TRD/AliTRDtracker.cxx

   1 /**************************************************************************
   2  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
   3  *                                                                        *
   4  * Author: The ALICE Off-line Project.                                    *
   5  * Contributors are mentioned in the code where appropriate.              *
   6  *                                                                        *
   7  * Permission to use, copy, modify and distribute this software and its   *
   8  * documentation strictly for non-commercial purposes is hereby granted   *
   9  * without fee, provided that the above copyright notice appears in all   *
  10  * copies and that both the copyright notice and this permission notice   *
  11  * appear in the supporting documentation. The authors make no claims     *
  12  * about the suitability of this software for any purpose. It is          *
  13  * provided "as is" without express or implied warranty.                  *
  14  **************************************************************************/
  15
  16 /* $Id$ */
  17
  18 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  19 //                                                                           //
  20 //  The standard TRD tracker                                                 //
  21 //                                                                           //
  22 ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  23
  24 #include <Riostream.h>
  25 #include <TFile.h>
  26 #include <TBranch.h>
  27 #include <TTree.h>
  28 #include <TObjArray.h>
  29
  30 #include "AliTRDgeometry.h"
  31 #include "AliTRDpadPlane.h"
  32 #include "AliTRDgeometryFull.h"
  33 #include "AliTRDcluster.h"
  34 #include "AliTRDtrack.h"
  35 #include "AliESD.h"
  36
  37 #include "AliTRDcalibDB.h"
  38 #include "AliTRDCommonParam.h"
  39
  40 #include "TTreeStream.h"
  41 #include "TGraph.h"
  42 #include "AliTRDtracker.h"
  43 #include "TLinearFitter.h"
  44 #include "AliRieman.h"
  45 #include "AliTrackPointArray.h"
  46 #include "AliAlignObj.h"
  47 #include "AliTRDReconstructor.h"
  48 //
  49
  50 ClassImp(AliTRDtracker)
  51 ClassImp(AliTRDseed)
  52
  53
  54
  55   const  Float_t     AliTRDtracker::fgkMinClustersInTrack = 0.5;
  56   const  Float_t     AliTRDtracker::fgkLabelFraction      = 0.8;
  57   const  Double_t    AliTRDtracker::fgkMaxChi2            = 12.;
  58   const    Double_t    AliTRDtracker::fgkMaxSnp           = 0.95;  // correspond to tan = 3
  59   const    Double_t    AliTRDtracker::fgkMaxStep          = 2.;     // maximal step size in propagation
  60
  61
  62 //
  63
  64
  65
  66
  67 //____________________________________________________________________
  68 AliTRDtracker::AliTRDtracker():AliTracker(),
  69                                fGeom(0),
  70                                fNclusters(0),
  71                                fClusters(0),
  72                                fNseeds(0),
  73                                fSeeds(0),
  74                                fNtracks(0),
  75                                fTracks(0),
  76                                fTimeBinsPerPlane(0),
  77                                fAddTRDseeds(kFALSE),
  78                                fNoTilt(kFALSE)
  79 {
  80   // Default constructor
  81
  82   for(Int_t i=0;i<kTrackingSectors;i++) fTrSec[i]=0;
  83   for(Int_t j=0;j<5;j++)
  84     for(Int_t k=0;k<18;k++) fHoles[j][k]=kFALSE;
  85   fDebugStreamer = 0;
  86 }
  87 //____________________________________________________________________
  88 AliTRDtracker::AliTRDtracker(const TFile *geomfile):AliTracker()
  89 {
  90   //
  91   //  Main constructor
  92   //
  93
  94   fAddTRDseeds = kFALSE;
  95   fGeom = NULL;
  96   fNoTilt = kFALSE;
  97
  98   TDirectory *savedir=gDirectory;
  99   TFile *in=(TFile*)geomfile;
 100   if (!in->IsOpen()) {
 101     printf("AliTRDtracker::AliTRDtracker(): geometry file is not open!\n");
 102     printf("    FULL TRD geometry and DEFAULT TRD parameter will be used\n");
 103   }
 104   else {
 105     in->cd();
 106     fGeom = (AliTRDgeometry*) in->Get("TRDgeometry");
 107   }
 108
 109   if(fGeom) {
 110     //    printf("Found geometry version %d on file \n", fGeom->IsVersion());
 111   }
 112   else {
 113     printf("AliTRDtracker::AliTRDtracker(): can't find TRD geometry!\n");
 114     fGeom = new AliTRDgeometryFull();
 115     fGeom->SetPHOShole();
 116     fGeom->SetRICHhole();
 117   }
 118
 119   savedir->cd();
 120
 121
 122   fNclusters = 0;
 123   fClusters  = new TObjArray(2000);
 124   fNseeds    = 0;
 125   fSeeds     = new TObjArray(2000);
 126   fNtracks   = 0;
 127   fTracks    = new TObjArray(1000);
 128
 129   for(Int_t geomS = 0; geomS < kTrackingSectors; geomS++) {
 130     Int_t trS = CookSectorIndex(geomS);
 131     fTrSec[trS] = new AliTRDtrackingSector(fGeom, geomS);
 132     for (Int_t icham=0;icham<AliTRDgeometry::kNcham; icham++){
 133       fHoles[icham][trS]=fGeom->IsHole(0,icham,geomS);
 134     }
 135   }
 136   AliTRDpadPlane *padPlane = AliTRDCommonParam::Instance()->GetPadPlane(0,0);
 137   Float_t tiltAngle = TMath::Abs(padPlane->GetTiltingAngle());
 138   if(tiltAngle < 0.1) {
 139     fNoTilt = kTRUE;
 140   }
 141
 142   fTimeBinsPerPlane =  AliTRDcalibDB::Instance()->GetNumberOfTimeBins();
 143
 144   fDebugStreamer = new TTreeSRedirector("TRDdebug.root");
 145
 146   savedir->cd();
 147 }
 148
 149 //___________________________________________________________________
 150 AliTRDtracker::~AliTRDtracker()
 151 {
 152   //
 153   // Destructor of AliTRDtracker
 154   //
 155
 156   if (fClusters) {
 157     fClusters->Delete();
 158     delete fClusters;
 159   }
 160   if (fTracks) {
 161     fTracks->Delete();
 162     delete fTracks;
 163   }
 164   if (fSeeds) {
 165     fSeeds->Delete();
 166     delete fSeeds;
 167   }
 168   delete fGeom;
 169
 170   for(Int_t geomS = 0; geomS < kTrackingSectors; geomS++) {
 171     delete fTrSec[geomS];
 172   }
 173   if (fDebugStreamer) {
 174     //fDebugStreamer->Close();
 175     delete fDebugStreamer;
 176   }
 177 }
 178
 179 //_____________________________________________________________________
 180
 181
 182 Int_t  AliTRDtracker::LocalToGlobalID(Int_t lid){
 183   //
 184   // transform internal TRD ID to global detector ID
 185   //
 186   Int_t  isector = fGeom->GetSector(lid);
 187   Int_t  ichamber= fGeom->GetChamber(lid);
 188   Int_t  iplan   = fGeom->GetPlane(lid);
 189   //
 190   AliAlignObj::ELayerID iLayer = AliAlignObj::kTRD1;
 191   switch (iplan) {
 192   case 0:
 193     iLayer = AliAlignObj::kTRD1;
 194     break;
 195   case 1:
 196     iLayer = AliAlignObj::kTRD2;
 197     break;
 198   case 2:
 199     iLayer = AliAlignObj::kTRD3;
 200     break;
 201   case 3:
 202     iLayer = AliAlignObj::kTRD4;
 203     break;
 204   case 4:
 205     iLayer = AliAlignObj::kTRD5;
 206     break;
 207   case 5:
 208     iLayer = AliAlignObj::kTRD6;
 209     break;
 210   };
 211   Int_t modId = isector*fGeom->Ncham()+ichamber;
 212   UShort_t volid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,modId);
 213   return volid;
 214 }
 215
 216 Int_t  AliTRDtracker::GlobalToLocalID(Int_t gid){
 217   //
 218   // transform global detector ID to local detector ID
 219   //
 220   Int_t modId=0;
 221   AliAlignObj::ELayerID  layerId  = AliAlignObj::VolUIDToLayer(gid, modId);
 222   Int_t     isector  = modId/fGeom->Ncham();
 223   Int_t     ichamber = modId%fGeom->Ncham();
 224   Int_t     iLayer    = -1;
 225   switch (layerId) {
 226   case AliAlignObj::kTRD1:
 227     iLayer = 0;
 228     break;
 229   case AliAlignObj::kTRD2:
 230     iLayer = 1;
 231     break;
 232   case AliAlignObj::kTRD3:
 233     iLayer = 2;
 234     break;
 235   case AliAlignObj::kTRD4:
 236     iLayer = 3;
 237     break;
 238   case AliAlignObj::kTRD5:
 239     iLayer = 4;
 240     break;
 241   case AliAlignObj::kTRD6:
 242     iLayer = 5;
 243     break;
 244   default:
 245     iLayer =-1;
 246   }
 247   if (iLayer<0) return -1;
 248   Int_t lid = fGeom->GetDetector(iLayer,ichamber,isector);
 249   return lid;
 250 }
 251
 252
 253 Bool_t  AliTRDtracker::Transform(AliTRDcluster * cluster){
 254   //
 255   //
 256   const Double_t kDriftCorrection  = 1.01;                 // drift coeficient correction
 257   const Double_t kExBcor           = 0.001;                // ExB coef correction
 258   const Double_t kTime0Cor         = 0.32;                 // time0 correction
 259   //
 260   // apply alignment and calibration to transform cluster
 261   //
 262   //
 263   Double_t dxAmp  = (Double_t) fGeom->CamHght();          // Amplification region
 264   Double_t driftX = TMath::Max(cluster->GetX()-dxAmp*0.5,0.);  // drift distance
 265   //
 266   Int_t plane = fGeom->GetPlane(cluster->GetDetector());
 267   Double_t xplane = (Double_t) AliTRDgeometry::GetTime0(plane);
 268   cluster->SetX(xplane- kDriftCorrection*(cluster->GetX()-kTime0Cor));
 269   //
 270   // ExB correction
 271   //
 272   Double_t vdrift = AliTRDcalibDB::Instance()->GetVdrift(cluster->GetDetector(),0,0);
 273   Double_t exB =   AliTRDcalibDB::Instance()->GetOmegaTau(vdrift);
 274   //
 275   cluster->SetY(cluster->GetY() - driftX*(exB+ kExBcor));
 276   return kTRUE;
 277 }
 278
 279 Bool_t AliTRDtracker::AdjustSector(AliTRDtrack *track) {
 280   //
 281   // Rotates the track when necessary
 282   //
 283
 284   Double_t alpha = AliTRDgeometry::GetAlpha();
 285   Double_t y = track->GetY();
 286   Double_t ymax = track->GetX()*TMath::Tan(0.5*alpha);
 287
 288   //Int_t ns = AliTRDgeometry::kNsect;
 289   //Int_t s=Int_t(track->GetAlpha()/alpha)%ns;
 290
 291   if (y > ymax) {
 292     //s = (s+1) % ns;
 293     if (!track->Rotate(alpha)) return kFALSE;
 294   } else if (y <-ymax) {
 295     //s = (s-1+ns) % ns;
 296     if (!track->Rotate(-alpha)) return kFALSE;
 297   }
 298
 299   return kTRUE;
 300 }
 301
 302
 303 AliTRDcluster * AliTRDtracker::GetCluster(AliTRDtrack * track, Int_t plane, Int_t timebin, UInt_t &index){
 304   //
 305   //try to find cluster in the backup list
 306   //
 307   AliTRDcluster * cl =0;
 308   UInt_t *indexes = track->GetBackupIndexes();
 309   for (UInt_t i=0;i<kMaxTimeBinIndex;i++){
 310     if (indexes[i]==0) break;
 311     AliTRDcluster * cli = (AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(indexes[i]);
 312     if (!cli) break;
 313     if (cli->GetLocalTimeBin()!=timebin) continue;
 314     Int_t iplane = fGeom->GetPlane(cli->GetDetector());
 315     if (iplane==plane) {
 316       cl = cli;
 317       index = indexes[i];
 318       break;
 319     }
 320   }
 321   return cl;
 322 }
 323
 324
 325 Int_t  AliTRDtracker::GetLastPlane(AliTRDtrack * track){
 326   //
 327   //return last updated plane
 328   Int_t lastplane=0;
 329   UInt_t *indexes = track->GetBackupIndexes();
 330   for (UInt_t i=0;i<kMaxTimeBinIndex;i++){
 331     AliTRDcluster * cli = (AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(indexes[i]);
 332     if (!cli) break;
 333     Int_t iplane = fGeom->GetPlane(cli->GetDetector());
 334     if (iplane>lastplane) {
 335       lastplane = iplane;
 336     }
 337   }
 338   return lastplane;
 339 }
 340 //___________________________________________________________________
 341 Int_t AliTRDtracker::Clusters2Tracks(AliESD* event)
 342 {
 343   //
 344   // Finds tracks within the TRD. The ESD event is expected to contain seeds
 345   // at the outer part of the TRD. The seeds
 346   // are found within the TRD if fAddTRDseeds is TRUE.
 347   // The tracks are propagated to the innermost time bin
 348   // of the TRD and the ESD event is updated
 349   //
 350
 351   Int_t timeBins = fTrSec[0]->GetNumberOfTimeBins();
 352   Float_t foundMin = fgkMinClustersInTrack * timeBins;
 353   Int_t nseed = 0;
 354   Int_t found = 0;
 355   //  Int_t innerTB = fTrSec[0]->GetInnerTimeBin();
 356
 357   Int_t n = event->GetNumberOfTracks();
 358   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
 359     AliESDtrack* seed=event->GetTrack(i);
 360     ULong_t status=seed->GetStatus();
 361     if ( (status & AliESDtrack::kTRDout ) == 0 ) continue;
 362     if ( (status & AliESDtrack::kTRDin) != 0 ) continue;
 363     nseed++;
 364
 365     AliTRDtrack* seed2 = new AliTRDtrack(*seed);
 366     //seed2->ResetCovariance();
 367     AliTRDtrack *pt = new AliTRDtrack(*seed2,seed2->GetAlpha());
 368     AliTRDtrack &t=*pt;
 369     FollowProlongation(t);
 370     if (t.GetNumberOfClusters() >= foundMin) {
 371       UseClusters(&t);
 372       CookLabel(pt, 1-fgkLabelFraction);
 373       //      t.CookdEdx();
 374     }
 375     found++;
 376 //    cout<<found<<'\r';
 377
 378     Double_t xTPC = 250;
 379     if (PropagateToX(t,xTPC,fgkMaxStep)) {
 380       seed->UpdateTrackParams(pt, AliESDtrack::kTRDin);
 381     }
 382     delete seed2;
 383     delete pt;
 384   }
 385
 386   cout<<"Number of loaded seeds: "<<nseed<<endl;
 387   cout<<"Number of found tracks from loaded seeds: "<<found<<endl;
 388
 389   // after tracks from loaded seeds are found and the corresponding
 390   // clusters are used, look for additional seeds from TRD
 391
 392
 393   cout<<"Total number of found tracks: "<<found<<endl;
 394
 395   return 0;
 396 }
 397
 398
 399
 400 //_____________________________________________________________________________
 401 Int_t AliTRDtracker::PropagateBack(AliESD* event) {
 402   //
 403   // Gets seeds from ESD event. The seeds are AliTPCtrack's found and
 404   // backpropagated by the TPC tracker. Each seed is first propagated
 405   // to the TRD, and then its prolongation is searched in the TRD.
 406   // If sufficiently long continuation of the track is found in the TRD
 407   // the track is updated, otherwise it's stored as originaly defined
 408   // by the TPC tracker.
 409   //
 410
 411   Int_t found=0;
 412   Float_t foundMin = 20;
 413   Int_t n = event->GetNumberOfTracks();
 414   //
 415   //Sort tracks
 416   Float_t *quality =new Float_t[n];
 417   Int_t *index   =new Int_t[n];
 418   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
 419     AliESDtrack* seed=event->GetTrack(i);
 420     Double_t covariance[15];
 421     seed->GetExternalCovariance(covariance);
 422     quality[i] = covariance[0]+covariance[2];
 423   }
 424   TMath::Sort(n,quality,index,kFALSE);
 425   //
 426   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
 427     //    AliESDtrack* seed=event->GetTrack(i);
 428     AliESDtrack* seed=event->GetTrack(index[i]);
 429
 430     ULong_t status=seed->GetStatus();
 431     if ( (status & AliESDtrack::kTPCout ) == 0 ) continue;
 432     if ( (status & AliESDtrack::kTRDout) != 0 ) continue;
 433
 434     Int_t lbl = seed->GetLabel();
 435     AliTRDtrack *track = new AliTRDtrack(*seed);
 436     track->SetSeedLabel(lbl);
 437     seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDbackup); //make backup
 438     fNseeds++;
 439     Float_t p4     = track->GetC();
 440     //
 441     Int_t expectedClr = FollowBackProlongation(*track);
 442     if (TMath::Abs(track->GetC()-p4)/TMath::Abs(p4)<0.2 || TMath::Abs(track->GetPt())>0.8 ) {
 443       //
 444       //make backup for back propagation
 445       //
 446       Int_t foundClr = track->GetNumberOfClusters();
 447       if (foundClr >= foundMin) {
 448         track->CookdEdx();
 449         CookdEdxTimBin(*track);
 450         CookLabel(track, 1-fgkLabelFraction);
 451         if (track->GetBackupTrack()) UseClusters(track->GetBackupTrack());
 452         if(track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()<4) {   // sign only gold tracks
 453           if (seed->GetKinkIndex(0)==0&&TMath::Abs(track->GetPt())<1.5 ) UseClusters(track);
 454         }
 455         Bool_t isGold = kFALSE;
 456
 457         if (track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()<5) {  //full gold track
 458           // seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDbackup);
 459            if (track->GetBackupTrack()) seed->UpdateTrackParams(track->GetBackupTrack(), AliESDtrack::kTRDbackup);
 460           isGold = kTRUE;
 461         }
 462         if (!isGold && track->GetNCross()==0&&track->GetChi2()/track->GetNumberOfClusters()<7){ //almost gold track
 463           //      seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDbackup);
 464           if (track->GetBackupTrack()) seed->UpdateTrackParams(track->GetBackupTrack(), AliESDtrack::kTRDbackup);
 465           isGold = kTRUE;
 466         }
 467         if (!isGold && track->GetBackupTrack()){
 468           if (track->GetBackupTrack()->GetNumberOfClusters()>foundMin&&
 469               (track->GetBackupTrack()->GetChi2()/(track->GetBackupTrack()->GetNumberOfClusters()+1))<7){
 470             seed->UpdateTrackParams(track->GetBackupTrack(), AliESDtrack::kTRDbackup);
 471             isGold = kTRUE;
 472           }
 473         }
 474         if (track->StatusForTOF()>0 &&track->fNCross==0 && Float_t(track->fN)/Float_t(track->fNExpected)>0.4){
 475           //seed->UpdateTrackParams(track->GetBackupTrack(), AliESDtrack::kTRDbackup);
 476         }
 477       }
 478     }
 479     // Debug part of tracking
 480     TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
 481     Int_t eventNr = event->GetEventNumber();
 482     if (track->GetBackupTrack()){
 483       cstream<<"Tracks"<<
 484         "EventNr="<<eventNr<<
 485         "ESD.="<<seed<<
 486         "trd.="<<track<<
 487         "trdback.="<<track->GetBackupTrack()<<
 488         "\n";
 489     }else{
 490       cstream<<"Tracks"<<
 491         "EventNr="<<eventNr<<
 492         "ESD.="<<seed<<
 493         "trd.="<<track<<
 494         "trdback.="<<track<<
 495         "\n";
 496     }
 497     //
 498     //Propagation to the TOF (I.Belikov)
 499     if (track->GetStop()==kFALSE){
 500
 501       Double_t xtof=371.;
 502       Double_t c2=track->GetC()*xtof - track->GetEta();
 503       if (TMath::Abs(c2)>=0.99) {
 504         delete track;
 505         continue;
 506       }
 507       Double_t xTOF0 = 370. ;
 508       PropagateToX(*track,xTOF0,fgkMaxStep);
 509       //
 510       //energy losses taken to the account - check one more time
 511       c2=track->GetC()*xtof - track->GetEta();
 512       if (TMath::Abs(c2)>=0.99) {
 513         delete track;
 514         continue;
 515       }
 516
 517       //
 518       Double_t ymax=xtof*TMath::Tan(0.5*AliTRDgeometry::GetAlpha());
 519       Double_t y=track->GetYat(xtof);
 520       if (y > ymax) {
 521         if (!track->Rotate(AliTRDgeometry::GetAlpha())) {
 522           delete track;
 523           continue;
 524         }
 525       } else if (y <-ymax) {
 526         if (!track->Rotate(-AliTRDgeometry::GetAlpha())) {
 527           delete track;
 528           continue;
 529         }
 530       }
 531
 532       if (track->PropagateTo(xtof)) {
 533         seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDout);
 534         for (Int_t i=0;i<kNPlane;i++) {
 535            seed->SetTRDsignals(track->GetPIDsignals(i),i);
 536            seed->SetTRDTimBin(track->GetPIDTimBin(i),i);
 537         }
 538         //      seed->SetTRDtrack(new AliTRDtrack(*track));
 539         if (track->GetNumberOfClusters()>foundMin) found++;
 540       }
 541     }else{
 542       if (track->GetNumberOfClusters()>15&&track->GetNumberOfClusters()>0.5*expectedClr){
 543         seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDout);
 544         //seed->SetStatus(AliESDtrack::kTRDStop);
 545         for (Int_t i=0;i<kNPlane;i++) {
 546            seed->SetTRDsignals(track->GetPIDsignals(i),i);
 547            seed->SetTRDTimBin(track->GetPIDTimBin(i),i);
 548         }
 549         //seed->SetTRDtrack(new AliTRDtrack(*track));
 550         found++;
 551       }
 552     }
 553     seed->SetTRDQuality(track->StatusForTOF());
 554     seed->SetTRDBudget(track->fBudget[0]);
 555
 556     delete track;
 557     //
 558     //End of propagation to the TOF
 559     //if (foundClr>foundMin)
 560     //  seed->UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDout);
 561
 562
 563   }
 564
 565   cerr<<"Number of seeds: "<<fNseeds<<endl;
 566   cerr<<"Number of back propagated TRD tracks: "<<found<<endl;
 567
 568   if (AliTRDReconstructor::SeedingOn()) MakeSeedsMI(3,5,event); //new seeding
 569
 570   fSeeds->Clear(); fNseeds=0;
 571   delete [] index;
 572   delete [] quality;
 573
 574   return 0;
 575
 576 }
 577
 578 //_____________________________________________________________________________
 579 Int_t AliTRDtracker::RefitInward(AliESD* event)
 580 {
 581   //
 582   // Refits tracks within the TRD. The ESD event is expected to contain seeds
 583   // at the outer part of the TRD.
 584   // The tracks are propagated to the innermost time bin
 585   // of the TRD and the ESD event is updated
 586   // Origin: Thomas KUHR (Thomas.Kuhr@cern.ch)
 587   //
 588
 589   Int_t timeBins = fTrSec[0]->GetNumberOfTimeBins();
 590   Float_t foundMin = fgkMinClustersInTrack * timeBins;
 591   Int_t nseed = 0;
 592   Int_t found = 0;
 593   //  Int_t innerTB = fTrSec[0]->GetInnerTimeBin();
 594   AliTRDtrack seed2;
 595
 596   Int_t n = event->GetNumberOfTracks();
 597   for (Int_t i=0; i<n; i++) {
 598     AliESDtrack* seed=event->GetTrack(i);
 599     new(&seed2) AliTRDtrack(*seed);
 600     if (seed2.GetX()<270){
 601       seed->UpdateTrackParams(&seed2, AliESDtrack::kTRDbackup); // backup TPC track - only update
 602       continue;
 603     }
 604
 605     ULong_t status=seed->GetStatus();
 606     if ( (status & AliESDtrack::kTRDout ) == 0 ) {
 607       continue;
 608     }
 609     if ( (status & AliESDtrack::kTRDin) != 0 ) {
 610       continue;
 611     }
 612     nseed++;
 613 //     if (1/seed2.Get1Pt()>1.5&& seed2.GetX()>260.) {
 614 //       Double_t oldx = seed2.GetX();
 615 //       seed2.PropagateTo(500.);
 616 //       seed2.ResetCovariance(1.);
 617 //       seed2.PropagateTo(oldx);
 618 //     }
 619 //     else{
 620 //       seed2.ResetCovariance(5.);
 621 //     }
 622
 623     AliTRDtrack *pt = new AliTRDtrack(seed2,seed2.GetAlpha());
 624     UInt_t * indexes2 = seed2.GetIndexes();
 625     for (Int_t i=0;i<kNPlane;i++) {
 626       pt->SetPIDsignals(seed2.GetPIDsignals(i),i);
 627       pt->SetPIDTimBin(seed2.GetPIDTimBin(i),i);
 628     }
 629
 630     UInt_t * indexes3 = pt->GetBackupIndexes();
 631     for (Int_t i=0;i<200;i++) {
 632       if (indexes2[i]==0) break;
 633       indexes3[i] = indexes2[i];
 634     }
 635     //AliTRDtrack *pt = seed2;
 636     AliTRDtrack &t=*pt;
 637     FollowProlongation(t);
 638     if (t.GetNumberOfClusters() >= foundMin) {
 639       //      UseClusters(&t);
 640       //CookLabel(pt, 1-fgkLabelFraction);
 641       t.CookdEdx();
 642       CookdEdxTimBin(t);
 643     }
 644     found++;
 645 //    cout<<found<<'\r';
 646     Double_t xTPC = 250;
 647     if(PropagateToX(t,xTPC,fgkMaxStep)) {
 648       seed->UpdateTrackParams(pt, AliESDtrack::kTRDrefit);
 649       for (Int_t i=0;i<kNPlane;i++) {
 650         seed->SetTRDsignals(pt->GetPIDsignals(i),i);
 651         seed->SetTRDTimBin(pt->GetPIDTimBin(i),i);
 652       }
 653     }else{
 654       //if not prolongation to TPC - propagate without update
 655       AliTRDtrack* seed2 = new AliTRDtrack(*seed);
 656       seed2->ResetCovariance(5.);
 657       AliTRDtrack *pt2 = new AliTRDtrack(*seed2,seed2->GetAlpha());
 658       delete seed2;
 659       if (PropagateToX(*pt2,xTPC,fgkMaxStep)) {
 660         //pt2->CookdEdx(0.,1.);
 661         pt2->CookdEdx( ); // Modification by PS
 662         CookdEdxTimBin(*pt2);
 663         seed->UpdateTrackParams(pt2, AliESDtrack::kTRDrefit);
 664         for (Int_t i=0;i<kNPlane;i++) {
 665           seed->SetTRDsignals(pt2->GetPIDsignals(i),i);
 666           seed->SetTRDTimBin(pt2->GetPIDTimBin(i),i);
 667         }
 668       }
 669       delete pt2;
 670     }
 671     delete pt;
 672   }
 673
 674   cout<<"Number of loaded seeds: "<<nseed<<endl;
 675   cout<<"Number of found tracks from loaded seeds: "<<found<<endl;
 676
 677   return 0;
 678
 679 }
 680
 681
 682
 683
 684
 685 //---------------------------------------------------------------------------
 686 Int_t AliTRDtracker::FollowProlongation(AliTRDtrack& t)
 687 {
 688   // Starting from current position on track=t this function tries
 689   // to extrapolate the track up to timeBin=0 and to confirm prolongation
 690   // if a close cluster is found. Returns the number of clusters
 691   // expected to be found in sensitive layers
 692   // GeoManager used to estimate mean density
 693   Int_t sector;
 694   Int_t lastplane = GetLastPlane(&t);
 695   Double_t radLength = 0.0;
 696   Double_t rho = 0.0;
 697   Int_t expectedNumberOfClusters = 0;
 698   //
 699   //
 700   //
 701   for (Int_t iplane = lastplane; iplane>=0; iplane--){
 702     //
 703     Int_t    row0 = GetGlobalTimeBin(0, iplane,GetTimeBinsPerPlane()-1);
 704     Int_t    rowlast = GetGlobalTimeBin(0, iplane,0);
 705     //
 706     // propagate track close to the plane if neccessary
 707     //
 708     Double_t currentx  = fTrSec[0]->GetLayer(rowlast)->GetX();
 709     if (currentx < -fgkMaxStep +t.GetX()){
 710       //propagate closer to chamber - safety space fgkMaxStep
 711       if (!PropagateToX(t, currentx+fgkMaxStep, fgkMaxStep)) break;
 712     }
 713     if (!AdjustSector(&t)) break;
 714     //
 715     // get material budget
 716     //
 717     Double_t xyz0[3],xyz1[3],param[7],x,y,z;
 718     t.GetGlobalXYZ(xyz0[0],xyz0[1],xyz0[2]);   //starting global position
 719     // end global position
 720     x = fTrSec[0]->GetLayer(row0)->GetX();
 721     if (!t.GetProlongation(x,y,z)) break;
 722     xyz1[0] = x*TMath::Cos(t.GetAlpha())-y*TMath::Sin(t.GetAlpha());
 723     xyz1[1] = +x*TMath::Sin(t.GetAlpha())+y*TMath::Cos(t.GetAlpha());
 724     xyz1[2] = z;
 725     AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
 726     rho = param[0];
 727     radLength = param[1];   // get mean propagation parameters
 728     //
 729     // propagate nad update
 730     //
 731     sector = t.GetSector();
 732     //    for (Int_t itime=GetTimeBinsPerPlane()-1;itime>=0;itime--) {
 733     for (Int_t itime=0 ;itime<GetTimeBinsPerPlane();itime++) {
 734       Int_t    ilayer = GetGlobalTimeBin(0, iplane,itime);
 735       expectedNumberOfClusters++;
 736       t.fNExpected++;
 737       if (t.fX>345) t.fNExpectedLast++;
 738       AliTRDpropagationLayer& timeBin=*(fTrSec[sector]->GetLayer(ilayer));
 739       AliTRDcluster *cl=0;
 740       UInt_t index=0;
 741       Double_t maxChi2=fgkMaxChi2;
 742       x = timeBin.GetX();
 743       if (timeBin) {
 744         AliTRDcluster * cl0 = timeBin[0];
 745         if (!cl0) continue;         // no clusters in given time bin
 746         Int_t plane = fGeom->GetPlane(cl0->GetDetector());
 747         if (plane>lastplane) continue;
 748         Int_t timebin = cl0->GetLocalTimeBin();
 749         AliTRDcluster * cl2= GetCluster(&t,plane, timebin,index);
 750         //
 751         if (cl2) {
 752           cl =cl2;
 753           Double_t h01 = GetTiltFactor(cl);
 754           maxChi2=t.GetPredictedChi2(cl,h01);
 755         }
 756         if (cl) {
 757           //      if (cl->GetNPads()<5)
 758           Double_t dxsample = timeBin.GetdX();
 759           t.SetSampledEdx(TMath::Abs(cl->GetQ()/dxsample));
 760           Double_t h01 = GetTiltFactor(cl);
 761           Int_t det = cl->GetDetector();
 762           Int_t plane = fGeom->GetPlane(det);
 763           if (t.fX>345){
 764             t.fNLast++;
 765             t.fChi2Last+=maxChi2;
 766           }
 767           Double_t xcluster = cl->GetX();
 768           t.PropagateTo(xcluster,radLength,rho);
 769           if(!t.UpdateMI(cl,maxChi2,index,h01,plane)) {
 770           }
 771         }
 772       }
 773     }
 774   }
 775   return expectedNumberOfClusters;
 776 }
 777
 778
 779
 780
 781
 782 //___________________________________________________________________
 783 Int_t AliTRDtracker::FollowBackProlongation(AliTRDtrack& t)
 784 {
 785
 786   // Starting from current radial position of track <t> this function
 787   // extrapolates the track up to outer timebin and in the sensitive
 788   // layers confirms prolongation if a close cluster is found.
 789   // Returns the number of clusters expected to be found in sensitive layers
 790   // Use GEO manager for material Description
 791
 792   Int_t sector;
 793   Int_t clusters[1000];
 794   for (Int_t i=0;i<1000;i++) clusters[i]=-1;
 795   Double_t radLength = 0.0;
 796   Double_t rho = 0.0;
 797   Int_t expectedNumberOfClusters = 0;
 798   Float_t ratio0=0;
 799   AliTRDtracklet tracklet;
 800   //
 801   //
 802   for (Int_t iplane = 0; iplane<kNPlane; iplane++){
 803     Int_t    row0    = GetGlobalTimeBin(0, iplane,GetTimeBinsPerPlane()-1);
 804     Int_t    rowlast = GetGlobalTimeBin(0, iplane,0);
 805     //
 806     Double_t currentx  = fTrSec[0]->GetLayer(row0)->GetX();
 807     if (currentx<t.GetX()) continue;
 808     //
 809     //       propagate closer to chamber if neccessary
 810     //
 811     if (currentx > fgkMaxStep +t.GetX()){
 812       if (!PropagateToX(t, currentx-fgkMaxStep, fgkMaxStep)) break;
 813     }
 814     if (!AdjustSector(&t)) break;
 815     if (TMath::Abs(t.GetSnp())>fgkMaxSnp) break;
 816     //
 817     // get material budget inside of chamber
 818     //
 819     Double_t xyz0[3],xyz1[3],param[7],x,y,z;
 820     t.GetGlobalXYZ(xyz0[0],xyz0[1],xyz0[2]);   //starting global position
 821     // end global position
 822     x = fTrSec[0]->GetLayer(rowlast)->GetX();
 823     if (!t.GetProlongation(x,y,z)) break;
 824     xyz1[0] = x*TMath::Cos(t.GetAlpha())-y*TMath::Sin(t.GetAlpha());
 825     xyz1[1] = +x*TMath::Sin(t.GetAlpha())+y*TMath::Cos(t.GetAlpha());
 826     xyz1[2] = z;
 827     AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
 828     rho = param[0];
 829     radLength = param[1];   // get mean propagation parameters
 830     //
 831     // Find clusters
 832     //
 833     sector = t.GetSector();
 834     Float_t  ncl   = FindClusters(sector,row0,rowlast,&t,clusters,tracklet);
 835     if (tracklet.GetN()<GetTimeBinsPerPlane()/3) continue;
 836     //
 837     // Propagate and update track
 838     //
 839     for (Int_t itime= GetTimeBinsPerPlane()-1;itime>=0;itime--) {
 840       Int_t    ilayer = GetGlobalTimeBin(0, iplane,itime);
 841       expectedNumberOfClusters++;
 842       t.fNExpected++;
 843       if (t.fX>345) t.fNExpectedLast++;
 844       AliTRDpropagationLayer& timeBin=*(fTrSec[sector]->GetLayer(ilayer));
 845       AliTRDcluster *cl=0;
 846       UInt_t index=0;
 847       Double_t maxChi2=fgkMaxChi2;
 848       x = timeBin.GetX();
 849       //
 850       if (timeBin) {
 851         if (clusters[ilayer]>0) {
 852           index = clusters[ilayer];
 853           cl    = (AliTRDcluster*)GetCluster(index);
 854           Double_t h01 = GetTiltFactor(cl);
 855           maxChi2=t.GetPredictedChi2(cl,h01);
 856         }
 857
 858         if (cl) {
 859           //      if (cl->GetNPads()<5)
 860           Double_t dxsample = timeBin.GetdX();
 861           t.SetSampledEdx(TMath::Abs(cl->GetQ()/dxsample));
 862           Double_t h01 = GetTiltFactor(cl);
 863           Int_t det = cl->GetDetector();
 864           Int_t plane = fGeom->GetPlane(det);
 865           if (t.fX>345){
 866             t.fNLast++;
 867             t.fChi2Last+=maxChi2;
 868           }
 869           Double_t xcluster = cl->GetX();
 870           t.PropagateTo(xcluster,radLength,rho);
 871           if(!t.UpdateMI(cl,maxChi2,index,h01,plane)) {
 872             if(!t.Update(cl,maxChi2,index,h01)) {
 873             }
 874           }
 875           //
 876           // reset material budget if 2 consecutive gold
 877           if (plane>0)
 878             if (t.fTracklets[plane].GetN()+t.fTracklets[plane-1].GetN()>20){
 879               t.fBudget[2] = 0;
 880             }
 881         }
 882       }
 883     }
 884     ratio0 = ncl/Float_t(fTimeBinsPerPlane);
 885     Float_t  ratio1 = Float_t(t.fN+1)/Float_t(t.fNExpected+1.);
 886     if (tracklet.GetChi2()<18.&&ratio0>0.8 && ratio1>0.6 && ratio0+ratio1>1.5 && t.GetNCross()==0 && TMath::Abs(t.GetSnp())<0.85&&t.fN>20){
 887       t.MakeBackupTrack();                            // make backup of the track until is gold
 888     }
 889
 890   }
 891   //
 892   return expectedNumberOfClusters;
 893 }
 894
 895
 896
 897 Int_t  AliTRDtracker::PropagateToX(AliTRDtrack& t, Double_t xToGo, Double_t maxStep)
 898 {
 899   // Starting from current radial position of track <t> this function
 900   // extrapolates the track up to radial position <xToGo>.
 901   // Returns 1 if track reaches the plane, and 0 otherwise
 902   const Double_t kEpsilon = 0.00001;
 903   //  Double_t tanmax = TMath::Tan(0.5*AliTRDgeometry::GetAlpha());
 904   Double_t xpos     = t.GetX();
 905   Double_t dir      = (xpos<xToGo) ? 1.:-1.;
 906   //
 907   while ( (xToGo-xpos)*dir > kEpsilon){
 908     Double_t step = dir*TMath::Min(TMath::Abs(xToGo-xpos), maxStep);
 909     //
 910     Double_t xyz0[3],xyz1[3],param[7],x,y,z;
 911     t.GetGlobalXYZ(xyz0[0],xyz0[1],xyz0[2]);   //starting global position
 912     x    = xpos+step;
 913     //
 914     if (!t.GetProlongation(x,y,z)) return 0;   // no prolongation
 915     //
 916     xyz1[0] = x*TMath::Cos(t.GetAlpha())-y*TMath::Sin(t.GetAlpha());
 917     xyz1[1] = +x*TMath::Sin(t.GetAlpha())+y*TMath::Cos(t.GetAlpha());
 918     xyz1[2] = z;
 919     //
 920     AliKalmanTrack::MeanMaterialBudget(xyz0,xyz1,param);
 921     if (!t.PropagateTo(x,param[1],param[0])) return 0;
 922     AdjustSector(&t);
 923     xpos = t.GetX();
 924   }
 925   return 1;
 926
 927 }
 928
 929
 930
 931 //_____________________________________________________________________________
 932 Int_t AliTRDtracker::LoadClusters(TTree *cTree)
 933 {
 934   // Fills clusters into TRD tracking_sectors
 935   // Note that the numbering scheme for the TRD tracking_sectors
 936   // differs from that of TRD sectors
 937   cout<<"\n Read Sectors  clusters"<<endl;
 938   if (ReadClusters(fClusters,cTree)) {
 939      Error("LoadClusters","Problem with reading the clusters !");
 940      return 1;
 941   }
 942   Int_t ncl=fClusters->GetEntriesFast();
 943   fNclusters=ncl;
 944   cout<<"\n LoadSectors: sorting "<<ncl<<" clusters"<<endl;
 945
 946   UInt_t index;
 947   for (Int_t ichamber=0;ichamber<5;ichamber++)
 948     for (Int_t isector=0;isector<18;isector++){
 949       fHoles[ichamber][isector]=kTRUE;
 950     }
 951
 952
 953   while (ncl--) {
 954 //    printf("\r %d left  ",ncl);
 955     AliTRDcluster *c=(AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(ncl);
 956     Int_t detector=c->GetDetector();
 957     Int_t localTimeBin=c->GetLocalTimeBin();
 958     Int_t sector=fGeom->GetSector(detector);
 959     Int_t plane=fGeom->GetPlane(detector);
 960
 961     Int_t trackingSector = CookSectorIndex(sector);
 962     if (c->GetLabel(0)>0){
 963       Int_t chamber = fGeom->GetChamber(detector);
 964       fHoles[chamber][trackingSector]=kFALSE;
 965     }
 966
 967     Int_t gtb = fTrSec[trackingSector]->CookTimeBinIndex(plane,localTimeBin);
 968     if(gtb < 0) continue;
 969     Int_t layer = fTrSec[trackingSector]->GetLayerNumber(gtb);
 970
 971     index=ncl;
 972     //
 973     // apply pos correction
 974     Transform(c);
 975     fTrSec[trackingSector]->GetLayer(layer)->InsertCluster(c,index);
 976   }
 977   return 0;
 978 }
 979
 980 //_____________________________________________________________________________
 981 void AliTRDtracker::UnloadClusters()
 982 {
 983   //
 984   // Clears the arrays of clusters and tracks. Resets sectors and timebins
 985   //
 986
 987   Int_t i, nentr;
 988
 989   nentr = fClusters->GetEntriesFast();
 990   for (i = 0; i < nentr; i++) delete fClusters->RemoveAt(i);
 991   fNclusters = 0;
 992
 993   nentr = fSeeds->GetEntriesFast();
 994   for (i = 0; i < nentr; i++) delete fSeeds->RemoveAt(i);
 995
 996   nentr = fTracks->GetEntriesFast();
 997   for (i = 0; i < nentr; i++) delete fTracks->RemoveAt(i);
 998
 999   Int_t nsec = AliTRDgeometry::kNsect;
1000
1001   for (i = 0; i < nsec; i++) {
1002     for(Int_t pl = 0; pl < fTrSec[i]->GetNumberOfLayers(); pl++) {
1003       fTrSec[i]->GetLayer(pl)->Clear();
1004     }
1005   }
1006
1007 }
1008
1009 //__________________________________________________________________________
1010 void AliTRDtracker::MakeSeedsMI(Int_t /*inner*/, Int_t /*outer*/, AliESD * esd)
1011 {
1012   //
1013   // Creates  seeds using clusters between  position inner plane  and outer plane
1014   //
1015   const Double_t maxtheta = 1;
1016   const Double_t maxphi   = 2.0;
1017   //
1018   const Double_t kRoad0y  =  6;     // road for middle cluster
1019   const Double_t kRoad0z  =  8.5;   // road for middle cluster
1020   //
1021   const Double_t kRoad1y  =  2;    // road in y for seeded cluster
1022   const Double_t kRoad1z  =  20;    // road in z for seeded cluster
1023   //
1024   const Double_t kRoad2y  =  3;    // road in y for extrapolated cluster
1025   const Double_t kRoad2z  =  20;   // road in z for extrapolated cluster
1026   const Int_t    maxseed  = 3000;
1027   Int_t maxSec=AliTRDgeometry::kNsect;
1028
1029   //
1030   // linear fitters in planes
1031   TLinearFitter fitterTC(2,"hyp2");  // fitting with tilting pads - kz fixed - kz= Z/x, + vertex const
1032   TLinearFitter fitterT2(4,"hyp4");  // fitting with tilting pads - kz not fixed
1033   fitterTC.StoreData(kTRUE);
1034   fitterT2.StoreData(kTRUE);
1035   AliRieman rieman(1000);   // rieman fitter
1036   AliRieman rieman2(1000);   // rieman fitter
1037   //
1038   // find the maximal and minimal layer for the planes
1039   //
1040   Int_t layers[6][2];
1041   AliTRDpropagationLayer* reflayers[6];
1042   for (Int_t i=0;i<6;i++){layers[i][0]=10000; layers[i][1]=0;}
1043   for (Int_t ns=0;ns<maxSec;ns++){
1044     for (Int_t ilayer=0;ilayer<fTrSec[ns]->GetNumberOfLayers();ilayer++){
1045       AliTRDpropagationLayer& layer=*(fTrSec[ns]->GetLayer(ilayer));
1046       if (layer==0) continue;
1047       Int_t det   = layer[0]->GetDetector();
1048       Int_t plane = fGeom->GetPlane(det);
1049       if (ilayer<layers[plane][0]) layers[plane][0] = ilayer;
1050       if (ilayer>layers[plane][1]) layers[plane][1] = ilayer;
1051     }
1052   }
1053   //
1054   AliTRDpadPlane *padPlane = AliTRDCommonParam::Instance()->GetPadPlane(0,0);
1055   Double_t h01 = TMath::Tan(-TMath::Pi() / 180.0 * padPlane->GetTiltingAngle());
1056   Double_t hL[6];         // tilting angle
1057   Double_t xcl[6];        // x - position of reference cluster
1058   Double_t ycl[6];        // y - position of reference cluster
1059   Double_t zcl[6];        // z - position of reference cluster
1060   AliTRDcluster *cl[6]={0,0,0,0,0,0};    // seeding clusters
1061   Float_t padlength[6]={10,10,10,10,10,10};   //current pad-length
1062   Double_t chi2R =0, chi2Z=0;
1063   Double_t chi2RF =0, chi2ZF=0;
1064   //
1065   Int_t nclusters;     // total number of clusters
1066   for (Int_t i=0;i<6;i++) {hL[i]=h01; if (i%2==1) hL[i]*=-1.;}
1067   //
1068   //
1069   //         registered seed
1070   AliTRDseed *pseed = new AliTRDseed[maxseed*6];
1071   AliTRDseed *seed[maxseed];
1072   for (Int_t iseed=0;iseed<maxseed;iseed++) seed[iseed]= &pseed[iseed*6];
1073   AliTRDseed *cseed = seed[0];
1074   //
1075   Double_t   seedquality[maxseed];
1076   Double_t   seedquality2[maxseed];
1077   Double_t   seedparams[maxseed][7];
1078   Int_t      seedlayer[maxseed];
1079   Int_t      registered =0;
1080   Int_t      sort[maxseed];
1081   //
1082   // seeding part
1083   //
1084   for (Int_t ns = 0; ns<maxSec; ns++){         //loop over sectors
1085   //for (Int_t ns = 0; ns<5; ns++){         //loop over sectors
1086     registered = 0;   // reset registerd seed counter
1087     cseed      = seed[registered];
1088     Float_t iter=0;
1089     for (Int_t sLayer=2; sLayer>=0;sLayer--){
1090       //for (Int_t dseed=5;dseed<15; dseed+=3){  //loop over central seeding time bins
1091       iter+=1.;
1092       Int_t dseed = 5+Int_t(iter)*3;
1093       // Initialize seeding layers
1094       for (Int_t ilayer=0;ilayer<6;ilayer++){
1095         reflayers[ilayer] = fTrSec[ns]->GetLayer(layers[ilayer][1]-dseed);
1096         xcl[ilayer]       = reflayers[ilayer]->GetX();
1097       }
1098       //
1099       Double_t xref                 = (xcl[sLayer+1] + xcl[sLayer+2])*0.5;
1100       AliTRDpropagationLayer& layer0=*reflayers[sLayer+0];
1101       AliTRDpropagationLayer& layer1=*reflayers[sLayer+1];
1102       AliTRDpropagationLayer& layer2=*reflayers[sLayer+2];
1103       AliTRDpropagationLayer& layer3=*reflayers[sLayer+3];
1104       //
1105       Int_t maxn3  = layer3;
1106       for (Int_t icl3=0;icl3<maxn3;icl3++){
1107         AliTRDcluster *cl3 = layer3[icl3];
1108         if (!cl3) continue;
1109         padlength[sLayer+3] = TMath::Sqrt(cl3->GetSigmaZ2()*12.);
1110         ycl[sLayer+3] = cl3->GetY();
1111         zcl[sLayer+3] = cl3->GetZ();
1112         Float_t yymin0 = ycl[sLayer+3] - 1- maxphi *(xcl[sLayer+3]-xcl[sLayer+0]);
1113         Float_t yymax0 = ycl[sLayer+3] + 1+ maxphi *(xcl[sLayer+3]-xcl[sLayer+0]);
1114         Int_t   maxn0 = layer0;  //
1115         for (Int_t icl0=layer0.Find(yymin0);icl0<maxn0;icl0++){
1116           AliTRDcluster *cl0 = layer0[icl0];
1117           if (!cl0) continue;
1118           if (cl3->IsUsed()&&cl0->IsUsed()) continue;
1119           ycl[sLayer+0] = cl0->GetY();
1120           zcl[sLayer+0] = cl0->GetZ();
1121           if ( ycl[sLayer+0]>yymax0) break;
1122           Double_t tanphi   = (ycl[sLayer+3]-ycl[sLayer+0])/(xcl[sLayer+3]-xcl[sLayer+0]);
1123           if (TMath::Abs(tanphi)>maxphi) continue;
1124           Double_t tantheta = (zcl[sLayer+3]-zcl[sLayer+0])/(xcl[sLayer+3]-xcl[sLayer+0]);
1125           if (TMath::Abs(tantheta)>maxtheta) continue;
1126           padlength[sLayer+0] = TMath::Sqrt(cl0->GetSigmaZ2()*12.);
1127           //
1128           // expected position in 1 layer
1129           Double_t y1exp = ycl[sLayer+0]+(tanphi)  *(xcl[sLayer+1]-xcl[sLayer+0]);
1130           Double_t z1exp = zcl[sLayer+0]+(tantheta)*(xcl[sLayer+1]-xcl[sLayer+0]);
1131           Float_t yymin1 = y1exp - kRoad0y-tanphi;
1132           Float_t yymax1 = y1exp + kRoad0y+tanphi;
1133           Int_t   maxn1  = layer1;  //
1134           //
1135           for (Int_t icl1=layer1.Find(yymin1);icl1<maxn1;icl1++){
1136             AliTRDcluster *cl1 = layer1[icl1];
1137             if (!cl1) continue;
1138             Int_t nusedCl = 0;
1139             if (cl3->IsUsed()) nusedCl++;
1140             if (cl0->IsUsed()) nusedCl++;
1141             if (cl1->IsUsed()) nusedCl++;
1142             if (nusedCl>1) continue;
1143             ycl[sLayer+1] = cl1->GetY();
1144             zcl[sLayer+1] = cl1->GetZ();
1145             if ( ycl[sLayer+1]>yymax1) break;
1146             if (TMath::Abs(ycl[sLayer+1]-y1exp)>kRoad0y+tanphi) continue;
1147             if (TMath::Abs(zcl[sLayer+1]-z1exp)>kRoad0z)        continue;
1148             padlength[sLayer+1] = TMath::Sqrt(cl1->GetSigmaZ2()*12.);
1149             //
1150             Double_t y2exp  = ycl[sLayer+0]+(tanphi)  *(xcl[sLayer+2]-xcl[sLayer+0])+(ycl[sLayer+1]-y1exp);
1151             Double_t z2exp  = zcl[sLayer+0]+(tantheta)*(xcl[sLayer+2]-xcl[sLayer+0]);
1152             Int_t    index2 = layer2.FindNearestCluster(y2exp,z2exp,kRoad1y,  kRoad1z);
1153             if (index2<=0) continue;
1154             AliTRDcluster *cl2 = (AliTRDcluster*)GetCluster(index2);
1155             padlength[sLayer+2] = TMath::Sqrt(cl2->GetSigmaZ2()*12.);
1156             ycl[sLayer+2] = cl2->GetY();
1157             zcl[sLayer+2] = cl2->GetZ();
1158             if (TMath::Abs(cl2->GetZ()-z2exp)>kRoad0z)        continue;
1159             //
1160             rieman.Reset();
1161             rieman.AddPoint(xcl[sLayer+0],ycl[sLayer+0],zcl[sLayer+0],1,10);
1162             rieman.AddPoint(xcl[sLayer+1],ycl[sLayer+1],zcl[sLayer+1],1,10);
1163             rieman.AddPoint(xcl[sLayer+3],ycl[sLayer+3],zcl[sLayer+3],1,10);
1164             rieman.AddPoint(xcl[sLayer+2],ycl[sLayer+2],zcl[sLayer+2],1,10);
1165             rieman.Update();
1166             //
1167             // reset fitter
1168             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1169               cseed[iLayer].Reset();
1170             }
1171             chi2Z =0.; chi2R=0.;
1172             for (Int_t iLayer=0;iLayer<4;iLayer++){
1173               cseed[sLayer+iLayer].fZref[0] = rieman.GetZat(xcl[sLayer+iLayer]);
1174               chi2Z += (cseed[sLayer+iLayer].fZref[0]- zcl[sLayer+iLayer])*
1175                 (cseed[sLayer+iLayer].fZref[0]- zcl[sLayer+iLayer]);
1176               cseed[sLayer+iLayer].fZref[1] = rieman.GetDZat(xcl[sLayer+iLayer]);
1177               cseed[sLayer+iLayer].fYref[0] = rieman.GetYat(xcl[sLayer+iLayer]);
1178               chi2R += (cseed[sLayer+iLayer].fYref[0]- ycl[sLayer+iLayer])*
1179                 (cseed[sLayer+iLayer].fYref[0]- ycl[sLayer+iLayer]);
1180               cseed[sLayer+iLayer].fYref[1] = rieman.GetDYat(xcl[sLayer+iLayer]);
1181             }
1182             if (TMath::Sqrt(chi2R)>1./iter) continue;
1183             if (TMath::Sqrt(chi2Z)>7./iter) continue;
1184             //
1185             //
1186             //
1187             Float_t minmax[2]={-100,100};
1188             for (Int_t iLayer=0;iLayer<4;iLayer++){
1189               Float_t max = zcl[sLayer+iLayer]+padlength[sLayer+iLayer]*0.5+1 -cseed[sLayer+iLayer].fZref[0];
1190               if (max<minmax[1]) minmax[1]=max;
1191               Float_t min = zcl[sLayer+iLayer]-padlength[sLayer+iLayer]*0.5-1 -cseed[sLayer+iLayer].fZref[0];
1192               if (min>minmax[0]) minmax[0]=min;
1193             }
1194             Bool_t isFake = kFALSE;
1195             if (cl0->GetLabel(0)!=cl3->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
1196             if (cl1->GetLabel(0)!=cl3->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
1197             if (cl2->GetLabel(0)!=cl3->GetLabel(0)) isFake = kTRUE;
1198             if ((!isFake) || (icl3%10)==0 ){  //debugging print
1199               TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
1200               cstream<<"Seeds0"<<
1201                 "isFake="<<isFake<<
1202                 "Cl0.="<<cl0<<
1203                 "Cl1.="<<cl1<<
1204                 "Cl2.="<<cl2<<
1205                 "Cl3.="<<cl3<<
1206                 "Xref="<<xref<<
1207                 "X0="<<xcl[sLayer+0]<<
1208                 "X1="<<xcl[sLayer+1]<<
1209                 "X2="<<xcl[sLayer+2]<<
1210                 "X3="<<xcl[sLayer+3]<<
1211                 "Y2exp="<<y2exp<<
1212                 "Z2exp="<<z2exp<<
1213                 "Chi2R="<<chi2R<<
1214                 "Chi2Z="<<chi2Z<<
1215                 "Seed0.="<<&cseed[sLayer+0]<<
1216                 "Seed1.="<<&cseed[sLayer+1]<<
1217                 "Seed2.="<<&cseed[sLayer+2]<<
1218                 "Seed3.="<<&cseed[sLayer+3]<<
1219                 "Zmin="<<minmax[0]<<
1220                 "Zmax="<<minmax[1]<<
1221                 "\n";
1222             }
1223
1224             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1225             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1226             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<    FIT SEEDING PART                  <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1227             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1228             cl[sLayer+0] = cl0;
1229             cl[sLayer+1] = cl1;
1230             cl[sLayer+2] = cl2;
1231             cl[sLayer+3] = cl3;
1232             Bool_t isOK=kTRUE;
1233             for (Int_t jLayer=0;jLayer<4;jLayer++){
1234               cseed[sLayer+jLayer].fTilt = hL[sLayer+jLayer];
1235               cseed[sLayer+jLayer].fPadLength = padlength[sLayer+jLayer];
1236               cseed[sLayer+jLayer].fX0   = xcl[sLayer+jLayer];
1237               for (Int_t iter=0; iter<2; iter++){
1238                 //
1239                 // in iteration 0 we try only one pad-row
1240                 // if quality not sufficient we try 2 pad-rows - about 5% of tracks cross 2 pad-rows
1241                 //
1242                 AliTRDseed tseed = cseed[sLayer+jLayer];
1243                 Float_t    roadz  = padlength[sLayer+jLayer]*0.5;
1244                 if (iter>0) roadz = padlength[sLayer+jLayer];
1245                 //
1246                 Float_t quality =10000;
1247                 for (Int_t iTime=2;iTime<20;iTime++){
1248                   AliTRDpropagationLayer& layer = *(fTrSec[ns]->GetLayer(layers[sLayer+jLayer][1]-iTime));
1249                   Double_t dxlayer= layer.GetX()-xcl[sLayer+jLayer];
1250                   Double_t zexp   = cl[sLayer+jLayer]->GetZ() ;
1251                   if (iter>0){
1252                     // try 2 pad-rows in second iteration
1253                     zexp  = tseed.fZref[0]+ tseed.fZref[1]*dxlayer;
1254                     if (zexp>cl[sLayer+jLayer]->GetZ()) zexp = cl[sLayer+jLayer]->GetZ()+padlength[sLayer+jLayer]*0.5;
1255                     if (zexp<cl[sLayer+jLayer]->GetZ()) zexp = cl[sLayer+jLayer]->GetZ()-padlength[sLayer+jLayer]*0.5;
1256                   }
1257                   //
1258                   Double_t yexp  =  tseed.fYref[0]+
1259                     tseed.fYref[1]*dxlayer;
1260                   Int_t    index = layer.FindNearestCluster(yexp,zexp,kRoad1y, roadz);
1261                   if (index<=0) continue;
1262                   AliTRDcluster *cl = (AliTRDcluster*)GetCluster(index);
1263                   //
1264                   tseed.fIndexes[iTime]  = index;
1265                   tseed.fClusters[iTime] = cl;   // register cluster
1266                   tseed.fX[iTime] = dxlayer;     // register cluster
1267                   tseed.fY[iTime] = cl->GetY();  // register cluster
1268                   tseed.fZ[iTime] = cl->GetZ();  // register cluster
1269                 }
1270                 tseed.Update();
1271                 //count the number of clusters and distortions into quality
1272                 Float_t dangle = tseed.fYfit[1]-tseed.fYref[1];
1273                 Float_t tquality   = (18-tseed.fN2)/2. + TMath::Abs(dangle)/0.1+
1274                   TMath::Abs(tseed.fYfit[0]-tseed.fYref[0])/0.2+
1275                   2.*TMath::Abs(tseed.fMeanz-tseed.fZref[0])/padlength[jLayer];
1276                 if (iter==0 && tseed.isOK()) {
1277                   cseed[sLayer+jLayer] = tseed;
1278                   quality = tquality;
1279                   if (tquality<5) break;
1280                 }
1281                 if (tseed.isOK() && tquality<quality)
1282                   cseed[sLayer+jLayer] = tseed;
1283               }
1284               if (!cseed[sLayer+jLayer].isOK()){
1285                 isOK = kFALSE;
1286                 break;
1287               }
1288               cseed[sLayer+jLayer].CookLabels();
1289               cseed[sLayer+jLayer].UpdateUsed();
1290               nusedCl+= cseed[sLayer+jLayer].fNUsed;
1291               if (nusedCl>25){
1292                 isOK = kFALSE;
1293                 break;
1294               }
1295             }
1296             //
1297             if (!isOK) continue;
1298             nclusters=0;
1299             for (Int_t iLayer=0;iLayer<4;iLayer++){
1300               if (cseed[sLayer+iLayer].isOK()){
1301                 nclusters+=cseed[sLayer+iLayer].fN2;
1302               }
1303             }
1304             //
1305             // iteration 0
1306             rieman.Reset();
1307             for (Int_t iLayer=0;iLayer<4;iLayer++){
1308               rieman.AddPoint(xcl[sLayer+iLayer],cseed[sLayer+iLayer].fYfitR[0],
1309                               cseed[sLayer+iLayer].fZProb,1,10);
1310             }
1311             rieman.Update();
1312             //
1313             //
1314             chi2R =0; chi2Z=0;
1315             for (Int_t iLayer=0;iLayer<4;iLayer++){
1316               cseed[sLayer+iLayer].fYref[0] = rieman.GetYat(xcl[sLayer+iLayer]);
1317               chi2R += (cseed[sLayer+iLayer].fYref[0]-cseed[sLayer+iLayer].fYfitR[0])*
1318                 (cseed[sLayer+iLayer].fYref[0]-cseed[sLayer+iLayer].fYfitR[0]);
1319               cseed[sLayer+iLayer].fYref[1] = rieman.GetDYat(xcl[sLayer+iLayer]);
1320               cseed[sLayer+iLayer].fZref[0] = rieman.GetZat(xcl[sLayer+iLayer]);
1321               chi2Z += (cseed[sLayer+iLayer].fZref[0]- cseed[sLayer+iLayer].fMeanz)*
1322                 (cseed[sLayer+iLayer].fZref[0]- cseed[sLayer+iLayer].fMeanz);
1323               cseed[sLayer+iLayer].fZref[1] = rieman.GetDZat(xcl[sLayer+iLayer]);
1324             }
1325             Double_t curv = rieman.GetC();
1326             //
1327             // likelihoods
1328             //
1329             Double_t sumda =
1330               TMath::Abs(cseed[sLayer+0].fYfitR[1]- cseed[sLayer+0].fYref[1])+
1331               TMath::Abs(cseed[sLayer+1].fYfitR[1]- cseed[sLayer+1].fYref[1])+
1332               TMath::Abs(cseed[sLayer+2].fYfitR[1]- cseed[sLayer+2].fYref[1])+
1333               TMath::Abs(cseed[sLayer+3].fYfitR[1]- cseed[sLayer+3].fYref[1]);
1334             Double_t likea = TMath::Exp(-sumda*10.6);
1335             Double_t likechi2 = 0.0000000001;
1336             if (chi2R<0.5) likechi2+=TMath::Exp(-TMath::Sqrt(chi2R)*7.73);
1337             Double_t likechi2z = TMath::Exp(-chi2Z*0.088)/TMath::Exp(-chi2Z*0.019);
1338             Double_t likeN    = TMath::Exp(-(72-nclusters)*0.19);
1339             Double_t like     = likea*likechi2*likechi2z*likeN;
1340             //
1341             Double_t likePrimY = TMath::Exp(-TMath::Abs(cseed[sLayer+0].fYref[1]-130*curv)*1.9);
1342             Double_t likePrimZ = TMath::Exp(-TMath::Abs(cseed[sLayer+0].fZref[1]-
1343                                                         cseed[sLayer+0].fZref[0]/xcl[sLayer+0])*5.9);
1344             Double_t likePrim  = TMath::Max(likePrimY*likePrimZ,0.0005);
1345
1346             seedquality[registered]  = like;
1347             seedlayer[registered]    = sLayer;
1348             if (TMath::Log(0.000000000000001+like)<-15) continue;
1349             AliTRDseed seedb[6];
1350             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1351               seedb[iLayer] = cseed[iLayer];
1352             }
1353             //
1354             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1355             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1356             //<<<<<<<<<<<<<<<   FULL TRACK FIT PART         <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1357             //<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
1358             //
1359             Int_t nlayers            = 0;
1360             Int_t nusedf             = 0;
1361             Int_t findable           = 0;
1362             //
1363             // add new layers  - avoid long extrapolation
1364             //
1365             Int_t tLayer[2]={0,0};
1366             if (sLayer==2) {tLayer[0]=1; tLayer[1]=0;}
1367             if (sLayer==1) {tLayer[0]=5; tLayer[1]=0;}
1368             if (sLayer==0) {tLayer[0]=4; tLayer[1]=5;}
1369             //
1370             for (Int_t iLayer=0;iLayer<2;iLayer++){
1371               Int_t jLayer = tLayer[iLayer];      // set tracking layer
1372               cseed[jLayer].Reset();
1373               cseed[jLayer].fTilt    = hL[jLayer];
1374               cseed[jLayer].fPadLength = padlength[jLayer];
1375               cseed[jLayer].fX0      = xcl[jLayer];
1376               // get pad length and rough cluster
1377               Int_t    indexdummy = reflayers[jLayer]->FindNearestCluster(cseed[jLayer].fYref[0],
1378                                                                           cseed[jLayer].fZref[0],kRoad2y,kRoad2z);
1379               if (indexdummy<=0) continue;
1380               AliTRDcluster *cldummy = (AliTRDcluster*)GetCluster(indexdummy);
1381               padlength[jLayer]      = TMath::Sqrt(cldummy->GetSigmaZ2()*12.);
1382             }
1383             AliTRDseed::FitRiemanTilt(cseed, kTRUE);
1384             //
1385             for (Int_t iLayer=0;iLayer<2;iLayer++){
1386               Int_t jLayer = tLayer[iLayer];      // set tracking layer
1387               if ( (jLayer==0) && !(cseed[1].isOK())) continue;  // break not allowed
1388               if ( (jLayer==5) && !(cseed[4].isOK())) continue;  // break not allowed
1389               Float_t  zexp  = cseed[jLayer].fZref[0];
1390               Double_t zroad =  padlength[jLayer]*0.5+1.;
1391               //
1392               //
1393               for (Int_t iter=0;iter<2;iter++){
1394                 AliTRDseed tseed = cseed[jLayer];
1395                 Float_t quality = 10000;
1396                 for (Int_t iTime=2;iTime<20;iTime++){
1397                   AliTRDpropagationLayer& layer = *(fTrSec[ns]->GetLayer(layers[jLayer][1]-iTime));
1398                   Double_t dxlayer     = layer.GetX()-xcl[jLayer];
1399                   Double_t yexp        = tseed.fYref[0]+tseed.fYref[1]*dxlayer;
1400                   Float_t  yroad       = kRoad1y;
1401                   Int_t    index = layer.FindNearestCluster(yexp,zexp, yroad, zroad);
1402                   if (index<=0) continue;
1403                   AliTRDcluster *cl = (AliTRDcluster*)GetCluster(index);
1404                   //
1405                   tseed.fIndexes[iTime]  = index;
1406                   tseed.fClusters[iTime] = cl;   // register cluster
1407                   tseed.fX[iTime] = dxlayer;     // register cluster
1408                   tseed.fY[iTime] = cl->GetY();  // register cluster
1409                   tseed.fZ[iTime] = cl->GetZ();  // register cluster
1410                 }
1411                 tseed.Update();
1412                 if (tseed.isOK()){
1413                   Float_t dangle = tseed.fYfit[1]-tseed.fYref[1];
1414                   Float_t tquality   = (18-tseed.fN2)/2. + TMath::Abs(dangle)/0.1+
1415                     TMath::Abs(tseed.fYfit[0]-tseed.fYref[0])/0.2+
1416                     2.*TMath::Abs(tseed.fMeanz-tseed.fZref[0])/padlength[jLayer];
1417                   //
1418                   if (tquality<quality){
1419                     cseed[jLayer]=tseed;
1420                     quality = tquality;
1421                   }
1422                 }
1423                 zroad*=2.;
1424               }
1425               if ( cseed[jLayer].isOK()){
1426                 cseed[jLayer].CookLabels();
1427                 cseed[jLayer].UpdateUsed();
1428                 nusedf+= cseed[jLayer].fNUsed;
1429                 AliTRDseed::FitRiemanTilt(cseed, kTRUE);
1430               }
1431             }
1432             //
1433             //
1434             // make copy
1435             AliTRDseed bseed[6];
1436             for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1437               bseed[jLayer] = cseed[jLayer];
1438             }
1439             Float_t lastquality = 10000;
1440             Float_t lastchi2    = 10000;
1441             Float_t chi2        = 1000;
1442
1443             //
1444             for (Int_t iter =0; iter<4;iter++){
1445               //
1446               // sort tracklets according "quality", try to "improve" 4 worst
1447               //
1448               Float_t sumquality = 0;
1449               Float_t squality[6];
1450               Int_t   sortindexes[6];
1451               for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1452                 if (bseed[jLayer].isOK()){
1453                   AliTRDseed &tseed = bseed[jLayer];
1454                   Double_t zcor  =  tseed.fTilt*(tseed.fZProb-tseed.fZref[0]);
1455                   Float_t dangle = tseed.fYfit[1]-tseed.fYref[1];
1456                   Float_t tquality  = (18-tseed.fN2)/2. + TMath::Abs(dangle)/0.1+
1457                     TMath::Abs(tseed.fYfit[0]-(tseed.fYref[0]-zcor))/0.2+
1458                     2.*TMath::Abs(tseed.fMeanz-tseed.fZref[0])/padlength[jLayer];
1459                   squality[jLayer] = tquality;
1460                 }
1461                 else  squality[jLayer]=-1;
1462                 sumquality +=squality[jLayer];
1463               }
1464
1465               if (sumquality>=lastquality ||  chi2>lastchi2) break;
1466               lastquality = sumquality;
1467               lastchi2    = chi2;
1468               if (iter>0){
1469                 for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1470                   cseed[jLayer] = bseed[jLayer];
1471                 }
1472               }
1473               TMath::Sort(6,squality,sortindexes,kFALSE);
1474               //
1475               //
1476               for (Int_t jLayer=5;jLayer>1;jLayer--){
1477                 Int_t bLayer = sortindexes[jLayer];
1478                 AliTRDseed tseed = bseed[bLayer];
1479                 for (Int_t iTime=2;iTime<20;iTime++){
1480                   AliTRDpropagationLayer& layer = *(fTrSec[ns]->GetLayer(layers[bLayer][1]-iTime));
1481                   Double_t dxlayer= layer.GetX()-xcl[bLayer];
1482                   //
1483                   Double_t zexp  =  tseed.fZref[0];
1484                   Double_t zcor  =  tseed.fTilt*(tseed.fZProb-tseed.fZref[0]);
1485                   //
1486                   Float_t  roadz = padlength[bLayer]+1;
1487                   if (TMath::Abs(tseed.fZProb-zexp)> padlength[bLayer]*0.5) {roadz = padlength[bLayer]*0.5;}
1488                   if (tseed.fZfit[1]*tseed.fZref[1]<0) {roadz = padlength[bLayer]*0.5;}
1489                   if (TMath::Abs(tseed.fZProb-zexp)<0.1*padlength[bLayer]) {
1490                     zexp = tseed.fZProb;
1491                     roadz = padlength[bLayer]*0.5;
1492                   }
1493                   //
1494                   Double_t yexp  =  tseed.fYref[0]+
1495                     tseed.fYref[1]*dxlayer-zcor;
1496                   Int_t    index = layer.FindNearestCluster(yexp,zexp,kRoad1y, roadz);
1497                   if (index<=0) continue;
1498                   AliTRDcluster *cl = (AliTRDcluster*)GetCluster(index);
1499                   //
1500                   tseed.fIndexes[iTime]  = index;
1501                   tseed.fClusters[iTime] = cl;   // register cluster
1502                   tseed.fX[iTime] = dxlayer;     // register cluster
1503                   tseed.fY[iTime] = cl->GetY();  // register cluster
1504                   tseed.fZ[iTime] = cl->GetZ();  // register cluster
1505                 }
1506                 tseed.Update();
1507                 if (tseed.isOK()) {
1508                   Float_t dangle = tseed.fYfit[1]-tseed.fYref[1];
1509                   Double_t zcor  =  tseed.fTilt*(tseed.fZProb-tseed.fZref[0]);
1510                   //
1511                   Float_t tquality   = (18-tseed.fN2)/2. + TMath::Abs(dangle)/0.1+
1512                     TMath::Abs(tseed.fYfit[0]-(tseed.fYref[0]-zcor))/0.2+
1513                     2.*TMath::Abs(tseed.fMeanz-tseed.fZref[0])/padlength[jLayer];
1514                   //
1515                   if (tquality<squality[bLayer])
1516                     bseed[bLayer] = tseed;
1517                 }
1518               }
1519               chi2 = AliTRDseed::FitRiemanTilt(bseed, kTRUE);
1520             }
1521             //
1522             //
1523             //
1524             nclusters  = 0;
1525             nlayers    = 0;
1526             findable   = 0;
1527             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++) {
1528               if (TMath::Abs(cseed[iLayer].fYref[0]/cseed[iLayer].fX0)<0.15)
1529                 findable++;
1530               if (cseed[iLayer].isOK()){
1531                 nclusters+=cseed[iLayer].fN2;
1532                 nlayers++;
1533               }
1534             }
1535             if (nlayers<3) continue;
1536             rieman.Reset();
1537             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1538               if (cseed[iLayer].isOK()) rieman.AddPoint(xcl[iLayer],cseed[iLayer].fYfitR[0],
1539                                                                    cseed[iLayer].fZProb,1,10);
1540             }
1541             rieman.Update();
1542             //
1543             chi2RF =0;
1544             chi2ZF =0;
1545             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1546               if (cseed[iLayer].isOK()){
1547                 cseed[iLayer].fYref[0] = rieman.GetYat(xcl[iLayer]);
1548                 chi2RF += (cseed[iLayer].fYref[0]-cseed[iLayer].fYfitR[0])*
1549                   (cseed[iLayer].fYref[0]-cseed[iLayer].fYfitR[0]);
1550                 cseed[iLayer].fYref[1] = rieman.GetDYat(xcl[iLayer]);
1551                 cseed[iLayer].fZref[0] = rieman.GetZat(xcl[iLayer]);
1552                 chi2ZF += (cseed[iLayer].fZref[0]- cseed[iLayer].fMeanz)*
1553                   (cseed[iLayer].fZref[0]- cseed[iLayer].fMeanz);
1554                 cseed[iLayer].fZref[1] = rieman.GetDZat(xcl[iLayer]);
1555               }
1556             }
1557             chi2RF/=TMath::Max((nlayers-3.),1.);
1558             chi2ZF/=TMath::Max((nlayers-3.),1.);
1559             curv = rieman.GetC();
1560
1561             //
1562
1563             Double_t xref2    = (xcl[2]+xcl[3])*0.5;  // middle of the chamber
1564             Double_t dzmf     = rieman.GetDZat(xref2);
1565             Double_t zmf      = rieman.GetZat(xref2);
1566             //
1567             // fit hyperplane
1568             //
1569             Int_t npointsT =0;
1570             fitterTC.ClearPoints();
1571             fitterT2.ClearPoints();
1572             rieman2.Reset();
1573             for (Int_t iLayer=0; iLayer<6;iLayer++){
1574               if (!cseed[iLayer].isOK()) continue;
1575               for (Int_t itime=0;itime<25;itime++){
1576                 if (!cseed[iLayer].fUsable[itime]) continue;
1577                 Double_t x   = cseed[iLayer].fX[itime]+cseed[iLayer].fX0-xref2;  // x relative to the midle chamber
1578                 Double_t y   = cseed[iLayer].fY[itime];
1579                 Double_t z   = cseed[iLayer].fZ[itime];
1580                 // ExB correction to the correction
1581                 // tilted rieman
1582                 //
1583                 Double_t uvt[6];
1584                 Double_t x2 = cseed[iLayer].fX[itime]+cseed[iLayer].fX0;      // global x
1585                 //
1586                 Double_t t = 1./(x2*x2+y*y);
1587                 uvt[1]  = t;    // t
1588                 uvt[0]  = 2.*x2*uvt[1];      // u
1589                 //
1590                 uvt[2]  = 2.0*hL[iLayer]*uvt[1];
1591                 uvt[3]  = 2.0*hL[iLayer]*x*uvt[1];
1592                 uvt[4]  = 2.0*(y+hL[iLayer]*z)*uvt[1];
1593                 //
1594                 Double_t error = 2*0.2*uvt[1];
1595                 fitterT2.AddPoint(uvt,uvt[4],error);
1596                 //
1597                 // constrained rieman
1598                 //
1599                 z =cseed[iLayer].fZ[itime];
1600                 uvt[0]  = 2.*x2*t;           // u
1601                 uvt[1]  = 2*hL[iLayer]*x2*uvt[1];
1602                 uvt[2]  = 2*(y+hL[iLayer]*(z-GetZ()))*t;
1603                 fitterTC.AddPoint(uvt,uvt[2],error);
1604                 //
1605                 rieman2.AddPoint(x2,y,z,1,10);
1606                 npointsT++;
1607               }
1608             }
1609             rieman2.Update();
1610             fitterTC.Eval();
1611             fitterT2.Eval();
1612             Double_t rpolz0 = fitterT2.GetParameter(3);
1613             Double_t rpolz1 = fitterT2.GetParameter(4);
1614             //
1615             // linear fitter  - not possible to make boundaries
1616             // non accept non possible z and dzdx combination
1617             //
1618             Bool_t   acceptablez =kTRUE;
1619             for (Int_t iLayer=0; iLayer<6;iLayer++){
1620               if (cseed[iLayer].isOK()){
1621                 Double_t zT2 =  rpolz0+rpolz1*(xcl[iLayer] - xref2);
1622                 if (TMath::Abs(cseed[iLayer].fZProb-zT2)>padlength[iLayer]*0.5+1)
1623                   acceptablez = kFALSE;
1624               }
1625             }
1626             if (!acceptablez){
1627               fitterT2.FixParameter(3,zmf);
1628               fitterT2.FixParameter(4,dzmf);
1629               fitterT2.Eval();
1630               fitterT2.ReleaseParameter(3);
1631               fitterT2.ReleaseParameter(4);
1632               rpolz0 = fitterT2.GetParameter(3);
1633               rpolz1 = fitterT2.GetParameter(4);
1634             }
1635             //
1636             Double_t chi2TR = fitterT2.GetChisquare()/Float_t(npointsT);
1637             Double_t chi2TC = fitterTC.GetChisquare()/Float_t(npointsT);
1638             //
1639             Double_t polz1c = fitterTC.GetParameter(2);
1640             Double_t polz0c = polz1c*xref2;
1641             //
1642             Double_t aC     =  fitterTC.GetParameter(0);
1643             Double_t bC     =  fitterTC.GetParameter(1);
1644             Double_t CC     =  aC/TMath::Sqrt(bC*bC+1.);     // curvature
1645             //
1646             Double_t aR     =  fitterT2.GetParameter(0);
1647             Double_t bR     =  fitterT2.GetParameter(1);
1648             Double_t dR     =  fitterT2.GetParameter(2);
1649             Double_t CR     =  1+bR*bR-dR*aR;
1650             Double_t dca    =  0.;
1651             if (CR>0){
1652               dca = -dR/(TMath::Sqrt(1+bR*bR-dR*aR)+TMath::Sqrt(1+bR*bR));
1653               CR  = aR/TMath::Sqrt(CR);
1654             }
1655             //
1656             Double_t chi2ZT2=0, chi2ZTC=0;
1657             for (Int_t iLayer=0; iLayer<6;iLayer++){
1658               if (cseed[iLayer].isOK()){
1659                 Double_t zT2 =  rpolz0+rpolz1*(xcl[iLayer] - xref2);
1660                 Double_t zTC =  polz0c+polz1c*(xcl[iLayer] - xref2);
1661                 chi2ZT2 += TMath::Abs(cseed[iLayer].fMeanz-zT2);
1662                 chi2ZTC += TMath::Abs(cseed[iLayer].fMeanz-zTC);
1663               }
1664             }
1665             chi2ZT2/=TMath::Max((nlayers-3.),1.);
1666             chi2ZTC/=TMath::Max((nlayers-3.),1.);
1667             //
1668             //
1669             //
1670             AliTRDseed::FitRiemanTilt(cseed, kTRUE);
1671             Float_t sumdaf = 0;
1672             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1673               if (cseed[iLayer].isOK())
1674                 sumdaf += TMath::Abs((cseed[iLayer].fYfit[1]-cseed[iLayer].fYref[1])/cseed[iLayer].fSigmaY2);
1675             }
1676             sumdaf /= Float_t (nlayers-2.);
1677             //
1678             // likelihoods for full track
1679             //
1680             Double_t likezf      = TMath::Exp(-chi2ZF*0.14);
1681             Double_t likechi2C   = TMath::Exp(-chi2TC*0.677);
1682             Double_t likechi2TR  = TMath::Exp(-chi2TR*0.78);
1683             Double_t likeaf      = TMath::Exp(-sumdaf*3.23);
1684             seedquality2[registered] = likezf*likechi2TR*likeaf;
1685 //          Bool_t isGold = kFALSE;
1686 //
1687 //          if (nlayers == 6        && TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-5.) isGold =kTRUE;   // gold
1688 //          if (nlayers == findable && TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-4.) isGold =kTRUE;   // gold
1689 //          if (isGold &&nusedf<10){
1690 //            for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1691 //              if ( seed[index][jLayer].isOK()&&TMath::Abs(seed[index][jLayer].fYfit[1]-seed[index][jLayer].fYfit[1])<0.1)
1692 //                seed[index][jLayer].UseClusters();  //sign gold
1693 //            }
1694 //          }
1695             //
1696             //
1697             //
1698             Int_t index0=0;
1699             if (!cseed[0].isOK()){
1700               index0 = 1;
1701               if (!cseed[1].isOK()) index0 = 2;
1702             }
1703             seedparams[registered][0] = cseed[index0].fX0;
1704             seedparams[registered][1] = cseed[index0].fYref[0];
1705             seedparams[registered][2] = cseed[index0].fZref[0];
1706             seedparams[registered][5] = CR;
1707             seedparams[registered][3] = cseed[index0].fX0*CR - TMath::Sin(TMath::ATan(cseed[0].fYref[1]));
1708             seedparams[registered][4] = cseed[index0].fZref[1]/
1709               TMath::Sqrt(1+cseed[index0].fYref[1]*cseed[index0].fYref[1]);
1710             seedparams[registered][6] = ns;
1711             //
1712             //
1713             Int_t labels[12], outlab[24];
1714             Int_t nlab=0;
1715             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1716               if (!cseed[iLayer].isOK()) continue;
1717               if (cseed[iLayer].fLabels[0]>=0) {
1718                 labels[nlab] = cseed[iLayer].fLabels[0];
1719                 nlab++;
1720               }
1721               if (cseed[iLayer].fLabels[1]>=0) {
1722                 labels[nlab] = cseed[iLayer].fLabels[1];
1723                 nlab++;
1724               }
1725             }
1726             Freq(nlab,labels,outlab,kFALSE);
1727             Int_t label = outlab[0];
1728             Int_t frequency  = outlab[1];
1729             for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1730               cseed[iLayer].fFreq  = frequency;
1731               cseed[iLayer].fC     = CR;
1732               cseed[iLayer].fCC     = CC;
1733               cseed[iLayer].fChi2  = chi2TR;
1734               cseed[iLayer].fChi2Z = chi2ZF;
1735             }
1736             //
1737             if (1||(!isFake)){  //debugging print
1738               Float_t zvertex = GetZ();
1739               TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
1740               cstream<<"Seeds1"<<
1741                 "isFake="<<isFake<<
1742                 "Vertex="<<zvertex<<
1743                 "Rieman2.="<<&rieman2<<
1744                 "Rieman.="<<&rieman<<
1745                 "Xref="<<xref<<
1746                 "X0="<<xcl[0]<<
1747                 "X1="<<xcl[1]<<
1748                 "X2="<<xcl[2]<<
1749                 "X3="<<xcl[3]<<
1750                 "X4="<<xcl[4]<<
1751                 "X5="<<xcl[5]<<
1752                 "Chi2R="<<chi2R<<
1753                 "Chi2Z="<<chi2Z<<
1754                 "Chi2RF="<<chi2RF<<                          //chi2 of trackletes on full track
1755                 "Chi2ZF="<<chi2ZF<<                          //chi2 z on tracklets on full track
1756                 "Chi2ZT2="<<chi2ZT2<<                        //chi2 z on tracklets on full track  - rieman tilt
1757                 "Chi2ZTC="<<chi2ZTC<<                        //chi2 z on tracklets on full track  - rieman tilt const
1758                 //
1759                 "Chi2TR="<<chi2TR<<                           //chi2 without vertex constrain
1760                 "Chi2TC="<<chi2TC<<                           //chi2 with    vertex constrain
1761                 "C="<<curv<<                                  // non constrained - no tilt correction
1762                 "DR="<<dR<<                                   // DR parameter          - tilt correction
1763                 "DCA="<<dca<<                                 // DCA                   - tilt correction
1764                 "CR="<<CR<<                                   // non constrained curvature - tilt correction
1765                 "CC="<<CC<<                                   // constrained curvature
1766                 "Polz0="<<polz0c<<
1767                 "Polz1="<<polz1c<<
1768                 "RPolz0="<<rpolz0<<
1769                 "RPolz1="<<rpolz1<<
1770                 "Ncl="<<nclusters<<
1771                 "Nlayers="<<nlayers<<
1772                 "NUsedS="<<nusedCl<<
1773                 "NUsed="<<nusedf<<
1774                 "Findable="<<findable<<
1775                 "Like="<<like<<
1776                 "LikePrim="<<likePrim<<
1777                 "Likechi2C="<<likechi2C<<
1778                 "Likechi2TR="<<likechi2TR<<
1779                 "Likezf="<<likezf<<
1780                 "LikeF="<<seedquality2[registered]<<
1781                 "S0.="<<&cseed[0]<<
1782                 "S1.="<<&cseed[1]<<
1783                 "S2.="<<&cseed[2]<<
1784                 "S3.="<<&cseed[3]<<
1785                 "S4.="<<&cseed[4]<<
1786                 "S5.="<<&cseed[5]<<
1787                 "SB0.="<<&seedb[0]<<
1788                 "SB1.="<<&seedb[1]<<
1789                 "SB2.="<<&seedb[2]<<
1790                 "SB3.="<<&seedb[3]<<
1791                 "SB4.="<<&seedb[4]<<
1792                 "SB5.="<<&seedb[5]<<
1793                 "Label="<<label<<
1794                 "Freq="<<frequency<<
1795                 "sLayer="<<sLayer<<
1796                 "\n";
1797             }
1798             if (registered<maxseed-1) {
1799               registered++;
1800               cseed = seed[registered];
1801             }
1802           }// end of loop over layer 1
1803         }  // end of loop over layer 0
1804       }    // end of loop over layer 3
1805     }      // end of loop over seeding time bins
1806     //
1807     // choos best
1808     //
1809     TMath::Sort(registered,seedquality2,sort,kTRUE);
1810     Bool_t signedseed[maxseed];
1811     for (Int_t i=0;i<registered;i++){
1812       signedseed[i]= kFALSE;
1813     }
1814     for (Int_t iter=0; iter<5; iter++){
1815       for (Int_t iseed=0;iseed<registered;iseed++){
1816         Int_t index = sort[iseed];
1817         if (signedseed[index]) continue;
1818         Int_t labelsall[1000];
1819         Int_t nlabelsall=0;
1820         Int_t naccepted=0;;
1821         Int_t sLayer = seedlayer[index];
1822         Int_t ncl   = 0;
1823         Int_t nused = 0;
1824         Int_t nlayers =0;
1825         Int_t findable   = 0;
1826         for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1827           if (TMath::Abs(seed[index][jLayer].fYref[0]/xcl[jLayer])<0.15)
1828             findable++;
1829           if (seed[index][jLayer].isOK()){
1830             seed[index][jLayer].UpdateUsed();
1831             ncl   +=seed[index][jLayer].fN2;
1832             nused +=seed[index][jLayer].fNUsed;
1833             nlayers++;
1834             //cooking label
1835             for (Int_t itime=0;itime<25;itime++){
1836               if (seed[index][jLayer].fUsable[itime]){
1837                 naccepted++;
1838                 for (Int_t ilab=0;ilab<3;ilab++){
1839                   Int_t tindex = seed[index][jLayer].fClusters[itime]->GetLabel(ilab);
1840                   if (tindex>=0){
1841                     labelsall[nlabelsall] = tindex;
1842                     nlabelsall++;
1843                   }
1844                 }
1845               }
1846             }
1847           }
1848         }
1849         //
1850         if (nused>30) continue;
1851         //
1852         if (iter==0){
1853           if (nlayers<6) continue;
1854           if (TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-5.) continue;   // gold
1855         }
1856         //
1857         if (iter==1){
1858           if (nlayers<findable) continue;
1859           if (TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-4.) continue;  //
1860         }
1861         //
1862         //
1863         if (iter==2){
1864           if (nlayers==findable || nlayers==6) continue;
1865           if (TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-6.) continue;
1866         }
1867         //
1868         if (iter==3){
1869           if (TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])<-5.) continue;
1870         }
1871         //
1872         if (iter==4){
1873           if (TMath::Log(0.000000001+seedquality2[index])-nused/(nlayers-3.)<-15.) continue;
1874         }
1875         //
1876         signedseed[index] = kTRUE;
1877         //
1878         Int_t labels[1000], outlab[1000];
1879         Int_t nlab=0;
1880         for (Int_t iLayer=0;iLayer<6;iLayer++){
1881           if (seed[index][iLayer].isOK()){
1882             if (seed[index][iLayer].fLabels[0]>=0) {
1883               labels[nlab] = seed[index][iLayer].fLabels[0];
1884               nlab++;
1885             }
1886             if (seed[index][iLayer].fLabels[1]>=0) {
1887               labels[nlab] = seed[index][iLayer].fLabels[1];
1888               nlab++;
1889             }
1890           }
1891         }
1892         Freq(nlab,labels,outlab,kFALSE);
1893         Int_t label  = outlab[0];
1894         Int_t frequency  = outlab[1];
1895         Freq(nlabelsall,labelsall,outlab,kFALSE);
1896         Int_t label1 = outlab[0];
1897         Int_t label2 = outlab[2];
1898         Float_t fakeratio = (naccepted-outlab[1])/Float_t(naccepted);
1899         Float_t ratio = Float_t(nused)/Float_t(ncl);
1900         if (ratio<0.25){
1901           for (Int_t jLayer=0;jLayer<6;jLayer++){
1902             if ( seed[index][jLayer].isOK()&&TMath::Abs(seed[index][jLayer].fYfit[1]-seed[index][jLayer].fYfit[1])<0.2 )
1903               seed[index][jLayer].UseClusters();  //sign gold
1904           }
1905         }
1906         //
1907         Int_t eventNr = esd->GetEventNumber();
1908         TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
1909         //
1910         // register seed
1911         //
1912         AliTRDtrack * track = RegisterSeed(seed[index],seedparams[index]);
1913         AliTRDtrack dummy;
1914         if (!track) track=&dummy;
1915         else{
1916           AliESDtrack esdtrack;
1917           esdtrack.UpdateTrackParams(track, AliESDtrack::kTRDout);
1918           esdtrack.SetLabel(label);
1919           esd->AddTrack(&esdtrack);
1920           TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
1921           cstream<<"Tracks"<<
1922             "EventNr="<<eventNr<<
1923             "ESD.="<<&esdtrack<<
1924             "trd.="<<track<<
1925             "trdback.="<<track<<
1926             "\n";
1927         }
1928
1929         cstream<<"Seeds2"<<
1930           "Iter="<<iter<<
1931           "Track.="<<track<<
1932           "Like="<<seedquality[index]<<
1933           "LikeF="<<seedquality2[index]<<
1934           "S0.="<<&seed[index][0]<<
1935           "S1.="<<&seed[index][1]<<
1936           "S2.="<<&seed[index][2]<<
1937           "S3.="<<&seed[index][3]<<
1938           "S4.="<<&seed[index][4]<<
1939           "S5.="<<&seed[index][5]<<
1940           "Label="<<label<<
1941           "Label1="<<label1<<
1942           "Label2="<<label2<<
1943           "FakeRatio="<<fakeratio<<
1944           "Freq="<<frequency<<
1945           "Ncl="<<ncl<<
1946           "Nlayers="<<nlayers<<
1947           "Findable="<<findable<<
1948           "NUsed="<<nused<<
1949           "sLayer="<<sLayer<<
1950           "EventNr="<<eventNr<<
1951           "\n";
1952       }
1953     }
1954   }        // end of loop over sectors
1955   delete [] pseed;
1956 }
1957
1958 //_____________________________________________________________________________
1959 Int_t AliTRDtracker::ReadClusters(TObjArray *array, TTree *ClusterTree) const
1960 {
1961   //
1962   // Reads AliTRDclusters (option >= 0) or AliTRDrecPoints (option < 0)
1963   // from the file. The names of the cluster tree and branches
1964   // should match the ones used in AliTRDclusterizer::WriteClusters()
1965   //
1966   Int_t nsize = Int_t(ClusterTree->GetTotBytes()/(sizeof(AliTRDcluster)));
1967   TObjArray *clusterArray = new TObjArray(nsize+1000);
1968
1969   TBranch *branch=ClusterTree->GetBranch("TRDcluster");
1970   if (!branch) {
1971     Error("ReadClusters","Can't get the branch !");
1972     return 1;
1973   }
1974   branch->SetAddress(&clusterArray);
1975
1976   Int_t nEntries = (Int_t) ClusterTree->GetEntries();
1977   //  printf("found %d entries in %s.\n",nEntries,ClusterTree->GetName());
1978
1979   // Loop through all entries in the tree
1980   Int_t nbytes = 0;
1981   AliTRDcluster *c = 0;
1982   //  printf("\n");
1983   for (Int_t iEntry = 0; iEntry < nEntries; iEntry++) {
1984
1985     // Import the tree
1986     nbytes += ClusterTree->GetEvent(iEntry);
1987
1988     // Get the number of points in the detector
1989     Int_t nCluster = clusterArray->GetEntriesFast();
1990 //    printf("\r Read %d clusters from entry %d", nCluster, iEntry);
1991
1992     // Loop through all TRD digits
1993     for (Int_t iCluster = 0; iCluster < nCluster; iCluster++) {
1994       c = (AliTRDcluster*)clusterArray->UncheckedAt(iCluster);
1995       AliTRDcluster *co = c;
1996       array->AddLast(co);
1997       //      delete clusterArray->RemoveAt(iCluster);
1998       clusterArray->RemoveAt(iCluster);
1999     }
2000   }
2001 //   cout<<"Allocated"<<nsize<<"\tLoaded"<<array->GetEntriesFast()<<"\n";
2002
2003   delete clusterArray;
2004
2005   return 0;
2006 }
2007
2008 //__________________________________________________________________
2009 Bool_t AliTRDtracker::GetTrackPoint(Int_t index, AliTrackPoint& p) const
2010 {
2011   //
2012   // Get track space point with index i
2013   // Origin: C.Cheshkov
2014   //
2015
2016   AliTRDcluster *cl = (AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(index);
2017   Int_t  idet = cl->GetDetector();
2018   Int_t  isector = fGeom->GetSector(idet);
2019   Int_t  ichamber= fGeom->GetChamber(idet);
2020   Int_t  iplan   = fGeom->GetPlane(idet);
2021   Double_t local[3];
2022   local[0]=GetX(isector,iplan,cl->GetLocalTimeBin());
2023   local[1]=cl->GetY();
2024   local[2]=cl->GetZ();
2025   Double_t global[3];
2026   fGeom->RotateBack(idet,local,global);
2027   p.SetXYZ(global[0],global[1],global[2]);
2028   AliAlignObj::ELayerID iLayer = AliAlignObj::kTRD1;
2029   switch (iplan) {
2030   case 0:
2031     iLayer = AliAlignObj::kTRD1;
2032     break;
2033   case 1:
2034     iLayer = AliAlignObj::kTRD2;
2035     break;
2036   case 2:
2037     iLayer = AliAlignObj::kTRD3;
2038     break;
2039   case 3:
2040     iLayer = AliAlignObj::kTRD4;
2041     break;
2042   case 4:
2043     iLayer = AliAlignObj::kTRD5;
2044     break;
2045   case 5:
2046     iLayer = AliAlignObj::kTRD6;
2047     break;
2048   };
2049   Int_t modId = isector*fGeom->Ncham()+ichamber;
2050   UShort_t volid = AliAlignObj::LayerToVolUID(iLayer,modId);
2051   p.SetVolumeID(volid);
2052
2053   return kTRUE;
2054
2055 }
2056
2057 //__________________________________________________________________
2058 void AliTRDtracker::CookLabel(AliKalmanTrack* pt, Float_t wrong) const
2059 {
2060   //
2061   // This cooks a label. Mmmmh, smells good...
2062   //
2063
2064   Int_t label=123456789, index, i, j;
2065   Int_t ncl=pt->GetNumberOfClusters();
2066   const Int_t kRange = fTrSec[0]->GetOuterTimeBin()+1;
2067
2068   Bool_t labelAdded;
2069
2070   //  Int_t s[kRange][2];
2071   Int_t **s = new Int_t* [kRange];
2072   for (i=0; i<kRange; i++) {
2073     s[i] = new Int_t[2];
2074   }
2075   for (i=0; i<kRange; i++) {
2076     s[i][0]=-1;
2077     s[i][1]=0;
2078   }
2079
2080   Int_t t0,t1,t2;
2081   for (i=0; i<ncl; i++) {
2082     index=pt->GetClusterIndex(i);
2083     AliTRDcluster *c=(AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(index);
2084     t0=c->GetLabel(0);
2085     t1=c->GetLabel(1);
2086     t2=c->GetLabel(2);
2087   }
2088
2089   for (i=0; i<ncl; i++) {
2090     index=pt->GetClusterIndex(i);
2091     AliTRDcluster *c=(AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(index);
2092     for (Int_t k=0; k<3; k++) {
2093       label=c->GetLabel(k);
2094       labelAdded=kFALSE; j=0;
2095       if (label >= 0) {
2096         while ( (!labelAdded) && ( j < kRange ) ) {
2097           if (s[j][0]==label || s[j][1]==0) {
2098             s[j][0]=label;
2099             s[j][1]=s[j][1]+1;
2100             labelAdded=kTRUE;
2101           }
2102           j++;
2103         }
2104       }
2105     }
2106   }
2107
2108   Int_t max=0;
2109   label = -123456789;
2110
2111   for (i=0; i<kRange; i++) {
2112     if (s[i][1]>max) {
2113       max=s[i][1]; label=s[i][0];
2114     }
2115   }
2116
2117   for (i=0; i<kRange; i++) {
2118     delete []s[i];
2119   }
2120
2121   delete []s;
2122
2123   if ((1.- Float_t(max)/ncl) > wrong) label=-label;
2124
2125   pt->SetLabel(label);
2126
2127 }
2128
2129
2130 //__________________________________________________________________
2131 void AliTRDtracker::UseClusters(const AliKalmanTrack* t, Int_t from) const
2132 {
2133   //
2134   // Use clusters, but don't abuse them!
2135   //
2136   const Float_t kmaxchi2 =18;
2137   const Float_t kmincl   =10;
2138   AliTRDtrack * track  = (AliTRDtrack*)t;
2139   //
2140   Int_t ncl=t->GetNumberOfClusters();
2141   for (Int_t i=from; i<ncl; i++) {
2142     Int_t index = t->GetClusterIndex(i);
2143     AliTRDcluster *c=(AliTRDcluster*)fClusters->UncheckedAt(index);
2144     //
2145     Int_t iplane = fGeom->GetPlane(c->GetDetector());
2146     if (track->fTracklets[iplane].GetChi2()>kmaxchi2) continue;
2147     if (track->fTracklets[iplane].GetN()<kmincl) continue;
2148     if (!(c->IsUsed())) c->Use();
2149   }
2150 }
2151
2152
2153 //_____________________________________________________________________
2154 Double_t AliTRDtracker::ExpectedSigmaY2(Double_t , Double_t , Double_t ) const
2155 {
2156   // Parametrised "expected" error of the cluster reconstruction in Y
2157
2158   Double_t s = 0.08 * 0.08;
2159   return s;
2160 }
2161
2162 //_____________________________________________________________________
2163 Double_t AliTRDtracker::ExpectedSigmaZ2(Double_t , Double_t ) const
2164 {
2165   // Parametrised "expected" error of the cluster reconstruction in Z
2166
2167   Double_t s = 9 * 9 /12.;
2168   return s;
2169 }
2170
2171 //_____________________________________________________________________
2172 Double_t AliTRDtracker::GetX(Int_t sector, Int_t plane, Int_t localTB) const
2173 {
2174   //
2175   // Returns radial position which corresponds to time bin <localTB>
2176   // in tracking sector <sector> and plane <plane>
2177   //
2178
2179   Int_t index = fTrSec[sector]->CookTimeBinIndex(plane, localTB);
2180   Int_t pl = fTrSec[sector]->GetLayerNumber(index);
2181   return fTrSec[sector]->GetLayer(pl)->GetX();
2182
2183 }
2184
2185
2186 //_______________________________________________________
2187 AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::AliTRDpropagationLayer(Double_t x,
2188                                                               Double_t dx, Double_t rho, Double_t radLength, Int_t tbIndex, Int_t plane)
2189 {
2190   //
2191   // AliTRDpropagationLayer constructor
2192   //
2193
2194   fN = 0; fX = x; fdX = dx; fRho = rho; fX0 = radLength;
2195   fClusters = NULL; fIndex = NULL; fTimeBinIndex = tbIndex;
2196   fPlane = plane;
2197
2198   for(Int_t i=0; i < (Int_t) kZones; i++) {
2199     fZc[i]=0; fZmax[i] = 0;
2200   }
2201
2202   fYmax = 0;
2203
2204   if(fTimeBinIndex >= 0) {
2205     fClusters = new AliTRDcluster*[kMaxClusterPerTimeBin];
2206     fIndex = new UInt_t[kMaxClusterPerTimeBin];
2207   }
2208
2209   for (Int_t i=0;i<5;i++) fIsHole[i] = kFALSE;
2210   fHole = kFALSE;
2211   fHoleZc = 0;
2212   fHoleZmax = 0;
2213   fHoleYc = 0;
2214   fHoleYmax = 0;
2215   fHoleRho = 0;
2216   fHoleX0 = 0;
2217
2218 }
2219
2220 //_______________________________________________________
2221 void AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::SetHole(
2222           Double_t Zmax, Double_t Ymax, Double_t rho,
2223           Double_t radLength, Double_t Yc, Double_t Zc)
2224 {
2225   //
2226   // Sets hole in the layer
2227   //
2228   fHole = kTRUE;
2229   fHoleZc = Zc;
2230   fHoleZmax = Zmax;
2231   fHoleYc = Yc;
2232   fHoleYmax = Ymax;
2233   fHoleRho = rho;
2234   fHoleX0 = radLength;
2235 }
2236
2237
2238 //_______________________________________________________
2239 AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::AliTRDtrackingSector(AliTRDgeometry* geo, Int_t gs)
2240 {
2241   //
2242   // AliTRDtrackingSector Constructor
2243   //
2244   AliTRDpadPlane *padPlane = 0;
2245
2246   fGeom = geo;
2247   fGeomSector = gs;
2248   fN = 0;
2249   //
2250   // get holes description from geometry
2251   Bool_t holes[AliTRDgeometry::kNcham];
2252   //printf("sector\t%d\t",gs);
2253   for (Int_t icham=0; icham<AliTRDgeometry::kNcham;icham++){
2254     holes[icham] = fGeom->IsHole(0,icham,gs);
2255     //printf("%d",holes[icham]);
2256   }
2257   //printf("\n");
2258
2259   for(UInt_t i=0; i < kMaxTimeBinIndex; i++) fTimeBinIndex[i] = -1;
2260
2261
2262   AliTRDpropagationLayer* ppl;
2263
2264   Double_t x, dx, rho, radLength;
2265   //  Int_t    steps;
2266
2267   // add layers for each of the planes
2268   Double_t dxAmp = (Double_t) fGeom->CamHght();   // Amplification region
2269   //Double_t dxDrift = (Double_t) fGeom->CdrHght(); // Drift region
2270
2271   Int_t    tbIndex;
2272   const Int_t  kNchambers = AliTRDgeometry::Ncham();
2273   Double_t  ymax = 0;
2274   Double_t ymaxsensitive=0;
2275   Double_t *zc = new Double_t[kNchambers];
2276   Double_t *zmax = new Double_t[kNchambers];
2277   Double_t *zmaxsensitive = new Double_t[kNchambers];
2278
2279   AliTRDCommonParam* commonParam = AliTRDCommonParam::Instance();
2280   if (!commonParam)
2281   {
2282     printf("<AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::AliTRDtrackingSector> ");
2283     printf("Could not get common params\n");
2284     return;
2285   }
2286
2287   for(Int_t plane = 0; plane < AliTRDgeometry::Nplan(); plane++) {
2288
2289     ymax          = fGeom->GetChamberWidth(plane)/2.;
2290     // Modidified for new pad plane class, 22.04.05 (C.B.)
2291     padPlane = commonParam->GetPadPlane(plane,0);
2292     ymaxsensitive = (padPlane->GetColSize(1)*padPlane->GetNcols()-4)/2.;
2293     for(Int_t ch = 0; ch < kNchambers; ch++) {
2294       zmax[ch] = fGeom->GetChamberLength(plane,ch)/2;
2295       //
2296       // Modidified for new pad plane class, 22.04.05 (C.B.)
2297       Float_t pad = padPlane->GetRowSize(1);
2298       Float_t row0 = commonParam->GetRow0(plane,ch,0);
2299       Int_t nPads = commonParam->GetRowMax(plane,ch,0);
2300       zmaxsensitive[ch] = Float_t(nPads)*pad/2.;
2301       zc[ch] = -(pad * nPads)/2 + row0;
2302     }
2303
2304     dx  = AliTRDcalibDB::Instance()->GetVdrift(0,0,0)
2305         / AliTRDcalibDB::Instance()->GetSamplingFrequency();
2306     rho = 0.00295 * 0.85; radLength = 11.0;
2307
2308     Double_t x0 = (Double_t) AliTRDgeometry::GetTime0(plane);
2309     //Double_t xbottom = x0 - dxDrift;
2310     //Double_t xtop = x0 + dxAmp;
2311     //
2312     Int_t nTimeBins =  AliTRDcalibDB::Instance()->GetNumberOfTimeBins();
2313     for (Int_t iTime = 0; iTime<nTimeBins; iTime++){
2314       Double_t xlayer  = iTime*dx - dxAmp;
2315       //if (xlayer<0) xlayer=dxAmp/2.;
2316       x = x0 - xlayer;
2317       //
2318       tbIndex = CookTimeBinIndex(plane, iTime);
2319       ppl = new AliTRDpropagationLayer(x,dx,rho,radLength,tbIndex, plane);
2320       ppl->SetYmax(ymax,ymaxsensitive);
2321       ppl->SetZ(zc, zmax, zmaxsensitive);
2322       ppl->SetHoles(holes);
2323       InsertLayer(ppl);
2324     }
2325   }
2326
2327   MapTimeBinLayers();
2328   delete [] zc;
2329   delete [] zmax;
2330   delete [] zmaxsensitive;
2331
2332 }
2333
2334 //______________________________________________________
2335
2336 Int_t  AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::CookTimeBinIndex(Int_t plane, Int_t localTB) const
2337 {
2338   //
2339   // depending on the digitization parameters calculates "global"
2340   // time bin index for timebin <localTB> in plane <plane>
2341   //
2342   //
2343   Int_t tbPerPlane = AliTRDcalibDB::Instance()->GetNumberOfTimeBins();
2344   Int_t gtb = (plane+1) * tbPerPlane - localTB -1;
2345   if (localTB<0) return -1;
2346   if (gtb<0) return -1;
2347   return gtb;
2348 }
2349
2350 //______________________________________________________
2351
2352 void AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::MapTimeBinLayers()
2353 {
2354   //
2355   // For all sensitive time bins sets corresponding layer index
2356   // in the array fTimeBins
2357   //
2358
2359   Int_t index;
2360
2361   for(Int_t i = 0; i < fN; i++) {
2362     index = fLayers[i]->GetTimeBinIndex();
2363
2364     //    printf("gtb %d -> pl %d -> x %f \n", index, i, fLayers[i]->GetX());
2365
2366     if(index < 0) continue;
2367     if(index >= (Int_t) kMaxTimeBinIndex) {
2368       printf("*** AliTRDtracker::MapTimeBinLayers: \n");
2369       printf("    index %d exceeds allowed maximum of %d!\n",
2370              index, kMaxTimeBinIndex-1);
2371       continue;
2372     }
2373     fTimeBinIndex[index] = i;
2374   }
2375 }
2376
2377
2378 //______________________________________________________
2379
2380
2381 Int_t AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::GetLayerNumber(Double_t x) const
2382 {
2383   //
2384   // Returns the number of time bin which in radial position is closest to <x>
2385   //
2386
2387   if(x >= fLayers[fN-1]->GetX()) return fN-1;
2388   if(x <= fLayers[0]->GetX()) return 0;
2389
2390   Int_t b=0, e=fN-1, m=(b+e)/2;
2391   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
2392     if (x > fLayers[m]->GetX()) b=m+1;
2393     else e=m;
2394   }
2395   if(TMath::Abs(x - fLayers[m]->GetX()) >
2396      TMath::Abs(x - fLayers[m+1]->GetX())) return m+1;
2397   else return m;
2398
2399 }
2400
2401 //______________________________________________________
2402
2403 Int_t AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::GetInnerTimeBin() const
2404 {
2405   //
2406   // Returns number of the innermost SENSITIVE propagation layer
2407   //
2408
2409   return GetLayerNumber(0);
2410 }
2411
2412 //______________________________________________________
2413
2414 Int_t AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::GetOuterTimeBin() const
2415 {
2416   //
2417   // Returns number of the outermost SENSITIVE time bin
2418   //
2419
2420   return GetLayerNumber(GetNumberOfTimeBins() - 1);
2421 }
2422
2423 //______________________________________________________
2424
2425 Int_t AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::GetNumberOfTimeBins() const
2426 {
2427   //
2428   // Returns number of SENSITIVE time bins
2429   //
2430
2431   Int_t tb, layer;
2432   for(tb = kMaxTimeBinIndex-1; tb >=0; tb--) {
2433     layer = GetLayerNumber(tb);
2434     if(layer>=0) break;
2435   }
2436   return tb+1;
2437 }
2438
2439 //______________________________________________________
2440
2441 void AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::InsertLayer(AliTRDpropagationLayer* pl)
2442 {
2443   //
2444   // Insert layer <pl> in fLayers array.
2445   // Layers are sorted according to X coordinate.
2446
2447   if ( fN == ((Int_t) kMaxLayersPerSector)) {
2448     printf("AliTRDtrackingSector::InsertLayer(): Too many layers !\n");
2449     return;
2450   }
2451   if (fN==0) {fLayers[fN++] = pl; return;}
2452   Int_t i=Find(pl->GetX());
2453
2454   memmove(fLayers+i+1 ,fLayers+i,(fN-i)*sizeof(AliTRDpropagationLayer*));
2455   fLayers[i]=pl; fN++;
2456
2457 }
2458
2459 //______________________________________________________
2460
2461 Int_t AliTRDtracker::AliTRDtrackingSector::Find(Double_t x) const
2462 {
2463   //
2464   // Returns index of the propagation layer nearest to X
2465   //
2466
2467   if (x <= fLayers[0]->GetX()) return 0;
2468   if (x > fLayers[fN-1]->GetX()) return fN;
2469   Int_t b=0, e=fN-1, m=(b+e)/2;
2470   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
2471     if (x > fLayers[m]->GetX()) b=m+1;
2472     else e=m;
2473   }
2474   return m;
2475 }
2476
2477
2478
2479
2480
2481 //______________________________________________________
2482 void AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::SetZ(Double_t* center, Double_t *w, Double_t *wsensitive )
2483 {
2484   //
2485   // set centers and the width of sectors
2486   for (Int_t icham=0;icham< AliTRDgeometry::kNcham;icham++){
2487     fZc[icham] = center[icham];
2488     fZmax[icham] = w[icham];
2489     fZmaxSensitive[icham] = wsensitive[icham];
2490     //   printf("chamber\t%d\tzc\t%f\tzmax\t%f\tzsens\t%f\n",icham,fZc[icham],fZmax[icham],fZmaxSensitive[icham]);
2491   }
2492 }
2493 //______________________________________________________
2494
2495 void AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::SetHoles(Bool_t *holes)
2496 {
2497   //
2498   // set centers and the width of sectors
2499   fHole = kFALSE;
2500   for (Int_t icham=0;icham< AliTRDgeometry::kNcham;icham++){
2501     fIsHole[icham] = holes[icham];
2502     if (holes[icham]) fHole = kTRUE;
2503   }
2504 }
2505
2506
2507
2508
2509
2510 //______________________________________________________
2511
2512 void AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::InsertCluster(AliTRDcluster* c,
2513                                                           UInt_t index) {
2514
2515 // Insert cluster in cluster array.
2516 // Clusters are sorted according to Y coordinate.
2517
2518   if(fTimeBinIndex < 0) {
2519     printf("*** attempt to insert cluster into non-sensitive time bin!\n");
2520     return;
2521   }
2522
2523   if (fN== (Int_t) kMaxClusterPerTimeBin) {
2524     printf("AliTRDpropagationLayer::InsertCluster(): Too many clusters !\n");
2525     return;
2526   }
2527   if (fN==0) {fIndex[0]=index; fClusters[fN++]=c; return;}
2528   Int_t i=Find(c->GetY());
2529   memmove(fClusters+i+1 ,fClusters+i,(fN-i)*sizeof(AliTRDcluster*));
2530   memmove(fIndex   +i+1 ,fIndex   +i,(fN-i)*sizeof(UInt_t));
2531   fIndex[i]=index; fClusters[i]=c; fN++;
2532 }
2533
2534 //______________________________________________________
2535
2536 Int_t AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::Find(Float_t y) const {
2537
2538 // Returns index of the cluster nearest in Y
2539
2540   if (fN<=0) return 0;
2541   if (y <= fClusters[0]->GetY()) return 0;
2542   if (y > fClusters[fN-1]->GetY()) return fN;
2543   Int_t b=0, e=fN-1, m=(b+e)/2;
2544   for (; b<e; m=(b+e)/2) {
2545     if (y > fClusters[m]->GetY()) b=m+1;
2546     else e=m;
2547   }
2548   return m;
2549 }
2550
2551 Int_t AliTRDtracker::AliTRDpropagationLayer::FindNearestCluster(Float_t y, Float_t z, Float_t maxroad, Float_t maxroadz) const
2552 {
2553   //
2554   // Returns index of the cluster nearest to the given y,z
2555   //
2556   Int_t index = -1;
2557   Int_t maxn = fN;
2558   Float_t mindist = maxroad;
2559   //
2560   for (Int_t i=Find(y-maxroad); i<maxn; i++) {
2561     AliTRDcluster* c=(AliTRDcluster*)(fClusters[i]);
2562     Float_t ycl = c->GetY();
2563     //
2564     if (ycl > y+maxroad) break;
2565     if (TMath::Abs(c->GetZ()-z) > maxroadz) continue;
2566     if (TMath::Abs(ycl-y)<mindist){
2567       mindist = TMath::Abs(ycl-y);
2568       index = fIndex[i];
2569     }
2570   }
2571   return index;
2572 }
2573
2574
2575 //---------------------------------------------------------
2576
2577 Double_t AliTRDtracker::GetTiltFactor(const AliTRDcluster* c) {
2578 //
2579 //  Returns correction factor for tilted pads geometry
2580 //
2581   Int_t det = c->GetDetector();
2582   Int_t plane = fGeom->GetPlane(det);
2583   AliTRDpadPlane *padPlane = AliTRDCommonParam::Instance()->GetPadPlane(plane,0);
2584   Double_t h01 = TMath::Tan(-TMath::Pi() / 180.0 * padPlane->GetTiltingAngle());
2585
2586   if(fNoTilt) h01 = 0;
2587   return h01;
2588 }
2589
2590
2591 void AliTRDtracker::CookdEdxTimBin(AliTRDtrack& TRDtrack)
2592 {
2593   // *** ADDED TO GET MORE INFORMATION FOR TRD PID  ---- PS
2594   // This is setting fdEdxPlane and fTimBinPlane
2595   // Sums up the charge in each plane for track TRDtrack and also get the
2596   // Time bin for Max. Cluster
2597   // Prashant Shukla (shukla@physi.uni-heidelberg.de)
2598
2599   Double_t  clscharge[kNPlane], maxclscharge[kNPlane];
2600   Int_t  nCluster[kNPlane], timebin[kNPlane];
2601
2602   //Initialization of cluster charge per plane.
2603   for (Int_t iPlane = 0; iPlane < kNPlane; iPlane++) {
2604     clscharge[iPlane] = 0.0;
2605     nCluster[iPlane] = 0;
2606     timebin[iPlane] = -1;
2607     maxclscharge[iPlane] = 0.0;
2608   }
2609
2610   // Loop through all clusters associated to track TRDtrack
2611   Int_t nClus = TRDtrack.GetNumberOfClusters();  // from Kalmantrack
2612   for (Int_t iClus = 0; iClus < nClus; iClus++) {
2613     Double_t charge = TRDtrack.GetClusterdQdl(iClus);
2614     Int_t index = TRDtrack.GetClusterIndex(iClus);
2615     AliTRDcluster *TRDcluster = (AliTRDcluster *) GetCluster(index);
2616     if (!TRDcluster) continue;
2617     Int_t tb = TRDcluster->GetLocalTimeBin();
2618     if (!tb) continue;
2619     Int_t detector = TRDcluster->GetDetector();
2620     Int_t iPlane   = fGeom->GetPlane(detector);
2621     clscharge[iPlane] = clscharge[iPlane]+charge;
2622     if(charge > maxclscharge[iPlane]) {
2623       maxclscharge[iPlane] = charge;
2624       timebin[iPlane] = tb;
2625     }
2626     nCluster[iPlane]++;
2627   } // end of loop over cluster
2628
2629   // Setting the fdEdxPlane and fTimBinPlane variabales
2630   Double_t Total_ch = 0;
2631   for (Int_t iPlane = 0; iPlane < kNPlane; iPlane++) {
2632     // Quality control of TRD track.
2633     if (nCluster[iPlane]<= 5) {
2634       clscharge[iPlane]=0.0;
2635       timebin[iPlane]=-1;
2636     }
2637     if (nCluster[iPlane]) clscharge[iPlane] /= nCluster[iPlane];
2638     TRDtrack.SetPIDsignals(clscharge[iPlane], iPlane);
2639     TRDtrack.SetPIDTimBin(timebin[iPlane], iPlane);
2640     Total_ch= Total_ch+clscharge[iPlane];
2641   }
2642   //  Int_t i;
2643   //  Int_t nc=TRDtrack.GetNumberOfClusters();
2644   //  Float_t dedx=0;
2645   //  for (i=0; i<nc; i++) dedx += TRDtrack.GetClusterdQdl(i);
2646   //  dedx /= nc;
2647   //  for (Int_t iPlane = 0; iPlane < kNPlane; iPlane++) {
2648   //    TRDtrack.SetPIDsignals(dedx, iPlane);
2649   //    TRDtrack.SetPIDTimBin(timbin[iPlane], iPlane);
2650   //  }
2651
2652 } // end of function
2653
2654
2655 Int_t AliTRDtracker::FindClusters(Int_t sector, Int_t t0, Int_t t1, AliTRDtrack * track, Int_t *clusters,AliTRDtracklet&tracklet)
2656 {
2657   //
2658   //
2659   //  try to find nearest clusters to the track in timebins from t0 to t1
2660   //
2661   //
2662   //
2663   // correction coeficients   - depends on TRD parameters  - to be changed according it
2664   //
2665
2666   Double_t x[100],yt[100],zt[100];
2667   Double_t xmean=0;   //reference x
2668   Double_t dz[10][100],dy[10][100];
2669   Float_t zmean[100], nmean[100];
2670   Int_t    clfound=0;
2671   Int_t    indexes[10][100];    // indexes of the clusters in the road
2672   AliTRDcluster *cl[10][100];   // pointers to the clusters in the road
2673   Int_t    best[10][100];       // index of best matching cluster
2674   //
2675   //
2676
2677   for (Int_t it=0;it<=t1-t0; it++){
2678     x[it]=0;
2679     yt[it]=0;
2680     zt[it]=0;
2681     clusters[it+t0]=-2;
2682     zmean[it]=0;
2683     nmean[it]=0;
2684     //
2685     for (Int_t ih=0;ih<10;ih++){
2686       indexes[ih][it]=-2;              //reset indexes1
2687       cl[ih][it]=0;
2688       dz[ih][it]=-100;
2689       dy[ih][it]=-100;
2690       best[ih][it]=0;
2691     }
2692   }
2693   //
2694   Double_t x0 = track->GetX();
2695   Double_t sigmaz = TMath::Sqrt(TMath::Abs(track->GetSigmaZ2()));
2696   Int_t nall=0;
2697   Int_t nfound=0;
2698   Double_t h01 =0;
2699   Int_t plane =-1;
2700   Float_t padlength=0;
2701   AliTRDtrack track2(*track);
2702   Float_t snpy = track->GetSnp();
2703   Float_t tany = TMath::Sqrt(snpy*snpy/(1.-snpy*snpy));
2704   if (snpy<0) tany*=-1;
2705   //
2706   Double_t sy2=ExpectedSigmaY2(x0,track->GetTgl(),track->GetPt());
2707   Double_t sz2=ExpectedSigmaZ2(x0,track->GetTgl());
2708   Double_t road = 15.*sqrt(track->GetSigmaY2() + sy2);
2709   if (road>6.) road=6.;
2710
2711   //
2712   for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2713     Double_t maxChi2[2]={fgkMaxChi2,fgkMaxChi2};
2714     AliTRDpropagationLayer& timeBin=*(fTrSec[sector]->GetLayer(it+t0));
2715     if (timeBin==0) continue;  // no indexes1
2716     Int_t maxn = timeBin;
2717     x[it] = timeBin.GetX();
2718     track2.PropagateTo(x[it]);
2719     yt[it] = track2.GetY();
2720     zt[it] = track2.GetZ();
2721
2722     Double_t  y=yt[it],z=zt[it];
2723     Double_t chi2 =1000000;
2724     nall++;
2725     //
2726     // find 2 nearest cluster at given time bin
2727     //
2728     //
2729     for (Int_t i=timeBin.Find(y-road); i<maxn; i++) {
2730       AliTRDcluster* c=(AliTRDcluster*)(timeBin[i]);
2731       h01 = GetTiltFactor(c);
2732       if (plane<0){
2733         Int_t det = c->GetDetector();
2734         plane = fGeom->GetPlane(det);
2735         padlength = TMath::Sqrt(c->GetSigmaZ2()*12.);
2736       }
2737       //      if (c->GetLocalTimeBin()==0) continue;
2738       if (c->GetY() > y+road) break;
2739       if((c->GetZ()-z)*(c->GetZ()-z) > 12. * sz2) continue;
2740
2741       Double_t dist = TMath::Abs(c->GetZ()-z);
2742       if (dist> (0.5*padlength+6.*sigmaz)) continue;   // 6 sigma boundary cut
2743       Double_t cost = 0;
2744       //
2745       if (dist> (0.5*padlength-sigmaz)){   //  sigma boundary cost function
2746         cost =  (dist-0.5*padlength)/(2.*sigmaz);
2747         if (cost>-1) cost= (cost+1.)*(cost+1.);
2748         else cost=0;
2749       }
2750       //      Int_t label = TMath::Abs(track->GetLabel());
2751       //      if (c->GetLabel(0)!=label && c->GetLabel(1)!=label&&c->GetLabel(2)!=label) continue;
2752       chi2=track2.GetPredictedChi2(c,h01)+cost;
2753       //
2754       clfound++;
2755       if (chi2 > maxChi2[1]) continue;
2756
2757       for (Int_t ih=2;ih<9; ih++){  //store the clusters in the road
2758         if (cl[ih][it]==0){
2759           cl[ih][it] = c;
2760           indexes[ih][it] =timeBin.GetIndex(i);   // index - 9 - reserved for outliers
2761           break;
2762         }
2763       }
2764       //
2765       if (chi2 <maxChi2[0]){
2766         maxChi2[1]     = maxChi2[0];
2767         maxChi2[0]     = chi2;
2768         indexes[1][it] = indexes[0][it];
2769         cl[1][it]      = cl[0][it];
2770         indexes[0][it] = timeBin.GetIndex(i);
2771         cl[0][it]      = c;
2772         continue;
2773       }
2774       maxChi2[1]=chi2;
2775       cl[1][it] = c;
2776       indexes[1][it] =timeBin.GetIndex(i);
2777     }
2778     if (cl[0][it]){
2779       nfound++;
2780       xmean += x[it];
2781     }
2782   }
2783   //
2784   if (nfound<4) return 0;
2785   xmean /=Float_t(nfound);     // middle x
2786   track2.PropagateTo(xmean);   // propagate track to the center
2787   //
2788   // choose one of the variants
2789   //
2790   Int_t changes[10];
2791   Float_t sumz      = 0;
2792   Float_t sum       = 0;
2793   Double_t sumdy    = 0;
2794   Double_t sumdy2   = 0;
2795   Double_t sumx     = 0;
2796   Double_t sumxy    = 0;
2797   Double_t sumx2    = 0;
2798   Double_t mpads    = 0;
2799   //
2800   Int_t   ngood[10];
2801   Int_t   nbad[10];
2802   //
2803   Double_t meanz[10];
2804   Double_t moffset[10];    // mean offset
2805   Double_t mean[10];       // mean value
2806   Double_t angle[10];      // angle
2807   //
2808   Double_t smoffset[10];   // sigma of mean offset
2809   Double_t smean[10];      // sigma of mean value
2810   Double_t sangle[10];     // sigma of angle
2811   Double_t smeanangle[10]; // correlation
2812   //
2813   Double_t sigmas[10];
2814   Double_t tchi2s[10];      // chi2s for tracklet
2815   //
2816   // calculate zmean
2817   //
2818   for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2819     if (!cl[0][it]) continue;
2820     for (Int_t dt=-3;dt<=3;dt++){
2821       if (it+dt<0) continue;
2822       if (it+dt>t1-t0) continue;
2823       if (!cl[0][it+dt]) continue;
2824       zmean[it]+=cl[0][it+dt]->GetZ();
2825       nmean[it]+=1.;
2826     }
2827     zmean[it]/=nmean[it];
2828   }
2829   //
2830   for (Int_t it=0; it<t1-t0;it++){
2831     best[0][it]=0;
2832     for (Int_t ih=0;ih<10;ih++){
2833       dz[ih][it]=-100;
2834       dy[ih][it]=-100;
2835       if (!cl[ih][it]) continue;
2836       Double_t  xcluster = cl[ih][it]->GetX();
2837       Double_t ytrack,ztrack;
2838       track2.GetProlongation(xcluster, ytrack, ztrack );
2839       dz[ih][it]  = cl[ih][it]->GetZ()- ztrack;                               // calculate distance from track  in z
2840       dy[ih][it]  = cl[ih][it]->GetY()+ dz[ih][it]*h01  -ytrack;     //                                in y
2841     }
2842     // minimize changes
2843     if (!cl[0][it]) continue;
2844     if (TMath::Abs(cl[0][it]->GetZ()-zmean[it])> padlength*0.8 &&cl[1][it])
2845       if (TMath::Abs(cl[1][it]->GetZ()-zmean[it])< padlength*0.5){
2846         best[0][it]=1;
2847       }
2848   }
2849   //
2850   // iterative choosing of "best path"
2851   //
2852   //
2853   Int_t label = TMath::Abs(track->GetLabel());
2854   Int_t bestiter=0;
2855   //
2856   for (Int_t iter=0;iter<9;iter++){
2857     //
2858     changes[iter]= 0;
2859     sumz      = 0; sum=0; sumdy=0;sumdy2=0;sumx=0;sumx2=0;sumxy=0;mpads=0; ngood[iter]=0; nbad[iter]=0;
2860     // linear fit
2861     for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2862       if (!cl[best[iter][it]][it]) continue;
2863       //calculates pad-row changes
2864       Double_t zbefore= cl[best[iter][it]][it]->GetZ();
2865       Double_t zafter = cl[best[iter][it]][it]->GetZ();
2866       for (Int_t itd = it-1; itd>=0;itd--) {
2867         if (cl[best[iter][itd]][itd]) {
2868           zbefore= cl[best[iter][itd]][itd]->GetZ();
2869           break;
2870         }
2871       }
2872       for (Int_t itd = it+1; itd<t1-t0;itd++) {
2873         if (cl[best[iter][itd]][itd]) {
2874           zafter= cl[best[iter][itd]][itd]->GetZ();
2875           break;
2876         }
2877       }
2878       if (TMath::Abs(cl[best[iter][it]][it]->GetZ()-zbefore)>0.1&&TMath::Abs(cl[best[iter][it]][it]->GetZ()-zafter)>0.1) changes[iter]++;
2879       //
2880       Double_t dx = x[it]-xmean;  // distance to reference x
2881       sumz += cl[best[iter][it]][it]->GetZ();
2882       sum++;
2883       sumdy += dy[best[iter][it]][it];
2884       sumdy2+= dy[best[iter][it]][it]*dy[best[iter][it]][it];
2885       sumx  += dx;
2886       sumx2 += dx*dx;
2887       sumxy  += dx*dy[best[iter][it]][it];
2888       mpads += cl[best[iter][it]][it]->GetNPads();
2889       if (cl[best[iter][it]][it]->GetLabel(0)==label || cl[best[iter][it]][it]->GetLabel(1)==label||cl[best[iter][it]][it]->GetLabel(2)==label){
2890         ngood[iter]++;
2891       }
2892       else{
2893         nbad[iter]++;
2894       }
2895     }
2896     //
2897     // calculates line parameters
2898     //
2899     Double_t det  = sum*sumx2-sumx*sumx;
2900     angle[iter]   = (sum*sumxy-sumx*sumdy)/det;
2901     mean[iter]    = (sumx2*sumdy-sumx*sumxy)/det;
2902     meanz[iter]   = sumz/sum;
2903     moffset[iter] = sumdy/sum;
2904     mpads        /= sum;                         // mean number of pads
2905     //
2906     //
2907     Double_t  sigma2 = 0;   // normalized residuals - for line fit
2908     Double_t  sigma1 = 0;   // normalized residuals - constant fit
2909     //
2910     for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2911       if (!cl[best[iter][it]][it]) continue;
2912       Double_t dx = x[it]-xmean;
2913       Double_t ytr = mean[iter]+angle[iter]*dx;
2914       sigma2 += (dy[best[iter][it]][it]-ytr)*(dy[best[iter][it]][it]-ytr);
2915       sigma1 +=  (dy[best[iter][it]][it]-moffset[iter])*(dy[best[iter][it]][it]-moffset[iter]);
2916       sum++;
2917     }
2918     sigma2      /=(sum-2);                    // normalized residuals
2919     sigma1      /=(sum-1);                    // normalized residuals
2920     //
2921     smean[iter]       = sigma2*(sumx2/det);   // estimated error2 of mean
2922     sangle[iter]      = sigma2*(sum/det);     // estimated error2 of angle
2923     smeanangle[iter]  = sigma2*(-sumx/det);   // correlation
2924     //
2925     //
2926     sigmas[iter]  = TMath::Sqrt(sigma1);      //
2927     smoffset[iter]= (sigma1/sum)+0.01*0.01;             // sigma of mean offset + unisochronity sigma
2928     //
2929     // iterative choosing of "better path"
2930     //
2931     for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2932       if (!cl[best[iter][it]][it]) continue;
2933       //
2934       Double_t sigmatr2 = smoffset[iter]+0.5*tany*tany;             //add unisochronity + angular effect contribution
2935       Double_t sweight  = 1./sigmatr2+1./track->GetSigmaY2();
2936       Double_t weighty  = (moffset[iter]/sigmatr2)/sweight;         // weighted mean
2937       Double_t sigmacl  = TMath::Sqrt(sigma1*sigma1+track->GetSigmaY2());   //
2938       Double_t mindist=100000;
2939       Int_t ihbest=0;
2940       for (Int_t ih=0;ih<10;ih++){
2941         if (!cl[ih][it]) break;
2942         Double_t dist2 = (dy[ih][it]-weighty)/sigmacl;
2943         dist2*=dist2;    //chi2 distance
2944         if (dist2<mindist){
2945           mindist = dist2;
2946           ihbest =ih;
2947         }
2948       }
2949       best[iter+1][it]=ihbest;
2950     }
2951     //
2952     //  update best hypothesy if better chi2 according tracklet position and angle
2953     //
2954     Double_t sy2 = smean[iter]  + track->GetSigmaY2();
2955     Double_t sa2 = sangle[iter] + track->fCee;
2956     Double_t say = track->fCey;
2957     //    Double_t chi20 = mean[bestiter]*mean[bestiter]/sy2+angle[bestiter]*angle[bestiter]/sa2;
2958     // Double_t chi21 = mean[iter]*mean[iter]/sy2+angle[iter]*angle[iter]/sa2;
2959
2960     Double_t detchi    = sy2*sa2-say*say;
2961     Double_t invers[3] = {sa2/detchi, sy2/detchi, -say/detchi};   //inverse value of covariance matrix
2962
2963     Double_t chi20 = mean[bestiter]*mean[bestiter]*invers[0]+angle[bestiter]*angle[bestiter]*invers[1]+
2964       2.*mean[bestiter]*angle[bestiter]*invers[2];
2965     Double_t chi21 = mean[iter]*mean[iter]*invers[0]+angle[iter]*angle[iter]*invers[1]+
2966       2*mean[iter]*angle[iter]*invers[2];
2967     tchi2s[iter] =chi21;
2968     //
2969     if (changes[iter]<=changes[bestiter] && chi21<chi20) {
2970       bestiter =iter;
2971     }
2972   }
2973   //
2974   //set clusters
2975   //
2976   Double_t sigma2 = sigmas[0];   // choose as sigma  from 0 iteration
2977   Short_t maxpos    = -1;
2978   Float_t maxcharge =  0;
2979   Short_t maxpos4    = -1;
2980   Float_t maxcharge4 =  0;
2981   Short_t maxpos5    = -1;
2982   Float_t maxcharge5 =  0;
2983
2984   //if (tchi2s[bestiter]>25.) sigma2*=tchi2s[bestiter]/25.;
2985   //if (tchi2s[bestiter]>25.) sigma2=1000.;  // dont'accept
2986
2987   Double_t exB = AliTRDcalibDB::Instance()->GetOmegaTau(AliTRDcalibDB::Instance()->GetVdrift(0,0,0));
2988   Double_t expectederr = sigma2*sigma2+0.01*0.01;
2989   if (mpads>3.5) expectederr  +=   (mpads-3.5)*0.04;
2990   if (changes[bestiter]>1) expectederr+=   changes[bestiter]*0.01;
2991   expectederr+=(0.03*(tany-exB)*(tany-exB))*15;
2992   //  if (tchi2s[bestiter]>18.) expectederr*= tchi2s[bestiter]/18.;
2993   //expectederr+=10000;
2994   for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
2995     if (!cl[best[bestiter][it]][it]) continue;
2996     cl[best[bestiter][it]][it]->SetSigmaY2(expectederr);  // set cluster error
2997     if (!cl[best[bestiter][it]][it]->IsUsed()){
2998       cl[best[bestiter][it]][it]->SetY( cl[best[bestiter][it]][it]->GetY());
2999       //      cl[best[bestiter][it]][it]->Use();
3000     }
3001     //
3002     //  time bins with maximal charge
3003     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge){
3004       maxcharge = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3005       maxpos = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3006     }
3007
3008     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge4){
3009       if (cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()>=4){
3010         maxcharge4 = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3011         maxpos4 = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3012       }
3013     }
3014     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge5){
3015       if (cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()>=5){
3016         maxcharge5 = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3017         maxpos5 = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3018       }
3019     }
3020     //
3021     //  time bins with maximal charge
3022     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge){
3023       maxcharge = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3024       maxpos = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3025     }
3026
3027     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge4){
3028       if (cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()>=4){
3029         maxcharge4 = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3030         maxpos4 = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3031       }
3032     }
3033     if (TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ())> maxcharge5){
3034       if (cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()>=5){
3035         maxcharge5 = TMath::Abs(cl[best[bestiter][it]][it]->GetQ());
3036         maxpos5 = cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin();
3037       }
3038     }
3039     clusters[it+t0] = indexes[best[bestiter][it]][it];
3040     //if (cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()>4 && cl[best[bestiter][it]][it]->GetLocalTimeBin()<18) clusters[it+t0] = indexes[best[bestiter][it]][it];    //Test
3041   }
3042   //
3043   // set tracklet parameters
3044   //
3045   Double_t trackleterr2 = smoffset[bestiter]+0.01*0.01;
3046   if (mpads>3.5) trackleterr2  +=   (mpads-3.5)*0.04;
3047   trackleterr2+=   changes[bestiter]*0.01;
3048   trackleterr2*=   TMath::Max(14.-nfound,1.);
3049   trackleterr2+=   0.2*(tany-exB)*(tany-exB);
3050   //
3051   tracklet.Set(xmean, track2.GetY()+moffset[bestiter], meanz[bestiter], track2.GetAlpha(), trackleterr2);  //set tracklet parameters
3052   tracklet.SetTilt(h01);
3053   tracklet.SetP0(mean[bestiter]);
3054   tracklet.SetP1(angle[bestiter]);
3055   tracklet.SetN(nfound);
3056   tracklet.SetNCross(changes[bestiter]);
3057   tracklet.SetPlane(plane);
3058   tracklet.SetSigma2(expectederr);
3059   tracklet.SetChi2(tchi2s[bestiter]);
3060   tracklet.SetMaxPos(maxpos,maxpos4,maxpos5);
3061   track->fTracklets[plane] = tracklet;
3062   track->fNWrong+=nbad[0];
3063   //
3064   // Debuging part
3065   //
3066   TClonesArray array0("AliTRDcluster");
3067   TClonesArray array1("AliTRDcluster");
3068   array0.ExpandCreateFast(t1-t0+1);
3069   array1.ExpandCreateFast(t1-t0+1);
3070   TTreeSRedirector& cstream = *fDebugStreamer;
3071   AliTRDcluster dummy;
3072   Double_t dy0[100];
3073   Double_t dyb[100];
3074
3075   for (Int_t it=0;it<t1-t0;it++){
3076     dy0[it] = dy[0][it];
3077     dyb[it] = dy[best[bestiter][it]][it];
3078     if(cl[0][it]) {
3079       new(array0[it]) AliTRDcluster(*cl[0][it]);
3080     }
3081     else{
3082       new(array0[it]) AliTRDcluster(dummy);
3083     }
3084     if(cl[best[bestiter][it]][it]) {
3085       new(array1[it]) AliTRDcluster(*cl[best[bestiter][it]][it]);
3086     }
3087     else{
3088       new(array1[it]) AliTRDcluster(dummy);
3089     }
3090   }
3091   TGraph graph0(t1-t0,x,dy0);
3092   TGraph graph1(t1-t0,x,dyb);
3093   TGraph graphy(t1-t0,x,yt);
3094   TGraph graphz(t1-t0,x,zt);
3095   //
3096   //
3097   cstream<<"tracklet"<<
3098     "track.="<<track<<                                       // track parameters
3099     "tany="<<tany<<                                          // tangent of the local track angle
3100     "xmean="<<xmean<<                                        // xmean - reference x of tracklet
3101     "tilt="<<h01<<                                           // tilt angle
3102     "nall="<<nall<<                                          // number of foundable clusters
3103     "nfound="<<nfound<<                                      // number of found clusters
3104     "clfound="<<clfound<<                                    // total number of found clusters in road
3105     "mpads="<<mpads<<                                        // mean number of pads per cluster
3106     "plane="<<plane<<                                        // plane number
3107     "road="<<road<<                                          // the width of the used road
3108     "graph0.="<<&graph0<<                                    // x - y = dy for closest cluster
3109     "graph1.="<<&graph1<<                                    // x - y = dy for second closest cluster
3110     "graphy.="<<&graphy<<                                    // y position of the track
3111     "graphz.="<<&graphz<<                                    // z position of the track
3112     //    "fCl.="<<&array0<<                                       // closest cluster
3113     //"fCl2.="<<&array1<<                                      // second closest cluster
3114     "maxpos="<<maxpos<<                                      // maximal charge postion
3115     "maxcharge="<<maxcharge<<                                // maximal charge
3116     "maxpos4="<<maxpos4<<                                    // maximal charge postion - after bin 4
3117     "maxcharge4="<<maxcharge4<<                              // maximal charge         - after bin 4
3118     "maxpos5="<<maxpos5<<                                    // maximal charge postion - after bin 5
3119     "maxcharge5="<<maxcharge5<<                              // maximal charge         - after bin 5
3120     //
3121     "bestiter="<<bestiter<<                                  // best iteration number
3122     "tracklet.="<<&tracklet<<                                // corrspond to the best iteration
3123     "tchi20="<<tchi2s[0]<<                                   // chi2 of cluster in the 0 iteration
3124     "tchi2b="<<tchi2s[bestiter]<<                            // chi2 of cluster in the best  iteration
3125     "sigmas0="<<sigmas[0]<<                                  // residuals sigma
3126     "sigmasb="<<sigmas[bestiter]<<                           // residulas sigma
3127     //
3128     "ngood0="<<ngood[0]<<                                    // number of good clusters in 0 iteration
3129     "nbad0="<<nbad[0]<<                                      // number of bad clusters in 0 iteration
3130     "ngoodb="<<ngood[bestiter]<<                             //                        in  best iteration
3131     "nbadb="<<nbad[bestiter]<<                               //                        in  best iteration
3132     //
3133     "changes0="<<changes[0]<<                                // changes of pardrows in iteration number 0
3134     "changesb="<<changes[bestiter]<<                         // changes of pardrows in best iteration
3135     //
3136     "moffset0="<<moffset[0]<<                                // offset fixing angle in iter=0
3137     "smoffset0="<<smoffset[0]<<                              // sigma of offset fixing angle in iter=0
3138     "moffsetb="<<moffset[bestiter]<<                         // offset fixing angle in iter=best
3139     "smoffsetb="<<smoffset[bestiter]<<                       // sigma of offset fixing angle in iter=best
3140     //
3141     "mean0="<<mean[0]<<                                      // mean dy in iter=0;
3142     "smean0="<<smean[0]<<                                    // sigma of mean dy in iter=0
3143     "meanb="<<mean[bestiter]<<                               // mean dy in iter=best
3144     "smeanb="<<smean[bestiter]<<                             // sigma of mean dy in iter=best
3145     //
3146     "angle0="<<angle[0]<<                                    // angle deviation in the iteration number 0
3147     "sangle0="<<sangle[0]<<                                  // sigma of angular deviation in iteration number 0
3148     "angleb="<<angle[bestiter]<<                             // angle deviation in the best iteration
3149     "sangleb="<<sangle[bestiter]<<                           // sigma of angle deviation in the best iteration
3150     //
3151     "expectederr="<<expectederr<<                            // expected error of cluster position
3152     "\n";
3153   //
3154   //
3155   return nfound;
3156 }
3157
3158
3159 Int_t  AliTRDtracker::Freq(Int_t n, const Int_t *inlist, Int_t *outlist, Bool_t down)
3160 {
3161   //
3162   //  Sort eleements according occurancy
3163   //  The size of output array has is 2*n
3164   //
3165   Int_t * sindexS = new Int_t[n];     // temp array for sorting
3166   Int_t * sindexF = new Int_t[2*n];
3167   for (Int_t i=0;i<n;i++) sindexF[i]=0;
3168   //
3169   TMath::Sort(n,inlist, sindexS, down);
3170   Int_t last      = inlist[sindexS[0]];
3171   Int_t val       = last;
3172   sindexF[0]      = 1;
3173   sindexF[0+n]    = last;
3174   Int_t countPos  = 0;
3175   //
3176   //  find frequency
3177   for(Int_t i=1;i<n; i++){
3178     val = inlist[sindexS[i]];
3179     if (last == val)   sindexF[countPos]++;
3180     else{
3181       countPos++;
3182       sindexF[countPos+n] = val;
3183       sindexF[countPos]++;
3184       last =val;
3185     }
3186   }
3187   if (last==val) countPos++;
3188   // sort according frequency
3189   TMath::Sort(countPos, sindexF, sindexS, kTRUE);
3190   for (Int_t i=0;i<countPos;i++){
3191     outlist[2*i  ] = sindexF[sindexS[i]+n];
3192     outlist[2*i+1] = sindexF[sindexS[i]];
3193   }
3194   delete [] sindexS;
3195   delete [] sindexF;
3196
3197   return countPos;
3198 }
3199
3200 AliTRDtrack * AliTRDtracker::RegisterSeed(AliTRDseed * seeds, Double_t * params)
3201 {
3202   //
3203   //
3204   //
3205   Double_t alpha=AliTRDgeometry::GetAlpha();
3206   Double_t shift=AliTRDgeometry::GetAlpha()/2.;
3207   Double_t c[15];
3208   c[0] = 0.2;
3209   c[1] = 0  ; c[2] = 2;
3210   c[3] = 0  ; c[4] = 0; c[5] = 0.02;
3211   c[6] = 0  ; c[7] = 0; c[8] = 0;      c[9] = 0.1;
3212   c[10] = 0  ; c[11] = 0; c[12] = 0;   c[13] = 0.0; c[14] = params[5]*params[5]*0.01;
3213   //
3214   Int_t index =0;
3215   AliTRDcluster *cl =0;
3216   for (Int_t ilayer=0;ilayer<6;ilayer++){
3217     if (seeds[ilayer].isOK()){
3218       for (Int_t itime=22;itime>0;itime--){
3219         if (seeds[ilayer].fIndexes[itime]>0){
3220           index = seeds[ilayer].fIndexes[itime];
3221           cl = seeds[ilayer].fClusters[itime];
3222           break;
3223         }
3224       }
3225     }
3226     if (index>0) break;
3227   }
3228   if (cl==0) return 0;
3229   AliTRDtrack * track  = new AliTRDtrack(cl,index,&params[1],c, params[0],params[6]*alpha+shift);
3230   track->PropagateTo(params[0]-5.);
3231   track->ResetCovariance(1);
3232   //
3233   Int_t rc=FollowBackProlongation(*track);
3234   if (rc<30) {
3235     delete track;
3236     track =0;
3237   }else{
3238     track->CookdEdx();
3239     CookdEdxTimBin(*track);
3240     CookLabel(track, 0.9);
3241   }
3242   return track;
3243 }
3244
3245
3246
3247
3248
3249
3250 AliTRDseed::AliTRDseed()
3251 {
3252   //
3253   //
3254   fTilt =0;         // tilting angle
3255   fPadLength = 0;   // pad length
3256   fX0 = 0;           // x0 position
3257   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3258     fX[i]=0;        // !x position
3259     fY[i]=0;        // !y position
3260     fZ[i]=0;        // !z position
3261     fIndexes[i]=0;  // !indexes
3262     fClusters[i]=0; // !clusters
3263   }
3264   for (Int_t i=0;i<2;i++){
3265     fYref[i]=0;      // reference y
3266     fZref[i]=0;      // reference z
3267     fYfit[i]=0;      // y fit position +derivation
3268     fYfitR[i]=0;      // y fit position +derivation
3269     fZfit[i]=0;      // z fit position
3270     fZfitR[i]=0;      // z fit position
3271     fLabels[i]=0;    // labels
3272   }
3273   fSigmaY  = 0;
3274   fSigmaY2 = 0;
3275   fMeanz=0;         // mean vaue of z
3276   fZProb=0;         // max probbable z
3277   fMPads=0;
3278   //
3279   fN=0;            // number of associated clusters
3280   fN2=0;            // number of not crossed
3281   fNUsed=0;        // number of used clusters
3282   fNChange=0;      // change z counter
3283 }
3284
3285 void AliTRDseed::Reset(){
3286   //
3287   // reset seed
3288   //
3289   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3290     fX[i]=0;        // !x position
3291     fY[i]=0;        // !y position
3292     fZ[i]=0;        // !z position
3293     fIndexes[i]=0;  // !indexes
3294     fClusters[i]=0; // !clusters
3295     fUsable[i]  = kFALSE;
3296   }
3297   for (Int_t i=0;i<2;i++){
3298     fYref[i]=0;      // reference y
3299     fZref[i]=0;      // reference z
3300     fYfit[i]=0;      // y fit position +derivation
3301     fYfitR[i]=0;      // y fit position +derivation
3302     fZfit[i]=0;      // z fit position
3303     fZfitR[i]=0;      // z fit position
3304     fLabels[i]=-1;    // labels
3305   }
3306   fSigmaY =0;         //"robust" sigma in y
3307   fSigmaY2=0;         //"robust" sigma in y
3308   fMeanz =0;         // mean vaue of z
3309   fZProb =0;         // max probbable z
3310   fMPads =0;
3311   //
3312   fN=0;            // number of associated clusters
3313   fN2=0;            // number of not crossed
3314   fNUsed=0;        // number of used clusters
3315   fNChange=0;      // change z counter
3316 }
3317
3318 void AliTRDseed::CookLabels(){
3319   //
3320   // cook 2 labels for seed
3321   //
3322   Int_t labels[200];
3323   Int_t out[200];
3324   Int_t nlab =0;
3325   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3326     if (!fClusters[i]) continue;
3327     for (Int_t ilab=0;ilab<3;ilab++){
3328       if (fClusters[i]->GetLabel(ilab)>=0){
3329         labels[nlab] = fClusters[i]->GetLabel(ilab);
3330         nlab++;
3331       }
3332     }
3333   }
3334   Int_t nlab2 = AliTRDtracker::Freq(nlab,labels,out,kTRUE);
3335   fLabels[0] = out[0];
3336   if (nlab2>1 && out[3]>1) fLabels[1] =out[2];
3337 }
3338
3339 void   AliTRDseed::UseClusters()
3340 {
3341   //
3342   // use clusters
3343   //
3344    for (Int_t i=0;i<25;i++){
3345      if (!fClusters[i]) continue;
3346      if (!(fClusters[i]->IsUsed())) fClusters[i]->Use();
3347    }
3348 }
3349
3350
3351 void        AliTRDseed::Update(){
3352   //
3353   //
3354   //
3355   const Float_t ratio = 0.8;
3356   const Int_t   kClmin        = 6;
3357   const Float_t kmaxtan  = 2;
3358   if (TMath::Abs(fYref[1])>kmaxtan) return;             // too much inclined track
3359   //
3360   Float_t  sigmaexp = 0.05+TMath::Abs(fYref[1]*0.25);   // expected r.m.s in y direction
3361   Float_t  ycrosscor = fPadLength*fTilt*0.5;             // y correction for crossing
3362   fNChange =0;
3363   //
3364   Double_t sumw, sumwx,sumwx2;
3365   Double_t sumwy, sumwxy, sumwz,sumwxz;
3366   Int_t    zints[25];        // histograming of the z coordinate - get 1 and second max probable coodinates in z
3367   Int_t    zouts[50];        //
3368   Float_t  allowedz[25];     // allowed z for given time bin
3369   Float_t  yres[25];         // residuals from reference
3370   Float_t  anglecor = fTilt*fZref[1];  //correction to the angle
3371   //
3372   //
3373   fN=0; fN2 =0;
3374   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3375     yres[i] =10000;
3376     if (!fClusters[i]) continue;
3377     yres[i] = fY[i]-fYref[0]-(fYref[1]+anglecor)*fX[i];   // residual y
3378     zints[fN] = Int_t(fZ[i]);
3379     fN++;
3380   }
3381   if (fN<kClmin) return;
3382   Int_t nz = AliTRDtracker::Freq(fN,zints,zouts,kFALSE);
3383   fZProb   = zouts[0];
3384   if (nz<=1) zouts[3]=0;
3385   if (zouts[1]+zouts[3]<kClmin) return;
3386   //
3387   if (TMath::Abs(zouts[0]-zouts[2])>12.) zouts[3]=0;   // z distance bigger than pad - length
3388   //
3389   Int_t  breaktime = -1;
3390   Bool_t mbefore   = kFALSE;
3391   Int_t  cumul[25][2];
3392   Int_t  counts[2]={0,0};
3393   //
3394   if (zouts[3]>=3){
3395     //
3396     // find the break time allowing one chage on pad-rows with maximal numebr of accepted clusters
3397     //
3398     fNChange=1;
3399     for (Int_t i=0;i<25;i++){
3400       cumul[i][0] = counts[0];
3401       cumul[i][1] = counts[1];
3402       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[0])<2) counts[0]++;
3403       if (TMath::Abs(fZ[i]-zouts[2])<2) counts[1]++;
3404     }
3405     Int_t  maxcount  = 0;
3406     for (Int_t i=0;i<24;i++) {
3407       Int_t after  = cumul[24][0]-cumul[i][0];
3408       Int_t before = cumul[i][1];
3409       if (after+before>maxcount) {
3410         maxcount=after+before;
3411         breaktime=i;
3412         mbefore=kFALSE;
3413       }
3414       after  = cumul[24][1]-cumul[i][1];
3415       before = cumul[i][0];
3416       if (after+before>maxcount) {
3417         maxcount=after+before;
3418         breaktime=i;
3419         mbefore=kTRUE;
3420       }
3421     }
3422     breaktime-=1;
3423   }
3424   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3425     if (i>breaktime)  allowedz[i] =   mbefore  ? zouts[2]:zouts[0];
3426     if (i<=breaktime) allowedz[i] = (!mbefore) ? zouts[2]:zouts[0];
3427   }
3428   if ( (allowedz[0]>allowedz[24] && fZref[1]<0) || (allowedz[0]<allowedz[24] &&  fZref[1]>0)){
3429     //
3430     // tracklet z-direction not in correspondance with track z direction
3431     //
3432     fNChange =0;
3433     for (Int_t i=0;i<25;i++){
3434       allowedz[i] =  zouts[0];  //only longest taken
3435     }
3436   }
3437   //
3438   if (fNChange>0){
3439     //
3440     // cross pad -row tracklet  - take the step change into account
3441     //
3442     for (Int_t i=0;i<25;i++){
3443       if (!fClusters[i]) continue;
3444       if (TMath::Abs(fZ[i]-allowedz[i])>2) continue;
3445       yres[i] = fY[i]-fYref[0]-(fYref[1]+anglecor)*fX[i];   // residual y
3446       if (TMath::Abs(fZ[i]-fZProb)>2){
3447         if (fZ[i]>fZProb) yres[i]+=fTilt*fPadLength;
3448         if (fZ[i]<fZProb) yres[i]-=fTilt*fPadLength;
3449       }
3450     }
3451   }
3452   //
3453   Double_t yres2[25];
3454   Double_t mean,sigma;
3455   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3456     if (!fClusters[i]) continue;
3457     if (TMath::Abs(fZ[i]-allowedz[i])>2) continue;
3458     yres2[fN2] =  yres[i];
3459     fN2++;
3460   }
3461   if (fN2<kClmin){
3462     fN2 = 0;
3463     return;
3464   }
3465   EvaluateUni(fN2,yres2,mean,sigma,Int_t(fN2*ratio-2));
3466   if (sigma<sigmaexp*0.8) sigma=sigmaexp;
3467   fSigmaY = sigma;
3468   //
3469   //
3470   // reset sums
3471   sumw=0; sumwx=0; sumwx2=0;
3472   sumwy=0; sumwxy=0; sumwz=0;sumwxz=0;
3473   fN2 =0;
3474   fMeanz =0;
3475   fMPads =0;
3476   //
3477   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3478     fUsable[i]=kFALSE;
3479     if (!fClusters[i]) continue;
3480     if (TMath::Abs(fZ[i]-allowedz[i])>2)  continue;
3481     if (TMath::Abs(yres[i]-mean)>4.*sigma) continue;
3482     fUsable[i] = kTRUE;
3483     fN2++;
3484     fMPads+=fClusters[i]->GetNPads();
3485     Float_t weight =1;
3486     if (fClusters[i]->GetNPads()>4) weight=0.5;
3487     if (fClusters[i]->GetNPads()>5) weight=0.2;
3488     //
3489     Double_t x = fX[i];
3490     sumw+=weight; sumwx+=x*weight; sumwx2+=x*x*weight;
3491     sumwy+=weight*yres[i];  sumwxy+=weight*(yres[i])*x;
3492     sumwz+=weight*fZ[i];    sumwxz+=weight*fZ[i]*x;
3493   }
3494   if (fN2<kClmin){
3495     fN2 = 0;
3496     return;
3497   }
3498   fMeanz       = sumwz/sumw;
3499   Float_t correction =0;
3500   if (fNChange>0){
3501     // tracklet on boundary
3502     if (fMeanz<fZProb) correction =   ycrosscor;
3503     if (fMeanz>fZProb) correction =  -ycrosscor;
3504   }
3505   Double_t det = sumw*sumwx2-sumwx*sumwx;
3506   fYfitR[0]    = (sumwx2*sumwy-sumwx*sumwxy)/det;
3507   fYfitR[1]    = (sumw*sumwxy-sumwx*sumwy)/det;
3508   //
3509   fSigmaY2     =0;
3510   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3511     if (!fUsable[i]) continue;
3512     Float_t delta = yres[i]-fYfitR[0]-fYfitR[1]*fX[i];
3513     fSigmaY2+=delta*delta;
3514   }
3515   fSigmaY2 = TMath::Sqrt(fSigmaY2/Float_t(fN2-2));
3516   //
3517   fZfitR[0]    = (sumwx2*sumwz-sumwx*sumwxz)/det;
3518   fZfitR[1]    = (sumw*sumwxz-sumwx*sumwz)/det;
3519   fZfit[0]     = (sumwx2*sumwz-sumwx*sumwxz)/det;
3520   fZfit[1]     = (sumw*sumwxz-sumwx*sumwz)/det;
3521   fYfitR[0]   += fYref[0]+correction;
3522   fYfitR[1]   += fYref[1];
3523   fYfit[0]     = fYfitR[0];
3524   fYfit[1]     = fYfitR[1];
3525   //
3526   //
3527   UpdateUsed();
3528 }
3529
3530
3531
3532
3533
3534
3535 void AliTRDseed::UpdateUsed(){
3536   //
3537   fNUsed =0;
3538   for (Int_t i=0;i<25;i++){
3539      if (!fClusters[i]) continue;
3540      if ((fClusters[i]->IsUsed())) fNUsed++;
3541   }
3542 }
3543
3544
3545 void AliTRDseed::EvaluateUni(Int_t nvectors, Double_t *data, Double_t &mean, Double_t &sigma, Int_t hh)
3546 {
3547   //
3548   // robust estimator in 1D case MI version
3549   //
3550   //for the univariate case
3551   //estimates of location and scatter are returned in mean and sigma parameters
3552   //the algorithm works on the same principle as in multivariate case -
3553   //it finds a subset of size hh with smallest sigma, and then returns mean and
3554   //sigma of this subset
3555
3556   if (hh==0)
3557     hh=(nvectors+2)/2;
3558   Double_t faclts[]={2.6477,2.5092,2.3826,2.2662,2.1587,2.0589,1.9660,1.879,1.7973,1.7203,1.6473};
3559   Int_t *index=new Int_t[nvectors];
3560   TMath::Sort(nvectors, data, index, kFALSE);
3561   //
3562   Int_t    nquant = TMath::Min(Int_t(Double_t(((hh*1./nvectors)-0.5)*40))+1, 11);
3563   Double_t factor = faclts[nquant-1];
3564   //
3565   //
3566   Double_t sumx  =0;
3567   Double_t sumx2 =0;
3568   Int_t    bestindex = -1;
3569   Double_t bestmean  = 0;
3570   Double_t bestsigma = data[index[nvectors-1]]-data[index[0]];   // maximal possible sigma
3571   for (Int_t i=0; i<hh; i++){
3572     sumx  += data[index[i]];
3573     sumx2 += data[index[i]]*data[index[i]];
3574   }
3575   //
3576   Double_t norm = 1./Double_t(hh);
3577   Double_t norm2 = 1./Double_t(hh-1);
3578   for (Int_t i=hh; i<nvectors; i++){
3579     Double_t cmean  = sumx*norm;
3580     Double_t csigma = (sumx2 - hh*cmean*cmean)*norm2;
3581     if (csigma<bestsigma){
3582       bestmean  = cmean;
3583       bestsigma = csigma;
3584       bestindex = i-hh;
3585     }
3586     //
3587     //
3588     sumx  += data[index[i]]-data[index[i-hh]];
3589     sumx2 += data[index[i]]*data[index[i]]-data[index[i-hh]]*data[index[i-hh]];
3590   }
3591
3592   Double_t bstd=factor*TMath::Sqrt(TMath::Abs(bestsigma));
3593   mean  = bestmean;
3594   sigma = bstd;
3595   delete [] index;
3596 }
3597
3598
3599 Float_t   AliTRDseed::FitRiemanTilt(AliTRDseed * cseed, Bool_t terror){
3600   //
3601   //
3602   //
3603   TLinearFitter fitterT2(4,"hyp4");  // fitting with tilting pads - kz not fixed
3604   fitterT2.StoreData(kTRUE);
3605   Float_t xref2 = (cseed[2].fX0+cseed[3].fX0)*0.5; // reference x0 for z
3606   //
3607   Int_t npointsT =0;
3608   fitterT2.ClearPoints();
3609   for (Int_t iLayer=0; iLayer<6;iLayer++){
3610     if (!cseed[iLayer].isOK()) continue;
3611     Double_t tilt = cseed[iLayer].fTilt;
3612
3613     for (Int_t itime=0;itime<25;itime++){
3614       if (!cseed[iLayer].fUsable[itime]) continue;
3615       Double_t x   = cseed[iLayer].fX[itime]+cseed[iLayer].fX0-xref2;  // x relative to the midle chamber
3616       Double_t y   = cseed[iLayer].fY[itime];
3617       Double_t z   = cseed[iLayer].fZ[itime];
3618       // tilted rieman
3619       //
3620       Double_t uvt[6];
3621       Double_t x2 = cseed[iLayer].fX[itime]+cseed[iLayer].fX0;      // global x
3622       Double_t t = 1./(x2*x2+y*y);
3623       uvt[1]  = t;    // t
3624       uvt[0]  = 2.*x2*uvt[1];      // u
3625       uvt[2]  = 2.0*tilt*uvt[1];
3626       uvt[3]  = 2.0*tilt*x*uvt[1];
3627       uvt[4]  = 2.0*(y+tilt*z)*uvt[1];
3628       //
3629       Double_t error = 2*uvt[1];
3630       if (terror) error*=cseed[iLayer].fSigmaY;
3631       else {error *=0.2;} //default error
3632       fitterT2.AddPoint(uvt,uvt[4],error);
3633       npointsT++;
3634     }
3635   }
3636   fitterT2.Eval();
3637   Double_t rpolz0 = fitterT2.GetParameter(3);
3638   Double_t rpolz1 = fitterT2.GetParameter(4);
3639   //
3640   // linear fitter  - not possible to make boundaries
3641   // non accept non possible z and dzdx combination
3642   //
3643   Bool_t   acceptablez =kTRUE;
3644   for (Int_t iLayer=0; iLayer<6;iLayer++){
3645     if (cseed[iLayer].isOK()){
3646       Double_t zT2 =  rpolz0+rpolz1*(cseed[iLayer].fX0 - xref2);
3647       if (TMath::Abs(cseed[iLayer].fZProb-zT2)>cseed[iLayer].fPadLength*0.5+1)
3648         acceptablez = kFALSE;
3649     }
3650   }
3651   if (!acceptablez){
3652     Double_t zmf  = cseed[2].fZref[0]+cseed[2].fZref[1]*(xref2-cseed[2].fX0);
3653     Double_t dzmf = (cseed[2].fZref[1]+ cseed[3].fZref[1])*0.5;
3654     fitterT2.FixParameter(3,zmf);
3655     fitterT2.FixParameter(4,dzmf);
3656     fitterT2.Eval();
3657     fitterT2.ReleaseParameter(3);
3658     fitterT2.ReleaseParameter(4);
3659     rpolz0 = fitterT2.GetParameter(3);
3660     rpolz1 = fitterT2.GetParameter(4);
3661   }
3662   //
3663   Double_t chi2TR = fitterT2.GetChisquare()/Float_t(npointsT);
3664   Double_t params[3];
3665   params[0]     =  fitterT2.GetParameter(0);
3666   params[1]     =  fitterT2.GetParameter(1);
3667   params[2]     =  fitterT2.GetParameter(2);
3668   Double_t CR     =  1+params[1]*params[1]-params[2]*params[0];
3669   for (Int_t iLayer = 0; iLayer<6;iLayer++){
3670     Double_t  x = cseed[iLayer].fX0;
3671     Double_t  y=0,dy=0, z=0, dz=0;
3672     // y
3673     Double_t res2 = (x*params[0]+params[1]);
3674     res2*=res2;
3675     res2 = 1.-params[2]*params[0]+params[1]*params[1]-res2;
3676     if (res2>=0){
3677       res2 = TMath::Sqrt(res2);
3678       y    = (1-res2)/params[0];
3679     }
3680     //dy
3681     Double_t x0 = -params[1]/params[0];
3682     if (-params[2]*params[0]+params[1]*params[1]+1>0){
3683       Double_t Rm1  = params[0]/TMath::Sqrt(-params[2]*params[0]+params[1]*params[1]+1);
3684       if ( 1./(Rm1*Rm1)-(x-x0)*(x-x0)>0){
3685         Double_t res = (x-x0)/TMath::Sqrt(1./(Rm1*Rm1)-(x-x0)*(x-x0));
3686         if (params[0]<0) res*=-1.;
3687         dy = res;
3688       }
3689     }
3690     z  = rpolz0+rpolz1*(x-xref2);
3691     dz = rpolz1;
3692     cseed[iLayer].fYref[0] = y;
3693     cseed[iLayer].fYref[1] = dy;
3694     cseed[iLayer].fZref[0] = z;
3695     cseed[iLayer].fZref[1] = dz;
3696     cseed[iLayer].fC  = CR;
3697     //
3698   }
3699   return chi2TR;
3700 }