TPC/scripts/runTrainBatch.sh

   1 #######################################################################
   2 #
   3 # Run train commands at GSI:
   4 # marian.ivanov@cern.ch
   5 #
   6 # This is just pseudo code. Bellow you can find the sequence of steps
   7 # to be done to run and update calibration using batch farm.
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   9
  10
  11 ####################################################################################
  12 # Make workspace
  13 # This is just example (see $ALICE_ROOT/TPC/scripts/ReadmeTrain.txt)
  14 ####################################################################################
  15 cp $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibrateTPC.C .
  16 cp $ALICE_ROOT/TPC/macros/ConfigOCDB.C .
  17 #modify ConfigOCDB.C
  18 ln -sf ~/.balice64HEAD0108 balice.sh
  19 #use your favourite aliroot
  20 ln -sf $ALICE_ROOT/TPC/CalibMacros/alienSetupGSI.sh alienSetup.sh
  21 #use your alien setup
  22 cp $ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitCalibJob.sh .
  23 cp ../lists/run.list .
  24 cp ../lists/esd.list .
  25
  26
  27 ####################################################################################
  28 # 0. Create a list for each run - the superlist are located  in the lists directory
  29 #    and make directory structure.
  30 #    To be in workspace dir:
  31 #      0.0 run.list
  32 #      0.1 esd.list
  33 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/makeWorkspace.sh run.list
  34
  35
  36 ####################################################################################
  37 # 1. Get list of missing
  38 #
  39 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/filterMissing.sh
  40 ####################################################################################
  41 # 2. Filter corrupted
  42 #
  43 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/filterCorrupted.sh alice-t3_8h
  44 cat  */esd*.txt.Bad > esdBad.txt
  45 cat  */esd*.txt.Good > esdGood.txt
  46
  47
  48 ####################################################################################
  49 # 3. Run calibration:
  50 #    You have to wait until the lists are filtered
  51 #    Only Afterwards you should process with calibration submission
  52 #     Submitting calibration
  53 #
  54 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitCalib.sh run.list alice-t3 50
  55 #$ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitCalib.sh run85034.list alice-t3 2
  56 #$ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitCalib.sh run85034.list alice-t3 5
  57 #$ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitCalib.sh run90000.list alice-t3 10
  58
  59
  60 ###################################################################
  61 #
  62 # 4. Check the error and out log
  63 #
  64 find `pwd`/*/err*  > errRec.log
  65 find `pwd`/*/out*  > outRec.log
  66 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/filterRecLog.sh
  67
  68 ###################################################################
  69 #
  70 # 5. Submitting merging
  71 #
  72 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/submitMerging.sh run.list alice-t3_8h
  73
  74 ###################################################################
  75 #
  76 # 6. resubmit missing if neccessary
  77 # e.g if the lists were updated
  78 $ALICE_ROOT/TPC/scripts/resubmitMissing.sh  run.list alice-t3 10
  79 #
  80 #
  81 #$ALICE_ROOT/TPC/scripts/resubmitMissing.sh  runLaser.list alice-t3 5
  82
  83
  84
  85
  86
  87
  88
  89
  90
  91
  92 #
  93 # Merge mag field data
  94 #
  95 mydir=`pwd`
  96 mkdir mergeMag
  97 cd  mergeMag
  98 rm mergeTrain1.txt
  99 rm mergeTrain2.txt
 100 touch mergeTrain1.txt
 101 touch mergeTrain2.txt
 102 for adir in `cat ../../lists/runMag*s.list`; do
 103 ls $mydir/$adir/CalibObjectsTrain1.root >> mergeTrain1.txt;
 104 ls $mydir/$adir/CalibObjectsTrain2.root >> mergeTrain2.txt;
 105 done;
 106 aliroot $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+\(\"CalibObjectsTrain1.root\",10000,\"mergeTrain1.txt\"\)
 107 aliroot $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+\(\"CalibObjectsTrain2.root\",10000,\"mergeTrain2.txt\"\)
 108 cd ..
 109 #
 110 #
 111 # Merge mag 0
 112 #
 113 mydir=`pwd`
 114 mkdir mergeMag0
 115 cd  mergeMag0
 116 rm mergeTrain1.txt
 117 rm mergeTrain2.txt
 118 touch mergeTrain1.txt
 119 touch mergeTrain2.txt
 120 for adir in `cat ../../lists/runMag0.list`; do
 121 ls $mydir/$adir/CalibObjectsTrain1.root >> mergeTrain1.txt;
 122 ls $mydir/$adir/CalibObjectsTrain2.root >> mergeTrain2.txt;
 123 done;
 124 aliroot $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+\(\"CalibObjectsTrain1.root\",10000,\"mergeTrain1.txt\"\)
 125 aliroot $ALICE_ROOT/TPC/macros/CalibFileMerger.C+\(\"CalibObjectsTrain2.root\",10000,\"mergeTrain2.txt\"\)
 126 cd ..
 127 #