binLow, binUp));
1392 //          printf("  value: %f, normalization: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", valueP+valueM, normalization, iDelta, bin);
1393       }
1394    }
1395    //hist->SetMaximum(0.7);
1396    if (!pm) hist->SetMaximum(1.2);
1397    return hist;
1398 }
1399
1400
1401 TH1F* AliTPCCalibViewer::SigmaCut(Int_t n, Double_t *array, Double_t mean, Double_t sigma, Int_t nbins, Double_t *xbins, Double_t sigmaMax){
1402    //
1403    // SigmaCut for variable binsize
1404    // NOT YET IMPLEMENTED !!!
1405    //
1406    printf("SigmaCut with variable binsize, Not yet implemented\n");
1407    // avoid compiler warnings:
1408    n=n;
1409    mean=mean;
1410    sigma=sigma;
1411    nbins=nbins;
1412    sigmaMax=sigmaMax;
1413    array=array;
1414    xbins=xbins;
1415
1416    return 0;
1417 }
1418
1419
1420 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(TH1F *histogram, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1421    //
1422    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1423    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1424    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1425    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1426    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1427    // The actual work is done on the array.
1428    /* Begin_Latex
1429          f(x, #mu, #sigma)     #Rightarrow       S(t, #mu, #sigma) = #frac{#int_{-#infty}^{#mu + t #sigma} f(x, #mu, #sigma) dx}{ #int_{-#infty}^{+#infty} f(x, #mu, #sigma) dx }
1430       End_Latex
1431       begin_macro(source)
1432       {
1433          Float_t mean = 0;
1434          Float_t sigma = 1.5;
1435          Float_t sigmaMax = 4;
1436          gROOT->SetStyle("Plain");
1437          TH1F *distribution = new TH1F("Distribution2", "Distribution f(x, #mu, #sigma)", 1000,-5,5);
1438          TRandom rand(23);
1439          for (Int_t i = 0; i <50000;i++) distribution->Fill(rand.Gaus(mean, sigma));
1440          Float_t *ar = distribution->GetArray();
1441
1442          TCanvas* macro_example_canvas = new TCanvas("macro_example_canvas_Integrate", "", 350, 350);
1443          macro_example_canvas->Divide(0,2);
1444          TVirtualPad *pad1 = macro_example_canvas->cd(1);
1445          pad1->SetGridy();
1446          pad1->SetGridx();
1447          distribution->Draw();
1448          TVirtualPad *pad2 = macro_example_canvas->cd(2);
1449          pad2->SetGridy();
1450          pad2->SetGridx();
1451          TH1F *shist = AliTPCCalibViewer::Integrate(distribution, mean, sigma, sigmaMax);
1452          shist->SetNameTitle("Cumulative","Cumulative S(t, #mu, #sigma)");
1453          shist->Draw();
1454
1455          return macro_example_canvas_Integrate;
1456       }
1457       end_macro
1458    */
1459
1460
1461    Float_t *array = histogram->GetArray();
1462    Int_t    nbins = histogram->GetXaxis()->GetNbins();
1463    Float_t binLow = histogram->GetXaxis()->GetXmin();
1464    Float_t binUp  = histogram->GetXaxis()->GetXmax();
1465    return AliTPCCalibViewer::Integrate(nbins, array, nbins, binLow, binUp, mean, sigma, sigmaMax, sigmaStep);
1466 }
1467
1468
1469 TH1F* AliTPCCalibViewer::Integrate(Int_t n, Float_t *array, Int_t nbins, Float_t binLow, Float_t binUp, Float_t mean, Float_t sigma, Float_t sigmaMax, Float_t sigmaStep){
1470    // Creates an integrated histogram Begin_Latex S(t, #mu, #sigma) End_Latex, out of the input distribution distribution Begin_Latex f(x, #mu, #sigma) End_Latex, given in "histogram"
1471    // "mean" and "sigma" are Begin_Latex #mu End_Latex and  Begin_Latex #sigma End_Latex of the distribution in "histogram", to be specified by the user
1472    // sigmaMax: up to which sigma around the mean/median/LTM you want to integrate
1473    // if "igma == 0" and "sigmaMax == 0" the whole histogram is integrated
1474    // "sigmaStep": the binsize of the generated histogram, -1 means, that the maximal reasonable stepsize is used
1475    // Here the actual work is done.
1476
1477    Bool_t givenUnits = kTRUE;
1478    if (sigma != 0 && sigmaMax != 0) givenUnits = kFALSE;
1479    if (givenUnits) {
1480       sigma = 1;
1481       sigmaMax = (binUp - binLow) / 2.;
1482    }
1483
1484    Float_t binWidth = (binUp-binLow)/(nbins - 1);
1485    if (sigmaStep <= 0) sigmaStep = binWidth;
1486    Int_t kbins =  (Int_t)(sigmaMax * sigma / sigmaStep) + 1;  // + 1  due to overflow bin in histograms
1487    Float_t kbinLow = givenUnits ? binLow : -sigmaMax;
1488    Float_t kbinUp  = givenUnits ? binUp  : sigmaMax;
1489    TH1F *hist = 0;
1490    if (givenUnits)  hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Given x; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1491    if (!givenUnits) hist = new TH1F("integratedHisto","Integrated Histogram; Multiples of #sigma; Fraction of included data", kbins, kbinLow, kbinUp);
1492    hist->SetDirectory(0);
1493    hist->Reset();
1494
1495    // calculate normalization
1496  //  printf("calculating normalization, integrating from bin 1 to %i \n", n);
1497    Double_t normalization = 0;
1498    for (Int_t i = 1; i <= n; i++) {
1499         normalization += array[i];
1500    }
1501  //  printf("normalization: %f \n", normalization);
1502
1503    // given units: units from given histogram
1504    // sigma units: in units of sigma
1505    // iDelta: integrate in interval (mean +- iDelta), given units
1506    // x:      ofset from mean for integration, given units
1507    // hist:   needs
1508
1509    // fill histogram
1510    for (Float_t iDelta = mean - sigmaMax * sigma; iDelta <= mean + sigmaMax * sigma; iDelta += sigmaStep) {
1511       // integrate array
1512       Double_t value = 0;
1513       for (Float_t x = mean - sigmaMax * sigma; x <= iDelta; x += binWidth) {
1514          value += (x <= binUp && x >= binLow)  ? array[GetBin(x, nbins, binLow, binUp)] : 0;
1515       }
1516       if (value / normalization > 100) printf("+++ Error, value to big: %f, normalization with %f will fail  +++ \n", value, normalization);
1517       if (value / normalization > 100) return hist;
1518       Int_t bin = GetBin(iDelta/sigma, kbins, kbinLow, kbinUp);
1519     //  printf("first integration bin: %i, last integration bin: %i \n", GetBin(mean - sigmaMax * sigma, nbins, binLow, binUp), GetBin(iDelta, nbins, binLow, binUp));
1520     //  printf("value: %f, normalization: %f, normalized value: %f, iDelta: %f, Bin: %i \n", value, normalization, value/normalization, iDelta, bin);
1521       value = (value / normalization);
1522       hist->SetBinContent(bin, value);
1523    }
1524    return hist;
1525 }
1526
1527
1528
1529
1530
1531 ////////////////////////
1532 // end of Array tools //
1533 ////////////////////////
1534
1535
1536
1537 //_____________________________________________________________________________
1538 AliTPCCalPad* AliTPCCalibViewer::GetCalPad(const char* desiredData, char* cuts, char* calPadName) const {
1539   //
1540   // creates a AliTPCCalPad out of the 'desiredData'
1541   // the functionality of EasyDraw1D is used
1542   // calPadName specifies the name of the created AliTPCCalPad
1543   //  - this takes a while -
1544   //
1545    TString drawStr(desiredData);
1546    drawStr.Append(":channel");
1547    drawStr.Append(fAbbreviation);
1548    AliTPCCalPad * createdCalPad = new AliTPCCalPad(calPadName, calPadName);
1549    Int_t entries = 0;
1550    for (Int_t sec = 0; sec < 72; sec++) {
1551       entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sec, cuts, "goff");
1552       if (entries == -1) return 0;
1553       for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1554          createdCalPad->GetCalROC(sec)->SetValue((UInt_t)(fTree->GetV2()[i]), (Float_t)(fTree->GetV1()[i]));
1555    }
1556    return createdCalPad;
1557 }
1558
1559 //_____________________________________________________________________________
1560 AliTPCCalROC* AliTPCCalibViewer::GetCalROC(const char* desiredData, UInt_t sector, char* cuts) const {
1561   //
1562   // creates a AliTPCCalROC out of the desiredData
1563   // the functionality of EasyDraw1D is used
1564   // sector specifies the sector of the created AliTPCCalROC
1565   //
1566    TString drawStr(desiredData);
1567    drawStr.Append(":channel");
1568    drawStr.Append(fAbbreviation);
1569    Int_t entries = EasyDraw1D(drawStr.Data(), (Int_t)sector, cuts, "goff");
1570    if (entries == -1) return 0;
1571    AliTPCCalROC * createdROC = new AliTPCCalROC(sector);
1572    for (Int_t i = 0; i < entries; i++)
1573       createdROC->SetValue((UInt_t)(fTree->GetV2()[i]), fTree->GetV1()[i]);
1574    return createdROC;
1575 }
1576
1577
1578 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfVariables(Bool_t printList) {
1579   //
1580   // scan the tree  - produces a list of available variables in the tree
1581   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1582   //
1583    TObjArray* arr = new TObjArray();
1584    TObjString* str = 0;
1585    if (!fTree) return 0;
1586    Int_t nentries = fTree->GetListOfBranches()->GetEntries();
1587    for (Int_t i = 0; i < nentries; i++) {
1588       str = new TObjString(fTree->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1589       str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1590       str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1591       str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1592       str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1593       str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1594       str->String().ReplaceAll(".", "");
1595       if (!arr->FindObject(str) &&
1596           !(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1597             str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1598             str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  ))
1599          arr->Add(str);
1600    }
1601
1602    // loop over all friends (if there are some) and add them to the list
1603    if (fTree->GetListOfFriends()) {
1604       for (Int_t ifriend = 0; ifriend < fTree->GetListOfFriends()->GetEntries(); ifriend++){
1605          // printf("iterating through friendlist, currently at %i\n", ifriend);
1606          // printf("working with %s\n", fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName());
1607          if (TString(fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend)->ClassName()) != "TFriendElement") continue; // no friendElement found
1608          TFriendElement *friendElement = (TFriendElement*)fTree->GetListOfFriends()->At(ifriend);
1609          if (friendElement->GetTree() == 0) continue; // no tree found in friendElement
1610          // printf("friend found \n");
1611          for (Int_t i = 0; i < friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->GetEntries(); i++) {
1612             // printf("iterating through friendelement entries, currently at %i\n", i);
1613             str = new TObjString(friendElement->GetTree()->GetListOfBranches()->At(i)->GetName());
1614             str->String().ReplaceAll("_Median", "");
1615             str->String().ReplaceAll("_Mean", "");
1616             str->String().ReplaceAll("_RMS", "");
1617             str->String().ReplaceAll("_LTM", "");
1618             str->String().ReplaceAll("_OutlierCutted", "");
1619             str->String().ReplaceAll(".", "");
1620             if (!(str->String() == "channel" || str->String() == "gx" || str->String() == "gy" ||
1621                   str->String() == "lx" || str->String() == "ly" || str->String() == "pad" ||
1622                   str->String() == "row" || str->String() == "rpad" || str->String() == "sector"  )){
1623                // insert "<friendName>." at the beginning: (<friendName> is per default "R")
1624                str->String().Insert(0, ".");
1625                str->String().Insert(0, friendElement->GetName());
1626                if (!arr->FindObject(str)) arr->Add(str);
1627                // printf("added string %s \n", str->String().Data());
1628             }
1629          }
1630       }
1631    } // if (fTree->GetListOfFriends())
1632
1633    arr->Sort();
1634 //   ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()->At(0)->GetName()
1635 // ((TFriendElement*)gui->GetViewer()->GetTree()->GetListOfFriends()->At(0))->GetTree()->GetListOfBranches()
1636
1637
1638    if (printList) {
1639       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1640       iter->Reset();
1641       TObjString* currentStr = 0;
1642       while ( (currentStr = (TObjString*)(iter->Next())) ) {
1643          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1644       }
1645       delete iter;
1646    }
1647    return arr;
1648 }
1649
1650
1651 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetListOfNormalizationVariables(Bool_t printList) const{
1652   //
1653   // produces a list of available variables for normalization in the tree
1654   // printList: print the list to the screen, after the scan is done
1655   //
1656    TObjArray* arr = new TObjArray();
1657    arr->Add(new TObjString("_Mean"));
1658    arr->Add(new TObjString("_Mean_OutlierCutted"));
1659    arr->Add(new TObjString("_Median"));
1660    arr->Add(new TObjString("_Median_OutlierCutted"));
1661    arr->Add(new TObjString("_LTM"));
1662    arr->Add(new TObjString("_LTM_OutlierCutted"));
1663    arr->Add(new TObjString(Form("LFitIntern_4_8%s", fAppendString.Data())));
1664    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Lin%s", fAppendString.Data())));
1665    arr->Add(new TObjString(Form("GFitIntern_Par%s", fAppendString.Data())));
1666    arr->Add(new TObjString("FitLinLocal"));
1667    arr->Add(new TObjString("FitLinGlobal"));
1668    arr->Add(new TObjString("FitParLocal"));
1669    arr->Add(new TObjString("FitParGlobal"));
1670
1671    if (printList) {
1672       TIterator* iter = arr->MakeIterator();
1673       iter->Reset();
1674       TObjString* currentStr = 0;
1675       while ((currentStr = (TObjString*)(iter->Next()))) {
1676          std::cout << currentStr->GetString().Data() << std::endl;
1677       }
1678       delete iter;
1679    }
1680    return arr;
1681 }
1682
1683
1684 TFriendElement* AliTPCCalibViewer::AddReferenceTree(const char* filename, const char* treename, const char* refname){
1685   //
1686   // add a reference tree to the current tree
1687   // by default the treename is 'calPads' and the reference treename is 'R'
1688   //
1689    TFile *file = new TFile(filename);
1690    fListOfObjectsToBeDeleted->Add(file);
1691    TTree * tree = (TTree*)file->Get(treename);
1692    return AddFriend(tree, refname);
1693 }
1694
1695
1696 TObjArray* AliTPCCalibViewer::GetArrayOfCalPads(){
1697   //
1698   // Returns a TObjArray with all AliTPCCalPads that are stored in the tree
1699   //  - this takes a while -
1700   //
1701    TObjArray *listOfCalPads = GetListOfVariables();
1702    TObjArray *calPadsArray = new TObjArray();
1703    Int_t numberOfCalPads = listOfCalPads->GetEntries();
1704    for (Int_t i = 0; i < numberOfCalPads; i++) {
1705       std::cout << "Creating calPad " << (i+1) << " of " << numberOfCalPads << "\r" << std::flush;
1706       char* calPadName = (char*)((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString().Data();
1707       TString drawCommand = ((TObjString*)(listOfCalPads->At(i)))->GetString();
1708       drawCommand.Append(fAbbreviation.Data());
1709       AliTPCCalPad* calPad = GetCalPad(drawCommand.Data(), "", calPadName);
1710       calPadsArray->Add(calPad);
1711    }
1712    std::cout << std::endl;
1713    listOfCalPads->Delete();
1714    delete listOfCalPads;
1715    return calPadsArray;
1716 }
1717
1718
1719 TString* AliTPCCalibViewer::Fit(const char* drawCommand, const char* formula, const char* cuts, Double_t & chi2, TVectorD &fitParam, TMatrixD &covMatrix){
1720    //
1721    // fit an arbitrary function, specified by formula into the data, specified by drawCommand and cuts
1722    // returns chi2, fitParam and covMatrix
1723    // returns TString with fitted formula
1724    //
1725
1726    TString formulaStr(formula);
1727    TString drawStr(drawCommand);
1728    TString cutStr(cuts);
1729
1730    // abbreviations:
1731    drawStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1732    cutStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1733    formulaStr.ReplaceAll(fAbbreviation, fAppendString);
1734
1735    formulaStr.ReplaceAll("++", fAbbreviation);
1736    TObjArray* formulaTokens = formulaStr.Tokenize(fAbbreviation.Data());
1737    Int_t dim = formulaTokens->GetEntriesFast();
1738
1739    fitParam.ResizeTo(dim);
1740    covMatrix.ResizeTo(dim,dim);
1741
1742    TLinearFitter* fitter = new TLinearFitter(dim+1, Form("hyp%d",dim));
1743    fitter->StoreData(kTRUE);
1744    fitter->ClearPoints();
1745
1746    Int_t entries = Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1747    if (entries == -1) return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1748    Double_t **values = new Double_t*[dim+1] ;
1749
1750    for (Int_t i = 0; i < dim + 1; i++){
1751       Int_t centries = 0;
1752       if (i < dim) centries = fTree->Draw(((TObjString*)formulaTokens->At(i))->GetName(), cutStr.Data(), "goff");
1753       else  centries = fTree->Draw(drawStr.Data(), cutStr.Data(), "goff");
1754
1755       if (entries != centries) return new TString("An ERROR has occured during fitting!");
1756       values[i] = new Double_t[entries];
1757       memcpy(values[i],  fTree->GetV1(), entries*sizeof(Double_t));
1758    }
1759
1760    // add points to the fitter
1761    for (Int_t i = 0; i < entries; i++){
1762       Double_t x[1000];
1763       for (Int_t j=0; j<dim;j++) x[j]=values[j][i];
1764       fitter->AddPoint(x, values[dim][i], 1);
1765    }
1766
1767    fitter->Eval();
1768    fitter->GetParameters(fitParam);
1769    fitter->GetCovarianceMatrix(covMatrix);
1770    chi2 = fitter->GetChisquare();
1771    chi2 = chi2;
1772
1773    TString *preturnFormula = new TString(Form("( %f+",fitParam[0])), &returnFormula = *preturnFormula;
1774
1775    for (Int_t iparam = 0; iparam < dim; iparam++) {
1776      returnFormula.Append(Form("%s*(%f)",((TObjString*)formulaTokens->At(iparam))->GetName(),fitParam[iparam+1]));
1777      if (iparam < dim-1) returnFormula.Append("+");
1778    }
1779    returnFormula.Append(" )");
1780    delete formulaTokens;
1781    delete fitter;
1782    delete[] values;
1783    return preturnFormula;
1784 }
1785
1786
1787 void AliTPCCalibViewer::MakeTreeWithObjects(const char * fileName, TObjArray * array, const char * mapFileName) {
1788   //
1789   // Write tree with all available information
1790   // im mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1791   // AliTPCCalPad-Objects are written directly to the tree, so that they can be accessd later on
1792   // (does not work!!!)
1793   //
1794    AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1795
1796    TObjArray* mapIROCs = 0;
1797    TObjArray* mapOROCs = 0;
1798    TVectorF *mapIROCArray = 0;
1799    TVectorF *mapOROCArray = 0;
1800    Int_t mapEntries = 0;
1801    TString* mapNames = 0;
1802
1803    if (mapFileName) {
1804       TFile mapFile(mapFileName, "read");
1805
1806       TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1807       mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1808       mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1809       mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1810       mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1811       mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1812
1813       mapNames = new TString[mapEntries];
1814       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1815          TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1816          rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1817          mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1818          mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1819          mapNames[ivalue].Append(rocName);
1820       }
1821
1822       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1823          mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1824          mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1825
1826          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1827             (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1828          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1829             (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1830       }
1831
1832    } //  if (mapFileName)
1833
1834    TTreeSRedirector cstream(fileName);
1835    Int_t arrayEntries = array->GetEntries();
1836
1837    // Read names of AliTPCCalPads and save them in names[]
1838    TString* names = new TString[arrayEntries];
1839    for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1840       names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
1841
1842    for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
1843
1844       TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
1845       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1846          vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1847
1848
1849       //
1850       // fill vectors of variable per pad
1851       //
1852       TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
1853       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
1854          posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
1855
1856       Float_t posG[3] = {0};
1857       Float_t posL[3] = {0};
1858       Int_t ichannel = 0;
1859       for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
1860          for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
1861             tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
1862             tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
1863             posArray[0][ichannel] = irow;
1864             posArray[1][ichannel] = ipad;
1865             posArray[2][ichannel] = posL[0];
1866             posArray[3][ichannel] = posL[1];
1867             posArray[4][ichannel] = posG[0];
1868             posArray[5][ichannel] = posG[1];
1869             posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
1870             posArray[7][ichannel] = ichannel;
1871
1872             // loop over array containing AliTPCCalPads
1873             for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1874                AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
1875                AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
1876                if (calROC)
1877                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
1878                else
1879                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
1880             }
1881             ichannel++;
1882          }
1883       }
1884       AliTPCCalROC dummyROC(0);
1885       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
1886          AliTPCCalROC *roc = ((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetCalROC(isector);
1887          if (!roc) roc = &dummyROC;
1888          cstream << "calPads" <<
1889             (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
1890          cstream << "calPads" <<
1891             (Char_t*)((names[ivalue] + "Pad.=").Data()) << roc;
1892       }
1893
1894       if (mapFileName) {
1895          for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1896             if (isector < 36)
1897                cstream << "calPads" <<
1898                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
1899             else
1900                cstream << "calPads" <<
1901                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
1902          }
1903       }
1904
1905       cstream << "calPads" <<
1906          "sector=" << isector;
1907
1908       cstream << "calPads" <<
1909          "row.=" << &posArray[0] <<
1910          "pad.=" << &posArray[1] <<
1911          "lx.=" << &posArray[2] <<
1912          "ly.=" << &posArray[3] <<
1913          "gx.=" << &posArray[4] <<
1914          "gy.=" << &posArray[5] <<
1915          "rpad.=" << &posArray[6] <<
1916          "channel.=" << &posArray[7];
1917
1918       cstream << "calPads" <<
1919          "\n";
1920
1921       delete[] posArray;
1922       delete[] vectorArray;
1923    } //for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++)
1924
1925    delete[] names;
1926    if (mapFileName) {
1927       delete mapIROCs;
1928       delete mapOROCs;
1929       delete[] mapIROCArray;
1930       delete[] mapOROCArray;
1931       delete[] mapNames;
1932    }
1933 }
1934
1935
1936 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char * fileName, TObjArray * array, const char * mapFileName, AliTPCCalPad* outlierPad, Float_t ltmFraction) {
1937   //
1938   // Write a tree with all available information
1939   // if mapFileName is speciefied, the Map information are also written to the tree
1940   // pads specified in outlierPad are not used for calculating statistics
1941   // The following statistical information on the basis of a ROC are calculated:
1942   // "_Median", "_Mean", "_LTM", "_RMS_LTM"
1943   // "_Median_OutlierCutted", "_Mean_OutlierCutted", "_RMS_OutlierCutted", "_LTM_OutlierCutted", "_RMS_LTM_OutlierCutted"
1944   // The following position variables are available:
1945   // "row", "pad", "lx", "ly", "gx", "gy", "rpad", "channel"
1946   //
1947   // The tree out of this function is the basis for the AliTPCCalibViewer and the AliTPCCalibViewerGUI.
1948
1949    AliTPCROC* tpcROCinstance = AliTPCROC::Instance();
1950
1951    TObjArray* mapIROCs = 0;
1952    TObjArray* mapOROCs = 0;
1953    TVectorF *mapIROCArray = 0;
1954    TVectorF *mapOROCArray = 0;
1955    Int_t mapEntries = 0;
1956    TString* mapNames = 0;
1957
1958    if (mapFileName) {
1959       TFile mapFile(mapFileName, "read");
1960
1961       TList* listOfROCs = mapFile.GetListOfKeys();
1962       mapEntries = listOfROCs->GetEntries()/2;
1963       mapIROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1964       mapOROCs = new TObjArray(mapEntries*2);
1965       mapIROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1966       mapOROCArray = new TVectorF[mapEntries];
1967
1968       mapNames = new TString[mapEntries];
1969       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1970          TString rocName(((TKey*)(listOfROCs->At(ivalue*2)))->GetName());
1971          rocName.Remove(rocName.Length()-4, 4);
1972          mapIROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "IROC").Data()), ivalue);
1973          mapOROCs->AddAt((AliTPCCalROC*)mapFile.Get((rocName + "OROC").Data()), ivalue);
1974          mapNames[ivalue].Append(rocName);
1975       }
1976
1977       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
1978          mapIROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(0));
1979          mapOROCArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(36));
1980
1981          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(0); ichannel++)
1982             (mapIROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapIROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1983          for (UInt_t ichannel = 0; ichannel < tpcROCinstance->GetNChannels(36); ichannel++)
1984             (mapOROCArray[ivalue])[ichannel] = ((AliTPCCalROC*)(mapOROCs->At(ivalue)))->GetValue(ichannel);
1985       }
1986
1987    } //  if (mapFileName)
1988
1989    TTreeSRedirector cstream(fileName);
1990    Int_t arrayEntries = 0;
1991    if (array) arrayEntries = array->GetEntries();
1992
1993    TString* names = new TString[arrayEntries];
1994    for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
1995       names[ivalue].Append(((AliTPCCalPad*)array->At(ivalue))->GetName());
1996
1997    for (UInt_t isector = 0; isector < tpcROCinstance->GetNSectors(); isector++) {
1998       //
1999       // get statistic for given sector
2000       //
2001       TVectorF median(arrayEntries);
2002       TVectorF mean(arrayEntries);
2003       TVectorF rms(arrayEntries);
2004       TVectorF ltm(arrayEntries);
2005       TVectorF ltmrms(arrayEntries);
2006       TVectorF medianWithOut(arrayEntries);
2007       TVectorF meanWithOut(arrayEntries);
2008       TVectorF rmsWithOut(arrayEntries);
2009       TVectorF ltmWithOut(arrayEntries);
2010       TVectorF ltmrmsWithOut(arrayEntries);
2011
2012       TVectorF *vectorArray = new TVectorF[arrayEntries];
2013       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++)
2014          vectorArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2015
2016       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2017          AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2018          AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2019          AliTPCCalROC* outlierROC = 0;
2020          if (outlierPad) outlierROC = outlierPad->GetCalROC(isector);
2021          if (calROC) {
2022             median[ivalue] = calROC->GetMedian();
2023             mean[ivalue] = calROC->GetMean();
2024             rms[ivalue] = calROC->GetRMS();
2025             Double_t ltmrmsValue = 0;
2026             ltm[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction);
2027             ltmrms[ivalue] = ltmrmsValue;
2028             if (outlierROC) {
2029                medianWithOut[ivalue] = calROC->GetMedian(outlierROC);
2030                meanWithOut[ivalue] = calROC->GetMean(outlierROC);
2031                rmsWithOut[ivalue] = calROC->GetRMS(outlierROC);
2032                ltmrmsValue = 0;
2033                ltmWithOut[ivalue] = calROC->GetLTM(&ltmrmsValue, ltmFraction, outlierROC);
2034                ltmrmsWithOut[ivalue] = ltmrmsValue;
2035             }
2036          }
2037          else {
2038             median[ivalue] = 0.;
2039             mean[ivalue] = 0.;
2040             rms[ivalue] = 0.;
2041             ltm[ivalue] = 0.;
2042             ltmrms[ivalue] = 0.;
2043             medianWithOut[ivalue] = 0.;
2044             meanWithOut[ivalue] = 0.;
2045             rmsWithOut[ivalue] = 0.;
2046             ltmWithOut[ivalue] = 0.;
2047             ltmrmsWithOut[ivalue] = 0.;
2048          }
2049       }
2050
2051       //
2052       // fill vectors of variable per pad
2053       //
2054       TVectorF *posArray = new TVectorF[8];
2055       for (Int_t ivalue = 0; ivalue < 8; ivalue++)
2056          posArray[ivalue].ResizeTo(tpcROCinstance->GetNChannels(isector));
2057
2058       Float_t posG[3] = {0};
2059       Float_t posL[3] = {0};
2060       Int_t ichannel = 0;
2061       for (UInt_t irow = 0; irow < tpcROCinstance->GetNRows(isector); irow++) {
2062          for (UInt_t ipad = 0; ipad < tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow); ipad++) {
2063             tpcROCinstance->GetPositionLocal(isector, irow, ipad, posL);
2064             tpcROCinstance->GetPositionGlobal(isector, irow, ipad, posG);
2065             posArray[0][ichannel] = irow;
2066             posArray[1][ichannel] = ipad;
2067             posArray[2][ichannel] = posL[0];
2068             posArray[3][ichannel] = posL[1];
2069             posArray[4][ichannel] = posG[0];
2070             posArray[5][ichannel] = posG[1];
2071             posArray[6][ichannel] = (Int_t)(ipad - (Double_t)(tpcROCinstance->GetNPads(isector, irow))/2);
2072             posArray[7][ichannel] = ichannel;
2073
2074             // loop over array containing AliTPCCalPads
2075             for (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2076                AliTPCCalPad* calPad = (AliTPCCalPad*) array->At(ivalue);
2077                AliTPCCalROC* calROC = calPad->GetCalROC(isector);
2078                if (calROC)
2079                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = calROC->GetValue(irow, ipad);
2080                else
2081                   (vectorArray[ivalue])[ichannel] = 0;
2082             }
2083             ichannel++;
2084          }
2085       }
2086
2087       cstream << "calPads" <<
2088          "sector=" << isector;
2089
2090       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2091          cstream << "calPads" <<
2092             (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median=").Data()) << median[ivalue] <<
2093             (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean=").Data()) << mean[ivalue] <<
2094             (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS=").Data()) << rms[ivalue] <<
2095             (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM=").Data()) << ltm[ivalue] <<
2096             (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM=").Data()) << ltmrms[ivalue];
2097          if (outlierPad) {
2098             cstream << "calPads" <<
2099                (Char_t*)((names[ivalue] + "_Median_OutlierCutted=").Data()) << medianWithOut[ivalue] <<
2100                (Char_t*)((names[ivalue] + "_Mean_OutlierCutted=").Data()) << meanWithOut[ivalue] <<
2101                (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_OutlierCutted=").Data()) << rmsWithOut[ivalue] <<
2102                (Char_t*)((names[ivalue] + "_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmWithOut[ivalue] <<
2103                (Char_t*)((names[ivalue] + "_RMS_LTM_OutlierCutted=").Data()) << ltmrmsWithOut[ivalue];
2104          }
2105       }
2106
2107       for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < arrayEntries; ivalue++) {
2108          cstream << "calPads" <<
2109             (Char_t*)((names[ivalue] + ".=").Data()) << &vectorArray[ivalue];
2110       }
2111
2112       if (mapFileName) {
2113          for  (Int_t ivalue = 0; ivalue < mapEntries; ivalue++) {
2114             if (isector < 36)
2115                cstream << "calPads" <<
2116                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapIROCArray[ivalue];
2117             else
2118                cstream << "calPads" <<
2119                   (Char_t*)((mapNames[ivalue] + ".=").Data()) << &mapOROCArray[ivalue];
2120          }
2121       }
2122
2123       cstream << "calPads" <<
2124          "row.=" << &posArray[0] <<
2125          "pad.=" << &posArray[1] <<
2126          "lx.=" << &posArray[2] <<
2127          "ly.=" << &posArray[3] <<
2128          "gx.=" << &posArray[4] <<
2129          "gy.=" << &posArray[5] <<
2130          "rpad.=" << &posArray[6] <<
2131          "channel.=" << &posArray[7];
2132
2133       cstream << "calPads" <<
2134          "\n";
2135
2136       delete[] posArray;
2137       delete[] vectorArray;
2138    }
2139
2140
2141    delete[] names;
2142    if (mapFileName) {
2143       delete mapIROCs;
2144       delete mapOROCs;
2145       delete[] mapIROCArray;
2146       delete[] mapOROCArray;
2147       delete[] mapNames;
2148    }
2149 }
2150
2151
2152 void AliTPCCalibViewer::MakeTree(const char *outPutFileName, const Char_t *inputFileName, AliTPCCalPad *outlierPad, Float_t ltmFraction, const char *mapFileName ){
2153    //
2154    // Function to create a calibration Tree with all available information.
2155    // See also documentation to MakeTree
2156    // the file "inputFileName" must be in the following format (see also CreateObjectList):
2157    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2158    //
2159    // type      path    dependingOnType
2160    //
2161    // type == "CE":
2162    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2163    //
2164    // type == "Pulser":
2165    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2166    //
2167    // type == "Pedestals":
2168    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2169    //
2170    // type == "CalPad":
2171    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2172    //
2173    //
2174    TObjArray objArray;
2175    CreateObjectList(inputFileName, &objArray);
2176    MakeTree(outPutFileName, &objArray, mapFileName, outlierPad, ltmFraction);
2177 }
2178
2179
2180 void AliTPCCalibViewer::CreateObjectList(const Char_t *filename, TObjArray *calibObjects){
2181    //
2182    // Function to create a TObjArray out of a given file
2183    // the file must be in the following format:
2184    // (each colum separated by tabs, "dependingOnType" can have 2 or 3 colums)
2185    //
2186    //
2187    // type      path    dependingOnType
2188    //
2189    // type == "CE":
2190    // dependingOnType = CETmean CEQmean CETrms
2191    //
2192    // type == "Pulser":
2193    // dependingOnType = PulserTmean     PulsterQmean    PulserTrms
2194    //
2195    // type == "Pedestals":
2196    // dependingOnType = Pedestals       Noise
2197    //
2198    // type == "CalPad":
2199    // dependingOnType = NameInFile      NameToWriteToFile
2200    //
2201    //
2202    //
2203    if ( calibObjects == 0x0 ) return;
2204    ifstream in;
2205    in.open(filename);
2206    if ( !in.is_open() ){
2207       fprintf(stderr,"Error: cannot open list file '%s'", filename);
2208       return;
2209    }
2210
2211    AliTPCCalPad *calPad=0x0;
2212
2213    TString sFile;
2214    sFile.ReadFile(in);
2215    in.close();
2216
2217    TObjArray *arrFileLine = sFile.Tokenize("\n");
2218    TIter nextLine(arrFileLine);
2219
2220    TObjString *sObjLine = 0x0;
2221    while ( (sObjLine = (TObjString*)nextLine()) ){
2222       TString sLine(sObjLine->GetString());
2223
2224       TObjArray *arrCol = sLine.Tokenize("\t");
2225       Int_t nCols = arrCol->GetEntriesFast();
2226
2227       TObjString *sObjType     = (TObjString*)(arrCol->At(0));
2228       TObjString *sObjFileName = (TObjString*)(arrCol->At(1));
2229       TObjString *sObjName = 0x0;
2230
2231       if ( !sObjType || !sObjFileName ) continue;
2232       TString sType(sObjType->GetString());
2233       TString sFileName(sObjFileName->GetString());
2234       printf("Type %s, opening %s \n", sType.Data(), sFileName.Data());
2235       TFile *fIn = TFile::Open(sFileName);
2236       if ( !fIn ){
2237          fprintf(stderr,"File not found: '%s'", sFileName.Data());
2238          continue;
2239       }
2240
2241       if ( sType == "CE" ){  // next three colums are the names for CETmean, CEQmean and CETrms
2242          AliTPCCalibCE *ce = (AliTPCCalibCE*)fIn->Get("AliTPCCalibCE");
2243          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadT0());
2244          if (nCols > 2) {  // check, if the name is provided
2245             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2246             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2247          }
2248          else calPad->SetNameTitle("CETmean","CETmean");
2249          calibObjects->Add(calPad);
2250
2251          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadQ());
2252          if (nCols > 3) {  // check, if the name is provided
2253             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2254             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2255          }
2256          else calPad->SetNameTitle("CEQmean","CEQmean");
2257          calibObjects->Add(calPad);
2258
2259          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ce->GetCalPadRMS());
2260          if (nCols > 4) {  // check, if the name is provided
2261             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2262             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2263          }
2264          else calPad->SetNameTitle("CETrms","CETrms");
2265          calibObjects->Add(calPad);
2266
2267       } else if ( sType == "Pulser") {
2268          AliTPCCalibPulser *sig = (AliTPCCalibPulser*)fIn->Get("AliTPCCalibPulser");
2269
2270          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadT0());
2271          if (nCols > 2) {
2272             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2273             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2274          }
2275          else calPad->SetNameTitle("PulserTmean","PulserTmean");
2276          calibObjects->Add(calPad);
2277
2278          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadQ());
2279          if (nCols > 3) {
2280             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2281             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2282          }
2283          else calPad->SetNameTitle("PulserQmean","PulserQmean");
2284          calibObjects->Add(calPad);
2285
2286          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)sig->GetCalPadRMS());
2287          if (nCols > 4) {
2288             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(4));
2289             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2290          }
2291          else calPad->SetNameTitle("PulserTrms","PulserTrms");
2292          calibObjects->Add(calPad);
2293
2294       } else if ( sType == "Pedestals") {
2295          AliTPCCalibPedestal *ped = (AliTPCCalibPedestal*)fIn->Get("AliTPCCalibPedestal");
2296
2297          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadPedestal());
2298          if (nCols > 2) {
2299             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2300             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2301          }
2302          else calPad->SetNameTitle("Pedestals","Pedestals");
2303          calibObjects->Add(calPad);
2304
2305          calPad = new AliTPCCalPad((TObjArray*)ped->GetCalPadRMS());
2306          if (nCols > 3) {
2307             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2308             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2309          }
2310          else calPad->SetNameTitle("Noise","Noise");
2311          calibObjects->Add(calPad);
2312
2313       } else if ( sType == "CalPad") {
2314          if (nCols > 2) sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(2));
2315          else continue;
2316          calPad = new AliTPCCalPad(*(AliTPCCalPad*)fIn->Get(sObjName->GetString().Data()));
2317          if (nCols > 3) {
2318             sObjName = (TObjString*)(arrCol->At(3));
2319             calPad->SetNameTitle(sObjName->GetString().Data(), sObjName->GetString().Data());
2320          }
2321          calibObjects->Add(calPad);
2322       } else {
2323          fprintf(stderr,"Undefined Type: '%s'",sType.Data());
2324       }
2325       delete fIn;
2326    }
2327 }
2328
2329
2330