TPC/AliTPCclustererMI.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 //-------------------------------------------------------
  19 //          Implementation of the TPC clusterer
  20 //
  21 //  1. The Input data for reconstruction - Options
  22 //      1.a Simulated data  - TTree - invoked Digits2Clusters()
  23 //      1.b Raw data        - Digits2Clusters(AliRawReader* rawReader);
  24 //
  25 //  2. The Output data
  26 //      2.a TTree with clusters - if  SetOutput(TTree * tree) invoked
  27 //      2.b TObjArray           - Faster option for HLT
  28 //
  29 //  3. Reconstruction setup
  30 //     see AliTPCRecoParam for list of parameters
  31 //     The reconstruction parameterization taken from the
  32 //     AliTPCReconstructor::GetRecoParam()
  33 //     Possible to setup it in reconstruction macro  AliTPCReconstructor::SetRecoParam(...)
  34 //
  35 //
  36 //
  37 //   Origin: Marian Ivanov
  38 //-------------------------------------------------------
  39
  40 #include "Riostream.h"
  41 #include <TF1.h>
  42 #include <TFile.h>
  43 #include <TGraph.h>
  44 #include <TH1F.h>
  45 #include <TObjArray.h>
  46 #include <TRandom.h>
  47 #include <TTree.h>
  48 #include <TTreeStream.h>
  49
  50 #include "AliDigits.h"
  51 #include "AliLoader.h"
  52 #include "AliLog.h"
  53 #include "AliMathBase.h"
  54 #include "AliRawEventHeaderBase.h"
  55 #include "AliRawReader.h"
  56 #include "AliRunLoader.h"
  57 #include "AliSimDigits.h"
  58 #include "AliTPCCalPad.h"
  59 #include "AliTPCCalROC.h"
  60 #include "AliTPCClustersArray.h"
  61 #include "AliTPCClustersRow.h"
  62 #include "AliTPCParam.h"
  63 #include "AliTPCRawStream.h"
  64 #include "AliTPCRecoParam.h"
  65 #include "AliTPCReconstructor.h"
  66 #include "AliTPCcalibDB.h"
  67 #include "AliTPCclusterInfo.h"
  68 #include "AliTPCclusterMI.h"
  69 #include "AliTPCTransform.h"
  70 #include "AliTPCclustererMI.h"
  71
  72 ClassImp(AliTPCclustererMI)
  73
  74
  75
  76 AliTPCclustererMI::AliTPCclustererMI(const AliTPCParam* par, const AliTPCRecoParam * recoParam):
  77   fBins(0),
  78   fSigBins(0),
  79   fNSigBins(0),
  80   fLoop(0),
  81   fMaxBin(0),
  82   fMaxTime(0),
  83   fMaxPad(0),
  84   fSector(-1),
  85   fRow(-1),
  86   fSign(0),
  87   fRx(0),
  88   fPadWidth(0),
  89   fPadLength(0),
  90   fZWidth(0),
  91   fPedSubtraction(kFALSE),
  92   fEventHeader(0),
  93   fTimeStamp(0),
  94   fEventType(0),
  95   fInput(0),
  96   fOutput(0),
  97   fOutputArray(0),
  98   fRowCl(0),
  99   fRowDig(0),
 100   fParam(0),
 101   fNcluster(0),
 102   fDebugStreamer(0),
 103   fRecoParam(0),
 104   fBDumpSignal(kFALSE)
 105 {
 106   //
 107   // COSNTRUCTOR
 108   // param     - tpc parameters for given file
 109   // recoparam - reconstruction parameters
 110   //
 111   fInput =0;
 112   fParam = par;
 113   if (recoParam) {
 114     fRecoParam = recoParam;
 115   }else{
 116     //set default parameters if not specified
 117     fRecoParam = AliTPCReconstructor::GetRecoParam();
 118     if (!fRecoParam)  fRecoParam = AliTPCRecoParam::GetLowFluxParam();
 119   }
 120   fDebugStreamer = new TTreeSRedirector("TPCsignal.root");
 121   Int_t nPoints = fRecoParam->GetLastBin()-fRecoParam->GetFirstBin();
 122   fRowCl= new AliTPCClustersRow();
 123   fRowCl->SetClass("AliTPCclusterMI");
 124   fRowCl->SetArray(1);
 125
 126 }
 127 //______________________________________________________________
 128 AliTPCclustererMI::AliTPCclustererMI(const AliTPCclustererMI &param)
 129               :TObject(param),
 130   fBins(0),
 131   fSigBins(0),
 132   fNSigBins(0),
 133   fLoop(0),
 134   fMaxBin(0),
 135   fMaxTime(0),
 136   fMaxPad(0),
 137   fSector(-1),
 138   fRow(-1),
 139   fSign(0),
 140   fRx(0),
 141   fPadWidth(0),
 142   fPadLength(0),
 143   fZWidth(0),
 144   fPedSubtraction(kFALSE),
 145   fEventHeader(0),
 146   fTimeStamp(0),
 147   fEventType(0),
 148   fInput(0),
 149   fOutput(0),
 150   fOutputArray(0),
 151   fRowCl(0),
 152   fRowDig(0),
 153   fParam(0),
 154   fNcluster(0),
 155   fDebugStreamer(0),
 156   fRecoParam(0),
 157   fBDumpSignal(kFALSE)
 158 {
 159   //
 160   // dummy
 161   //
 162   fMaxBin = param.fMaxBin;
 163 }
 164 //______________________________________________________________
 165 AliTPCclustererMI & AliTPCclustererMI::operator =(const AliTPCclustererMI & param)
 166 {
 167   //
 168   // assignment operator - dummy
 169   //
 170   fMaxBin=param.fMaxBin;
 171   return (*this);
 172 }
 173 //______________________________________________________________
 174 AliTPCclustererMI::~AliTPCclustererMI(){
 175   //
 176   //
 177   //
 178   if (fDebugStreamer) delete fDebugStreamer;
 179   if (fOutputArray){
 180     //fOutputArray->Delete();
 181     delete fOutputArray;
 182   }
 183 }
 184
 185 void AliTPCclustererMI::SetInput(TTree * tree)
 186 {
 187   //
 188   // set input tree with digits
 189   //
 190   fInput = tree;
 191   if  (!fInput->GetBranch("Segment")){
 192     cerr<<"AliTPC::Digits2Clusters(): no porper input tree !\n";
 193     fInput=0;
 194     return;
 195   }
 196 }
 197
 198 void AliTPCclustererMI::SetOutput(TTree * tree)
 199 {
 200   //
 201   // Set the output tree
 202   // If not set the ObjArray used - Option for HLT
 203   //
 204   if (!tree) return;
 205   fOutput= tree;
 206   AliTPCClustersRow clrow;
 207   AliTPCClustersRow *pclrow=&clrow;
 208   clrow.SetClass("AliTPCclusterMI");
 209   clrow.SetArray(1); // to make Clones array
 210   fOutput->Branch("Segment","AliTPCClustersRow",&pclrow,32000,200);
 211 }
 212
 213
 214 void AliTPCclustererMI::FillRow(){
 215   //
 216   // fill the output container -
 217   // 2 Options possible
 218   //          Tree
 219   //          TObjArray
 220   //
 221   if (fOutput) fOutput->Fill();
 222   if (!fOutput){
 223     //
 224     if (!fOutputArray) fOutputArray = new TObjArray(fParam->GetNRowsTotal());
 225     if (fRowCl) fOutputArray->AddAt(fRowCl->Clone(), fRowCl->GetID());
 226   }
 227 }
 228
 229 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaY2(Int_t iz){
 230   // sigma y2 = in digits  - we don't know the angle
 231   Float_t z = iz*fParam->GetZWidth()+fParam->GetNTBinsL1()*fParam->GetZWidth();
 232   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/
 233     (fPadWidth*fPadWidth);
 234   Float_t sres = 0.25;
 235   Float_t res = sd2+sres;
 236   return res;
 237 }
 238
 239
 240 Float_t  AliTPCclustererMI::GetSigmaZ2(Int_t iz){
 241   //sigma z2 = in digits - angle estimated supposing vertex constraint
 242   Float_t z = iz*fZWidth+fParam->GetNTBinsL1()*fParam->GetZWidth();
 243   Float_t sd2 = (z*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL())/(fZWidth*fZWidth);
 244   Float_t angular = fPadLength*(fParam->GetZLength(fSector)-z)/(fRx*fZWidth);
 245   angular*=angular;
 246   angular/=12.;
 247   Float_t sres = fParam->GetZSigma()/fZWidth;
 248   sres *=sres;
 249   Float_t res = angular +sd2+sres;
 250   return res;
 251 }
 252
 253 void AliTPCclustererMI::MakeCluster(Int_t k,Int_t max,Float_t *bins, UInt_t /*m*/,
 254 AliTPCclusterMI &c)
 255 {
 256   //
 257   //  k    - Make cluster at position k
 258   //  bins - 2 D array of signals mapped to 1 dimensional array -
 259   //  max  - the number of time bins er one dimension
 260   //  c    - refernce to cluster to be filled
 261   //
 262   Int_t i0=k/max;  //central pad
 263   Int_t j0=k%max;  //central time bin
 264
 265   // set pointers to data
 266   //Int_t dummy[5] ={0,0,0,0,0};
 267   Float_t * matrix[5]; //5x5 matrix with digits  - indexing i = 0 ..4  j = -2..2
 268   for (Int_t di=-2;di<=2;di++){
 269     matrix[di+2]  =  &bins[k+di*max];
 270   }
 271   //build matrix with virtual charge
 272   Float_t sigmay2= GetSigmaY2(j0);
 273   Float_t sigmaz2= GetSigmaZ2(j0);
 274
 275   Float_t vmatrix[5][5];
 276   vmatrix[2][2] = matrix[2][0];
 277   c.SetType(0);
 278   c.SetMax((UShort_t)(vmatrix[2][2])); // write maximal amplitude
 279   for (Int_t di =-1;di <=1;di++)
 280     for (Int_t dj =-1;dj <=1;dj++){
 281       Float_t amp = matrix[di+2][dj];
 282       if ( (amp<2) && (fLoop<2)){
 283         // if under threshold  - calculate virtual charge
 284         Float_t ratio = TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(di)/sigmay2)*TMath::Exp(-1.2*TMath::Abs(dj)/sigmaz2);
 285         amp = ((matrix[2][0]-2)*(matrix[2][0]-2)/(matrix[-di+2][-dj]+2))*ratio;
 286         if (amp>2) amp = 2;
 287         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 288         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;
 289         if ( (di*dj)!=0){
 290           //DIAGONAL ELEMENTS
 291           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 292           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 293         }
 294         continue;
 295       }
 296       if (amp<4){
 297         //if small  amplitude - below  2 x threshold  - don't consider other one
 298         vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 299         vmatrix[2+2*di][2+2*dj]=0;  // don't take to the account next bin
 300         if ( (di*dj)!=0){
 301           //DIAGONAL ELEMENTS
 302           vmatrix[2+2*di][2+dj] =0;
 303           vmatrix[2+di][2+2*dj] =0;
 304         }
 305         continue;
 306       }
 307       //if bigger then take everything
 308       vmatrix[2+di][2+dj]=amp;
 309       vmatrix[2+2*di][2+2*dj]= matrix[2*di+2][2*dj] ;
 310       if ( (di*dj)!=0){
 311           //DIAGONAL ELEMENTS
 312           vmatrix[2+2*di][2+dj] = matrix[2*di+2][dj];
 313           vmatrix[2+di][2+2*dj] = matrix[2+di][dj*2];
 314         }
 315     }
 316
 317
 318
 319   Float_t sumw=0;
 320   Float_t sumiw=0;
 321   Float_t sumi2w=0;
 322   Float_t sumjw=0;
 323   Float_t sumj2w=0;
 324   //
 325   for (Int_t i=-2;i<=2;i++)
 326     for (Int_t j=-2;j<=2;j++){
 327       Float_t amp = vmatrix[i+2][j+2];
 328
 329       sumw    += amp;
 330       sumiw   += i*amp;
 331       sumi2w  += i*i*amp;
 332       sumjw   += j*amp;
 333       sumj2w  += j*j*amp;
 334     }
 335   //
 336   Float_t meani = sumiw/sumw;
 337   Float_t mi2   = sumi2w/sumw-meani*meani;
 338   Float_t meanj = sumjw/sumw;
 339   Float_t mj2   = sumj2w/sumw-meanj*meanj;
 340   //
 341   Float_t ry = mi2/sigmay2;
 342   Float_t rz = mj2/sigmaz2;
 343
 344   //
 345   if ( ( (ry<0.6) || (rz<0.6) ) && fLoop==2) return;
 346   if ( (ry <1.2) && (rz<1.2) || (!fRecoParam->GetDoUnfold())) {
 347     //
 348     //if cluster looks like expected or Unfolding not switched on
 349     //standard COG is used
 350     //+1.2 deviation from expected sigma accepted
 351     //    c.fMax = FitMax(vmatrix,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 352
 353     meani +=i0;
 354     meanj +=j0;
 355     //set cluster parameters
 356     c.SetQ(sumw);
 357     c.SetPad(meani-2.5);
 358     c.SetTimeBin(meanj-3);
 359     c.SetSigmaY2(mi2);
 360     c.SetSigmaZ2(mj2);
 361     c.SetType(0);
 362     AddCluster(c,(Float_t*)vmatrix,k);
 363     return;
 364   }
 365   //
 366   //unfolding when neccessary
 367   //
 368
 369   Float_t * matrix2[7]; //7x7 matrix with digits  - indexing i = 0 ..6  j = -3..3
 370   Float_t dummy[7]={0,0,0,0,0,0};
 371   for (Int_t di=-3;di<=3;di++){
 372     matrix2[di+3] =  &bins[k+di*max];
 373     if ((k+di*max)<3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 374     if ((k+di*max)>fMaxBin-3)  matrix2[di+3] = &dummy[3];
 375   }
 376   Float_t vmatrix2[5][5];
 377   Float_t sumu;
 378   Float_t overlap;
 379   UnfoldCluster(matrix2,vmatrix2,meani,meanj,sumu,overlap);
 380   //
 381   //  c.fMax = FitMax(vmatrix2,meani,meanj,TMath::Sqrt(sigmay2),TMath::Sqrt(sigmaz2));
 382   meani +=i0;
 383   meanj +=j0;
 384   //set cluster parameters
 385   c.SetQ(sumu);
 386   c.SetPad(meani-2.5);
 387   c.SetTimeBin(meanj-3);
 388   c.SetSigmaY2(mi2);
 389   c.SetSigmaZ2(mj2);
 390   c.SetType(Char_t(overlap)+1);
 391   AddCluster(c,(Float_t*)vmatrix,k);
 392
 393   //unfolding 2
 394   meani-=i0;
 395   meanj-=j0;
 396   if (gDebug>4)
 397     printf("%f\t%f\n", vmatrix2[2][2], vmatrix[2][2]);
 398 }
 399
 400
 401
 402 void AliTPCclustererMI::UnfoldCluster(Float_t * matrix2[7], Float_t recmatrix[5][5], Float_t & meani, Float_t & meanj,
 403                                       Float_t & sumu, Float_t & overlap )
 404 {
 405   //
 406   //unfold cluster from input matrix
 407   //data corresponding to cluster writen in recmatrix
 408   //output meani and meanj
 409
 410   //take separatelly y and z
 411
 412   Float_t sum3i[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 413   Float_t sum3j[7] = {0,0,0,0,0,0,0};
 414
 415   for (Int_t k =0;k<7;k++)
 416     for (Int_t l = -1; l<=1;l++){
 417       sum3i[k]+=matrix2[k][l];
 418       sum3j[k]+=matrix2[l+3][k-3];
 419     }
 420   Float_t mratio[3][3]={{1,1,1},{1,1,1},{1,1,1}};
 421   //
 422   //unfold  y
 423   Float_t sum3wi    = 0;  //charge minus overlap
 424   Float_t sum3wio   = 0;  //full charge
 425   Float_t sum3iw    = 0;  //sum for mean value
 426   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 427     sum3wio+=sum3i[dk+3];
 428     if (dk==0){
 429       sum3wi+=sum3i[dk+3];
 430     }
 431     else{
 432       Float_t ratio =1;
 433       if (  ( ((sum3i[dk+3]+3)/(sum3i[3]-3))+1 < (sum3i[2*dk+3]-3)/(sum3i[dk+3]+3))||
 434            sum3i[dk+3]<=sum3i[2*dk+3] && sum3i[dk+3]>2 ){
 435         Float_t xm2 = sum3i[-dk+3];
 436         Float_t xm1 = sum3i[+3];
 437         Float_t x1  = sum3i[2*dk+3];
 438         Float_t x2  = sum3i[3*dk+3];
 439         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 440         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 441         ratio = w11/(w11+w12);
 442         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 443           mratio[dk+1][dl+1] *= ratio;
 444       }
 445       Float_t amp = sum3i[dk+3]*ratio;
 446       sum3wi+=amp;
 447       sum3iw+= dk*amp;
 448     }
 449   }
 450   meani = sum3iw/sum3wi;
 451   Float_t overlapi = (sum3wio-sum3wi)/sum3wio;
 452
 453
 454
 455   //unfold  z
 456   Float_t sum3wj    = 0;  //charge minus overlap
 457   Float_t sum3wjo   = 0;  //full charge
 458   Float_t sum3jw    = 0;  //sum for mean value
 459   for (Int_t dk=-1;dk<=1;dk++){
 460     sum3wjo+=sum3j[dk+3];
 461     if (dk==0){
 462       sum3wj+=sum3j[dk+3];
 463     }
 464     else{
 465       Float_t ratio =1;
 466       if ( ( ((sum3j[dk+3]+3)/(sum3j[3]-3))+1 < (sum3j[2*dk+3]-3)/(sum3j[dk+3]+3)) ||
 467            (sum3j[dk+3]<=sum3j[2*dk+3] && sum3j[dk+3]>2)){
 468         Float_t xm2 = sum3j[-dk+3];
 469         Float_t xm1 = sum3j[+3];
 470         Float_t x1  = sum3j[2*dk+3];
 471         Float_t x2  = sum3j[3*dk+3];
 472         Float_t w11   = TMath::Max((Float_t)(4.*xm1-xm2),(Float_t)0.000001);
 473         Float_t w12   = TMath::Max((Float_t)(4 *x1 -x2),(Float_t)0.);
 474         ratio = w11/(w11+w12);
 475         for (Int_t dl=-1;dl<=1;dl++)
 476           mratio[dl+1][dk+1] *= ratio;
 477       }
 478       Float_t amp = sum3j[dk+3]*ratio;
 479       sum3wj+=amp;
 480       sum3jw+= dk*amp;
 481     }
 482   }
 483   meanj = sum3jw/sum3wj;
 484   Float_t overlapj = (sum3wjo-sum3wj)/sum3wjo;
 485   overlap = Int_t(100*TMath::Max(overlapi,overlapj)+3);
 486   sumu = (sum3wj+sum3wi)/2.;
 487
 488   if (overlap ==3) {
 489     //if not overlap detected remove everything
 490     for (Int_t di =-2; di<=2;di++)
 491       for (Int_t dj =-2; dj<=2;dj++){
 492         recmatrix[di+2][dj+2] = matrix2[3+di][dj];
 493       }
 494   }
 495   else{
 496     for (Int_t di =-1; di<=1;di++)
 497       for (Int_t dj =-1; dj<=1;dj++){
 498         Float_t ratio =1;
 499         if (mratio[di+1][dj+1]==1){
 500           recmatrix[di+2][dj+2]     = matrix2[3+di][dj];
 501           if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 502             recmatrix[2*di+2][dj+2] = matrix2[3+2*di][dj];
 503             recmatrix[di+2][2*dj+2] = matrix2[3+di][2*dj];
 504           }
 505           recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = matrix2[3+2*di][2*dj];
 506         }
 507         else
 508           {
 509             //if we have overlap in direction
 510             recmatrix[di+2][dj+2] = mratio[di+1][dj+1]* matrix2[3+di][dj];
 511             if (TMath::Abs(di)+TMath::Abs(dj)>1){
 512               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+0*di][1*dj]+1)),(Float_t)1.);
 513               recmatrix[2*di+2][dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 514               //
 515               ratio =  TMath::Min((Float_t)(recmatrix[di+2][dj+2]/(matrix2[3+1*di][0*dj]+1)),(Float_t)1.);
 516               recmatrix[di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 517             }
 518             else{
 519               ratio =  recmatrix[di+2][dj+2]/matrix2[3][0];
 520               recmatrix[2*di+2][2*dj+2] = ratio*recmatrix[di+2][dj+2];
 521             }
 522           }
 523       }
 524   }
 525   if (gDebug>4)
 526     printf("%f\n", recmatrix[2][2]);
 527
 528 }
 529
 530 Float_t AliTPCclustererMI::FitMax(Float_t vmatrix[5][5], Float_t y, Float_t z, Float_t sigmay, Float_t sigmaz)
 531 {
 532   //
 533   // estimate max
 534   Float_t sumteor= 0;
 535   Float_t sumamp = 0;
 536
 537   for (Int_t di = -1;di<=1;di++)
 538     for (Int_t dj = -1;dj<=1;dj++){
 539       if (vmatrix[2+di][2+dj]>2){
 540         Float_t teor = TMath::Gaus(di,y,sigmay*1.2)*TMath::Gaus(dj,z,sigmaz*1.2);
 541         sumteor += teor*vmatrix[2+di][2+dj];
 542         sumamp  += vmatrix[2+di][2+dj]*vmatrix[2+di][2+dj];
 543       }
 544     }
 545   Float_t max = sumamp/sumteor;
 546   return max;
 547 }
 548
 549 void AliTPCclustererMI::AddCluster(AliTPCclusterMI &c, Float_t * matrix, Int_t pos){
 550   //
 551   //
 552   // Transform cluster to the rotated global coordinata
 553   // Assign labels to the cluster
 554   // add the cluster to the array
 555   // for more details - See  AliTPCTranform::Transform(x,i,0,1)
 556   Float_t meani = c.GetPad();
 557   Float_t meanj = c.GetTimeBin();
 558
 559   Int_t ki = TMath::Nint(meani);
 560   if (ki<0) ki=0;
 561   if (ki>=fMaxPad) ki = fMaxPad-1;
 562   Int_t kj = TMath::Nint(meanj);
 563   if (kj<0) kj=0;
 564   if (kj>=fMaxTime-3) kj=fMaxTime-4;
 565   // ki and kj shifted as integers coordinata
 566   if (fRowDig) {
 567     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,0)-2,0);
 568     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,1)-2,1);
 569     c.SetLabel(fRowDig->GetTrackIDFast(kj,ki,2)-2,2);
 570   }
 571
 572   c.SetRow(fRow);
 573   c.SetDetector(fSector);
 574   Float_t s2 = c.GetSigmaY2();
 575   Float_t w=fParam->GetPadPitchWidth(fSector);
 576   c.SetSigmaY2(s2*w*w);
 577   s2 = c.GetSigmaZ2();
 578   c.SetSigmaZ2(s2*fZWidth*fZWidth);
 579   //
 580   //
 581   //
 582   AliTPCTransform *transform = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform() ;
 583   if (!transform) {
 584     AliFatal("Tranformations not in calibDB");
 585   }
 586   Double_t x[3]={c.GetRow(),c.GetPad(),c.GetTimeBin()};
 587   Int_t i[1]={fSector};
 588   transform->Transform(x,i,0,1);
 589   c.SetX(x[0]);
 590   c.SetY(x[1]);
 591   c.SetZ(x[2]);
 592   //
 593   //
 594   if (!fRecoParam->GetBYMirror()){
 595     if (fSector%36>17){
 596       c.SetY(-c.GetY());
 597     }
 598   }
 599
 600   if (ki<=1 || ki>=fMaxPad-1 || kj==1 || kj==fMaxTime-2) {
 601     c.SetType(-(c.GetType()+3));  //edge clusters
 602   }
 603   if (fLoop==2) c.SetType(100);
 604
 605   TClonesArray * arr = fRowCl->GetArray();
 606   AliTPCclusterMI * cl = new ((*arr)[fNcluster]) AliTPCclusterMI(c);
 607   // if (fRecoParam->DumpSignal() &&matrix ) {
 608 //     Int_t nbins=0;
 609 //     Float_t *graph =0;
 610 //     if (fRecoParam->GetCalcPedestal() && cl->GetMax()>fRecoParam->GetDumpAmplitudeMin() &&fBDumpSignal){
 611 //       nbins = fMaxTime;
 612 //       graph = &(fBins[fMaxTime*(pos/fMaxTime)]);
 613 //     }
 614 //     AliTPCclusterInfo * info = new AliTPCclusterInfo(matrix,nbins,graph);
 615 //     cl->SetInfo(info);
 616 //   }
 617   if (!fRecoParam->DumpSignal()) {
 618     cl->SetInfo(0);
 619   }
 620
 621   fNcluster++;
 622 }
 623
 624
 625 //_____________________________________________________________________________
 626 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters()
 627 {
 628   //-----------------------------------------------------------------
 629   // This is a simple cluster finder.
 630   //-----------------------------------------------------------------
 631
 632   if (!fInput) {
 633     Error("Digits2Clusters", "input tree not initialised");
 634     return;
 635   }
 636
 637   AliTPCCalPad * gainTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPadGainFactor();
 638   AliTPCCalPad * noiseTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPadNoise();
 639   AliSimDigits digarr, *dummy=&digarr;
 640   fRowDig = dummy;
 641   fInput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&dummy);
 642   Stat_t nentries = fInput->GetEntries();
 643
 644   fMaxTime=fRecoParam->GetLastBin()+6; // add 3 virtual time bins before and 3   after
 645
 646   Int_t nclusters  = 0;
 647
 648   for (Int_t n=0; n<nentries; n++) {
 649     fInput->GetEvent(n);
 650     if (!fParam->AdjustSectorRow(digarr.GetID(),fSector,fRow)) {
 651       cerr<<"AliTPC warning: invalid segment ID ! "<<digarr.GetID()<<endl;
 652       continue;
 653     }
 654     Int_t row = fRow;
 655     AliTPCCalROC * gainROC = gainTPC->GetCalROC(fSector);  // pad gains per given sector
 656     AliTPCCalROC * noiseROC   = noiseTPC->GetCalROC(fSector); // noise per given sector
 657     //
 658
 659     fRowCl->SetID(digarr.GetID());
 660     if (fOutput) fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
 661     fRx=fParam->GetPadRowRadii(fSector,row);
 662
 663
 664     const Int_t kNIS=fParam->GetNInnerSector(), kNOS=fParam->GetNOuterSector();
 665     fZWidth = fParam->GetZWidth();
 666     if (fSector < kNIS) {
 667       fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(row);
 668       fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 669       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
 670       fPadWidth = fParam->GetPadPitchWidth();
 671     } else {
 672       fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(row);
 673       fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 674       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector,row);
 675       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 676     }
 677
 678
 679     fMaxBin=fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 680     fBins    =new Float_t[fMaxBin];
 681     fSigBins =new Int_t[fMaxBin];
 682     fNSigBins = 0;
 683     memset(fBins,0,sizeof(Float_t)*fMaxBin);
 684
 685     if (digarr.First()) //MI change
 686       do {
 687         Float_t dig=digarr.CurrentDigit();
 688         if (dig<=fParam->GetZeroSup()) continue;
 689         Int_t j=digarr.CurrentRow()+3, i=digarr.CurrentColumn()+3;
 690         Float_t gain = gainROC->GetValue(row,digarr.CurrentColumn());
 691         Int_t bin = i*fMaxTime+j;
 692         fBins[bin]=dig/gain;
 693         fSigBins[fNSigBins++]=bin;
 694       } while (digarr.Next());
 695     digarr.ExpandTrackBuffer();
 696
 697     FindClusters(noiseROC);
 698     FillRow();
 699     fRowCl->GetArray()->Clear();
 700     nclusters+=fNcluster;
 701     delete[] fBins;
 702     delete[] fSigBins;
 703   }
 704
 705   Info("Digits2Clusters", "Number of found clusters : %d", nclusters);
 706 }
 707
 708 void AliTPCclustererMI::Digits2Clusters(AliRawReader* rawReader)
 709 {
 710 //-----------------------------------------------------------------
 711 // This is a cluster finder for the TPC raw data.
 712 // The method assumes NO ordering of the altro channels.
 713 // The pedestal subtraction can be switched on and off
 714 // using an option of the TPC reconstructor
 715 //-----------------------------------------------------------------
 716
 717
 718   fRowDig = NULL;
 719   AliTPCROC * roc = AliTPCROC::Instance();
 720   AliTPCCalPad * gainTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPadGainFactor();
 721   AliTPCCalPad * pedestalTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPedestals();
 722   AliTPCCalPad * noiseTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetPadNoise();
 723   AliTPCAltroMapping** mapping =AliTPCcalibDB::Instance()->GetMapping();
 724   //
 725   AliTPCRawStream input(rawReader,(AliAltroMapping**)mapping);
 726   fEventHeader = (AliRawEventHeaderBase*)rawReader->GetEventHeader();
 727   if (fEventHeader){
 728     fTimeStamp = fEventHeader->Get("Timestamp");
 729     fEventType = fEventHeader->Get("Type");
 730   }
 731
 732
 733   Int_t nclusters  = 0;
 734
 735   fMaxTime = fRecoParam->GetLastBin() + 6; // add 3 virtual time bins before and 3 after
 736   const Int_t kNIS = fParam->GetNInnerSector();
 737   const Int_t kNOS = fParam->GetNOuterSector();
 738   const Int_t kNS = kNIS + kNOS;
 739   fZWidth = fParam->GetZWidth();
 740   Int_t zeroSup = fParam->GetZeroSup();
 741   //
 742   //alocate memory for sector - maximal case
 743   //
 744   Float_t** allBins = NULL;
 745   Int_t** allSigBins = NULL;
 746   Int_t*  allNSigBins = NULL;
 747   Int_t nRowsMax = roc->GetNRows(roc->GetNSector()-1);
 748   Int_t nPadsMax = roc->GetNPads(roc->GetNSector()-1,nRowsMax-1);
 749   allBins = new Float_t*[nRowsMax];
 750   allSigBins = new Int_t*[nRowsMax];
 751   allNSigBins = new Int_t[nRowsMax];
 752   for (Int_t iRow = 0; iRow < nRowsMax; iRow++) {
 753     //
 754     Int_t maxBin = fMaxTime*(nPadsMax+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 755     allBins[iRow] = new Float_t[maxBin];
 756     memset(allBins[iRow],0,sizeof(Float_t)*maxBin);
 757     allSigBins[iRow] = new Int_t[maxBin];
 758     allNSigBins[iRow]=0;
 759   }
 760   //
 761   // Loop over sectors
 762   //
 763   for(fSector = 0; fSector < kNS; fSector++) {
 764
 765     AliTPCCalROC * gainROC    = gainTPC->GetCalROC(fSector);  // pad gains per given sector
 766     AliTPCCalROC * pedestalROC = pedestalTPC->GetCalROC(fSector);  // pedestal per given sector
 767     AliTPCCalROC * noiseROC   = noiseTPC->GetCalROC(fSector);  // noise per given sector
 768     //check the presence of the calibration
 769     if (!noiseROC ||!pedestalROC ) {
 770       AliError(Form("Missing calibration per sector\t%d\n",fSector));
 771       continue;
 772     }
 773     Int_t nRows = 0;
 774     Int_t nDDLs = 0, indexDDL = 0;
 775     if (fSector < kNIS) {
 776       nRows = fParam->GetNRowLow();
 777       fSign = (fSector < kNIS/2) ? 1 : -1;
 778       nDDLs = 2;
 779       indexDDL = fSector * 2;
 780     }
 781     else {
 782       nRows = fParam->GetNRowUp();
 783       fSign = ((fSector-kNIS) < kNOS/2) ? 1 : -1;
 784       nDDLs = 4;
 785       indexDDL = (fSector-kNIS) * 4 + kNIS * 2;
 786     }
 787
 788     for (Int_t iRow = 0; iRow < nRows; iRow++) {
 789       Int_t maxPad;
 790       if (fSector < kNIS)
 791         maxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
 792       else
 793         maxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
 794
 795       Int_t maxBin = fMaxTime*(maxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 796       memset(allBins[iRow],0,sizeof(Float_t)*maxBin);
 797       allNSigBins[iRow] = 0;
 798     }
 799
 800     // Loas the raw data for corresponding DDLs
 801     rawReader->Reset();
 802     rawReader->Select("TPC",indexDDL,indexDDL+nDDLs-1);
 803     Int_t digCounter=0;
 804     // Begin loop over altro data
 805     Bool_t calcPedestal = fRecoParam->GetCalcPedestal();
 806     Float_t gain =1;
 807     Int_t lastPad=-1;
 808     while (input.Next()) {
 809       if (input.GetSector() != fSector)
 810         AliFatal(Form("Sector index mismatch ! Expected (%d), but got (%d) !",fSector,input.GetSector()));
 811
 812
 813       Int_t iRow = input.GetRow();
 814       if (iRow < 0){
 815         continue;
 816       }
 817
 818       if (iRow < 0 || iRow >= nRows){
 819         AliError(Form("Pad-row index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
 820                       iRow, 0, nRows -1));
 821         continue;
 822       }
 823       //pad
 824       Int_t iPad = input.GetPad();
 825       if (iPad < 0 || iPad >= nPadsMax) {
 826         AliError(Form("Pad index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
 827                       iPad, 0, nPadsMax-1));
 828         continue;
 829       }
 830       if (iPad!=lastPad){
 831         gain    = gainROC->GetValue(iRow,iPad);
 832         lastPad = iPad;
 833       }
 834       iPad+=3;
 835       //time
 836       Int_t iTimeBin = input.GetTime();
 837       if ( iTimeBin < fRecoParam->GetFirstBin() || iTimeBin >= fRecoParam->GetLastBin()){
 838         continue;
 839         AliFatal(Form("Timebin index (%d) outside the range (%d -> %d) !",
 840                       iTimeBin, 0, iTimeBin -1));
 841       }
 842       iTimeBin+=3;
 843
 844       //signal
 845       Float_t signal = input.GetSignal();
 846       if (!calcPedestal && signal <= zeroSup) continue;
 847       if (AliTPCReconstructor::StreamLevel()>3 && signal>3) {
 848         Double_t x[]={iRow,iPad,iTimeBin};
 849         Int_t i[]={fSector};
 850         AliTPCTransform trafo;
 851         trafo.Transform(x,i,0,1);
 852         Double_t gx[3]={x[0],x[1],x[2]};
 853         trafo.RotatedGlobal2Global(fSector,gx);
 854
 855         (*fDebugStreamer)<<"Digits"<<
 856           "sec="<<fSector<<
 857           "row="<<iRow<<
 858           "pad="<<iPad<<
 859           "time="<<iTimeBin<<
 860           "sig="<<signal<<
 861           "x="<<x[0]<<
 862           "y="<<x[1]<<
 863           "z="<<x[2]<<
 864           "gx="<<gx[0]<<
 865           "gy="<<gx[1]<<
 866           "gz="<<gx[2]<<
 867           "\n";
 868       }
 869
 870
 871       if (!calcPedestal) {
 872         Int_t bin = iPad*fMaxTime+iTimeBin;
 873         allBins[iRow][bin] = signal/gain;
 874         allSigBins[iRow][allNSigBins[iRow]++] = bin;
 875       }else{
 876         allBins[iRow][iPad*fMaxTime+iTimeBin] = signal;
 877       }
 878       allBins[iRow][iPad*fMaxTime+0]+=1.;  // pad with signal
 879
 880       // Temporary
 881       digCounter++;
 882     } // End of the loop over altro data
 883     //
 884     //
 885     //
 886     //
 887     // Now loop over rows and perform pedestal subtraction
 888     if (digCounter==0) continue;
 889     //    if (calcPedestal) {
 890     if (kTRUE) {
 891       for (Int_t iRow = 0; iRow < nRows; iRow++) {
 892         Int_t maxPad;
 893         if (fSector < kNIS)
 894           maxPad = fParam->GetNPadsLow(iRow);
 895         else
 896           maxPad = fParam->GetNPadsUp(iRow);
 897
 898         for (Int_t iPad = 3; iPad < maxPad + 3; iPad++) {
 899           //
 900           // Temporary fix for data production - !!!! MARIAN
 901           // The noise calibration should take mean and RMS - currently the Gaussian fit used
 902           // In case of double peak  - the pad should be rejected
 903           //
 904           // Line mean - if more than given digits over threshold - make a noise calculation
 905           // and pedestal substration
 906           if (!calcPedestal && allBins[iRow][iPad*fMaxTime+0]<50) continue;
 907           //
 908           if (allBins[iRow][iPad*fMaxTime+0] <1 ) continue;  // no data
 909           Float_t *p = &allBins[iRow][iPad*fMaxTime+3];
 910           //Float_t pedestal = TMath::Median(fMaxTime, p);
 911           Int_t id[3] = {fSector, iRow, iPad-3};
 912           // calib values
 913           Double_t rmsCalib=  noiseROC->GetValue(iRow,iPad-3);
 914           Double_t pedestalCalib = pedestalROC->GetValue(iRow,iPad-3);
 915           Double_t rmsEvent       = rmsCalib;
 916           Double_t pedestalEvent  = pedestalCalib;
 917           ProcesSignal(p, fMaxTime, id, rmsEvent, pedestalEvent);
 918           if (rmsEvent<rmsCalib) rmsEvent = rmsCalib;   // take worst scenario
 919           if (TMath::Abs(pedestalEvent-pedestalCalib)<1.0) pedestalEvent = pedestalCalib;
 920
 921           //
 922           for (Int_t iTimeBin = 0; iTimeBin < fMaxTime; iTimeBin++) {
 923             Int_t bin = iPad*fMaxTime+iTimeBin;
 924             allBins[iRow][bin] -= pedestalEvent;
 925             if (iTimeBin < AliTPCReconstructor::GetRecoParam()->GetFirstBin())
 926               allBins[iRow][bin] = 0;
 927             if (iTimeBin > AliTPCReconstructor::GetRecoParam()->GetLastBin())
 928               allBins[iRow][bin] = 0;
 929             if (allBins[iRow][iPad*fMaxTime+iTimeBin] < zeroSup)
 930               allBins[iRow][bin] = 0;
 931             if (allBins[iRow][bin] < 3.0*rmsEvent)   // 3 sigma cut on RMS
 932               allBins[iRow][bin] = 0;
 933             if (allBins[iRow][bin]) allSigBins[iRow][allNSigBins[iRow]++] = bin;
 934           }
 935         }
 936       }
 937     }
 938     // Now loop over rows and find clusters
 939     for (fRow = 0; fRow < nRows; fRow++) {
 940       fRowCl->SetID(fParam->GetIndex(fSector, fRow));
 941       if (fOutput) fOutput->GetBranch("Segment")->SetAddress(&fRowCl);
 942
 943       fRx = fParam->GetPadRowRadii(fSector, fRow);
 944       fPadLength = fParam->GetPadPitchLength(fSector, fRow);
 945       fPadWidth  = fParam->GetPadPitchWidth();
 946       if (fSector < kNIS)
 947         fMaxPad = fParam->GetNPadsLow(fRow);
 948       else
 949         fMaxPad = fParam->GetNPadsUp(fRow);
 950       fMaxBin = fMaxTime*(fMaxPad+6);  // add 3 virtual pads  before and 3 after
 951
 952       fBins = allBins[fRow];
 953       fSigBins = allSigBins[fRow];
 954       fNSigBins = allNSigBins[fRow];
 955
 956       FindClusters(noiseROC);
 957       FillRow();
 958       fRowCl->GetArray()->Clear();
 959       nclusters += fNcluster;
 960     } // End of loop to find clusters
 961   } // End of loop over sectors
 962
 963   for (Int_t iRow = 0; iRow < nRowsMax; iRow++) {
 964     delete [] allBins[iRow];
 965     delete [] allSigBins[iRow];
 966   }
 967   delete [] allBins;
 968   delete [] allSigBins;
 969   delete [] allNSigBins;
 970
 971   if (rawReader->GetEventId() && fOutput ){
 972     Info("Digits2Clusters", "File  %s Event\t%d\tNumber of found clusters : %d\n", fOutput->GetName(),*(rawReader->GetEventId()), nclusters);
 973   }else{
 974     Info("Digits2Clusters", "Event\t%d\tNumber of found clusters : %d\n",*(rawReader->GetEventId()), nclusters);
 975
 976   }
 977
 978 }
 979
 980 void AliTPCclustererMI::FindClusters(AliTPCCalROC * noiseROC)
 981 {
 982
 983   //
 984   // add virtual charge at the edge
 985   //
 986   Double_t kMaxDumpSize = 500000;
 987   if (!fOutput) {
 988     fBDumpSignal =kFALSE;
 989   }else{
 990     if (fRecoParam->GetCalcPedestal() && fOutput->GetZipBytes()< kMaxDumpSize) fBDumpSignal =kTRUE;   //dump signal flag
 991   }
 992
 993   fNcluster=0;
 994   fLoop=1;
 995   Int_t crtime = Int_t((fParam->GetZLength(fSector)-fRecoParam->GetCtgRange()*fRx)/fZWidth-fParam->GetNTBinsL1()-5);
 996   Float_t minMaxCutAbs       = fRecoParam->GetMinMaxCutAbs();
 997   Float_t minLeftRightCutAbs = fRecoParam->GetMinLeftRightCutAbs();
 998   Float_t minUpDownCutAbs    = fRecoParam->GetMinUpDownCutAbs();
 999   Float_t minMaxCutSigma       = fRecoParam->GetMinMaxCutSigma();
1000   Float_t minLeftRightCutSigma = fRecoParam->GetMinLeftRightCutSigma();
1001   Float_t minUpDownCutSigma    = fRecoParam->GetMinUpDownCutSigma();
1002   for (Int_t iSig = 0; iSig < fNSigBins; iSig++) {
1003     Int_t i = fSigBins[iSig];
1004     if (i%fMaxTime<=crtime) continue;
1005     Float_t *b = &fBins[i];
1006     //absolute custs
1007     if (b[0]<minMaxCutAbs) continue;   //threshold for maxima
1008     //
1009     if (b[-1]+b[1]+b[-fMaxTime]+b[fMaxTime]<=0) continue;  // cut on isolated clusters
1010     if (b[-1]+b[1]<=0) continue;               // cut on isolated clusters
1011     if (b[-fMaxTime]+b[fMaxTime]<=0) continue; // cut on isolated clusters
1012     //
1013     if ((b[0]+b[-1]+b[1])<minUpDownCutAbs) continue;   //threshold for up down  (TRF)
1014     if ((b[0]+b[-fMaxTime]+b[fMaxTime])<minLeftRightCutAbs) continue;   //threshold for left right (PRF)
1015     if (!IsMaximum(*b,fMaxTime,b)) continue;
1016     //
1017     Float_t noise = noiseROC->GetValue(fRow, i/fMaxTime);
1018     if (noise>fRecoParam->GetMaxNoise()) continue;
1019     // sigma cuts
1020     if (b[0]<minMaxCutSigma*noise) continue;   //threshold form maxima
1021     if ((b[0]+b[-1]+b[1])<minUpDownCutSigma*noise) continue;   //threshold for up town TRF
1022     if ((b[0]+b[-fMaxTime]+b[fMaxTime])<minLeftRightCutSigma*noise) continue;   //threshold for left right (PRF)
1023
1024     AliTPCclusterMI c;   // default cosntruction  without info
1025     Int_t dummy=0;
1026     MakeCluster(i, fMaxTime, fBins, dummy,c);
1027
1028     //}
1029   }
1030 }
1031
1032
1033 Double_t AliTPCclustererMI::ProcesSignal(Float_t *signal, Int_t nchannels, Int_t id[3], Double_t &rmsEvent, Double_t &pedestalEvent){
1034   //
1035   // process signal on given pad - + streaming of additional information in special mode
1036   //
1037   // id[0] - sector
1038   // id[1] - row
1039   // id[2] - pad
1040
1041   //
1042   // ESTIMATE pedestal and the noise
1043   //
1044   const Int_t kPedMax = 100;
1045   Float_t  max    =  0;
1046   Float_t  maxPos =  0;
1047   Int_t    median =  -1;
1048   Int_t    count0 =  0;
1049   Int_t    count1 =  0;
1050   Float_t  rmsCalib   = rmsEvent;       // backup initial value ( from calib)
1051   Float_t  pedestalCalib = pedestalEvent;// backup initial value ( from calib)
1052   Int_t    firstBin = AliTPCReconstructor::GetRecoParam()->GetFirstBin();
1053   //
1054   UShort_t histo[kPedMax];
1055   //memset(histo,0,kPedMax*sizeof(UShort_t));
1056   for (Int_t i=0; i<kPedMax; i++) histo[i]=0;
1057   for (Int_t i=0; i<fMaxTime; i++){
1058     if (signal[i]<=0) continue;
1059     if (signal[i]>max && i>firstBin) {
1060       max = signal[i];
1061       maxPos = i;
1062     }
1063     if (signal[i]>kPedMax-1) continue;
1064     histo[int(signal[i]+0.5)]++;
1065     count0++;
1066   }
1067   //
1068   for (Int_t i=1; i<kPedMax; i++){
1069     if (count1<count0*0.5) median=i;
1070     count1+=histo[i];
1071   }
1072   // truncated mean
1073   //
1074   Float_t count10=histo[median] ,mean=histo[median]*median,  rms=histo[median]*median*median ;
1075   Float_t count06=histo[median] ,mean06=histo[median]*median,  rms06=histo[median]*median*median ;
1076   Float_t count09=histo[median] ,mean09=histo[median]*median,  rms09=histo[median]*median*median ;
1077   //
1078   for (Int_t idelta=1; idelta<10; idelta++){
1079     if (median-idelta<=0) continue;
1080     if (median+idelta>kPedMax) continue;
1081     if (count06<0.6*count1){
1082       count06+=histo[median-idelta];
1083       mean06 +=histo[median-idelta]*(median-idelta);
1084       rms06  +=histo[median-idelta]*(median-idelta)*(median-idelta);
1085       count06+=histo[median+idelta];
1086       mean06 +=histo[median+idelta]*(median+idelta);
1087       rms06  +=histo[median+idelta]*(median+idelta)*(median+idelta);
1088     }
1089     if (count09<0.9*count1){
1090       count09+=histo[median-idelta];
1091       mean09 +=histo[median-idelta]*(median-idelta);
1092       rms09  +=histo[median-idelta]*(median-idelta)*(median-idelta);
1093       count09+=histo[median+idelta];
1094       mean09 +=histo[median+idelta]*(median+idelta);
1095       rms09  +=histo[median+idelta]*(median+idelta)*(median+idelta);
1096     }
1097     if (count10<0.95*count1){
1098       count10+=histo[median-idelta];
1099       mean +=histo[median-idelta]*(median-idelta);
1100       rms  +=histo[median-idelta]*(median-idelta)*(median-idelta);
1101       count10+=histo[median+idelta];
1102       mean +=histo[median+idelta]*(median+idelta);
1103       rms  +=histo[median+idelta]*(median+idelta)*(median+idelta);
1104     }
1105   }
1106   if (count10) {
1107     mean  /=count10;
1108     rms    = TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms/count10-mean*mean));
1109   }
1110   if (count06) {
1111     mean06/=count06;
1112     rms06    = TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms06/count06-mean06*mean06));
1113   }
1114   if (count09) {
1115     mean09/=count09;
1116     rms09    = TMath::Sqrt(TMath::Abs(rms09/count09-mean09*mean09));
1117   }
1118   rmsEvent = rms09;
1119   //
1120   pedestalEvent = median;
1121   if (AliLog::GetDebugLevel("","AliTPCclustererMI")==0) return median;
1122   //
1123   UInt_t uid[3] = {UInt_t(id[0]),UInt_t(id[1]),UInt_t(id[2])};
1124   //
1125   // Dump mean signal info
1126   //
1127   (*fDebugStreamer)<<"Signal"<<
1128     "TimeStamp="<<fTimeStamp<<
1129     "EventType="<<fEventType<<
1130     "Sector="<<uid[0]<<
1131     "Row="<<uid[1]<<
1132     "Pad="<<uid[2]<<
1133     "Max="<<max<<
1134     "MaxPos="<<maxPos<<
1135     //
1136     "Median="<<median<<
1137     "Mean="<<mean<<
1138     "RMS="<<rms<<
1139     "Mean06="<<mean06<<
1140     "RMS06="<<rms06<<
1141     "Mean09="<<mean09<<
1142     "RMS09="<<rms09<<
1143     "RMSCalib="<<rmsCalib<<
1144     "PedCalib="<<pedestalCalib<<
1145     "\n";
1146   //
1147   // fill pedestal histogram
1148   //
1149   //
1150   //
1151   //
1152   Float_t kMin =fRecoParam->GetDumpAmplitudeMin();   // minimal signal to be dumped
1153   Float_t *dsignal = new Float_t[nchannels];
1154   Float_t *dtime   = new Float_t[nchannels];
1155   for (Int_t i=0; i<nchannels; i++){
1156     dtime[i] = i;
1157     dsignal[i] = signal[i];
1158   }
1159
1160   TGraph * graph=0;
1161   //
1162   // Big signals dumping
1163   //
1164   if (max-median>kMin &&maxPos>AliTPCReconstructor::GetRecoParam()->GetFirstBin())
1165     (*fDebugStreamer)<<"SignalB"<<     // pads with signal
1166       "TimeStamp="<<fTimeStamp<<
1167       "EventType="<<fEventType<<
1168       "Sector="<<uid[0]<<
1169       "Row="<<uid[1]<<
1170       "Pad="<<uid[2]<<
1171       "Graph="<<graph<<
1172       "Max="<<max<<
1173       "MaxPos="<<maxPos<<
1174       //
1175       "Median="<<median<<
1176       "Mean="<<mean<<
1177       "RMS="<<rms<<
1178       "Mean06="<<mean06<<
1179       "RMS06="<<rms06<<
1180       "Mean09="<<mean09<<
1181       "RMS09="<<rms09<<
1182       "\n";
1183   delete graph;
1184
1185   delete [] dsignal;
1186   delete [] dtime;
1187   if (rms06>fRecoParam->GetMaxNoise()) {
1188     pedestalEvent+=1024.;
1189     return 1024+median; // sign noisy channel in debug mode
1190   }
1191   return median;
1192 }
1193
1194
1195
1196
1197