TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGraph.h"
  55 #include "TMultiGraph.h"
  56 #include "TCanvas.h"
  57 #include "THnSparse.h"
  58 #include "TLegend.h"
  59 #include "TPad.h"
  60 #include "TH2D.h"
  61 #include "TH3D.h"
  62 #include "AliTPCROC.h"
  63 #include "AliTPCCalROC.h"
  64 #include "AliESDfriend.h"
  65 #include "AliTPCcalibTime.h"
  66 #include "AliSplineFit.h"
  67 #include "AliCDBMetaData.h"
  68 #include "AliCDBId.h"
  69 #include "AliCDBManager.h"
  70 #include "AliCDBStorage.h"
  71 #include "AliTPCcalibBase.h"
  72 #include "AliTPCcalibDB.h"
  73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  75 #include "AliTPCParamSR.h"
  76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  78 #include "AliTPCcalibAlign.h"
  79 #include "AliSplineFit.h"
  80 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  81 #include "AliTPCExBTwist.h"
  82 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  83 #include "TStatToolkit.h"
  84 #include "TChain.h"
  85 #include "TCut.h"
  86 #include "AliTrackerBase.h"
  87 #include "AliTracker.h"
  88 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  89 #include "AliTPCCorrectionFit.h"
  90
  91 using std::endl;
  92 using std::cout;
  93 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  94
  95 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  96   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  97   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  98   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  99   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
 100   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
 101   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
 102   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
 103   fVdriftArray(new TObjArray),
 104   fTimeDrift(0),
 105   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 106   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 107   fGraphAttachmentMIP(0),
 108   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 109   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 110   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 111   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 112   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 113   fGainMult(0),
 114   fAlignTree(0),        // alignment tree
 115   fSwitchOnValidation(kFALSE), // flag to switch on validation of OCDB parameters
 116   fMinGain(2.0),
 117   fMaxGain(3.0),
 118   fMaxVdriftCorr(0.03),
 119   fNtracksVdrift(0),
 120   fMinTracksVdrift(0),
 121   fNeventsVdrift(0),
 122   fMinEventsVdrift(0),
 123   fCalibrationStatus(0)
 124 {
 125   //
 126   // default constructor
 127   //
 128 }
 129
 130 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 131   //
 132   // Destructor
 133   //
 134 }
 135
 136
 137
 138
 139 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 140   //
 141   // find the fist and last run
 142   //
 143   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 144   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 145     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 146     if (!addHist) continue;
 147     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 148     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 149     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 150     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 151
 152     if (startRun<=0){
 153       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 154       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 155     }else{
 156       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 157       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 158     }
 159     if (startTime==0){
 160       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 161       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 162     }else{
 163       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 164       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 165     }
 166     delete histo;
 167     delete histoTime;
 168   }}
 169   if (startRun<0) startRun=0;
 170   if (endRun<0) endRun=100000000;
 171   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 172   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 173
 174 }
 175
 176
 177
 178 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 179   //
 180   // make calibration of the drift velocity
 181   // Input parameters:
 182   //      file                   - the location of input file
 183   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 184   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 185   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 186   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 187   else
 188   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 189   //
 190   // 1. Initialization and run range setting
 191   TFile fcalib(file);
 192   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 193   if (array){
 194     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 195   } else {
 196     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 197   }
 198   if(!fTimeDrift) return;
 199
 200   //extract statistics
 201   fNtracksVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCITS(0)->GetEntries());
 202   //if we have 0 ITS TPC matches it means we have no ITS tracks and we try to use TPC-TOF matching for calibration
 203   if (fNtracksVdrift==0) fNtracksVdrift=TMath::Nint(fTimeDrift->GetResHistoTPCTOF(0)->GetEntries());
 204   fNeventsVdrift = TMath::Nint(fTimeDrift->GetTPCVertexHisto(0)->GetEntries());
 205
 206   startRun=ustartRun;
 207   endRun=ustartRun;
 208   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 209   GetRunRange(fTimeDrift);
 210   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 211     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 212     if (!addHist) continue;
 213     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 214     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 215   }
 216   //
 217   //
 218   // 2. extraction of the information
 219   //
 220   fVdriftArray = new TObjArray();
 221   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 222   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 223   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 224
 225   //
 226   // 3. Append QA plots
 227   //
 228   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 229
 230   //
 231   // 4. validate OCDB entries
 232   //
 233   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 234     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 235     return;
 236   }
 237   //
 238   //4.b make alignment
 239   //
 240   MakeFitTime();
 241   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 242   if (ftime){
 243     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 244     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 245   }
 246   //
 247   //
 248   // 5. update of OCDB
 249   //
 250   //
 251   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 252 }
 253
 254 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 255   //
 256   // Update OCDB
 257   //
 258   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 259   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 260   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 261   metaData->SetBeamPeriod(1);
 262   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 263   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 264   AliCDBId* id1=NULL;
 265   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 266   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 267   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 268 }
 269
 270 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain()
 271 {
 272   //
 273   // Validate time gain corrections
 274   //
 275   Printf("ValidateTimeGain..." );
 276   Float_t minGain = fMinGain;
 277   Float_t maxGain = fMaxGain;
 278
 279   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 280   if (!gr) {
 281     gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL");
 282     if (!gr)
 283     {
 284       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 285       return kFALSE;
 286     }
 287     Printf("Assuming given run is a cosmic run. Using gain calibration from Fermi-plateau muons.");
 288   }
 289   if(gr->GetN()<1)
 290   {
 291     fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 292     return kFALSE;
 293   }
 294
 295   // check whether gain in the range
 296   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 297   {
 298     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 299     {
 300       fCalibrationStatus |= kCalibFailedTimeGain;
 301       return kFALSE;
 302     }
 303   }
 304
 305 return kTRUE;
 306 }
 307
 308
 309 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift()
 310 {
 311   //
 312   // Validate time drift velocity corrections
 313   //
 314   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 315
 316   Float_t maxVDriftCorr = fMaxVdriftCorr;
 317
 318   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 319   Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 320   if (!gr)
 321   {
 322     gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD");
 323     Printf("ALIGN_TOFB_TPC_DRIFTVD graph = %p",gr);
 324   }
 325
 326   if(!gr)
 327   {
 328     fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 329     return kFALSE;
 330   }
 331
 332   // for now we validate even with low statistics
 333   ////check if we have enough statistics
 334   //if (fNtracksVdrift<fMinTracksVdrift)
 335   //{
 336   //  fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 337   //  return kFALSE;
 338   //}
 339
 340   if(gr->GetN()<1)  {
 341     Printf("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD number of points = %d",gr->GetN());
 342     {
 343       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 344       return kFALSE;
 345     }
 346   }
 347
 348   // check whether drift velocity corrections in the range
 349   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 350   {
 351     Printf("Y value from the graph: %f",TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]));
 352     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 353     {
 354       fCalibrationStatus|=kCalibFailedTimeDrift;
 355       return kFALSE;
 356     }
 357   }
 358
 359 return kTRUE;
 360 }
 361
 362 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 363   //
 364   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 365   //
 366   //
 367   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 368   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 369   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 370   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 371   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 372   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 373   paramNew->Update();
 374
 375   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 376   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 377   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 378   metaData->SetBeamPeriod(1);
 379   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 380   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 381   AliCDBId* id1=NULL;
 382   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 383   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 384   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 385
 386 }
 387
 388
 389 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 390   //
 391   // Print the names of the entries in array
 392   //
 393   Int_t entries = array->GetEntries();
 394   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 395     if (!array->At(i)) continue;
 396     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 397   }
 398 }
 399
 400
 401
 402 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 403   // 2 filters:
 404   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 405   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 406   //
 407   // errSigmaCut   - cut on error
 408   // medianCutAbs  - cut on value around median
 409   Double_t dummy=0;               //
 410   //
 411   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 412   //
 413   TGraphErrors *graphF;
 414   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 415   delete graph;
 416   if (!graphF) return 0;
 417   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 418   delete graphF;
 419   if (!graph) return 0;
 420   //
 421   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 422   //
 423   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 424   delete graph;
 425   if (!graphF) return 0;
 426   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 427   delete graphF;
 428   if (!graph) return 0;
 429   return graph;
 430 }
 431
 432
 433
 434 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 435   //
 436   // filter outlyer measurement
 437   // Only points around median +- cut filtered
 438   //
 439   if (!graph) return  0;
 440   Int_t kMinPoints=2;
 441   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 442   Int_t npoints=0;
 443   Float_t  rmsY=0;
 444   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 445   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 446   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 447   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 448   //
 449   //
 450   if (npoints0<kMinPoints) {
 451     delete []outx;
 452     delete []outy;
 453     delete []errx;
 454     delete []erry;
 455     return 0;
 456   }
 457   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 458     npoints=0;
 459     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 460       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 461       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 462       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 463       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 464       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 465       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 466       npoints++;
 467     }
 468     if (npoints<=1) break;
 469     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 470     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 471   }
 472   TGraphErrors *graphOut=0;
 473   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 474   delete []outx;
 475   delete []outy;
 476   delete []errx;
 477   delete []erry;
 478   return graphOut;
 479 }
 480
 481
 482 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 483   //
 484   // Add graphs corresponding to the alignment
 485   //
 486   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 487   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 488   //
 489   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 490   if (array){
 491     THnSparse* hist=NULL;
 492     // 2.a) cosmics with different triggers
 493     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 494       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 495       if(!hist) continue;
 496       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 497       //hist->Print();
 498       TString name=hist->GetName();
 499       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 500       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 501       newHist->SetName(name);
 502       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 503       if (!graph) {
 504         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 505         continue;
 506       }
 507       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 508       Int_t pos=name.Index("_");
 509       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 510       TString graphName=graph->ClassName();
 511       graphName+=name;
 512       graphName.ToUpper();
 513       //
 514       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 515       //
 516       if (graph){
 517         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 518         graph->SetMarkerColor(i%7);
 519         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 520         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 521         graph->SetName(graphName);
 522         graph->SetTitle(graphName);
 523         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 524         vdriftArray->Add(graph);
 525       }
 526     }
 527   }
 528 }
 529
 530
 531
 532
 533 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 534   //
 535   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 536   //
 537   TObjArray *arrayITS=0;
 538   TObjArray *arrayTOF=0;
 539   TObjArray *arrayTRD=0;
 540   TMatrixD *mstatITS=0;
 541   TMatrixD *mstatTOF=0;
 542   TMatrixD *mstatTRD=0;
 543   //
 544   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 545   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 546   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 547
 548   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 549   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.7,1000,fMaxVdriftCorr);
 550   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.7,50,fMaxVdriftCorr);
 551   //
 552   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 553   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 554   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 555   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 556   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 557   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 558
 559   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 560   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 561   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 562   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 563   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 564   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 565   //
 566   //
 567   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 568   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 569                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 570                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 571   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 572                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 573                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 574   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 575                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 576                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 577
 578
 579   TVectorD vX(entries);
 580   TVectorD vY(entries);
 581   TVectorD vEx(entries);
 582   TVectorD vEy(entries);
 583   TObjArray *arr=0;
 584   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 585     arr = arrays[iarray];
 586     if (arr==0) continue;
 587     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 588       Int_t counter=0;
 589       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 590         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 591         if (!kalman) continue;
 592         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 593         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 594         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 595         vEx[counter]=0;
 596         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 597         counter++;
 598       }
 599
 600       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 601                                           vY.GetMatrixArray(),
 602                                           vEx.GetMatrixArray(),
 603                                           vEy.GetMatrixArray());
 604       TString grName=grnames[iarray];
 605       grName+="_TPC_";
 606       grName+=grpar[ipar];
 607       graph->SetName(grName.Data());
 608       vdriftArray->AddLast(graph);
 609     }
 610   }
 611 }
 612
 613
 614
 615
 616 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 617   //
 618   // add graphs for laser
 619   //
 620   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 621   //THnSparse *hisN=0;
 622   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 623   //hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 624   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 625     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 626     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 627     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 628   }
 629   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 630     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 631     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 632     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 633   }
 634   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 635     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 636     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 637     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 638   }
 639   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 640     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 641     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 642     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 643   }
 644   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 645     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 646     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 647     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 648   }
 649   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 650     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 651     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 652     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 653   }
 654   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 655     if (grLaser[i]) {
 656       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 657       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 658     }
 659   }
 660 }
 661
 662
 663 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 664   //
 665   // Make graph with mean values and rms
 666   //
 667   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 668   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 669   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 670   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 671   //
 672   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 673   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 674   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 675   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 676   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 677   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 678   Int_t entries=0;
 679   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 680     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 681     if (cont<minEntries) continue;
 682     entries++;
 683   }
 684   TVectorD vecTime(entries);
 685   TVectorD vecMean0(entries);
 686   TVectorD vecRMS0(entries);
 687   TVectorD vecMean1(entries);
 688   TVectorD vecRMS1(entries);
 689   entries=0;
 690   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 691       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 692       if (cont<minEntries) continue;
 693       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 694       Int_t minBin = ibin-1;
 695       Int_t maxBin = ibin+1;
 696       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 697       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 698       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 699
 700       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 701       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 702       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 703       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 704       //
 705       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 706       vecTime[entries]=time;
 707       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 708       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 709       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 710       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 711       delete his;
 712       entries++;
 713   }
 714   delete hisT;
 715   delete hisV;
 716   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 717   return graph;
 718 }
 719
 720
 721
 722
 723
 724
 725
 726
 727 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 728   //
 729   // Set default style for QA views
 730   //
 731   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 732   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 733   graph->SetMaximum( 0.025);
 734   graph->SetMinimum(-0.025);
 735   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 736   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 737   //
 738   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 739   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 740   //
 741   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 742   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 743   //
 744   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 745   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 746   //
 747   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 748   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 749   //
 750   graph->SetMarkerColor(color);
 751   graph->SetLineColor(color);
 752   graph->SetMarkerStyle(style);
 753 }
 754
 755 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 756   //
 757   // Set default pad style for QA
 758   //
 759   pad->SetTicks(1,1);
 760   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 761 }
 762
 763
 764 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 765   //
 766   // 0. make a default QA plots
 767   // 1. Store them in the array
 768   //
 769   //
 770   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 771   //
 772   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 773   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 774   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 775   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 776   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 777   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 778   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 779   //
 780   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 781   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 782   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 783   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 784   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 785   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 786   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 787   //
 788   //
 789   TPad *pad=0;
 790   //
 791   // Laser-Laser
 792   //
 793   if (laserA&&laserC){
 794     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 795     laserA->Draw("alp");
 796     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 797     laserA->Draw("apl");
 798     laserC->Draw("p");
 799     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 800     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 801     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 802     legend->Draw();
 803     //picArray->AddLast(pad);
 804   }
 805
 806   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 807     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 808     itstpcP->Draw("alp");
 809     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 810     itstpcP->Draw("alp");
 811     gPad->Clear();
 812     itstpcM->Draw("apl");
 813     itstpcP->Draw("p");
 814     itstpcB->Draw("p");
 815     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 816     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 817     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 818     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 819     legend->Draw();
 820     //picArray->AddLast(pad);
 821   }
 822
 823   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 824     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 825     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 826     laserA->Draw("alp");
 827     itstpcP->Draw("p");
 828     itstpcM->Draw("p");
 829     itstpcB->Draw("p");
 830     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 831     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 832     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 833     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 834     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 835     legend->Draw();
 836     //picArray->AddLast(pad);
 837   }
 838
 839   if (itstpcP&&cross){
 840     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 841     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 842     itstpcP->Draw("alp");
 843     pad->Clear();
 844     cross->Draw("ap");
 845     itstpcP->Draw("p");
 846     //
 847     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 848
 849     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 850     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 851     legend->Draw();
 852     //picArray->AddLast(pad);
 853   }
 854   if (itstpcP&&cosmic){
 855     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 856     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 857     itstpcP->Draw("alp");
 858     pad->Clear();
 859     cosmic->Draw("ap");
 860     itstpcP->Draw("p");
 861     //
 862     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 863
 864     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 865     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 866     legend->Draw();
 867     //picArray->AddLast(pad);
 868   }
 869 }
 870
 871
 872
 873
 874 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
 875   //
 876   // Update OCDB gain
 877   //
 878   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 879
 880   //
 881   // 1. Read gain values
 882   //
 883   ReadGainGlobal(fileName);
 884
 885   //
 886   // 2. Extract calibration values
 887   //
 888   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 889   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 890   AnalyzePadRegionGain();
 891   AnalyzeGainMultiplicity();
 892   AnalyzeGainChamberByChamber();
 893   //
 894   // 3. Make control plots
 895   //
 896   MakeQAPlot(1.43);
 897
 898   //
 899   // 4. validate OCDB entries
 900   //
 901   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 902     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 903     return;
 904   }
 905
 906   //
 907   // 5. Update OCDB
 908   //
 909   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
 910 }
 911
 912 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 913   //
 914   // read calibration entries from file
 915   //
 916   TFile fcalib(fileName);
 917   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 918   if (array){
 919     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 920     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 921     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 922   }else{
 923     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 924     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 925     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 926   }
 927   if (!fGainMult){
 928     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
 929     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
 930   }
 931   TH1 * hisT=0;
 932   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 933
 934   if (fGainCosmic){
 935     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 936     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 937     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 938     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 939     delete hisT;
 940   }
 941
 942   if (fGainMIP){
 943     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 944     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 945     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 946     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 947     delete hisT;
 948   }
 949
 950 }
 951
 952 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 953   //
 954   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 955   //
 956
 957   // 1.) try to create MIP spline
 958   if (fGainMIP)
 959   {
 960     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 961     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 962     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 963     //
 964     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 965     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 966     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 967     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 968     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 969   }
 970
 971   // 2.) try to create Cosmic spline
 972   if (fGainCosmic)
 973   {
 974     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 975     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 976     //
 977     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 978     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 979     //
 980     if (fGraphCosmic) {
 981       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 982         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 983         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 984       }
 985     }
 986     //
 987     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 988     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 989     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 990   }
 991   // with naming convention and backward compatibility
 992   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 993   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 994   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 995   return kTRUE;
 996
 997 }
 998
 999 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
1000   //
1001   // determine slope as a function of mean driftlength
1002   //
1003   if(!fGainMIP) return kFALSE;
1004
1005   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
1006   //
1007   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
1008   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
1009   //
1010   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
1011   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
1012   //
1013   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
1014   //
1015   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1016   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1017   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1018   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
1019   Int_t counter  = 0;
1020   //
1021   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
1022     Int_t nsum=0;
1023     Int_t imin   =  i;
1024     Int_t imax   =  i;
1025     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
1026       //
1027       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
1028       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
1029       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
1030       //if (nsum==0) break;
1031       if (nsum>minEntriesFit) break;
1032     }
1033     if (nsum<minEntriesFit) continue;
1034     //
1035     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
1036     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
1037     TObjArray arr;
1038     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1039     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
1040     delete histZdep;
1041     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
1042     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
1043       delete driftDep;
1044       continue;
1045       }*/
1046     //
1047     //TObjArray arr;
1048     //
1049     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
1050     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
1051     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
1052     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
1053     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
1054     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
1055     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
1056     counter++;
1057     //
1058     //delete driftDep;
1059   }
1060   //
1061   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
1062   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1063   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
1064   //
1065   delete [] xvec;
1066   delete [] yvec;
1067   delete [] xerr;
1068   delete [] yerr;
1069   delete hist;
1070   //
1071   if (counter < 1) return kFALSE;
1072   return kTRUE;
1073
1074 }
1075
1076
1077 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1078   //
1079   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1080   //
1081   if (fGainMult)
1082   {
1083     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1084     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1085     //
1086     TObjArray arr;
1087     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1088     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1089     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1090                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1091                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1092     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1093                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1094                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1095     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1096     //
1097     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1098     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1099     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1100                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1101                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1102     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1103                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1104                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1105     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1106     //
1107     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1108     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1109     //
1110     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1111     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1112     return kTRUE;
1113   }
1114   return kFALSE;
1115
1116 }
1117
1118
1119 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1120   //
1121   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1122   //
1123   if (!fGainMult) return kFALSE;
1124   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1125   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1126   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1127   histMultMax->RebinX(4);
1128   histMultTot->RebinX(4);
1129   //
1130   TObjArray arrMax;
1131   TObjArray arrTot;
1132   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1133   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1134   //
1135   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1136   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1137   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1138   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1139     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1140   }
1141   else {
1142    return kFALSE;
1143   }
1144   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1145     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1146   }
1147   else {
1148    return kFALSE;
1149   }
1150   Float_t xMultMax[50];
1151   Float_t yMultMax[50];
1152   Float_t yMultErrMax[50];
1153   Float_t xMultTot[50];
1154   Float_t yMultTot[50];
1155   Float_t yMultErrTot[50];
1156   //
1157   Int_t nCountMax = 0;
1158   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1159     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1160     if (yValMax < 0.7) continue;
1161     if (yValMax > 1.3) continue;
1162     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1163     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1164     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1165     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1166     nCountMax++;
1167   }
1168   //
1169   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1170   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1171   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1172   //
1173   Int_t nCountTot = 0;
1174   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1175     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1176     if (yValTot < 0.7) continue;
1177     if (yValTot > 1.3) continue;
1178     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1179     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1180     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1181     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1182     nCountTot++;
1183   }
1184   //
1185   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1186   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1187   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1188   //
1189   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1190   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1191   //
1192   return kTRUE;
1193
1194 }
1195
1196 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainChamberByChamber(){
1197   //
1198   // get chamber by chamber gain
1199   //
1200   TGraphErrors *grShort  = fGainMult->GetGainPerChamber(0);
1201   TGraphErrors *grMedium = fGainMult->GetGainPerChamber(1);
1202   TGraphErrors *grLong   = fGainMult->GetGainPerChamber(2);
1203   if (grShort==0x0 || grMedium==0x0 || grLong==0x0) {
1204     delete grShort;
1205     delete grMedium;
1206     delete grLong;
1207     return kFALSE;
1208   }
1209
1210   fGainArray->AddLast(grShort);
1211   fGainArray->AddLast(grMedium);
1212   fGainArray->AddLast(grLong);
1213
1214   return kTRUE;
1215 }
1216
1217 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1218   //
1219   // Update OCDB entry
1220   //
1221   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1222   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1223   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1224   metaData->SetBeamPeriod(1);
1225   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1226   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1227   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1228   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1229   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1230 }
1231
1232 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1233   //
1234   // Make QA plot to visualize results
1235   //
1236   //
1237   //
1238   if (fGraphCosmic) {
1239     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1240     canvasCosmic->cd();
1241     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1242     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1243     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1244     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1245     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1246     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1247     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1248     fGraphCosmic->Draw("lp");
1249     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1250     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1251     if (grfFitCosmic) {
1252       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1253         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1254       }
1255       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1256         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1257       }
1258     }
1259     fGraphCosmic->Draw("lp");
1260     if (grfFitCosmic) {
1261       grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1262       grfFitCosmic->Draw("lu");
1263     }
1264     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1265     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1266     delete canvasCosmic;
1267   }
1268   if (fFitMIP) {
1269     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1270     canvasMIP->cd();
1271     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1272     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1273     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1274     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1275     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1276     gainHistoMIP->Draw("colz");
1277     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1278     fGraphMIP->Draw("lp");
1279     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1280     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1281     grfFitMIP->Draw("lu");
1282     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1283     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1284     delete canvasMIP;
1285   }
1286 }
1287
1288 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1289   //
1290   // make aligment fit - store results in the file
1291   //
1292   const Int_t kMinEntries=1000;
1293   MakeChainTime();
1294   MakePrimitivesTime();
1295   if (!fAlignTree) return;
1296   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1297   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1298   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1299   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1300   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1301   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1302   //
1303   Int_t  npointsMax=30000000;
1304   TStatToolkit toolkit;
1305   Double_t chi2=0;
1306   Int_t    npoints=0;
1307   TVectorD param;
1308   TMatrixD covar;
1309
1310   TString fstringFast="";
1311   fstringFast+="FExBTwistX++";
1312   fstringFast+="FExBTwistY++";
1313   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1314   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1315   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1316   //
1317   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1318   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1319   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1320   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1321   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1322   //
1323   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1324   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1325   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1326   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1327   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1328
1329   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001&&rms>0";
1330   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1331
1332   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1333   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1334   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1335   //
1336   TVectorD paramC= param;
1337   TMatrixD covarC= covar;
1338   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1339   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1340   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1341   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1342   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1343   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1344   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1345
1346
1347 }
1348
1349
1350 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1351   //
1352   //
1353   //
1354   TFile f("CalibObjects.root");
1355
1356   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1357   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1358   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1359   Int_t run=0;
1360   AliTPCcalibTime  *calibTime = 0;
1361   TObjArray * array = (TObjArray*)f.Get("TPCCalib");
1362   if (array){
1363     calibTime = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
1364   } else {
1365     calibTime = (AliTPCcalibTime*)f.Get("calibTime");
1366   }
1367   if (!calibTime) return;
1368   AliTPCCorrectionFit::CreateAlignMaps(AliTracker::GetBz(), run);
1369   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1370   //
1371   Int_t ihis=0;
1372   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1373   if (his){
1374     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1375     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1376     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1377     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1378   }
1379   ihis=1;
1380   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1381   if (his){
1382     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1383     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1384     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1385     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1386   }
1387   ihis=2;
1388   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1389   if (his){
1390     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1391     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1392     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1393     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,3);
1394   }
1395   ihis=0;
1396   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1397   if (his){
1398     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1399     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1400     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1401     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1402   }
1403   ihis=2;
1404   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1405   if (his){
1406     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1407     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1408     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1409     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1410
1411   }
1412   ihis=1;
1413   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1414   if (his){
1415     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1416     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1417     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1418     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1419
1420   }
1421   ihis=0;
1422   his = calibTime->GetResHistoTPCTOF(ihis);
1423   if (his){
1424     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1425     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1426     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1427     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TOF%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1428
1429   }
1430   ihis=0;
1431   his = calibTime->GetResHistoTPCTRD(ihis);
1432   if (his){
1433     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1434     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1435     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1436     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("TRD%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,3);
1437
1438   }
1439   delete pcstream;
1440 }
1441
1442
1443 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1444   //
1445   //
1446   //
1447   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1448   if (sector<0) sector+=18;
1449   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1450   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1451   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1452   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1453   return 0;
1454 }
1455
1456
1457 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAtPar(Double_t phi0, Double_t snp, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype, Int_t nsteps){
1458   //
1459   // Fit the distortion along the line with the parabolic model
1460   // Parameters:
1461   //  phi0 - phi at the entrance of the TPC
1462   //  snp  - local inclination angle at the entrance of the TPC
1463   //  refX - ref X where the distortion is evanluated
1464   //  theta
1465   //
1466   static TLinearFitter fitter(3,"pol2");
1467   fitter.ClearPoints();
1468   if (nsteps<3) nsteps=3;
1469   Double_t deltaX=(245-85)/(nsteps);
1470   for (Int_t istep=0; istep<(nsteps+1); istep++){
1471     //
1472     Double_t localX =85.+deltaX*istep;
1473     Double_t localPhi=phi0+deltaX*snp*istep;
1474     Double_t sector = 9*localPhi/TMath::Pi();
1475     if (sector<0) sector+=18;
1476     Double_t y=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,1,corr);
1477     Double_t dlocalX=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,localX,theta,0,corr);
1478     Double_t x[1]={localX-dlocalX};
1479     fitter.AddPoint(x,y);
1480   }
1481   fitter.Eval();
1482   Double_t par[3];
1483   par[0]=fitter.GetParameter(0);
1484   par[1]=fitter.GetParameter(1);
1485   par[2]=fitter.GetParameter(2);
1486
1487   if (ptype==0) return par[0]+par[1]*refX+par[2]*refX*refX;
1488   if (ptype==2) return par[1]+2*par[2]*refX;
1489   if (ptype==4) return par[2];
1490   return 0;
1491 }
1492
1493
1494
1495
1496
1497
1498 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1499   //
1500   // Create primitive transformation to fit
1501   //
1502   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1503   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1504   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1505   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1506   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1507   //
1508   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1509   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1510   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1511   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1512   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1513   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1514   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1515   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1516   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1517   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1518   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1519   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1520   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1521   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1522   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1523   //
1524   //
1525   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1526   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1527   //
1528   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1529   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1530   //
1531   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1532   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1533   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1534   matrixX->SetDx(0.1);
1535   matrixY->SetDy(0.1);
1536   Double_t rotAngles0[9]={0};
1537   Double_t rotAngles1[9]={0};
1538   Double_t rotAngles2[9]={0};
1539   //
1540   Double_t rotAngles3[9]={0};
1541
1542   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1543   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1544   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1545   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1546
1547   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1548   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1549   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1550   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1551   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1552   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1553   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1554   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1555   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1556   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1557   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1558   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1559   //
1560   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1561   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1562   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1563   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1564   fitExBTwistX->Init();
1565   fitExBTwistY->Init();
1566   //
1567   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1568   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1569   //
1570   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1571   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1572   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1573   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1574
1575   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1576   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1577   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1578   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1579   //
1580   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1581   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1582   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1583   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1584   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1585   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1586   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1587   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1588   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1589   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1590   //
1591   // test fast function
1592   //
1593 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1594 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1595 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1596 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1597 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1598 //   //
1599 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1600 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1601
1602 }
1603
1604
1605 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1606   //
1607   //
1608   //
1609   //
1610   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1611   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1612   Double_t rAngles[9];
1613   Int_t index=0;
1614   //
1615   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1616   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1617   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1618   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1619   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1620   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1621   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1622   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1623   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1624   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1625   //
1626   //
1627   //
1628   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1629   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1630   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1631   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1632   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1633   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1634   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1635   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1636   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1637   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1638   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1639   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1640   //
1641   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =0;
1642   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1643   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1644   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1645   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1646   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1647   //
1648   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1649   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1650   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1651   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1652   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1653   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1654   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1655   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1656   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1657   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1658
1659   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1660   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1661   //
1662   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1663   fitExBTwist->Init();
1664
1665   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1666   TObjArray *arr = new TObjArray;
1667   corrTime->SetCorrections(arr);
1668
1669   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1670   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1671   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1672   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1673
1674   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1675   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1676   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1677
1678
1679   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1680   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1681   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1682
1683
1684   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1685   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1686   f->Close();
1687 }
1688
1689 //_____________________________________________________________________________
1690 Int_t AliTPCPreprocessorOffline::GetStatus()
1691 {
1692   //get the calibration status
1693   // 0 means OK
1694   // positive numbers invalidate for unknown reasons.
1695   // negative numbers invalidate with a known reason (e.g. low statistics).
1696   // the returned integer has one bit set for every component that failed.
1697
1698   Bool_t enoughStatistics = (fNtracksVdrift>fMinTracksVdrift && fNeventsVdrift>fMinEventsVdrift);
1699
1700   if (!enoughStatistics)
1701   {
1702     fCalibrationStatus=-TMath::Abs(fCalibrationStatus);
1703   }
1704
1705   return fCalibrationStatus;
1706 }