]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALClusterizerv1.cxx
coding violations fix (changed naming, added comments, made methods const)
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALClusterizerv1.cxx
index a7e4fffcaf86b38d5c89de33b35c959a80f12c06..f2f6c3f5d651e29989e2ffe5d7edf92731d3f6c9 100644 (file)
@@ -73,8 +73,6 @@ class TSystem;
 #include "AliEMCALDigitizer.h"
 #include "AliEMCAL.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-//JLK
-//#include "AliEMCALHistoUtilities.h"
 #include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliEMCALReconstructor.h"
 #include "AliCDBManager.h"
@@ -87,10 +85,6 @@ ClassImp(AliEMCALClusterizerv1)
 //____________________________________________________________________________
 AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
   : AliEMCALClusterizer(),
-    //JLK
-    //fHists(0),fPointE(0),fPointL1(0),fPointL2(0),
-    //fPointDis(0),fPointMult(0),fDigitAmp(0),fMaxE(0),
-    //fMaxL1(0),fMaxL2(0),fMaxDis(0),
     fGeom(0),
     fDefaultInit(kFALSE),
     fToUnfold(kFALSE),
@@ -100,10 +94,59 @@ AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1()
 {
   // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
   
-  InitParameters() ; 
   Init() ;
 }
 
+//____________________________________________________________________________
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry)
+  : AliEMCALClusterizer(),
+    fGeom(geometry),
+    fDefaultInit(kFALSE),
+    fToUnfold(kFALSE),
+    fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(0),
+    fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
+    fECAW0(0.),fTimeCut(0.),fMinECut(0.)
+{
+  // ctor with the indication of the file where header Tree and digits Tree are stored
+  // use this contructor to avoid usage of Init() which uses runloader
+  // change needed by HLT - MP
+
+  // Note for the future: the use on runloader should be avoided or optional at least
+  // another way is to make Init virtual and protected at least such that the deriving classes can overload
+  // Init() ;
+  //
+
+  if (!fGeom)
+    {
+      AliFatal("Geometry not initialized.");
+    }
+
+  if(!gMinuit)
+    gMinuit = new TMinuit(100) ;
+
+}
+
+//____________________________________________________________________________
+AliEMCALClusterizerv1::AliEMCALClusterizerv1(AliEMCALGeometry* geometry, AliEMCALCalibData * calib)
+: AliEMCALClusterizer(),
+fGeom(geometry),
+fDefaultInit(kFALSE),
+fToUnfold(kFALSE),
+fNumberOfECAClusters(0),fCalibData(calib),
+fADCchannelECA(0.),fADCpedestalECA(0.),fECAClusteringThreshold(0.),fECALocMaxCut(0.),
+fECAW0(0.),fTimeCut(0.),fMinECut(0.)
+{
+       // ctor, geometry and calibration are initialized elsewhere.
+       
+       if (!fGeom)
+               AliFatal("Geometry not initialized.");
+               
+       if(!gMinuit)
+               gMinuit = new TMinuit(100) ;
+       
+}
+
+
 //____________________________________________________________________________
   AliEMCALClusterizerv1::~AliEMCALClusterizerv1()
 {
@@ -202,8 +245,8 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Digits2Clusters(Option_t * option)
 }
 
 //____________________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * RecPoint, AliEMCALDigit ** maxAt, 
-                                     Float_t* maxAtEnergy,
+Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * recPoint, AliEMCALDigit ** maxAt, 
+                                     const Float_t* maxAtEnergy,
                                      Int_t nPar, Float_t * fitparameters) const
 {
   // Calls TMinuit to fit the energy distribution of a cluster with several maxima
@@ -219,7 +262,7 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * RecPoint, AliEMCALDigit
   gMinuit->SetFCN(AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare) ;
   // To set the address of the minimization function
   TList * toMinuit = new TList();
-  toMinuit->AddAt(RecPoint,0) ;
+  toMinuit->AddAt(recPoint,0) ;
   toMinuit->AddAt(fDigitsArr,1) ;
   toMinuit->AddAt(fGeom,2) ;
 
@@ -266,7 +309,7 @@ Bool_t AliEMCALClusterizerv1::FindFit(AliEMCALRecPoint * RecPoint, AliEMCALDigit
 
   Double_t p0 = 0.1 ; // "Tolerance" Evaluation stops when EDM = 0.0001*p0 ; 
                       // The number of function call slightly depends on it.
-  Double_t p1 = 1.0 ;
+  //Double_t p1 = 1.0 ;
   Double_t p2 = 0.0 ;
 
   gMinuit->mnexcm("SET STR", &p2, 0, ierflg) ;   // force TMinuit to reduce function calls
@@ -304,7 +347,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::GetCalibrationParameters()
 
   //Check if calibration is stored in data base
 
-  if(!fCalibData && (AliCDBManager::Instance()->IsDefaultStorageSet()))
+  if(!fCalibData)
     {
       AliCDBEntry *entry = (AliCDBEntry*) 
        AliCDBManager::Instance()->Get("EMCAL/Calib/Data");
@@ -322,7 +365,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Init()
   // Make all memory allocations which can not be done in default constructor.
   // Attach the Clusterizer task to the list of EMCAL tasks
   
-  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   if (rl->GetAliRun() && rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))
     fGeom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
   else 
@@ -333,8 +376,6 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Init()
   if(!gMinuit) 
     gMinuit = new TMinuit(100) ;
 
-  //JLK
-  //fHists = BookHists();
 }
 
 //____________________________________________________________________________
@@ -349,17 +390,16 @@ void AliEMCALClusterizerv1::InitParameters()
   const AliEMCALRecParam* recParam = AliEMCALReconstructor::GetRecParam();
   if(!recParam) {
     AliFatal("Reconstruction parameters for EMCAL not set!");
-  }
-  else {
+  } else {
     fECAClusteringThreshold = recParam->GetClusteringThreshold();
     fECAW0                  = recParam->GetW0();
     fMinECut                = recParam->GetMinECut();    
     fToUnfold               = recParam->GetUnfold();
     if(fToUnfold) AliWarning("Cluster Unfolding ON. Implementing only for eta=0 case!!!"); 
     fECALocMaxCut           = recParam->GetLocMaxCut();
-
+    
     AliDebug(1,Form("Reconstruction parameters: fECAClusteringThreshold=%.3f, fECAW=%.3f, fMinECut=%.3f, fToUnfold=%d, fECALocMaxCut=%.3f",
-                fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut,fToUnfold,fECALocMaxCut));
+                   fECAClusteringThreshold,fECAW0,fMinECut,fToUnfold,fECALocMaxCut));
   }
 
 }
@@ -424,9 +464,6 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
 
   while ( (digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(nextdigitC())) ) { // clean up digits
     e = Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId());
-    //JLK
-    //AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 10, digit->GetAmp());
-    //AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 11, e);
     if ( e < fMinECut || digit->GetTimeR() > fTimeCut ) 
       digitsC->Remove(digit);
     else    
@@ -443,6 +480,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
     if(fGeom->CheckAbsCellId(digit->GetId()) && (Calibrate(digit->GetAmp(), digit->GetId()) > fECAClusteringThreshold  ) ){
       // start a new Tower RecPoint
       if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize()) fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters+1) ;
+
       AliEMCALRecPoint *recPoint = new  AliEMCALRecPoint("") ; 
       fRecPoints->AddAt(recPoint, fNumberOfECAClusters) ;
       recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>(fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters)) ; 
@@ -477,7 +515,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeClusters()
   } // while digit 
 
   delete digitsC ;
-
+  
   AliDebug(1,Form("total no of clusters %d from %d digits",fNumberOfECAClusters,fDigitsArr->GetEntriesFast())); 
 }
 
@@ -496,30 +534,30 @@ void AliEMCALClusterizerv1::MakeUnfolding()
     Int_t index ;
     for(index = 0 ; index < numberofNotUnfolded ; index++){
 
-      AliEMCALRecPoint * RecPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(index) ) ;
+      AliEMCALRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(index) ) ;
 
       TVector3 gpos;
       Int_t absId;
-      RecPoint->GetGlobalPosition(gpos);
+      recPoint->GetGlobalPosition(gpos);
       fGeom->GetAbsCellIdFromEtaPhi(gpos.Eta(),gpos.Phi(),absId);
       if(absId > nModulesToUnfold)
         break ;
 
-      Int_t nMultipl = RecPoint->GetMultiplicity() ;
+      Int_t nMultipl = recPoint->GetMultiplicity() ;
       AliEMCALDigit ** maxAt = new AliEMCALDigit*[nMultipl] ;
       Float_t * maxAtEnergy = new Float_t[nMultipl] ;
-      Int_t nMax = RecPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fECALocMaxCut,fDigitsArr) ;
+      Int_t nMax = recPoint->GetNumberOfLocalMax(maxAt, maxAtEnergy,fECALocMaxCut,fDigitsArr) ;
 
       if( nMax > 1 ) {     // if cluster is very flat (no pronounced maximum) then nMax = 0
-        UnfoldCluster(RecPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
-        fRecPoints->Remove(RecPoint);
+        UnfoldCluster(recPoint, nMax, maxAt, maxAtEnergy) ;
+        fRecPoints->Remove(recPoint);
         fRecPoints->Compress() ;
         index-- ;
         fNumberOfECAClusters-- ;
         numberofNotUnfolded-- ;
       }
       else{
-        RecPoint->SetNExMax(1) ; //Only one local maximum
+        recPoint->SetNExMax(1) ; //Only one local maximum
       }
 
       delete[] maxAt ;
@@ -575,12 +613,12 @@ void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * iniTower,
   Float_t xpar=0.,zpar=0.,epar=0.  ;
 
   AliEMCALDigit * digit = 0 ;
-  Int_t * Digits = iniTower->GetDigitsList() ;
+  Int_t * digitsList = iniTower->GetDigitsList() ;
 
   Int_t iparam ;
   Int_t iDigit ;
   for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
-    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At(Digits[iDigit] ) ) ;
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At(digitsList[iDigit] ) ) ;
     fGeom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), yDigit, xDigit, zDigit);
     efit[iDigit] = 0;
 
@@ -599,7 +637,7 @@ void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * iniTower,
   // so that energy deposited in each cell is distributed between new clusters proportionally
   // to its contribution to efit
 
-  Float_t * Energies = iniTower->GetEnergiesList() ;
+  Float_t * energiesList = iniTower->GetEnergiesList() ;
   Float_t ratio ;
 
   iparam = 0 ;
@@ -609,24 +647,24 @@ void  AliEMCALClusterizerv1::UnfoldCluster(AliEMCALRecPoint * iniTower,
     epar = fitparameters[iparam+2] ;
     iparam += 3 ;
 
-    AliEMCALRecPoint * RecPoint = 0 ;
+    AliEMCALRecPoint * recPoint = 0 ;
 
     if(fNumberOfECAClusters >= fRecPoints->GetSize())
       fRecPoints->Expand(2*fNumberOfECAClusters) ;
 
     (*fRecPoints)[fNumberOfECAClusters] = new AliEMCALRecPoint("") ;
-    RecPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters) ) ;
+    recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint *>( fRecPoints->At(fNumberOfECAClusters) ) ;
     fNumberOfECAClusters++ ;
-    RecPoint->SetNExMax((Int_t)nPar/3) ;
+    recPoint->SetNExMax((Int_t)nPar/3) ;
 
     Float_t eDigit ;
     for(iDigit = 0 ; iDigit < nDigits ; iDigit ++){
-      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At( Digits[iDigit] ) ) ;
+      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( fDigitsArr->At( digitsList[iDigit] ) ) ;
       fGeom->RelPosCellInSModule(digit->GetId(), yDigit, xDigit, zDigit);
 
       ratio = epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) / efit[iDigit] ;
-      eDigit = Energies[iDigit] * ratio ;
-      RecPoint->AddDigit( *digit, eDigit ) ;
+      eDigit = energiesList[iDigit] * ratio ;
+      recPoint->AddDigit( *digit, eDigit ) ;
     }
   }
 
@@ -645,17 +683,17 @@ void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad,
 
   TList * toMinuit = dynamic_cast<TList*>( gMinuit->GetObjectFit() ) ;
 
-  AliEMCALRecPoint * RecPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
+  AliEMCALRecPoint * recPoint = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint*>( toMinuit->At(0) )  ;
   TClonesArray * digits = dynamic_cast<TClonesArray*>( toMinuit->At(1) )  ;
   // A bit buggy way to get an access to the geometry
   // To be revised!
   AliEMCALGeometry *geom = dynamic_cast<AliEMCALGeometry *>(toMinuit->At(2));
 
-  Int_t * Digits     = RecPoint->GetDigitsList() ;
+  Int_t * digitsList     = recPoint->GetDigitsList() ;
 
-  Int_t nOdigits = RecPoint->GetDigitsMultiplicity() ;
+  Int_t nOdigits = recPoint->GetDigitsMultiplicity() ;
 
-  Float_t * Energies = RecPoint->GetEnergiesList() ;
+  Float_t * energiesList = recPoint->GetEnergiesList() ;
 
   fret = 0. ;
   Int_t iparam ;
@@ -671,7 +709,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad,
 
   for( iDigit = 0 ; iDigit < nOdigits ; iDigit++) {
 
-    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At( Digits[iDigit] ) );
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At( digitsList[iDigit] ) );
 
     Double_t xDigit=0 ;
     Double_t zDigit=0 ;
@@ -690,7 +728,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad,
         efit += x[iParam] * ShowerShape(dx,dz) ;
         iParam++ ;
       }
-      Double_t sum = 2. * (efit - Energies[iDigit]) / Energies[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E)
+      Double_t sum = 2. * (efit - energiesList[iDigit]) / energiesList[iDigit] ; // Here we assume, that sigma = sqrt(E)
       iParam = 0 ;
       while(iParam < nPar ){
         Double_t xpar = x[iParam] ;
@@ -723,7 +761,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::UnfoldingChiSquare(Int_t & nPar, Double_t * Grad,
       efit += epar * ShowerShape(xDigit - xpar,zDigit - zpar) ;
     }
 
-    fret += (efit-Energies[iDigit])*(efit-Energies[iDigit])/Energies[iDigit] ;
+    fret += (efit-energiesList[iDigit])*(efit-energiesList[iDigit])/energiesList[iDigit] ;
     // Here we assume, that sigma = sqrt(E) 
   }
 }
@@ -741,7 +779,7 @@ void AliEMCALClusterizerv1::Print(Option_t * /*option*/)const
     TString taskName(Version()) ;
     
     printf("--------------- "); 
-    printf(taskName.Data()) ; 
+    printf("%s",taskName.Data()) ; 
     printf(" "); 
     printf("Clusterizing digits: "); 
     printf("\n                       ECA Local Maximum cut    = %f", fECALocMaxCut); 
@@ -775,13 +813,6 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
       printf("Index    Ene(GeV) Multi Module     GX    GY   GZ  lX    lY   lZ   Dispersion Lambda 1   Lambda 2  # of prim  Primaries list\n") ;
     }
    Int_t index =0;
-   Float_t maxE=0; 
-   Float_t maxL1=0; 
-   Float_t maxL2=0; 
-   Float_t maxDis=0; 
-
-   //JLK
-   //AliEMCALHistoUtilities::FillH1(fHists, 12, double(fRecPoints->GetEntries()));
 
     for (index = 0 ; index < fRecPoints->GetEntries() ; index++) {
       AliEMCALRecPoint * rp = dynamic_cast<AliEMCALRecPoint * >(fRecPoints->At(index)) ; 
@@ -799,20 +830,6 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
             rp->GetIndexInList(), rp->GetEnergy(), rp->GetMultiplicity(),
             globalpos.X(), globalpos.Y(), globalpos.Z(), localpos.X(), localpos.Y(), localpos.Z(), 
             rp->GetDispersion(), lambda[0], lambda[1], nprimaries) ; 
-  /////////////
-      if(rp->GetEnergy()>maxE){
-             maxE=rp->GetEnergy();
-             maxL1=lambda[0];
-             maxL2=lambda[1];
-             maxDis=rp->GetDispersion();
-      }
-      //JLK
-      //fPointE->Fill(rp->GetEnergy());
-      //fPointL1->Fill(lambda[0]);
-      //fPointL2->Fill(lambda[1]);
-      //fPointDis->Fill(rp->GetDispersion());
-      //fPointMult->Fill(rp->GetMultiplicity());
-      ///////////// 
       if(strstr(option,"deb")){ 
         for (Int_t iprimary=0; iprimary<nprimaries; iprimary++) {
          printf("%d ", primaries[iprimary] ) ; 
@@ -820,75 +837,14 @@ void AliEMCALClusterizerv1::PrintRecPoints(Option_t * option)
       }
     }
 
-    //JLK
-    //      fMaxE->Fill(maxE);
-    //  fMaxL1->Fill(maxL1);
-    //  fMaxL2->Fill(maxL2);
-    //  fMaxDis->Fill(maxDis);
-
     if(strstr(option,"deb"))
     printf("\n-----------------------------------------------------------------------\n");
   }
 }
 
-/*
-TList* AliEMCALClusterizerv1::BookHists()
-{
-  //set up histograms for monitoring clusterizer performance
-
-  gROOT->cd();
-
-       fPointE = new TH1F("00_pointE","point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       fPointL1 = new TH1F("01_pointL1","point L1", 1000, 0.0, 3.);
-       fPointL2 = new TH1F("02_pointL2","point L2", 1000, 0.0, 3.);
-       fPointDis = new TH1F("03_pointDisp","point dispersion", 1000, 0.0, 10.);
-       fPointMult = new TH1F("04_pointMult","#cell in point(cluster)", 101, -0.5, 100.5);
-       fDigitAmp = new TH1F("05_digitAmp","Digit Amplitude", 2000, 0.0, 5000.);
-       fMaxE = new TH1F("06_maxE","Max point energy", 2000, 0.0, 150.);
-       fMaxL1 = new TH1F("07_maxL1","Largest (first) of eigenvalue of covariance matrix", 1000, 0.0, 3.);
-       fMaxL2 = new TH1F("08_maxL2","Smalest (second) of eigenvalue of covariace matrix", 1000, 0.0, 3.);
-       fMaxDis = new TH1F("09_maxDis","Point dispersion", 1000, 0.0, 10.); // 9
-       //
-        new TH1F("10_adcOfDigits","adc of digits(threshold control)", 1001, -0.5, 1000.5);   // 10
-        new TH1F("11_energyOfDigits","energy of digits(threshold control)", 1000, 0.0, 1.);  // 11
-        new TH1F("12_numberOfPoints","number of points(clusters)", 101, -0.5, 100.5);        // 12
-
-  return AliEMCALHistoUtilities::MoveHistsToList("EmcalClusterizerv1ControlHists", kFALSE);
-}
-
-void AliEMCALClusterizerv1::SaveHists(const char *fn)
-{
-  AliEMCALHistoUtilities::SaveListOfHists(fHists, fn, kTRUE);
-}
-*/
-
 //___________________________________________________________________
 void  AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo()
 {
   printf(" AliEMCALClusterizerv1::PrintRecoInfo() : version %s \n", Version() );
-  //JLK
-  //TH1F *h = (TH1F*)fHists->At(12);
-  //if(h) {
-  //  printf(" ## Multiplicity of RecPoints ## \n");
-  //  for(int i=1; i<=h->GetNbinsX(); i++) {
-  //    int nbin = int((*h)[i]);
-  //    int mult = int(h->GetBinCenter(i));
-  //    if(nbin > 0) printf(" %i : %5.5i %6.3f %% \n", mult, nbin, 100.*nbin/h->GetEntries()); 
-  //  }    
-  // }
 
 }
-
-/*
-//___________________________________________________________________
-void AliEMCALClusterizerv1::DrawLambdasHists()
-{
-  if(fMaxL1) {
-    fMaxL1->Draw();
-    if(fMaxL2) fMaxL2->Draw("same");
-    if(fMaxDis) {
-      fMaxDis->Draw("same");
-    }
-  }
-}
-*/