TPC/AliTPCcalibAlign.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 //     Class to make a internal alignemnt of TPC chambers                    //
  20 //
  21 //     Requierements - Warnings:
  22 //     1. Before using this componenent the magnetic filed has to be set properly //
  23 //     2. The systematic effects  - unlinearities has to be understood
  24 //
  25 //     If systematic and unlinearities are not under control
  26 //     the alignment is just effective alignment. Not second order corrction
  27 //     are calculated.
  28 //
  29 //     The histograming of the edge effects and unlineratities integral part
  30 //     of the component (currently only in debug stream)
  31 //
  32 //     3 general type of linear transformation investigated (see bellow)
  33 //
  34 //     By default only 6 parameter alignment to be used - other just for QA purposes
  35
  36 //     Different linear tranformation investigated
  37 //     12 parameters - arbitrary linear transformation
  38 //                     a00  a01 a02  a03     p[0]   p[1]  p[2]  p[9]
  39 //                     a10  a11 a12  a13 ==> p[3]   p[4]  p[5]  p[10]
  40 //                     a20  a21 a22  a23     p[6]   p[7]  p[8]  p[11]
  41 //
  42 //      9 parameters - scaling fixed to 1
  43 //                     a00  a01  a02 a03     1      p[0]  p[1]   p[6]
  44 //                     a10  a11  a12 a13 ==> p[2]   1     p[3]   p[7]
  45 //                     a20  a21  a22 a23     p[4]   p[5]  1      p[8]
  46 //
  47 //      6 parameters - x-y rotation x-z, y-z tiliting
  48 //                     a00  a01  a02 a03     1     -p[0]  0     p[3]
  49 //                     a10  a11  a12 a13 ==> p[0]   1     0     p[4]
  50 //                     a20  a21  a22 a23     p[1]   p[2]  1     p[5]
  51 //
  52 //
  53 //      Debug stream supported
  54 //      0. Align    - The main output of the Alignment component
  55 //                  - Used for visualization of the misalignment between sectors
  56 //                  - Results of the missalignment fit and the mean and sigmas of histograms
  57 //                   stored there
  58 //      1. Tracklet - StreamLevel >1
  59 //                  - Dump all information about tracklet match from sector1 to sector 2
  60 //                  - Default histogram residulas created in parallel
  61 //                  - Check this streamer in case of suspicious content of these histograms
  62 //      2. Track    - StreamLevel>5
  63 //                  - For debugging of the edge effects
  64 //                  - All information  - extrapolation inside of one sectors
  65 //                  - Created in order to distinguish between unlinearities inside of o
  66 //                    sector and  missalignment
  67
  68 //
  69 //
  70 /*
  71   gSystem->AddIncludePath("-I$ALICE_ROOT/TPC/macros");
  72   gROOT->LoadMacro("$ALICE_ROOT/TPC/macros/AliXRDPROOFtoolkit.cxx+")
  73   AliXRDPROOFtoolkit tool;
  74   TChain * chain = tool.MakeChain("align.txt","Track",0,10200);
  75   chain->Lookup();
  76   TCut cutA("abs(tp1.fP[1]-tp2.fP[1])<0.3&&abs(tp1.fP[0]-tp2.fP[0])<0.15&&abs(tp1.fP[3]-tp2.fP[3])<0.01&&abs(tp1.fP[2]-tp2.fP[2])<0.01");
  77   TCut cutS("s1%36==s2%36");
  78
  79   .x ~/UliStyle.C
  80   .x $ALICE_ROOT/macros/loadlibsREC.C
  81
  82   gSystem->Load("$ROOTSYS/lib/libXrdClient.so");
  83   gSystem->Load("libProof");
  84   gSystem->Load("libANALYSIS");
  85   gSystem->Load("libSTAT");
  86   gSystem->Load("libTPCcalib");
  87   //
  88   // compare reference
  89   TFile fcalib("CalibObjects.root");
  90   TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
  91
  92   AliTPCcalibAlign * align = ( AliTPCcalibAlign *)array->FindObject("alignTPC");
  93   //
  94   //
  95   align->EvalFitters();
  96   align->MakeTree("alignTree.root");
  97   TFile falignTree("alignTree.root");
  98   TTree * treeAlign = (TTree*)falignTree.Get("Align");
  99
 100
 101 */
 102
 103 ////
 104 ////
 105
 106 #include "TLinearFitter.h"
 107 #include "AliTPCcalibAlign.h"
 108 #include "AliTPCROC.h"
 109 #include "AliTPCPointCorrection.h"
 110 #include "AliTrackPointArray.h"
 111
 112 #include "AliExternalTrackParam.h"
 113 #include "AliESDEvent.h"
 114 #include "AliESDfriend.h"
 115 #include "AliESDtrack.h"
 116
 117 #include "AliTPCTracklet.h"
 118 #include "TH1D.h"
 119 #include "TH2F.h"
 120 #include "THnSparse.h"
 121 #include "TVectorD.h"
 122 #include "TTreeStream.h"
 123 #include "TFile.h"
 124 #include "TTree.h"
 125 #include "TF1.h"
 126 #include "TGraphErrors.h"
 127 #include "AliTPCclusterMI.h"
 128 #include "AliTPCseed.h"
 129 #include "AliTracker.h"
 130 #include "TClonesArray.h"
 131 #include "AliExternalComparison.h"
 132 #include "AliLog.h"
 133 #include "TFile.h"
 134 #include "TProfile.h"
 135 #include "TCanvas.h"
 136 #include "TLegend.h"
 137
 138
 139 #include "TTreeStream.h"
 140 #include <iostream>
 141 #include <sstream>
 142 using namespace std;
 143
 144 AliTPCcalibAlign* AliTPCcalibAlign::fgInstance = 0;
 145 ClassImp(AliTPCcalibAlign)
 146
 147
 148
 149
 150 AliTPCcalibAlign* AliTPCcalibAlign::Instance()
 151 {
 152   //
 153   // Singleton implementation
 154   // Returns an instance of this class, it is created if neccessary
 155   //
 156   if (fgInstance == 0){
 157     fgInstance = new AliTPCcalibAlign();
 158   }
 159   return fgInstance;
 160 }
 161
 162
 163
 164
 165 AliTPCcalibAlign::AliTPCcalibAlign()
 166   :  AliTPCcalibBase(),
 167      fDphiHistArray(72*72),
 168      fDthetaHistArray(72*72),
 169      fDyHistArray(72*72),
 170      fDzHistArray(72*72),
 171      //
 172      fDyPhiHistArray(72*72),      // array of residual histograms  y     -kYPhi
 173      fDzThetaHistArray(72*72),    // array of residual histograms  z-z   -kZTheta
 174      fDphiZHistArray(72*72),      // array of residual histograms  phi   -kPhiz
 175      fDthetaZHistArray(72*72),    // array of residual histograms  theta -kThetaz
 176      fDyZHistArray(72*72),        // array of residual histograms  y     -kYz
 177      fDzZHistArray(72*72),        // array of residual histograms  z     -kZz
 178      fFitterArray12(72*72),
 179      fFitterArray9(72*72),
 180      fFitterArray6(72*72),
 181      fMatrixArray12(72*72),
 182      fMatrixArray9(72*72),
 183      fMatrixArray6(72*72),
 184      fCombinedMatrixArray6(72),
 185      fCompTracklet(0),             // tracklet comparison
 186      fNoField(kFALSE),
 187      fXIO(0),
 188      fXmiddle(0),
 189      fXquadrant(0),
 190      fArraySectorIntParam(36), // array of sector alignment parameters
 191      fArraySectorIntCovar(36), // array of sector alignment covariances
 192      //
 193      // Kalman filter for global alignment
 194      //
 195      fSectorParamA(0),     // Kalman parameter   for A side
 196      fSectorCovarA(0),     // Kalman covariance  for A side
 197      fSectorParamC(0),     // Kalman parameter   for A side
 198      fSectorCovarC(0),     // Kalman covariance  for A side
 199      fUseInnerOuter(kTRUE)// flag- use Inner Outer sector for left righ alignment
 200 {
 201   //
 202   // Constructor
 203   //
 204   for (Int_t i=0;i<72*72;++i) {
 205     fPoints[i]=0;
 206   }
 207   AliTPCROC * roc = AliTPCROC::Instance();
 208   fXquadrant = roc->GetPadRowRadii(36,53);
 209   fXmiddle   = ( roc->GetPadRowRadii(0,0)+roc->GetPadRowRadii(36,roc->GetNRows(36)-1))*0.5;
 210   fXIO       = ( roc->GetPadRowRadii(0,roc->GetNRows(0)-1)+roc->GetPadRowRadii(36,0))*0.5;
 211   fClusterDelta[0]=0;   // cluster residuals
 212   fClusterDelta[1]=0;   // cluster residuals
 213   fClusterDelta[2]=0;   // cluster residuals - vertex constrained
 214   fClusterDelta[3]=0;   // cluster residuals
 215   fClusterDelta[4]=0;   // cluster residuals - ITS constrained
 216   fClusterDelta[5]=0;   // cluster residuals
 217 }
 218
 219 AliTPCcalibAlign::AliTPCcalibAlign(const Text_t *name, const Text_t *title)
 220   :AliTPCcalibBase(),
 221    fDphiHistArray(72*72),
 222    fDthetaHistArray(72*72),
 223    fDyHistArray(72*72),
 224    fDzHistArray(72*72),
 225    fDyPhiHistArray(72*72),      // array of residual histograms  y     -kYPhi
 226    fDzThetaHistArray(72*72),    // array of residual histograms  z-z   -kZTheta
 227    fDphiZHistArray(72*72),      // array of residual histograms  phi   -kPhiz
 228    fDthetaZHistArray(72*72),    // array of residual histograms  theta -kThetaz
 229    fDyZHistArray(72*72),        // array of residual histograms  y     -kYz
 230    fDzZHistArray(72*72),        // array of residual histograms  z     -kZz     //
 231    fFitterArray12(72*72),
 232    fFitterArray9(72*72),
 233    fFitterArray6(72*72),
 234    fMatrixArray12(72*72),
 235    fMatrixArray9(72*72),
 236    fMatrixArray6(72*72),
 237    fCombinedMatrixArray6(72),
 238    fCompTracklet(0),             // tracklet comparison
 239    fNoField(kFALSE),
 240    fXIO(0),
 241    fXmiddle(0),
 242    fXquadrant(0),
 243    fArraySectorIntParam(36), // array of sector alignment parameters
 244    fArraySectorIntCovar(36), // array of sector alignment covariances
 245    //
 246    // Kalman filter for global alignment
 247    //
 248    fSectorParamA(0),     // Kalman parameter   for A side
 249    fSectorCovarA(0),     // Kalman covariance  for A side
 250    fSectorParamC(0),     // Kalman parameter   for A side
 251    fSectorCovarC(0),     // Kalman covariance  for A side
 252    fUseInnerOuter(kTRUE)// flag- use Inner Outer sector for left righ alignment
 253
 254 {
 255   //
 256   // Constructor
 257   //
 258   SetName(name);
 259   SetTitle(title);
 260   for (Int_t i=0;i<72*72;++i) {
 261     fPoints[i]=0;
 262   }
 263   AliTPCROC * roc = AliTPCROC::Instance();
 264   fXquadrant = roc->GetPadRowRadii(36,53);
 265   fXmiddle   = ( roc->GetPadRowRadii(0,0)+roc->GetPadRowRadii(36,roc->GetNRows(36)-1))*0.5;
 266   fXIO       = ( roc->GetPadRowRadii(0,roc->GetNRows(0)-1)+roc->GetPadRowRadii(36,0))*0.5;
 267   fClusterDelta[0]=0;   // cluster residuals
 268   fClusterDelta[1]=0;   // cluster residuals
 269   fClusterDelta[2]=0;   // cluster residuals - vertex constrained
 270   fClusterDelta[3]=0;   // cluster residuals
 271   fClusterDelta[4]=0;   // cluster residuals - ITS constrained
 272   fClusterDelta[5]=0;   // cluster residuals
 273
 274
 275
 276 }
 277
 278
 279 AliTPCcalibAlign::AliTPCcalibAlign(const AliTPCcalibAlign &align)
 280   :AliTPCcalibBase(align),
 281    fDphiHistArray(align.fDphiHistArray),
 282    fDthetaHistArray(align.fDthetaHistArray),
 283    fDyHistArray(align.fDyHistArray),
 284    fDzHistArray(align.fDzHistArray),
 285    fDyPhiHistArray(align.fDyPhiHistArray),      // array of residual histograms  y     -kYPhi
 286    fDzThetaHistArray(align.fDzThetaHistArray),    // array of residual histograms  z-z   -kZTheta
 287    fDphiZHistArray(align.fDphiZHistArray),      // array of residual histograms  phi   -kPhiz
 288    fDthetaZHistArray(align.fDthetaZHistArray),    // array of residual histograms  theta -kThetaz
 289    fDyZHistArray(align.fDyZHistArray),        // array of residual histograms  y     -kYz
 290    fDzZHistArray(align.fDzZHistArray),        // array of residual histograms  z     -kZz
 291    //
 292    fFitterArray12(align.fFitterArray12),
 293    fFitterArray9(align.fFitterArray9),
 294    fFitterArray6(align.fFitterArray6),
 295
 296    fMatrixArray12(align.fMatrixArray12),
 297    fMatrixArray9(align.fMatrixArray9),
 298    fMatrixArray6(align.fMatrixArray6),
 299    fCombinedMatrixArray6(align.fCombinedMatrixArray6),
 300    fCompTracklet(align.fCompTracklet),             // tracklet comparison
 301    fNoField(align.fNoField),
 302    fXIO(align.fXIO),
 303    fXmiddle(align.fXmiddle),
 304    fXquadrant(align.fXquadrant),
 305    fArraySectorIntParam(align.fArraySectorIntParam), // array of sector alignment parameters
 306    fArraySectorIntCovar(align.fArraySectorIntCovar), // array of sector alignment covariances
 307    fSectorParamA(0),     // Kalman parameter   for A side
 308    fSectorCovarA(0),     // Kalman covariance  for A side
 309    fSectorParamC(0),     // Kalman parameter   for A side
 310    fSectorCovarC(0),      // Kalman covariance  for A side
 311   fUseInnerOuter(kTRUE)// flag- use Inner Outer sector for left righ alignment
 312
 313 {
 314   //
 315   // copy constructor - copy also the content
 316   //
 317   TH1 * his = 0;
 318   TObjArray * arr0=0;
 319   const TObjArray *arr1=0;
 320   for (Int_t index =0; index<72*72; index++){
 321     for (Int_t iarray=0;iarray<10; iarray++){
 322       if (iarray==kY){
 323         arr0 = &fDyHistArray;
 324         arr1 = &align.fDyHistArray;
 325       }
 326       if (iarray==kZ){
 327         arr0 = &fDzHistArray;
 328         arr1 = &align.fDzHistArray;
 329       }
 330       if (iarray==kPhi){
 331         arr0 = &fDphiHistArray;
 332         arr1 = &align.fDphiHistArray;
 333       }
 334       if (iarray==kTheta){
 335         arr0 = &fDthetaHistArray;
 336         arr1 = &align.fDthetaHistArray;
 337       }
 338       if (iarray==kYz){
 339         arr0 = &fDyZHistArray;
 340         arr1 = &align.fDyZHistArray;
 341       }
 342       if (iarray==kZz){
 343         arr0 = &fDzZHistArray;
 344         arr1 = &align.fDzZHistArray;
 345       }
 346       if (iarray==kPhiZ){
 347         arr0 = &fDphiZHistArray;
 348         arr1 = &align.fDphiZHistArray;
 349       }
 350       if (iarray==kThetaZ){
 351         arr0 = &fDthetaZHistArray;
 352         arr1 = &align.fDthetaZHistArray;
 353       }
 354
 355       if (iarray==kYPhi){
 356         arr0 = &fDyPhiHistArray;
 357         arr1 = &align.fDyPhiHistArray;
 358       }
 359       if (iarray==kZTheta){
 360         arr0 = &fDzThetaHistArray;
 361         arr1 = &align.fDzThetaHistArray;
 362       }
 363
 364       if (arr1->At(index)) {
 365         his = (TH1*)arr1->At(index)->Clone();
 366         his->SetDirectory(0);
 367         arr0->AddAt(his,index);
 368       }
 369     }
 370   }
 371   //
 372   //
 373   //
 374   if (align.fSectorParamA){
 375     fSectorParamA = (TMatrixD*)align.fSectorParamA->Clone();
 376     fSectorParamA = (TMatrixD*)align.fSectorCovarA->Clone();
 377     fSectorParamC = (TMatrixD*)align.fSectorParamA->Clone();
 378     fSectorParamC = (TMatrixD*)align.fSectorCovarA->Clone();
 379   }
 380   fClusterDelta[0]=0;   // cluster residuals
 381   fClusterDelta[1]=0;   // cluster residuals
 382   fClusterDelta[2]=0;   // cluster residuals - vertex constrained
 383   fClusterDelta[3]=0;   // cluster residuals
 384   fClusterDelta[4]=0;   // cluster residuals - ITS constrained
 385   fClusterDelta[5]=0;   // cluster residuals
 386
 387 }
 388
 389
 390 AliTPCcalibAlign::~AliTPCcalibAlign() {
 391   //
 392   // destructor
 393   //
 394   fDphiHistArray.SetOwner(kTRUE);    // array of residual histograms  phi      -kPhi
 395   fDthetaHistArray.SetOwner(kTRUE);  // array of residual histograms  theta    -kTheta
 396   fDyHistArray.SetOwner(kTRUE);      // array of residual histograms  y        -kY
 397   fDzHistArray.SetOwner(kTRUE);      // array of residual histograms  z        -kZ
 398   //
 399   fDyPhiHistArray.SetOwner(kTRUE);      // array of residual histograms  y     -kYPhi
 400   fDzThetaHistArray.SetOwner(kTRUE);    // array of residual histograms  z-z   -kZTheta
 401   //
 402   fDphiZHistArray.SetOwner(kTRUE);      // array of residual histograms  phi   -kPhiz
 403   fDthetaZHistArray.SetOwner(kTRUE);    // array of residual histograms  theta -kThetaz
 404   fDyZHistArray.SetOwner(kTRUE);        // array of residual histograms  y     -kYz
 405   fDzZHistArray.SetOwner(kTRUE);        // array of residual histograms  z     -kZz
 406
 407   fDphiHistArray.Delete();    // array of residual histograms  phi      -kPhi
 408   fDthetaHistArray.Delete();  // array of residual histograms  theta    -kTheta
 409   fDyHistArray.Delete();      // array of residual histograms  y        -kY
 410   fDzHistArray.Delete();      // array of residual histograms  z        -kZ
 411   //
 412   fDyPhiHistArray.Delete();      // array of residual histograms  y     -kYPhi
 413   fDzThetaHistArray.Delete();    // array of residual histograms  z-z   -kZTheta
 414   //
 415   fDphiZHistArray.Delete();      // array of residual histograms  phi   -kPhiz
 416   fDthetaZHistArray.Delete();    // array of residual histograms  theta -kThetaz
 417   fDyZHistArray.Delete();        // array of residual histograms  y     -kYz
 418   fDzZHistArray.Delete();        // array of residual histograms  z     -kZz
 419
 420   fFitterArray12.SetOwner(kTRUE);    // array of fitters
 421   fFitterArray9.SetOwner(kTRUE);     // array of fitters
 422   fFitterArray6.SetOwner(kTRUE);     // array of fitters
 423   //
 424   fMatrixArray12.SetOwner(kTRUE);    // array of transnformtation matrix
 425   fMatrixArray9.SetOwner(kTRUE);     // array of transnformtation matrix
 426   fMatrixArray6.SetOwner(kTRUE);     // array of transnformtation matrix
 427   //
 428   fFitterArray12.Delete();    // array of fitters
 429   fFitterArray9.Delete();     // array of fitters
 430   fFitterArray6.Delete();     // array of fitters
 431   //
 432   fMatrixArray12.Delete();    // array of transnformtation matrix
 433   fMatrixArray9.Delete();     // array of transnformtation matrix
 434   fMatrixArray6.Delete();     // array of transnformtation matrix
 435
 436   if (fCompTracklet) delete fCompTracklet;
 437
 438   fArraySectorIntParam.SetOwner(kTRUE); // array of sector alignment parameters
 439   fArraySectorIntCovar.SetOwner(kTRUE); // array of sector alignment covariances
 440   fArraySectorIntParam.Delete(); // array of sector alignment parameters
 441   fArraySectorIntCovar.Delete(); // array of sector alignment covariances
 442   for (Int_t i=0; i<6; i++){
 443     delete fClusterDelta[i];   // cluster residuals
 444   }
 445 }
 446
 447 void AliTPCcalibAlign::Process(AliESDEvent *event) {
 448   //
 449   // Process pairs of cosmic tracks
 450   //
 451   if (!fClusterDelta[0])  MakeResidualHistos();
 452   //
 453   fCurrentEvent=event;
 454   ExportTrackPoints(event);  // export track points for external calibration
 455   const Int_t kMaxTracks =6;
 456   const Int_t kminCl = 40;
 457   AliESDfriend *ESDfriend=static_cast<AliESDfriend*>(event->FindListObject("AliESDfriend"));
 458   if (!ESDfriend) return;
 459   Int_t ntracks=event->GetNumberOfTracks();
 460   Float_t dca0[2];
 461   Float_t dca1[2];
 462   //
 463   //
 464   // process seeds
 465   //
 466   for (Int_t i0=0;i0<ntracks;++i0) {
 467     AliESDtrack *track0 = event->GetTrack(i0);
 468     AliESDfriendTrack *friendTrack = 0;
 469     TObject *calibObject=0;
 470     AliTPCseed *seed0 = 0;
 471     //
 472     friendTrack = (AliESDfriendTrack *)ESDfriend->GetTrack(i0);;
 473     for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
 474       if ((seed0=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
 475     }
 476     if (!seed0) continue;
 477     fCurrentTrack=track0;
 478     fCurrentSeed=seed0;
 479     fCurrentEvent=event;
 480     ProcessSeed(seed0);
 481   }
 482   //
 483   // process cosmic pairs
 484   //
 485   if (ntracks>kMaxTracks) return;
 486   //
 487   //select pairs - for alignment
 488   for (Int_t i0=0;i0<ntracks;++i0) {
 489     AliESDtrack *track0 = event->GetTrack(i0);
 490     //    if (track0->GetTPCNcls()<kminCl) continue;
 491     track0->GetImpactParameters(dca0[0],dca0[1]);
 492     //    if (TMath::Abs(dca0[0])>30) continue;
 493     //
 494     for (Int_t i1=0;i1<ntracks;++i1) {
 495       if (i0==i1) continue;
 496       AliESDtrack *track1 = event->GetTrack(i1);
 497       //      if (track1->GetTPCNcls()<kminCl) continue;
 498       track1->GetImpactParameters(dca1[0],dca1[1]);
 499       // fast cuts on dca and theta
 500       //      if (TMath::Abs(dca1[0]+dca0[0])>15) continue;
 501       //      if (TMath::Abs(dca1[1]-dca0[1])>15) continue;
 502       if (TMath::Abs(track0->GetParameter()[3]+track1->GetParameter()[3])>0.1) continue;
 503       //
 504       AliESDfriendTrack *friendTrack = 0;
 505       TObject *calibObject=0;
 506       AliTPCseed *seed0 = 0,*seed1=0;
 507       //
 508       friendTrack = (AliESDfriendTrack *)ESDfriend->GetTrack(i0);;
 509       for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
 510         if ((seed0=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
 511       }
 512       friendTrack = (AliESDfriendTrack *)ESDfriend->GetTrack(i1);;
 513       for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
 514         if ((seed1=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
 515       }
 516       if (!seed0) continue;
 517       //
 518       //
 519       if (!seed1) continue;
 520       Int_t nclsectors0[72], nclsectors1[72];
 521       for (Int_t isec=0;isec<72;isec++){
 522         nclsectors0[isec]=0;
 523         nclsectors1[isec]=0;
 524       }
 525       for (Int_t i=0;i<160;i++){
 526         AliTPCclusterMI *c0=seed0->GetClusterPointer(i);
 527         AliTPCclusterMI *c1=seed1->GetClusterPointer(i);
 528         if (c0)  nclsectors0[c0->GetDetector()]+=1;
 529         if (c1)  nclsectors1[c1->GetDetector()]+=1;
 530       }
 531
 532       for (Int_t isec0=0; isec0<72;isec0++){
 533         if (nclsectors0[isec0]<kminCl) continue;
 534         for (Int_t isec1=0; isec1<72;isec1++){
 535           if (nclsectors1[isec1]<kminCl) continue;
 536           Int_t s0 = isec0;
 537           Int_t s1 = isec1;
 538           Double_t parLine0[10];
 539           Double_t parLine1[10];
 540           TMatrixD par0(4,1),cov0(4,4),par1(4,1),cov1(4,4);
 541           Bool_t useInnerOuter = kFALSE;
 542           if (s1%36!=s0%36) useInnerOuter = fUseInnerOuter;  // for left - right alignment both sectors refit can be used if specified
 543           Int_t nl0 = RefitLinear(seed0,s0, parLine0, s0,par0,cov0,fXIO,useInnerOuter);
 544           Int_t nl1 = RefitLinear(seed1,s1, parLine1, s0,par1,cov1,fXIO,useInnerOuter);
 545           parLine0[0]=0;  // reference frame in IO boundary
 546           parLine1[0]=0;
 547           //      if (nl0<kminCl || nl1<kminCl) continue;
 548           //
 549           //
 550           Bool_t isOK=kTRUE;
 551           if (TMath::Min(nl0,nl1)<kminCl) isOK=kFALSE;
 552           // apply selection criteria
 553           //
 554           Float_t dp0,dp1,dp3;
 555           Float_t pp0,pp1,pp3;
 556           dp0=par0(0,0)-par1(0,0);
 557           dp1=par0(1,0)-par1(1,0);
 558           dp3=par0(3,0)-par1(3,0);
 559           pp0=dp0/TMath::Sqrt(cov0(0,0)+cov1(0,0)+0.1*0.1);
 560           pp1=dp1/TMath::Sqrt(cov0(1,1)+cov1(1,1)+0.0015*0.0015);
 561           pp3=dp3/TMath::Sqrt(cov0(3,3)+cov1(3,3)+0.0015*0.0015);
 562           //
 563           if (TMath::Abs(dp0)>1.0)  isOK=kFALSE;
 564           if (TMath::Abs(dp1)>0.02) isOK=kFALSE;
 565           if (TMath::Abs(dp3)>0.02) isOK=kFALSE;
 566           if (TMath::Abs(pp0)>6)  isOK=kFALSE;
 567           if (TMath::Abs(pp1)>6) isOK=kFALSE;
 568           if (TMath::Abs(pp3)>6) isOK=kFALSE;
 569           //
 570           if (isOK){
 571             FillHisto(parLine0,parLine1,s0,s1);
 572             ProcessAlign(parLine0,parLine1,s0,s1);
 573             UpdateKalman(s0,s1,par0, cov0, par1, cov1);
 574           }
 575           if (fStreamLevel>0){
 576             TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
 577             if (cstream){
 578               (*cstream)<<"cosmic"<<
 579                 "isOK="<<isOK<<
 580                 "s0="<<s0<<
 581                 "s1="<<s1<<
 582                 "nl0="<<nl0<<
 583                 "nl1="<<nl1<<
 584                 "p0.="<<&par0<<
 585                 "p1.="<<&par1<<
 586                 "c0.="<<&cov0<<
 587                 "c1.="<<&cov1<<
 588                 "\n";
 589             }
 590           }
 591         }
 592       }
 593     }
 594   }
 595 }
 596
 597 void  AliTPCcalibAlign::ExportTrackPoints(AliESDEvent *event){
 598   //
 599   // Export track points for alignment - calibration
 600   // export space points for pairs of tracks if possible
 601   //
 602   AliESDfriend *ESDfriend=static_cast<AliESDfriend*>(event->FindListObject("AliESDfriend"));
 603   if (!ESDfriend) return;
 604   Int_t ntracks=event->GetNumberOfTracks();
 605   Int_t kMaxTracks=4;   // maximal number of tracks for cosmic pairs
 606   Int_t kMinVertexTracks=5;   // maximal number of tracks for vertex mesurement
 607
 608   //cuts
 609   const Int_t kminCl     = 60;
 610   const Int_t kminClSum  = 120;
 611   //const Double_t kDistY  = 5;
 612   // const Double_t kDistZ  = 40;
 613   const Double_t kDistTh = 0.05;
 614   const Double_t kDistThS = 0.002;
 615   const Double_t kDist1Pt = 0.1;
 616   const Double_t kMaxD0 =3;  // max distance to the primary vertex
 617   const Double_t kMaxD1 =5;  // max distance to the primary vertex
 618   const AliESDVertex *tpcVertex = 0;
 619   // get the primary vertex TPC
 620   if (ntracks>kMinVertexTracks) {
 621     tpcVertex = event->GetPrimaryVertexSPD();
 622     if (tpcVertex->GetNContributors()<kMinVertexTracks) tpcVertex=0;
 623   }
 624   //
 625   Float_t dca0[2];
 626   //  Float_t dca1[2];
 627   Int_t index0=0,index1=0;
 628   //
 629   for (Int_t i0=0;i0<ntracks;++i0) {
 630     AliESDtrack *track0 = event->GetTrack(i0);
 631     if (!track0) continue;
 632     if ((track0->GetStatus() & AliESDtrack::kTPCrefit)==0) continue;
 633     if (track0->GetOuterParam()==0) continue;
 634     if (track0->GetInnerParam()==0) continue;
 635     if (TMath::Abs(track0->GetInnerParam()->GetSigned1Pt()-track0->GetOuterParam()->GetSigned1Pt())>kDist1Pt) continue;
 636     if (TMath::Abs(track0->GetInnerParam()->GetSigned1Pt())>kDist1Pt) continue;
 637     if (TMath::Abs(track0->GetInnerParam()->GetTgl()-track0->GetOuterParam()->GetTgl())>kDistThS) continue;
 638     AliESDtrack *track1P = 0;
 639     if (track0->GetTPCNcls()<kminCl) continue;
 640     track0->GetImpactParameters(dca0[0],dca0[1]);
 641     index0=i0;
 642     index1=-1;
 643     //
 644     if (ntracks<kMaxTracks) for (Int_t i1=i0+1;i1<ntracks;++i1) {
 645       if (i0==i1) continue;
 646       AliESDtrack *track1 = event->GetTrack(i1);
 647       if (!track1) continue;
 648       if ((track1->GetStatus() & AliESDtrack::kTPCrefit)==0) continue;
 649       if (track1->GetOuterParam()==0) continue;
 650       if (track1->GetInnerParam()==0) continue;
 651       if (track1->GetTPCNcls()<kminCl) continue;
 652       if (TMath::Abs(track1->GetInnerParam()->GetSigned1Pt()-track1->GetOuterParam()->GetSigned1Pt())>kDist1Pt) continue;
 653       if (TMath::Abs(track1->GetInnerParam()->GetTgl()-track1->GetOuterParam()->GetTgl())>kDistThS) continue;
 654       if (TMath::Abs(track1->GetInnerParam()->GetSigned1Pt())>kDist1Pt) continue;
 655       //track1->GetImpactParameters(dca1[0],dca1[1]);
 656       //if (TMath::Abs(dca1[0]-dca0[0])>kDistY) continue;
 657       //if (TMath::Abs(dca1[1]-dca0[1])>kDistZ) continue;
 658       if (TMath::Abs(track0->GetTgl()+track1->GetTgl())>kDistTh) continue;
 659       if (TMath::Abs(track0->GetSigned1Pt()+track1->GetSigned1Pt())>kDist1Pt) continue;
 660       track1P = track1;
 661       index1=i1;
 662     }
 663     AliESDfriendTrack *friendTrack = 0;
 664     TObject *calibObject=0;
 665     AliTPCseed *seed0 = 0,*seed1=0;
 666     //
 667     friendTrack = (AliESDfriendTrack *)ESDfriend->GetTrack(index0);;
 668     for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
 669       if ((seed0=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
 670     }
 671     if (index1>0){
 672       friendTrack = (AliESDfriendTrack *)ESDfriend->GetTrack(index1);;
 673       for (Int_t l=0;(calibObject=friendTrack->GetCalibObject(l));++l) {
 674         if ((seed1=dynamic_cast<AliTPCseed*>(calibObject))) break;
 675       }
 676     }
 677     //
 678     Int_t npoints=0, ncont=0;
 679     if (seed0) {npoints+=seed0->GetNumberOfClusters(); ncont++;}
 680     if (seed1) {npoints+=seed1->GetNumberOfClusters(); ncont++;}
 681     if (npoints<kminClSum) continue;
 682     Int_t cpoint=0;
 683     AliTrackPointArray array(npoints);
 684     if (tpcVertex){
 685       Double_t dxyz[3]={0,0,0};
 686       Double_t dc[6]={0,0,0};
 687       tpcVertex->GetXYZ(dxyz);
 688       tpcVertex->GetCovarianceMatrix(dc);
 689       Float_t xyz[3]={dxyz[0],dxyz[1],dxyz[2]};
 690       Float_t cov[6]={dc[0]+1,dc[1],dc[2]+1,dc[3],dc[4],dc[5]+100.};
 691       AliTrackPoint point(xyz,cov,73);  // add point to not existing volume
 692       Float_t dtpc[2],dcov[3];
 693       track0->GetImpactParametersTPC(dtpc,dcov);
 694       if (TMath::Abs(dtpc[0])>kMaxD0) continue;
 695       if (TMath::Abs(dtpc[1])>kMaxD1) continue;
 696     }
 697
 698     if (seed0) for (Int_t icl = 0; icl<160; icl++){
 699       AliTPCclusterMI *cluster=seed0->GetClusterPointer(icl);
 700       if (!cluster) continue;
 701       Float_t xyz[3];
 702       Float_t cov[6];
 703       cluster->GetGlobalXYZ(xyz);
 704       cluster->GetGlobalCov(cov);
 705       AliTrackPoint point(xyz,cov,cluster->GetDetector());
 706       array.AddPoint(npoints, &point);
 707       if (cpoint>=npoints) continue;  //shoul not happen
 708       array.AddPoint(cpoint, &point);
 709       cpoint++;
 710     }
 711     if (seed1) for (Int_t icl = 0; icl<160; icl++){
 712       AliTPCclusterMI *cluster=seed1->GetClusterPointer(icl);
 713       if (!cluster) continue;
 714       Float_t xyz[3];
 715       Float_t cov[6];
 716       cluster->GetGlobalXYZ(xyz);
 717       cluster->GetGlobalCov(cov);
 718       AliTrackPoint point(xyz,cov,cluster->GetDetector());
 719       array.AddPoint(npoints, &point);
 720       if (cpoint>=npoints) continue;  //shoul not happen
 721       array.AddPoint(cpoint, &point);
 722       cpoint++;
 723     }
 724     //
 725     //
 726     //
 727     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
 728     if (cstream){
 729       Bool_t isVertex=(tpcVertex)? kTRUE:kFALSE;
 730       Double_t tof0=track0->GetTOFsignal();
 731       Double_t tof1=(track1P) ?  track1P->GetTOFsignal(): 0;
 732       static AliExternalTrackParam dummy;
 733       AliExternalTrackParam *p0In  = &dummy;
 734       AliExternalTrackParam *p1In  = &dummy;
 735       AliExternalTrackParam *p0Out = &dummy;
 736       AliExternalTrackParam *p1Out = &dummy;
 737       AliESDVertex vdummy;
 738       AliESDVertex *pvertex= (tpcVertex)? (AliESDVertex *)tpcVertex: &vdummy;
 739       if (track0) {
 740         p0In= new AliExternalTrackParam(*track0);
 741         p0Out=new AliExternalTrackParam(*(track0->GetOuterParam()));
 742       }
 743       if (track1P) {
 744         p1In= new AliExternalTrackParam(*track1P);
 745         p1Out=new AliExternalTrackParam(*(track1P->GetOuterParam()));
 746       }
 747
 748       (*cstream)<<"trackPoints"<<
 749         "run="<<fRun<<              //  run number
 750         "event="<<fEvent<<          //  event number
 751         "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
 752         "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
 753         "triggerClass="<<&fTriggerClass<<      //  trigger
 754         "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
 755         "pvertex.="<<pvertex<<      // vertex
 756         //
 757         "isVertex="<<isVertex<<     // flag is with prim vertex
 758         "tof0="<<tof0<<             // tof signal 0
 759         "tof1="<<tof1<<             // tof signal 1
 760         "seed0.="<<seed0<<          // track info
 761         "ntracks="<<ntracks<<       // number of tracks
 762         "ncont="<<ncont<<           // number of contributors
 763         "p0In.="<<p0In<<              // track parameters0
 764         "p1In.="<<p1In<<              // track parameters1
 765         "p0Out.="<<p0Out<<          // track parameters0
 766         "p1Out.="<<p1Out<<          // track parameters0
 767         "p.="<<&array<<
 768         "\n";
 769     }
 770   }
 771 }
 772
 773
 774
 775
 776 void AliTPCcalibAlign::ProcessSeed(AliTPCseed *seed) {
 777   //
 778   //
 779   //
 780   // make a kalman tracklets out of seed
 781   //
 782   TObjArray tracklets=
 783     AliTPCTracklet::CreateTracklets(seed,AliTPCTracklet::kKalman,
 784                                     kFALSE,20,4);
 785   tracklets.SetOwner();
 786   Int_t ntracklets = tracklets.GetEntries();
 787   if (ntracklets<2) return;
 788   //
 789   //
 790   for (Int_t i1=0;i1<ntracklets;i1++)
 791     for (Int_t i2=0;i2<ntracklets;i2++){
 792       if (i1==i2) continue;
 793       AliTPCTracklet *t1=static_cast<AliTPCTracklet*>(tracklets[i1]);
 794       AliTPCTracklet *t2=static_cast<AliTPCTracklet*>(tracklets[i2]);
 795       AliExternalTrackParam *common1=0,*common2=0;
 796       if (AliTPCTracklet::PropagateToMeanX(*t1,*t2,common1,common2)){
 797         ProcessTracklets(*common1,*common2,seed, t1->GetSector(),t2->GetSector());
 798         UpdateAlignSector(seed,t1->GetSector());
 799       }
 800       delete common1;
 801       delete common2;
 802     }
 803 }
 804
 805 void AliTPCcalibAlign::Analyze(){
 806   //
 807   // Analyze function
 808   //
 809   EvalFitters();
 810 }
 811
 812
 813 void AliTPCcalibAlign::Terminate(){
 814   //
 815   // Terminate function
 816   // call base terminate + Eval of fitters
 817   //
 818   Info("AliTPCcalibAlign","Terminate");
 819   EvalFitters();
 820   AliTPCcalibBase::Terminate();
 821 }
 822
 823
 824 void AliTPCcalibAlign::UpdatePointCorrection(AliTPCPointCorrection * correction){
 825   //
 826   // Update point correction with alignment coefficients
 827   //
 828   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++){
 829     TMatrixD * matCorr = (TMatrixD*)(correction->fArraySectorIntParam.At(isec));
 830     TMatrixD * matAlign = (TMatrixD*)(fArraySectorIntParam.At(isec));
 831     TMatrixD * matAlignCovar = (TMatrixD*)(fArraySectorIntCovar.At(isec));
 832     if (!matAlign) continue;
 833     if (!matCorr) {
 834       correction->fArraySectorIntParam.AddAt(matAlign->Clone(),isec);
 835       correction->fArraySectorIntCovar.AddAt(matAlignCovar->Clone(),isec);
 836       continue;
 837     }
 838     (*matCorr)+=(*matAlign);
 839     correction->fArraySectorIntCovar.AddAt(matAlignCovar->Clone(),isec);
 840   }
 841   //
 842
 843 }
 844
 845
 846 void AliTPCcalibAlign::ProcessTracklets(const AliExternalTrackParam &tp1,
 847                                         const AliExternalTrackParam &tp2,
 848                                         const AliTPCseed * seed,
 849                                         Int_t s1,Int_t s2) {
 850   //
 851   // Process function to fill fitters
 852   //
 853   Double_t t1[10],t2[10];
 854   Double_t &x1=t1[0], &y1=t1[1], &z1=t1[3], &dydx1=t1[2], &dzdx1=t1[4];
 855   Double_t &x2=t2[0], &y2=t2[1], &z2=t2[3], &dydx2=t2[2], &dzdx2=t2[4];
 856   x1   =tp1.GetX();
 857   y1   =tp1.GetY();
 858   z1   =tp1.GetZ();
 859   Double_t snp1=tp1.GetSnp();
 860   dydx1=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
 861   Double_t tgl1=tp1.GetTgl();
 862   // dz/dx = 1/(cos(theta)*cos(phi))
 863   dzdx1=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
 864   x2   =tp2.GetX();
 865   y2   =tp2.GetY();
 866   z2   =tp2.GetZ();
 867   Double_t snp2=tp2.GetSnp();
 868   dydx2=snp2/TMath::Sqrt((1.-snp2)*(1.+snp2));
 869   Double_t tgl2=tp2.GetTgl();
 870   dzdx2=tgl2/TMath::Sqrt((1.-snp2)*(1.+snp2));
 871
 872   //
 873   // Kalman parameters
 874   //
 875   t1[0]-=fXIO;
 876   t2[0]-=fXIO;
 877   // errors
 878   t1[5]=0; t2[5]=0;
 879   t1[6]=TMath::Sqrt(tp1.GetSigmaY2());
 880   t1[7]=TMath::Sqrt(tp1.GetSigmaSnp2());
 881   t1[8]=TMath::Sqrt(tp1.GetSigmaZ2());
 882   t1[9]=TMath::Sqrt(tp1.GetSigmaTgl2());
 883
 884   t2[6]=TMath::Sqrt(tp2.GetSigmaY2());
 885   t2[7]=TMath::Sqrt(tp2.GetSigmaSnp2());
 886   t2[8]=TMath::Sqrt(tp2.GetSigmaZ2());
 887   t2[9]=TMath::Sqrt(tp2.GetSigmaTgl2());
 888   //
 889   // linear parameters
 890   //
 891   Double_t parLine1[10];
 892   Double_t parLine2[10];
 893   TMatrixD par1(4,1),cov1(4,4),par2(4,1),cov2(4,4);
 894   Bool_t useInnerOuter = kFALSE;
 895   if (s1%36!=s2%36) useInnerOuter = fUseInnerOuter;  // for left - right alignment bot sectors refit can be used if specified
 896   Int_t nl1 = RefitLinear(seed,s1, parLine1, s1,par1,cov1,tp1.GetX(), useInnerOuter);
 897   Int_t nl2 = RefitLinear(seed,s2, parLine2, s1,par2,cov2,tp1.GetX(), useInnerOuter);
 898   parLine1[0]=tp1.GetX()-fXIO;   // parameters in  IROC-OROC boundary
 899   parLine2[0]=tp1.GetX()-fXIO;   // parameters in  IROC-OROC boundary
 900   //
 901   //
 902   //
 903   Int_t accept       =   AcceptTracklet(tp1,tp2);
 904   Int_t acceptLinear =   AcceptTracklet(parLine1,parLine2);
 905
 906   if (fStreamLevel>1 && seed){
 907     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
 908     if (cstream){
 909       static TVectorD vec1(5);
 910       static TVectorD vec2(5);
 911       static TVectorD vecL1(9);
 912       static TVectorD vecL2(9);
 913       vec1.SetElements(t1);
 914       vec2.SetElements(t2);
 915       vecL1.SetElements(parLine1);
 916       vecL2.SetElements(parLine2);
 917       AliExternalTrackParam *p1 = &((AliExternalTrackParam&)tp1);
 918       AliExternalTrackParam *p2 = &((AliExternalTrackParam&)tp2);
 919       (*cstream)<<"Tracklet"<<
 920         "accept="<<accept<<
 921         "acceptLinear="<<acceptLinear<<  // accept linear tracklets
 922         "run="<<fRun<<              //  run number
 923         "event="<<fEvent<<          //  event number
 924         "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
 925         "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
 926         "triggerClass="<<&fTriggerClass<<      //  trigger
 927         "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
 928         "isOK="<<accept<<           //  flag - used for alignment
 929         "tp1.="<<p1<<
 930         "tp2.="<<p2<<
 931         "v1.="<<&vec1<<
 932         "v2.="<<&vec2<<
 933         "s1="<<s1<<
 934         "s2="<<s2<<
 935         "nl1="<<nl1<<       // linear fit - n points
 936         "nl2="<<nl2<<       // linear fit - n points
 937         "vl1.="<<&vecL1<<   // linear fits
 938         "vl2.="<<&vecL2<<   // linear fits
 939         "\n";
 940     }
 941   }
 942   if (TMath::Abs(fMagF)<0.005){
 943     //
 944     // use Linear fit
 945     //
 946     if (nl1>10 && nl2>10 &&(acceptLinear==0)){
 947       if (seed) ProcessDiff(tp1,tp2, seed,s1,s2);
 948       if (TMath::Abs(parLine1[2])<0.8 &&TMath::Abs(parLine1[2])<0.8 ){ //angular cut
 949         FillHisto(parLine1,parLine2,s1,s2);
 950         ProcessAlign(parLine1,parLine2,s1,s2);
 951         UpdateKalman(s1,s2,par1, cov1, par2, cov2);
 952       }
 953     }
 954   }
 955   if (accept>0) return;
 956   //
 957   // fill resolution histograms - previous cut included
 958   if (TMath::Abs(fMagF)>0.005){
 959     //
 960     // use Kalman if mag field
 961     //
 962     if (seed) ProcessDiff(tp1,tp2, seed,s1,s2);
 963     FillHisto(t1,t2,s1,s2);
 964     ProcessAlign(t1,t2,s1,s2);
 965   }
 966 }
 967
 968 void AliTPCcalibAlign::ProcessAlign(Double_t * t1,
 969                                     Double_t * t2,
 970                                     Int_t s1,Int_t s2){
 971   //
 972   // Do intersector alignment
 973   //
 974   Process12(t1,t2,GetOrMakeFitter12(s1,s2));
 975   Process9(t1,t2,GetOrMakeFitter9(s1,s2));
 976   Process6(t1,t2,GetOrMakeFitter6(s1,s2));
 977   ++fPoints[GetIndex(s1,s2)];
 978 }
 979
 980 void AliTPCcalibAlign::ProcessTree(TTree * chainTracklet, AliExternalComparison *comp){
 981   //
 982   // Process the debug streamer tree
 983   // Possible to modify selection criteria
 984   // Used with entry list
 985   //
 986   TTreeSRedirector * cstream = new TTreeSRedirector("aligndump.root");
 987
 988   AliTPCcalibAlign *align = this;
 989   //
 990   TVectorD * vec1 = 0;
 991   TVectorD * vec2 = 0;
 992   AliExternalTrackParam * tp1 = 0;
 993   AliExternalTrackParam * tp2 = 0;
 994   Int_t      s1 = 0;
 995   Int_t      s2 = 0;
 996   Int_t npoints =0;
 997   {
 998     Int_t entries=chainTracklet->GetEntries();
 999     for (Int_t i=0; i< entries; i++){
1000       chainTracklet->GetBranch("tp1.")->SetAddress(&tp1);
1001       chainTracklet->GetBranch("tp2.")->SetAddress(&tp2);
1002       chainTracklet->GetBranch("v1.")->SetAddress(&vec1);
1003       chainTracklet->GetBranch("v2.")->SetAddress(&vec2);
1004       chainTracklet->GetBranch("s1")->SetAddress(&s1);
1005       chainTracklet->GetBranch("s2")->SetAddress(&s2);
1006       chainTracklet->GetEntry(i);
1007       if (!vec1) continue;
1008       if (!vec2) continue;
1009       if (!tp1) continue;
1010       if (!tp2) continue;
1011       if (!vec1->GetMatrixArray()) continue;
1012       if (!vec2->GetMatrixArray()) continue;
1013       // make a local copy
1014       AliExternalTrackParam par1(*tp1);
1015       AliExternalTrackParam par2(*tp2);
1016       TVectorD svec1(*vec1);
1017       TVectorD svec2(*vec2);
1018       //
1019       if (s1==s2) continue;
1020       if (i%100==0) printf("%d\t%d\t%d\t%d\t\n",i, npoints,s1,s2);
1021       AliExternalTrackParam  cpar1(par1);
1022       AliExternalTrackParam  cpar2(par2);
1023       Constrain1Pt(cpar1,par2,fNoField);
1024       Constrain1Pt(cpar2,par1,fNoField);
1025       Bool_t acceptComp = kFALSE;
1026       if (comp) acceptComp=comp->AcceptPair(&par1,&par2);
1027       if (comp) acceptComp&=comp->AcceptPair(&cpar1,&cpar2);
1028       //
1029       Int_t reject =   align->AcceptTracklet(par1,par2);
1030       Int_t rejectC =align->AcceptTracklet(cpar1,cpar2);
1031
1032       if (1||fStreamLevel>0){
1033         (*cstream)<<"Tracklet"<<
1034           "s1="<<s1<<
1035           "s2="<<s2<<
1036           "reject="<<reject<<
1037           "rejectC="<<rejectC<<
1038           "acceptComp="<<acceptComp<<
1039           "tp1.="<<&par1<<
1040           "tp2.="<<&par2<<
1041           "ctp1.="<<&cpar1<<
1042           "ctp2.="<<&cpar2<<
1043           "v1.="<<&svec1<<
1044           "v2.="<<&svec2<<
1045           "\n";
1046       }
1047       //
1048       if (fNoField){
1049         //
1050         //
1051       }
1052       if (acceptComp) comp->Process(&cpar1,&cpar2);
1053       //
1054       if (reject>0 || rejectC>0) continue;
1055       npoints++;
1056       align->ProcessTracklets(cpar1,cpar2,0,s1,s2);
1057       align->ProcessTracklets(cpar2,cpar1,0,s2,s1);
1058     }
1059   }
1060   delete cstream;
1061 }
1062
1063
1064 Int_t AliTPCcalibAlign::AcceptTracklet(const AliExternalTrackParam &p1,
1065                                        const AliExternalTrackParam &p2){
1066
1067   //
1068   // Accept pair of tracklets?
1069   //
1070   /*
1071   // resolution cuts
1072   TCut cutS0("sqrt(tp2.fC[0]+tp1.fC[0])<0.2");
1073   TCut cutS1("sqrt(tp2.fC[2]+tp1.fC[2])<0.2");
1074   TCut cutS2("sqrt(tp2.fC[5]+tp1.fC[5])<0.01");
1075   TCut cutS3("sqrt(tp2.fC[9]+tp1.fC[9])<0.01");
1076   TCut cutS4("sqrt(tp2.fC[14]+tp1.fC[14])<0.25");
1077   TCut cutS=cutS0+cutS1+cutS2+cutS3+cutS4;
1078   //
1079   // parameters matching cuts
1080   TCut cutP0("abs(tp1.fP[0]-tp2.fP[0])<0.6");
1081   TCut cutP1("abs(tp1.fP[1]-tp2.fP[1])<0.6");
1082   TCut cutP2("abs(tp1.fP[2]-tp2.fP[2])<0.03");
1083   TCut cutP3("abs(tp1.fP[3]-tp2.fP[3])<0.03");
1084   TCut cutP4("abs(tp1.fP[4]-tp2.fP[4])<0.5");
1085   TCut cutPP4("abs(tp1.fP[4]-tp2.fP[4])/sqrt(tp2.fC[14]+tp1.fC[14])<3");
1086   TCut cutP=cutP0+cutP1+cutP2+cutP3+cutP4+cutPP4;
1087   */
1088   //
1089   // resolution cuts
1090   Int_t reject=0;
1091   const Double_t *cp1 = p1.GetCovariance();
1092   const Double_t *cp2 = p2.GetCovariance();
1093   if (TMath::Sqrt(cp1[0]+cp2[0])>0.2)  reject|=1;;
1094   if (TMath::Sqrt(cp1[2]+cp2[2])>0.2)  reject|=2;
1095   if (TMath::Sqrt(cp1[5]+cp2[5])>0.01) reject|=4;
1096   if (TMath::Sqrt(cp1[9]+cp2[9])>0.01) reject|=8;
1097   if (TMath::Sqrt(cp1[14]+cp2[14])>0.2) reject|=16;
1098
1099   //parameters difference
1100   const Double_t *tp1 = p1.GetParameter();
1101   const Double_t *tp2 = p2.GetParameter();
1102   if (TMath::Abs(tp1[0]-tp2[0])>0.6) reject|=32;
1103   if (TMath::Abs(tp1[1]-tp2[1])>0.6) reject|=64;
1104   if (TMath::Abs(tp1[2]-tp2[2])>0.03) reject|=128;
1105   if (TMath::Abs(tp1[3]-tp2[3])>0.03) reject|=526;
1106   if (TMath::Abs(tp1[4]-tp2[4])>0.4) reject|=1024;
1107   if (TMath::Abs(tp1[4]-tp2[4])/TMath::Sqrt(cp1[14]+cp2[14])>4) reject|=2048;
1108
1109   //
1110   if (TMath::Abs(tp2[1])>235) reject|=2*4096;
1111
1112   if (fNoField){
1113
1114   }
1115
1116   return reject;
1117 }
1118
1119
1120 Int_t  AliTPCcalibAlign::AcceptTracklet(const Double_t *t1, const Double_t *t2){
1121   //
1122   // accept tracklet  -
1123   //  dist cut + 6 sigma cut
1124   //
1125   Double_t dy     = t2[1]-t1[1];
1126   Double_t dphi   = t2[2]-t1[2];
1127   Double_t dz     = t2[3]-t1[3];
1128   Double_t dtheta = t2[4]-t1[4];
1129   //
1130   Double_t sy       = TMath::Sqrt(t1[6]*t1[6]+t2[6]*t2[6]+0.05*0.05);
1131   Double_t sdydx    = TMath::Sqrt(t1[7]*t1[7]+t2[7]*t2[7]+0.001*0.001);
1132   Double_t sz       = TMath::Sqrt(t1[8]*t1[8]+t2[8]*t2[8]+0.05*0.05);
1133   Double_t sdzdx    = TMath::Sqrt(t1[9]*t1[9]+t2[9]*t2[9]+0.001*0.001);
1134   //
1135   Int_t reject=0;
1136   if (TMath::Abs(dy)>1.)         reject|=2;
1137   if (TMath::Abs(dphi)>0.1)      reject|=4;
1138   if (TMath::Abs(dz)>1.)         reject|=8;
1139   if (TMath::Abs(dtheta)>0.1)    reject|=16;
1140   //
1141   if (TMath::Abs(dy/sy)>6)         reject|=32;
1142   if (TMath::Abs(dphi/sdydx)>6)    reject|=64;
1143   if (TMath::Abs(dz/sz)>6)         reject|=128;
1144   if (TMath::Abs(dtheta/sdzdx)>6)  reject|=256;
1145   return reject;
1146 }
1147
1148
1149 void  AliTPCcalibAlign::ProcessDiff(const AliExternalTrackParam &t1,
1150                                     const AliExternalTrackParam &t2,
1151                                     const AliTPCseed *seed,
1152                                     Int_t s1,Int_t s2)
1153 {
1154   //
1155   // Process local residuals function
1156   //
1157   TVectorD vecX(160);
1158   TVectorD vecY(160);
1159   TVectorD vecZ(160);
1160   TVectorD vecClY(160);
1161   TVectorD vecClZ(160);
1162   TClonesArray arrCl("AliTPCclusterMI",160);
1163   arrCl.ExpandCreateFast(160);
1164   Int_t count1=0, count2=0;
1165
1166   for (Int_t i=0;i<160;++i) {
1167     AliTPCclusterMI *c=seed->GetClusterPointer(i);
1168     vecX[i]=0;
1169     vecY[i]=0;
1170     vecZ[i]=0;
1171     if (!c) continue;
1172     AliTPCclusterMI & cl = (AliTPCclusterMI&) (*arrCl[i]);
1173     if (c->GetDetector()!=s1 && c->GetDetector()!=s2) continue;
1174     vecClY[i] = c->GetY();
1175     vecClZ[i] = c->GetZ();
1176     cl=*c;
1177     const AliExternalTrackParam *par = (c->GetDetector()==s1)? &t1:&t2;
1178     if (c->GetDetector()==s1) ++count1;
1179     if (c->GetDetector()==s2) ++count2;
1180     Double_t gxyz[3],xyz[3];
1181     t1.GetXYZ(gxyz);
1182     Float_t bz = AliTracker::GetBz(gxyz);
1183     par->GetYAt(c->GetX(), bz, xyz[1]);
1184     par->GetZAt(c->GetX(), bz, xyz[2]);
1185     vecX[i] = c->GetX();
1186     vecY[i]= xyz[1];
1187     vecZ[i]= xyz[2];
1188   }
1189   //
1190   //
1191   if (fStreamLevel>5 && count1>10 && count2>10){
1192     //
1193     // huge output - cluster residuals to be investigated
1194     //
1195     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
1196     AliExternalTrackParam *p1 = &((AliExternalTrackParam&)t1);
1197     AliExternalTrackParam *p2 = &((AliExternalTrackParam&)t2);
1198     /*
1199
1200       Track->Draw("Cl[].fY-vtY.fElements:vtY.fElements-vtX.fElements*tan(pi/18.)>>his(100,-10,0)","Cl.fY!=0&&abs(Cl.fY-vtY.fElements)<1","prof");
1201
1202     */
1203
1204     if (cstream){
1205       (*cstream)<<"Track"<<
1206         "run="<<fRun<<              //  run number
1207         "event="<<fEvent<<          //  event number
1208         "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
1209         "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
1210         "triggerClass="<<&fTriggerClass<<      //  trigger
1211         "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
1212         "Cl.="<<&arrCl<<
1213         //"tp0.="<<p0<<
1214         "tp1.="<<p1<<
1215         "tp2.="<<p2<<
1216         "vtX.="<<&vecX<<
1217         "vtY.="<<&vecY<<
1218         "vtZ.="<<&vecZ<<
1219         "vcY.="<<&vecClY<<
1220         "vcZ.="<<&vecClZ<<
1221         "s1="<<s1<<
1222         "s2="<<s2<<
1223         "c1="<<count1<<
1224         "c2="<<count2<<
1225         "\n";
1226     }
1227   }
1228 }
1229
1230
1231
1232
1233 void AliTPCcalibAlign::Process12(const Double_t *t1,
1234                                  const Double_t *t2,
1235                                  TLinearFitter *fitter) {
1236   // x2    =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1237   // y2    =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1238   // z2    =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1239   // dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1240   // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1241   //
1242   //                     a00  a01 a02  a03     p[0]   p[1]  p[2]  p[9]
1243   //                     a10  a11 a12  a13 ==> p[3]   p[4]  p[5]  p[10]
1244   //                     a20  a21 a22  a23     p[6]   p[7]  p[8]  p[11]
1245
1246
1247
1248   const Double_t &x1=t1[0], &y1=t1[1], &z1=t1[3], &dydx1=t1[2], &dzdx1=t1[4];
1249   const Double_t /*&x2=t2[0],*/ &y2=t2[1], &z2=t2[3], &dydx2=t2[2], &dzdx2=t2[4];
1250
1251   //
1252   Double_t sy       = TMath::Sqrt(t1[6]*t1[6]+t2[6]*t2[6]);
1253   Double_t sdydx    = TMath::Sqrt(t1[7]*t1[7]+t2[7]*t2[7]);
1254   Double_t sz       = TMath::Sqrt(t1[8]*t1[8]+t2[8]*t2[8]);
1255   Double_t sdzdx    = TMath::Sqrt(t1[9]*t1[9]+t2[9]*t2[9]);
1256
1257   Double_t p[12];
1258   Double_t value;
1259
1260   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1261   // y2  =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1262   // y2' =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dydx2
1263   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1264   p[3+0] = x1;          // a10
1265   p[3+1] = y1;          // a11
1266   p[3+2] = z1;          // a12
1267   p[9+1] = 1.;          // a13
1268   p[0+1] = y1*dydx2;    // a01
1269   p[0+2] = z1*dydx2;    // a02
1270   p[9+0] = dydx2;       // a03
1271   value  = y2;
1272   fitter->AddPoint(p,value,sy);
1273
1274   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1275   // z2  =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1276   // z2' =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dzdx2;
1277   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1278   p[6+0] = x1;           // a20
1279   p[6+1] = y1;           // a21
1280   p[6+2] = z1;           // a22
1281   p[9+2] = 1.;           // a23
1282   p[0+1] = y1*dzdx2;     // a01
1283   p[0+2] = z1*dzdx2;     // a02
1284   p[9+0] = dzdx2;        // a03
1285   value  = z2;
1286   fitter->AddPoint(p,value,sz);
1287
1288   // dydx2 = (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1289   // (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dydx2 = 0
1290   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1291   p[3+0] = 1.;           // a10
1292   p[3+1] = dydx1;        // a11
1293   p[3+2] = dzdx1;        // a12
1294   p[0+0] = -dydx2;       // a00
1295   p[0+1] = -dydx1*dydx2; // a01
1296   p[0+2] = -dzdx1*dydx2; // a02
1297   value  = 0.;
1298   fitter->AddPoint(p,value,sdydx);
1299
1300   // dzdx2 = (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1301   // (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dzdx2 = 0
1302   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1303   p[6+0] = 1;            // a20
1304   p[6+1] = dydx1;        // a21
1305   p[6+2] = dzdx1;        // a22
1306   p[0+0] = -dzdx2;       // a00
1307   p[0+1] = -dydx1*dzdx2; // a01
1308   p[0+2] = -dzdx1*dzdx2; // a02
1309   value  = 0.;
1310   fitter->AddPoint(p,value,sdzdx);
1311 }
1312
1313 void AliTPCcalibAlign::Process9(Double_t *t1,
1314                                 Double_t *t2,
1315                                 TLinearFitter *fitter) {
1316   // x2    =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1317   // y2    =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1318   // z2    =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1319   // dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1320   // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1321   //
1322   //                     a00  a01  a02 a03     1      p[0]  p[1]   p[6]
1323   //                     a10  a11  a12 a13 ==> p[2]   1     p[3]   p[7]
1324   //                     a20  a21  a21 a23     p[4]   p[5]  1      p[8]
1325
1326
1327   Double_t &x1=t1[0], &y1=t1[1], &z1=t1[3], &dydx1=t1[2], &dzdx1=t1[4];
1328   Double_t /*&x2=t2[0],*/ &y2=t2[1], &z2=t2[3], &dydx2=t2[2], &dzdx2=t2[4];
1329   //
1330   Double_t sy       = TMath::Sqrt(t1[6]*t1[6]+t2[6]*t2[6]);
1331   Double_t sdydx    = TMath::Sqrt(t1[7]*t1[7]+t2[7]*t2[7]);
1332   Double_t sz       = TMath::Sqrt(t1[8]*t1[8]+t2[8]*t2[8]);
1333   Double_t sdzdx    = TMath::Sqrt(t1[9]*t1[9]+t2[9]*t2[9]);
1334
1335   //
1336   Double_t p[12];
1337   Double_t value;
1338
1339   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1340   // y2  =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1341   // y2' =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dydx2
1342   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1343   p[2]   += x1;           // a10
1344   //p[]  +=1;             // a11
1345   p[3]   += z1;           // a12
1346   p[7]   += 1;            // a13
1347   p[0]   += y1*dydx2;     // a01
1348   p[1]   += z1*dydx2;     // a02
1349   p[6]   += dydx2;        // a03
1350   value   = y2-y1;        //-a11
1351   fitter->AddPoint(p,value,sy);
1352   //
1353   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1354   // z2  =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1355   // z2' =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dzdx2;
1356   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1357   p[4]   += x1;           // a20
1358   p[5]   += y1;           // a21
1359   //p[]  += z1;           // a22
1360   p[8]   += 1.;           // a23
1361   p[0]   += y1*dzdx2;     // a01
1362   p[1]   += z1*dzdx2;     // a02
1363   p[6]   += dzdx2;        // a03
1364   value  = z2-z1;         //-a22
1365   fitter->AddPoint(p,value,sz);
1366
1367   // dydx2 = (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1368   // (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dydx2 = 0
1369   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1370   p[2]   += 1.;           // a10
1371   //p[]  += dydx1;      // a11
1372   p[3]   += dzdx1;        // a12
1373   //p[]  += -dydx2;       // a00
1374   p[0]   += -dydx1*dydx2; // a01
1375   p[1]   += -dzdx1*dydx2; // a02
1376   value  = -dydx1+dydx2;  // -a11 + a00
1377   fitter->AddPoint(p,value,sdydx);
1378
1379   // dzdx2 = (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1380   // (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dzdx2 = 0
1381   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1382   p[4]   += 1;            // a20
1383   p[5]   += dydx1;        // a21
1384   //p[]  += dzdx1;        // a22
1385   //p[]  += -dzdx2;       // a00
1386   p[0]   += -dydx1*dzdx2; // a01
1387   p[1]   += -dzdx1*dzdx2; // a02
1388   value  = -dzdx1+dzdx2;  // -a22 + a00
1389   fitter->AddPoint(p,value,sdzdx);
1390 }
1391
1392 void AliTPCcalibAlign::Process6(Double_t *t1,
1393                                 Double_t *t2,
1394                                 TLinearFitter *fitter) {
1395   // x2    =  1  *x1 +-a01*y1 + 0      +a03
1396   // y2    =  a01*x1 + 1  *y1 + 0      +a13
1397   // z2    =  a20*x1 + a21*y1 + 1  *z1 +a23
1398   // dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1399   // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1400   //
1401   //                     a00  a01  a02 a03     1     -p[0]  0     p[3]
1402   //                     a10  a11  a12 a13 ==> p[0]   1     0     p[4]
1403   //                     a20  a21  a21 a23     p[1]   p[2]  1     p[5]
1404
1405   Double_t &x1=t1[0], &y1=t1[1], &z1=t1[3], &dydx1=t1[2], &dzdx1=t1[4];
1406   Double_t /*&x2=t2[0],*/ &y2=t2[1], &z2=t2[3], &dydx2=t2[2], &dzdx2=t2[4];
1407
1408   //
1409   Double_t sy       = TMath::Sqrt(t1[6]*t1[6]+t2[6]*t2[6]);
1410   Double_t sdydx    = TMath::Sqrt(t1[7]*t1[7]+t2[7]*t2[7]);
1411   Double_t sz       = TMath::Sqrt(t1[8]*t1[8]+t2[8]*t2[8]);
1412   Double_t sdzdx    = TMath::Sqrt(t1[9]*t1[9]+t2[9]*t2[9]);
1413
1414
1415   Double_t p[12];
1416   Double_t value;
1417   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1418   // y2  =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1419   // y2' =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dydx2
1420   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1421   p[0]   += x1;           // a10
1422   //p[]  +=1;             // a11
1423   //p[]  += z1;           // a12
1424   p[4]   += 1;            // a13
1425   p[0]   += -y1*dydx2;    // a01
1426   //p[]  += z1*dydx2;     // a02
1427   p[3]   += dydx2;        // a03
1428   value   = y2-y1;        //-a11
1429   fitter->AddPoint(p,value,sy);
1430   //
1431   // x2  =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1432   // z2  =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1433   // z2' =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23 + (a01*y1 + a02*z1 + a03)*dzdx2;
1434   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1435   p[1]   += x1;           // a20
1436   p[2]   += y1;           // a21
1437   //p[]  += z1;           // a22
1438   p[5]   += 1.;           // a23
1439   p[0]   += -y1*dzdx2;    // a01
1440   //p[]   += z1*dzdx2;     // a02
1441   p[3]   += dzdx2;        // a03
1442   value  = z2-z1;         //-a22
1443   fitter->AddPoint(p,value,sz);
1444
1445   // dydx2 = (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1446   // (a10 + a11*dydx1 + a12*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dydx2 = 0
1447   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1448   p[0]   += 1.;           // a10
1449   //p[]  += dydx1;      // a11
1450   //p[]   += dzdx1;        // a12
1451   //p[]  += -dydx2;       // a00
1452   //p[0]   +=  dydx1*dydx2; // a01         FIXME- 0912 MI
1453   //p[]   += -dzdx1*dydx2; // a02
1454   value  = -dydx1+dydx2;  // -a11 + a00
1455   fitter->AddPoint(p,value,sdydx);
1456
1457   // dzdx2 = (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/( a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1458   // (a20 + a21*dydx1 + a22*dzdx1) - (a00 + a01*dydx1 + a02*dzdx1)*dzdx2 = 0
1459   for (Int_t i=0; i<12;i++) p[i]=0.;
1460   p[1]   += 1;            // a20
1461   //  p[2]   += dydx1;        // a21   FIXME- 0912 MI
1462   //p[]  += dzdx1;        // a22
1463   //p[]  += -dzdx2;       // a00
1464   //p[0]   +=  dydx1*dzdx2; // a01     FIXME- 0912 MI
1465   //p[]  += -dzdx1*dzdx2; // a02
1466   value  = -dzdx1+dzdx2;  // -a22 + a00
1467   fitter->AddPoint(p,value,sdzdx);
1468 }
1469
1470
1471
1472
1473 void AliTPCcalibAlign::EvalFitters(Int_t minPoints) {
1474   //
1475   // Analyze function
1476   //
1477   // Perform the fitting using linear fitters
1478   //
1479   TLinearFitter *f;
1480   TFile fff("alignDebug.root","recreate");
1481   for (Int_t s1=0;s1<72;++s1)
1482     for (Int_t s2=0;s2<72;++s2){
1483       if ((f=GetFitter12(s1,s2))&&fPoints[GetIndex(s1,s2)]>minPoints) {
1484         //      cerr<<s1<<","<<s2<<": "<<fPoints[GetIndex(s1,s2)]<<endl;
1485         if (f->Eval()!=0) {
1486           cerr<<"Evaluation failed for "<<s1<<","<<s2<<endl;
1487           f->Write(Form("f12_%d_%d",s1,s2));
1488         }else{
1489           f->Write(Form("f12_%d_%d",s1,s2));
1490         }
1491       }
1492       if ((f=GetFitter9(s1,s2))&&fPoints[GetIndex(s1,s2)]>minPoints) {
1493         //      cerr<<s1<<","<<s2<<": "<<fPoints[GetIndex(s1,s2)]<<endl;
1494         if (f->Eval()!=0) {
1495           cerr<<"Evaluation failed for "<<s1<<","<<s2<<endl;
1496         }else{
1497           f->Write(Form("f9_%d_%d",s1,s2));
1498         }
1499       }
1500       if ((f=GetFitter6(s1,s2))&&fPoints[GetIndex(s1,s2)]>minPoints) {
1501         //      cerr<<s1<<","<<s2<<": "<<fPoints[GetIndex(s1,s2)]<<endl;
1502         if (f->Eval()!=0) {
1503           cerr<<"Evaluation failed for "<<s1<<","<<s2<<endl;
1504         }else{
1505           f->Write(Form("f6_%d_%d",s1,s2));
1506         }
1507       }
1508     }
1509   TMatrixD mat(4,4);
1510   for (Int_t s1=0;s1<72;++s1)
1511     for (Int_t s2=0;s2<72;++s2){
1512       if (GetTransformation12(s1,s2,mat)){
1513         fMatrixArray12.AddAt(mat.Clone(), GetIndex(s1,s2));
1514       }
1515       if (GetTransformation9(s1,s2,mat)){
1516         fMatrixArray9.AddAt(mat.Clone(), GetIndex(s1,s2));
1517       }
1518       if (GetTransformation6(s1,s2,mat)){
1519         fMatrixArray6.AddAt(mat.Clone(), GetIndex(s1,s2));
1520       }
1521     }
1522   //this->Write("align");
1523
1524 }
1525
1526 TLinearFitter* AliTPCcalibAlign::GetOrMakeFitter12(Int_t s1,Int_t s2) {
1527   //
1528   // get or make fitter - general linear transformation
1529   //
1530   static Int_t counter12=0;
1531   static TF1 f12("f12","x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]++x[6]++x[7]++x[8]++x[9]++x[10]++x[11]");
1532   TLinearFitter * fitter = GetFitter12(s1,s2);
1533   if (fitter) return fitter;
1534   //  fitter =new TLinearFitter(12,"x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]++x[6]++x[7]++x[8]++x[9]++x[10]++x[11]");
1535   fitter =new TLinearFitter(&f12,"");
1536   fitter->StoreData(kFALSE);
1537   fFitterArray12.AddAt(fitter,GetIndex(s1,s2));
1538   counter12++;
1539   if (GetDebugLevel()>0) cerr<<"Creating fitter12 "<<s1<<","<<s2<<"  :  "<<counter12<<endl;
1540   return fitter;
1541 }
1542
1543 TLinearFitter* AliTPCcalibAlign::GetOrMakeFitter9(Int_t s1,Int_t s2) {
1544   //
1545   //get or make fitter - general linear transformation - no scaling
1546   //
1547   static Int_t counter9=0;
1548   static TF1 f9("f9","x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]++x[6]++x[7]++x[8]");
1549   TLinearFitter * fitter = GetFitter9(s1,s2);
1550   if (fitter) return fitter;
1551   //  fitter =new TLinearFitter(9,"x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]++x[6]++x[7]++x[8]");
1552   fitter =new TLinearFitter(&f9,"");
1553   fitter->StoreData(kFALSE);
1554   fFitterArray9.AddAt(fitter,GetIndex(s1,s2));
1555   counter9++;
1556   if (GetDebugLevel()>0) cerr<<"Creating fitter12 "<<s1<<","<<s2<<"  :  "<<counter9<<endl;
1557   return fitter;
1558 }
1559
1560 TLinearFitter* AliTPCcalibAlign::GetOrMakeFitter6(Int_t s1,Int_t s2) {
1561   //
1562   // get or make fitter  - 6 paramater linear tranformation
1563   //                     - no scaling
1564   //                     - rotation x-y
1565   //                     - tilting x-z, y-z
1566   static Int_t counter6=0;
1567   static TF1 f6("f6","x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]");
1568   TLinearFitter * fitter = GetFitter6(s1,s2);
1569   if (fitter) return fitter;
1570   //  fitter=new TLinearFitter(6,"x[0]++x[1]++x[2]++x[3]++x[4]++x[5]");
1571   fitter=new TLinearFitter(&f6,"");
1572   fitter->StoreData(kFALSE);
1573   fFitterArray6.AddAt(fitter,GetIndex(s1,s2));
1574   counter6++;
1575   if (GetDebugLevel()>0) cerr<<"Creating fitter6 "<<s1<<","<<s2<<"  :  "<<counter6<<endl;
1576   return fitter;
1577 }
1578
1579
1580
1581
1582
1583 Bool_t AliTPCcalibAlign::GetTransformation12(Int_t s1,Int_t s2,TMatrixD &a) {
1584   //
1585   // GetTransformation matrix - 12 paramaters - generael linear transformation
1586   //
1587   if (!GetFitter12(s1,s2))
1588     return false;
1589   else {
1590     TVectorD p(12);
1591     GetFitter12(s1,s2)->GetParameters(p);
1592     a.ResizeTo(4,4);
1593     a[0][0]=p[0]; a[0][1]=p[1]; a[0][2]=p[2]; a[0][3]=p[9];
1594     a[1][0]=p[3]; a[1][1]=p[4]; a[1][2]=p[5]; a[1][3]=p[10];
1595     a[2][0]=p[6]; a[2][1]=p[7]; a[2][2]=p[8]; a[2][3]=p[11];
1596     a[3][0]=0.;   a[3][1]=0.;   a[3][2]=0.;   a[3][3]=1.;
1597     return true;
1598   }
1599 }
1600
1601 Bool_t AliTPCcalibAlign::GetTransformation9(Int_t s1,Int_t s2,TMatrixD &a) {
1602   //
1603   // GetTransformation matrix - 9 paramaters - general linear transformation
1604   //                            No scaling
1605   //
1606   if (!GetFitter9(s1,s2))
1607     return false;
1608   else {
1609     TVectorD p(9);
1610     GetFitter9(s1,s2)->GetParameters(p);
1611     a.ResizeTo(4,4);
1612     a[0][0]=1;    a[0][1]=p[0]; a[0][2]=p[1]; a[0][3]=p[6];
1613     a[1][0]=p[2]; a[1][1]=1;    a[1][2]=p[3]; a[1][3]=p[7];
1614     a[2][0]=p[4]; a[2][1]=p[5]; a[2][2]=1;    a[2][3]=p[8];
1615     a[3][0]=0.;   a[3][1]=0.;   a[3][2]=0.;   a[3][3]=1.;
1616     return true;
1617   }
1618 }
1619
1620 Bool_t AliTPCcalibAlign::GetTransformation6(Int_t s1,Int_t s2,TMatrixD &a) {
1621   //
1622   // GetTransformation matrix - 6  paramaters
1623   //                            3  translation
1624   //                            1  rotation -x-y
1625   //                            2  tilting x-z y-z
1626   if (!GetFitter6(s1,s2))
1627     return false;
1628   else {
1629     TVectorD p(6);
1630     GetFitter6(s1,s2)->GetParameters(p);
1631     a.ResizeTo(4,4);
1632     a[0][0]=1;       a[0][1]=-p[0];a[0][2]=0;    a[0][3]=p[3];
1633     a[1][0]=p[0];    a[1][1]=1;    a[1][2]=0;    a[1][3]=p[4];
1634     a[2][0]=p[1];    a[2][1]=p[2]; a[2][2]=1;    a[2][3]=p[5];
1635     a[3][0]=0.;      a[3][1]=0.;   a[3][2]=0.;   a[3][3]=1.;
1636     return true;
1637   }
1638 }
1639
1640 void AliTPCcalibAlign::MakeResidualHistos(){
1641   //
1642   // Make cluster residual histograms
1643   //
1644   Double_t xminTrack[9], xmaxTrack[9];
1645   Int_t    binsTrack[9];
1646   TString  axisName[9],axisTitle[9];
1647   //
1648   // 0 - delta   of interest
1649   // 1 - global  phi in sector number  as float
1650   // 2 - local   x
1651   // 3 - local   ky
1652   // 4 - local   kz
1653   //
1654   axisName[0]="delta";   axisTitle[0]="#Delta (cm)";
1655   binsTrack[0]=60;       xminTrack[0]=-0.6;        xmaxTrack[0]=0.6;
1656   //
1657   axisName[1]="sector";   axisTitle[1]="Sector Number";
1658   binsTrack[1]=360;       xminTrack[1]=0;        xmaxTrack[1]=18;
1659   //
1660   axisName[2]="localX";   axisTitle[2]="x (cm)";
1661   binsTrack[2]=53;       xminTrack[2]=85.;        xmaxTrack[2]=245.;
1662   //
1663   axisName[3]="kY";      axisTitle[3]="dy/dx";
1664   binsTrack[3]=32;       xminTrack[3]=-0.16;        xmaxTrack[3]=0.16;
1665   //
1666   axisName[4]="kZ";      axisTitle[4]="dz/dx";
1667   binsTrack[4]=10;       xminTrack[4]=-1.5;        xmaxTrack[4]=1.5;
1668   //
1669   fClusterDelta[0] = new THnSparseF("#Delta_{Y} (cm)","#Delta_{Y} (cm)", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1670   fClusterDelta[1] = new THnSparseF("#Delta_{Z} (cm)","#Delta_{Z} (cm)", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1671   fClusterDelta[2] = new THnSparseF("#Delta_{Y} (cm) const","#Delta_{Y} (cm) const ", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1672   fClusterDelta[3] = new THnSparseF("#Delta_{Z} (cm) const","#Delta_{Z} (cm) const", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1673   fClusterDelta[4] = new THnSparseF("#Delta_{Y} (cm) ITS","#Delta_{Y} (cm) ITS", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1674   fClusterDelta[5] = new THnSparseF("#Delta_{Z} (cm) ITS","#Delta_{Z} (cm) ITS", 5, binsTrack,xminTrack, xmaxTrack);
1675   //
1676   //
1677   //
1678   for (Int_t ivar=0;ivar<6;ivar++){
1679     for (Int_t ivar2=0;ivar2<5;ivar2++){
1680       fClusterDelta[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetName(axisName[ivar2].Data());
1681       fClusterDelta[ivar]->GetAxis(ivar2)->SetTitle(axisName[ivar2].Data());
1682     }
1683   }
1684
1685 }
1686
1687 void AliTPCcalibAlign::FillHisto(const Double_t *t1,
1688                                  const Double_t *t2,
1689                                  Int_t s1,Int_t s2) {
1690   //
1691   // Fill residual histograms
1692   // Track2-Track1
1693   // Innner-Outer
1694   // Left right - x-y
1695   // A-C side
1696   if (1)  {
1697     Double_t dy     = t2[1]-t1[1];
1698     Double_t dphi   = t2[2]-t1[2];
1699     Double_t dz     = t2[3]-t1[3];
1700     Double_t dtheta = t2[4]-t1[4];
1701     Double_t zmean = (t2[3]+t1[3])*0.5;
1702     //
1703     GetHisto(kPhi,s1,s2,kTRUE)->Fill(dphi);
1704     GetHisto(kTheta,s1,s2,kTRUE)->Fill(dtheta);
1705     GetHisto(kY,s1,s2,kTRUE)->Fill(dy);
1706     GetHisto(kZ,s1,s2,kTRUE)->Fill(dz);
1707     //
1708     GetHisto(kPhiZ,s1,s2,kTRUE)->Fill(zmean,dphi);
1709     GetHisto(kThetaZ,s1,s2,kTRUE)->Fill(zmean,dtheta);
1710     GetHisto(kYz,s1,s2,kTRUE)->Fill(zmean,dy);
1711     GetHisto(kZz,s1,s2,kTRUE)->Fill(zmean,dz);
1712     //
1713     GetHisto(kYPhi,s1,s2,kTRUE)->Fill(t2[2],dy);
1714     GetHisto(kZTheta,s1,s2,kTRUE)->Fill(t2[4],dz);
1715   }
1716 }
1717
1718
1719
1720 TH1 * AliTPCcalibAlign::GetHisto(HistoType type, Int_t s1, Int_t s2, Bool_t force)
1721 {
1722   //
1723   // return specified residual histogram - it is only QA
1724   // if force specified the histogram and given histogram is not existing
1725   //  new histogram is created
1726   //
1727   if (GetIndex(s1,s2)>=72*72) return 0;
1728   TObjArray *histoArray=0;
1729   switch (type) {
1730   case kY:
1731     histoArray = &fDyHistArray; break;
1732   case kZ:
1733     histoArray = &fDzHistArray; break;
1734   case kPhi:
1735     histoArray = &fDphiHistArray; break;
1736   case kTheta:
1737     histoArray = &fDthetaHistArray; break;
1738   case kYPhi:
1739     histoArray = &fDyPhiHistArray; break;
1740   case kZTheta:
1741     histoArray = &fDzThetaHistArray; break;
1742   case kYz:
1743     histoArray = &fDyZHistArray; break;
1744   case kZz:
1745     histoArray = &fDzZHistArray; break;
1746   case kPhiZ:
1747     histoArray = &fDphiZHistArray; break;
1748   case kThetaZ:
1749     histoArray = &fDthetaZHistArray; break;
1750   }
1751   TH1 * histo= (TH1*)histoArray->At(GetIndex(s1,s2));
1752   if (histo) return histo;
1753   if (force==kFALSE) return 0;
1754   //
1755   stringstream name;
1756   stringstream title;
1757   switch (type) {
1758   case kY:
1759     name<<"hist_y_"<<s1<<"_"<<s2;
1760     title<<"Y Missalignment for sectors "<<s1<<" and "<<s2;
1761     histo =new TH1D(name.str().c_str(),title.str().c_str(),100,-0.5,0.5); // +/- 5 mm
1762     break;
1763   case kZ:
1764     name<<"hist_z_"<<s1<<"_"<<s2;
1765     title<<"Z Missalignment for sectors "<<s1<<" and "<<s2;
1766     histo = new TH1D(name.str().c_str(),title.str().c_str(),100,-0.3,0.3); // +/- 3 mm
1767     break;
1768   case kPhi:
1769     name<<"hist_phi_"<<s1<<"_"<<s2;
1770     title<<"Phi Missalignment for sectors "<<s1<<" and "<<s2;
1771     histo =new TH1D(name.str().c_str(),title.str().c_str(),100,-0.01,0.01); // +/- 10 mrad
1772     break;
1773   case kTheta:
1774     name<<"hist_theta_"<<s1<<"_"<<s2;
1775     title<<"Theta Missalignment for sectors "<<s1<<" and "<<s2;
1776     histo =new TH1D(name.str().c_str(),title.str().c_str(),100,-0.01,0.01); // +/- 10 mrad
1777     break;
1778     //
1779     //
1780   case kYPhi:
1781     name<<"hist_yphi_"<<s1<<"_"<<s2;
1782     title<<"Y Missalignment for sectors Phi"<<s1<<" and "<<s2;
1783     histo =new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-1,1,100,-0.5,0.5); // +/- 5 mm
1784     break;
1785   case kZTheta:
1786     name<<"hist_ztheta_"<<s1<<"_"<<s2;
1787     title<<"Z Missalignment for sectors Theta"<<s1<<" and "<<s2;
1788     histo = new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-1,1,100,-0.3,0.3); // +/- 3 mm
1789     break;
1790     //
1791     //
1792     //
1793   case kYz:
1794     name<<"hist_yz_"<<s1<<"_"<<s2;
1795     title<<"Y Missalignment for sectors Z"<<s1<<" and "<<s2;
1796     histo =new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-250,250,100,-0.5,0.5); // +/- 5 mm
1797     break;
1798   case kZz:
1799     name<<"hist_zz_"<<s1<<"_"<<s2;
1800     title<<"Z Missalignment for sectors Z"<<s1<<" and "<<s2;
1801     histo = new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-250,250,100,-0.3,0.3); // +/- 3 mm
1802     break;
1803   case kPhiZ:
1804     name<<"hist_phiz_"<<s1<<"_"<<s2;
1805     title<<"Phi Missalignment for sectors Z"<<s1<<" and "<<s2;
1806     histo =new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-250,250,100,-0.01,0.01); // +/- 10 mrad
1807     break;
1808   case kThetaZ:
1809     name<<"hist_thetaz_"<<s1<<"_"<<s2;
1810     title<<"Theta Missalignment for sectors Z"<<s1<<" and "<<s2;
1811     histo =new TH2F(name.str().c_str(),title.str().c_str(),20,-250,250,100,-0.01,0.01); // +/- 10 mrad
1812     break;
1813
1814
1815   }
1816   histo->SetDirectory(0);
1817   histoArray->AddAt(histo,GetIndex(s1,s2));
1818   return histo;
1819 }
1820
1821 TGraphErrors * AliTPCcalibAlign::MakeGraph(Int_t sec0, Int_t sec1, Int_t dsec,
1822                                            Int_t i0, Int_t i1, FitType type)
1823 {
1824   //
1825   //
1826   //
1827   TMatrixD mat;
1828   //TObjArray *fitArray=0;
1829   Double_t xsec[1000];
1830   Double_t ysec[1000];
1831   Int_t npoints=0;
1832   for (Int_t isec = sec0; isec<=sec1; isec++){
1833     Int_t isec2 = (isec+dsec)%72;
1834     switch (type) {
1835     case k6:
1836       GetTransformation6(isec,isec2,mat);break;
1837     case k9:
1838       GetTransformation9(isec,isec2,mat);break;
1839     case k12:
1840       GetTransformation12(isec,isec2,mat);break;
1841     }
1842     xsec[npoints]=isec;
1843     ysec[npoints]=mat(i0,i1);
1844     ++npoints;
1845   }
1846   TGraphErrors *gr = new TGraphErrors(npoints,xsec,ysec,0,0);
1847   Char_t name[1000];
1848   sprintf(name,"Mat[%d,%d]  Type=%d",i0,i1,type);
1849   gr->SetName(name);
1850   return gr;
1851 }
1852
1853 void  AliTPCcalibAlign::MakeTree(const char *fname, Int_t minPoints){
1854   //
1855   // make tree with alignment cosntant  -
1856   // For  QA visualization
1857   //
1858   /*
1859     TFile fcalib("CalibObjects.root");
1860     TObjArray * array = (TObjArray*)fcalib.Get("TPCCalib");
1861     AliTPCcalibAlign * align = ( AliTPCcalibAlign *)array->FindObject("alignTPC");
1862     align->EvalFitters();
1863     align->MakeTree("alignTree.root");
1864     TFile falignTree("alignTree.root");
1865     TTree * treeAlign = (TTree*)falignTree.Get("Align");
1866    */
1867   TTreeSRedirector cstream(fname);
1868   for (Int_t s1=0;s1<72;++s1)
1869     for (Int_t s2=0;s2<72;++s2){
1870       TMatrixD m6;
1871       TMatrixD m6FX;
1872       TMatrixD m9;
1873       TMatrixD m12;
1874       TVectorD param6Diff;  // align parameters diff
1875       TVectorD param6s1(6);    // align parameters sector1
1876       TVectorD param6s2(6);    // align parameters sector2
1877
1878       //
1879       //
1880       TMatrixD * kpar = fSectorParamA;
1881       TMatrixD * kcov = fSectorCovarA;
1882       if (s1%36>=18){
1883         kpar = fSectorParamC;
1884         kcov = fSectorCovarC;
1885       }
1886       for (Int_t ipar=0;ipar<6;ipar++){
1887         Int_t isec1 = s1%18;
1888         Int_t isec2 = s2%18;
1889         if (s1>35) isec1+=18;
1890         if (s2>35) isec2+=18;
1891         param6s1(ipar)=(*kpar)(6*isec1+ipar,0);
1892         param6s2(ipar)=(*kpar)(6*isec2+ipar,0);
1893       }
1894
1895
1896       Double_t dy=0, dz=0, dphi=0,dtheta=0;
1897       Double_t sy=0, sz=0, sphi=0,stheta=0;
1898       Double_t ny=0, nz=0, nphi=0,ntheta=0;
1899       Double_t chi2v12=0, chi2v9=0, chi2v6=0;
1900       Int_t npoints=0;
1901       TLinearFitter * fitter = 0;
1902       if (fPoints[GetIndex(s1,s2)]>minPoints){
1903         //
1904         //
1905         //
1906         fitter = GetFitter12(s1,s2);
1907         npoints = fitter->GetNpoints();
1908         chi2v12 = TMath::Sqrt(fitter->GetChisquare()/npoints);
1909
1910         //
1911         fitter = GetFitter9(s1,s2);
1912         npoints = fitter->GetNpoints();
1913         chi2v9 = TMath::Sqrt(fitter->GetChisquare()/npoints);
1914         //
1915         fitter = GetFitter6(s1,s2);
1916         npoints = fitter->GetNpoints();
1917         chi2v6 = TMath::Sqrt(fitter->GetChisquare()/npoints);
1918         fitter->GetParameters(param6Diff);
1919         //
1920         GetTransformation6(s1,s2,m6);
1921         GetTransformation9(s1,s2,m9);
1922         GetTransformation12(s1,s2,m12);
1923         //
1924         fitter = GetFitter6(s1,s2);
1925         //fitter->FixParameter(3,0);
1926         //fitter->Eval();
1927         GetTransformation6(s1,s2,m6FX);
1928         //
1929         TH1 * his=0;
1930         his = GetHisto(kY,s1,s2);
1931         if (his) { dy = his->GetMean(); sy = his->GetRMS(); ny = his->GetEntries();}
1932         his = GetHisto(kZ,s1,s2);
1933         if (his) { dz = his->GetMean(); sz = his->GetRMS(); nz = his->GetEntries();}
1934         his = GetHisto(kPhi,s1,s2);
1935         if (his) { dphi = his->GetMean(); sphi = his->GetRMS(); nphi = his->GetEntries();}
1936         his = GetHisto(kTheta,s1,s2);
1937         if (his) { dtheta = his->GetMean(); stheta = his->GetRMS(); ntheta = his->GetEntries();}
1938         //
1939
1940       }
1941
1942       // x2    =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
1943       // y2    =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
1944       // z2    =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
1945       // dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1946       // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
1947       //
1948       //                     a00  a01 a02  a03     p[0]   p[1]  p[2]  p[9]
1949       //                     a10  a11 a12  a13 ==> p[3]   p[4]  p[5]  p[10]
1950       //                     a20  a21 a22  a23     p[6]   p[7]  p[8]  p[11]
1951
1952       //
1953       //
1954       // dy:-(fXIO*m6.fElements[4]+m6.fElements[7])
1955       //
1956       // dphi:-(m6.fElements[4])
1957       //
1958       // dz:fXIO*m6.fElements[8]+m6.fElements[11]
1959       //
1960       // dtheta:m6.fElements[8]
1961       //
1962       cstream<<"Align"<<
1963         "s1="<<s1<<     // reference sector
1964         "s2="<<s2<<     // sector to align
1965         "m6FX.="<<&m6FX<<   // tranformation matrix
1966         "m6.="<<&m6<<   // tranformation matrix
1967         "m9.="<<&m9<<   //
1968         "m12.="<<&m12<<
1969         "chi2v12="<<chi2v12<<
1970         "chi2v9="<<chi2v9<<
1971         "chi2v6="<<chi2v6<<
1972         //
1973         "p6.="<<&param6Diff<<
1974         "p6s1.="<<&param6s1<<
1975         "p6s2.="<<&param6s2<<
1976         //               histograms mean RMS and entries
1977         "dy="<<dy<<
1978         "sy="<<sy<<
1979         "ny="<<ny<<
1980         "dz="<<dz<<
1981         "sz="<<sz<<
1982         "nz="<<nz<<
1983         "dphi="<<dphi<<
1984         "sphi="<<sphi<<
1985         "nphi="<<nphi<<
1986         "dtheta="<<dtheta<<
1987         "stheta="<<stheta<<
1988         "ntheta="<<ntheta<<
1989         "\n";
1990     }
1991
1992 }
1993
1994
1995 //_____________________________________________________________________
1996 Long64_t AliTPCcalibAlign::Merge(TCollection* list) {
1997   //
1998   // merge function
1999   //
2000   if (GetDebugLevel()>0) Info("AliTPCcalibAlign","Merge");
2001   if (!list)
2002     return 0;
2003   if (list->IsEmpty())
2004     return 1;
2005
2006   TIterator* iter = list->MakeIterator();
2007   TObject* obj = 0;
2008   iter->Reset();
2009   Int_t count=0;
2010   //
2011   TString str1(GetName());
2012   while((obj = iter->Next()) != 0)
2013     {
2014       AliTPCcalibAlign* entry = dynamic_cast<AliTPCcalibAlign*>(obj);
2015       if (entry == 0) continue;
2016       if (str1.CompareTo(entry->GetName())!=0) continue;
2017       Add(entry);
2018       count++;
2019     }
2020   return count;
2021 }
2022
2023
2024 void AliTPCcalibAlign::Add(AliTPCcalibAlign * align){
2025   //
2026   // Add entry - used for merging of compoents
2027   //
2028   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2029     for (Int_t j=0; j<72;j++){
2030       if (align->fPoints[GetIndex(i,j)]<1) continue;
2031       fPoints[GetIndex(i,j)]+=align->fPoints[GetIndex(i,j)];
2032       //
2033       //
2034       //
2035       for (Int_t itype=0; itype<10; itype++){
2036         TH1 * his0=0, *his1=0;
2037         his0 = GetHisto((HistoType)itype,i,j);
2038         his1 = align->GetHisto((HistoType)itype,i,j);
2039         if (his1){
2040           if (his0) his0->Add(his1);
2041           else {
2042             his0 = GetHisto((HistoType)itype,i,j,kTRUE);
2043             his0->Add(his1);
2044           }
2045         }
2046       }
2047     }
2048   }
2049   TLinearFitter *f0=0;
2050   TLinearFitter *f1=0;
2051   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2052     for (Int_t j=0; j<72;j++){
2053       if (align->fPoints[GetIndex(i,j)]<1) continue;
2054       //
2055       //
2056       // fitter12
2057       f0 =  GetFitter12(i,j);
2058       f1 =  align->GetFitter12(i,j);
2059       if (f1){
2060         if (f0) f0->Add(f1);
2061         else {
2062           fFitterArray12.AddAt(f1->Clone(),GetIndex(i,j));
2063         }
2064       }
2065       //
2066       // fitter9
2067       f0 =  GetFitter9(i,j);
2068       f1 =  align->GetFitter9(i,j);
2069       if (f1){
2070         if (f0) f0->Add(f1);
2071         else {
2072           fFitterArray9.AddAt(f1->Clone(),GetIndex(i,j));
2073         }
2074       }
2075       f0 =  GetFitter6(i,j);
2076       f1 =  align->GetFitter6(i,j);
2077       if (f1){
2078         if (f0) f0->Add(f1);
2079         else {
2080           fFitterArray6.AddAt(f1->Clone(),GetIndex(i,j));
2081         }
2082       }
2083     }
2084   }
2085   //
2086   // Add Kalman filter
2087   //
2088   for (Int_t i=0;i<36;i++){
2089     TMatrixD *par0 = (TMatrixD*)fArraySectorIntParam.At(i);
2090     if (!par0){
2091       MakeSectorKalman();
2092       par0 = (TMatrixD*)fArraySectorIntParam.At(i);
2093     }
2094     TMatrixD *par1 = (TMatrixD*)align->fArraySectorIntParam.At(i);
2095     if (!par1) continue;
2096     //
2097     TMatrixD *cov0 = (TMatrixD*)fArraySectorIntCovar.At(i);
2098     TMatrixD *cov1 = (TMatrixD*)align->fArraySectorIntCovar.At(i);
2099     UpdateSectorKalman(*par0,*cov0,*par1,*cov1);
2100   }
2101   if (!fSectorParamA){
2102     MakeKalman();
2103   }
2104   if (align->fSectorParamA){
2105     UpdateKalman(*fSectorParamA,*fSectorCovarA,*align->fSectorParamA,*align->fSectorCovarA);
2106     UpdateKalman(*fSectorParamC,*fSectorCovarC,*align->fSectorParamC,*align->fSectorCovarC);
2107   }
2108   if (!fClusterDelta[0]) MakeResidualHistos();
2109   for (Int_t i=0; i<6; i++){
2110     if (align->fClusterDelta[i]) fClusterDelta[i]->Add(align->fClusterDelta[i]);
2111   }
2112 }
2113
2114 Double_t AliTPCcalibAlign::Correct(Int_t type, Int_t value, Int_t s1, Int_t s2, Double_t x1, Double_t y1, Double_t z1, Double_t dydx1,Double_t dzdx1){
2115   //
2116   // GetTransformed value
2117   //
2118   //
2119   // x2    =  a00*x1 + a01*y1 + a02*z1 + a03
2120   // y2    =  a10*x1 + a11*y1 + a12*z1 + a13
2121   // z2    =  a20*x1 + a21*y1 + a22*z1 + a23
2122   // dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2123   // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2124
2125
2126   const TMatrixD * mat = GetTransformation(s1,s2,type);
2127   if (!mat) {
2128     if (value==0) return x1;
2129     if (value==1) return y1;
2130     if (value==2) return z1;
2131     if (value==3) return dydx1;
2132     if (value==4) return dzdx1;
2133     //
2134     if (value==5) return dydx1;
2135     if (value==6) return dzdx1;
2136     return 0;
2137   }
2138   Double_t valT=0;
2139
2140   if (value==0){
2141     valT = (*mat)(0,0)*x1+(*mat)(0,1)*y1+(*mat)(0,2)*z1+(*mat)(0,3);
2142   }
2143
2144   if (value==1){
2145     valT = (*mat)(1,0)*x1+(*mat)(1,1)*y1+(*mat)(1,2)*z1+(*mat)(1,3);
2146   }
2147   if (value==2){
2148     valT = (*mat)(2,0)*x1+(*mat)(2,1)*y1+(*mat)(2,2)*z1+(*mat)(2,3);
2149   }
2150   if (value==3){
2151     //    dydx2 = (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2152     valT =  (*mat)(1,0)    +(*mat)(1,1)*dydx1 +(*mat)(1,2)*dzdx1;
2153     valT/= ((*mat)(0,0)    +(*mat)(0,1)*dydx1 +(*mat)(0,2)*dzdx1);
2154   }
2155
2156   if (value==4){
2157     // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2158     valT =  (*mat)(2,0)    +(*mat)(2,1)*dydx1 +(*mat)(2,2)*dzdx1;
2159     valT/= ((*mat)(0,0)    +(*mat)(0,1)*dydx1 +(*mat)(0,2)*dzdx1);
2160   }
2161   //
2162   if (value==5){
2163     // onlys shift in angle
2164     //    dydx2 =  (a10    + a11*dydx1 + a12*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2165     valT =  (*mat)(1,0)    +(*mat)(1,1)*dydx1;
2166   }
2167
2168   if (value==6){
2169     // only shift in angle
2170     // dzdx2 = (a20    + a21*dydx1 + a22*dzdx1)/(a00    + a01*dydx1 + a02*dzdx1)
2171     valT =  (*mat)(2,0)    +(*mat)(2,1)*dydx1;
2172   }
2173   //
2174   return valT;
2175 }
2176
2177
2178 void  AliTPCcalibAlign::Constrain1Pt(AliExternalTrackParam &track1, const AliExternalTrackParam &track2, Bool_t noField){
2179   //
2180   // Update track parameters t1
2181   //
2182   TMatrixD vecXk(5,1);    // X vector
2183   TMatrixD covXk(5,5);    // X covariance
2184   TMatrixD matHk(1,5);    // vector to mesurement
2185   TMatrixD measR(1,1);    // measurement error
2186   //TMatrixD matQk(5,5);    // prediction noise vector
2187   TMatrixD vecZk(1,1);    // measurement
2188   //
2189   TMatrixD vecYk(1,1);    // Innovation or measurement residual
2190   TMatrixD matHkT(5,1);
2191   TMatrixD matSk(1,1);    // Innovation (or residual) covariance
2192   TMatrixD matKk(5,1);    // Optimal Kalman gain
2193   TMatrixD mat1(5,5);     // update covariance matrix
2194   TMatrixD covXk2(5,5);   //
2195   TMatrixD covOut(5,5);
2196   //
2197   Double_t *param1=(Double_t*) track1.GetParameter();
2198   Double_t *covar1=(Double_t*) track1.GetCovariance();
2199
2200   //
2201   // copy data to the matrix
2202   for (Int_t ipar=0; ipar<5; ipar++){
2203     vecXk(ipar,0) = param1[ipar];
2204     for (Int_t jpar=0; jpar<5; jpar++){
2205       covXk(ipar,jpar) = covar1[track1.GetIndex(ipar, jpar)];
2206     }
2207   }
2208   //
2209   //
2210   //
2211   vecZk(0,0) = track2.GetParameter()[4];   // 1/pt measurement from track 2
2212   measR(0,0) = track2.GetCovariance()[14];  // 1/pt measurement error
2213   if (noField) {
2214     measR(0,0)*=0.000000001;
2215     vecZk(0,0)=0.;
2216   }
2217   //
2218   matHk(0,0)=0; matHk(0,1)= 0; matHk(0,2)= 0;
2219   matHk(0,3)= 0;    matHk(0,4)= 1;           // vector to measurement
2220   //
2221   //
2222   //
2223   vecYk = vecZk-matHk*vecXk;                 // Innovation or measurement residual
2224   matHkT=matHk.T(); matHk.T();
2225   matSk = (matHk*(covXk*matHkT))+measR;      // Innovation (or residual) covariance
2226   matSk.Invert();
2227   matKk = (covXk*matHkT)*matSk;              //  Optimal Kalman gain
2228   vecXk += matKk*vecYk;                      //  updated vector
2229   mat1(0,0)=1; mat1(1,1)=1; mat1(2,2)=1; mat1(3,3)=1; mat1(4,4)=1;
2230   covXk2 = (mat1-(matKk*matHk));
2231   covOut =  covXk2*covXk;
2232   //
2233   //
2234   //
2235   // copy from matrix to parameters
2236   if (0) {
2237     covOut.Print();
2238     vecXk.Print();
2239     covXk.Print();
2240     track1.Print();
2241     track2.Print();
2242   }
2243
2244   for (Int_t ipar=0; ipar<5; ipar++){
2245     param1[ipar]= vecXk(ipar,0) ;
2246     for (Int_t jpar=0; jpar<5; jpar++){
2247       covar1[track1.GetIndex(ipar, jpar)]=covOut(ipar,jpar);
2248     }
2249   }
2250
2251 }
2252
2253 void AliTPCcalibAlign::GlobalAlign6(Int_t minPoints, Float_t sysError, Int_t niter){
2254   //
2255   //  Global Align -combine the partial alignment of pair of sectors
2256   //  minPoints - minimal number of points - don't use sector alignment wit smaller number
2257   //  sysError  - error added to the alignemnt error
2258   //
2259   AliTPCcalibAlign * align = this;
2260   TMatrixD * arrayAlign[72];
2261   TMatrixD * arrayAlignDiff[72];
2262   //
2263   for (Int_t i=0;i<72; i++) {
2264     TMatrixD * mat = new TMatrixD(4,4);
2265     mat->UnitMatrix();
2266     arrayAlign[i]=mat;
2267     arrayAlignDiff[i]=(TMatrixD*)(mat->Clone());
2268   }
2269
2270   TTreeSRedirector *cstream = new TTreeSRedirector("galign6.root");
2271   for (Int_t iter=0; iter<niter;iter++){
2272     printf("Iter=\t%d\n",iter);
2273     for (Int_t is0=0;is0<72; is0++) {
2274       //
2275       //TMatrixD  *mati0 = arrayAlign[is0];
2276       TMatrixD matDiff(4,4);
2277       Double_t sumw=0;
2278       for (Int_t is1=0;is1<72; is1++) {
2279         Bool_t invers=kFALSE;
2280         Int_t npoints=0;
2281         TMatrixD covar;
2282         TVectorD errors;
2283         const TMatrixD *mat = align->GetTransformation(is0,is1,0);
2284         if (mat){
2285           npoints = align->GetFitter6(is0,is1)->GetNpoints();
2286           if (npoints>minPoints){
2287             align->GetFitter6(is0,is1)->GetCovarianceMatrix(covar);
2288             align->GetFitter6(is0,is1)->GetErrors(errors);
2289           }
2290         }
2291         else{
2292           invers=kTRUE;
2293           mat = align->GetTransformation(is1,is0,0);
2294           if (mat) {
2295             npoints = align->GetFitter6(is1,is0)->GetNpoints();
2296             if (npoints>minPoints){
2297               align->GetFitter6(is1,is0)->GetCovarianceMatrix(covar);
2298               align->GetFitter6(is1,is0)->GetErrors(errors);
2299             }
2300           }
2301         }
2302         if (!mat) continue;
2303         if (npoints<minPoints) continue;
2304         //
2305         Double_t weight=1;
2306         if (is1/36>is0/36) weight*=2./3.; //IROC-OROC
2307         if (is1/36<is0/36) weight*=1./3.; //OROC-IROC
2308         if (is1/36==is0/36) weight*=1/3.; //OROC-OROC
2309         if (is1%36!=is0%36) weight*=1/2.; //Not up-down
2310         weight/=(errors[4]*errors[4]+sysError*sysError);  // wieghting with error in Y
2311         //
2312         //
2313         TMatrixD matT = *mat;
2314         if (invers)  matT.Invert();
2315         TMatrixD diffMat= (*(arrayAlign[is1]))*matT;
2316         diffMat-=(*arrayAlign[is0]);
2317         matDiff+=weight*diffMat;
2318         sumw+=weight;
2319
2320         (*cstream)<<"LAlign"<<
2321           "iter="<<iter<<
2322           "s0="<<is0<<
2323           "s1="<<is1<<
2324           "npoints="<<npoints<<
2325           "m60.="<<arrayAlign[is0]<<
2326           "m61.="<<arrayAlign[is1]<<
2327           "m01.="<<&matT<<
2328           "diff.="<<&diffMat<<
2329           "cov.="<<&covar<<
2330           "err.="<<&errors<<
2331           "\n";
2332       }
2333       if (sumw>0){
2334         matDiff*=1/sumw;
2335         matDiff(0,0)=0;
2336         matDiff(1,1)=0;
2337         matDiff(1,1)=0;
2338         matDiff(1,1)=0;
2339         (*arrayAlignDiff[is0]) = matDiff;
2340       }
2341     }
2342     for (Int_t is0=0;is0<72; is0++) {
2343       if (is0<36) (*arrayAlign[is0]) += 0.4*(*arrayAlignDiff[is0]);
2344       if (is0>=36) (*arrayAlign[is0]) += 0.2*(*arrayAlignDiff[is0]);
2345        //
2346       (*cstream)<<"GAlign"<<
2347         "iter="<<iter<<
2348         "s0="<<is0<<
2349         "m6.="<<arrayAlign[is0]<<
2350         "\n";
2351     }
2352   }
2353
2354   delete cstream;
2355   for (Int_t isec=0;isec<72;isec++){
2356     fCombinedMatrixArray6.AddAt(arrayAlign[isec],isec);
2357     delete arrayAlignDiff[isec];
2358   }
2359 }
2360
2361
2362  Int_t  AliTPCcalibAlign::RefitLinear(const AliTPCseed * track, Int_t isec, Double_t *fitParam, Int_t refSector,  TMatrixD &tparam, TMatrixD&tcovar, Double_t xRef, Bool_t both){
2363   //
2364   // Refit tracklet linearly using clusters at  given sector isec
2365   // Clusters are rotated to the  reference frame of sector refSector
2366   //
2367   // fit parameters and errors retruning in the fitParam
2368   //
2369   // seed      - acces to the original clusters
2370   // isec      - sector to be refited
2371   // fitParam  -
2372   //           0  lx
2373   //           1  ly
2374   //           2  dy/dz
2375   //           3  lz
2376   //           4  dz/dx
2377   //           5  sx
2378   //           6  sy
2379   //           7  sdydx
2380   //           8  sz
2381   //           9  sdzdx
2382   // ref sector is the sector defining ref frame - rotation
2383   // return value - number of used clusters
2384
2385   const Int_t      kMinClusterF=15;
2386   const  Int_t     kdrow1 =10;        // rows to skip at the end
2387   const  Int_t     kdrow0 =3;        // rows to skip at beginning
2388   const  Float_t   kedgeyIn=2.5;
2389   const  Float_t   kedgeyOut=4.0;
2390   const  Float_t   kMaxDist=5;       // max distance -in sigma
2391   const  Float_t   kMaxCorrY=0.05;    // max correction
2392   //
2393   Double_t dalpha = 0;
2394   if ((refSector%18)!=(isec%18)){
2395     dalpha = -((refSector%18)-(isec%18))*TMath::TwoPi()/18.;
2396   }
2397   Double_t ca = TMath::Cos(dalpha);
2398   Double_t sa = TMath::Sin(dalpha);
2399   //
2400   //
2401   AliTPCPointCorrection * corr =  AliTPCPointCorrection::Instance();
2402   //
2403   // full track fit parameters
2404   //
2405   TLinearFitter fyf(2,"pol1");
2406   TLinearFitter fzf(2,"pol1");
2407   TVectorD pyf(2), peyf(2),pzf(2), pezf(2);
2408   TMatrixD covY(4,4),covZ(4,4);
2409   Double_t chi2FacY =1;
2410   Double_t chi2FacZ =1;
2411   Int_t nf=0;
2412   //
2413   //
2414   //
2415   Float_t erry=0.1;   // initial cluster error estimate
2416   Float_t errz=0.1;   // initial cluster error estimate
2417   for (Int_t iter=0; iter<2; iter++){
2418     fyf.ClearPoints();
2419     fzf.ClearPoints();
2420     for (Int_t irow=kdrow0;irow<159-kdrow1;irow++) {
2421       AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(irow);
2422       if (!c) continue;
2423       //
2424       if (c->GetDetector()%36!=(isec%36)) continue;
2425       if (!both && c->GetDetector()!=isec) continue;
2426
2427       if (c->GetRow()<kdrow0) continue;
2428       //cluster position in reference frame
2429       Double_t lxR   =   ca*c->GetX()-sa*c->GetY();
2430       Double_t lyR   =  +sa*c->GetX()+ca*c->GetY();
2431       Double_t lzR   =  c->GetZ();
2432
2433       Double_t dx = lxR -xRef;   // distance to reference X
2434       Double_t x[2]={dx, dx*dx};
2435
2436       Double_t yfitR  =    pyf[0]+pyf[1]*dx;  // fit value Y in ref frame
2437       Double_t zfitR  =    pzf[0]+pzf[1]*dx;  // fit value Z in ref frame
2438       //
2439       Double_t yfit   =  -sa*lxR + ca*yfitR;  // fit value Y in local frame
2440       //
2441       if (iter==0 &&c->GetType()<0) continue;
2442       if (iter>0){
2443         if (TMath::Abs(lyR-yfitR)>kMaxDist*erry) continue;
2444         if (TMath::Abs(lzR-zfitR)>kMaxDist*errz) continue;
2445         Double_t dedge =  c->GetX()*TMath::Tan(TMath::Pi()/18.)-TMath::Abs(yfit);
2446         if (isec<36 && dedge<kedgeyIn) continue;
2447         if (isec>35 && dedge<kedgeyOut) continue;
2448         Double_t corrtrY =
2449           corr->RPhiCOGCorrection(isec,c->GetRow(), c->GetPad(),
2450                                   c->GetY(),yfit, c->GetZ(), pyf[1], c->GetMax(),2.5);
2451         Double_t corrclY =
2452           corr->RPhiCOGCorrection(isec,c->GetRow(), c->GetPad(),
2453                                   c->GetY(),c->GetY(), c->GetZ(), pyf[1], c->GetMax(),2.5);
2454         if (TMath::Abs((corrtrY+corrclY)*0.5)>kMaxCorrY) continue;
2455         if (TMath::Abs(corrtrY)>kMaxCorrY) continue;
2456       }
2457       fyf.AddPoint(x,lyR,erry);
2458       fzf.AddPoint(x,lzR,errz);
2459     }
2460     nf = fyf.GetNpoints();
2461     if (nf<kMinClusterF) return 0;   // not enough points - skip
2462     fyf.Eval();
2463     fyf.GetParameters(pyf);
2464     fyf.GetErrors(peyf);
2465     fzf.Eval();
2466     fzf.GetParameters(pzf);
2467     fzf.GetErrors(pezf);
2468     chi2FacY = TMath::Sqrt(fyf.GetChisquare()/(fyf.GetNpoints()-2.));
2469     chi2FacZ = TMath::Sqrt(fzf.GetChisquare()/(fzf.GetNpoints()-2.));
2470     peyf[0]*=chi2FacY;
2471     peyf[1]*=chi2FacY;
2472     pezf[0]*=chi2FacZ;
2473     pezf[1]*=chi2FacZ;
2474     erry*=chi2FacY;
2475     errz*=chi2FacZ;
2476     fyf.GetCovarianceMatrix(covY);
2477     fzf.GetCovarianceMatrix(covZ);
2478     for (Int_t i0=0;i0<2;i0++)
2479       for (Int_t i1=0;i1<2;i1++){
2480         covY(i0,i1)*=chi2FacY*chi2FacY;
2481         covZ(i0,i1)*=chi2FacZ*chi2FacZ;
2482       }
2483   }
2484   fitParam[0] = xRef;
2485   //
2486   fitParam[1] = pyf[0];
2487   fitParam[2] = pyf[1];
2488   fitParam[3] = pzf[0];
2489   fitParam[4] = pzf[1];
2490   //
2491   fitParam[5] = 0;
2492   fitParam[6] = peyf[0];
2493   fitParam[7] = peyf[1];
2494   fitParam[8] = pezf[0];
2495   fitParam[9] = pezf[1];
2496   //
2497   //
2498   tparam(0,0) = pyf[0];
2499   tparam(1,0) = pyf[1];
2500   tparam(2,0) = pzf[0];
2501   tparam(3,0) = pzf[1];
2502   //
2503   tcovar(0,0) = covY(0,0);
2504   tcovar(1,1) = covY(1,1);
2505   tcovar(1,0) = covY(1,0);
2506   tcovar(0,1) = covY(0,1);
2507   tcovar(2,2) = covZ(0,0);
2508   tcovar(3,3) = covZ(1,1);
2509   tcovar(3,2) = covZ(1,0);
2510   tcovar(2,3) = covZ(0,1);
2511   return nf;
2512 }
2513
2514 void  AliTPCcalibAlign::UpdateAlignSector(const AliTPCseed * track,Int_t isec){
2515   //
2516   // Update Kalman filter of Alignment
2517   //       IROC - OROC quadrants
2518   //
2519   if (!fClusterDelta[0])  MakeResidualHistos();
2520   const Int_t kMinClusterF=40;
2521   const Int_t kMinClusterQ=10;
2522   //
2523   const  Int_t     kdrow1Fit =5;         // rows to skip from fit at the end
2524   const  Int_t     kdrow0Fit =10;        // rows to skip from fit at beginning
2525   const  Float_t   kedgey=3.0;
2526   const  Float_t   kMaxDist=1;
2527   const  Float_t   kMaxCorrY=0.05;
2528   const  Float_t   kPRFWidth = 0.6;   //cut 2 sigma of PRF
2529   isec = isec%36;     // use the hardware numbering
2530   //
2531   //
2532   AliTPCPointCorrection * corr =  AliTPCPointCorrection::Instance();
2533   //
2534   // full track fit parameters
2535   //
2536   TLinearFitter fyf(2,"pol1");
2537   TLinearFitter fzf(2,"pol1");
2538   TVectorD pyf(2), peyf(2),pzf(2), pezf(2);
2539   TVectorD pyfc(2),pzfc(2);
2540   Int_t nf=0;
2541   //
2542   // make full fit as reference
2543   //
2544   for (Int_t iter=0; iter<2; iter++){
2545     fyf.ClearPoints();
2546     for (Int_t irow=kdrow0Fit;irow<159-kdrow1Fit;irow++) {
2547       AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(irow);
2548       if (!c) continue;
2549       if ((c->GetDetector()%36)!=isec) continue;
2550       if (c->GetRow()<kdrow0Fit) continue;
2551       Double_t dx = c->GetX()-fXmiddle;
2552       Double_t x[2]={dx, dx*dx};
2553       if (iter==0 &&c->GetType()<0) continue;
2554       if (iter==1){
2555         Double_t yfit  =  pyf[0]+pyf[1]*dx;
2556         Double_t zfit  =  pzf[0]+pzf[1]*dx;
2557         Double_t dedge =  c->GetX()*TMath::Tan(TMath::Pi()/18.)-TMath::Abs(yfit);
2558         if (TMath::Abs(c->GetY()-yfit)>kMaxDist) continue;
2559         if (TMath::Abs(c->GetZ()-zfit)>kMaxDist) continue;
2560         if (dedge<kedgey) continue;
2561         Double_t corrtrY =
2562           corr->RPhiCOGCorrection(c->GetDetector(),c->GetRow(), c->GetPad(),
2563                                   c->GetY(),yfit, c->GetZ(), pyf[1], c->GetMax(),2.5);
2564         if (TMath::Abs(corrtrY)>kMaxCorrY) continue;
2565       }
2566       fyf.AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2567       fzf.AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2568     }
2569     nf = fyf.GetNpoints();
2570     if (nf<kMinClusterF) return;   // not enough points - skip
2571     fyf.Eval();
2572     fyf.GetParameters(pyf);
2573     fyf.GetErrors(peyf);
2574     fzf.Eval();
2575     fzf.GetParameters(pzf);
2576     fzf.GetErrors(pezf);
2577   }
2578   //
2579   //
2580   //
2581   TVectorD vecX(nf+kdrow0Fit+kdrow1Fit+5);          // x         vector
2582   TVectorD vecY(nf+kdrow0Fit+kdrow1Fit+5);          // residuals vector
2583   TVectorD vecZ(nf+kdrow0Fit+kdrow1Fit+5);                              // residuals vector
2584   TVectorD vPosG(3);                  //vertex position
2585   TVectorD vPosL(3);                 // vertex position in the TPC local system
2586   TVectorF vImpact(2);               //track impact parameter
2587   Double_t tofSignal= fCurrentTrack->GetTOFsignal();      // tof signal
2588   TVectorF tpcPosG(3);                                    // global position of track at the middle of fXmiddle
2589   Double_t lphi = TMath::ATan2(pyf[0],fXmiddle);          // expected local phi angle - if vertex at 0
2590   Double_t gphi = 2.*TMath::Pi()*(isec%18+0.5)/18.+lphi;  // expected global phi if vertex at 0
2591   Double_t ky   = pyf[0]/fXmiddle;
2592   Double_t kyE  =0, kzE=0;    // ky and kz expected
2593   Double_t alpha =2.*TMath::Pi()*(isec%18+0.5)/18.;
2594   Double_t scos=TMath::Cos(alpha);
2595   Double_t ssin=TMath::Sin(alpha);
2596   const AliESDVertex* vertex = fCurrentEvent->GetPrimaryVertexTracks();
2597   vertex->GetXYZ(vPosG.GetMatrixArray());
2598   fCurrentTrack->GetImpactParameters(vImpact[0],vImpact[1]);  // track impact parameters
2599   //
2600   tpcPosG[0]= scos*fXmiddle-ssin*pyf[0];
2601   tpcPosG[1]=+ssin*fXmiddle+scos*pyf[0];
2602   tpcPosG[2]=pzf[0];
2603   vPosL[0]= scos*vPosG[0]+ssin*vPosG[1];
2604   vPosL[1]=-ssin*vPosG[0]+scos*vPosG[1];
2605   vPosL[2]= vPosG[2];
2606   kyE = (pyf[0]-vPosL[1])/(fXmiddle-vPosL[0]);
2607   kzE = (pzf[0]-vPosL[2])/(fXmiddle-vPosL[0]);
2608   //
2609   // get constrained parameters
2610   //
2611   Double_t xvertex=vPosL[0]-fXmiddle;
2612   fyf.AddPoint(&xvertex,vPosL[1], 0.1+TMath::Abs(vImpact[0]));
2613   fzf.AddPoint(&xvertex,vPosL[2], 0.1+TMath::Abs(vImpact[1]));
2614   fyf.Eval();
2615   fyf.GetParameters(pyfc);
2616   fzf.Eval();
2617   fzf.GetParameters(pzfc);
2618   //
2619   //
2620   // Make Fitters and params for 5 fitters
2621   // 1-4 OROC quadrants
2622   //   0 IROC
2623   //
2624   TLinearFitter *fittersY[5];
2625   TLinearFitter *fittersZ[5];
2626   Int_t npoints[5];
2627   TVectorD paramsY[5];
2628   TVectorD errorsY[5];
2629   TMatrixD covY[5];
2630   Double_t chi2CY[5];
2631   TVectorD paramsZ[5];
2632   TVectorD errorsZ[5];
2633   TMatrixD covZ[5];
2634   Double_t chi2CZ[5];
2635   for (Int_t i=0;i<5;i++) {
2636     npoints[i]=0;
2637     fittersY[i] = new TLinearFitter(2,"pol1");
2638     paramsY[i].ResizeTo(2);
2639     errorsY[i].ResizeTo(2);
2640     covY[i].ResizeTo(2,2);
2641     fittersZ[i] = new TLinearFitter(2,"pol1");
2642     paramsZ[i].ResizeTo(2);
2643     errorsZ[i].ResizeTo(2);
2644     covZ[i].ResizeTo(2,2);
2645   }
2646   //
2647   // Update fitters
2648   //
2649   Int_t countRes=0;
2650   for (Int_t irow=0;irow<159;irow++) {
2651     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(irow);
2652     if (!c) continue;
2653     if ((c->GetDetector()%36)!=isec) continue;
2654     Double_t dx = c->GetX()-fXmiddle;
2655     Double_t x[2]={dx, dx*dx};
2656     Double_t yfit  =  pyf[0]+pyf[1]*dx;
2657     Double_t zfit  =  pzf[0]+pzf[1]*dx;
2658     Double_t yfitC  =  pyfc[0]+pyfc[1]*dx;
2659     Double_t zfitC  =  pzfc[0]+pzfc[1]*dx;
2660     Double_t dedge =  c->GetX()*TMath::Tan(TMath::Pi()/18.)-TMath::Abs(yfit);
2661     if (TMath::Abs(c->GetY()-yfit)>kMaxDist) continue;
2662     if (TMath::Abs(c->GetZ()-zfit)>kMaxDist) continue;
2663     if (dedge<kedgey) continue;
2664     Double_t corrtrY =
2665       corr->RPhiCOGCorrection(c->GetDetector(),c->GetRow(), c->GetPad(),
2666                               c->GetY(),yfit, c->GetZ(), pyf[1], c->GetMax(),2.5);
2667     if (TMath::Abs(corrtrY)>kMaxCorrY) continue;
2668     //
2669     vecX[countRes]=c->GetX();
2670     vecY[countRes]=c->GetY()-yfit;
2671     vecZ[countRes]=c->GetZ()-zfit;
2672     countRes++;
2673     //
2674     // Fill THnSparse cluster residuals
2675     // use only primary candidates with ITS signal
2676     if (nf>100&&fCurrentTrack->IsOn(0x4)&&TMath::Abs(vImpact[0])<1&&TMath::Abs(vImpact[1])<1){
2677       Double_t resVector[5];
2678       resVector[1]= 9.*gphi/TMath::Pi();
2679       resVector[2]= c->GetX();
2680       resVector[3]= c->GetY()/c->GetX();
2681       resVector[4]= c->GetZ()/c->GetX();
2682       //
2683       resVector[0]= c->GetY()-yfit;
2684       fClusterDelta[0]->Fill(resVector);
2685       resVector[0]= c->GetZ()-zfit;
2686       fClusterDelta[1]->Fill(resVector);
2687       //
2688       resVector[0]= c->GetY()-yfitC;
2689       fClusterDelta[2]->Fill(resVector);
2690       resVector[0]= c->GetZ()-zfitC;
2691       fClusterDelta[3]->Fill(resVector);
2692
2693     }
2694     if (c->GetRow()<kdrow0Fit) continue;
2695     if (c->GetRow()>159-kdrow1Fit) continue;
2696     //
2697
2698     if (c->GetDetector()>35){
2699       if (c->GetX()<fXquadrant){
2700         if (yfit<-kPRFWidth) fittersY[1]->AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2701         if (yfit<-kPRFWidth) fittersZ[1]->AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2702         if (yfit>kPRFWidth) fittersY[2]->AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2703         if (yfit>kPRFWidth) fittersZ[2]->AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2704       }
2705       if (c->GetX()>fXquadrant){
2706         if (yfit<-kPRFWidth) fittersY[3]->AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2707         if (yfit<-kPRFWidth) fittersZ[3]->AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2708         if (yfit>kPRFWidth) fittersY[4]->AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2709         if (yfit>kPRFWidth) fittersZ[4]->AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2710       }
2711     }
2712     if (c->GetDetector()<36){
2713       fittersY[0]->AddPoint(x,c->GetY(),0.1);
2714       fittersZ[0]->AddPoint(x,c->GetZ(),0.1);
2715     }
2716   }
2717   //
2718   //
2719   //
2720   for (Int_t i=0;i<5;i++) {
2721     npoints[i] = fittersY[i]->GetNpoints();
2722     if (npoints[i]>=kMinClusterQ){
2723       // Y fit
2724       fittersY[i]->Eval();
2725       Double_t chi2FacY = TMath::Sqrt(fittersY[i]->GetChisquare()/(fittersY[i]->GetNpoints()-2));
2726       chi2CY[i]=chi2FacY;
2727       fittersY[i]->GetParameters(paramsY[i]);
2728       fittersY[i]->GetErrors(errorsY[i]);
2729       fittersY[i]->GetCovarianceMatrix(covY[i]);
2730       // renormalize errors
2731       errorsY[i][0]*=chi2FacY;
2732       errorsY[i][1]*=chi2FacY;
2733       covY[i](0,0)*=chi2FacY*chi2FacY;
2734       covY[i](0,1)*=chi2FacY*chi2FacY;
2735       covY[i](1,0)*=chi2FacY*chi2FacY;
2736       covY[i](1,1)*=chi2FacY*chi2FacY;
2737       // Z fit
2738       fittersZ[i]->Eval();
2739       Double_t chi2FacZ = TMath::Sqrt(fittersZ[i]->GetChisquare()/(fittersZ[i]->GetNpoints()-2));
2740       chi2CZ[i]=chi2FacZ;
2741       fittersZ[i]->GetParameters(paramsZ[i]);
2742       fittersZ[i]->GetErrors(errorsZ[i]);
2743       fittersZ[i]->GetCovarianceMatrix(covZ[i]);
2744       // renormalize errors
2745       errorsZ[i][0]*=chi2FacZ;
2746       errorsZ[i][1]*=chi2FacZ;
2747       covZ[i](0,0)*=chi2FacZ*chi2FacZ;
2748       covZ[i](0,1)*=chi2FacZ*chi2FacZ;
2749       covZ[i](1,0)*=chi2FacZ*chi2FacZ;
2750       covZ[i](1,1)*=chi2FacZ*chi2FacZ;
2751     }
2752   }
2753   for (Int_t i=0;i<5;i++){
2754     delete fittersY[i];
2755     delete fittersZ[i];
2756   }
2757
2758   //
2759   // void UpdateSectorKalman
2760   //
2761   for (Int_t i0=0;i0<5;i0++){
2762     for (Int_t i1=i0+1;i1<5;i1++){
2763       if(npoints[i0]<kMinClusterQ) continue;
2764       if(npoints[i1]<kMinClusterQ) continue;
2765       TMatrixD v0(4,1),v1(4,1);        // measurement
2766       TMatrixD cov0(4,4),cov1(4,4);    // covariance
2767       //
2768       v0(0,0)= paramsY[i0][0];         v1(0,0)= paramsY[i1][0];
2769       v0(1,0)= paramsY[i0][1];         v1(1,0)= paramsY[i1][1];
2770       v0(2,0)= paramsZ[i0][0];         v1(2,0)= paramsZ[i1][0];
2771       v0(3,0)= paramsZ[i0][1];         v1(3,0)= paramsZ[i1][1];
2772       //covariance i0
2773       cov0(0,0) = covY[i0](0,0);
2774       cov0(1,1) = covY[i0](1,1);
2775       cov0(1,0) = covY[i0](1,0);
2776       cov0(0,1) = covY[i0](0,1);
2777       cov0(2,2) = covZ[i0](0,0);
2778       cov0(3,3) = covZ[i0](1,1);
2779       cov0(3,2) = covZ[i0](1,0);
2780       cov0(2,3) = covZ[i0](0,1);
2781       //covariance i1
2782       cov1(0,0) = covY[i1](0,0);
2783       cov1(1,1) = covY[i1](1,1);
2784       cov1(1,0) = covY[i1](1,0);
2785       cov1(0,1) = covY[i1](0,1);
2786       cov1(2,2) = covZ[i1](0,0);
2787       cov1(3,3) = covZ[i1](1,1);
2788       cov1(3,2) = covZ[i1](1,0);
2789       cov1(2,3) = covZ[i1](0,1);
2790       //
2791       // And now update
2792       //
2793       if (TMath::Abs(pyf[1])<0.8){ //angular cut
2794         UpdateSectorKalman(isec, i0,i1, &v0,&cov0,&v1,&cov1);
2795       }
2796     }
2797   }
2798
2799   //
2800   // Dump debug information
2801   //
2802   if (fStreamLevel>0){
2803     // get vertex position
2804      //
2805     TTreeSRedirector *cstream = GetDebugStreamer();
2806
2807
2808     if (cstream){
2809       for (Int_t i0=0;i0<5;i0++){
2810         for (Int_t i1=i0;i1<5;i1++){
2811           if (i0==i1) continue;
2812           if(npoints[i0]<kMinClusterQ) continue;
2813           if(npoints[i1]<kMinClusterQ) continue;
2814           (*cstream)<<"sectorAlign"<<
2815             "run="<<fRun<<              //  run number
2816             "event="<<fEvent<<          //  event number
2817             "time="<<fTime<<            //  time stamp of event
2818             "trigger="<<fTrigger<<      //  trigger
2819             "triggerClass="<<&fTriggerClass<<      //  trigger
2820             "mag="<<fMagF<<             //  magnetic field
2821             "isec="<<isec<<             //  current sector
2822             //
2823             "xref="<<fXmiddle<<         // reference X
2824             "vPosG.="<<&vPosG<<        // vertex position in global system
2825             "vPosL.="<<&vPosL<<        // vertex position in local  system
2826             "vImpact.="<<&vImpact<<   // track impact parameter
2827             "tofSignal="<<tofSignal<<   // tof signal
2828             "tpcPosG.="<<&tpcPosG<<   // global position of track at the middle of fXmiddle
2829             "lphi="<<lphi<<             // expected local phi angle - if vertex at 0
2830             "gphi="<<gphi<<             // expected global phi if vertex at 0
2831             "ky="<<ky<<
2832             "kyE="<<kyE<<               // expect ky - assiming pirmary track
2833             "kzE="<<kzE<<               // expected kz - assuming primary tracks
2834             "salpha="<<alpha<<          // sector alpha
2835             "scos="<<scos<<              // tracking cosinus
2836             "ssin="<<ssin<<              // tracking sinus
2837             //
2838             // full fit
2839             //
2840             "nf="<<nf<<                 //  total number of points
2841             "pyf.="<<&pyf<<             //  full OROC fit y
2842             "pzf.="<<&pzf<<             //  full OROC fit z
2843             "vX.="<<&vecX<<              //  x cluster
2844             "vY.="<<&vecY<<              //  y residual cluster
2845             "vZ.="<<&vecZ<<              //  z residual cluster
2846             // quadrant and IROC fit
2847             "i0="<<i0<<                 // quadrant number
2848             "i1="<<i1<<
2849             "n0="<<npoints[i0]<<        // number of points
2850             "n1="<<npoints[i1]<<
2851             //
2852             "py0.="<<&paramsY[i0]<<       // parameters
2853             "py1.="<<&paramsY[i1]<<
2854             "ey0.="<<&errorsY[i0]<<       // errors
2855             "ey1.="<<&errorsY[i1]<<
2856             "chiy0="<<chi2CY[i0]<<       // chi2s
2857             "chiy1="<<chi2CY[i1]<<
2858             //
2859             "pz0.="<<&paramsZ[i0]<<       // parameters
2860             "pz1.="<<&paramsZ[i1]<<
2861             "ez0.="<<&errorsZ[i0]<<       // errors
2862             "ez1.="<<&errorsZ[i1]<<
2863             "chiz0="<<chi2CZ[i0]<<       // chi2s
2864             "chiz1="<<chi2CZ[i1]<<
2865             "\n";
2866         }
2867       }
2868     }
2869   }
2870 }
2871
2872 void AliTPCcalibAlign::UpdateSectorKalman(Int_t sector, Int_t quadrant0, Int_t quadrant1,  TMatrixD *p0, TMatrixD *c0, TMatrixD *p1, TMatrixD *c1 ){
2873   //
2874   //
2875   // tracks are refitted at sector middle
2876   //
2877   if (fArraySectorIntParam.At(0)==NULL) MakeSectorKalman();
2878   //
2879   //
2880   static TMatrixD matHk(4,30);    // vector to mesurement
2881   static TMatrixD measR(4,4);     // measurement error
2882   //  static TMatrixD matQk(2,2);     // prediction noise vector
2883   static TMatrixD vecZk(4,1);     // measurement
2884   //
2885   static TMatrixD vecYk(4,1);     // Innovation or measurement residual
2886   static TMatrixD matHkT(30,4);   // helper matrix Hk transpose
2887   static TMatrixD matSk(4,4);     // Innovation (or residual) covariance
2888   static TMatrixD matKk(30,4);    // Optimal Kalman gain
2889   static TMatrixD mat1(30,30);    // update covariance matrix
2890   static TMatrixD covXk2(30,30);  // helper matrix
2891   //
2892   TMatrixD *vOrig = (TMatrixD*)(fArraySectorIntParam.At(sector));
2893   TMatrixD *cOrig = (TMatrixD*)(fArraySectorIntCovar.At(sector));
2894   //
2895   TMatrixD vecXk(*vOrig);             // X vector
2896   TMatrixD covXk(*cOrig);             // X covariance
2897   //
2898   //Unit matrix
2899   //
2900   for (Int_t i=0;i<30;i++)
2901     for (Int_t j=0;j<30;j++){
2902       mat1(i,j)=0;
2903       if (i==j) mat1(i,j)=1;
2904     }
2905   //
2906   //
2907   // matHk - vector to measurement
2908   //
2909   for (Int_t i=0;i<4;i++)
2910     for (Int_t j=0;j<30;j++){
2911       matHk(i,j)=0;
2912     }
2913   //
2914   // Measurement
2915   // 0  - y
2916   // 1  - ky
2917   // 2  - z
2918   // 3  - kz
2919
2920   matHk(0,6*quadrant1+4)  =  1.;            // delta y
2921   matHk(1,6*quadrant1+0)  =  1.;            // delta ky
2922   matHk(2,6*quadrant1+5)  =  1.;            // delta z
2923   matHk(3,6*quadrant1+1)  =  1.;            // delta kz
2924   // bug fix 24.02  - aware of sign in dx
2925   matHk(0,6*quadrant1+3)  =  -(*p0)(1,0);    // delta x to delta y  - through ky
2926   matHk(2,6*quadrant1+3)  =  -(*p0)(3,0);    // delta x to delta z  - thorugh kz
2927   matHk(2,6*quadrant1+2)  =  ((*p0)(0,0));  // y       to delta z  - through psiz
2928   //
2929   matHk(0,6*quadrant0+4)  =  -1.;           // delta y
2930   matHk(1,6*quadrant0+0)  =  -1.;           // delta ky
2931   matHk(2,6*quadrant0+5)  =  -1.;           // delta z
2932   matHk(3,6*quadrant0+1)  =  -1.;           // delta kz
2933   // bug fix 24.02 be aware of sign in dx
2934   matHk(0,6*quadrant0+3)  =  ((*p0)(1,0)); // delta x to delta y  - through ky
2935   matHk(2,6*quadrant0+3)  =  ((*p0)(3,0)); // delta x to delta z  - thorugh kz
2936   matHk(2,6*quadrant0+2)  =  -((*p0)(0,0)); // y       to delta z  - through psiz
2937
2938   //
2939   //
2940
2941   vecZk =(*p1)-(*p0);                 // measurement
2942   measR =(*c1)+(*c0);                 // error of measurement
2943   vecYk = vecZk-matHk*vecXk;          // Innovation or measurement residual
2944   //
2945   //
2946   matHkT=matHk.T(); matHk.T();
2947   matSk = (matHk*(covXk*matHkT))+measR;    // Innovation (or residual) covariance
2948   matSk.Invert();
2949   matKk = (covXk*matHkT)*matSk;            //  Optimal Kalman gain
2950   vecXk += matKk*vecYk;                    //  updated vector
2951   covXk2= (mat1-(matKk*matHk));
2952   covXk =  covXk2*covXk;
2953   //
2954   //
2955   (*cOrig)=covXk;
2956   (*vOrig)=vecXk;
2957 }
2958
2959 void AliTPCcalibAlign::MakeSectorKalman(){
2960   //
2961   // Make a initial Kalman paramaters for IROC - Quadrants alignment
2962   //
2963   TMatrixD param(5*6,1);
2964   TMatrixD covar(5*6,5*6);
2965   //
2966   // Set inital parameters
2967   //
2968   for (Int_t ip=0;ip<5*6;ip++) param(ip,0)=0;  // mean alignment to 0
2969   //
2970   for (Int_t iq=0;iq<5;iq++){
2971     // Initial uncertinty
2972     covar(iq*6+0,iq*6+0) = 0.002*0.002;        // 2 mrad
2973     covar(iq*6+1,iq*6+1) = 0.002*0.002;        // 2 mrad  rotation
2974     covar(iq*6+2,iq*6+2) = 0.002*0.002;        // 2 mrad
2975     //
2976     covar(iq*6+3,iq*6+3) = 0.02*0.02;        // 0.2 mm
2977     covar(iq*6+4,iq*6+4) = 0.02*0.02;        // 0.2 mm  translation
2978     covar(iq*6+5,iq*6+5) = 0.02*0.02;        // 0.2 mm
2979   }
2980
2981   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++){
2982     fArraySectorIntParam.AddAt(param.Clone(),isec);
2983     fArraySectorIntCovar.AddAt(covar.Clone(),isec);
2984   }
2985 }
2986
2987 void AliTPCcalibAlign::UpdateSectorKalman(TMatrixD &par0, TMatrixD &cov0, TMatrixD &par1, TMatrixD &cov1){
2988   //
2989   // Update kalman vector para0 with vector par1
2990   // Used for merging
2991   //
2992   static TMatrixD matHk(30,30);    // vector to mesurement
2993   static TMatrixD measR(30,30);     // measurement error
2994   static TMatrixD vecZk(30,1);     // measurement
2995   //
2996   static TMatrixD vecYk(30,1);     // Innovation or measurement residual
2997   static TMatrixD matHkT(30,30);   // helper matrix Hk transpose
2998   static TMatrixD matSk(30,30);     // Innovation (or residual) covariance
2999   static TMatrixD matKk(30,30);    // Optimal Kalman gain
3000   static TMatrixD mat1(30,30);    // update covariance matrix
3001   static TMatrixD covXk2(30,30);  // helper matrix
3002   //
3003   TMatrixD vecXk(par0);             // X vector
3004   TMatrixD covXk(cov0);             // X covariance
3005
3006   //
3007   //Unit matrix
3008   //
3009   for (Int_t i=0;i<30;i++)
3010     for (Int_t j=0;j<30;j++){
3011       mat1(i,j)=0;
3012       if (i==j) mat1(i,j)=1;
3013     }
3014   matHk = mat1;                       // unit matrix
3015   //
3016   vecZk = par1;                       // measurement
3017   measR = cov1;                        // error of measurement
3018   vecYk = vecZk-matHk*vecXk;          // Innovation or measurement residual
3019   //
3020   matHkT=matHk.T(); matHk.T();
3021   matSk = (matHk*(covXk*matHkT))+measR;    // Innovation (or residual) covariance
3022   matSk.Invert();
3023   matKk = (covXk*matHkT)*matSk;            //  Optimal Kalman gain
3024   //matKk.Print();
3025   vecXk += matKk*vecYk;                    //  updated vector
3026   covXk2= (mat1-(matKk*matHk));
3027   covXk =  covXk2*covXk;
3028   CheckCovariance(covXk);
3029   CheckCovariance(cov1);
3030   //
3031   par0  = vecXk;                      // update measurement param
3032   cov0  = covXk;                      // update measurement covar
3033 }
3034
3035 Double_t AliTPCcalibAlign::GetCorrectionSector(Int_t coord, Int_t sector, Double_t lx, Double_t ly, Double_t /*lz*/){
3036   //
3037   // Get position correction for given sector
3038   //
3039
3040   TMatrixD * param = (TMatrixD*)fArraySectorIntParam.At(sector%36);
3041   if (!param) return 0;
3042   Int_t quadrant=0;
3043   if(lx>fXIO){
3044     if (lx<fXquadrant) {
3045       if (ly<0) quadrant=1;
3046       if (ly>0) quadrant=2;
3047     }
3048     if (lx>fXquadrant) {
3049       if (ly<0) quadrant=3;
3050       if (ly>0) quadrant=4;
3051     }
3052   }
3053   Double_t a10 = (*param)(quadrant*6+0,0);
3054   Double_t a20 = (*param)(quadrant*6+1,0);
3055   Double_t a21 = (*param)(quadrant*6+2,0);
3056   Double_t dx  = (*param)(quadrant*6+3,0);
3057   Double_t dy  = (*param)(quadrant*6+4,0);
3058   Double_t dz  = (*param)(quadrant*6+5,0);
3059   Double_t deltaX = lx-fXIO;
3060   if (coord==0) return dx;
3061   if (coord==1) return dy+deltaX*a10;
3062   if (coord==2) return dz+deltaX*a20+ly*a21;
3063   return 0;
3064 }
3065
3066 Double_t AliTPCcalibAlign::SGetCorrectionSector(Int_t coord, Int_t sector, Double_t lx, Double_t ly, Double_t lz){
3067   //
3068   //
3069   //
3070   if (!Instance()) return 0;
3071   return Instance()->GetCorrectionSector(coord,sector,lx,ly,lz);
3072 }
3073
3074 void AliTPCcalibAlign::MakeKalman(){
3075   //
3076   // Make a initial Kalman paramaters for sector Alignemnt
3077   //
3078   fSectorParamA = new TMatrixD(6*36+6,1);
3079   fSectorParamC = new TMatrixD(6*36+6,1);
3080   fSectorCovarA = new TMatrixD(6*36+6,6*36+6);
3081   fSectorCovarC = new TMatrixD(6*36+6,6*36+6);
3082   //
3083   // set starting parameters at 0
3084   //
3085   for (Int_t isec=0;isec<37;isec++)
3086     for (Int_t ipar=0;ipar<6;ipar++){
3087       (*fSectorParamA)(isec*6+ipar,0) =0;
3088       (*fSectorParamC)(isec*6+ipar,0) =0;
3089   }
3090   //
3091   // set starting covariance
3092   //
3093   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++)
3094     for (Int_t ipar=0;ipar<6;ipar++){
3095       if (ipar<3){
3096         (*fSectorCovarA)(isec*6+ipar,isec*6+ipar) =0.002*0.002;   // 2 mrad
3097         (*fSectorCovarC)(isec*6+ipar,isec*6+ipar) =0.002*0.002;
3098       }
3099       if (ipar>=3){
3100         (*fSectorCovarA)(isec*6+ipar,isec*6+ipar) =0.02*0.02;     // 0.2 mm
3101         (*fSectorCovarC)(isec*6+ipar,isec*6+ipar) =0.02*0.02;
3102       }
3103   }
3104   (*fSectorCovarA)(36*6+0,36*6+0) =0.04;   // common shift y  up-up
3105   (*fSectorCovarA)(36*6+1,36*6+1) =0.04;   // common shift y  down-down
3106   (*fSectorCovarA)(36*6+2,36*6+2) =0.04;   // common shift y  up-down
3107   (*fSectorCovarA)(36*6+3,36*6+3) =0.004;   // common shift phi  up-up
3108   (*fSectorCovarA)(36*6+4,36*6+4) =0.004;   // common shift phi down-down
3109   (*fSectorCovarA)(36*6+5,36*6+5) =0.004;   // common shift phi up-down
3110   //
3111   (*fSectorCovarC)(36*6+0,36*6+0) =0.04;   // common shift y  up-up
3112   (*fSectorCovarC)(36*6+1,36*6+1) =0.04;   // common shift y  down-down
3113   (*fSectorCovarC)(36*6+2,36*6+2) =0.04;   // common shift y  up-down
3114   (*fSectorCovarC)(36*6+3,36*6+3) =0.004;   // common shift phi  up-up
3115   (*fSectorCovarC)(36*6+4,36*6+4) =0.004;   // common shift phi down-down
3116   (*fSectorCovarC)(36*6+5,36*6+5) =0.004;   // common shift phi up-down
3117 }
3118
3119 void AliTPCcalibAlign::UpdateKalman(Int_t sector0, Int_t sector1,  TMatrixD &p0, TMatrixD &c0, TMatrixD &p1, TMatrixD &c1){
3120   //
3121   // Update Kalman parameters
3122   // Note numbering from 0..36  0..17 IROC 18..35 OROC
3123   //
3124   //
3125   if (fSectorParamA==NULL) MakeKalman();
3126   if (CheckCovariance(c0)>0) return;
3127   if (CheckCovariance(c1)>0) return;
3128   const Int_t nelem = 6*36+6;
3129   //
3130   //
3131   static TMatrixD matHk(4,nelem);    // vector to mesurement
3132   static TMatrixD measR(4,4);     // measurement error
3133   static TMatrixD vecZk(4,1);     // measurement
3134   //
3135   static TMatrixD vecYk(4,1);     // Innovation or measurement residual
3136   static TMatrixD matHkT(nelem,4);   // helper matrix Hk transpose
3137   static TMatrixD matSk(4,4);     // Innovation (or residual) covariance
3138   static TMatrixD matKk(nelem,4);    // Optimal Kalman gain
3139   static TMatrixD mat1(nelem,nelem);    // update covariance matrix
3140   static TMatrixD covXk2(nelem,nelem);  // helper matrix
3141   //
3142   TMatrixD *vOrig = 0;
3143   TMatrixD *cOrig = 0;
3144   vOrig = (sector0%36>=18) ? fSectorParamA:fSectorParamC;
3145   cOrig = (sector0%36>=18) ? fSectorCovarA:fSectorCovarC;
3146   //
3147   Int_t sec0= sector0%18;
3148   Int_t sec1= sector1%18;
3149   if (sector0>35) sec0+=18;
3150   if (sector1>35) sec1+=18;
3151   //
3152   TMatrixD vecXk(*vOrig);             // X vector
3153   TMatrixD covXk(*cOrig);             // X covariance
3154   //
3155   //Unit matrix
3156   //
3157   for (Int_t i=0;i<nelem;i++)
3158     for (Int_t j=0;j<nelem;j++){
3159       mat1(i,j)=0;
3160       if (i==j) mat1(i,j)=1;
3161     }
3162   //
3163   //
3164   // matHk - vector to measurement
3165   //
3166   for (Int_t i=0;i<4;i++)
3167     for (Int_t j=0;j<nelem;j++){
3168       matHk(i,j)=0;
3169     }
3170   //
3171   // Measurement
3172   // 0  - y
3173   // 1  - ky
3174   // 2  - z
3175   // 3  - kz
3176
3177   matHk(0,6*sec1+4)  =  1.;            // delta y
3178   matHk(1,6*sec1+0)  =  1.;            // delta ky
3179   matHk(2,6*sec1+5)  =  1.;            // delta z
3180   matHk(3,6*sec1+1)  =  1.;            // delta kz
3181   matHk(0,6*sec1+3)  =  p0(1,0);    // delta x to delta y  - through ky
3182   matHk(2,6*sec1+3)  =  p0(3,0);    // delta x to delta z  - thorugh kz
3183   matHk(2,6*sec1+2)  =  p0(0,0);    // y       to delta z  - through psiz
3184   //
3185   matHk(0,6*sec0+4)  =  -1.;           // delta y
3186   matHk(1,6*sec0+0)  =  -1.;           // delta ky
3187   matHk(2,6*sec0+5)  =  -1.;           // delta z
3188   matHk(3,6*sec0+1)  =  -1.;           // delta kz
3189   matHk(0,6*sec0+3)  =  -p0(1,0); // delta x to delta y  - through ky
3190   matHk(2,6*sec0+3)  =  -p0(3,0); // delta x to delta z  - thorugh kz
3191   matHk(2,6*sec0+2)  =  -p0(0,0); // y       to delta z  - through psiz
3192
3193   Int_t dsec = (sector1%18)-(sector0%18);
3194   if (dsec<-2) dsec+=18;
3195   if (TMath::Abs(dsec)==1){
3196     //
3197     // Left right systematic fit part
3198     //
3199     Double_t dir = 0;
3200     if (dsec>0) dir= 1.;
3201     if (dsec<0) dir=-1.;
3202     if (sector0>35&&sector1>35){
3203       matHk(0,36*6+0)=dir;
3204       matHk(1,36*6+3+0)=dir;
3205     }
3206     if (sector0<36&&sector1<36){
3207       matHk(0,36*6+1)=dir;
3208       matHk(1,36*6+3+1)=dir;
3209     }
3210     if (sector0<36&&sector1>35){
3211       matHk(0,36*6+2)=dir;
3212       matHk(1,36*6+3+2)=dir;
3213     }
3214     if (sector0>35&&sector1<36){
3215       matHk(0,36*6+2)=-dir;
3216       matHk(1,36*6+3+2)=-dir;
3217     }
3218   }
3219   //
3220   //
3221   vecZk =(p1)-(p0);                 // measurement
3222   measR =(c1)+(c0);                 // error of measurement
3223   vecYk = vecZk-matHk*vecXk;          // Innovation or measurement residual
3224   //
3225   //
3226   matHkT=matHk.T(); matHk.T();
3227   matSk = (matHk*(covXk*matHkT))+measR;    // Innovation (or residual) covariance
3228   matSk.Invert();
3229   matKk = (covXk*matHkT)*matSk;            //  Optimal Kalman gain
3230   vecXk += matKk*vecYk;                    //  updated vector
3231   covXk2= (mat1-(matKk*matHk));
3232   covXk =  covXk2*covXk;
3233
3234   if (CheckCovariance(covXk)>0) return;
3235
3236   //
3237   //
3238   (*cOrig)=covXk;
3239   (*vOrig)=vecXk;
3240 }
3241
3242
3243 void AliTPCcalibAlign::UpdateKalman(TMatrixD &par0, TMatrixD &cov0, TMatrixD &par1, TMatrixD &cov1){
3244   //
3245   // Update kalman vector para0 with vector par1
3246   // Used for merging
3247   //
3248   Int_t nelem = 6*36+6;
3249   static TMatrixD matHk(nelem,nelem);    // vector to mesurement
3250   static TMatrixD measR(nelem,nelem);     // measurement error
3251   static TMatrixD vecZk(nelem,1);     // measurement
3252   //
3253   static TMatrixD vecYk(nelem,1);     // Innovation or measurement residual
3254   static TMatrixD matHkT(nelem,nelem);   // helper matrix Hk transpose
3255   static TMatrixD matSk(nelem,nelem);     // Innovation (or residual) covariance
3256   static TMatrixD matKk(nelem,nelem);    // Optimal Kalman gain
3257   static TMatrixD mat1(nelem,nelem);    // update covariance matrix
3258   static TMatrixD covXk2(nelem,nelem);  // helper matrix
3259   //
3260   TMatrixD vecXk(par0);             // X vector
3261   TMatrixD covXk(cov0);             // X covariance
3262
3263   //
3264   //Unit matrix
3265   //
3266   for (Int_t i=0;i<nelem;i++)
3267     for (Int_t j=0;j<nelem;j++){
3268       mat1(i,j)=0;
3269       if (i==j) mat1(i,j)=1;
3270     }
3271   matHk = mat1;                       // unit matrix
3272   //
3273   vecZk = par1;                       // measurement
3274   measR = cov1;                        // error of measurement
3275   vecYk = vecZk-matHk*vecXk;          // Innovation or measurement residual
3276   //
3277   matHkT=matHk.T(); matHk.T();
3278   matSk = (matHk*(covXk*matHkT))+measR;    // Innovation (or residual) covariance
3279   matSk.Invert();
3280   matKk = (covXk*matHkT)*matSk;            //  Optimal Kalman gain
3281   //matKk.Print();
3282   vecXk += matKk*vecYk;                    //  updated vector
3283   covXk2= (mat1-(matKk*matHk));
3284   covXk =  covXk2*covXk;
3285   //
3286   CheckCovariance(cov0);
3287   CheckCovariance(cov1);
3288   CheckCovariance(covXk);
3289   //
3290   par0  = vecXk;                      // update measurement param
3291   cov0  = covXk;                      // update measurement covar
3292 }
3293
3294
3295
3296
3297 Int_t  AliTPCcalibAlign::CheckCovariance(TMatrixD &covar){
3298   //
3299   // check the consistency of covariance matrix
3300   //
3301   Int_t ncols = covar.GetNcols();
3302   Int_t nrows= covar.GetNrows();
3303   const Float_t kEpsilon = 0.0001;
3304   Int_t nerrors =0;
3305   //
3306   //
3307   //
3308   if (nrows!=ncols) {
3309     printf("Error 0 - wrong matrix\n");
3310     nerrors++;
3311   }
3312   //
3313   // 1. Check that the non diagonal elements
3314   //
3315   for (Int_t i0=0;i0<nrows;i0++)
3316     for (Int_t i1=i0+1;i1<ncols;i1++){
3317       Double_t r0 = covar(i0,i1)/TMath::Sqrt(covar(i0,i0)*covar(i1,i1));
3318       Double_t r1 = covar(i1,i0)/TMath::Sqrt(covar(i0,i0)*covar(i1,i1));
3319       if (TMath::Abs(r0-r1)>kEpsilon){
3320         printf("Error 1 - non symetric matrix %d\t%d\t%f",i0,i1,r1-r0);
3321         nerrors++;
3322       }
3323       if (TMath::Abs(r0)>=1){
3324         printf("Error 2 - Wrong correlation %d\t%d\t%f\n",i0,i1,r0);
3325         nerrors++;
3326       }
3327       if (TMath::Abs(r1)>=1){
3328         printf("Error 3 - Wrong correlation %d\t%d\t%f\n",i0,i1,r1);
3329         nerrors++;
3330       }
3331     }
3332   return nerrors;
3333 }
3334
3335
3336
3337 void AliTPCcalibAlign::MakeReportDy(TFile *output){
3338   //
3339   // Draw histogram of dY
3340   //
3341   Int_t kmicolors[10]={1,2,3,4,6,7,8,9,10,11};
3342   Int_t kmimarkers[10]={21,22,23,24,25,26,27,28,29,30};
3343
3344   AliTPCcalibAlign *align = this;
3345   TVectorD vecOOP(36);
3346   TVectorD vecOOM(36);
3347   TVectorD vecOIP(36);
3348   TVectorD vecOIM(36);
3349   TVectorD vecOIS(36);
3350   TVectorD vecSec(36);
3351   TCanvas * cOROCdy = new TCanvas("OROC dy","OROC dy",900,600);
3352   cOROCdy->Divide(6,6);
3353   TCanvas * cIROCdy = new TCanvas("IROC dy","IROC dy",900,600);
3354   cIROCdy->Divide(6,6);
3355   TCanvas * cDy = new TCanvas("Dy","Dy",600,700);
3356   cDy->Divide(1,2);
3357   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++){
3358     Bool_t isDraw=kFALSE;
3359     vecSec(isec)=isec;
3360     cOROCdy->cd(isec+1);
3361     Int_t secPlus = (isec%18==17)? isec-17:isec+1;
3362     Int_t secMinus= (isec%18==0) ? isec+17:isec-1;
3363     printf("%d\t%d\t%d\n",isec,secPlus,secMinus);
3364     TH1 * hisOOP= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,secPlus+36);
3365     TH1 * hisOOM= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,secMinus+36);
3366     TH1 * hisOIS= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,isec);
3367
3368     if (hisOIS) {
3369       hisOIS = (TH1F*)(hisOIS->Clone());
3370       hisOIS->SetDirectory(0);
3371       hisOIS->Scale(1./(hisOIS->GetMaximum()+1));
3372       hisOIS->SetLineColor(kmicolors[0]);
3373       hisOIS->Draw();
3374       isDraw = kTRUE;
3375       vecOIS(isec)=10*hisOIS->GetMean();
3376     }
3377     if (hisOOP) {
3378       hisOOP = (TH1F*)(hisOOP->Clone());
3379       hisOOP->SetDirectory(0);
3380       hisOOP->Scale(1./(hisOOP->GetMaximum()+1));
3381       hisOOP->SetLineColor(kmicolors[1]);
3382       if (isDraw) hisOOP->Draw("same");
3383       if (!isDraw) {hisOOP->Draw(""); isDraw=kTRUE;}
3384       vecOOP(isec)=10*hisOOP->GetMean();
3385     }
3386     if (hisOOM) {
3387       hisOOM = (TH1F*)(hisOOM->Clone());
3388       hisOOM->SetDirectory(0);
3389       hisOOM->Scale(1/(hisOOM->GetMaximum()+1));
3390       hisOOM->SetLineColor(kmicolors[3]);
3391       if (isDraw) hisOOM->Draw("same");
3392       if (!isDraw) {hisOOM->Draw(""); isDraw=kTRUE;}
3393       vecOOM(isec)=10*hisOOM->GetMean();
3394     }
3395   }
3396   //
3397   //
3398   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++){
3399     Bool_t isDraw=kFALSE;
3400     cIROCdy->cd(isec+1);
3401     Int_t secPlus = (isec%18==17)? isec-17:isec+1;
3402     Int_t secMinus= (isec%18==0) ? isec+17:isec-1;
3403     printf("%d\t%d\t%d\n",isec,secPlus,secMinus);
3404     TH1 * hisOIP= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,secPlus);
3405     TH1 * hisOIM= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,secMinus);
3406     TH1 * hisOIS= align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kY,isec+36,isec);
3407     if (hisOIS) {
3408       hisOIS = (TH1F*)(hisOIS->Clone());
3409       hisOIS->SetDirectory(0);
3410       hisOIS->Scale(1./(hisOIS->GetMaximum()+1));
3411       hisOIS->SetLineColor(kmicolors[0]);
3412       hisOIS->Draw();
3413       isDraw = kTRUE;
3414       vecOIS(isec)=10*hisOIS->GetMean();
3415     }
3416     if (hisOIP) {
3417       hisOIP = (TH1F*)(hisOIP->Clone());
3418       hisOIP->SetDirectory(0);
3419       hisOIP->Scale(1./(hisOIP->GetMaximum()+1));
3420       hisOIP->SetLineColor(kmicolors[1]);
3421       if (isDraw) hisOIP->Draw("same");
3422       if (!isDraw) {hisOIP->Draw(""); isDraw=kTRUE;}
3423       hisOIP->Draw("same");
3424       vecOIP(isec)=10*hisOIP->GetMean();
3425     }
3426     if (hisOIM) {
3427       hisOIM = (TH1F*)(hisOIM->Clone());
3428       hisOIM->SetDirectory(0);
3429       hisOIM->Scale(1/(hisOIM->GetMaximum()+1));
3430       hisOIM->SetLineColor(kmicolors[3]);
3431       if (isDraw) hisOIM->Draw("same");
3432       if (!isDraw) {hisOIM->Draw(""); isDraw=kTRUE;}
3433       vecOIM(isec)=10*hisOIM->GetMean();
3434     }
3435   }
3436   TGraph* grOIM = new TGraph(36,vecSec.GetMatrixArray(),vecOIM.GetMatrixArray());
3437   TGraph* grOIP = new TGraph(36,vecSec.GetMatrixArray(),vecOIP.GetMatrixArray());
3438   TGraph* grOIS = new TGraph(36,vecSec.GetMatrixArray(),vecOIS.GetMatrixArray());
3439   TGraph* grOOM = new TGraph(36,vecSec.GetMatrixArray(),vecOOM.GetMatrixArray());
3440   TGraph* grOOP = new TGraph(36,vecSec.GetMatrixArray(),vecOOP.GetMatrixArray());
3441   //
3442   grOIS->SetMarkerStyle(kmimarkers[0]);
3443   grOIP->SetMarkerStyle(kmimarkers[1]);
3444   grOIM->SetMarkerStyle(kmimarkers[3]);
3445   grOOP->SetMarkerStyle(kmimarkers[1]);
3446   grOOM->SetMarkerStyle(kmimarkers[3]);
3447   grOIS->SetMarkerColor(kmicolors[0]);
3448   grOIP->SetMarkerColor(kmicolors[1]);
3449   grOIM->SetMarkerColor(kmicolors[3]);
3450   grOOP->SetMarkerColor(kmicolors[1]);
3451   grOOM->SetMarkerColor(kmicolors[3]);
3452   grOIS->SetLineColor(kmicolors[0]);
3453   grOIP->SetLineColor(kmicolors[1]);
3454   grOIM->SetLineColor(kmicolors[3]);
3455   grOOP->SetLineColor(kmicolors[1]);
3456   grOOM->SetLineColor(kmicolors[3]);
3457   grOIS->SetMaximum(1.5);
3458   grOIS->SetMinimum(-1.5);
3459   grOIS->GetXaxis()->SetTitle("Sector number");
3460   grOIS->GetYaxis()->SetTitle("#Delta_{y} (mm)");
3461
3462   cDy->cd(1);
3463   grOIS->Draw("apl");
3464   grOIM->Draw("pl");
3465   grOIP->Draw("pl");
3466   cDy->cd(2);
3467   grOIS->Draw("apl");
3468   grOOM->Draw("pl");
3469   grOOP->Draw("pl");
3470   cOROCdy->SaveAs("picAlign/OROCOROCdy.eps");
3471   cOROCdy->SaveAs("picAlign/OROCOROCdy.gif");
3472   cOROCdy->SaveAs("picAlign/OROCOROCdy.root");
3473   //
3474   cIROCdy->SaveAs("picAlign/OROCIROCdy.eps");
3475   cIROCdy->SaveAs("picAlign/OROCIROCdy.gif");
3476   cIROCdy->SaveAs("picAlign/OROCIROCdy.root");
3477   //
3478   cDy->SaveAs("picAlign/Sectordy.eps");
3479   cDy->SaveAs("picAlign/Sectordy.gif");
3480   cDy->SaveAs("picAlign/Sectordy.root");
3481   if (output){
3482     output->cd();
3483     cOROCdy->Write("OROCOROCDy");
3484     cIROCdy->Write("OROCIROCDy");
3485     cDy->Write("SectorDy");
3486   }
3487 }
3488
3489 void AliTPCcalibAlign::MakeReportDyPhi(TFile */*output*/){
3490   //
3491   //
3492   //
3493   Int_t kmicolors[10]={1,2,3,4,6,7,8,9,10,11};
3494   Int_t kmimarkers[10]={21,22,23,24,25,26,27,28,29,30};
3495
3496   AliTPCcalibAlign *align = this;
3497   TCanvas * cOROCdyPhi = new TCanvas("OROC dyphi","OROC dyphi",900,600);
3498   cOROCdyPhi->Divide(6,6);
3499   for (Int_t isec=0;isec<36;isec++){
3500     cOROCdyPhi->cd(isec+1);
3501     Int_t secPlus = (isec%18==17)? isec-17:isec+1;
3502     Int_t secMinus= (isec%18==0) ? isec+17:isec-1;
3503     //printf("%d\t%d\t%d\n",isec,secPlus,secMinus);
3504     TH2F *htemp=0;
3505     TProfile * profdyphiOOP=0,*profdyphiOOM=0,*profdyphiOOS=0;
3506     htemp = (TH2F*) (align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kYPhi,isec+36,secPlus+36));
3507     if (htemp) profdyphiOOP= htemp->ProfileX();
3508     htemp = (TH2F*)(align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kYPhi,isec+36,secMinus+36));
3509     if (htemp) profdyphiOOM= htemp->ProfileX();
3510     htemp = (TH2F*)(align->GetHisto(AliTPCcalibAlign::kYPhi,isec+36,isec));
3511     if (htemp) profdyphiOOS= htemp->ProfileX();
3512
3513     if (profdyphiOOS){
3514       profdyphiOOS->SetLineColor(kmicolors[0]);
3515       profdyphiOOS->SetMarkerStyle(kmimarkers[0]);
3516       profdyphiOOS->SetMarkerSize(0.2);
3517       profdyphiOOS->SetMaximum(0.5);
3518       profdyphiOOS->SetMinimum(-0.5);
3519       profdyphiOOS->SetXTitle("tan(#phi)");
3520       profdyphiOOS->SetYTitle("#DeltaY (cm)");
3521     }
3522     if (profdyphiOOP){
3523       profdyphiOOP->SetLineColor(kmicolors[1]);
3524       profdyphiOOP->SetMarkerStyle(kmimarkers[1]);
3525       profdyphiOOP->SetMarkerSize(0.2);
3526     }
3527     if (profdyphiOOM){
3528       profdyphiOOM->SetLineColor(kmicolors[3]);
3529       profdyphiOOM->SetMarkerStyle(kmimarkers[3]);
3530       profdyphiOOM->SetMarkerSize(0.2);
3531     }
3532     if (profdyphiOOS){
3533       profdyphiOOS->Draw();
3534     }else{
3535       if (profdyphiOOM) profdyphiOOM->Draw("");
3536       if (profdyphiOOP) profdyphiOOP->Draw("");
3537     }
3538     if (profdyphiOOM) profdyphiOOM->Draw("same");
3539     if (profdyphiOOP) profdyphiOOP->Draw("same");
3540
3541   }
3542 }
3543