]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - ANALYSIS/AliAnalysisManager.cxx
Use the MCchain flag in GetChainForTestMode
[u/mrichter/AliRoot.git] / ANALYSIS / AliAnalysisManager.cxx
index 65741abe07e35b968634b490d5c768cf88b0fd99..b738df2923a56a67d331a0218fd23cff44069b61 100644 (file)
@@ -30,6 +30,7 @@
 #include <cerrno>
 #include <Riostream.h>
 #include <TError.h>
+#include <TMap.h>
 #include <TClass.h>
 #include <TFile.h>
 #include <TMath.h>
@@ -41,6 +42,7 @@
 #include <TCanvas.h>
 #include <TStopwatch.h>
 
+#include "AliLog.h"
 #include "AliAnalysisSelector.h"
 #include "AliAnalysisGrid.h"
 #include "AliAnalysisTask.h"
 #include "AliSysInfo.h"
 #include "AliAnalysisStatistics.h"
 
+using std::ofstream;
+using std::ios;
+using std::cout;
+using std::endl;
 ClassImp(AliAnalysisManager)
 
 AliAnalysisManager *AliAnalysisManager::fgAnalysisManager = NULL;
@@ -60,30 +66,35 @@ Int_t AliAnalysisManager::fPBUpdateFreq = 1;
 //______________________________________________________________________________
 AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
                    :TNamed(name,title),
-                    fTree(NULL),
-                    fInputEventHandler(NULL),
-                    fOutputEventHandler(NULL),
-                    fMCtruthEventHandler(NULL),
-                    fEventPool(NULL),
+                    fTree(0),
+                    fInputEventHandler(0),
+                    fOutputEventHandler(0),
+                    fMCtruthEventHandler(0),
+                    fEventPool(0),
                     fCurrentEntry(-1),
                     fNSysInfo(0),
                     fMode(kLocalAnalysis),
                     fInitOK(kFALSE),
+                    fMustClean(kFALSE),
                     fIsRemote(kFALSE),
                     fDebug(0),
                     fSpecialOutputLocation(""), 
-                    fTasks(NULL),
-                    fTopTasks(NULL),
-                    fZombies(NULL),
-                    fContainers(NULL),
-                    fInputs(NULL),
-                    fOutputs(NULL),
-                    fParamCont(NULL),
-                    fCommonInput(NULL),
-                    fCommonOutput(NULL),
-                    fSelector(NULL),
-                    fGridHandler(NULL),
-                    fExtraFiles(""),
+                    fTasks(0),
+                    fTopTasks(0),
+                    fZombies(0),
+                    fContainers(0),
+                    fInputs(0),
+                    fOutputs(0),
+                    fParamCont(0),
+                    fDebugOptions(0),
+                    fFileDescriptors(new TObjArray()),
+                    fCurrentDescriptor(0),
+                    fCommonInput(0),
+                    fCommonOutput(0),
+                    fSelector(0),
+                    fGridHandler(0),
+                    fExtraFiles(),
+                    fFileInfoLog(),
                     fAutoBranchHandling(kTRUE), 
                     fTable(),
                     fRunFromPath(0),
@@ -91,20 +102,23 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const char *name, const char *title)
                     fMaxEntries(0),
                     fStatisticsMsg(),
                     fRequestedBranches(),
-                    fStatistics(0)
+                    fStatistics(0),
+                    fGlobals(0)
 {
 // Default constructor.
    fgAnalysisManager = this;
    fgCommonFileName  = "AnalysisResults.root";
-   fTasks      = new TObjArray();
-   fTopTasks   = new TObjArray();
-   fZombies    = new TObjArray();
-   fContainers = new TObjArray();
-   fInputs     = new TObjArray();
-   fOutputs    = new TObjArray();
-   fParamCont  = new TObjArray();
+   if (TClass::IsCallingNew() != TClass::kDummyNew) {
+     fTasks      = new TObjArray();
+     fTopTasks   = new TObjArray();
+     fZombies    = new TObjArray();
+     fContainers = new TObjArray();
+     fInputs     = new TObjArray();
+     fOutputs    = new TObjArray();
+     fParamCont  = new TObjArray();
+     fGlobals    = new TMap();
+   }  
    SetEventLoop(kTRUE);
-   TObject::SetObjectStat(kFALSE);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -119,6 +133,7 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
                     fNSysInfo(0),
                     fMode(other.fMode),
                     fInitOK(other.fInitOK),
+                    fMustClean(other.fMustClean),
                     fIsRemote(other.fIsRemote),
                     fDebug(other.fDebug),
                     fSpecialOutputLocation(""), 
@@ -129,11 +144,15 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
                     fInputs(NULL),
                     fOutputs(NULL),
                     fParamCont(NULL),
+                    fDebugOptions(NULL),
+                    fFileDescriptors(new TObjArray()),
+                    fCurrentDescriptor(0),
                     fCommonInput(NULL),
                     fCommonOutput(NULL),
                     fSelector(NULL),
                     fGridHandler(NULL),
-                    fExtraFiles(),
+                    fExtraFiles(other.fExtraFiles),
+                    fFileInfoLog(other.fFileInfoLog),
                     fAutoBranchHandling(other.fAutoBranchHandling), 
                     fTable(),
                     fRunFromPath(0),
@@ -141,7 +160,8 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
                     fMaxEntries(other.fMaxEntries),
                     fStatisticsMsg(other.fStatisticsMsg),
                     fRequestedBranches(other.fRequestedBranches),
-                    fStatistics(other.fStatistics)
+                    fStatistics(other.fStatistics),
+                    fGlobals(other.fGlobals)
 {
 // Copy constructor.
    fTasks      = new TObjArray(*other.fTasks);
@@ -153,7 +173,6 @@ AliAnalysisManager::AliAnalysisManager(const AliAnalysisManager& other)
    fParamCont  = new TObjArray(*other.fParamCont);
    fgCommonFileName  = "AnalysisResults.root";
    fgAnalysisManager = this;
-   TObject::SetObjectStat(kFALSE);
 }
    
 //______________________________________________________________________________
@@ -180,11 +199,15 @@ AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& othe
       fInputs     = new TObjArray(*other.fInputs);
       fOutputs    = new TObjArray(*other.fOutputs);
       fParamCont  = new TObjArray(*other.fParamCont);
+      fDebugOptions = NULL;
+      fFileDescriptors = new TObjArray();
+      fCurrentDescriptor = 0;
       fCommonInput = NULL;
       fCommonOutput = NULL;
       fSelector   = NULL;
       fGridHandler = NULL;
       fExtraFiles = other.fExtraFiles;
+      fFileInfoLog = other.fFileInfoLog;
       fgCommonFileName = "AnalysisResults.root";
       fgAnalysisManager = this;
       fAutoBranchHandling = other.fAutoBranchHandling;
@@ -195,6 +218,7 @@ AliAnalysisManager& AliAnalysisManager::operator=(const AliAnalysisManager& othe
       fStatisticsMsg = other.fStatisticsMsg;
       fRequestedBranches = other.fRequestedBranches;
       fStatistics = other.fStatistics;
+      fGlobals = new TMap();
    }
    return *this;
 }
@@ -210,13 +234,15 @@ AliAnalysisManager::~AliAnalysisManager()
    if (fInputs) delete fInputs;
    if (fOutputs) delete fOutputs;
    if (fParamCont) delete fParamCont;
+   if (fDebugOptions) delete fDebugOptions;
    if (fGridHandler) delete fGridHandler;
    if (fInputEventHandler) delete fInputEventHandler;
    if (fOutputEventHandler) delete fOutputEventHandler;
    if (fMCtruthEventHandler) delete fMCtruthEventHandler;
    if (fEventPool) delete fEventPool;
    if (fgAnalysisManager==this) fgAnalysisManager = NULL;
-   TObject::SetObjectStat(kTRUE);
+   if (fGlobals) {fGlobals->DeleteAll(); delete fGlobals;}
+   if (fFileDescriptors) {fFileDescriptors->Delete(); delete fFileDescriptors;}
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -226,7 +252,9 @@ Int_t AliAnalysisManager::GetEntry(Long64_t entry, Int_t getall)
    fCurrentEntry = entry;
    if (!fAutoBranchHandling)
      return 123456789;
-   return fTree ? fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall) : -1;
+   if (!fTree) return -1;  
+   Long64_t readbytes = fTree->GetTree()->GetEntry(entry, getall);
+   return (Int_t)readbytes;
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -236,27 +264,29 @@ Int_t AliAnalysisManager::GetRunFromAlienPath(const char *path)
 // alice data in alien.
 //    sim:  /alice/sim/<production>/run_no/...
 //    data: /alice/data/year/period/000run_no/... (ESD or AOD)
+   TString type = "unknown";
    TString s(path);
+   if (s.Contains("/alice/data")) type = "real";
+   else if (s.Contains("/alice/sim")) type = "simulated";
    TString srun;
-   Int_t run = 0;
-   Int_t index = s.Index("/alice/sim");
-   if (index >= 0) {
-      for (Int_t i=0; i<3; i++) {
-         index = s.Index("/", index+1);
-         if (index<0) return 0;
-      }
-      srun = s(index+1,6);
-      run = atoi(srun);
-   }
-   index = s.Index("/alice/data");
-   if (index >= 0) {
-      for (Int_t i=0; i<4; i++) {
-         index = s.Index("/", index+1);
-         if (index<0) return 0;
+   Int_t ind1, ind2;
+   ind1 = s.Index("/00");
+   if (ind1>0) {
+      ind2 = s.Index("/",ind1+1);
+      if (ind2-ind1>8) srun = s(ind1+1, ind2-ind1-1);
+   }   
+   if (srun.IsNull()) {
+      ind1 = s.Index("/LHC");
+      if (ind1>0) {
+         ind1 = s.Index("/",ind1+1);
+         if (ind1>0) {
+            ind2 = s.Index("/",ind1+1);
+            if (ind2>0) srun = s(ind1+1, ind2-ind1-1);
+         }
       }
-      srun = s(index+1,9);
-      run = atoi(srun);
-   }
+   }         
+   Int_t run = srun.Atoi();
+   if (run>0) printf("=== GetRunFromAlienPath: run %d of %s data ===\n", run, type.Data());
    return run;
 }   
 
@@ -345,6 +375,10 @@ void AliAnalysisManager::SlaveBegin(TTree *tree)
   // When running with PROOF SlaveBegin() is called on each slave server.
   // The tree argument is deprecated (on PROOF 0 is passed).
    if (fDebug > 1) printf("->AliAnalysisManager::SlaveBegin()\n");
+
+   // Apply debug options
+   ApplyDebugOptions();
+   
    if (!CheckTasks()) Fatal("SlaveBegin", "Not all needed libraries were loaded");
    static Bool_t isCalled = kFALSE;
    Bool_t init = kFALSE;
@@ -432,6 +466,7 @@ Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
    // to the generated code, but the routine can be extended by the
    // user if needed. The return value is currently not used.
    if (!fTree) return kFALSE;
+   if (!TObject::TestBit(AliAnalysisManager::kTrueNotify)) return kFALSE;
 
    fTable.Clear("nodelete"); // clearing the hash table may not be needed -> C.L.
    if (fMode == kProofAnalysis) fIsRemote = kTRUE;
@@ -441,11 +476,18 @@ Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
       Error("Notify","No current file");
       return kFALSE;
    }   
+   if (IsCollectThroughput()) {
+      if (fCurrentDescriptor) fCurrentDescriptor->Done();
+      fCurrentDescriptor = new AliAnalysisFileDescriptor(curfile);
+      fFileDescriptors->Add(fCurrentDescriptor);
+   }   
    
    if (fDebug > 1) printf("->AliAnalysisManager::Notify() file: %s\n", curfile->GetName());
    Int_t run = AliAnalysisManager::GetRunFromAlienPath(curfile->GetName());
-   if (run) SetRunFromPath(run);
-   if (fDebug > 1) printf("   ### run found from path: %d\n", run); 
+   if (run && (run != fRunFromPath)) {
+      fRunFromPath = run;
+      if (fDebug > 1) printf("   ### run found from path: %d\n", run);
+   }
    TIter next(fTasks);
    AliAnalysisTask *task;
        
@@ -471,7 +513,7 @@ Bool_t AliAnalysisManager::Notify()
 }    
 
 //______________________________________________________________________________
-Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
+Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t)
 {
   // The Process() function is called for each entry in the tree (or possibly
   // keyed object in the case of PROOF) to be processed. The entry argument
@@ -490,18 +532,8 @@ Bool_t AliAnalysisManager::Process(Long64_t entry)
   //  The entry is always the local entry number in the current tree.
   //  Assuming that fChain is the pointer to the TChain being processed,
   //  use fChain->GetTree()->GetEntry(entry).
-   if (fDebug > 1) printf("->AliAnalysisManager::Process(%lld)\n", entry);
 
-   if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->BeginEvent(entry);
-   if (fOutputEventHandler)  fOutputEventHandler ->BeginEvent(entry);
-   if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->BeginEvent(entry);
-   
-   GetEntry(entry);
-
-   if (fInputEventHandler)   fInputEventHandler  ->GetEntry();
-
-   ExecAnalysis();
-   if (fDebug > 1) printf("<-AliAnalysisManager::Process()\n");
+   // This method is obsolete. ExecAnalysis is called instead.
    return kTRUE;
 }
 
@@ -511,6 +543,19 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
   // Pack all output data containers in the output list. Called at SlaveTerminate
   // stage in PROOF case for each slave.
    if (fDebug > 1) printf("->AliAnalysisManager::PackOutput()\n");
+   if (IsCollectThroughput()) {
+      if (fCurrentDescriptor) fCurrentDescriptor->Done();
+      fFileDescriptors->Print();
+      if (fFileInfoLog.IsNull()) fFileInfoLog = "fileinfo.log";
+      std::ofstream out;
+      out.open(fFileInfoLog, std::ios::out);
+      if (out.bad()) Error("SavePrimitive", "Bad file name: %s", fFileInfoLog.Data());
+      else {
+         TIter nextflog(fFileDescriptors);
+         TObject *log;
+         while ((log=nextflog())) log->SavePrimitive(out,"");
+      }
+   }   
    if (!target) {
       Error("PackOutput", "No target. Exiting.");
       return;
@@ -717,7 +762,7 @@ void AliAnalysisManager::PackOutput(TList *target)
          }      
       }
    } 
-   cdir->cd();
+   if (cdir) cdir->cd();
    if (fDebug > 1) printf("<-AliAnalysisManager::PackOutput: output list contains %d containers\n", target->GetSize());
 }
 
@@ -766,6 +811,7 @@ void AliAnalysisManager::ImportWrappers(TList *source)
             Error("ImportWrappers", "Cannot open file %s in read-only mode", filename);
             continue;
          }   
+         f->cd();
          TObject *obj = 0;
          // Cd to the directory pointed by the container
          TString folder = cont->GetFolderName();
@@ -963,6 +1009,7 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
    }
    gROOT->cd();
    next1.Reset();
+   TString copiedFiles;
    while ((output=(AliAnalysisDataContainer*)next1())) {
       // Close all files at output
       TDirectory *opwd = gDirectory;
@@ -970,14 +1017,20 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
          // Clear file list to release object ownership to user.
 //         output->GetFile()->Clear();
          output->GetFile()->Close();
-         output->SetFile(NULL);
          // Copy merged outputs in alien if requested
-         if (fSpecialOutputLocation.Length() && 
-             fSpecialOutputLocation.BeginsWith("alien://")) {
+         if (fSpecialOutputLocation.BeginsWith("alien://")) {
+            if (copiedFiles.Contains(output->GetFile()->GetName())) {
+               if (opwd) opwd->cd();
+               output->SetFile(NULL);
+               continue;
+            } 
             Info("Terminate", "Copy file %s to %s", output->GetFile()->GetName(),fSpecialOutputLocation.Data()); 
+            gROOT->ProcessLine("if (!gGrid) TGrid::Connect(\"alien:\");");
             TFile::Cp(output->GetFile()->GetName(), 
                       Form("%s/%s", fSpecialOutputLocation.Data(), output->GetFile()->GetName()));
+            copiedFiles += output->GetFile()->GetName();
          }             
+         output->SetFile(NULL);
       }   
       if (opwd) opwd->cd();
    }   
@@ -1081,7 +1134,7 @@ void AliAnalysisManager::Terminate()
       out.open("outputs_valid", ios::out);
       out.close();
    }
-   cdir->cd();      
+   if (cdir) cdir->cd();      
    if (fDebug > 1) printf("<-AliAnalysisManager::Terminate()\n");
 }
 //______________________________________________________________________________
@@ -1434,7 +1487,9 @@ void AliAnalysisManager::CheckBranches(Bool_t load)
          }
       }   
       fTable.Add(br);
-      if (load && br->GetReadEntry()!=GetCurrentEntry()) br->GetEntry(GetCurrentEntry());
+      if (load && br->GetReadEntry()!=GetCurrentEntry()) {
+         br->GetEntry(GetCurrentEntry());
+      }      
    }
   delete arr;
 }
@@ -1503,6 +1558,22 @@ void AliAnalysisManager::ResetAnalysis()
    CleanContainers();
 }
 
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::RunLocalInit()
+{
+// Run LocalInit method for all tasks.
+   TDirectory *cdir = gDirectory;
+   if (IsTrainInitialized()) return;
+   TIter nextTask(fTasks);
+   AliAnalysisTask *task;
+   while ((task=(AliAnalysisTask*)nextTask())) {
+      gROOT->cd();
+      task->LocalInit();
+   }
+   if (cdir) cdir->cd();
+   TObject::SetBit(kTasksInitialized, kTRUE);
+}   
+
 //______________________________________________________________________________
 Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, Long64_t nentries, Long64_t firstentry)
 {
@@ -1527,21 +1598,20 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
    gROOT->cd();
    if (!fInitOK) {
       Error("StartAnalysis","Analysis manager was not initialized !");
-      cdir->cd();
+      if (cdir) cdir->cd();
       return -1;
    }
    if (!CheckTasks()) Fatal("StartAnalysis", "Not all needed libraries were loaded");
-   if (fDebug > 1) printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
+   if (fDebug > 1) {
+      printf("StartAnalysis %s\n",GetName());
+      AliLog::SetGlobalLogLevel(AliLog::kInfo);
+   }   
    fMaxEntries = nentries;
    fIsRemote = kFALSE;
    TString anaType = type;
    anaType.ToLower();
    fMode = kLocalAnalysis;
-   Bool_t runlocalinit = kTRUE;
-   if (anaType.Contains("file")) {
-      runlocalinit = kFALSE;
-      fIsRemote = kTRUE;
-   }   
+   if (anaType.Contains("file"))      fIsRemote = kTRUE;
    if (anaType.Contains("proof"))     fMode = kProofAnalysis;
    else if (anaType.Contains("grid")) fMode = kGridAnalysis;
    else if (anaType.Contains("mix"))  fMode = kMixingAnalysis;
@@ -1552,39 +1622,35 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
          if (!fGridHandler) {
             Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without a grid handler.");
             Info("===", "Add an AliAnalysisAlien object as plugin for this manager and configure it.");
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return -1;
          }
          // Write analysis manager in the analysis file
          cout << "===== RUNNING GRID ANALYSIS: " << GetName() << endl;
          // run local task configuration
-         TIter nextTask(fTasks);
-         AliAnalysisTask *task;
-         while ((task=(AliAnalysisTask*)nextTask())) {
-            task->LocalInit();
-            gROOT->cd();
-         }
+         RunLocalInit();
          if (!fGridHandler->StartAnalysis(nentries, firstentry)) {
             Info("StartAnalysis", "Grid analysis was stopped and cannot be terminated");
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return -1;
          }   
 
          // Terminate grid analysis
-         if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) {cdir->cd(); return -1;}
-         if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) {cdir->cd(); return 0;}
+         if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) {if (cdir) cdir->cd(); return -1;}
+         if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) {if (cdir) cdir->cd(); return 0;}
          cout << "===== MERGING OUTPUTS REGISTERED BY YOUR ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
          if (!fGridHandler->MergeOutputs()) {
             // Return if outputs could not be merged or if it alien handler
             // was configured for offline mode or local testing.
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return 0;
          }
       }   
       cout << "===== TERMINATING GRID ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
+      if (cdir) cdir->cd();
       ImportWrappers(NULL);
       Terminate();
-      cdir->cd();
+      if (cdir) cdir->cd();
       return 0;
    }
    TString line;
@@ -1598,7 +1664,7 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
       chain = (TChain*)tree;
       if (!chain || !chain->GetListOfFiles()->First()) {
          Error("StartAnalysis", "Cannot process null or empty chain...");
-         cdir->cd();
+         if (cdir) cdir->cd();
          return -1;
       }   
       ttype = "TChain";
@@ -1609,13 +1675,7 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
    // Initialize locally all tasks (happens for all modes)
    TIter next(fTasks);
    AliAnalysisTask *task;
-   if (runlocalinit) {
-      while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
-         task->LocalInit();
-         gROOT->cd();
-      }
-      if (getsysInfo) AliSysInfo::AddStamp("LocalInit_all", 0);
-   }   
+   RunLocalInit();
    
    switch (fMode) {
       case kLocalAnalysis:
@@ -1677,7 +1737,7 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
          }
          if (!gROOT->GetListOfProofs() || !gROOT->GetListOfProofs()->GetEntries()) {
             Error("StartAnalysis", "No PROOF!!! Exiting.");
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return -1;
          }   
          line = Form("gProof->AddInput((TObject*)%p);", this);
@@ -1688,7 +1748,7 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
             retv = chain->Process("AliAnalysisSelector", "", nentries, firstentry);
          } else {
             Error("StartAnalysis", "No chain!!! Exiting.");
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return -1;
          }      
          break;
@@ -1698,7 +1758,7 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
             if (!fGridHandler) {
                Error("StartAnalysis", "Cannot start grid analysis without a grid handler.");
                Info("===", "Add an AliAnalysisAlien object as plugin for this manager and configure it.");
-               cdir->cd();
+               if (cdir) cdir->cd();
                return -1;
             }
             // Write analysis manager in the analysis file
@@ -1706,31 +1766,31 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
             // Start the analysis via the handler
             if (!fGridHandler->StartAnalysis(nentries, firstentry)) {
                Info("StartAnalysis", "Grid analysis was stopped and cannot be terminated");
-               cdir->cd();
+               if (cdir) cdir->cd();
                return -1;
             }   
 
             // Terminate grid analysis
-            if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) {cdir->cd(); return -1;}
-            if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) {cdir->cd(); return 0;}
+            if (fSelector && fSelector->GetStatus() == -1) {if (cdir) cdir->cd(); return -1;}
+            if (fGridHandler->GetRunMode() == AliAnalysisGrid::kOffline) {if (cdir) cdir->cd(); return 0;}
             cout << "===== MERGING OUTPUTS REGISTERED BY YOUR ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
             if (!fGridHandler->MergeOutputs()) {
                // Return if outputs could not be merged or if it alien handler
                // was configured for offline mode or local testing.
-               cdir->cd();
+               if (cdir) cdir->cd();
                return 0;
             }
          }   
          cout << "===== TERMINATING GRID ANALYSIS JOB: " << GetName() << endl;
          ImportWrappers(NULL);
          Terminate();
-         cdir->cd();
+         if (cdir) cdir->cd();
          return 0;
       case kMixingAnalysis:   
          // Run event mixing analysis
          if (!fEventPool) {
             Error("StartAnalysis", "Cannot run event mixing without event pool");
-            cdir->cd();
+            if (cdir) cdir->cd();
             return -1;
          }
          cout << "===== RUNNING EVENT MIXING ANALYSIS " << GetName() << endl;
@@ -1743,14 +1803,14 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, TTree * const tree,
             retv = chain->Process(fSelector);
             if (retv < 0) {
                Error("StartAnalysis", "Mixing analysis failed");
-               cdir->cd();
+               if (cdir) cdir->cd();
                return retv;
             }   
          }
          PackOutput(fSelector->GetOutputList());
          Terminate();
    }
-   cdir->cd();
+   if (cdir) cdir->cd();
    return retv;
 }   
 
@@ -1797,12 +1857,8 @@ Long64_t AliAnalysisManager::StartAnalysis(const char *type, const char *dataset
    }   
 
    // Initialize locally all tasks
-   TIter next(fTasks);
-   AliAnalysisTask *task;
-   while ((task=(AliAnalysisTask*)next())) {
-      task->LocalInit();
-   }
-   
+   RunLocalInit();
+      
    line = Form("gProof->AddInput((TObject*)%p);", this);
    gROOT->ProcessLine(line);
    Long_t retv;
@@ -1973,6 +2029,12 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
    static Long64_t nentries = 0;
    static TTree *lastTree = 0;
    static TStopwatch *timer = new TStopwatch();
+   // Only the first call to Process will trigger a true Notify. Other Notify
+   // coming before is ignored.
+   if (!TObject::TestBit(AliAnalysisManager::kTrueNotify)) {
+      TObject::SetBit(AliAnalysisManager::kTrueNotify);
+      Notify();
+   }   
    if (fDebug > 0) printf("MGR: Processing event #%d\n", fNcalls);
    else {
       if (fTree && (fTree != lastTree)) {
@@ -1988,7 +2050,7 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
    if (getsysInfo && ((fNcalls%fNSysInfo)==0)) AliSysInfo::AddStamp("Exec_start", (Int_t)fNcalls);
    if (!fInitOK) {
       Error("ExecAnalysis", "Analysis manager was not initialized !");
-      cdir->cd();
+      if (cdir) cdir->cd();
       return;
    }
    fNcalls++;
@@ -2004,7 +2066,7 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
       if (!cont) cont = (AliAnalysisDataContainer*)fInputs->At(0);
       if (!cont) {
              Error("ExecAnalysis","Cannot execute analysis in TSelector mode without at least one top container");
-         cdir->cd();
+         if (cdir) cdir->cd();
          return;
       }   
       cont->SetData(fTree); // This will notify all consumers
@@ -2040,7 +2102,7 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
       // Gather system information if requested
       if (getsysInfo && ((fNcalls%fNSysInfo)==0)) 
          AliSysInfo::AddStamp("Handlers_FinishEvent",fNcalls, 1001, 1);
-      cdir->cd();   
+      if (cdir) cdir->cd();   
       return;
    }   
    // The event loop is not controlled by TSelector   
@@ -2068,7 +2130,7 @@ void AliAnalysisManager::ExecAnalysis(Option_t *option)
    if (fMCtruthEventHandler) fMCtruthEventHandler->FinishEvent();
    if (getsysInfo && ((fNcalls%fNSysInfo)==0)) 
       AliSysInfo::AddStamp("Handlers_FinishEvent",fNcalls, 1000, 1);
-   cdir->cd();   
+   if (cdir) cdir->cd();   
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -2089,7 +2151,7 @@ void AliAnalysisManager::SetInputEventHandler(AliVEventHandler* const handler)
 {
 // Set the input event handler and create a container for it.
    fInputEventHandler   = handler;
-   fCommonInput = CreateContainer("cAUTO_INPUT", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
+   if (!fCommonInput) fCommonInput = CreateContainer("cAUTO_INPUT", TChain::Class(), AliAnalysisManager::kInputContainer);
 }
 
 //______________________________________________________________________________
@@ -2097,7 +2159,7 @@ void AliAnalysisManager::SetOutputEventHandler(AliVEventHandler* const handler)
 {
 // Set the input event handler and create a container for it.
    fOutputEventHandler   = handler;
-   fCommonOutput = CreateContainer("cAUTO_OUTPUT", TTree::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
+   if (!fCommonOutput) fCommonOutput = CreateContainer("cAUTO_OUTPUT", TTree::Class(), AliAnalysisManager::kOutputContainer, "default");
    fCommonOutput->SetSpecialOutput();
 }
 
@@ -2222,14 +2284,14 @@ Bool_t AliAnalysisManager::ValidateOutputFiles() const
       file = TFile::Open(filename);
       if (!file || file->IsZombie() || file->TestBit(TFile::kRecovered)) {
          Error("ValidateOutputs", "Output file <%s> was not created or invalid", filename.Data());
-         cdir->cd();
+         if (cdir) cdir->cd();
          return kFALSE;
       }
       file->Close();
       openedFiles += filename;
       openedFiles += " ";
    }
-   cdir->cd();
+   if (cdir) cdir->cd();
    return kTRUE;
 }   
 
@@ -2350,8 +2412,8 @@ void AliAnalysisManager::DoLoadBranch(const char *name)
     fTable.Add(br);
   }
   if (br->GetReadEntry()==fCurrentEntry) return;
-  Int_t ret = br->GetEntry(GetCurrentEntry());
-  if (ret<0) {
+  Long64_t readbytes = br->GetEntry(GetCurrentEntry());
+  if (readbytes<0) {
     Error("DoLoadBranch", "Could not load entry %lld from branch %s",GetCurrentEntry(), name);
     if (crtEntry != fCurrentEntry) {
       CountEvent(1,0,1,0);
@@ -2436,3 +2498,148 @@ const char* AliAnalysisManager::GetOADBPath()
       
    return oadbPath;
 }
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::SetGlobalStr(const char *key, const char *value)
+{
+// Define a custom string variable mapped to a global unique name. The variable
+// can be then retrieved by a given analysis macro via GetGlobalStr(key).
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalStr", "No analysis manager defined");
+      return;
+   }   
+   Bool_t valid = kFALSE;
+   TString existing = AliAnalysisManager::GetGlobalStr(key, valid);
+   if (valid) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalStr", "Global %s = %s already defined.", key, existing.Data());
+      return;
+   }
+   mgr->GetGlobals()->Add(new TObjString(key), new TObjString(value));
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+const char *AliAnalysisManager::GetGlobalStr(const char *key, Bool_t &valid)
+{
+// Static method to retrieve a global variable defined via SetGlobalStr.
+   valid = kFALSE;
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) return 0;
+   TObject *value = mgr->GetGlobals()->GetValue(key);
+   if (!value) return 0;
+   valid = kTRUE;
+   return value->GetName();
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::SetGlobalInt(const char *key, Int_t value)
+{
+// Define a custom integer variable mapped to a global unique name. The variable
+// can be then retrieved by a given analysis macro via GetGlobalInt(key).
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalStr", "No analysis manager defined");
+      return;
+   }   
+   Bool_t valid = kFALSE;
+   Int_t existing = AliAnalysisManager::GetGlobalInt(key, valid);
+   if (valid) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalInt", "Global %s = %i already defined.", key, existing);
+      return;
+   }
+   mgr->GetGlobals()->Add(new TObjString(key), new TObjString(TString::Format("%i",value)));
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Int_t AliAnalysisManager::GetGlobalInt(const char *key, Bool_t &valid)
+{
+// Static method to retrieve a global variable defined via SetGlobalInt.
+   valid = kFALSE;
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) return 0;
+   TObject *value = mgr->GetGlobals()->GetValue(key);
+   if (!value) return 0;
+   valid = kTRUE;
+   TString s = value->GetName();
+   return s.Atoi();
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::SetGlobalDbl(const char *key, Double_t value)
+{
+// Define a custom double precision variable mapped to a global unique name. The variable
+// can be then retrieved by a given analysis macro via GetGlobalInt(key).
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalStr", "No analysis manager defined");
+      return;
+   }   
+   Bool_t valid = kFALSE;
+   Double_t existing = AliAnalysisManager::GetGlobalDbl(key, valid);
+   if (valid) {
+      ::Error("AliAnalysisManager::SetGlobalInt", "Global %s = %g already defined.", key, existing);
+      return;
+   }
+   mgr->GetGlobals()->Add(new TObjString(key), new TObjString(TString::Format("%f.16",value)));
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+Double_t AliAnalysisManager::GetGlobalDbl(const char *key, Bool_t &valid)
+{
+// Static method to retrieve a global variable defined via SetGlobalDbl.
+   valid = kFALSE;
+   AliAnalysisManager *mgr = AliAnalysisManager::GetAnalysisManager();
+   if (!mgr) return 0;
+   TObject *value = mgr->GetGlobals()->GetValue(key);
+   if (!value) return 0;
+   valid = kTRUE;
+   TString s = value->GetName();
+   return s.Atof();
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::AddClassDebug(const char *className, Int_t debugLevel)
+{
+// Sets Class debug level
+
+   if (!fDebugOptions) {
+      fDebugOptions = new TObjArray();
+      fDebugOptions->SetOwner(kTRUE);
+   }
+
+   // substracting DebugOffset, beacuse of AliLog::SetClassDebugLevel()
+   debugLevel -= AliLog::kDebug-1;
+
+   TNamed *debugOpt = (TNamed*)fDebugOptions->FindObject(className);
+   if (!debugOpt) {
+     AliInfo(TString::Format("Adding debug level %d for class %s",debugLevel+AliLog::kDebug-1,className).Data());
+     fDebugOptions->Add(new TNamed(className,TString::Format("%d",debugLevel).Data()));
+   } else {
+      TString oldDebugStr = debugOpt->GetTitle();
+      Int_t oldDebug = oldDebugStr.Atoi();
+      if (debugLevel > oldDebug) {
+         AliWarning(TString::Format("Overwriting debug level to %d class %s, because it is higher then previously set (%d).",debugLevel+AliLog::kDebug-1,className,oldDebug+AliLog::kDebug-1).Data());
+         debugOpt->SetTitle(TString::Format("%d",debugLevel).Data());
+      } else {
+         AliWarning(TString::Format("Ignoring debug level to %d class %s, because it is smaller then previously set (%d).",debugLevel+AliLog::kDebug-1,className,oldDebug+AliLog::kDebug-1).Data());
+      }
+   }
+}
+
+//______________________________________________________________________________
+void AliAnalysisManager::ApplyDebugOptions()
+{
+// Apply debug options
+
+   if (!fDebugOptions) return;
+   
+   TIter next(fDebugOptions);
+   TNamed *debug;
+   TString debugLevel;
+   while ((debug=dynamic_cast<TNamed*>(next()))) {
+      debugLevel = debug->GetTitle();
+      AliInfo(TString::Format("ApplyDebugOptions : Class=%s debulLevel=%d",debug->GetName(),debugLevel.Atoi()+AliLog::kDebug-1).Data());
+      AliLog::SetClassDebugLevel(debug->GetName(), debugLevel.Atoi());
+   }
+}
+