TPC/AliTPCseed.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17
  18
  19 //-----------------------------------------------------------------
  20 //
  21 //           Implementation of the TPC seed class
  22 //        This class is used by the AliTPCtrackerMI class
  23 //      Origin: Marian Ivanov, CERN, Marian.Ivanov@cern.ch
  24 //-----------------------------------------------------------------
  25 #include "TClonesArray.h"
  26 #include "TGraphErrors.h"
  27 #include "AliTPCseed.h"
  28 #include "AliTPCReconstructor.h"
  29 #include "AliTPCClusterParam.h"
  30 #include "AliTPCCalPad.h"
  31 #include "AliTPCCalROC.h"
  32 #include "AliTPCcalibDB.h"
  33 #include "AliTPCParam.h"
  34 #include "AliMathBase.h"
  35 #include "AliTPCTransform.h"
  36 #include "AliSplineFit.h"
  37 #include "AliCDBManager.h"
  38 #include "AliTPCcalibDButil.h"
  39
  40
  41 ClassImp(AliTPCseed)
  42
  43
  44
  45 AliTPCseed::AliTPCseed():
  46   AliTPCtrack(),
  47   fEsd(0x0),
  48   fClusterOwner(kFALSE),
  49   fRow(0),
  50   fSector(-1),
  51   fRelativeSector(-1),
  52   fCurrentSigmaY2(1e10),
  53   fCurrentSigmaZ2(1e10),
  54   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
  55   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
  56   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
  57   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
  58   //
  59   fErrorY2(1e10),
  60   fErrorZ2(1e10),
  61   fCurrentCluster(0x0),
  62   fCurrentClusterIndex1(-1),
  63   fInDead(kFALSE),
  64   fIsSeeding(kFALSE),
  65   fNoCluster(0),
  66   fSort(0),
  67   fBSigned(kFALSE),
  68   fSeedType(0),
  69   fSeed1(-1),
  70   fSeed2(-1),
  71   fMAngular(0),
  72   fCircular(0)
  73 {
  74   //
  75   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
  76   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
  77   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
  78   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=0.2;
  79   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
  80     fDEDX[i] = 0.;
  81     fSDEDX[i] = 1e10;
  82     fNCDEDX[i] = 0;
  83   }
  84   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
  85 }
  86
  87 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCseed &s, Bool_t clusterOwner):
  88   AliTPCtrack(s),
  89   fEsd(0x0),
  90   fClusterOwner(clusterOwner),
  91   fRow(0),
  92   fSector(-1),
  93   fRelativeSector(-1),
  94   fCurrentSigmaY2(-1),
  95   fCurrentSigmaZ2(-1),
  96   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
  97   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
  98   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
  99   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 100   fErrorY2(1e10),
 101   fErrorZ2(1e10),
 102   fCurrentCluster(0x0),
 103   fCurrentClusterIndex1(-1),
 104   fInDead(kFALSE),
 105   fIsSeeding(kFALSE),
 106   fNoCluster(0),
 107   fSort(0),
 108   fBSigned(kFALSE),
 109   fSeedType(0),
 110   fSeed1(-1),
 111   fSeed2(-1),
 112   fMAngular(0),
 113   fCircular(0)
 114 {
 115   //---------------------
 116   // dummy copy constructor
 117   //-------------------------
 118   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 119     fClusterPointer[i]=0;
 120     if (fClusterOwner){
 121       if (s.fClusterPointer[i])
 122         fClusterPointer[i] = new AliTPCclusterMI(*(s.fClusterPointer[i]));
 123     }else{
 124       fClusterPointer[i] = s.fClusterPointer[i];
 125     }
 126     fTrackPoints[i] = s.fTrackPoints[i];
 127   }
 128   for (Int_t i=0;i<160;i++) fIndex[i] = s.fIndex[i];
 129   for (Int_t i=0;i<AliPID::kSPECIES;i++)   fTPCr[i]=s.fTPCr[i];
 130   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 131     fDEDX[i] = s.fDEDX[i];
 132     fSDEDX[i] = s.fSDEDX[i];
 133     fNCDEDX[i] = s.fNCDEDX[i];
 134   }
 135   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = s.fOverlapLabels[i];
 136
 137 }
 138
 139
 140 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t):
 141   AliTPCtrack(t),
 142   fEsd(0x0),
 143   fClusterOwner(kFALSE),
 144   fRow(0),
 145   fSector(-1),
 146   fRelativeSector(-1),
 147   fCurrentSigmaY2(-1),
 148   fCurrentSigmaZ2(-1),
 149   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 150   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 151   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 152   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 153   fErrorY2(1e10),
 154   fErrorZ2(1e10),
 155   fCurrentCluster(0x0),
 156   fCurrentClusterIndex1(-1),
 157   fInDead(kFALSE),
 158   fIsSeeding(kFALSE),
 159   fNoCluster(0),
 160   fSort(0),
 161   fBSigned(kFALSE),
 162   fSeedType(0),
 163   fSeed1(-1),
 164   fSeed2(-1),
 165   fMAngular(0),
 166   fCircular(0)
 167 {
 168   //
 169   // Constructor from AliTPCtrack
 170   //
 171   fFirstPoint =0;
 172   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 173   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
 174     fClusterPointer[i] = 0;
 175     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
 176     if (index>=-1){
 177       SetClusterIndex2(i,index);
 178     }
 179     else{
 180       SetClusterIndex2(i,-3);
 181     }
 182   }
 183   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 184     fDEDX[i] = 0.;
 185     fSDEDX[i] = 1e10;
 186     fNCDEDX[i] = 0;
 187   }
 188   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 189 }
 190
 191 AliTPCseed::AliTPCseed(Double_t xr, Double_t alpha, const Double_t xx[5],
 192                        const Double_t cc[15], Int_t index):
 193   AliTPCtrack(xr, alpha, xx, cc, index),
 194   fEsd(0x0),
 195   fClusterOwner(kFALSE),
 196   fRow(0),
 197   fSector(-1),
 198   fRelativeSector(-1),
 199   fCurrentSigmaY2(-1),
 200   fCurrentSigmaZ2(-1),
 201   fCMeanSigmaY2p30(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 202   fCMeanSigmaZ2p30(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 203   fCMeanSigmaY2p30R(-1.),   //! current mean sigma Y2 - mean2%
 204   fCMeanSigmaZ2p30R(-1.),   //! current mean sigma Z2 - mean2%
 205   fErrorY2(1e10),
 206   fErrorZ2(1e10),
 207   fCurrentCluster(0x0),
 208   fCurrentClusterIndex1(-1),
 209   fInDead(kFALSE),
 210   fIsSeeding(kFALSE),
 211   fNoCluster(0),
 212   fSort(0),
 213   fBSigned(kFALSE),
 214   fSeedType(0),
 215   fSeed1(-1),
 216   fSeed2(-1),
 217   fMAngular(0),
 218   fCircular(0)
 219 {
 220   //
 221   // Constructor
 222   //
 223   fFirstPoint =0;
 224   for (Int_t i=0;i<160;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 225   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 226   for (Int_t i=0;i<5;i++)   fTPCr[i]=0.2;
 227   for (Int_t i=0;i<4;i++) {
 228     fDEDX[i] = 0.;
 229     fSDEDX[i] = 1e10;
 230     fNCDEDX[i] = 0;
 231   }
 232   for (Int_t i=0;i<12;i++) fOverlapLabels[i] = -1;
 233 }
 234
 235 AliTPCseed::~AliTPCseed(){
 236   //
 237   // destructor
 238   fNoCluster =0;
 239   if (fClusterOwner){
 240     for (Int_t icluster=0; icluster<160; icluster++){
 241       delete fClusterPointer[icluster];
 242     }
 243   }
 244
 245 }
 246 //_________________________________________________
 247 AliTPCseed & AliTPCseed::operator=(const AliTPCseed &param)
 248 {
 249   //
 250   // assignment operator
 251   //
 252   if(this!=&param){
 253     AliTPCtrack::operator=(param);
 254     fEsd =param.fEsd;
 255     for(Int_t i = 0;i<160;++i)fClusterPointer[i] = param.fClusterPointer[i]; // this is not allocated by AliTPCSeed
 256     fClusterOwner = param.fClusterOwner;
 257     // leave out fPoint, they are also not copied in the copy ctor...
 258     // but deleted in the dtor... strange...
 259     fRow            = param.fRow;
 260     fSector         = param.fSector;
 261     fRelativeSector = param.fRelativeSector;
 262     fCurrentSigmaY2 = param.fCurrentSigmaY2;
 263     fCurrentSigmaZ2 = param.fCurrentSigmaZ2;
 264     fErrorY2        = param.fErrorY2;
 265     fErrorZ2        = param.fErrorZ2;
 266     fCurrentCluster = param.fCurrentCluster; // this is not allocated by AliTPCSeed
 267     fCurrentClusterIndex1 = param.fCurrentClusterIndex1;
 268     fInDead         = param.fInDead;
 269     fIsSeeding      = param.fIsSeeding;
 270     fNoCluster      = param.fNoCluster;
 271     fSort           = param.fSort;
 272     fBSigned        = param.fBSigned;
 273     for(Int_t i = 0;i<4;++i){
 274       fDEDX[i]   = param.fDEDX[i];
 275       fSDEDX[i]  = param.fSDEDX[i];
 276       fNCDEDX[i] = param.fNCDEDX[i];
 277     }
 278     for(Int_t i = 0;i<AliPID::kSPECIES;++i)fTPCr[i] = param.fTPCr[i];
 279
 280     fSeedType = param.fSeedType;
 281     fSeed1    = param.fSeed1;
 282     fSeed2    = param.fSeed2;
 283     for(Int_t i = 0;i<12;++i)fOverlapLabels[i] = param.fOverlapLabels[i];
 284     fMAngular = param.fMAngular;
 285     fCircular = param.fCircular;
 286     for(int i = 0;i<160;++i)fTrackPoints[i] =  param.fTrackPoints[i];
 287   }
 288   return (*this);
 289 }
 290 //____________________________________________________
 291 AliTPCTrackerPoint * AliTPCseed::GetTrackPoint(Int_t i)
 292 {
 293   //
 294   //
 295   return &fTrackPoints[i];
 296 }
 297
 298
 299
 300 Double_t AliTPCseed::GetDensityFirst(Int_t n)
 301 {
 302   //
 303   //
 304   // return cluster for n rows bellow first point
 305   Int_t nfoundable = 1;
 306   Int_t nfound      = 1;
 307   for (Int_t i=fLastPoint-1;i>0&&nfoundable<n; i--){
 308     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 309     if (index!=-1) nfoundable++;
 310     if (index>0) nfound++;
 311   }
 312   if (nfoundable<n) return 0;
 313   return Double_t(nfound)/Double_t(nfoundable);
 314
 315 }
 316
 317
 318 void AliTPCseed::GetClusterStatistic(Int_t first, Int_t last, Int_t &found, Int_t &foundable, Int_t &shared, Bool_t plus2)
 319 {
 320   // get cluster stat.  on given region
 321   //
 322   found       = 0;
 323   foundable   = 0;
 324   shared      =0;
 325   for (Int_t i=first;i<last; i++){
 326     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
 327     if (index!=-1) foundable++;
 328     if (index&0x8000) continue;
 329     if (fClusterPointer[i]) {
 330       found++;
 331     }
 332     else
 333       continue;
 334
 335     if (fClusterPointer[i]->IsUsed(10)) {
 336       shared++;
 337       continue;
 338     }
 339     if (!plus2) continue; //take also neighborhoud
 340     //
 341     if ( (i>0) && fClusterPointer[i-1]){
 342       if (fClusterPointer[i-1]->IsUsed(10)) {
 343         shared++;
 344         continue;
 345       }
 346     }
 347     if ( fClusterPointer[i+1]){
 348       if (fClusterPointer[i+1]->IsUsed(10)) {
 349         shared++;
 350         continue;
 351       }
 352     }
 353
 354   }
 355   //if (shared>found){
 356     //Error("AliTPCseed::GetClusterStatistic","problem\n");
 357   //}
 358 }
 359
 360
 361
 362
 363
 364 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
 365 {
 366   //
 367   //
 368   SetNumberOfClusters(0);
 369   fNFoundable = 0;
 370   SetChi2(0);
 371   ResetCovariance(10.);
 372   /*
 373   if (fTrackPoints){
 374     for (Int_t i=0;i<8;i++){
 375       delete [] fTrackPoints[i];
 376     }
 377     delete fTrackPoints;
 378     fTrackPoints =0;
 379   }
 380   */
 381
 382   if (all){
 383     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 384     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 385   }
 386
 387 }
 388
 389
 390 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
 391 {
 392
 393   //------------------------------------------------------------------
 394   //This function makes a track forget its history :)
 395   //------------------------------------------------------------------
 396   if (factor<=0) {
 397     ResetCovariance(10.);
 398     return;
 399   }
 400   ResetCovariance(factor);
 401
 402   SetNumberOfClusters(0);
 403   fNFoundable =0;
 404   SetChi2(0);
 405   fRemoval = 0;
 406   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
 407   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
 408   fNoCluster     = 0;
 409   //fFirstPoint = 160;
 410   //fLastPoint  = 0;
 411 }
 412
 413
 414
 415
 416 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
 417 {
 418   //-----------------------------------------------------------------
 419   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
 420   // doesn't change internal state of the track
 421   //-----------------------------------------------------------------
 422
 423   Double_t x1=GetX(), x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
 424
 425   if (TMath::Abs(GetSnp()+GetC()*dx) >= AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) {
 426     return 0;
 427   }
 428
 429   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
 430   Double_t c1=GetSnp(), r1=sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 431   Double_t c2=c1 + GetC()*dx, r2=sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 432
 433   y = GetY();
 434   z = GetZ();
 435   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 436   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
 437
 438   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 439   Double_t dz = 0;
 440   //
 441   Double_t delta = GetC()*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 442   /*
 443   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
 444     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
 445   }else{
 446     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 447   }
 448   */
 449   //  dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
 450   dz =  GetTgl()*TMath::ASin(delta)/GetC();
 451   //
 452   y+=dy;
 453   z+=dz;
 454
 455
 456   return 1;
 457 }
 458
 459
 460 //_____________________________________________________________________________
 461 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliCluster *c) const
 462 {
 463   //-----------------------------------------------------------------
 464   // This function calculates a predicted chi2 increment.
 465   //-----------------------------------------------------------------
 466   Double_t p[2]={c->GetY(), c->GetZ()};
 467   Double_t cov[3]={fErrorY2, 0., fErrorZ2};
 468
 469   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 470   if (TMath::Abs(dx)>0){
 471     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 472     Float_t dy = dx*ty;
 473     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 474     p[0] = c->GetY()-dy;
 475     p[1] = c->GetZ()-dz;
 476   }
 477   return AliExternalTrackParam::GetPredictedChi2(p,cov);
 478 }
 479
 480 //_________________________________________________________________________________________
 481
 482
 483 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
 484   //-----------------------------------------------------------------
 485   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
 486   //-----------------------------------------------------------------
 487   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
 488
 489   if (fSort == 0){
 490     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
 491     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
 492     Double_t z2 = t->GetZ();
 493     Double_t z1 = GetZ();
 494     if (z2>z1) return 1;
 495     if (z2<z1) return -1;
 496     return 0;
 497   }
 498   else {
 499     Float_t f2 =1;
 500     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->GetSigma1Pt2())/(t->OneOverPt()+0.0066);
 501     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
 502
 503     Float_t f1 =1;
 504     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(GetSigma1Pt2())/(OneOverPt()+0.0066);
 505
 506     if (fBConstrain)   f1=1.2;
 507
 508     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
 509     else return +1;
 510   }
 511 }
 512
 513
 514
 515
 516 //_____________________________________________________________________________
 517 Bool_t AliTPCseed::Update(const AliCluster *c, Double_t chisq, Int_t index)
 518 {
 519   //-----------------------------------------------------------------
 520   // This function associates a cluster with this track.
 521   //-----------------------------------------------------------------
 522   Int_t n=GetNumberOfClusters();
 523   Int_t idx=GetClusterIndex(n);    // save the current cluster index
 524
 525   AliCluster cl(*c);  cl.SetSigmaY2(fErrorY2); cl.SetSigmaZ2(fErrorZ2);
 526   Float_t dx = ((AliTPCclusterMI*)c)->GetX()-GetX();
 527   if (TMath::Abs(dx)>0){
 528     Float_t ty = TMath::Tan(TMath::ASin(GetSnp()));
 529     Float_t dy = dx*ty;
 530     Float_t dz = dx*TMath::Sqrt(1.+ty*ty)*GetTgl();
 531     cl.SetY(c->GetY()-dy);
 532     cl.SetZ(c->GetZ()-dz);
 533   }
 534
 535   if (!AliTPCtrack::Update(&cl,chisq,index)) return kFALSE;
 536
 537   if (fCMeanSigmaY2p30<0){
 538     fCMeanSigmaY2p30= c->GetSigmaY2();   //! current mean sigma Y2 - mean30%
 539     fCMeanSigmaZ2p30= c->GetSigmaZ2();   //! current mean sigma Z2 - mean30%
 540     fCMeanSigmaY2p30R = 1;   //! current mean sigma Y2 - mean5%
 541     fCMeanSigmaZ2p30R = 1;   //! current mean sigma Z2 - mean5%
 542   }
 543   //
 544   fCMeanSigmaY2p30= 0.70*fCMeanSigmaY2p30 +0.30*c->GetSigmaY2();
 545   fCMeanSigmaZ2p30= 0.70*fCMeanSigmaZ2p30 +0.30*c->GetSigmaZ2();
 546   if (fCurrentSigmaY2>0){
 547     fCMeanSigmaY2p30R = 0.7*fCMeanSigmaY2p30R  +0.3*c->GetSigmaY2()/fCurrentSigmaY2;
 548     fCMeanSigmaZ2p30R = 0.7*fCMeanSigmaZ2p30R  +0.3*c->GetSigmaZ2()/fCurrentSigmaZ2;
 549   }
 550
 551
 552   SetClusterIndex(n,idx);          // restore the current cluster index
 553   return kTRUE;
 554 }
 555
 556
 557
 558 //_____________________________________________________________________________
 559 Float_t AliTPCseed::CookdEdx(Double_t low, Double_t up,Int_t i1, Int_t i2, Bool_t /* onlyused */) {
 560   //-----------------------------------------------------------------
 561   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
 562   //-----------------------------------------------------------------
 563   // CookdEdxAnalytical(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Int_t returnVal)
 564   AliTPCParam *param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 565
 566   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 567   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 568   Int_t row2 = row1+param->GetNRowUp2();
 569   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
 570   Int_t useTot = 0;
 571   if (recoParam) useTot = (recoParam->GetUseTotCharge())? 0:1;
 572   //
 573   //
 574   //
 575   fDEDX[0]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   0);
 576   fDEDX[1]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 0);
 577   fDEDX[2]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 0);
 578   fDEDX[3]      = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 0);
 579   //
 580   fSDEDX[0]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   1);
 581   fSDEDX[1]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 1);
 582   fSDEDX[2]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 1);
 583   fSDEDX[3]     = CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 1);
 584   //
 585   fNCDEDX[0]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,i1  ,i2,   2));
 586   fNCDEDX[1]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,0   ,row0, 2));
 587   fNCDEDX[2]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row0,row1, 2));
 588   fNCDEDX[3]    = TMath::Nint(CookdEdxAnalytical(low,up,useTot ,row1,row2, 2));
 589
 590   SetdEdx(fDEDX[0]);
 591   return fDEDX[0];
 592
 593 //  return CookdEdxNorm(low,up,0,i1,i2,1,0,2);
 594
 595
 596 //   Float_t amp[200];
 597 //   Float_t angular[200];
 598 //   Float_t weight[200];
 599 //   Int_t index[200];
 600 //   //Int_t nc = 0;
 601 //   Float_t meanlog = 100.;
 602
 603 //   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
 604 //   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
 605 //   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
 606 //   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
 607 //   //
 608 //   //
 609 //   fNShared =0;
 610
 611 //   Float_t gainGG = 1;
 612 //   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 613 //     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000.;  //relative gas gain
 614 //   }
 615
 616
 617 //   for (Int_t of =0; of<4; of++){
 618 //     for (Int_t i=of+i1;i<i2;i+=4)
 619 //       {
 620 //      Int_t clindex = fIndex[i];
 621 //      if (clindex<0||clindex&0x8000) continue;
 622
 623 //      //AliTPCTrackPoint * point = (AliTPCTrackPoint *) arr.At(i);
 624 //      AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
 625 //      //AliTPCTrackerPoint * pointm = GetTrackPoint(i-1);
 626 //      //AliTPCTrackerPoint * pointp = 0;
 627 //      //if (i<159) pointp = GetTrackPoint(i+1);
 628
 629 //      if (point==0) continue;
 630 //      AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
 631 //      if (cl==0) continue;
 632 //      if (onlyused && (!cl->IsUsed(10))) continue;
 633 //      if (cl->IsUsed(11)) {
 634 //        fNShared++;
 635 //        continue;
 636 //      }
 637 //      Int_t   type   = cl->GetType();
 638 //      //if (point->fIsShared){
 639 //      //  fNShared++;
 640 //      //  continue;
 641 //      //}
 642 //      //if (pointm)
 643 //      //  if (pointm->fIsShared) continue;
 644 //      //if (pointp)
 645 //      //  if (pointp->fIsShared) continue;
 646
 647 //      if (type<0) continue;
 648 //      //if (type>10) continue;
 649 //      //if (point->GetErrY()==0) continue;
 650 //      //if (point->GetErrZ()==0) continue;
 651
 652 //      //Float_t ddy = (point->GetY()-cl->GetY())/point->GetErrY();
 653 //      //Float_t ddz = (point->GetZ()-cl->GetZ())/point->GetErrZ();
 654 //      //if ((ddy*ddy+ddz*ddz)>10) continue;
 655
 656
 657 //      //      if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
 658 //      if (cl->GetMax()<5) continue;
 659 //      Float_t angley = point->GetAngleY();
 660 //      Float_t anglez = point->GetAngleZ();
 661
 662 //      Float_t rsigmay2 =  point->GetSigmaY();
 663 //      Float_t rsigmaz2 =  point->GetSigmaZ();
 664 //      /*
 665 //      Float_t ns = 1.;
 666 //      if (pointm){
 667 //        rsigmay +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaY();
 668 //        rsigmaz +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaZ();
 669 //        ns+=1.;
 670 //      }
 671 //      if (pointp){
 672 //        rsigmay +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaY();
 673 //        rsigmaz +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaZ();
 674 //        ns+=1.;
 675 //      }
 676 //      rsigmay/=ns;
 677 //      rsigmaz/=ns;
 678 //      */
 679
 680 //      Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay2*rsigmaz2);
 681
 682 //      Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
 683 //      if (i>64){
 684 //        //      ampc = 1.*point->GetCPoint().GetMax();
 685 //        ampc = 1.*cl->GetMax();
 686 //        //ampc = 1.*point->GetCPoint().GetQ();
 687 //        //      AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 688 //        //      Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.6)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.6)+0.5);
 689 //        // Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 690 //        //Float_t dz =
 691 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 692 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 693 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 694 //        //      Float_t zfactor = (AliTPCReconstructor::GetCtgRange()-0.0004*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 695 //        //ampc               *=zfactor;
 696 //      }
 697 //      else{
 698 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetMax();
 699 //        ampc = 1.0*cl->GetMax();
 700 //        //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetQ();
 701 //        //AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
 702 //        // Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.4)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.4)+0.5);
 703 //        //Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
 704 //        //Float_t dz =
 705 //        //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
 706
 707 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
 708 //        //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
 709 //        //    Float_t zfactor = (1.02-0.000*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
 710 //        //ampc               *=zfactor;
 711
 712 //      }
 713 //      ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
 714 //      //ampc *= 0.58;     // put mean value to channel 50
 715 //      Float_t w      =  1.;
 716 //      //      if (type>0)  w =  1./(type/2.-0.5);
 717 //      //      Float_t z = TMath::Abs(cl->GetZ());
 718 //      if (i<64) {
 719 //        ampc /= 0.6;
 720 //        //ampc /= (1+0.0008*z);
 721 //      } else
 722 //        if (i>128){
 723 //          ampc /=1.5;
 724 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 725 //        }else{
 726 //          //ampc /= (1+0.0008*z);
 727 //        }
 728
 729 //      if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
 730 //        // w*= 2.;
 731
 732 //        continue;
 733 //      }
 734 //      if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
 735 //      amp[nc[of]]        = ampc;
 736 //      amp[nc[of]]       /=gainGG;
 737 //      angular[nc[of]]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
 738 //      weight[nc[of]]     = w;
 739 //      nc[of]++;
 740 //       }
 741
 742 //     TMath::Sort(nc[of],amp,index,kFALSE);
 743 //     Float_t sumamp=0;
 744 //     Float_t sumamp2=0;
 745 //     Float_t sumw=0;
 746 //     //meanlog = amp[index[Int_t(nc[of]*0.33)]];
 747 //     meanlog = 50;
 748 //     for (Int_t i=int(nc[of]*low+0.5);i<int(nc[of]*up+0.5);i++){
 749 //       Float_t ampl      = amp[index[i]]/angular[index[i]];
 750 //       ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
 751 //       //
 752 //       sumw    += weight[index[i]];
 753 //       sumamp  += weight[index[i]]*ampl;
 754 //       sumamp2 += weight[index[i]]*ampl*ampl;
 755 //       norm[of]    += angular[index[i]]*weight[index[i]];
 756 //     }
 757 //     if (sumw<1){
 758 //       SetdEdx(0);
 759 //     }
 760 //     else {
 761 //       norm[of] /= sumw;
 762 //       mean[of]  = sumamp/sumw;
 763 //       sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
 764 //       if (sigma[of]>0.1)
 765 //      sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
 766 //       else
 767 //      sigma[of] = 1000;
 768
 769 //     mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
 770 //     //mean  *=(1-0.02*(sigma/(mean*0.17)-1.));
 771 //     //mean *=(1-0.1*(norm-1.));
 772 //     }
 773 //   }
 774
 775 //   Float_t dedx =0;
 776 //   fSdEdx =0;
 777 //   fMAngular =0;
 778 //   //  mean[0]*= (1-0.05*(sigma[0]/(0.01+mean[1]*0.18)-1));
 779 //   //  mean[1]*= (1-0.05*(sigma[1]/(0.01+mean[0]*0.18)-1));
 780
 781
 782 //   //  dedx = (mean[0]* TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+ mean[1]* TMath::Sqrt((1.+nc[1])) )/
 783 //   //  (  TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+TMath::Sqrt((1.+nc[1])));
 784
 785 //   Int_t norm2 = 0;
 786 //   Int_t norm3 = 0;
 787 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 788 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 789 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 790 //       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2);
 791 //       fMAngular += norm[i] *nc[i];
 792 //       norm2     += nc[i];
 793 //       norm3     += nc[i]-2;
 794 //     }
 795 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 796 //     fSDEDX[i] = sigma[i];
 797 //     fNCDEDX[i]= nc[i];
 798 //   }
 799
 800 //   if (norm3>0){
 801 //     dedx   /=norm2;
 802 //     fSdEdx /=norm3;
 803 //     fMAngular/=norm2;
 804 //   }
 805 //   else{
 806 //     SetdEdx(0);
 807 //     return 0;
 808 //   }
 809 //   //  Float_t dedx1 =dedx;
 810 //   /*
 811 //   dedx =0;
 812 //   for (Int_t i =0;i<4;i++){
 813 //     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
 814 //       mean[i]   = mean[i]*(1-0.12*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
 815 //       dedx      += mean[i] *nc[i];
 816 //     }
 817 //     fDEDX[i]  = mean[i];
 818 //   }
 819 //   dedx /= norm2;
 820 //   */
 821
 822
 823 //   SetdEdx(dedx);
 824 //   return dedx;
 825 }
 826
 827 void AliTPCseed::CookPID()
 828 {
 829   //
 830   // cook PID information according dEdx
 831   //
 832   Double_t fRange = 10.;
 833   Double_t fRes   = 0.1;
 834   Double_t fMIP   = 47.;
 835   //
 836   Int_t ns=AliPID::kSPECIES;
 837   Double_t sumr =0;
 838   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 839     Double_t mass=AliPID::ParticleMass(j);
 840     Double_t mom=GetP();
 841     Double_t dedx=fdEdx/fMIP;
 842     Double_t bethe=AliMathBase::BetheBlochAleph(mom/mass);
 843     Double_t sigma=fRes*bethe;
 844     if (sigma>0.001){
 845       if (TMath::Abs(dedx-bethe) > fRange*sigma) {
 846         fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*fRange*fRange)/sigma;
 847         sumr+=fTPCr[j];
 848         continue;
 849       }
 850       fTPCr[j]=TMath::Exp(-0.5*(dedx-bethe)*(dedx-bethe)/(sigma*sigma))/sigma;
 851       sumr+=fTPCr[j];
 852     }
 853     else{
 854       fTPCr[j]=1.;
 855       sumr+=fTPCr[j];
 856     }
 857   }
 858   for (Int_t j=0; j<ns; j++) {
 859     fTPCr[j]/=sumr;           //normalize
 860   }
 861 }
 862
 863 Double_t AliTPCseed::GetYat(Double_t xk) const {
 864 //-----------------------------------------------------------------
 865 // This function calculates the Y-coordinate of a track at the plane x=xk.
 866 //-----------------------------------------------------------------
 867   if (TMath::Abs(GetSnp())>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0.; //patch 01 jan 06
 868     Double_t c1=GetSnp(), r1=TMath::Sqrt((1.-c1)*(1.+c1));
 869     Double_t c2=c1+GetC()*(xk-GetX());
 870     if (TMath::Abs(c2)>AliTPCReconstructor::GetMaxSnpTrack()) return 0;
 871     Double_t r2=TMath::Sqrt((1.-c2)*(1.+c2));
 872     return GetY() + (xk-GetX())*(c1+c2)/(r1+r2);
 873 }
 874
 875
 876
 877 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxNorm(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Bool_t shapeNorm,Int_t posNorm, Int_t padNorm, Int_t returnVal){
 878
 879   //
 880   // calculates dedx using the cluster
 881   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
 882   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
 883   //           //2- max no corr 3- total+ correction
 884   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
 885   // shapeNorm - kTRUE  -taken from OCDB
 886   //
 887   // posNorm   - usage of pos normalization
 888   // padNorm   - pad type normalization
 889   // returnVal - 0 return mean
 890   //           - 1 return RMS
 891   //           - 2 return number of clusters
 892   //
 893   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
 894   //
 895   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
 896   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
 897   if (!parcl)  return 0;
 898   if (!param) return 0;
 899   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
 900   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
 901
 902   Float_t amp[160];
 903   Int_t   indexes[160];
 904   Int_t   ncl=0;
 905   //
 906   //
 907   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
 908   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
 909   Float_t corrShape   = 1;  // correction due angular effect, diffusion and electron attachment
 910   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
 911   Float_t corrPadType = 1;  // pad type correction - if padNorm enabled
 912   Float_t corrNorm    = 1;  // normalization factor - set Q to channel 50
 913   //
 914   //
 915   //
 916   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
 917     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
 918   }
 919
 920   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
 921   const Float_t kedgey =3.;
 922   //
 923   //
 924   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
 925     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
 926     if (!cluster) continue;
 927     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
 928     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
 929     Int_t  ipad= 0;
 930     if (irow>=row0) ipad=1;
 931     if (irow>=row1) ipad=2;
 932     //
 933     //
 934     //
 935     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
 936     if (gainMap) {
 937       //
 938       // Get gainPad - pad by pad calibration
 939       //
 940       Float_t factor = 1;
 941       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
 942       if (irow < row0) { // IROC
 943         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 944       } else {         // OROC
 945         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
 946       }
 947       if (factor>0.5) gainPad=factor;
 948     }
 949     //
 950     //do position and angular normalization
 951     //
 952     if (shapeNorm){
 953       if (type<=1){
 954         //
 955         AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
 956         Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
 957         Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
 958
 959         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
 960         corrShape  = parcl->Qnorm(ipad,type,dr,ty,tz);
 961       }
 962     }
 963
 964     if (posNorm>0){
 965       //
 966       // Do position normalization - relative distance to
 967       // center of pad- time bin
 968       // Work in progress
 969       //      corrPos = parcl->QnormPos(ipad,type, cluster->GetPad(),
 970       //                                cluster->GetTimeBin(), cluster->GetZ(),
 971       //                                cluster->GetSigmaY2(),cluster->GetSigmaZ2(),
 972       //                                cluster->GetMax(),cluster->GetQ());
 973       // scaled response function
 974       Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
 975       Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
 976       //
 977
 978       AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
 979       Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
 980       Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
 981
 982       if (type==1) corrPos =
 983         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
 984                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,0.4);
 985       if (type==0) corrPos =
 986         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
 987                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,0.4);
 988       if (posNorm==3){
 989         Float_t dr    = (250.-TMath::Abs(cluster->GetZ()))/250.;
 990         Double_t signtgl = (cluster->GetZ()*point->GetAngleZ()>0)? 1:-1;
 991         Double_t p2 = TMath::Abs(TMath::Sin(TMath::ATan(ty)));
 992         Float_t corrHis = parcl->QnormHis(ipad,type,dr,p2,TMath::Abs(point->GetAngleZ())*signtgl);
 993         if (corrHis>0) corrPos*=corrHis;
 994       }
 995
 996     }
 997
 998     if (padNorm==1){
 999       //taken from OCDB
1000       if (type==0 && parcl->QpadTnorm()) corrPadType = (*parcl->QpadTnorm())[ipad];
1001       if (type==1 && parcl->QpadMnorm()) corrPadType = (*parcl->QpadMnorm())[ipad];
1002
1003     }
1004     if (padNorm==2){
1005       corrPadType  =param->GetPadPitchLength(cluster->GetDetector(),cluster->GetRow());
1006       //use hardwired - temp fix
1007       if (type==0) corrNorm=3.;
1008       if (type==1) corrNorm=1.;
1009     }
1010     //
1011     amp[ncl]=charge;
1012     amp[ncl]/=gainGG;
1013     amp[ncl]/=gainPad;
1014     amp[ncl]/=corrShape;
1015     amp[ncl]/=corrPadType;
1016     amp[ncl]/=corrPos;
1017     amp[ncl]/=corrNorm;
1018     //
1019     ncl++;
1020   }
1021
1022   if (type>3) return ncl;
1023   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1024
1025   if (ncl<10) return 0;
1026
1027   Float_t suma=0;
1028   Float_t suma2=0;
1029   Float_t sumn=0;
1030   Int_t icl0=TMath::Nint(ncl*low);
1031   Int_t icl1=TMath::Nint(ncl*up);
1032   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1033     suma+=amp[indexes[icl]];
1034     suma2+=amp[indexes[icl]]*amp[indexes[icl]];
1035     sumn++;
1036   }
1037   Float_t mean =suma/sumn;
1038   Float_t rms  =TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1039   //
1040   // do time-dependent correction for pressure and temperature variations
1041   UInt_t runNumber = 1;
1042   Float_t corrTimeGain = 1;
1043   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1044   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
1045   if (trans && recoParam->GetUseGainCorrectionTime()>0) {
1046     runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1047     //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1048     TObjArray * timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1049     if (timeGainSplines) {
1050       UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1051       AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1052       AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1053       if (fitMIP) {
1054         corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitMIP, time);/*fitMIP->Eval(time);*/
1055       } else {
1056         if (fitFPcosmic) corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitFPcosmic, time);/*fitFPcosmic->Eval(time);*/
1057       }
1058     }
1059   }
1060   mean /= corrTimeGain;
1061   rms /= corrTimeGain;
1062   //
1063   if (returnVal==1) return rms;
1064   if (returnVal==2) return ncl;
1065   return mean;
1066 }
1067
1068 Float_t  AliTPCseed::CookdEdxAnalytical(Double_t low, Double_t up, Int_t type, Int_t i1, Int_t i2, Int_t returnVal, Int_t rowThres, Int_t mode){
1069
1070   //
1071   // calculates dedx using the cluster
1072   // low    -  up specify trunc mean range  - default form 0-0.7
1073   // type   -  1 - max charge  or 0- total charge in cluster
1074   //           //2- max no corr 3- total+ correction
1075   // i1-i2  -  the pad-row range used for calculation
1076   //
1077   // posNorm   - usage of pos normalization
1078   // returnVal - 0  return mean
1079   //           - 1  return RMS
1080   //           - 2  return number of clusters
1081   //           - 3  ratio
1082   //           - 4  mean upper half
1083   //           - 5  mean  - lower half
1084   //           - 6  third moment
1085   // mode      - 0 - linear
1086   //           - 1 - logatithmic
1087   // rowThres  - number of rows before and after given pad row to check for clusters below threshold
1088   //
1089   // normalization parametrization taken from AliTPCClusterParam
1090   //
1091   AliTPCClusterParam * parcl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1092   AliTPCParam * param = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1093   if (!parcl)  return 0;
1094   if (!param) return 0;
1095   Int_t row0 = param->GetNRowLow();
1096   Int_t row1 = row0+param->GetNRowUp1();
1097
1098   Float_t amp[160];
1099   Int_t   indexes[160];
1100   Int_t   ncl=0;
1101   Int_t   nclBelowThr = 0; // counts number of clusters below threshold
1102   //
1103   //
1104   Float_t gainGG      = 1;  // gas gain factor -always enabled
1105   Float_t gainPad     = 1;  // gain map  - used always
1106   Float_t corrPos     = 1;  // local position correction - if posNorm enabled
1107   //
1108   //
1109   //
1110   if (AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()){
1111     gainGG= AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters()->GetGasGain()/20000;  //relative gas gain
1112   }
1113   //
1114   // extract time-dependent correction for pressure and temperature variations
1115   //
1116   UInt_t runNumber = 1;
1117   Float_t corrTimeGain = 1;
1118   TObjArray * timeGainSplines = 0x0;
1119   TGraphErrors * grPadEqual = 0x0;
1120   //
1121   AliTPCTransform * trans = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform();
1122   const AliTPCRecoParam * recoParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTransform()->GetCurrentRecoParam();
1123   //
1124   if (recoParam->GetNeighborRowsDedx() == 0) rowThres = 0;
1125   //
1126   if (trans) {
1127       runNumber = trans->GetCurrentRunNumber();
1128       //AliTPCcalibDB::Instance()->SetRun(runNumber);
1129       timeGainSplines = AliTPCcalibDB::Instance()->GetTimeGainSplinesRun(runNumber);
1130       if (timeGainSplines && recoParam->GetUseGainCorrectionTime()>0) {
1131         UInt_t time = trans->GetCurrentTimeStamp();
1132         AliSplineFit * fitMIP = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(0);
1133         AliSplineFit * fitFPcosmic = (AliSplineFit *) timeGainSplines->At(1);
1134         if (fitMIP) {
1135           corrTimeGain =  AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitMIP, time); /*fitMIP->Eval(time);*/
1136         } else {
1137           if (fitFPcosmic) corrTimeGain = AliTPCcalibDButil::EvalGraphConst(fitFPcosmic, time); /*fitFPcosmic->Eval(time); */
1138         }
1139         //
1140         if (type==1) grPadEqual = (TGraphErrors * ) timeGainSplines->FindObject("TGRAPHERRORS_MEANQMAX_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");
1141         if (type==0) grPadEqual = (TGraphErrors * ) timeGainSplines->FindObject("TGRAPHERRORS_MEANQTOT_PADREGIONGAIN_BEAM_ALL");
1142       }
1143   }
1144
1145   const Float_t kClusterShapeCut = 1.5; // IMPPRTANT TO DO: move value to AliTPCRecoParam
1146   const Float_t ktany = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*10);
1147   const Float_t kedgey =3.;
1148   //
1149   //
1150   for (Int_t irow=i1; irow<i2; irow++){
1151     AliTPCclusterMI* cluster = GetClusterPointer(irow);
1152     if (!cluster && irow > 1 && irow < 157) {
1153       Bool_t isClBefore = kFALSE;
1154       Bool_t isClAfter  = kFALSE;
1155       for(Int_t ithres = 1; ithres <= rowThres; ithres++) {
1156         AliTPCclusterMI * clusterBefore = GetClusterPointer(irow - ithres);
1157         if (clusterBefore) isClBefore = kTRUE;
1158         AliTPCclusterMI * clusterAfter  = GetClusterPointer(irow + ithres);
1159         if (clusterAfter) isClAfter = kTRUE;
1160       }
1161       if (isClBefore && isClAfter) nclBelowThr++;
1162     }
1163     if (!cluster) continue;
1164     //
1165     //
1166     if (TMath::Abs(cluster->GetY())>cluster->GetX()*ktany-kedgey) continue; // edge cluster
1167     //
1168     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(irow);
1169     if (point==0) continue;
1170     Float_t rsigmay = TMath::Sqrt(point->GetSigmaY());
1171     if (rsigmay > kClusterShapeCut) continue;
1172     //
1173     if (cluster->IsUsed(11)) continue; // remove shared clusters for PbPb
1174     //
1175     Float_t charge= (type%2)? cluster->GetMax():cluster->GetQ();
1176     Int_t  ipad= 0;
1177     if (irow>=row0) ipad=1;
1178     if (irow>=row1) ipad=2;
1179     //
1180     //
1181     //
1182     AliTPCCalPad * gainMap =  AliTPCcalibDB::Instance()->GetDedxGainFactor();
1183     if (gainMap) {
1184       //
1185       // Get gainPad - pad by pad calibration
1186       //
1187       Float_t factor = 1;
1188       AliTPCCalROC * roc = gainMap->GetCalROC(cluster->GetDetector());
1189       if (irow < row0) { // IROC
1190         factor = roc->GetValue(irow, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1191       } else {         // OROC
1192         factor = roc->GetValue(irow - row0, TMath::Nint(cluster->GetPad()));
1193       }
1194       if (factor>0.3) gainPad=factor;
1195     }
1196     //
1197     // Do position normalization - relative distance to
1198     // center of pad- time bin
1199
1200     Float_t              ty = TMath::Abs(point->GetAngleY());
1201     Float_t              tz = TMath::Abs(point->GetAngleZ()*TMath::Sqrt(1+ty*ty));
1202     Float_t yres0 = parcl->GetRMS0(0,ipad,0,0)/param->GetPadPitchWidth(cluster->GetDetector());
1203     Float_t zres0 = parcl->GetRMS0(1,ipad,0,0)/param->GetZWidth();
1204
1205     yres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,0);
1206     zres0 *=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,1);
1207     Float_t effLength=parcl->GetQnormCorr(ipad, type,4)*0.5;
1208     Float_t effDiff  =(parcl->GetQnormCorr(ipad, type,2)+parcl->GetQnormCorr(ipad, type,3))*0.5;
1209     //
1210     if (type==1) {
1211       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1212         parcl->QmaxCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1213                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,effLength,effDiff);
1214       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1215       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1216       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1217       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1218       //
1219     }
1220     if (type==0) {
1221       corrPos = parcl->GetQnormCorr(ipad, type,5)*
1222         parcl->QtotCorrection(cluster->GetDetector(), cluster->GetRow(),cluster->GetPad(),
1223                               cluster->GetTimeBin(),ty,tz,yres0,zres0,cluster->GetQ(),2.5,effLength,effDiff);
1224
1225       Float_t drm   = 0.5-TMath::Abs(cluster->GetZ()/250.);
1226       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,0)*drm);
1227       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,1)*ty*ty);
1228       corrPos*=(1+parcl->GetQnormCorr(ipad, type+2,2)*tz*tz);
1229       //
1230     }
1231     //
1232     // pad region equalization outside of cluster param
1233     //
1234     Float_t gainEqualPadRegion = 1;
1235     if (grPadEqual) gainEqualPadRegion = grPadEqual->Eval(ipad);
1236     //
1237     amp[ncl]=charge;
1238     amp[ncl]/=gainGG;
1239     amp[ncl]/=gainPad;
1240     amp[ncl]/=corrPos;
1241     amp[ncl]/=gainEqualPadRegion;
1242     //
1243     ncl++;
1244   }
1245
1246   if (type==2) return ncl;
1247   TMath::Sort(ncl,amp, indexes, kFALSE);
1248   //
1249   if (ncl<10) return 0;
1250   //
1251   Double_t * ampWithBelow = new Double_t[ncl + nclBelowThr];
1252   for(Int_t iCl = 0; iCl < ncl + nclBelowThr; iCl++) {
1253     if (iCl < nclBelowThr) {
1254       ampWithBelow[iCl] = amp[indexes[0]];
1255     } else {
1256       ampWithBelow[iCl] = amp[indexes[iCl - nclBelowThr]];
1257     }
1258   }
1259   //printf("DEBUG: %i shit %f", nclBelowThr, amp[indexes[0]]);
1260   //
1261   Float_t suma=0;
1262   Float_t suma2=0;
1263   Float_t suma3=0;
1264   Float_t sumaS=0;
1265   Float_t sumn=0;
1266   // upper,and lower part statistic
1267   Float_t sumL=0, sumL2=0, sumLN=0;
1268   Float_t sumD=0, sumD2=0, sumDN=0;
1269
1270   Int_t icl0=TMath::Nint((ncl + nclBelowThr)*low);
1271   Int_t icl1=TMath::Nint((ncl + nclBelowThr)*up);
1272   Int_t iclm=TMath::Nint((ncl + nclBelowThr)*(low +(up+low)*0.5));
1273   //
1274   for (Int_t icl=icl0; icl<icl1;icl++){
1275     if (ampWithBelow[icl]<0.1) continue;
1276     Double_t camp=ampWithBelow[icl]/corrTimeGain;
1277     if (mode==1) camp= TMath::Log(camp);
1278     if (icl<icl1){
1279       suma+=camp;
1280       suma2+=camp*camp;
1281       suma3+=camp*camp*camp;
1282       sumaS+=TMath::Power(TMath::Abs(camp),1./3.);
1283       sumn++;
1284     }
1285     if (icl>iclm){
1286       sumL+=camp;
1287       sumL2+=camp*camp;
1288       sumLN++;
1289       }
1290     if (icl<=iclm){
1291       sumD+=camp;
1292       sumD2+=camp*camp;
1293       sumDN++;
1294     }
1295   }
1296   //
1297   Float_t mean = 0;
1298   Float_t meanL = 0;
1299   Float_t meanD = 0;           // lower half mean
1300   if (sumn > 1e-30)   mean =suma/sumn;
1301   if (sumLN > 1e-30)  meanL =sumL/sumLN;
1302   if (sumDN > 1e-30)  meanD =(sumD/sumDN);
1303   /*
1304   Float_t mean =suma/sumn;
1305   Float_t meanL = sumL/sumLN;
1306   Float_t meanD =(sumD/sumDN);           // lower half mean
1307   */
1308
1309   Float_t rms = 0;
1310   Float_t mean2=0;
1311   Float_t mean3=0;
1312   Float_t meanS=0;
1313
1314   if(sumn>0){
1315     rms = TMath::Sqrt(TMath::Abs(suma2/sumn-mean*mean));
1316     mean2=suma2/sumn;
1317     mean3=suma3/sumn;
1318     meanS=sumaS/sumn;
1319   }
1320
1321   if (mean2>0) mean2=TMath::Power(TMath::Abs(mean2),1./2.);
1322   if (mean3>0) mean3=TMath::Power(TMath::Abs(mean3),1./3.);
1323   if (meanS>0) meanS=TMath::Power(TMath::Abs(meanS),3.);
1324   //
1325   if (mode==1) mean=TMath::Exp(mean);
1326   if (mode==1) meanL=TMath::Exp(meanL);  // upper truncation
1327   if (mode==1) meanD=TMath::Exp(meanD);  // lower truncation
1328   //
1329   delete [] ampWithBelow;
1330
1331
1332   //
1333   if (returnVal==1) return rms;
1334   if (returnVal==2) return ncl;
1335   if (returnVal==3) return Double_t(nclBelowThr)/Double_t(nclBelowThr+ncl);
1336   if (returnVal==4) return meanL;
1337   if (returnVal==5) return meanD;
1338   if (returnVal==6) return mean2;
1339   if (returnVal==7) return mean3;
1340   if (returnVal==8) return meanS;
1341   return mean;
1342 }
1343
1344
1345
1346
1347 Float_t  AliTPCseed::CookShape(Int_t type){
1348   //
1349   //
1350   //
1351  //-----------------------------------------------------------------
1352   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
1353   //-----------------------------------------------------------------
1354   Float_t means=0;
1355   Float_t meanc=0;
1356   for (Int_t i =0; i<160;i++)    {
1357     AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
1358     if (point==0) continue;
1359
1360     AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
1361     if (cl==0) continue;
1362
1363     Float_t rsigmay =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaY());
1364     Float_t rsigmaz =  TMath::Sqrt(point->GetSigmaZ());
1365     Float_t rsigma =   (rsigmay+rsigmaz)*0.5;
1366     if (type==0) means+=rsigma;
1367     if (type==1) means+=rsigmay;
1368     if (type==2) means+=rsigmaz;
1369     meanc++;
1370   }
1371   Float_t mean = (meanc>0)? means/meanc:0;
1372   return mean;
1373 }
1374
1375
1376
1377 Int_t  AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed *seed, AliExternalTrackParam * parin, AliExternalTrackParam * parout){
1378   //
1379   // Refit the track
1380   // return value - number of used clusters
1381   //
1382   //
1383   const Int_t kMinNcl =10;
1384   AliTPCseed *track=new AliTPCseed(*seed);
1385   Int_t sector=-1;
1386   // reset covariance
1387   //
1388   Double_t covar[15];
1389   for (Int_t i=0;i<15;i++) covar[i]=0;
1390   covar[0]=10.*10.;
1391   covar[2]=10.*10.;
1392   covar[5]=10.*10./(64.*64.);
1393   covar[9]=10.*10./(64.*64.);
1394   covar[14]=1*1;
1395   //
1396
1397   Float_t xmin=1000, xmax=-10000;
1398   Int_t imin=158, imax=0;
1399   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
1400     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1401     if (!c) continue;
1402     if (sector<0) sector = c->GetDetector();
1403     if (c->GetX()<xmin) xmin=c->GetX();
1404     if (c->GetX()>xmax) xmax=c->GetX();
1405     if (i<imin) imin=i;
1406     if (i>imax) imax=i;
1407   }
1408   if(imax-imin<kMinNcl) {
1409     delete track;
1410     return 0 ;
1411   }
1412   // Not succes to rotate
1413   if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1414     delete track;
1415     return 0;
1416   }
1417   //
1418   //
1419   // fit from inner to outer row
1420   //
1421   AliExternalTrackParam paramIn;
1422   AliExternalTrackParam paramOut;
1423   Bool_t isOK=kTRUE;
1424   Int_t ncl=0;
1425   //
1426   //
1427   //
1428   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1429     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1430     if (!c) continue;
1431     //    if (RejectCluster(c,track)) continue;
1432     sector = (c->GetDetector()%18);
1433     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1434       //continue;
1435     }
1436     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1437     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1438     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1439       isOK=kFALSE;
1440     }
1441     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1442   }
1443   if (!isOK) { delete track; return 0;}
1444   track->AddCovariance(covar);
1445   //
1446   //
1447   //
1448   for (Int_t i=imax; i>=imin; i--){
1449     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1450     if (!c) continue;
1451     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1452     sector = (c->GetDetector()%18);
1453     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1454       //continue;
1455     }
1456     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1457     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1458     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1459       isOK=kFALSE;
1460     }
1461     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1462   }
1463   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1464   paramIn = *track;
1465   track->AddCovariance(covar);
1466   //
1467   //
1468   for (Int_t i=imin; i<=imax; i++){
1469     AliTPCclusterMI *c=track->GetClusterPointer(i);
1470     if (!c) continue;
1471     sector = (c->GetDetector()%18);
1472     if (!track->Rotate(TMath::DegToRad()*(sector%18*20.+10.)-track->GetAlpha())) {
1473       //continue;
1474     }
1475     ncl++;
1476     //if (RejectCluster(c,track)) continue;
1477     Double_t r[3]={c->GetX(),c->GetY(),c->GetZ()};
1478     Double_t cov[3]={0.01,0.,0.01}; //TODO: correct error parametrisation
1479     if (!track->PropagateTo(r[0])) {
1480       isOK=kFALSE;
1481     }
1482     if ( !((static_cast<AliExternalTrackParam*>(track)->Update(&r[1],cov)))) isOK=kFALSE;
1483   }
1484   //if (!isOK) { delete track; return 0;}
1485   paramOut=*track;
1486   //
1487   //
1488   //
1489   if (parin) (*parin)=paramIn;
1490   if (parout) (*parout)=paramOut;
1491   delete track;
1492   return ncl;
1493 }
1494
1495
1496
1497 Bool_t AliTPCseed::RefitTrack(AliTPCseed* /*seed*/, Bool_t /*out*/){
1498   //
1499   //
1500   //
1501   return kFALSE;
1502 }
1503
1504
1505
1506
1507
1508
1509 void  AliTPCseed::GetError(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1510                                   Double_t& erry, Double_t &errz)
1511 {
1512   //
1513   // Get cluster error at given position
1514   //
1515   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1516   Double_t tany,tanz;
1517   Double_t snp1=param->GetSnp();
1518   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1519   //
1520   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1521   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1522   //
1523   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1524   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1525     padSize = 1;                              // medium pads
1526     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1527   }
1528
1529   erry  = clusterParam->GetError0Par( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany) );
1530   errz  = clusterParam->GetError0Par( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) );
1531 }
1532
1533
1534 void  AliTPCseed::GetShape(AliTPCclusterMI* cluster, AliExternalTrackParam * param,
1535                                   Double_t& rmsy, Double_t &rmsz)
1536 {
1537   //
1538   // Get cluster error at given position
1539   //
1540   AliTPCClusterParam *clusterParam = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1541   Double_t tany,tanz;
1542   Double_t snp1=param->GetSnp();
1543   tany=snp1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1544   //
1545   Double_t tgl1=param->GetTgl();
1546   tanz=tgl1/TMath::Sqrt((1.-snp1)*(1.+snp1));
1547   //
1548   Int_t padSize = 0;                          // short pads
1549   if (cluster->GetDetector() >= 36) {
1550     padSize = 1;                              // medium pads
1551     if (cluster->GetRow() > 63) padSize = 2; // long pads
1552   }
1553
1554   rmsy  = clusterParam->GetRMSQ( 0, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tany), TMath::Abs(cluster->GetMax()) );
1555   rmsz  = clusterParam->GetRMSQ( 1, padSize, (250.0 - TMath::Abs(cluster->GetZ())), TMath::Abs(tanz) ,TMath::Abs(cluster->GetMax()));
1556 }
1557
1558
1559
1560 Double_t AliTPCseed::GetQCorrGeom(Float_t ty, Float_t tz){
1561   //Geoetrical
1562   //ty    - tangent in local y direction
1563   //tz    - tangent
1564   //
1565   Float_t norm=TMath::Sqrt(1+ty*ty+tz*tz);
1566   return norm;
1567 }
1568
1569 Double_t AliTPCseed::GetQCorrShape(Int_t ipad, Int_t type,Float_t z, Float_t ty, Float_t tz, Float_t /*q*/, Float_t /*thr*/){
1570   //
1571   // Q normalization
1572   //
1573   // return value =  Q Normalization factor
1574   // Normalization - 1 - shape factor part for full drift
1575   //                 1 - electron attachment for 0 drift
1576
1577   // Input parameters:
1578   //
1579   // ipad - 0 short pad
1580   //        1 medium pad
1581   //        2 long pad
1582   //
1583   // type - 0 qmax
1584   //      - 1 qtot
1585   //
1586   //z     - z position (-250,250 cm)
1587   //ty    - tangent in local y direction
1588   //tz    - tangent
1589   //
1590
1591   AliTPCClusterParam * paramCl = AliTPCcalibDB::Instance()->GetClusterParam();
1592   AliTPCParam   * paramTPC = AliTPCcalibDB::Instance()->GetParameters();
1593
1594   if (!paramCl) return 1;
1595   //
1596   Double_t dr =  250.-TMath::Abs(z);
1597   Double_t sy =  paramCl->GetRMS0( 0,ipad, dr, TMath::Abs(ty));
1598   Double_t sy0=  paramCl->GetRMS0(0,ipad, 250, 0);
1599   Double_t sz =  paramCl->GetRMS0( 1,ipad, dr, TMath::Abs(tz));
1600   Double_t sz0=  paramCl->GetRMS0(1,ipad, 250, 0);
1601
1602   Double_t sfactorMax = TMath::Sqrt(sy0*sz0/(sy*sz));
1603
1604
1605   Double_t dt = 1000000*(dr/paramTPC->GetDriftV());  //time in microsecond
1606   Double_t attProb = TMath::Exp(-paramTPC->GetAttCoef()*paramTPC->GetOxyCont()*dt);
1607   //
1608   //
1609   if (type==0) return sfactorMax*attProb;
1610
1611   return attProb;
1612
1613
1614 }
1615