TPC/AliTPCPreprocessorOffline.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18 /*
  19   Responsible: marian.ivanov@cern.ch
  20   Code to analyze the TPC calibration and to produce OCDB entries
  21
  22
  23    .x ~/rootlogon.C
  24    gSystem->Load("libANALYSIS");
  25    gSystem->Load("libTPCcalib");
  26
  27    AliTPCPreprocessorOffline proces;
  28    TString ocdbPath="local:////"
  29    ocdbPath+=gSystem->GetFromPipe("pwd");
  30
  31    proces.CalibTimeGain("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  32    proces.CalibTimeVdrift("CalibObjects.root",run0,run1,ocdbPath);
  33   // take the raw calibration data from the file CalibObjects.root
  34   // and make a OCDB entry with run  validity run0-run1
  35   // results are stored at the ocdbPath - local or alien ...
  36   // default storage ""- data stored at current working directory
  37
  38   e.g.
  39   gSystem->Load("libANALYSIS");
  40   gSystem->Load("libTPCcalib");
  41   AliTPCPreprocessorOffline proces;
  42   proces.CalibTimeGain("TPCMultObjects.root",114000,140040,0);
  43   TFile oo("OCDB/TPC/Calib/TimeGain/Run114000_121040_v0_s0.root")
  44   TObjArray * arr = AliCDBEntry->GetObject()
  45   arr->At(4)->Draw("alp")
  46
  47 */
  48 #include "Riostream.h"
  49 #include <fstream>
  50 #include "TMap.h"
  51 #include "TGraphErrors.h"
  52 #include "AliExternalTrackParam.h"
  53 #include "TFile.h"
  54 #include "TGraph.h"
  55 #include "TMultiGraph.h"
  56 #include "TCanvas.h"
  57 #include "THnSparse.h"
  58 #include "TLegend.h"
  59 #include "TPad.h"
  60 #include "TH2D.h"
  61 #include "TH3D.h"
  62 #include "AliTPCROC.h"
  63 #include "AliTPCCalROC.h"
  64 #include "AliESDfriend.h"
  65 #include "AliTPCcalibTime.h"
  66 #include "AliSplineFit.h"
  67 #include "AliCDBMetaData.h"
  68 #include "AliCDBId.h"
  69 #include "AliCDBManager.h"
  70 #include "AliCDBStorage.h"
  71 #include "AliTPCcalibBase.h"
  72 #include "AliTPCcalibDB.h"
  73 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  74 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  75 #include "AliTPCParamSR.h"
  76 #include "AliTPCcalibTimeGain.h"
  77 #include "AliTPCcalibGainMult.h"
  78 #include "AliSplineFit.h"
  79 #include "AliTPCComposedCorrection.h"
  80 #include "AliTPCExBTwist.h"
  81 #include "AliTPCCalibGlobalMisalignment.h"
  82 #include "TStatToolkit.h"
  83 #include "TChain.h"
  84 #include "TCut.h"
  85 #include "AliTrackerBase.h"
  86 #include "AliTPCPreprocessorOffline.h"
  87
  88
  89 ClassImp(AliTPCPreprocessorOffline)
  90
  91 AliTPCPreprocessorOffline::AliTPCPreprocessorOffline():
  92   TNamed("TPCPreprocessorOffline","TPCPreprocessorOffline"),
  93   fMinEntries(500),                      // minimal number of entries for fit
  94   startRun(0),                         // start Run - used to make fast selection in THnSparse
  95   endRun(0),                           // end   Run - used to make fast selection in THnSparse
  96   startTime(0),                        // startTime - used to make fast selection in THnSparse
  97   endTime(0),                          // endTime   - used to make fast selection in THnSparse
  98   ocdbStorage(""),                   // path to the OCDB storage
  99   fVdriftArray(new TObjArray),
 100   fTimeDrift(0),
 101   fGraphMIP(0),                // graph time dependence of MIP
 102   fGraphCosmic(0),             // graph time dependence at Plateu
 103   fGraphAttachmentMIP(0),
 104   fFitMIP(0),                  // fit of dependence - MIP
 105   fFitCosmic(0),               // fit of dependence - Plateu
 106   fGainArray(new TObjArray),               // array to be stored in the OCDB
 107   fGainMIP(0),          // calibration component for MIP
 108   fGainCosmic(0),       // calibration component for cosmic
 109   fGainMult(0),
 110   fAlignTree(0),        // alignment tree
 111   fSwitchOnValidation(kFALSE) // flag to switch on validation of OCDB parameters
 112 {
 113   //
 114   // default constructor
 115   //
 116 }
 117
 118 AliTPCPreprocessorOffline::~AliTPCPreprocessorOffline() {
 119   //
 120   // Destructor
 121   //
 122 }
 123
 124
 125
 126
 127 void AliTPCPreprocessorOffline::GetRunRange(AliTPCcalibTime * const  timeDrift){
 128   //
 129   // find the fist and last run
 130   //
 131   TObjArray *hisArray =timeDrift->GetHistoDrift();
 132   {for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 133     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->UncheckedAt(i);
 134     if (addHist->GetEntries()<fMinEntries) continue;
 135     if (!addHist) continue;
 136     TH1D* histo    =addHist->Projection(3);
 137     TH1D* histoTime=addHist->Projection(0);
 138     printf("%s\t%f\t%d\t%d\n",histo->GetName(), histo->GetEntries(),histo->FindFirstBinAbove(0),histo->FindLastBinAbove(0));
 139
 140     if (startRun<=0){
 141       startRun=histo->FindFirstBinAbove(0);
 142       endRun  =histo->FindLastBinAbove(0);
 143     }else{
 144       startRun=TMath::Min(histo->FindFirstBinAbove(0),startRun);
 145       endRun  =TMath::Max(histo->FindLastBinAbove(0),endRun);
 146     }
 147     if (startTime==0){
 148       startTime=histoTime->FindFirstBinAbove(0);
 149       endTime  =histoTime->FindLastBinAbove(0);
 150     }else{
 151       startTime=TMath::Min(histoTime->FindFirstBinAbove(0),startTime);
 152       endTime  =TMath::Max(histoTime->FindLastBinAbove(0),endTime);
 153     }
 154     delete histo;
 155     delete histoTime;
 156   }}
 157   if (startRun<0) startRun=0;
 158   if (endRun<0) endRun=100000000;
 159   printf("Run range  :\t%d-%d\n", startRun, endRun);
 160   printf("Time range :\t%d-%d\n", startTime, endTime);
 161
 162 }
 163
 164
 165
 166 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeVdrift(const Char_t* file, Int_t ustartRun, Int_t uendRun, TString pocdbStorage){
 167   //
 168   // make calibration of the drift velocity
 169   // Input parameters:
 170   //      file                   - the location of input file
 171   //      ustartRun, uendrun     - run validity period
 172   //      pocdbStorage           - path to hte OCDB storage
 173   //                             - if empty - local storage 'pwd' uesed
 174   if (pocdbStorage.Length()>0) ocdbStorage=pocdbStorage;
 175   else
 176   ocdbStorage="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 177   //
 178   // 1. Initialization and run range setting
 179   TFile fcalib(file);
 180   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 181   if (array){
 182     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime *)array->FindObject("calibTime");
 183   } else {
 184     fTimeDrift = (AliTPCcalibTime*)fcalib.Get("calibTime");
 185   }
 186   if(!fTimeDrift) return;
 187
 188   startRun=ustartRun;
 189   endRun=ustartRun;
 190   TObjArray *hisArray =fTimeDrift->GetHistoDrift();
 191   GetRunRange(fTimeDrift);
 192   for (Int_t i=0; i<hisArray->GetEntriesFast(); i++){
 193     THnSparse* addHist=(THnSparse*)hisArray->At(i);
 194     if (!addHist) continue;
 195     if (startTime<endTime) addHist->GetAxis(0)->SetRange(startTime-1,endTime+1);
 196     if (startRun<endRun) addHist->GetAxis(3)->SetRange(startRun-1,endRun+1);
 197   }
 198   //
 199   //
 200   // 2. extraction of the information
 201   //
 202   fVdriftArray = new TObjArray();
 203   AddAlignmentGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 204   AddHistoGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift,fMinEntries);
 205   AddLaserGraphs(fVdriftArray,fTimeDrift);
 206   //
 207   // 3. Append QA plots
 208   //
 209   MakeDefaultPlots(fVdriftArray,fVdriftArray);
 210
 211   //
 212   // 4. validate OCDB entries
 213   //
 214   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeDrift()==kFALSE) {
 215     Printf("TPC time drift OCDB parameters out of range!");
 216     return;
 217   }
 218   //
 219   //4.b make alignment
 220   //
 221   MakeFitTime();
 222   TFile * ftime= TFile::Open("fitITSVertex.root");
 223   if (ftime){
 224     TObject * alignmentTime=ftime->Get("FitCorrectionTime");
 225     if (alignmentTime) fVdriftArray->AddLast(alignmentTime);
 226   }
 227   //
 228   //
 229   // 5. update of OCDB
 230   //
 231   //
 232   UpdateOCDBDrift(ustartRun,uendRun,ocdbStorage);
 233 }
 234
 235 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBDrift( Int_t ustartRun, Int_t uendRun,  const char* storagePath ){
 236   //
 237   // Update OCDB
 238   //
 239   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 240   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 241   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 242   metaData->SetBeamPeriod(1);
 243   metaData->SetAliRootVersion("05-25-01"); //root version
 244   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the drift velocity");
 245   AliCDBId* id1=NULL;
 246   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/TimeDrift", ustartRun, uendRun);
 247   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
 248   gStorage->Put(fVdriftArray, (*id1), metaData);
 249 }
 250
 251 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeGain(Double_t minGain, Double_t maxGain)
 252 {
 253   //
 254   // Validate time gain corrections
 255   //
 256   Printf("ValidateTimeGain..." );
 257
 258   TGraphErrors *gr = (TGraphErrors*)fGainArray->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");
 259   if(!gr) return kFALSE;
 260   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
 261
 262   // check whether gain in the range
 263   for(Int_t iPoint=0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 264   {
 265     if(gr->GetY()[iPoint] < minGain || gr->GetY()[iPoint] > maxGain)
 266       return kFALSE;
 267   }
 268
 269 return kTRUE;
 270 }
 271
 272
 273 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::ValidateTimeDrift(Double_t maxVDriftCorr)
 274 {
 275   //
 276   // Validate time drift velocity corrections
 277   //
 278   Printf("ValidateTimeDrift..." );
 279
 280   TGraphErrors* gr = (TGraphErrors*)fVdriftArray->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 281   if(!gr) return kFALSE;
 282   if(gr->GetN()<1) return kFALSE;
 283
 284   // check whether drift velocity corrections in the range
 285   for(Int_t iPoint = 0; iPoint<gr->GetN(); iPoint++)
 286   {
 287     if(TMath::Abs(gr->GetY()[iPoint]) > maxVDriftCorr)
 288       return kFALSE;
 289   }
 290
 291 return kTRUE;
 292 }
 293
 294 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateDriftParam(AliTPCParam *param, TObjArray *const arr, Int_t lstartRun){
 295   //
 296   //  update the OCDB entry for the nominal time0
 297   //
 298   //
 299   //  AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 300   AliTPCParam *paramNew = (AliTPCParam *)param->Clone();
 301   TGraphErrors *grT =  (TGraphErrors *)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
 302   Double_t deltaTcm = TMath::Median(grT->GetN(),grT->GetY());
 303   Double_t deltaT   = deltaTcm/param->GetDriftV();
 304   paramNew->SetL1Delay(param->GetL1Delay()-deltaT);
 305   paramNew->Update();
 306
 307   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
 308   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
 309   metaData->SetResponsible("Marian Ivanov");
 310   metaData->SetBeamPeriod(1);
 311   metaData->SetAliRootVersion("05-25-02"); //root version
 312   metaData->SetComment("Updated calibration of nominal time 0");
 313   AliCDBId* id1=NULL;
 314   id1=new AliCDBId("TPC/Calib/Parameters", lstartRun, AliCDBRunRange::Infinity());
 315   AliCDBStorage* gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(ocdbStorage);
 316   gStorage->Put(param, (*id1), metaData);
 317
 318 }
 319
 320
 321 void AliTPCPreprocessorOffline::PrintArray(TObjArray *array){
 322   //
 323   // Print the names of the entries in array
 324   //
 325   Int_t entries = array->GetEntries();
 326   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
 327     if (!array->At(i)) continue;
 328     printf("%d\t %s\n", i,  array->At(i)->GetName());
 329   }
 330 }
 331
 332
 333
 334 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphDrift(TGraphErrors * graph, Float_t errSigmaCut, Float_t medianCutAbs){
 335   // 2 filters:
 336   //    1. filter graph - error cut errSigmaCut
 337   //    2. filter graph - medianCutAbs around median
 338   //
 339   // errSigmaCut   - cut on error
 340   // medianCutAbs  - cut on value around median
 341   Double_t dummy=0;               //
 342   //
 343   // 1. filter graph - error cut errSigmaCut
 344   //
 345   TGraphErrors *graphF;
 346   graphF = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graph,errSigmaCut,dummy);
 347   delete graph;
 348   if (!graphF) return 0;
 349   graph = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(graphF,errSigmaCut,dummy);
 350   delete graphF;
 351   if (!graph) return 0;
 352   //
 353   // filter graph - kMedianCutAbs around median
 354   //
 355   graphF=FilterGraphMedianAbs(graph, medianCutAbs,dummy);
 356   delete graph;
 357   if (!graphF) return 0;
 358   graph=FilterGraphMedianAbs(graphF, medianCutAbs,dummy);
 359   delete graphF;
 360   if (!graph) return 0;
 361   return graph;
 362 }
 363
 364
 365
 366 TGraphErrors* AliTPCPreprocessorOffline::FilterGraphMedianAbs(TGraphErrors * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
 367   //
 368   // filter outlyer measurement
 369   // Only points around median +- cut filtered
 370   //
 371   if (!graph) return  0;
 372   Int_t kMinPoints=2;
 373   Int_t npoints0 = graph->GetN();
 374   Int_t npoints=0;
 375   Float_t  rmsY=0;
 376   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
 377   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
 378   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
 379   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
 380   //
 381   //
 382   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
 383   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
 384     npoints=0;
 385     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
 386       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
 387       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
 388       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
 389       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
 390       errx[npoints]  = graph->GetErrorX(ipoint);
 391       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
 392       npoints++;
 393     }
 394     if (npoints<=1) break;
 395     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
 396     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
 397   }
 398   TGraphErrors *graphOut=0;
 399   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
 400   delete []outx;
 401   delete []outy;
 402   delete []errx;
 403   delete []erry;
 404   return graphOut;
 405 }
 406
 407
 408 void AliTPCPreprocessorOffline::AddHistoGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime * const timeDrift, Int_t minEntries){
 409   //
 410   // Add graphs corresponding to the alignment
 411   //
 412   const Double_t kErrSigmaCut=5;      // error sigma cut - for filtering
 413   const Double_t kMedianCutAbs=0.03;  // error sigma cut - for filtering
 414   //
 415   TObjArray * array=timeDrift->GetHistoDrift();
 416   if (array){
 417     THnSparse* hist=NULL;
 418     // 2.a) cosmics with different triggers
 419     for (Int_t i=0; i<array->GetEntriesFast();i++){
 420       hist=(THnSparseF*)array->UncheckedAt(i);
 421       if(!hist) continue;
 422       if (hist->GetEntries()<minEntries) continue;
 423       //hist->Print();
 424       TString name=hist->GetName();
 425       Int_t dim[4]={0,1,2,3};
 426       THnSparse* newHist=hist->Projection(4,dim);
 427       newHist->SetName(name);
 428       TGraphErrors* graph=AliTPCcalibBase::FitSlices(newHist,2,0,400,100,0.05,0.95, kTRUE);
 429       printf("name=%s graph=%i, N=%i\n", name.Data(), graph==0, graph->GetN());
 430       Int_t pos=name.Index("_");
 431       name=name(pos,name.Capacity()-pos);
 432       TString graphName=graph->ClassName();
 433       graphName+=name;
 434       graphName.ToUpper();
 435       //
 436       graph = FilterGraphDrift(graph, kErrSigmaCut, kMedianCutAbs);
 437       if (!graph) {
 438         printf("Graph =%s filtered out\n", name.Data());
 439         continue;
 440       }
 441       //
 442       if (graph){
 443         graph->SetMarkerStyle(i%8+20);
 444         graph->SetMarkerColor(i%7);
 445         graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 446         graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcor}");
 447         graph->SetName(graphName);
 448         graph->SetTitle(graphName);
 449         printf("Graph %d\t=\t%s\n", i, graphName.Data());
 450         vdriftArray->Add(graph);
 451       }
 452     }
 453   }
 454 }
 455
 456
 457
 458
 459 void AliTPCPreprocessorOffline::AddAlignmentGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *const timeDrift){
 460   //
 461   // Add graphs corresponding to alignment to the object array
 462   //
 463   TObjArray *arrayITS=0;
 464   TObjArray *arrayTOF=0;
 465   TObjArray *arrayTRD=0;
 466   TMatrixD *mstatITS=0;
 467   TMatrixD *mstatTOF=0;
 468   TMatrixD *mstatTRD=0;
 469   //
 470   arrayITS=timeDrift->GetAlignITSTPC();
 471   arrayTRD=timeDrift->GetAlignTRDTPC();
 472   arrayTOF=timeDrift->GetAlignTOFTPC();
 473
 474   if (arrayITS->GetEntries()>0) mstatITS= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayITS,0.9,50,0.025);
 475   if (arrayTOF->GetEntries()>0) mstatTOF= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTOF,0.9,1000,0.025);
 476   if (arrayTRD->GetEntries()>0) mstatTRD= AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(arrayTRD,0.9,50,0.025);
 477   //
 478   TObjArray * arrayITSP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 0, 5.);
 479   TObjArray * arrayITSM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITS,*mstatITS, 1, 5.);
 480   TObjArray * arrayITSB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayITSP,arrayITSM);
 481   TObjArray * arrayTOFP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 0, 5.);
 482   TObjArray * arrayTOFM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOF,*mstatTOF, 1, 5.);
 483   TObjArray * arrayTOFB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTOFP,arrayTOFM);
 484
 485   TObjArray * arrayTRDP= 0x0;
 486   TObjArray * arrayTRDM= 0x0;
 487   TObjArray * arrayTRDB= 0x0;
 488   arrayTRDP= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 0, 5.);
 489   arrayTRDM= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRD,*mstatTRD, 1, 5.);
 490   arrayTRDB= AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(arrayTRDP,arrayTRDM);
 491   //
 492   //
 493   Int_t entries=TMath::Max(arrayITS->GetEntriesFast(),arrayTOF->GetEntriesFast());
 494   TObjArray *arrays[12]={arrayITS, arrayITSP, arrayITSM, arrayITSB,
 495                          arrayTRD, arrayTRDP, arrayTRDM, arrayTRDB,
 496                          arrayTOF, arrayTOFP, arrayTOFM, arrayTOFB};
 497   TString   grnames[12]={"ALIGN_ITS", "ALIGN_ITSP", "ALIGN_ITSM", "ALIGN_ITSB",
 498                          "ALIGN_TRD", "ALIGN_TRDP", "ALIGN_TRDM","ALIGN_TRDB",
 499                          "ALIGN_TOF", "ALIGN_TOFP", "ALIGN_TOFM","ALIGN_TOFB"};
 500   TString   grpar[9]={"DELTAPSI", "DELTATHETA", "DELTAPHI",
 501                       "DELTAX", "DELTAY", "DELTAZ",
 502                       "DRIFTVD", "T0", "VDGY"};
 503
 504
 505   TVectorD vX(entries);
 506   TVectorD vY(entries);
 507   TVectorD vEx(entries);
 508   TVectorD vEy(entries);
 509   TObjArray *arr=0;
 510   for (Int_t iarray=0; iarray<12; iarray++){
 511     arr = arrays[iarray];
 512     if (arr==0) continue;
 513     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
 514       Int_t counter=0;
 515       for (Int_t itime=0; itime<arr->GetEntriesFast(); itime++){
 516         AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) arr->UncheckedAt(itime);
 517         if (!kalman) continue;
 518         vX[counter]=kalman->GetTimeStamp();
 519         vY[counter]=(*(kalman->GetState()))[ipar];
 520         if (ipar==6) vY[counter]=1./(*(kalman->GetState()))[ipar]-1;
 521         vEx[counter]=0;
 522         vEy[counter]=TMath::Sqrt((*(kalman->GetStateCov()))(ipar,ipar));
 523         counter++;
 524       }
 525
 526       TGraphErrors * graph=new TGraphErrors(counter, vX.GetMatrixArray(),
 527                                           vY.GetMatrixArray(),
 528                                           vEx.GetMatrixArray(),
 529                                           vEy.GetMatrixArray());
 530       TString grName=grnames[iarray];
 531       grName+="_TPC_";
 532       grName+=grpar[ipar];
 533       graph->SetName(grName.Data());
 534       vdriftArray->AddLast(graph);
 535     }
 536   }
 537 }
 538
 539
 540
 541
 542 void AliTPCPreprocessorOffline::AddLaserGraphs(  TObjArray * vdriftArray, AliTPCcalibTime *timeDrift){
 543   //
 544   // add graphs for laser
 545   //
 546   const Double_t delayL0L1 = 0.071;  //this is hack for 1/2 weeks
 547   THnSparse *hisN=0;
 548   TGraphErrors *grLaser[6]={0,0,0,0,0,0};
 549   hisN = timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0);
 550   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0)){
 551     grLaser[0]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(0),0,2,5,delayL0L1);
 552     grLaser[0]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
 553     vdriftArray->AddLast(grLaser[0]);
 554   }
 555   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1)){
 556     grLaser[1]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(1),0,2,5);
 557     grLaser[1]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 558     vdriftArray->AddLast(grLaser[1]);
 559   }
 560   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2)){
 561     grLaser[2]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserA(2),0,2,5);
 562     grLaser[2]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_A");
 563     vdriftArray->AddLast(grLaser[2]);
 564   }
 565   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0)){
 566     grLaser[3]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(0),0,2,5,delayL0L1);
 567     grLaser[3]->SetName("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
 568     vdriftArray->AddLast(grLaser[3]);
 569   }
 570   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1)){
 571     grLaser[4]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(1),0,2,5);
 572     grLaser[4]->SetName("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 573     vdriftArray->AddLast(grLaser[4]);
 574   }
 575   if (timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2)){
 576     grLaser[5]=MakeGraphFilter0(timeDrift->GetHistVdriftLaserC(2),0,2,5);
 577     grLaser[5]->SetName("GRAPH_MEAN_GLOBALYGRADIENT_LASER_ALL_C");
 578     vdriftArray->AddLast(grLaser[5]);
 579   }
 580   for (Int_t i=0; i<6;i++){
 581     if (grLaser[i]) {
 582       SetDefaultGraphDrift(grLaser[i], 1,(i+20));
 583       grLaser[i]->GetYaxis()->SetTitle("Laser Correction");
 584     }
 585   }
 586 }
 587
 588
 589 TGraphErrors * AliTPCPreprocessorOffline::MakeGraphFilter0(THnSparse *hisN, Int_t itime, Int_t ival, Int_t minEntries, Double_t offset){
 590   //
 591   // Make graph with mean values and rms
 592   //
 593   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(0,100000000);
 594   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(0,100000000);
 595   TH1 * hisT      = hisN->Projection(itime);
 596   TH1 * hisV      = hisN->Projection(ival);
 597   //
 598   Int_t firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 599   Int_t lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 600   Int_t firstBinV = hisV->FindFirstBinAbove(0);
 601   Int_t lastBinV  = hisV->FindLastBinAbove(0);
 602   hisN->GetAxis(itime)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 603   hisN->GetAxis(ival)->SetRange(firstBinV,lastBinV);
 604   Int_t entries=0;
 605   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 606     Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 607     if (cont<minEntries) continue;
 608     entries++;
 609   }
 610   TVectorD vecTime(entries);
 611   TVectorD vecMean0(entries);
 612   TVectorD vecRMS0(entries);
 613   TVectorD vecMean1(entries);
 614   TVectorD vecRMS1(entries);
 615   entries=0;
 616   for (Int_t ibin=firstBinA; ibin<=lastBinA; ibin++){
 617       Double_t cont = hisT->GetBinContent(ibin);
 618       if (cont<minEntries) continue;
 619       //hisN->GetAxis(itime)->SetRange(ibin-1,ibin+1);
 620       Int_t minBin = ibin-1;
 621       Int_t maxBin = ibin+1;
 622       if(minBin <= 0) minBin = 1;
 623       if(maxBin >= hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()) maxBin = hisN->GetAxis(itime)->GetNbins()-1;
 624       hisN->GetAxis(itime)->SetRange(minBin,maxBin);
 625
 626       Double_t time = hisT->GetBinCenter(ibin);
 627       TH1 * his = hisN->Projection(ival);
 628       Double_t nentries0= his->GetBinContent(his->FindBin(0));
 629       if (cont-nentries0<minEntries) continue;
 630       //
 631       his->SetBinContent(his->FindBin(0),0);
 632       vecTime[entries]=time;
 633       vecMean0[entries]=his->GetMean()+offset;
 634       vecMean1[entries]=his->GetMeanError();
 635       vecRMS0[entries] =his->GetRMS();
 636       vecRMS1[entries] =his->GetRMSError();
 637       delete his;
 638       entries++;
 639   }
 640   delete hisT;
 641   delete hisV;
 642   TGraphErrors * graph =  new TGraphErrors(entries,vecTime.GetMatrixArray(), vecMean0.GetMatrixArray(),                                    0, vecMean1.GetMatrixArray());
 643   return graph;
 644 }
 645
 646
 647
 648
 649
 650
 651
 652
 653 void AliTPCPreprocessorOffline::SetDefaultGraphDrift(TGraph *graph, Int_t color, Int_t style){
 654   //
 655   // Set default style for QA views
 656   //
 657   graph->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
 658   graph->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
 659   graph->SetMaximum( 0.025);
 660   graph->SetMinimum(-0.025);
 661   graph->GetXaxis()->SetTitle("Time");
 662   graph->GetYaxis()->SetTitle("v_{dcorr}");
 663   //
 664   graph->GetYaxis()->SetLabelSize(0.03);
 665   graph->GetXaxis()->SetLabelSize(0.03);
 666   //
 667   graph->GetXaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 668   graph->GetYaxis()->SetNdivisions(10,5,0);
 669   //
 670   graph->GetXaxis()->SetLabelOffset(0.02);
 671   graph->GetYaxis()->SetLabelOffset(0.005);
 672   //
 673   graph->GetXaxis()->SetTitleOffset(1.3);
 674   graph->GetYaxis()->SetTitleOffset(1.2);
 675   //
 676   graph->SetMarkerColor(color);
 677   graph->SetLineColor(color);
 678   graph->SetMarkerStyle(style);
 679 }
 680
 681 void AliTPCPreprocessorOffline::SetPadStyle(TPad *pad, Float_t mx0, Float_t mx1, Float_t my0, Float_t my1){
 682   //
 683   // Set default pad style for QA
 684   //
 685   pad->SetTicks(1,1);
 686   pad->SetMargin(mx0,mx1,my0,my1);
 687 }
 688
 689
 690 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeDefaultPlots(TObjArray * const arr, TObjArray * /*picArray*/){
 691   //
 692   // 0. make a default QA plots
 693   // 1. Store them in the array
 694   //
 695   //
 696   Float_t mx0=0.12, mx1=0.1, my0=0.15, my1=0.1;
 697   //
 698   TGraphErrors* laserA       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
 699   TGraphErrors* laserC       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
 700   TGraphErrors* cosmic       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
 701   TGraphErrors* cross        =(TGraphErrors*)arr->FindObject("TGRAPHERRORS_VDRIFT_CROSS_ALL");
 702   TGraphErrors* itstpcP       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSP_TPC_DRIFTVD");
 703   TGraphErrors* itstpcM       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_DRIFTVD");
 704   TGraphErrors* itstpcB       =(TGraphErrors*)arr->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
 705   //
 706   if (laserA)  SetDefaultGraphDrift(laserA,2,25);
 707   if (laserC)  SetDefaultGraphDrift(laserC,4,26);
 708   if (cosmic)  SetDefaultGraphDrift(cosmic,3,27);
 709   if (cross)   SetDefaultGraphDrift(cross,4,28);
 710   if (itstpcP) SetDefaultGraphDrift(itstpcP,2,29);
 711   if (itstpcM) SetDefaultGraphDrift(itstpcM,4,30);
 712   if (itstpcB) SetDefaultGraphDrift(itstpcB,1,31);
 713   //
 714   //
 715   TPad *pad=0;
 716   //
 717   // Laser-Laser
 718   //
 719   if (laserA&&laserC){
 720     pad = new TCanvas("TPCLaserVDrift","TPCLaserVDrift");
 721     laserA->Draw("alp");
 722     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 723     laserA->Draw("apl");
 724     laserC->Draw("p");
 725     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 726     legend->AddEntry(laserA,"Laser A side");
 727     legend->AddEntry(laserC,"Laser C side");
 728     legend->Draw();
 729     //picArray->AddLast(pad);
 730   }
 731
 732   if (itstpcP&&itstpcM&&itstpcB){
 733     pad = new TCanvas("ITSTPC","ITSTPC");
 734     itstpcP->Draw("alp");
 735     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 736     itstpcP->Draw("alp");
 737     gPad->Clear();
 738     itstpcM->Draw("apl");
 739     itstpcP->Draw("p");
 740     itstpcB->Draw("p");
 741     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 742     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 743     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 744     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 745     legend->Draw();
 746     //picArray->AddLast(pad);
 747   }
 748
 749   if (itstpcB&&laserA&&itstpcP&&itstpcM){
 750     pad = new TCanvas("ITSTPC_LASER","ITSTPC_LASER");
 751     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 752     laserA->Draw("alp");
 753     itstpcP->Draw("p");
 754     itstpcM->Draw("p");
 755     itstpcB->Draw("p");
 756     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 757     legend->AddEntry(laserA,"TPC laser");
 758     legend->AddEntry(itstpcP,"ITS-TPC smooth plus");
 759     legend->AddEntry(itstpcM,"ITS-TPC smooth minus");
 760     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth ");
 761     legend->Draw();
 762     //picArray->AddLast(pad);
 763   }
 764
 765   if (itstpcP&&cross){
 766     pad = new TCanvas("ITSTPC_CROSS","ITSTPC_CROSS");
 767     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 768     itstpcP->Draw("alp");
 769     pad->Clear();
 770     cross->Draw("ap");
 771     itstpcP->Draw("p");
 772     //
 773     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 774
 775     legend->AddEntry(cross,"TPC cross tracks");
 776     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 777     legend->Draw();
 778     //picArray->AddLast(pad);
 779   }
 780   if (itstpcP&&cosmic){
 781     pad = new TCanvas("ITSTPC_COSMIC","ITSTPC_COSMIC");
 782     SetPadStyle(pad,mx0,mx1,my0,my1);
 783     itstpcP->Draw("alp");
 784     pad->Clear();
 785     cosmic->Draw("ap");
 786     itstpcP->Draw("p");
 787     //
 788     TLegend *legend = new TLegend(mx0+0.01,1-my1-0.2, 0.5, 1-my1-0.01, "Drift velocity correction");
 789
 790     legend->AddEntry(cosmic,"TPC cross tracks0 up-down");
 791     legend->AddEntry(itstpcB,"ITS-TPC smooth");
 792     legend->Draw();
 793     //picArray->AddLast(pad);
 794   }
 795 }
 796
 797
 798
 799
 800 void AliTPCPreprocessorOffline::CalibTimeGain(const Char_t* fileName, Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber,  TString  pocdbStorage){
 801   //
 802   // Update OCDB gain
 803   //
 804   if (pocdbStorage.Length()==0) pocdbStorage+="local://"+gSystem->GetFromPipe("pwd")+"/OCDB";
 805
 806   //
 807   // 1. Read gain values
 808   //
 809   ReadGainGlobal(fileName);
 810
 811   //
 812   // 2. Extract calibration values
 813   //
 814   AnalyzeGain(startRunNumber,endRunNumber, 1000,1.43);
 815   AnalyzeAttachment(startRunNumber,endRunNumber);
 816   AnalyzePadRegionGain();
 817   AnalyzeGainMultiplicity();
 818   //
 819   // 3. Make control plots
 820   //
 821   MakeQAPlot(1.43);
 822
 823   //
 824   // 4. validate OCDB entries
 825   //
 826   if(fSwitchOnValidation==kTRUE && ValidateTimeGain()==kFALSE) {
 827     Printf("TPC time gain OCDB parameters out of range!");
 828     return;
 829   }
 830
 831   //
 832   // 5. Update OCDB
 833   //
 834   UpdateOCDBGain( startRunNumber, endRunNumber, pocdbStorage.Data());
 835 }
 836
 837 void AliTPCPreprocessorOffline::ReadGainGlobal(const Char_t* fileName){
 838   //
 839   // read calibration entries from file
 840   //
 841   TFile fcalib(fileName);
 842   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
 843   if (array){
 844     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGain");
 845     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)array->FindObject("calibTimeGainCosmic");
 846     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)array->FindObject("calibGainMult");
 847   }else{
 848     fGainMIP    = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGain");
 849     fGainCosmic = ( AliTPCcalibTimeGain *)fcalib.Get("calibTimeGainCosmic");
 850     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalib.Get("calibGainMult");
 851   }
 852   if (!fGainMult){
 853     TFile fcalibMult("TPCMultObjects.root");
 854     fGainMult   = ( AliTPCcalibGainMult *)fcalibMult.Get("calibGainMult");
 855   }
 856   TH1 * hisT=0;
 857   Int_t firstBinA =0, lastBinA=0;
 858
 859   if (fGainCosmic){
 860     hisT= fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(1);
 861     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 862     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 863     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 864     delete hisT;
 865   }
 866
 867   if (fGainMIP){
 868     hisT= fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1);
 869     firstBinA = hisT->FindFirstBinAbove(2);
 870     lastBinA  = hisT->FindLastBinAbove(2);
 871     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRange(firstBinA,lastBinA);
 872     delete hisT;
 873   }
 874
 875 }
 876
 877
 878
 879 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesGaussFit,  Float_t FPtoMIPratio){
 880   //
 881   // Analyze gain - produce the calibration graphs
 882   //
 883
 884   // 1.) try to create MIP spline
 885   if (fGainMIP)
 886   {
 887     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 888     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 889     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 890     //
 891     fGraphMIP = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10,0.1,0.7);
 892     if (fGraphMIP->GetN()==0) fGraphMIP = 0x0;
 893     if (fGraphMIP) fFitMIP = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphMIP);
 894     if (fGraphMIP) fGraphMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 895     fGainArray->AddAt(fFitMIP,0);
 896   }
 897
 898   // 2.) try to create Cosmic spline
 899   if (fGainCosmic)
 900   {
 901     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(0.51,1.49); // only cosmics
 902     fGainCosmic->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(20,100);    // only Fermi-Plateau muons
 903     //
 904     fGraphCosmic = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainCosmic->GetHistGainTime(),0,1,minEntriesGaussFit,10);
 905     if (fGraphCosmic->GetN()==0) fGraphCosmic = 0x0;
 906     //
 907     if (fGraphCosmic) {
 908       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
 909         fGraphCosmic->GetY()[i] /= FPtoMIPratio;
 910         fGraphCosmic->GetEY()[i] /= FPtoMIPratio;
 911       }
 912     }
 913     //
 914     if (fGraphCosmic) fFitCosmic = AliTPCcalibTimeGain::MakeSplineFit(fGraphCosmic);
 915     if (fGraphCosmic) fGraphCosmic->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_GAIN_COSMIC_ALL"); // set proper names according to naming convention
 916     fGainArray->AddAt(fFitCosmic,1);
 917   }
 918   // with naming convention and backward compatibility
 919   fGainArray->AddAt(fGraphMIP,2);
 920   fGainArray->AddAt(fGraphCosmic,3);
 921   cout << "fGraphCosmic: " << fGraphCosmic << " fGraphMIP " << fGraphMIP << endl;
 922   return kTRUE;
 923
 924 }
 925
 926 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeAttachment(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, Int_t minEntriesFit) {
 927   //
 928   // determine slope as a function of mean driftlength
 929   //
 930   if(!fGainMIP) return kFALSE;
 931
 932   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(5)->SetRangeUser(startRunNumber, endRunNumber);
 933   //
 934   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(2)->SetRangeUser(1.51,2.49); // only beam data
 935   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(4)->SetRangeUser(0.39,0.51); // only MIP pions
 936   //
 937   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(3)->SetRangeUser(125,250);// only full tracking region (driftlength)
 938   fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(0)->SetRangeUser(1.5,3.5);// only full tracking region (driftlength)
 939   //
 940   TH3D * hist = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(1, 0, 3);
 941   //
 942   Double_t *xvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 943   Double_t *yvec = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 944   Double_t *xerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 945   Double_t *yerr = new Double_t[hist->GetNbinsX()];
 946   Int_t counter  = 0;
 947   //
 948   for(Int_t i=1; i < hist->GetNbinsX(); i++) {
 949     Int_t nsum=0;
 950     Int_t imin   =  i;
 951     Int_t imax   =  i;
 952     for (Int_t idelta=0; idelta<5; idelta++){
 953       //
 954       imin   =  TMath::Max(i-idelta,1);
 955       imax   =  TMath::Min(i+idelta,hist->GetNbinsX());
 956       nsum = TMath::Nint(hist->Integral(imin,imax,1,hist->GetNbinsY()-1,1,hist->GetNbinsZ()-1));
 957       //if (nsum==0) break;
 958       if (nsum>minEntriesFit) break;
 959     }
 960     if (nsum<minEntriesFit) continue;
 961     //
 962     fGainMIP->GetHistGainTime()->GetAxis(1)->SetRangeUser(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1),hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)); // define time range
 963     TH2D * histZdep = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,3);
 964     TObjArray arr;
 965     histZdep->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
 966     TH1D * driftDep = (TH1D*)arr.At(1);
 967     delete histZdep;
 968     //TGraphErrors * driftDep = AliTPCcalibBase::FitSlices(fGainMIP->GetHistGainTime(),0,3,100,1,0.,1);
 969     /*if (driftDep->GetN() < 4) {
 970       delete driftDep;
 971       continue;
 972       }*/
 973     //
 974     //TObjArray arr;
 975     //
 976     TF1 pol1("polynom1","pol1",125,240);
 977     //driftDep->Fit(&pol1,"QNRROB=0.8");
 978     driftDep->Fit(&pol1,"QNR");
 979     xvec[counter] = 0.5*(hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1)+hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1));
 980     yvec[counter] = pol1.GetParameter(1)/pol1.GetParameter(0);
 981     xerr[counter] = hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imax+1)-hist->GetXaxis()->GetBinCenter(imin-1);
 982     yerr[counter] = pol1.GetParError(1)/pol1.GetParameter(0);
 983     counter++;
 984     //
 985     //delete driftDep;
 986   }
 987   //
 988   fGraphAttachmentMIP = new TGraphErrors(counter, xvec, yvec, xerr, yerr);
 989   if (fGraphAttachmentMIP) fGraphAttachmentMIP->SetName("TGRAPHERRORS_MEAN_ATTACHMENT_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
 990   fGainArray->AddLast(fGraphAttachmentMIP);
 991   //
 992   delete [] xvec;
 993   delete [] yvec;
 994   delete [] xerr;
 995   delete [] yerr;
 996   delete hist;
 997   //
 998   if (counter < 1) return kFALSE;
 999   return kTRUE;
1000
1001 }
1002
1003
1004 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzePadRegionGain(){
1005   //
1006   // Analyze gain for different pad regions - produce the calibration graphs 0,1,2
1007   //
1008   if (fGainMult)
1009   {
1010     TH2D * histQmax = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(0,2);
1011     TH2D * histQtot = (TH2D*) fGainMult->GetHistPadEqual()->Projection(1,2);
1012     //
1013     TObjArray arr;
1014     histQmax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1015     Double_t xMax[3] = {0,1,2};
1016     Double_t yMax[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1017                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1018                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1019     Double_t yMaxErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1020                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1021                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1022     TGraphErrors * fitPadRegionQmax = new TGraphErrors(3, xMax, yMax, 0, yMaxErr);
1023     //
1024     histQtot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arr);
1025     Double_t xTot[3] = {0,1,2};
1026     Double_t yTot[3]    = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(1),
1027                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(2),
1028                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinContent(3)};
1029     Double_t yTotErr[3] = {((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(1),
1030                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(2),
1031                            ((TH1D*)arr.At(1))->GetBinError(3)};
1032     TGraphErrors * fitPadRegionQtot = new TGraphErrors(3, xTot, yTot, 0, yTotErr);
1033     //
1034     fitPadRegionQtot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1035     fitPadRegionQmax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");// set proper names according to naming convention
1036     //
1037     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQtot);
1038     fGainArray->AddLast(fitPadRegionQmax);
1039     return kTRUE;
1040   }
1041   return kFALSE;
1042
1043 }
1044
1045
1046 Bool_t AliTPCPreprocessorOffline::AnalyzeGainMultiplicity() {
1047   //
1048   // Analyze gain as a function of multiplicity and produce calibration graphs
1049   //
1050   if (!fGainMult) return kFALSE;
1051   fGainMult->GetHistGainMult()->GetAxis(3)->SetRangeUser(3,3);
1052   TH2D * histMultMax = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(0,4);
1053   TH2D * histMultTot = fGainMult->GetHistGainMult()->Projection(1,4);
1054   histMultMax->RebinX(4);
1055   histMultTot->RebinX(4);
1056   //
1057   TObjArray arrMax;
1058   TObjArray arrTot;
1059   histMultMax->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrMax);
1060   histMultTot->FitSlicesY(0,0,-1,0,"QNR",&arrTot);
1061   //
1062   TH1D * meanMax = (TH1D*)arrMax.At(1);
1063   TH1D * meanTot = (TH1D*)arrTot.At(1);
1064   Float_t meanMult = histMultMax->GetMean();
1065   if(meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult))) {
1066     meanMax->Scale(1./meanMax->GetBinContent(meanMax->FindBin(meanMult)));
1067   }
1068   else {
1069    return kFALSE;
1070   }
1071   if(meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult))) {
1072     meanTot->Scale(1./meanTot->GetBinContent(meanTot->FindBin(meanMult)));
1073   }
1074   else {
1075    return kFALSE;
1076   }
1077   Float_t xMultMax[50];
1078   Float_t yMultMax[50];
1079   Float_t yMultErrMax[50];
1080   Float_t xMultTot[50];
1081   Float_t yMultTot[50];
1082   Float_t yMultErrTot[50];
1083   //
1084   Int_t nCountMax = 0;
1085   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanMax->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1086     Float_t yValMax = meanMax->GetBinContent(iBin);
1087     if (yValMax < 0.7) continue;
1088     if (yValMax > 1.3) continue;
1089     if (meanMax->GetBinError(iBin)/yValMax > 0.01) continue;
1090     xMultMax[nCountMax] = meanMax->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1091     yMultMax[nCountMax] = yValMax;
1092     yMultErrMax[nCountMax] = meanMax->GetBinError(iBin);
1093     nCountMax++;
1094   }
1095   //
1096   if (nCountMax < 10) return kFALSE;
1097   TGraphErrors * fitMultMax = new TGraphErrors(nCountMax, xMultMax, yMultMax, 0, yMultErrMax);
1098   fitMultMax->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1099   //
1100   Int_t nCountTot = 0;
1101   for(Int_t iBin = 1; iBin < meanTot->GetXaxis()->GetNbins(); iBin++) {
1102     Float_t yValTot = meanTot->GetBinContent(iBin);
1103     if (yValTot < 0.1) continue;
1104     if (meanTot->GetBinError(iBin)/yValTot > 0.1) continue;
1105     xMultTot[nCountTot] = meanTot->GetXaxis()->GetBinCenter(iBin);
1106     yMultTot[nCountTot] = yValTot;
1107     yMultErrTot[nCountTot] = meanTot->GetBinError(iBin);
1108     nCountTot++;
1109   }
1110   //
1111   if (nCountTot < 10) return kFALSE;
1112   TGraphErrors *  fitMultTot = new TGraphErrors(nCountTot, xMultTot, yMultTot, 0, yMultErrTot);
1113   fitMultTot->SetName("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_MULTIPLICITYDEPENDENCE_BEAM_ALL");
1114   //
1115   fGainArray->AddLast(fitMultMax);
1116   fGainArray->AddLast(fitMultTot);
1117   //
1118   return kTRUE;
1119
1120 }
1121
1122
1123 void AliTPCPreprocessorOffline::UpdateOCDBGain(Int_t startRunNumber, Int_t endRunNumber, const Char_t *storagePath){
1124   //
1125   // Update OCDB entry
1126   //
1127   AliCDBMetaData *metaData= new AliCDBMetaData();
1128   metaData->SetObjectClassName("TObjArray");
1129   metaData->SetResponsible("Alexander Kalweit");
1130   metaData->SetBeamPeriod(1);
1131   metaData->SetAliRootVersion("05-24-00"); //root version
1132   metaData->SetComment("Calibration of the time dependence of the gain due to pressure and temperature changes.");
1133   AliCDBId id1("TPC/Calib/TimeGain", startRunNumber, endRunNumber);
1134   AliCDBStorage * gStorage = AliCDBManager::Instance()->GetStorage(storagePath);
1135   gStorage->Put(fGainArray, id1, metaData);
1136 }
1137
1138 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeQAPlot(Float_t  FPtoMIPratio) {
1139   //
1140   // Make QA plot to visualize results
1141   //
1142   //
1143   //
1144   if (fGraphCosmic) {
1145     TCanvas * canvasCosmic = new TCanvas("gain Cosmic", "time dependent gain QA histogram cosmic");
1146     canvasCosmic->cd();
1147     TH2D * gainHistoCosmic = fGainCosmic->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1148     gainHistoCosmic->SetDirectory(0);
1149     gainHistoCosmic->SetName("GainHistoCosmic");
1150     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1151     gainHistoCosmic->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1152     gainHistoCosmic->Draw("colz");
1153     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1154     fGraphCosmic->Draw("lp");
1155     fGraphCosmic->SetMarkerStyle(25);
1156     TGraph * grfFitCosmic = fFitCosmic->MakeGraph(fGraphCosmic->GetX()[0],fGraphCosmic->GetX()[fGraphCosmic->GetN()-1],50000,0);
1157     if (grfFitCosmic) {
1158       for(Int_t i=0; i < grfFitCosmic->GetN(); i++) {
1159         grfFitCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1160       }
1161       for(Int_t i=0; i < fGraphCosmic->GetN(); i++) {
1162         fGraphCosmic->GetY()[i] *= FPtoMIPratio;
1163       }
1164     }
1165     fGraphCosmic->Draw("lp");
1166     grfFitCosmic->SetLineColor(2);
1167     grfFitCosmic->Draw("lu");
1168     fGainArray->AddLast(gainHistoCosmic);
1169     //fGainArray->AddLast(canvasCosmic->Clone());
1170     delete canvasCosmic;
1171   }
1172   if (fFitMIP) {
1173     TCanvas * canvasMIP = new TCanvas("gain MIP", "time dependent gain QA histogram MIP");
1174     canvasMIP->cd();
1175     TH2D * gainHistoMIP    = fGainMIP->GetHistGainTime()->Projection(0,1);
1176     gainHistoMIP->SetName("GainHistoCosmic");
1177     gainHistoMIP->SetDirectory(0);
1178     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeDisplay(kTRUE);
1179     gainHistoMIP->GetXaxis()->SetTimeFormat("#splitline{%d/%m}{%H:%M}");
1180     gainHistoMIP->Draw("colz");
1181     fGraphMIP->SetMarkerStyle(25);
1182     fGraphMIP->Draw("lp");
1183     TGraph * grfFitMIP = fFitMIP->MakeGraph(fGraphMIP->GetX()[0],fGraphMIP->GetX()[fGraphMIP->GetN()-1],50000,0);
1184     grfFitMIP->SetLineColor(2);
1185     grfFitMIP->Draw("lu");
1186     fGainArray->AddLast(gainHistoMIP);
1187     //fGainArray->AddLast(canvasMIP->Clone());
1188     delete canvasMIP;
1189   }
1190 }
1191
1192 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeFitTime(){
1193   //
1194   // mak aligment fit - store results in the file
1195   //
1196   const Int_t kMinEntries=1000;
1197   MakeChainTime();
1198   MakePrimitivesTime();
1199   if (!fAlignTree) return;
1200   if (fAlignTree->GetEntries()<kMinEntries) return;
1201   fAlignTree->SetAlias("ptype","type");
1202   fAlignTree->SetAlias("hasITS","(1+0)");
1203   fAlignTree->SetAlias("dITS","1-2*(refX<40)");
1204   fAlignTree->SetAlias("isITS","refX>10");
1205   fAlignTree->SetAlias("isVertex","refX<10");
1206   //
1207   Int_t  npointsMax=30000000;
1208   TStatToolkit toolkit;
1209   Double_t chi2=0;
1210   Int_t    npoints=0;
1211   TVectorD param;
1212   TMatrixD covar;
1213
1214   TString fstringFast="";
1215   fstringFast+="FExBTwistX++";
1216   fstringFast+="FExBTwistY++";
1217   fstringFast+="FAlignRot0D++";
1218   fstringFast+="FAlignTrans0D++";
1219   fstringFast+="FAlignTrans1D++";
1220   //
1221   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans0++";
1222   fstringFast+="hasITS*FAlignTrans1++";
1223   fstringFast+="hasITS*FAlignRot0++";
1224   fstringFast+="hasITS*FAlignRot1++";
1225   fstringFast+="hasITS*FAlignRot2++";
1226   //
1227   fstringFast+="dITS*FAlignTrans0++";
1228   fstringFast+="dITS*FAlignTrans1++";
1229   fstringFast+="dITS*FAlignRot0++";
1230   fstringFast+="dITS*FAlignRot1++";
1231   fstringFast+="dITS*FAlignRot2++";
1232
1233   TCut cutFit="entries>10&&abs(mean)>0.00001";
1234   fAlignTree->SetAlias("err","rms");
1235
1236   TString *strDeltaITS = TStatToolkit::FitPlaneConstrain(fAlignTree,"mean:err", fstringFast.Data(),cutFit, chi2,npoints,param,covar,-1,0, npointsMax, 1);
1237   strDeltaITS->Tokenize("++")->Print();
1238   fAlignTree->SetAlias("fitYFast",strDeltaITS->Data());
1239   //
1240   TVectorD paramC= param;
1241   TMatrixD covarC= covar;
1242   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans0D",paramC,covarC,0, 0.1);
1243   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"Trans1D",paramC,covarC,0, 0.1);
1244   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistX",paramC,covarC,0, 0.1);
1245   TStatToolkit::Constrain1D(fstringFast,"TwistY",paramC,covarC,0, 0.1);
1246   TString strFitConst=TStatToolkit::MakeFitString(fstringFast, paramC,covar);
1247   fAlignTree->SetAlias("fitYFastC",strFitConst.Data());
1248   CreateAlignTime(fstringFast,paramC);
1249
1250
1251 }
1252
1253
1254 void AliTPCPreprocessorOffline::MakeChainTime(){
1255   //
1256   TFile f("TPCTimeObjects.root");
1257   //  const char *cdtype[7]={"ITS","TRD","Vertex","TOF","TPC","TPC0","TPC1"};
1258   //const char *cptype[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1259   const char * hname[5]={"dy","dz","dsnp","dtheta","d1pt"};
1260   Int_t run=0;
1261   AliTPCcalibTime  *calibTime= (AliTPCcalibTime*) f.Get("calibTime");
1262   if (!calibTime) return;
1263   TTreeSRedirector *pcstream = new TTreeSRedirector("meanITSVertex.root");
1264   Int_t ihis=0;
1265   THnSparse *his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1266   if (his){
1267     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1268     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1269     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1270     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1271   }
1272   ihis=2;
1273   his = calibTime->GetResHistoTPCITS(ihis);
1274   if (his){
1275     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1276     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1277     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1278     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("ITS%s",hname[ihis]),run,85.,ihis,5);
1279   }
1280   ihis=0;
1281   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1282   if (his){
1283     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1284     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1285     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1286     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1287   }
1288   ihis=2;
1289   his = calibTime->GetResHistoTPCvertex(ihis);
1290   if (his){
1291     his->GetAxis(1)->SetRangeUser(-1.1,1.1);
1292     his->GetAxis(2)->SetRange(0,1000000);
1293     his->GetAxis(3)->SetRangeUser(-0.35,0.35);
1294     AliTPCCorrection::MakeDistortionMap(his,pcstream, Form("Vertex%s",hname[ihis]),run,0.,ihis,5);
1295
1296   }
1297   delete pcstream;
1298 }
1299
1300
1301 Double_t AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(Double_t phi, Double_t refX, Double_t theta, Int_t corr, Int_t ptype){
1302   //
1303   //
1304   //
1305   Double_t sector = 9*phi/TMath::Pi();
1306   if (sector<0) sector+=18;
1307   Double_t y85=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,85,theta,1,corr);
1308   Double_t y245=AliTPCCorrection::GetCorrSector(sector,245,theta,1,corr);
1309   if (ptype==0) return y85+(y245-y85)*(refX-85.)/(245.-85.);
1310   if (ptype==2) return (y245-y85)/(245.-85.);
1311   return 0;
1312 }
1313
1314
1315
1316 void AliTPCPreprocessorOffline::MakePrimitivesTime(){
1317   //
1318   // Create primitive transformation to fit
1319   //
1320   fAlignTree=new TChain("fit","fit");
1321   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdy");
1322   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"ITSdsnp");
1323   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdy");
1324   fAlignTree->AddFile("meanITSVertex.root",10000000,"Vertexdsnp");
1325   //
1326   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1327   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1328   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1329   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1330   Double_t wtP = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1331   AliTPCExBTwist *fitExBTwistX= new  AliTPCExBTwist;
1332   AliTPCExBTwist *fitExBTwistY= new  AliTPCExBTwist;
1333   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1334   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1   =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1335   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans0D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1336   AliTPCCalibGlobalMisalignment *trans1D  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1337   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot0     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1338   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot1     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1339   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot2     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1340   AliTPCCalibGlobalMisalignment *rot3     =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1341   //
1342   //
1343   fitExBTwistX->SetXTwist(0.001);
1344   fitExBTwistX->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1345   //
1346   fitExBTwistY->SetYTwist(0.001);
1347   fitExBTwistY->SetOmegaTauT1T2(wtP,1,1);
1348   //
1349   TGeoHMatrix *matrixRot = new TGeoHMatrix;
1350   TGeoHMatrix *matrixX = new TGeoHMatrix;
1351   TGeoHMatrix *matrixY = new TGeoHMatrix;
1352   matrixX->SetDx(0.1);
1353   matrixY->SetDy(0.1);
1354   Double_t rotAngles0[9]={0};
1355   Double_t rotAngles1[9]={0};
1356   Double_t rotAngles2[9]={0};
1357   //
1358   Double_t rotAngles3[9]={0};
1359
1360   rotAngles0[0]=1; rotAngles0[4]=1; rotAngles0[8]=1;
1361   rotAngles1[0]=1; rotAngles1[4]=1; rotAngles1[8]=1;
1362   rotAngles2[0]=1; rotAngles2[4]=1; rotAngles2[8]=1;
1363   rotAngles3[0]=1; rotAngles3[4]=1; rotAngles3[8]=1;
1364
1365   rotAngles0[1]=-0.001;rotAngles0[3]=0.001;
1366   rotAngles1[5]=-0.001;rotAngles1[7]=0.001;
1367   rotAngles2[2]=0.001;rotAngles2[6]=-0.001;
1368   rotAngles3[1]=0.001;rotAngles3[3]=-0.001;
1369   matrixRot->SetRotation(rotAngles0);
1370   rot0->SetAlignGlobal(matrixRot);
1371   matrixRot->SetRotation(rotAngles1);
1372   rot1->SetAlignGlobal(matrixRot);
1373   matrixRot->SetRotation(rotAngles2);
1374   rot2->SetAlignGlobal(matrixRot);
1375   matrixRot->SetRotation(rotAngles3);
1376   rot3->SetAlignGlobalDelta(matrixRot);
1377   //
1378   trans0->SetAlignGlobal(matrixX);
1379   trans1->SetAlignGlobal(matrixY);
1380   trans0D->SetAlignGlobalDelta(matrixX);
1381   trans1D->SetAlignGlobalDelta(matrixY);
1382   fitExBTwistX->Init();
1383   fitExBTwistY->Init();
1384   //
1385   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistX->Clone()),100);
1386   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwistY->Clone()),101);
1387   //
1388   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot0->Clone()),102);
1389   fitExBTwistY->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot1->Clone()),103);
1390   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot2->Clone()),104);
1391   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(rot3->Clone()),105);
1392
1393   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0->Clone()),106);
1394   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1->Clone()),107);
1395   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans0D->Clone()),108);
1396   fitExBTwistX->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(trans1D->Clone()),109);
1397   //
1398   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistX", "AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,100,ptype)+0");
1399   fAlignTree->SetAlias("FExBTwistY","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,101,ptype)+0");
1400   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,102,ptype)+0");
1401   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,105,ptype)+0");
1402   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,103,ptype)+0");
1403   fAlignTree->SetAlias("FAlignRot2","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,104,ptype)+0");
1404   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,106,ptype)+0");
1405   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,107,ptype)+0");
1406   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans0D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,108,ptype)+0");
1407   fAlignTree->SetAlias("FAlignTrans1D","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,109,ptype)+0");
1408   //
1409   // test fast function
1410   //
1411 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistX:ExBTwistX","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1412 //   fAlignTree->Draw("FExBTwistY:ExBTwistY","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1413 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot0:alignRot0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1414 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot1:alignRot1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1415 //   fAlignTree->Draw("FAlignRot2:alignRot2","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1416 //   //
1417 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans0:alignTrans0","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1418 //   fAlignTree->Draw("FAlignTrans1:alignTrans1","isITS&&ptype==0&&abs(snp)<0.05","");
1419
1420 }
1421
1422
1423 void AliTPCPreprocessorOffline::CreateAlignTime(TString fstring, TVectorD paramC){
1424   //
1425   //
1426   //
1427   //
1428   TGeoHMatrix *matrixDelta     = new TGeoHMatrix;
1429   TGeoHMatrix *matrixGlobal    = new TGeoHMatrix;
1430   Double_t rAngles[9];
1431   Int_t index=0;
1432   //
1433   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans0D");
1434   if (index>=0) matrixDelta->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1435   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignTrans1D");
1436   if (index>=0) matrixDelta->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1437   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1438   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"FAlignRot0D");
1439   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1440   rAngles[5]=0; rAngles[7] =0;
1441   rAngles[2]=0; rAngles[6] =0;
1442   matrixDelta->SetRotation(rAngles);
1443   //
1444   //
1445   //
1446   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans0");
1447   if (index>=0) matrixGlobal->SetDx(paramC[index+1]*0.1);
1448   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignTrans1");
1449   if (index>=0) matrixGlobal->SetDy(paramC[index+1]*0.1);
1450   rAngles[0]=1; rAngles[4]=1; rAngles[8]=1;
1451   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot0");
1452   rAngles[1]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[3]=paramC[index+1]*0.001;
1453   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot1");
1454   rAngles[5]=-paramC[index+1]*0.001; rAngles[7]=paramC[index+1]*0.001;
1455   index=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"hasITS*FAlignRot2");
1456   rAngles[2]=paramC[index+1]*0.001; rAngles[6] =-paramC[index+1]*0.001;
1457   matrixGlobal->SetRotation(rAngles);
1458   //
1459   AliTPCCalibGlobalMisalignment *fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1460   fitAlignTime  =new  AliTPCCalibGlobalMisalignment;
1461   fitAlignTime->SetName("FitAlignTime");
1462   fitAlignTime->SetTitle("FitAlignTime");
1463   fitAlignTime->SetAlignGlobalDelta(matrixDelta);
1464   fitAlignTime->SetAlignGlobal(matrixGlobal);
1465   //
1466   AliTPCExBTwist * fitExBTwist= new  AliTPCExBTwist;
1467   Int_t indexX=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistX");
1468   Int_t indexY=TStatToolkit::GetFitIndex(fstring,"ExBTwistY");
1469   fitExBTwist->SetXTwist(0.001*paramC[indexX+1]);  // 1 mrad twist in x
1470   fitExBTwist->SetYTwist(0.001*paramC[indexY+1]);  // 1 mrad twist in x
1471   fitExBTwist->SetName("FitExBTwistTime");
1472   fitExBTwist->SetTitle("FitExBTwistTime");
1473   AliTPCParam *param= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1474   Double_t bzField=AliTrackerBase::GetBz();
1475   Double_t vdrift = param->GetDriftV()/1000000.; // [cm/us]   // From dataBase: to be updated: per second (ideally)
1476
1477   Double_t ezField = 400; // [V/cm]   // to be updated: never (hopefully)
1478   Double_t wt = -10.0 * (bzField) * vdrift /  ezField ;
1479   //
1480   fitExBTwist->SetOmegaTauT1T2(wt,1,1);
1481   fitExBTwist->Init();
1482
1483   AliTPCComposedCorrection *corrTime =  new AliTPCComposedCorrection;
1484   TObjArray *arr = new TObjArray;
1485   corrTime->SetCorrections(arr);
1486
1487   corrTime->GetCorrections()->Add(fitExBTwist);
1488   corrTime->GetCorrections()->Add(fitAlignTime);
1489   corrTime->SetName("FitCorrectionTime");
1490   corrTime->SetTitle("FitCorrectionTime");
1491
1492   fitExBTwist->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitExBTwist->Clone()),1001);
1493   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(fitAlignTime->Clone()),1002);
1494   fitAlignTime->AddVisualCorrection((AliTPCExBTwist*)(corrTime->Clone()),1003);
1495
1496
1497   fAlignTree->SetAlias("ExBTwistTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1001,ptype)+0");
1498   fAlignTree->SetAlias("AlignTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1002,ptype)+0");
1499   fAlignTree->SetAlias("FitCorrectionTime","AliTPCPreprocessorOffline::EvalAt(phi,refX,theta,1003,ptype)+0");
1500
1501
1502   TFile *f = new TFile("fitITSVertex.root","update");
1503   corrTime->Write("FitCorrectionTime");
1504   f->Close();
1505 }
1506
1507
1508
1509