TRD/AliTRDseedV1.cxx

   1 /**************************************************************************
   2 * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3 *                                                                        *
   4 * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5 * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6 *                                                                        *
   7 * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8 * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9 * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10 * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11 * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12 * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13 * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14 **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 ////
  20 //  The TRD offline tracklet
  21 //
  22 // The running horse of the TRD reconstruction. The following tasks are preformed:
  23 //   1. Clusters attachment to tracks based on prior information stored at tracklet level (see AttachClusters)
  24 //   2. Clusters position recalculation based on track information (see GetClusterXY and Fit)
  25 //   3. Cluster error parametrization recalculation (see Fit)
  26 //   4. Linear track approximation (Fit)
  27 //   5. Optimal position (including z estimate for pad row cross tracklets) and covariance matrix of the track fit inside one TRD chamber (Fit)
  28 //   6. Tilt pad correction and systematic effects (GetCovAt)
  29 //   7. dEdx calculation (CookdEdx)
  30 //   8. PID probabilities estimation (CookPID)
  31 //
  32 //  Authors:                                                              //
  33 //    Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>                                     //
  34 //    Markus Fasel <M.Fasel@gsi.de>                                       //
  35 //                                                                        //
  36 ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  37
  38 #include "TMath.h"
  39 #include <TTreeStream.h>
  40
  41 #include "AliLog.h"
  42 #include "AliMathBase.h"
  43 #include "AliCDBManager.h"
  44 #include "AliTracker.h"
  45
  46 #include "AliTRDpadPlane.h"
  47 #include "AliTRDcluster.h"
  48 #include "AliTRDseedV1.h"
  49 #include "AliTRDtrackV1.h"
  50 #include "AliTRDcalibDB.h"
  51 #include "AliTRDchamberTimeBin.h"
  52 #include "AliTRDtrackingChamber.h"
  53 #include "AliTRDtrackerV1.h"
  54 #include "AliTRDrecoParam.h"
  55 #include "AliTRDCommonParam.h"
  56
  57 #include "Cal/AliTRDCalPID.h"
  58 #include "Cal/AliTRDCalROC.h"
  59 #include "Cal/AliTRDCalDet.h"
  60
  61 ClassImp(AliTRDseedV1)
  62
  63 //____________________________________________________________________
  64 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(Int_t det)
  65   :AliTRDtrackletBase()
  66   ,fkReconstructor(NULL)
  67   ,fClusterIter(NULL)
  68   ,fExB(0.)
  69   ,fVD(0.)
  70   ,fT0(0.)
  71   ,fS2PRF(0.)
  72   ,fDiffL(0.)
  73   ,fDiffT(0.)
  74   ,fClusterIdx(0)
  75   ,fErrorMsg(0)
  76   ,fN(0)
  77   ,fDet(det)
  78   ,fPt(0.)
  79   ,fdX(0.)
  80   ,fX0(0.)
  81   ,fX(0.)
  82   ,fY(0.)
  83   ,fZ(0.)
  84   ,fS2Y(0.)
  85   ,fS2Z(0.)
  86   ,fC(0.)
  87   ,fChi2(0.)
  88 {
  89   //
  90   // Constructor
  91   //
  92   memset(fIndexes,0xFF,kNclusters*sizeof(fIndexes[0]));
  93   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
  94   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
  95   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
  96   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
  97   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
  98   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
  99   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 100   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 101   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 102   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 103   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 104   // covariance matrix [diagonal]
 105   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 106   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 107   SetStandAlone(kFALSE);
 108 }
 109
 110 //____________________________________________________________________
 111 AliTRDseedV1::AliTRDseedV1(const AliTRDseedV1 &ref)
 112   :AliTRDtrackletBase((AliTRDtrackletBase&)ref)
 113   ,fkReconstructor(NULL)
 114   ,fClusterIter(NULL)
 115   ,fExB(0.)
 116   ,fVD(0.)
 117   ,fT0(0.)
 118   ,fS2PRF(0.)
 119   ,fDiffL(0.)
 120   ,fDiffT(0.)
 121   ,fClusterIdx(0)
 122   ,fErrorMsg(0)
 123   ,fN(0)
 124   ,fDet(-1)
 125   ,fPt(0.)
 126   ,fdX(0.)
 127   ,fX0(0.)
 128   ,fX(0.)
 129   ,fY(0.)
 130   ,fZ(0.)
 131   ,fS2Y(0.)
 132   ,fS2Z(0.)
 133   ,fC(0.)
 134   ,fChi2(0.)
 135 {
 136   //
 137   // Copy Constructor performing a deep copy
 138   //
 139   if(this != &ref){
 140     ref.Copy(*this);
 141   }
 142   SetBit(kOwner, kFALSE);
 143   SetStandAlone(ref.IsStandAlone());
 144 }
 145
 146
 147 //____________________________________________________________________
 148 AliTRDseedV1& AliTRDseedV1::operator=(const AliTRDseedV1 &ref)
 149 {
 150   //
 151   // Assignment Operator using the copy function
 152   //
 153
 154   if(this != &ref){
 155     ref.Copy(*this);
 156   }
 157   SetBit(kOwner, kFALSE);
 158
 159   return *this;
 160 }
 161
 162 //____________________________________________________________________
 163 AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1()
 164 {
 165   //
 166   // Destructor. The RecoParam object belongs to the underlying tracker.
 167   //
 168
 169   //printf("I-AliTRDseedV1::~AliTRDseedV1() : Owner[%s]\n", IsOwner()?"YES":"NO");
 170
 171   if(IsOwner()) {
 172     for(int itb=0; itb<kNclusters; itb++){
 173       if(!fClusters[itb]) continue;
 174       //AliInfo(Form("deleting c %p @ %d", fClusters[itb], itb));
 175       delete fClusters[itb];
 176       fClusters[itb] = NULL;
 177     }
 178   }
 179 }
 180
 181 //____________________________________________________________________
 182 void AliTRDseedV1::Copy(TObject &ref) const
 183 {
 184   //
 185   // Copy function
 186   //
 187
 188   //AliInfo("");
 189   AliTRDseedV1 &target = (AliTRDseedV1 &)ref;
 190
 191   target.fkReconstructor = fkReconstructor;
 192   target.fClusterIter   = NULL;
 193   target.fExB           = fExB;
 194   target.fVD            = fVD;
 195   target.fT0            = fT0;
 196   target.fS2PRF         = fS2PRF;
 197   target.fDiffL         = fDiffL;
 198   target.fDiffT         = fDiffT;
 199   target.fClusterIdx    = 0;
 200   target.fErrorMsg      = fErrorMsg;
 201   target.fN             = fN;
 202   target.fDet           = fDet;
 203   target.fPt            = fPt;
 204   target.fdX            = fdX;
 205   target.fX0            = fX0;
 206   target.fX             = fX;
 207   target.fY             = fY;
 208   target.fZ             = fZ;
 209   target.fS2Y           = fS2Y;
 210   target.fS2Z           = fS2Z;
 211   target.fC             = fC;
 212   target.fChi2          = fChi2;
 213
 214   memcpy(target.fIndexes, fIndexes, kNclusters*sizeof(Int_t));
 215   memcpy(target.fClusters, fClusters, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 216   memcpy(target.fPad, fPad, 3*sizeof(Float_t));
 217   target.fYref[0] = fYref[0]; target.fYref[1] = fYref[1];
 218   target.fZref[0] = fZref[0]; target.fZref[1] = fZref[1];
 219   target.fYfit[0] = fYfit[0]; target.fYfit[1] = fYfit[1];
 220   target.fZfit[0] = fZfit[0]; target.fZfit[1] = fZfit[1];
 221   memcpy(target.fdEdx, fdEdx, kNslices*sizeof(Float_t));
 222   memcpy(target.fProb, fProb, AliPID::kSPECIES*sizeof(Float_t));
 223   memcpy(target.fLabels, fLabels, 3*sizeof(Int_t));
 224   memcpy(target.fRefCov, fRefCov, 7*sizeof(Double_t));
 225   memcpy(target.fCov, fCov, 3*sizeof(Double_t));
 226
 227   TObject::Copy(ref);
 228 }
 229
 230
 231 //____________________________________________________________
 232 Bool_t AliTRDseedV1::Init(AliTRDtrackV1 *track)
 233 {
 234 // Initialize this tracklet using the track information
 235 //
 236 // Parameters:
 237 //   track - the TRD track used to initialize the tracklet
 238 //
 239 // Detailed description
 240 // The function sets the starting point and direction of the
 241 // tracklet according to the information from the TRD track.
 242 //
 243 // Caution
 244 // The TRD track has to be propagated to the beginning of the
 245 // chamber where the tracklet will be constructed
 246 //
 247
 248   Double_t y, z;
 249   if(!track->GetProlongation(fX0, y, z)) return kFALSE;
 250   Update(track);
 251   return kTRUE;
 252 }
 253
 254
 255 //_____________________________________________________________________________
 256 void AliTRDseedV1::Reset(Option_t *opt)
 257 {
 258 //
 259 // Reset seed. If option opt="c" is given only cluster arrays are cleared.
 260 //
 261   for(Int_t ic=kNclusters; ic--;) fIndexes[ic] = -1;
 262   memset(fClusters, 0, kNclusters*sizeof(AliTRDcluster*));
 263   fN=0; SetBit(kRowCross, kFALSE);
 264   if(strcmp(opt, "c")==0) return;
 265
 266   fExB=0.;fVD=0.;fT0=0.;fS2PRF=0.;
 267   fDiffL=0.;fDiffT=0.;
 268   fClusterIdx=0;
 269   fErrorMsg = 0;
 270   fDet=-1;
 271   fPt=0.;
 272   fdX=0.;fX0=0.; fX=0.; fY=0.; fZ=0.;
 273   fS2Y=0.; fS2Z=0.;
 274   fC=0.; fChi2 = 0.;
 275
 276   memset(fPad, 0, 3*sizeof(Float_t));
 277   fYref[0] = 0.; fYref[1] = 0.;
 278   fZref[0] = 0.; fZref[1] = 0.;
 279   fYfit[0] = 0.; fYfit[1] = 0.;
 280   fZfit[0] = 0.; fZfit[1] = 0.;
 281   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 282   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++) fProb[ispec]  = -1.;
 283   fLabels[0]=-1; fLabels[1]=-1; // most freq MC labels
 284   fLabels[2]=0;  // number of different labels for tracklet
 285   memset(fRefCov, 0, 7*sizeof(Double_t));
 286   // covariance matrix [diagonal]
 287   // default sy = 200um and sz = 2.3 cm
 288   fCov[0] = 4.e-4; fCov[1] = 0.; fCov[2] = 5.3;
 289 }
 290
 291 //____________________________________________________________________
 292 void AliTRDseedV1::Update(const AliTRDtrackV1 *trk)
 293 {
 294   // update tracklet reference position from the TRD track
 295
 296   Double_t fSnp = trk->GetSnp();
 297   Double_t fTgl = trk->GetTgl();
 298   fPt = trk->Pt();
 299   Double_t norm =1./TMath::Sqrt((1.-fSnp)*(1.+fSnp));
 300   fYref[1] = fSnp*norm;
 301   fZref[1] = fTgl*norm;
 302   SetCovRef(trk->GetCovariance());
 303
 304   Double_t dx = trk->GetX() - fX0;
 305   fYref[0] = trk->GetY() - dx*fYref[1];
 306   fZref[0] = trk->GetZ() - dx*fZref[1];
 307 }
 308
 309 //_____________________________________________________________________________
 310 void AliTRDseedV1::UpdateUsed()
 311 {
 312   //
 313   // Calculate number of used clusers in the tracklet
 314   //
 315
 316   Int_t nused = 0, nshared = 0;
 317   for (Int_t i = kNclusters; i--; ) {
 318     if (!fClusters[i]) continue;
 319     if(fClusters[i]->IsUsed()){
 320       nused++;
 321     } else if(fClusters[i]->IsShared()){
 322       if(IsStandAlone()) nused++;
 323       else nshared++;
 324     }
 325   }
 326   SetNUsed(nused);
 327   SetNShared(nshared);
 328 }
 329
 330 //_____________________________________________________________________________
 331 void AliTRDseedV1::UseClusters()
 332 {
 333   //
 334   // Use clusters
 335   //
 336   // In stand alone mode:
 337   // Clusters which are marked as used or shared from another track are
 338   // removed from the tracklet
 339   //
 340   // In barrel mode:
 341   // - Clusters which are used by another track become shared
 342   // - Clusters which are attached to a kink track become shared
 343   //
 344   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 345   for (Int_t ic=kNclusters; ic--; c++) {
 346     if(!(*c)) continue;
 347     if(IsStandAlone()){
 348       if((*c)->IsShared() || (*c)->IsUsed()){
 349         if((*c)->IsShared()) SetNShared(GetNShared()-1);
 350         else SetNUsed(GetNUsed()-1);
 351         (*c) = NULL;
 352         fIndexes[ic] = -1;
 353         SetN(GetN()-1);
 354         continue;
 355       }
 356     } else {
 357       if((*c)->IsUsed() || IsKink()){
 358         (*c)->SetShared();
 359         continue;
 360       }
 361     }
 362     (*c)->Use();
 363   }
 364 }
 365
 366
 367
 368 //____________________________________________________________________
 369 void AliTRDseedV1::CookdEdx(Int_t nslices)
 370 {
 371 // Calculates average dE/dx for all slices and store them in the internal array fdEdx.
 372 //
 373 // Parameters:
 374 //  nslices : number of slices for which dE/dx should be calculated
 375 // Output:
 376 //  store results in the internal array fdEdx. This can be accessed with the method
 377 //  AliTRDseedV1::GetdEdx()
 378 //
 379 // Detailed description
 380 // Calculates average dE/dx for all slices. Depending on the PID methode
 381 // the number of slices can be 3 (LQ) or 8(NN).
 382 // The calculation of dQ/dl are done using the tracklet fit results (see AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t))
 383 //
 384 // The following effects are included in the calculation:
 385 // 1. calibration values for t0 and vdrift (using x coordinate to calculate slice)
 386 // 2. cluster sharing (optional see AliTRDrecoParam::SetClusterSharing())
 387 // 3. cluster size
 388 //
 389
 390   memset(fdEdx, 0, kNslices*sizeof(Float_t));
 391   const Double_t kDriftLength = (.5 * AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick());
 392
 393   AliTRDcluster *c(NULL);
 394   for(int ic=0; ic<AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); ic++){
 395     if(!(c = fClusters[ic]) && !(c = fClusters[ic+kNtb])) continue;
 396     Float_t dx = TMath::Abs(fX0 - c->GetX());
 397
 398     // Filter clusters for dE/dx calculation
 399
 400     // 1.consider calibration effects for slice determination
 401     Int_t slice;
 402     if(dx<kDriftLength){ // TODO should be replaced by c->IsInChamber()
 403       slice = Int_t(dx * nslices / kDriftLength);
 404     } else slice = c->GetX() < fX0 ? nslices-1 : 0;
 405
 406
 407     // 2. take sharing into account
 408     Float_t w = /*c->IsShared() ? .5 :*/ 1.;
 409
 410     // 3. take into account large clusters TODO
 411     //w *= c->GetNPads() > 3 ? .8 : 1.;
 412
 413     //CHECK !!!
 414     fdEdx[slice]   += w * GetdQdl(ic); //fdQdl[ic];
 415   } // End of loop over clusters
 416 }
 417
 418 //_____________________________________________________________________________
 419 void AliTRDseedV1::CookLabels()
 420 {
 421   //
 422   // Cook 2 labels for seed
 423   //
 424
 425   Int_t labels[200];
 426   Int_t out[200];
 427   Int_t nlab = 0;
 428   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++) {
 429     if (!fClusters[i]) continue;
 430     for (Int_t ilab = 0; ilab < 3; ilab++) {
 431       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab) >= 0) {
 432         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
 433         nlab++;
 434       }
 435     }
 436   }
 437
 438   fLabels[2] = AliMathBase::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
 439   fLabels[0] = out[0];
 440   if ((fLabels[2]  > 1) && (out[3] > 1)) fLabels[1] = out[2];
 441 }
 442
 443
 444 //____________________________________________________________________
 445 Float_t AliTRDseedV1::GetdQdl(Int_t ic, Float_t *dl) const
 446 {
 447 // Using the linear approximation of the track inside one TRD chamber (TRD tracklet)
 448 // the charge per unit length can be written as:
 449 // BEGIN_LATEX
 450 // #frac{dq}{dl} = #frac{q_{c}}{dx * #sqrt{1 + #(){#frac{dy}{dx}}^{2}_{fit} + #(){#frac{dz}{dx}}^{2}_{ref}}}
 451 // END_LATEX
 452 // where qc is the total charge collected in the current time bin and dx is the length
 453 // of the time bin.
 454 // The following correction are applied :
 455 //   - charge : pad row cross corrections
 456 //              [diffusion and TRF assymetry] TODO
 457 //   - dx     : anisochronity, track inclination - see Fit and AliTRDcluster::GetXloc()
 458 //              and AliTRDcluster::GetYloc() for the effects taken into account
 459 //
 460 //Begin_Html
 461 //<img src="TRD/trackletDQDT.gif">
 462 //End_Html
 463 // In the picture the energy loss measured on the tracklet as a function of drift time [left] and respectively
 464 // drift length [right] for different particle species is displayed.
 465 // Author : Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 466 //
 467   Float_t dq = 0.;
 468   // check whether both clusters are inside the chamber
 469   Bool_t hasClusterInChamber = kFALSE;
 470   if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()){
 471     hasClusterInChamber = kTRUE;
 472     dq += TMath::Abs(fClusters[ic]->GetQ());
 473   }else if(fClusters[ic+kNtb] && fClusters[ic+kNtb]->IsInChamber()){
 474     hasClusterInChamber = kTRUE;
 475     dq += TMath::Abs(fClusters[ic+kNtb]->GetQ());
 476   }
 477   if(!hasClusterInChamber) return 0.;
 478   if(dq<1.e-3) return 0.;
 479
 480   Double_t dx = fdX;
 481   if(ic-1>=0 && ic+1<kNtb){
 482     Float_t x2(0.), x1(0.);
 483     // try to estimate upper radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 484     if(fClusters[ic-1] && fClusters[ic-1]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1]->GetX();
 485     else if(fClusters[ic-1+kNtb] && fClusters[ic-1+kNtb]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic-1+kNtb]->GetX();
 486     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x2 = fClusters[ic]->GetX()+fdX;
 487     else x2 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()+fdX;
 488     // try to estimate lower radial position (find the cluster which is inside the chamber)
 489     if(fClusters[ic+1] && fClusters[ic+1]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1]->GetX();
 490     else if(fClusters[ic+1+kNtb] && fClusters[ic+1+kNtb]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic+1+kNtb]->GetX();
 491     else if(fClusters[ic] && fClusters[ic]->IsInChamber()) x1 = fClusters[ic]->GetX()-fdX;
 492     else x1 = fClusters[ic+kNtb]->GetX()-fdX;
 493
 494     dx = .5*(x2 - x1);
 495   }
 496   dx *= TMath::Sqrt(1. + fYfit[1]*fYfit[1] + fZref[1]*fZref[1]);
 497   if(dl) (*dl) = dx;
 498   if(dx>1.e-9) return dq/dx;
 499   else return 0.;
 500 }
 501
 502 //____________________________________________________________
 503 Float_t AliTRDseedV1::GetMomentum(Float_t *err) const
 504 {
 505 // Returns momentum of the track after update with the current tracklet as:
 506 // BEGIN_LATEX
 507 // p=#frac{1}{1/p_{t}} #sqrt{1+tgl^{2}}
 508 // END_LATEX
 509 // and optionally the momentum error (if err is not null).
 510 // The estimated variance of the momentum is given by:
 511 // BEGIN_LATEX
 512 // #sigma_{p}^{2} = (#frac{dp}{dp_{t}})^{2} #sigma_{p_{t}}^{2}+(#frac{dp}{dtgl})^{2} #sigma_{tgl}^{2}+2#frac{dp}{dp_{t}}#frac{dp}{dtgl} cov(tgl,1/p_{t})
 513 // END_LATEX
 514 // which can be simplified to
 515 // BEGIN_LATEX
 516 // #sigma_{p}^{2} = p^{2}p_{t}^{4}tgl^{2}#sigma_{tgl}^{2}-2p^{2}p_{t}^{3}tgl cov(tgl,1/p_{t})+p^{2}p_{t}^{2}#sigma_{1/p_{t}}^{2}
 517 // END_LATEX
 518 //
 519
 520   Double_t p = fPt*TMath::Sqrt(1.+fZref[1]*fZref[1]);
 521   Double_t p2 = p*p;
 522   Double_t tgl2 = fZref[1]*fZref[1];
 523   Double_t pt2 = fPt*fPt;
 524   if(err){
 525     Double_t s2 =
 526       p2*tgl2*pt2*pt2*fRefCov[4]
 527      -2.*p2*fZref[1]*fPt*pt2*fRefCov[5]
 528      +p2*pt2*fRefCov[6];
 529     (*err) = TMath::Sqrt(s2);
 530   }
 531   return p;
 532 }
 533
 534
 535 //____________________________________________________________________
 536 Float_t* AliTRDseedV1::GetProbability(Bool_t force)
 537 {
 538   if(!force) return &fProb[0];
 539   if(!CookPID()) return NULL;
 540   return &fProb[0];
 541 }
 542
 543 //____________________________________________________________
 544 Bool_t AliTRDseedV1::CookPID()
 545 {
 546 // Fill probability array for tracklet from the DB.
 547 //
 548 // Parameters
 549 //
 550 // Output
 551 //   returns pointer to the probability array and NULL if missing DB access
 552 //
 553 // Retrieve PID probabilities for e+-, mu+-, K+-, pi+- and p+- from the DB according to tracklet information:
 554 // - estimated momentum at tracklet reference point
 555 // - dE/dx measurements
 556 // - tracklet length
 557 // - TRD layer
 558 // According to the steering settings specified in the reconstruction one of the following methods are used
 559 // - Neural Network [default] - option "nn"
 560 // - 2D Likelihood - option "!nn"
 561
 562   AliTRDcalibDB *calibration = AliTRDcalibDB::Instance();
 563   if (!calibration) {
 564     AliError("No access to calibration data");
 565     return kFALSE;
 566   }
 567
 568   if (!fkReconstructor) {
 569     AliError("Reconstructor not set.");
 570     return kFALSE;
 571   }
 572
 573   // Retrieve the CDB container class with the parametric detector response
 574   const AliTRDCalPID *pd = calibration->GetPIDObject(fkReconstructor->GetPIDMethod());
 575   if (!pd) {
 576     AliError("No access to AliTRDCalPID object");
 577     return kFALSE;
 578   }
 579
 580   // calculate tracklet length TO DO
 581   Float_t length = (AliTRDgeometry::AmThick() + AliTRDgeometry::DrThick())/ TMath::Sqrt((1.0 - GetSnp()*GetSnp()) / (1.0 + GetTgl()*GetTgl()));
 582
 583   //calculate dE/dx
 584   CookdEdx(AliTRDCalPID::kNSlicesNN);
 585   AliDebug(4, Form("p=%6.4f[GeV/c] dEdx{%7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f %7.2f} l=%4.2f[cm]", GetMomentum(), fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7], length));
 586
 587   // Sets the a priori probabilities
 588   Bool_t kPIDNN(fkReconstructor->GetPIDMethod()==AliTRDpidUtil::kNN);
 589   for(int ispec=0; ispec<AliPID::kSPECIES; ispec++)
 590     fProb[ispec] = pd->GetProbability(ispec, GetMomentum(), &fdEdx[0], length, kPIDNN?GetPlane():fkReconstructor->GetRecoParam()->GetPIDLQslices());
 591
 592   return kTRUE;
 593 }
 594
 595 //____________________________________________________________________
 596 Float_t AliTRDseedV1::GetQuality(Bool_t kZcorr) const
 597 {
 598   //
 599   // Returns a quality measurement of the current seed
 600   //
 601
 602   Float_t zcorr = kZcorr ? GetTilt() * (fZfit[0] - fZref[0]) : 0.;
 603   return
 604       .5 * TMath::Abs(18.0 - GetN())
 605     + 10.* TMath::Abs(fYfit[1] - fYref[1])
 606     + 5. * TMath::Abs(fYfit[0] - fYref[0] + zcorr)
 607     + 2. * TMath::Abs(fZfit[0] - fZref[0]) / GetPadLength();
 608 }
 609
 610 //____________________________________________________________________
 611 void AliTRDseedV1::GetCovAt(Double_t x, Double_t *cov) const
 612 {
 613 // Computes covariance in the y-z plane at radial point x (in tracking coordinates)
 614 // and returns the results in the preallocated array cov[3] as :
 615 //   cov[0] = Var(y)
 616 //   cov[1] = Cov(yz)
 617 //   cov[2] = Var(z)
 618 //
 619 // Details
 620 //
 621 // For the linear transformation
 622 // BEGIN_LATEX
 623 // Y = T_{x} X^{T}
 624 // END_LATEX
 625 //   The error propagation has the general form
 626 // BEGIN_LATEX
 627 // C_{Y} = T_{x} C_{X} T_{x}^{T}
 628 // END_LATEX
 629 //  We apply this formula 2 times. First to calculate the covariance of the tracklet
 630 // at point x we consider:
 631 // BEGIN_LATEX
 632 // T_{x} = (1 x); X=(y0 dy/dx); C_{X}=#(){#splitline{Var(y0) Cov(y0, dy/dx)}{Cov(y0, dy/dx) Var(dy/dx)}}
 633 // END_LATEX
 634 // and secondly to take into account the tilt angle
 635 // BEGIN_LATEX
 636 // T_{#alpha} = #(){#splitline{cos(#alpha) __ sin(#alpha)}{-sin(#alpha) __ cos(#alpha)}}; X=(y z); C_{X}=#(){#splitline{Var(y)    0}{0   Var(z)}}
 637 // END_LATEX
 638 //
 639 // using simple trigonometrics one can write for this last case
 640 // BEGIN_LATEX
 641 // C_{Y}=#frac{1}{1+tg^{2}#alpha} #(){#splitline{(#sigma_{y}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{z}^{2}) __ tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})}{tg#alpha(#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2}) __ (#sigma_{z}^{2}+tg^{2}#alpha#sigma_{y}^{2})}}
 642 // END_LATEX
 643 // which can be aproximated for small alphas (2 deg) with
 644 // BEGIN_LATEX
 645 // C_{Y}=#(){#splitline{#sigma_{y}^{2} __ (#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha}{((#sigma_{z}^{2}-#sigma_{y}^{2})tg#alpha __ #sigma_{z}^{2}}}
 646 // END_LATEX
 647 //
 648 // before applying the tilt rotation we also apply systematic uncertainties to the tracklet
 649 // position which can be tunned from outside via the AliTRDrecoParam::SetSysCovMatrix(). They might
 650 // account for extra misalignment/miscalibration uncertainties.
 651 //
 652 // Author :
 653 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 654 // Date : Jan 8th 2009
 655 //
 656
 657
 658   Double_t xr     = fX0-x;
 659   Double_t sy2    = fCov[0] +2.*xr*fCov[1] + xr*xr*fCov[2];
 660   Double_t sz2    = fS2Z;
 661   //GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
 662
 663   // insert systematic uncertainties
 664   if(fkReconstructor){
 665     Double_t sys[15]; memset(sys, 0, 15*sizeof(Double_t));
 666     fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sys);
 667     sy2 += sys[0];
 668     sz2 += sys[1];
 669   }
 670   // rotate covariance matrix
 671   Double_t t2 = GetTilt()*GetTilt();
 672   Double_t correction = 1./(1. + t2);
 673   cov[0] = (sy2+t2*sz2)*correction;
 674   cov[1] = GetTilt()*(sz2 - sy2)*correction;
 675   cov[2] = (t2*sy2+sz2)*correction;
 676
 677   //printf("C(%6.1f %+6.3f %6.1f)  [%s]\n", 1.e4*TMath::Sqrt(cov[0]), cov[1], 1.e4*TMath::Sqrt(cov[2]), IsRowCross()?" RC ":"-");
 678 }
 679
 680 //____________________________________________________________
 681 Double_t AliTRDseedV1::GetCovSqrt(const Double_t * const c, Double_t *d)
 682 {
 683 // Helper function to calculate the square root of the covariance matrix.
 684 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 685 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements. Return negative in case of failure.
 686 //
 687 // For calculating the square root of the symmetric matrix c
 688 // the following relation is used:
 689 // BEGIN_LATEX
 690 // C^{1/2} = VD^{1/2}V^{-1}
 691 // END_LATEX
 692 // with V being the matrix with the n eigenvectors as columns.
 693 // In case C is symmetric the followings are true:
 694 //   - matrix D is diagonal with the diagonal given by the eigenvalues of C
 695 //   - V = V^{-1}
 696 //
 697 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 698 // Date   Mar 19 2009
 699
 700   Double_t l[2], // eigenvalues
 701            v[3]; // eigenvectors
 702   // the secular equation and its solution :
 703   // (c[0]-L)(c[2]-L)-c[1]^2 = 0
 704   // L^2 - L*Tr(c)+DET(c) = 0
 705   // L12 = [Tr(c) +- sqrt(Tr(c)^2-4*DET(c))]/2
 706   Double_t tr = c[0]+c[2],           // trace
 707           det = c[0]*c[2]-c[1]*c[1]; // determinant
 708   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return -1.;
 709   Double_t dd = TMath::Sqrt(tr*tr - 4*det);
 710   l[0] = .5*(tr + dd);
 711   l[1] = .5*(tr - dd);
 712   if(l[0]<0. || l[1]<0.) return -1.;
 713
 714   // the sym V matrix
 715   // | v00   v10|
 716   // | v10   v11|
 717   Double_t tmp = (l[0]-c[0])/c[1];
 718   v[0] = TMath::Sqrt(1./(tmp*tmp+1));
 719   v[1] = tmp*v[0];
 720   v[2] = v[1]*c[1]/(l[1]-c[2]);
 721   // the VD^{1/2}V is:
 722   l[0] = TMath::Sqrt(l[0]); l[1] = TMath::Sqrt(l[1]);
 723   d[0] = v[0]*v[0]*l[0]+v[1]*v[1]*l[1];
 724   d[1] = v[0]*v[1]*l[0]+v[1]*v[2]*l[1];
 725   d[2] = v[1]*v[1]*l[0]+v[2]*v[2]*l[1];
 726
 727   return 1.;
 728 }
 729
 730 //____________________________________________________________
 731 Double_t AliTRDseedV1::GetCovInv(const Double_t * const c, Double_t *d)
 732 {
 733 // Helper function to calculate the inverse of the covariance matrix.
 734 // The input matrix is stored in the vector c and the result in the vector d.
 735 // Both arrays have to be initialized by the user with at least 3 elements
 736 // The return value is the determinant or 0 in case of singularity.
 737 //
 738 // Author A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 739 // Date   Mar 19 2009
 740
 741   Double_t det = c[0]*c[2] - c[1]*c[1];
 742   if(TMath::Abs(det)<1.e-20) return 0.;
 743   Double_t invDet = 1./det;
 744   d[0] = c[2]*invDet;
 745   d[1] =-c[1]*invDet;
 746   d[2] = c[0]*invDet;
 747   return det;
 748 }
 749
 750 //____________________________________________________________________
 751 UShort_t AliTRDseedV1::GetVolumeId() const
 752 {
 753   for(Int_t ic(0);ic<kNclusters; ic++){
 754     if(fClusters[ic]) return fClusters[ic]->GetVolumeId();
 755   }
 756   return 0;
 757 }
 758
 759
 760 //____________________________________________________________________
 761 void AliTRDseedV1::Calibrate()
 762 {
 763 // Retrieve calibration and position parameters from OCDB.
 764 // The following information are used
 765 //  - detector index
 766 //  - column and row position of first attached cluster. If no clusters are attached
 767 // to the tracklet a random central chamber position (c=70, r=7) will be used.
 768 //
 769 // The following information is cached in the tracklet
 770 //   t0 (trigger delay)
 771 //   drift velocity
 772 //   PRF width
 773 //   omega*tau = tg(a_L)
 774 //   diffusion coefficients (longitudinal and transversal)
 775 //
 776 // Author :
 777 // Alex Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 778 // Date : Jan 8th 2009
 779 //
 780
 781   AliCDBManager *cdb = AliCDBManager::Instance();
 782   if(cdb->GetRun() < 0){
 783     AliError("OCDB manager not properly initialized");
 784     return;
 785   }
 786
 787   AliTRDcalibDB *calib = AliTRDcalibDB::Instance();
 788   AliTRDCalROC  *vdROC = calib->GetVdriftROC(fDet),
 789                 *t0ROC = calib->GetT0ROC(fDet);;
 790   const AliTRDCalDet *vdDet = calib->GetVdriftDet();
 791   const AliTRDCalDet *t0Det = calib->GetT0Det();
 792
 793   Int_t col = 70, row = 7;
 794   AliTRDcluster **c = &fClusters[0];
 795   if(GetN()){
 796     Int_t ic = 0;
 797     while (ic<kNclusters && !(*c)){ic++; c++;}
 798     if(*c){
 799       col = (*c)->GetPadCol();
 800       row = (*c)->GetPadRow();
 801     }
 802   }
 803
 804   fT0    = (t0Det->GetValue(fDet) + t0ROC->GetValue(col,row)) / AliTRDCommonParam::Instance()->GetSamplingFrequency();
 805   fVD    = vdDet->GetValue(fDet) * vdROC->GetValue(col, row);
 806   fS2PRF = calib->GetPRFWidth(fDet, col, row); fS2PRF *= fS2PRF;
 807   fExB   = AliTRDCommonParam::Instance()->GetOmegaTau(fVD);
 808   AliTRDCommonParam::Instance()->GetDiffCoeff(fDiffL,
 809   fDiffT, fVD);
 810   AliDebug(4, Form("Calibration params for Det[%3d] Col[%3d] Row[%2d]\n  t0[%f]  vd[%f]  s2PRF[%f]  ExB[%f]  Dl[%f]  Dt[%f]", fDet, col, row, fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
 811
 812
 813   SetBit(kCalib, kTRUE);
 814 }
 815
 816 //____________________________________________________________________
 817 void AliTRDseedV1::SetOwner()
 818 {
 819   //AliInfo(Form("own [%s] fOwner[%s]", own?"YES":"NO", fOwner?"YES":"NO"));
 820
 821   if(TestBit(kOwner)) return;
 822   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++){
 823     if(!fClusters[ic]) continue;
 824     fClusters[ic] = new AliTRDcluster(*fClusters[ic]);
 825   }
 826   SetBit(kOwner);
 827 }
 828
 829 //____________________________________________________________
 830 void AliTRDseedV1::SetPadPlane(AliTRDpadPlane *p)
 831 {
 832 // Shortcut method to initialize pad geometry.
 833   if(!p) return;
 834   SetTilt(TMath::Tan(TMath::DegToRad()*p->GetTiltingAngle()));
 835   SetPadLength(p->GetLengthIPad());
 836   SetPadWidth(p->GetWidthIPad());
 837 }
 838
 839
 840 //____________________________________________________________________
 841 Bool_t  AliTRDseedV1::AttachClusters(AliTRDtrackingChamber *const chamber, Bool_t tilt)
 842 {
 843 //
 844 // Projective algorithm to attach clusters to seeding tracklets. The following steps are performed :
 845 // 1. Collapse x coordinate for the full detector plane
 846 // 2. truncated mean on y (r-phi) direction
 847 // 3. purge clusters
 848 // 4. truncated mean on z direction
 849 // 5. purge clusters
 850 //
 851 // Parameters
 852 //  - chamber : pointer to tracking chamber container used to search the tracklet
 853 //  - tilt    : switch for tilt correction during road building [default true]
 854 // Output
 855 //  - true    : if tracklet found successfully. Failure can happend because of the following:
 856 //      -
 857 // Detailed description
 858 //
 859 // We start up by defining the track direction in the xy plane and roads. The roads are calculated based
 860 // on tracking information (variance in the r-phi direction) and estimated variance of the standard
 861 // clusters (see AliTRDcluster::SetSigmaY2()) corrected for tilt (see GetCovAt()). From this the road is
 862 // BEGIN_LATEX
 863 // r_{y} = 3*#sqrt{12*(#sigma^{2}_{Trk}(y) + #frac{#sigma^{2}_{cl}(y) + tg^{2}(#alpha_{L})#sigma^{2}_{cl}(z)}{1+tg^{2}(#alpha_{L})})}
 864 // r_{z} = 1.5*L_{pad}
 865 // END_LATEX
 866 //
 867 // Author : Alexandru Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
 868 // Debug  : level >3
 869
 870   if(!fkReconstructor->GetRecoParam() ){
 871     AliError("Tracklets can not be used without a valid RecoParam.");
 872     return kFALSE;
 873   }
 874   // Initialize reco params for this tracklet
 875   // 1. first time bin in the drift region
 876   Int_t t0 = 14;
 877   Int_t kClmin = Int_t(fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetFindableClusters()*AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins());
 878
 879   Double_t sysCov[5]; fkReconstructor->GetRecoParam()->GetSysCovMatrix(sysCov);
 880   Double_t s2yTrk= fRefCov[0],
 881            s2yCl = 0.,
 882            s2zCl = GetPadLength()*GetPadLength()/12.,
 883            syRef = TMath::Sqrt(s2yTrk),
 884            t2    = GetTilt()*GetTilt();
 885   //define roads
 886   Double_t kroady = 1., //fkReconstructor->GetRecoParam() ->GetRoad1y();
 887            kroadz = GetPadLength() * fkReconstructor->GetRecoParam()->GetRoadzMultiplicator() + 1.;
 888   // define probing cluster (the perfect cluster) and default calibration
 889   Short_t sig[] = {0, 0, 10, 30, 10, 0,0};
 890   AliTRDcluster cp(fDet, 6, 75, 0, sig, 0);
 891   if(fkReconstructor->IsHLT()) cp.SetRPhiMethod(AliTRDcluster::kCOG);
 892   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
 893
 894   AliDebug(4, "");
 895   AliDebug(4, Form("syKalman[%f] rY[%f] rZ[%f]", syRef, kroady, kroadz));
 896
 897   // working variables
 898   const Int_t kNrows = 16;
 899   const Int_t kNcls  = 3*kNclusters; // buffer size
 900   AliTRDcluster *clst[kNrows][kNcls];
 901   Bool_t blst[kNrows][kNcls];
 902   Double_t cond[4], dx, dy, yt, zt, yres[kNrows][kNcls];
 903   Int_t idxs[kNrows][kNcls], ncl[kNrows], ncls = 0;
 904   memset(ncl, 0, kNrows*sizeof(Int_t));
 905   memset(yres, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Double_t));
 906   memset(blst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(Bool_t));   //this is 8 times faster to memset than "memset(clst, 0, kNrows*kNcls*sizeof(AliTRDcluster*))"
 907
 908   // Do cluster projection
 909   AliTRDcluster *c = NULL;
 910   AliTRDchamberTimeBin *layer = NULL;
 911   Bool_t kBUFFER = kFALSE;
 912   for (Int_t it = 0; it < kNtb; it++) {
 913     if(!(layer = chamber->GetTB(it))) continue;
 914     if(!Int_t(*layer)) continue;
 915     // get track projection at layers position
 916     dx   = fX0 - layer->GetX();
 917     yt = fYref[0] - fYref[1] * dx;
 918     zt = fZref[0] - fZref[1] * dx;
 919     // get standard cluster error corrected for tilt
 920     cp.SetLocalTimeBin(it);
 921     cp.SetSigmaY2(0.02, fDiffT, fExB, dx, -1./*zt*/, fYref[1]);
 922     s2yCl = (cp.GetSigmaY2() + sysCov[0] + t2*s2zCl)/(1.+t2);
 923     // get estimated road
 924     kroady = 3.*TMath::Sqrt(12.*(s2yTrk + s2yCl));
 925
 926     AliDebug(5, Form("  %2d x[%f] yt[%f] zt[%f]", it, dx, yt, zt));
 927
 928     AliDebug(5, Form("  syTrk[um]=%6.2f syCl[um]=%6.2f syClTlt[um]=%6.2f Ry[mm]=%f", 1.e4*TMath::Sqrt(s2yTrk), 1.e4*TMath::Sqrt(cp.GetSigmaY2()), 1.e4*TMath::Sqrt(s2yCl), 1.e1*kroady));
 929
 930     // select clusters
 931     cond[0] = yt; cond[2] = kroady;
 932     cond[1] = zt; cond[3] = kroadz;
 933     Int_t n=0, idx[6];
 934     layer->GetClusters(cond, idx, n, 6);
 935     for(Int_t ic = n; ic--;){
 936       c  = (*layer)[idx[ic]];
 937       dy = yt - c->GetY();
 938       dy += tilt ? GetTilt() * (c->GetZ() - zt) : 0.;
 939       // select clusters on a 3 sigmaKalman level
 940 /*      if(tilt && TMath::Abs(dy) > 3.*syRef){
 941         printf("too large !!!\n");
 942         continue;
 943       }*/
 944       Int_t r = c->GetPadRow();
 945       AliDebug(5, Form("   -> dy[%f] yc[%f] r[%d]", TMath::Abs(dy), c->GetY(), r));
 946       clst[r][ncl[r]] = c;
 947       blst[r][ncl[r]] = kTRUE;
 948       idxs[r][ncl[r]] = idx[ic];
 949       yres[r][ncl[r]] = dy;
 950       ncl[r]++; ncls++;
 951
 952       if(ncl[r] >= kNcls) {
 953         AliWarning(Form("Cluster candidates row[%d] reached buffer limit[%d]. Some may be lost.", r, kNcls));
 954         kBUFFER = kTRUE;
 955         break;
 956       }
 957     }
 958     if(kBUFFER) break;
 959   }
 960   AliDebug(4, Form("Found %d clusters. Processing ...", ncls));
 961   if(ncls<kClmin){
 962     AliDebug(1, Form("CLUSTERS FOUND %d LESS THAN THRESHOLD %d.", ncls, kClmin));
 963     SetErrorMsg(kAttachClFound);
 964     return kFALSE;
 965   }
 966
 967   // analyze each row individualy
 968   Bool_t kRowSelection(kFALSE);
 969   Double_t mean[]={1.e3, 1.e3, 1.3}, syDis[]={1.e3, 1.e3, 1.3};
 970   Int_t nrow[] = {0, 0, 0}, rowId[] = {-1, -1, -1}, nr = 0, lr=-1;
 971   TVectorD vdy[3];
 972   for(Int_t ir=0; ir<kNrows; ir++){
 973     if(!(ncl[ir])) continue;
 974     if(lr>0 && ir-lr != 1){
 975       AliDebug(2, "Rows attached not continuous. Turn on selection.");
 976       kRowSelection=kTRUE;
 977     }
 978
 979     AliDebug(5, Form("  r[%d] n[%d]", ir, ncl[ir]));
 980     // Evaluate truncated mean on the y direction
 981     if(ncl[ir] < 4) continue;
 982     AliMathBase::EvaluateUni(ncl[ir], yres[ir], mean[nr], syDis[nr], Int_t(ncl[ir]*.8));
 983
 984     // TODO check mean and sigma agains cluster resolution !!
 985     AliDebug(4, Form("  m_%d[%+5.3f (%5.3fs)] s[%f]", nr, mean[nr], TMath::Abs(mean[nr]/syDis[nr]), syDis[nr]));
 986     // remove outliers based on a 3 sigmaDistr level
 987     Bool_t kFOUND = kFALSE;
 988     for(Int_t ic = ncl[ir]; ic--;){
 989       if(yres[ir][ic] - mean[nr] > 3. * syDis[nr]){
 990         blst[ir][ic] = kFALSE; continue;
 991       }
 992       nrow[nr]++; rowId[nr]=ir; kFOUND = kTRUE;
 993     }
 994     if(kFOUND){
 995       vdy[nr].Use(nrow[nr], yres[ir]);
 996       nr++;
 997     }
 998     lr = ir; if(nr>=3) break;
 999   }
1000   if(fkReconstructor->GetRecoParam()->GetStreamLevel(AliTRDrecoParam::kTracker) > 3 && fkReconstructor->IsDebugStreaming()){
1001     TTreeSRedirector &cstreamer = *fkReconstructor->GetDebugStream(AliTRDrecoParam::kTracker);
1002     UChar_t stat(0);
1003     if(IsKink()) SETBIT(stat, 1);
1004     if(IsStandAlone()) SETBIT(stat, 2);
1005     cstreamer << "AttachClusters"
1006         << "stat="   << stat
1007         << "det="    << fDet
1008         << "pt="     << fPt
1009         << "s2y="    << s2yTrk
1010         << "r0="     << rowId[0]
1011         << "dy0="    << &vdy[0]
1012         << "m0="     << mean[0]
1013         << "s0="     << syDis[0]
1014         << "r1="     << rowId[1]
1015         << "dy1="    << &vdy[1]
1016         << "m1="     << mean[1]
1017         << "s1="     << syDis[1]
1018         << "r2="     << rowId[2]
1019         << "dy2="    << &vdy[2]
1020         << "m2="     << mean[2]
1021         << "s2="     << syDis[2]
1022         << "\n";
1023   }
1024
1025
1026   // analyze gap in rows attached
1027   if(kRowSelection){
1028     SetErrorMsg(kAttachRowGap);
1029     Int_t rowRemove(-1);
1030     if(nr==2){ // select based on minimum distance to track projection
1031       if(TMath::Abs(mean[0])<TMath::Abs(mean[1])){
1032         if(nrow[1]>nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f < %f] but ncl[%d < %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1033       }else{
1034         if(nrow[1]<nrow[0]) AliDebug(2, Form("Conflicting mean[%f > %f] but ncl[%d > %d].", TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), nrow[0], nrow[1]));
1035         Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1036         Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1037       }
1038       rowRemove=1; nr=1;
1039     } else if(nr==3){ // select based on 2 consecutive rows
1040       if(rowId[1]==rowId[0]+1 && rowId[1]!=rowId[2]-1){
1041         nr=2;rowRemove=2;
1042       } else if(rowId[1]!=rowId[0]+1 && rowId[1]==rowId[2]-1){
1043         Swap(nrow[0],nrow[2]); Swap(rowId[0],rowId[2]);
1044         Swap(mean[0],mean[2]); Swap(syDis[0],syDis[2]);
1045         nr=2; rowRemove=2;
1046       }
1047     }
1048     if(rowRemove>0){nrow[rowRemove]=0; rowId[rowRemove]=-1;}
1049   }
1050   AliDebug(4, Form("  Ncl[%d[%d] + %d[%d] + %d[%d]]", nrow[0], rowId[0],  nrow[1], rowId[1], nrow[2], rowId[2]));
1051
1052   if(nr==3){
1053     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1054     SetErrorMsg(kAttachRow);
1055     const Float_t am[]={TMath::Abs(mean[0]), TMath::Abs(mean[1]), TMath::Abs(mean[2])};
1056     AliDebug(4, Form("complex row configuration\n"
1057       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1058       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1059       "  r[%d] n[%d] m[%6.3f] s[%6.3f]\n"
1060       , rowId[0], nrow[0], am[0], syDis[0]
1061       , rowId[1], nrow[1], am[1], syDis[1]
1062       , rowId[2], nrow[2], am[2], syDis[2]));
1063     Int_t id[]={0,1,2}; TMath::Sort(3, am, id, kFALSE);
1064     // backup
1065     Int_t rnn[3]; memcpy(rnn, nrow, 3*sizeof(Int_t));
1066     Int_t rid[3]; memcpy(rid, rowId, 3*sizeof(Int_t));
1067     Double_t rm[3]; memcpy(rm, mean, 3*sizeof(Double_t));
1068     Double_t rs[3]; memcpy(rs, syDis, 3*sizeof(Double_t));
1069     nrow[0]=rnn[id[0]]; rowId[0]=rid[id[0]]; mean[0]=rm[id[0]]; syDis[0]=rs[id[0]];
1070     nrow[1]=rnn[id[1]]; rowId[1]=rid[id[1]]; mean[1]=rm[id[1]]; syDis[1]=rs[id[1]];
1071     nrow[2]=0;          rowId[2]=-1; mean[2] = 1.e3; syDis[2] = 1.e3;
1072     AliDebug(4, Form("solved configuration\n"
1073       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1074       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1075       "  r[%d] n[%d] m[%+6.3f] s[%6.3f]\n"
1076       , rowId[0], nrow[0], mean[0], syDis[0]
1077       , rowId[1], nrow[1], mean[1], syDis[1]
1078       , rowId[2], nrow[2], mean[2], syDis[2]));
1079     nr=2;
1080   } else if(nr==2) {
1081     SetBit(kRowCross, kTRUE); // mark pad row crossing
1082     if(nrow[1] > nrow[0]){ // swap row order
1083       Swap(nrow[0],nrow[1]); Swap(rowId[0],rowId[1]);
1084       Swap(mean[0],mean[1]); Swap(syDis[0],syDis[1]);
1085     }
1086   }
1087
1088   // Select and store clusters
1089   // We should consider here :
1090   //  1. How far is the chamber boundary
1091   //  2. How big is the mean
1092   Int_t n(0); Float_t dyc[kNclusters]; memset(dyc,0,kNclusters*sizeof(Float_t));
1093   for (Int_t ir = 0; ir < nr; ir++) {
1094     Int_t jr(rowId[ir]);
1095     AliDebug(4, Form("  Attaching Ncl[%d]=%d ...", jr, ncl[jr]));
1096     for (Int_t ic = 0; ic < ncl[jr]; ic++) {
1097       if(!blst[jr][ic])continue;
1098       c = clst[jr][ic];
1099       Int_t it(c->GetPadTime());
1100       Int_t idx(it+kNtb*ir);
1101       if(fClusters[idx]){
1102         AliDebug(4, Form("Many cluster candidates on row[%2d] tb[%2d].", jr, it));
1103         // TODO should save also the information on where the multiplicity happened and its size
1104         SetErrorMsg(kAttachMultipleCl);
1105         // TODO should also compare with mean and sigma for this row
1106         if(yres[jr][ic] > dyc[idx]) continue;
1107       }
1108
1109       // TODO proper indexing of clusters !!
1110       fIndexes[idx]  = chamber->GetTB(it)->GetGlobalIndex(idxs[jr][ic]);
1111       fClusters[idx] = c;
1112       dyc[idx]        = yres[jr][ic];
1113       n++;
1114     }
1115   }
1116   SetN(n);
1117
1118   // number of minimum numbers of clusters expected for the tracklet
1119   if (GetN() < kClmin){
1120     AliDebug(1, Form("NOT ENOUGH CLUSTERS %d ATTACHED TO THE TRACKLET [min %d] FROM FOUND %d.", GetN(), kClmin, n));
1121     SetErrorMsg(kAttachClAttach);
1122     return kFALSE;
1123   }
1124
1125   // Load calibration parameters for this tracklet
1126   Calibrate();
1127
1128   // calculate dx for time bins in the drift region (calibration aware)
1129   Float_t x[2] = {0.,0.}; Int_t tb[2]={0,0};
1130   for (Int_t it = t0, irp=0; irp<2 && it < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); it++) {
1131     if(!fClusters[it]) continue;
1132     x[irp]  = fClusters[it]->GetX();
1133     tb[irp] = fClusters[it]->GetLocalTimeBin();
1134     irp++;
1135   }
1136   Int_t dtb = tb[1] - tb[0];
1137   fdX = dtb ? (x[0] - x[1]) / dtb : 0.15;
1138   return kTRUE;
1139 }
1140
1141 //____________________________________________________________
1142 void AliTRDseedV1::Bootstrap(const AliTRDReconstructor *rec)
1143 {
1144 //   Fill in all derived information. It has to be called after recovery from file or HLT.
1145 //   The primitive data are
1146 //   - list of clusters
1147 //   - detector (as the detector will be removed from clusters)
1148 //   - position of anode wire (fX0) - temporary
1149 //   - track reference position and direction
1150 //   - momentum of the track
1151 //   - time bin length [cm]
1152 //
1153 //   A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de> Oct 30th 2008
1154 //
1155   fkReconstructor = rec;
1156   AliTRDgeometry g;
1157   AliTRDpadPlane *pp = g.GetPadPlane(fDet);
1158   fPad[0] = pp->GetLengthIPad();
1159   fPad[1] = pp->GetWidthIPad();
1160   fPad[2] = TMath::Tan(TMath::DegToRad()*pp->GetTiltingAngle());
1161   //fSnp = fYref[1]/TMath::Sqrt(1+fYref[1]*fYref[1]);
1162   //fTgl = fZref[1];
1163   Int_t n = 0, nshare = 0, nused = 0;
1164   AliTRDcluster **cit = &fClusters[0];
1165   for(Int_t ic = kNclusters; ic--; cit++){
1166     if(!(*cit)) return;
1167     n++;
1168     if((*cit)->IsShared()) nshare++;
1169     if((*cit)->IsUsed()) nused++;
1170   }
1171   SetN(n); SetNUsed(nused); SetNShared(nshare);
1172   Fit();
1173   CookLabels();
1174   GetProbability();
1175 }
1176
1177
1178 //____________________________________________________________________
1179 Bool_t AliTRDseedV1::Fit(Bool_t tilt, Bool_t zcorr)
1180 {
1181 //
1182 // Linear fit of the clusters attached to the tracklet
1183 //
1184 // Parameters :
1185 //   - tilt : switch for tilt pad correction of cluster y position based on
1186 //            the z, dzdx info from outside [default false].
1187 //   - zcorr : switch for using z information to correct for anisochronity
1188 //            and a finner error parameterization estimation [default false]
1189 // Output :
1190 //  True if successful
1191 //
1192 // Detailed description
1193 //
1194 //            Fit in the xy plane
1195 //
1196 // The fit is performed to estimate the y position of the tracklet and the track
1197 // angle in the bending plane. The clusters are represented in the chamber coordinate
1198 // system (with respect to the anode wire - see AliTRDtrackerV1::FollowBackProlongation()
1199 // on how this is set). The x and y position of the cluster and also their variances
1200 // are known from clusterizer level (see AliTRDcluster::GetXloc(), AliTRDcluster::GetYloc(),
1201 // AliTRDcluster::GetSX() and AliTRDcluster::GetSY()).
1202 // If gaussian approximation is used to calculate y coordinate of the cluster the position
1203 // is recalculated taking into account the track angle. The general formula to calculate the
1204 // error of cluster position in the gaussian approximation taking into account diffusion and track
1205 // inclination is given for TRD by:
1206 // BEGIN_LATEX
1207 // #sigma^{2}_{y} = #sigma^{2}_{PRF} + #frac{x#delta_{t}^{2}}{(1+tg(#alpha_{L}))^{2}} + #frac{x^{2}tg^{2}(#phi-#alpha_{L})tg^{2}(#alpha_{L})}{12}
1208 // END_LATEX
1209 //
1210 // Since errors are calculated only in the y directions, radial errors (x direction) are mapped to y
1211 // by projection i.e.
1212 // BEGIN_LATEX
1213 // #sigma_{x|y} = tg(#phi) #sigma_{x}
1214 // END_LATEX
1215 // and also by the lorentz angle correction
1216 //
1217 //            Fit in the xz plane
1218 //
1219 // The "fit" is performed to estimate the radial position (x direction) where pad row cross happens.
1220 // If no pad row crossing the z position is taken from geometry and radial position is taken from the xy
1221 // fit (see below).
1222 //
1223 // There are two methods to estimate the radial position of the pad row cross:
1224 //   1. leading cluster radial position : Here the lower part of the tracklet is considered and the last
1225 // cluster registered (at radial x0) on this segment is chosen to mark the pad row crossing. The error
1226 // of the z estimate is given by :
1227 // BEGIN_LATEX
1228 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1229 // END_LATEX
1230 // The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1231 //   - no charge sharing between pad rows is considered (sharp cross)
1232 //   - missing cluster at row cross (noise peak-up, under-threshold signal etc.).
1233 //
1234 //   2. charge fit over the crossing point : Here the full energy deposit along the tracklet is considered
1235 // to estimate the position of the crossing by a fit in the qx plane. The errors in the q directions are
1236 // parameterized as s_q = q^2. The systematic errors for this estimation are generated by the following sources:
1237 //   - no general model for the qx dependence
1238 //   - physical fluctuations of the charge deposit
1239 //   - gain calibration dependence
1240 //
1241 //            Estimation of the radial position of the tracklet
1242 //
1243 // For pad row cross the radial position is taken from the xz fit (see above). Otherwise it is taken as the
1244 // interpolation point of the tracklet i.e. the point where the error in y of the fit is minimum. The error
1245 // in the y direction of the tracklet is (see AliTRDseedV1::GetCovAt()):
1246 // BEGIN_LATEX
1247 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} + 2xcov(y_{0}, dy/dx) + #sigma^{2}_{dy/dx}
1248 // END_LATEX
1249 // and thus the radial position is:
1250 // BEGIN_LATEX
1251 // x = - cov(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx}
1252 // END_LATEX
1253 //
1254 //            Estimation of tracklet position error
1255 //
1256 // The error in y direction is the error of the linear fit at the radial position of the tracklet while in the z
1257 // direction is given by the cluster error or pad row cross error. In case of no pad row cross this is given by:
1258 // BEGIN_LATEX
1259 // #sigma_{y} = #sigma^{2}_{y_{0}} - 2cov^{2}(y_{0}, dy/dx)/#sigma^{2}_{dy/dx} + #sigma^{2}_{dy/dx}
1260 // #sigma_{z} = Pad_{length}/12
1261 // END_LATEX
1262 // For pad row cross the full error is calculated at the radial position of the crossing (see above) and the error
1263 // in z by the width of the crossing region - being a matter of parameterization.
1264 // BEGIN_LATEX
1265 // #sigma_{z} = tg(#theta) #Delta x_{x_{0}}/12
1266 // END_LATEX
1267 // In case of no tilt correction (default in the barrel tracking) the tilt is taken into account by the rotation of
1268 // the covariance matrix. See AliTRDseedV1::GetCovAt() for details.
1269 //
1270 // Author
1271 // A.Bercuci <A.Bercuci@gsi.de>
1272
1273   if(!IsCalibrated()) Calibrate();
1274
1275   const Int_t kClmin = 8;
1276
1277   // get track direction
1278   Double_t y0   = fYref[0];
1279   Double_t dydx = fYref[1];
1280   Double_t z0   = fZref[0];
1281   Double_t dzdx = fZref[1];
1282   Double_t yt, zt;
1283
1284   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterY;
1285   AliTRDtrackerV1::AliTRDLeastSquare fitterZ;
1286
1287   // book cluster information
1288   Double_t qc[kNclusters], xc[kNclusters], yc[kNclusters], zc[kNclusters], sy[kNclusters];
1289
1290   Int_t n = 0;
1291   AliTRDcluster *c=NULL, **jc = &fClusters[0];
1292   for (Int_t ic=0; ic<kNtb; ic++, ++jc) {
1293     xc[ic]  = -1.;
1294     yc[ic]  = 999.;
1295     zc[ic]  = 999.;
1296     sy[ic]  = 0.;
1297     if(!(c = (*jc))) continue;
1298     if(!c->IsInChamber()) continue;
1299
1300     Float_t w = 1.;
1301     if(c->GetNPads()>4) w = .5;
1302     if(c->GetNPads()>5) w = .2;
1303
1304     // cluster charge
1305     qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1306     // pad row of leading
1307
1308     // Radial cluster position
1309     //Int_t jc = TMath::Max(fN-3, 0);
1310     //xc[fN]   = c->GetXloc(fT0, fVD, &qc[jc], &xc[jc]/*, z0 - c->GetX()*dzdx*/);
1311     xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1312
1313     // extrapolated track to cluster position
1314     yt = y0 - xc[n]*dydx;
1315     zt = z0 - xc[n]*dzdx;
1316
1317     // Recalculate cluster error based on tracking information
1318     c->SetSigmaY2(fS2PRF, fDiffT, fExB, xc[n], zcorr?zt:-1., dydx);
1319     sy[n]  = TMath::Sqrt(c->GetSigmaY2());
1320
1321     yc[n]   = fkReconstructor->GetRecoParam()->UseGAUS() ?
1322       c->GetYloc(y0, sy[n], GetPadWidth()): c->GetY();
1323     zc[n]   = c->GetZ();
1324     //optional tilt correction
1325     if(tilt) yc[n] -= (GetTilt()*(zc[n] - zt));
1326
1327     AliDebug(5, Form("  tb[%2d] dx[%6.3f] y[%6.2f+-%6.3f]", c->GetLocalTimeBin(), xc[n], yc[n], sy[n]));
1328     fitterY.AddPoint(&xc[n], yc[n], sy[n]);
1329     if(IsRowCross()) fitterZ.AddPoint(&xc[n], qc[n], 1.);
1330     n++;
1331   }
1332
1333   // to few clusters
1334   if (n < kClmin) return kFALSE;
1335
1336   // fit XY
1337   if(!fitterY.Eval()){
1338     SetErrorMsg(kFitFailed);
1339     return kFALSE;
1340   }
1341   fYfit[0] = fitterY.GetFunctionParameter(0);
1342   fYfit[1] = -fitterY.GetFunctionParameter(1);
1343   // store covariance
1344   Double_t p[3];
1345   fitterY.GetCovarianceMatrix(p);
1346   fCov[0] = p[1]; // variance of y0
1347   fCov[1] = p[2]; // covariance of y0, dydx
1348   fCov[2] = p[0]; // variance of dydx
1349   // the ref radial position is set at the minimum of
1350   // the y variance of the tracklet
1351   fX   = -fCov[1]/fCov[2];
1352   Float_t xs=fX+.5*AliTRDgeometry::CamHght();
1353   if(xs < 0. || xs > AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght()){
1354     AliDebug(1, Form("Ref radial position ouside chamber x[%5.2f].", fX));
1355     SetErrorMsg(kFitOutside);
1356     return kFALSE;
1357   }
1358
1359   // collect second row clusters
1360   Int_t m(0);
1361   if(IsRowCross()){
1362 /*    // THE LEADING CLUSTER METHOD
1363     Float_t xMin = fX0;
1364     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1365     AliTRDcluster *c0 =0x0, **kc = &fClusters[kNtb-1];
1366     for(; ic>kNtb; ic--, --jc, --kc){
1367       if((c0 = (*kc)) && c0->IsInChamber() && (xMin>c0->GetX())) xMin = c0->GetX();
1368       if(!(c = (*jc))) continue;
1369       if(!c->IsInChamber()) continue;
1370       zc[kNclusters-1] = c->GetZ();
1371       fX = fX0 - c->GetX();
1372     }
1373     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1374     // Error parameterization
1375     fS2Z     = fdX*fZref[1];
1376     fS2Z    *= fS2Z; fS2Z    *= 0.2887; //  1/sqrt(12)*/
1377
1378     // THE FIT X-Q PLANE METHOD
1379     Int_t ic=n=kNclusters-1; jc = &fClusters[ic];
1380     for(; ic>kNtb; ic--, --jc){
1381       if(!(c = (*jc))) continue;
1382       if(!c->IsInChamber()) continue;
1383       qc[n]   = TMath::Abs(c->GetQ());
1384       xc[n]   = fX0 - c->GetX();
1385       zc[n]   = c->GetZ();
1386       fitterZ.AddPoint(&xc[n], -qc[n], 1.);
1387       n--;m++;
1388     }
1389   }
1390   // fit XZ
1391   if(m && IsRowCross()){
1392     fitterZ.Eval();
1393     if(fitterZ.GetFunctionParameter(1)!=0.){
1394       fX = -fitterZ.GetFunctionParameter(0)/fitterZ.GetFunctionParameter(1);
1395       fX=(fX<0.)?0.:fX;
1396       Float_t dl = .5*AliTRDgeometry::CamHght()+AliTRDgeometry::CdrHght();
1397       fX=(fX> dl)?dl:fX;
1398       fX-=.055; // TODO to be understood
1399     }
1400
1401     fZfit[0] = .5*(zc[0]+zc[kNclusters-1]); fZfit[1] = 0.;
1402     // temporary external error parameterization
1403     fS2Z     = 0.05+0.4*TMath::Abs(fZref[1]); fS2Z *= fS2Z;
1404     // TODO correct formula
1405     //fS2Z     = sigma_x*TMath::Abs(fZref[1]);
1406   } else {
1407     if(IsRowCross() && !m){
1408       AliDebug(1, "Tracklet crossed row but no clusters found in neighbor row.");
1409     }
1410     fZfit[0] = zc[0]; fZfit[1] = 0.;
1411     fS2Z     = GetPadLength()*GetPadLength()/12.;
1412   }
1413   fS2Y = fCov[0] +2.*fX*fCov[1] + fX*fX*fCov[2];
1414   return kTRUE;
1415 }
1416
1417
1418 /*
1419 //_____________________________________________________________________________
1420 void AliTRDseedV1::FitMI()
1421 {
1422 //
1423 // Fit the seed.
1424 // Marian Ivanov's version
1425 //
1426 // linear fit on the y direction with respect to the reference direction.
1427 // The residuals for each x (x = xc - x0) are deduced from:
1428 // dy = y - yt             (1)
1429 // the tilting correction is written :
1430 // y = yc + h*(zc-zt)      (2)
1431 // yt = y0+dy/dx*x         (3)
1432 // zt = z0+dz/dx*x         (4)
1433 // from (1),(2),(3) and (4)
1434 // dy = yc - y0 - (dy/dx + h*dz/dx)*x + h*(zc-z0)
1435 // the last term introduces the correction on y direction due to tilting pads. There are 2 ways to account for this:
1436 // 1. use tilting correction for calculating the y
1437 // 2. neglect tilting correction here and account for it in the error parametrization of the tracklet.
1438   const Float_t kRatio  = 0.8;
1439   const Int_t   kClmin  = 5;
1440   const Float_t kmaxtan = 2;
1441
1442   if (TMath::Abs(fYref[1]) > kmaxtan){
1443                 //printf("Exit: Abs(fYref[1]) = %3.3f, kmaxtan = %3.3f\n", TMath::Abs(fYref[1]), kmaxtan);
1444                 return;              // Track inclined too much
1445         }
1446
1447   Float_t  sigmaexp  = 0.05 + TMath::Abs(fYref[1] * 0.25); // Expected r.m.s in y direction
1448   Float_t  ycrosscor = GetPadLength() * GetTilt() * 0.5;           // Y correction for crossing
1449   Int_t fNChange = 0;
1450
1451   Double_t sumw;
1452   Double_t sumwx;
1453   Double_t sumwx2;
1454   Double_t sumwy;
1455   Double_t sumwxy;
1456   Double_t sumwz;
1457   Double_t sumwxz;
1458
1459         // Buffering: Leave it constant fot Performance issues
1460   Int_t    zints[kNtb];            // Histograming of the z coordinate
1461                                          // Get 1 and second max probable coodinates in z
1462   Int_t    zouts[2*kNtb];
1463   Float_t  allowedz[kNtb];         // Allowed z for given time bin
1464   Float_t  yres[kNtb];             // Residuals from reference
1465   //Float_t  anglecor = GetTilt() * fZref[1];  // Correction to the angle
1466
1467   Float_t pos[3*kNtb]; memset(pos, 0, 3*kNtb*sizeof(Float_t));
1468   Float_t *fX = &pos[0], *fY = &pos[kNtb], *fZ = &pos[2*kNtb];
1469
1470   Int_t fN  = 0; AliTRDcluster *c = 0x0;
1471   fN2 = 0;
1472   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1473     yres[i] = 10000.0;
1474     if (!(c = fClusters[i])) continue;
1475     if(!c->IsInChamber()) continue;
1476     // Residual y
1477     //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1478     fX[i] = fX0 - c->GetX();
1479     fY[i] = c->GetY();
1480     fZ[i] = c->GetZ();
1481     yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1482     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
1483     fN++;
1484   }
1485
1486   if (fN < kClmin){
1487     //printf("Exit fN < kClmin: fN = %d\n", fN);
1488     return;
1489   }
1490   Int_t nz = AliTRDtrackerV1::Freq(fN, zints, zouts, kFALSE);
1491   Float_t fZProb   = zouts[0];
1492   if (nz <= 1) zouts[3] = 0;
1493   if (zouts[1] + zouts[3] < kClmin) {
1494     //printf("Exit zouts[1] = %d, zouts[3] = %d\n",zouts[1],zouts[3]);
1495     return;
1496   }
1497
1498   // Z distance bigger than pad - length
1499   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2]) > 12.0) zouts[3] = 0;
1500
1501   Int_t  breaktime = -1;
1502   Bool_t mbefore   = kFALSE;
1503   Int_t  cumul[kNtb][2];
1504   Int_t  counts[2] = { 0, 0 };
1505
1506   if (zouts[3] >= 3) {
1507
1508     //
1509     // Find the break time allowing one chage on pad-rows
1510     // with maximal number of accepted clusters
1511     //
1512     fNChange = 1;
1513     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1514       cumul[i][0] = counts[0];
1515       cumul[i][1] = counts[1];
1516       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0]) < 2) counts[0]++;
1517       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2]) < 2) counts[1]++;
1518     }
1519     Int_t  maxcount = 0;
1520     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins(); i++) {
1521       Int_t after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()][0] - cumul[i][0];
1522       Int_t before = cumul[i][1];
1523       if (after + before > maxcount) {
1524         maxcount  = after + before;
1525         breaktime = i;
1526         mbefore   = kFALSE;
1527       }
1528       after  = cumul[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()-1][1] - cumul[i][1];
1529       before = cumul[i][0];
1530       if (after + before > maxcount) {
1531         maxcount  = after + before;
1532         breaktime = i;
1533         mbefore   = kTRUE;
1534       }
1535     }
1536     breaktime -= 1;
1537   }
1538
1539   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1540     if (i >  breaktime) allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2] : zouts[0];
1541     if (i <= breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2] : zouts[0];
1542   }
1543
1544   if (((allowedz[0] > allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] < 0)) ||
1545       ((allowedz[0] < allowedz[AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()]) && (fZref[1] > 0))) {
1546     //
1547     // Tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
1548     //
1549     fNChange = 0;
1550     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1551       allowedz[i] = zouts[0];  // Only longest taken
1552     }
1553   }
1554
1555   if (fNChange > 0) {
1556     //
1557     // Cross pad -row tracklet  - take the step change into account
1558     //
1559     for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1560       if (!fClusters[i]) continue;
1561       if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1562       if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1563       // Residual y
1564       //yres[i] = fY[i] - fYref[0] - (fYref[1] + anglecor) * fX[i] + GetTilt()*(fZ[i] - fZref[0]);
1565       yres[i] = fY[i] - GetTilt()*(fZ[i] - (fZref[0] - fX[i]*fZref[1]));
1566 //       if (TMath::Abs(fZ[i] - fZProb) > 2) {
1567 //         if (fZ[i] > fZProb) yres[i] += GetTilt() * GetPadLength();
1568 //         if (fZ[i] < fZProb) yres[i] -= GetTilt() * GetPadLength();
1569       }
1570     }
1571   }
1572
1573   Double_t yres2[kNtb];
1574   Double_t mean;
1575   Double_t sigma;
1576   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1577     if (!fClusters[i]) continue;
1578     if(!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1579     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2) continue;
1580     yres2[fN2] = yres[i];
1581     fN2++;
1582   }
1583   if (fN2 < kClmin) {
1584                 //printf("Exit fN2 < kClmin: fN2 = %d\n", fN2);
1585     fN2 = 0;
1586     return;
1587   }
1588   AliMathBase::EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma, Int_t(fN2*kRatio-2.));
1589   if (sigma < sigmaexp * 0.8) {
1590     sigma = sigmaexp;
1591   }
1592   //Float_t fSigmaY = sigma;
1593
1594   // Reset sums
1595   sumw   = 0;
1596   sumwx  = 0;
1597   sumwx2 = 0;
1598   sumwy  = 0;
1599   sumwxy = 0;
1600   sumwz  = 0;
1601   sumwxz = 0;
1602
1603   fN2    = 0;
1604   Float_t fMeanz = 0;
1605   Float_t fMPads = 0;
1606   fUsable = 0;
1607   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1608     if (!fClusters[i]) continue;
1609     if (!fClusters[i]->IsInChamber()) continue;
1610     if (TMath::Abs(fZ[i] - allowedz[i]) > 2){fClusters[i] = 0x0; continue;}
1611     if (TMath::Abs(yres[i] - mean) > 4.0 * sigma){fClusters[i] = 0x0;  continue;}
1612     SETBIT(fUsable,i);
1613     fN2++;
1614     fMPads += fClusters[i]->GetNPads();
1615     Float_t weight = 1.0;
1616     if (fClusters[i]->GetNPads() > 4) weight = 0.5;
1617     if (fClusters[i]->GetNPads() > 5) weight = 0.2;
1618
1619
1620     Double_t x = fX[i];
1621     //printf("x = %7.3f dy = %7.3f fit %7.3f\n", x, yres[i], fY[i]-yres[i]);
1622
1623     sumw   += weight;
1624     sumwx  += x * weight;
1625     sumwx2 += x*x * weight;
1626     sumwy  += weight * yres[i];
1627     sumwxy += weight * (yres[i]) * x;
1628     sumwz  += weight * fZ[i];
1629     sumwxz += weight * fZ[i] * x;
1630
1631   }
1632
1633   if (fN2 < kClmin){
1634                 //printf("Exit fN2 < kClmin(2): fN2 = %d\n",fN2);
1635     fN2 = 0;
1636     return;
1637   }
1638   fMeanz = sumwz / sumw;
1639   Float_t correction = 0;
1640   if (fNChange > 0) {
1641     // Tracklet on boundary
1642     if (fMeanz < fZProb) correction =  ycrosscor;
1643     if (fMeanz > fZProb) correction = -ycrosscor;
1644   }
1645
1646   Double_t det = sumw * sumwx2 - sumwx * sumwx;
1647   fYfit[0]    = (sumwx2 * sumwy  - sumwx * sumwxy) / det;
1648   fYfit[1]    = (sumw   * sumwxy - sumwx * sumwy)  / det;
1649
1650   fS2Y = 0;
1651   for (Int_t i = 0; i < AliTRDtrackerV1::GetNTimeBins()+1; i++) {
1652     if (!TESTBIT(fUsable,i)) continue;
1653     Float_t delta = yres[i] - fYfit[0] - fYfit[1] * fX[i];
1654     fS2Y += delta*delta;
1655   }
1656   fS2Y = TMath::Sqrt(fS2Y / Float_t(fN2-2));
1657         // TEMPORARY UNTIL covariance properly calculated
1658         fS2Y = TMath::Max(fS2Y, Float_t(.1));
1659
1660   fZfit[0]   = (sumwx2 * sumwz  - sumwx * sumwxz) / det;
1661   fZfit[1]   = (sumw   * sumwxz - sumwx * sumwz)  / det;
1662 //   fYfitR[0] += fYref[0] + correction;
1663 //   fYfitR[1] += fYref[1];
1664 //  fYfit[0]   = fYfitR[0];
1665   fYfit[1]   = -fYfit[1];
1666
1667   UpdateUsed();
1668 }*/
1669
1670 //___________________________________________________________________
1671 void AliTRDseedV1::Print(Option_t *o) const
1672 {
1673   //
1674   // Printing the seedstatus
1675   //
1676
1677   AliInfo(Form("Det[%3d] X0[%7.2f] Pad{L[%5.2f] W[%5.2f] Tilt[%+6.2f]}", fDet, fX0, GetPadLength(), GetPadWidth(), GetTilt()));
1678   AliInfo(Form("N[%2d] Nused[%2d] Nshared[%2d] [%d]", GetN(), GetNUsed(), GetNShared(), fN));
1679   AliInfo(Form("FLAGS : RC[%c] Kink[%c] SA[%c]", IsRowCross()?'y':'n', IsKink()?'y':'n', IsStandAlone()?'y':'n'));
1680   AliInfo(Form("CALIB PARAMS :  T0[%5.2f]  Vd[%5.2f]  s2PRF[%5.2f]  ExB[%5.2f]  Dl[%5.2f]  Dt[%5.2f]", fT0, fVD, fS2PRF, fExB, fDiffL, fDiffT));
1681
1682   Double_t cov[3], x=GetX();
1683   GetCovAt(x, cov);
1684   AliInfo("    |  x[cm]  |      y[cm]       |      z[cm]      |  dydx |  dzdx |");
1685   AliInfo(Form("Fit | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | ----- |", x, GetY(), TMath::Sqrt(cov[0]), GetZ(), TMath::Sqrt(cov[2]), fYfit[1]));
1686   AliInfo(Form("Ref | %7.2f | %7.2f+-%7.2f | %7.2f+-%7.2f| %5.2f | %5.2f |", x, fYref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[0]), fZref[0]-fX*fYref[1], TMath::Sqrt(fRefCov[2]), fYref[1], fZref[1]))
1687   AliInfo(Form("P / Pt [GeV/c] = %f / %f", GetMomentum(), fPt));
1688   AliInfo(Form("dEdx [a.u.]    = %f / %f / %f / %f / %f/ %f / %f / %f", fdEdx[0], fdEdx[1], fdEdx[2], fdEdx[3], fdEdx[4], fdEdx[5], fdEdx[6], fdEdx[7]));
1689   AliInfo(Form("PID            = %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f / %5.3f", fProb[0], fProb[1], fProb[2], fProb[3], fProb[4]));
1690
1691   if(strcmp(o, "a")!=0) return;
1692
1693   AliTRDcluster* const* jc = &fClusters[0];
1694   for(int ic=0; ic<kNclusters; ic++, jc++) {
1695     if(!(*jc)) continue;
1696     (*jc)->Print(o);
1697   }
1698 }
1699
1700
1701 //___________________________________________________________________
1702 Bool_t AliTRDseedV1::IsEqual(const TObject *o) const
1703 {
1704   // Checks if current instance of the class has the same essential members
1705   // as the given one
1706
1707   if(!o) return kFALSE;
1708   const AliTRDseedV1 *inTracklet = dynamic_cast<const AliTRDseedV1*>(o);
1709   if(!inTracklet) return kFALSE;
1710
1711   for (Int_t i = 0; i < 2; i++){
1712     if ( fYref[i] != inTracklet->fYref[i] ) return kFALSE;
1713     if ( fZref[i] != inTracklet->fZref[i] ) return kFALSE;
1714   }
1715
1716   if ( fS2Y != inTracklet->fS2Y ) return kFALSE;
1717   if ( GetTilt() != inTracklet->GetTilt() ) return kFALSE;
1718   if ( GetPadLength() != inTracklet->GetPadLength() ) return kFALSE;
1719
1720   for (Int_t i = 0; i < kNclusters; i++){
1721 //     if ( fX[i] != inTracklet->GetX(i) ) return kFALSE;
1722 //     if ( fY[i] != inTracklet->GetY(i) ) return kFALSE;
1723 //     if ( fZ[i] != inTracklet->GetZ(i) ) return kFALSE;
1724     if ( fIndexes[i] != inTracklet->fIndexes[i] ) return kFALSE;
1725   }
1726 //   if ( fUsable != inTracklet->fUsable ) return kFALSE;
1727
1728   for (Int_t i=0; i < 2; i++){
1729     if ( fYfit[i] != inTracklet->fYfit[i] ) return kFALSE;
1730     if ( fZfit[i] != inTracklet->fZfit[i] ) return kFALSE;
1731     if ( fLabels[i] != inTracklet->fLabels[i] ) return kFALSE;
1732   }
1733
1734 /*  if ( fMeanz != inTracklet->GetMeanz() ) return kFALSE;
1735   if ( fZProb != inTracklet->GetZProb() ) return kFALSE;*/
1736   if ( fN != inTracklet->fN ) return kFALSE;
1737   //if ( fNUsed != inTracklet->fNUsed ) return kFALSE;
1738   //if ( fFreq != inTracklet->GetFreq() ) return kFALSE;
1739   //if ( fNChange != inTracklet->GetNChange() ) return kFALSE;
1740
1741   if ( fC != inTracklet->fC ) return kFALSE;
1742   //if ( fCC != inTracklet->GetCC() ) return kFALSE;
1743   if ( fChi2 != inTracklet->fChi2 ) return kFALSE;
1744   //  if ( fChi2Z != inTracklet->GetChi2Z() ) return kFALSE;
1745
1746   if ( fDet != inTracklet->fDet ) return kFALSE;
1747   if ( fPt != inTracklet->fPt ) return kFALSE;
1748   if ( fdX != inTracklet->fdX ) return kFALSE;
1749
1750   for (Int_t iCluster = 0; iCluster < kNclusters; iCluster++){
1751     AliTRDcluster *curCluster = fClusters[iCluster];
1752     AliTRDcluster *inCluster = inTracklet->fClusters[iCluster];
1753     if (curCluster && inCluster){
1754       if (! curCluster->IsEqual(inCluster) ) {
1755         curCluster->Print();
1756         inCluster->Print();
1757         return kFALSE;
1758       }
1759     } else {
1760       // if one cluster exists, and corresponding
1761       // in other tracklet doesn't - return kFALSE
1762       if(curCluster || inCluster) return kFALSE;
1763     }
1764   }
1765   return kTRUE;
1766 }
1767