]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALDigitizer.cxx
Suppressed Sumw2 in ITS QA and Calib tasks to reduce the memory
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALDigitizer.cxx
index f7f72858d730bdef5f4364327f38372db32cdbb6..70c2e9ef347b810bb526e323ada8474e8d5571f5 100644 (file)
@@ -268,364 +268,372 @@ void AliEMCALDigitizer::Digitize(Int_t event)
   // must call the Calibrate() method of the SDigitizer to convert it
   // back to an energy in GeV before adding it to the Digit
   //
-  static int nEMC=0; //max number of digits possible
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   
-  if(emcalLoader)
+  if(!emcalLoader)
   {
-    Int_t readEvent = event ;
-    // fDigInput is data member from AliDigitizer
-    if (fDigInput)
+    AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  Int_t readEvent = event ;
+  if (fDigInput) // fDigInput is data member from AliDigitizer
     readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(0))->GetCurrentEventNumber() ;
-    AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
-                    readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
-    rl->GetEvent(readEvent);
+  AliDebug(1,Form("Adding event %d from input stream 0 %s %s",
+                  readEvent, GetTitle(), fEventFolderName.Data())) ;
+  rl->GetEvent(readEvent);
+  
+  TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
+  digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
+  //allocated by objects stored in array
+  
+  // Load Geometry
+  if (!rl->GetAliRun())
+  {
+    AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
+    return; // not needed but in case coverity complains ...
+  }
+  
+  AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  static int nEMC = geom->GetNCells();//max number of digits possible
+  AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
+  
+  digits->Expand(nEMC) ;
+  
+  // RS create a digitizer on the fly
+  if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
+  fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
+  
+  //-------------------------------------------------------
+  //take all the inputs to add together and load the SDigits
+  TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
+  sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
+  
+  Int_t i ;
+  Int_t embed = kFALSE;
+  for(i = 1 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    TString tempo(fEventNames[i]) ;
+    tempo += i ;
     
-    TClonesArray * digits = emcalLoader->Digits() ;
-    digits->Delete() ;  //correct way to clear array when memory is
-    //allocated by objects stored in array
+    AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
     
-    // Load Geometry
-    AliEMCALGeometry *geom = 0;
-    if (!rl->GetAliRun())
+    if (!rl2)
+      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
+    
+    if(!rl2)
     {
-      AliFatal("Could not get AliRun from runLoader");
+      AliFatal("Run Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
     }
-    else{
-      AliEMCAL * emcal  = (AliEMCAL*)rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL");
-      geom = emcal->GetGeometry();
-      nEMC = geom->GetNCells();
-      AliDebug(1,Form("nEMC %i (number cells in EMCAL) | %s \n", nEMC, geom->GetName()));
+    
+    if (fDigInput)
+      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
+    
+    Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
+    
+    rl2->LoadSDigits();
+    //     rl2->LoadDigits();
+    rl2->GetEvent(readEvent);
+    
+    if(!rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
+    {
+      AliFatal("Loader of second input not found");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
     }
     
-    Int_t absID = -1 ;
+    AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
+    
+    if(!emcalLoader2)
+    {
+      AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
+      return; // not needed but in case coverity complains ...
+    }
+
+    //Merge 2 simulated sdigits
+    if(!emcalLoader2->SDigits()) continue;
+    
+    TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
+    sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
+    
+    // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
+    // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
+    if( sdigits2->GetEntriesFast() <= 0 ) continue;
     
-    digits->Expand(nEMC) ;
+    //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
+    AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
+    if( digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded ) embed = kTRUE;
     
-    // RS create a digitizer on the fly
-    if (!fSDigitizer) fSDigitizer = new AliEMCALSDigitizer(rl->GetFileName().Data());
-    fSDigitizer->SetEventRange(0, -1) ;
-    //
-    //take all the inputs to add together and load the SDigits
-    TObjArray * sdigArray = new TObjArray(fInput) ;
-    sdigArray->AddAt(emcalLoader->SDigits(), 0) ;
-    Int_t i ;
-    Int_t embed = kFALSE;
-    for(i = 1 ; i < fInput ; i++)
+  }// input loop
+  
+  //--------------------------------
+  //Find the first tower with signal
+  Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
+  TClonesArray * sdigits ;
+  for(i = 0 ; i < fInput ; i++)
+  {
+    if(i > 0 && embed) continue;
+    
+    sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+    if(!sdigits)
     {
-      TString tempo(fEventNames[i]) ;
-      tempo += i ;
-      
-      AliRunLoader *  rl2 = AliRunLoader::GetRunLoader(tempo) ;
-      
-      if (rl2==0)
-      rl2 = AliRunLoader::Open(fInputFileNames[i], tempo) ;
+      AliDebug(1,"Null sdigit pointer");
+      continue;
+    }
+    
+    if (sdigits->GetEntriesFast() <= 0 )
+    {
+      AliDebug(1, "No sdigits entries");
+      continue;
+    }
+    
+    AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
+    if(!sd)
+    {
+      AliDebug(1, "NULL sdigit pointer");
+      continue;
+    }
+    
+    Int_t curNext = sd->GetId() ;
+    if(curNext < nextSig)
+    nextSig = curNext ;
+    AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",i, sdigits->GetEntriesFast()));
+    
+  }// input loop
+  
+  AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
+  
+  TArrayI index(fInput) ;
+  index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
+  
+  AliEMCALDigit * digit ;
+  AliEMCALDigit * curSDigit ;
+  
+  //---------------------------------------------
+  //Put Noise contribution, smear time and energy
+  Float_t timeResolution = 0;
+  Int_t absID = -1 ;
+  for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+  {
+    Float_t energy = 0 ;
+    
+    // amplitude set to zero, noise will be added later
+    Float_t noiseTime = 0.;
+    if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
+    new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
+    //look if we have to add signal?
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
+    
+    if (!digit)
+    {
+      AliDebug(1,"Digit pointer is null");
+      continue;
+    }
+    
+    if(absID==nextSig)
+    {
+      // Calculate time as time of the largest digit
+      Float_t time = digit->GetTime() ;
+      Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
       
-      if (fDigInput)
-      readEvent = dynamic_cast<AliStream*>(fDigInput->GetInputStream(i))->GetCurrentEventNumber() ;
-      Info("Digitize", "Adding event %d from input stream %d %s %s", readEvent, i, fInputFileNames[i].Data(), tempo.Data()) ;
-      rl2->LoadSDigits();
-      //     rl2->LoadDigits();
-      rl2->GetEvent(readEvent);
-      if(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"))
+      // loop over input
+      Int_t nInputs = fInput;
+      if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
+      for(i = 0; i< nInputs ; i++)
       {
-        AliEMCALLoader *emcalLoader2 = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl2->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-        
-        if(emcalLoader2)
+        //loop over (possible) merge sources
+        TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
+        if(sdtclarr)
         {
-          //Merge 2 simulated sdigits
-          if(emcalLoader2->SDigits()){
-            TClonesArray* sdigits2 = emcalLoader2->SDigits();
-            sdigArray->AddAt(sdigits2, i) ;
-            // Check if first sdigit is of embedded type, if so, handle the sdigits differently:
-            // do not smear energy of embedded, do not add noise to any sdigits
-            if(sdigits2->GetEntriesFast()>0)
+          Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
+          
+          if(sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+          else                          curSDigit = 0 ;
+          
+          //May be several digits will contribute from the same input
+          while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID))
+          {
+            //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
+            Int_t primaryoffset = i ;
+            if(fDigInput) primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
+            curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
+            
+            if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime)
             {
-              //printf("Merged digit type: %d\n",dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0))->GetType());
-              AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*> (sdigits2->At(0));
-              if( digit2 && digit2->GetType()==AliEMCALDigit::kEmbedded ) embed = kTRUE;
+              aTime = curSDigit->GetAmplitude();
+              time  = curSDigit->GetTime();
             }
-          }
-          
-        }//loader2
-        else  AliFatal("EMCAL Loader of second event not available!");
-        
-      }
-      else Fatal("Digitize", "Loader of second input not found");
-    }// input loop
-    
-    //Find the first tower with signal
-    Int_t nextSig = nEMC + 1 ;
-    TClonesArray * sdigits ;
-    for(i = 0 ; i < fInput ; i++){
-      if(i > 0 && embed) continue;
-      sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-      if(sdigits)
+            
+            *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
+            
+            index[i]++ ;
+            
+            if( sDigitEntries > index[i] ) curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
+            else                           curSDigit = 0 ;
+          }// while
+        }// source exists
+      }// loop over merging sources
+      
+      //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
+      energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
+      
+      // add fluctuations for photo-electron creation
+      // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
+      Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
+      energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
+      
+      //calculate and set time
+      digit->SetTime(time) ;
+      
+      //Find next signal module
+      nextSig = nEMC + 1 ;
+      for(i = 0 ; i < nInputs ; i++)
       {
-        if (sdigits->GetEntriesFast() )
+        sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
+        
+        if(sdigits)
         {
-          AliEMCALDigit *sd = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(0));
-          if(sd)
+          Int_t curNext = nextSig ;
+          if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
           {
-            Int_t curNext = sd->GetId() ;
-            if(curNext < nextSig)
-            nextSig = curNext ;
-            AliDebug(1,Form("input %i : #sdigits %i \n",
-                            i, sdigits->GetEntriesFast()));
-            
-          }//First entry is not NULL
-          else
-          {
-            AliDebug(1, "NULL sdigit pointer");
-            continue;
+            AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
+            if ( tmpdigit ) curNext = tmpdigit->GetId() ;
           }
-        }//There is at least one entry
-        else
-        {
-          AliDebug(1, "NULL sdigits array");
-          continue;
-        }
-      }// SDigits array exists
-      else
-      {
-        AliDebug(1,"Null sdigit pointer");
-        continue;
-      }
-    }// input loop
-    AliDebug(1,Form("FIRST tower with signal %i \n", nextSig));
+          
+          if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
+        }// sdigits exist
+      } // input loop
+      
+    }//absID==nextSig
     
-    TArrayI index(fInput) ;
-    index.Reset() ;  //Set all indexes to zero
+    // add the noise now, no need for embedded events with real data
+    if(!embed)
+      energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
     
-    AliEMCALDigit * digit ;
-    AliEMCALDigit * curSDigit ;
+    // JLK 26-June-2008
+    //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
+    //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
+    //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
+    digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
     
-    //Put Noise contribution, smear time and energy
-    Float_t timeResolution = 0;
-    for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
-    { // Nov 30, 2006 by PAI; was from 1 to nEMC
-      
-      if (IsDead(absID)) continue; // Don't instantiate dead digits
-      
-      Float_t energy = 0 ;
-      
-      // amplitude set to zero, noise will be added later
-      Float_t noiseTime = 0.;
-      if(!embed) noiseTime = TimeOfNoise(); //No need for embedded events?
-      new((*digits)[absID]) AliEMCALDigit( -1, -1, absID, 0., noiseTime,kFALSE); // absID-1->absID
-      //look if we have to add signal?
-      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(absID)); // absID-1->absID
+    //Set time resolution with final energy
+    timeResolution = GetTimeResolution(energy);
+    digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
+    AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
+                     absID, energy, nextSig));
+    //Add delay to time
+    digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
+    
+  } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
+  
+  //---------------------------------------------------------
+  //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
+  if ( embed )
+  {
+    for(Int_t input = 1; input<fInput; input++)
+    {
+      TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
+      if(!realDigits)
+      {
+        AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
+        continue;
+      }
       
-      if (digit)
+      for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++)
       {
-        if(absID==nextSig)
-        {
-          // Calculate time as time of the largest digit
-          Float_t time = digit->GetTime() ;
-          Float_t aTime= digit->GetAmplitude() ;
-          
-          // loop over input
-          Int_t nInputs = fInput;
-          if(embed) nInputs = 1; // In case of embedding, merge later real digits, do not smear energy and time of data
-          for(i = 0; i< nInputs ; i++)
-          {  //loop over (possible) merge sources
-            TClonesArray* sdtclarr = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i));
-            if(sdtclarr) {
-              Int_t sDigitEntries = sdtclarr->GetEntriesFast();
-              
-              if(sDigitEntries > index[i] )
-              curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
-              else
-              curSDigit = 0 ;
-              
-              //May be several digits will contribute from the same input
-              while(curSDigit && (curSDigit->GetId() == absID))
-              {
-                //Shift primary to separate primaries belonging different inputs
-                Int_t primaryoffset ;
-                if(fDigInput)
-                primaryoffset = fDigInput->GetMask(i) ;
-                else
-                primaryoffset = i ;
-                curSDigit->ShiftPrimary(primaryoffset) ;
-                
-                if(curSDigit->GetAmplitude()>aTime)
-                {
-                  aTime = curSDigit->GetAmplitude();
-                  time  = curSDigit->GetTime();
-                }
-                
-                *digit = *digit + *curSDigit ;  //adds amplitudes of each digit
-                
-                index[i]++ ;
-                
-                if( sDigitEntries > index[i] )
-                curSDigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>(sdtclarr->At(index[i])) ;
-                else
-                curSDigit = 0 ;
-              }// while
-            }// source exists
-          }// loop over merging sources
-          
-          
-          //Here we convert the summed amplitude to an energy in GeV only for simulation or mixing of simulations
-          energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ; // GeV
-          
-          // add fluctuations for photo-electron creation
-          // corrected fluctuations after comparison with beam test, Paraskevi Ganoti (06/11/2011)
-          Float_t fluct = static_cast<Float_t>((energy*fMeanPhotonElectron)/fGainFluctuations);
-          energy       *= static_cast<Float_t>(gRandom->Poisson(fluct)) / fluct ;
-          
-          //calculate and set time
-          digit->SetTime(time) ;
-          
-          //Find next signal module
-          nextSig = nEMC + 1 ;
-          for(i = 0 ; i < nInputs ; i++){
-            sdigits = dynamic_cast<TClonesArray *>(sdigArray->At(i)) ;
-            
-            if(sdigits){
-              Int_t curNext = nextSig ;
-              if(sdigits->GetEntriesFast() > index[i])
-              {
-                AliEMCALDigit * tmpdigit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(sdigits->At(index[i]));
-                if(tmpdigit)
-                {
-                  curNext = tmpdigit->GetId() ;
-                }
-              }
-              if(curNext < nextSig) nextSig = curNext ;
-            }// sdigits exist
-          } // input loop
-          
-        }//absID==nextSig
-        
-        // add the noise now, no need for embedded events with real data
-        if(!embed)
-        energy += gRandom->Gaus(0., fPinNoise) ;
+        AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
+        if ( !digit2 ) continue;
+      
+        digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
+        if ( !digit ) continue;
         
+        // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
+        // and multiply to get a big int.
+        Float_t time2 = digit2->GetTime();
+        Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
+        CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
+        Float_t amp2  = fSDigitizer->Digitize(e2);
         
-        // JLK 26-June-2008
-        //Now digitize the energy according to the fSDigitizer method,
-        //which merely converts the energy to an integer.  Later we will
-        //check that the stored value matches our allowed dynamic ranges
-        digit->SetAmplitude(fSDigitizer->Digitize(energy)) ;
+        Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
+        if(e0>0.01)
+          AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
+                          digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
+                          digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
         
-        //Set time resolution with final energy
-        timeResolution = GetTimeResolution(energy);
-        digit->SetTime(gRandom->Gaus(digit->GetTime(),timeResolution) ) ;
-        AliDebug(10,Form(" absID %5i energy %f nextSig %5i\n",
-                         absID, energy, nextSig));
-        //Add delay to time
-        digit->SetTime(digit->GetTime()+fTimeDelay) ;
+        // Sum amplitudes, change digit amplitude
+        digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
         
-      }// Digit pointer exists
-      else AliDebug(1,"Digit pointer is null");
-      
-    } // for(absID = 0; absID < nEMC; absID++)
-    
-    //Embed simulated amplitude (and time?) to real data digits
-    if(embed)
-    {
-      for(Int_t input = 1; input<fInput; input++)
-      {
-        TClonesArray *realDigits = dynamic_cast<TClonesArray*> (sdigArray->At(input));
-        if(!realDigits)
-        {
-          AliDebug(1,"No sdigits to merge\n");
-          continue;
-        }
+        // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
+        // data or signal to the final digit.
+        if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
         
-        for(Int_t i2 = 0 ; i2 < realDigits->GetEntriesFast() ; i2++)
-        {
-          AliEMCALDigit * digit2 = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( realDigits->At(i2) ) ;
-          if(digit2)
-          {
-            digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(digit2->GetId()) ) ;
-            if(digit)
-            {
-              // Put the embedded cell energy in same units as simulated sdigits -> transform to energy units
-              // and multiply to get a big int.
-              Float_t time2 = digit2->GetTime();
-              Float_t e2    = digit2->GetAmplitude();
-              CalibrateADCTime(e2,time2,digit2->GetId());
-              Float_t amp2 = fSDigitizer->Digitize(e2);
-              
-              Float_t e0    = digit ->GetAmplitude();
-              if(e0>0.01)
-              AliDebug(1,Form("digit 1: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e; digit2: Abs ID %d, amp %f, type %d, time %e\n",
-                              digit ->GetId(),digit ->GetAmplitude(), digit ->GetType(), digit->GetTime(),
-                              digit2->GetId(),amp2,                   digit2->GetType(), time2           ));
-              
-              // Sum amplitudes, change digit amplitude
-              digit->SetAmplitude( digit->GetAmplitude() + amp2);
-              // Rough assumption, assign time of the largest of the 2 digits,
-              // data or signal to the final digit.
-              if(amp2 > digit->GetAmplitude())  digit->SetTime(time2);
-              //Mark the new digit as embedded
-              digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
-              
-              if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
-              AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
-                              digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
-            }//digit2
-          }//digit2
-        }//loop digit 2
-      }//input loop
-    }//embed
-    
-    //JLK is it better to call Clear() here?
-    delete sdigArray ; //We should not delete its contents
-    
-    //remove digits below thresholds
-    // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
-    // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
-    // before merge in the same loop real data digits if available
-    Float_t energy = 0;
-    Float_t time   = 0;
-    for(i = 0 ; i < nEMC ; i++)
-    {
-      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
-      if(digit)
-      {
-        //Then get the energy in GeV units.
-        energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
-        //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
-        Float_t ampADC = energy;
-        DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;      
-        if(ampADC < fDigitThreshold)
-        digits->RemoveAt(i) ;
+        //Mark the new digit as embedded
+        digit->SetType(AliEMCALDigit::kEmbedded);
         
-      }// digit exists
-    } // digit loop
+        if(digit2->GetAmplitude()>0.01 && e0> 0.01 )
+          AliDebug(1,Form("Embedded digit: Abs ID %d, amp %f, type %d\n",
+                          digit->GetId(), digit->GetAmplitude(), digit->GetType()));
+      }//loop digit 2
+    }//input loop
+  }//embed
+  
+  //JLK is it better to call Clear() here?
+  delete sdigArray ; //We should not delete its contents
+  
+  //------------------------------
+  //remove digits below thresholds
+  // until 10-02-2010 remove digits with energy smaller than fDigitThreshold 3*fPinNoise
+  // now, remove digits with Digitized ADC smaller than fDigitThreshold = 3,
+  // before merge in the same loop real data digits if available
+  Float_t energy = 0;
+  Float_t time   = 0;
+  for(i = 0 ; i < nEMC ; i++)
+  {
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit*>( digits->At(i) ) ;
+    if ( !digit ) continue;
     
-    digits->Compress() ;  
+    //Then get the energy in GeV units.
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
     
-    Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ; 
+    //Then digitize using the calibration constants of the ocdb
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId())  ;
     
-    //JLK 26-June-2008
-    //After we have done the summing and digitizing to create the
-    //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
-    //the dynamic range of our real data.  
-    for (i = 0 ; i < ndigits ; i++)
-    {
-      digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ; 
-      if(digit)
-      {
-        digit->SetIndexInList(i) ; 
-        energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
-        time   = digit->GetTime();
-        Float_t ampADC = energy;
-        DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
-        digit->SetAmplitude(ampADC) ;
-        digit->SetTime(time);
-        // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
-      }// digit exists
-    }//Digit loop
+    if(ampADC < fDigitThreshold || IsDead(digit->GetId()))
+      digits->RemoveAt(i) ;
     
-  }
-  else AliFatal("EMCALLoader is NULL!") ;
+  } // digit loop
+  
+  digits->Compress() ;
+  
+  Int_t ndigits = digits->GetEntriesFast() ;
+  
+  //---------------------------------------------------------------
+  //JLK 26-June-2008
+  //After we have done the summing and digitizing to create the
+  //digits, now we want to calibrate the resulting amplitude to match
+  //the dynamic range of our real data.
+  for (i = 0 ; i < ndigits ; i++)
+  {
+    digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>( digits->At(i) ) ;
+    if( !digit ) continue ;
+    
+    digit->SetIndexInList(i) ;
+    
+    time   = digit->GetTime();
+    digit->SetTime(time);
+
+    energy = fSDigitizer->Calibrate(digit->GetAmplitude()) ;
+
+    Float_t ampADC = energy;
+    DigitizeEnergyTime(ampADC, time, digit->GetId());
+    
+    digit->SetAmplitude(ampADC) ;
+    // printf("digit amplitude set at end: i %d, amp %f\n",i,digit->GetAmplitude());
+  }//Digit loop
   
 }
 
@@ -672,14 +680,16 @@ void AliEMCALDigitizer::DigitizeEnergyTime(Float_t & energy, Float_t & time, con
   energy = (energy + fADCpedestalEC)/fADCchannelEC/fADCchannelECDecal   ;
   time  += fTimeChannel-fTimeChannelDecal;
   
-  if(energy > fNADCEC )
-  energy =  fNADCEC ;
+  if ( energy > fNADCEC ) energy =  fNADCEC ;
 }
 
 //_____________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Decalibrate(AliEMCALDigit *digit)
+void AliEMCALDigitizer::DecalibrateTrigger(AliEMCALDigit *digit)
 {
   // Decalibrate, used in Trigger digits
+  
+  if ( !fCalibData ) return ;
+  
   // Load Geometry
   const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
        
@@ -689,6 +699,7 @@ void AliEMCALDigitizer::Decalibrate(AliEMCALDigit *digit)
     return;
   }
        
+  // Recover the digit location in row-column-SM
   Int_t absId   = digit->GetId();
   Int_t iSupMod = -1;
   Int_t nModule = -1;
@@ -698,17 +709,18 @@ void AliEMCALDigitizer::Decalibrate(AliEMCALDigit *digit)
   Int_t ieta    = -1;
        
   Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
-       
   if (!bCell) Error("Decalibrate","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
+  
   geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
        
-  if (fCalibData)
-  {
-    fADCchannelEC = fCalibData->GetADCchannel(iSupMod,ieta,iphi);
-    Float_t factor = 1./(fADCchannelEC/0.0162);
-               
-    *digit = *digit * factor;
-  }
+  // Now decalibrate
+  Float_t adcChannel       = fCalibData->GetADCchannel      (iSupMod,ieta,iphi);
+  Float_t adcChannelOnline = fCalibData->GetADCchannelOnline(iSupMod,ieta,iphi);
+  //printf("calib param for (SM%d,col%d,row%d): %1.4f - online param: %1.4f \n",iSupMod,ieta,iphi,adcChannel,adcChannelOnline);
+  Float_t factor = 1./(adcChannel/adcChannelOnline);
+  
+  *digit = *digit * factor;
+  
 }
 
 //_____________________________________________________________________
@@ -755,95 +767,107 @@ void AliEMCALDigitizer::CalibrateADCTime(Float_t & adc, Float_t & time, const In
 
 
 //____________________________________________________________________________
-void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option) 
-{ 
+void AliEMCALDigitizer::Digitize(Option_t *option)
+{
   // Steering method to process digitization for events
   // in the range from fFirstEvent to fLastEvent.
   // This range is optionally set by SetEventRange().
   // if fLastEvent=-1, then process events until the end.
   // by default fLastEvent = fFirstEvent (process only one event)
-
-  if (!fInit) { // to prevent overwrite existing file
+  
+  if (!fInit)
+  { // to prevent overwrite existing file
     Error( "Digitize", "Give a version name different from %s", fEventFolderName.Data() ) ;
     return ;
-  } 
-
-  if (strstr(option,"print")) {
-
+  }
+  
+  if (strstr(option,"print"))
+  {
     Print();
-    return ; 
+    return ;
   }
   
   if(strstr(option,"tim"))
     gBenchmark->Start("EMCALDigitizer");
-
+  
   AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  Int_t nEvents = 0;
-  if(!emcalLoader){
+  if(!emcalLoader)
+  {
     AliFatal("Did not get the  Loader");
+    return; // coverity
   }
-  else{
+  
+  if (fLastEvent == -1)
+    fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
+  else if (fDigInput)
+    fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
+  
+  Int_t nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
+  Int_t ievent  = -1;
+  
+  AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+  if(!emcal)
+  {
+    AliFatal("Did not get the AliEMCAL pointer");
+    return; // coverity
+  }
+  
+  AliEMCALGeometry *geom = emcal->GetGeometry();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
+  }
+  
+  const Int_t nTRU = geom->GetNTotalTRU();
+  TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    nTRU*96);
+  TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", nTRU*96);
+  
+  rl->LoadSDigits("EMCAL");
+  for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++)
+  {
+    rl->GetEvent(ievent);
     
-    if (fLastEvent == -1)  {
-      fLastEvent = rl->GetNumberOfEvents() - 1 ;
-    }
-    else if (fDigInput) 
-      fLastEvent = fFirstEvent ; // what is this ??
+    Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
     
-    nEvents = fLastEvent - fFirstEvent + 1;
-    Int_t ievent  = -1;
-
-    AliEMCALGeometry *geom = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"))->GetGeometry();
-    const Int_t nTRU = geom->GetNTotalTRU();
-    TClonesArray* digitsTMP = new TClonesArray("AliEMCALDigit",    nTRU*96);
-    TClonesArray* digitsTRG = new TClonesArray("AliEMCALRawDigit", nTRU*96);
-
-    rl->LoadSDigits("EMCAL");
-    for (ievent = fFirstEvent; ievent <= fLastEvent; ievent++) {
-      
-      rl->GetEvent(ievent);
-      
-      Digitize(ievent) ; //Add prepared SDigits to digits and add the noise
-      
-      WriteDigits() ;
-      
-      //Trigger Digits
-      //-------------------------------------
-     
-
-      Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);  
-      
-      WriteDigits(digitsTRG);
-      
-      (emcalLoader->TreeD())->Fill();
-      
-      emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
-      
-      Unload();
-      
-      digitsTRG  ->Delete();
-      digitsTMP  ->Delete();
-      
-      //-------------------------------------
-      
-      if(strstr(option,"deb"))
-        PrintDigits(option);
-      if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
-      
-      //increment the total number of Digits per run 
-      fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;  
-    }//loop
-       
-  }//loader exists
+    WriteDigits() ;
+    
+    //Trigger Digits
+    //-------------------------------------
+    
+    Digits2FastOR(digitsTMP, digitsTRG);
+    
+    WriteDigits(digitsTRG);
+    
+    (emcalLoader->TreeD())->Fill();
+    
+    emcalLoader->WriteDigits(   "OVERWRITE");
+    
+    Unload();
+    
+    digitsTRG  ->Delete();
+    digitsTMP  ->Delete();
+    
+    //-------------------------------------
+    
+    if(strstr(option,"deb"))
+      PrintDigits(option);
+    if(strstr(option,"table")) gObjectTable->Print();
+    
+    //increment the total number of Digits per run
+    fDigitsInRun += emcalLoader->Digits()->GetEntriesFast() ;
+  }//loop
   
-  if(strstr(option,"tim")){
+  if(strstr(option,"tim"))
+  {
     gBenchmark->Stop("EMCALDigitizer");
     Float_t cputime   = gBenchmark->GetCpuTime("EMCALDigitizer");
     Float_t avcputime = cputime;
     if(nEvents==0) avcputime = 0 ;
     AliInfo(Form("Digitize: took %f seconds for Digitizing %f seconds per event", cputime, avcputime)) ;
-  } 
+  }
 }
 
 //__________________________________________________________________
@@ -877,6 +901,11 @@ void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* dig
   if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
   
   const  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
+  if(!geom)
+  {
+    AliFatal("Geometry pointer null");
+    return; // fix for coverity
+  }
   
   // build FOR from simulated digits
   // and xfer to the corresponding TRU input (mapping)
@@ -892,12 +921,12 @@ void AliEMCALDigitizer::Digits2FastOR(TClonesArray* digitsTMP, TClonesArray* dig
   {
     if (IsDead(digit)) continue;
     
-    Decalibrate(digit);
+    DecalibrateTrigger(digit);
     
     Int_t id = digit->GetId();
     
     Int_t trgid;
-    if (geom && geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
+    if (geom->GetFastORIndexFromCellIndex(id , trgid))
     {
       AliDebug(1,Form("trigger digit id: %d from cell id: %d\n",trgid,id));
       
@@ -1058,7 +1087,7 @@ void AliEMCALDigitizer::InitParameters()
   
   // These defaults are normally not used. 
   // Values are read from calibration database instead
-  fADCchannelEC       = 0.0153; // Update 24 Apr 2007: 250./16/1024 - width of one ADC channel in GeV
+  fADCchannelEC       = 0.0162; // Nominal value set online for most of the channels, MIP peak sitting at ~266./16/1024
   fADCpedestalEC      = 0.0 ;   // GeV
   fADCchannelECDecal  = 1.0;    // No decalibration by default
   fTimeChannel        = 0.0;    // No time calibration by default
@@ -1230,7 +1259,8 @@ void AliEMCALDigitizer::WriteDigits()
 
 //__________________________________________________________________
 void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName)
-{ // overloaded method
+{
+  // overloaded method
   AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(AliRunLoader::Instance()->GetDetectorLoader("EMCAL"));
   if(emcalLoader){
     
@@ -1261,59 +1291,43 @@ void AliEMCALDigitizer::WriteDigits(TClonesArray* digits, const char* branchName
 //__________________________________________________________________
 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(AliEMCALDigit *digit) 
 {
-  AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
-  AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-  if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
-  
-  AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
-  if (!caloPed) {
-    AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
-    return kFALSE;
-  }
-  
-       // Load Geometry
-  const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-  if (!geom) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
-  
+  // Check if cell is defined as dead, so that it is not included
+  // input is digit
   Int_t absId   = digit->GetId();
-  Int_t iSupMod = -1;
-  Int_t nModule = -1;
-  Int_t nIphi   = -1;
-  Int_t nIeta   = -1;
-  Int_t iphi    = -1;
-  Int_t ieta    = -1;
-       
-  Bool_t bCell = geom->GetCellIndex(absId, iSupMod, nModule, nIphi, nIeta) ;
-       
-  if (!bCell) Error("IsDead","Wrong cell id number : absId %i ", absId) ;
-  geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(iSupMod,nModule,nIphi, nIeta,iphi,ieta);
 
-  Int_t channelStatus = (Int_t)(caloPed->GetDeadMap(iSupMod))->GetBinContent(ieta,iphi);
-
-  if (channelStatus == AliCaloCalibPedestal::kDead) 
-    return kTRUE;
-  else
-    return kFALSE;
+  return IsDead(absId);
+  
 }
 
 
 //__________________________________________________________________
 Bool_t AliEMCALDigitizer::IsDead(Int_t absId)
 {
+  // Check if cell absID is defined as dead, so that it is not included
+
     AliRunLoader *runLoader = AliRunLoader::Instance();
     AliEMCALLoader *emcalLoader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(runLoader->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-    if (!emcalLoader) AliFatal("Did not get the  Loader");
-    
+    if (!emcalLoader)
+    {
+      AliFatal("Did not get the  Loader");
+      return kTRUE;
+    }
+  
     AliCaloCalibPedestal *caloPed = emcalLoader->PedestalData();
-    if (!caloPed) {
+    if (!caloPed)
+    {
         AliWarning("Could not access pedestal data! No dead channel removal applied");
         return kFALSE;
     }
     
        // Load Geometry
     const AliEMCALGeometry *geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-    if (!geom) AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
-    
+    if (!geom)
+    {
+      AliFatal("Did not get geometry from EMCALLoader");
+      return kTRUE; //coverity
+    }
+  
     Int_t iSupMod = -1;
     Int_t nModule = -1;
     Int_t nIphi   = -1;