TPC/AliTPCcalibDButil.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // Class providing the calculation of derived quantities (mean,rms,fits,...) //
  20 //       of calibration entries                                              //
  21 /*
  22
  23
  24 */
  25 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  26
  27 #include <TMath.h>
  28 #include <TVectorT.h>
  29 #include <TObjArray.h>
  30 #include <TGraph.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TDirectory.h>
  33 #include <TMap.h>
  34 #include <TGraphErrors.h>
  35 #include <AliCDBStorage.h>
  36 #include <AliDCSSensorArray.h>
  37 #include <AliTPCSensorTempArray.h>
  38 #include <AliDCSSensor.h>
  39 #include <AliLog.h>
  40 #include <AliCDBEntry.h>
  41 #include <AliCDBManager.h>
  42 #include <AliCDBId.h>
  43 #include <AliSplineFit.h>
  44 #include "AliTPCcalibDB.h"
  45 #include "AliTPCCalPad.h"
  46 #include "AliTPCCalROC.h"
  47 #include "AliTPCROC.h"
  48 #include "AliTPCmapper.h"
  49 #include "AliTPCParam.h"
  50 #include "AliTPCCalibRaw.h"
  51 #include "AliTPCPreprocessorOnline.h"
  52 #include "AliTPCdataQA.h"
  53 #include "AliLog.h"
  54 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  55 #include "AliTPCCalibVdrift.h"
  56 #include "AliMathBase.h"
  57 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  58
  59 const Float_t kAlmost0=1.e-30;
  60
  61 ClassImp(AliTPCcalibDButil)
  62 AliTPCcalibDButil::AliTPCcalibDButil() :
  63   TObject(),
  64   fCalibDB(0),
  65   fPadNoise(0x0),
  66   fPedestals(0x0),
  67   fPulserTmean(0x0),
  68   fPulserTrms(0x0),
  69   fPulserQmean(0x0),
  70   fPulserOutlier(new AliTPCCalPad("PulserOutliers","PulserOutliers")),
  71   fCETmean(0x0),
  72   fCETrms(0x0),
  73   fCEQmean(0x0),
  74   fALTROMasked(0x0),
  75   fCalibRaw(0x0),
  76   fDataQA(0x0),
  77   fRefMap(0x0),
  78   fCurrentRefMap(0x0),
  79   fRefValidity(""),
  80   fRefPadNoise(0x0),
  81   fRefPedestals(0x0),
  82   fRefPedestalMasked(0x0),
  83   fRefPulserTmean(0x0),
  84   fRefPulserTrms(0x0),
  85   fRefPulserQmean(0x0),
  86   fRefPulserOutlier(new AliTPCCalPad("RefPulserOutliers","RefPulserOutliers")),
  87   fRefPulserMasked(0x0),
  88   fRefCETmean(0x0),
  89   fRefCETrms(0x0),
  90   fRefCEQmean(0x0),
  91   fRefCEMasked(0x0),
  92   fRefALTROFPED(0x0),
  93   fRefALTROZsThr(0x0),
  94   fRefALTROAcqStart(0x0),
  95   fRefALTROAcqStop(0x0),
  96   fRefALTROMasked(0x0),
  97   fRefCalibRaw(0x0),
  98   fRefDataQA(0x0),
  99   fGoofieArray(0x0),
 100   fMapper(new AliTPCmapper(0x0)),
 101   fNpulserOutliers(-1),
 102   fIrocTimeOffset(0),
 103   fCETmaxLimitAbs(1.5),
 104   fPulTmaxLimitAbs(1.5),
 105   fPulQmaxLimitAbs(5),
 106   fPulQminLimit(11),
 107   fRuns(0),                         // run list with OCDB info
 108   fRunsStart(0),                    // start time for given run
 109   fRunsStop(0)                     // stop time for given run
 110 {
 111   //
 112   // Default ctor
 113   //
 114 }
 115 //_____________________________________________________________________________________
 116 AliTPCcalibDButil::~AliTPCcalibDButil()
 117 {
 118   //
 119   // dtor
 120   //
 121   delete fPulserOutlier;
 122   delete fRefPulserOutlier;
 123   delete fMapper;
 124   if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
 125   if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
 126   if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
 127   if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
 128   if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
 129   if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
 130   if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
 131   if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
 132   if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
 133   if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
 134   if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
 135   if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
 136   if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
 137   if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
 138   if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
 139   if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
 140   if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
 141   if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
 142 }
 143 //_____________________________________________________________________________________
 144 void AliTPCcalibDButil::UpdateFromCalibDB()
 145 {
 146   //
 147   // Update pointers from calibDB
 148   //
 149   if (!fCalibDB) fCalibDB=AliTPCcalibDB::Instance();
 150   fCalibDB->UpdateNonRec();  // load all infromation now
 151   fPadNoise=fCalibDB->GetPadNoise();
 152   fPedestals=fCalibDB->GetPedestals();
 153   fPulserTmean=fCalibDB->GetPulserTmean();
 154   fPulserTrms=fCalibDB->GetPulserTrms();
 155   fPulserQmean=fCalibDB->GetPulserQmean();
 156   fCETmean=fCalibDB->GetCETmean();
 157   fCETrms=fCalibDB->GetCETrms();
 158   fCEQmean=fCalibDB->GetCEQmean();
 159   fALTROMasked=fCalibDB->GetALTROMasked();
 160   fGoofieArray=fCalibDB->GetGoofieSensors(fCalibDB->GetRun());
 161   fCalibRaw=fCalibDB->GetCalibRaw();
 162   fDataQA=fCalibDB->GetDataQA();
 163   UpdatePulserOutlierMap();
 164 //   SetReferenceRun();
 165 //   UpdateRefDataFromOCDB();
 166 }
 167 //_____________________________________________________________________________________
 168 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEdata(const char* fitFormula, TVectorD &fitResultsA, TVectorD &fitResultsC,
 169                                       Int_t &noutliersCE, Double_t & chi2A, Double_t &chi2C, AliTPCCalPad * const outCE)
 170 {
 171   //
 172   // Process the CE data for this run
 173   // the return TVectorD arrays contian the results of the fit
 174   // noutliersCE contains the number of pads marked as outliers,
 175   //   not including masked and edge pads
 176   //
 177
 178   //retrieve CE and ALTRO data
 179   if (!fCETmean){
 180     TString fitString(fitFormula);
 181     fitString.ReplaceAll("++","#");
 182     Int_t ndim=fitString.CountChar('#')+2;
 183     fitResultsA.ResizeTo(ndim);
 184     fitResultsC.ResizeTo(ndim);
 185     fitResultsA.Zero();
 186     fitResultsC.Zero();
 187     noutliersCE=-1;
 188     return;
 189   }
 190   noutliersCE=0;
 191   //create outlier map
 192   AliTPCCalPad *out=0;
 193   if (outCE) out=outCE;
 194   else out=new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
 195   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 196   //loop over all channels
 197   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
 198     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
 199     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
 200     AliTPCCalROC *rocOut=out->GetCalROC(iroc);
 201     if (!rocData) {
 202       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
 203       rocOut->Add(1.);
 204       continue;
 205     }
 206     //add time offset to IROCs
 207     if (iroc<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector())
 208       rocData->Add(fIrocTimeOffset);
 209     //select outliers
 210     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
 211     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 212       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
 213       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 214         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
 215         //exclude masked pads
 216         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
 217           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 218           continue;
 219         }
 220         //exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
 221         if (iroc<36){
 222           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 223         } else {
 224           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 225         }
 226         //exclude edge pads
 227         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 228         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
 229         //exclude values that are exactly 0
 230         if ( !(TMath::Abs(valTmean)>kAlmost0) ) {
 231           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 232           ++noutliersCE;
 233         }
 234         // exclude channels with too large variations
 235         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
 236           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 237           ++noutliersCE;
 238         }
 239       }
 240     }
 241   }
 242   //perform fit
 243   TMatrixD dummy;
 244   Float_t chi2Af,chi2Cf;
 245   fCETmean->GlobalSidesFit(out,fitFormula,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
 246   chi2A=chi2Af;
 247   chi2C=chi2Cf;
 248   if (!outCE) delete out;
 249 }
 250 //_____________________________________________________________________________________
 251 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEgraphs(TVectorD &vecTEntries, TVectorD &vecTMean, TVectorD &vecTRMS, TVectorD &vecTMedian,
 252                      TVectorD &vecQEntries, TVectorD &vecQMean, TVectorD &vecQRMS, TVectorD &vecQMedian,
 253                      Float_t &driftTimeA, Float_t &driftTimeC )
 254 {
 255   //
 256   // Calculate statistical information from the CE graphs for drift time and charge
 257   //
 258
 259   //reset arrays
 260   vecTEntries.ResizeTo(72);
 261   vecTMean.ResizeTo(72);
 262   vecTRMS.ResizeTo(72);
 263   vecTMedian.ResizeTo(72);
 264   vecQEntries.ResizeTo(72);
 265   vecQMean.ResizeTo(72);
 266   vecQRMS.ResizeTo(72);
 267   vecQMedian.ResizeTo(72);
 268   vecTEntries.Zero();
 269   vecTMean.Zero();
 270   vecTRMS.Zero();
 271   vecTMedian.Zero();
 272   vecQEntries.Zero();
 273   vecQMean.Zero();
 274   vecQRMS.Zero();
 275   vecQMedian.Zero();
 276   driftTimeA=0;
 277   driftTimeC=0;
 278   TObjArray *arrT=fCalibDB->GetCErocTtime();
 279   TObjArray *arrQ=fCalibDB->GetCErocQtime();
 280   if (arrT){
 281     for (Int_t isec=0;isec<74;++isec){
 282       TGraph *gr=(TGraph*)arrT->At(isec);
 283       if (!gr) continue;
 284       TVectorD values;
 285       Int_t npoints = gr->GetN();
 286       values.ResizeTo(npoints);
 287       Int_t nused =0;
 288       //skip first points, theres always some problems with finding the CE position
 289       for (Int_t ipoint=4; ipoint<npoints; ipoint++){
 290         if (gr->GetY()[ipoint]>500 && gr->GetY()[ipoint]<1020 ){
 291           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 292           nused++;
 293         }
 294       }
 295       //
 296       if (isec<72) vecTEntries[isec]= nused;
 297       if (nused>1){
 298         if (isec<72){
 299           vecTMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 300           vecTMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 301           vecTRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 302         } else if (isec==72){
 303           driftTimeA=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 304         } else if (isec==73){
 305           driftTimeC=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 306         }
 307       }
 308     }
 309   }
 310   if (arrQ){
 311     for (Int_t isec=0;isec<arrQ->GetEntriesFast();++isec){
 312       TGraph *gr=(TGraph*)arrQ->At(isec);
 313       if (!gr) continue;
 314       TVectorD values;
 315       Int_t npoints = gr->GetN();
 316       values.ResizeTo(npoints);
 317       Int_t nused =0;
 318       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 319         if (gr->GetY()[ipoint]>10 && gr->GetY()[ipoint]<500 ){
 320           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 321           nused++;
 322         }
 323       }
 324       //
 325       vecQEntries[isec]= nused;
 326       if (nused>1){
 327         vecQMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 328         vecQMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 329         vecQRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 330       }
 331     }
 332   }
 333 }
 334
 335 //_____________________________________________________________________________________
 336 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseData(TVectorD &vNoiseMean, TVectorD &vNoiseMeanSenRegions,
 337                       TVectorD &vNoiseRMS, TVectorD &vNoiseRMSSenRegions,
 338                       Int_t &nonMaskedZero, Int_t &nNaN)
 339 {
 340   //
 341   // process noise data
 342   // vNoiseMean/RMS contains the Mean/RMS noise of the complete TPC [0], IROCs only [1],
 343   //    OROCs small pads [2] and OROCs large pads [3]
 344   // vNoiseMean/RMSsenRegions constains the same information, but only for the sensitive regions (edge pads, corners, IROC spot)
 345   // nonMaskedZero contains the number of pads which show zero noise and were not masked. This might indicate an error
 346   //
 347
 348   //set proper size and reset
 349   const UInt_t infoSize=4;
 350   vNoiseMean.ResizeTo(infoSize);
 351   vNoiseMeanSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 352   vNoiseRMS.ResizeTo(infoSize);
 353   vNoiseRMSSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 354   vNoiseMean.Zero();
 355   vNoiseMeanSenRegions.Zero();
 356   vNoiseRMS.Zero();
 357   vNoiseRMSSenRegions.Zero();
 358   nonMaskedZero=0;
 359   nNaN=0;
 360   //counters
 361   TVectorD c(infoSize);
 362   TVectorD cs(infoSize);
 363   //tpc parameters
 364   AliTPCParam par;
 365   par.Update();
 366   //retrieve noise and ALTRO data
 367   if (!fPadNoise) return;
 368   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 369   //create IROC, OROC1, OROC2 and sensitive region masks
 370   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 371     AliTPCCalROC *noiseROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 372     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 373     UInt_t nrows=noiseROC->GetNrows();
 374     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 375       UInt_t npads=noiseROC->GetNPads(irow);
 376       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 377         //don't use masked channels;
 378         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) continue;
 379         Float_t noiseVal=noiseROC->GetValue(irow,ipad);
 380         //check if noise==0
 381         if (noiseVal<kAlmost0) {
 382           ++nonMaskedZero;
 383           continue;
 384         }
 385         //check for nan
 386         if ( !(noiseVal<10000000) ){
 387 //           printf ("Warning: nan detected in (sec,row,pad - val): %02d,%02d,%03d - %.1f\n",isec,irow,ipad,noiseVal);
 388           ++nNaN;
 389           continue;
 390         }
 391         Int_t cpad=(Int_t)ipad-(Int_t)npads/2;
 392         Int_t masksen=1; // sensitive pards are not masked (0)
 393         if (ipad<2||npads-ipad-1<2) masksen=0; //don't mask edge pads (sensitive)
 394         if (isec<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector()){
 395           //IROCs
 396           if (irow>19&&irow<46){
 397             if (TMath::Abs(cpad)<7) masksen=0; //IROC spot
 398           }
 399           Int_t type=1;
 400           vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 401           vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 402           ++c[type];
 403           if (!masksen){
 404             vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 405             vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 406             ++cs[type];
 407           }
 408         } else {
 409           //OROCs
 410           //define sensive regions
 411           if ((nrows-irow-1)<3) masksen=0; //last three rows in OROCs are sensitive
 412           if ( irow>75 ){
 413             Int_t padEdge=(Int_t)TMath::Min(ipad,npads-ipad);
 414             if (padEdge<((((Int_t)irow-76)/4+1))*2) masksen=0; //OROC outer corners are sensitive
 415           }
 416           if ((Int_t)irow<par.GetNRowUp1()){
 417             //OROC1
 418             Int_t type=2;
 419             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 420             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 421             ++c[type];
 422             if (!masksen){
 423               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 424               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 425               ++cs[type];
 426             }
 427           }else{
 428             //OROC2
 429             Int_t type=3;
 430             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 431             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 432             ++c[type];
 433             if (!masksen){
 434               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 435               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 436               ++cs[type];
 437             }
 438           }
 439         }
 440         //whole tpc
 441         Int_t type=0;
 442         vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 443         vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 444         ++c[type];
 445         if (!masksen){
 446           vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 447           vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 448           ++cs[type];
 449         }
 450       }//end loop pads
 451     }//end loop rows
 452   }//end loop sectors (rocs)
 453
 454   //calculate mean and RMS
 455   const Double_t verySmall=0.0000000001;
 456   for (UInt_t i=0;i<infoSize;++i){
 457     Double_t mean=0;
 458     Double_t rms=0;
 459     Double_t meanSen=0;
 460     Double_t rmsSen=0;
 461
 462     if (c[i]>verySmall){
 463 //       printf ("i: %d - m: %.3f, c: %.0f, r: %.3f\n",i,vNoiseMean[i],c[i],vNoiseRMS[i]);
 464       mean=vNoiseMean[i]/c[i];
 465       rms=vNoiseRMS[i];
 466       rms=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms/c[i]-mean*mean));
 467     }
 468     vNoiseMean[i]=mean;
 469     vNoiseRMS[i]=rms;
 470
 471     if (cs[i]>verySmall){
 472       meanSen=vNoiseMeanSenRegions[i]/cs[i];
 473       rmsSen=vNoiseRMSSenRegions[i];
 474       rmsSen=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rmsSen/cs[i]-meanSen*meanSen));
 475     }
 476     vNoiseMeanSenRegions[i]=meanSen;
 477     vNoiseRMSSenRegions[i]=rmsSen;
 478   }
 479 }
 480
 481 //_____________________________________________________________________________________
 482 void AliTPCcalibDButil::ProcessQAData(TVectorD &vQaOcc, TVectorD &vQaQtot,
 483                                       TVectorD &vQaQmax)
 484 {
 485   //
 486   // process QA data
 487   //
 488   // vQaOcc/Qtot/Qmax contains the Mean occupancy/Qtot/Qmax for each sector
 489   //
 490
 491
 492   const UInt_t infoSize = 72;
 493   //reset counters to error number
 494   vQaOcc.ResizeTo(infoSize);
 495   vQaOcc.Zero();
 496   vQaQtot.ResizeTo(infoSize);
 497   vQaQtot.Zero();
 498   vQaQmax.ResizeTo(infoSize);
 499   vQaQmax.Zero();
 500   //counter
 501   //retrieve pulser and ALTRO data
 502
 503   if (!fDataQA) {
 504
 505     AliInfo("No QA data");
 506     return;
 507   }
 508   if (fDataQA->GetEventCounter()<=0) {
 509
 510     AliInfo("No QA data");
 511     return; // no data processed
 512   }
 513   //
 514   fDataQA->Analyse();
 515
 516   TVectorD normOcc(infoSize);
 517   TVectorD normQ(infoSize);
 518
 519   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 520
 521     printf("Sector %d\n", isec);
 522
 523     AliTPCCalROC* occupancyROC = fDataQA->GetNoThreshold()->GetCalROC(isec);
 524     AliTPCCalROC* nclusterROC = fDataQA->GetNLocalMaxima()->GetCalROC(isec);
 525     AliTPCCalROC* qROC = fDataQA->GetMeanCharge()->GetCalROC(isec);
 526     AliTPCCalROC* qmaxROC = fDataQA->GetMaxCharge()->GetCalROC(isec);
 527     if (!occupancyROC) continue;
 528     if (!nclusterROC) continue;
 529     if (!qROC) continue;
 530     if (!qmaxROC) continue;
 531
 532     const UInt_t nchannels=occupancyROC->GetNchannels();
 533
 534     printf("Nchannels %d\n", nchannels);
 535
 536     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 537
 538       vQaOcc[isec] += occupancyROC->GetValue(ichannel);
 539       ++normOcc[isec];
 540
 541       Float_t nClusters = nclusterROC->GetValue(ichannel);
 542       normQ[isec] += nClusters;
 543       vQaQtot[isec]+=nClusters*qROC->GetValue(ichannel);
 544       vQaQmax[isec]+=nClusters*qmaxROC->GetValue(ichannel);
 545     }
 546   }
 547
 548   //calculate mean values
 549   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 550
 551     if (normOcc[isec]>0) vQaOcc[isec] /= normOcc[isec];
 552     else vQaOcc[isec] = 0;
 553
 554     if (normQ[isec]>0) {
 555       vQaQtot[isec] /= normQ[isec];
 556       vQaQmax[isec] /= normQ[isec];
 557     }else {
 558
 559       vQaQtot[isec] = 0;
 560       vQaQmax[isec] = 0;
 561     }
 562   }
 563 }
 564
 565 //_____________________________________________________________________________________
 566 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulser(TVectorD &vMeanTime)
 567 {
 568   //
 569   // Process the Pulser information
 570   // vMeanTime:     pulser mean time position in IROC-A, IROC-C, OROC-A, OROC-C
 571   //
 572
 573   const UInt_t infoSize=4;
 574   //reset counters to error number
 575   vMeanTime.ResizeTo(infoSize);
 576   vMeanTime.Zero();
 577   //counter
 578   TVectorD c(infoSize);
 579   //retrieve pulser and ALTRO data
 580   if (!fPulserTmean) return;
 581   //
 582   //get Outliers
 583   AliTPCCalROC *rocOut=0x0;
 584   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 585     AliTPCCalROC *tmeanROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 586     if (!tmeanROC) continue;
 587     rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 588     UInt_t nchannels=tmeanROC->GetNchannels();
 589     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 590       if (rocOut && rocOut->GetValue(ichannel)) continue;
 591       Float_t val=tmeanROC->GetValue(ichannel);
 592       Int_t type=isec/18;
 593       vMeanTime[type]+=val;
 594       ++c[type];
 595     }
 596   }
 597   //calculate mean
 598   for (UInt_t itype=0; itype<infoSize; ++itype){
 599     if (c[itype]>0) vMeanTime[itype]/=c[itype];
 600     else vMeanTime[itype]=0;
 601   }
 602 }
 603 //_____________________________________________________________________________________
 604 void AliTPCcalibDButil::ProcessALTROConfig(Int_t &nMasked)
 605 {
 606   //
 607   // Get Values from ALTRO configuration data
 608   //
 609   nMasked=-1;
 610   if (!fALTROMasked) return;
 611   nMasked=0;
 612   for (Int_t isec=0;isec<fALTROMasked->kNsec; ++isec){
 613     AliTPCCalROC *rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 614     for (UInt_t ichannel=0; ichannel<rocMasked->GetNchannels();++ichannel){
 615       if (rocMasked->GetValue(ichannel)) ++nMasked;
 616     }
 617   }
 618 }
 619 //_____________________________________________________________________________________
 620 void AliTPCcalibDButil::ProcessGoofie(TVectorD & vecEntries, TVectorD & vecMedian, TVectorD &vecMean, TVectorD &vecRMS)
 621 {
 622   //
 623   // Proces Goofie values, return statistical information of the currently set goofieArray
 624   // The meaning of the entries are given below
 625   /*
 626   1       TPC_ANODE_I_A00_STAT
 627   2       TPC_DVM_CO2
 628   3       TPC_DVM_DriftVelocity
 629   4       TPC_DVM_FCageHV
 630   5       TPC_DVM_GainFar
 631   6       TPC_DVM_GainNear
 632   7       TPC_DVM_N2
 633   8       TPC_DVM_NumberOfSparks
 634   9       TPC_DVM_PeakAreaFar
 635   10      TPC_DVM_PeakAreaNear
 636   11      TPC_DVM_PeakPosFar
 637   12      TPC_DVM_PeakPosNear
 638   13      TPC_DVM_PickupHV
 639   14      TPC_DVM_Pressure
 640   15      TPC_DVM_T1_Over_P
 641   16      TPC_DVM_T2_Over_P
 642   17      TPC_DVM_T_Over_P
 643   18      TPC_DVM_TemperatureS1
 644    */
 645   if (!fGoofieArray){
 646     Int_t nsensors=19;
 647     vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 648     vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 649     vecMean.ResizeTo(nsensors);
 650     vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 651     vecEntries.Zero();
 652     vecMedian.Zero();
 653     vecMean.Zero();
 654     vecRMS.Zero();
 655     return;
 656   }
 657   Double_t kEpsilon=0.0000000001;
 658   Double_t kBig=100000000000.;
 659   Int_t nsensors = fGoofieArray->NumSensors();
 660   vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 661   vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 662   vecMean.ResizeTo(nsensors);
 663   vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 664   TVectorF values;
 665   for (Int_t isensor=0; isensor<fGoofieArray->NumSensors();isensor++){
 666     AliDCSSensor *gsensor = fGoofieArray->GetSensor(isensor);
 667     if (gsensor &&  gsensor->GetGraph()){
 668       Int_t npoints = gsensor->GetGraph()->GetN();
 669       // filter zeroes
 670       values.ResizeTo(npoints);
 671       Int_t nused =0;
 672       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 673         if (TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])>kEpsilon &&
 674             TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])<kBig ){
 675               values[nused]=gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint];
 676               nused++;
 677             }
 678       }
 679       //
 680       vecEntries[isensor]= nused;
 681       if (nused>1){
 682         vecMedian[isensor] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 683         vecMean[isensor]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 684         vecRMS[isensor]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 685       }
 686     }
 687   }
 688 }
 689 //_____________________________________________________________________________________
 690 void AliTPCcalibDButil::ProcessPedestalVariations(TVectorF &pedestalDeviations)
 691 {
 692   //
 693   // check the variations of the pedestal data to the reference pedestal data
 694   // thresholds are 0.5, 1.0, 1.5 and 2 timebins respectively.
 695   //
 696   const Int_t npar=4;
 697   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 698   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 699
 700   //reset and set thresholds
 701   pedestalDeviations.ResizeTo(npar);
 702   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 703     pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 704     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.5;
 705   }
 706   //check all needed data is available
 707   if (!fRefPedestals || !fPedestals || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 708   //loop over all channels
 709   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 710     AliTPCCalROC *pROC=fPedestals->GetCalROC(isec);
 711     AliTPCCalROC *pRefROC=fRefPedestals->GetCalROC(isec);
 712     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 713     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 714     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 715     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 716       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 717       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 718         //don't use masked channels;
 719         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 720         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 721         Float_t deviation=TMath::Abs(pROC->GetValue(irow,ipad)-pRefROC->GetValue(irow,ipad));
 722         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 723           if (deviation>vThres[i])
 724             ++pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i];
 725         }
 726         ++nActive;
 727       }//end ipad
 728     }//ind irow
 729   }//end isec
 730   if (nActive>0){
 731     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 732       pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 733     }
 734   }
 735 }
 736 //_____________________________________________________________________________________
 737 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseVariations(TVectorF &noiseDeviations)
 738 {
 739   //
 740   // check the variations of the noise data to the reference noise data
 741   // thresholds are 5, 10, 15 and 20 percent respectively.
 742   //
 743   const Int_t npar=4;
 744   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 745   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 746
 747   //reset and set thresholds
 748   noiseDeviations.ResizeTo(npar);
 749   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 750     noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 751     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.05;
 752   }
 753   //check all needed data is available
 754   if (!fRefPadNoise || !fPadNoise || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 755   //loop over all channels
 756   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 757     AliTPCCalROC *nROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 758     AliTPCCalROC *nRefROC=fRefPadNoise->GetCalROC(isec);
 759     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 760     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 761     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 762     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 763       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 764       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 765         //don't use masked channels;
 766         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 767         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 768         if (nRefROC->GetValue(irow,ipad)==0) continue;
 769         Float_t deviation=(nROC->GetValue(irow,ipad)/nRefROC->GetValue(irow,ipad))-1;
 770         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 771           if (deviation>vThres[i])
 772             ++noiseDeviations.GetMatrixArray()[i];
 773         }
 774         ++nActive;
 775       }//end ipad
 776     }//ind irow
 777   }//end isec
 778   if (nActive>0){
 779     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 780       noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 781     }
 782   }
 783 }
 784 //_____________________________________________________________________________________
 785 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulserVariations(TVectorF &pulserQdeviations, Float_t &varQMean,
 786                                                 Int_t &npadsOutOneTB, Int_t &npadsOffAdd)
 787 {
 788   //
 789   // check the variations of the pulserQmean data to the reference pulserQmean data: pulserQdeviations
 790   // thresholds are .5, 1, 5 and 10 percent respectively.
 791   //
 792   //
 793   const Int_t npar=4;
 794   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 795   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 796
 797   //reset and set thresholds
 798   pulserQdeviations.ResizeTo(npar);
 799   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 800     pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 801   }
 802   npadsOutOneTB=0;
 803   npadsOffAdd=0;
 804   varQMean=0;
 805   vThres.GetMatrixArray()[0]=.005;
 806   vThres.GetMatrixArray()[1]=.01;
 807   vThres.GetMatrixArray()[2]=.05;
 808   vThres.GetMatrixArray()[3]=.1;
 809   //check all needed data is available
 810   if (!fRefPulserTmean || !fPulserTmean || !fPulserQmean || !fRefPulserQmean || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 811   //
 812   UpdateRefPulserOutlierMap();
 813   //loop over all channels
 814   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 815     AliTPCCalROC *pqROC=fPulserQmean->GetCalROC(isec);
 816     AliTPCCalROC *pqRefROC=fRefPulserQmean->GetCalROC(isec);
 817     AliTPCCalROC *ptROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 818 //     AliTPCCalROC *ptRefROC=fRefPulserTmean->GetCalROC(isec);
 819     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 820     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 821     AliTPCCalROC *oROC=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 822     Float_t ptmean=ptROC->GetMean(oROC);
 823     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 824     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 825       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 826       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 827         //don't use masked channels;
 828         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 829         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 830         //don't user edge pads
 831         if (ipad==0||ipad==npads-1) continue;
 832         //data
 833         Float_t pq=pqROC->GetValue(irow,ipad);
 834         Float_t pqRef=pqRefROC->GetValue(irow,ipad);
 835         Float_t pt=ptROC->GetValue(irow,ipad);
 836 //         Float_t ptRef=ptRefROC->GetValue(irow,ipad);
 837         //comparisons q
 838         Float_t deviation=TMath::Abs(pq/pqRef-1);
 839         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 840           if (deviation>vThres[i])
 841             ++pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i];
 842         }
 843         if (pqRef>11&&pq<11) ++npadsOffAdd;
 844         varQMean+=pq-pqRef;
 845         //comparisons t
 846         if (TMath::Abs(pt-ptmean)>1) ++npadsOutOneTB;
 847         ++nActive;
 848       }//end ipad
 849     }//ind irow
 850   }//end isec
 851   if (nActive>0){
 852     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 853       pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 854       varQMean/=nActive;
 855     }
 856   }
 857 }
 858 //_____________________________________________________________________________________
 859 void AliTPCcalibDButil::UpdatePulserOutlierMap()
 860 {
 861   //
 862   // Update the outlier map of the pulser data
 863   //
 864   PulserOutlierMap(fPulserOutlier,fPulserTmean, fPulserQmean);
 865 }
 866 //_____________________________________________________________________________________
 867 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefPulserOutlierMap()
 868 {
 869   //
 870   // Update the outlier map of the pulser reference data
 871   //
 872   PulserOutlierMap(fRefPulserOutlier,fRefPulserTmean, fRefPulserQmean);
 873 }
 874 //_____________________________________________________________________________________
 875 void AliTPCcalibDButil::PulserOutlierMap(AliTPCCalPad *pulOut, const AliTPCCalPad *pulT, const AliTPCCalPad *pulQ)
 876 {
 877   //
 878   // Create a map that contains outliers from the Pulser calibration data.
 879   // The outliers include masked channels, edge pads and pads with
 880   //   too large timing and charge variations.
 881   // fNpulserOutliers is the number of outliers in the Pulser calibration data.
 882   //   those do not contain masked and edge pads
 883   //
 884   if (!pulT||!pulQ) {
 885     //reset map
 886     pulOut->Multiply(0.);
 887     fNpulserOutliers=-1;
 888     return;
 889   }
 890   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 891   fNpulserOutliers=0;
 892
 893   //Create Outlier Map
 894   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 895     AliTPCCalROC *tmeanROC=pulT->GetCalROC(isec);
 896     AliTPCCalROC *qmeanROC=pulQ->GetCalROC(isec);
 897     AliTPCCalROC *outROC=pulOut->GetCalROC(isec);
 898     if (!tmeanROC||!qmeanROC) {
 899       //reset outliers in this ROC
 900       outROC->Multiply(0.);
 901       continue;
 902     }
 903     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 904 //     Double_t dummy=0;
 905 //     Float_t qmedian=qmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 906 //     Float_t tmedian=tmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 907     UInt_t nrows=tmeanROC->GetNrows();
 908     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 909       UInt_t npads=tmeanROC->GetNPads(irow);
 910       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 911         Int_t outlier=0,masked=0;
 912         Float_t q=qmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 913         Float_t t=tmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 914         //masked channels are outliers
 915         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) masked=1;
 916         //edge pads are outliers
 917         if (ipad==0||ipad==npads-1) masked=1;
 918         //channels with too large charge or timing deviation from the meadian are outliers
 919 //         if (TMath::Abs(q-qmedian)>fPulQmaxLimitAbs || TMath::Abs(t-tmedian)>fPulTmaxLimitAbs) outlier=1;
 920         if (q<fPulQminLimit && !masked) outlier=1;
 921         //check for nan
 922         if ( !(q<10000000) || !(t<10000000)) outlier=1;
 923         outROC->SetValue(irow,ipad,outlier+masked);
 924         fNpulserOutliers+=outlier;
 925       }
 926     }
 927   }
 928 }
 929 //_____________________________________________________________________________________
 930 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0(Int_t model, Double_t &gyA, Double_t &gyC, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C )
 931 {
 932   //
 933   // Create pad time0 object from pulser and/or CE data, depending on the selected model
 934   // Model 0: normalise each readout chamber to its mean, outlier cutted, only Pulser
 935   // Model 1: normalise IROCs/OROCs of each readout side to its mean, only Pulser
 936   // Model 2: use CE data and a combination CE fit + pulser in the outlier regions.
 937   //
 938   // In case model 2 is invoked - gy arival time gradient is also returned
 939   //
 940   gyA=0;
 941   gyC=0;
 942   AliTPCCalPad *padTime0=new AliTPCCalPad("PadTime0",Form("PadTime0-Model_%d",model));
 943   // decide between different models
 944   if (model==0||model==1){
 945     TVectorD vMean;
 946     if (model==1) ProcessPulser(vMean);
 947     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 948       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 949       if (!rocPulTmean) continue;
 950       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 951       AliTPCCalROC *rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 952       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOut);
 953       //treat case where a whole partition is masked
 954       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
 955       if (model==1) {
 956         Int_t type=isec/18;
 957         mean=vMean[type];
 958       }
 959       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
 960       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 961         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
 962         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 963           Float_t time=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad);
 964           //in case of an outlier pad use the mean of the altro values.
 965           //This should be the most precise guess in that case.
 966           if (rocOut->GetValue(irow,ipad)) {
 967             time=GetMeanAltro(rocPulTmean,irow,ipad,rocOut);
 968             if ( TMath::Abs(time)<kAlmost0 ) time=mean;
 969           }
 970           Float_t val=time-mean;
 971           rocTime0->SetValue(irow,ipad,val);
 972         }
 973       }
 974     }
 975   } else if (model==2){
 976     Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
 977     AliTPCCalPad * padPulser = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
 978     fCETmean->Add(padPulser,-1.);
 979     TVectorD vA,vC;
 980     AliTPCCalPad outCE("outCE","outCE");
 981     Int_t nOut;
 982     ProcessCEdata("(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)++(ly/lx)^2",vA,vC,nOut,chi2A, chi2C,&outCE);
 983     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++0++gy++0++(lx-134)++0++0",vA,vC);
 984 //     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)",vA,vC);
 985     if (!padFit) { delete padPulser; return 0;}
 986     gyA=vA[2];
 987     gyC=vC[2];
 988     fCETmean->Add(padPulser,1.);
 989     padTime0->Add(fCETmean);
 990     padTime0->Add(padFit,-1);
 991     delete padPulser;
 992     TVectorD vFitROC;
 993     TMatrixD mFitROC;
 994     Float_t chi2;
 995     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 996       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 997       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 998       AliTPCCalROC *rocOutPul=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 999       AliTPCCalROC *rocOutCE=outCE.GetCalROC(isec);
1000       rocTime0->GlobalFit(rocOutCE,kFALSE,vFitROC,mFitROC,chi2);
1001       AliTPCCalROC *rocCEfit=AliTPCCalROC::CreateGlobalFitCalROC(vFitROC, isec);
1002       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOutPul);
1003       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
1004       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
1005       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1006         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
1007         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1008           Float_t timePulser=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad)-mean;
1009           if (rocOutCE->GetValue(irow,ipad)){
1010             Float_t valOut=rocCEfit->GetValue(irow,ipad);
1011             if (!rocOutPul->GetValue(irow,ipad)) valOut+=timePulser;
1012             rocTime0->SetValue(irow,ipad,valOut);
1013           }
1014         }
1015       }
1016       delete rocCEfit;
1017     }
1018     delete padFit;
1019   }
1020   Double_t median = padTime0->GetMedian();
1021   padTime0->Add(-median);  // normalize to median
1022   return padTime0;
1023 }
1024 //_____________________________________________________________________________________
1025 Float_t AliTPCcalibDButil::GetMeanAltro(const AliTPCCalROC *roc, const Int_t row, const Int_t pad, AliTPCCalROC *const rocOut)
1026 {
1027   //
1028   // GetMeanAlto information
1029   //
1030   if (roc==0) return 0.;
1031   const Int_t sector=roc->GetSector();
1032   AliTPCROC *tpcRoc=AliTPCROC::Instance();
1033   const UInt_t altroRoc=fMapper->GetFEC(sector,row,pad)*8+fMapper->GetChip(sector,row,pad);
1034   Float_t mean=0;
1035   Int_t   n=0;
1036
1037   //loop over a small range around the requested pad (+-10 rows/pads)
1038   for (Int_t irow=row-10;irow<row+10;++irow){
1039     if (irow<0||irow>(Int_t)tpcRoc->GetNRows(sector)-1) continue;
1040     for (Int_t ipad=pad-10; ipad<pad+10;++ipad){
1041       if (ipad<0||ipad>(Int_t)tpcRoc->GetNPads(sector,irow)-1) continue;
1042       const UInt_t altroCurr=fMapper->GetFEC(sector,irow,ipad)*8+fMapper->GetChip(sector,irow,ipad);
1043       if (altroRoc!=altroCurr) continue;
1044       if ( rocOut && rocOut->GetValue(irow,ipad) ) continue;
1045       Float_t val=roc->GetValue(irow,ipad);
1046       mean+=val;
1047       ++n;
1048     }
1049   }
1050   if (n>0) mean/=n;
1051   return mean;
1052 }
1053 //_____________________________________________________________________________________
1054 void AliTPCcalibDButil::SetRefFile(const char* filename)
1055 {
1056   //
1057   // load cal pad objects form the reference file
1058   //
1059   TDirectory *currDir=gDirectory;
1060   TFile f(filename);
1061   fRefPedestals=(AliTPCCalPad*)f.Get("Pedestals");
1062   fRefPadNoise=(AliTPCCalPad*)f.Get("PadNoise");
1063   //pulser data
1064   fRefPulserTmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTmean");
1065   fRefPulserTrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTrms");
1066   fRefPulserQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserQmean");
1067   //CE data
1068   fRefCETmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETmean");
1069   fRefCETrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETrms");
1070   fRefCEQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CEQmean");
1071   //Altro data
1072 //   fRefALTROAcqStart=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStart");
1073 //   fRefALTROZsThr=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROZsThr");
1074 //   fRefALTROFPED=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROFPED");
1075 //   fRefALTROAcqStop=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStop");
1076   fRefALTROMasked=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROMasked");
1077   f.Close();
1078   currDir->cd();
1079 }
1080 //_____________________________________________________________________________________
1081 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefDataFromOCDB()
1082 {
1083   //
1084   // set reference data from OCDB Reference map
1085   //
1086   if (!fRefMap) {
1087     AliWarning("Referenc map not set!");
1088     return;
1089   }
1090
1091   TString cdbPath;
1092   AliCDBEntry* entry = 0x0;
1093   Bool_t hasAnyChanged=kFALSE;
1094
1095   //pedestals
1096   cdbPath="TPC/Calib/Pedestals";
1097   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1098     hasAnyChanged=kTRUE;
1099     //delete old entries
1100     if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
1101     if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
1102     fRefPedestals=fRefPedestalMasked=0x0;
1103     //get new entries
1104     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1105     if (entry){
1106       entry->SetOwner(kTRUE);
1107       fRefPedestals=GetRefCalPad(entry);
1108       delete entry;
1109       fRefPedestalMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPedestals");
1110     }
1111   }
1112
1113   //noise
1114   cdbPath="TPC/Calib/PadNoise";
1115   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1116     hasAnyChanged=kTRUE;
1117     //delete old entry
1118     if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
1119     fRefPadNoise=0x0;
1120     //get new entry
1121     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1122     if (entry){
1123       entry->SetOwner(kTRUE);
1124       fRefPadNoise=GetRefCalPad(entry);
1125       delete entry;
1126     }
1127   }
1128
1129   //pulser
1130   cdbPath="TPC/Calib/Pulser";
1131   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1132     hasAnyChanged=kTRUE;
1133     //delete old entries
1134     if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
1135     if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
1136     if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
1137     if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
1138     fRefPulserTmean=fRefPulserTrms=fRefPulserQmean=fRefPulserMasked=0x0;
1139     //get new entries
1140     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1141     if (entry){
1142       entry->SetOwner(kTRUE);
1143       fRefPulserTmean=GetRefCalPad(entry,"PulserTmean");
1144       fRefPulserTrms=GetRefCalPad(entry,"PulserTrms");
1145       fRefPulserQmean=GetRefCalPad(entry,"PulserQmean");
1146       delete entry;
1147       fRefPulserMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPulser");
1148     }
1149   }
1150
1151   //ce
1152   cdbPath="TPC/Calib/CE";
1153   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1154     hasAnyChanged=kTRUE;
1155     //delete old entries
1156     if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
1157     if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
1158     if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
1159     if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
1160     fRefCETmean=fRefCETrms=fRefCEQmean=fRefCEMasked=0x0;
1161     //get new entries
1162     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1163     if (entry){
1164       entry->SetOwner(kTRUE);
1165       fRefCETmean=GetRefCalPad(entry,"CETmean");
1166       fRefCETrms=GetRefCalPad(entry,"CETrms");
1167       fRefCEQmean=GetRefCalPad(entry,"CEQmean");
1168       delete entry;
1169       fRefCEMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedCE");
1170     }
1171   }
1172
1173   //altro data
1174   cdbPath="TPC/Calib/AltroConfig";
1175   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1176     hasAnyChanged=kTRUE;
1177     //delete old entries
1178     if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
1179     if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
1180     if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
1181     if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
1182     if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
1183     fRefALTROFPED=fRefALTROZsThr=fRefALTROAcqStart=fRefALTROAcqStop=fRefALTROMasked=0x0;
1184     //get new entries
1185     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1186     if (entry){
1187       entry->SetOwner(kTRUE);
1188       fRefALTROFPED=GetRefCalPad(entry,"FPED");
1189       fRefALTROZsThr=GetRefCalPad(entry,"ZsThr");
1190       fRefALTROAcqStart=GetRefCalPad(entry,"AcqStart");
1191       fRefALTROAcqStop=GetRefCalPad(entry,"AcqStop");
1192       fRefALTROMasked=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1193       delete entry;
1194     }
1195   }
1196
1197   //raw data
1198   /*
1199   cdbPath="TPC/Calib/Raw";
1200   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1201     hasAnyChanged=kTRUE;
1202     //delete old entry
1203     if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
1204     //get new entry
1205     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1206     if (entry){
1207       entry->SetOwner(kTRUE);
1208       TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1209       if (!arr){
1210         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1211       } else {
1212         fRefCalibRaw=(AliTPCCalibRaw*)arr->At(0)->Clone();
1213       }
1214     }
1215   }
1216   */
1217
1218   //data qa
1219   cdbPath="TPC/Calib/QA";
1220   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1221     hasAnyChanged=kTRUE;
1222     //delete old entry
1223     if (fRefDataQA) delete fRefDataQA;
1224     //get new entry
1225     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1226     if (entry){
1227       entry->SetOwner(kTRUE);
1228       fRefDataQA=dynamic_cast<AliTPCdataQA*>(entry->GetObject());
1229       if (!fRefDataQA){
1230         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1231       } else {
1232         fRefDataQA=(AliTPCdataQA*)fRefDataQA->Clone();
1233       }
1234       delete entry;
1235     }
1236   }
1237
1238
1239 //update current reference maps
1240   if (hasAnyChanged){
1241     if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
1242     fCurrentRefMap=(TMap*)fRefMap->Clone();
1243   }
1244 }
1245 //_____________________________________________________________________________________
1246 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry, const char* objName)
1247 {
1248   //
1249   // TObjArray object type case
1250   // find 'objName' in 'arr' cast is to a calPad and store it in 'pad'
1251   //
1252   AliTPCCalPad *pad=0x0;
1253   TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1254   if (!arr){
1255     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1256     return pad;
1257   }
1258   pad=(AliTPCCalPad*)arr->FindObject(objName);
1259   if (!pad) {
1260     AliError(Form("Could not get '%s' from TObjArray in entry '%s'\nPlease check!!!",objName,entry->GetId().GetPath().Data()));
1261     return pad;
1262   }
1263   return (AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1264 }
1265 //_____________________________________________________________________________________
1266 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry)
1267 {
1268   //
1269   // AliTPCCalPad object type case
1270   // cast object to a calPad and store it in 'pad'
1271   //
1272   AliTPCCalPad *pad=(AliTPCCalPad*)entry->GetObject();
1273   if (!pad) {
1274     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1275     return 0x0;
1276   }
1277   pad=(AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1278   return pad;
1279 }
1280 //_____________________________________________________________________________________
1281 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetAltroMasked(const char* cdbPath, const char* name)
1282 {
1283   //
1284   // set altro masked channel map for 'cdbPath'
1285   //
1286   AliTPCCalPad* pad=0x0;
1287   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1288   if (run<0) {
1289     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1290     return pad;
1291   }
1292   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/AltroConfig", run);
1293   if (!entry) {
1294     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1295     return pad;
1296   }
1297   pad=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1298   if (pad) pad->SetNameTitle(name,name);
1299   entry->SetOwner(kTRUE);
1300   delete entry;
1301   return pad;
1302 }
1303 //_____________________________________________________________________________________
1304 void AliTPCcalibDButil::SetReferenceRun(Int_t run){
1305   //
1306   // Get Reference map
1307   //
1308   if (run<0) run=fCalibDB->GetRun();
1309   TString cdbPath="TPC/Calib/Ref";
1310   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath.Data(), run);
1311   if (!entry) {
1312     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath.Data()));
1313     fRefMap=0;
1314     return;
1315   }
1316   entry->SetOwner(kTRUE);
1317   fRefMap=(TMap*)(entry->GetObject());
1318   AliCDBId &id=entry->GetId();
1319   fRefValidity.Form("%d_%d_v%d_s%d",id.GetFirstRun(),id.GetLastRun(),id.GetVersion(),id.GetSubVersion());
1320 }
1321 //_____________________________________________________________________________________
1322 Bool_t AliTPCcalibDButil::HasRefChanged(const char *cdbPath)
1323 {
1324   //
1325   // check whether a reference cdb entry has changed
1326   //
1327   if (!fCurrentRefMap) return kTRUE;
1328   if (GetReferenceRun(cdbPath)!=GetCurrentReferenceRun(cdbPath)) return kTRUE;
1329   return kFALSE;
1330 }
1331 //_____________________________________________________________________________________
1332 AliCDBEntry* AliTPCcalibDButil::GetRefEntry(const char* cdbPath)
1333 {
1334   //
1335   // get the reference AliCDBEntry for 'cdbPath'
1336   //
1337   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1338   if (run<0) {
1339     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1340     return 0;
1341   }
1342   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath, run);
1343   if (!entry) {
1344     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1345     return 0;
1346   }
1347   return entry;
1348 }
1349 //_____________________________________________________________________________________
1350 Int_t AliTPCcalibDButil::GetCurrentReferenceRun(const char* type) const {
1351   //
1352   // Get reference run number for the specified OCDB path
1353   //
1354   if (!fCurrentRefMap) return -2;
1355   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fCurrentRefMap->GetValue(type));
1356   if (!str) return -2;
1357   return (Int_t)str->GetString().Atoi();
1358 }
1359 //_____________________________________________________________________________________
1360 Int_t AliTPCcalibDButil::GetReferenceRun(const char* type) const{
1361   //
1362   // Get reference run number for the specified OCDB path
1363   //
1364   if (!fRefMap) return -1;
1365   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fRefMap->GetValue(type));
1366   if (!str) return -1;
1367   return (Int_t)str->GetString().Atoi();
1368 }
1369 //_____________________________________________________________________________________
1370 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreateCEOutlyerMap( Int_t & noutliersCE, AliTPCCalPad * const ceOut, Float_t minSignal, Float_t cutTrmsMin,  Float_t cutTrmsMax, Float_t cutMaxDistT){
1371   //
1372   // Author:  marian.ivanov@cern.ch
1373   //
1374   // Create outlier map for CE study
1375   // Parameters:
1376   //  Return value - outlyer map
1377   //  noutlyersCE  - number of outlyers
1378   //  minSignal    - minimal total Q signal
1379   //  cutRMSMin    - minimal width of the signal in respect to the median
1380   //  cutRMSMax    - maximal width of the signal in respect to the median
1381   //  cutMaxDistT  - maximal deviation from time median per chamber
1382   //
1383   // Outlyers criteria:
1384   // 0. Exclude masked pads
1385   // 1. Exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1386   // 2. Exclude edge pads
1387   // 3. Exclude channels with too large variations
1388   // 4. Exclude pads with too small signal
1389   // 5. Exclude signal with outlyers RMS
1390   // 6. Exclude channels to far from the chamber median
1391   noutliersCE=0;
1392   //create outlier map
1393   AliTPCCalPad *out=ceOut;
1394   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
1395   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1396   if (!fCETmean) return 0;
1397   if (!fCETrms) return 0;
1398   if (!fCEQmean) return 0;
1399   //
1400   //loop over all channels
1401   //
1402   Double_t rmsMedian         = fCETrms->GetMedian();
1403   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1404     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
1405     if (fALTROMasked) rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1406     AliTPCCalROC *rocOut       = out->GetCalROC(iroc);
1407     AliTPCCalROC *rocCEQ       = fCEQmean->GetCalROC(iroc);
1408     AliTPCCalROC *rocCETrms    = fCETrms->GetCalROC(iroc);
1409     Double_t trocMedian        = rocData->GetMedian();
1410     //
1411     if (!rocData || !rocCEQ || !rocCETrms || !rocData) {
1412       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
1413       rocOut->Add(1.);
1414       continue;
1415     }
1416     //
1417     //select outliers
1418     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
1419     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1420       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
1421       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1422         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
1423         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
1424         Float_t valQmean=rocCEQ->GetValue(irow,ipad);
1425         Float_t valTrms =rocCETrms->GetValue(irow,ipad);
1426         //0. exclude masked pads
1427         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
1428           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1429           continue;
1430         }
1431         //1. exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1432         if (iroc<36){
1433           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1434         } else {
1435           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1436         }
1437         //2. exclude edge pads
1438         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1439         //exclude values that are exactly 0
1440         if ( TMath::Abs(valTmean)<kAlmost0) {
1441           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1442           ++noutliersCE;
1443         }
1444         //3.  exclude channels with too large variations
1445         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
1446           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1447           ++noutliersCE;
1448         }
1449         //
1450         //4.  exclude channels with too small signal
1451         if (valQmean<minSignal) {
1452           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1453           ++noutliersCE;
1454         }
1455         //
1456         //5. exclude channels with too small rms
1457         if (valTrms<cutTrmsMin*rmsMedian || valTrms>cutTrmsMax*rmsMedian){
1458           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1459           ++noutliersCE;
1460         }
1461         //
1462         //6. exclude channels to far from the chamber median
1463         if (TMath::Abs(valTmean-trocMedian)>cutMaxDistT){
1464           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1465           ++noutliersCE;
1466         }
1467       }
1468     }
1469   }
1470   //
1471   return out;
1472 }
1473
1474
1475 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePulserOutlyerMap(Int_t &noutliersPulser, AliTPCCalPad * const pulserOut,Float_t cutTime, Float_t cutnRMSQ, Float_t cutnRMSrms){
1476   //
1477   // Author: marian.ivanov@cern.ch
1478   //
1479   // Create outlier map for Pulser
1480   // Parameters:
1481   //  Return value     - outlyer map
1482   //  noutlyersPulser  - number of outlyers
1483   //  cutTime          - absolute cut - distance to the median of chamber
1484   //  cutnRMSQ         - nsigma cut from median  q distribution per chamber
1485   //  cutnRMSrms       - nsigma cut from median  rms distribution
1486   // Outlyers criteria:
1487   // 0. Exclude masked pads
1488   // 1. Exclude time outlyers (default 3 time bins)
1489   // 2. Exclude q outlyers    (default 5 sigma)
1490   // 3. Exclude rms outlyers  (default 5 sigma)
1491   noutliersPulser=0;
1492   AliTPCCalPad *out=pulserOut;
1493   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outPulser","outPulser");
1494   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1495   if (!fPulserTmean) return 0;
1496   if (!fPulserTrms) return 0;
1497   if (!fPulserQmean) return 0;
1498   //
1499   //loop over all channels
1500   //
1501   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1502     if (fALTROMasked)   rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1503     AliTPCCalROC *rocData       = fPulserTmean->GetCalROC(iroc);
1504     AliTPCCalROC *rocOut        = out->GetCalROC(iroc);
1505     AliTPCCalROC *rocPulserQ    = fPulserQmean->GetCalROC(iroc);
1506     AliTPCCalROC *rocPulserTrms = fPulserTrms->GetCalROC(iroc);
1507     //
1508     Double_t rocMedianT         = rocData->GetMedian();
1509     Double_t rocMedianQ         = rocPulserQ->GetMedian();
1510     Double_t rocRMSQ            = rocPulserQ->GetRMS();
1511     Double_t rocMedianTrms      = rocPulserTrms->GetMedian();
1512     Double_t rocRMSTrms         = rocPulserTrms->GetRMS();
1513     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocData->GetNchannels();++ichannel){
1514       rocOut->SetValue(ichannel,0);
1515       Float_t valTmean=rocData->GetValue(ichannel);
1516       Float_t valQmean=rocPulserQ->GetValue(ichannel);
1517       Float_t valTrms =rocPulserTrms->GetValue(ichannel);
1518       Float_t valMasked =0;
1519       if (rocMasked) valMasked = rocMasked->GetValue(ichannel);
1520       Int_t isOut=0;
1521       if (valMasked>0.5) isOut=1;
1522       if (TMath::Abs(valTmean-rocMedianT)>cutTime) isOut=1;
1523       if (TMath::Abs(valQmean-rocMedianQ)>cutnRMSQ*rocRMSQ) isOut=1;
1524       if (TMath::Abs(valTrms-rocMedianTrms)>cutnRMSrms*rocRMSTrms) isOut=1;
1525       rocOut->SetValue(ichannel,isOut);
1526       if (isOut) noutliersPulser++;
1527     }
1528   }
1529   return out;
1530 }
1531
1532
1533 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0CE(TVectorD &fitResultsA, TVectorD&fitResultsC, Int_t &nOut, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C, const char *dumpfile){
1534   //
1535   // Author : Marian Ivanov
1536   // Create pad time0 correction map using information from the CE and from pulser
1537   //
1538   //
1539   // Return PadTime0 to be used for time0 relative alignment
1540   // if dump file specified intermediat results are dumped to the fiel and can be visualized
1541   // using $ALICE_ROOT/TPC/script/gui application
1542   //
1543   // fitResultsA - fitParameters A side
1544   // fitResultsC - fitParameters C side
1545   // chi2A       - chi2/ndf for A side (assuming error 1 time bin)
1546   // chi2C       - chi2/ndf for C side (assuming error 1 time bin)
1547   //
1548   //
1549   // Algorithm:
1550   // 1. Find outlier map for CE
1551   // 2. Find outlier map for Pulser
1552   // 3. Replace outlier by median at given sector  (median without outliers)
1553   // 4. Substract from the CE data pulser
1554   // 5. Fit the CE with formula
1555   //    5.1) (IROC-OROC) offset
1556   //    5.2) gx
1557   //    5.3) gy
1558   //    5.4) (lx-xmid)
1559   //    5.5) (IROC-OROC)*(lx-xmid)
1560   //    5.6) (ly/lx)^2
1561   // 6. Substract gy fit dependence from the CE data
1562   // 7. Add pulser back to CE data
1563   // 8. Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1564   // 9. return CE data
1565   //
1566   // Time0 <= padCE = padCEin  -padCEfitGy  - if not outlier
1567   // Time0 <= padCE = padFitAll-padCEfitGy  - if outlier
1568
1569   // fit formula
1570   const char *formulaIn="(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1571   // output for fit formula
1572   const char *formulaAll="1++(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1573   // gy part of formula
1574   const char *formulaOut="0++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5++0*gx++gy++0*(lx-134.)++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++0*((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1575   //
1576   //
1577   if (!fCETmean) return 0;
1578   Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
1579   AliTPCCalPad * padPulserOut = CreatePulserOutlyerMap(nOut);
1580   AliTPCCalPad * padCEOut     = CreateCEOutlyerMap(nOut);
1581
1582   AliTPCCalPad * padPulser    = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
1583   AliTPCCalPad * padCE        = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1584   AliTPCCalPad * padCEIn      = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1585   AliTPCCalPad * padOut       = new AliTPCCalPad("padOut","padOut");
1586   padPulser->SetName("padPulser");
1587   padPulserOut->SetName("padPulserOut");
1588   padCE->SetName("padCE");
1589   padCEIn->SetName("padCEIn");
1590   padCEOut->SetName("padCEOut");
1591   padOut->SetName("padOut");
1592
1593   //
1594   // make combined outlyers map
1595   // and replace outlyers in maps with median for chamber
1596   //
1597   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1598     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1599     AliTPCCalROC * rocPulser    = padPulser->GetCalROC(iroc);
1600     AliTPCCalROC * rocPulserOut = padPulserOut->GetCalROC(iroc);
1601     AliTPCCalROC * rocCEOut     = padCEOut->GetCalROC(iroc);
1602     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1603     Double_t ceMedian           = rocCE->GetMedian(rocCEOut);
1604     Double_t pulserMedian       = rocPulser->GetMedian(rocCEOut);
1605     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1606       if (rocPulserOut->GetValue(ichannel)>0) {
1607         rocPulser->SetValue(ichannel,pulserMedian);
1608         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1609       }
1610       if (rocCEOut->GetValue(ichannel)>0) {
1611         rocCE->SetValue(ichannel,ceMedian);
1612         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1613       }
1614     }
1615   }
1616   //
1617   // remove pulser time 0
1618   //
1619   padCE->Add(padPulser,-1);
1620   //
1621   // Make fits
1622   //
1623   TMatrixD dummy;
1624   Float_t chi2Af,chi2Cf;
1625   padCE->GlobalSidesFit(padOut,formulaIn,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
1626   chi2A=chi2Af;
1627   chi2C=chi2Cf;
1628   //
1629   AliTPCCalPad *padCEFitGY=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaOut,fitResultsA,fitResultsC);
1630   padCEFitGY->SetName("padCEFitGy");
1631   //
1632   AliTPCCalPad *padCEFit  =AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaAll,fitResultsA,fitResultsC);
1633   padCEFit->SetName("padCEFit");
1634   //
1635   AliTPCCalPad* padCEDiff  = new AliTPCCalPad(*padCE);
1636   padCEDiff->SetName("padCEDiff");
1637   padCEDiff->Add(padCEFit,-1.);
1638   //
1639   //
1640   padCE->Add(padCEFitGY,-1.);
1641
1642   padCE->Add(padPulser,1.);
1643   Double_t padmedian = padCE->GetMedian();
1644   padCE->Add(-padmedian);  // normalize to median
1645   //
1646   // Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1647   //
1648   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1649     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1650     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1651     AliTPCCalROC * rocCEFit     = padCEFit->GetCalROC(iroc);
1652     AliTPCCalROC * rocCEFitGY   = padCEFitGY->GetCalROC(iroc);
1653     AliTPCCalROC * rocCEDiff    = padCEDiff->GetCalROC(iroc);
1654     //
1655     Double_t diffMedian         = rocCEDiff->GetMedian(rocOut);
1656     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1657       if (rocOut->GetValue(ichannel)==0) continue;
1658       Float_t value=rocCEFit->GetValue(ichannel)-rocCEFitGY->GetValue(ichannel)-diffMedian-padmedian;
1659       rocCE->SetValue(ichannel,value);
1660     }
1661   }
1662   //
1663   //
1664   if (dumpfile){
1665     //dump to the file - result can be visualized
1666     AliTPCPreprocessorOnline preprocesor;
1667     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCE));
1668     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEIn));
1669     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFit));
1670     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padOut));
1671     //
1672     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFitGY));
1673     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEDiff));
1674     //
1675     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEOut));
1676     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulser));
1677     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulserOut));
1678     preprocesor.DumpToFile(dumpfile);
1679   }
1680   delete padPulser;
1681   delete padPulserOut;
1682   delete padCEIn;
1683   delete padCEOut;
1684   delete padOut;
1685   delete padCEDiff;
1686   delete padCEFitGY;
1687   return padCE;
1688 }
1689
1690
1691
1692
1693
1694 Int_t AliTPCcalibDButil::GetNearest(TGraph *graph, Double_t xref, Double_t &dx, Double_t &y){
1695   //
1696   // find the closest point to xref  in x  direction
1697   // return dx and value
1698   dx = 0;
1699   y = 0;
1700
1701   if(!graph) return 0;
1702   if(graph->GetN() < 1) return 0;
1703
1704   Int_t index=0;
1705   index = TMath::BinarySearch(graph->GetN(), graph->GetX(),xref);
1706   if (index<0) index=0;
1707   if(graph->GetN()==1) {
1708     dx = xref-graph->GetX()[index];
1709   }
1710   else {
1711     if (index>=graph->GetN()-1) index=graph->GetN()-2;
1712     if (xref-graph->GetX()[index]>graph->GetX()[index]-xref) index++;
1713     dx = xref-graph->GetX()[index];
1714   }
1715   y  = graph->GetY()[index];
1716   return index;
1717 }
1718
1719 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1720   //
1721   // Get the correction of the trigger offset
1722   // combining information from the laser track calibration
1723   // and from cosmic calibration
1724   //
1725   // run       - run number
1726   // timeStamp - tim stamp in seconds
1727   // deltaT    - integration period to calculate offset
1728   // deltaTLaser -max validity of laser data
1729   // valType   - 0 - median, 1- mean
1730   //
1731   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1732   // automatically increase the validity by factor 2
1733   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1734   //
1735   //
1736   const Float_t kLaserCut=0.0005;
1737   const Int_t   kMaxPeriod=3600*24*30*12; // one year max
1738   const Int_t   kMinPoints=20;
1739   //
1740   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1741   if (!array) {
1742     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1743   }
1744   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1745   if (!array) return 0;
1746   //
1747   TGraphErrors *laserA[3]={0,0,0};
1748   TGraphErrors *laserC[3]={0,0,0};
1749   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1750   laserA[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1751   laserC[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1752   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1753   //
1754   //
1755   if (!cosmicAll) return 0;
1756   Int_t nmeasC=cosmicAll->GetN();
1757   Float_t *tdelta = new Float_t[nmeasC];
1758   Int_t nused=0;
1759   for (Int_t i=0;i<nmeasC;i++){
1760     if (TMath::Abs(cosmicAll->GetX()[i]-timeStamp)>deltaT) continue;
1761     Float_t ccosmic=cosmicAll->GetY()[i];
1762     Double_t yA=0,yC=0,dA=0,dC=0;
1763     if (laserA[1]) GetNearest(laserA[1], cosmicAll->GetX()[i],dA,yA);
1764     if (laserC[1]) GetNearest(laserC[1], cosmicAll->GetX()[i],dC,yC);
1765     //yA=laserA[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1766     //yC=laserC[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1767     //
1768     if (TMath::Sqrt(dA*dA+dC*dC)>deltaTLaser) continue;
1769     Float_t claser=0;
1770     if (TMath::Abs(yA-yC)<kLaserCut) {
1771       claser=(yA-yC)*0.5;
1772     }else{
1773       if (i%2==0)  claser=yA;
1774       if (i%2==1)  claser=yC;
1775     }
1776     tdelta[nused]=ccosmic-claser;
1777     nused++;
1778   }
1779   if (nused<kMinPoints &&deltaT<kMaxPeriod) {
1780     delete [] tdelta;
1781     return  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run, timeStamp, deltaT*2,deltaTLaser);
1782   }
1783   if (nused<kMinPoints) {
1784     delete [] tdelta;
1785     printf("AliFatal: No time offset calibration available\n");
1786     return 0;
1787   }
1788   Double_t median = TMath::Median(nused,tdelta);
1789   Double_t mean  = TMath::Mean(nused,tdelta);
1790   delete [] tdelta;
1791   return (valType==0) ? median:mean;
1792 }
1793
1794 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1795   //
1796   // Get the correction of the drift velocity
1797   // combining information from the laser track calibration
1798   // and from cosmic calibration
1799   //
1800   // dist      - return value - distance to closest point in graph
1801   // run       - run number
1802   // timeStamp - tim stamp in seconds
1803   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1804   // deltaTLaser -max validity of laser data
1805   // valType   - 0 - median, 1- mean
1806   //
1807   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1808   // automatically increase the validity by factor 2
1809   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1810   //
1811   //
1812   //
1813   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1814   if (!array) {
1815     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1816   }
1817   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1818   if (!array) return 0;
1819   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1820   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1821   if (!cosmicAll) return 0;
1822   Double_t grY=0;
1823   AliTPCcalibDButil::GetNearest(cosmicAll,timeStamp,dist,grY);
1824
1825   Double_t t0= AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,timeStamp, deltaT, deltaTLaser,valType);
1826   Double_t vcosmic =  AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(cosmicAll, timeStamp);
1827   if (timeStamp>cosmicAll->GetX()[cosmicAll->GetN()-1])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[cosmicAll->GetN()-1];
1828   if (timeStamp<cosmicAll->GetX()[0])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[0];
1829   return  vcosmic-t0;
1830
1831   /*
1832     Example usage:
1833
1834     Int_t run=89000
1835     TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1836     cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1837     laserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1838     //
1839     Double_t *yvd= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1840     Double_t *yt0= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1841     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yvd[i]=AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1842     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yt0[i]=AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1843
1844     TGraph *pcosmicVd=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yvd);
1845     TGraph *pcosmicT0=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yt0);
1846
1847   */
1848
1849 }
1850
1851 const char* AliTPCcalibDButil::GetGUIRefTreeDefaultName()
1852 {
1853   //
1854   // Create a default name for the gui file
1855   //
1856
1857   return Form("guiRefTreeRun%s.root",GetRefValidity());
1858 }
1859
1860 Bool_t AliTPCcalibDButil::CreateGUIRefTree(const char* filename)
1861 {
1862   //
1863   // Create a gui reference tree
1864   // if dirname and filename are empty default values will be used
1865   // this is the recommended way of using this function
1866   // it allows to check whether a file with the given run validity alredy exists
1867   //
1868   if (!AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()){
1869     AliError("Default Storage not set. Cannot create reference calibration Tree!");
1870     return kFALSE;
1871   }
1872
1873   TString file=filename;
1874   if (file.IsNull()) file=GetGUIRefTreeDefaultName();
1875
1876   AliTPCPreprocessorOnline prep;
1877   //noise and pedestals
1878   if (fRefPedestals) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPedestals)));
1879   if (fRefPadNoise ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPadNoise)));
1880   if (fRefPedestalMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPedestalMasked));
1881   //pulser data
1882   if (fRefPulserTmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTmean)));
1883   if (fRefPulserTrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTrms)));
1884   if (fRefPulserQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserQmean)));
1885   if (fRefPulserMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPulserMasked));
1886   //CE data
1887   if (fRefCETmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETmean)));
1888   if (fRefCETrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETrms)));
1889   if (fRefCEQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCEQmean)));
1890   if (fRefCEMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefCEMasked));
1891   //Altro data
1892   if (fRefALTROAcqStart ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStart )));
1893   if (fRefALTROZsThr    ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROZsThr    )));
1894   if (fRefALTROFPED     ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROFPED     )));
1895   if (fRefALTROAcqStop  ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStop  )));
1896   if (fRefALTROMasked   ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROMasked   )));
1897   //QA
1898   AliTPCdataQA *dataQA=fRefDataQA;
1899   if (dataQA) {
1900     if (dataQA->GetNLocalMaxima())
1901       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNLocalMaxima())));
1902     if (dataQA->GetMaxCharge())
1903       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMaxCharge())));
1904     if (dataQA->GetMeanCharge())
1905       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMeanCharge())));
1906     if (dataQA->GetNoThreshold())
1907       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNoThreshold())));
1908     if (dataQA->GetNTimeBins())
1909       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNTimeBins())));
1910     if (dataQA->GetNPads())
1911       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNPads())));
1912     if (dataQA->GetTimePosition())
1913       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetTimePosition())));
1914   }
1915   prep.DumpToFile(file.Data());
1916   return kTRUE;
1917 }
1918
1919 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracks(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1920   //
1921   // Get the correction of the drift velocity using the offline laser tracks calbration
1922   //
1923   // run       - run number
1924   // timeStamp - tim stamp in seconds
1925   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1926   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1927   // Note in case no data form both A and C side - the value from active side used
1928   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1929
1930   return GetVDriftTPCLaserTracksCommon(dist, timeStamp, deltaT, side, array);
1931 }
1932
1933 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracksOnline(Double_t &dist, Int_t /*run*/, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1934   //
1935   // Get the correction of the drift velocity using the online laser tracks calbration
1936   //
1937   // run       - run number
1938   // timeStamp - tim stamp in seconds
1939   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1940   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1941   // Note in case no data form both A and C side - the value from active side used
1942   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEfitsDrift();
1943
1944   Double_t dv = GetVDriftTPCLaserTracksCommon(dist, timeStamp, deltaT, side, array);
1945   AliTPCParam *param  =AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1946   if (!param) return 0;
1947
1948   //the drift velocity is hard wired in the AliTPCCalibCE class, since online there is no access to OCDB
1949   dv*=param->GetDriftV()/2.61301900000000000e+06;
1950   if (dv>1e-20) dv=1/dv-1;
1951   else return 0;
1952   // T/P correction
1953   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
1954
1955   AliTPCSensorTempArray *temp = (AliTPCSensorTempArray*)cearray->FindObject("TempMap");
1956   AliDCSSensor *press         = (AliDCSSensor*)cearray->FindObject("CavernAtmosPressure");
1957
1958   Double_t corrPTA=0;
1959   Double_t corrPTC=0;
1960
1961   if (temp&&press) {
1962     AliTPCCalibVdrift corr(temp,press,0);
1963     corrPTA=corr.GetPTRelative(timeStamp,0);
1964     corrPTC=corr.GetPTRelative(timeStamp,1);
1965   }
1966
1967   if (side==0) dv -=  corrPTA;
1968   if (side==1) dv -=  corrPTC;
1969   if (side==2) dv -=  (corrPTA+corrPTC)/2;
1970
1971   return dv;
1972 }
1973
1974 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracksCommon(Double_t &dist, Int_t timeStamp, Double_t deltaT,
1975   Int_t side, TObjArray * const array){
1976   //
1977   // common drift velocity retrieval for online and offline method
1978   //
1979   TGraphErrors *grlaserA=0;
1980   TGraphErrors *grlaserC=0;
1981   Double_t vlaserA=0, vlaserC=0;
1982   if (!array) return 0;
1983   grlaserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1984   grlaserC=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1985   Double_t deltaY;
1986   if (grlaserA && grlaserA->GetN()>0) {
1987     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserA,timeStamp,dist,deltaY);
1988     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserA= deltaY;
1989     else  vlaserA = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserA,timeStamp);
1990   }
1991   if (grlaserC && grlaserC->GetN()>0) {
1992     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserC,timeStamp,dist,deltaY);
1993     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserC= deltaY;
1994     else  vlaserC = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserC,timeStamp);
1995   }
1996   if (side==0) return vlaserA;
1997   if (side==1) return vlaserC;
1998   Double_t mdrift=(vlaserA+vlaserC)*0.5;
1999   if (!grlaserA) return vlaserC;
2000   if (!grlaserC) return vlaserA;
2001   return mdrift;
2002 }
2003
2004
2005 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCCE(Double_t &dist,Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
2006   //
2007   // Get the correction of the drift velocity using the CE laser data
2008   // combining information from the CE,  laser track calibration
2009   // and P/T calibration
2010   //
2011   // run       - run number
2012   // timeStamp - tim stamp in seconds
2013   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
2014   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
2015   TObjArray *arrT     =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
2016   if (!arrT) return 0;
2017   AliTPCParam *param  =AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
2018   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
2019   AliTPCCalibVdrift * driftCalib = (AliTPCCalibVdrift *)cearray->FindObject("driftPTCE");
2020   //
2021   //
2022   Double_t corrPTA = 0, corrPTC=0;
2023   Double_t ltime0A = 0, ltime0C=0;
2024   Double_t gry=0;
2025   Double_t corrA=0, corrC=0;
2026   Double_t timeA=0, timeC=0;
2027   const Double_t kEpsilon = 0.00001;
2028   TGraph *graphA = (TGraph*)arrT->At(72);
2029   TGraph *graphC = (TGraph*)arrT->At(73);
2030   if (!graphA && !graphC) return 0.;
2031   if (graphA &&graphA->GetN()>0) {
2032     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphA,timeStamp,dist,gry);
2033     timeA   = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphA,timeStamp);
2034     Int_t mtime   =TMath::Nint((graphA->GetX()[0]+graphA->GetX()[graphA->GetN()-1])*0.5);
2035     ltime0A       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
2036     if(ltime0A < kEpsilon) return 0;
2037     if (driftCalib) corrPTA =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
2038     corrA = (param->GetZLength(36)/(timeA*param->GetTSample()*(1.-ltime0A)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
2039     corrA-=corrPTA;
2040   }
2041   if (graphC&&graphC->GetN()>0){
2042     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphC,timeStamp,dist,gry);
2043     timeC=AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphC,timeStamp);
2044     Int_t mtime=TMath::Nint((graphC->GetX()[0]+graphC->GetX()[graphC->GetN()-1])*0.5);
2045     ltime0C       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
2046     if(ltime0C < kEpsilon) return 0;
2047 if (driftCalib) corrPTC =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
2048     corrC = (param->GetZLength(54)/(timeC*param->GetTSample()*(1.-ltime0C)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
2049     corrC-=corrPTC;
2050   }
2051
2052   if (side ==0 ) return corrA;
2053   if (side ==1 ) return corrC;
2054   Double_t corrM= (corrA+corrC)*0.5;
2055   if (!graphA) corrM=corrC;
2056   if (!graphC) corrM=corrA;
2057   return corrM;
2058 }
2059
2060 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2061   //
2062   // return drift velocity using the TPC-ITS matchin method
2063   // return also distance to the closest point
2064   //
2065   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2066   TGraphErrors *graph=0;
2067   dist=0;
2068   if (!array) return 0;
2069   //array->ls();
2070   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
2071   if (!graph) return 0;
2072   Double_t deltaY;
2073   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2074   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2075   return value;
2076 }
2077
2078 Double_t AliTPCcalibDButil::GetTime0TPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2079   //
2080   // Get time dependent time 0 (trigger delay in cm) correction
2081   // Arguments:
2082   // timestamp - timestamp
2083   // run       - run number
2084   //
2085   // Notice - Extrapolation outside of calibration range  - using constant function
2086   //
2087   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2088   TGraphErrors *graph=0;
2089   dist=0;
2090   if (!array) return 0;
2091   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
2092   if (!graph) return 0;
2093   Double_t deltaY;
2094   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2095   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2096   return value;
2097 }
2098
2099
2100
2101
2102
2103 Int_t  AliTPCcalibDButil::MakeRunList(Int_t startRun, Int_t stopRun){
2104   //
2105   // VERY obscure method - we need something in framework
2106   // Find the TPC runs with temperature OCDB entry
2107   // cache the start and end of the run
2108   //
2109   AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetSpecificStorage("TPC/Calib/Temperature");
2110   if (!storage) storage = AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage();
2111   if (!storage) return 0;
2112   TString path=storage->GetURI();
2113   TString runsT;
2114   {
2115     TString command;
2116     if (path.Contains("local")){  // find the list if local system
2117       path.ReplaceAll("local://","");
2118       path+="TPC/Calib/Temperature";
2119       command=Form("ls %s  |  sed s/_/\\ /g | awk '{print \"r\"$2}'  ",path.Data());
2120     }
2121     runsT=gSystem->GetFromPipe(command);
2122   }
2123   TObjArray *arr= runsT.Tokenize("r");
2124   if (!arr) return 0;
2125   //
2126   TArrayI indexes(arr->GetEntries());
2127   TArrayI runs(arr->GetEntries());
2128   Int_t naccept=0;
2129   {for (Int_t irun=0;irun<arr->GetEntries();irun++){
2130       Int_t irunN = atoi(arr->At(irun)->GetName());
2131       if (irunN<startRun) continue;
2132       if (irunN>stopRun) continue;
2133       runs[naccept]=irunN;
2134       naccept++;
2135     }}
2136   fRuns.Set(naccept);
2137   fRunsStart.Set(fRuns.fN);
2138   fRunsStop.Set(fRuns.fN);
2139   TMath::Sort(fRuns.fN, runs.fArray, indexes.fArray,kFALSE);
2140   for (Int_t irun=0; irun<fRuns.fN; irun++)  fRuns[irun]=runs[indexes[irun]];
2141
2142   //
2143   AliCDBEntry * entry = 0;
2144   {for (Int_t irun=0;irun<fRuns.fN; irun++){
2145       entry = AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/Temperature",fRuns[irun]);
2146       if (!entry) continue;
2147       AliTPCSensorTempArray *  tmpRun = dynamic_cast<AliTPCSensorTempArray*>(entry->GetObject());
2148       if (!tmpRun) continue;
2149       fRunsStart[irun]=tmpRun->GetStartTime().GetSec();
2150       fRunsStop[irun]=tmpRun->GetEndTime().GetSec();
2151       //      printf("irun\t%d\tRun\t%d\t%d\t%d\n",irun,fRuns[irun],tmpRun->GetStartTime().GetSec(),tmpRun->GetEndTime().GetSec());
2152     }}
2153   return fRuns.fN;
2154 }
2155
2156
2157 Int_t AliTPCcalibDButil::FindRunTPC(Int_t    itime, Bool_t debug){
2158   //
2159   // binary search - find the run for given time stamp
2160   //
2161   Int_t index0  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStop.fArray,itime);
2162   Int_t index1  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStart.fArray,itime);
2163   Int_t cindex  = -1;
2164   for (Int_t index=index0; index<=index1; index++){
2165     if (fRunsStart[index]<=itime && fRunsStop[index]>=itime) cindex=index;
2166     if (debug) {
2167       printf("%d\t%d\t%d\n",fRuns[index], fRunsStart[index]-itime, fRunsStop[index]-itime);
2168     }
2169   }
2170   if (cindex<0) cindex =(index0+index1)/2;
2171   if (cindex<0) {
2172     return 0;
2173   }
2174   return fRuns[cindex];
2175 }
2176
2177
2178
2179
2180
2181 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(TGraph * graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2182   //
2183   // filter outlyer measurement
2184   // Only points around median +- sigmaCut filtered
2185   if (!graph) return  0;
2186   Int_t kMinPoints=2;
2187   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2188   Int_t npoints=0;
2189   Float_t  rmsY=0;
2190   //
2191   //
2192   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2193
2194   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2195   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2196   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2197     npoints=0;
2198     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2199       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2200       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>sigmaCut*rmsY) continue;
2201       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2202       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2203       npoints++;
2204     }
2205     if (npoints<=1) break;
2206     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2207     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2208   }
2209   TGraph *graphOut=0;
2210   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2211   delete [] outx;
2212   delete [] outy;
2213   return graphOut;
2214 }
2215
2216
2217 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(TGraph * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
2218   //
2219   // filter outlyer measurement
2220   // Only points around median +- cut filtered
2221   if (!graph) return  0;
2222   Int_t kMinPoints=2;
2223   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2224   Int_t npoints=0;
2225   Float_t  rmsY=0;
2226   //
2227   //
2228   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2229
2230   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2231   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2232   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2233     npoints=0;
2234     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2235       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2236       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
2237       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2238       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2239       npoints++;
2240     }
2241     if (npoints<=1) break;
2242     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2243     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2244   }
2245   TGraph *graphOut=0;
2246   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2247   delete [] outx;
2248   delete [] outy;
2249   return graphOut;
2250 }
2251
2252
2253
2254 TGraphErrors* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(TGraphErrors * const graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2255   //
2256   // filter outlyer measurement
2257   // Only points with normalized errors median +- sigmaCut filtered
2258   //
2259   Int_t kMinPoints=10;
2260   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2261   Int_t npoints=0;
2262   Float_t  medianErr=0, rmsErr=0;
2263   //
2264   //
2265   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2266
2267   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2268   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2269   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
2270   Double_t *nerry=new Double_t[npoints0];
2271   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
2272
2273   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2274     npoints=0;
2275     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2276       nerry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2277       if (iter>0 &&TMath::Abs(nerry[npoints]-medianErr)>sigmaCut*rmsErr) continue;
2278       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2279       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2280       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2281       errx[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2282       npoints++;
2283     }
2284     if (npoints==0) break;
2285     medianErr=TMath::Median(npoints,erry);
2286     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2287     rmsErr   =TMath::RMS(npoints,erry);
2288   }
2289   TGraphErrors *graphOut=0;
2290   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
2291   delete []outx;
2292   delete []outy;
2293   delete []erry;
2294   delete []nerry;
2295   delete []errx;
2296   return graphOut;
2297 }
2298
2299
2300 void AliTPCcalibDButil::Sort(TGraph *graph){
2301   //
2302   // sort array - neccessay for approx
2303   //
2304   Int_t npoints = graph->GetN();
2305   Int_t *indexes=new Int_t[npoints];
2306   Double_t *outx=new Double_t[npoints];
2307   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2308   TMath::Sort(npoints, graph->GetX(),indexes,kFALSE);
2309   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outx[i]=graph->GetX()[indexes[i]];
2310   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outy[i]=graph->GetY()[indexes[i]];
2311   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetX()[i]=outx[i];
2312   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetY()[i]=outy[i];
2313
2314   delete [] indexes;
2315   delete [] outx;
2316   delete [] outy;
2317 }
2318 void AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(TGraph *graph, Double_t delta){
2319   //
2320   // smmoth graph - mean on the interval
2321   //
2322   Sort(graph);
2323   Int_t npoints = graph->GetN();
2324   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2325
2326   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2327     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2328     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2329     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2330     if (index0<0) index0=0;
2331     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2332     if ((index1-index0)>1){
2333       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2334     }else{
2335       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2336     }
2337   }
2338  //  TLinearFitter  fitter(3,"pol2");
2339 //   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2340 //     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2341 //     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2342 //     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2343 //     if (index0<0) index0=0;
2344 //     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2345 //     fitter.ClearPoints();
2346 //     for (Int_t jpoint=0;jpoint<index1-index0; jpoint++)
2347 //     if ((index1-index0)>1){
2348 //       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2349 //     }else{
2350 //       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2351 //     }
2352 //   }
2353
2354
2355
2356   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2357     graph->GetY()[ipoint] = outy[ipoint];
2358   }
2359   delete[] outy;
2360 }
2361
2362 Double_t AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(TGraph * const graph, Double_t xref){
2363   //
2364   // Use constant interpolation outside of range
2365   //
2366   if (!graph) {
2367     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: 0 pointer\n");
2368     return 0;
2369   }
2370
2371   if (graph->GetN()<1){
2372     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: Empty graph \n");
2373     return 0;
2374   }
2375
2376
2377   if (xref<graph->GetX()[0]) return graph->GetY()[0];
2378   if (xref>graph->GetX()[graph->GetN()-1]) return graph->GetY()[graph->GetN()-1];
2379
2380   //  printf("graph->Eval(graph->GetX()[0]) %f, graph->Eval(xref) %f \n",graph->Eval(graph->GetX()[0]), graph->Eval(xref));
2381
2382   if(graph->GetN()==1)
2383     return graph->Eval(graph->GetX()[0]);
2384
2385
2386   return graph->Eval(xref);
2387 }
2388
2389 Double_t AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(AliSplineFit *graph, Double_t xref){
2390   //
2391   // Use constant interpolation outside of range also for spline fits
2392   //
2393   if (!graph) {
2394     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: 0 pointer\n");
2395     return 0;
2396   }
2397   if (graph->GetKnots()<1){
2398     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: Empty graph");
2399     return 0;
2400   }
2401   if (xref<graph->GetX()[0]) return graph->GetY0()[0];
2402   if (xref>graph->GetX()[graph->GetKnots()-1]) return graph->GetY0()[graph->GetKnots()-1];
2403   return graph->Eval( xref);
2404 }
2405
2406 Float_t AliTPCcalibDButil::FilterSensor(AliDCSSensor * sensor, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t maxdy,  Double_t sigmaCut){
2407   //
2408   // Filter DCS sensor information
2409   //   ymin     - minimal value
2410   //   ymax     - max value
2411   //   maxdy    - maximal deirivative
2412   //   sigmaCut - cut on values and derivative in terms of RMS distribution
2413   // Return value - accepted fraction
2414   //
2415   // Algorithm:
2416   //
2417   // 0. Calculate median and rms of values in specified range
2418   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2419   //    values replaced by median
2420   //
2421   AliSplineFit * fit    = sensor->GetFit();
2422   if (!fit) return 0.;
2423   Int_t          nknots = fit->GetKnots();
2424   if (nknots==0) {
2425     delete fit;
2426     sensor->SetFit(0);
2427     return 0;
2428   }
2429   //
2430   Double_t *yin0  = new Double_t[nknots];
2431   Double_t *yin1  = new Double_t[nknots];
2432   Int_t naccept=0;
2433
2434   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2435     if (fit->GetY0()[iknot]>ymin && fit->GetY0()[iknot]<ymax){
2436       yin0[naccept]  = fit->GetY0()[iknot];
2437       yin1[naccept]  = fit->GetY1()[iknot];
2438       if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) yin1[naccept]=0;
2439       naccept++;
2440     }
2441   }
2442   if (naccept<1) {
2443     delete fit;
2444     sensor->SetFit(0);
2445     delete [] yin0;
2446     delete [] yin1;
2447     return 0.;
2448   }
2449
2450   Double_t medianY0=0, medianY1=0;
2451   Double_t rmsY0   =0, rmsY1=0;
2452   medianY0 = TMath::Median(naccept, yin0);
2453   medianY1 = TMath::Median(naccept, yin1);
2454   rmsY0    = TMath::RMS(naccept, yin0);
2455   rmsY1    = TMath::RMS(naccept, yin1);
2456   naccept=0;
2457   //
2458   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2459   //    values replaced by median
2460   //    if replaced the derivative set to 0
2461   //
2462   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2463     Bool_t isOK=kTRUE;
2464     if (TMath::Abs(fit->GetY0()[iknot]-medianY0)>sigmaCut*rmsY0) isOK=kFALSE;
2465     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot]-medianY1)>sigmaCut*rmsY1) isOK=kFALSE;
2466     if (nknots<2) fit->GetY1()[iknot]=0;
2467     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) fit->GetY1()[iknot]=0;
2468     if (!isOK){
2469       fit->GetY0()[iknot]=medianY0;
2470       fit->GetY1()[iknot]=0;
2471     }else{
2472       naccept++;
2473     }
2474   }
2475   delete [] yin0;
2476   delete [] yin1;
2477   return Float_t(naccept)/Float_t(nknots);
2478 }
2479
2480 Float_t  AliTPCcalibDButil::FilterTemperature(AliTPCSensorTempArray *tempArray, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t sigmaCut){
2481   //
2482   // Filter temperature array
2483   // tempArray    - array of temperatures         -
2484   // ymin         - minimal accepted temperature  - default 15
2485   // ymax         - maximal accepted temperature  - default 22
2486   // sigmaCut     - values filtered on interval median+-sigmaCut*rms - defaut 5
2487   // return value - fraction of filtered sensors
2488   const Double_t kMaxDy=0.1;
2489   Int_t nsensors=tempArray->NumSensors();
2490   if (nsensors==0) return 0.;
2491   Int_t naccept=0;
2492   for (Int_t isensor=0; isensor<nsensors; isensor++){
2493     AliDCSSensor *sensor = tempArray->GetSensorNum(isensor);
2494     if (!sensor) continue;
2495     //printf("%d\n",isensor);
2496     FilterSensor(sensor,ymin,ymax,kMaxDy, sigmaCut);
2497     if (sensor->GetFit()==0){
2498       //delete sensor;
2499       tempArray->RemoveSensorNum(isensor);
2500     }else{
2501       naccept++;
2502     }
2503   }
2504   return Float_t(naccept)/Float_t(nsensors);
2505 }
2506
2507
2508 void AliTPCcalibDButil::FilterCE(Double_t deltaT, Double_t cutAbs, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2509   //
2510   // Filter CE data
2511   // Input parameters:
2512   //    deltaT   - smoothing window (in seconds)
2513   //    cutAbs   - max distance of the time info to the median (in time bins)
2514   //    cutSigma - max distance (in the RMS)
2515   //    pcstream - optional debug streamer to store original and filtered info
2516   // Hardwired parameters:
2517   //    kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2518   //    kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2519   // Algorithm:
2520   // 0. Filter almost emty graphs (kMinPoints=10)
2521   // 1. calculate median and RMS per side
2522   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2523   //                  - cutAbs and cutDelta used
2524   // 3. Cut in respect wit the graph median - cutAbs and cutRMS used
2525   // 4. Calculate mean for A side and C side
2526   //
2527   const Int_t kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2528   const Int_t kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2529   const Int_t kMinTime   =400;     // minimal arrival time of CE
2530   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
2531   Double_t medianY=0;
2532   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
2533   if (!cearray) return;
2534   Double_t tmin=-1;
2535   Double_t tmax=-1;
2536   //
2537   //
2538   AliTPCSensorTempArray *tempMapCE = (AliTPCSensorTempArray *)cearray->FindObject("TempMap");
2539   AliDCSSensor * cavernPressureCE  = (AliDCSSensor *) cearray->FindObject("CavernAtmosPressure");
2540   if ( tempMapCE && cavernPressureCE){
2541     //
2542     //     Bool_t isOK = FilterTemperature(tempMapCE)>0.1;
2543     //     FilterSensor(cavernPressureCE,960,1050,10, 5.);
2544     //     if (cavernPressureCE->GetFit()==0) isOK=kFALSE;
2545     Bool_t isOK=kTRUE;
2546     if (isOK)  {
2547       // recalculate P/T correction map for time of the CE
2548       AliTPCCalibVdrift * driftCalib = new AliTPCCalibVdrift(tempMapCE,cavernPressureCE ,0);
2549       driftCalib->SetName("driftPTCE");
2550       driftCalib->SetTitle("driftPTCE");
2551       cearray->AddLast(driftCalib);
2552     }
2553   }
2554   //
2555   // 0. Filter almost emty graphs
2556   //
2557
2558   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2559     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2560     if (!graph) continue;
2561     graph->Sort();
2562     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2563       arrT->AddAt(0,i);
2564       delete graph;  // delete empty graph
2565       continue;
2566     }
2567     if (tmin<0) tmin = graph->GetX()[0];
2568     if (tmax<0) tmax = graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2569     //
2570     if (tmin>graph->GetX()[0]) tmin=graph->GetX()[0];
2571     if (tmax<graph->GetX()[graph->GetN()-1]) tmax=graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2572   }
2573   //
2574   // 1. calculate median and RMS per side
2575   //
2576   TArrayF arrA(100000), arrC(100000);
2577   Int_t nA=0, nC=0;
2578   Double_t medianA=0, medianC=0;
2579   Double_t rmsA=0, rmsC=0;
2580   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2581     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2582     if (!graph) continue;
2583     for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2584       if (graph->GetY()[ipoint]<kMinTime) continue;
2585       if (nA>=arrA.fN) arrA.Set(nA*2);
2586       if (nC>=arrC.fN) arrC.Set(nC*2);
2587       if (isec%36<18)  arrA[nA++]= graph->GetY()[ipoint];
2588       if (isec%36>=18) arrC[nC++]= graph->GetY()[ipoint];
2589     }
2590   }
2591   if (nA>0){
2592     medianA=TMath::Median(nA,arrA.fArray);
2593     rmsA   =TMath::RMS(nA,arrA.fArray);
2594   }
2595   if (nC>0){
2596     medianC=TMath::Median(nC,arrC.fArray);
2597     rmsC   =TMath::RMS(nC,arrC.fArray);
2598   }
2599   //
2600   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2601   //
2602   TArrayD vecX(100000), vecY(100000);
2603   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2604     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2605     if (!graph) continue;
2606     Double_t median = (isec%36<18) ? medianA: medianC;
2607     Double_t rms    = (isec%36<18) ? rmsA:    rmsC;
2608     Int_t naccept=0;
2609     //    for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){ //not neccessary to remove first points
2610     for (Int_t ipoint=0; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2611       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutAbs) continue;
2612       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutSigma*rms) continue;
2613       vecX[naccept]= graph->GetX()[ipoint];
2614       vecY[naccept]= graph->GetY()[ipoint];
2615       naccept++;
2616     }
2617     if (naccept<kMinPoints){
2618       arrT->AddAt(0,isec);
2619       delete graph;  // delete empty graph
2620       continue;
2621     }
2622     TGraph *graph2 = new TGraph(naccept, vecX.fArray, vecY.fArray);
2623     delete graph;
2624     arrT->AddAt(graph2,isec);
2625   }
2626   //
2627   // 3. Cut in respect wit the graph median
2628   //
2629   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2630     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2631     if (!graph) continue;
2632     //
2633     // filter in range
2634     //
2635     TGraph* graphTS0= FilterGraphMedianAbs(graph,cutAbs,medianY);
2636     if (!graphTS0) continue;
2637     if (graphTS0->GetN()<kMinPoints) {
2638       delete graphTS0;
2639       delete graph;
2640       arrT->AddAt(0,i);
2641       continue;
2642     }
2643     TGraph* graphTS= FilterGraphMedian(graphTS0,cutSigma,medianY);
2644     if (!graphTS) continue;
2645     graphTS->Sort();
2646     AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphTS,deltaT);
2647     if (pcstream){
2648       Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2649       (*pcstream)<<"filterCE"<<
2650         "run="<<run<<
2651         "isec="<<i<<
2652         "mY="<<medianY<<
2653         "graph.="<<graph<<
2654         "graphTS0.="<<graphTS0<<
2655         "graphTS.="<<graphTS<<
2656         "\n";
2657     }
2658     delete graphTS0;
2659     arrT->AddAt(graphTS,i);
2660     delete graph;
2661   }
2662   //
2663   // Recalculate the mean time A side C side
2664   //
2665   TArrayF xA(200), yA(200), eA(200), xC(200),yC(200), eC(200);
2666   Int_t meanPoints=(nA+nC)/72;  // mean number of points
2667   for (Int_t itime=0; itime<200; itime++){
2668     nA=0, nC=0;
2669     Double_t time=tmin+(tmax-tmin)*Float_t(itime)/200.;
2670     for (Int_t i=0; i<72;i++){
2671       TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2672       if (!graph) continue;
2673       if (graph->GetN()<(meanPoints/4)) continue;
2674       if ( (i%36)<18 )  arrA[nA++]=graph->Eval(time);
2675       if ( (i%36)>=18 ) arrC[nC++]=graph->Eval(time);
2676     }
2677     xA[itime]=time;
2678     xC[itime]=time;
2679     yA[itime]=(nA>0)? TMath::Mean(nA,arrA.fArray):0;
2680     yC[itime]=(nC>0)? TMath::Mean(nC,arrC.fArray):0;
2681     eA[itime]=(nA>0)? TMath::RMS(nA,arrA.fArray):0;
2682     eC[itime]=(nC>0)? TMath::RMS(nC,arrC.fArray):0;
2683   }
2684   //
2685   Double_t rmsTA = TMath::RMS(200,yA.fArray)+TMath::Mean(200,eA.fArray);
2686   Double_t rmsTC = TMath::RMS(200,yC.fArray)+TMath::Mean(200,eC.fArray);
2687   if (pcstream){
2688     Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2689     (*pcstream)<<"filterAC"<<
2690       "run="<<run<<
2691       "nA="<<nA<<
2692       "nC="<<nC<<
2693       "rmsTA="<<rmsTA<<
2694       "rmsTC="<<rmsTC<<
2695       "\n";
2696   }
2697   //
2698   TGraphErrors *grA = new TGraphErrors(200,xA.fArray,yA.fArray,0, eA.fArray);
2699   TGraphErrors *grC = new TGraphErrors(200,xC.fArray,yC.fArray,0, eC.fArray);
2700   TGraph* graphTSA= FilterGraphMedian(grA,cutSigma,medianY);
2701   if (graphTSA&&graphTSA->GetN()) SmoothGraph(graphTSA,deltaT);
2702   TGraph* graphTSC= FilterGraphMedian(grC,cutSigma,medianY);
2703   if (graphTSC&&graphTSC->GetN()>0) SmoothGraph(graphTSC,deltaT);
2704   delete grA;
2705   delete grC;
2706   if (nA<kMinSectors) arrT->AddAt(0,72);
2707   else arrT->AddAt(graphTSA,72);
2708   if (nC<kMinSectors) arrT->AddAt(0,73);
2709   else arrT->AddAt(graphTSC,73);
2710 }
2711
2712
2713 void AliTPCcalibDButil::FilterTracks(Int_t run, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2714   //
2715   // Filter Drift velocity measurement using the tracks
2716   // 0.  remove outlyers - error based
2717   //     cutSigma
2718   //
2719   //
2720   const Int_t kMinPoints=1;  // minimal number of points to define value
2721   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2722   Double_t medianY=0;
2723   if (!arrT) return;
2724   for (Int_t i=0; i<arrT->GetEntries();i++){
2725     TGraphErrors *graph= dynamic_cast<TGraphErrors*>(arrT->At(i));
2726     if (!graph) continue;
2727     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2728       delete graph;
2729       arrT->AddAt(0,i);
2730       continue;
2731     }
2732     TGraphErrors *graph2 = NULL;
2733     if(graph->GetN()<10) {
2734       graph2 = new TGraphErrors(graph->GetN(),graph->GetX(),graph->GetY(),graph->GetEX(),graph->GetEY());
2735       if (!graph2) {
2736         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2737       }
2738     }
2739     else {
2740       graph2= FilterGraphMedianErr(graph,cutSigma,medianY);
2741       if (!graph2) {
2742         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2743       }
2744     }
2745     if (graph2->GetN()<1) {
2746       delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2747     }
2748     graph2->SetName(graph->GetName());
2749     graph2->SetTitle(graph->GetTitle());
2750     arrT->AddAt(graph2,i);
2751     if (pcstream){
2752       (*pcstream)<<"filterTracks"<<
2753         "run="<<run<<
2754         "isec="<<i<<
2755         "mY="<<medianY<<
2756         "graph.="<<graph<<
2757         "graph2.="<<graph2<<
2758         "\n";
2759     }
2760     delete graph;
2761   }
2762 }
2763
2764
2765
2766
2767
2768 Double_t AliTPCcalibDButil::GetLaserTime0(Int_t run, Int_t timeStamp, Int_t deltaT, Int_t side){
2769   //
2770   //
2771   // get laser time offset
2772   // median around timeStamp+-deltaT
2773   // QA - chi2 needed for later usage - to be added
2774   //    - currently cut on error
2775   //
2776   Int_t kMinPoints=1;
2777   Double_t kMinDelay=0.01;
2778   Double_t kMinDelayErr=0.0001;
2779
2780   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2781   if (!array) return 0;
2782   TGraphErrors *tlaser=0;
2783   if (array){
2784     if (side==0) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
2785     if (side==1) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
2786   }
2787   if (!tlaser) return 0;
2788   Int_t npoints0= tlaser->GetN();
2789   if (npoints0==0) return 0;
2790   Double_t *xlaser = new Double_t[npoints0];
2791   Double_t *ylaser = new Double_t[npoints0];
2792   Int_t npoints=0;
2793   for (Int_t i=0;i<npoints0;i++){
2794     //printf("%d\n",i);
2795     if (tlaser->GetY()[i]<=kMinDelay) continue; // filter zeros
2796     if (tlaser->GetErrorY(i)>TMath::Abs(kMinDelayErr)) continue;
2797     xlaser[npoints]=tlaser->GetX()[npoints];
2798     ylaser[npoints]=tlaser->GetY()[npoints];
2799     npoints++;
2800   }
2801   //
2802   //
2803   Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp-deltaT))-1;
2804   Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp+deltaT))+1;
2805   //if (index1-index0 <kMinPoints) { index1+=kMinPoints; index0-=kMinPoints;}
2806   if (index0<0) index0=0;
2807   if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2808   if (index1-index0<kMinPoints) {
2809     delete [] ylaser;
2810     delete [] xlaser;
2811     return 0;
2812   }
2813   //
2814   //Double_t median = TMath::Median(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2815     Double_t mean = TMath::Mean(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2816   delete [] ylaser;
2817   delete [] xlaser;
2818   return mean;
2819 }
2820
2821
2822
2823
2824 void AliTPCcalibDButil::FilterGoofie(AliDCSSensorArray * goofieArray, Double_t deltaT, Double_t cutSigma, Double_t minVd, Double_t maxVd, TTreeSRedirector * const pcstream){
2825   //
2826   // Filter Goofie data
2827   // goofieArray - points will be filtered
2828   // deltaT      - smmothing time window
2829   // cutSigma    - outler sigma cut in rms
2830   // minVn, maxVd- range absolute cut for variable vd/pt
2831   //             - to be tuned
2832   //
2833   // Ignore goofie if not enough points
2834   //
2835   const Int_t kMinPoints = 3;
2836   //
2837
2838   TGraph *graphvd = goofieArray->GetSensorNum(2)->GetGraph();
2839   TGraph *graphan = goofieArray->GetSensorNum(8)->GetGraph();
2840   TGraph *graphaf = goofieArray->GetSensorNum(9)->GetGraph();
2841   TGraph *graphpt = goofieArray->GetSensorNum(15)->GetGraph();
2842   if (!graphvd) return;
2843   if (graphvd->GetN()<kMinPoints){
2844     delete graphvd;
2845     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2846     return;
2847   }
2848   //
2849   // 1. Caluclate medians of critical variables
2850   //    drift velcocity
2851   //    P/T
2852   //    area near peak
2853   //    area far  peak
2854   //
2855   Double_t medianpt=0;
2856   Double_t medianvd=0, sigmavd=0;
2857   Double_t medianan=0;
2858   Double_t medianaf=0;
2859   Int_t    entries=graphvd->GetN();
2860   Double_t yvdn[10000];
2861   Int_t nvd=0;
2862   //
2863   for (Int_t ipoint=0; ipoint<entries; ipoint++){
2864     if (graphpt->GetY()[ipoint]<=0.0000001) continue;
2865     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]<minVd) continue;
2866     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]>maxVd) continue;
2867     yvdn[nvd++]=graphvd->GetY()[ipoint];
2868   }
2869   if (nvd<kMinPoints){
2870     delete graphvd;
2871     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2872     return;
2873   }
2874   //
2875   Int_t nuni = TMath::Min(TMath::Nint(nvd*0.4+2), nvd-1);
2876   if (nuni>=kMinPoints){
2877     AliMathBase::EvaluateUni(nvd, yvdn, medianvd,sigmavd,nuni);
2878   }else{
2879     medianvd = TMath::Median(nvd, yvdn);
2880   }
2881
2882   TGraph * graphpt0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphpt,10,medianpt);
2883   TGraph * graphpt1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphpt0,2,medianpt);
2884   TGraph * graphan0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphan,10,medianan);
2885   TGraph * graphan1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphan0,2,medianan);
2886   TGraph * graphaf0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphaf,10,medianaf);
2887   TGraph * graphaf1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphaf0,2,medianaf);
2888   delete graphpt0;
2889   delete graphpt1;
2890   delete graphan0;
2891   delete graphan1;
2892   delete graphaf0;
2893   delete graphaf1;
2894   //
2895   // 2. Make outlyer graph
2896   //
2897   Int_t nOK=0;
2898   TGraph graphOut(*graphvd);
2899   for (Int_t i=0; i<entries;i++){
2900     //
2901     Bool_t isOut=kFALSE;
2902     if (graphpt->GetY()[i]<=0.0000001) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2903     if (graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]<minVd || graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]>maxVd) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2904
2905     if (TMath::Abs((graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i])/medianvd-1.)<0.05)
2906       isOut|=kTRUE;
2907     if (TMath::Abs(graphpt->GetY()[i]/medianpt-1.)>0.02) isOut|=kTRUE;
2908     if (TMath::Abs(graphan->GetY()[i]/medianan-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2909     if (TMath::Abs(graphaf->GetY()[i]/medianaf-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2910     graphOut.GetY()[i]= (isOut)?1:0;
2911     if (!isOut) nOK++;
2912   }
2913   if (nOK<kMinPoints) {
2914     delete graphvd;
2915     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2916     return;
2917   }
2918   //
2919   // 3. Filter out outlyers - and smooth
2920   //
2921   TVectorF vmedianArray(goofieArray->NumSensors());
2922   TVectorF vrmsArray(goofieArray->NumSensors());
2923   Double_t xnew[10000];
2924   Double_t ynew[10000];
2925   TObjArray junk;
2926   junk.SetOwner(kTRUE);
2927   Bool_t isOK=kTRUE;
2928   //
2929   //
2930   for (Int_t isensor=0; isensor<goofieArray->NumSensors();isensor++){
2931     isOK=kTRUE;
2932     AliDCSSensor *sensor = goofieArray->GetSensorNum(isensor);
2933     TGraph *graphOld=0, *graphNew=0, * graphNew0=0,*graphNew1=0,*graphNew2=0;
2934     //
2935     if (!sensor) continue;
2936     graphOld = sensor->GetGraph();
2937     if (graphOld) {
2938       sensor->SetGraph(0);
2939       Int_t nused=0;
2940       for (Int_t i=0;i<entries;i++){
2941         if (graphOut.GetY()[i]>0.5) continue;
2942         xnew[nused]=graphOld->GetX()[i];
2943         ynew[nused]=graphOld->GetY()[i];
2944         nused++;
2945       }
2946       graphNew = new TGraph(nused,xnew,ynew);
2947       junk.AddLast(graphNew);
2948       junk.AddLast(graphOld);
2949       Double_t median=0;
2950       graphNew0  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew,cutSigma,median);
2951       if (graphNew0!=0){
2952         junk.AddLast(graphNew0);
2953         graphNew1  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew0,cutSigma,median);
2954         if (graphNew1!=0){
2955           junk.AddLast(graphNew1);
2956           graphNew2  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew1,cutSigma,median);
2957           if (graphNew2!=0) {
2958             vrmsArray[isensor]   =TMath::RMS(graphNew2->GetN(),graphNew2->GetY());
2959             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2960             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2961             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2962             printf("%d\t%f\t%f\n",isensor, median,vrmsArray[isensor]);
2963             vmedianArray[isensor]=median;
2964             //
2965           }
2966         }
2967       }
2968     }
2969     if (!graphOld) {  isOK=kFALSE; graphOld =&graphOut;}
2970     if (!graphNew0) { isOK=kFALSE; graphNew0=graphOld;}
2971     if (!graphNew1) { isOK=kFALSE; graphNew1=graphOld;}
2972     if (!graphNew2) { isOK=kFALSE; graphNew2=graphOld;}
2973     (*pcstream)<<"goofieA"<<
2974       Form("isOK_%d.=",isensor)<<isOK<<
2975       Form("s_%d.=",isensor)<<sensor<<
2976       Form("gr_%d.=",isensor)<<graphOld<<
2977       Form("gr0_%d.=",isensor)<<graphNew0<<
2978       Form("gr1_%d.=",isensor)<<graphNew1<<
2979       Form("gr2_%d.=",isensor)<<graphNew2;
2980     if (isOK) sensor->SetGraph(graphNew2);
2981   }
2982   (*pcstream)<<"goofieA"<<
2983     "vmed.="<<&vmedianArray<<
2984     "vrms.="<<&vrmsArray<<
2985     "\n";
2986   junk.Delete();   // delete temoprary graphs
2987
2988 }
2989
2990
2991
2992
2993
2994 TMatrixD* AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(TObjArray * const array, Float_t minFraction, Int_t minStat, Float_t maxvd){
2995   //
2996   // Make a statistic matrix
2997   // Input parameters:
2998   //   array        - TObjArray of AliRelKalmanAlign
2999   //   minFraction  - minimal ration of accepted tracks
3000   //   minStat      - minimal statistic (number of accepted tracks)
3001   //   maxvd        - maximal deviation for the 1
3002   // Output matrix:
3003   //    columns    - Mean, Median, RMS
3004   //    row        - parameter type (rotation[3], translation[3], drift[3])
3005   if (!array) return 0;
3006   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
3007   //  Int_t entries = array->GetEntries();
3008   Int_t entriesFast = array->GetEntriesFast();
3009   TVectorD state(9);
3010   TVectorD *valArray[9];
3011   for (Int_t i=0; i<9; i++){
3012     valArray[i] = new TVectorD(entriesFast);
3013   }
3014   Int_t naccept=0;
3015   for (Int_t ikalman=0; ikalman<entriesFast; ikalman++){
3016     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(ikalman);
3017     if (!kalman) continue;
3018     if (TMath::Abs(kalman->GetTPCvdCorr()-1)>maxvd) continue;
3019     if (kalman->GetNUpdates()<minStat) continue;
3020     if (kalman->GetNUpdates()/kalman->GetNTracks()<minFraction) continue;
3021     kalman->GetState(state);
3022     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++)
3023       (*valArray[ipar])[naccept]=state[ipar];
3024     naccept++;
3025   }
3026   //if (naccept<2) return 0;
3027   if (naccept<1) return 0;
3028   TMatrixD *pstat=new TMatrixD(9,3);
3029   TMatrixD &stat=*pstat;
3030   for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3031     stat(ipar,0)=TMath::Mean(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3032     stat(ipar,1)=TMath::Median(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3033     stat(ipar,2)=TMath::RMS(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3034   }
3035   return pstat;
3036 }
3037
3038
3039 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const array, const TMatrixD & stat, Bool_t direction, Float_t sigmaCut){
3040   //
3041   // Smooth the array of AliRelKalmanAlign - detector alignment and drift calibration)
3042   // Input:
3043   //   array     - input array
3044   //   stat      - mean parameters statistic
3045   //   direction -
3046   //   sigmaCut  - maximal allowed deviation from mean in terms of RMS
3047   if (!array) return 0;
3048   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
3049   if (!(&stat)) return 0;
3050   // error increase in 1 hour
3051   const Double_t kerrsTime[9]={
3052     0.00001,  0.00001, 0.00001,
3053     0.001,    0.001,   0.001,
3054     0.002,  0.01,   0.001};
3055   //
3056   //
3057   Int_t entries = array->GetEntriesFast();
3058   TObjArray *sArray= new TObjArray(entries);
3059   AliRelAlignerKalman * sKalman =0;
3060   TVectorD state(9);
3061   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
3062     Int_t index=(direction)? entries-i-1:i;
3063     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(index);
3064     if (!kalman) continue;
3065     Bool_t isOK=kTRUE;
3066     kalman->GetState(state);
3067     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3068       if (TMath::Abs(state[ipar]-stat(ipar,1))>sigmaCut*stat(ipar,2)) isOK=kFALSE;
3069     }
3070     if (!sKalman &&isOK) {
3071       sKalman=new AliRelAlignerKalman(*kalman);
3072       sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
3073       sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3074       sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
3075     }
3076     if (!sKalman) continue;
3077     Double_t deltaT=TMath::Abs(Int_t(kalman->GetTimeStamp())-Int_t(sKalman->GetTimeStamp()))/3600.;
3078     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3079 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(6,6)+=deltaT*errvd*errvd;
3080 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(7,7)+=deltaT*errt0*errt0;
3081 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(8,8)+=deltaT*errvy*errvy;
3082       (*(sKalman->GetStateCov()))(ipar,ipar)+=deltaT*kerrsTime[ipar]*kerrsTime[ipar];
3083     }
3084     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3085     if (!isOK) sKalman->SetRunNumber(0);
3086     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3087     if (!isOK) continue;
3088     sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
3089     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3090     sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
3091     sKalman->Merge(kalman);
3092     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3093     //sKalman->Print();
3094   }
3095   return sArray;
3096 }
3097
3098 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const arrayP, TObjArray * const arrayM){
3099   //
3100   // Merge 2 RelKalman arrays
3101   // Input:
3102   //   arrayP    - rel kalman in direction plus
3103   //   arrayM    - rel kalman in direction minus
3104   if (!arrayP) return 0;
3105   if (arrayP->GetEntries()<=0) return 0;
3106   if (!arrayM) return 0;
3107   if (arrayM->GetEntries()<=0) return 0;
3108
3109   Int_t entries = arrayP->GetEntriesFast();
3110   TObjArray *array = new TObjArray(arrayP->GetEntriesFast());
3111
3112   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
3113      AliRelAlignerKalman * kalmanP = (AliRelAlignerKalman *) arrayP->UncheckedAt(i);
3114      AliRelAlignerKalman * kalmanM = (AliRelAlignerKalman *) arrayM->UncheckedAt(i);
3115      if (!kalmanP) continue;
3116      if (!kalmanM) continue;
3117
3118      AliRelAlignerKalman *kalman = NULL;
3119      if(kalmanP->GetRunNumber() != 0 && kalmanM->GetRunNumber() != 0) {
3120        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanP);
3121        kalman->Merge(kalmanM);
3122      }
3123      else if (kalmanP->GetRunNumber() == 0) {
3124        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanM);
3125      }
3126      else if (kalmanM->GetRunNumber() == 0) {
3127        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanP);
3128      }
3129      else
3130        continue;
3131
3132      array->AddAt(kalman,i);
3133   }
3134
3135   return array;
3136 }