TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.sh

   1
   2 #
   3 # shell scipt to
   4 #
   5 # argument 1 -  path to the aliroot iinitialization script
   6 # argument 2 -  action argument
   7 #               see   $ALICE_ROOT/TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.C
   8 #                if (mode==0) GenerateMapRawIons(arg0);
   9 #                if (mode==1) DoMerge();
  10 #                if (mode==2) spaceChargeFluctuationToyMC(arg0,arg1);
  11 # argument 3 -  according the C++ code
  12 #export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros
  13
  14 source $1
  15 aliroot -b -q $flucPath/NimStyle.C $ALICE_ROOT/TPC/Upgrade/macros/spaceChargeFluctuation.C+\($2,$3,$4,$5\)
  16 exit;
  17
  18
  19 #
  20 #Example usage hera (here we have 1000 nodes, but no acces to user disk)
  21 # (to install aliroot on hera, the best is to use the rsync)
  22 # jobs to be submitted form the lxsub0x
  23 export baliceTPC=/hera/alice/miranov/.baliceHera
  24 export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros/
  25 export batchCommand="qsub -cwd -V -l h_rt=24:0:0,h_rss=4G  "
  26 #
  27 #
  28 # Example usage local
  29 # jobs to be submitted form the lxb1001 or lxb1002
  30 #(here we have 80 nodes and user disk)
  31 #
  32 export baliceTPC=/u/miranov/.baliceTPC
  33 export flucPath=$HOME/AliRoot/TPCdev/TPC/Upgrade/macros/
  34 export batchCommand="qsub -cwd  -V "
  35 #
  36 # 0.) sumbmit jobs to process raw data and accumlate space charge
  37 #
  38 #
  39 prefix="/hera/alice/local/filtered/alice/data/"
  40 wdir=`pwd`
  41 for a in `tail -n 1900  rawAll.list`; do
  42     dname=`echo $a| sed s_"$prefix"__g| sed s_"/"_"\_"_g  | sed s_".root"__`
  43     echo $a $dname
  44     mkdir $wdir/$dname
  45     cd $wdir/$dname
  46     ln -sf $a raw.root
  47     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  0  0 0
  48     cd $wdir
  49 done;
  50 #
  51 # 1.) submit merging jobs example
  52 #
  53 ls `pwd`/*/histo.root | grep -v dirmerge  > histo.list
  54 wdir=`pwd`
  55 split -l 50 -d  histo.list merge
  56 for a in `ls merge*`; do
  57     mkdir dir$a
  58     mv $a dir$a/histo.list
  59 done;
  60
  61 wdir=`pwd`
  62 for a in `ls -d dirmerge*`; do
  63     cd $wdir/$a
  64     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  1  1 0
  65     cd $wdir
  66 done;
  67
  68
  69 #
  70 # 3.)  submit fluctuation code analysis
  71 #
  72
  73
  74 wdir=`pwd`
  75 for a in `ls -d dirmerge*`; do
  76     cd $wdir/$a
  77     $batchCommand    -o  filter.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  3  1000  10
  78     cd $wdir
  79 done;
  80
  81
  82 #
  83 # 4.)  submit fluctuation code dist scan
  84 #
  85 rm dir*/SpaceCharg*root
  86 rm dir*/filter*.log
  87 rm dir*/*.sh.e*
  88
  89 wdir=`pwd`
  90 for a in `ls -d dirmerge* | grep -v dirmergeAll`; do
  91     cd $wdir/$a
  92     $batchCommand    -o  filterFluc0.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 0
  93     $batchCommand    -o  filterFlucP.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 1
  94     $batchCommand    -o  filterFlucM.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 0 2
  95     cd $wdir
  96 done;
  97
  98 wdir=`pwd`
  99 ls $wdir/dirmerge*/fluct*.root| grep -v mergeAll >  $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list
 100 cd $wdir/dirmergeAll
 101 rm dir*/SpaceCharg*root
 102 rm dir*/filter*.log
 103 rm dir*/*.sh.e*
 104
 105 for idir in {0..100}; do
 106 mkdir $wdir/dirmergeAll/dir$idir
 107 cd  $wdir/dirmergeAll/dir$idir
 108 cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list $wdir/dirmergeAll/dir$idir/
 109 for i in {0..14..2} ; do
 110    $batchCommand    -o  filterFluc0$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 0
 111    $batchCommand    -o  filterFlucP$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 1
 112    $batchCommand    -o  filterFlucM$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  1 $i 2
 113 done;
 114 cd $wdir
 115 done
 116
 117 #
 118 # 4.b) submit the code for the epsilon scan
 119 #
 120 #example directory
 121 cd /hera/alice/miranov/SpaceCharge/Fluctuations/PbPbWithGain
 122 wdir=`pwd`
 123
 124 ls $wdir/dirmerge*/fluct*.root| grep -v mergeAll >  $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list
 125 cd $wdir/dirmergeAll
 126 for epsilon in {5,10,20}; do
 127    #create and clean  directories for epsilon
 128    mkdirhier  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon
 129    rm -rf $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/*
 130    cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/
 131 done;
 132 #submit epsilon scan jobs
 133 for epsilon in {5,10,20}; do         # loop over epsilons
 134     for idir in {0..40}; do         # loop  create different random  ion pileup frames
 135        mkdir $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir
 136        cd  $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir
 137        cp $wdir/dirmergeAll/fluctuation.list $wdir/dirmergeAll/dEpsilon$epsilon/dir$idir/
 138        for i in {0..14..2} ; do         # specify differnt mulitpliicty of ions in pilepy frame run B0, B+, B-
 139           scaling=$(($epsilon/5))
 140           $batchCommand    -o  filterFluc0$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 0
 141           $batchCommand    -o  filterFlucP$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 1
 142           $batchCommand    -o  filterFlucM$i.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  4  $scaling $i 2
 143        done;
 144        cd $wdir
 145     done;
 146 done;
 147
 148
 149
 150
 151 #
 152 # 5.)  submit drawing jobs
 153 #
 154 wdir=`pwd`
 155 for a in `ls -d dirmerge*`; do
 156     cd $wdir/$a
 157     $batchCommand    -o  filterFluc.log  $flucPath/spaceChargeFluctuation.sh $baliceTPC  5  0 10000
 158     cd $wdir
 159 done;
 160
 161
 162
 163 #
 164 # 6.) make chain files
 165 #
 166 for i in 0  2 4 6 8 10 12 14 ; do
 167    ls `pwd`/dir*/SpaceChargeTrackFluc$i\_1.root > track$i\_1.list
 168    ls `pwd`/dir*/SpaceChargeTrackFluc$i\_0.root > track$i\_0.list
 169 done;