TPC/AliTPCtrackerMI.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16
  17 //-------------------------------------------------------
  18 //          Implementation of the TPC tracker
  19 //
  20 //   Origin: Marian Ivanov   Marian.Ivanov@cern.ch
  21 //
  22 //  AliTPC parallel tracker -
  23 //  How to use?  -
  24 //  run AliTPCFindClusters.C macro - clusters neccessary for tracker are founded
  25 //  run AliTPCFindTracksMI.C macro - to find tracks
  26 //  tracks are written to AliTPCtracks.root file
  27 //  for comparison also seeds are written to the same file - to special branch
  28 //-------------------------------------------------------
  29
  30
  31 /* $Id$ */
  32
  33
  34
  35 #include "Riostream.h"
  36 #include <TClonesArray.h>
  37 #include <TFile.h>
  38 #include <TObjArray.h>
  39 #include <TTree.h>
  40
  41 #include "AliComplexCluster.h"
  42 #include "AliESD.h"
  43 #include "AliHelix.h"
  44 #include "AliRunLoader.h"
  45 #include "AliTPCClustersRow.h"
  46 #include "AliTPCParam.h"
  47 #include "AliTPCclusterMI.h"
  48 #include "AliTPCpolyTrack.h"
  49 #include "AliTPCreco.h"
  50 #include "AliTPCtrackerMI.h"
  51 #include "TStopwatch.h"
  52
  53 #include "AliTPCReconstructor.h"
  54 #include "AliESDkink.h"
  55 #include "TTreeStream.h"
  56 //
  57
  58 ClassImp(AliTPCseed)
  59 ClassImp(AliTPCtrackerMI)
  60
  61
  62 class AliTPCFastMath {
  63 public:
  64   AliTPCFastMath();
  65   static Double_t FastAsin(Double_t x);
  66  private:
  67   static Double_t fgFastAsin[20000];  //lookup table for fast asin computation
  68 };
  69
  70 Double_t AliTPCFastMath::fgFastAsin[20000];
  71 AliTPCFastMath gAliTPCFastMath; // needed to fill the LUT
  72
  73 AliTPCFastMath::AliTPCFastMath(){
  74   //
  75   // initialized lookup table;
  76   for (Int_t i=0;i<10000;i++){
  77     fgFastAsin[2*i] = TMath::ASin(i/10000.);
  78     fgFastAsin[2*i+1] = (TMath::ASin((i+1)/10000.)-fgFastAsin[2*i]);
  79   }
  80 }
  81
  82 Double_t AliTPCFastMath::FastAsin(Double_t x){
  83   //
  84   // return asin using lookup table
  85   if (x>0){
  86     Int_t index = int(x*10000);
  87     return fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1];
  88   }
  89   x*=-1;
  90   Int_t index = int(x*10000);
  91   return -(fgFastAsin[2*index]+(x*10000.-index)*fgFastAsin[2*index+1]);
  92 }
  93
  94
  95
  96
  97 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateTrack(AliTPCseed * track, Int_t accept){
  98   //
  99   //update track information using current cluster - track->fCurrentCluster
 100
 101
 102   AliTPCclusterMI* c =track->fCurrentCluster;
 103   if (accept>0) track->fCurrentClusterIndex1 |=0x8000;  //sign not accepted clusters
 104
 105   UInt_t i = track->fCurrentClusterIndex1;
 106
 107   Int_t sec=(i&0xff000000)>>24;
 108   //Int_t row = (i&0x00ff0000)>>16;
 109   track->fRow=(i&0x00ff0000)>>16;
 110   track->fSector = sec;
 111   //  Int_t index = i&0xFFFF;
 112   if (sec>=fParam->GetNInnerSector()) track->fRow += fParam->GetNRowLow();
 113   track->SetClusterIndex2(track->fRow, i);
 114   //track->fFirstPoint = row;
 115   //if ( track->fLastPoint<row) track->fLastPoint =row;
 116   //  if (track->fRow<0 || track->fRow>160) {
 117   //  printf("problem\n");
 118   //}
 119   if (track->fFirstPoint>track->fRow)
 120     track->fFirstPoint = track->fRow;
 121   if (track->fLastPoint<track->fRow)
 122     track->fLastPoint  = track->fRow;
 123
 124
 125   track->fClusterPointer[track->fRow] = c;
 126   //
 127
 128   Float_t angle2 = track->GetSnp()*track->GetSnp();
 129   angle2 = TMath::Sqrt(angle2/(1-angle2));
 130   //
 131   //SET NEW Track Point
 132   //
 133   //  if (debug)
 134   {
 135     AliTPCTrackerPoint   &point =*(track->GetTrackPoint(track->fRow));
 136     //
 137     point.SetSigmaY(c->GetSigmaY2()/track->fCurrentSigmaY2);
 138     point.SetSigmaZ(c->GetSigmaZ2()/track->fCurrentSigmaZ2);
 139     point.SetErrY(sqrt(track->fErrorY2));
 140     point.SetErrZ(sqrt(track->fErrorZ2));
 141     //
 142     point.SetX(track->GetX());
 143     point.SetY(track->GetY());
 144     point.SetZ(track->GetZ());
 145     point.SetAngleY(angle2);
 146     point.SetAngleZ(track->GetTgl());
 147     if (point.fIsShared){
 148       track->fErrorY2 *= 4;
 149       track->fErrorZ2 *= 4;
 150     }
 151   }
 152
 153   Double_t chi2 = track->GetPredictedChi2(track->fCurrentCluster);
 154   //
 155   track->fErrorY2 *= 1.3;
 156   track->fErrorY2 += 0.01;
 157   track->fErrorZ2 *= 1.3;
 158   track->fErrorZ2 += 0.005;
 159     //}
 160   if (accept>0) return 0;
 161   if (track->GetNumberOfClusters()%20==0){
 162     //    if (track->fHelixIn){
 163     //  TClonesArray & larr = *(track->fHelixIn);
 164     //  Int_t ihelix = larr.GetEntriesFast();
 165     //  new(larr[ihelix]) AliHelix(*track) ;
 166     //}
 167   }
 168   track->fNoCluster =0;
 169   return track->Update(c,chi2,i);
 170 }
 171
 172
 173
 174 Int_t AliTPCtrackerMI::AcceptCluster(AliTPCseed * seed, AliTPCclusterMI * cluster, Float_t factor,
 175                                       Float_t cory, Float_t corz)
 176 {
 177   //
 178   // decide according desired precision to accept given
 179   // cluster for tracking
 180   Double_t sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
 181   Double_t sz2=ErrZ2(seed,cluster)*corz;
 182   //sy2=ErrY2(seed,cluster)*cory;
 183   //sz2=ErrZ2(seed,cluster)*cory;
 184
 185   Double_t sdistancey2 = sy2+seed->GetSigmaY2();
 186   Double_t sdistancez2 = sz2+seed->GetSigmaZ2();
 187
 188   Double_t rdistancey2 = (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())*
 189     (seed->fCurrentCluster->GetY()-seed->GetY())/sdistancey2;
 190   Double_t rdistancez2 = (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())*
 191     (seed->fCurrentCluster->GetZ()-seed->GetZ())/sdistancez2;
 192
 193   Double_t rdistance2  = rdistancey2+rdistancez2;
 194   //Int_t  accept =0;
 195
 196   if (rdistance2>16) return 3;
 197
 198
 199   if ((rdistancey2>9.*factor || rdistancez2>9.*factor) && cluster->GetType()==0)
 200     return 2;  //suspisiouce - will be changed
 201
 202   if ((rdistancey2>6.25*factor || rdistancez2>6.25*factor) && cluster->GetType()>0)
 203     // strict cut on overlaped cluster
 204     return  2;  //suspisiouce - will be changed
 205
 206   if ( (rdistancey2>1.*factor || rdistancez2>6.25*factor )
 207        && cluster->GetType()<0){
 208     seed->fNFoundable--;
 209     return 2;
 210   }
 211   return 0;
 212 }
 213
 214
 215
 216
 217 //_____________________________________________________________________________
 218 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCParam *par):
 219 AliTracker(), fkNIS(par->GetNInnerSector()/2), fkNOS(par->GetNOuterSector()/2)
 220 {
 221   //---------------------------------------------------------------------
 222   // The main TPC tracker constructor
 223   //---------------------------------------------------------------------
 224   fInnerSec=new AliTPCSector[fkNIS];
 225   fOuterSec=new AliTPCSector[fkNOS];
 226
 227   Int_t i;
 228   for (i=0; i<fkNIS; i++) fInnerSec[i].Setup(par,0);
 229   for (i=0; i<fkNOS; i++) fOuterSec[i].Setup(par,1);
 230
 231   fN=0;  fSectors=0;
 232
 233   fSeeds=0;
 234   fNtracks = 0;
 235   fParam = par;
 236   Int_t nrowlow = par->GetNRowLow();
 237   Int_t nrowup = par->GetNRowUp();
 238
 239
 240   for (Int_t i=0;i<nrowlow;i++){
 241     fXRow[i]     = par->GetPadRowRadiiLow(i);
 242     fPadLength[i]= par->GetPadPitchLength(0,i);
 243     fYMax[i]     = fXRow[i]*TMath::Tan(0.5*par->GetInnerAngle());
 244   }
 245
 246
 247   for (Int_t i=0;i<nrowup;i++){
 248     fXRow[i+nrowlow]      = par->GetPadRowRadiiUp(i);
 249     fPadLength[i+nrowlow] = par->GetPadPitchLength(60,i);
 250     fYMax[i+nrowlow]      = fXRow[i+nrowlow]*TMath::Tan(0.5*par->GetOuterAngle());
 251   }
 252   fSeeds=0;
 253   //
 254   fInput    = 0;
 255   fOutput   = 0;
 256   fSeedTree = 0;
 257   fTreeDebug =0;
 258   fNewIO     =0;
 259   fDebug     =0;
 260   fEvent     =0;
 261 }
 262 //________________________________________________________________________
 263 AliTPCtrackerMI::AliTPCtrackerMI(const AliTPCtrackerMI &t):
 264   AliTracker(t),
 265   fkNIS(t.fkNIS),
 266   fkNOS(t.fkNOS)
 267 {
 268   //------------------------------------
 269   // dummy copy constructor
 270   //------------------------------------------------------------------
 271 }
 272 AliTPCtrackerMI & AliTPCtrackerMI::operator=(const AliTPCtrackerMI& /*r*/){
 273   //------------------------------
 274   // dummy
 275   //--------------------------------------------------------------
 276   return *this;
 277 }
 278 //_____________________________________________________________________________
 279 AliTPCtrackerMI::~AliTPCtrackerMI() {
 280   //------------------------------------------------------------------
 281   // TPC tracker destructor
 282   //------------------------------------------------------------------
 283   delete[] fInnerSec;
 284   delete[] fOuterSec;
 285   if (fSeeds) {
 286     fSeeds->Delete();
 287     delete fSeeds;
 288   }
 289 }
 290
 291 void AliTPCtrackerMI::SetIO()
 292 {
 293   //
 294   fNewIO   =  kTRUE;
 295   fInput   =  AliRunLoader::GetTreeR("TPC", kFALSE,AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
 296
 297   fOutput  =  AliRunLoader::GetTreeT("TPC", kTRUE,AliConfig::GetDefaultEventFolderName());
 298   if (fOutput){
 299     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
 300     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 301     delete iotrack;
 302   }
 303 }
 304
 305
 306 void AliTPCtrackerMI::SetIO(TTree * input, TTree * output, AliESD * event)
 307 {
 308
 309   // set input
 310   fNewIO = kFALSE;
 311   fInput    = 0;
 312   fOutput   = 0;
 313   fSeedTree = 0;
 314   fTreeDebug =0;
 315   fInput = input;
 316   if (input==0){
 317     return;
 318   }
 319   //set output
 320   fOutput = output;
 321   if (output){
 322     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
 323     //    iotrack->fHelixIn   = new TClonesArray("AliHelix");
 324     //iotrack->fHelixOut  = new TClonesArray("AliHelix");
 325     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 326     delete iotrack;
 327   }
 328   if (output && (fDebug&2)){
 329     //write the full seed information if specified in debug mode
 330     //
 331     fSeedTree =  new TTree("Seeds","Seeds");
 332     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
 333     //
 334     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
 335     arrtr->ExpandCreateFast(160);
 336     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
 337     //
 338     vseed->fPoints = arrtr;
 339     vseed->fEPoints = arre;
 340     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
 341     fSeedTree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
 342     delete arrtr;
 343     delete arre;
 344     fTreeDebug = new TTree("trackDebug","trackDebug");
 345     TClonesArray * arrd = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint2",0);
 346     fTreeDebug->Branch("debug",&arrd,32000,99);
 347   }
 348
 349
 350   //set ESD event
 351   fEvent  = event;
 352 }
 353
 354 void AliTPCtrackerMI::FillESD(TObjArray* arr)
 355 {
 356   //
 357   //
 358   //fill esds using updated tracks
 359   if (fEvent){
 360     // write tracks to the event
 361     // store index of the track
 362     Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
 363     //FindKinks(arr,fEvent);
 364     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 365       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
 366       if (!pt) continue;
 367       pt->UpdatePoints();
 368       //      pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
 369       if (pt->GetKinkIndex(0)<=0){  //don't propagate daughter tracks
 370         pt->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
 371       }
 372
 373       if (( pt->GetPoints()[2]- pt->GetPoints()[0])>5 && pt->GetPoints()[3]>0.8){
 374         AliESDtrack iotrack;
 375         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 376         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 377         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 378         //iotrack.SetTPCindex(i);
 379         fEvent->AddTrack(&iotrack);
 380         continue;
 381       }
 382
 383       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>70)&& (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.55) {
 384         AliESDtrack iotrack;
 385         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 386         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 387         //iotrack.SetTPCindex(i);
 388         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 389         fEvent->AddTrack(&iotrack);
 390         continue;
 391       }
 392       //
 393       // short tracks  - maybe decays
 394
 395       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>30) && (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.70) {
 396         Int_t found,foundable,shared;
 397         pt->GetClusterStatistic(0,60,found, foundable,shared,kFALSE);
 398         if ( (found>20) && (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())<0.2)){
 399           AliESDtrack iotrack;
 400           iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 401           //iotrack.SetTPCindex(i);
 402           iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 403           iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 404           fEvent->AddTrack(&iotrack);
 405           continue;
 406         }
 407       }
 408
 409       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>20) && (Float_t(pt->GetNumberOfClusters())/Float_t(pt->fNFoundable))>0.8) {
 410         Int_t found,foundable,shared;
 411         pt->GetClusterStatistic(0,60,found, foundable,shared,kFALSE);
 412         if (found<20) continue;
 413         if (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())>0.2) continue;
 414         //
 415         AliESDtrack iotrack;
 416         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 417         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 418         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 419         //iotrack.SetTPCindex(i);
 420         fEvent->AddTrack(&iotrack);
 421         continue;
 422       }
 423       // short tracks  - secondaties
 424       //
 425       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>30) ) {
 426         Int_t found,foundable,shared;
 427         pt->GetClusterStatistic(128,158,found, foundable,shared,kFALSE);
 428         if ( (found>20) && (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())<0.2) &&float(found)/float(foundable)>0.8){
 429           AliESDtrack iotrack;
 430           iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 431           iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 432           iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 433           //iotrack.SetTPCindex(i);
 434           fEvent->AddTrack(&iotrack);
 435           continue;
 436         }
 437       }
 438
 439       if ( (pt->GetNumberOfClusters()>15)) {
 440         Int_t found,foundable,shared;
 441         pt->GetClusterStatistic(138,158,found, foundable,shared,kFALSE);
 442         if (found<15) continue;
 443         if (pt->fNShared/float(pt->GetNumberOfClusters())>0.2) continue;
 444         if (float(found)/float(foundable)<0.8) continue;
 445         //
 446         AliESDtrack iotrack;
 447         iotrack.UpdateTrackParams(pt,AliESDtrack::kTPCin);
 448         iotrack.SetTPCPoints(pt->GetPoints());
 449         iotrack.SetKinkIndexes(pt->GetKinkIndexes());
 450         //iotrack.SetTPCindex(i);
 451         fEvent->AddTrack(&iotrack);
 452         continue;
 453       }
 454     }
 455   }
 456   printf("Number of filled ESDs-\t%d\n",fEvent->GetNumberOfTracks());
 457 }
 458
 459 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks(TTree * tree)
 460 {
 461   //
 462   // write tracks from seed array to selected tree
 463   //
 464   fOutput  = tree;
 465   if (fOutput){
 466     AliTPCtrack *iotrack= new AliTPCtrack;
 467     fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 468   }
 469   WriteTracks();
 470 }
 471
 472 void AliTPCtrackerMI::WriteTracks()
 473 {
 474   //
 475   // write tracks to the given output tree -
 476   // output specified with SetIO routine
 477   if (!fSeeds)  return;
 478   if (!fOutput){
 479     SetIO();
 480   }
 481
 482   if (fOutput){
 483     AliTPCtrack *iotrack= 0;
 484     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
 485     //for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 486     //  iotrack= (AliTPCtrack*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 487     //  if (iotrack) break;
 488     //}
 489     //TBranch * br = fOutput->Branch("tracks","AliTPCtrack",&iotrack,32000,100);
 490     TBranch * br = fOutput->GetBranch("tracks");
 491     br->SetAddress(&iotrack);
 492     //
 493     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 494       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 495       if (!pt) continue;
 496       AliTPCtrack * track = new AliTPCtrack(*pt);
 497       iotrack = track;
 498       pt->fLab2 =i;
 499       //      br->SetAddress(&iotrack);
 500       fOutput->Fill();
 501       delete track;
 502       iotrack =0;
 503     }
 504     //fOutput->GetDirectory()->cd();
 505     //fOutput->Write();
 506   }
 507   // delete iotrack;
 508   //
 509   if (fSeedTree){
 510     //write the full seed information if specified in debug mode
 511
 512     AliTPCseed * vseed = new AliTPCseed;
 513     //
 514     TClonesArray * arrtr = new TClonesArray("AliTPCTrackPoint",160);
 515     arrtr->ExpandCreateFast(160);
 516     //TClonesArray * arrcl = new TClonesArray("AliTPCclusterMI",160);
 517     //arrcl->ExpandCreateFast(160);
 518     TClonesArray * arre = new TClonesArray("AliTPCExactPoint",160);
 519     //
 520     vseed->fPoints = arrtr;
 521     vseed->fEPoints = arre;
 522     //    vseed->fClusterPoints = arrcl;
 523     //TBranch * brseed = seedtree->Branch("seeds","AliTPCseed",&vseed,32000,99);
 524     TBranch * brseed = fSeedTree->GetBranch("seeds");
 525
 526     Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
 527
 528     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
 529       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
 530       if (!pt) continue;
 531       pt->fPoints = arrtr;
 532       //      pt->fClusterPoints = arrcl;
 533       pt->fEPoints       = arre;
 534       pt->RebuildSeed();
 535       vseed = pt;
 536       brseed->SetAddress(&vseed);
 537       fSeedTree->Fill();
 538       pt->fPoints  = 0;
 539       pt->fEPoints = 0;
 540       //      pt->fClusterPoints = 0;
 541     }
 542     fSeedTree->Write();
 543     if (fTreeDebug) fTreeDebug->Write();
 544   }
 545
 546 }
 547
 548
 549
 550
 551 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrY2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 552   //
 553   //
 554   //seed->SetErrorY2(0.1);
 555   //return 0.1;
 556   //calculate look-up table at the beginning
 557   static Bool_t  ginit = kFALSE;
 558   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
 559   static Float_t ggg1[10000];
 560   static Float_t ggg2[10000];
 561   static Float_t ggg3[10000];
 562   static Float_t glandau1[10000];
 563   static Float_t glandau2[10000];
 564   static Float_t glandau3[10000];
 565   //
 566   static Float_t gcor01[500];
 567   static Float_t gcor02[500];
 568   static Float_t gcorp[500];
 569   //
 570
 571   //
 572   if (ginit==kFALSE){
 573     for (Int_t i=1;i<500;i++){
 574       Float_t rsigma = float(i)/100.;
 575       gcor02[i] = TMath::Max(0.78 +TMath::Exp(7.4*(rsigma-1.2)),0.6);
 576       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(3.36*(rsigma-1.2)),0.6);
 577       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
 578     }
 579
 580     //
 581     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
 582       //
 583       //
 584       // inner sector
 585       Float_t amp = float(i);
 586       Float_t padlength =0.75;
 587       gnoise1 = 0.0004/padlength;
 588       Float_t nel     = 0.268*amp;
 589       Float_t nprim   = 0.155*amp;
 590       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 591       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 592       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
 593       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;
 594       //
 595       // outer short
 596       padlength =1.;
 597       gnoise2   = 0.0004/padlength;
 598       nel       = 0.3*amp;
 599       nprim     = 0.133*amp;
 600       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 601       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 602       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
 603       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
 604       //
 605       //
 606       // outer long
 607       padlength =1.5;
 608       gnoise3   = 0.0004/padlength;
 609       nel       = 0.3*amp;
 610       nprim     = 0.133*amp;
 611       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 612       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 613       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
 614       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
 615       //
 616     }
 617     ginit = kTRUE;
 618   }
 619   //
 620   //
 621   //
 622   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));
 623   if (amp>9999) {
 624     seed->SetErrorY2(1.);
 625     return 1.;
 626   }
 627   Float_t snoise2;
 628   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 629   Int_t ctype = cl->GetType();
 630   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
 631   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 632   angle2 = angle2/(1-angle2);
 633   //
 634   //cluster "quality"
 635   Int_t rsigmay = int(100.*cl->GetSigmaY2()/(seed->fCurrentSigmaY2));
 636   Float_t res;
 637   //
 638   if (fSectors==fInnerSec){
 639     snoise2 = gnoise1;
 640     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;
 641     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmay];
 642     if ((ctype>0)){
 643       res+=0.002;
 644       res*= gcorp[rsigmay];
 645     }
 646   }
 647   else {
 648     if (padlength<1.1){
 649       snoise2 = gnoise2;
 650       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2;
 651       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
 652       if ((ctype>0)){
 653         res+=0.002;
 654         res*= gcorp[rsigmay];
 655       }
 656     }
 657     else{
 658       snoise2 = gnoise3;
 659       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2;
 660       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmay];
 661       if ((ctype>0)){
 662         res+=0.002;
 663         res*= gcorp[rsigmay];
 664       }
 665     }
 666   }
 667
 668   if (ctype<0){
 669     res+=0.005;
 670     res*=2.4;  // overestimate error 2 times
 671   }
 672   res+= snoise2;
 673
 674   if (res<2*snoise2)
 675     res = 2*snoise2;
 676
 677   seed->SetErrorY2(res);
 678   return res;
 679
 680
 681 }
 682
 683
 684
 685 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 686   //
 687   //
 688   //seed->SetErrorY2(0.1);
 689   //return 0.1;
 690   //calculate look-up table at the beginning
 691   static Bool_t  ginit = kFALSE;
 692   static Float_t gnoise1,gnoise2,gnoise3;
 693   static Float_t ggg1[10000];
 694   static Float_t ggg2[10000];
 695   static Float_t ggg3[10000];
 696   static Float_t glandau1[10000];
 697   static Float_t glandau2[10000];
 698   static Float_t glandau3[10000];
 699   //
 700   static Float_t gcor01[1000];
 701   static Float_t gcor02[1000];
 702   static Float_t gcorp[1000];
 703   //
 704
 705   //
 706   if (ginit==kFALSE){
 707     for (Int_t i=1;i<1000;i++){
 708       Float_t rsigma = float(i)/100.;
 709       gcor02[i] = TMath::Max(0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigma-1.2)),0.6);
 710       gcor01[i] = TMath::Max(0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigma-1.2)),0.6);
 711       gcorp[i]  = TMath::Max(TMath::Power((rsigma+0.5),1.5),1.2);
 712     }
 713
 714     //
 715     for (Int_t i=3;i<10000;i++){
 716       //
 717       //
 718       // inner sector
 719       Float_t amp = float(i);
 720       Float_t padlength =0.75;
 721       gnoise1 = 0.0004/padlength;
 722       Float_t nel     = 0.268*amp;
 723       Float_t nprim   = 0.155*amp;
 724       ggg1[i]          = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 725       glandau1[i]      = (2.+0.12*nprim)*0.5* (2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 726       if (glandau1[i]>1) glandau1[i]=1;
 727       glandau1[i]*=padlength*padlength/12.;
 728       //
 729       // outer short
 730       padlength =1.;
 731       gnoise2   = 0.0004/padlength;
 732       nel       = 0.3*amp;
 733       nprim     = 0.133*amp;
 734       ggg2[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 735       glandau2[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 736       if (glandau2[i]>1) glandau2[i]=1;
 737       glandau2[i]*=padlength*padlength/12.;
 738       //
 739       //
 740       // outer long
 741       padlength =1.5;
 742       gnoise3   = 0.0004/padlength;
 743       nel       = 0.3*amp;
 744       nprim     = 0.133*amp;
 745       ggg3[i]      = fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*(2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 746       glandau3[i]  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 747       if (glandau3[i]>1) glandau3[i]=1;
 748       glandau3[i]*=padlength*padlength/12.;
 749       //
 750     }
 751     ginit = kTRUE;
 752   }
 753   //
 754   //
 755   //
 756   Int_t amp = int(TMath::Abs(cl->GetQ()));
 757   if (amp>9999) {
 758     seed->SetErrorY2(1.);
 759     return 1.;
 760   }
 761   Float_t snoise2;
 762   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 763   Int_t ctype = cl->GetType();
 764   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->fRow);
 765   //
 766   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 767   //  if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
 768   angle2 = seed->GetTgl()*seed->GetTgl()*(1+angle2/(1-angle2));
 769   //
 770   //cluster "quality"
 771   Int_t rsigmaz = int(100.*cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2));
 772   Float_t res;
 773   //
 774   if (fSectors==fInnerSec){
 775     snoise2 = gnoise1;
 776     res     = ggg1[amp]*z+glandau1[amp]*angle2;
 777     if (ctype==0) res *= gcor01[rsigmaz];
 778     if ((ctype>0)){
 779       res+=0.002;
 780       res*= gcorp[rsigmaz];
 781     }
 782   }
 783   else {
 784     if (padlength<1.1){
 785       snoise2 = gnoise2;
 786       res     = ggg2[amp]*z+glandau2[amp]*angle2;
 787       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
 788       if ((ctype>0)){
 789         res+=0.002;
 790         res*= gcorp[rsigmaz];
 791       }
 792     }
 793     else{
 794       snoise2 = gnoise3;
 795       res     = ggg3[amp]*z+glandau3[amp]*angle2;
 796       if (ctype==0) res *= gcor02[rsigmaz];
 797       if ((ctype>0)){
 798         res+=0.002;
 799         res*= gcorp[rsigmaz];
 800       }
 801     }
 802   }
 803
 804   if (ctype<0){
 805     res+=0.002;
 806     res*=1.3;
 807   }
 808   if ((ctype<0) &&amp<70){
 809     res+=0.002;
 810     res*=1.3;
 811   }
 812   res += snoise2;
 813   if (res<2*snoise2)
 814      res = 2*snoise2;
 815   if (res>3) res =3;
 816   seed->SetErrorZ2(res);
 817   return res;
 818 }
 819
 820
 821
 822 /*
 823 Double_t AliTPCtrackerMI::ErrZ2(AliTPCseed* seed, AliTPCclusterMI * cl){
 824   //
 825   //
 826   //seed->SetErrorZ2(0.1);
 827   //return 0.1;
 828
 829   Float_t snoise2;
 830   Float_t z = TMath::Abs(fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ()));
 831   //
 832   Float_t rsigmaz = cl->GetSigmaZ2()/(seed->fCurrentSigmaZ2);
 833   Int_t ctype = cl->GetType();
 834   Float_t amp = TMath::Abs(cl->GetQ());
 835
 836   Float_t nel;
 837   Float_t nprim;
 838   //
 839   Float_t landau=2 ;    //landau fluctuation part
 840   Float_t gg=2;         // gg fluctuation part
 841   Float_t padlength= GetPadPitchLength(seed->GetX());
 842
 843   if (fSectors==fInnerSec){
 844     snoise2 = 0.0004/padlength;
 845     nel     = 0.268*amp;
 846     nprim   = 0.155*amp;
 847     gg      = (2+0.001*nel/(padlength*padlength))/nel;
 848     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 849     if (landau>1) landau=1;
 850   }
 851   else {
 852     snoise2 = 0.0004/padlength;
 853     nel     = 0.3*amp;
 854     nprim   = 0.133*amp;
 855     gg      = (2+0.0008*nel/(padlength*padlength))/nel;
 856     landau  = (2.+0.12*nprim)*0.5*(2.+nprim*nprim*0.001/(padlength*padlength))/nprim;
 857     if (landau>1) landau=1;
 858   }
 859   Float_t sdiff = gg*fParam->GetDiffT()*fParam->GetDiffT()*z;
 860
 861   //
 862   Float_t angle2 = seed->GetSnp()*seed->GetSnp();
 863   angle2 = TMath::Sqrt((1-angle2));
 864   if (angle2<0.6) angle2 = 0.6;
 865   //angle2 = 1;
 866
 867   Float_t angle = seed->GetTgl()/angle2;
 868   Float_t angular = landau*angle*angle*padlength*padlength/12.;
 869   Float_t res = sdiff + angular;
 870
 871
 872   if ((ctype==0) && (fSectors ==fOuterSec))
 873     res *= 0.81 +TMath::Exp(6.8*(rsigmaz-1.2));
 874
 875   if ((ctype==0) && (fSectors ==fInnerSec))
 876     res *= 0.72 +TMath::Exp(2.04*(rsigmaz-1.2));
 877
 878   if ((ctype>0)){
 879     res+=0.005;
 880     res*= TMath::Power(rsigmaz+0.5,1.5);  //0.31+0.147*ctype;
 881   }
 882   if (ctype<0){
 883     res+=0.002;
 884     res*=1.3;
 885   }
 886   if ((ctype<0) &&amp<70){
 887     res+=0.002;
 888     res*=1.3;
 889   }
 890   res += snoise2;
 891   if (res<2*snoise2)
 892      res = 2*snoise2;
 893
 894   seed->SetErrorZ2(res);
 895   return res;
 896 }
 897 */
 898
 899
 900
 901 void AliTPCseed::Reset(Bool_t all)
 902 {
 903   //
 904   //
 905   SetNumberOfClusters(0);
 906   fNFoundable = 0;
 907   SetChi2(0);
 908   ResetCovariance();
 909   /*
 910   if (fTrackPoints){
 911     for (Int_t i=0;i<8;i++){
 912       delete [] fTrackPoints[i];
 913     }
 914     delete fTrackPoints;
 915     fTrackPoints =0;
 916   }
 917   */
 918
 919   if (all){
 920     for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
 921     for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
 922   }
 923
 924 }
 925
 926
 927 void AliTPCseed::Modify(Double_t factor)
 928 {
 929
 930   //------------------------------------------------------------------
 931   //This function makes a track forget its history :)
 932   //------------------------------------------------------------------
 933   if (factor<=0) {
 934     ResetCovariance();
 935     return;
 936   }
 937   fC00*=factor;
 938   fC10*=0;  fC11*=factor;
 939   fC20*=0;  fC21*=0;  fC22*=factor;
 940   fC30*=0;  fC31*=0;  fC32*=0;  fC33*=factor;
 941   fC40*=0;  fC41*=0;  fC42*=0;  fC43*=0;  fC44*=factor;
 942   SetNumberOfClusters(0);
 943   fNFoundable =0;
 944   SetChi2(0);
 945   fRemoval = 0;
 946   fCurrentSigmaY2 = 0.000005;
 947   fCurrentSigmaZ2 = 0.000005;
 948   fNoCluster     = 0;
 949   //fFirstPoint = 160;
 950   //fLastPoint  = 0;
 951 }
 952
 953
 954
 955
 956 Int_t  AliTPCseed::GetProlongation(Double_t xk, Double_t &y, Double_t & z) const
 957 {
 958   //-----------------------------------------------------------------
 959   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=xk.
 960   // doesn't change internal state of the track
 961   //-----------------------------------------------------------------
 962
 963   Double_t x1=fX, x2=x1+(xk-x1), dx=x2-x1;
 964
 965   if (TMath::Abs(fP4*xk - fP2) >= 0.999) {
 966     return 0;
 967   }
 968
 969   //  Double_t y1=fP0, z1=fP1;
 970   Double_t c1=fP4*x1 - fP2, r1=sqrt(1.- c1*c1);
 971   Double_t c2=fP4*x2 - fP2, r2=sqrt(1.- c2*c2);
 972
 973   y = fP0;
 974   z = fP1;
 975   //y += dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 976   //z += dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1)*fP3;
 977
 978   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
 979   Double_t dz = 0;
 980   //
 981   Double_t delta = fP4*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 982   /*
 983   if (TMath::Abs(delta)>0.0001){
 984     dz = fP3*TMath::ASin(delta)/fP4;
 985   }else{
 986     dz = dx*fP3*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
 987   }
 988   */
 989   dz =  fP3*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/fP4;
 990   //
 991   y+=dy;
 992   z+=dz;
 993
 994
 995   return 1;
 996 }
 997
 998
 999 //_____________________________________________________________________________
1000 Double_t AliTPCseed::GetPredictedChi2(const AliTPCclusterMI *c) const
1001 {
1002   //-----------------------------------------------------------------
1003   // This function calculates a predicted chi2 increment.
1004   //-----------------------------------------------------------------
1005   //Double_t r00=c->GetSigmaY2(), r01=0., r11=c->GetSigmaZ2();
1006   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
1007   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
1008
1009   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
1010   if (TMath::Abs(det) < 1.e-10) {
1011     Int_t n=GetNumberOfClusters();
1012     if (n>4) cerr<<n<<" AliKalmanTrack warning: Singular matrix !\n";
1013     return 1e10;
1014   }
1015   Double_t tmp=r00; r00=r11; r11=tmp; r01=-r01;
1016
1017   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
1018
1019   return (dy*r00*dy + 2*r01*dy*dz + dz*r11*dz)/det;
1020 }
1021
1022
1023 //_________________________________________________________________________________________
1024
1025
1026 Int_t AliTPCseed::Compare(const TObject *o) const {
1027   //-----------------------------------------------------------------
1028   // This function compares tracks according to the sector - for given sector according z
1029   //-----------------------------------------------------------------
1030   AliTPCseed *t=(AliTPCseed*)o;
1031
1032   if (fSort == 0){
1033     if (t->fRelativeSector>fRelativeSector) return -1;
1034     if (t->fRelativeSector<fRelativeSector) return 1;
1035     Double_t z2 = t->GetZ();
1036     Double_t z1 = GetZ();
1037     if (z2>z1) return 1;
1038     if (z2<z1) return -1;
1039     return 0;
1040   }
1041   else {
1042     Float_t f2 =1;
1043     f2 = 1-20*TMath::Sqrt(t->fC44)/(TMath::Abs(t->GetC())+0.0066);
1044     if (t->fBConstrain) f2=1.2;
1045
1046     Float_t f1 =1;
1047     f1 = 1-20*TMath::Sqrt(fC44)/(TMath::Abs(GetC())+0.0066);
1048
1049     if (fBConstrain)   f1=1.2;
1050
1051     if (t->GetNumberOfClusters()*f2 <GetNumberOfClusters()*f1) return -1;
1052     else return +1;
1053   }
1054 }
1055
1056 void AliTPCtrackerMI::RotateToLocal(AliTPCseed *seed)
1057 {
1058   //rotate to track "local coordinata
1059   Float_t x = seed->GetX();
1060   Float_t y = seed->GetY();
1061   Float_t ymax = x*TMath::Tan(0.5*fSectors->GetAlpha());
1062
1063   if (y > ymax) {
1064     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector+1) % fN;
1065     if (!seed->Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1066       return;
1067   } else if (y <-ymax) {
1068     seed->fRelativeSector= (seed->fRelativeSector-1+fN) % fN;
1069     if (!seed->Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1070       return;
1071   }
1072
1073 }
1074
1075
1076
1077
1078 //_____________________________________________________________________________
1079 Int_t AliTPCseed::Update(const AliTPCclusterMI *c, Double_t chisq, UInt_t /*index*/) {
1080   //-----------------------------------------------------------------
1081   // This function associates a cluster with this track.
1082   //-----------------------------------------------------------------
1083   Double_t r00=fErrorY2, r01=0., r11=fErrorZ2;
1084
1085   r00+=fC00; r01+=fC10; r11+=fC11;
1086   Double_t det=r00*r11 - r01*r01;
1087   Double_t tmp=r00; r00=r11/det; r11=tmp/det; r01=-r01/det;
1088
1089   Double_t k00=fC00*r00+fC10*r01, k01=fC00*r01+fC10*r11;
1090   Double_t k10=fC10*r00+fC11*r01, k11=fC10*r01+fC11*r11;
1091   Double_t k20=fC20*r00+fC21*r01, k21=fC20*r01+fC21*r11;
1092   Double_t k30=fC30*r00+fC31*r01, k31=fC30*r01+fC31*r11;
1093   Double_t k40=fC40*r00+fC41*r01, k41=fC40*r01+fC41*r11;
1094
1095   Double_t dy=c->GetY() - fP0, dz=c->GetZ() - fP1;
1096   Double_t cur=fP4 + k40*dy + k41*dz, eta=fP2 + k20*dy + k21*dz;
1097   if (TMath::Abs(cur*fX-eta) >= 0.9) {
1098     return 0;
1099   }
1100
1101   fP0 += k00*dy + k01*dz;
1102   fP1 += k10*dy + k11*dz;
1103   fP2  = eta;
1104   fP3 += k30*dy + k31*dz;
1105   fP4  = cur;
1106
1107   Double_t c01=fC10, c02=fC20, c03=fC30, c04=fC40;
1108   Double_t c12=fC21, c13=fC31, c14=fC41;
1109
1110   fC00-=k00*fC00+k01*fC10; fC10-=k00*c01+k01*fC11;
1111   fC20-=k00*c02+k01*c12;   fC30-=k00*c03+k01*c13;
1112   fC40-=k00*c04+k01*c14;
1113
1114   fC11-=k10*c01+k11*fC11;
1115   fC21-=k10*c02+k11*c12;   fC31-=k10*c03+k11*c13;
1116   fC41-=k10*c04+k11*c14;
1117
1118   fC22-=k20*c02+k21*c12;   fC32-=k20*c03+k21*c13;
1119   fC42-=k20*c04+k21*c14;
1120
1121   fC33-=k30*c03+k31*c13;
1122   fC43-=k40*c03+k41*c13;
1123
1124   fC44-=k40*c04+k41*c14;
1125
1126   Int_t n=GetNumberOfClusters();
1127   //  fIndex[n]=index;
1128   SetNumberOfClusters(n+1);
1129   SetChi2(GetChi2()+chisq);
1130
1131   return 1;
1132 }
1133
1134
1135
1136 //_____________________________________________________________________________
1137 Double_t AliTPCtrackerMI::F1old(Double_t x1,Double_t y1,
1138                    Double_t x2,Double_t y2,
1139                    Double_t x3,Double_t y3)
1140 {
1141   //-----------------------------------------------------------------
1142   // Initial approximation of the track curvature
1143   //-----------------------------------------------------------------
1144   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1145   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1146                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1147   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1148                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1149
1150   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1151   if ( xr*xr+yr*yr<=0.00000000000001) return 100;
1152   return -xr*yr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1153 }
1154
1155
1156
1157 //_____________________________________________________________________________
1158 Double_t AliTPCtrackerMI::F1(Double_t x1,Double_t y1,
1159                    Double_t x2,Double_t y2,
1160                    Double_t x3,Double_t y3)
1161 {
1162   //-----------------------------------------------------------------
1163   // Initial approximation of the track curvature
1164   //-----------------------------------------------------------------
1165   x3 -=x1;
1166   x2 -=x1;
1167   y3 -=y1;
1168   y2 -=y1;
1169   //
1170   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1171   if (det==0) {
1172     return 100;
1173   }
1174   //
1175   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1176   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1177   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1178   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1179   if (det<0) c2*=-1;
1180   return c2;
1181 }
1182
1183
1184 Double_t AliTPCtrackerMI::F2(Double_t x1,Double_t y1,
1185                    Double_t x2,Double_t y2,
1186                    Double_t x3,Double_t y3)
1187 {
1188   //-----------------------------------------------------------------
1189   // Initial approximation of the track curvature
1190   //-----------------------------------------------------------------
1191   x3 -=x1;
1192   x2 -=x1;
1193   y3 -=y1;
1194   y2 -=y1;
1195   //
1196   Double_t det = x3*y2-x2*y3;
1197   if (det==0) {
1198     return 100;
1199   }
1200   //
1201   Double_t u = 0.5* (x2*(x2-x3)+y2*(y2-y3))/det;
1202   Double_t x0 = x3*0.5-y3*u;
1203   Double_t y0 = y3*0.5+x3*u;
1204   Double_t c2 = 1/TMath::Sqrt(x0*x0+y0*y0);
1205   if (det<0) c2*=-1;
1206   x0+=x1;
1207   x0*=c2;
1208   return x0;
1209 }
1210
1211
1212
1213 //_____________________________________________________________________________
1214 Double_t AliTPCtrackerMI::F2old(Double_t x1,Double_t y1,
1215                    Double_t x2,Double_t y2,
1216                    Double_t x3,Double_t y3)
1217 {
1218   //-----------------------------------------------------------------
1219   // Initial approximation of the track curvature times center of curvature
1220   //-----------------------------------------------------------------
1221   Double_t d=(x2-x1)*(y3-y2)-(x3-x2)*(y2-y1);
1222   Double_t a=0.5*((y3-y2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1)-
1223                   (y2-y1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2));
1224   Double_t b=0.5*((x2-x1)*(y3*y3-y2*y2+x3*x3-x2*x2)-
1225                   (x3-x2)*(y2*y2-y1*y1+x2*x2-x1*x1));
1226
1227   Double_t xr=TMath::Abs(d/(d*x1-a)), yr=d/(d*y1-b);
1228
1229   return -a/(d*y1-b)*xr/sqrt(xr*xr+yr*yr);
1230 }
1231
1232 //_____________________________________________________________________________
1233 Double_t AliTPCtrackerMI::F3(Double_t x1,Double_t y1,
1234                    Double_t x2,Double_t y2,
1235                    Double_t z1,Double_t z2)
1236 {
1237   //-----------------------------------------------------------------
1238   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1239   //-----------------------------------------------------------------
1240   return (z1 - z2)/sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1241 }
1242
1243
1244 Double_t AliTPCtrackerMI::F3n(Double_t x1,Double_t y1,
1245                    Double_t x2,Double_t y2,
1246                    Double_t z1,Double_t z2, Double_t c)
1247 {
1248   //-----------------------------------------------------------------
1249   // Initial approximation of the tangent of the track dip angle
1250   //-----------------------------------------------------------------
1251
1252   //  Double_t angle1;
1253
1254   //angle1    =  (z1-z2)*c/(TMath::ASin(c*x1-ni)-TMath::ASin(c*x2-ni));
1255   //
1256   Double_t d  =  TMath::Sqrt((x1-x2)*(x1-x2)+(y1-y2)*(y1-y2));
1257   if (TMath::Abs(d*c*0.5)>1) return 0;
1258   //  Double_t   angle2    =  TMath::ASin(d*c*0.5);
1259   //  Double_t   angle2    =  AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1260   Double_t   angle2    = (d*c*0.5>0.1)? TMath::ASin(d*c*0.5): AliTPCFastMath::FastAsin(d*c*0.5);
1261
1262   angle2  = (z1-z2)*c/(angle2*2.);
1263   return angle2;
1264 }
1265
1266 Bool_t   AliTPCtrackerMI::GetProlongation(Double_t x1, Double_t x2, Double_t x[5], Double_t &y, Double_t &z)
1267 {//-----------------------------------------------------------------
1268   // This function find proloncation of a track to a reference plane x=x2.
1269   //-----------------------------------------------------------------
1270
1271   Double_t dx=x2-x1;
1272
1273   if (TMath::Abs(x[4]*x1 - x[2]) >= 0.999) {
1274     return kFALSE;
1275   }
1276
1277   Double_t c1=x[4]*x1 - x[2], r1=sqrt(1.- c1*c1);
1278   Double_t c2=x[4]*x2 - x[2], r2=sqrt(1.- c2*c2);
1279   y = x[0];
1280   z = x[1];
1281
1282   Double_t dy = dx*(c1+c2)/(r1+r2);
1283   Double_t dz = 0;
1284   //
1285   Double_t delta = x[4]*dx*(c1+c2)/(c1*r2 + c2*r1);
1286
1287   if (TMath::Abs(delta)>0.01){
1288     dz = x[3]*TMath::ASin(delta)/x[4];
1289   }else{
1290     dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1291   }
1292
1293   //dz = x[3]*AliTPCFastMath::FastAsin(delta)/x[4];
1294
1295   y+=dy;
1296   z+=dz;
1297
1298   return kTRUE;
1299 }
1300
1301 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters (TTree *tree)
1302 {
1303   //
1304   //
1305   fInput = tree;
1306   return LoadClusters();
1307 }
1308
1309 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadClusters()
1310 {
1311   //
1312   // load clusters to the memory
1313   AliTPCClustersRow *clrow= new AliTPCClustersRow;
1314   clrow->SetClass("AliTPCclusterMI");
1315   clrow->SetArray(0);
1316   clrow->GetArray()->ExpandCreateFast(10000);
1317   //
1318   //  TTree * tree = fClustersArray.GetTree();
1319
1320   TTree * tree = fInput;
1321   TBranch * br = tree->GetBranch("Segment");
1322   br->SetAddress(&clrow);
1323   //
1324   Int_t j=Int_t(tree->GetEntries());
1325   for (Int_t i=0; i<j; i++) {
1326     br->GetEntry(i);
1327     //
1328     Int_t sec,row;
1329     fParam->AdjustSectorRow(clrow->GetID(),sec,row);
1330     //
1331     AliTPCRow * tpcrow=0;
1332     Int_t left=0;
1333     if (sec<fkNIS*2){
1334       tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1335       left = sec/fkNIS;
1336     }
1337     else{
1338       tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1339       left = (sec-fkNIS*2)/fkNOS;
1340     }
1341     if (left ==0){
1342       tpcrow->fN1 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1343       tpcrow->fClusters1 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN1];
1344       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN1;i++)
1345         tpcrow->fClusters1[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1346     }
1347     if (left ==1){
1348       tpcrow->fN2 = clrow->GetArray()->GetEntriesFast();
1349       tpcrow->fClusters2 = new AliTPCclusterMI[tpcrow->fN2];
1350       for (Int_t i=0;i<tpcrow->fN2;i++)
1351         tpcrow->fClusters2[i] = *(AliTPCclusterMI*)(clrow->GetArray()->At(i));
1352     }
1353   }
1354   //
1355   delete clrow;
1356   LoadOuterSectors();
1357   LoadInnerSectors();
1358   return 0;
1359 }
1360
1361
1362 void AliTPCtrackerMI::UnloadClusters()
1363 {
1364   //
1365   // unload clusters from the memory
1366   //
1367   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1368   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1369     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1370       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1371       //      if (tpcrow){
1372       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1;
1373       //        if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2;
1374       //}
1375       tpcrow->ResetClusters();
1376     }
1377   //
1378   nrows = fInnerSec->GetNRows();
1379   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1380     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1381       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1382       //if (tpcrow){
1383       //        if (tpcrow->fClusters1) delete []tpcrow->fClusters1;
1384       //if (tpcrow->fClusters2) delete []tpcrow->fClusters2;
1385       //}
1386       tpcrow->ResetClusters();
1387     }
1388
1389   return ;
1390 }
1391
1392
1393 //_____________________________________________________________________________
1394 Int_t AliTPCtrackerMI::LoadOuterSectors() {
1395   //-----------------------------------------------------------------
1396   // This function fills outer TPC sectors with clusters.
1397   //-----------------------------------------------------------------
1398   Int_t nrows = fOuterSec->GetNRows();
1399   UInt_t index=0;
1400   for (Int_t sec = 0;sec<fkNOS;sec++)
1401     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1402       AliTPCRow*  tpcrow = &(fOuterSec[sec%fkNOS][row]);
1403       Int_t sec2 = sec+2*fkNIS;
1404       //left
1405       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1406       while (ncl--) {
1407         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1408         index=(((sec2<<8)+row)<<16)+ncl;
1409         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1410       }
1411       //right
1412       ncl = tpcrow->fN2;
1413       while (ncl--) {
1414         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1415         index=((((sec2+fkNOS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1416         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1417       }
1418       //
1419       // write indexes for fast acces
1420       //
1421       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1422         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1423       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1424         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1425         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1426       }
1427       Int_t last = 0;
1428       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1429         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1430           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1431         else
1432           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1433       }
1434     }
1435   fN=fkNOS;
1436   fSectors=fOuterSec;
1437   return 0;
1438 }
1439
1440
1441 //_____________________________________________________________________________
1442 Int_t  AliTPCtrackerMI::LoadInnerSectors() {
1443   //-----------------------------------------------------------------
1444   // This function fills inner TPC sectors with clusters.
1445   //-----------------------------------------------------------------
1446   Int_t nrows = fInnerSec->GetNRows();
1447   UInt_t index=0;
1448   for (Int_t sec = 0;sec<fkNIS;sec++)
1449     for (Int_t row = 0;row<nrows;row++){
1450       AliTPCRow*  tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1451       //
1452       //left
1453       Int_t ncl = tpcrow->fN1;
1454       while (ncl--) {
1455         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters1[ncl]);
1456         index=(((sec<<8)+row)<<16)+ncl;
1457         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1458       }
1459       //right
1460       ncl = tpcrow->fN2;
1461       while (ncl--) {
1462         AliTPCclusterMI *c= &(tpcrow->fClusters2[ncl]);
1463         index=((((sec+fkNIS)<<8)+row)<<16)+ncl;
1464         tpcrow->InsertCluster(c,index);
1465       }
1466       //
1467       // write indexes for fast acces
1468       //
1469       for (Int_t i=0;i<510;i++)
1470         tpcrow->fFastCluster[i]=-1;
1471       for (Int_t i=0;i<tpcrow->GetN();i++){
1472         Int_t zi = Int_t((*tpcrow)[i]->GetZ()+255.);
1473         tpcrow->fFastCluster[zi]=i;  // write index
1474       }
1475       Int_t last = 0;
1476       for (Int_t i=0;i<510;i++){
1477         if (tpcrow->fFastCluster[i]<0)
1478           tpcrow->fFastCluster[i] = last;
1479         else
1480           last = tpcrow->fFastCluster[i];
1481       }
1482
1483     }
1484
1485   fN=fkNIS;
1486   fSectors=fInnerSec;
1487   return 0;
1488 }
1489
1490
1491
1492 //_________________________________________________________________________
1493 AliTPCclusterMI *AliTPCtrackerMI::GetClusterMI(Int_t index) const {
1494   //--------------------------------------------------------------------
1495   //       Return pointer to a given cluster
1496   //--------------------------------------------------------------------
1497   Int_t sec=(index&0xff000000)>>24;
1498   Int_t row=(index&0x00ff0000)>>16;
1499   Int_t ncl=(index&0x00007fff)>>00;
1500
1501   const AliTPCRow * tpcrow=0;
1502   AliTPCclusterMI * clrow =0;
1503
1504   if (sec<fkNIS*2){
1505     tpcrow = &(fInnerSec[sec%fkNIS][row]);
1506     if (tpcrow==0) return 0;
1507
1508     if (sec<fkNIS) {
1509       if (tpcrow->fN1<=ncl) return 0;
1510       clrow = tpcrow->fClusters1;
1511     }
1512     else {
1513       if (tpcrow->fN2<=ncl) return 0;
1514       clrow = tpcrow->fClusters2;
1515     }
1516   }
1517   else {
1518     tpcrow = &(fOuterSec[(sec-fkNIS*2)%fkNOS][row]);
1519     if (tpcrow==0) return 0;
1520
1521     if (sec-2*fkNIS<fkNOS) {
1522       if (tpcrow->fN1<=ncl) return 0;
1523       clrow = tpcrow->fClusters1;
1524     }
1525     else {
1526       if (tpcrow->fN2<=ncl) return 0;
1527       clrow = tpcrow->fClusters2;
1528     }
1529   }
1530
1531   return &(clrow[ncl]);
1532
1533 }
1534
1535
1536
1537 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNext(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1538   //-----------------------------------------------------------------
1539   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1540   //-----------------------------------------------------------------
1541   //
1542   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1543   AliTPCclusterMI *cl=0;
1544   Int_t tpcindex= t.GetClusterIndex2(nr);
1545   //
1546   // update current shape info every 5 pad-row
1547   //  if ( (nr%5==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1548     GetShape(&t,nr);
1549     //}
1550   //
1551   if (fIteration>0 && tpcindex>=-1){  //if we have already clusters
1552     //
1553     if (tpcindex==-1) return 0; //track in dead zone
1554     if (tpcindex>0){     //
1555       cl = t.fClusterPointer[nr];
1556       if ( (cl==0) ) cl = GetClusterMI(tpcindex);
1557       t.fCurrentClusterIndex1 = tpcindex;
1558     }
1559     if (cl){
1560       Int_t relativesector = ((tpcindex&0xff000000)>>24)%18;  // if previously accepted cluster in different sector
1561       Float_t angle = relativesector*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift();
1562       //
1563       if (angle<-TMath::Pi()) angle += 2*TMath::Pi();
1564       if (angle>=TMath::Pi()) angle -= 2*TMath::Pi();
1565
1566       if (TMath::Abs(angle-t.GetAlpha())>0.001){
1567         Double_t rotation = angle-t.GetAlpha();
1568         t.fRelativeSector= relativesector;
1569         t.Rotate(rotation);
1570       }
1571       t.PropagateTo(x);
1572       //
1573       t.fCurrentCluster = cl;
1574       t.fRow = nr;
1575       Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1576       if ((tpcindex&0x8000)==0) accept =0;
1577       if (accept<3) {
1578         //if founded cluster is acceptible
1579         if (cl->IsUsed(11)) {  // id cluster is shared inrease uncertainty
1580           t.fErrorY2 += 0.03;
1581           t.fErrorZ2 += 0.03;
1582           t.fErrorY2 *= 3;
1583           t.fErrorZ2 *= 3;
1584         }
1585         t.fNFoundable++;
1586         UpdateTrack(&t,accept);
1587         return 1;
1588       }
1589     }
1590   }
1591   if (fIteration>1) return 0;  // not look for new cluster during refitting
1592   //
1593   UInt_t index=0;
1594   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95 || TMath::Abs(x*t.GetC()-t.GetEta())>0.95) return 0;
1595   Double_t  y=t.GetYat(x);
1596   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1597     if (y > ymax) {
1598       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1599       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1600         return 0;
1601     } else if (y <-ymax) {
1602       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1603       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1604         return 0;
1605     }
1606     //return 1;
1607   }
1608   //
1609   if (!t.PropagateTo(x)) {
1610     if (fIteration==0) t.fRemoval = 10;
1611     return 0;
1612   }
1613   y=t.GetY();
1614   Double_t z=t.GetZ();
1615   //
1616   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1617   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1618   Double_t  roady  =1.;
1619   Double_t  roadz = 1.;
1620   //
1621   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1622     t.fInDead = kTRUE;
1623     t.SetClusterIndex2(nr,-1);
1624     return 0;
1625   }
1626   else
1627     {
1628       if (TMath::Abs(z)<(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*x+10)) t.fNFoundable++;
1629       else
1630         return 0;
1631     }
1632   //calculate
1633   if (krow) {
1634     //    cl = krow.FindNearest2(y+10.,z,roady,roadz,index);
1635     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1636     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1637   }
1638   if (cl) {
1639     t.fCurrentCluster = cl;
1640     t.fRow = nr;
1641     if (fIteration==2&&cl->IsUsed(10)) return 0;
1642     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1643     if (fIteration==2&&cl->IsUsed(11)) {
1644       t.fErrorY2 += 0.03;
1645       t.fErrorZ2 += 0.03;
1646       t.fErrorY2 *= 3;
1647       t.fErrorZ2 *= 3;
1648     }
1649     /*
1650     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1651       //
1652       //
1653
1654       t.fNShared++;
1655       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1656         t.fRemoval =10;
1657         return 0;
1658       }
1659     }
1660     */
1661     if (accept<3) UpdateTrack(&t,accept);
1662
1663   } else {
1664     if ( fIteration==0 && t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) t.fRemoval=10;
1665
1666   }
1667   return 1;
1668 }
1669
1670 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextFast(AliTPCseed& t, Int_t nr) {
1671   //-----------------------------------------------------------------
1672   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1673   //-----------------------------------------------------------------
1674   //
1675   Double_t  x= GetXrow(nr), ymax=GetMaxY(nr);
1676   Double_t y,z;
1677   if (!t.GetProlongation(x,y,z)) {
1678     t.fRemoval = 10;
1679     return 0;
1680   }
1681   //
1682   //
1683   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1684
1685     if (y > ymax) {
1686       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1687       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1688         return 0;
1689     } else if (y <-ymax) {
1690       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1691       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1692         return 0;
1693     }
1694     if (!t.PropagateTo(x)) {
1695       return 0;
1696     }
1697     t.GetProlongation(x,y,z);
1698   }
1699   //
1700   // update current shape info every 3 pad-row
1701   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2 || (t.fCurrentSigmaY2<0.0001) ){
1702     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1703     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1704     GetShape(&t,nr);
1705   }
1706   //
1707   AliTPCclusterMI *cl=0;
1708   UInt_t index=0;
1709
1710
1711   //Int_t nr2 = nr;
1712   const AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1713   if ( (t.GetSigmaY2()<0) || t.GetSigmaZ2()<0) return 0;
1714   Double_t  roady  =1.;
1715   Double_t  roadz = 1.;
1716   //
1717   Int_t row = nr;
1718   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1719     t.fInDead = kTRUE;
1720     t.SetClusterIndex2(row,-1);
1721     return 0;
1722   }
1723   else
1724     {
1725       if (TMath::Abs(z)>(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*x+10)) t.SetClusterIndex2(row,-1);
1726     }
1727   //calculate
1728
1729   if ((cl==0)&&(krow)) {
1730     //    cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);
1731     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1732
1733     if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1734   }
1735
1736   if (cl) {
1737     t.fCurrentCluster = cl;
1738     //    Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1739     //if (accept<3){
1740       t.SetClusterIndex2(row,index);
1741       t.fClusterPointer[row] = cl;
1742       //}
1743   }
1744   return 1;
1745 }
1746
1747
1748
1749 Int_t AliTPCtrackerMI::UpdateClusters(AliTPCseed& t,  Int_t nr) {
1750   //-----------------------------------------------------------------
1751   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1752   //-----------------------------------------------------------------
1753   t.fCurrentCluster  = 0;
1754   t.fCurrentClusterIndex1 = 0;
1755
1756   Double_t xt=t.GetX();
1757   Int_t     row = GetRowNumber(xt)-1;
1758   Double_t  ymax= GetMaxY(nr);
1759
1760   if (row < nr) return 1; // don't prolongate if not information until now -
1761   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.9 && t.GetNumberOfClusters()>40. && fIteration!=2) {
1762     t.fRemoval =10;
1763     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1764   }
1765   if (TMath::Abs(t.GetSnp())>0.95) {
1766     t.fRemoval =10;
1767     return 0;  // not prolongate strongly inclined tracks
1768   }
1769
1770   Double_t x= GetXrow(nr);
1771   Double_t y,z;
1772   //t.PropagateTo(x+0.02);
1773   //t.PropagateTo(x+0.01);
1774   if (!t.PropagateTo(x)){
1775     return 0;
1776   }
1777   //
1778   y=t.GetY();
1779   z=t.GetZ();
1780
1781   if (TMath::Abs(y)>ymax){
1782     if (y > ymax) {
1783       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector+1) % fN;
1784       if (!t.Rotate(fSectors->GetAlpha()))
1785         return 0;
1786     } else if (y <-ymax) {
1787       t.fRelativeSector= (t.fRelativeSector-1+fN) % fN;
1788       if (!t.Rotate(-fSectors->GetAlpha()))
1789         return 0;
1790     }
1791     //    if (!t.PropagateTo(x)){
1792     //  return 0;
1793     //}
1794     return 1;
1795     //y = t.GetY();
1796   }
1797   //
1798
1799   AliTPCRow &krow=GetRow(t.fRelativeSector,nr);
1800
1801   if (TMath::Abs(TMath::Abs(y)-ymax)<krow.fDeadZone){
1802     t.fInDead = kTRUE;
1803     t.SetClusterIndex2(nr,-1);
1804     return 0;
1805   }
1806   else
1807     {
1808       if (TMath::Abs(t.GetZ())<(AliTPCReconstructor::GetCtgRange()*t.GetX()+10)) t.fNFoundable++;
1809       else
1810         return 0;
1811     }
1812
1813   // update current
1814   if ( (nr%6==0) || t.GetNumberOfClusters()<2){
1815     //    t.fCurrentSigmaY = GetSigmaY(&t);
1816     //t.fCurrentSigmaZ = GetSigmaZ(&t);
1817     GetShape(&t,nr);
1818   }
1819
1820   AliTPCclusterMI *cl=0;
1821   UInt_t index=0;
1822   //
1823   Double_t roady = 1.;
1824   Double_t roadz = 1.;
1825   //
1826
1827   if (!cl){
1828     index = t.GetClusterIndex2(nr);
1829     if ( (index>0) && (index&0x8000)==0){
1830       cl = t.fClusterPointer[nr];
1831       if ( (cl==0) && (index>0)) cl = GetClusterMI(index);
1832       t.fCurrentClusterIndex1 = index;
1833       if (cl) {
1834         t.fCurrentCluster  = cl;
1835         return 1;
1836       }
1837     }
1838   }
1839
1840   if (krow) {
1841     //cl = krow.FindNearest2(y+10,z,roady,roadz,index);
1842     cl = krow.FindNearest2(y,z,roady,roadz,index);
1843   }
1844
1845   if (cl) t.fCurrentClusterIndex1 = krow.GetIndex(index);
1846   t.fCurrentCluster  = cl;
1847
1848   return 1;
1849 }
1850
1851
1852 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowToNextCluster(AliTPCseed & t, Int_t nr) {
1853   //-----------------------------------------------------------------
1854   // This function tries to find a track prolongation to next pad row
1855   //-----------------------------------------------------------------
1856
1857   //update error according neighborhoud
1858
1859   if (t.fCurrentCluster) {
1860     t.fRow = nr;
1861     Int_t accept = AcceptCluster(&t,t.fCurrentCluster,1.);
1862
1863     if (t.fCurrentCluster->IsUsed(10)){
1864       //
1865       //
1866       //  t.fErrorZ2*=2;
1867       //  t.fErrorY2*=2;
1868       t.fNShared++;
1869       if (t.fNShared>0.7*t.GetNumberOfClusters()) {
1870         t.fRemoval =10;
1871         return 0;
1872       }
1873     }
1874     if (fIteration>0) accept = 0;
1875     if (accept<3)  UpdateTrack(&t,accept);
1876
1877   } else {
1878     if (fIteration==0){
1879       if ( ( (t.GetSigmaY2()+t.GetSigmaZ2())>0.16)&& t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;
1880       if (  t.GetChi2()/t.GetNumberOfClusters()>6 &&t.GetNumberOfClusters()>18) t.fRemoval=10;
1881
1882       if (( (t.fNFoundable*0.5 > t.GetNumberOfClusters()) || t.fNoCluster>15)) t.fRemoval=10;
1883     }
1884   }
1885   return 1;
1886 }
1887
1888
1889
1890 //_____________________________________________________________________________
1891 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1892   //-----------------------------------------------------------------
1893   // This function tries to find a track prolongation.
1894   //-----------------------------------------------------------------
1895   Double_t xt=t.GetX();
1896   //
1897   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1898   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1899   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1900   //
1901   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1902
1903   Int_t first = GetRowNumber(xt)-1;
1904   for (Int_t nr= first; nr>=rf; nr-=step) {
1905     // update kink info
1906     if (t.GetKinkIndexes()[0]>0){
1907       for (Int_t i=0;i<3;i++){
1908         Int_t index = t.GetKinkIndexes()[i];
1909         if (index==0) break;
1910         if (index<0) continue;
1911         //
1912         AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
1913         if (!kink){
1914           printf("PROBLEM\n");
1915         }
1916         else{
1917           Int_t kinkrow = kink->GetTPCRow0()+2+Int_t(0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));
1918           if (kinkrow==nr){
1919             AliExternalTrackParam paramd(t);
1920             kink->SetDaughter(paramd);
1921             kink->SetStatus(2,5);
1922             kink->Update();
1923           }
1924         }
1925       }
1926     }
1927
1928     if (nr==80) t.UpdateReference();
1929     if (nr<fInnerSec->GetNRows())
1930       fSectors = fInnerSec;
1931     else
1932       fSectors = fOuterSec;
1933     if (FollowToNext(t,nr)==0)
1934       if (!t.IsActive())
1935         return 0;
1936
1937   }
1938   return 1;
1939 }
1940
1941
1942 //_____________________________________________________________________________
1943 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowProlongationFast(AliTPCseed& t, Int_t rf, Int_t step) {
1944   //-----------------------------------------------------------------
1945   // This function tries to find a track prolongation.
1946   //-----------------------------------------------------------------
1947   Double_t xt=t.GetX();
1948   //
1949   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1950   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1951   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1952   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1953
1954   for (Int_t nr=GetRowNumber(xt)-1; nr>=rf; nr-=step) {
1955
1956     if (FollowToNextFast(t,nr)==0)
1957       if (!t.IsActive()) return 0;
1958
1959   }
1960   return 1;
1961 }
1962
1963
1964
1965
1966
1967 Int_t AliTPCtrackerMI::FollowBackProlongation(AliTPCseed& t, Int_t rf) {
1968   //-----------------------------------------------------------------
1969   // This function tries to find a track prolongation.
1970   //-----------------------------------------------------------------
1971   //
1972   Double_t xt=t.GetX();
1973   Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
1974   if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
1975   if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
1976   t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
1977
1978   Int_t first = t.fFirstPoint;
1979   if (first<GetRowNumber(xt)+1) first = GetRowNumber(xt)+1;
1980   //
1981   if (first<0) first=0;
1982   for (Int_t nr=first; nr<=rf; nr++) {
1983     //if ( (t.GetSnp()<0.9))
1984     if (t.GetKinkIndexes()[0]<0){
1985       for (Int_t i=0;i<3;i++){
1986         Int_t index = t.GetKinkIndexes()[i];
1987         if (index==0) break;
1988         if (index>0) continue;
1989         index = TMath::Abs(index);
1990         AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
1991         if (!kink){
1992           printf("PROBLEM\n");
1993         }
1994         else{
1995           Int_t kinkrow = kink->GetTPCRow0()-2-Int_t(0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));
1996           if (kinkrow==nr){
1997             AliExternalTrackParam paramm(t);
1998             kink->SetMother(paramm);
1999             kink->SetStatus(2,1);
2000             kink->Update();
2001           }
2002         }
2003       }
2004     }
2005     //
2006     if (nr<fInnerSec->GetNRows())
2007       fSectors = fInnerSec;
2008     else
2009       fSectors = fOuterSec;
2010     FollowToNext(t,nr);
2011   }
2012   return 1;
2013 }
2014
2015
2016
2017
2018
2019 Float_t AliTPCtrackerMI::OverlapFactor(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2, Int_t &sum1, Int_t & sum2)
2020 {
2021   //
2022   //
2023   sum1=0;
2024   sum2=0;
2025   Int_t sum=0;
2026   //
2027   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
2028   dz2*=dz2;
2029
2030   Float_t dy2 =TMath::Abs((s1->GetY() - s2->GetY()));
2031   dy2*=dy2;
2032   Float_t distance = TMath::Sqrt(dz2+dy2);
2033   if (distance>4.) return 0; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
2034
2035   //  Int_t offset =0;
2036   Int_t firstpoint = TMath::Min(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
2037   Int_t lastpoint = TMath::Max(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
2038   if (lastpoint>160)
2039     lastpoint =160;
2040   if (firstpoint<0)
2041     firstpoint = 0;
2042   if (firstpoint>lastpoint) {
2043     firstpoint =lastpoint;
2044     //    lastpoint  =160;
2045   }
2046
2047
2048   for (Int_t i=firstpoint-1;i<lastpoint+1;i++){
2049     if (s1->GetClusterIndex2(i)>0) sum1++;
2050     if (s2->GetClusterIndex2(i)>0) sum2++;
2051     if (s1->GetClusterIndex2(i)==s2->GetClusterIndex2(i) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
2052       sum++;
2053     }
2054   }
2055   if (sum<5) return 0;
2056
2057   Float_t summin = TMath::Min(sum1+1,sum2+1);
2058   Float_t ratio = (sum+1)/Float_t(summin);
2059   return ratio;
2060 }
2061
2062 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(AliTPCseed * s1, AliTPCseed * s2)
2063 {
2064   //
2065   //
2066   if (TMath::Abs(s1->GetC()-s2->GetC())>0.004) return;
2067   if (TMath::Abs(s1->GetTgl()-s2->GetTgl())>0.6) return;
2068
2069   Float_t dz2 =(s1->GetZ() - s2->GetZ());
2070   dz2*=dz2;
2071   Float_t dy2 =(s1->GetY() - s2->GetY());
2072   dy2*=dy2;
2073   Float_t distance = dz2+dy2;
2074   if (distance>325.) return ; // if there are far away  - not overlap - to reduce combinatorics
2075
2076   //
2077   Int_t sumshared=0;
2078   //
2079   Int_t firstpoint = TMath::Max(s1->fFirstPoint,s2->fFirstPoint);
2080   Int_t lastpoint = TMath::Min(s1->fLastPoint,s2->fLastPoint);
2081   //
2082   if (firstpoint>=lastpoint-5) return;;
2083
2084   for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
2085     //    if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
2086     if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
2087       sumshared++;
2088     }
2089   }
2090   if (sumshared>4){
2091     // sign clusters
2092     //
2093     for (Int_t i=firstpoint;i<lastpoint;i++){
2094       //      if ( (s1->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF)==(s2->GetClusterIndex2(i)&0xFFFF8FFF) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
2095       if ( (s1->GetClusterIndex2(i))==(s2->GetClusterIndex2(i)) && s1->GetClusterIndex2(i)>0) {
2096         AliTPCTrackerPoint *p1  = s1->GetTrackPoint(i);
2097         AliTPCTrackerPoint *p2  = s2->GetTrackPoint(i);;
2098         if (s1->IsActive()&&s2->IsActive()){
2099           p1->fIsShared = kTRUE;
2100           p2->fIsShared = kTRUE;
2101         }
2102       }
2103     }
2104   }
2105   //
2106   if (sumshared>10){
2107     for (Int_t i=0;i<4;i++){
2108       if (s1->fOverlapLabels[3*i]==0){
2109         s1->fOverlapLabels[3*i] = s2->GetLabel();
2110         s1->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
2111         s1->fOverlapLabels[3*i+2] = s2->GetUniqueID();
2112         break;
2113       }
2114     }
2115     for (Int_t i=0;i<4;i++){
2116       if (s2->fOverlapLabels[3*i]==0){
2117         s2->fOverlapLabels[3*i] = s1->GetLabel();
2118         s2->fOverlapLabels[3*i+1] = sumshared;
2119         s2->fOverlapLabels[3*i+2] = s1->GetUniqueID();
2120         break;
2121       }
2122     }
2123   }
2124
2125 }
2126
2127 void  AliTPCtrackerMI::SignShared(TObjArray * arr)
2128 {
2129   //
2130   //sort trackss according sectors
2131   //
2132   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2133     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2134     if (!pt) continue;
2135     //if (pt) RotateToLocal(pt);
2136     pt->fSort = 0;
2137   }
2138   arr->UnSort();
2139   arr->Sort();  // sorting according z
2140   arr->Expand(arr->GetEntries());
2141   //
2142   //
2143   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2144   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2145     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2146     if (!pt) continue;
2147     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2148       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2149     }
2150   }
2151   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2152     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2153     if (!pt) continue;
2154     if (pt->fRemoval>10) continue;
2155     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2156       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2157       //      if (pt2){
2158       if (pt2->fRemoval<=10) {
2159         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2160         SignShared(pt,pt2);
2161       }
2162     }
2163   }
2164 }
2165
2166 void  AliTPCtrackerMI::RemoveDouble(TObjArray * arr, Float_t factor1, Float_t factor2,  Int_t removalindex)
2167 {
2168   //
2169   //sort trackss according sectors
2170   //
2171   if (fDebug&1) {
2172     Info("RemoveDouble","Number of tracks before double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2173   }
2174   //
2175   for (Int_t i=0; i<arr->GetEntriesFast(); i++) {
2176     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2177     if (!pt) continue;
2178     pt->fSort = 0;
2179   }
2180   arr->UnSort();
2181   arr->Sort();  // sorting according z
2182   arr->Expand(arr->GetEntries());
2183   //
2184   //reset overlap labels
2185   //
2186   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
2187   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2188     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2189     if (!pt) continue;
2190     pt->SetUniqueID(i);
2191     for (Int_t j=0;j<=12;j++){
2192       pt->fOverlapLabels[j] =0;
2193     }
2194   }
2195   //
2196   //sign shared tracks
2197   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2198     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2199     if (!pt) continue;
2200     if (pt->fRemoval>10) continue;
2201     Float_t deltac = pt->GetC()*0.1;
2202     for (Int_t j=i+1; j<nseed; j++){
2203       AliTPCseed *pt2=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(j);
2204       //      if (pt2){
2205       if (pt2->fRemoval<=10) {
2206         if ( TMath::Abs(pt->fRelativeSector-pt2->fRelativeSector)>0) break;
2207         if (TMath::Abs(pt->GetC()  -pt2->GetC())>deltac) continue;
2208         if (TMath::Abs(pt->GetTgl()-pt2->GetTgl())>0.05) continue;
2209         //
2210         SignShared(pt,pt2);
2211       }
2212     }
2213   }
2214   //
2215   // remove highly shared tracks
2216   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2217     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2218     if (!pt) continue;
2219     if (pt->fRemoval>10) continue;
2220     //
2221     Int_t sumshared =0;
2222     for (Int_t j=0;j<4;j++){
2223       sumshared = pt->fOverlapLabels[j*3+1];
2224     }
2225     Float_t factor = factor1;
2226     if (pt->fRemoval>0) factor = factor2;
2227     if (sumshared/pt->GetNumberOfClusters()>factor){
2228       for (Int_t j=0;j<4;j++){
2229         if (pt->fOverlapLabels[3*j]==0) continue;
2230         if (pt->fOverlapLabels[3*j+1]<5) continue;
2231         if (pt->fRemoval==removalindex) continue;
2232         AliTPCseed * pt2 = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(pt->fOverlapLabels[3*j+2]);
2233         if (!pt2) continue;
2234         if (pt2->GetSigma2C()<pt->GetSigma2C()){
2235           //      pt->fRemoval = removalindex;
2236           delete arr->RemoveAt(i);
2237           break;
2238         }
2239       }
2240     }
2241   }
2242   arr->Compress();
2243   if (fDebug&1) {
2244     Info("RemoveDouble","Number of tracks after double removal- %d\n",arr->GetEntries());
2245   }
2246 }
2247
2248
2249
2250
2251
2252
2253 void AliTPCtrackerMI::SortTracks(TObjArray * arr, Int_t mode) const
2254 {
2255   //
2256   //sort tracks in array according mode criteria
2257   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2258   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2259     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2260     if (!pt) {
2261       continue;
2262     }
2263     pt->fSort = mode;
2264   }
2265   arr->UnSort();
2266   arr->Sort();
2267 }
2268
2269 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t removalindex)
2270 {
2271
2272   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2273   //
2274   //
2275   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2276   Int_t good =0;
2277
2278   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2279     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2280     if (!pt) {
2281       delete arr->RemoveAt(i);
2282     }
2283     else{
2284       pt->fSort =1;
2285       pt->fBSigned = kFALSE;
2286     }
2287   }
2288   arr->Compress();
2289   nseed = arr->GetEntriesFast();
2290   arr->UnSort();
2291   arr->Sort();
2292   //
2293   //unsign used
2294   UnsignClusters();
2295   //
2296   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2297     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2298     if (!pt) {
2299       continue;
2300     }
2301     Int_t found,foundable,shared;
2302     if (pt->IsActive())
2303       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kFALSE);
2304     else
2305       pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared,kTRUE);
2306     //
2307     Double_t factor = factor2;
2308     if (pt->fBConstrain) factor = factor1;
2309
2310     if ((Float_t(shared)/Float_t(found))>factor){
2311       pt->Desactivate(removalindex);
2312       continue;
2313     }
2314
2315     good++;
2316     for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2317       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2318       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2319       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2320       if (!c) continue;
2321       //      if (!c->IsUsed(10)) c->Use(10);
2322       //if (pt->IsActive())
2323       c->Use(10);
2324       //else
2325       //        c->Use(5);
2326     }
2327
2328   }
2329   fNtracks = good;
2330   if (fDebug>0){
2331     Info("RemoveUsed","\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2332   }
2333 }
2334
2335
2336 void AliTPCtrackerMI::RemoveUsed2(TObjArray * arr, Float_t factor1,  Float_t factor2, Int_t minimal)
2337 {
2338
2339   //Loop over all tracks and remove "overlaps"
2340   //
2341   //
2342   UnsignClusters();
2343   //
2344   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2345   Float_t * quality = new Float_t[nseed];
2346   Int_t   * indexes = new Int_t[nseed];
2347   Int_t good =0;
2348   //
2349   //
2350   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2351     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2352     if (!pt){
2353       quality[i]=-1;
2354       continue;
2355     }
2356     pt->UpdatePoints();    //select first last max dens points
2357     Float_t * points = pt->GetPoints();
2358     if (points[3]<0.8) quality[i] =-1;
2359     //
2360     quality[i] = (points[2]-points[0])+pt->GetNumberOfClusters();
2361   }
2362   TMath::Sort(nseed,quality,indexes);
2363   //
2364   //
2365   for (Int_t itrack=0; itrack<nseed; itrack++) {
2366     Int_t trackindex = indexes[itrack];
2367     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(trackindex);
2368     if (quality[trackindex]<0){
2369       if (pt) {
2370         delete arr->RemoveAt(trackindex);
2371       }
2372       else{
2373         arr->RemoveAt(trackindex);
2374       }
2375       continue;
2376     }
2377     //
2378     Int_t first = Int_t(pt->GetPoints()[0]);
2379     Int_t last  = Int_t(pt->GetPoints()[2]);
2380     Double_t factor = (pt->fBConstrain) ? factor1: factor2;
2381     //
2382     Int_t found,foundable,shared;
2383     pt->GetClusterStatistic(first,last, found, foundable,shared,kFALSE);
2384     Float_t sharedfactor = Float_t(shared+1)/Float_t(found+1);
2385     //
2386     if (Float_t(shared+1)/Float_t(found+1)>factor){
2387       if (pt->GetKinkIndexes()[0]!=0) continue;  //don't remove tracks  - part of the kinks
2388       delete arr->RemoveAt(trackindex);
2389       continue;
2390     }
2391
2392     if (pt->GetNumberOfClusters()<50&&(found-0.5*shared)<minimal){  //remove short tracks
2393       if (pt->GetKinkIndexes()[0]!=0) continue;  //don't remove tracks  - part of the kinks
2394       delete arr->RemoveAt(trackindex);
2395       continue;
2396     }
2397
2398     good++;
2399     if (sharedfactor>0.4) continue;
2400     for (Int_t i=first; i<last; i++) {
2401       Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2402       // if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2403       if (index<0 || index&0x8000 ) continue;
2404       AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2405       if (!c) continue;
2406       c->Use(10);
2407     }
2408   }
2409   fNtracks = good;
2410   if (fDebug>0){
2411     Info("RemoveUsed","\n*****\nNumber of good tracks after shared removal\t%d\n",fNtracks);
2412   }
2413   delete []quality;
2414   delete []indexes;
2415 }
2416
2417 void AliTPCtrackerMI::UnsignClusters()
2418 {
2419   //
2420   // loop over all clusters and unsign them
2421   //
2422
2423   for (Int_t sec=0;sec<fkNIS;sec++){
2424     for (Int_t row=0;row<fInnerSec->GetNRows();row++){
2425       AliTPCclusterMI *cl = fInnerSec[sec][row].fClusters1;
2426       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN1;icl++)
2427         //      if (cl[icl].IsUsed(10))
2428         cl[icl].Use(-1);
2429       cl = fInnerSec[sec][row].fClusters2;
2430       for (Int_t icl =0;icl< fInnerSec[sec][row].fN2;icl++)
2431         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2432           cl[icl].Use(-1);
2433     }
2434   }
2435
2436   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
2437     for (Int_t row=0;row<fOuterSec->GetNRows();row++){
2438       AliTPCclusterMI *cl = fOuterSec[sec][row].fClusters1;
2439       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN1;icl++)
2440         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2441           cl[icl].Use(-1);
2442       cl = fOuterSec[sec][row].fClusters2;
2443       for (Int_t icl =0;icl< fOuterSec[sec][row].fN2;icl++)
2444         //if (cl[icl].IsUsed(10))
2445         cl[icl].Use(-1);
2446     }
2447   }
2448
2449 }
2450
2451
2452
2453 void AliTPCtrackerMI::SignClusters(TObjArray * arr, Float_t fnumber, Float_t fdensity)
2454 {
2455   //
2456   //sign clusters to be "used"
2457   //
2458   // snumber and sdensity sign number of sigmas - bellow mean value to be accepted
2459   // loop over "primaries"
2460
2461   Float_t sumdens=0;
2462   Float_t sumdens2=0;
2463   Float_t sumn   =0;
2464   Float_t sumn2  =0;
2465   Float_t sumchi =0;
2466   Float_t sumchi2 =0;
2467
2468   Float_t sum    =0;
2469
2470   TStopwatch timer;
2471   timer.Start();
2472
2473   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2474   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2475     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2476     if (!pt) {
2477       continue;
2478     }
2479     if (!(pt->IsActive())) continue;
2480     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2481     if ( (dens>0.7) && (pt->GetNumberOfClusters()>70)){
2482       sumdens += dens;
2483       sumdens2+= dens*dens;
2484       sumn    += pt->GetNumberOfClusters();
2485       sumn2   += pt->GetNumberOfClusters()*pt->GetNumberOfClusters();
2486       Float_t chi2 = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2487       if (chi2>5) chi2=5;
2488       sumchi  +=chi2;
2489       sumchi2 +=chi2*chi2;
2490       sum++;
2491     }
2492   }
2493
2494   Float_t mdensity = 0.9;
2495   Float_t meann    = 130;
2496   Float_t meanchi  = 1;
2497   Float_t sdensity = 0.1;
2498   Float_t smeann    = 10;
2499   Float_t smeanchi  =0.4;
2500
2501
2502   if (sum>20){
2503     mdensity = sumdens/sum;
2504     meann    = sumn/sum;
2505     meanchi  = sumchi/sum;
2506     //
2507     sdensity = sumdens2/sum-mdensity*mdensity;
2508     sdensity = TMath::Sqrt(sdensity);
2509     //
2510     smeann   = sumn2/sum-meann*meann;
2511     smeann   = TMath::Sqrt(smeann);
2512     //
2513     smeanchi = sumchi2/sum - meanchi*meanchi;
2514     smeanchi = TMath::Sqrt(smeanchi);
2515   }
2516
2517
2518   //REMOVE  SHORT DELTAS or tracks going out of sensitive volume of TPC
2519   //
2520   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2521     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2522     if (!pt) {
2523       continue;
2524     }
2525     if (pt->fBSigned) continue;
2526     if (pt->fBConstrain) continue;
2527     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2528     /*
2529     Int_t found,foundable,shared;
2530     pt->GetClusterStatistic(0,160,found, foundable,shared);
2531     if (shared/float(found)>0.3) {
2532       if (shared/float(found)>0.9 ){
2533         //delete arr->RemoveAt(i);
2534       }
2535       continue;
2536     }
2537     */
2538     Bool_t isok =kFALSE;
2539     if ( (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.5) &&pt->GetNumberOfClusters()>60)
2540       isok = kTRUE;
2541     if ((TMath::Abs(1/pt->GetC())<100.) && (pt->fNShared/pt->GetNumberOfClusters()<0.7))
2542       isok =kTRUE;
2543     if  (TMath::Abs(pt->GetZ()/pt->GetX())>1.1)
2544       isok =kTRUE;
2545     if ( (TMath::Abs(pt->GetSnp()>0.7) && pt->GetD(0,0)>60.))
2546       isok =kTRUE;
2547
2548     if (isok)
2549       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2550         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2551         if (index<0) continue;
2552         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2553         if (!c) continue;
2554         //if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();
2555         c->Use(10);
2556       }
2557   }
2558
2559
2560   //
2561   Double_t maxchi  = meanchi+2.*smeanchi;
2562
2563   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2564     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2565     if (!pt) {
2566       continue;
2567     }
2568     //if (!(pt->IsActive())) continue;
2569     if (pt->fBSigned) continue;
2570     Double_t chi     = pt->GetChi2()/pt->GetNumberOfClusters();
2571     if (chi>maxchi) continue;
2572
2573     Float_t bfactor=1;
2574     Float_t dens = pt->GetNumberOfClusters()/Float_t(pt->fNFoundable);
2575
2576     //sign only tracks with enoug big density at the beginning
2577
2578     if ((pt->GetDensityFirst(40)<0.75) && pt->GetNumberOfClusters()<meann) continue;
2579
2580
2581     Double_t mindens = TMath::Max(double(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor),0.65);
2582     Double_t minn    = TMath::Max(Int_t(meann-fnumber*smeann*bfactor),50);
2583
2584     //    if (pt->fBConstrain) mindens = TMath::Max(mdensity-sdensity*fdensity*bfactor,0.65);
2585     if ( (pt->fRemoval==10) && (pt->GetSnp()>0.8)&&(dens>mindens))
2586       minn=0;
2587
2588     if ((dens>mindens && pt->GetNumberOfClusters()>minn) && chi<maxchi ){
2589       //Int_t noc=pt->GetNumberOfClusters();
2590       pt->fBSigned = kTRUE;
2591       for (Int_t i=0; i<160; i++) {
2592
2593         Int_t index=pt->GetClusterIndex2(i);
2594         if (index<0) continue;
2595         AliTPCclusterMI *c= pt->fClusterPointer[i];
2596         if (!c) continue;
2597         //      if (!(c->IsUsed(10))) c->Use();
2598         c->Use(10);
2599       }
2600     }
2601   }
2602   //  gLastCheck = nseed;
2603   //  arr->Compress();
2604   if (fDebug>0){
2605     timer.Print();
2606   }
2607 }
2608
2609
2610 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(TObjArray * arr, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1, Float_t th2) const
2611 {
2612   // stop not active tracks
2613   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2614   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows
2615   Int_t nseed = arr->GetEntriesFast();
2616   //
2617   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
2618     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
2619     if (!pt) {
2620       continue;
2621     }
2622     if (!(pt->IsActive())) continue;
2623     StopNotActive(pt,row0,th0, th1,th2);
2624   }
2625 }
2626
2627
2628
2629 void  AliTPCtrackerMI::StopNotActive(AliTPCseed * seed, Int_t row0, Float_t th0, Float_t th1,
2630  Float_t th2) const
2631 {
2632   // stop not active tracks
2633   // take th1 as threshold for number of founded to number of foundable on last 10 active rows
2634   // take th2 as threshold for number of founded to number of foundable on last 20 active rows
2635   Int_t sumgood1  = 0;
2636   Int_t sumgood2  = 0;
2637   Int_t foundable = 0;
2638   Int_t maxindex = seed->fLastPoint;  //last foundable row
2639   if (seed->fNFoundable*th0 > seed->GetNumberOfClusters()) {
2640     seed->Desactivate(10) ;
2641     return;
2642   }
2643
2644   for (Int_t i=row0; i<maxindex; i++){
2645     Int_t index = seed->GetClusterIndex2(i);
2646     if (index!=-1) foundable++;
2647     //if (!c) continue;
2648     if (foundable<=30) sumgood1++;
2649     if (foundable<=50) {
2650       sumgood2++;
2651     }
2652     else{
2653       break;
2654     }
2655   }
2656   if (foundable>=30.){
2657      if (sumgood1<(th1*30.)) seed->Desactivate(10);
2658   }
2659   if (foundable>=50)
2660     if (sumgood2<(th2*50.)) seed->Desactivate(10);
2661 }
2662
2663
2664 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitInward(AliESD *event)
2665 {
2666   //
2667   // back propagation of ESD tracks
2668   //
2669   //return 0;
2670   fEvent = event;
2671   ReadSeeds(event,2);
2672   fIteration=2;
2673   //PrepareForProlongation(fSeeds,1);
2674   PropagateForward2(fSeeds);
2675   Int_t ntracks=0;
2676   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2677   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2678     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2679     if (!seed) continue;
2680     if (seed->GetKinkIndex(0)>0)  UpdateKinkQualityD(seed);  // update quality informations for kinks
2681
2682     seed->PropagateTo(fParam->GetInnerRadiusLow());
2683     seed->UpdatePoints();
2684     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2685     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2686     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2687     if (seed->GetNumberOfClusters()>15){
2688       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCrefit);
2689       esd->SetTPCPoints(seed->GetPoints());
2690       ntracks++;
2691     }
2692     else{
2693       //printf("problem\n");
2694     }
2695   }
2696   //FindKinks(fSeeds,event);
2697   Info("RefitInward","Number of refitted tracks %d",ntracks);
2698   fEvent =0;
2699   //WriteTracks();
2700   return 0;
2701 }
2702
2703
2704 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliESD *event)
2705 {
2706   //
2707   // back propagation of ESD tracks
2708   //
2709
2710   fEvent = event;
2711   fIteration = 1;
2712   ReadSeeds(event,0);
2713   PropagateBack(fSeeds);
2714   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2715   Int_t ntracks=0;
2716   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2717     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*) fSeeds->UncheckedAt(i);
2718     if (!seed) continue;
2719     if (seed->GetKinkIndex(0)<0)  UpdateKinkQualityM(seed);  // update quality informations for kinks
2720     seed->UpdatePoints();
2721     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2722     seed->CookdEdx(0.02,0.6);
2723     CookLabel(seed,0.1); //For comparison only
2724     if (seed->GetNumberOfClusters()>15){
2725       esd->UpdateTrackParams(seed,AliESDtrack::kTPCout);
2726       esd->SetTPCPoints(seed->GetPoints());
2727       ntracks++;
2728     }
2729   }
2730   //FindKinks(fSeeds,event);
2731   Info("PropagateBack","Number of back propagated tracks %d",ntracks);
2732   fEvent =0;
2733   //WriteTracks();
2734   return 0;
2735 }
2736
2737
2738 void AliTPCtrackerMI::DeleteSeeds()
2739 {
2740   //
2741   //delete Seeds
2742   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
2743   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
2744     AliTPCseed * seed = (AliTPCseed*)fSeeds->At(i);
2745     if (seed) delete fSeeds->RemoveAt(i);
2746   }
2747   delete fSeeds;
2748   fSeeds =0;
2749 }
2750
2751 void AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(AliESD *event, Int_t direction)
2752 {
2753   //
2754   //read seeds from the event
2755
2756   Int_t nentr=event->GetNumberOfTracks();
2757   if (fDebug>0){
2758     Info("ReadSeeds", "Number of ESD tracks: %d\n", nentr);
2759   }
2760   if (fSeeds)
2761     DeleteSeeds();
2762   if (!fSeeds){
2763     fSeeds = new TObjArray(nentr);
2764   }
2765   UnsignClusters();
2766   //  Int_t ntrk=0;
2767   for (Int_t i=0; i<nentr; i++) {
2768     AliESDtrack *esd=event->GetTrack(i);
2769     ULong_t status=esd->GetStatus();
2770     if (!(status&AliESDtrack::kTPCin)) continue;
2771     AliTPCtrack t(*esd);
2772     //    AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t,t.GetAlpha());
2773     AliTPCseed *seed = new AliTPCseed(t/*,t.GetAlpha()*/);
2774     for (Int_t ikink=0;ikink<3;ikink++) {
2775       Int_t index = esd->GetKinkIndex(ikink);
2776       seed->GetKinkIndexes()[ikink] = index;
2777       if (index==0) continue;
2778       index = TMath::Abs(index);
2779       AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index-1);
2780       if (kink&&esd->GetKinkIndex(ikink)<0){
2781         if ((status & AliESDtrack::kTRDrefit) != 0) kink->SetStatus(1,2);
2782         if ((status & AliESDtrack::kITSout) != 0)   kink->SetStatus(1,0);
2783       }
2784       if (kink&&esd->GetKinkIndex(ikink)>0){
2785         if ((status & AliESDtrack::kTRDrefit) != 0) kink->SetStatus(1,6);
2786         if ((status & AliESDtrack::kITSout) != 0)   kink->SetStatus(1,4);
2787       }
2788
2789     }
2790     if ((status==AliESDtrack::kTPCin)&&(direction==1)) seed->ResetCovariance();
2791     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) == 0 ) seed->ResetCovariance();
2792     if ( direction ==2 && ((status & AliESDtrack::kTPCout) == 0) ) {
2793       fSeeds->AddAt(0,i);
2794       delete seed;
2795       continue;
2796     }
2797     if ( direction ==2 &&(status & AliESDtrack::kTRDrefit) > 0 )  {
2798       Double_t par0[5],par1[5],x;
2799       esd->GetInnerExternalParameters(x,par0);
2800       esd->GetExternalParameters(x,par1);
2801       Double_t delta1 = TMath::Abs(par0[4]-par1[4])/(0.000000001+TMath::Abs(par0[4]+par1[4]));
2802       Double_t delta2 = TMath::Abs(par0[3]-par1[3]);
2803       Double_t trdchi2=0;
2804       if (esd->GetTRDncls()>0) trdchi2 = esd->GetTRDchi2()/esd->GetTRDncls();
2805       //reset covariance if suspicious
2806       if ( (delta1>0.1) || (delta2>0.006) ||trdchi2>7.)
2807         seed->ResetCovariance();
2808     }
2809
2810     //
2811     //
2812     // rotate to the local coordinate system
2813     //
2814     fSectors=fInnerSec; fN=fkNIS;
2815     Double_t alpha=seed->GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
2816     if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
2817     if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
2818     Int_t ns=Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha())%fN;
2819     alpha =ns*fSectors->GetAlpha() + fSectors->GetAlphaShift();
2820     if (alpha<-TMath::Pi()) alpha += 2*TMath::Pi();
2821     if (alpha>=TMath::Pi()) alpha -= 2*TMath::Pi();
2822     alpha-=seed->GetAlpha();
2823     if (!seed->Rotate(alpha)) {
2824       delete seed;
2825       continue;
2826     }
2827     seed->fEsd = esd;
2828     // sign clusters
2829     for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
2830       Int_t index = seed->GetClusterIndex2(irow);
2831       if (index>0){
2832         //
2833         AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(index);
2834         seed->fClusterPointer[irow] = cl;
2835         if (cl){
2836           if ((index & 0x8000)==0){
2837             cl->Use(10);  // accepted cluster
2838           }else{
2839             cl->Use(6);   // close cluster not accepted
2840           }
2841         }else{
2842            Info("ReadSeeds","Not found cluster");
2843         }
2844       }
2845     }
2846     fSeeds->AddAt(seed,i);
2847   }
2848 }
2849
2850
2851
2852 //_____________________________________________________________________________
2853 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds3(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
2854                                  Float_t deltay, Int_t ddsec) {
2855   //-----------------------------------------------------------------
2856   // This function creates track seeds.
2857   // SEEDING WITH VERTEX CONSTRAIN
2858   //-----------------------------------------------------------------
2859   // cuts[0]   - fP4 cut
2860   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
2861   // cuts[2]   - zvertex cut
2862   // cuts[3]   - fP3 cut
2863   Int_t nin0  = 0;
2864   Int_t nin1  = 0;
2865   Int_t nin2  = 0;
2866   Int_t nin   = 0;
2867   Int_t nout1 = 0;
2868   Int_t nout2 = 0;
2869
2870   Double_t x[5], c[15];
2871   //  Int_t di = i1-i2;
2872   //
2873   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
2874   Double_t alpha=fSectors->GetAlpha(), shift=fSectors->GetAlphaShift();
2875   Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
2876   //
2877   //  Double_t x1 =fOuterSec->GetX(i1);
2878   //Double_t xx2=fOuterSec->GetX(i2);
2879
2880   Double_t x1 =GetXrow(i1);
2881   Double_t xx2=GetXrow(i2);
2882
2883   Double_t x3=GetX(), y3=GetY(), z3=GetZ();
2884
2885   Int_t imiddle = (i2+i1)/2;    //middle pad row index
2886   Double_t xm = GetXrow(imiddle); // radius of middle pad-row
2887   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,imiddle); //middle pad -row
2888   //
2889   Int_t ns =sec;
2890
2891   const AliTPCRow& kr1=GetRow(ns,i1);
2892   Double_t ymax  = GetMaxY(i1)-kr1.fDeadZone-1.5;
2893   Double_t ymaxm = GetMaxY(imiddle)-kr1.fDeadZone-1.5;
2894
2895   //
2896   // change cut on curvature if it can't reach this layer
2897   // maximal curvature set to reach it
2898   Double_t dvertexmax  = TMath::Sqrt((x1-x3)*(x1-x3)+(ymax+5-y3)*(ymax+5-y3));
2899   if (dvertexmax*0.5*cuts[0]>0.85){
2900     cuts[0] = 0.85/(dvertexmax*0.5+1.);
2901   }
2902   Double_t r2min = 1/(cuts[0]*cuts[0]);  //minimal square of radius given by cut
2903
2904   //  Int_t ddsec = 1;
2905   if (deltay>0) ddsec = 0;
2906   // loop over clusters
2907   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
2908     //
2909     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
2910     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();
2911     //if (TMath::Abs(y1)>ymax) continue;
2912
2913     if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
2914
2915     // find possible directions
2916     Float_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
2917     Float_t extraz = z1 - anglez*(x1-xx2);  // extrapolated z
2918     //
2919     //
2920     //find   rotation angles relative to line given by vertex and point 1
2921     Double_t dvertex2 = (x1-x3)*(x1-x3)+(y1-y3)*(y1-y3);
2922     Double_t dvertex  = TMath::Sqrt(dvertex2);
2923     Double_t angle13  = TMath::ATan((y1-y3)/(x1-x3));
2924     Double_t cs13     = cos(-angle13), sn13 = sin(-angle13);
2925
2926     //
2927     // loop over 2 sectors
2928     Int_t dsec1=-ddsec;
2929     Int_t dsec2= ddsec;
2930     if (y1<0)  dsec2= 0;
2931     if (y1>0)  dsec1= 0;
2932
2933     Double_t dddz1=0;  // direction of delta inclination in z axis
2934     Double_t dddz2=0;
2935     if ( (z1-z3)>0)
2936       dddz1 =1;
2937     else
2938       dddz2 =1;
2939     //
2940     for (Int_t dsec = dsec1; dsec<=dsec2;dsec++){
2941       Int_t sec2 = sec + dsec;
2942       //
2943       //      AliTPCRow&  kr2  = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][i2];
2944       //AliTPCRow&  kr2m = fOuterSec[(sec2+fkNOS)%fkNOS][imiddle];
2945       AliTPCRow&  kr2  = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,i2);
2946       AliTPCRow&  kr2m = GetRow((sec2+fkNOS)%fkNOS,imiddle);
2947       Int_t  index1 = TMath::Max(kr2.Find(extraz-0.6-dddz1*TMath::Abs(z1)*0.05)-1,0);
2948       Int_t  index2 = TMath::Min(kr2.Find(extraz+0.6+dddz2*TMath::Abs(z1)*0.05)+1,kr2);
2949
2950       // rotation angles to p1-p3
2951       Double_t cs13r     = cos(-angle13+dsec*alpha)/dvertex, sn13r = sin(-angle13+dsec*alpha)/dvertex;
2952       Double_t x2,   y2,   z2;
2953       //
2954       //      Double_t dymax = maxangle*TMath::Abs(x1-xx2);
2955
2956       //
2957       Double_t dxx0 =  (xx2-x3)*cs13r;
2958       Double_t dyy0 =  (xx2-x3)*sn13r;
2959       for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
2960         const AliTPCclusterMI *kcl = kr2[js];
2961         if (kcl->IsUsed(10)) continue;
2962         //
2963         //calcutate parameters
2964         //
2965         Double_t yy0 =  dyy0 +(kcl->GetY()-y3)*cs13r;
2966         // stright track
2967         if (TMath::Abs(yy0)<0.000001) continue;
2968         Double_t xx0 =  dxx0 -(kcl->GetY()-y3)*sn13r;
2969         Double_t y0  =  0.5*(xx0*xx0+yy0*yy0-xx0)/yy0;
2970         Double_t r02 = (0.25+y0*y0)*dvertex2;
2971         //curvature (radius) cut
2972         if (r02<r2min) continue;
2973
2974         nin0++;
2975         //
2976         Double_t c0  = 1/TMath::Sqrt(r02);
2977         if (yy0>0) c0*=-1.;
2978
2979
2980         //Double_t dfi0   = 2.*TMath::ASin(dvertex*c0*0.5);
2981         //Double_t dfi1   = 2.*TMath::ASin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2982         Double_t dfi0   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(dvertex*c0*0.5);
2983         Double_t dfi1   = 2.*AliTPCFastMath::FastAsin(TMath::Sqrt(yy0*yy0+(1-xx0)*(1-xx0))*dvertex*c0*0.5);
2984         //
2985         //
2986         Double_t z0  =  kcl->GetZ();
2987         Double_t zzzz2    = z1-(z1-z3)*dfi1/dfi0;
2988         if (TMath::Abs(zzzz2-z0)>0.5) continue;
2989         nin1++;
2990         //
2991         Double_t dip    = (z1-z0)*c0/dfi1;
2992         Double_t x0 = (0.5*cs13+y0*sn13)*dvertex*c0;
2993         //
2994         y2 = kcl->GetY();
2995         if (dsec==0){
2996           x2 = xx2;
2997           z2 = kcl->GetZ();
2998         }
2999         else
3000           {
3001             // rotation
3002             z2 = kcl->GetZ();
3003             x2= xx2*cs-y2*sn*dsec;
3004             y2=+xx2*sn*dsec+y2*cs;
3005           }
3006
3007         x[0] = y1;
3008         x[1] = z1;
3009         x[2] = x0;
3010         x[3] = dip;
3011         x[4] = c0;
3012         //
3013         //
3014         // do we have cluster at the middle ?
3015         Double_t ym,zm;
3016         GetProlongation(x1,xm,x,ym,zm);
3017         UInt_t dummy;
3018         AliTPCclusterMI * cm=0;
3019         if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
3020           cm = krm.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
3021           if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {
3022             continue;
3023           }
3024         }
3025         else{
3026           // rotate y1 to system 0
3027           // get state vector in rotated system
3028           Double_t yr1  = (-0.5*sn13+y0*cs13)*dvertex*c0;
3029           Double_t xr2  =  x0*cs+yr1*sn*dsec;
3030           Double_t xr[5]={kcl->GetY(),kcl->GetZ(), xr2, dip, c0};
3031           //
3032           GetProlongation(xx2,xm,xr,ym,zm);
3033           if (TMath::Abs(ym)-ymaxm<0){
3034             cm = kr2m.FindNearest2(ym,zm,1.0,0.6,dummy);
3035             if ((!cm) || (cm->IsUsed(10))) {
3036               continue;
3037             }
3038           }
3039         }
3040
3041
3042         Double_t dym = 0;
3043         Double_t dzm = 0;
3044         if (cm){
3045           dym = ym - cm->GetY();
3046           dzm = zm - cm->GetZ();
3047         }
3048         nin2++;
3049
3050
3051         //
3052         //
3053         Double_t sy1=kr1[is]->GetSigmaY2()*2., sz1=kr1[is]->GetSigmaZ2()*2.;
3054         Double_t sy2=kcl->GetSigmaY2()*2.,     sz2=kcl->GetSigmaZ2()*2.;
3055         //Double_t sy3=400*3./12., sy=0.1, sz=0.1;
3056         Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3057         //Double_t sy3=25000*x[4]*x[4]*60+0.5, sy=0.1, sz=0.1;
3058
3059         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3060         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3061         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3062         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3063         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3064         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3065
3066         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3067         Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3068         Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3069         Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3070
3071         c[0]=sy1;
3072         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3073         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3074         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3075                        c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3076         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3077         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3078         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3079
3080         //      if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3081
3082         UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3083         AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, ns*alpha+shift);
3084
3085         track->fIsSeeding = kTRUE;
3086         track->fSeed1 = i1;
3087         track->fSeed2 = i2;
3088         track->fSeedType=3;
3089
3090
3091         //if (dsec==0) {
3092           FollowProlongation(*track, (i1+i2)/2,1);
3093           Int_t foundable,found,shared;
3094           track->GetClusterStatistic((i1+i2)/2,i1, found, foundable, shared, kTRUE);
3095           if ((found<0.55*foundable)  || shared>0.5*found || (track->GetSigmaY2()+track->GetSigmaZ2())>0.5){
3096             seed->Reset();
3097             seed->~AliTPCseed();
3098             continue;
3099           }
3100           //}
3101
3102         nin++;
3103         FollowProlongation(*track, i2,1);
3104
3105
3106         //Int_t rc = 1;
3107         track->fBConstrain =1;
3108         //      track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3109         track->fLastPoint = i1;  // first cluster in track position
3110         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3111
3112         if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
3113             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 ||
3114             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters() ) {
3115           seed->Reset();
3116           seed->~AliTPCseed();
3117           continue;
3118         }
3119         nout1++;
3120         // Z VERTEX CONDITION
3121         Double_t zv;
3122         zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3123           ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3124         if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]) {
3125           FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-20,0));
3126           zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3127             ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3128           if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2]){
3129             FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-40,0));
3130             zv = track->GetZ()+track->GetTgl()/track->GetC()*
3131               ( asin(-track->GetEta()) - asin(track->GetX()*track->GetC()-track->GetEta()));
3132             if (TMath::Abs(zv-z3)>cuts[2] &&(track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.7)){
3133               // make seed without constrain
3134               AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,1.);
3135               FollowProlongation(*track2, i2,1);
3136               track2->fBConstrain = kFALSE;
3137               track2->fSeedType = 1;
3138               arr->AddLast(track2);
3139               seed->Reset();
3140               seed->~AliTPCseed();
3141               continue;
3142             }
3143             else{
3144               seed->Reset();
3145               seed->~AliTPCseed();
3146               continue;
3147
3148             }
3149           }
3150         }
3151
3152         track->fSeedType =0;
3153         arr->AddLast(track);
3154         seed = new AliTPCseed;
3155         nout2++;
3156         // don't consider other combinations
3157         if (track->GetNumberOfClusters() > track->fNFoundable*0.8)
3158           break;
3159       }
3160     }
3161   }
3162   if (fDebug>3){
3163     Info("MakeSeeds3","\nSeeding statistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2);
3164   }
3165   delete seed;
3166 }
3167
3168
3169 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds5(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2,  Float_t cuts[4],
3170                                  Float_t deltay) {
3171
3172
3173
3174   //-----------------------------------------------------------------
3175   // This function creates track seeds.
3176   //-----------------------------------------------------------------
3177   // cuts[0]   - fP4 cut
3178   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3179   // cuts[2]   - zvertex cut
3180   // cuts[3]   - fP3 cut
3181
3182
3183   Int_t nin0  = 0;
3184   Int_t nin1  = 0;
3185   Int_t nin2  = 0;
3186   Int_t nin   = 0;
3187   Int_t nout1 = 0;
3188   Int_t nout2 = 0;
3189   Int_t nout3 =0;
3190   Double_t x[5], c[15];
3191   //
3192   // make temporary seed
3193   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3194   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3195   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3196   //
3197   //
3198
3199   // first 3 padrows
3200   Double_t x1 = GetXrow(i1-1);
3201   const    AliTPCRow& kr1=GetRow(sec,i1-1);
3202   Double_t y1max  = GetMaxY(i1-1)-kr1.fDeadZone-1.5;
3203   //
3204   Double_t x1p = GetXrow(i1);
3205   const    AliTPCRow& kr1p=GetRow(sec,i1);
3206   //
3207   Double_t x1m = GetXrow(i1-2);
3208   const    AliTPCRow& kr1m=GetRow(sec,i1-2);
3209
3210   //
3211   //last 3 padrow for seeding
3212   AliTPCRow&  kr3  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-7);
3213   Double_t    x3   =  GetXrow(i1-7);
3214   //  Double_t    y3max= GetMaxY(i1-7)-kr3.fDeadZone-1.5;
3215   //
3216   AliTPCRow&  kr3p  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-6);
3217   Double_t    x3p   = GetXrow(i1-6);
3218   //
3219   AliTPCRow&  kr3m  = GetRow((sec+fkNOS)%fkNOS,i1-8);
3220   Double_t    x3m   = GetXrow(i1-8);
3221
3222   //
3223   //
3224   // middle padrow
3225   Int_t im = i1-4;                           //middle pad row index
3226   Double_t xm         = GetXrow(im);         // radius of middle pad-row
3227   const AliTPCRow& krm=GetRow(sec,im);   //middle pad -row
3228   //  Double_t ymmax = GetMaxY(im)-kr1.fDeadZone-1.5;
3229   //
3230   //
3231   Double_t deltax  = x1-x3;
3232   Double_t dymax   = deltax*cuts[1];
3233   Double_t dzmax   = deltax*cuts[3];
3234   //
3235   // loop over clusters
3236   for (Int_t is=0; is < kr1; is++) {
3237     //
3238     if (kr1[is]->IsUsed(10)) continue;
3239     Double_t y1=kr1[is]->GetY(), z1=kr1[is]->GetZ();
3240     //
3241     if (deltay>0 && TMath::Abs(y1max-TMath::Abs(y1))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3242     //
3243     Int_t  index1 = TMath::Max(kr3.Find(z1-dzmax)-1,0);
3244     Int_t  index2 = TMath::Min(kr3.Find(z1+dzmax)+1,kr3);
3245     //
3246     Double_t y3,   z3;
3247     //
3248     //
3249     UInt_t index;
3250     for (Int_t js=index1; js < index2; js++) {
3251       const AliTPCclusterMI *kcl = kr3[js];
3252       if (kcl->IsUsed(10)) continue;
3253       y3 = kcl->GetY();
3254       // apply angular cuts
3255       if (TMath::Abs(y1-y3)>dymax) continue;
3256       x3 = x3;
3257       z3 = kcl->GetZ();
3258       if (TMath::Abs(z1-z3)>dzmax) continue;
3259       //
3260       Double_t angley = (y1-y3)/(x1-x3);
3261       Double_t anglez = (z1-z3)/(x1-x3);
3262       //
3263       Double_t erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
3264       Double_t errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.5+0.5;
3265       //
3266       Double_t yyym = angley*(xm-x1)+y1;
3267       Double_t zzzm = anglez*(xm-x1)+z1;
3268
3269       const AliTPCclusterMI *kcm = krm.FindNearest2(yyym,zzzm,erry,errz,index);
3270       if (!kcm) continue;
3271       if (kcm->IsUsed(10)) continue;
3272
3273       erry = TMath::Abs(angley)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
3274       errz = TMath::Abs(anglez)*(x1-x1m)*0.4+0.5;
3275       //
3276       //
3277       //
3278       Int_t used  =0;
3279       Int_t found =0;
3280       //
3281       // look around first
3282       const AliTPCclusterMI *kc1m = kr1m.FindNearest2(angley*(x1m-x1)+y1,
3283                                                       anglez*(x1m-x1)+z1,
3284                                                       erry,errz,index);
3285       //
3286       if (kc1m){
3287         found++;
3288         if (kc1m->IsUsed(10)) used++;
3289       }
3290       const AliTPCclusterMI *kc1p = kr1p.FindNearest2(angley*(x1p-x1)+y1,
3291                                                       anglez*(x1p-x1)+z1,
3292                                                       erry,errz,index);
3293       //
3294       if (kc1p){
3295         found++;
3296         if (kc1p->IsUsed(10)) used++;
3297       }
3298       if (used>1)  continue;
3299       if (found<1) continue;
3300
3301       //
3302       // look around last
3303       const AliTPCclusterMI *kc3m = kr3m.FindNearest2(angley*(x3m-x3)+y3,
3304                                                       anglez*(x3m-x3)+z3,
3305                                                       erry,errz,index);
3306       //
3307       if (kc3m){
3308         found++;
3309         if (kc3m->IsUsed(10)) used++;
3310       }
3311       else
3312         continue;
3313       const AliTPCclusterMI *kc3p = kr3p.FindNearest2(angley*(x3p-x3)+y3,
3314                                                       anglez*(x3p-x3)+z3,
3315                                                       erry,errz,index);
3316       //
3317       if (kc3p){
3318         found++;
3319         if (kc3p->IsUsed(10)) used++;
3320       }
3321       else
3322         continue;
3323       if (used>1)  continue;
3324       if (found<3) continue;
3325       //
3326       Double_t x2,y2,z2;
3327       x2 = xm;
3328       y2 = kcm->GetY();
3329       z2 = kcm->GetZ();
3330       //
3331
3332       x[0]=y1;
3333       x[1]=z1;
3334       x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3335       //if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;
3336       nin0++;
3337       //
3338       x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3339       nin1++;
3340       //
3341       x[3]=F3n(x1,y1,x2,y2,z1,z2,x[4]);
3342       //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3343       nin2++;
3344       //
3345       //
3346       Double_t sy1=0.1,  sz1=0.1;
3347       Double_t sy2=0.1,  sz2=0.1;
3348       Double_t sy3=0.1,  sy=0.1, sz=0.1;
3349
3350       Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3351       Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3352       Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3353       Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3354       Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3355       Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3356
3357       Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x2,y2,z1,z2)-x[3])/sy;
3358       Double_t f31=(F3(x1,y1,x2,y2,z1+sz,z2)-x[3])/sz;
3359       Double_t f32=(F3(x1,y1,x2,y2+sy,z1,z2)-x[3])/sy;
3360       Double_t f34=(F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2+sz)-x[3])/sz;
3361
3362       c[0]=sy1;
3363       c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3364       c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3365       c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3366       c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3367       c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3368       c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3369       c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3370
3371       //        if (!BuildSeed(kr1[is],kcl,0,x1,x2,x3,x,c)) continue;
3372
3373       UInt_t index=kr1.GetIndex(is);
3374       AliTPCseed *track=new(seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3375
3376       track->fIsSeeding = kTRUE;
3377
3378       nin++;
3379       FollowProlongation(*track, i1-7,1);
3380       if (track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.75 ||
3381           track->fNShared>0.6*track->GetNumberOfClusters() || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.6){
3382         seed->Reset();
3383         seed->~AliTPCseed();
3384         continue;
3385       }
3386       nout1++;
3387       nout2++;
3388       //Int_t rc = 1;
3389       FollowProlongation(*track, i2,1);
3390       track->fBConstrain =0;
3391       track->fLastPoint = i1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3392       track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3393
3394       if (track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
3395           track->GetNumberOfClusters()<track->fNFoundable*0.7 ||
3396           track->fNShared>2. || track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()>6 || ( track->GetSigmaY2()+ track->GetSigmaZ2())>0.5 ) {
3397         seed->Reset();
3398         seed->~AliTPCseed();
3399         continue;
3400       }
3401
3402       {
3403         FollowProlongation(*track, TMath::Max(i2-10,0),1);
3404         AliTPCseed * track2 = MakeSeed(track,0.2,0.5,0.9);
3405         FollowProlongation(*track2, i2,1);
3406         track2->fBConstrain = kFALSE;
3407         track2->fSeedType = 4;
3408         arr->AddLast(track2);
3409         seed->Reset();
3410         seed->~AliTPCseed();
3411       }
3412
3413
3414       //arr->AddLast(track);
3415       //seed = new AliTPCseed;
3416       nout3++;
3417     }
3418   }
3419
3420   if (fDebug>3){
3421     Info("MakeSeeds5","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin,nout1,nout2,nout3);
3422   }
3423   delete seed;
3424 }
3425
3426
3427 //_____________________________________________________________________________
3428 void AliTPCtrackerMI::MakeSeeds2(TObjArray * arr, Int_t sec, Int_t i1, Int_t i2, Float_t */*cuts[4]*/,
3429                                  Float_t deltay, Bool_t /*bconstrain*/) {
3430   //-----------------------------------------------------------------
3431   // This function creates track seeds - without vertex constraint
3432   //-----------------------------------------------------------------
3433   // cuts[0]   - fP4 cut        - not applied
3434   // cuts[1]   - tan(phi)  cut
3435   // cuts[2]   - zvertex cut    - not applied
3436   // cuts[3]   - fP3 cut
3437   Int_t nin0=0;
3438   Int_t nin1=0;
3439   Int_t nin2=0;
3440   Int_t nin3=0;
3441   //  Int_t nin4=0;
3442   //Int_t nin5=0;
3443
3444
3445
3446   Double_t alpha=fOuterSec->GetAlpha(), shift=fOuterSec->GetAlphaShift();
3447   //  Double_t cs=cos(alpha), sn=sin(alpha);
3448   Int_t row0 = (i1+i2)/2;
3449   Int_t drow = (i1-i2)/2;
3450   const AliTPCRow& kr0=fSectors[sec][row0];
3451   AliTPCRow * kr=0;
3452
3453   AliTPCpolyTrack polytrack;
3454   Int_t nclusters=fSectors[sec][row0];
3455   AliTPCseed * seed = new AliTPCseed;
3456
3457   Int_t sumused=0;
3458   Int_t cused=0;
3459   Int_t cnused=0;
3460   for (Int_t is=0; is < nclusters; is++) {  //LOOP over clusters
3461     Int_t nfound =0;
3462     Int_t nfoundable =0;
3463     for (Int_t iter =1; iter<2; iter++){   //iterations
3464       const AliTPCRow& krm=fSectors[sec][row0-iter];
3465       const AliTPCRow& krp=fSectors[sec][row0+iter];
3466       const AliTPCclusterMI * cl= kr0[is];
3467
3468       if (cl->IsUsed(10)) {
3469         cused++;
3470       }
3471       else{
3472         cnused++;
3473       }
3474       Double_t x = kr0.GetX();
3475       // Initialization of the polytrack
3476       nfound =0;
3477       nfoundable =0;
3478       polytrack.Reset();
3479       //
3480       Double_t y0= cl->GetY();
3481       Double_t z0= cl->GetZ();
3482       Float_t erry = 0;
3483       Float_t errz = 0;
3484
3485       Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row0)-kr0.fDeadZone-1.5;
3486       if (deltay>0 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))> deltay ) continue;  // seed only at the edge
3487
3488       erry = (0.5)*cl->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;
3489       errz = (0.5)*cl->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl->GetQ())*6;
3490       polytrack.AddPoint(x,y0,z0,erry, errz);
3491
3492       sumused=0;
3493       if (cl->IsUsed(10)) sumused++;
3494
3495
3496       Float_t roady = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaY2()+0.2)+1.)*iter;
3497       Float_t roadz = (5*TMath::Sqrt(cl->GetSigmaZ2()+0.2)+1.)*iter;
3498       //
3499       x = krm.GetX();
3500       AliTPCclusterMI * cl1 = krm.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3501       if (cl1 && TMath::Abs(ymax-TMath::Abs(y0))) {
3502         erry = (0.5)*cl1->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3503         errz = (0.5)*cl1->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl1->GetQ())*3;
3504         if (cl1->IsUsed(10))  sumused++;
3505         polytrack.AddPoint(x,cl1->GetY(),cl1->GetZ(),erry,errz);
3506       }
3507       //
3508       x = krp.GetX();
3509       AliTPCclusterMI * cl2 = krp.FindNearest(y0,z0,roady,roadz);
3510       if (cl2) {
3511         erry = (0.5)*cl2->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3512         errz = (0.5)*cl2->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cl2->GetQ())*3;
3513         if (cl2->IsUsed(10)) sumused++;
3514         polytrack.AddPoint(x,cl2->GetY(),cl2->GetZ(),erry,errz);
3515       }
3516       //
3517       if (sumused>0) continue;
3518       nin0++;
3519       polytrack.UpdateParameters();
3520       // follow polytrack
3521       roadz = 1.2;
3522       roady = 1.2;
3523       //
3524       Double_t yn,zn;
3525       nfoundable = polytrack.GetN();
3526       nfound     = nfoundable;
3527       //
3528       for (Int_t ddrow = iter+1; ddrow<drow;ddrow++){
3529         Float_t maxdist = 0.8*(1.+3./(ddrow));
3530         for (Int_t delta = -1;delta<=1;delta+=2){
3531           Int_t row = row0+ddrow*delta;
3532           kr = &(fSectors[sec][row]);
3533           Double_t xn = kr->GetX();
3534           Double_t ymax = fSectors->GetMaxY(row)-kr->fDeadZone-1.5;
3535           polytrack.GetFitPoint(xn,yn,zn);
3536           if (TMath::Abs(yn)>ymax) continue;
3537           nfoundable++;
3538           AliTPCclusterMI * cln = kr->FindNearest(yn,zn,roady,roadz);
3539           if (cln) {
3540             Float_t dist =  TMath::Sqrt(  (yn-cln->GetY())*(yn-cln->GetY())+(zn-cln->GetZ())*(zn-cln->GetZ()));
3541             if (dist<maxdist){
3542               /*
3543               erry = (dist+0.3)*cln->GetSigmaY2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3544               errz = (dist+0.3)*cln->GetSigmaZ2()/TMath::Sqrt(cln->GetQ())*(1.+1./(ddrow));
3545               if (cln->IsUsed(10)) {
3546                 //      printf("used\n");
3547                 sumused++;
3548                 erry*=2;
3549                 errz*=2;
3550               }
3551               */
3552               erry=0.1;
3553               errz=0.1;
3554               polytrack.AddPoint(xn,cln->GetY(),cln->GetZ(),erry, errz);
3555               nfound++;
3556             }
3557           }
3558         }
3559         if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound) || (nfound<0.6*nfoundable))  break;
3560         polytrack.UpdateParameters();
3561       }
3562     }
3563     if ( (sumused>3) || (sumused>0.5*nfound))  {
3564       //printf("sumused   %d\n",sumused);
3565       continue;
3566     }
3567     nin1++;
3568     Double_t dy,dz;
3569     polytrack.GetFitDerivation(kr0.GetX(),dy,dz);
3570     AliTPCpolyTrack track2;
3571
3572     polytrack.Refit(track2,0.5+TMath::Abs(dy)*0.3,0.4+TMath::Abs(dz)*0.3);
3573     if (track2.GetN()<0.5*nfoundable) continue;
3574     nin2++;
3575
3576     if ((nfound>0.6*nfoundable) &&( nfoundable>0.4*(i1-i2))) {
3577       //
3578       // test seed with and without constrain
3579       for (Int_t constrain=0; constrain<=0;constrain++){
3580         // add polytrack candidate
3581
3582         Double_t x[5], c[15];
3583         Double_t x1,x2,x3,y1,y2,y3,z1,z2,z3;
3584         track2.GetBoundaries(x3,x1);
3585         x2 = (x1+x3)/2.;
3586         track2.GetFitPoint(x1,y1,z1);
3587         track2.GetFitPoint(x2,y2,z2);
3588         track2.GetFitPoint(x3,y3,z3);
3589         //
3590         //is track pointing to the vertex ?
3591         Double_t x0,y0,z0;
3592         x0=0;
3593         polytrack.GetFitPoint(x0,y0,z0);
3594
3595         if (constrain) {
3596           x2 = x3;
3597           y2 = y3;
3598           z2 = z3;
3599
3600           x3 = 0;
3601           y3 = 0;
3602           z3 = 0;
3603         }
3604         x[0]=y1;
3605         x[1]=z1;
3606         x[4]=F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3607
3608         //      if (TMath::Abs(x[4]) >= cuts[0]) continue;  //
3609         x[2]=F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3);
3610
3611         //if (TMath::Abs(x[4]*x1-x[2]) >= cuts[1]) continue;
3612         //x[3]=F3(x1,y1,x2,y2,z1,z2);
3613         x[3]=F3n(x1,y1,x3,y3,z1,z3,x[4]);
3614         //if (TMath::Abs(x[3]) > cuts[3]) continue;
3615
3616
3617         Double_t sy =0.1, sz =0.1;
3618         Double_t sy1=0.02, sz1=0.02;
3619         Double_t sy2=0.02, sz2=0.02;
3620         Double_t sy3=0.02;
3621
3622         if (constrain){
3623           sy3=25000*x[4]*x[4]+0.1, sy=0.1, sz=0.1;
3624         }
3625
3626         Double_t f40=(F1(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[4])/sy;
3627         Double_t f42=(F1(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[4])/sy;
3628         Double_t f43=(F1(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[4])/sy;
3629         Double_t f20=(F2(x1,y1+sy,x2,y2,x3,y3)-x[2])/sy;
3630         Double_t f22=(F2(x1,y1,x2,y2+sy,x3,y3)-x[2])/sy;
3631         Double_t f23=(F2(x1,y1,x2,y2,x3,y3+sy)-x[2])/sy;
3632
3633         Double_t f30=(F3(x1,y1+sy,x3,y3,z1,z3)-x[3])/sy;
3634         Double_t f31=(F3(x1,y1,x3,y3,z1+sz,z3)-x[3])/sz;
3635         Double_t f32=(F3(x1,y1,x3,y3+sy,z1,z3)-x[3])/sy;
3636         Double_t f34=(F3(x1,y1,x3,y3,z1,z3+sz)-x[3])/sz;
3637
3638
3639         c[0]=sy1;
3640         c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3641         c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3642         c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3643         c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3644         c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3645         c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3646         c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3647
3648         //Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x1);
3649         Int_t row1 = GetRowNumber(x1);
3650
3651         UInt_t index=0;
3652         //kr0.GetIndex(is);
3653         AliTPCseed *track=new (seed) AliTPCseed(index, x, c, x1, sec*alpha+shift);
3654         track->fIsSeeding = kTRUE;
3655         Int_t rc=FollowProlongation(*track, i2);
3656         if (constrain) track->fBConstrain =1;
3657         else
3658           track->fBConstrain =0;
3659         track->fLastPoint = row1+fInnerSec->GetNRows();  // first cluster in track position
3660         track->fFirstPoint = track->fLastPoint;
3661
3662         if (rc==0 || track->GetNumberOfClusters()<(i1-i2)*0.5 ||
3663             track->GetNumberOfClusters() < track->fNFoundable*0.6 ||
3664             track->fNShared>0.4*track->GetNumberOfClusters()) {
3665           //delete track;
3666           seed->Reset();
3667           seed->~AliTPCseed();
3668         }
3669         else {
3670           arr->AddLast(track);
3671           seed = new AliTPCseed;
3672         }
3673         nin3++;
3674       }
3675     }  // if accepted seed
3676   }
3677   if (fDebug>3){
3678     Info("MakeSeeds2","\nSeeding statiistic:\t%d\t%d\t%d\t%d",nin0,nin1,nin2,nin3);
3679   }
3680   delete seed;
3681 }
3682
3683
3684 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::MakeSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3685 {
3686   //
3687   //
3688   //reseed using track points
3689   Int_t p0 = int(r0*track->GetNumberOfClusters());     // point 0
3690   Int_t p1 = int(r1*track->GetNumberOfClusters());
3691   Int_t p2 = int(r2*track->GetNumberOfClusters());   // last point
3692   Int_t pp2=0;
3693   Double_t  x0[3],x1[3],x2[3];
3694   x0[0]=-1;
3695   x0[0]=-1;
3696   x0[0]=-1;
3697
3698   // find track position at given ratio of the length
3699   Int_t  sec0, sec1, sec2;
3700   sec0=0;
3701   sec1=0;
3702   sec2=0;
3703   Int_t index=-1;
3704   Int_t clindex;
3705   for (Int_t i=0;i<160;i++){
3706     if (track->fClusterPointer[i]){
3707       index++;
3708       AliTPCTrackerPoint   *trpoint =track->GetTrackPoint(i);
3709       if ( (index<p0) || x0[0]<0 ){
3710         if (trpoint->GetX()>1){
3711           clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3712           if (clindex>0){
3713             x0[0] = trpoint->GetX();
3714             x0[1] = trpoint->GetY();
3715             x0[2] = trpoint->GetZ();
3716             sec0  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3717           }
3718         }
3719       }
3720
3721       if ( (index<p1) &&(trpoint->GetX()>1)){
3722         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3723         if (clindex>0){
3724           x1[0] = trpoint->GetX();
3725           x1[1] = trpoint->GetY();
3726           x1[2] = trpoint->GetZ();
3727           sec1  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3728         }
3729       }
3730       if ( (index<p2) &&(trpoint->GetX()>1)){
3731         clindex = track->GetClusterIndex2(i);
3732         if (clindex>0){
3733           x2[0] = trpoint->GetX();
3734           x2[1] = trpoint->GetY();
3735           x2[2] = trpoint->GetZ();
3736           sec2  = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3737           pp2 = i;
3738         }
3739       }
3740     }
3741   }
3742
3743   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3744   //
3745   alpha = (sec1-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3746   cs = TMath::Cos(alpha);
3747   sn = TMath::Sin(alpha);
3748   xx2= x1[0]*cs-x1[1]*sn;
3749   yy2= x1[0]*sn+x1[1]*cs;
3750   x1[0] = xx2;
3751   x1[1] = yy2;
3752   //
3753   alpha = (sec0-sec2)*fSectors->GetAlpha();
3754   cs = TMath::Cos(alpha);
3755   sn = TMath::Sin(alpha);
3756   xx2= x0[0]*cs-x0[1]*sn;
3757   yy2= x0[0]*sn+x0[1]*cs;
3758   x0[0] = xx2;
3759   x0[1] = yy2;
3760   //
3761   //
3762   //
3763   Double_t x[5],c[15];
3764   //
3765   x[0]=x2[1];
3766   x[1]=x2[2];
3767   x[4]=F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3768   //  if (x[4]>1) return 0;
3769   x[2]=F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]);
3770   x[3]=F3n(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2],x[4]);
3771   //if (TMath::Abs(x[3]) > 2.2)  return 0;
3772   //if (TMath::Abs(x[2]) > 1.99) return 0;
3773   //
3774   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3775   //
3776   Double_t sy1=0.02+track->GetSigmaY2(), sz1=0.02+track->GetSigmaZ2();
3777   Double_t sy2=0.01+track->GetSigmaY2(), sz2=0.01+track->GetSigmaZ2();
3778   Double_t sy3=0.01+track->GetSigmaY2();
3779   //
3780   Double_t f40=(F1(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3781   Double_t f42=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[4])/sy;
3782   Double_t f43=(F1(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[4])/sy;
3783   Double_t f20=(F2(x2[0],x2[1]+sy,x1[0],x1[1],x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3784   Double_t f22=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1]+sy,x0[0],x0[1])-x[2])/sy;
3785   Double_t f23=(F2(x2[0],x2[1],x1[0],x1[1],x0[0],x0[1]+sy)-x[2])/sy;
3786   //
3787   Double_t f30=(F3(x2[0],x2[1]+sy,x0[0],x0[1],x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3788   Double_t f31=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2]+sz,x0[2])-x[3])/sz;
3789   Double_t f32=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1]+sy,x2[2],x0[2])-x[3])/sy;
3790   Double_t f34=(F3(x2[0],x2[1],x0[0],x0[1],x2[2],x0[2]+sz)-x[3])/sz;
3791
3792
3793   c[0]=sy1;
3794   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3795   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3796   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3797   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3798   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3799   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3800   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3801
3802   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(x2[0]);
3803   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, x2[0], sec2*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3804   //  Double_t y0,z0,y1,z1, y2,z2;
3805   //seed->GetProlongation(x0[0],y0,z0);
3806   // seed->GetProlongation(x1[0],y1,z1);
3807   //seed->GetProlongation(x2[0],y2,z2);
3808   //  seed =0;
3809   seed->fLastPoint  = pp2;
3810   seed->fFirstPoint = pp2;
3811
3812
3813   return seed;
3814 }
3815
3816
3817 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track, Float_t r0, Float_t r1, Float_t r2)
3818 {
3819   //
3820   //
3821   //reseed using founded clusters
3822   //
3823   // Find the number of clusters
3824   Int_t nclusters = 0;
3825   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3826     if (track->GetClusterIndex(irow)>0) nclusters++;
3827   }
3828   //
3829   Int_t ipos[3];
3830   ipos[0] = TMath::Max(int(r0*nclusters),0);             // point 0 cluster
3831   ipos[1] = TMath::Min(int(r1*nclusters),nclusters-1);   //
3832   ipos[2] = TMath::Min(int(r2*nclusters),nclusters-1);   // last point
3833   //
3834   //
3835   Double_t  xyz[3][3];
3836   Int_t     row[3],sec[3]={0,0,0};
3837   //
3838   // find track row position at given ratio of the length
3839   Int_t index=-1;
3840   for (Int_t irow=0;irow<160;irow++){
3841     if (track->GetClusterIndex2(irow)<0) continue;
3842     index++;
3843     for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3844       if (index<=ipos[ipoint]) row[ipoint] = irow;
3845     }
3846   }
3847   //
3848   //Get cluster and sector position
3849   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3850     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3851     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3852     if (cl==0) {
3853       //Error("Bug\n");
3854       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3855       return 0;
3856     }
3857     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3858     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3859     xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
3860     xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
3861   }
3862   //
3863   //
3864   // Calculate seed state vector and covariance matrix
3865
3866   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
3867   //
3868   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3869   cs = TMath::Cos(alpha);
3870   sn = TMath::Sin(alpha);
3871   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
3872   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
3873   xyz[1][0] = xx2;
3874   xyz[1][1] = yy2;
3875   //
3876   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
3877   cs = TMath::Cos(alpha);
3878   sn = TMath::Sin(alpha);
3879   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
3880   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
3881   xyz[0][0] = xx2;
3882   xyz[0][1] = yy2;
3883   //
3884   //
3885   //
3886   Double_t x[5],c[15];
3887   //
3888   x[0]=xyz[2][1];
3889   x[1]=xyz[2][2];
3890   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3891   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
3892   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
3893   //
3894   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
3895   //
3896   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
3897   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
3898   Double_t sy3=0.2;
3899   //
3900   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3901   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
3902   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
3903   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3904   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
3905   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
3906   //
3907   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3908   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
3909   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
3910   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
3911
3912
3913   c[0]=sy1;
3914   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
3915   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
3916   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
3917   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
3918   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
3919   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
3920   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
3921
3922   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
3923   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
3924   seed->fLastPoint  = row[2];
3925   seed->fFirstPoint = row[2];
3926   return seed;
3927 }
3928
3929
3930 AliTPCseed *AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *track,Int_t r0, Bool_t forward)
3931 {
3932   //
3933   //
3934   //reseed using founded clusters
3935   //
3936   Double_t  xyz[3][3];
3937   Int_t     row[3]={0,0,0},sec[3]={0,0,0};
3938   //
3939   // forward direction
3940   if (forward){
3941     for (Int_t irow=r0;irow<160;irow++){
3942       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3943         row[0] = irow;
3944         break;
3945       }
3946     }
3947     for (Int_t irow=160;irow>r0;irow--){
3948       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3949         row[2] = irow;
3950         break;
3951       }
3952     }
3953     for (Int_t irow=row[2]-15;irow>row[0];irow--){
3954       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3955         row[1] = irow;
3956         break;
3957       }
3958     }
3959     //
3960   }
3961   if (!forward){
3962     for (Int_t irow=0;irow<r0;irow++){
3963       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3964         row[0] = irow;
3965         break;
3966       }
3967     }
3968     for (Int_t irow=r0;irow>0;irow--){
3969       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3970         row[2] = irow;
3971         break;
3972       }
3973     }
3974     for (Int_t irow=row[2]-15;irow>row[0];irow--){
3975       if (track->GetClusterIndex(irow)>0){
3976         row[1] = irow;
3977         break;
3978       }
3979     }
3980   }
3981   //
3982   if ((row[2]-row[0])<20) return 0;
3983   if (row[1]==0) return 0;
3984   //
3985   //
3986   //Get cluster and sector position
3987   for (Int_t ipoint=0;ipoint<3;ipoint++){
3988     Int_t clindex = track->GetClusterIndex2(row[ipoint]);
3989     AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3990     if (cl==0) {
3991       //Error("Bug\n");
3992       //      AliTPCclusterMI * cl = GetClusterMI(clindex);
3993       return 0;
3994     }
3995     sec[ipoint]     = ((clindex&0xff000000)>>24)%18;
3996     xyz[ipoint][0]  = GetXrow(row[ipoint]);
3997     AliTPCTrackerPoint * point = track->GetTrackPoint(row[ipoint]);
3998     if (point&&ipoint<2){
3999       //
4000        xyz[ipoint][1]  = point->GetY();
4001        xyz[ipoint][2]  = point->GetZ();
4002     }
4003     else{
4004       xyz[ipoint][1]  = cl->GetY();
4005       xyz[ipoint][2]  = cl->GetZ();
4006     }
4007   }
4008   //
4009   //
4010   //
4011   //
4012   // Calculate seed state vector and covariance matrix
4013
4014   Double_t alpha, cs,sn, xx2,yy2;
4015   //
4016   alpha = (sec[1]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
4017   cs = TMath::Cos(alpha);
4018   sn = TMath::Sin(alpha);
4019   xx2= xyz[1][0]*cs-xyz[1][1]*sn;
4020   yy2= xyz[1][0]*sn+xyz[1][1]*cs;
4021   xyz[1][0] = xx2;
4022   xyz[1][1] = yy2;
4023   //
4024   alpha = (sec[0]-sec[2])*fSectors->GetAlpha();
4025   cs = TMath::Cos(alpha);
4026   sn = TMath::Sin(alpha);
4027   xx2= xyz[0][0]*cs-xyz[0][1]*sn;
4028   yy2= xyz[0][0]*sn+xyz[0][1]*cs;
4029   xyz[0][0] = xx2;
4030   xyz[0][1] = yy2;
4031   //
4032   //
4033   //
4034   Double_t x[5],c[15];
4035   //
4036   x[0]=xyz[2][1];
4037   x[1]=xyz[2][2];
4038   x[4]=F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
4039   x[2]=F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]);
4040   x[3]=F3n(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2],x[4]);
4041   //
4042   Double_t sy =0.1,  sz =0.1;
4043   //
4044   Double_t sy1=0.2, sz1=0.2;
4045   Double_t sy2=0.2, sz2=0.2;
4046   Double_t sy3=0.2;
4047   //
4048   Double_t f40=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
4049   Double_t f42=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[4])/sy;
4050   Double_t f43=(F1(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[4])/sy;
4051   Double_t f20=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
4052   Double_t f22=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1])-x[2])/sy;
4053   Double_t f23=(F2(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[1][0],xyz[1][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy)-x[2])/sy;
4054   //
4055   Double_t f30=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1]+sy,xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
4056   Double_t f31=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2]+sz,xyz[0][2])-x[3])/sz;
4057   Double_t f32=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1]+sy,xyz[2][2],xyz[0][2])-x[3])/sy;
4058   Double_t f34=(F3(xyz[2][0],xyz[2][1],xyz[0][0],xyz[0][1],xyz[2][2],xyz[0][2]+sz)-x[3])/sz;
4059
4060
4061   c[0]=sy1;
4062   c[1]=0.;       c[2]=sz1;
4063   c[3]=f20*sy1;  c[4]=0.;       c[5]=f20*sy1*f20+f22*sy2*f22+f23*sy3*f23;
4064   c[6]=f30*sy1;  c[7]=f31*sz1;  c[8]=f30*sy1*f20+f32*sy2*f22;
4065   c[9]=f30*sy1*f30+f31*sz1*f31+f32*sy2*f32+f34*sz2*f34;
4066   c[10]=f40*sy1; c[11]=0.; c[12]=f40*sy1*f20+f42*sy2*f22+f43*sy3*f23;
4067   c[13]=f30*sy1*f40+f32*sy2*f42;
4068   c[14]=f40*sy1*f40+f42*sy2*f42+f43*sy3*f43;
4069
4070   //  Int_t row1 = fSectors->GetRowNumber(xyz[2][0]);
4071   AliTPCseed *seed=new  AliTPCseed(0, x, c, xyz[2][0], sec[2]*fSectors->GetAlpha()+fSectors->GetAlphaShift());
4072   seed->fLastPoint  = row[2];
4073   seed->fFirstPoint = row[2];
4074   for (Int_t i=row[0];i<row[2];i++){
4075     seed->fIndex[i] = track->fIndex[i];
4076   }
4077
4078   return seed;
4079 }
4080
4081 void  AliTPCtrackerMI::FindKinks(TObjArray * array, AliESD *esd)
4082 {
4083   //
4084   //  find kinks
4085   //
4086   //
4087
4088   TObjArray *kinks= new TObjArray(10000);
4089   Int_t nentries = array->GetEntriesFast();
4090   AliHelix *helixes      = new AliHelix[nentries];
4091   Int_t    *sign         = new Int_t[nentries];
4092   Int_t    *nclusters    = new Int_t[nentries];
4093   Float_t  *alpha        = new Float_t[nentries];
4094   AliESDkink * kink      = new AliESDkink();
4095   Int_t      * usage     = new Int_t[nentries];
4096   Float_t  *zm           = new Float_t[nentries];
4097   Float_t  *z0           = new Float_t[nentries];
4098   Float_t  *fim          = new Float_t[nentries];
4099   Float_t  *shared       = new Float_t[nentries];
4100   Bool_t   *circular     = new Bool_t[nentries];
4101   //
4102   //  nentries = array->GetEntriesFast();
4103   //
4104
4105   //
4106   //
4107   for (Int_t i=0;i<nentries;i++){
4108     sign[i]=0;
4109     usage[i]=0;
4110     AliTPCseed* track = (AliTPCseed*)array->At(i);
4111     if (!track) continue;
4112     shared[i] = kFALSE;
4113     track->UpdatePoints();
4114     if (( track->GetPoints()[2]- track->GetPoints()[0])>5 && track->GetPoints()[3]>0.8){
4115     }
4116     nclusters[i]=track->GetNumberOfClusters();
4117     alpha[i] = track->GetAlpha();
4118     new (&helixes[i]) AliHelix(*track);
4119     Double_t xyz[3];
4120     helixes[i].Evaluate(0,xyz);
4121     sign[i] = (track->GetC()>0) ? -1:1;
4122     Double_t x,y,z;
4123     x=160;
4124     if (track->GetProlongation(x,y,z)){
4125       zm[i]  = z;
4126       fim[i] = alpha[i]+TMath::ATan2(y,x);
4127     }
4128     else{
4129       zm[i]  = track->GetZ();
4130       fim[i] = alpha[i];
4131     }
4132     z0[i]=1000;
4133     circular[i]= kFALSE;
4134     if (track->GetProlongation(0,y,z))  z0[i] = TMath::Abs(z);
4135   }
4136   //
4137   //
4138   TStopwatch timer;
4139   timer.Start();
4140   Int_t ncandidates =0;
4141   Int_t nall =0;
4142   Int_t ntracks=0;
4143   Double_t phase[2][2],radius[2];
4144
4145   //
4146   // Find circling track
4147   //  TTreeSRedirector cstream("circling.root");
4148   //
4149   for (Int_t i0=0;i0<nentries;i0++){
4150     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i0);
4151     if (!track0) continue;
4152     if (track0->fN<40) continue;
4153     if (TMath::Abs(1./track0->fP4)>200) continue;
4154     for (Int_t i1=i0+1;i1<nentries;i1++){
4155       AliTPCseed * track1 = (AliTPCseed*)array->At(i1);
4156       if (!track1) continue;
4157       if (TMath::Abs(1./track1->fP4)>200) continue;
4158       if (track1->fN<40) continue;
4159       if (z0[i0]<20&&z0[i1]<20) continue;
4160       if (track1->fP4*track0->fP4>0) continue;
4161       if (track1->fP3*track0->fP3>0) continue;
4162       if (track0->fBConstrain&&track1->fBConstrain) continue;
4163       if (max(TMath::Abs(1./track0->fP4),TMath::Abs(1./track1->fP4))>190) continue;
4164       if (track0->fBConstrain&&TMath::Abs(track1->fP4)<TMath::Abs(track0->fP4)) continue; //returning - lower momenta
4165       if (track1->fBConstrain&&TMath::Abs(track0->fP4)<TMath::Abs(track1->fP4)) continue; //returning - lower momenta
4166       //
4167       if ( TMath::Abs(track1->fP3+track0->fP3)>0.1) continue;
4168       Float_t xc0 = helixes[i0].GetHelix(6);
4169       Float_t yc0 = helixes[i0].GetHelix(7);
4170       Float_t r0  = helixes[i0].GetHelix(8);
4171       Float_t xc1 = helixes[i1].GetHelix(6);
4172       Float_t yc1 = helixes[i1].GetHelix(7);
4173       Float_t r1  = helixes[i1].GetHelix(8);
4174
4175       Float_t rmean = (r0+r1)*0.5;
4176       Float_t delta =TMath::Sqrt((xc1-xc0)*(xc1-xc0)+(yc1-yc0)*(yc1-yc0));
4177       if (delta>30) continue;
4178       if (delta>rmean*0.25) continue;
4179       if (TMath::Abs(r0-r1)/rmean>0.3) continue;
4180       //
4181       Int_t npoints = helixes[i0].GetRPHIintersections(helixes[i1], phase, radius,10);
4182       if (npoints==0) continue;
4183       helixes[i0].GetClosestPhases(helixes[i1], phase);
4184       //
4185       Double_t xyz0[3];
4186       Double_t xyz1[3];
4187       Double_t hangles[3];
4188       helixes[i0].Evaluate(phase[0][0],xyz0);
4189       helixes[i1].Evaluate(phase[0][1],xyz1);
4190
4191       helixes[i0].GetAngle(phase[0][0],helixes[i1],phase[0][1],hangles);
4192       Double_t deltah[2],deltabest;
4193       if (hangles[2]<2.8) continue;
4194       /*
4195       cstream<<"C"<<track0->fLab<<track1->fLab<<
4196         track0->fP3<<track1->fP3<<
4197         track0->fP4<<track1->fP4<<
4198         delta<<rmean<<npoints<<
4199         hangles[0]<<hangles[2]<<
4200         xyz0[2]<<xyz1[2]<<radius[0]<<"\n";
4201       */
4202       if (npoints>0){
4203         Int_t ibest=0;
4204         helixes[i0].ParabolicDCA(helixes[i1],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],deltah[0],5);
4205         if (npoints==2){
4206           helixes[i0].ParabolicDCA(helixes[i1],phase[1][0],phase[1][1],radius[1],deltah[1],5);
4207           if (deltah[1]<deltah[0]) ibest=1;
4208         }
4209         deltabest  = TMath::Sqrt(deltah[ibest]);
4210         helixes[i0].Evaluate(phase[ibest][0],xyz0);
4211         helixes[i1].Evaluate(phase[ibest][1],xyz1);
4212         helixes[i0].GetAngle(phase[ibest][0],helixes[i1],phase[ibest][1],hangles);
4213         //Double_t radiusbest = TMath::Sqrt(radius[ibest]);
4214         //
4215         if (deltabest<25){
4216           /*
4217           cstream<<"CC1"<<track0->fLab<<track1->fLab<<   //0-1
4218             track0->fP3<<track1->fP3<<                   //2-3
4219             track0->fP4<<track1->fP4<<                   //4-5
4220             delta<<rmean<<npoints<<                      //6-8
4221             hangles[0]<<hangles[2]<<                     //9-10
4222             xyz0[2]<<xyz1[2]<<radiusbest<<deltabest<< //11--14
4223             track0->fFirstPoint<<track1->fFirstPoint<<   //15-16
4224             track0->fLastPoint<<track1->fLastPoint<<     //17-18
4225             track0<<track1<<                             //19-20
4226             phase[ibest][0]<<phase[ibest][1]<<"\n"; //21-22
4227           */
4228         }
4229         Bool_t sign =kFALSE;
4230         if (deltabest<3&&hangles[2]>3.06) sign =kTRUE;
4231         if (TMath::Min(TMath::Abs(track0->GetD()),TMath::Abs(track1->GetD()))>10&&deltabest<6&&hangles[2]>3.) sign= kTRUE;
4232         if (sign){
4233           circular[i0] = kTRUE;
4234           circular[i1] = kTRUE;
4235         }
4236       }
4237     }
4238   }
4239   //
4240   //
4241   //
4242   //
4243   for (Int_t i =0;i<nentries;i++){
4244     if (sign[i]==0) continue;
4245     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i);
4246     ntracks++;
4247     //
4248     Double_t cradius0 = 40*40;
4249     Double_t cradius1 = 270*270;
4250     Double_t cdist1=8.;
4251     Double_t cdist2=8.;
4252     Double_t cdist3=0.55;
4253     for (Int_t j =i+1;j<nentries;j++){
4254       nall++;
4255       if (sign[j]*sign[i]<1) continue;
4256       if ( (nclusters[i]+nclusters[j])>200) continue;
4257       if ( (nclusters[i]+nclusters[j])<80) continue;
4258       if ( TMath::Abs(zm[i]-zm[j])>60.) continue;
4259       if ( TMath::Abs(fim[i]-fim[j])>0.6 && TMath::Abs(fim[i]-fim[j])<5.7 ) continue;
4260       //AliTPCseed * track1 = (AliTPCseed*)array->At(j);  Double_t phase[2][2],radius[2];
4261       Int_t npoints = helixes[i].GetRPHIintersections(helixes[j], phase, radius,20);
4262       if (npoints<1) continue;
4263       // cuts on radius
4264       if (npoints==1){
4265         if (radius[0]<cradius0||radius[0]>cradius1) continue;
4266       }
4267       else{
4268         if ( (radius[0]<cradius0||radius[0]>cradius1) && (radius[1]<cradius0||radius[1]>cradius1) ) continue;
4269       }
4270       //
4271       Double_t delta1=10000,delta2=10000;
4272       // cuts on the intersection radius
4273       helixes[i].LinearDCA(helixes[j],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],delta1);
4274       if (radius[0]<20&&delta1<1) continue; //intersection at vertex
4275       if (radius[0]<10&&delta1<3) continue; //intersection at vertex
4276       if (npoints==2){
4277         helixes[i].LinearDCA(helixes[j],phase[1][0],phase[1][1],radius[1],delta2);
4278         if (radius[1]<20&&delta2<1) continue;  //intersection at vertex
4279         if (radius[1]<10&&delta2<3) continue;  //intersection at vertex
4280       }
4281       //
4282       Double_t distance1 = TMath::Min(delta1,delta2);
4283       if (distance1>cdist1) continue;  // cut on DCA linear approximation
4284       //
4285       npoints = helixes[i].GetRPHIintersections(helixes[j], phase, radius,20);
4286       helixes[i].ParabolicDCA(helixes[j],phase[0][0],phase[0][1],radius[0],delta1);
4287       if (radius[0]<20&&delta1<1) continue; //intersection at vertex
4288       if (radius[0]<10&&delta1<3) continue; //intersection at vertex
4289       //
4290       if (npoints==2){
4291         helixes[i].ParabolicDCA(helixes[j],phase[1][0],phase[1][1],radius[1],delta2);
4292         if (radius[1]<20&&delta2<1) continue;  //intersection at vertex
4293         if (radius[1]<10&&delta2<3) continue;  //intersection at vertex
4294       }
4295       distance1 = TMath::Min(delta1,delta2);
4296       Float_t rkink =0;
4297       if (delta1<delta2){
4298         rkink = TMath::Sqrt(radius[0]);
4299       }
4300       else{
4301         rkink = TMath::Sqrt(radius[1]);
4302       }
4303       if (distance1>cdist2) continue;
4304       //
4305       //
4306       AliTPCseed * track1 = (AliTPCseed*)array->At(j);
4307       //
4308       //
4309       Int_t row0 = GetRowNumber(rkink);
4310       if (row0<10)  continue;
4311       if (row0>150) continue;
4312       //
4313       //
4314       Float_t dens00=-1,dens01=-1;
4315       Float_t dens10=-1,dens11=-1;
4316       //
4317       Int_t found,foundable,shared;
4318       track0->GetClusterStatistic(0,row0-5, found, foundable,shared,kFALSE);
4319       if (foundable>5) dens00 = Float_t(found)/Float_t(foundable);
4320       track0->GetClusterStatistic(row0+5,155, found, foundable,shared,kFALSE);
4321       if (foundable>5) dens01 = Float_t(found)/Float_t(foundable);
4322       //
4323       track1->GetClusterStatistic(0,row0-5, found, foundable,shared,kFALSE);
4324       if (foundable>10) dens10 = Float_t(found)/Float_t(foundable);
4325       track1->GetClusterStatistic(row0+5,155, found, foundable,shared,kFALSE);
4326       if (foundable>10) dens11 = Float_t(found)/Float_t(foundable);
4327       //
4328       if (dens00<dens10 && dens01<dens11) continue;
4329       if (dens00>dens10 && dens01>dens11) continue;
4330       if (TMath::Max(dens00,dens10)<0.1)  continue;
4331       if (TMath::Max(dens01,dens11)<0.3)  continue;
4332       //
4333       if (TMath::Min(dens00,dens10)>0.6)  continue;
4334       if (TMath::Min(dens01,dens11)>0.6)  continue;
4335
4336       //
4337       AliTPCseed * ktrack0, *ktrack1;
4338       if (dens00>dens10){
4339         ktrack0 = track0;
4340         ktrack1 = track1;
4341       }
4342       else{
4343         ktrack0 = track1;
4344         ktrack1 = track0;
4345       }
4346       if (TMath::Abs(ktrack0->GetC())>5) continue; // cut on the curvature for mother particle
4347       AliExternalTrackParam paramm(*ktrack0);
4348       AliExternalTrackParam paramd(*ktrack1);
4349       if (row0>60&&ktrack1->GetReference().X()>90.) new (&paramd) AliExternalTrackParam(ktrack1->GetReference());
4350       //
4351       //
4352       kink->SetMother(paramm);
4353       kink->SetDaughter(paramd);
4354       kink->Update();
4355
4356       Float_t x[3] = { kink->GetPosition()[0],kink->GetPosition()[1],kink->GetPosition()[2]};
4357       Int_t index[4];
4358       fParam->Transform0to1(x,index);
4359       fParam->Transform1to2(x,index);
4360       row0 = GetRowNumber(x[0]);
4361
4362       if (kink->GetR()<100) continue;
4363       if (kink->GetR()>240) continue;
4364       if (kink->GetPosition()[2]/kink->GetR()>AliTPCReconstructor::GetCtgRange()) continue;  //out of fiducial volume
4365       if (kink->GetDistance()>cdist3) continue;
4366       Float_t dird = kink->GetDaughterP()[0]*kink->GetPosition()[0]+kink->GetDaughterP()[1]*kink->GetPosition()[1];  // rough direction estimate
4367       if (dird<0) continue;
4368
4369       Float_t dirm = kink->GetMotherP()[0]*kink->GetPosition()[0]+kink->GetMotherP()[1]*kink->GetPosition()[1];  // rough direction estimate
4370       if (dirm<0) continue;
4371       Float_t mpt = TMath::Sqrt(kink->GetMotherP()[0]*kink->GetMotherP()[0]+kink->GetMotherP()[1]*kink->GetMotherP()[1]);
4372       if (mpt<0.2) continue;
4373
4374       if (mpt<1){
4375         //for high momenta momentum not defined well in first iteration
4376         Double_t qt   =  TMath::Sin(kink->GetAngle(2))*ktrack1->P();
4377         if (qt>0.35) continue;
4378       }
4379
4380       kink->SetLabel(CookLabel(ktrack0,0.4,0,row0),0);
4381       kink->SetLabel(CookLabel(ktrack1,0.4,row0,160),1);
4382       if (dens00>dens10){
4383         kink->SetTPCDensity(dens00,0,0);
4384         kink->SetTPCDensity(dens01,0,1);
4385         kink->SetTPCDensity(dens10,1,0);
4386         kink->SetTPCDensity(dens11,1,1);
4387         kink->SetIndex(i,0);
4388         kink->SetIndex(j,1);
4389       }
4390       else{
4391         kink->SetTPCDensity(dens10,0,0);
4392         kink->SetTPCDensity(dens11,0,1);
4393         kink->SetTPCDensity(dens00,1,0);
4394         kink->SetTPCDensity(dens01,1,1);
4395         kink->SetIndex(j,0);
4396         kink->SetIndex(i,1);
4397       }
4398
4399       if (mpt<1||kink->GetAngle(2)>0.1){
4400         //      angle and densities  not defined yet
4401         if (kink->GetTPCDensityFactor()<0.8) continue;
4402         if ((2-kink->GetTPCDensityFactor())*kink->GetDistance() >0.25) continue;
4403         if (kink->GetAngle(2)*ktrack0->P()<0.003) continue; //too small angle
4404         if (kink->GetAngle(2)>0.2&&kink->GetTPCDensityFactor()<1.15) continue;
4405         if (kink->GetAngle(2)>0.2&&kink->GetTPCDensity(0,1)>0.05) continue;
4406
4407         Float_t criticalangle = track0->fC22+track0->fC33;
4408         criticalangle+= track1->fC22+track1->fC33;
4409         criticalangle= 3*TMath::Sqrt(criticalangle);
4410         if (criticalangle>0.02) criticalangle=0.02;
4411         if (kink->GetAngle(2)<criticalangle) continue;
4412       }
4413       //
4414       Int_t drow = Int_t(2.+0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));  // overlap region defined
4415       Float_t shapesum =0;
4416       Float_t sum = 0;
4417       for ( Int_t row = row0-drow; row<row0+drow;row++){
4418         if (row<0) continue;
4419         if (row>155) continue;
4420         if (ktrack0->fClusterPointer[row]){
4421           AliTPCTrackerPoint *point =ktrack0->GetTrackPoint(row);
4422           shapesum+=point->GetSigmaY()+point->GetSigmaZ();
4423           sum++;
4424         }
4425         if (ktrack1->fClusterPointer[row]){
4426           AliTPCTrackerPoint *point =ktrack1->GetTrackPoint(row);
4427           shapesum+=point->GetSigmaY()+point->GetSigmaZ();
4428           sum++;
4429         }
4430       }
4431       if (sum<4){
4432         kink->SetShapeFactor(-1.);
4433       }
4434       else{
4435         kink->SetShapeFactor(shapesum/sum);
4436       }
4437       //      esd->AddKink(kink);
4438       kinks->AddLast(kink);
4439       kink = new AliESDkink;
4440       ncandidates++;
4441     }
4442   }
4443   //
4444   // sort the kinks according quality - and refit them towards vertex
4445   //
4446   Int_t       nkinks    = kinks->GetEntriesFast();
4447   Float_t    *quality   = new Float_t[nkinks];
4448   Int_t      *indexes   = new Int_t[nkinks];
4449   AliTPCseed *mothers   = new AliTPCseed[nkinks];
4450   AliTPCseed *daughters = new AliTPCseed[nkinks];
4451   //
4452   //
4453   for (Int_t i=0;i<nkinks;i++){
4454     quality[i] =100000;
4455     AliESDkink *kink = (AliESDkink*)kinks->At(i);
4456     //
4457     // refit kinks towards vertex
4458     //
4459     Int_t index0 = kink->GetIndex(0);
4460     Int_t index1 = kink->GetIndex(1);
4461     AliTPCseed * ktrack0 = (AliTPCseed*)array->At(index0);
4462     AliTPCseed * ktrack1 = (AliTPCseed*)array->At(index1);
4463     //
4464     Int_t sumn=ktrack0->fN+ktrack1->fN;
4465     //
4466     // Refit Kink under if too small angle
4467     //
4468     if (kink->GetAngle(2)<0.05){
4469       kink->SetTPCRow0(GetRowNumber(kink->GetR()));
4470       Int_t row0 = kink->GetTPCRow0();
4471       Int_t drow = Int_t(2.+0.5/(0.05+kink->GetAngle(2)));
4472       //
4473       //
4474       Int_t last  = row0-drow;
4475       if (last<40) last=40;
4476       if (last<ktrack0->fFirstPoint+25) last = ktrack0->fFirstPoint+25;
4477       AliTPCseed* seed0 = ReSeed(ktrack0,last,kFALSE);
4478       //
4479       //
4480       Int_t first = row0+drow;
4481       if (first>130) first=130;
4482       if (first>ktrack1->fLastPoint-25) first = TMath::Max(ktrack1->fLastPoint-25,30);
4483       AliTPCseed* seed1 = ReSeed(ktrack1,first,kTRUE);
4484       //
4485       if (seed0 && seed1){
4486         kink->SetStatus(1,8);
4487         if (RefitKink(*seed0,*seed1,*kink)) kink->SetStatus(1,9);
4488         row0 = GetRowNumber(kink->GetR());
4489         sumn = seed0->fN+seed1->fN;
4490         new (&mothers[i])   AliTPCseed(*seed0);
4491         new (&daughters[i]) AliTPCseed(*seed1);
4492       }
4493       else{
4494         delete kinks->RemoveAt(i);
4495         if (seed0) delete seed0;
4496         if (seed1) delete seed1;
4497         continue;
4498       }
4499       if (kink->GetDistance()>0.5 || kink->GetR()<110 || kink->GetR()>240) {
4500         delete kinks->RemoveAt(i);
4501         if (seed0) delete seed0;
4502         if (seed1) delete seed1;
4503         continue;
4504       }
4505       //
4506       delete seed0;
4507       delete seed1;
4508     }
4509     //
4510     if (kink) quality[i] = 160*((0.1+kink->GetDistance())*(2.-kink->GetTPCDensityFactor()))/(sumn+40.);  //the longest -clossest will win
4511   }
4512   TMath::Sort(nkinks,quality,indexes,kFALSE);
4513   //
4514   //remove double find kinks
4515   //
4516   for (Int_t ikink0=1;ikink0<nkinks;ikink0++){
4517     AliESDkink * kink0 = (AliESDkink*) kinks->At(indexes[ikink0]);
4518     if (!kink0) continue;
4519     //
4520     for (Int_t ikink1=0;ikink1<ikink0;ikink1++){
4521       if (!kink0) continue;
4522       AliESDkink * kink1 = (AliESDkink*) kinks->At(indexes[ikink1]);
4523       if (!kink1) continue;
4524       // if not close kink continue
4525       if (TMath::Abs(kink1->GetPosition()[2]-kink0->GetPosition()[2])>10) continue;
4526       if (TMath::Abs(kink1->GetPosition()[1]-kink0->GetPosition()[1])>10) continue;
4527       if (TMath::Abs(kink1->GetPosition()[0]-kink0->GetPosition()[0])>10) continue;
4528       //
4529       AliTPCseed &mother0   = mothers[indexes[ikink0]];
4530       AliTPCseed &daughter0 = daughters[indexes[ikink0]];
4531       AliTPCseed &mother1   = mothers[indexes[ikink1]];
4532       AliTPCseed &daughter1 = daughters[indexes[ikink1]];
4533       Int_t row0 = (kink0->GetTPCRow0()+kink1->GetTPCRow0())/2;
4534       //
4535       Int_t same  = 0;
4536       Int_t both  = 0;
4537       Int_t samem = 0;
4538       Int_t bothm = 0;
4539       Int_t samed = 0;
4540       Int_t bothd = 0;
4541       //
4542       for (Int_t i=0;i<row0;i++){
4543         if (mother0.fIndex[i]>0 && mother1.fIndex[i]>0){
4544           both++;
4545           bothm++;
4546           if (mother0.fIndex[i]==mother1.fIndex[i]){
4547             same++;
4548             samem++;
4549           }
4550         }
4551       }
4552
4553       for (Int_t i=row0;i<158;i++){
4554         if (daughter0.fIndex[i]>0 && daughter0.fIndex[i]>0){
4555           both++;
4556           bothd++;
4557           if (mother0.fIndex[i]==mother1.fIndex[i]){
4558             same++;
4559             samed++;
4560           }
4561         }
4562       }
4563       Float_t ratio = Float_t(same+1)/Float_t(both+1);
4564       Float_t ratiom = Float_t(samem+1)/Float_t(bothm+1);
4565       Float_t ratiod = Float_t(samed+1)/Float_t(bothd+1);
4566       if (ratio>0.3 && ratiom>0.5 &&ratiod>0.5) {
4567         Int_t sum0 = mother0.fN+daughter0.fN;
4568         Int_t sum1 = mother1.fN+daughter1.fN;
4569         if (sum1>sum0){
4570           shared[kink0->GetIndex(0)]= kTRUE;
4571           shared[kink0->GetIndex(1)]= kTRUE;
4572           delete kinks->RemoveAt(indexes[ikink0]);
4573         }
4574         else{
4575           shared[kink1->GetIndex(0)]= kTRUE;
4576           shared[kink1->GetIndex(1)]= kTRUE;
4577           delete kinks->RemoveAt(indexes[ikink1]);
4578         }
4579       }
4580     }
4581   }
4582
4583
4584   for (Int_t i=0;i<nkinks;i++){
4585     AliESDkink * kink = (AliESDkink*) kinks->At(indexes[i]);
4586     if (!kink) continue;
4587     kink->SetTPCRow0(GetRowNumber(kink->GetR()));
4588     Int_t index0 = kink->GetIndex(0);
4589     Int_t index1 = kink->GetIndex(1);
4590     if (circular[index0]||circular[index1]&&kink->GetDistance()>0.2) continue;
4591     kink->SetMultiple(usage[index0],0);
4592     kink->SetMultiple(usage[index1],1);
4593     if (kink->GetMultiple()[0]+kink->GetMultiple()[1]>2) continue;
4594     if (kink->GetMultiple()[0]+kink->GetMultiple()[1]>0 && quality[indexes[i]]>0.2) continue;
4595     if (kink->GetMultiple()[0]+kink->GetMultiple()[1]>0 && kink->GetDistance()>0.2) continue;
4596     if (circular[index0]||circular[index1]&&kink->GetDistance()>0.1) continue;
4597
4598     AliTPCseed * ktrack0 = (AliTPCseed*)array->At(index0);
4599     AliTPCseed * ktrack1 = (AliTPCseed*)array->At(index1);
4600     if (!ktrack0 || !ktrack1) continue;
4601     Int_t index = esd->AddKink(kink);
4602     //
4603     //
4604     if ( ktrack0->fKinkIndexes[0]==0 && ktrack1->fKinkIndexes[0]==0) {  //best kink
4605       if (mothers[indexes[i]].fN>20 && daughters[indexes[i]].fN>20 && (mothers[indexes[i]].fN+daughters[indexes[i]].fN)>100){
4606         new (ktrack0) AliTPCseed(mothers[indexes[i]]);
4607         new (ktrack1) AliTPCseed(daughters[indexes[i]]);
4608       }
4609     }
4610     //
4611     ktrack0->fKinkIndexes[usage[index0]] = -(index+1);
4612     ktrack1->fKinkIndexes[usage[index1]] =  (index+1);
4613     usage[index0]++;
4614     usage[index1]++;
4615   }
4616   //
4617   // Remove tracks corresponding to shared kink's
4618   //
4619   for (Int_t i=0;i<nentries;i++){
4620     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i);
4621     if (!track0) continue;
4622     if (track0->fKinkIndexes[0]!=0) continue;
4623     if (shared[i]) delete array->RemoveAt(i);
4624   }
4625
4626   //
4627   //
4628   RemoveUsed2(array,0.5,0.4,30);
4629   UnsignClusters();
4630   //
4631   for (Int_t i=0;i<nentries;i++){
4632     AliTPCseed * track0 = (AliTPCseed*)array->At(i);
4633     if (!track0) continue;
4634     if (track0->Pt()<1.4) continue;
4635     //remove double high momenta tracks - overlapped with kink candidates
4636     Int_t shared=0;
4637     Int_t all   =0;
4638     for (Int_t icl=track0->fFirstPoint;icl<track0->fLastPoint; icl++){
4639       if (track0->fClusterPointer[icl]!=0){
4640         all++;
4641         if (track0->fClusterPointer[icl]->IsUsed(10)) shared++;
4642       }
4643     }
4644     if (Float_t(shared+1)/Float_t(nall+1)>0.5) {
4645       delete array->RemoveAt(i);
4646     }
4647     //
4648     if (track0->fKinkIndexes[0]!=0) continue;
4649     if (track0->GetNumberOfClusters()<80) continue;
4650     AliTPCseed mother;
4651     AliTPCseed daughter;
4652     AliESDkink kink;
4653     if (CheckKinkPoint(track0,mother,daughter, kink)){
4654       if (mother.fN<30||daughter.fN<20) continue;  //too short tracks
4655       if (mother.Pt()<1.4) continue;
4656       Int_t row0= kink.GetTPCRow0();
4657       if (kink.GetDistance()>0.5 || kink.GetR()<110. || kink.GetR()>240.) {
4658         continue;
4659       }
4660       //
4661       Int_t index = esd->AddKink(&kink);
4662       mother.fKinkIndexes[0] = -(index+1);
4663       daughter.fKinkIndexes[0] = index+1;
4664       if (mother.fN>50) {
4665         delete array->RemoveAt(i);
4666         array->AddAt(new AliTPCseed(mother),i);
4667       }
4668       else{
4669         array->AddLast(new AliTPCseed(mother));
4670       }
4671       array->AddLast(new AliTPCseed(daughter));
4672       for (Int_t icl=0;icl<row0;icl++) {
4673         if (mother.fClusterPointer[icl]) mother.fClusterPointer[icl]->Use(20);
4674       }
4675       //
4676       for (Int_t icl=row0;icl<158;icl++) {
4677         if (daughter.fClusterPointer[icl]) daughter.fClusterPointer[icl]->Use(20);
4678       }
4679       //
4680     }
4681   }
4682
4683   delete [] daughters;
4684   delete [] mothers;
4685   //
4686   //
4687   delete []circular;
4688   delete []shared;
4689   delete []quality;
4690   delete []indexes;
4691   //
4692   delete kink;
4693   delete[]fim;
4694   delete[] zm;
4695   delete[] z0;
4696   delete [] usage;
4697   delete[] alpha;
4698   delete[] nclusters;
4699   delete[] sign;
4700   delete[] helixes;
4701   kinks->Delete();
4702   delete kinks;
4703
4704   printf("Ncandidates=\t%d\t%d\t%d\t%d\n",esd->GetNumberOfKinks(),ncandidates,ntracks,nall);
4705   timer.Print();
4706 }
4707
4708 Int_t AliTPCtrackerMI::RefitKink(AliTPCseed &mother, AliTPCseed &daughter, AliESDkink &kink)
4709 {
4710   //
4711   // refit kink towards to the vertex
4712   //
4713   //
4714   Int_t row0 = GetRowNumber(kink.GetR());
4715   FollowProlongation(mother,0);
4716   mother.Reset(kFALSE);
4717   //
4718   FollowProlongation(daughter,row0);
4719   daughter.Reset(kFALSE);
4720   FollowBackProlongation(daughter,158);
4721   daughter.Reset(kFALSE);
4722   Int_t first = TMath::Max(row0-20,30);
4723   Int_t last  = TMath::Min(row0+20,140);
4724   //
4725   const Int_t kNdiv =5;
4726   AliTPCseed  param0[kNdiv];  // parameters along the track
4727   AliTPCseed  param1[kNdiv];  // parameters along the track
4728   AliESDkink   kinks[kNdiv];   // corresponding kink parameters
4729   //
4730   Int_t rows[kNdiv];
4731   for (Int_t irow=0; irow<kNdiv;irow++){
4732     rows[irow] = first +((last-first)*irow)/(kNdiv-1);
4733   }
4734   // store parameters along the track
4735   //
4736   for (Int_t irow=0;irow<kNdiv;irow++){
4737     FollowBackProlongation(mother, rows[irow]);
4738     FollowProlongation(daughter,rows[kNdiv-1-irow]);
4739     new(&param0[irow])     AliTPCseed(mother);
4740     new(&param1[kNdiv-1-irow])   AliTPCseed(daughter);
4741   }
4742   //
4743   // define kinks
4744   for (Int_t irow=0; irow<kNdiv-1;irow++){
4745     if (param0[irow].fN<kNdiv||param1[irow].fN<kNdiv) continue;
4746     kinks[irow].SetMother(param0[irow]);
4747     kinks[irow].SetDaughter(param1[irow]);
4748     kinks[irow].Update();
4749   }
4750   //
4751   // choose kink with best "quality"
4752   Int_t index =-1;
4753   Double_t mindist = 10000;
4754   for (Int_t irow=0;irow<kNdiv;irow++){
4755     if (param0[irow].fN<20||param1[irow].fN<20) continue;
4756     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())>240.) continue;
4757     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())<100.) continue;
4758     //
4759     Float_t normdist = TMath::Abs(param0[irow].fX-kinks[irow].GetR())*(0.1+kink.GetDistance());
4760     normdist/= (param0[irow].fN+param1[irow].fN+40.);
4761     if (normdist < mindist){
4762       mindist = normdist;
4763       index = irow;
4764     }
4765   }
4766   //
4767   if (index==-1) return 0;
4768   //
4769   //
4770   param0[index].Reset(kTRUE);
4771   FollowProlongation(param0[index],0);
4772   //
4773   new (&mother) AliTPCseed(param0[index]);
4774   new (&daughter) AliTPCseed(param1[index]);  // daughter in vertex
4775   //
4776   kink.SetMother(mother);
4777   kink.SetDaughter(daughter);
4778   kink.Update();
4779   kink.SetTPCRow0(GetRowNumber(kink.GetR()));
4780   kink.SetTPCncls(param0[index].fN,0);
4781   kink.SetTPCncls(param1[index].fN,1);
4782   kink.SetLabel(CookLabel(&mother,0.4, 0,kink.GetTPCRow0()),0);
4783   kink.SetLabel(CookLabel(&daughter,0.4, kink.GetTPCRow0(),160),1);
4784   mother.SetLabel(kink.GetLabel(0));
4785   daughter.SetLabel(kink.GetLabel(1));
4786
4787   return 1;
4788 }
4789
4790
4791 void AliTPCtrackerMI::UpdateKinkQualityM(AliTPCseed * seed){
4792   //
4793   // update Kink quality information for mother after back propagation
4794   //
4795   if (seed->GetKinkIndex(0)>=0) return;
4796   for (Int_t ikink=0;ikink<3;ikink++){
4797     Int_t index = seed->GetKinkIndex(ikink);
4798     if (index>=0) break;
4799     index = TMath::Abs(index)-1;
4800     AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index);
4801     //kink->fTPCdensity2[0][0]=-1;
4802     //kink->fTPCdensity2[0][1]=-1;
4803     kink->SetTPCDensity2(-1,0,0);
4804     kink->SetTPCDensity2(1,0,1);
4805     //
4806     Int_t row0 = kink->GetTPCRow0() - 2 - Int_t( 0.5/ (0.05+kink->GetAngle(2)));
4807     if (row0<15) row0=15;
4808     //
4809     Int_t row1 = kink->GetTPCRow0() + 2 +  Int_t( 0.5/ (0.05+kink->GetAngle(2)));
4810     if (row1>145) row1=145;
4811     //
4812     Int_t found,foundable,shared;
4813     seed->GetClusterStatistic(0,row0, found, foundable,shared,kFALSE);
4814     if (foundable>5)   kink->SetTPCDensity2(Float_t(found)/Float_t(foundable),0,0);
4815     seed->GetClusterStatistic(row1,155, found, foundable,shared,kFALSE);
4816     if (foundable>5)   kink->SetTPCDensity2(Float_t(found)/Float_t(foundable),0,1);
4817   }
4818
4819 }
4820
4821 void AliTPCtrackerMI::UpdateKinkQualityD(AliTPCseed * seed){
4822   //
4823   // update Kink quality information for daughter after refit
4824   //
4825   if (seed->GetKinkIndex(0)<=0) return;
4826   for (Int_t ikink=0;ikink<3;ikink++){
4827     Int_t index = seed->GetKinkIndex(ikink);
4828     if (index<=0) break;
4829     index = TMath::Abs(index)-1;
4830     AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(index);
4831     kink->SetTPCDensity2(-1,1,0);
4832     kink->SetTPCDensity2(-1,1,1);
4833     //
4834     Int_t row0 = kink->GetTPCRow0() -2 - Int_t( 0.5/ (0.05+kink->GetAngle(2)));
4835     if (row0<15) row0=15;
4836     //
4837     Int_t row1 = kink->GetTPCRow0() +2 +  Int_t( 0.5/ (0.05+kink->GetAngle(2)));
4838     if (row1>145) row1=145;
4839     //
4840     Int_t found,foundable,shared;
4841     seed->GetClusterStatistic(0,row0, found, foundable,shared,kFALSE);
4842     if (foundable>5)   kink->SetTPCDensity2(Float_t(found)/Float_t(foundable),1,0);
4843     seed->GetClusterStatistic(row1,155, found, foundable,shared,kFALSE);
4844     if (foundable>5)   kink->SetTPCDensity2(Float_t(found)/Float_t(foundable),1,1);
4845   }
4846
4847 }
4848
4849
4850 Int_t  AliTPCtrackerMI::CheckKinkPoint(AliTPCseed*seed,AliTPCseed &mother, AliTPCseed &daughter, AliESDkink &kink)
4851 {
4852   //
4853   // check kink point for given track
4854   // if return value=0 kink point not found
4855   // otherwise seed0 correspond to mother particle
4856   //           seed1 correspond to daughter particle
4857   //           kink  parameter of kink point
4858
4859   Int_t middlerow = (seed->fFirstPoint+seed->fLastPoint)/2;
4860   Int_t first = seed->fFirstPoint;
4861   Int_t last  = seed->fLastPoint;
4862   if (last-first<20) return 0;          // shortest length - 2*30 = 60 pad-rows
4863
4864
4865   AliTPCseed *seed1 = ReSeed(seed,middlerow+20, kTRUE);  //middle of chamber
4866   if (!seed1) return 0;
4867   FollowProlongation(*seed1,seed->fLastPoint-20);
4868   seed1->Reset(kTRUE);
4869   FollowProlongation(*seed1,158);
4870   seed1->Reset(kTRUE);
4871   last = seed1->fLastPoint;
4872   //
4873   AliTPCseed *seed0 = new AliTPCseed(*seed);
4874   seed0->Reset(kFALSE);
4875   seed0->Reset();
4876   //
4877   AliTPCseed  param0[20];  // parameters along the track
4878   AliTPCseed  param1[20];  // parameters along the track
4879   AliESDkink            kinks[20];   // corresponding kink parameters
4880   Int_t rows[20];
4881   for (Int_t irow=0; irow<20;irow++){
4882     rows[irow] = first +((last-first)*irow)/19;
4883   }
4884   // store parameters along the track
4885   //
4886   for (Int_t irow=0;irow<20;irow++){
4887     FollowBackProlongation(*seed0, rows[irow]);
4888     FollowProlongation(*seed1,rows[19-irow]);
4889     new(&param0[irow])     AliTPCseed(*seed0);
4890     new(&param1[19-irow])   AliTPCseed(*seed1);
4891   }
4892   //
4893   // define kinks
4894   for (Int_t irow=0; irow<19;irow++){
4895     kinks[irow].SetMother(param0[irow]);
4896     kinks[irow].SetDaughter(param1[irow]);
4897     kinks[irow].Update();
4898   }
4899   //
4900   // choose kink with biggest change of angle
4901   Int_t index =-1;
4902   Double_t maxchange= 0;
4903   for (Int_t irow=1;irow<19;irow++){
4904     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())>240.) continue;
4905     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())<110.) continue;
4906     Float_t quality = TMath::Abs(kinks[irow].GetAngle(2))/(3.+TMath::Abs(kinks[irow].GetR()-param0[irow].fX));
4907     if ( quality > maxchange){
4908       maxchange = quality;
4909       index = irow;
4910       //
4911     }
4912   }
4913   delete seed0;
4914   delete seed1;
4915   if (index<0) return 0;
4916   //
4917   Int_t row0    = GetRowNumber(kinks[index].GetR());   //row 0 estimate
4918   seed0 = new AliTPCseed(param0[index]);
4919   seed1 = new AliTPCseed(param1[index]);
4920   seed0->Reset(kFALSE);
4921   seed1->Reset(kFALSE);
4922   seed0->ResetCovariance();
4923   seed1->ResetCovariance();
4924   FollowProlongation(*seed0,0);
4925   FollowBackProlongation(*seed1,158);
4926   new (&mother) AliTPCseed(*seed0);  // backup mother at position 0
4927   seed0->Reset(kFALSE);
4928   seed1->Reset(kFALSE);
4929   seed0->ResetCovariance();
4930   seed1->ResetCovariance();
4931   //
4932   first = TMath::Max(row0-20,0);
4933   last  = TMath::Min(row0+20,158);
4934   //
4935   for (Int_t irow=0; irow<20;irow++){
4936     rows[irow] = first +((last-first)*irow)/19;
4937   }
4938   // store parameters along the track
4939   //
4940   for (Int_t irow=0;irow<20;irow++){
4941     FollowBackProlongation(*seed0, rows[irow]);
4942     FollowProlongation(*seed1,rows[19-irow]);
4943     new(&param0[irow])     AliTPCseed(*seed0);
4944     new(&param1[19-irow])   AliTPCseed(*seed1);
4945   }
4946   //
4947   // define kinks
4948   for (Int_t irow=0; irow<19;irow++){
4949     kinks[irow].SetMother(param0[irow]);
4950     kinks[irow].SetDaughter(param1[irow]);
4951     //    param0[irow].Dump();
4952     //param1[irow].Dump();
4953     kinks[irow].Update();
4954   }
4955   //
4956   // choose kink with biggest change of angle
4957   index =-1;
4958   maxchange= 0;
4959   for (Int_t irow=0;irow<20;irow++){
4960     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())>250.) continue;
4961     if (TMath::Abs(kinks[irow].GetR())<90.) continue;
4962     Float_t quality = TMath::Abs(kinks[irow].GetAngle(2))/(3.+TMath::Abs(kinks[irow].GetR()-param0[irow].fX));
4963     if ( quality > maxchange){
4964       maxchange = quality;
4965       index = irow;
4966       //
4967     }
4968   }
4969   //
4970   //
4971   if (index==-1 || param0[index].fN+param1[index].fN<100){
4972     delete seed0;
4973     delete seed1;
4974     return 0;
4975   }
4976   //  Float_t anglesigma = TMath::Sqrt(param0[index].fC22+param0[index].fC33+param1[index].fC22+param1[index].fC33);
4977
4978   kink.SetMother(param0[index]);
4979   kink.SetDaughter(param1[index]);
4980   kink.Update();
4981   row0    = GetRowNumber(kink.GetR());
4982   kink.SetTPCRow0(row0);
4983   kink.SetLabel(CookLabel(seed0,0.5,0,row0),0);
4984   kink.SetLabel(CookLabel(seed1,0.5,row0,158),1);
4985   kink.SetIndex(-10,0);
4986   kink.SetIndex(int(param0[index].fN+param1[index].fN),1);
4987   kink.SetTPCncls(param0[index].fN,0);
4988   kink.SetTPCncls(param1[index].fN,1);
4989   //
4990   //
4991   //  new (&mother) AliTPCseed(param0[index]);
4992   new (&daughter) AliTPCseed(param1[index]);
4993   daughter.SetLabel(kink.GetLabel(1));
4994   param0[index].Reset(kTRUE);
4995   FollowProlongation(param0[index],0);
4996   new (&mother) AliTPCseed(param0[index]);
4997   mother.SetLabel(kink.GetLabel(0));
4998   delete seed0;
4999   delete seed1;
5000   //
5001   return 1;
5002 }
5003
5004
5005
5006
5007 AliTPCseed*  AliTPCtrackerMI::ReSeed(AliTPCseed *t)
5008 {
5009   //
5010   // reseed - refit -  track
5011   //
5012   Int_t first = 0;
5013   //  Int_t last  = fSectors->GetNRows()-1;
5014   //
5015   if (fSectors == fOuterSec){
5016     first = TMath::Max(first, t->fFirstPoint-fInnerSec->GetNRows());
5017     //last  =
5018   }
5019   else
5020     first = t->fFirstPoint;
5021   //
5022   AliTPCseed * seed = MakeSeed(t,0.1,0.5,0.9);
5023   FollowBackProlongation(*t,fSectors->GetNRows()-1);
5024   t->Reset(kFALSE);
5025   FollowProlongation(*t,first);
5026   return seed;
5027 }
5028
5029
5030
5031
5032
5033
5034
5035 //_____________________________________________________________________________
5036 Int_t AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(const TFile *inp) {
5037   //-----------------------------------------------------------------
5038   // This function reades track seeds.
5039   //-----------------------------------------------------------------
5040   TDirectory *savedir=gDirectory;
5041
5042   TFile *in=(TFile*)inp;
5043   if (!in->IsOpen()) {
5044      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): input file is not open !\n";
5045      return 1;
5046   }
5047
5048   in->cd();
5049   TTree *seedTree=(TTree*)in->Get("Seeds");
5050   if (!seedTree) {
5051      cerr<<"AliTPCtrackerMI::ReadSeeds(): ";
5052      cerr<<"can't get a tree with track seeds !\n";
5053      return 2;
5054   }
5055   AliTPCtrack *seed=new AliTPCtrack;
5056   seedTree->SetBranchAddress("tracks",&seed);
5057
5058   if (fSeeds==0) fSeeds=new TObjArray(15000);
5059
5060   Int_t n=(Int_t)seedTree->GetEntries();
5061   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
5062      seedTree->GetEvent(i);
5063      fSeeds->AddLast(new AliTPCseed(*seed/*,seed->GetAlpha()*/));
5064   }
5065
5066   delete seed;
5067   delete seedTree;
5068   savedir->cd();
5069   return 0;
5070 }
5071
5072 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks (AliESD *esd)
5073 {
5074   //
5075   if (fSeeds) DeleteSeeds();
5076   fEvent = esd;
5077   Clusters2Tracks();
5078   if (!fSeeds) return 1;
5079   FillESD(fSeeds);
5080   return 0;
5081   //
5082 }
5083
5084
5085 //_____________________________________________________________________________
5086 Int_t AliTPCtrackerMI::Clusters2Tracks() {
5087   //-----------------------------------------------------------------
5088   // This is a track finder.
5089   //-----------------------------------------------------------------
5090   TDirectory *savedir=gDirectory;
5091   TStopwatch timer;
5092
5093   fIteration = 0;
5094   fSeeds = Tracking();
5095
5096   if (fDebug>0){
5097     Info("Clusters2Tracks","Time for tracking: \t");timer.Print();timer.Start();
5098   }
5099   //activate again some tracks
5100   for (Int_t i=0; i<fSeeds->GetEntriesFast(); i++) {
5101     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5102     if (!pt) continue;
5103     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
5104     if (nc<20) {
5105       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5106       continue;
5107     }
5108     CookLabel(pt,0.1);
5109     if (pt->fRemoval==10) {
5110       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
5111         pt->Desactivate(10);  // make track again active
5112       else{
5113         pt->Desactivate(20);
5114         delete fSeeds->RemoveAt(i);
5115       }
5116     }
5117   }
5118   //
5119   RemoveUsed2(fSeeds,0.85,0.85,0);
5120   FindKinks(fSeeds,fEvent);
5121   RemoveUsed2(fSeeds,0.5,0.4,50);
5122   //RemoveDouble(fSeeds,0.2,0.6,11);
5123   //  RemoveUsed(fSeeds,0.5,0.5,6);
5124
5125   //
5126   Int_t nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
5127   Int_t found = 0;
5128   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5129     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5130     if (!pt) continue;
5131     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
5132     if (nc<15) {
5133       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5134       continue;
5135     }
5136     CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
5137     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
5138     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
5139       found++;
5140       if (fDebug>0) cerr<<found<<'\r';
5141       pt->fLab2 = i;
5142     }
5143     else
5144       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5145   }
5146
5147
5148   //RemoveOverlap(fSeeds,0.99,7,kTRUE);
5149   SignShared(fSeeds);
5150   //RemoveUsed(fSeeds,0.9,0.9,6);
5151   //
5152   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
5153   found = 0;
5154   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5155     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5156     if (!pt) continue;
5157     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
5158     if (nc<15) {
5159       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5160       continue;
5161     }
5162     t.SetUniqueID(i);
5163     t.CookdEdx(0.02,0.6);
5164     //    CheckKinkPoint(&t,0.05);
5165     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
5166     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
5167       found++;
5168       if (fDebug>0){
5169         cerr<<found<<'\r';
5170       }
5171       pt->fLab2 = i;
5172     }
5173     else
5174       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5175     //AliTPCseed * seed1 = ReSeed(pt,0.05,0.5,1);
5176     //if (seed1){
5177     //  FollowProlongation(*seed1,0);
5178     //  Int_t n = seed1->GetNumberOfClusters();
5179     //  printf("fP4\t%f\t%f\n",seed1->GetC(),pt->GetC());
5180     //  printf("fN\t%d\t%d\n", seed1->GetNumberOfClusters(),pt->GetNumberOfClusters());
5181     //
5182     //}
5183     //AliTPCseed * seed2 = ReSeed(pt,0.95,0.5,0.05);
5184
5185   }
5186
5187   SortTracks(fSeeds, 1);
5188
5189   /*
5190   fIteration = 1;
5191   PrepareForBackProlongation(fSeeds,5.);
5192   PropagateBack(fSeeds);
5193   printf("Time for back propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
5194
5195   fIteration = 2;
5196
5197   PrepareForProlongation(fSeeds,5.);
5198   PropagateForward2(fSeeds);
5199
5200   printf("Time for FORWARD propagation: \t");timer.Print();timer.Start();
5201   // RemoveUsed(fSeeds,0.7,0.7,6);
5202   //RemoveOverlap(fSeeds,0.9,7,kTRUE);
5203
5204   nseed=fSeeds->GetEntriesFast();
5205   found = 0;
5206   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5207     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5208     if (!pt) continue;
5209     Int_t nc=t.GetNumberOfClusters();
5210     if (nc<15) {
5211       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5212       continue;
5213     }
5214     t.CookdEdx(0.02,0.6);
5215     //    CookLabel(pt,0.1); //For comparison only
5216     //if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )&& nc>50 &&pt->GetNumberOfClusters()>0.4*pt->fNFoundable){
5217     if ((pt->IsActive() || (pt->fRemoval==10) )){
5218       cerr<<found++<<'\r';
5219     }
5220     else
5221       delete fSeeds->RemoveAt(i);
5222     pt->fLab2 = i;
5223   }
5224   */
5225
5226   //  fNTracks = found;
5227   if (fDebug>0){
5228     Info("Clusters2Tracks","Time for overlap removal, track writing and dedx cooking: \t"); timer.Print();timer.Start();
5229   }
5230   //
5231   //  cerr<<"Number of found tracks : "<<"\t"<<found<<endl;
5232   Info("Clusters2Tracks","Number of found tracks %d",found);
5233   savedir->cd();
5234   //  UnloadClusters();
5235   //
5236   return 0;
5237 }
5238
5239 void AliTPCtrackerMI::Tracking(TObjArray * arr)
5240 {
5241   //
5242   // tracking of the seeds
5243   //
5244
5245   fSectors = fOuterSec;
5246   ParallelTracking(arr,150,63);
5247   fSectors = fOuterSec;
5248   ParallelTracking(arr,63,0);
5249 }
5250
5251 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking(Int_t seedtype, Int_t i1, Int_t i2, Float_t cuts[4], Float_t dy, Int_t dsec)
5252 {
5253   //
5254   //
5255   //tracking routine
5256   TObjArray * arr = new TObjArray;
5257   //
5258   fSectors = fOuterSec;
5259   TStopwatch timer;
5260   timer.Start();
5261   for (Int_t sec=0;sec<fkNOS;sec++){
5262     if (seedtype==3) MakeSeeds3(arr,sec,i1,i2,cuts,dy, dsec);
5263     if (seedtype==4) MakeSeeds5(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
5264     if (seedtype==2) MakeSeeds2(arr,sec,i1,i2,cuts,dy);
5265   }
5266   if (fDebug>0){
5267     Info("Tracking","\nSeeding - %d\t%d\t%d\t%d\n",seedtype,i1,i2,arr->GetEntriesFast());
5268     timer.Print();
5269     timer.Start();
5270   }
5271   Tracking(arr);
5272   if (fDebug>0){
5273     timer.Print();
5274   }
5275
5276   return arr;
5277 }
5278
5279 TObjArray * AliTPCtrackerMI::Tracking()
5280 {
5281   //
5282   //
5283   TStopwatch timer;
5284   timer.Start();
5285   Int_t nup=fOuterSec->GetNRows()+fInnerSec->GetNRows();
5286
5287   TObjArray * seeds = new TObjArray;
5288   TObjArray * arr=0;
5289
5290   Int_t gap =20;
5291   Float_t cuts[4];
5292   cuts[0] = 0.002;
5293   cuts[1] = 1.5;
5294   cuts[2] = 3.;
5295   cuts[3] = 3.;
5296   Float_t fnumber  = 3.0;
5297   Float_t fdensity = 3.0;
5298
5299   //
5300   //find primaries
5301   cuts[0]=0.0066;
5302   for (Int_t delta = 0; delta<18; delta+=6){
5303     //
5304     cuts[0]=0.0070;
5305     cuts[1] = 1.5;
5306     arr = Tracking(3,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1,1);
5307     SumTracks(seeds,arr);
5308     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5309     //
5310     for (Int_t i=2;i<6;i+=2){
5311       // seed high pt tracks
5312       cuts[0]=0.0022;
5313       cuts[1]=0.3;
5314       arr = Tracking(3,nup-i-delta,nup-i-delta-gap,cuts,-1,0);
5315       SumTracks(seeds,arr);
5316       SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5317     }
5318   }
5319   fnumber  = 4;
5320   fdensity = 4.;
5321   //  RemoveUsed(seeds,0.9,0.9,1);
5322   //  UnsignClusters();
5323   //  SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5324
5325   //find primaries
5326   cuts[0]=0.0077;
5327   for (Int_t delta = 20; delta<120; delta+=10){
5328     //
5329     // seed high pt tracks
5330     cuts[0]=0.0060;
5331     cuts[1]=0.3;
5332     cuts[2]=6.;
5333     arr = Tracking(3,nup-delta,nup-delta-gap,cuts,-1);
5334     SumTracks(seeds,arr);
5335     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5336
5337     cuts[0]=0.003;
5338     cuts[1]=0.3;
5339     cuts[2]=6.;
5340     arr = Tracking(3,nup-delta-5,nup-delta-5-gap,cuts,-1);
5341     SumTracks(seeds,arr);
5342     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5343   }
5344
5345   cuts[0] = 0.01;
5346   cuts[1] = 2.0;
5347   cuts[2] = 3.;
5348   cuts[3] = 2.0;
5349   fnumber  = 2.;
5350   fdensity = 2.;
5351
5352   if (fDebug>0){
5353     Info("Tracking()","\n\nPrimary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
5354     timer.Print();
5355     timer.Start();
5356   }
5357   //  RemoveUsed(seeds,0.75,0.75,1);
5358   //UnsignClusters();
5359   //SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5360
5361   // find secondaries
5362
5363   cuts[0] = 0.3;
5364   cuts[1] = 1.5;
5365   cuts[2] = 3.;
5366   cuts[3] = 1.5;
5367
5368   arr = Tracking(4,nup-1,nup-1-gap,cuts,-1);
5369   SumTracks(seeds,arr);
5370   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5371   //
5372   arr = Tracking(4,nup-2,nup-2-gap,cuts,-1);
5373   SumTracks(seeds,arr);
5374   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5375   //
5376   arr = Tracking(4,nup-3,nup-3-gap,cuts,-1);
5377   SumTracks(seeds,arr);
5378   SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5379   //
5380
5381
5382   for (Int_t delta = 3; delta<30; delta+=5){
5383     //
5384     cuts[0] = 0.3;
5385     cuts[1] = 1.5;
5386     cuts[2] = 3.;
5387     cuts[3] = 1.5;
5388     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
5389     SumTracks(seeds,arr);
5390     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5391     //
5392     arr = Tracking(4,nup-3-delta,nup-5-delta-gap,cuts,4);
5393     SumTracks(seeds,arr);
5394     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5395     //
5396   }
5397   fnumber  = 1;
5398   fdensity = 1;
5399   //
5400   // change cuts
5401   fnumber  = 2.;
5402   fdensity = 2.;
5403   cuts[0]=0.0080;
5404
5405   // find secondaries
5406   for (Int_t delta = 30; delta<70; delta+=10){
5407     //
5408     cuts[0] = 0.3;
5409     cuts[1] = 1.5;
5410     cuts[2] = 3.;
5411     cuts[3] = 1.5;
5412     arr = Tracking(4,nup-1-delta,nup-1-delta-gap,cuts,-1);
5413     SumTracks(seeds,arr);
5414     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5415     //
5416     arr = Tracking(4,nup-5-delta,nup-5-delta-gap,cuts,5 );
5417     SumTracks(seeds,arr);
5418     SignClusters(seeds,fnumber,fdensity);
5419   }
5420
5421   if (fDebug>0){
5422     Info("Tracking()","\n\nSecondary seeding\t%d\n\n",seeds->GetEntriesFast());
5423     timer.Print();
5424     timer.Start();
5425   }
5426
5427   return seeds;
5428   //
5429
5430 }
5431
5432
5433 void AliTPCtrackerMI::SumTracks(TObjArray *arr1,TObjArray *arr2) const
5434 {
5435   //
5436   //sum tracks to common container
5437   //remove suspicious tracks
5438   Int_t nseed = arr2->GetEntriesFast();
5439   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5440     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr2->UncheckedAt(i);
5441     if (pt){
5442
5443       // NORMAL ACTIVE TRACK
5444       if (pt->IsActive()){
5445         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
5446         continue;
5447       }
5448       //remove not usable tracks
5449       if (pt->fRemoval!=10){
5450         delete arr2->RemoveAt(i);
5451         continue;
5452       }
5453       // REMOVE VERY SHORT  TRACKS
5454       if (pt->GetNumberOfClusters()<20){
5455         delete arr2->RemoveAt(i);
5456         continue;
5457       }
5458       // ENABLE ONLY ENOUGH GOOD STOPPED TRACKS
5459       if (pt->GetDensityFirst(20)>0.8 || pt->GetDensityFirst(30)>0.8 || pt->GetDensityFirst(40)>0.7)
5460         arr1->AddLast(arr2->RemoveAt(i));
5461       else{
5462         delete arr2->RemoveAt(i);
5463       }
5464     }
5465   }
5466   delete arr2;
5467 }
5468
5469
5470
5471 void  AliTPCtrackerMI::ParallelTracking(TObjArray * arr, Int_t rfirst, Int_t rlast)
5472 {
5473   //
5474   // try to track in parralel
5475
5476   Int_t nseed=arr->GetEntriesFast();
5477   //prepare seeds for tracking
5478   for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5479     AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5480     if (!pt) continue;
5481     if (!t.IsActive()) continue;
5482     // follow prolongation to the first layer
5483     if ( (fSectors ==fInnerSec) || (t.fFirstPoint-fParam->GetNRowLow()>rfirst+1) )
5484       FollowProlongation(t, rfirst+1);
5485   }
5486
5487
5488   //
5489   for (Int_t nr=rfirst; nr>=rlast; nr--){
5490     if (nr<fInnerSec->GetNRows())
5491       fSectors = fInnerSec;
5492     else
5493       fSectors = fOuterSec;
5494     // make indexes with the cluster tracks for given
5495
5496     // find nearest cluster
5497     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5498       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i), &t=*pt;
5499       if (!pt) continue;
5500       if (nr==80) pt->UpdateReference();
5501       if (!pt->IsActive()) continue;
5502       //      if ( (fSectors ==fOuterSec) && (pt->fFirstPoint-fParam->GetNRowLow())<nr) continue;
5503       if (pt->fRelativeSector>17) {
5504         continue;
5505       }
5506       UpdateClusters(t,nr);
5507     }
5508     // prolonagate to the nearest cluster - if founded
5509     for (Int_t i=0; i<nseed; i++) {
5510       AliTPCseed *pt=(AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
5511       if (!pt) continue;
5512       if (!pt->IsActive()) continue;
5513       // if ((fSectors ==fOuterSec) && (pt->fFirstPoint-fParam->GetNRowLow())<nr) continue;
5514       if (pt->fRelativeSector>17) {
5515         continue;
5516       }
5517       FollowToNextCluster(*pt,nr);
5518     }
5519   }
5520 }
5521
5522 void AliTPCtrackerMI::PrepareForBackProlongation(TObjArray * arr,Float_t fac) const
5523 {
5524   //
5525   //
5526   // if we use TPC track itself we have to "update" covariance
5527   //
5528   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
5529   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5530     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
5531     if (pt) {
5532       pt->Modify(fac);
5533       //
5534       //rotate to current local system at first accepted  point
5535       Int_t index  = pt->GetClusterIndex2(pt->fFirstPoint);
5536       Int_t sec    = (index&0xff000000)>>24;
5537       sec = sec%18;
5538       Float_t angle1 = fInnerSec->GetAlpha()*sec+fInnerSec->GetAlphaShift();
5539       if (angle1>TMath::Pi())
5540         angle1-=2.*TMath::Pi();
5541       Float_t angle2 = pt->GetAlpha();
5542
5543       if (TMath::Abs(angle1-angle2)>0.001){
5544         pt->Rotate(angle1-angle2);
5545         //angle2 = pt->GetAlpha();
5546         //pt->fRelativeSector = pt->GetAlpha()/fInnerSec->GetAlpha();
5547         //if (pt->GetAlpha()<0)
5548         //  pt->fRelativeSector+=18;
5549         //sec = pt->fRelativeSector;
5550       }
5551
5552     }
5553
5554   }
5555
5556
5557 }
5558 void AliTPCtrackerMI::PrepareForProlongation(TObjArray * arr, Float_t fac) const
5559 {
5560   //
5561   //
5562   // if we use TPC track itself we have to "update" covariance
5563   //
5564   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
5565   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5566     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
5567     if (pt) {
5568       pt->Modify(fac);
5569       pt->fFirstPoint = pt->fLastPoint;
5570     }
5571
5572   }
5573
5574
5575 }
5576
5577 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(TObjArray * arr)
5578 {
5579   //
5580   // make back propagation
5581   //
5582   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
5583   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5584     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
5585     if (pt&& pt->GetKinkIndex(0)<=0) {
5586       //AliTPCseed *pt2 = new AliTPCseed(*pt);
5587       fSectors = fInnerSec;
5588       //FollowBackProlongation(*pt,fInnerSec->GetNRows()-1);
5589       //fSectors = fOuterSec;
5590       FollowBackProlongation(*pt,fInnerSec->GetNRows()+fOuterSec->GetNRows()-1);
5591       //if (pt->GetNumberOfClusters()<(pt->fEsd->GetTPCclusters(0)) ){
5592       //        Error("PropagateBack","Not prolonged track %d",pt->GetLabel());
5593       //        FollowBackProlongation(*pt2,fInnerSec->GetNRows()+fOuterSec->GetNRows()-1);
5594       //}
5595     }
5596     if (pt&& pt->GetKinkIndex(0)>0) {
5597       AliESDkink * kink = fEvent->GetKink(pt->GetKinkIndex(0)-1);
5598       pt->fFirstPoint = kink->GetTPCRow0();
5599       fSectors = fInnerSec;
5600       FollowBackProlongation(*pt,fInnerSec->GetNRows()+fOuterSec->GetNRows()-1);
5601     }
5602
5603   }
5604   return 0;
5605 }
5606
5607
5608 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateForward2(TObjArray * arr)
5609 {
5610   //
5611   // make forward propagation
5612   //
5613   Int_t nseed= arr->GetEntriesFast();
5614   //
5615   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5616     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)arr->UncheckedAt(i);
5617     if (pt) {
5618       FollowProlongation(*pt,0);
5619     }
5620   }
5621   return 0;
5622 }
5623
5624
5625 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateForward()
5626 {
5627   //
5628   // propagate track forward
5629   //UnsignClusters();
5630   Int_t nseed = fSeeds->GetEntriesFast();
5631   for (Int_t i=0;i<nseed;i++){
5632     AliTPCseed *pt = (AliTPCseed*)fSeeds->UncheckedAt(i);
5633     if (pt){
5634       AliTPCseed &t = *pt;
5635       Double_t alpha=t.GetAlpha() - fSectors->GetAlphaShift();
5636       if (alpha > 2.*TMath::Pi()) alpha -= 2.*TMath::Pi();
5637       if (alpha < 0.            ) alpha += 2.*TMath::Pi();
5638       t.fRelativeSector = Int_t(alpha/fSectors->GetAlpha()+0.0001)%fN;
5639     }
5640   }
5641
5642   fSectors = fOuterSec;
5643   ParallelTracking(fSeeds,fOuterSec->GetNRows()+fInnerSec->GetNRows()-1,fInnerSec->GetNRows());
5644   fSectors = fInnerSec;
5645   ParallelTracking(fSeeds,fInnerSec->GetNRows()-1,0);
5646   //WriteTracks();
5647   return 1;
5648 }
5649
5650
5651
5652
5653
5654
5655 Int_t AliTPCtrackerMI::PropagateBack(AliTPCseed * pt, Int_t row0, Int_t row1)
5656 {
5657   //
5658   // make back propagation, in between row0 and row1
5659   //
5660
5661   if (pt) {
5662     fSectors = fInnerSec;
5663     Int_t  r1;
5664     //
5665     if (row1<fSectors->GetNRows())
5666       r1 = row1;
5667     else
5668       r1 = fSectors->GetNRows()-1;
5669
5670     if (row0<fSectors->GetNRows()&& r1>0 )
5671       FollowBackProlongation(*pt,r1);
5672     if (row1<=fSectors->GetNRows())
5673       return 0;
5674     //
5675     r1 = row1 - fSectors->GetNRows();
5676     if (r1<=0) return 0;
5677     if (r1>=fOuterSec->GetNRows()) return 0;
5678     fSectors = fOuterSec;
5679     return FollowBackProlongation(*pt,r1);
5680   }
5681   return 0;
5682 }
5683
5684
5685
5686
5687 void  AliTPCtrackerMI::GetShape(AliTPCseed * seed, Int_t row)
5688 {
5689   //
5690   //
5691   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
5692   //  Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
5693   Float_t padlength =  GetPadPitchLength(row);
5694   //
5695   Float_t sresy = (seed->fSector < fParam->GetNSector()/2) ? 0.2 :0.3;
5696   Float_t angulary  = seed->GetSnp();
5697   angulary = angulary*angulary/(1-angulary*angulary);
5698   seed->fCurrentSigmaY2 = sd2+padlength*padlength*angulary/12.+sresy*sresy;
5699   //
5700   Float_t sresz = fParam->GetZSigma();
5701   Float_t angularz  = seed->GetTgl();
5702   seed->fCurrentSigmaZ2 = sd2+padlength*padlength*angularz*angularz*(1+angulary)/12.+sresz*sresz;
5703   /*
5704   Float_t wy = GetSigmaY(seed);
5705   Float_t wz = GetSigmaZ(seed);
5706   wy*=wy;
5707   wz*=wz;
5708   if (TMath::Abs(wy/seed->fCurrentSigmaY2-1)>0.0001 || TMath::Abs(wz/seed->fCurrentSigmaZ2-1)>0.0001 ){
5709     printf("problem\n");
5710   }
5711   */
5712 }
5713
5714
5715 Float_t  AliTPCtrackerMI::GetSigmaY(AliTPCseed * seed)
5716 {
5717   //
5718   //
5719   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
5720   Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
5721   Float_t sres = (seed->fSector < fParam->GetNSector()/2) ? 0.2 :0.3;
5722   Float_t angular  = seed->GetSnp();
5723   angular = angular*angular/(1-angular*angular);
5724   //  angular*=angular;
5725   //angular  = TMath::Sqrt(angular/(1-angular));
5726   Float_t res = TMath::Sqrt(sd2+padlength*padlength*angular/12.+sres*sres);
5727   return res;
5728 }
5729 Float_t  AliTPCtrackerMI::GetSigmaZ(AliTPCseed * seed)
5730 {
5731   //
5732   //
5733   Float_t sd2 = TMath::Abs((fParam->GetZLength()-TMath::Abs(seed->GetZ())))*fParam->GetDiffL()*fParam->GetDiffL();
5734   Float_t padlength =  fParam->GetPadPitchLength(seed->fSector);
5735   Float_t sres = fParam->GetZSigma();
5736   Float_t angular  = seed->GetTgl();
5737   Float_t res = TMath::Sqrt(sd2+padlength*padlength*angular*angular/12.+sres*sres);
5738   return res;
5739 }
5740
5741
5742 //__________________________________________________________________________
5743 void AliTPCtrackerMI::CookLabel(AliTPCseed *t, Float_t wrong) const {
5744   //--------------------------------------------------------------------
5745   //This function "cooks" a track label. If label<0, this track is fake.
5746   //--------------------------------------------------------------------
5747   Int_t noc=t->GetNumberOfClusters();
5748   if (noc<10){
5749     //printf("\nnot founded prolongation\n\n\n");
5750     //t->Dump();
5751     return ;
5752   }
5753   Int_t lb[160];
5754   Int_t mx[160];
5755   AliTPCclusterMI *clusters[160];
5756   //
5757   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
5758     clusters[i]=0;
5759     lb[i]=mx[i]=0;
5760   }
5761
5762   Int_t i;
5763   Int_t current=0;
5764   for (i=0; i<160 && current<noc; i++) {
5765
5766      Int_t index=t->GetClusterIndex2(i);
5767      if (index<=0) continue;
5768      if (index&0x8000) continue;
5769      //
5770      //clusters[current]=GetClusterMI(index);
5771      if (t->fClusterPointer[i]){
5772        clusters[current]=t->fClusterPointer[i];
5773        current++;
5774      }
5775   }
5776   noc = current;
5777
5778   Int_t lab=123456789;
5779   for (i=0; i<noc; i++) {
5780     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5781     if (!c) continue;
5782     lab=TMath::Abs(c->GetLabel(0));
5783     Int_t j;
5784     for (j=0; j<noc; j++) if (lb[j]==lab || mx[j]==0) break;
5785     lb[j]=lab;
5786     (mx[j])++;
5787   }
5788
5789   Int_t max=0;
5790   for (i=0; i<noc; i++) if (mx[i]>max) {max=mx[i]; lab=lb[i];}
5791
5792   for (i=0; i<noc; i++) {
5793     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5794     if (!c) continue;
5795     if (TMath::Abs(c->GetLabel(1)) == lab ||
5796         TMath::Abs(c->GetLabel(2)) == lab ) max++;
5797   }
5798
5799   if ((1.- Float_t(max)/noc) > wrong) lab=-lab;
5800
5801   else {
5802      Int_t tail=Int_t(0.10*noc);
5803      max=0;
5804      Int_t ind=0;
5805      for (i=1; i<=160&&ind<tail; i++) {
5806        //       AliTPCclusterMI *c=clusters[noc-i];
5807        AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5808        if (!c) continue;
5809        if (lab == TMath::Abs(c->GetLabel(0)) ||
5810            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(1)) ||
5811            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(2))) max++;
5812        ind++;
5813      }
5814      if (max < Int_t(0.5*tail)) lab=-lab;
5815   }
5816
5817   t->SetLabel(lab);
5818
5819   //  delete[] lb;
5820   //delete[] mx;
5821   //delete[] clusters;
5822 }
5823
5824
5825 //__________________________________________________________________________
5826 Int_t AliTPCtrackerMI::CookLabel(AliTPCseed *t, Float_t wrong,Int_t first, Int_t last) const {
5827   //--------------------------------------------------------------------
5828   //This function "cooks" a track label. If label<0, this track is fake.
5829   //--------------------------------------------------------------------
5830   Int_t noc=t->GetNumberOfClusters();
5831   if (noc<10){
5832     //printf("\nnot founded prolongation\n\n\n");
5833     //t->Dump();
5834     return -1;
5835   }
5836   Int_t lb[160];
5837   Int_t mx[160];
5838   AliTPCclusterMI *clusters[160];
5839   //
5840   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
5841     clusters[i]=0;
5842     lb[i]=mx[i]=0;
5843   }
5844
5845   Int_t i;
5846   Int_t current=0;
5847   for (i=0; i<160 && current<noc; i++) {
5848     if (i<first) continue;
5849     if (i>last)  continue;
5850      Int_t index=t->GetClusterIndex2(i);
5851      if (index<=0) continue;
5852      if (index&0x8000) continue;
5853      //
5854      //clusters[current]=GetClusterMI(index);
5855      if (t->fClusterPointer[i]){
5856        clusters[current]=t->fClusterPointer[i];
5857        current++;
5858      }
5859   }
5860   noc = current;
5861   if (noc<5) return -1;
5862   Int_t lab=123456789;
5863   for (i=0; i<noc; i++) {
5864     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5865     if (!c) continue;
5866     lab=TMath::Abs(c->GetLabel(0));
5867     Int_t j;
5868     for (j=0; j<noc; j++) if (lb[j]==lab || mx[j]==0) break;
5869     lb[j]=lab;
5870     (mx[j])++;
5871   }
5872
5873   Int_t max=0;
5874   for (i=0; i<noc; i++) if (mx[i]>max) {max=mx[i]; lab=lb[i];}
5875
5876   for (i=0; i<noc; i++) {
5877     AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5878     if (!c) continue;
5879     if (TMath::Abs(c->GetLabel(1)) == lab ||
5880         TMath::Abs(c->GetLabel(2)) == lab ) max++;
5881   }
5882
5883   if ((1.- Float_t(max)/noc) > wrong) lab=-lab;
5884
5885   else {
5886      Int_t tail=Int_t(0.10*noc);
5887      max=0;
5888      Int_t ind=0;
5889      for (i=1; i<=160&&ind<tail; i++) {
5890        //       AliTPCclusterMI *c=clusters[noc-i];
5891        AliTPCclusterMI *c=clusters[i];
5892        if (!c) continue;
5893        if (lab == TMath::Abs(c->GetLabel(0)) ||
5894            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(1)) ||
5895            lab == TMath::Abs(c->GetLabel(2))) max++;
5896        ind++;
5897      }
5898      if (max < Int_t(0.5*tail)) lab=-lab;
5899   }
5900
5901   //  t->SetLabel(lab);
5902   return lab;
5903   //  delete[] lb;
5904   //delete[] mx;
5905   //delete[] clusters;
5906 }
5907
5908
5909 Int_t  AliTPCtrackerMI::AliTPCSector::GetRowNumber(Double_t x) const
5910 {
5911   //return pad row number for this x
5912   Double_t r;
5913   if (fN < 64){
5914     r=fRow[fN-1].GetX();
5915     if (x > r) return fN;
5916     r=fRow[0].GetX();
5917     if (x < r) return -1;
5918     return Int_t((x-r)/fPadPitchLength + 0.5);}
5919   else{
5920     r=fRow[fN-1].GetX();
5921     if (x > r) return fN;
5922     r=fRow[0].GetX();
5923     if (x < r) return -1;
5924     Double_t r1=fRow[64].GetX();
5925     if(x<r1){
5926       return Int_t((x-r)/f1PadPitchLength + 0.5);}
5927     else{
5928       return (Int_t((x-r1)/f2PadPitchLength + 0.5)+64);}
5929   }
5930 }
5931
5932 Int_t  AliTPCtrackerMI::GetRowNumber(Double_t x[3]) const
5933 {
5934   //return pad row number for given x vector
5935   Float_t phi = TMath::ATan2(x[1],x[0]);
5936   if(phi<0) phi=2.*TMath::Pi()+phi;
5937   //  Get the local angle in the sector philoc
5938   const Float_t kRaddeg = 180/3.14159265358979312;
5939   Float_t phiangle   = (Int_t (phi*kRaddeg/20.) + 0.5)*20./kRaddeg;
5940   Double_t localx    = x[0]*TMath::Cos(phiangle)-x[1]*TMath::Sin(phiangle);
5941   return GetRowNumber(localx);
5942 }
5943
5944 //_________________________________________________________________________
5945 void AliTPCtrackerMI::AliTPCSector::Setup(const AliTPCParam *par, Int_t f) {
5946   //-----------------------------------------------------------------------
5947   // Setup inner sector
5948   //-----------------------------------------------------------------------
5949   if (f==0) {
5950      fAlpha=par->GetInnerAngle();
5951      fAlphaShift=par->GetInnerAngleShift();
5952      fPadPitchWidth=par->GetInnerPadPitchWidth();
5953      fPadPitchLength=par->GetInnerPadPitchLength();
5954      fN=par->GetNRowLow();
5955      fRow=new AliTPCRow[fN];
5956      for (Int_t i=0; i<fN; i++) {
5957        fRow[i].SetX(par->GetPadRowRadiiLow(i));
5958        fRow[i].fDeadZone =1.5;  //1.5 cm of dead zone
5959      }
5960   } else {
5961      fAlpha=par->GetOuterAngle();
5962      fAlphaShift=par->GetOuterAngleShift();
5963      fPadPitchWidth  = par->GetOuterPadPitchWidth();
5964      fPadPitchLength = par->GetOuter1PadPitchLength();
5965      f1PadPitchLength = par->GetOuter1PadPitchLength();
5966      f2PadPitchLength = par->GetOuter2PadPitchLength();
5967
5968      fN=par->GetNRowUp();
5969      fRow=new AliTPCRow[fN];
5970      for (Int_t i=0; i<fN; i++) {
5971        fRow[i].SetX(par->GetPadRowRadiiUp(i));
5972        fRow[i].fDeadZone =1.5;  // 1.5 cm of dead zone
5973      }
5974   }
5975 }
5976
5977 AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::AliTPCRow() {
5978   //
5979   // default constructor
5980   fN=0;
5981   fN1=0;
5982   fN2=0;
5983   fClusters1=0;
5984   fClusters2=0;
5985 }
5986
5987 AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::~AliTPCRow(){
5988   //
5989
5990 }
5991
5992
5993
5994 //_________________________________________________________________________
5995 void
5996 AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::InsertCluster(const AliTPCclusterMI* c, UInt_t index) {
5997   //-----------------------------------------------------------------------
5998   // Insert a cluster into this pad row in accordence with its y-coordinate
5999   //-----------------------------------------------------------------------
6000   if (fN==kMaxClusterPerRow) {
6001     cerr<<"AliTPCRow::InsertCluster(): Too many clusters !\n"; return;
6002   }
6003   if (fN==0) {fIndex[0]=index; fClusters[fN++]=c; return;}
6004   Int_t i=Find(c->GetZ());
6005   memmove(fClusters+i+1 ,fClusters+i,(fN-i)*sizeof(AliTPCclusterMI*));
6006   memmove(fIndex   +i+1 ,fIndex   +i,(fN-i)*sizeof(UInt_t));
6007   fIndex[i]=index; fClusters[i]=c; fN++;
6008 }
6009
6010 void AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::ResetClusters() {
6011    //
6012    // reset clusters
6013    fN  = 0;
6014    fN1 = 0;
6015    fN2 = 0;
6016    //delete[] fClusterArray;
6017    if (fClusters1) delete []fClusters1;
6018    if (fClusters2) delete []fClusters2;
6019    //fClusterArray=0;
6020    fClusters1 = 0;
6021    fClusters2 = 0;
6022 }
6023
6024
6025 //___________________________________________________________________
6026 Int_t AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::Find(Double_t z) const {
6027   //-----------------------------------------------------------------------
6028   // Return the index of the nearest cluster
6029   //-----------------------------------------------------------------------
6030   if (fN==0) return 0;
6031   if (z <= fClusters[0]->GetZ()) return 0;
6032   if (z > fClusters[fN-1]->GetZ()) return fN;
6033   Int_t b=0, e=fN-1, m=(b+e)/2;
6034   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
6035     if (z > fClusters[m]->GetZ()) b=m+1;
6036     else e=m;
6037   }
6038   return m;
6039 }
6040
6041
6042
6043 //___________________________________________________________________
6044 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz) const {
6045   //-----------------------------------------------------------------------
6046   // Return the index of the nearest cluster in z y
6047   //-----------------------------------------------------------------------
6048   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
6049
6050   AliTPCclusterMI *cl =0;
6051   for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
6052       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
6053       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
6054       if ( (c->GetY()-y) >  roady ) continue;
6055       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
6056       if (maxdistance>distance) {
6057         maxdistance = distance;
6058         cl=c;
6059       }
6060   }
6061   return cl;
6062 }
6063
6064 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest2(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz,UInt_t & index) const
6065 {
6066   //-----------------------------------------------------------------------
6067   // Return the index of the nearest cluster in z y
6068   //-----------------------------------------------------------------------
6069   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
6070   Int_t iz1 = TMath::Max(fFastCluster[Int_t(z-roadz+254.5)]-1,0);
6071   Int_t iz2 = TMath::Min(fFastCluster[Int_t(z+roadz+255.5)]+1,fN);
6072
6073   AliTPCclusterMI *cl =0;
6074   //FindNearest3(y,z,roady,roadz,index);
6075   //  for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
6076   for (Int_t i=iz1; i<iz2; i++) {
6077       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
6078       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
6079       if ( c->GetY()-y >  roady ) continue;
6080       if ( y-c->GetY() >  roady ) continue;
6081       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
6082       if (maxdistance>distance) {
6083         maxdistance = distance;
6084         cl=c;
6085         index =i;
6086         //roady = TMath::Sqrt(maxdistance);
6087       }
6088   }
6089   return cl;
6090 }
6091
6092
6093
6094 AliTPCclusterMI * AliTPCtrackerMI::AliTPCRow::FindNearest3(Double_t y, Double_t z, Double_t roady, Double_t roadz,UInt_t & index) const
6095 {
6096   //-----------------------------------------------------------------------
6097   // Return the index of the nearest cluster in z y
6098   //-----------------------------------------------------------------------
6099   Float_t maxdistance = roady*roady + roadz*roadz;
6100   //  Int_t iz = Int_t(z+255.);
6101   AliTPCclusterMI *cl =0;
6102   for (Int_t i=Find(z-roadz); i<fN; i++) {
6103     //for (Int_t i=fFastCluster[iz-2]; i<fFastCluster[iz+2]; i++) {
6104       AliTPCclusterMI *c=(AliTPCclusterMI*)(fClusters[i]);
6105       if (c->GetZ() > z+roadz) break;
6106       if ( c->GetY()-y >  roady ) continue;
6107       if ( y-c->GetY() >  roady ) continue;
6108       Float_t distance = (c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z)+(c->GetY()-y)*(c->GetY()-y);
6109       if (maxdistance>distance) {
6110         maxdistance = distance;
6111         cl=c;
6112         index =i;
6113         //roady = TMath::Sqrt(maxdistance);
6114       }
6115   }
6116   return cl;
6117 }
6118
6119
6120
6121
6122 AliTPCseed::AliTPCseed():AliTPCtrack(){
6123   //
6124   fRow=0;
6125   fRemoval =0;
6126   for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
6127   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
6128   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
6129   fPoints = 0;
6130   fEPoints = 0;
6131   fNFoundable =0;
6132   fNShared  =0;
6133   fRemoval = 0;
6134   fSort =0;
6135   fFirstPoint =0;
6136   fNoCluster =0;
6137   fBSigned = kFALSE;
6138   fSeed1 =-1;
6139   fSeed2 =-1;
6140   fCurrentCluster =0;
6141   fCurrentSigmaY2=0;
6142   fCurrentSigmaZ2=0;
6143 }
6144 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCseed &s):AliTPCtrack(s){
6145   //---------------------
6146   // dummy copy constructor
6147   //-------------------------
6148   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i] = s.fClusterPointer[i];
6149   for (Int_t i=0;i<160;i++) fIndex[i] = s.fIndex[i];
6150   fPoints  = 0;
6151   fEPoints = 0;
6152 }
6153 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t):AliTPCtrack(t){
6154   //
6155   //copy constructor
6156   fPoints = 0;
6157   fEPoints = 0;
6158   fNShared  =0;
6159   //  fTrackPoints =0;
6160   fRemoval =0;
6161   fSort =0;
6162   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=t.GetKinkIndex(i);
6163
6164   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
6165     fClusterPointer[i] = 0;
6166     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
6167     if (index>=-1){
6168       SetClusterIndex2(i,index);
6169     }
6170     else{
6171       SetClusterIndex2(i,-3);
6172     }
6173   }
6174   fFirstPoint =0;
6175   fNoCluster =0;
6176   fBSigned = kFALSE;
6177   fSeed1 =-1;
6178   fSeed2 =-1;
6179   fCurrentCluster =0;
6180   fCurrentSigmaY2=0;
6181   fCurrentSigmaZ2=0;
6182 }
6183 /*
6184 AliTPCseed::AliTPCseed(const AliTPCtrack &t, Double_t a):AliTPCtrack(t,a){
6185   //
6186   //copy constructor
6187   fRow=0;
6188   for (Int_t i=0;i<160;i++) {
6189     fClusterPointer[i] = 0;
6190     Int_t index = t.GetClusterIndex(i);
6191     SetClusterIndex2(i,index);
6192   }
6193   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
6194   fPoints = 0;
6195   fEPoints = 0;
6196   fNFoundable =0;
6197   fNShared  =0;
6198   //  fTrackPoints =0;
6199   fRemoval =0;
6200   fSort = 0;
6201   fFirstPoint =0;
6202   fNoCluster =0;
6203   fBSigned = kFALSE;
6204   fSeed1 =-1;
6205   fSeed2 =-1;
6206   fCurrentCluster =0;
6207   fCurrentSigmaY2=0;
6208   fCurrentSigmaZ2=0;
6209
6210 }
6211 */
6212
6213 AliTPCseed::AliTPCseed(UInt_t index,  const Double_t xx[5], const Double_t cc[15],
6214                                         Double_t xr, Double_t alpha):
6215   AliTPCtrack(index, xx, cc, xr, alpha) {
6216    //
6217   //
6218   //constructor
6219   fRow =0;
6220   for (Int_t i=0;i<200;i++) SetClusterIndex2(i,-3);
6221   for (Int_t i=0;i<160;i++) fClusterPointer[i]=0;
6222   for (Int_t i=0;i<3;i++)   fKinkIndexes[i]=0;
6223   fPoints = 0;
6224   fEPoints = 0;
6225   fNFoundable =0;
6226   fNShared  = 0;
6227   //  fTrackPoints =0;
6228   fRemoval =0;
6229   fSort =0;
6230   fFirstPoint =0;
6231   //  fHelixIn = new TClonesArray("AliHelix",0);
6232   //fHelixOut = new TClonesArray("AliHelix",0);
6233   fNoCluster =0;
6234   fBSigned = kFALSE;
6235   fSeed1 =-1;
6236   fSeed2 =-1;
6237   fCurrentCluster =0;
6238   fCurrentSigmaY2=0;
6239   fCurrentSigmaZ2=0;
6240 }
6241
6242 AliTPCseed::~AliTPCseed(){
6243   //
6244   // destructor
6245   if (fPoints) delete fPoints;
6246   fPoints =0;
6247   if (fEPoints) delete fEPoints;
6248   fEPoints = 0;
6249   fNoCluster =0;
6250 }
6251
6252 AliTPCTrackerPoint * AliTPCseed::GetTrackPoint(Int_t i)
6253 {
6254   //
6255   //
6256   return &fTrackPoints[i];
6257 }
6258
6259 void AliTPCseed::RebuildSeed()
6260 {
6261   //
6262   // rebuild seed to be ready for storing
6263   AliTPCclusterMI cldummy;
6264   cldummy.SetQ(0);
6265   AliTPCTrackPoint pdummy;
6266   pdummy.GetTPoint().fIsShared = 10;
6267   for (Int_t i=0;i<160;i++){
6268     AliTPCclusterMI * cl0 = fClusterPointer[i];
6269     AliTPCTrackPoint *trpoint = (AliTPCTrackPoint*)fPoints->UncheckedAt(i);
6270     if (cl0){
6271       trpoint->GetTPoint() = *(GetTrackPoint(i));
6272       trpoint->GetCPoint() = *cl0;
6273       trpoint->GetCPoint().SetQ(TMath::Abs(cl0->GetQ()));
6274     }
6275     else{
6276       *trpoint = pdummy;
6277       trpoint->GetCPoint()= cldummy;
6278     }
6279
6280   }
6281
6282 }
6283
6284
6285 Double_t AliTPCseed::GetDensityFirst(Int_t n)
6286 {
6287   //
6288   //
6289   // return cluster for n rows bellow first point
6290   Int_t nfoundable = 1;
6291   Int_t nfound      = 1;
6292   for (Int_t i=fLastPoint-1;i>0&&nfoundable<n; i--){
6293     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
6294     if (index!=-1) nfoundable++;
6295     if (index>0) nfound++;
6296   }
6297   if (nfoundable<n) return 0;
6298   return Double_t(nfound)/Double_t(nfoundable);
6299
6300 }
6301
6302
6303 void AliTPCseed::GetClusterStatistic(Int_t first, Int_t last, Int_t &found, Int_t &foundable, Int_t &shared, Bool_t plus2)
6304 {
6305   // get cluster stat.  on given region
6306   //
6307   found       = 0;
6308   foundable   = 0;
6309   shared      =0;
6310   for (Int_t i=first;i<last; i++){
6311     Int_t index = GetClusterIndex2(i);
6312     if (index!=-1) foundable++;
6313     if (fClusterPointer[i]) {
6314       found++;
6315     }
6316     else
6317       continue;
6318
6319     if (fClusterPointer[i]->IsUsed(10)) {
6320       shared++;
6321       continue;
6322     }
6323     if (!plus2) continue; //take also neighborhoud
6324     //
6325     if ( (i>0) && fClusterPointer[i-1]){
6326       if (fClusterPointer[i-1]->IsUsed(10)) {
6327         shared++;
6328         continue;
6329       }
6330     }
6331     if ( fClusterPointer[i+1]){
6332       if (fClusterPointer[i+1]->IsUsed(10)) {
6333         shared++;
6334         continue;
6335       }
6336     }
6337
6338   }
6339   //if (shared>found){
6340     //Error("AliTPCseed::GetClusterStatistic","problem\n");
6341   //}
6342 }
6343
6344 //_____________________________________________________________________________
6345 void AliTPCseed::CookdEdx(Double_t low, Double_t up,Int_t i1, Int_t i2, Bool_t onlyused) {
6346   //-----------------------------------------------------------------
6347   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
6348   //-----------------------------------------------------------------
6349
6350   Float_t amp[200];
6351   Float_t angular[200];
6352   Float_t weight[200];
6353   Int_t index[200];
6354   //Int_t nc = 0;
6355   //  TClonesArray & arr = *fPoints;
6356   Float_t meanlog = 100.;
6357
6358   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
6359   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
6360   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
6361   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
6362   //
6363   //
6364   fNShared =0;
6365
6366   for (Int_t of =0; of<4; of++){
6367     for (Int_t i=of+i1;i<i2;i+=4)
6368       {
6369         Int_t index = fIndex[i];
6370         if (index<0||index&0x8000) continue;
6371
6372         //AliTPCTrackPoint * point = (AliTPCTrackPoint *) arr.At(i);
6373         AliTPCTrackerPoint * point = GetTrackPoint(i);
6374         //AliTPCTrackerPoint * pointm = GetTrackPoint(i-1);
6375         //AliTPCTrackerPoint * pointp = 0;
6376         //if (i<159) pointp = GetTrackPoint(i+1);
6377
6378         if (point==0) continue;
6379         AliTPCclusterMI * cl = fClusterPointer[i];
6380         if (cl==0) continue;
6381         if (onlyused && (!cl->IsUsed(10))) continue;
6382         if (cl->IsUsed(11)) {
6383           fNShared++;
6384           continue;
6385         }
6386         Int_t   type   = cl->GetType();
6387         //if (point->fIsShared){
6388         //  fNShared++;
6389         //  continue;
6390         //}
6391         //if (pointm)
6392         //  if (pointm->fIsShared) continue;
6393         //if (pointp)
6394         //  if (pointp->fIsShared) continue;
6395
6396         if (type<0) continue;
6397         //if (type>10) continue;
6398         //if (point->GetErrY()==0) continue;
6399         //if (point->GetErrZ()==0) continue;
6400
6401         //Float_t ddy = (point->GetY()-cl->GetY())/point->GetErrY();
6402         //Float_t ddz = (point->GetZ()-cl->GetZ())/point->GetErrZ();
6403         //if ((ddy*ddy+ddz*ddz)>10) continue;
6404
6405
6406         //      if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
6407         if (cl->GetMax()<5) continue;
6408         Float_t angley = point->GetAngleY();
6409         Float_t anglez = point->GetAngleZ();
6410
6411         Float_t rsigmay2 =  point->GetSigmaY();
6412         Float_t rsigmaz2 =  point->GetSigmaZ();
6413         /*
6414         Float_t ns = 1.;
6415         if (pointm){
6416           rsigmay +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaY();
6417           rsigmaz +=  pointm->GetTPoint().GetSigmaZ();
6418           ns+=1.;
6419         }
6420         if (pointp){
6421           rsigmay +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaY();
6422           rsigmaz +=  pointp->GetTPoint().GetSigmaZ();
6423           ns+=1.;
6424         }
6425         rsigmay/=ns;
6426         rsigmaz/=ns;
6427         */
6428
6429         Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay2*rsigmaz2);
6430
6431         Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
6432         if (i>64){
6433           //      ampc = 1.*point->GetCPoint().GetMax();
6434           ampc = 1.*cl->GetMax();
6435           //ampc = 1.*point->GetCPoint().GetQ();
6436           //      AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
6437           //      Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.6)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.6)+0.5);
6438           // Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
6439           //Float_t dz =
6440           //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
6441           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
6442           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
6443           //      Float_t zfactor = (AliTPCReconstructor::GetCtgRange()-0.0004*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
6444           //ampc               *=zfactor;
6445         }
6446         else{
6447           //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetMax();
6448           ampc = 1.0*cl->GetMax();
6449           //ampc = 1.0*point->GetCPoint().GetQ();
6450           //AliTPCClusterPoint & p = point->GetCPoint();
6451           // Float_t dy = TMath::Abs(Int_t( TMath::Abs(p.GetY()/0.4)) - TMath::Abs(p.GetY()/0.4)+0.5);
6452           //Float_t iz =  (250.0-TMath::Abs(p.GetZ())+0.11)/0.566;
6453           //Float_t dz =
6454           //  TMath::Abs( Int_t(iz) - iz + 0.5);
6455
6456           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dy);
6457           //ampc *= 1.15*(1-0.3*dz);
6458           //    Float_t zfactor = (1.02-0.000*TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ()));
6459           //ampc               *=zfactor;
6460
6461         }
6462         ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
6463         //ampc *= 0.58;     // put mean value to channel 50
6464         Float_t w      =  1.;
6465         //      if (type>0)  w =  1./(type/2.-0.5);
6466         //      Float_t z = TMath::Abs(cl->GetZ());
6467         if (i<64) {
6468           ampc /= 0.6;
6469           //ampc /= (1+0.0008*z);
6470         } else
6471           if (i>128){
6472             ampc /=1.5;
6473             //ampc /= (1+0.0008*z);
6474           }else{
6475             //ampc /= (1+0.0008*z);
6476           }
6477
6478         if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
6479           // w*= 2.;
6480
6481           continue;
6482         }
6483         if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
6484         amp[nc[of]]        = ampc;
6485         angular[nc[of]]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
6486         weight[nc[of]]     = w;
6487         nc[of]++;
6488       }
6489
6490     TMath::Sort(nc[of],amp,index,kFALSE);
6491     Float_t sumamp=0;
6492     Float_t sumamp2=0;
6493     Float_t sumw=0;
6494     //meanlog = amp[index[Int_t(nc[of]*0.33)]];
6495     meanlog = 50;
6496     for (Int_t i=int(nc[of]*low+0.5);i<int(nc[of]*up+0.5);i++){
6497       Float_t ampl      = amp[index[i]]/angular[index[i]];
6498       ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
6499       //
6500       sumw    += weight[index[i]];
6501       sumamp  += weight[index[i]]*ampl;
6502       sumamp2 += weight[index[i]]*ampl*ampl;
6503       norm[of]    += angular[index[i]]*weight[index[i]];
6504     }
6505     if (sumw<1){
6506       SetdEdx(0);
6507     }
6508     else {
6509       norm[of] /= sumw;
6510       mean[of]  = sumamp/sumw;
6511       sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
6512       if (sigma[of]>0.1)
6513         sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
6514       else
6515         sigma[of] = 1000;
6516
6517     mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
6518     //mean  *=(1-0.02*(sigma/(mean*0.17)-1.));
6519     //mean *=(1-0.1*(norm-1.));
6520     }
6521   }
6522
6523   Float_t dedx =0;
6524   fSdEdx =0;
6525   fMAngular =0;
6526   //  mean[0]*= (1-0.05*(sigma[0]/(0.01+mean[1]*0.18)-1));
6527   //  mean[1]*= (1-0.05*(sigma[1]/(0.01+mean[0]*0.18)-1));
6528
6529
6530   //  dedx = (mean[0]* TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+ mean[1]* TMath::Sqrt((1.+nc[1])) )/
6531   //  (  TMath::Sqrt((1.+nc[0]))+TMath::Sqrt((1.+nc[1])));
6532
6533   Int_t norm2 = 0;
6534   Int_t norm3 = 0;
6535   for (Int_t i =0;i<4;i++){
6536     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
6537       dedx      += mean[i] *nc[i];
6538       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2);
6539       fMAngular += norm[i] *nc[i];
6540       norm2     += nc[i];
6541       norm3     += nc[i]-2;
6542     }
6543     fDEDX[i]  = mean[i];
6544     fSDEDX[i] = sigma[i];
6545     fNCDEDX[i]= nc[i];
6546   }
6547
6548   if (norm3>0){
6549     dedx   /=norm2;
6550     fSdEdx /=norm3;
6551     fMAngular/=norm2;
6552   }
6553   else{
6554     SetdEdx(0);
6555     return;
6556   }
6557   //  Float_t dedx1 =dedx;
6558   /*
6559   dedx =0;
6560   for (Int_t i =0;i<4;i++){
6561     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
6562       mean[i]   = mean[i]*(1-0.12*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
6563       dedx      += mean[i] *nc[i];
6564     }
6565     fDEDX[i]  = mean[i];
6566   }
6567   dedx /= norm2;
6568   */
6569
6570
6571   SetdEdx(dedx);
6572
6573   //mi deDX
6574
6575
6576
6577   //Very rough PID
6578   Double_t p=TMath::Sqrt((1.+ GetTgl()*GetTgl())/(Get1Pt()*Get1Pt()));
6579
6580   if (p<0.6) {
6581     if (dedx < 39.+ 12./(p+0.25)/(p+0.25)) { SetMass(0.13957); return;}
6582     if (dedx < 39.+ 12./p/p) { SetMass(0.49368); return;}
6583     SetMass(0.93827); return;
6584   }
6585
6586   if (p<1.2) {
6587     if (dedx < 39.+ 12./(p+0.25)/(p+0.25)) { SetMass(0.13957); return;}
6588     SetMass(0.93827); return;
6589   }
6590
6591   SetMass(0.13957); return;
6592
6593 }
6594
6595
6596
6597 /*
6598
6599
6600
6601 void AliTPCseed::CookdEdx2(Double_t low, Double_t up) {
6602   //-----------------------------------------------------------------
6603   // This funtion calculates dE/dX within the "low" and "up" cuts.
6604   //-----------------------------------------------------------------
6605
6606   Float_t amp[200];
6607   Float_t angular[200];
6608   Float_t weight[200];
6609   Int_t index[200];
6610   Bool_t inlimit[200];
6611   for (Int_t i=0;i<200;i++) inlimit[i]=kFALSE;
6612   for (Int_t i=0;i<200;i++) amp[i]=10000;
6613   for (Int_t i=0;i<200;i++) angular[i]= 1;;
6614
6615
6616   //
6617   Float_t meanlog = 100.;
6618   Int_t indexde[4]={0,64,128,160};
6619
6620   Float_t amean     =0;
6621   Float_t asigma    =0;
6622   Float_t anc       =0;
6623   Float_t anorm     =0;
6624
6625   Float_t mean[4]  = {0,0,0,0};
6626   Float_t sigma[4] = {1000,1000,1000,1000};
6627   Int_t nc[4]      = {0,0,0,0};
6628   Float_t norm[4]    = {1000,1000,1000,1000};
6629   //
6630   //
6631   fNShared =0;
6632
6633   //  for (Int_t of =0; of<3; of++){
6634   //  for (Int_t i=indexde[of];i<indexde[of+1];i++)
6635   for (Int_t i =0; i<160;i++)
6636     {
6637         AliTPCTrackPoint * point = GetTrackPoint(i);
6638         if (point==0) continue;
6639         if (point->fIsShared){
6640           fNShared++;
6641           continue;
6642         }
6643         Int_t   type   = point->GetCPoint().GetType();
6644         if (type<0) continue;
6645         if (point->GetCPoint().GetMax()<5) continue;
6646         Float_t angley = point->GetTPoint().GetAngleY();
6647         Float_t anglez = point->GetTPoint().GetAngleZ();
6648         Float_t rsigmay =  point->GetCPoint().GetSigmaY();
6649         Float_t rsigmaz =  point->GetCPoint().GetSigmaZ();
6650         Float_t rsigma = TMath::Sqrt(rsigmay*rsigmaz);
6651
6652         Float_t ampc   = 0;     // normalization to the number of electrons
6653         if (i>64){
6654           ampc =  point->GetCPoint().GetMax();
6655         }
6656         else{
6657           ampc = point->GetCPoint().GetMax();
6658         }
6659         ampc *= 2.0;     // put mean value to channel 50
6660         //      ampc *= 0.565;     // put mean value to channel 50
6661
6662         Float_t w      =  1.;
6663         Float_t z = TMath::Abs(point->GetCPoint().GetZ());
6664         if (i<64) {
6665           ampc /= 0.63;
6666         } else
6667           if (i>128){
6668             ampc /=1.51;
6669           }
6670         if (type<0) {  //amp at the border - lower weight
6671           continue;
6672         }
6673         if (rsigma>1.5) ampc/=1.3;  // if big backround
6674         angular[i]    = TMath::Sqrt(1.+angley*angley+anglez*anglez);
6675         amp[i]        = ampc/angular[i];
6676         weight[i]     = w;
6677         anc++;
6678     }
6679
6680   TMath::Sort(159,amp,index,kFALSE);
6681   for (Int_t i=int(anc*low+0.5);i<int(anc*up+0.5);i++){
6682     inlimit[index[i]] = kTRUE;  // take all clusters
6683   }
6684
6685   //  meanlog = amp[index[Int_t(anc*0.3)]];
6686   meanlog =10000.;
6687   for (Int_t of =0; of<3; of++){
6688     Float_t sumamp=0;
6689     Float_t sumamp2=0;
6690     Float_t sumw=0;
6691    for (Int_t i=indexde[of];i<indexde[of+1];i++)
6692       {
6693         if (inlimit[i]==kFALSE) continue;
6694         Float_t ampl      = amp[i];
6695         ///angular[i];
6696         ampl              = meanlog*TMath::Log(1.+ampl/meanlog);
6697         //
6698         sumw    += weight[i];
6699         sumamp  += weight[i]*ampl;
6700         sumamp2 += weight[i]*ampl*ampl;
6701         norm[of]    += angular[i]*weight[i];
6702         nc[of]++;
6703       }
6704    if (sumw<1){
6705      SetdEdx(0);
6706    }
6707    else {
6708      norm[of] /= sumw;
6709      mean[of]  = sumamp/sumw;
6710      sigma[of] = sumamp2/sumw-mean[of]*mean[of];
6711      if (sigma[of]>0.1)
6712        sigma[of] = TMath::Sqrt(sigma[of]);
6713      else
6714        sigma[of] = 1000;
6715      mean[of] = (TMath::Exp(mean[of]/meanlog)-1)*meanlog;
6716    }
6717   }
6718
6719   Float_t dedx =0;
6720   fSdEdx =0;
6721   fMAngular =0;
6722   //
6723   Int_t norm2 = 0;
6724   Int_t norm3 = 0;
6725   Float_t www[3] = {12.,14.,17.};
6726   //Float_t www[3] = {1.,1.,1.};
6727
6728   for (Int_t i =0;i<3;i++){
6729     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000){
6730       dedx      += mean[i] *nc[i]*www[i]/sigma[i];
6731       fSdEdx    += sigma[i]*(nc[i]-2)*www[i]/sigma[i];
6732       fMAngular += norm[i] *nc[i];
6733       norm2     += nc[i]*www[i]/sigma[i];
6734       norm3     += (nc[i]-2)*www[i]/sigma[i];
6735     }
6736     fDEDX[i]  = mean[i];
6737     fSDEDX[i] = sigma[i];
6738     fNCDEDX[i]= nc[i];
6739   }
6740
6741   if (norm3>0){
6742     dedx   /=norm2;
6743     fSdEdx /=norm3;
6744     fMAngular/=norm2;
6745   }
6746   else{
6747     SetdEdx(0);
6748     return;
6749   }
6750   //  Float_t dedx1 =dedx;
6751
6752   dedx =0;
6753   Float_t norm4 = 0;
6754   for (Int_t i =0;i<3;i++){
6755     if (nc[i]>2&&nc[i]<1000&&sigma[i]>3){
6756       //mean[i]   = mean[i]*(1+0.08*(sigma[i]/(fSdEdx)-1.));
6757       dedx      += mean[i] *(nc[i])/(sigma[i]);
6758       norm4     += (nc[i])/(sigma[i]);
6759     }
6760     fDEDX[i]  = mean[i];
6761   }
6762   if (norm4>0) dedx /= norm4;
6763
6764
6765
6766   SetdEdx(dedx);
6767
6768   //mi deDX
6769
6770 }
6771
6772 */