]> git.uio.no Git - u/mrichter/AliRoot.git/blobdiff - EMCAL/AliEMCALRawUtils.cxx
Move data member fFixTau from AliCaloRawAnalyzerFitter to the mother class
[u/mrichter/AliRoot.git] / EMCAL / AliEMCALRawUtils.cxx
index 9fcf5c66094cd905d587408de01d2ac4e3c692bc..dbc617dbedb66dcfe0e98e7287d5a4144492d14d 100644 (file)
@@ -1,3 +1,4 @@
+// -*- mode: c++ -*-
 /**************************************************************************
  * Copyright(c) 1998-1999, ALICE Experiment at CERN, All rights reserved. *
  *                                                                        *
  **************************************************************************/
 
 /* $Id$ */
-/* History of cvs commits:
- *
- * $Log$
- * Revision 1.5  2007/11/01 01:20:33  mvl
- * Further improvement of peak finding; more robust fit
- *
- * Revision 1.4  2007/10/31 17:15:24  mvl
- * Fixed bug in raw data unpacking; Added pedestal to signal fit; Added logic to deal with high/low gain
- *
- * Revision 1.3  2007/09/27 08:36:46  mvl
- * More robust setting of fit range in FitRawSignal (P. Hristov)
- *
- * Revision 1.2  2007/09/03 20:55:35  jklay
- * EMCAL e-by-e reconstruction methods from Cvetan
- *
- * Revision 1.1  2007/03/17 19:56:38  mvl
- * Moved signal shape routines from AliEMCAL to separate class AliEMCALRawUtils to streamline raw data reconstruction code.
- * */
 
-//*-- Author: Marco van Leeuwen (LBL)
-#include "AliEMCALRawUtils.h"
 
-#include "TF1.h"
-#include "TGraph.h"
-#include "TSystem.h"
+//_________________________________________________________________________
+//  Utility Class for handling Raw data
+//  Does all transitions from Digits to Raw and vice versa, 
+//  for simu and reconstruction
+//
+//  Note: the current version is still simplified. Only 
+//    one raw signal per digit is generated; either high-gain or low-gain
+//    Need to add concurrent high and low-gain info in the future
+//    No pedestal is added to the raw signal.
+//*-- Author: Marco van Leeuwen (LBL)
+//*-- Major refactoring by Per Thomas Hille
 
-#include "AliLog.h"
+//#include "AliCDBManager.h"
+#include "AliEMCALRawUtils.h"
+#include "AliRun.h"
 #include "AliRunLoader.h"
-#include "AliCaloAltroMapping.h"
 #include "AliAltroBuffer.h"
 #include "AliRawReader.h"
-#include "AliCaloRawStream.h"
+#include "AliCaloRawStreamV3.h"
 #include "AliDAQ.h"
-
+#include "AliEMCALRecParam.h"
 #include "AliEMCALLoader.h"
 #include "AliEMCALGeometry.h"
-#include "AliEMCALDigitizer.h"
 #include "AliEMCALDigit.h"
-
-
+#include "AliEMCALRawDigit.h"
+#include "AliEMCAL.h"
+#include "AliCaloCalibPedestal.h"  
+#include "AliCaloBunchInfo.h"
+#include "AliCaloFitResults.h"
+#include "AliEMCALTriggerRawDigitMaker.h"
+#include "AliEMCALTriggerSTURawStream.h"
+#include "AliEMCALTriggerData.h"
+#include "AliCaloConstants.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzer.h"
+#include "AliCaloRawAnalyzerFactory.h"
+#include "AliEMCALRawResponse.h"
+
+using namespace CALO;
+using namespace EMCAL;
+
+using std::vector;
 ClassImp(AliEMCALRawUtils)
 
-// Signal shape parameters
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgOrder         = 2 ;      // Order of gamma function 
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgTimeBinWidth  = 100E-9 ; // each sample is 100 ns
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgTau         = 235E-9 ;   // 235 ns (from CERN testbeam; not very accurate)
-Double_t AliEMCALRawUtils::fgTimeTrigger = 1.5E-6 ;   // 15 time bins ~ 1.5 musec
-
-// some digitization constants
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgThreshold = 1;
-Int_t    AliEMCALRawUtils::fgDDLPerSuperModule = 2;  // 2 ddls per SuperModule
 
-AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils(): fHighLowGainFactor(0.) {
-  fHighLowGainFactor = 16. ;          // adjusted for a low gain range of 82 GeV (10 bits) 
+AliEMCALRawUtils::AliEMCALRawUtils( Algo::fitAlgorithm fitAlgo) : fNoiseThreshold(3),
+                                                                 fNPedSamples(4), 
+                                                                 fGeom(0), 
+                                                                 fOption(""),
+                                                                 fRemoveBadChannels(kFALSE),
+                                                                 fFittingAlgorithm(fitAlgo),  
+                                                                 fTimeMin(-1.),
+                                                                 fTimeMax(1.),
+                                                                 fUseFALTRO(kTRUE),
+                                                                 fRawAnalyzer(0),
+                                                                 fTriggerRawDigitMaker(0x0)
+{
+  // ctor; set up fit algo etc
+  
+  SetFittingAlgorithm(fitAlgo);
+  
+  const TObjArray* maps = AliEMCALRecParam::GetMappings();
+  
+  if(!maps) AliFatal("Cannot retrieve ALTRO mappings!!");
+  
+  for(Int_t i = 0; i < 4; i++)
+  {
+    fMapping[i] = (AliAltroMapping*)maps->At(i);
+  }
+  
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
+  if (rl && rl->GetAliRun())
+  {
+    AliEMCAL * emcal = dynamic_cast<AliEMCAL*>(rl->GetAliRun()->GetDetector("EMCAL"));
+    if(emcal)
+    {
+      fGeom = emcal->GetGeometry();
+    }
+    else
+    {
+      AliDebug(1, Form("Using default geometry in raw reco"));
+      fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
+    }
+  }
+  else
+  {
+    AliDebug(1, Form("Using default geometry in raw reco"));
+    fGeom =  AliEMCALGeometry::GetInstance(AliEMCALGeometry::GetDefaultGeometryName());
+  }
+  
+  if(!fGeom) AliFatal(Form("Could not get geometry!"));
+  fTriggerRawDigitMaker = new AliEMCALTriggerRawDigitMaker();
 }
-//____________________________________________________________________________
-AliEMCALRawUtils::~AliEMCALRawUtils() {
+
+
+AliEMCALRawUtils::~AliEMCALRawUtils()
+{
+  //dtor
+  delete fRawAnalyzer;
+  delete fTriggerRawDigitMaker;
 }
-//____________________________________________________________________________
+
+
 void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
 {
   // convert digits of the current event to raw data
-  
-  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::GetRunLoader();
+  AliRunLoader *rl = AliRunLoader::Instance();
   AliEMCALLoader *loader = dynamic_cast<AliEMCALLoader*>(rl->GetDetectorLoader("EMCAL"));
-
-  // get the digits
   loader->LoadDigits("EMCAL");
   loader->GetEvent();
   TClonesArray* digits = loader->Digits() ;
@@ -89,86 +132,85 @@ void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
     Warning("Digits2Raw", "no digits found !");
     return;
   }
-    
-  // get the geometry
-  AliEMCALGeometry* geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-  if (!geom) {
-    AliError(Form("No geometry found !"));
-    return;
-  }
   
-  static const Int_t nDDL = 12*2; // 12 SM hardcoded for now. Buffers allocated dynamically, when needed, so just need an upper limit here
+  static const Int_t nDDL = 20*2; // 20 SM for EMCal + DCal hardcoded for now. Buffers allocated dynamically, when needed, so just need an upper limit here  
   AliAltroBuffer* buffers[nDDL];
   for (Int_t i=0; i < nDDL; i++)
     buffers[i] = 0;
-
-  Int_t adcValuesLow[fgkTimeBins];
-  Int_t adcValuesHigh[fgkTimeBins];
-
-  //Load Mapping RCU files once
-  TString path = gSystem->Getenv("ALICE_ROOT");
-  path += "/EMCAL/mapping/RCU";
-  TString path0 = path+"0.data";//This file will change in future
-  TString path1 = path+"1.data";//This file will change in future
-  AliAltroMapping * mapping[2] ; // For the moment only 2
-  mapping[0] = new AliCaloAltroMapping(path0.Data());
-  mapping[1] = new AliCaloAltroMapping(path1.Data());
-
+  
+  TArrayI adcValuesLow( TIMEBINS );
+  TArrayI adcValuesHigh( TIMEBINS );
+  
   // loop over digits (assume ordered digits)
   for (Int_t iDigit = 0; iDigit < digits->GetEntries(); iDigit++) {
     AliEMCALDigit* digit = dynamic_cast<AliEMCALDigit *>(digits->At(iDigit)) ;
-    if (digit->GetAmp() < fgThreshold) 
-      continue;
-
-    //get cell indices
-    Int_t nSM = 0;
-    Int_t nIphi = 0;
-    Int_t nIeta = 0;
-    Int_t iphi = 0;
-    Int_t ieta = 0;
-    Int_t nModule = 0;
-    geom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSM, nModule, nIphi, nIeta);
-    geom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSM, nModule, nIphi, nIeta,iphi, ieta) ;
-    
-    //Check which is the RCU of the cell.
-    Int_t iRCU = -111;
-    //RCU0
-    if (0<=iphi&&iphi<8) iRCU=0; // first cable row
-    else if (8<=iphi&&iphi<16 && 0<=ieta&&ieta<24) iRCU=0; // first half; 
-    //second cable row
-    //RCU1
-    else if(8<=iphi&&iphi<16 && 24<=ieta&&ieta<48) iRCU=1; // second half; 
-    //second cable row
-    else if(16<=iphi&&iphi<24) iRCU=1; // third cable row
+    if(!digit) {
+      AliFatal("NULL Digit");
+    } else {
+      if (digit->GetAmplitude() <  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold() ) {
+        continue;
+      }
+      //get cell indices
+      Int_t nSM = 0;
+      Int_t nIphi = 0;
+      Int_t nIeta = 0;
+      Int_t iphi = 0;
+      Int_t ieta = 0;
+      Int_t nModule = 0;
+      fGeom->GetCellIndex(digit->GetId(), nSM, nModule, nIphi, nIeta);
+      fGeom->GetCellPhiEtaIndexInSModule(nSM, nModule, nIphi, nIeta,iphi, ieta) ;
     
-    //Which DDL?
-    Int_t iDDL = fgDDLPerSuperModule* nSM + iRCU;
-    if (iDDL >= nDDL)
-      Fatal("Digits2Raw()","Non-existent DDL board number: %d", iDDL);
-
-    if (buffers[iDDL] == 0) {      
-      // open new file and write dummy header
-      TString fileName = AliDAQ::DdlFileName("EMCAL",iDDL);
-      buffers[iDDL] = new AliAltroBuffer(fileName.Data(),mapping[iRCU]);
-      buffers[iDDL]->WriteDataHeader(kTRUE, kFALSE);  //Dummy;
-    }
+      //Check which is the RCU, 0 or 1, of the cell.
+      Int_t iRCU = -111;
+      if (0<=iphi&&iphi<8) iRCU=0; // first cable row
+      else if (8<=iphi&&iphi<16 && 0<=ieta&&ieta<24) iRCU=0; // first half; 
+      else if(8<=iphi&&iphi<16 && 24<=ieta&&ieta<48) iRCU=1; // second half; 
+      //second cable row
+      else if(16<=iphi&&iphi<24) iRCU=1; // third cable row
+      
+      if (nSM%2==1) iRCU = 1 - iRCU; // swap for odd=C side, to allow us to cable both sides the same
+      
+      if (iRCU<0) 
+        Fatal("Digits2Raw()","Non-existent RCU number: %d", iRCU);
     
-    // out of time range signal (?)
-    if (digit->GetTimeR() > GetRawFormatTimeMax() ) {
-      AliInfo("Signal is out of time range.\n");
-      buffers[iDDL]->FillBuffer((Int_t)digit->GetAmp());
-      buffers[iDDL]->FillBuffer(GetRawFormatTimeBins() );  // time bin
-      buffers[iDDL]->FillBuffer(3);          // bunch length      
-      buffers[iDDL]->WriteTrailer(3, ieta, iphi, nSM);  // trailer
-      // calculate the time response function
-    } else {
-      Bool_t lowgain = RawSampledResponse(digit->GetTimeR(), digit->GetAmp(), adcValuesHigh, adcValuesLow) ; 
-      if (lowgain) 
-       buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta, iphi, 0, GetRawFormatTimeBins(), adcValuesLow, fgThreshold);
-      else 
-       buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta,iphi, 1, GetRawFormatTimeBins(), adcValuesHigh, fgThreshold);
-    }
-  }
+      //Which DDL?
+      Int_t iDDL = NRCUSPERMODULE*nSM + iRCU;
+      if (iDDL < 0 || iDDL >= nDDL){
+        Fatal("Digits2Raw()","Non-existent DDL board number: %d", iDDL);
+      } else {
+        if (buffers[iDDL] == 0) {      
+          // open new file and write dummy header
+          TString fileName = AliDAQ::DdlFileName("EMCAL",iDDL);
+          //Select mapping file RCU0A, RCU0C, RCU1A, RCU1C
+          Int_t iRCUside=iRCU+(nSM%2)*2;
+          //iRCU=0 and even (0) SM -> RCU0A.data   0
+          //iRCU=1 and even (0) SM -> RCU1A.data   1
+          //iRCU=0 and odd  (1) SM -> RCU0C.data   2
+          //iRCU=1 and odd  (1) SM -> RCU1C.data   3
+          buffers[iDDL] = new AliAltroBuffer(fileName.Data(),fMapping[iRCUside]);
+          buffers[iDDL]->WriteDataHeader(kTRUE, kFALSE);  //Dummy;
+        }
+        
+        // out of time range signal (?)
+        if (digit->GetTimeR() >  TIMEBINMAX  ) {
+          AliInfo("Signal is out of time range.\n");
+          buffers[iDDL]->FillBuffer((Int_t)digit->GetAmplitude());
+          buffers[iDDL]->FillBuffer( TIMEBINS );  // time bin
+          buffers[iDDL]->FillBuffer(3);          // bunch length      
+          buffers[iDDL]->WriteTrailer(3, ieta, iphi, nSM);  // trailer
+          // calculate the time response function
+        } else {
+          Bool_t lowgain = AliEMCALRawResponse::RawSampledResponse(digit->GetTimeR(), digit->GetAmplitude(),
+                                                                   adcValuesHigh.GetArray(), adcValuesLow.GetArray()) ; 
+      
+          if (lowgain) 
+            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta, iphi, 0, TIMEBINS, adcValuesLow.GetArray(),  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold()  );
+          else 
+            buffers[iDDL]->WriteChannel(ieta,iphi, 1, TIMEBINS, adcValuesHigh.GetArray(),  AliEMCALRawResponse::GetRawFormatThreshold()  );
+        }
+      }// iDDL under the limits
+    }//digit exists
+  }//Digit loop
   
   // write headers and close files
   for (Int_t i=0; i < nDDL; i++) {
@@ -178,285 +220,171 @@ void AliEMCALRawUtils::Digits2Raw()
       delete buffers[i];
     }
   }
-  mapping[0]->Delete();
-  mapping[1]->Delete();
+  
   loader->UnloadDigits();
 }
 
-//____________________________________________________________________________
-void AliEMCALRawUtils::Raw2Digits(AliRawReader* reader,TClonesArray *digitsArr)
-{
-  // convert raw data of the current event to digits
-  AliEMCALGeometry * geom = AliEMCALGeometry::GetInstance();
-  if (!geom) {
-    AliError(Form("No geometry found !"));
-    return;
-  }
-
-  digitsArr->Clear(); 
-
-  if (!digitsArr) {
-    Error("Raw2Digits", "no digits found !");
-    return;
-  }
-  if (!reader) {
-    Error("Raw2Digits", "no raw reader found !");
-    return;
-  }
-
-  // Use AliAltroRawStream to read the ALTRO format.  No need to
-  // reinvent the wheel :-) 
-  AliCaloRawStream in(reader,"EMCAL");
-  // Select EMCAL DDL's;
-  reader->Select("EMCAL");
-  //in.SetOldRCUFormat(kTRUE); // Needed for testbeam data
-  
-  cout << "Stream set up" << endl;
-
-  // reading is from previously existing AliEMCALGetter.cxx
-  // ReadRaw method
-  TF1 * signalF = new TF1("signal", RawResponseFunction, 0, GetRawFormatTimeMax(), 4);
-  
-  Int_t id =  -1;
-  Float_t time = 0. ; 
-  Float_t amp = 0. ; 
 
-  TGraph * gSig = new TGraph(GetRawFormatTimeBins()) ; 
 
-  Int_t readOk = 1;
-  Int_t lowGain = 0;
-
-  while (readOk && in.GetModule() < 0) 
-    readOk = in.Next();  // Go to first digit
-
-  while (readOk) { 
-    id =  geom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(in.GetModule(), in.GetRow(), in.GetColumn()) ;
-    lowGain = in.IsLowGain();
-    Int_t maxTime = in.GetTime();  // timebins come in reverse order
-    if (maxTime < 0 || maxTime >= GetRawFormatTimeBins()) {
-      AliWarning(Form("Invalid time bin %d",maxTime));
-      maxTime = GetRawFormatTimeBins();
-    }
-    gSig->Set(maxTime+1);
-    // There is some kind of zero-suppression in the raw data, 
-    // so set up the TGraph in advance
-    for (Int_t i=0; i < maxTime; i++) {
-      gSig->SetPoint(i, i * GetRawFormatTimeBinWidth(), 0);
-    }
-
-    Int_t iTime = 0;
-    do {
-      if (in.GetTime() >= gSig->GetN()) {
-         AliWarning("Too many time bins");
-         gSig->Set(in.GetTime());
-      }
-      gSig->SetPoint(in.GetTime(), 
-                  in.GetTime() * GetRawFormatTimeBinWidth(), 
-                  in.GetSignal()) ;
-      if (in.GetTime() > maxTime)
-        maxTime = in.GetTime();
-      iTime++;
-    } while ((readOk = in.Next()) && !in.IsNewHWAddress());
-    signalF->SetRange(0,(Float_t)maxTime*GetRawFormatTimeBinWidth());
-
-    FitRaw(gSig, signalF, amp, time) ; 
-    
-    if (amp > 0) {
-      AliDebug(2,Form("id %d lowGain %d amp %g", id, lowGain, amp));
-      AddDigit(digitsArr, id, lowGain, (Int_t)amp, time);
-    }
-       
-    // Reset graph
-    for (Int_t index = 0; index < gSig->GetN(); index++) {
-      gSig->SetPoint(index, index * GetRawFormatTimeBinWidth(), 0) ;  
-    } 
-  }; // EMCAL entries loop
-  
-  delete signalF ; 
-  delete gSig;
-  
-  return ; 
-}
-
-//____________________________________________________________________________ 
-void AliEMCALRawUtils::AddDigit(TClonesArray *digitsArr, Int_t id, Int_t lowGain, Int_t amp, Float_t time) {
-  //
-  // Add a new digit. 
-  // This routine checks whether a digit exists already for this tower 
-  // and then decides whether to use the high or low gain info
-  //
-  // Called by Raw2Digits
-  
+void AliEMCALRawUtils::AddDigit(TClonesArray *digitsArr, Int_t id, Int_t lowGain, Float_t amp, Float_t time, Float_t chi2, Int_t ndf) 
+{
+  // comment
   AliEMCALDigit *digit = 0, *tmpdigit = 0;
-  
   TIter nextdigit(digitsArr);
-  while (digit == 0 && (tmpdigit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) {
-    if (tmpdigit->GetId() == id)
-      digit = tmpdigit;
-  }
-
+  while (digit == 0 && (tmpdigit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) 
+    {
+      if (tmpdigit->GetId() == id) digit = tmpdigit;
+    }
+  
   if (!digit) { // no digit existed for this tower; create one
+    Int_t type = AliEMCALDigit::kHG; // use enum in AliEMCALDigit
     if (lowGain) 
-      amp = Int_t(fHighLowGainFactor * amp); 
+      { 
+       amp *= HGLGFACTOR;
+       type = AliEMCALDigit::kLGnoHG;
+      } 
+    
     Int_t idigit = digitsArr->GetEntries();
-    new((*digitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( -1, -1, id, amp, time, idigit) ;  
-  }
-  else { // a digit already exists, check range 
-         // (use high gain if signal < 800, otherwise low gain)
-    if (lowGain) { // new digit is low gain
-      if (digit->GetAmp() > 800) {  // use if stored digit is out of range
-       digit->SetAmp(Int_t(fHighLowGainFactor * amp));
-       digit->SetTime(time);
-      }
-    }
-    else if (amp < 800) { // new digit is high gain; use if not out of range
-      digit->SetAmp(amp);
-      digit->SetTime(time);
-    }
-  }
+    new((*digitsArr)[idigit]) AliEMCALDigit( -1, -1, id, amp, time, type, idigit, chi2, ndf); 
+    AliDebug(2,Form("Add digit Id %d for the first time, type %d", id, type));
+  }//digit added first time
+  else 
+    { // a digit already exists, check range 
+               // (use high gain if signal < cut value, otherwise low gain)
+      if (lowGain) 
+       { // new digit is low gain
+         if (digit->GetAmplitude() >  OVERFLOWCUT ) 
+           {  // use if previously stored (HG) digit is out of range
+             digit->SetAmplitude( HGLGFACTOR * amp);
+             digit->SetTime(time);
+             digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
+             AliDebug(2,Form("Add LG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+           }
+       }//new low gain digit
+      else { // new digit is high gain 
+       
+       if (amp <  OVERFLOWCUT  ) 
+         { // new digit is high gain; use if not out of range
+           digit->SetAmplitude(amp);
+           digit->SetTime(time);
+           digit->SetType(AliEMCALDigit::kHG);
+           AliDebug(2,Form("Add HG digit ID %d for the second time, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+         }
+       else 
+         { // HG out of range, just change flag value to show that HG did exist
+           digit->SetType(AliEMCALDigit::kLG);
+           AliDebug(2,Form("Change LG digit to HG, ID %d, type %d", digit->GetId(), digit->GetType()));
+         }
+      }//new high gain digit
+    }//digit existed replace it
 }
 
-//____________________________________________________________________________ 
-void AliEMCALRawUtils::FitRaw(TGraph * gSig, TF1* signalF, Float_t & amp, Float_t & time)
-{
-  // Fits the raw signal time distribution; from AliEMCALGetter 
 
-  const Int_t kNoiseThreshold = 5;
-  const Int_t kNPedSamples = 10;
-  amp = time = 0. ; 
-  Double_t ped = 0;
-  Int_t nPed = 0;
-
-  for (Int_t index = 0; index < kNPedSamples; index++) {
-    Double_t ttime, signal;
-    gSig->GetPoint(index, ttime, signal) ; 
-    if (signal > 0) {
-      ped += signal;
-      nPed++;
-    }
-  }
-
-  if (nPed > 0)
-    ped /= nPed;
-  else {
-    AliWarning("Could determine pedestal");      
-    ped = 10; // put some small value as first guess
-  }
+void AliEMCALRawUtils::Raw2Digits(AliRawReader* reader,TClonesArray *digitsArr, const AliCaloCalibPedestal* pedbadmap, TClonesArray *digitsTRG, AliEMCALTriggerData* trgData)
+{
+  //conversion of raw data to digits
+  if ( digitsArr) digitsArr->Clear("C"); 
+  if (!digitsArr) { Error("Raw2Digits", "no digits found !");return;}
+  if (!reader) {Error("Raw2Digits", "no raw reader found !");return;}
+  AliEMCALTriggerSTURawStream inSTU(reader);
+  AliCaloRawStreamV3 in(reader,"EMCAL",fMapping);      
+  reader->Select("EMCAL",0,39); // 39 = AliEMCALGeoParams::fgkLastAltroDDL
+  fTriggerRawDigitMaker->Reset();      
+  fTriggerRawDigitMaker->SetIO(reader, in, inSTU, digitsTRG, trgData);
+  fRawAnalyzer->SetIsZeroSuppressed(true); // TMP - should use stream->IsZeroSuppressed(), or altro cfg registers later
+    
+  Int_t lowGain  = 0;
+  Int_t caloFlag = 0; // low, high gain, or TRU, or LED ref.
+  
+  Float_t bcTimePhaseCorr = 0; // for BC-based L1 phase correction
+  Int_t bcMod4 = (reader->GetBCID() % 4); // LHC uses 40 MHz, EMCal uses 10 MHz clock
+       
+  //AliCDBManager* man = AliCDBManager::Instance();
+  //Int_t runNumber = man->GetRun();
+       
+ Int_t runNumber = reader->GetRunNumber();
+
+  if ((runNumber >130850 ) && (bcMod4==0 || bcMod4==1)) 
+    bcTimePhaseCorr = -1e-7; // subtract 100 ns for certain BC values
+
+  while (in.NextDDL()) 
+    {
+      while (in.NextChannel()) 
+       {
+         caloFlag = in.GetCaloFlag();
+         if (caloFlag > 2) continue; // Work with ALTRO and FALTRO 
+         if(caloFlag < 2 && fRemoveBadChannels && pedbadmap->IsBadChannel(in.GetModule(),in.GetColumn(),in.GetRow()))
+           {
+             continue;
+           }  
+         vector<AliCaloBunchInfo> bunchlist; 
+         while (in.NextBunch()) 
+           {
+             bunchlist.push_back( AliCaloBunchInfo(in.GetStartTimeBin(), in.GetBunchLength(), in.GetSignals() ) );
+           } 
+         if (bunchlist.size() == 0) continue;
+         if ( caloFlag < 2 )
+           { // ALTRO
+             Int_t id = fGeom->GetAbsCellIdFromCellIndexes(in.GetModule(), in.GetRow(), in.GetColumn()) ;
+             lowGain  = in.IsLowGain();
+             fRawAnalyzer->SetL1Phase( in.GetL1Phase() );
+             AliCaloFitResults res =  fRawAnalyzer->Evaluate( bunchlist, in.GetAltroCFG1(), in.GetAltroCFG2());  
+             if(res.GetAmp() >= fNoiseThreshold )
+               {
+                 AddDigit(digitsArr, id, lowGain, res.GetAmp(),  res.GetTime()+bcTimePhaseCorr, res.GetChi2(),  res.GetNdf() ); 
+               }
+           }//ALTRO
+         else if(fUseFALTRO)
+           {// Fake ALTRO
+             fTriggerRawDigitMaker->Add( bunchlist );
+           }//Fake ALTRO
+       } // end while over channel   
+    } //end while over DDL's, of input stream 
+  fTriggerRawDigitMaker->PostProcess();        
+  TrimDigits(digitsArr);
+}
 
-  Int_t max_found = 0;
-  Int_t i_max = 0;
-  Float_t max = -1;
-  Float_t tmax = 0;
-  Float_t max_fit = gSig->GetN()*GetRawFormatTimeBinWidth();
-  Float_t min_after_sig = 9999;
-  Int_t imin_after_sig = gSig->GetN();
-  Float_t tmin_after_sig = gSig->GetN()*GetRawFormatTimeBinWidth();
-  Int_t n_ped_after_sig = 0;
 
-  for (Int_t i=kNPedSamples; i < gSig->GetN(); i++) {
-    Double_t ttime, signal;
-    gSig->GetPoint(i, ttime, signal) ; 
-    if (!max_found && signal > max) {
-      i_max = i;
-      tmax = ttime;
-      max = signal;
+void AliEMCALRawUtils::TrimDigits(TClonesArray *digitsArr) 
+{ // rm entries with LGnoHG (unphysical), out of time window, and too bad chi2
+  AliEMCALDigit *digit = 0;
+  Int_t n = 0;
+  Int_t nDigits = digitsArr->GetEntriesFast();
+  TIter nextdigit(digitsArr);
+  while ((digit = (AliEMCALDigit*) nextdigit())) {
+    if (digit->GetType() == AliEMCALDigit::kLGnoHG) {
+      AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, LGnoHG",digit->GetId()));
+      digitsArr->Remove(digit);
     }
-    else if ( max > ped + kNoiseThreshold ) {
-      max_found = 1;
-      min_after_sig = signal;
-      imin_after_sig = i;
-      tmin_after_sig = ttime;
+    else if(fTimeMin > digit->GetTime() || fTimeMax < digit->GetTime()) {
+      digitsArr->Remove(digit);
+      AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, Bad Time %e",digit->GetId(), digit->GetTime()));
     }
-    if (max_found) {
-      if ( signal < min_after_sig) {
-        min_after_sig = signal;
-       imin_after_sig = i;
-        tmin_after_sig = ttime;
-      }
-      if (i > tmin_after_sig + 5) {  // Two close peaks; end fit at minimum
-        max_fit = tmin_after_sig;
-        break;
-      }
-      if ( signal < ped + kNoiseThreshold)
-        n_ped_after_sig++;
-      if (n_ped_after_sig >= 5) {  // include 5 pedestal bins after peak
-        max_fit = ttime;
-        break;
-      }
+    else if (0 > digit->GetChi2()) {
+      digitsArr->Remove(digit);
+      AliDebug(1,Form("Remove digit with id %d, Bad Chi2 %e",digit->GetId(), digit->GetChi2()));
     }
-  }
-
-  if ( max - ped > kNoiseThreshold ) { // else its noise 
-    AliDebug(2,Form("Fitting max %d ped %d", max, ped));
-    signalF->SetParameter(0, ped) ; 
-    signalF->SetParameter(1, max - ped) ; 
-    signalF->SetParameter(2, tmax) ; 
-    signalF->SetParLimits(2, 0, max_fit) ; 
-    gSig->Fit(signalF, "QRON", "", 0., max_fit); //, "QRON") ; 
-    amp = signalF->GetParameter(1); 
-    time = signalF->GetParameter(2) - fgTimeTrigger;
-  }
-  return;
+    else {
+      digit->SetIndexInList(n);        
+      n++;
+    }    
+  }//while
+  
+  digitsArr->Compress();
+  AliDebug(1,Form("N Digits before trimming : %d; after array compression %d",nDigits,digitsArr->GetEntriesFast()));
 }
-//__________________________________________________________________
-Double_t AliEMCALRawUtils::RawResponseFunction(Double_t *x, Double_t *par)
-{
-  // Shape of the electronics raw reponse:
-  // It is a semi-gaussian, 2nd order Gamma function of the general form
-  //
-  // t' = (t - t0 + tau) / tau
-  // F = A * t**N * exp( N * ( 1 - t) )   for t >= 0
-  // F = 0                                for t < 0 
-  //
-  // parameters:
-  // ped: par[0]
-  // A:   par[1]   // Amplitude = peak value
-  // t0:  par[2]
-  // tau: fgTau
-  // N:   fgOrder
-  //
-  Double_t signal ;
-  Double_t xx = ( x[0] - par[2] + fgTau ) / fgTau ; 
 
-  if (xx <= 0) 
-    signal = par[0] ;  
-  else {  
-    signal = par[0] + par[1] * TMath::Power(xx , fgOrder) * TMath::Exp(fgOrder * (1 - xx )) ; 
 
-  }
-  return signal ;  
+void AliEMCALRawUtils::SetFittingAlgorithm(Int_t fitAlgo)              
+{ // select which fitting algo should be used
+  delete fRawAnalyzer; // delete doesn't do anything if the pointer is 0x0
+  fRawAnalyzer = AliCaloRawAnalyzerFactory::CreateAnalyzer( fitAlgo );
+  fRawAnalyzer->SetNsampleCut(5); // requirement for fits to be done, for the new methods
+  fRawAnalyzer->SetOverflowCut ( OVERFLOWCUT );
+  fRawAnalyzer->SetAmpCut(fNoiseThreshold);
+  fRawAnalyzer->SetFitArrayCut(fNoiseThreshold);
 }
 
-//__________________________________________________________________
-Bool_t AliEMCALRawUtils::RawSampledResponse(
-const Double_t dtime, const Double_t damp, Int_t * adcH, Int_t * adcL) const 
-{
-  // for a start time dtime and an amplitude damp given by digit, 
-  // calculates the raw sampled response AliEMCAL::RawResponseFunction
-
-  const Int_t kRawSignalOverflow = 0x3FF ; 
-  const Int_t pedVal = 32;
-  Bool_t lowGain = kFALSE ; 
 
-  TF1 signalF("signal", RawResponseFunction, 0, GetRawFormatTimeMax(), 4);
-  signalF.SetParameter(0, pedVal) ; 
-  signalF.SetParameter(1, damp) ; 
-  signalF.SetParameter(2, dtime + fgTimeTrigger) ; 
-
-  for (Int_t iTime = 0; iTime < GetRawFormatTimeBins(); iTime++) {
-    Double_t time = iTime * GetRawFormatTimeBinWidth() ;
-    Double_t signal = signalF.Eval(time) ;     
-    adcH[iTime] =  static_cast<Int_t>(signal + 0.5) ;
-    if ( adcH[iTime] > kRawSignalOverflow ){  // larger than 10 bits 
-      adcH[iTime] = kRawSignalOverflow ;
-      lowGain = kTRUE ; 
-    }
 
-    signal /= fHighLowGainFactor;
-
-    adcL[iTime] =  static_cast<Int_t>(signal + 0.5) ;
-    if ( adcL[iTime] > kRawSignalOverflow)  // larger than 10 bits 
-      adcL[iTime] = kRawSignalOverflow ;
-  }
-  return lowGain ; 
-}