TPC/AliTPCcalibDButil.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  18 //                                                                           //
  19 // Class providing the calculation of derived quantities (mean,rms,fits,...) //
  20 //       of calibration entries                                              //
  21 /*
  22
  23
  24 */
  25 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  26
  27 #include <TMath.h>
  28 #include <TVectorT.h>
  29 #include <TObjArray.h>
  30 #include <TGraph.h>
  31 #include <TFile.h>
  32 #include <TDirectory.h>
  33 #include <TMap.h>
  34 #include <TGraphErrors.h>
  35 #include <AliCDBStorage.h>
  36 #include <AliDCSSensorArray.h>
  37 #include <AliTPCSensorTempArray.h>
  38 #include <AliDCSSensor.h>
  39 #include <AliLog.h>
  40 #include <AliCDBEntry.h>
  41 #include <AliCDBManager.h>
  42 #include <AliCDBId.h>
  43 #include <AliSplineFit.h>
  44 #include "AliTPCcalibDB.h"
  45 #include "AliTPCCalPad.h"
  46 #include "AliTPCCalROC.h"
  47 #include "AliTPCROC.h"
  48 #include "AliTPCmapper.h"
  49 #include "AliTPCParam.h"
  50 #include "AliTPCCalibRaw.h"
  51 #include "AliTPCPreprocessorOnline.h"
  52 #include "AliTPCdataQA.h"
  53 #include "AliLog.h"
  54 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  55 #include "AliTPCCalibVdrift.h"
  56 #include "AliMathBase.h"
  57 #include "AliRelAlignerKalman.h"
  58
  59 const Float_t kAlmost0=1.e-30;
  60
  61 ClassImp(AliTPCcalibDButil)
  62 AliTPCcalibDButil::AliTPCcalibDButil() :
  63   TObject(),
  64   fCalibDB(0),
  65   fPadNoise(0x0),
  66   fPedestals(0x0),
  67   fPulserTmean(0x0),
  68   fPulserTrms(0x0),
  69   fPulserQmean(0x0),
  70   fPulserOutlier(new AliTPCCalPad("PulserOutliers","PulserOutliers")),
  71   fCETmean(0x0),
  72   fCETrms(0x0),
  73   fCEQmean(0x0),
  74   fALTROMasked(0x0),
  75   fCalibRaw(0x0),
  76   fDataQA(0x0),
  77   fRefMap(0x0),
  78   fCurrentRefMap(0x0),
  79   fRefValidity(""),
  80   fRefPadNoise(0x0),
  81   fRefPedestals(0x0),
  82   fRefPedestalMasked(0x0),
  83   fRefPulserTmean(0x0),
  84   fRefPulserTrms(0x0),
  85   fRefPulserQmean(0x0),
  86   fRefPulserOutlier(new AliTPCCalPad("RefPulserOutliers","RefPulserOutliers")),
  87   fRefPulserMasked(0x0),
  88   fRefCETmean(0x0),
  89   fRefCETrms(0x0),
  90   fRefCEQmean(0x0),
  91   fRefCEMasked(0x0),
  92   fRefALTROFPED(0x0),
  93   fRefALTROZsThr(0x0),
  94   fRefALTROAcqStart(0x0),
  95   fRefALTROAcqStop(0x0),
  96   fRefALTROMasked(0x0),
  97   fRefCalibRaw(0x0),
  98   fRefDataQA(0x0),
  99   fGoofieArray(0x0),
 100   fMapper(new AliTPCmapper(0x0)),
 101   fNpulserOutliers(-1),
 102   fIrocTimeOffset(0),
 103   fCETmaxLimitAbs(1.5),
 104   fPulTmaxLimitAbs(1.5),
 105   fPulQmaxLimitAbs(5),
 106   fPulQminLimit(11),
 107   fRuns(0),                         // run list with OCDB info
 108   fRunsStart(0),                    // start time for given run
 109   fRunsStop(0)                     // stop time for given run
 110 {
 111   //
 112   // Default ctor
 113   //
 114 }
 115 //_____________________________________________________________________________________
 116 AliTPCcalibDButil::~AliTPCcalibDButil()
 117 {
 118   //
 119   // dtor
 120   //
 121   delete fPulserOutlier;
 122   delete fRefPulserOutlier;
 123   delete fMapper;
 124   if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
 125   if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
 126   if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
 127   if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
 128   if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
 129   if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
 130   if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
 131   if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
 132   if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
 133   if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
 134   if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
 135   if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
 136   if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
 137   if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
 138   if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
 139   if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
 140   if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
 141   if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
 142 }
 143 //_____________________________________________________________________________________
 144 void AliTPCcalibDButil::UpdateFromCalibDB()
 145 {
 146   //
 147   // Update pointers from calibDB
 148   //
 149   if (!fCalibDB) fCalibDB=AliTPCcalibDB::Instance();
 150   fCalibDB->UpdateNonRec();  // load all infromation now
 151   fPadNoise=fCalibDB->GetPadNoise();
 152   fPedestals=fCalibDB->GetPedestals();
 153   fPulserTmean=fCalibDB->GetPulserTmean();
 154   fPulserTrms=fCalibDB->GetPulserTrms();
 155   fPulserQmean=fCalibDB->GetPulserQmean();
 156   fCETmean=fCalibDB->GetCETmean();
 157   fCETrms=fCalibDB->GetCETrms();
 158   fCEQmean=fCalibDB->GetCEQmean();
 159   fALTROMasked=fCalibDB->GetALTROMasked();
 160   fGoofieArray=fCalibDB->GetGoofieSensors(fCalibDB->GetRun());
 161   fCalibRaw=fCalibDB->GetCalibRaw();
 162   fDataQA=fCalibDB->GetDataQA();
 163   UpdatePulserOutlierMap();
 164 //   SetReferenceRun();
 165 //   UpdateRefDataFromOCDB();
 166 }
 167 //_____________________________________________________________________________________
 168 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEdata(const char* fitFormula, TVectorD &fitResultsA, TVectorD &fitResultsC,
 169                                       Int_t &noutliersCE, Double_t & chi2A, Double_t &chi2C, AliTPCCalPad * const outCE)
 170 {
 171   //
 172   // Process the CE data for this run
 173   // the return TVectorD arrays contian the results of the fit
 174   // noutliersCE contains the number of pads marked as outliers,
 175   //   not including masked and edge pads
 176   //
 177
 178   //retrieve CE and ALTRO data
 179   if (!fCETmean){
 180     TString fitString(fitFormula);
 181     fitString.ReplaceAll("++","#");
 182     Int_t ndim=fitString.CountChar('#')+2;
 183     fitResultsA.ResizeTo(ndim);
 184     fitResultsC.ResizeTo(ndim);
 185     fitResultsA.Zero();
 186     fitResultsC.Zero();
 187     noutliersCE=-1;
 188     return;
 189   }
 190   noutliersCE=0;
 191   //create outlier map
 192   AliTPCCalPad *out=0;
 193   if (outCE) out=outCE;
 194   else out=new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
 195   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 196   //loop over all channels
 197   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
 198     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
 199     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
 200     AliTPCCalROC *rocOut=out->GetCalROC(iroc);
 201     if (!rocData) {
 202       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
 203       rocOut->Add(1.);
 204       continue;
 205     }
 206     //add time offset to IROCs
 207     if (iroc<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector())
 208       rocData->Add(fIrocTimeOffset);
 209     //select outliers
 210     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
 211     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 212       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
 213       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 214         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
 215         //exclude masked pads
 216         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
 217           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 218           continue;
 219         }
 220         //exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
 221         if (iroc<36){
 222           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 223         } else {
 224           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 225         }
 226         //exclude edge pads
 227         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 228         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
 229         //exclude values that are exactly 0
 230         if ( !(TMath::Abs(valTmean)>kAlmost0) ) {
 231           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 232           ++noutliersCE;
 233         }
 234         // exclude channels with too large variations
 235         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
 236           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
 237           ++noutliersCE;
 238         }
 239       }
 240     }
 241   }
 242   //perform fit
 243   TMatrixD dummy;
 244   Float_t chi2Af,chi2Cf;
 245   fCETmean->GlobalSidesFit(out,fitFormula,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
 246   chi2A=chi2Af;
 247   chi2C=chi2Cf;
 248   if (!outCE) delete out;
 249 }
 250 //_____________________________________________________________________________________
 251 void AliTPCcalibDButil::ProcessCEgraphs(TVectorD &vecTEntries, TVectorD &vecTMean, TVectorD &vecTRMS, TVectorD &vecTMedian,
 252                      TVectorD &vecQEntries, TVectorD &vecQMean, TVectorD &vecQRMS, TVectorD &vecQMedian,
 253                      Float_t &driftTimeA, Float_t &driftTimeC )
 254 {
 255   //
 256   // Calculate statistical information from the CE graphs for drift time and charge
 257   //
 258
 259   //reset arrays
 260   vecTEntries.ResizeTo(72);
 261   vecTMean.ResizeTo(72);
 262   vecTRMS.ResizeTo(72);
 263   vecTMedian.ResizeTo(72);
 264   vecQEntries.ResizeTo(72);
 265   vecQMean.ResizeTo(72);
 266   vecQRMS.ResizeTo(72);
 267   vecQMedian.ResizeTo(72);
 268   vecTEntries.Zero();
 269   vecTMean.Zero();
 270   vecTRMS.Zero();
 271   vecTMedian.Zero();
 272   vecQEntries.Zero();
 273   vecQMean.Zero();
 274   vecQRMS.Zero();
 275   vecQMedian.Zero();
 276   driftTimeA=0;
 277   driftTimeC=0;
 278   TObjArray *arrT=fCalibDB->GetCErocTtime();
 279   TObjArray *arrQ=fCalibDB->GetCErocQtime();
 280   if (arrT){
 281     for (Int_t isec=0;isec<74;++isec){
 282       TGraph *gr=(TGraph*)arrT->At(isec);
 283       if (!gr) continue;
 284       TVectorD values;
 285       Int_t npoints = gr->GetN();
 286       values.ResizeTo(npoints);
 287       Int_t nused =0;
 288       //skip first points, theres always some problems with finding the CE position
 289       for (Int_t ipoint=4; ipoint<npoints; ipoint++){
 290         if (gr->GetY()[ipoint]>500 && gr->GetY()[ipoint]<1020 ){
 291           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 292           nused++;
 293         }
 294       }
 295       //
 296       if (isec<72) vecTEntries[isec]= nused;
 297       if (nused>1){
 298         if (isec<72){
 299           vecTMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 300           vecTMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 301           vecTRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 302         } else if (isec==72){
 303           driftTimeA=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 304         } else if (isec==73){
 305           driftTimeC=TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 306         }
 307       }
 308     }
 309   }
 310   if (arrQ){
 311     for (Int_t isec=0;isec<arrQ->GetEntriesFast();++isec){
 312       TGraph *gr=(TGraph*)arrQ->At(isec);
 313       if (!gr) continue;
 314       TVectorD values;
 315       Int_t npoints = gr->GetN();
 316       values.ResizeTo(npoints);
 317       Int_t nused =0;
 318       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 319         if (gr->GetY()[ipoint]>10 && gr->GetY()[ipoint]<500 ){
 320           values[nused]=gr->GetY()[ipoint];
 321           nused++;
 322         }
 323       }
 324       //
 325       vecQEntries[isec]= nused;
 326       if (nused>1){
 327         vecQMedian[isec] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 328         vecQMean[isec]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 329         vecQRMS[isec]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 330       }
 331     }
 332   }
 333 }
 334
 335 //_____________________________________________________________________________________
 336 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseData(TVectorD &vNoiseMean, TVectorD &vNoiseMeanSenRegions,
 337                       TVectorD &vNoiseRMS, TVectorD &vNoiseRMSSenRegions,
 338                       Int_t &nonMaskedZero, Int_t &nNaN)
 339 {
 340   //
 341   // process noise data
 342   // vNoiseMean/RMS contains the Mean/RMS noise of the complete TPC [0], IROCs only [1],
 343   //    OROCs small pads [2] and OROCs large pads [3]
 344   // vNoiseMean/RMSsenRegions constains the same information, but only for the sensitive regions (edge pads, corners, IROC spot)
 345   // nonMaskedZero contains the number of pads which show zero noise and were not masked. This might indicate an error
 346   //
 347
 348   //set proper size and reset
 349   const UInt_t infoSize=4;
 350   vNoiseMean.ResizeTo(infoSize);
 351   vNoiseMeanSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 352   vNoiseRMS.ResizeTo(infoSize);
 353   vNoiseRMSSenRegions.ResizeTo(infoSize);
 354   vNoiseMean.Zero();
 355   vNoiseMeanSenRegions.Zero();
 356   vNoiseRMS.Zero();
 357   vNoiseRMSSenRegions.Zero();
 358   nonMaskedZero=0;
 359   nNaN=0;
 360   //counters
 361   TVectorD c(infoSize);
 362   TVectorD cs(infoSize);
 363   //tpc parameters
 364   AliTPCParam par;
 365   par.Update();
 366   //retrieve noise and ALTRO data
 367   if (!fPadNoise) return;
 368   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 369   //create IROC, OROC1, OROC2 and sensitive region masks
 370   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 371     AliTPCCalROC *noiseROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 372     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 373     UInt_t nrows=noiseROC->GetNrows();
 374     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 375       UInt_t npads=noiseROC->GetNPads(irow);
 376       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 377         //don't use masked channels;
 378         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) continue;
 379         Float_t noiseVal=noiseROC->GetValue(irow,ipad);
 380         //check if noise==0
 381         if (noiseVal<kAlmost0) {
 382           ++nonMaskedZero;
 383           continue;
 384         }
 385         //check for nan
 386         if ( !(noiseVal<10000000) ){
 387 //           printf ("Warning: nan detected in (sec,row,pad - val): %02d,%02d,%03d - %.1f\n",isec,irow,ipad,noiseVal);
 388           ++nNaN;
 389           continue;
 390         }
 391         Int_t cpad=(Int_t)ipad-(Int_t)npads/2;
 392         Int_t masksen=1; // sensitive pards are not masked (0)
 393         if (ipad<2||npads-ipad-1<2) masksen=0; //don't mask edge pads (sensitive)
 394         if (isec<AliTPCROC::Instance()->GetNInnerSector()){
 395           //IROCs
 396           if (irow>19&&irow<46){
 397             if (TMath::Abs(cpad)<7) masksen=0; //IROC spot
 398           }
 399           Int_t type=1;
 400           vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 401           vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 402           ++c[type];
 403           if (!masksen){
 404             vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 405             vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 406             ++cs[type];
 407           }
 408         } else {
 409           //OROCs
 410           //define sensive regions
 411           if ((nrows-irow-1)<3) masksen=0; //last three rows in OROCs are sensitive
 412           if ( irow>75 ){
 413             Int_t padEdge=(Int_t)TMath::Min(ipad,npads-ipad);
 414             if (padEdge<((((Int_t)irow-76)/4+1))*2) masksen=0; //OROC outer corners are sensitive
 415           }
 416           if ((Int_t)irow<par.GetNRowUp1()){
 417             //OROC1
 418             Int_t type=2;
 419             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 420             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 421             ++c[type];
 422             if (!masksen){
 423               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 424               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 425               ++cs[type];
 426             }
 427           }else{
 428             //OROC2
 429             Int_t type=3;
 430             vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 431             vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 432             ++c[type];
 433             if (!masksen){
 434               vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 435               vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 436               ++cs[type];
 437             }
 438           }
 439         }
 440         //whole tpc
 441         Int_t type=0;
 442         vNoiseMean[type]+=noiseVal;
 443         vNoiseRMS[type]+=noiseVal*noiseVal;
 444         ++c[type];
 445         if (!masksen){
 446           vNoiseMeanSenRegions[type]+=noiseVal;
 447           vNoiseRMSSenRegions[type]+=noiseVal*noiseVal;
 448           ++cs[type];
 449         }
 450       }//end loop pads
 451     }//end loop rows
 452   }//end loop sectors (rocs)
 453
 454   //calculate mean and RMS
 455   const Double_t verySmall=0.0000000001;
 456   for (UInt_t i=0;i<infoSize;++i){
 457     Double_t mean=0;
 458     Double_t rms=0;
 459     Double_t meanSen=0;
 460     Double_t rmsSen=0;
 461
 462     if (c[i]>verySmall){
 463 //       printf ("i: %d - m: %.3f, c: %.0f, r: %.3f\n",i,vNoiseMean[i],c[i],vNoiseRMS[i]);
 464       mean=vNoiseMean[i]/c[i];
 465       rms=vNoiseRMS[i];
 466       rms=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms/c[i]-mean*mean));
 467     }
 468     vNoiseMean[i]=mean;
 469     vNoiseRMS[i]=rms;
 470
 471     if (cs[i]>verySmall){
 472       meanSen=vNoiseMeanSenRegions[i]/cs[i];
 473       rmsSen=vNoiseRMSSenRegions[i];
 474       rmsSen=TMath::Sqrt(TMath::Abs(rmsSen/cs[i]-meanSen*meanSen));
 475     }
 476     vNoiseMeanSenRegions[i]=meanSen;
 477     vNoiseRMSSenRegions[i]=rmsSen;
 478   }
 479 }
 480
 481 //_____________________________________________________________________________________
 482 void AliTPCcalibDButil::ProcessQAData(TVectorD &vQaOcc, TVectorD &vQaQtot,
 483                                       TVectorD &vQaQmax)
 484 {
 485   //
 486   // process QA data
 487   //
 488   // vQaOcc/Qtot/Qmax contains the Mean occupancy/Qtot/Qmax for each sector
 489   //
 490
 491
 492   const UInt_t infoSize = 72;
 493   //reset counters to error number
 494   vQaOcc.ResizeTo(infoSize);
 495   vQaOcc.Zero();
 496   vQaQtot.ResizeTo(infoSize);
 497   vQaQtot.Zero();
 498   vQaQmax.ResizeTo(infoSize);
 499   vQaQmax.Zero();
 500   //counter
 501   //retrieve pulser and ALTRO data
 502
 503   if (!fDataQA) {
 504
 505     AliInfo("No QA data");
 506     return;
 507   }
 508   if (fDataQA->GetEventCounter()<=0) {
 509
 510     AliInfo("No QA data");
 511     return; // no data processed
 512   }
 513   //
 514   fDataQA->Analyse();
 515
 516   TVectorD normOcc(infoSize);
 517   TVectorD normQ(infoSize);
 518
 519   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 520
 521     printf("Sector %d\n", isec);
 522
 523     AliTPCCalROC* occupancyROC = fDataQA->GetNoThreshold()->GetCalROC(isec);
 524     AliTPCCalROC* nclusterROC = fDataQA->GetNLocalMaxima()->GetCalROC(isec);
 525     AliTPCCalROC* qROC = fDataQA->GetMeanCharge()->GetCalROC(isec);
 526     AliTPCCalROC* qmaxROC = fDataQA->GetMaxCharge()->GetCalROC(isec);
 527     if (!occupancyROC) continue;
 528     if (!nclusterROC) continue;
 529     if (!qROC) continue;
 530     if (!qmaxROC) continue;
 531
 532     const UInt_t nchannels=occupancyROC->GetNchannels();
 533
 534     printf("Nchannels %d\n", nchannels);
 535
 536     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 537
 538       vQaOcc[isec] += occupancyROC->GetValue(ichannel);
 539       ++normOcc[isec];
 540
 541       Float_t nClusters = nclusterROC->GetValue(ichannel);
 542       normQ[isec] += nClusters;
 543       vQaQtot[isec]+=nClusters*qROC->GetValue(ichannel);
 544       vQaQmax[isec]+=nClusters*qmaxROC->GetValue(ichannel);
 545     }
 546   }
 547
 548   //calculate mean values
 549   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 550
 551     if (normOcc[isec]>0) vQaOcc[isec] /= normOcc[isec];
 552     else vQaOcc[isec] = 0;
 553
 554     if (normQ[isec]>0) {
 555       vQaQtot[isec] /= normQ[isec];
 556       vQaQmax[isec] /= normQ[isec];
 557     }else {
 558
 559       vQaQtot[isec] = 0;
 560       vQaQmax[isec] = 0;
 561     }
 562   }
 563 }
 564
 565 //_____________________________________________________________________________________
 566 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulser(TVectorD &vMeanTime)
 567 {
 568   //
 569   // Process the Pulser information
 570   // vMeanTime:     pulser mean time position in IROC-A, IROC-C, OROC-A, OROC-C
 571   //
 572
 573   const UInt_t infoSize=4;
 574   //reset counters to error number
 575   vMeanTime.ResizeTo(infoSize);
 576   vMeanTime.Zero();
 577   //counter
 578   TVectorD c(infoSize);
 579   //retrieve pulser and ALTRO data
 580   if (!fPulserTmean) return;
 581   //
 582   //get Outliers
 583   AliTPCCalROC *rocOut=0x0;
 584   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 585     AliTPCCalROC *tmeanROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 586     if (!tmeanROC) continue;
 587     rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 588     UInt_t nchannels=tmeanROC->GetNchannels();
 589     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<nchannels;++ichannel){
 590       if (rocOut && rocOut->GetValue(ichannel)) continue;
 591       Float_t val=tmeanROC->GetValue(ichannel);
 592       Int_t type=isec/18;
 593       vMeanTime[type]+=val;
 594       ++c[type];
 595     }
 596   }
 597   //calculate mean
 598   for (UInt_t itype=0; itype<infoSize; ++itype){
 599     if (c[itype]>0) vMeanTime[itype]/=c[itype];
 600     else vMeanTime[itype]=0;
 601   }
 602 }
 603 //_____________________________________________________________________________________
 604 void AliTPCcalibDButil::ProcessALTROConfig(Int_t &nMasked)
 605 {
 606   //
 607   // Get Values from ALTRO configuration data
 608   //
 609   nMasked=-1;
 610   if (!fALTROMasked) return;
 611   nMasked=0;
 612   for (Int_t isec=0;isec<fALTROMasked->kNsec; ++isec){
 613     AliTPCCalROC *rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 614     for (UInt_t ichannel=0; ichannel<rocMasked->GetNchannels();++ichannel){
 615       if (rocMasked->GetValue(ichannel)) ++nMasked;
 616     }
 617   }
 618 }
 619 //_____________________________________________________________________________________
 620 void AliTPCcalibDButil::ProcessGoofie(TVectorD & vecEntries, TVectorD & vecMedian, TVectorD &vecMean, TVectorD &vecRMS)
 621 {
 622   //
 623   // Proces Goofie values, return statistical information of the currently set goofieArray
 624   // The meaning of the entries are given below
 625   /*
 626   1       TPC_ANODE_I_A00_STAT
 627   2       TPC_DVM_CO2
 628   3       TPC_DVM_DriftVelocity
 629   4       TPC_DVM_FCageHV
 630   5       TPC_DVM_GainFar
 631   6       TPC_DVM_GainNear
 632   7       TPC_DVM_N2
 633   8       TPC_DVM_NumberOfSparks
 634   9       TPC_DVM_PeakAreaFar
 635   10      TPC_DVM_PeakAreaNear
 636   11      TPC_DVM_PeakPosFar
 637   12      TPC_DVM_PeakPosNear
 638   13      TPC_DVM_PickupHV
 639   14      TPC_DVM_Pressure
 640   15      TPC_DVM_T1_Over_P
 641   16      TPC_DVM_T2_Over_P
 642   17      TPC_DVM_T_Over_P
 643   18      TPC_DVM_TemperatureS1
 644    */
 645   if (!fGoofieArray){
 646     Int_t nsensors=19;
 647     vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 648     vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 649     vecMean.ResizeTo(nsensors);
 650     vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 651     vecEntries.Zero();
 652     vecMedian.Zero();
 653     vecMean.Zero();
 654     vecRMS.Zero();
 655     return;
 656   }
 657   Double_t kEpsilon=0.0000000001;
 658   Double_t kBig=100000000000.;
 659   Int_t nsensors = fGoofieArray->NumSensors();
 660   vecEntries.ResizeTo(nsensors);
 661   vecMedian.ResizeTo(nsensors);
 662   vecMean.ResizeTo(nsensors);
 663   vecRMS.ResizeTo(nsensors);
 664   TVectorF values;
 665   for (Int_t isensor=0; isensor<fGoofieArray->NumSensors();isensor++){
 666     AliDCSSensor *gsensor = fGoofieArray->GetSensor(isensor);
 667     if (gsensor &&  gsensor->GetGraph()){
 668       Int_t npoints = gsensor->GetGraph()->GetN();
 669       // filter zeroes
 670       values.ResizeTo(npoints);
 671       Int_t nused =0;
 672       for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
 673         if (TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])>kEpsilon &&
 674             TMath::Abs(gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint])<kBig ){
 675               values[nused]=gsensor->GetGraph()->GetY()[ipoint];
 676               nused++;
 677             }
 678       }
 679       //
 680       vecEntries[isensor]= nused;
 681       if (nused>1){
 682         vecMedian[isensor] = TMath::Median(nused,values.GetMatrixArray());
 683         vecMean[isensor]   = TMath::Mean(nused,values.GetMatrixArray());
 684         vecRMS[isensor]    = TMath::RMS(nused,values.GetMatrixArray());
 685       }
 686     }
 687   }
 688 }
 689 //_____________________________________________________________________________________
 690 void AliTPCcalibDButil::ProcessPedestalVariations(TVectorF &pedestalDeviations)
 691 {
 692   //
 693   // check the variations of the pedestal data to the reference pedestal data
 694   // thresholds are 0.5, 1.0, 1.5 and 2 timebins respectively.
 695   //
 696   const Int_t npar=4;
 697   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 698   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 699
 700   //reset and set thresholds
 701   pedestalDeviations.ResizeTo(npar);
 702   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 703     pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 704     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.5;
 705   }
 706   //check all needed data is available
 707   if (!fRefPedestals || !fPedestals || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 708   //loop over all channels
 709   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 710     AliTPCCalROC *pROC=fPedestals->GetCalROC(isec);
 711     AliTPCCalROC *pRefROC=fRefPedestals->GetCalROC(isec);
 712     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 713     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 714     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 715     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 716       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 717       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 718         //don't use masked channels;
 719         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 720         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 721         Float_t deviation=TMath::Abs(pROC->GetValue(irow,ipad)-pRefROC->GetValue(irow,ipad));
 722         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 723           if (deviation>vThres[i])
 724             ++pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i];
 725         }
 726         ++nActive;
 727       }//end ipad
 728     }//ind irow
 729   }//end isec
 730   if (nActive>0){
 731     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 732       pedestalDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 733     }
 734   }
 735 }
 736 //_____________________________________________________________________________________
 737 void AliTPCcalibDButil::ProcessNoiseVariations(TVectorF &noiseDeviations)
 738 {
 739   //
 740   // check the variations of the noise data to the reference noise data
 741   // thresholds are 5, 10, 15 and 20 percent respectively.
 742   //
 743   const Int_t npar=4;
 744   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 745   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 746
 747   //reset and set thresholds
 748   noiseDeviations.ResizeTo(npar);
 749   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 750     noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 751     vThres.GetMatrixArray()[i]=(i+1)*.05;
 752   }
 753   //check all needed data is available
 754   if (!fRefPadNoise || !fPadNoise || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 755   //loop over all channels
 756   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 757     AliTPCCalROC *nROC=fPadNoise->GetCalROC(isec);
 758     AliTPCCalROC *nRefROC=fRefPadNoise->GetCalROC(isec);
 759     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 760     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 761     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 762     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 763       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 764       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 765         //don't use masked channels;
 766         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 767         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 768         if (nRefROC->GetValue(irow,ipad)==0) continue;
 769         Float_t deviation=(nROC->GetValue(irow,ipad)/nRefROC->GetValue(irow,ipad))-1;
 770         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 771           if (deviation>vThres[i])
 772             ++noiseDeviations.GetMatrixArray()[i];
 773         }
 774         ++nActive;
 775       }//end ipad
 776     }//ind irow
 777   }//end isec
 778   if (nActive>0){
 779     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 780       noiseDeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 781     }
 782   }
 783 }
 784 //_____________________________________________________________________________________
 785 void AliTPCcalibDButil::ProcessPulserVariations(TVectorF &pulserQdeviations, Float_t &varQMean,
 786                                                 Int_t &npadsOutOneTB, Int_t &npadsOffAdd)
 787 {
 788   //
 789   // check the variations of the pulserQmean data to the reference pulserQmean data: pulserQdeviations
 790   // thresholds are .5, 1, 5 and 10 percent respectively.
 791   //
 792   //
 793   const Int_t npar=4;
 794   TVectorF vThres(npar); //thresholds
 795   Int_t nActive=0;       //number of active channels
 796
 797   //reset and set thresholds
 798   pulserQdeviations.ResizeTo(npar);
 799   for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 800     pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]=0;
 801   }
 802   npadsOutOneTB=0;
 803   npadsOffAdd=0;
 804   varQMean=0;
 805   vThres.GetMatrixArray()[0]=.005;
 806   vThres.GetMatrixArray()[1]=.01;
 807   vThres.GetMatrixArray()[2]=.05;
 808   vThres.GetMatrixArray()[3]=.1;
 809   //check all needed data is available
 810   if (!fRefPulserTmean || !fPulserTmean || !fPulserQmean || !fRefPulserQmean || !fALTROMasked || !fRefALTROMasked) return;
 811   //
 812   UpdateRefPulserOutlierMap();
 813   //loop over all channels
 814   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 815     AliTPCCalROC *pqROC=fPulserQmean->GetCalROC(isec);
 816     AliTPCCalROC *pqRefROC=fRefPulserQmean->GetCalROC(isec);
 817     AliTPCCalROC *ptROC=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 818 //     AliTPCCalROC *ptRefROC=fRefPulserTmean->GetCalROC(isec);
 819     AliTPCCalROC *mROC=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 820     AliTPCCalROC *mRefROC=fRefALTROMasked->GetCalROC(isec);
 821     AliTPCCalROC *oROC=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 822     Float_t ptmean=ptROC->GetMean(oROC);
 823     UInt_t nrows=mROC->GetNrows();
 824     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 825       UInt_t npads=mROC->GetNPads(irow);
 826       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 827         //don't use masked channels;
 828         if (mROC   ->GetValue(irow,ipad)) continue;
 829         if (mRefROC->GetValue(irow,ipad)) continue;
 830         //don't user edge pads
 831         if (ipad==0||ipad==npads-1) continue;
 832         //data
 833         Float_t pq=pqROC->GetValue(irow,ipad);
 834         Float_t pqRef=pqRefROC->GetValue(irow,ipad);
 835         Float_t pt=ptROC->GetValue(irow,ipad);
 836 //         Float_t ptRef=ptRefROC->GetValue(irow,ipad);
 837         //comparisons q
 838         Float_t deviation=TMath::Abs(pq/pqRef-1);
 839         for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 840           if (deviation>vThres[i])
 841             ++pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i];
 842         }
 843         if (pqRef>11&&pq<11) ++npadsOffAdd;
 844         varQMean+=pq-pqRef;
 845         //comparisons t
 846         if (TMath::Abs(pt-ptmean)>1) ++npadsOutOneTB;
 847         ++nActive;
 848       }//end ipad
 849     }//ind irow
 850   }//end isec
 851   if (nActive>0){
 852     for (Int_t i=0;i<npar;++i){
 853       pulserQdeviations.GetMatrixArray()[i]/=nActive;
 854       varQMean/=nActive;
 855     }
 856   }
 857 }
 858 //_____________________________________________________________________________________
 859 void AliTPCcalibDButil::UpdatePulserOutlierMap()
 860 {
 861   //
 862   // Update the outlier map of the pulser data
 863   //
 864   PulserOutlierMap(fPulserOutlier,fPulserTmean, fPulserQmean);
 865 }
 866 //_____________________________________________________________________________________
 867 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefPulserOutlierMap()
 868 {
 869   //
 870   // Update the outlier map of the pulser reference data
 871   //
 872   PulserOutlierMap(fRefPulserOutlier,fRefPulserTmean, fRefPulserQmean);
 873 }
 874 //_____________________________________________________________________________________
 875 void AliTPCcalibDButil::PulserOutlierMap(AliTPCCalPad *pulOut, const AliTPCCalPad *pulT, const AliTPCCalPad *pulQ)
 876 {
 877   //
 878   // Create a map that contains outliers from the Pulser calibration data.
 879   // The outliers include masked channels, edge pads and pads with
 880   //   too large timing and charge variations.
 881   // fNpulserOutliers is the number of outliers in the Pulser calibration data.
 882   //   those do not contain masked and edge pads
 883   //
 884   if (!pulT||!pulQ) {
 885     //reset map
 886     pulOut->Multiply(0.);
 887     fNpulserOutliers=-1;
 888     return;
 889   }
 890   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
 891   fNpulserOutliers=0;
 892
 893   //Create Outlier Map
 894   for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 895     AliTPCCalROC *tmeanROC=pulT->GetCalROC(isec);
 896     AliTPCCalROC *qmeanROC=pulQ->GetCalROC(isec);
 897     AliTPCCalROC *outROC=pulOut->GetCalROC(isec);
 898     if (!tmeanROC||!qmeanROC) {
 899       //reset outliers in this ROC
 900       outROC->Multiply(0.);
 901       continue;
 902     }
 903     if (fALTROMasked) rocMasked=fALTROMasked->GetCalROC(isec);
 904 //     Double_t dummy=0;
 905 //     Float_t qmedian=qmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 906 //     Float_t tmedian=tmeanROC->GetLTM(&dummy,.5);
 907     UInt_t nrows=tmeanROC->GetNrows();
 908     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 909       UInt_t npads=tmeanROC->GetNPads(irow);
 910       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 911         Int_t outlier=0,masked=0;
 912         Float_t q=qmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 913         Float_t t=tmeanROC->GetValue(irow,ipad);
 914         //masked channels are outliers
 915         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) masked=1;
 916         //edge pads are outliers
 917         if (ipad==0||ipad==npads-1) masked=1;
 918         //channels with too large charge or timing deviation from the meadian are outliers
 919 //         if (TMath::Abs(q-qmedian)>fPulQmaxLimitAbs || TMath::Abs(t-tmedian)>fPulTmaxLimitAbs) outlier=1;
 920         if (q<fPulQminLimit && !masked) outlier=1;
 921         //check for nan
 922         if ( !(q<10000000) || !(t<10000000)) outlier=1;
 923         outROC->SetValue(irow,ipad,outlier+masked);
 924         fNpulserOutliers+=outlier;
 925       }
 926     }
 927   }
 928 }
 929 //_____________________________________________________________________________________
 930 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0(Int_t model, Double_t &gyA, Double_t &gyC, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C )
 931 {
 932   //
 933   // Create pad time0 object from pulser and/or CE data, depending on the selected model
 934   // Model 0: normalise each readout chamber to its mean, outlier cutted, only Pulser
 935   // Model 1: normalise IROCs/OROCs of each readout side to its mean, only Pulser
 936   // Model 2: use CE data and a combination CE fit + pulser in the outlier regions.
 937   //
 938   // In case model 2 is invoked - gy arival time gradient is also returned
 939   //
 940   gyA=0;
 941   gyC=0;
 942   AliTPCCalPad *padTime0=new AliTPCCalPad("PadTime0",Form("PadTime0-Model_%d",model));
 943   // decide between different models
 944   if (model==0||model==1){
 945     TVectorD vMean;
 946     if (model==1) ProcessPulser(vMean);
 947     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 948       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 949       if (!rocPulTmean) continue;
 950       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 951       AliTPCCalROC *rocOut=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 952       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOut);
 953       //treat case where a whole partition is masked
 954       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
 955       if (model==1) {
 956         Int_t type=isec/18;
 957         mean=vMean[type];
 958       }
 959       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
 960       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
 961         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
 962         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
 963           Float_t time=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad);
 964           //in case of an outlier pad use the mean of the altro values.
 965           //This should be the most precise guess in that case.
 966           if (rocOut->GetValue(irow,ipad)) {
 967             time=GetMeanAltro(rocPulTmean,irow,ipad,rocOut);
 968             if ( TMath::Abs(time)<kAlmost0 ) time=mean;
 969           }
 970           Float_t val=time-mean;
 971           rocTime0->SetValue(irow,ipad,val);
 972         }
 973       }
 974     }
 975   } else if (model==2){
 976     Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
 977     AliTPCCalPad * padPulser = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
 978     fCETmean->Add(padPulser,-1.);
 979     TVectorD vA,vC;
 980     AliTPCCalPad outCE("outCE","outCE");
 981     Int_t nOut;
 982     ProcessCEdata("(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)++(ly/lx)^2",vA,vC,nOut,chi2A, chi2C,&outCE);
 983     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++0++gy++0++(lx-134)++0++0",vA,vC);
 984 //     AliTPCCalPad *padFit=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit("1++(sector<36)++gy++gx++(lx-134)++(sector<36)*(lx-134)",vA,vC);
 985     if (!padFit) { delete padPulser; return 0;}
 986     gyA=vA[2];
 987     gyC=vC[2];
 988     fCETmean->Add(padPulser,1.);
 989     padTime0->Add(fCETmean);
 990     padTime0->Add(padFit,-1);
 991     delete padPulser;
 992     TVectorD vFitROC;
 993     TMatrixD mFitROC;
 994     Float_t chi2;
 995     for (UInt_t isec=0;isec<AliTPCCalPad::kNsec;++isec){
 996       AliTPCCalROC *rocPulTmean=fPulserTmean->GetCalROC(isec);
 997       AliTPCCalROC *rocTime0=padTime0->GetCalROC(isec);
 998       AliTPCCalROC *rocOutPul=fPulserOutlier->GetCalROC(isec);
 999       AliTPCCalROC *rocOutCE=outCE.GetCalROC(isec);
1000       rocTime0->GlobalFit(rocOutCE,kFALSE,vFitROC,mFitROC,chi2);
1001       AliTPCCalROC *rocCEfit=AliTPCCalROC::CreateGlobalFitCalROC(vFitROC, isec);
1002       Float_t mean=rocPulTmean->GetMean(rocOutPul);
1003       if ( TMath::Abs(mean)<kAlmost0 ) mean=rocPulTmean->GetMean();
1004       UInt_t nrows=rocTime0->GetNrows();
1005       for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1006         UInt_t npads=rocTime0->GetNPads(irow);
1007         for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1008           Float_t timePulser=rocPulTmean->GetValue(irow,ipad)-mean;
1009           if (rocOutCE->GetValue(irow,ipad)){
1010             Float_t valOut=rocCEfit->GetValue(irow,ipad);
1011             if (!rocOutPul->GetValue(irow,ipad)) valOut+=timePulser;
1012             rocTime0->SetValue(irow,ipad,valOut);
1013           }
1014         }
1015       }
1016       delete rocCEfit;
1017     }
1018     delete padFit;
1019   }
1020   Double_t median = padTime0->GetMedian();
1021   padTime0->Add(-median);  // normalize to median
1022   return padTime0;
1023 }
1024 //_____________________________________________________________________________________
1025 Float_t AliTPCcalibDButil::GetMeanAltro(const AliTPCCalROC *roc, const Int_t row, const Int_t pad, AliTPCCalROC *const rocOut)
1026 {
1027   //
1028   // GetMeanAlto information
1029   //
1030   if (roc==0) return 0.;
1031   const Int_t sector=roc->GetSector();
1032   AliTPCROC *tpcRoc=AliTPCROC::Instance();
1033   const UInt_t altroRoc=fMapper->GetFEC(sector,row,pad)*8+fMapper->GetChip(sector,row,pad);
1034   Float_t mean=0;
1035   Int_t   n=0;
1036
1037   //loop over a small range around the requested pad (+-10 rows/pads)
1038   for (Int_t irow=row-10;irow<row+10;++irow){
1039     if (irow<0||irow>(Int_t)tpcRoc->GetNRows(sector)-1) continue;
1040     for (Int_t ipad=pad-10; ipad<pad+10;++ipad){
1041       if (ipad<0||ipad>(Int_t)tpcRoc->GetNPads(sector,irow)-1) continue;
1042       const UInt_t altroCurr=fMapper->GetFEC(sector,irow,ipad)*8+fMapper->GetChip(sector,irow,ipad);
1043       if (altroRoc!=altroCurr) continue;
1044       if ( rocOut && rocOut->GetValue(irow,ipad) ) continue;
1045       Float_t val=roc->GetValue(irow,ipad);
1046       mean+=val;
1047       ++n;
1048     }
1049   }
1050   if (n>0) mean/=n;
1051   return mean;
1052 }
1053 //_____________________________________________________________________________________
1054 void AliTPCcalibDButil::SetRefFile(const char* filename)
1055 {
1056   //
1057   // load cal pad objects form the reference file
1058   //
1059   TDirectory *currDir=gDirectory;
1060   TFile f(filename);
1061   fRefPedestals=(AliTPCCalPad*)f.Get("Pedestals");
1062   fRefPadNoise=(AliTPCCalPad*)f.Get("PadNoise");
1063   //pulser data
1064   fRefPulserTmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTmean");
1065   fRefPulserTrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserTrms");
1066   fRefPulserQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("PulserQmean");
1067   //CE data
1068   fRefCETmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETmean");
1069   fRefCETrms=(AliTPCCalPad*)f.Get("CETrms");
1070   fRefCEQmean=(AliTPCCalPad*)f.Get("CEQmean");
1071   //Altro data
1072 //   fRefALTROAcqStart=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStart");
1073 //   fRefALTROZsThr=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROZsThr");
1074 //   fRefALTROFPED=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROFPED");
1075 //   fRefALTROAcqStop=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROAcqStop");
1076   fRefALTROMasked=(AliTPCCalPad*)f.Get("ALTROMasked");
1077   f.Close();
1078   currDir->cd();
1079 }
1080 //_____________________________________________________________________________________
1081 void AliTPCcalibDButil::UpdateRefDataFromOCDB()
1082 {
1083   //
1084   // set reference data from OCDB Reference map
1085   //
1086   if (!fRefMap) {
1087     AliWarning("Referenc map not set!");
1088     return;
1089   }
1090
1091   TString cdbPath;
1092   AliCDBEntry* entry = 0x0;
1093   Bool_t hasAnyChanged=kFALSE;
1094
1095   //pedestals
1096   cdbPath="TPC/Calib/Pedestals";
1097   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1098     hasAnyChanged=kTRUE;
1099     //delete old entries
1100     if (fRefPedestals) delete fRefPedestals;
1101     if (fRefPedestalMasked) delete fRefPedestalMasked;
1102     fRefPedestals=fRefPedestalMasked=0x0;
1103     //get new entries
1104     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1105     if (entry){
1106       entry->SetOwner(kTRUE);
1107       fRefPedestals=GetRefCalPad(entry);
1108       delete entry;
1109       fRefPedestalMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPedestals");
1110     }
1111   }
1112
1113   //noise
1114   cdbPath="TPC/Calib/PadNoise";
1115   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1116     hasAnyChanged=kTRUE;
1117     //delete old entry
1118     if (fRefPadNoise) delete fRefPadNoise;
1119     fRefPadNoise=0x0;
1120     //get new entry
1121     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1122     if (entry){
1123       entry->SetOwner(kTRUE);
1124       fRefPadNoise=GetRefCalPad(entry);
1125       delete entry;
1126     }
1127   }
1128
1129   //pulser
1130   cdbPath="TPC/Calib/Pulser";
1131   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1132     hasAnyChanged=kTRUE;
1133     //delete old entries
1134     if (fRefPulserTmean) delete fRefPulserTmean;
1135     if (fRefPulserTrms) delete fRefPulserTrms;
1136     if (fRefPulserQmean) delete fRefPulserQmean;
1137     if (fRefPulserMasked) delete fRefPulserMasked;
1138     fRefPulserTmean=fRefPulserTrms=fRefPulserQmean=fRefPulserMasked=0x0;
1139     //get new entries
1140     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1141     if (entry){
1142       entry->SetOwner(kTRUE);
1143       fRefPulserTmean=GetRefCalPad(entry,"PulserTmean");
1144       fRefPulserTrms=GetRefCalPad(entry,"PulserTrms");
1145       fRefPulserQmean=GetRefCalPad(entry,"PulserQmean");
1146       delete entry;
1147       fRefPulserMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedPulser");
1148     }
1149   }
1150
1151   //ce
1152   cdbPath="TPC/Calib/CE";
1153   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1154     hasAnyChanged=kTRUE;
1155     //delete old entries
1156     if (fRefCETmean) delete fRefCETmean;
1157     if (fRefCETrms) delete fRefCETrms;
1158     if (fRefCEQmean) delete fRefCEQmean;
1159     if (fRefCEMasked) delete fRefCEMasked;
1160     fRefCETmean=fRefCETrms=fRefCEQmean=fRefCEMasked=0x0;
1161     //get new entries
1162     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1163     if (entry){
1164       entry->SetOwner(kTRUE);
1165       fRefCETmean=GetRefCalPad(entry,"CETmean");
1166       fRefCETrms=GetRefCalPad(entry,"CETrms");
1167       fRefCEQmean=GetRefCalPad(entry,"CEQmean");
1168       delete entry;
1169       fRefCEMasked=GetAltroMasked(cdbPath, "MaskedCE");
1170     }
1171   }
1172
1173   //altro data
1174   cdbPath="TPC/Calib/AltroConfig";
1175   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1176     hasAnyChanged=kTRUE;
1177     //delete old entries
1178     if (fRefALTROFPED) delete fRefALTROFPED;
1179     if (fRefALTROZsThr) delete fRefALTROZsThr;
1180     if (fRefALTROAcqStart) delete fRefALTROAcqStart;
1181     if (fRefALTROAcqStop) delete fRefALTROAcqStop;
1182     if (fRefALTROMasked) delete fRefALTROMasked;
1183     fRefALTROFPED=fRefALTROZsThr=fRefALTROAcqStart=fRefALTROAcqStop=fRefALTROMasked=0x0;
1184     //get new entries
1185     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1186     if (entry){
1187       entry->SetOwner(kTRUE);
1188       fRefALTROFPED=GetRefCalPad(entry,"FPED");
1189       fRefALTROZsThr=GetRefCalPad(entry,"ZsThr");
1190       fRefALTROAcqStart=GetRefCalPad(entry,"AcqStart");
1191       fRefALTROAcqStop=GetRefCalPad(entry,"AcqStop");
1192       fRefALTROMasked=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1193       delete entry;
1194     }
1195   }
1196
1197   //raw data
1198   /*
1199   cdbPath="TPC/Calib/Raw";
1200   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1201     hasAnyChanged=kTRUE;
1202     //delete old entry
1203     if (fRefCalibRaw) delete fRefCalibRaw;
1204     //get new entry
1205     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1206     if (entry){
1207       entry->SetOwner(kTRUE);
1208       TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1209       if (!arr){
1210         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1211       } else {
1212         fRefCalibRaw=(AliTPCCalibRaw*)arr->At(0)->Clone();
1213       }
1214     }
1215   }
1216   */
1217
1218   //data qa
1219   cdbPath="TPC/Calib/QA";
1220   if (HasRefChanged(cdbPath.Data())){
1221     hasAnyChanged=kTRUE;
1222     //delete old entry
1223     if (fRefDataQA) delete fRefDataQA;
1224     //get new entry
1225     entry=GetRefEntry(cdbPath.Data());
1226     if (entry){
1227       entry->SetOwner(kTRUE);
1228       fRefDataQA=dynamic_cast<AliTPCdataQA*>(entry->GetObject());
1229       if (!fRefDataQA){
1230         AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1231       } else {
1232         fRefDataQA=(AliTPCdataQA*)fRefDataQA->Clone();
1233       }
1234       delete entry;
1235     }
1236   }
1237
1238
1239 //update current reference maps
1240   if (hasAnyChanged){
1241     if (fCurrentRefMap) delete fCurrentRefMap;
1242     fCurrentRefMap=(TMap*)fRefMap->Clone();
1243   }
1244 }
1245 //_____________________________________________________________________________________
1246 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry, const char* objName)
1247 {
1248   //
1249   // TObjArray object type case
1250   // find 'objName' in 'arr' cast is to a calPad and store it in 'pad'
1251   //
1252   AliTPCCalPad *pad=0x0;
1253   TObjArray *arr=(TObjArray*)entry->GetObject();
1254   if (!arr){
1255     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1256     return pad;
1257   }
1258   pad=(AliTPCCalPad*)arr->FindObject(objName);
1259   if (!pad) {
1260     AliError(Form("Could not get '%s' from TObjArray in entry '%s'\nPlease check!!!",objName,entry->GetId().GetPath().Data()));
1261     return pad;
1262   }
1263   return (AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1264 }
1265 //_____________________________________________________________________________________
1266 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetRefCalPad(AliCDBEntry *entry)
1267 {
1268   //
1269   // AliTPCCalPad object type case
1270   // cast object to a calPad and store it in 'pad'
1271   //
1272   AliTPCCalPad *pad=(AliTPCCalPad*)entry->GetObject();
1273   if (!pad) {
1274     AliError(Form("Could not get object from entry '%s'\nPlease check!!!",entry->GetId().GetPath().Data()));
1275     return 0x0;
1276   }
1277   pad=(AliTPCCalPad*)pad->Clone();
1278   return pad;
1279 }
1280 //_____________________________________________________________________________________
1281 AliTPCCalPad* AliTPCcalibDButil::GetAltroMasked(const char* cdbPath, const char* name)
1282 {
1283   //
1284   // set altro masked channel map for 'cdbPath'
1285   //
1286   AliTPCCalPad* pad=0x0;
1287   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1288   if (run<0) {
1289     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1290     return pad;
1291   }
1292   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/AltroConfig", run);
1293   if (!entry) {
1294     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1295     return pad;
1296   }
1297   pad=GetRefCalPad(entry,"Masked");
1298   if (pad) pad->SetNameTitle(name,name);
1299   entry->SetOwner(kTRUE);
1300   delete entry;
1301   return pad;
1302 }
1303 //_____________________________________________________________________________________
1304 void AliTPCcalibDButil::SetReferenceRun(Int_t run){
1305   //
1306   // Get Reference map
1307   //
1308   if (run<0) run=fCalibDB->GetRun();
1309   TString cdbPath="TPC/Calib/Ref";
1310   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath.Data(), run);
1311   if (!entry) {
1312     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath.Data()));
1313     fRefMap=0;
1314     return;
1315   }
1316   entry->SetOwner(kTRUE);
1317   fRefMap=(TMap*)(entry->GetObject());
1318   AliCDBId &id=entry->GetId();
1319   fRefValidity.Form("%d_%d_v%d_s%d",id.GetFirstRun(),id.GetLastRun(),id.GetVersion(),id.GetSubVersion());
1320 }
1321 //_____________________________________________________________________________________
1322 Bool_t AliTPCcalibDButil::HasRefChanged(const char *cdbPath)
1323 {
1324   //
1325   // check whether a reference cdb entry has changed
1326   //
1327   if (!fCurrentRefMap) return kTRUE;
1328   if (GetReferenceRun(cdbPath)!=GetCurrentReferenceRun(cdbPath)) return kTRUE;
1329   return kFALSE;
1330 }
1331 //_____________________________________________________________________________________
1332 AliCDBEntry* AliTPCcalibDButil::GetRefEntry(const char* cdbPath)
1333 {
1334   //
1335   // get the reference AliCDBEntry for 'cdbPath'
1336   //
1337   const Int_t run=GetReferenceRun(cdbPath);
1338   if (run<0) {
1339     AliError(Form("Could not get reference run number for object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1340     return 0;
1341   }
1342   AliCDBEntry *entry=AliCDBManager::Instance()->Get(cdbPath, run);
1343   if (!entry) {
1344     AliError(Form("Could not get reference object '%s'\nPlease check availability!!!",cdbPath));
1345     return 0;
1346   }
1347   return entry;
1348 }
1349 //_____________________________________________________________________________________
1350 Int_t AliTPCcalibDButil::GetCurrentReferenceRun(const char* type) const {
1351   //
1352   // Get reference run number for the specified OCDB path
1353   //
1354   if (!fCurrentRefMap) return -2;
1355   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fCurrentRefMap->GetValue(type));
1356   if (!str) return -2;
1357   return (Int_t)str->GetString().Atoi();
1358 }
1359 //_____________________________________________________________________________________
1360 Int_t AliTPCcalibDButil::GetReferenceRun(const char* type) const{
1361   //
1362   // Get reference run number for the specified OCDB path
1363   //
1364   if (!fRefMap) return -1;
1365   TObjString *str=dynamic_cast<TObjString*>(fRefMap->GetValue(type));
1366   if (!str) return -1;
1367   return (Int_t)str->GetString().Atoi();
1368 }
1369 //_____________________________________________________________________________________
1370 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreateCEOutlyerMap( Int_t & noutliersCE, AliTPCCalPad * const ceOut, Float_t minSignal, Float_t cutTrmsMin,  Float_t cutTrmsMax, Float_t cutMaxDistT){
1371   //
1372   // Author:  marian.ivanov@cern.ch
1373   //
1374   // Create outlier map for CE study
1375   // Parameters:
1376   //  Return value - outlyer map
1377   //  noutlyersCE  - number of outlyers
1378   //  minSignal    - minimal total Q signal
1379   //  cutRMSMin    - minimal width of the signal in respect to the median
1380   //  cutRMSMax    - maximal width of the signal in respect to the median
1381   //  cutMaxDistT  - maximal deviation from time median per chamber
1382   //
1383   // Outlyers criteria:
1384   // 0. Exclude masked pads
1385   // 1. Exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1386   // 2. Exclude edge pads
1387   // 3. Exclude channels with too large variations
1388   // 4. Exclude pads with too small signal
1389   // 5. Exclude signal with outlyers RMS
1390   // 6. Exclude channels to far from the chamber median
1391   noutliersCE=0;
1392   //create outlier map
1393   AliTPCCalPad *out=ceOut;
1394   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outCE","outCE");
1395   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1396   if (!fCETmean) return 0;
1397   if (!fCETrms) return 0;
1398   if (!fCEQmean) return 0;
1399   //
1400   //loop over all channels
1401   //
1402   Double_t rmsMedian         = fCETrms->GetMedian();
1403   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1404     AliTPCCalROC *rocData=fCETmean->GetCalROC(iroc);
1405     if (fALTROMasked) rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1406     AliTPCCalROC *rocOut       = out->GetCalROC(iroc);
1407     AliTPCCalROC *rocCEQ       = fCEQmean->GetCalROC(iroc);
1408     AliTPCCalROC *rocCETrms    = fCETrms->GetCalROC(iroc);
1409     Double_t trocMedian        = rocData->GetMedian();
1410     //
1411     if (!rocData || !rocCEQ || !rocCETrms) {
1412       noutliersCE+=AliTPCROC::Instance()->GetNChannels(iroc);
1413       rocOut->Add(1.);
1414       continue;
1415     }
1416     //
1417     //select outliers
1418     UInt_t nrows=rocData->GetNrows();
1419     for (UInt_t irow=0;irow<nrows;++irow){
1420       UInt_t npads=rocData->GetNPads(irow);
1421       for (UInt_t ipad=0;ipad<npads;++ipad){
1422         rocOut->SetValue(irow,ipad,0);
1423         Float_t valTmean=rocData->GetValue(irow,ipad);
1424         Float_t valQmean=rocCEQ->GetValue(irow,ipad);
1425         Float_t valTrms =rocCETrms->GetValue(irow,ipad);
1426         //0. exclude masked pads
1427         if (rocMasked && rocMasked->GetValue(irow,ipad)) {
1428           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1429           continue;
1430         }
1431         //1. exclude first two rows in IROC and last two rows in OROC
1432         if (iroc<36){
1433           if (irow<2) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1434         } else {
1435           if (irow>nrows-3) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1436         }
1437         //2. exclude edge pads
1438         if (ipad==0||ipad==npads-1) rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1439         //exclude values that are exactly 0
1440         if ( TMath::Abs(valTmean)<kAlmost0) {
1441           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1442           ++noutliersCE;
1443         }
1444         //3.  exclude channels with too large variations
1445         if (TMath::Abs(valTmean)>fCETmaxLimitAbs) {
1446           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1447           ++noutliersCE;
1448         }
1449         //
1450         //4.  exclude channels with too small signal
1451         if (valQmean<minSignal) {
1452           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1453           ++noutliersCE;
1454         }
1455         //
1456         //5. exclude channels with too small rms
1457         if (valTrms<cutTrmsMin*rmsMedian || valTrms>cutTrmsMax*rmsMedian){
1458           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1459           ++noutliersCE;
1460         }
1461         //
1462         //6. exclude channels to far from the chamber median
1463         if (TMath::Abs(valTmean-trocMedian)>cutMaxDistT){
1464           rocOut->SetValue(irow,ipad,1);
1465           ++noutliersCE;
1466         }
1467       }
1468     }
1469   }
1470   //
1471   return out;
1472 }
1473
1474
1475 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePulserOutlyerMap(Int_t &noutliersPulser, AliTPCCalPad * const pulserOut,Float_t cutTime, Float_t cutnRMSQ, Float_t cutnRMSrms){
1476   //
1477   // Author: marian.ivanov@cern.ch
1478   //
1479   // Create outlier map for Pulser
1480   // Parameters:
1481   //  Return value     - outlyer map
1482   //  noutlyersPulser  - number of outlyers
1483   //  cutTime          - absolute cut - distance to the median of chamber
1484   //  cutnRMSQ         - nsigma cut from median  q distribution per chamber
1485   //  cutnRMSrms       - nsigma cut from median  rms distribution
1486   // Outlyers criteria:
1487   // 0. Exclude masked pads
1488   // 1. Exclude time outlyers (default 3 time bins)
1489   // 2. Exclude q outlyers    (default 5 sigma)
1490   // 3. Exclude rms outlyers  (default 5 sigma)
1491   noutliersPulser=0;
1492   AliTPCCalPad *out=pulserOut;
1493   if (!out)     out= new AliTPCCalPad("outPulser","outPulser");
1494   AliTPCCalROC *rocMasked=0x0;
1495   if (!fPulserTmean) return 0;
1496   if (!fPulserTrms) return 0;
1497   if (!fPulserQmean) return 0;
1498   //
1499   //loop over all channels
1500   //
1501   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1502     if (fALTROMasked)   rocMasked= fALTROMasked->GetCalROC(iroc);
1503     AliTPCCalROC *rocData       = fPulserTmean->GetCalROC(iroc);
1504     AliTPCCalROC *rocOut        = out->GetCalROC(iroc);
1505     AliTPCCalROC *rocPulserQ    = fPulserQmean->GetCalROC(iroc);
1506     AliTPCCalROC *rocPulserTrms = fPulserTrms->GetCalROC(iroc);
1507     //
1508     Double_t rocMedianT         = rocData->GetMedian();
1509     Double_t rocMedianQ         = rocPulserQ->GetMedian();
1510     Double_t rocRMSQ            = rocPulserQ->GetRMS();
1511     Double_t rocMedianTrms      = rocPulserTrms->GetMedian();
1512     Double_t rocRMSTrms         = rocPulserTrms->GetRMS();
1513     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocData->GetNchannels();++ichannel){
1514       rocOut->SetValue(ichannel,0);
1515       Float_t valTmean=rocData->GetValue(ichannel);
1516       Float_t valQmean=rocPulserQ->GetValue(ichannel);
1517       Float_t valTrms =rocPulserTrms->GetValue(ichannel);
1518       Float_t valMasked =0;
1519       if (rocMasked) valMasked = rocMasked->GetValue(ichannel);
1520       Int_t isOut=0;
1521       if (valMasked>0.5) isOut=1;
1522       if (TMath::Abs(valTmean-rocMedianT)>cutTime) isOut=1;
1523       if (TMath::Abs(valQmean-rocMedianQ)>cutnRMSQ*rocRMSQ) isOut=1;
1524       if (TMath::Abs(valTrms-rocMedianTrms)>cutnRMSrms*rocRMSTrms) isOut=1;
1525       rocOut->SetValue(ichannel,isOut);
1526       if (isOut) noutliersPulser++;
1527     }
1528   }
1529   return out;
1530 }
1531
1532
1533 AliTPCCalPad *AliTPCcalibDButil::CreatePadTime0CE(TVectorD &fitResultsA, TVectorD&fitResultsC, Int_t &nOut, Double_t &chi2A, Double_t &chi2C, const char *dumpfile){
1534   //
1535   // Author : Marian Ivanov
1536   // Create pad time0 correction map using information from the CE and from pulser
1537   //
1538   //
1539   // Return PadTime0 to be used for time0 relative alignment
1540   // if dump file specified intermediat results are dumped to the fiel and can be visualized
1541   // using $ALICE_ROOT/TPC/script/gui application
1542   //
1543   // fitResultsA - fitParameters A side
1544   // fitResultsC - fitParameters C side
1545   // chi2A       - chi2/ndf for A side (assuming error 1 time bin)
1546   // chi2C       - chi2/ndf for C side (assuming error 1 time bin)
1547   //
1548   //
1549   // Algorithm:
1550   // 1. Find outlier map for CE
1551   // 2. Find outlier map for Pulser
1552   // 3. Replace outlier by median at given sector  (median without outliers)
1553   // 4. Substract from the CE data pulser
1554   // 5. Fit the CE with formula
1555   //    5.1) (IROC-OROC) offset
1556   //    5.2) gx
1557   //    5.3) gy
1558   //    5.4) (lx-xmid)
1559   //    5.5) (IROC-OROC)*(lx-xmid)
1560   //    5.6) (ly/lx)^2
1561   // 6. Substract gy fit dependence from the CE data
1562   // 7. Add pulser back to CE data
1563   // 8. Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1564   // 9. return CE data
1565   //
1566   // Time0 <= padCE = padCEin  -padCEfitGy  - if not outlier
1567   // Time0 <= padCE = padFitAll-padCEfitGy  - if outlier
1568
1569   // fit formula
1570   const char *formulaIn="(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1571   // output for fit formula
1572   const char *formulaAll="1++(-1.+2.*(sector<36))*0.5++gx++gy++(lx-134.)++(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1573   // gy part of formula
1574   const char *formulaOut="0++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5++0*gx++gy++0*(lx-134.)++0*(-1.+2.*(sector<36))*0.5*(lx-134)++0*((ly/lx)^2/(0.1763)^2)";
1575   //
1576   //
1577   if (!fCETmean) return 0;
1578   Double_t pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c;
1579   AliTPCCalPad * padPulserOut = CreatePulserOutlyerMap(nOut);
1580   AliTPCCalPad * padCEOut     = CreateCEOutlyerMap(nOut);
1581
1582   AliTPCCalPad * padPulser    = CreatePadTime0(1,pgya,pgyc,pchi2a,pchi2c);
1583   AliTPCCalPad * padCE        = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1584   AliTPCCalPad * padCEIn      = new AliTPCCalPad(*fCETmean);
1585   AliTPCCalPad * padOut       = new AliTPCCalPad("padOut","padOut");
1586   padPulser->SetName("padPulser");
1587   padPulserOut->SetName("padPulserOut");
1588   padCE->SetName("padCE");
1589   padCEIn->SetName("padCEIn");
1590   padCEOut->SetName("padCEOut");
1591   padOut->SetName("padOut");
1592
1593   //
1594   // make combined outlyers map
1595   // and replace outlyers in maps with median for chamber
1596   //
1597   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1598     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1599     AliTPCCalROC * rocPulser    = padPulser->GetCalROC(iroc);
1600     AliTPCCalROC * rocPulserOut = padPulserOut->GetCalROC(iroc);
1601     AliTPCCalROC * rocCEOut     = padCEOut->GetCalROC(iroc);
1602     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1603     Double_t ceMedian           = rocCE->GetMedian(rocCEOut);
1604     Double_t pulserMedian       = rocPulser->GetMedian(rocCEOut);
1605     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1606       if (rocPulserOut->GetValue(ichannel)>0) {
1607         rocPulser->SetValue(ichannel,pulserMedian);
1608         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1609       }
1610       if (rocCEOut->GetValue(ichannel)>0) {
1611         rocCE->SetValue(ichannel,ceMedian);
1612         rocOut->SetValue(ichannel,1);
1613       }
1614     }
1615   }
1616   //
1617   // remove pulser time 0
1618   //
1619   padCE->Add(padPulser,-1);
1620   //
1621   // Make fits
1622   //
1623   TMatrixD dummy;
1624   Float_t chi2Af,chi2Cf;
1625   padCE->GlobalSidesFit(padOut,formulaIn,fitResultsA,fitResultsC,dummy,dummy,chi2Af,chi2Cf);
1626   chi2A=chi2Af;
1627   chi2C=chi2Cf;
1628   //
1629   AliTPCCalPad *padCEFitGY=AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaOut,fitResultsA,fitResultsC);
1630   padCEFitGY->SetName("padCEFitGy");
1631   //
1632   AliTPCCalPad *padCEFit  =AliTPCCalPad::CreateCalPadFit(formulaAll,fitResultsA,fitResultsC);
1633   padCEFit->SetName("padCEFit");
1634   //
1635   AliTPCCalPad* padCEDiff  = new AliTPCCalPad(*padCE);
1636   padCEDiff->SetName("padCEDiff");
1637   padCEDiff->Add(padCEFit,-1.);
1638   //
1639   //
1640   padCE->Add(padCEFitGY,-1.);
1641
1642   padCE->Add(padPulser,1.);
1643   Double_t padmedian = padCE->GetMedian();
1644   padCE->Add(-padmedian);  // normalize to median
1645   //
1646   // Replace outliers by fit value - median of diff per given chamber -GY fit
1647   //
1648   for (UInt_t iroc=0;iroc<fCETmean->kNsec;++iroc){
1649     AliTPCCalROC * rocOut       = padOut->GetCalROC(iroc);
1650     AliTPCCalROC * rocCE        = padCE->GetCalROC(iroc);
1651     AliTPCCalROC * rocCEFit     = padCEFit->GetCalROC(iroc);
1652     AliTPCCalROC * rocCEFitGY   = padCEFitGY->GetCalROC(iroc);
1653     AliTPCCalROC * rocCEDiff    = padCEDiff->GetCalROC(iroc);
1654     //
1655     Double_t diffMedian         = rocCEDiff->GetMedian(rocOut);
1656     for (UInt_t ichannel=0;ichannel<rocOut->GetNchannels();++ichannel){
1657       if (rocOut->GetValue(ichannel)==0) continue;
1658       Float_t value=rocCEFit->GetValue(ichannel)-rocCEFitGY->GetValue(ichannel)-diffMedian-padmedian;
1659       rocCE->SetValue(ichannel,value);
1660     }
1661   }
1662   //
1663   //
1664   if (dumpfile){
1665     //dump to the file - result can be visualized
1666     AliTPCPreprocessorOnline preprocesor;
1667     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCE));
1668     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEIn));
1669     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFit));
1670     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padOut));
1671     //
1672     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEFitGY));
1673     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEDiff));
1674     //
1675     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padCEOut));
1676     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulser));
1677     preprocesor.AddComponent(new AliTPCCalPad(*padPulserOut));
1678     preprocesor.DumpToFile(dumpfile);
1679   }
1680   delete padPulser;
1681   delete padPulserOut;
1682   delete padCEIn;
1683   delete padCEOut;
1684   delete padOut;
1685   delete padCEDiff;
1686   delete padCEFitGY;
1687   return padCE;
1688 }
1689
1690
1691
1692
1693
1694 Int_t AliTPCcalibDButil::GetNearest(TGraph *graph, Double_t xref, Double_t &dx, Double_t &y){
1695   //
1696   // find the closest point to xref  in x  direction
1697   // return dx and value
1698   dx = 0;
1699   y = 0;
1700
1701   if(!graph) return 0;
1702   if(graph->GetN() < 1) return 0;
1703
1704   Int_t index=0;
1705   index = TMath::BinarySearch(graph->GetN(), graph->GetX(),xref);
1706   if (index<0) index=0;
1707   if(graph->GetN()==1) {
1708     dx = xref-graph->GetX()[index];
1709   }
1710   else {
1711     if (index>=graph->GetN()-1) index=graph->GetN()-2;
1712     if (xref-graph->GetX()[index]>graph->GetX()[index]-xref) index++;
1713     dx = xref-graph->GetX()[index];
1714   }
1715   y  = graph->GetY()[index];
1716   return index;
1717 }
1718
1719 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1720   //
1721   // Get the correction of the trigger offset
1722   // combining information from the laser track calibration
1723   // and from cosmic calibration
1724   //
1725   // run       - run number
1726   // timeStamp - tim stamp in seconds
1727   // deltaT    - integration period to calculate offset
1728   // deltaTLaser -max validity of laser data
1729   // valType   - 0 - median, 1- mean
1730   //
1731   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1732   // automatically increase the validity by factor 2
1733   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1734   //
1735   //
1736   const Float_t kLaserCut=0.0005;
1737   const Int_t   kMaxPeriod=3600*24*30*12; // one year max
1738   const Int_t   kMinPoints=20;
1739   //
1740   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1741   if (!array) {
1742     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1743   }
1744   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1745   if (!array) return 0;
1746   //
1747   TGraphErrors *laserA[3]={0,0,0};
1748   TGraphErrors *laserC[3]={0,0,0};
1749   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1750   laserA[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1751   laserC[1]=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1752   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1753   //
1754   //
1755   if (!cosmicAll) return 0;
1756   Int_t nmeasC=cosmicAll->GetN();
1757   Float_t *tdelta = new Float_t[nmeasC];
1758   Int_t nused=0;
1759   for (Int_t i=0;i<nmeasC;i++){
1760     if (TMath::Abs(cosmicAll->GetX()[i]-timeStamp)>deltaT) continue;
1761     Float_t ccosmic=cosmicAll->GetY()[i];
1762     Double_t yA=0,yC=0,dA=0,dC=0;
1763     if (laserA[1]) GetNearest(laserA[1], cosmicAll->GetX()[i],dA,yA);
1764     if (laserC[1]) GetNearest(laserC[1], cosmicAll->GetX()[i],dC,yC);
1765     //yA=laserA[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1766     //yC=laserC[1]->Eval(cosmicAll->GetX()[i]);
1767     //
1768     if (TMath::Sqrt(dA*dA+dC*dC)>deltaTLaser) continue;
1769     Float_t claser=0;
1770     if (TMath::Abs(yA-yC)<kLaserCut) {
1771       claser=(yA-yC)*0.5;
1772     }else{
1773       if (i%2==0)  claser=yA;
1774       if (i%2==1)  claser=yC;
1775     }
1776     tdelta[nused]=ccosmic-claser;
1777     nused++;
1778   }
1779   if (nused<kMinPoints &&deltaT<kMaxPeriod) return  AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run, timeStamp, deltaT*2,deltaTLaser);
1780   if (nused<kMinPoints) {
1781     delete [] tdelta;
1782     printf("AliFatal: No time offset calibration available\n");
1783     return 0;
1784   }
1785   Double_t median = TMath::Median(nused,tdelta);
1786   Double_t mean  = TMath::Mean(nused,tdelta);
1787   delete [] tdelta;
1788   return (valType==0) ? median:mean;
1789 }
1790
1791 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Double_t deltaTLaser, Int_t valType){
1792   //
1793   // Get the correction of the drift velocity
1794   // combining information from the laser track calibration
1795   // and from cosmic calibration
1796   //
1797   // dist      - return value - distance to closest point in graph
1798   // run       - run number
1799   // timeStamp - tim stamp in seconds
1800   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1801   // deltaTLaser -max validity of laser data
1802   // valType   - 0 - median, 1- mean
1803   //
1804   // Integration vaues are just recomendation - if not possible to get points
1805   // automatically increase the validity by factor 2
1806   // (recursive algorithm until one month of data taking)
1807   //
1808   //
1809   //
1810   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1811   if (!array) {
1812     AliTPCcalibDB::Instance()->UpdateRunInformations(run,kFALSE);
1813   }
1814   array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1815   if (!array) return 0;
1816   TGraphErrors *cosmicAll=0;
1817   cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1818   if (!cosmicAll) return 0;
1819   Double_t grY=0;
1820   AliTPCcalibDButil::GetNearest(cosmicAll,timeStamp,dist,grY);
1821
1822   Double_t t0= AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,timeStamp, deltaT, deltaTLaser,valType);
1823   Double_t vcosmic =  AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(cosmicAll, timeStamp);
1824   if (timeStamp>cosmicAll->GetX()[cosmicAll->GetN()-1])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[cosmicAll->GetN()-1];
1825   if (timeStamp<cosmicAll->GetX()[0])  vcosmic=cosmicAll->GetY()[0];
1826   return  vcosmic-t0;
1827
1828   /*
1829     Example usage:
1830
1831     Int_t run=89000
1832     TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1833     cosmicAll =(TGraphErrors*)array->FindObject("TGRAPHERRORS_MEAN_VDRIFT_COSMICS_ALL");
1834     laserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1835     //
1836     Double_t *yvd= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1837     Double_t *yt0= new Double_t[cosmicAll->GetN()];
1838     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yvd[i]=AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1839     for (Int_t i=0; i<cosmicAll->GetN();i++) yt0[i]=AliTPCcalibDButil::GetTriggerOffsetTPC(run,cosmicAll->GetX()[i]);
1840
1841     TGraph *pcosmicVd=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yvd);
1842     TGraph *pcosmicT0=new TGraph(cosmicAll->GetN(), cosmicAll->GetX(), yt0);
1843
1844   */
1845
1846 }
1847
1848 const char* AliTPCcalibDButil::GetGUIRefTreeDefaultName()
1849 {
1850   //
1851   // Create a default name for the gui file
1852   //
1853
1854   return Form("guiRefTreeRun%s.root",GetRefValidity());
1855 }
1856
1857 Bool_t AliTPCcalibDButil::CreateGUIRefTree(const char* filename)
1858 {
1859   //
1860   // Create a gui reference tree
1861   // if dirname and filename are empty default values will be used
1862   // this is the recommended way of using this function
1863   // it allows to check whether a file with the given run validity alredy exists
1864   //
1865   if (!AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage()){
1866     AliError("Default Storage not set. Cannot create reference calibration Tree!");
1867     return kFALSE;
1868   }
1869
1870   TString file=filename;
1871   if (file.IsNull()) file=GetGUIRefTreeDefaultName();
1872
1873   AliTPCPreprocessorOnline prep;
1874   //noise and pedestals
1875   if (fRefPedestals) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPedestals)));
1876   if (fRefPadNoise ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPadNoise)));
1877   if (fRefPedestalMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPedestalMasked));
1878   //pulser data
1879   if (fRefPulserTmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTmean)));
1880   if (fRefPulserTrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserTrms)));
1881   if (fRefPulserQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefPulserQmean)));
1882   if (fRefPulserMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefPulserMasked));
1883   //CE data
1884   if (fRefCETmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETmean)));
1885   if (fRefCETrms ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCETrms)));
1886   if (fRefCEQmean) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefCEQmean)));
1887   if (fRefCEMasked) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*fRefCEMasked));
1888   //Altro data
1889   if (fRefALTROAcqStart ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStart )));
1890   if (fRefALTROZsThr    ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROZsThr    )));
1891   if (fRefALTROFPED     ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROFPED     )));
1892   if (fRefALTROAcqStop  ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROAcqStop  )));
1893   if (fRefALTROMasked   ) prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(fRefALTROMasked   )));
1894   //QA
1895   AliTPCdataQA *dataQA=fRefDataQA;
1896   if (dataQA) {
1897     if (dataQA->GetNLocalMaxima())
1898       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNLocalMaxima())));
1899     if (dataQA->GetMaxCharge())
1900       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMaxCharge())));
1901     if (dataQA->GetMeanCharge())
1902       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetMeanCharge())));
1903     if (dataQA->GetNoThreshold())
1904       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNoThreshold())));
1905     if (dataQA->GetNTimeBins())
1906       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNTimeBins())));
1907     if (dataQA->GetNPads())
1908       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetNPads())));
1909     if (dataQA->GetTimePosition())
1910       prep.AddComponent(new AliTPCCalPad(*(dataQA->GetTimePosition())));
1911   }
1912   prep.DumpToFile(file.Data());
1913   return kTRUE;
1914 }
1915
1916 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracks(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1917   //
1918   // Get the correction of the drift velocity using the offline laser tracks calbration
1919   //
1920   // run       - run number
1921   // timeStamp - tim stamp in seconds
1922   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1923   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1924   // Note in case no data form both A and C side - the value from active side used
1925   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
1926
1927   return GetVDriftTPCLaserTracksCommon(dist, timeStamp, deltaT, side, array);
1928 }
1929
1930 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracksOnline(Double_t &dist, Int_t /*run*/, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
1931   //
1932   // Get the correction of the drift velocity using the online laser tracks calbration
1933   //
1934   // run       - run number
1935   // timeStamp - tim stamp in seconds
1936   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
1937   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
1938   // Note in case no data form both A and C side - the value from active side used
1939   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEfitsDrift();
1940
1941   Double_t dv = GetVDriftTPCLaserTracksCommon(dist, timeStamp, deltaT, side, array);
1942   AliTPCParam *param  =AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1943   if (!param) return 0;
1944
1945   //the drift velocity is hard wired in the AliTPCCalibCE class, since online there is no access to OCDB
1946   dv*=param->GetDriftV()/2.61301900000000000e+06;
1947   if (dv>1e-20) dv=1/dv-1;
1948   else return 0;
1949   // T/P correction
1950   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
1951
1952   AliTPCSensorTempArray *temp = (AliTPCSensorTempArray*)cearray->FindObject("TempMap");
1953   AliDCSSensor *press         = (AliDCSSensor*)cearray->FindObject("CavernAtmosPressure");
1954
1955   Double_t corrPTA=0;
1956   Double_t corrPTC=0;
1957
1958   if (temp&&press) {
1959     AliTPCCalibVdrift corr(temp,press,0);
1960     corrPTA=corr.GetPTRelative(timeStamp,0);
1961     corrPTC=corr.GetPTRelative(timeStamp,1);
1962   }
1963
1964   if (side==0) dv -=  corrPTA;
1965   if (side==1) dv -=  corrPTC;
1966   if (side==2) dv -=  (corrPTA+corrPTC)/2;
1967
1968   return dv;
1969 }
1970
1971 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCLaserTracksCommon(Double_t &dist, Int_t timeStamp, Double_t deltaT,
1972   Int_t side, TObjArray * const array){
1973   //
1974   // common drift velocity retrieval for online and offline method
1975   //
1976   TGraphErrors *grlaserA=0;
1977   TGraphErrors *grlaserC=0;
1978   Double_t vlaserA=0, vlaserC=0;
1979   if (!array) return 0;
1980   grlaserA=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_A");
1981   grlaserC=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DRIFT_LASER_ALL_C");
1982   Double_t deltaY;
1983   if (grlaserA && grlaserA->GetN()>0) {
1984     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserA,timeStamp,dist,deltaY);
1985     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserA= deltaY;
1986     else  vlaserA = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserA,timeStamp);
1987   }
1988   if (grlaserC && grlaserC->GetN()>0) {
1989     AliTPCcalibDButil::GetNearest(grlaserC,timeStamp,dist,deltaY);
1990     if (TMath::Abs(dist)>deltaT)  vlaserC= deltaY;
1991     else  vlaserC = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(grlaserC,timeStamp);
1992   }
1993   if (side==0) return vlaserA;
1994   if (side==1) return vlaserC;
1995   Double_t mdrift=(vlaserA+vlaserC)*0.5;
1996   if (!grlaserA) return vlaserC;
1997   if (!grlaserC) return vlaserA;
1998   return mdrift;
1999 }
2000
2001
2002 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCCE(Double_t &dist,Int_t run, Int_t timeStamp, Double_t deltaT, Int_t side){
2003   //
2004   // Get the correction of the drift velocity using the CE laser data
2005   // combining information from the CE,  laser track calibration
2006   // and P/T calibration
2007   //
2008   // run       - run number
2009   // timeStamp - tim stamp in seconds
2010   // deltaT    - integration period to calculate time0 offset
2011   // side      - 0 - A side,  1 - C side, 2 - mean from both sides
2012   TObjArray *arrT     =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
2013   if (!arrT) return 0;
2014   AliTPCParam *param  =AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
2015   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
2016   AliTPCCalibVdrift * driftCalib = (AliTPCCalibVdrift *)cearray->FindObject("driftPTCE");
2017   //
2018   //
2019   Double_t corrPTA = 0, corrPTC=0;
2020   Double_t ltime0A = 0, ltime0C=0;
2021   Double_t gry=0;
2022   Double_t corrA=0, corrC=0;
2023   Double_t timeA=0, timeC=0;
2024   const Double_t kEpsilon = 0.00001;
2025   TGraph *graphA = (TGraph*)arrT->At(72);
2026   TGraph *graphC = (TGraph*)arrT->At(73);
2027   if (!graphA && !graphC) return 0.;
2028   if (graphA &&graphA->GetN()>0) {
2029     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphA,timeStamp,dist,gry);
2030     timeA   = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphA,timeStamp);
2031     Int_t mtime   =TMath::Nint((graphA->GetX()[0]+graphA->GetX()[graphA->GetN()-1])*0.5);
2032     ltime0A       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
2033     if(ltime0A < kEpsilon) return 0;
2034     if (driftCalib) corrPTA =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
2035     corrA = (param->GetZLength(36)/(timeA*param->GetTSample()*(1.-ltime0A)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
2036     corrA-=corrPTA;
2037   }
2038   if (graphC&&graphC->GetN()>0){
2039     AliTPCcalibDButil::GetNearest(graphC,timeStamp,dist,gry);
2040     timeC=AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graphC,timeStamp);
2041     Int_t mtime=TMath::Nint((graphC->GetX()[0]+graphC->GetX()[graphC->GetN()-1])*0.5);
2042     ltime0C       = GetLaserTime0(run,mtime,TMath::Nint(deltaT),0);
2043     if(ltime0C < kEpsilon) return 0;
2044 if (driftCalib) corrPTC =  driftCalib->GetPTRelative(timeStamp,0);
2045     corrC = (param->GetZLength(54)/(timeC*param->GetTSample()*(1.-ltime0C)-param->GetL1Delay()-0*param->GetZSigma()/param->GetDriftV()))/param->GetDriftV()-1;
2046     corrC-=corrPTC;
2047   }
2048
2049   if (side ==0 ) return corrA;
2050   if (side ==1 ) return corrC;
2051   Double_t corrM= (corrA+corrC)*0.5;
2052   if (!graphA) corrM=corrC;
2053   if (!graphC) corrM=corrA;
2054   return corrM;
2055 }
2056
2057 Double_t  AliTPCcalibDButil::GetVDriftTPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2058   //
2059   // return drift velocity using the TPC-ITS matchin method
2060   // return also distance to the closest point
2061   //
2062   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2063   TGraphErrors *graph=0;
2064   dist=0;
2065   if (!array) return 0;
2066   //array->ls();
2067   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSB_TPC_DRIFTVD");
2068   if (!graph) return 0;
2069   Double_t deltaY;
2070   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2071   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2072   return value;
2073 }
2074
2075 Double_t AliTPCcalibDButil::GetTime0TPCITS(Double_t &dist, Int_t run, Int_t timeStamp){
2076   //
2077   // Get time dependent time 0 (trigger delay in cm) correction
2078   // Arguments:
2079   // timestamp - timestamp
2080   // run       - run number
2081   //
2082   // Notice - Extrapolation outside of calibration range  - using constant function
2083   //
2084   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2085   TGraphErrors *graph=0;
2086   dist=0;
2087   if (!array) return 0;
2088   graph = (TGraphErrors*)array->FindObject("ALIGN_ITSM_TPC_T0");
2089   if (!graph) return 0;
2090   Double_t deltaY;
2091   AliTPCcalibDButil::GetNearest(graph,timeStamp,dist,deltaY);
2092   Double_t value = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(graph,timeStamp);
2093   return value;
2094 }
2095
2096
2097
2098
2099
2100 Int_t  AliTPCcalibDButil::MakeRunList(Int_t startRun, Int_t stopRun){
2101   //
2102   // VERY obscure method - we need something in framework
2103   // Find the TPC runs with temperature OCDB entry
2104   // cache the start and end of the run
2105   //
2106   AliCDBStorage* storage = AliCDBManager::Instance()->GetSpecificStorage("TPC/Calib/Temperature");
2107   if (!storage) storage = AliCDBManager::Instance()->GetDefaultStorage();
2108   if (!storage) return 0;
2109   TString path=storage->GetURI();
2110   TString runsT;
2111   {
2112     TString command;
2113     if (path.Contains("local")){  // find the list if local system
2114       path.ReplaceAll("local://","");
2115       path+="TPC/Calib/Temperature";
2116       command=Form("ls %s  |  sed s/_/\\ /g | awk '{print \"r\"$2}'  ",path.Data());
2117     }
2118     runsT=gSystem->GetFromPipe(command);
2119   }
2120   TObjArray *arr= runsT.Tokenize("r");
2121   if (!arr) return 0;
2122   //
2123   TArrayI indexes(arr->GetEntries());
2124   TArrayI runs(arr->GetEntries());
2125   Int_t naccept=0;
2126   {for (Int_t irun=0;irun<arr->GetEntries();irun++){
2127       Int_t irunN = atoi(arr->At(irun)->GetName());
2128       if (irunN<startRun) continue;
2129       if (irunN>stopRun) continue;
2130       runs[naccept]=irunN;
2131       naccept++;
2132     }}
2133   fRuns.Set(naccept);
2134   fRunsStart.Set(fRuns.fN);
2135   fRunsStop.Set(fRuns.fN);
2136   TMath::Sort(fRuns.fN, runs.fArray, indexes.fArray,kFALSE);
2137   for (Int_t irun=0; irun<fRuns.fN; irun++)  fRuns[irun]=runs[indexes[irun]];
2138
2139   //
2140   AliCDBEntry * entry = 0;
2141   {for (Int_t irun=0;irun<fRuns.fN; irun++){
2142       entry = AliCDBManager::Instance()->Get("TPC/Calib/Temperature",fRuns[irun]);
2143       if (!entry) continue;
2144       AliTPCSensorTempArray *  tmpRun = dynamic_cast<AliTPCSensorTempArray*>(entry->GetObject());
2145       if (!tmpRun) continue;
2146       fRunsStart[irun]=tmpRun->GetStartTime().GetSec();
2147       fRunsStop[irun]=tmpRun->GetEndTime().GetSec();
2148       //      printf("irun\t%d\tRun\t%d\t%d\t%d\n",irun,fRuns[irun],tmpRun->GetStartTime().GetSec(),tmpRun->GetEndTime().GetSec());
2149     }}
2150   return fRuns.fN;
2151 }
2152
2153
2154 Int_t AliTPCcalibDButil::FindRunTPC(Int_t    itime, Bool_t debug){
2155   //
2156   // binary search - find the run for given time stamp
2157   //
2158   Int_t index0  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStop.fArray,itime);
2159   Int_t index1  = TMath::BinarySearch(fRuns.fN, fRunsStart.fArray,itime);
2160   Int_t cindex  = -1;
2161   for (Int_t index=index0; index<=index1; index++){
2162     if (fRunsStart[index]<=itime && fRunsStop[index]>=itime) cindex=index;
2163     if (debug) {
2164       printf("%d\t%d\t%d\n",fRuns[index], fRunsStart[index]-itime, fRunsStop[index]-itime);
2165     }
2166   }
2167   if (cindex<0) cindex =(index0+index1)/2;
2168   if (cindex<0) {
2169     return 0;
2170   }
2171   return fRuns[cindex];
2172 }
2173
2174
2175
2176
2177
2178 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(TGraph * graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2179   //
2180   // filter outlyer measurement
2181   // Only points around median +- sigmaCut filtered
2182   if (!graph) return  0;
2183   Int_t kMinPoints=2;
2184   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2185   Int_t npoints=0;
2186   Float_t  rmsY=0;
2187   //
2188   //
2189   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2190
2191   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2192   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2193   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2194     npoints=0;
2195     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2196       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2197       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>sigmaCut*rmsY) continue;
2198       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2199       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2200       npoints++;
2201     }
2202     if (npoints<=1) break;
2203     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2204     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2205   }
2206   TGraph *graphOut=0;
2207   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2208   delete [] outx;
2209   delete [] outy;
2210   return graphOut;
2211 }
2212
2213
2214 TGraph* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(TGraph * graph, Float_t cut,Double_t &medianY){
2215   //
2216   // filter outlyer measurement
2217   // Only points around median +- cut filtered
2218   if (!graph) return  0;
2219   Int_t kMinPoints=2;
2220   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2221   Int_t npoints=0;
2222   Float_t  rmsY=0;
2223   //
2224   //
2225   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2226
2227   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2228   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2229   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2230     npoints=0;
2231     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2232       if (graph->GetY()[ipoint]==0) continue;
2233       if (iter>0 &&TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-medianY)>cut) continue;
2234       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2235       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2236       npoints++;
2237     }
2238     if (npoints<=1) break;
2239     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2240     rmsY   =TMath::RMS(npoints,outy);
2241   }
2242   TGraph *graphOut=0;
2243   if (npoints>1) graphOut= new TGraph(npoints,outx,outy);
2244   delete [] outx;
2245   delete [] outy;
2246   return graphOut;
2247 }
2248
2249
2250
2251 TGraphErrors* AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianErr(TGraphErrors * const graph, Float_t sigmaCut,Double_t &medianY){
2252   //
2253   // filter outlyer measurement
2254   // Only points with normalized errors median +- sigmaCut filtered
2255   //
2256   Int_t kMinPoints=10;
2257   Int_t npoints0 = graph->GetN();
2258   Int_t npoints=0;
2259   Float_t  medianErr=0, rmsErr=0;
2260   //
2261   //
2262   if (npoints0<kMinPoints) return 0;
2263
2264   Double_t *outx=new Double_t[npoints0];
2265   Double_t *outy=new Double_t[npoints0];
2266   Double_t *erry=new Double_t[npoints0];
2267   Double_t *nerry=new Double_t[npoints0];
2268   Double_t *errx=new Double_t[npoints0];
2269
2270   for (Int_t iter=0; iter<3; iter++){
2271     npoints=0;
2272     for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints0; ipoint++){
2273       nerry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2274       if (iter>0 &&TMath::Abs(nerry[npoints]-medianErr)>sigmaCut*rmsErr) continue;
2275       erry[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2276       outx[npoints]  = graph->GetX()[ipoint];
2277       outy[npoints]  = graph->GetY()[ipoint];
2278       errx[npoints]  = graph->GetErrorY(ipoint);
2279       npoints++;
2280     }
2281     if (npoints==0) break;
2282     medianErr=TMath::Median(npoints,erry);
2283     medianY  =TMath::Median(npoints,outy);
2284     rmsErr   =TMath::RMS(npoints,erry);
2285   }
2286   TGraphErrors *graphOut=0;
2287   if (npoints>1) graphOut= new TGraphErrors(npoints,outx,outy,errx,erry);
2288   delete []outx;
2289   delete []outy;
2290   delete []erry;
2291   delete []nerry;
2292   delete []errx;
2293   return graphOut;
2294 }
2295
2296
2297 void AliTPCcalibDButil::Sort(TGraph *graph){
2298   //
2299   // sort array - neccessay for approx
2300   //
2301   Int_t npoints = graph->GetN();
2302   Int_t *indexes=new Int_t[npoints];
2303   Double_t *outx=new Double_t[npoints];
2304   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2305   TMath::Sort(npoints, graph->GetX(),indexes,kFALSE);
2306   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outx[i]=graph->GetX()[indexes[i]];
2307   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) outy[i]=graph->GetY()[indexes[i]];
2308   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetX()[i]=outx[i];
2309   for (Int_t i=0;i<npoints;i++) graph->GetY()[i]=outy[i];
2310
2311   delete [] indexes;
2312   delete [] outx;
2313   delete [] outy;
2314 }
2315 void AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(TGraph *graph, Double_t delta){
2316   //
2317   // smmoth graph - mean on the interval
2318   //
2319   Sort(graph);
2320   Int_t npoints = graph->GetN();
2321   Double_t *outy=new Double_t[npoints];
2322
2323   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2324     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2325     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2326     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2327     if (index0<0) index0=0;
2328     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2329     if ((index1-index0)>1){
2330       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2331     }else{
2332       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2333     }
2334   }
2335  //  TLinearFitter  fitter(3,"pol2");
2336 //   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2337 //     Double_t lx=graph->GetX()[ipoint];
2338 //     Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx-delta);
2339 //     Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, graph->GetX(),lx+delta);
2340 //     if (index0<0) index0=0;
2341 //     if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2342 //     fitter.ClearPoints();
2343 //     for (Int_t jpoint=0;jpoint<index1-index0; jpoint++)
2344 //     if ((index1-index0)>1){
2345 //       outy[ipoint]  = TMath::Mean(index1-index0, &(graph->GetY()[index0]));
2346 //     }else{
2347 //       outy[ipoint]=graph->GetY()[ipoint];
2348 //     }
2349 //   }
2350
2351
2352
2353   for (Int_t ipoint=0; ipoint<npoints; ipoint++){
2354     graph->GetY()[ipoint] = outy[ipoint];
2355   }
2356   delete[] outy;
2357 }
2358
2359 Double_t AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(TGraph * const graph, Double_t xref){
2360   //
2361   // Use constant interpolation outside of range
2362   //
2363   if (!graph) {
2364     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: 0 pointer\n");
2365     return 0;
2366   }
2367
2368   if (graph->GetN()<1){
2369     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: Empty graph \n");
2370     return 0;
2371   }
2372
2373
2374   if (xref<graph->GetX()[0]) return graph->GetY()[0];
2375   if (xref>graph->GetX()[graph->GetN()-1]) return graph->GetY()[graph->GetN()-1];
2376
2377   //  printf("graph->Eval(graph->GetX()[0]) %f, graph->Eval(xref) %f \n",graph->Eval(graph->GetX()[0]), graph->Eval(xref));
2378
2379   if(graph->GetN()==1)
2380     return graph->Eval(graph->GetX()[0]);
2381
2382
2383   return graph->Eval(xref);
2384 }
2385
2386 Double_t AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(AliSplineFit *graph, Double_t xref){
2387   //
2388   // Use constant interpolation outside of range also for spline fits
2389   //
2390   if (!graph) {
2391     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: 0 pointer\n");
2392     return 0;
2393   }
2394   if (graph->GetKnots()<1){
2395     printf("AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst: Empty graph");
2396     return 0;
2397   }
2398   if (xref<graph->GetX()[0]) return graph->GetY0()[0];
2399   if (xref>graph->GetX()[graph->GetKnots()-1]) return graph->GetY0()[graph->GetKnots()-1];
2400   return graph->Eval( xref);
2401 }
2402
2403 Float_t AliTPCcalibDButil::FilterSensor(AliDCSSensor * sensor, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t maxdy,  Double_t sigmaCut){
2404   //
2405   // Filter DCS sensor information
2406   //   ymin     - minimal value
2407   //   ymax     - max value
2408   //   maxdy    - maximal deirivative
2409   //   sigmaCut - cut on values and derivative in terms of RMS distribution
2410   // Return value - accepted fraction
2411   //
2412   // Algorithm:
2413   //
2414   // 0. Calculate median and rms of values in specified range
2415   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2416   //    values replaced by median
2417   //
2418   AliSplineFit * fit    = sensor->GetFit();
2419   if (!fit) return 0.;
2420   Int_t          nknots = fit->GetKnots();
2421   if (nknots==0) {
2422     delete fit;
2423     sensor->SetFit(0);
2424     return 0;
2425   }
2426   //
2427   Double_t *yin0  = new Double_t[nknots];
2428   Double_t *yin1  = new Double_t[nknots];
2429   Int_t naccept=0;
2430
2431   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2432     if (fit->GetY0()[iknot]>ymin && fit->GetY0()[iknot]<ymax){
2433       yin0[naccept]  = fit->GetY0()[iknot];
2434       yin1[naccept]  = fit->GetY1()[iknot];
2435       if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) yin1[naccept]=0;
2436       naccept++;
2437     }
2438   }
2439   if (naccept<1) {
2440     delete fit;
2441     sensor->SetFit(0);
2442     delete [] yin0;
2443     delete [] yin1;
2444     return 0.;
2445   }
2446
2447   Double_t medianY0=0, medianY1=0;
2448   Double_t rmsY0   =0, rmsY1=0;
2449   medianY0 = TMath::Median(naccept, yin0);
2450   medianY1 = TMath::Median(naccept, yin1);
2451   rmsY0    = TMath::RMS(naccept, yin0);
2452   rmsY1    = TMath::RMS(naccept, yin1);
2453   naccept=0;
2454   //
2455   // 1. Filter out outliers - median+-sigmaCut*rms
2456   //    values replaced by median
2457   //    if replaced the derivative set to 0
2458   //
2459   for (Int_t iknot=0; iknot< nknots; iknot++){
2460     Bool_t isOK=kTRUE;
2461     if (TMath::Abs(fit->GetY0()[iknot]-medianY0)>sigmaCut*rmsY0) isOK=kFALSE;
2462     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot]-medianY1)>sigmaCut*rmsY1) isOK=kFALSE;
2463     if (nknots<2) fit->GetY1()[iknot]=0;
2464     if (TMath::Abs(fit->GetY1()[iknot])>maxdy) fit->GetY1()[iknot]=0;
2465     if (!isOK){
2466       fit->GetY0()[iknot]=medianY0;
2467       fit->GetY1()[iknot]=0;
2468     }else{
2469       naccept++;
2470     }
2471   }
2472   delete [] yin0;
2473   delete [] yin1;
2474   return Float_t(naccept)/Float_t(nknots);
2475 }
2476
2477 Float_t  AliTPCcalibDButil::FilterTemperature(AliTPCSensorTempArray *tempArray, Double_t ymin, Double_t ymax, Double_t sigmaCut){
2478   //
2479   // Filter temperature array
2480   // tempArray    - array of temperatures         -
2481   // ymin         - minimal accepted temperature  - default 15
2482   // ymax         - maximal accepted temperature  - default 22
2483   // sigmaCut     - values filtered on interval median+-sigmaCut*rms - defaut 5
2484   // return value - fraction of filtered sensors
2485   const Double_t kMaxDy=0.1;
2486   Int_t nsensors=tempArray->NumSensors();
2487   if (nsensors==0) return 0.;
2488   Int_t naccept=0;
2489   for (Int_t isensor=0; isensor<nsensors; isensor++){
2490     AliDCSSensor *sensor = tempArray->GetSensorNum(isensor);
2491     if (!sensor) continue;
2492     //printf("%d\n",isensor);
2493     FilterSensor(sensor,ymin,ymax,kMaxDy, sigmaCut);
2494     if (sensor->GetFit()==0){
2495       //delete sensor;
2496       tempArray->RemoveSensorNum(isensor);
2497     }else{
2498       naccept++;
2499     }
2500   }
2501   return Float_t(naccept)/Float_t(nsensors);
2502 }
2503
2504
2505 void AliTPCcalibDButil::FilterCE(Double_t deltaT, Double_t cutAbs, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2506   //
2507   // Filter CE data
2508   // Input parameters:
2509   //    deltaT   - smoothing window (in seconds)
2510   //    cutAbs   - max distance of the time info to the median (in time bins)
2511   //    cutSigma - max distance (in the RMS)
2512   //    pcstream - optional debug streamer to store original and filtered info
2513   // Hardwired parameters:
2514   //    kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2515   //    kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2516   // Algorithm:
2517   // 0. Filter almost emty graphs (kMinPoints=10)
2518   // 1. calculate median and RMS per side
2519   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2520   //                  - cutAbs and cutDelta used
2521   // 3. Cut in respect wit the graph median - cutAbs and cutRMS used
2522   // 4. Calculate mean for A side and C side
2523   //
2524   const Int_t kMinPoints =10;       // minimal number of points to define the CE
2525   const Int_t kMinSectors=12;       // minimal number of sectors to define sideCE
2526   const Int_t kMinTime   =400;     // minimal arrival time of CE
2527   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetCErocTtime();
2528   Double_t medianY=0;
2529   TObjArray*  cearray =AliTPCcalibDB::Instance()->GetCEData();
2530   if (!cearray) return;
2531   Double_t tmin=-1;
2532   Double_t tmax=-1;
2533   //
2534   //
2535   AliTPCSensorTempArray *tempMapCE = (AliTPCSensorTempArray *)cearray->FindObject("TempMap");
2536   AliDCSSensor * cavernPressureCE  = (AliDCSSensor *) cearray->FindObject("CavernAtmosPressure");
2537   if ( tempMapCE && cavernPressureCE){
2538     //
2539     //     Bool_t isOK = FilterTemperature(tempMapCE)>0.1;
2540     //     FilterSensor(cavernPressureCE,960,1050,10, 5.);
2541     //     if (cavernPressureCE->GetFit()==0) isOK=kFALSE;
2542     Bool_t isOK=kTRUE;
2543     if (isOK)  {
2544       // recalculate P/T correction map for time of the CE
2545       AliTPCCalibVdrift * driftCalib = new AliTPCCalibVdrift(tempMapCE,cavernPressureCE ,0);
2546       driftCalib->SetName("driftPTCE");
2547       driftCalib->SetTitle("driftPTCE");
2548       cearray->AddLast(driftCalib);
2549     }
2550   }
2551   //
2552   // 0. Filter almost emty graphs
2553   //
2554
2555   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2556     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2557     if (!graph) continue;
2558     graph->Sort();
2559     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2560       arrT->AddAt(0,i);
2561       delete graph;  // delete empty graph
2562       continue;
2563     }
2564     if (tmin<0) tmin = graph->GetX()[0];
2565     if (tmax<0) tmax = graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2566     //
2567     if (tmin>graph->GetX()[0]) tmin=graph->GetX()[0];
2568     if (tmax<graph->GetX()[graph->GetN()-1]) tmax=graph->GetX()[graph->GetN()-1];
2569   }
2570   //
2571   // 1. calculate median and RMS per side
2572   //
2573   TArrayF arrA(100000), arrC(100000);
2574   Int_t nA=0, nC=0;
2575   Double_t medianA=0, medianC=0;
2576   Double_t rmsA=0, rmsC=0;
2577   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2578     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2579     if (!graph) continue;
2580     for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2581       if (graph->GetY()[ipoint]<kMinTime) continue;
2582       if (nA>=arrA.fN) arrA.Set(nA*2);
2583       if (nC>=arrC.fN) arrC.Set(nC*2);
2584       if (isec%36<18)  arrA[nA++]= graph->GetY()[ipoint];
2585       if (isec%36>=18) arrC[nC++]= graph->GetY()[ipoint];
2586     }
2587   }
2588   if (nA>0){
2589     medianA=TMath::Median(nA,arrA.fArray);
2590     rmsA   =TMath::RMS(nA,arrA.fArray);
2591   }
2592   if (nC>0){
2593     medianC=TMath::Median(nC,arrC.fArray);
2594     rmsC   =TMath::RMS(nC,arrC.fArray);
2595   }
2596   //
2597   // 2. Filter graphs - in respect with side medians
2598   //
2599   TArrayD vecX(100000), vecY(100000);
2600   for (Int_t isec=0; isec<72;isec++){
2601     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(isec);
2602     if (!graph) continue;
2603     Double_t median = (isec%36<18) ? medianA: medianC;
2604     Double_t rms    = (isec%36<18) ? rmsA:    rmsC;
2605     Int_t naccept=0;
2606     //    for (Int_t ipoint=kMinPoints-1; ipoint<graph->GetN();ipoint++){ //not neccessary to remove first points
2607     for (Int_t ipoint=0; ipoint<graph->GetN();ipoint++){
2608       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutAbs) continue;
2609       if (TMath::Abs(graph->GetY()[ipoint]-median)>cutSigma*rms) continue;
2610       vecX[naccept]= graph->GetX()[ipoint];
2611       vecY[naccept]= graph->GetY()[ipoint];
2612       naccept++;
2613     }
2614     if (naccept<kMinPoints){
2615       arrT->AddAt(0,isec);
2616       delete graph;  // delete empty graph
2617       continue;
2618     }
2619     TGraph *graph2 = new TGraph(naccept, vecX.fArray, vecY.fArray);
2620     delete graph;
2621     arrT->AddAt(graph2,isec);
2622   }
2623   //
2624   // 3. Cut in respect wit the graph median
2625   //
2626   for (Int_t i=0; i<72;i++){
2627     TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2628     if (!graph) continue;
2629     //
2630     // filter in range
2631     //
2632     TGraph* graphTS0= FilterGraphMedianAbs(graph,cutAbs,medianY);
2633     if (!graphTS0) continue;
2634     if (graphTS0->GetN()<kMinPoints) {
2635       delete graphTS0;
2636       delete graph;
2637       arrT->AddAt(0,i);
2638       continue;
2639     }
2640     TGraph* graphTS= FilterGraphMedian(graphTS0,cutSigma,medianY);
2641     if (!graphTS) continue;
2642     graphTS->Sort();
2643     AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphTS,deltaT);
2644     if (pcstream){
2645       Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2646       (*pcstream)<<"filterCE"<<
2647         "run="<<run<<
2648         "isec="<<i<<
2649         "mY="<<medianY<<
2650         "graph.="<<graph<<
2651         "graphTS0.="<<graphTS0<<
2652         "graphTS.="<<graphTS<<
2653         "\n";
2654     }
2655     delete graphTS0;
2656     arrT->AddAt(graphTS,i);
2657     delete graph;
2658   }
2659   //
2660   // Recalculate the mean time A side C side
2661   //
2662   TArrayF xA(200), yA(200), eA(200), xC(200),yC(200), eC(200);
2663   Int_t meanPoints=(nA+nC)/72;  // mean number of points
2664   for (Int_t itime=0; itime<200; itime++){
2665     nA=0, nC=0;
2666     Double_t time=tmin+(tmax-tmin)*Float_t(itime)/200.;
2667     for (Int_t i=0; i<72;i++){
2668       TGraph *graph= (TGraph*)arrT->At(i);
2669       if (!graph) continue;
2670       if (graph->GetN()<(meanPoints/4)) continue;
2671       if ( (i%36)<18 )  arrA[nA++]=graph->Eval(time);
2672       if ( (i%36)>=18 ) arrC[nC++]=graph->Eval(time);
2673     }
2674     xA[itime]=time;
2675     xC[itime]=time;
2676     yA[itime]=(nA>0)? TMath::Mean(nA,arrA.fArray):0;
2677     yC[itime]=(nC>0)? TMath::Mean(nC,arrC.fArray):0;
2678     eA[itime]=(nA>0)? TMath::RMS(nA,arrA.fArray):0;
2679     eC[itime]=(nC>0)? TMath::RMS(nC,arrC.fArray):0;
2680   }
2681   //
2682   Double_t rmsTA = TMath::RMS(200,yA.fArray)+TMath::Mean(200,eA.fArray);
2683   Double_t rmsTC = TMath::RMS(200,yC.fArray)+TMath::Mean(200,eC.fArray);
2684   if (pcstream){
2685     Int_t run = AliTPCcalibDB::Instance()->GetRun();
2686     (*pcstream)<<"filterAC"<<
2687       "run="<<run<<
2688       "nA="<<nA<<
2689       "nC="<<nC<<
2690       "rmsTA="<<rmsTA<<
2691       "rmsTC="<<rmsTC<<
2692       "\n";
2693   }
2694   //
2695   TGraphErrors *grA = new TGraphErrors(200,xA.fArray,yA.fArray,0, eA.fArray);
2696   TGraphErrors *grC = new TGraphErrors(200,xC.fArray,yC.fArray,0, eC.fArray);
2697   TGraph* graphTSA= FilterGraphMedian(grA,cutSigma,medianY);
2698   if (graphTSA&&graphTSA->GetN()) SmoothGraph(graphTSA,deltaT);
2699   TGraph* graphTSC= FilterGraphMedian(grC,cutSigma,medianY);
2700   if (graphTSC&&graphTSC->GetN()>0) SmoothGraph(graphTSC,deltaT);
2701   delete grA;
2702   delete grC;
2703   if (nA<kMinSectors) arrT->AddAt(0,72);
2704   else arrT->AddAt(graphTSA,72);
2705   if (nC<kMinSectors) arrT->AddAt(0,73);
2706   else arrT->AddAt(graphTSC,73);
2707 }
2708
2709
2710 void AliTPCcalibDButil::FilterTracks(Int_t run, Double_t cutSigma, TTreeSRedirector * const pcstream){
2711   //
2712   // Filter Drift velocity measurement using the tracks
2713   // 0.  remove outlyers - error based
2714   //     cutSigma
2715   //
2716   //
2717   const Int_t kMinPoints=1;  // minimal number of points to define value
2718   TObjArray *arrT=AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2719   Double_t medianY=0;
2720   if (!arrT) return;
2721   for (Int_t i=0; i<arrT->GetEntries();i++){
2722     TGraphErrors *graph= dynamic_cast<TGraphErrors*>(arrT->At(i));
2723     if (!graph) continue;
2724     if (graph->GetN()<kMinPoints){
2725       delete graph;
2726       arrT->AddAt(0,i);
2727       continue;
2728     }
2729     TGraphErrors *graph2 = NULL;
2730     if(graph->GetN()<10) {
2731       graph2 = new TGraphErrors(graph->GetN(),graph->GetX(),graph->GetY(),graph->GetEX(),graph->GetEY());
2732       if (!graph2) {
2733         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2734       }
2735     }
2736     else {
2737       graph2= FilterGraphMedianErr(graph,cutSigma,medianY);
2738       if (!graph2) {
2739         delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2740       }
2741     }
2742     if (graph2->GetN()<1) {
2743       delete graph; arrT->AddAt(0,i); continue;
2744     }
2745     graph2->SetName(graph->GetName());
2746     graph2->SetTitle(graph->GetTitle());
2747     arrT->AddAt(graph2,i);
2748     if (pcstream){
2749       (*pcstream)<<"filterTracks"<<
2750         "run="<<run<<
2751         "isec="<<i<<
2752         "mY="<<medianY<<
2753         "graph.="<<graph<<
2754         "graph2.="<<graph2<<
2755         "\n";
2756     }
2757     delete graph;
2758   }
2759 }
2760
2761
2762
2763
2764
2765 Double_t AliTPCcalibDButil::GetLaserTime0(Int_t run, Int_t timeStamp, Int_t deltaT, Int_t side){
2766   //
2767   //
2768   // get laser time offset
2769   // median around timeStamp+-deltaT
2770   // QA - chi2 needed for later usage - to be added
2771   //    - currently cut on error
2772   //
2773   Int_t kMinPoints=1;
2774   Double_t kMinDelay=0.01;
2775   Double_t kMinDelayErr=0.0001;
2776
2777   TObjArray *array =AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeVdriftSplineRun(run);
2778   if (!array) return 0;
2779   TGraphErrors *tlaser=0;
2780   if (array){
2781     if (side==0) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_A");
2782     if (side==1) tlaser=(TGraphErrors*)array->FindObject("GRAPH_MEAN_DELAY_LASER_ALL_C");
2783   }
2784   if (!tlaser) return 0;
2785   Int_t npoints0= tlaser->GetN();
2786   if (npoints0==0) return 0;
2787   Double_t *xlaser = new Double_t[npoints0];
2788   Double_t *ylaser = new Double_t[npoints0];
2789   Int_t npoints=0;
2790   for (Int_t i=0;i<npoints0;i++){
2791     //printf("%d\n",i);
2792     if (tlaser->GetY()[i]<=kMinDelay) continue; // filter zeros
2793     if (tlaser->GetErrorY(i)>TMath::Abs(kMinDelayErr)) continue;
2794     xlaser[npoints]=tlaser->GetX()[npoints];
2795     ylaser[npoints]=tlaser->GetY()[npoints];
2796     npoints++;
2797   }
2798   //
2799   //
2800   Int_t index0=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp-deltaT))-1;
2801   Int_t index1=TMath::BinarySearch(npoints, xlaser, Double_t(timeStamp+deltaT))+1;
2802   //if (index1-index0 <kMinPoints) { index1+=kMinPoints; index0-=kMinPoints;}
2803   if (index0<0) index0=0;
2804   if (index1>=npoints-1) index1=npoints-1;
2805   if (index1-index0<kMinPoints) {
2806     delete [] ylaser;
2807     delete [] xlaser;
2808     return 0;
2809   }
2810   //
2811   //Double_t median = TMath::Median(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2812     Double_t mean = TMath::Mean(index1-index0, &(ylaser[index0]));
2813   delete [] ylaser;
2814   delete [] xlaser;
2815   return mean;
2816 }
2817
2818
2819
2820
2821 void AliTPCcalibDButil::FilterGoofie(AliDCSSensorArray * goofieArray, Double_t deltaT, Double_t cutSigma, Double_t minVd, Double_t maxVd, TTreeSRedirector * const pcstream){
2822   //
2823   // Filter Goofie data
2824   // goofieArray - points will be filtered
2825   // deltaT      - smmothing time window
2826   // cutSigma    - outler sigma cut in rms
2827   // minVn, maxVd- range absolute cut for variable vd/pt
2828   //             - to be tuned
2829   //
2830   // Ignore goofie if not enough points
2831   //
2832   const Int_t kMinPoints = 3;
2833   //
2834
2835   TGraph *graphvd = goofieArray->GetSensorNum(2)->GetGraph();
2836   TGraph *graphan = goofieArray->GetSensorNum(8)->GetGraph();
2837   TGraph *graphaf = goofieArray->GetSensorNum(9)->GetGraph();
2838   TGraph *graphpt = goofieArray->GetSensorNum(15)->GetGraph();
2839   if (!graphvd) return;
2840   if (graphvd->GetN()<kMinPoints){
2841     delete graphvd;
2842     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2843     return;
2844   }
2845   //
2846   // 1. Caluclate medians of critical variables
2847   //    drift velcocity
2848   //    P/T
2849   //    area near peak
2850   //    area far  peak
2851   //
2852   Double_t medianpt=0;
2853   Double_t medianvd=0, sigmavd=0;
2854   Double_t medianan=0;
2855   Double_t medianaf=0;
2856   Int_t    entries=graphvd->GetN();
2857   Double_t yvdn[10000];
2858   Int_t nvd=0;
2859   //
2860   for (Int_t ipoint=0; ipoint<entries; ipoint++){
2861     if (graphpt->GetY()[ipoint]<=0.0000001) continue;
2862     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]<minVd) continue;
2863     if (graphvd->GetY()[ipoint]/graphpt->GetY()[ipoint]>maxVd) continue;
2864     yvdn[nvd++]=graphvd->GetY()[ipoint];
2865   }
2866   if (nvd<kMinPoints){
2867     delete graphvd;
2868     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2869     return;
2870   }
2871   //
2872   Int_t nuni = TMath::Min(TMath::Nint(nvd*0.4+2), nvd-1);
2873   if (nuni>=kMinPoints){
2874     AliMathBase::EvaluateUni(nvd, yvdn, medianvd,sigmavd,nuni);
2875   }else{
2876     medianvd = TMath::Median(nvd, yvdn);
2877   }
2878
2879   TGraph * graphpt0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphpt,10,medianpt);
2880   TGraph * graphpt1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphpt0,2,medianpt);
2881   TGraph * graphan0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphan,10,medianan);
2882   TGraph * graphan1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphan0,2,medianan);
2883   TGraph * graphaf0 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedianAbs(graphaf,10,medianaf);
2884   TGraph * graphaf1 = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphaf0,2,medianaf);
2885   delete graphpt0;
2886   delete graphpt1;
2887   delete graphan0;
2888   delete graphan1;
2889   delete graphaf0;
2890   delete graphaf1;
2891   //
2892   // 2. Make outlyer graph
2893   //
2894   Int_t nOK=0;
2895   TGraph graphOut(*graphvd);
2896   for (Int_t i=0; i<entries;i++){
2897     //
2898     Bool_t isOut=kFALSE;
2899     if (graphpt->GetY()[i]<=0.0000001) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2900     if (graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]<minVd || graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i]>maxVd) {  graphOut.GetY()[i]=1; continue;}
2901
2902     if (TMath::Abs((graphvd->GetY()[i]/graphpt->GetY()[i])/medianvd-1.)<0.05)
2903       isOut|=kTRUE;
2904     if (TMath::Abs(graphpt->GetY()[i]/medianpt-1.)>0.02) isOut|=kTRUE;
2905     if (TMath::Abs(graphan->GetY()[i]/medianan-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2906     if (TMath::Abs(graphaf->GetY()[i]/medianaf-1.)>0.2) isOut|=kTRUE;
2907     graphOut.GetY()[i]= (isOut)?1:0;
2908     if (!isOut) nOK++;
2909   }
2910   if (nOK<kMinPoints) {
2911     delete graphvd;
2912     goofieArray->GetSensorNum(2)->SetGraph(0);
2913     return;
2914   }
2915   //
2916   // 3. Filter out outlyers - and smooth
2917   //
2918   TVectorF vmedianArray(goofieArray->NumSensors());
2919   TVectorF vrmsArray(goofieArray->NumSensors());
2920   Double_t xnew[10000];
2921   Double_t ynew[10000];
2922   TObjArray junk;
2923   junk.SetOwner(kTRUE);
2924   Bool_t isOK=kTRUE;
2925   //
2926   //
2927   for (Int_t isensor=0; isensor<goofieArray->NumSensors();isensor++){
2928     isOK=kTRUE;
2929     AliDCSSensor *sensor = goofieArray->GetSensorNum(isensor);
2930     TGraph *graphOld=0, *graphNew=0, * graphNew0=0,*graphNew1=0,*graphNew2=0;
2931     //
2932     if (!sensor) continue;
2933     graphOld = sensor->GetGraph();
2934     if (graphOld) {
2935       sensor->SetGraph(0);
2936       Int_t nused=0;
2937       for (Int_t i=0;i<entries;i++){
2938         if (graphOut.GetY()[i]>0.5) continue;
2939         xnew[nused]=graphOld->GetX()[i];
2940         ynew[nused]=graphOld->GetY()[i];
2941         nused++;
2942       }
2943       graphNew = new TGraph(nused,xnew,ynew);
2944       junk.AddLast(graphNew);
2945       junk.AddLast(graphOld);
2946       Double_t median=0;
2947       graphNew0  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew,cutSigma,median);
2948       if (graphNew0!=0){
2949         junk.AddLast(graphNew0);
2950         graphNew1  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew0,cutSigma,median);
2951         if (graphNew1!=0){
2952           junk.AddLast(graphNew1);
2953           graphNew2  = AliTPCcalibDButil::FilterGraphMedian(graphNew1,cutSigma,median);
2954           if (graphNew2!=0) {
2955             vrmsArray[isensor]   =TMath::RMS(graphNew2->GetN(),graphNew2->GetY());
2956             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2957             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2958             AliTPCcalibDButil::SmoothGraph(graphNew2,deltaT);
2959             printf("%d\t%f\t%f\n",isensor, median,vrmsArray[isensor]);
2960             vmedianArray[isensor]=median;
2961             //
2962           }
2963         }
2964       }
2965     }
2966     if (!graphOld) {  isOK=kFALSE; graphOld =&graphOut;}
2967     if (!graphNew0) { isOK=kFALSE; graphNew0=graphOld;}
2968     if (!graphNew1) { isOK=kFALSE; graphNew1=graphOld;}
2969     if (!graphNew2) { isOK=kFALSE; graphNew2=graphOld;}
2970     (*pcstream)<<"goofieA"<<
2971       Form("isOK_%d.=",isensor)<<isOK<<
2972       Form("s_%d.=",isensor)<<sensor<<
2973       Form("gr_%d.=",isensor)<<graphOld<<
2974       Form("gr0_%d.=",isensor)<<graphNew0<<
2975       Form("gr1_%d.=",isensor)<<graphNew1<<
2976       Form("gr2_%d.=",isensor)<<graphNew2;
2977     if (isOK) sensor->SetGraph(graphNew2);
2978   }
2979   (*pcstream)<<"goofieA"<<
2980     "vmed.="<<&vmedianArray<<
2981     "vrms.="<<&vrmsArray<<
2982     "\n";
2983   junk.Delete();   // delete temoprary graphs
2984
2985 }
2986
2987
2988
2989
2990
2991 TMatrixD* AliTPCcalibDButil::MakeStatRelKalman(TObjArray * const array, Float_t minFraction, Int_t minStat, Float_t maxvd){
2992   //
2993   // Make a statistic matrix
2994   // Input parameters:
2995   //   array        - TObjArray of AliRelKalmanAlign
2996   //   minFraction  - minimal ration of accepted tracks
2997   //   minStat      - minimal statistic (number of accepted tracks)
2998   //   maxvd        - maximal deviation for the 1
2999   // Output matrix:
3000   //    columns    - Mean, Median, RMS
3001   //    row        - parameter type (rotation[3], translation[3], drift[3])
3002   if (!array) return 0;
3003   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
3004   //  Int_t entries = array->GetEntries();
3005   Int_t entriesFast = array->GetEntriesFast();
3006   TVectorD state(9);
3007   TVectorD *valArray[9];
3008   for (Int_t i=0; i<9; i++){
3009     valArray[i] = new TVectorD(entriesFast);
3010   }
3011   Int_t naccept=0;
3012   for (Int_t ikalman=0; ikalman<entriesFast; ikalman++){
3013     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(ikalman);
3014     if (!kalman) continue;
3015     if (TMath::Abs(kalman->GetTPCvdCorr()-1)>maxvd) continue;
3016     if (kalman->GetNUpdates()<minStat) continue;
3017     if (kalman->GetNUpdates()/kalman->GetNTracks()<minFraction) continue;
3018     kalman->GetState(state);
3019     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++)
3020       (*valArray[ipar])[naccept]=state[ipar];
3021     naccept++;
3022   }
3023   //if (naccept<2) return 0;
3024   if (naccept<1) return 0;
3025   TMatrixD *pstat=new TMatrixD(9,3);
3026   TMatrixD &stat=*pstat;
3027   for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3028     stat(ipar,0)=TMath::Mean(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3029     stat(ipar,1)=TMath::Median(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3030     stat(ipar,2)=TMath::RMS(naccept, valArray[ipar]->GetMatrixArray());
3031   }
3032   return pstat;
3033 }
3034
3035
3036 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const array, const TMatrixD & stat, Bool_t direction, Float_t sigmaCut){
3037   //
3038   // Smooth the array of AliRelKalmanAlign - detector alignment and drift calibration)
3039   // Input:
3040   //   array     - input array
3041   //   stat      - mean parameters statistic
3042   //   direction -
3043   //   sigmaCut  - maximal allowed deviation from mean in terms of RMS
3044   if (!array) return 0;
3045   if (array->GetEntries()<=0) return 0;
3046   if (!(&stat)) return 0;
3047   // error increase in 1 hour
3048   const Double_t kerrsTime[9]={
3049     0.00001,  0.00001, 0.00001,
3050     0.001,    0.001,   0.001,
3051     0.002,  0.01,   0.001};
3052   //
3053   //
3054   Int_t entries = array->GetEntriesFast();
3055   TObjArray *sArray= new TObjArray(entries);
3056   AliRelAlignerKalman * sKalman =0;
3057   TVectorD state(9);
3058   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
3059     Int_t index=(direction)? entries-i-1:i;
3060     AliRelAlignerKalman * kalman = (AliRelAlignerKalman *) array->UncheckedAt(index);
3061     if (!kalman) continue;
3062     Bool_t isOK=kTRUE;
3063     kalman->GetState(state);
3064     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3065       if (TMath::Abs(state[ipar]-stat(ipar,1))>sigmaCut*stat(ipar,2)) isOK=kFALSE;
3066     }
3067     if (!sKalman &&isOK) {
3068       sKalman=new AliRelAlignerKalman(*kalman);
3069       sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
3070       sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3071       sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
3072     }
3073     if (!sKalman) continue;
3074     Double_t deltaT=TMath::Abs(Int_t(kalman->GetTimeStamp())-Int_t(sKalman->GetTimeStamp()))/3600.;
3075     for (Int_t ipar=0; ipar<9; ipar++){
3076 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(6,6)+=deltaT*errvd*errvd;
3077 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(7,7)+=deltaT*errt0*errt0;
3078 //       (*(sKalman->GetStateCov()))(8,8)+=deltaT*errvy*errvy;
3079       (*(sKalman->GetStateCov()))(ipar,ipar)+=deltaT*kerrsTime[ipar]*kerrsTime[ipar];
3080     }
3081     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3082     if (!isOK) sKalman->SetRunNumber(0);
3083     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3084     if (!isOK) continue;
3085     sKalman->SetRejectOutliers(kFALSE);
3086     sKalman->SetRunNumber(kalman->GetRunNumber());
3087     sKalman->SetTimeStamp(kalman->GetTimeStamp());
3088     sKalman->Merge(kalman);
3089     sArray->AddAt(new AliRelAlignerKalman(*sKalman),index);
3090     //sKalman->Print();
3091   }
3092   return sArray;
3093 }
3094
3095 TObjArray *AliTPCcalibDButil::SmoothRelKalman(TObjArray * const arrayP, TObjArray * const arrayM){
3096   //
3097   // Merge 2 RelKalman arrays
3098   // Input:
3099   //   arrayP    - rel kalman in direction plus
3100   //   arrayM    - rel kalman in direction minus
3101   if (!arrayP) return 0;
3102   if (arrayP->GetEntries()<=0) return 0;
3103   if (!arrayM) return 0;
3104   if (arrayM->GetEntries()<=0) return 0;
3105
3106   Int_t entries = arrayP->GetEntriesFast();
3107   TObjArray *array = new TObjArray(arrayP->GetEntriesFast());
3108
3109   for (Int_t i=0; i<entries; i++){
3110      AliRelAlignerKalman * kalmanP = (AliRelAlignerKalman *) arrayP->UncheckedAt(i);
3111      AliRelAlignerKalman * kalmanM = (AliRelAlignerKalman *) arrayM->UncheckedAt(i);
3112      if (!kalmanP) continue;
3113      if (!kalmanM) continue;
3114
3115      AliRelAlignerKalman *kalman = NULL;
3116      if(kalmanP->GetRunNumber() != 0 && kalmanM->GetRunNumber() != 0) {
3117        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanP);
3118        kalman->Merge(kalmanM);
3119      }
3120      else if (kalmanP->GetRunNumber() == 0) {
3121        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanM);
3122      }
3123      else if (kalmanM->GetRunNumber() == 0) {
3124        kalman = new AliRelAlignerKalman(*kalmanP);
3125      }
3126      else
3127        continue;
3128
3129      array->AddAt(kalman,i);
3130   }
3131
3132   return array;
3133 }